Diseo, Construccin, Operacin y puesta en marcha de un Bioproductor para la produccin

de microorganismos con fines investigativos y educativos.

Diseo, Construccin, Operacin y puesta en marcha de un Bioproductor para la produccin

de microorganismos con fines investigativos y educativos.

Ivn Nicols Barrero Cuevas

Universidad El Bosque
Diseo, Construccin, Operacin y puesta en marcha de un Bioproductor para la produccin
de microorganismos con fines investigativos y educativos.
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Resumen

En la actualidad la bioingeniera est presente en todas partes, desde las medicinas que

consumimos a diario, pasando por los elementos de higiene personal y de maquillaje, hasta

llegar a los alimentos que necesitamos para vivir. [1] Sin embargo la ciencia detrs de estos

productos es bastante desconocida e inaccesible para la mayora de personas. [2] Debido a

esto en los ltimos aos han aparecido dispositivos caseros denominados Biorreactores,

Bioproductores y Laboratorios para ensear a quien est interesado sobre los procesos

biolgicos e ingenieriles detrs de la bioingeniera, as como procesos bsicos de produccin

celular, genmica y bioqumica, tambin denominados como biologa sinttica.[3] Partiendo

de lo anterior se desea construir un biorreactor fcil de usar, con cdigo abierto para ser

personalizado como lo desee el usuario, con fines educativos e investigativos.

Palabras clave: Biorreactor [4], Bioproduccin [4], Bioingeniera [4], Educacional [4],

Cultivo Celular [4], Investigacin [4].

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de microorganismos con fines investigativos y educativos.
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Diseo, Construccin, Operacin y puesta en marcha de un Bioproductor para la

produccin de microorganismos con fines investigativos y educativos.

Introduccin:

Estamos en medio de una revolucin de las ciencias naturales. El mundo biolgico,

incluyendo nuestros cuerpos se est abriendo en una forma maleable sin precedentes, en la

actualidad tenemos la habilidad de transformar cualquier clula humana en una clula madre

adems de crecer tejidos en los laboratorios, en unos cuantos aos seremos capaces de crear

rganos que funcionen con dicho tejido.[5] Por otra parte se planea utilizar al ADN sinttico

como aparato de almacenamiento, la universidad de Washington logro codificar ms de 10

mil GB de informacin en 100 ul de ADN. [6] Pero no todo se limita a universidades y

laboratorios de investigacin, al contrario con el suficiente dinero se puede pagar para

secuenciar el genoma de una persona por 1000 USD (precio que est disminuyendo) [7], todo

esto lo han permitido avances tecnolgicos como el CRISPR/CAS9 los cuales son editores

genticos con potenciales de curar enfermedades degenerativas como el cncer y la artritis.

[8] Dentro del campo de accin de la bioingeniera, la biologa sinttica se ha desarrollado

rpidamente desde una disciplina cientfica a una gran industria. [5] Muchas empresas estn

diseando microbios que producen productos qumicos valiosos, como frmacos y fragancias,

[9] [10] en reactores de fermentacin gigantescos, por medio de procesos complicados para

las personas que carecen de los estudios necesarios para entenderlos, y que a su vez desean

entenderlos. [11] Hoy en da, estamos a punto de usar microorganismos sintticos dentro de

productos de consumo masivo. [12] Esta tecnologa tan valiosa debe ser enseada y

comprendida por la mayora de personas que por lo menos tengan acceso a la educacin. [11]

Un ejemplo claro de una ciencia que cambi radicalmente al mundo con el tiempo es la

informtica, en sus primeros aos a mediados de los aos 70 muy pocos conocan sobre esta
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ciencia, hoy en da todas las personas con educacin superior saben encender un PC y

entienden conceptos bsicos de informtica. [13] Partiendo de esto alrededor del mundo han

empezado a surgir grupos de Biohackers (personas de la cultura hgalo usted mismo) que

desarrollan proyectos de cdigo abierto, en el campo de la biologa sinttica y por ende de la

bioingeniera, dentro de estos proyectos los ms comunes son el biorreactor casero. [14]

Marco Conceptual.

Los Biorreactores son sistemas diseados para mantener ambientes biolgicamente activos, el

propsito de estos vara desde hacer crecer clulas de algunos organismos especficos o

tejidos, con condiciones especiales para se lleven a cabo procesos qumicos que involucran a

organismos o molculas qumicas que reaccionan entre s. [15] La variedad de procesos

hacen que existen diferentes tipos de biorreactores desde los ms grandes a los caseros, [14]

[15] as como los elaborados por empresas o por Biohackers. [15][16] Un fermentador simple

hace referencia a un biorreactor que utiliza clulas vivas para realizar una tarea especfica.

[16] El crecimiento celular dentro del fermentador es utilizado para producir metabolitos,

biomasa, purificar solventes y transformar sustancias (el uso ms con el que la mayora de

personas est familiarizada es el proceso de elaboracin de cervezas). [16] En caso de que se

utilicen biomolculas como protenas (enzimas) en lugar de clulas vivas (bacterias y

protistas), se denomina al biorreactor resultante como reactor enzimtico. [17] El tipo de

biorreactor ms comn es el fermentador de tanque agitado cuya principal aplicacin es la del

tratamiento de aguas residuales. [18]

Dentro de los biorreactores desarrollados por Biohackers se destacan proyectos como el

BIOPRODUCTION LAB AMINO desarrollado por Amino Labs, una idea que naci en el MIT

media Lab, que eventualmente creci en su propia empresa por medio de una campaa de

fondos por la pgina web indieGoGo en octubre del 2015[19], fundada por la bioingeniera

Julie Legault. [20] El AMINO permite cultivar bacterias en las condiciones necesarias para
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ser utilizadas en las aplicaciones que el usuario necesite. [21] Amino Labs proporciona al

usuario con todos los materiales biolgicos necesarios para el crecimiento de bacterias, desde

la bacteria en si hasta las molculas necesarias para el cultivo celular, estos son llamados

apps o aplicaciones por la empresa. [22] El objetivo de Amino Labs es que el cultivo celular

de a conocer a la bioingeniera y se enfoca en el rea de aprendizaje para estudiantes de

secundaria hasta estudiantes de post doctorado que necesiten cultivo celular rpido y seguro.

[23] Sin embargo uno de los puntos dbiles del Amino es su precio de $1700 y baja

produccin ya que tardan un mes en entregarlo. [23] Este problema se soluciona por medio de

los biorreactores DIY (DO IT YOURSELF o hgalo usted mismo) los cuales son ms baratos

de producir y adems se pueden personalizar para hacer crecer cualquier organismo ya sea

una bacteria, alga o incluso hongos, una bsqueda rpida en instructables.com muestra ms

de 300 resultados de biorreactores DIY, [24] donde se destaca Farma, diseado por un

ingeniero mecnico llamado William Patrick en 2015, fascinado con la biologa sinttica, [25]

el Farma se centra en hacer crecer organismos para la fabricacin de frmacos (como se ve es

ms especializado que Amino), para ser ms exacto la cianobacteria Asthrospira, la cual se

utiliza para fabricar spirulina uno de los suplementos dietarios ms importantes del mundo, el

cual adems se han hecho estudios para crear spirulina con frmacos, de esta forma al

ingerirla se estara satisfaciendo la necesidad del medicamento y de la nutricin. [25] [26]

Dentro de los ms avanzados se encuentra el MDS (Microbial Design Studio) desarrollado

por el Doctor Orkan Tellhan, este naci de la idea de hacer las cosas ms fciles para sus

estudiantes, segn Tellhan el objetivo principal del MDS es que los estudiantes se preocupen

solo por el diseo de sus experimentos, no de los procesos de esterilizacin, incubacin y

otros pasos biolgicos aburridos. [27] Con el MDS el usuario puede trabajar con ms de ocho

organismos diferentes al mismo tiempo. Las mquinas de Tellhan cuestan aproximadamente

3000 USD a 5000 USD, saldrn al mercado en septiembre del 2017. [27] [28] Finalmente el
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Bioproductor ms rustico de todos fue construido por Andrew Pelling, investigador de la

Universidad de Ottawa. [29] Pelling decidi construir su propio bioproductor debido a su

frustracin al usar equipos de 10000 USD tediosos y difciles de manejar, el resultado fue un

aparato de 300 USD capaz de hacer lo mismo que los ms costosos, desde entonces Pelling

decidi refinar su invencin y para finales de 2017 planea lanzar el Spiderworts incubator

por 1000 USD. [29] Por su parte en Colombia no existe ningn tipo de biorreactor casero, si

bien en las universidades como es el caso de la Universidad del Bosque y la Universidad

nacional se han llevado a cabo un gran nmero de biorreactores, estos tienden a ser grandes y

bastantes costosos como es el caso de los biorreactores desarrollados por los egresados de la

UEB Alejandra Fonseca Velandia (2016) [30] y Julin Andrs Vania Quiroga (2008) [31],

Adems estos biorreactores tienden a ser enfocados hacia la investigacin universitaria. Algo

que tienen en comn casi todos los Bioproductores ms complejos es el uso del lenguaje de

programacin celular CELLO desarrollado por el MIT y la Universidad de Boston, CELLO

es un lenguaje de programacin bastante sencillo de utilizar tanto que ah nios y

adolescentes que lo utilizan en colegios y universidades alrededor del mundo. [32] De aqu

nace la necesidad de ensear estas nuevas tecnologas a los ms pequeos, para que en un

futuro ellos sean quienes innoven con ideas que ni siquiera se han pensado. En latino Amrica

lamentablemente no se ha comenzado a ensear sobre estas nuevas tecnologas (si bien

existen grupos como BIOS, que se autodenominan Biohackers no han desarrollado productos

al nivel de los de EE.UU y la UE) [33], mientras que en Norte Amrica y Europa, se realizan

competencias como Biofabricate e iGEM (ganadores de ao pasado AMINO LABS en iGEM

y MDS en Biofabricate) [27] [34] adems en la mayora de universidades se pueden encontrar

programas de maestra, diplomados y especializaciones en biologa sinttica (Incluso en la

singularity university existe el programa de pregrado en biologa sinttica) [5] La cual es la

base de todos los bioproductores y biorreactores modernos. [5]

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Biorreactor: partes y funciones.

Parte del alcance del diseo de un biorreactor es tener en cuenta los detalles importantes de

sus partes y componentes. Un ejemplo de esto se puede ver en la siguiente imagen. En

general, los elementos bsicos de un biorreactor incluyen el recipiente, el recipiente con

camisa, la envoltura o funda, la placa de cabeza, el rociador, las sondas y el deflector. [16]

Imagen 1: Biorreactor comn y sus partes.

Nota: Chung, B. (2013, January 01). INTRODUCTION TO BIOREACTOR. Retrieved March 16,

2016, from http://bioprocessrhapsody.blogspot.com.co/2014/09/introduction-to-bioreactor.html. [16]

Tabla 1: Funcionamiento de cada parte de un biorreactor comn.

Parte. Funcin.
Placa de Cabeza. Cubrir la parte superior del biorreactor del entorno

exterior.
Recipiente. Contiene las clulas y el medio para el proceso de

reaccin necesaria.
Agitador. Mezcla las sustancias para alcanzar la

homogeneidad. Se necesita una buena mezcla para

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obtener los resultados deseados.
Rociador. Provee el oxgeno necesario para la produccin

celular en cultivos aerbicos. Tambin ayuda un

poco en el proceso de mezclado.

Deflector. Se utiliza para romper el vrtice que se puede crear

durante el proceso de agitacin/mezclado, ya que

este reduce la eficiencia del mezclado e incrementa

el consumo de energa.
Envoltura o funda. Mantiene la temperatura del biorreactor en un valor

constante, a travs de circulacin de agua fra.

Sistema medida y control de temperatura. Usualmente es llevado a cabo por un sensor Pt-

100, el cual corrige la temperatura de acuerdo a los

requerimientos deseados.
Sistema de medida y control de pH. Se suele utilizar una sonda de pH. Una bomba

peristltica es usada por lo general para agregar el

agente de neutralizacin de pH.

Nota: Chung, B. (2013, January 01). INTRODUCTION TO BIOREACTOR. Retrieved March 16,

2016, from http://bioprocessrhapsody.blogspot.com.co/2014/09/introduction-to-bioreactor.html. [16]

Propuesta y Diseo preliminar:

Teniendo en cuenta todo lo anterior, el proyecto que elaborare ser un hardware pequeo y fcil de

usar que permite a cualquier persona crecer y cuidar de clulas vivas, simples. Sera la primera

plataforma de bioingeniera pblica disponible en Colombia que se puede utilizar en el hogar, en los

laboratorios o en los colegios. Ya sea con fines investigativos o con fines educativos, me explico, ya

sea para estudiar el efecto de un organismo o al organismo en si o para ensear conceptos biolgicos

simples como el cultivo de microorganismos, o la extraccin e insercin de plsmidos en estos

mismos (clonacin).

El dispositivo contara con sensores de: pH, temperatura, humedad y de densidad ptica (absorbancia),

adems el dispositivo tambin incluye mdulos que reemplazan la necesidad de utilizar: hielo, bao

mara, termmetro, incubadora y temporizador. De las partes tradicionales del biorreactor solo se
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utilizara el agitador y el rociador que provee oxgeno a los microorganismos en caso de hacer cultivos

aerbicos. Tambin contara con una pantalla para el monitoreo y configuracin del cultivo celular,

adems tambin estar conectado a internet por medio de wifi para observar el progreso del

experimento a distancia.

El proceso de cultivo celular ser simplificado en tres simples pasos, sin embargo si el usuario es ms

experimentado puede hacer los cambios al proceso que quiera, adems tanto el hardware como el

software sern de cdigo abierto para que cualquiera los personalice como quiera y para lo que quiera.

Los pasos simples por el momento son el de ingresar el ADN modificado (plsmido) dentro del

organismo deseado, el plsmido puede ser diseado por CELLOCAD y ordenado de un laboratorio

que venda plsmidos, tras haber insertado el plsmido se procede a dejar crecer al organismo (cultivo

celular) una vez hecho esto se obtiene al organismo deseado y el usuario decide por cuanto tiempo lo

tendr con vida, por medio de que tanto alimento se les proporcionara, el alimento (LB Agar) se

consigue por medio de los mismos distribuidores de los plsmidos, si todo sale bien ser incluido con

el dispositivo.

Discusin:

Tras haber hecho una extensa bsqueda sobre el tema de los biorreactores caseros, me top

con una pequea revolucin que hasta ahora est dando sus pasos iniciales para el estudio,

desarrollo e innovacin en el campo de la ingeniera gentica y la bioingeniera, esto se debe

a que cada vez con el pasar de los aos ms y ms personas tendrn acceso a estas nuevas

tecnologas. [5] Desde que se complet el proyecto genoma humano en 2003 se ha visto un

incremento en la elaboracin de herramientas para leer, secuenciar y editar ADN, as como

hacer cultivos celulares simples como bacterias, hasta complejos para generar tejidos y

rganos. [35] Desde el principio estas tecnologas y herramientas se crearon con la idea de

que cualquier persona (novata o experta) en el campo de las ciencias naturales las pueda usar.

[5] [11] Esto resulta que en la actualidad, cualquier persona con el inters necesario en estas

ciencias (incluyendo estudiantes de secundaria) pueden secuenciar su ADN, aprender sobre

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CRISPR, leer la gua bsica del biohacking llamada BioBuilder, [11] Unirse a iGEM la

comunidad de biologa sinttica ms grande del mundo, abierta para todos, secuenciar genes

de forma gratuita, comprar ADN sinttico diseado por ellos mismos o de bases de datos de

otras persona, o como se muestra en este artculo comprar mini laboratorios, biorreactores o

bioproductores caseros para el desarrollo de sus experimentos propios. Algunos de los

avances de esta ciencia son: el ao pasado, un equipo de iGEM de Israel propuso un proyecto

para "desarrollar una terapia del cncer que sea altamente especfica para las clulas

cancerosas, eficiente y personalizada para cada tumor y gentica del paciente". [34] Otro

equipo propuso convertir metanol en una fuente de carbono universal. Y el ganador del

primer premio del ao pasado en el nivel de la secundaria prepar un diseo biolgico para

prevenir el dao en los tejidos causado por la inflamacin crnica en el cuerpo humano. [34]

Para ser claros, estos son objetivos nobles, pero el punto es que los jvenes ya estn

trabajando hacia ellos. [11] Y si estn trabajando para resolver enormes desafos utilizando la

biologa sinttica hoy en da, imaginar lo que ser capaz de lograr dado herramientas

mejoradas como adultos es sumamente interesante las innovaciones que pueden lograr. [34]

[11] No slo los adolescentes ya estn reescribiendo el cdigo de la vida, su inters en hacer

ms y aprender ms est creciendo rpidamente. Hasta el momento, 18.000 personas han

participado en iGEM. La competencia ha crecido de 5 equipos en 2004 a 245 equipos en ms

de 32 pases en 2014. [34] Ahora como toda ciencia existen la posibilidad del uso indebido de

esta misma, debido a estos miedos y problemas ticos se han desarrollado leyes para evitar

esto, el primer pas en hacerlo fue Alemania en 2016, donde el uso indebido de herramientas

para biohacking puede llevar a 3 aos de prisin es muy probable que otros pases del mundo

occidental sigan este ejemplo para impedir catstrofes ambientales o sociales que nazcan de

estas tecnologas. [36] En Amrica latina como es costumbre nos hemos quedado atrs en

esta revolucin, son muy pocos los pases donde se puede estudiar bioingeniera, las
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facultades son nuevas, y no existe ningn programa en biologa sinttica y mucho menos se

presentan comunidades de biohacking, todo tiene un enfoque acadmico (a las universidades)

y al sector privado, esto no est mal ya que por lo menos existe el inters en el tema pero se

necesita plantear participacin en eventos y competencias como el iGEM, o incluso crear

nuestra propia comunidad de Biohackers, esta es una oportunidad nica ya que sur amrica

posee la mayor biodiversidad del planeta, acceso a especies que ningn otro continente tiene,

y en mi opinin personal es preferible que los nativos a este continente nos apropiemos del

conocimiento de esta biodiversidad tan rica antes que los extranjeros. [33] [34] Todo esto

parte de la educacin y el inters del pblico general por esta razn es necesario crear las

herramientas para que las personas se animen a participar, para que se den cuenta que no es

difcil secuenciar un gen o crear ADN sinttico, una vez logrado esto las posibilidades son

ilimitadas. [11]

Para concluir en caso de que el proyecto no sea aprobado como alternativa me gustara

continuar trabajando en los biorreactores que ya fueron diseados por los egresados de aos

pasados en la universidad, para mejorarlos e incluso adaptarlos a algo similar de lo que se

expone en este trabajo, tambin me gustara trabajar en el servicio de proporcionar sistemas

de automatizacin en cultivos agrcolas, es decir robots que siembren, monitoreen y cuiden el

cultivo, o sistemas de siembra casero (tener cultivos de frutas y verduras en las casas y

oficinas) totalmente o parcialmente automatizados, estas alternativas las tome con los

criterios de su cercana al proyecto deseado, su alineacin con las lneas de investigacin en

la facultad Bioingeniera y su impacto en la sociedad Colombiana.

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Germany-face-jail-time.html
Diseo, Construccin, Operacin y puesta en marcha de un Bioproductor para la produccin
de microorganismos con fines investigativos y educativos.
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