INSTRUCCIONES BIOINFORMTICA

Seccin 1
INSTRUCCIONES:
La prctica se realizar en equipos pero se realizar en clase como trabajo individual. El primer
reporte se realizar sobre la enzima que trabajaran durante el semestre. La seccin 2 se entregar
como actividad de reporte de prctica.
PROCEDIMIENTO
1) Dirigirse a la pgina de EXPASY www.expasy.org
2) En la parte del buscador escribe el nombre en ingls de la enzima. Deja la seleccin all
databases
3) Del cuadro de opciones visita PROSITE
4) Investiga en PROSITE: a)Tipo de enzimas que entran en esta clasificacin,
B) Familias en las que se puede encontrar la actividad
C) Secuencias consenso de sitio activo y Huella de familia
D)Obtn un alineamiento de secuencias
E) Adquiere una estructura cristalogrfica a partir del link de PDB (con su descripcin)
5) Investiga en UniProt
a) Microorganismos/organismos en los que se ha reportado la enzima (lista general),
selecciona uno de inters.
b) Cofactores, actividad cataltica, nombres alternativos
c) Usos biotecnolgicos
d) Familias y dominios, descripcin y vista grfica (Pfam)
e) Gen por el cual es codificado (bases de datos de referencia cruzada: Gen bank, Ref
Seq, Nucleotide)
f) Patrn de estructuras secundarias grfico en Estructura/3D Database/PDBsum
describe: sitio activo, hlices, pptido seal, tipo de enzima segn las caractersticas
predominantes de los aminocidos. Vincula las hlices y giros (turns) con los tipos y
caractersticas de los aminocidos.
g) Investiga a qu se refiere Chain y signal peptide
6) Selecciona el cdigo de la enzima con la que iniciaste y copia la secuencia FASTA para
guardarla en un block de notas. COPIA TODOS LOS DATOS FASTA
7) En el men principal de expasy selecciona de las categoras, la opcin de proteomics/
protein characterisation and function y selecciona la prediccin de propiedades (crea una
cuenta en predict protein) Evala las anotaciones de estructura y anotaciones de
funcionalidad.
BRENDA.- Parmetros cinticos Km, Vmax, Temperatura ptima, pH ptimo.

SECCIN 2 PRCTICA BIOINFORMTICA

EQUIPO 1
MQTLLVSSLVVSLAAALPHYIRSNGIEASLLTDPKDVSGRTVDYIIAGGGLTGLTTAARL
TENPNISVLVIESGSYESDRGPIIEDLNAYGDIFGSSVDHAYETVELATNNQTALIRSGN
GLGGSTLVNGGTWTRPHKAQVDSWETVFGNEGWNWDNVAAYSLQAERARAPNAKQIAAGH
YFNASCHGVNGTVHAGPRDTGDDYSPIVKALMSAVEDRGVPTKKDFGCGDPHGVSMFPNT
LHEDQVRSDAAREWLLPNYQRPNLQVLTGQYVGKVLLSQNGTTPRAVGVEFGTHKGNTHN
VYAKHEVLLAAGSAVSPTILEYSGIGMKSILEPLGIDTVVDLPVGLNLQDQTTATVRSRI
TSAGAGQGQAAWFATFNETFGDYSEKAHELLNTKLEQWAEEAVARGGFHNTTALLIQYEN
YRDWIVNHNVAYSELFLDTAGVASFDVWDLLPFTRGYVHILDKDPYLHHFAYDPQYFLNE
LDLLGQAAATQLARNISNSGAMQTYFAGETIPGDNLAYDADLSAWTEYIPYHFRPNYHGV
GTCSMMPKEMGGVVDNAARVYGVQGLRVIDGSIPPTQMSSHVMTVFYAMALKISDAILED
YASMQ

EQUIPO 2
MAEYGRVYKDNDEKMRRFQIFKNNVNHIETFNNRNGNSYTLGINKFTDMTNNEFVAQYTG
GISRPLNIEKEPVVSFDDVNISAVGQSIDWRDYGAVTEVKDQNPCGSCWAFSAIATVEGI
YKIVTGYLVSLSEQEVLDCAVSNGCDGGFVDNAYDFIISNNGVASEADYPYQAYQGDCAA
NSWPNSAYITGYSYVRSNDESSMKYAVWNQPIAAAIDASGDNFQYYNGGVFSGPCGTSLN
HAITIIGYGQDSSGTQYWIVKNSWGSSWGERGYIRMARGVSSSGLCGIAMDPLYPTLQSG
ANVAVIKMVSKT
EQUIPO 3
MKNTLLKLGVCVSLLGITPFVSTISSVQAERTVEHKVIKNETGTISISQLNKNVWVHTEL
GYFSGEAVPSNGLVLNTSKGLVLVDSSWDDKLTKELIEMVEKKFKKRVTDVIITHAHADR
IGGMKTLKERGIKAHSTALTAELAKKNGYEEPLGDLQSVTNLKFGNMKVETFYPGKGHTE
DNIVVWLPQYQILAGGCLVKSASSKDLGNVADAYVNEWSTSIENVLKRYGNINLVVPGHG
EVGDRGLLLHTLDLLK

EQUIPO 4
GPDLQTAGLWRPVRVERWRVARLAQVRPVVTLGADGTGRAELHVTVERSGLPGGDAPLTV
RAQVAGVVAVASLAPDEDAATLVVEVPDAPVWWPVGHGDQPLVDATVTLAAAGHDDLGRW
HRRLGFRDVRVDRNRDEHGTRFTFVVNSLPVFIR

8) Usa el men general de Expasy y selecciona Proteomics/protein sequence and

identification. UniProtKB te dirigir a UniPRot donde seleccionars BLAST
9) Pega tu secuencia y selecciona BLAST
10) Evala los resultados y discute que protena podra ser. Justifica
11) Selecciona al menos 5 enzimas de organismos diferentes y realiza un alineamiento.
Discute tus resultados
12) Dirgete a SwissModel/Tools/Template ID. Pega tu secuencia y solicita una proyeccin de
anlisis de estructura. Interpreta tus datos y justifica tus resultados.
13) Describe las caractersticas de la secuencia de acuerdo a los datos revisados en la etapa
anterior. (Familia, dominios, secuencia secundaria, etc).

En el reporte se entregarn los resultados y puntos a discutir de esta prctica. Se entregar por
equipo. Puedes anexar ventanas pero se evaluar tu discusin de resultados.