Los phyla Bacteroidetes y Firmicutes representan el 80% al 90% de las aproximadamente ms de
1,000 especies de bacterias que comprenden la microbiota intestinal. El phylum Bacteroidetes se clasifica en tres grandes clases de bacterias gram-negativas, no formadoras de esporas, anaerbicas, aerbicas, con forma de bacilo y que pueden o no presentar motilidad. Bacteroides thetaiotaomicron: En su proteoma contiene los elementos estructurales para hacer entrar e hidrolizar los polisacridos no digeribles en su mayora de origen vegetal. Bacteroides Fragilis: Su neuroaminidasa catalisa la remocin del cido silico terminal de los polisacridos de superficie Bacteroides vulgatus: Se usa en la investigacin de la microbiota intestinal en pacientes con diabetes tipo 1. Bacteroides dorei: Se usa en la investigacin de la microbiota intestinal en pacientes con diabetes tipo 1. El phylum Firmicutes se clasifica en tres grandes clases de bacterias gram-positivas (algunos miembros permanecen gram-negativos, estos se llaman "low G+C" porque su ADN contiene tpicamente menos bases G y C de ADN que A y T en comparacin con otras bacterias.), formadoras de endsporas, anaerbicas, aerbicas facultativas, pueden tener forma de cocos o bacilos. Faecalibacterium prausnitzii: Exhibe un importante efecto antiinflamatorio, ya que secreta metabolitos que bloquean la activacin de NF-B y la produccin de IL-8. Tambin produce butirato, sustancia que juega un rol fundamental dentro de la fisiologa intestinal gracias a sus efectos pleiotrpicos sobre los ciclos celulares del tracto intestinal, as como proteccin contra invasin de patgenos, modulacin de la respuesta inmune e incluso progresin del cncer de colon. Lactobacillus acidophilus: Produce cido lctico, perxido de hidrgeno y otros subproductos que crean un medio hostil para otros organismos indeseables. Consume los nutrientes de otros muchos microorganismos entrando en competencia con ellos y controlando, por la disminucin de nutrientes, el desarrollo desmedido de estos. Durante la digestin, tambin ayuda en la produccin de niacina, cido flico y vitamina B6 (piridoxina). Puede ayudar a la desconjugacin y separacin de los aminocidos por los cidos biliares, que posteriormente pueden ser reciclados por el cuerpo. Lactobacillus bifidus: Ayuda a reestablecer las funciones intestinales despus de un proceso infeccioso, presente como probitico. Clostridium botulinum: Es usada para la preparacin de Botox, usado selectivamente para paralizar los msculos y temporalmente aliviar las arrugas. Tienen otros usos mdicos, tales como el tratamiento del dolor facial severo como el causado por neuralgia del trigmino. Enterococcus faecalis: Es parte de la flora normal, pero es un patgeno oportunista resistente a pH altamente alcalino. Posee enzimas lticas, citolisinas. Es resistente a una amplia gama de antibiticos.