LEGO

MOLECULAR
Una coleccin sencilla de pequeos bloques
de construccin se aplican al diseo
y la fabricacin de estructuras nanomtricas,
programadas para adoptar cualquier forma deseada

OBTENCION DE NANOESTRUCTURAS de inspiracin proteica: a partir de una coleccin

de bloques de construccin moleculares (abajo) diseados para unirse entre s se
fabrican macromolculas rgidas cuya forma final est predeterminada. El proceso guarda
semejanza con la construccin de estructuras a partir de piezas de lego.

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INVESTIGACIN Y CIENCIA, abril, 2007

KEN EWARD BioGrafx

Christian E. Schafmeister

as protenas, las nanomquinas fundamentales para la vida, han

ilustrado a un gran nmero de cientficos que, como yo, se dedican
al desarrollo de nanomaquinaria. Constituyen molculas de gran
tamao: contienen entre cientos y miles de tomos; oscilan entre
unos pocos nanmetros (milmillonsima parte de un metro) y unos
diez nanmetros de ancho. Nuestro organismo cuenta con al menos 20.000
protenas. Entre otras funciones, son responsables de la contraccin muscular, la digestin de la comida, la construccin de los huesos, la deteccin
del entorno y el reciclaje permanente de cientos de pequeas molculas
en nuestras clulas.
En 1986, siendo estudiante universitario de qumica, soaba con la posibilidad de disear y sintetizar macromolculas (molculas con ms de 100
tomos) que realizaran las asombrosas tareas que llevan a cabo las protenas
y otras ms. Mi experiencia con la programacin de ordenadores empez con
la aparicin de los primeros TRS-80, a finales de los aos setenta. Pensaba
que sera maravilloso si la construccin de mquinas moleculares complejas
fuera tan fcil como el desarrollo de programas informticos. Me propona
crear un lenguaje de programacin para la materia: una combinacin de
software y qumica que describiera la forma de una nanomquina y determinara luego la secuencia de procesos que debera realizar un qumico o
un robot para la construccin del nanodispositivo.
Sin embargo, la construccin de nanomquinas a partir de protenas de
diseo tropieza con un obstculo importante. Una protena consta de una
cadena lineal simple, formada por una secuencia especfica de aminocidos extrados de un repertorio de tan slo 20. Hasta aqu bien. Pero las
caractersticas de una protena y las funciones que desempea dependen de
su forma. Al poco de constituirse, la cadena aminoacdica colapsa en una
maraa de hlices y otras estructuras, a travs de un complejo proceso de
plegamiento proteico. La secuencia de aminocidos determina la forma final,
pero predecir qu forma proteica corresponde a una secuencia aminoacdica
concreta constituye uno de los mayores retos cientficos por resolver.

INVESTIGACIN Y CIENCIA, abril, 2007

79

Unos 20 aos despus de empezar a soar con la construccin de

nanomquinas, mi laboratorio ha
desarrollado un mtodo de produccin de macromolculas con formas
predecibles, as como los programas
informticos necesarios para el diseo de las mismas. Nuestro trabajo
se inspira en la modularidad de las
protenas naturales. No remeda, en
cambio, el colapso espontneo de las
cadenas aminoacdicas; evitamos as
el problema del plegamiento.
Con el desarrollo de esa tcnica
nos proponemos crear molculas que
lleven a cabo funciones especficas.
Por botn de muestra: sensores, macromolculas que cambian de forma
y color cuando se unen a molculas
diana concretas, como la glucosa,
toxinas o armas qumicas. La formacin del nuevo enlace desencadena en
el sensor el movimiento conjunto de
dos grupos fluorescentes; ello provoca un cambio de color que indica la
presencia de la molcula diana en la
muestra. Se aplica el mismo mtodo
a la creacin de molculas bisagra
que se abren y cierran en respuesta
a una seal externa, lo que constituye un paso hacia la construccin de
accionadores, vlvulas moleculares y
memorias de ordenador.
En ltima instancia, nuestra tcnica
conducir a un mtodo ms refinado
de construccin de nanomquinas.

Resumen/Nanolego

80

Las protenas corresponden a

nanomquinas naturales que
cumplen mltiples funciones
biolgicas. Constan de cadenas aminoacdicas flexibles
que adoptan conformaciones
complejas; por esa razn no
resulta tarea fcil la prediccin
de la forma, ni de la funcin
de nuevas protenas.
Se han desarrollado bloques
de construccin moleculares,
los bis-aminocidos, que se
unen entre s para formar
estructuras de tipo proteico
que poseen formas rgidas,
altamente predecibles y programables.
Las aplicaciones potenciales
de estos bis-pptidos incluyen
frmacos, enzimas, sensores
qumicos, nanovlvulas y dispositivos de almacenamiento
de memoria para ordenadores.

Se utilizara para la fabricacin de

nanoherramientas complejas; por
ejemplo, un ensamblador que, al
igual que el ribosoma responsable
de la sntesis proteica en las clulas,
montara nanomquinas bajo control
externo del programador. Por ahora,
esta segunda fase del proyecto pertenece al dominio de los sueos.

Lecciones de la naturaleza
Cuando acab mis estudios universitarios en 1990, pensaba que
el camino para la construccin de
nanomquinas dependa de la deduccin de las reglas que rigen el plegamiento proteico y de su aplicacin
a la obtencin de nuevas protenas.
Entr, por esas fechas, en el grupo de cristalografa de protenas de
Robert M. Stroud, de la Universidad
de California en San Francisco. Los
cristalgrafos obtienen cristales de
las protenas y determinan luego,
mediante rayos X, la disposicin
tridimensional exacta de sus tomos.
Esa herramienta me permiti valorar
con detalle la complejidad y belleza
de la estructura proteica.
Invert cuatro aos en la consecucin de 4HB1, una protena sinttica. Comenc por ensamblar un gen
artificial y lo insert en bacterias,
que llevaron a cabo la expresin del
mismo: es decir, fabricaron la protena codificada por el ADN. Cristalic luego la protena resultante.
Por fin, determin su estructura cristalina. Result excitante comprobar
que 4HB1 adoptaba la conformacin
proyectada.
Pero 4HB1 no nos llev a ninguna parte. Se comportaba slo como
una protena artificial perfectamente
plegada. El experimento no desvel
las reglas sencillas que necesitbamos para crear otras protenas con la
forma deseada, lo que nos llen de
frustracin. Suceda lo contrario: la
complejidad del plegamiento proteico
sugera que tales reglas podan no
existir. En 1997, mientras terminaba
el doctorado, llegu a la conclusin
de que una forma mejor de fabricar
nanomquinas a medida consistira
en obtenerlas a partir de un nmero limitado de bloques de construccin que no adoptaran la forma final
mediante el sistema de plegamiento
proteico.
La idea no era nueva. En 1995,
Brent Iverson, de la Universidad de

Texas en Austin, haba desarrollado

bloques de construccin que se unan
entre s para generar polmeros cortos. Los oligmeros conseguidos se
autoensamblaban luego para generar
estructuras plegadas conforme los
grupos dadores ricos en electrones
atraan a los grupos aceptores deficientes en electrones.
Al propio tiempo, Sam Gellman,
de la Universidad de Wisconsin en
Madison, y Dieter Seebach, del Instituto Politcnico Federal Suizo en
Zrich, estaban desarrollando otros
polmeros sintticos: beta-pptidos,
cadenas flexibles de beta-aminocidos (molculas en su mayora no
naturales cuya estructura difiere ligeramente de la de los aminocidos
habituales, los alfa-aminocidos) que
se pliegan en hlices retorcidas.
Esos nuevos mtodos de construccin de macromolculas que adoptaban una forma especfica parecan
arrojar nueva luz a la cuestin. Sin
embargo, no hacan ms que sustituir un problema de plegamiento
por otro. La dificultad estribaba en
que las protenas naturales y esas
molculas sintticas poseen cadenas
de molculas conectadas mediante
enlaces sencillos que confieren a la
estructura un alto grado de libertad
para retorcerse en cualquier posicin
a lo largo de toda su longitud. El
modo en que uno de estos monmeros se orienta para adquirir la forma
final depende de la compleja interaccin entre las fuerzas de atraccin y
fuerzas de repulsin que operan entre
los distintos bloques de construccin
a lo largo de la cadena.
Yo tena en mente un mtodo ms
radical: se trataba de ganar control
sobre la forma del producto final
mediante la eliminacin del sistema
habitual de plegamiento. Para ello se
requeran bloques de construccin
rgidos, que se unieran a travs de
pares de enlaces: se obtendran as
macromolculas rgidas en escalera.
Esa idea se haba ensayado con anterioridad. En 1987, Fraser Stoddart,
entonces en la Universidad de Sheffield, introdujo el concepto de lego
molecular: la formacin de cintas y
collares moleculares a partir de bloques de construccin.
Me agregu al grupo de Gregory
Verdine, de la Universidad de Harvard, con el propsito de aprender
qumica orgnica sinttica. Tras dediINVESTIGACIN Y CIENCIA, abril, 2007

DIFERENCIAS ENTRE BIS-PEPTIDOS Y PROTEINAS NATURALES

PROTEINAS NATURALES
A partir de un repertorio de 20 aminocidos que se enlazan entre s, los organismos
fabrican cadenas flexibles: se denominan pptidos cuando constan de pocos aminocidos y protenas cuando son de mayor tamao. Los aminocidos se unen mediante enlaces amida entre los grupos amina y cido carboxlico. La forma final de la protena
depende del complejo juego de interacciones que tienen lugar entre los aminocidos
a lo largo de la cadena. Esta complejidad hace que resulte extremadamente difcil
predecir qu forma adoptar una secuencia de aminocidos determinada.
Aminocidos

Acido
carboxlico

PROTEINA

Amina

Enlace
amida

BIS-PEPTIDOS SINTETICOS
Los qumicos han sintetizado una biblioteca de bloques de construccin, los bisaminocidos, que cuentan con dos pares de aminas y cidos carboxlicos. Cuando se
unen entre s, estos monmeros forman una cadena rgida, o bis-pptido, que posee
una forma predecible, predeterminada por la secuencia de bis-aminocidos. Por tanto,
se pueden disear y construir nanoestructuras simplemente mediante la combinacin
de bis-aminocidos en un orden especfico.

BIS-PEPTIDOS

recha. Un bloque de construccin, o

monmero, equivaldra a un grupo de
dos personas atadas fuertemente (por
ejemplo, espalda con espalda), cada
una con los brazos enfrente de ella.
Para conectar un monmero con el
siguiente, una de las dos personas
del primer monmero sostendra ambas manos de una de las dos personas
del segundo monmero: se formara
as el anillo de dicetopiperazina.
En trminos qumicos, cada monmero constara de una molcula
rgida compuesta, en su mayor parte, por tomos de carbono. En ella
se alojaran dos aminocidos, cuyas
aminas y cidos carboxlicos habran
de situarse de suerte tal, que pudieran enlazarse con otros monmeros.
Dos monmeros se uniran mediante un aminocido de cada uno, que
reaccionaran para formar un anillo
de dicetopiperazina. Denominamos
a estos monmeros bis-aminocidos, ya que cada uno contiene dos
aminocidos. Y dado que las cadenas
de aminocidos se llaman pptidos,
una cadena de bis-aminocidos sera
un bis-pptido.

Bis-aminocidos y bis-pptidos

MELISSA THOMAS

Aminocidos

car dos aos a la sntesis de aminocidos y a la bsqueda de un camino

para mi ambicioso proyecto, encontr
un artculo sobre la dicetopiperazina:
un anillo de seis tomos que contiene
dos grupos amida. Los enlaces amida
mantienen unidos los aminocidos
que constituyen una cadena proteica, igual que una fila de personas
tomadas de la mano. En una dicetopiperazina, dos aminocidos se unen
como dos personas frente a frente y
con las manos enlazadas, cerrando
un anillo con los brazos.
Los qumicos han desarrollado numerosas reacciones para la formacin
de enlaces amida entre aminocidos.
INVESTIGACIN Y CIENCIA, abril, 2007

La estructura de la dicetopiperazina
es sobradamente conocida, pues sta
constituye uno de los subproductos
indeseados que interfieren en la sntesis de protenas. Utilizara la formacin de la dicetopiperazina para unir
mis bloques de construccin.
El resto de la idea cuaj enseguida.
De acuerdo con la imagen anterior,
los dos brazos de un aminocido corresponden a una amina y un
cido carboxlico (a diferencia de
los brazos de las personas, sin embargo, estos grupos qumicos apenas
sobresalen del cuerpo). Un enlace
amida vendra a ser, pues, una mano
izquierda que sujeta una mano de-

Con los planes de una serie de

bloques de construccin en la mano,
puse en marcha un nuevo laboratorio
en la Universidad de Pittsburgh. All,
mis colaboradores y yo desarrollaramos la qumica sinttica necesaria
para hacer realidad nuestro sueo.
En dos aos, Christopher Levins,
uno de mis primeros doctorandos,
haba sintetizado los primeros bisaminocidos. Empez con la hidroxiprolina, un componente (disponible
comercialmente) del colgeno, la protena que fortalece el cartlago, los
ligamentos y tendones. (Otro grupo
haba utilizado con anterioridad esa
molcula para la obtencin de estructuras semejantes a nuestros diseos
monomricos.)
Mediante una ruta sinttica de
nueve etapas, Levins transform
la hidroxiprolina en cuatro tipos
de bloques de construccin: pro4
(2S4S), pro4(2S4R), pro4(2R4S) y
pro4(2R4R). Los llamamos pro4
ya que todos guardan semejanza con
el aminocido prolina y cuentan con
un aminocido adicional sobre el
carbono 4. Las etiquetas S y R
indican la orientacin de los grupos
unidos al carbono 2 y al carbono 4.
81

En la prctica, los bis-aminocidos se sintetizan con grupos protectores,

o enmascaradores, para evitar la formacin indiscriminada de enlaces entre ellos.
Mediante una serie de etapas (no ilustradas aqu), se unen dos monmeros
(por ejemplo pro4 y hin): se induce la formacin entre ellos de un anillo de
dicetopiperazina (verde). La rigidez de ste y los otros anillos resta flexibilidad
a la estructura y asegura la predictibilidad de la forma resultante.

pro4

Enmascaradores
eliminados

Amina
enmascarada

Enlace amida

Anillo de dicetopiperazina
Enlace amida

Acido
carboxlico

hin
Enmascarador liberado
Oxgeno eliminado

Los cuatro productos se mantienen

estables (en forma de polvo seco) tras
meses de almacenamiento a temperatura ambiente.
Sintetizamos esos bloques de
construccin monomricos con grupos protectores unidos a las aminas
(para evitar la formacin de enlaces
amida hasta el momento deseado) y
con uno de los cidos carboxlicos
en forma de ster (una versin modificada, menos reactiva). Para sintetizar un bis-pptido, ensamblamos
los bloques de construccin en la
secuencia de inters mediante enlaces
sencillos; los unimos luego mediante
un segundo enlace para aumentar la
rigidez. A travs de esas dos fases,
Levins obtuvo las primeras estructuras sencillas hechas de monmeros
de pro4.
Se acomete la primera fase con
la tcnica de sntesis en fase slida.
Para ello se utilizan bolitas de resina
polimrica que incorporan un grupo
amina. El cido carboxlico del primer bloque de construccin forma un
enlace amida con una de las aminas;
de ese modo, el bloque de construccin queda fijado sobre la bolita de
resina. Trabajar con un exceso de bloques de construccin asegura que to82

Carbono
Oxgeno
Nitrgeno
Hidrgeno
Enmascarador

das las aminas de la resina posean un

bloque de construccin unido a ella.
Un lavado rpido con un disolvente
arrastra los productos secundarios
y los bloques de construccin sobrantes. A continuacin, se elimina,
mediante un lavado con una base, el
grupo protector de una de las dos
aminas del nuevo bloque de construccin aadido (las dos aminas poseen grupos protectores distintos, de
manera que se produce la remocin
de slo uno de ellos). Se aade un
segundo bloque de construccin, que
se une al primero mediante su cido
carboxlico y la amina libre. Se elimina, entonces, la proteccin de una
de sus aminas, se aade un tercer
monmero, y as sucesivamente.
Este proceso de construccin avanza con lentitud. La adicin de un
monmero tarda alrededor de una
hora, pues debe esperarse a que casi
todas las aminas libres incorporen su
bloque de construccin. Para nuestra
fortuna, el trabajo se automatiza con
robots empleados para la sntesis de
pptidos; construyen en paralelo y
sin dificultad un nmero notable de
secuencias.
Cuando se termina una cadena, se
elimina, mediante un cido fuerte, la

bolita de resina polimrica; se quita

luego el grupo protector de la segunda
amina de cada bloque de construccin. Se acomete entonces la segunda
fase de la sntesis bis-peptdica: mediante la adicin de una disolucin
bsica se logra que la amina libre de
cada bloque ataque al ster del bloque
precedente para formar un segundo
enlace amida. Con dos enlaces amida
conectando cada par de bloques de
construccin adyacentes, la molcula gana rigidez y adopta una forma
predecible y bien definida.
Pronto descubrimos que los bispptidos eran solubles en agua y
otros disolventes orgnicos polares
(disolventes que se mezclan con el
agua). La hidrosolubilidad de los bispptidos facilita su estudio; asimismo, sugiere que podramos utilizarlos
para el desarrollo de nuevos medicamentos, pues stos deben disolverse
y dispersarse a travs del torrente
sanguneo.

Programacin de formas
Los bis-aminocidos que componen
nuestros bis-pptidos se unen de
modo similar a como lo hacen las
piezas del lego. En concreto, guardan
semejanza con los ladrillos cuyo relieve superior se adapta a los huecos
de su cara inferior. Mediante el apilamiento de varios ladrillos del mismo
tipo se obtiene una superficie curva;
la forma depende de qu aminocido
se escoja. A partir de slo dos tipos
de ladrillos se construyen 2N formas
distintas (N corresponde al nmero de
ladrillos en la pila). Un bis-pptido
de 10 bloques de longitud, hecho a
partir de nuestros cuatro bis-aminocidos tipo pro4, podra adoptar cualquiera de un milln (410) de formas.
Cuanto ms amplio sea el abanico
de bloques de construccin, mayor
ser nuestra capacidad de controlar la
forma final de la macromolcula. El
desafo se centra, pues, en el diseo
y sntesis de secuencias bis-aminoacdicas tiles.
La clave para el diseo de bis-pptidos con formas determinadas reside
en el conocimiento de la forma que
nuestros bis-aminocidos adoptan
cuando se unen entre s. Esta informacin que vendra a ser el tamao
de cada ladrillo y la curvatura de sus
relieves constituira la base para
nuestro lenguaje de programacin
de la materia. Una vez sintetizados
INVESTIGACIN Y CIENCIA, abril, 2007

MELISSA THOMAS

LA QUIMICA

MELISSA THOMAS

los primeros bis-pptidos, llevaramos a cabo mediciones para averiguar de qu manera se acomodan
sus piezas.
Realizamos experimentos de resonancia magntica nuclear para determinar qu tomos de hidrgeno
de un bis-pptido se encontraban
cerca de otros. Mediante otras tcnicas, medimos la orientacin de los
enlaces carbono-hidrgeno. Aprovechamos esa informacin estructural
para crear un programa de diseo
automtico de la construccin de
bis-pptidos: se llamara CANDO
(de Computer-Aided Nanostructure
Design and Optimization, diseo
y optimizacin automticos de nanoestructuras).
Gregory Bird, otro doctorando
de mi laboratorio, aplic CANDO
al proyecto de cilindros moleculares y estructuras curvas. Procedi
luego al ensamblaje de los mismos.
Para verificar que los productos de
la reaccin encajaban con el diseo
original, uni un marcador de espn
a ambos extremos de cada secuencia.
Las secuencias con bloques de construccin pro4(2S4S) y pro4(2R4R)
adoptaron formas de tipo C y S, tal
y como CANDO predijo.

Los bis-aminocidos pro4 equivaldran a los ladrillos del lego con bordes poco inclinados. Se usan para la
fabricacin de formas cilndricas y de
curvatura suave, que operaran a modo
de postes para el anclaje de grupos
qumicos en posiciones especficas.
Ocurre, sin embargo, que gran parte
de las funciones proteicas se deben a
la presencia de cavidades, que sirven
para enlazar la protena a determinada
diana o para alojar molculas y catalizar reacciones. La fabricacin de
bis-pptidos macizos con cavidades
requera la ampliacin de nuestro repertorio de bloques de construccin.
Stephen Habay, estudiante de nuestro grupo, dio el primer paso hacia
este objetivo mediante el desarrollo
de hin (abreviatura de hidroindol),
un bis-aminocido que crea en un
bis-pptido una curva cerrada.
Ao tras ao, la coleccin de monmeros contina creciendo. Las simulaciones de CANDO sugieren que,
con nuestro repertorio actual de 14
monmeros, nos basta para crear bispptidos compactos con cavidades.
Sin embargo, cuando desarrollamos
nuevos bloques de construccin y los
incorporamos en los bis-pptidos, tropezamos con una dificultad: la for-

macin del segundo enlace amida (el

que confiere rigidez a la estructura)
proceda con rapidez entre monmeros pro4, pero se tornaba lenta para
el resto de los nuevos bloques de
construccin. Aunque el aumento de
la temperatura aceleraba el proceso,
las formas resultantes se mezclaban
de forma aleatoria. El problema se
convirti en un duro impedimento
para la creacin de bis-pptidos de
mayor tamao y complejidad.
Sharad Gupta, otro miembro del
grupo, super parcialmente el escollo, mediante el desarrollo de un
nuevo mtodo para el cierre del segundo enlace amida. Cambi el ster de los monmeros por otro ster
ms expuesto al ataque de la amina.
Inspirado por un trabajo de los aos
setenta, utiliz cido actico como
catalizador, en vez de una base. La
combinacin de calor y medio cido aceler el cierre del anillo, sin
provocar la mezcla de bis-pptidos
que resultaba de la combinacin de
calor y medio bsico.
Nos llev seis meses ms encontrar
una buena combinacin de ster, grupo protector, disolvente y temperatura. (Volveremos sobre esta cuestin
en el futuro ya que la receta actual no

COMO SE OBTIENEN LOS BIS-PEPTIDOS

La sntesis de un bis-pptido empieza con el ensamblaje, en el orden correcto, de los bis-aminocidos seleccionados. A continuacin,
se rigidifica la estructura. De una bolita de resina polimrica con
un grupo amina protegido se elimina el grupo protector (amarillo);
el primer bis-aminocido se une a la bolita a travs de su cido
carboxlico libre (1). Se repite el proceso (2 y 3) con ms bis-ami-

Bolita
de resina

nocidos: se obtiene una cadena unida mediante enlaces sencillos.

Se eliminan la bolita de resina y los grupos protectores (verde) de
las aminas no enlazadas (4). Las aminas libres reaccionan con los
cidos carboxlicos protegidos vecinos; ello provoca la remocin de
los grupos enmascaradores y la formacin de un segundo enlace
entre cada par de monmeros adyacentes (5).

Enmascarador eliminado
Enmascaradores
eliminados

Enmascaradores
liberados

Amina
Nuevo
enlace

1
Enmascarador

Acido
carboxlico

Enmascarador

INVESTIGACIN Y CIENCIA, abril, 2007

Nuevo
enlace
Monmero
aadido

Segundo
enlace

83

Estos ejemplos
de bis-pptidos
sintetizados en
la Universidad de
Pittsburgh muestran
la variedad de
formas que se
obtienen segn los
monmeros que se
inserten: de cilindros
casi rectos a formas
en cuarto creciente.

funciona para secuencias ms largas

de cinco monmeros.) Por ahora, nos
proponemos desarrollar algunas aplicaciones con los bis-pptidos disponibles: los de cualquier longitud que
incluyen slo monmeros de pro4 y
las secuencias de hasta cinco monmeros que incluyen el resto.

Aplicaciones
Una de las primeras aplicaciones de
los bis-pptidos correspondera a una
macromolcula que se uniera fuertemente a la toxina del clera (Ctx).
Esta protena posee cinco cavidades
idnticas, cada una alojada en el vrtice de un pentgono. Mediante esas
cavidades, la Ctx se une al azcar
GM1, que encaja en ellas a la perfeccin. Las clulas epiteliales que
recubren el intestino delgado cuentan
con molculas de GM1 unidas a su
superficie; cuando Ctx se une a cinco
de estas molculas, se desencadena
una serie de acontecimientos que conduce a la enfermedad del clera. Las
molculas que se anclaran con fuerza
a las cavidades de Ctx evitaran que
sta se uniera a las clulas humanas
y detendran la enfermedad en sus
comienzos.
Otros investigadores han desarrollado azcares de tamao limitado
que se unen a estas cavidades. Sin
embargo, no tendran aplicacin farmacolgica: su unin a Ctx no es
fuerte, con lo que no pueden competir con las cinco interacciones
simultneas que la toxina establece
con GM1 en las clulas humanas.
Nos preguntamos si podramos sintetizar un bis-pptido que taponara dos
cavidades de Ctx al mismo tiempo.
84

Para ello, unimos un azcar pequeo a cada extremo de bis-pptidos

cilndricos que cubran la distancia
entre cavidades adyacentes en la protena Ctx. El experimento funcion:
los bis-pptidos con dos azcares se
unan a Ctx; lo hacan con mayor
fuerza que los azcares pequeos
individuales y, al menos, tan bien
como la diana natural GM1.
Sin embargo, no sabemos si cada
bis-pptido se une a dos cavidades
de una sola Ctx o a cavidades de
dos molculas de Ctx, creando as
una red de toxinas. Si el bis-pptido
opera mediante el entrecruzamiento
de protenas Ctx, su eficacia en la
lucha contra el clera sera limitada,
pues funcionara slo en los individuos que ya tuvieran una concentracin elevada de Ctx en su organismo
(probablemente una dosis letal). (Si
la concentracin de Ctx fuera demasiado baja, cada bis-pptido podra
unirse a una cavidad de una Ctx, pero
la probabilidad de encontrar otra Ctx
para crear el entrecruzamiento sera
muy pequea.) El entrecruzamiento
de protenas s resultara eficaz, en
cambio, en la superficie de los virus,
por lo que ahora estamos aplicando
esta hiptesis a la inhibicin de virus
(VIH y Ebola, entre otros).
Adems de aadir grupos a los extremos de un cilindro rgido, hemos
desarrollado accionadores moleculares; en stos hay dos cilindros unidos
por una suerte de bisagra. Un accionador es un dispositivo que responde
a una seal mediante la produccin
de movimiento. En condiciones normales, nuestros accionadores de tipo
cilindro-bisagra-cilindro se hallan

abiertos; para plegarse o cerrarse necesitan que los grupos situados en los
extremos de los cilindros se unan a
un metal o a una molcula de tamao
moderado. Laura Belasco, estudiante
del laboratorio, prepar una primera versin, acorde con la cual los
cilindros constan de cuatro bloques
de construccin y la bisagra es un
aminocido comn; la apertura y el
cierre se provocan con un metal.
Ese nanodispositivo se aplicara a
la construccin de vlvulas moleculares. Una vlvula constara de un
orificio nanoscpico rodeado de cilindros con bisagras unidos a su borde.
Extendidos, los cilindros bloquearan
el orificio; plegados, lo abriran. Las
vlvulas se utilizaran para la fabricacin de dispositivos que detectaran el
estado de un paciente y respondieran
con el suministro del medicamento
apropiado.
El control de la apertura y el cierre
se llevara a cabo electrnicamente.
Mediante grupos alojados al final
de los cilindros, que se uniran en
presencia de cierta carga elctrica.
Este sistema de control individual
permitira fabricar dispositivos de almacenamiento de memoria a partir de
un bosque de cilindros con bisagras.
Las puntas de los microscopios de
fuerza atmica barreran el bosque
para detectar qu cilindros se hallan
en posicin 1 y 0, de forma anloga
a la deteccin de huecos o no huecos mediante el dispositivo Milpis
de IBM [vase Nanounidades de
memoria, por Peter Vettiger y Gerd
Binning; INVESTIGACIN Y CIENCIA,
marzo de 2003]. Borrar un hueco,
tarea difcil para el Milpis, sera
tan sencillo como invertir el estado
del cilindro con bisagra.
Las cadenas laterales de los 20
aminocidos que utilizan los organismos para construir sus protenas estn
adornadas con una amplia variedad
de grupos qumicos. Las protenas
disponen dichos grupos en configuraciones cuya forma y dems propiedades sirven para catalizar reacciones,
enlazar entre s pequeas molculas
y ejecutar mltiples funciones.
En nuestro laboratorio estamos
desarrollando bloques de construccin que alojan un grupo qumico
adicional; con ellos fabricaremos bispptidos con grupos qumicos distribuidos en forma de escalera a lo
largo del esqueleto. Hemos logrado
INVESTIGACIN Y CIENCIA, abril, 2007

CHRISTIAN E. SCHAFMEISTER

FORMAS DE DISEO

NANOVALVULAS
En la figura se representan vlvulas de tres nanmetros de dimetro que se
abren mediante accionadores basados en un bis-pptido. Estos accionadores
(cuyo funcionamiento ya se ha comprobado) constan de dos cortos cilindros de
bis-pptido (verde), unidos por medio de un aminocido que opera a modo de
bisagra. A bajas concentraciones del ion metlico que desencadena el proceso
(amarillo), los accionadores se colocan sobre los bordes de pequeos orificios
grabados sobre una lmina de aluminio (gris); de este modo, bloquean el paso
de partculas o molculas de mayor tamao (naranja, arriba). A concentraciones
elevadas, los iones se fijan sobre los receptores (rojo); ello fuerza el plegamiento de los accionadores, que provoca la apertura del canal (abajo).

CANAL CERRADO
Partcula

Bisagra (aminocido)
Receptor

Ion metlico

3 nanmetros

MELISSA THOMAS

CANAL ABIERTO

ya el primer bloque de construccin

con un grupo lateral. Si conseguimos fabricar macromolculas con
una constelacin de grupos qumicos
que remede el centro activo enzimtico (la zona donde tiene lugar la
catlisis), habremos dado un paso
adelante en el camino de la creacin
de enzimas de diseo.
En los prximos veinte aos preveo
un auge en este campo de investigacin. Se multiplicarn los grupos dedicados al diseo de molculas basadas
en bis-pptidos y a la sntesis de enzimas artificiales y otros dispositivos
moleculares de inters. En la actualidad, la sntesis de algunos frmacos
anticancergenos (la halicondrina B
y la briostatina, por ejemplo) resulta
muy cara. Las esponjas y otros orINVESTIGACIN Y CIENCIA, abril, 2007

ganismos marinos que producen esos

compuestos no pueden suministrar las
cantidades que se necesitan para el
uso generalizado de los mismos. En
20 aos podramos desarrollar mtodos de sntesis de enzimas artificiales
para obtener estos y otros compuestos
de una forma respetuosa con el medio.
Imagnese lo que supondra agregar
a un barril de jarabe de maz rico en
fructosa una gota de enzima artificial
y cosechar das despus varios litros
de briostatina.
El desarrollo de enzimas artificiales que rompieran la celulosa en
azcares para destilar luego etanol o que aprovecharan la energa lumnica para combinar agua y
dixido de carbono y formar etanol
supondra importantes beneficios
para la sociedad. Asimismo, se disearan enzimas que sintetizaran
bloques de construccin basados en
bis-aminocidos y los uniran entre
s, haciendo mucho ms sencilla la
sntesis de bis-pptidos.
De la combinacin de la qumica
con la informtica hemos obtenido
macromolculas con forma programable. Puesto que la produccin de
bis-pptidos requiere slo unos das,
el diseo, el ensamblaje, el estudio
de sus propiedades y el modelado de
la generacin siguiente pueden resolverse en cuestin de semanas. Para
los aos venideros se nos plantea un
reto fascinante: a partir de una funcin determinada, disear la mejor
secuencia bis-peptdica que la lleve
a cabo.

El autor
Christian E. Schafmeister ensea qumica en la Universidad de Pittsburgh. Centra
su investigacin en la sntesis programable de molculas. Obtuvo el doctorado en
biofsica en la Universidad de California en San Francisco. Durante su estancia
posdoctoral en la Universidad de Harvard, desarroll un mtodo para la sntesis de
pptidos resistentes a las proteasas y, por tanto, con aplicaciones farmacolgicas.

Bibliografa complementaria
CONSTRUCTING A MOLECULAR LEGO SET. John P. Mathias y J. Fraser Stoddart en Chemical
Society Reviews, vol. 21, n.o 4, pgs. 215-225; 1992.
FOLDAMERS: A MANIFESTO. S. H. Gellman en Accounts of Chemical Research, vol. 31,
n.o 4, pgs. 173-180, abril de 1998.
A FIELD GUIDE TO FOLDAMERS. D. J. Hill, M. J. Mio, R. B. Prince, T. S. Hughes
y J. S. Moore en Chemical Reviews, vol. 101, n.o 12, pgs. 3893-4011; diciembre
de 2001.
FLEXIBILITY AND LENGTHS OF BIS-PEPTIDE NANOSTRUCTURES BY ELECTRON SPIN RESONANCE.
S. Pornsuwan, G. Bird, C. E. Schafmeister y S. Saxena en Journal of the American
Chemical Society, vol. 128, n.o 12, pgs. 3876-3877; 29 de marzo de 2006.

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