COMPRESIN Y CUESTIONES SOBRE EL LIBRO RECOPILACIN

BIOINFORMTICA

Realizado por:
Jorge Leonardo Zapata Castao
Estudiante de Ingeniera en sistemas
Universidad del Valle Sede Tulu

La Biologa es la ciencia que estudia la vida, el ser humano y los distintos tipos de reinos de la
naturaleza, gracias a ella podemos comprender diversos procesos qumicos, biolgicos, que ocurren
dentro de un organismo, procesos importantes como por ejemplo el funcionamiento de la digestin;
La biologa explica procesos que realizamos a diario, como el respirar, caminar, cosas que ocurren
de manera tan natural e intuitiva, pero que realmente son ms complejos. Por ejemplo cuando
tenemos un antojo en especfico de consumir un producto, es realmente una necesidad que nos est
pidiendo el cuerpo, ya que necesita algn componente que contiene eso que queremos, y es nuestro
propio cerebro quien nos lo pide disfrazado de ese antojo.
La biologa es una rama muy grande, contiene especializaciones como la gentica, microbiologa,
biologa celular, entre otras. Pero el ser humano es limitado, es decir, aunque posee capacidad de
aprendizaje, anlisis, interpretacin, memorizacin, hay procesos biolgicos que involucran cadenas
de millones de genomas, estudiarlas y analizarlas todas, es algo que toma mucho tiempo y que lo
haga una persona/un grupo de personas realmente es mucho trabajo. De sta necesidad de procesar
y analizar los datos de millones de protenas, aminocidos, genes, y para buscar respuestas a
preguntas muy complejas, nace la Bioinformtica.
La BioInformtica es la combinacin de biologa, tecnologa y computacin; consiste en la
utilizacin de herramientas informticas, como la bases de datos, donde se almacena informacin
biolgica, tales como secuencias de nucletidos, aminocidos, y genomas, para despus realizar la
BioComputacin, que es el proceso de interpretar, analizados y procesar, la informacin biolgica
almacenada mediante algoritmos y frmulas matemticas. Todo este proceso que se realiza en la
BioInformtica es con el fin de mejorar la condicin y calidad de vida del ser humano, ya que estos
estudios permiten avances en la deteccin y tratamiento de enfermedades, y facilitan el surgimiento
y el desarrollo de las nuevas ideas biolgicas. Adems que aplicada en la biodiversidad, permite
llevar un control y descubrir ms variedades
Qu tipo de conocimientos bases se necesita para comprender realmente a la BioInformtica?.
La BioInformtica al ser una combinacin de tecnologa, computacin y biologa, puede llegar a ser
bastante compleja, ya que se necesitan conocimientos en qumica, fsica, y gentica por parte de la
biologa, adems de matemticas, y algoritmia por parte de la computacin. Aunque en el libro se
centran en la base de biologa, qumica, y gentica.

BASES QUMICAS

La qumica es la ciencia que estudia las diferentes formas y estructuras de la materia, sus
propiedades, los procesos de transformacin de la misma, las leyes que rigen esos cambios y los
usos a que se pueden destinar los distintos materiales.
La materia se compone de tomos, un tomo es la divisin ms pequea que pude tener un
elemento, la cual no se puede dividir por procesos qumicos, y mantiene sus propiedades qumicas.
Son la estructura que define a los elementos, y los tomos de un mismo elemento son todos iguales
entre s en masa, tamao y en el resto de las propiedades fsicas o qumicas. Mientras que los
tomos de elementos diferentes tienen distinta masa y propiedades. Los tomos se combinan entre
s para formar un compuesto qumico, por ejemplo el agua est formado por dos tomos de
hidrgeno y uno de oxgeno.
Los tomos estn formados por partculas ms pequeas, denominadas partculas subatmicas, stas
son 3: protones, neutrones, y electrones. Los protones y los neutrones se encuentran situados en el
centro del tomo, formando el ncleo del tomo, tambin denominados nucleones; y los electrones
se encuentran en la zona externa, tambin denominada corteza, y all giran alrededor del ncleo,
como si fueran planetas orbitando alrededor del sol. (figura 1)

Fig. 1

Los protones estn cargados con partculas positivas, el nmero de protones que existen en un
tomo definen el elemento que es, Por ejemplo, los tomos de carbono tienen seis protones, los
tomos de hidrgeno tienen uno, mientras que los tomos de oxgeno cuentan con ocho. El nmero
de protones que hay en un tomo se conoce como el nmero atmico de un elemento, se representa
con la letra Z, y se escribe como subndice a la izquierda del smbolo del elemento, Ejemplos: 1H,
8O, 26Fe.
Los neutrones son partculas sin carga, su masa es mayor a la de un protn. El nmero msico: Es
la suma del nmero de protones y del nmero de neutrones de un tomo. Se representa con la letra
A y se escribe como superndice a la izquierda del smbolo del elemento. De esta manera se pueden
identificar el nmero y tipo de partculas de un tomo: 2512Mg+2 -----> Este tomo tiene Z = 12 y A
= 25. Por tanto, tiene 12 protones, 25 - 12 = 13 neutrones y, al ser positivo, tendr 2 electrones
menos de los que tendra neutro: 12 - 2 = 10 electrones.
Los electrones tienen una carga negativa y se encuentran atrados de forma elctrica hacia los
protones que estn cargados positivamente.
Ahora que sabemos cules son las partes del tomo, y que estas se pueden combinar entre s para
formar una molcula, pero por qu se unen los tomos? Pues bien, bsicamente, los cuales se
combinan para formar un sistema estable, es decir, son ms estables combinados, que cuando se
encuentran libres, esta combinacin se denomina enlaces qumicos. Estos enlaces pueden ser
enlaces covalentes, enlaces inicos, y enlaces metlicos. (Se puede expandir ms en este tema, pero
por ahora me centrar mejor en seguir la estructura del libro). Continuemos
Los tomos son elctricamente neutros ya que los electrones con carga negativa son iguales en
nmero a los protones de carga positiva en los ncleos. El nmero de protones de un tomo
permanece igual durante los cambios qumicos comunes (llamados reacciones qumicas), pero se
pueden perder o ganar electrones. En qumica, se define al ion o in como un tomo que perdi su
neutralidad elctrica por que ha ganado o perdido electrones de su dotacin, originalmente neutra,
fenmeno que se conoce como ionizacin.
La prdida de uno o ms electrones a partir de un tomo neutro forma un catin,(tambin
denominado in positivo), es un ion con carga neta positiva, es decir ocurre cuando un tomo neutro
cede uno o ms electrones. Por ejemplo, un tomo de sodio (Na) fcilmente puede perder un
electrn para formar el catin sodio, que se representa como (Na+). Por otra parte, un anin
(tambin denominada in negativo) es un ion cuya carga neta es negativa debido a un incremento en
el nmero de electrones. Por ejemplo, un tomo de cloro (Cl) puede ganar un electrn para formar
el ion cloruro (Cl-).
Dos tomos que poseen el mismo nmero de protones, pero distinto nmero de neutrones se
denomina istopo, provocando que tengan distinto nmero msico, como consecuencia de esta
desproporcin en el ncleo, provoca ms radiacin de elemento, que conllevan a distintos efectos.
Aunque hay istopos estables, como por ejemplo sera los istopos de hidrgeno, donde el deuterio
est formado por un protn y un neutrn, mientras que un tripcio est formado por un protn y dos
neutrones.

La qumica de los seres vivos es estudiada en la BioQumica, encargada de de el estudio de las

sustancias que se encuentran presentes en los organismos vivos y de las reacciones qumicas
fundamentales para los procesos vitales, estudiando as la estructura, organizacin y las funciones
de la materia viva. Los seres vivos estn constituidas en un 98% por elementos tales como C, H, O,
N, P y S, (el 2 % restante est representado por elementos como el Fe, Ca , Na, K, Cu, Mg, I, Cl).
La combinacin de estos seis elementos puede dar lugar a la formacin de millones de molculas
distintas. Aquellos compuestos en cuya composicin interviene el carbono se los denomina
compuestos orgnicos; dentro de este grupo podemos mencionar a los carbohidratos o glcidos,
protenas, lpidos, nucletidos y cidos nucleicos (no son los nicos compuestos orgnicos que
existen, pero s son la mayora). Estos representan aproximadamente el 30% de la composicin
qumica de los seres vivos. El 70% lo constituye el agua. Tambin encontramos algunos iones tales
como el Na, Fe, Ca, K, etc. en proporciones muy pequeas.
Las Protenas son los elementos de primera categora o de primer orden, es decir, constituyen el
17% del peso corporal, y aproximadamente el 50% de las materias orgnicas corporales, unas de sus
funciones son participan tanto en las funciones estticas como en las dinmicas del organismo, y
catalizar la mayora de reacciones qumicas, las cuales comprenden tanto los procesos de sntesis
como los de degradacin de las molculas orgnicas.
Los Lpidos significa la grasa, son insolubles en agua, aunque solubles en disolventes orgnicos
como el cloroformo; estn compuestos de carbono e hidrgeno, sus principales funciones son ser
una fuente de reserva energtica, ya que su contenido calrico es muy alto (10 Kcal
/gramo),
representando una buena fuente de almacenamiento de energa. Acta como Aislante trmico, ya
que los lpidos forman parte del tejido adiposo que tambin se denomina grasa parda, y stos
generan calor corporal.
Los Carbohidratos o Glcidos Aunque slo constituyen el 1% del peso corporal total, los
carbohidratos desempean un papel central en los procesos qumicos del cuerpo. Es la degradacin
qumica de las molculas de los carbohidratos en bixido de carbono y agua. Suministran la energa
qumica que utilizan las clulas, y aunque los carbohidratos no constituyen la nica fuente de
energa, ellos permanecen como la fuente ms inmediatamente disponible de energa qumica, y
muchas clulas los utilizan prefirindolos a otros tipos de molculas. Algunos tejidos, como los del
cerebro, cuentan con los carbohidratos como nica fuente de energa.
Los cidos nucleicos son las molculas ms desarrolladas del cuerpo, son los que determinan si un
individuo puede ser animal o humano, ya que contiene la informacin gentica que suministra los
para la construccin de un organismo. Los cidos nucleicos son de dos tipos: cido desoxirribonucleico (ADN) y cido ribonucleico (ARN). La molcula del ADN posee la informacin gentica
primaria codificada dentro de su estructura molecular; las molculas del ARN funcionan
principalmente en la trascripcin de la informacin contenida en la molcula del ADN en una forma
que pueda ser utilizada por la clula para construir estructuras especficas que desempeen
funciones igualmente especificas.

BASES BIOLGICAS

La biologa es la ciencia que estudia los seres vivos, como se haba mencionado anteriormente, sin
embargo, qu es un ser vivo? Si bien desde primario nos han enseado que un ser vivo es aquel
que nace, crece, se reproduce y muere, ahora podemos darle una definicin un poco ms apropiada.
Un ser vivo es una unidad organizada compleja que realiza las funciones bsicas de la vida. Cuando
me refiero a que es compleja, es porque es una estructura formada por molculas orgnicas como lo
son el ADN, ARN, protenas, etc. y por molculas inorgnicas como minerales, agua, etc. Un ser
vivo puede ser tan pequeo como la clula (unidad mnima de vida) o tan grande como una ballena
azul. Por lo tanto los seres vivos presentan distintos niveles de organizacin y complejidad, pues no
tiene la misma estructura organismos microscpicos que solo poseen una sola clula, tambin
denominados unicelulares, que la estructura de los rganos los cuales son una agrupacin de tejidos
que forman una unidad estructural, la cual se encarga de realizar una funcin, un rgano puede
realizar ms de una funcin, por ejemplo un pulmn que es necesario tanto para la respiracin como
para la circulacin.
Otra caracterstica de los seres vivos es que perciben y responden a estmulos de sus ambientes
internos y externos; por ejemplo un animal acta bajo los sentidos, responden a la luz, el sonido, al
dolor, mientras que una planta responde a la temperatura en la que se encuentre, la ubicacin de la
luz (las races buscan el agua que se encuentra bajo la tierra, mientras que el tallo y las hojas buscan
la luz solar, cosa que podemos comprobar con las plantas torcidas de nuestras abuelas). Los seres
vivos se metabolizan, es decir adquieren energa y materiales necesarios para vivir, de su ambiente.
Hay seres auttrofos, que son los capaces de realizar sus propios nutrientes como lo son los
pertenecientes al reino vegetal, pues slo necesitan de la fotosntesis y agua para mantenerse con
vida, y producir sus propios nutrientes; y hay seres hetertrofos que no son capaces de fabricar sus
nutrientes, si no que los obtienen a travs de los otros seres vivos, como lo son los animales, los
seres humanos, ya sean carnvoros, herbvoros o omnvoros.
Los seres vivos crecen, lo podemos comprobar con los animales y plantas, pero una clula? pues
una clula tambin crece hasta casi el doble de su tamao original antes de dividirse.
Los seres vivos se reproducen, volviendo a las clulas, stas pueden hacerlo por mitosis o por
meiosis, seres ms complejos como los humanos, lo realizan mediante la reproduccin sexual
Los seres vivos tienen un determinado tiempo de funcin, todos sin excepcin mueren, sin embargo
y aunque no parezca que durante su vida haya cambiado su estructura gentica, observando como
un todo por ejemplo a los seres humanos, hemos visto como han evolucionado desde hace millones
de aos, otro ejemplo seran los Cclido: vive en Nicaragua. En apenas cien aos, una especie de
cclido se ha dividido en dos, una con labios delgados y otra con labios gruesos, para poder
alimentarse en rocas punzantes sin lesionarse. Figura 2

Fig.2
La biologa tiene las siguientes caractersticas:

Universalidad: Todo ser vivo est compuesto por clulas, todos los organismos
poseen caracteres hereditarios mediante el material gentico, el cido nucleico
(ADN), que emplea un cdigo gentico universal. Y las reacciones qumicas
bsicas, como el metabolismo, son las mismas en todos los seres vivos.
Evolucin: Es una de los temas centrales de la biologa, donde se establece la
teora de que todos los seres vivos tenemos un antepasado comn, teora respaldada
por el hecho de la similitud tan grande entre los organismos biolgicos, explicados
en el anterior punto. Al estudio de la historia evolutiva se le denomina Filogenia.
Diversidad: Porqu si somos tan parecidos molecularmente, existen tantas especies
de seres vivos? Esto es posible gracias a la diversidad biolgica (biodiversidad),
que se trata de la variedad de las formas, niveles y combinaciones de vida, en los
diferentes ecosistemas que existen en la biosfera. Los organismos que han habitado
la Tierra desde la aparicin de la vida hasta la actualidad han sido muy variados.
Los seres vivos han ido evolucionando continuamente, formndose nuevas especies
a la vez que otras iban extinguindose. La biodiversidad es posible, gracias a la
diversidad de ecosistemas, la diversidad de especies, y la diversidad gentica.
Todos los seres vivos se dividen en categoras y subcategoras formalizados en la
taxonoma
Continuidad: se refiere a que los seres vivos se conservan o continan a travs de
los tiempos, produciendo nuevos individuos a los que les transmiten sus
caractersticas; por tanto, esto es posible gracias a la reproduccin del individuo, se
agrupan en dos tipos de reproduccin, la sexual y la asexual.
Dentro de la reproduccin asexual encontramos la fisin, la gemacin, la
fragmentacin, y la esporulacin.
La fisin binaria: En este tipo de reproduccin, la clula crece en tamao, duplica
su ADN y luego se divide en dos clulas hijas idnticas entre ellas e idnticas a la
progenitora.

La fisin mltiple: el ncleo se divide repetidamente antes de la divisin del

citoplasma, produciendo muchas clulas hijas simultneamente. Esta forma de
reproduccin es comn entre algunos parsitos protozoos.
La gemacin: Se puede dar en organismos unicelulares y pluricelulares. A nivel
unicelular, es un proceso de mitosis asimtrica. Se forma un abultamiento, que se
denomina yema, en cierta porcin de la membrana plasmtica. El ncleo de la
clula progenitora se divide y uno de los ncleos hijos pasa a la yema. Ocurre en
organismos unicelulares como las levaduras (hongos). A nivel pluricelular, una
versin en miniatura del organismo (una yema) crece por divisin celular mittica,
directamente sobre el cuerpo del adulto, nutrindose de su progenitor. Cuando crece
lo suficiente, la yema se desprende y se hace independiente. La yema es
genticamente idntica al progenitor. Este tipo de reproduccin es tpico de
animales marinos como las esponjas y cnidarios, como la hidra, y algunas
anmonas.
La fragmentacin: En una fragmentacin o tambin llamada regeneracin
reproductiva, el individuo se rompe en dos o ms partes y cada fragmento es capaz
de convertirse en un individuo completo. Este tipo de reproduccin es propia de los
equinodermos (estrellas de mar).
La esporulacin: Una espora es una clula reproductora que, a diferencia de un
gameto, puede producir un organismo haploide (clula que posee la mitad de los
cromosomas, ej: espermatozoides, vulos) sin haberse fusionado previamente con
otra clula. El mecanismo de reproduccin mediante esporas es comn en hongos,
en plantas, y algas. Las esporas, en general, son estructuras resistentes. Constan de
una sola clula protegida por una gruesa envoltura que les permite resistir
condiciones ambientales desfavorables. Cuando las condiciones se vuelven
favorables, la envoltura se desgarra y la clula contenida su interior empieza a
germinar para dar lugar al nuevo organismo.
Partenognesis: Este tipo de reproduccin consiste en el desarrollo de un
organismo a partir de un gameto o clula sexual no fecundada. Los organismos
generados son genticamente idnticos y son haploides. Es un mtodo comn de
reproduccin en artrpodos, aunque tambin puede ocurrir en algunas especies de
peces, anfibios y reptiles.

Por otra parte est la reproduccin sexual, donde se requieren de dos progenitores
y cada uno ellos contribuyen con sus clulas sexuales, los gametos. La unin de
ambos gametos, durante la fecundacin, da origen a un nuevo individuo,

llamado cigoto. Las clulas que participan en la fecundacin, producidas por

meiosis, tienen un nmero haploide de cromosomas (n), y mediante la fecundacin
se restablece el nmero diploide (2n). La reproduccin sexual permite redistribuir
los genes entre los individuos para generar descendientes genticamente nicos,
diferentes entre s y de los progenitores.
Ya conociendo lo que es la biologa y sus caractersticas, procederemos a estudiar sus niveles de
organizacin, los cuales son:
1. Nivel molecular: Es el estudio de los procesos biolgicos, estructura, y funciones de los
seres vivos, desde las unidades ms pequeas que forman una clula, las molculas. Busca
el entendimiento de las interacciones de los diferentes sistemas de la clula, el cido
nucleico, cidos grasos, aminocidos, e hidratos de carbono, y las relaciones que surgen de
estas iteraciones como las del ADN con el ARN, el metabolismo, la sntesis de protenas, y
cmo todas estas interacciones son reguladas para que las clulas funciones correctamente.
2. Nivel celular: Los seres vivos unicelulares, las clulas, su anatoma, su fisiologa, ciclo
vital, interacciones con el medio, y su reproduccin. Se distinguen tres grandes grupos:
Eubacteria, Archaea y Eukarya. Los dos primeros son organismos procariotas, carentes de
membrana nucelar, mientras que en el tercero se encuadran los organismos eucariotas. Ms
adelante profundizaremos ms sobre las clulas.
3. Nivel Histolgico: Corresponde a los tejidos que se forman al asociarse clulas que
cumplen una misma funcin; Ms profundizacin sobre tejidos en la pgina x .
4. Nivel orgnico: Conjunto de tejidos que se agrupan para formar una estructura y realizar
una funcin concreta, como por ejemplo el cerebro, el corazn, los riones, etc.
5. Nivel sistemtico: Esta conformado por el grupo de rganos que cumplen una
funcin
especfica
para
la
vida
del
individuo.
Algunos
son:
-Sistema Endocrino: Liberan un tipo de sustancias llamado hormonas.
-Sistema Nervioso: Estn relacionados con la recepcin de los estmulos, la transmisin de
los impulsos nerviosos o la activacin de los mecanismos de los msculos.
6. Nivel individual: El individuo es el ser nico en la particularidad de su existir. En
sociologa, es la persona considerada de forma aislada en relacin con la sociedad.
Los individuos constan de distintas partes, se hallan en relacin con el entorno y entre s y
se distinguen de los otros por tener cada uno su propio tiempo, espacio, origen y destino.
Como ser nico, el individuo contrasta con la pluralidad de seres nicos.
7. Nivel de poblacin: Se basa en el estudio de poblaciones animales y vegetales, de cmo
una especie en un determinado ecosistema, se reproduce.
Mucho se ha mencionado a la clula, la hemos definido como la mnima unidad de vida, es la
unidad anatmica y funcional de todo ser vivo que tiene la funcin de auto conservacin y auto
reproduccin, sabemos que si un ser vivo est constituido por una sola clula se denomina
unicelular, si est formado por ms de uno, se denomina pluricelular; hay dos tipos de clulas, las
procariotas y las eucariotas, ya las hemos mencionado anteriormente, ahora profundizaremos un
poco ms.
Las clulas procariotas: son las ms simples y pequeas, de hecho son todas unicelulares, no
poseen un ncleo celular delimitado por una membrana que lo asla, como sucede en las eucariotas;

si tienen pared celular que acta como una capa adicional de proteccin, ayuda a mantener la forma
de la clula, y previene la deshidratacin, no podemos confundir con la pared o membrana nuclear.
Muchas tienen tambin una cpsula. En este grupo se incluyen las cianobacterias (algas azulverdosas) y las bacterias. A las procariotas tambin se les llama bacterias, ya que todas las bacterias
son procariotas.

Tienen Membrana Celular que contribuyen a mantener el equilibrio entre el interior (medio
intracelular) y el exterior (medio extracelular) de las clulas.
Algunas procariotas tienen flagelos para moverse y se reproducen por biparticin.
El citoplasma en clulas procariotas es un gel lquido, sustancia en la que todos los otros
componentes celulares se suspenden.
Algunas tienen pili (singular pilus, que en latn significa pelo) que utilizan para el intercambio de
material
gentico.
Todas las clulas procariotas contienen grandes cantidades de material gentico en forma de
ADN y ARN. Dado que las clulas procariotas, por definicin, no tienen un ncleo, la nica gran
cadena circular de ADN que contiene la mayor parte de los genes necesarios para el crecimiento
celular, la supervivencia y la reproduccin se encuentra disperso en el citoplasma.
Los bilogos estiman que cada ser humano lleva casi 20 veces ms clulas bacterianas, o
procariotas, en su cuerpo que clulas humanas, o eucariotas. No te preocupes, puedes estar seguro
de que la mayora de estas bacterias estn tratando de ayudar a tu organismo y no son perjudiciales.
Un ejemplo es la Bacteria lactobacillus productora de cido lctico, se emplea en la industria lctea

en la elaboracin de alimentos prebiticos (aquellos que contienen microorganismos vivos que

pueden beneficiar la salud del organismo husped). Se cree que mejora la digestin y la tolerancia a
la leche, pero nuestro cuerpo ya tiene estas bacterias y tienen un papel fundamental en el cuerpo
humano de tal forma que actan en la regeneracin de la flora intestinal y por lo tanto mejoran la
digestin.
Pero hay otras bacterias que si invaden nuestro cuerpo puede causarnos enfermedades como el
Botulismo, enfermedad causada por la bacteria Clostridium botulinum, el clera por la Vibrio
cholerae o la meningitis causada por la Neisseria meningitis.