358010A - 291 Modulo Microbiologia Ambiental UNAD

UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA UNAD
Escuela de Ciencias Agrcolas, Pecuaria y del Medio Ambiente

Microbiologa Ambiental 358010A_291
UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA

ESCUELA DE CIENCIAS AGRCOLAS, PECUARIA Y DEL AMBIENTE
MICROBIOLOGA AMBIENTAL
358010A_291
Autor
CARMEN JULIA PADILLA PEDROZA, MICROBIOL. M.SC
VALLEDUPAR
2011

NDICE
Pagina
UNIDAD 1. PRINCIPIOS DE MICROBIOLOGA Y
METABOLISMO MICROBIANO
Captulo 1. Mundo microbiano
Leccin 1. Etapas histricas de la microbiologa
Leccin 2. Microbiologa
Leccin 3. Microorganismos como clulas
Leccin 4. Importancia de los microorganismos para el hombre
Leccin 5. Los microorganismos y sus ambientes naturales
Captulo 2. Perspectiva general de la vida microbiana
Leccin 6. Estructura celular en procariotas
Leccin 7. Estructura celular en eucariotas
Leccin 8. Estructura vrica
Leccin 9. Morfologa de bacterias
Leccin 10. Microscopa ptica y electrnica
Captulo 3. Metabolismo microbiano
Leccin 11. Reacciones metablicas y conservacin de la energa
Leccin 12. Gluclisis
Leccin 13. Ciclo del cido ctrico
Leccin 14. Fotosntesis en microorganismos
Leccin 15.Alternativas catablicas
UNIDAD 2. DIVERSIDAD MICROBIANA
Captulo 4. Crecimiento microbiano
Leccin 16. Crecimiento celular y fisin binaria
Leccin 17. Curva de crecimiento
Leccin 18. Medidas directas del crecimiento microbiano
Leccin 19. Factores fsicos en el crecimiento microbiano
Leccin 20. Oxgeno y el crecimiento microbiano
Captulo 5. Eucariota y procariota
Leccin 21. Archea
Leccin 22. Hongos
Leccin 23. Hongos mucosos
Leccin 24. Protozoos
Leccin 25. Algas
Captulo 6. Sistema de vida anaerobio
Leccin 26. Respiracin anaerobia
Leccin 27.Reduccin del nitrato y proceso de desnitrificacin
Leccin 28. Reduccin de sulfatos
Leccin 29. Metanognesis
Leccin 30. Acetanognesis
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UNIDAD 3. ECOLOGA Y MICROBIOLOGA

Captulo 7. Mtodos para estudiar microorganismos
Leccin 31. Anlisis de las comunidades microbianas basado en
tcnicas de cultivo
Leccin 32. Aislamiento de cultivo axnico
Leccin 33. Anlisis molecular de las comunidades microbianas
Leccin 34. Tcnicas moleculares usadas en la microbiologa y
biotecnologa
Leccin 35. Medicin de la actividad microbiana en la naturaleza
Captulo 8. Relaciones microbianas, comunicacin celular y
ciclo de nutrientes
Leccin 36. Ecosistemas microbianos
Leccin 37. Comunicacin celular
Leccin 38. Ciclo del carbono y del oxgeno
Leccin 39. Ciclo del nitrgeno
Leccin 40. Ciclo del azufre
Captulo 9. Aplicaciones de la microbiologa ambiental
Leccin 41. Tratamiento de residuos slidos
Leccin 42. Tratamiento de agua potable
Leccin 43. Biorremediacin
Leccin 44. Biodegradabilidad y efectos ecolgicos
Leccin 45. Biorremediacin de petrleo y otros contaminantes
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UNIDAD 1. PRINCIPIOS DE MICROBIOLOGA Y METABOLISMO MICROBIANO
Captulo 1. Mundo microbiano

Leccin 1. Etapas histricas de la microbiologa
Durante muchos siglos el hombre desconoci la existencia de microorganismos, su
ecologa e interacciones con otros seres vivos y mucho menos su relacin con las
enfermedades, la mayora de ellas asociadas a castigos divinos individuales o colectivos
por causa de pecados, crmenes y delitos. La historia de la microbiologa inici en 1665
cuando Robert Hooke descubri con la ayuda de un microscopio rudimentario la
existencia de pequeas celdas en una rodaja de corcho celdillas y la presencia de
cuerpos fructferos de mohos en un objeto de cuero. Aunque es posible que el primero
en observar bacterias haya sido el reservado comerciante telas y cientfico aficionado, el
holands Anton Van Leeuwenhoek quien con microscopios fabricados por l pudo
observar pequeos organismos animlculos, obtenidos de heces y raspado de dientes,
espermatozoides y microorganismos que hoy conocemos como algas y protozoos; todas
sus anotaciones y descubrimientos fueron escritas y enviadas a la Royal Society de
Londres la cual tambin recibi varios microscopios fabricados por este cientfico
aficionado.
La teora de la generacin espontnea era la ms aceptada por la mayora de los
cientficos de la poca, muchos crean que sapos podan nacer del suelo hmedo y
gusanos de materia en descomposicin. Pero otros, como los italianos Francesco Redi
(1668) y Lazzaro Spallanzani (1765) respectivamente, afirmaban que los gusanos
aparecan porque eran depositados por moscas y que los caldos nutritivos se
contaminaban por accin de microorganismos presentes en el aire. Slo hasta 1861 el
cientfico francs Louis Pasteur desaprob la generacin espontnea y demostr a travs
de una serie de experimentos empleando matraces que contenan caldo de carne a los
que les dobl el cuello en forma de S y posteriormente hirvi, prob que al transcurrir del
tiempo en la solucin fra y estril no aparecan microorganismos, mientras que el matraz
sin cuello doblado estaba lleno de microorganismos. Con esto demostr que a pesar de
tener contacto con el aire el matraz del cuello doblado los microorganismos quedaban
atrapados en ste y por lo tanto los microorganismos estn presentes en el aire pero que
el aire per se no creaba los microbios. Pasteur tuvo otros descubrimientos como la
fermentacin de levaduras, modo en que actan las vacunas, la pasteurizacin, proceso
muy empleado actualmente para la esterilizacin o disminucin de carga microbiana en
muchos tipos de alimentos y la relacin de microorganismos en la causa de
enfermedades(Tortora, Funke y Case, 2007).
Aunque en 1796 el fsico ingls Edward Jenner desarroll la primera vacuna contra la
viruela y el mdico ingls Joseph Lister en 1860 practic tcnicas aspticas en cirugas
para contrarrestar las enfermedades causadas por los microorganismos, slo hasta 1876
el fsico alemn Robert Koch demostr pasos experimentales que relacionaban
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enfermedades con microorganismos especficos, conocidos como postulados de Koch

(Tortora et al. 2007). Desde los aos de observaciones de Hooke y descubrimientos al
azar como el de los antibiticos por el escocs Alexander Fleming en 1928, la
microbiologa sigue teniendo vertiginosos avances para contrarrestar no slo
enfermedades en el hombre si no tambin patgenos en plantas y animales; adems de
aprovechar todos aquellos microorganismos benficos los cuales superan nmero en la
poblacin microbiana.
NOTA:
Favor ver los videos sobre historia de la microbiologa en los siguientes enlaces:
http://www.youtube.com/watch?v=vPGcszfMZjM&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=GBIw1qAOBjA&feature=related
Leccin 2. Microbiologa
Es la ciencia que trata el estudio de los microorganismos. La palabra microbiologa deriva
de las voces griegas mikros, pequeo; bios, vida y logos, estudio, es decir
etimolgicamente estudia organismos demasiado pequeos para ser observados a
simple vista. Tambin llamados microbios. El objeto de estudio de la microbiologa incluye
bacterias, hongos, protozoos y virus, estos ltimos a pesar de no ser entidades celulares
definidas pueden afectar a su husped (Llop, Valds-Dapena y Zuazo, 2001; Tortora et
al. 2007).
La microbiologa ambiental es una su disciplina que estudia la funcin, diversidad de los
microorganismos y su papel en la realizacin de procesos tanto en sistemas naturales
como artificiales. Esta rea de la microbiologa es especialmente interdisciplinaria
(Madsen, 2008).
Todos los seres vivos tienen caractersticas estructurales en comn que permite a los
taxnomos agruparlos y clasificarlos para poder asignarles un nombre cientfico. La
sistemtica o filogenia estudia la clasificacin de las especies considerando su historia
evolutiva.
La mayor categora taxonmica que divide a los organismos vivos es el Dominio,
propuesta por el cientfico estadounidense Carl Woese, existen tres dominios: Eukarya,
Bacteria y Archaea. En Eukarya se encuentran los hongos, plantas, animales y protistas.
En Bacteria, las procariotas patgenas y no patgenas presentes en aire, suelo y
agua, las procariotas fotoauttrofos. Y por ltimo en el dominio Arquea se agrupan todas
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las clulas procariotas que no tienen peptidoglicano en su pared celular, las cuales en su
mayora viven en ambientes extremos o tienen actividades metablicas poco comunes
(Tortora et al. 2007).
La unidad fundamental de la clasificacin es la especie, son el grupo ms estrechamente
relacionado que tiene la capacidad de reproducirse entre si. Las especie pueden
agruparse y formar gneros, los gneros relacionados forman una familia y las familias
similares un orden y el grupo de rdenes constituyen una clase y las clases relacionadas
forman un filo y stos un reino y los reinos relacionados se agrupan en dominios (Tortora
et al. 2007).
Los virus no estn considerados como seres vivos por lo tanto no se ubican en ninguno
de los dominios descritos anteriormente.
NOTA:
Leer la seccin 1.1 Microbiologa en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J.
(2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice
Hall.
Para descargar este libro usar este enlace:
http://www.4shared.com/get/YS071GWm/Biologa_de_los_Microorganismos.html
Dar click en descargar ahora. Esperar el tiempo estipulado en el cronmetro y
dar click en descargar archivo ahora, as obtendr el libro en formato pdf. Debe
guardarlo, se usar con frecuencia en el desarrollo del mdulo. Sera ideal revisar
la tabla del contenido del libro para reforzar todas las lecciones.
Leccin 3. Microorganismos como clulas

La clula es la unidad estructural y funcional de todos los seres vivos. Existen
microorganismos unicelulares, es decir, aquellos que constan de una sola clula como
es el caso de las bacterias, levaduras, protozoos y muchas algas; y los multicelulares, que
estn constituidos por muchas clulas como la mayora de los hongos. Las clulas como
entidades estructurales poseen una membrana celular o plasmtica que las separa del
entorno, algunas tambin tienen pared celular, la cual siempre est al exterior de la
membrana celular, un citoplasma que es donde se realizan la mayora de las actividades
funcionales y un ncleo o nucleoide (procarin), para las que no tienen un ncleo definido
que contiene la informacin gentica.
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La clula es un sistema abierto que intercambia materia y energa con el entorno para
realizar todas sus reacciones bioqumicas y fsico-qumicas, es decir, su metabolismo,
ste le permite el crecimiento o reproduccin donde a partir de una clula se genera otra
clula hija gracias a las actividades de sntesis celular, el movimiento le permite
desplazamiento y la comunicacin celular capacidad para interactuar con otras clulas y
activar as ciertos genes indispensables en la supervivencia de la especie, todos ellos
importantes en la continuidad de la misma (Madigan, Martinko y Parker, 2003).
NOTA:
Leer la seccin 1.2 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003).Brock
biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
Leccin 4. Importancia de los microorganismos para el hombre

Si le diramos la opcin a un grupo de personas para mencionar una palabra que asocie
con microorganismos posiblemente la mayora dira enfermedad, porque desconocen que
slo unos pocos respecto a la poblacin son patgenos (producen enfermedades); la
mayora de los ellos cumplen un papel fundamental e irremplazable en el ecosistema
como veremos en la prxima leccin. Aunque gracias a la aparicin de enfermedades y
pestes en tiempos atrs se desarrollaron las primeras teoras de la microbiologa, hoy
despus de muchos avances cientficos los microorganismos son utilizados en diferentes
reas que benefician al ser humano. Entre ellas tenemos:
La industria alimentaria, no slo se han diseado nuevas estrategias para combatir a los
microorganismos que contaminan los alimentos y causan enfermedades alimentarias
sino que muchos de ellos son bsicos en la produccin de alimentos como los lcteos
(quesos, yogur, mantequilla), carnes (carnes maduradas), vegetales enlatados o
encurtidos (coles, pepinillos, pimentones, cebollas, zanahorias etc), bebidas alcohlicas
(vinos, cerveza, sidra, etc), vinagre, o en la produccin del pan donde se usan cepas
microbianas que ayudan al proceso de fermentacin, acidificacin y/o maduracin; e
incluso el consumo de hongos como es el caso de los championes que tienen alto valor
nutricional.
En la industria farmacutica y biotecnolgica los microorganismos son clave para la
obtencin a bajo costo y en grandes cantidades de metabolitos (aminocidos, vitaminas,
enzimas, antibiticos, compuestos orgnicos, promotores de crecimiento vegetal),
produccin de organismos transgnicos y en el desarrollo de tcnicas con DNA
recombinante e ingeniera gentica.

En la agricultura no slo causan enfermedades en plantas (fitopatgenos) sino que

tambin a travs de las interacciones procariota-eucariota o procariota-procariota pueden
beneficiar a las plantas gracias a procesos simbiticos que le permiten a stas tomar los
nutrientes presentes en el medio con mayor facilidad o el control de plagas gracias al uso
de bacterias. Tambin gracias a los microorganismos se han desarrollado a travs de
ingeniera gentica plantas transgnicas resistentes a enfermedades y con niveles de
produccin elevados respecto a las plantas silvestres (esto todava requiere muchos
estudios de efectos secundarios y tiene implicaciones ticas).
Con el aumento de la poblacin y el desarrollo tecnolgico tambin se elevan los niveles
de contaminacin en fuentes de aguas y suelos, derrames de crudo y compuestos
recalcitrantes o metales pesados los cuales son muy difciles de remover y degradar pero
gracias a la amplia actividad metablica microbiana muchos microorganismos usan esos
compuestos como sustrato ofrecindole al hombre otra aplicacin vital para la
conservacin y restauracin del medio ambiente, la biorremediacin.
NOTA:Por favor leer los siguientes
artculos:http://bibliotecadigital.ilce.edu.mx/sites/ciencia/volumen1/ciencia2/43/html/sec_8.ht
ml http://www.musalit.org/pdf/IN060651_es.pdf
Lecccin 5. Los microorganismos y sus ambientes naturales

La ecologa microbiana estudia las relaciones entre el microorganismo y su ambiente
natural. Estos organismos viven en ambientes competitivos y en ocasiones extremos
(agua de termales) pero gracias a las asociaciones de clulas o individuos se forman
conjuntos llamados poblaciones, donde stas a su vez pueden agruparse para establecer
comunidades microbianas e interactuar dentro de un lugar determinado llamado nicho.
Dentro de un ecosistema se establecen relaciones simbiticas, es decir, las interacciones
entre organismos y poblaciones coexistentes donde se puede o no obtener beneficios,
por ejemplo, las micorrizas (myco = hongo; rhiza = raz) participan en el desarrollo de las
plantas ya que sirven como pelos de las races y absorben nutrientes que a la planta sola
le sera dificultoso y luego los libera de forma gradual para que los pueda asimilar, otro
ejemplo sera la produccin de vitamina K por bacterias intestinales en los seres
humanos.
Adems de este tipo de asociaciones gracias a los microorganismos se puede mantener
el equilibrio entre lo bitico y abitico, por ejemplo, las bacterias que participan en el ciclo
de nitrgeno ayudan a degradar residuos e incorporan el nitrgeno presente del aire en
compuestos orgnicos. Tambin participan en los ciclos biogeoqumicos del carbono y
azufre.
NOTA:Leer la seccin 1.3 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock

Captulo 2. Perspectiva general de la vida microbiana

Leccin 6. Estructura celular en procariotas
Aunque las clulas eucariotas y procariotas tienen una complejidad que les permite
realizar todas las funciones metablicas para su mantenimiento y supervivencia existen
caractersticas estructurales que ayudan a diferenciarlas, a continuacin describiremos
la composicin estructural y funcional de clulas procariotas, eucariotas y la de los virus.
Clulas procariotas
Son organismos unicelulares que carecen de un ncleo definido, su nombre se deriva del
griego pro = antes de; karion = ncleo. El material gentico de estas clulas, al contrario
de las eucariotas se encuentra en el citoplasma y no en el ncleo. Este es un grupo muy
diverso y con diferencias estructurales que nos permiten su clasificacin. Est
conformado por bacterias y archaea, dividas en base a la composicin de la pared celular
(figura 1).
Figura 1. Estructuras celulares de una procariota (tomado de Tortora et al. 2007).
Glicoclix
Es una capa gelatinosa de polisacridos y/o polipptidos secretados por las clulas al
exterior de la pared celular que est relacionada con la virulencia (capacidad de producir
enfermedad), adherencia a superficies, reservas de energa, proteccin a la
deshidratacin, lesiones y salida de nutrientes. Cuando la capa est firmemente unida y
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de manera organizada a la pared celular se le llama cpsula de lo contrario se considera

una capa mucilaginosa (Tortora et al. 2007).
Flagelos
Son apndices largos y finos que se proyectan hacia el exterior y propulsan a las
bacterias permitindoles el movimiento y desplazamiento. El flagelo consta de tres partes:
el filamento, que es la parte ms larga y externa compuesto por una protena globular
llamada flagelina, el gancho y por ltimo el cuerpo basal que est compuesto por anillos
que lo fijan a la pared y membrana celular (figura 2).
No todas las bacterias tienen flagelos (tricas), peros las que los tienen pueden adoptar
diferentes disposiciones alrededor de la clula. Entonces las bacterias pueden ser
monotricas (un solo flagelo polar), lofotricas (dos o ms flagelos en uno o ambos extremos
de la clula), anfitricas (un flagelo en cada extremo de la clula) y pertricas (muchos
falgelos alrededor de la celula). Los flagelos no pueden verse a simple vista en el
microscopio ptico con la ayuda de tinciones o en el microscopio electrnico.
Figura 2. Estructura flagelar en bacterias. (a) Bacterias gramnegativas, (b) bacterias grampositivas
(tomado de Tortora et al. 2007).
Fimbrias
y pili
Son apndices ms cortos, rectos y finos que los flagelos compuestos por subunidades
proteicas de pilina. Las fimbrias pueden estar en los polos o distribuidas en toda la
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superficie celular y cumple funciones de fijacin, mientras que el pili que es ms largo
que las fimbrias y slo se encuentran uno o dos por clula; cumple funciones de
transferencia intercelular de ADN en el proceso de conjugacin, tambin es llamado pili
sexual.
Pared celular
Es una estructura compleja y rgida que delimita, da forma y brinda proteccin ante la lisis
celular dada la fragilidad de la membrana citoplasmtica y la presin osmtica a la que
est sometida por el entorno extracelular, tambin juega un papel importante en la
divisin
celular
y
en
su
propia
biosntesis.
Est
compuesta
por peptidoglucano (murena) un heteropolmero constituido por N-acetilmurmico
(NAM) y N-acetilglucosamina (NAG), aminocidos de cadena lateral y puentes
transversales de aminocidos.
Las bacterias se clasifican segn la composicin de la pared celular en grampositivas y
gramnegativas (figura 3); las grampositivas adems de una capa gruesa de
peptidoglucano tienen elevadas concentraciones de cidos teicoicos mientras que las
gramnegativas no, pero stas en cambio estn formadas por una capa ms delgada de
peptidoglucano que a su vez est cubierta por una membrana externa de
lipopolisacridos (LPS), lipoprotenas, porinas y fosfolpidos (Llop et al. 2001; Madigan et
al. 2003; Tortora et al. 2007).
Figura 3. Pared celular bacteriana. Arriba se muestra la estructura de clulas grampositivas y debajo de
clulas gramnegativas (tomado de Tortora et al. 2007).
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Existen clulas procariotas que no tienen pared celular o algunas son muy escasas como
es el caso del gnero Mycoplasma pero en cambio tienen una membrana plasmtica con
esteroles. Las procariotas del dominio archaea no constan de pared celular con
peptidoglucano, siendo esta la principal caracterstica de este dominio (Tortora et al
2007).
Membrana plasmtica, citoplasmtica o celular
Es una estructura delgada que rodea al citoplasma y acta como una barrera
semipermeable y selectiva entre el interior y exterior de la clula controlando as el
ingreso y salida de sustancias; tambin gracias a la presencia de diferentes enzimas
participa en la degradacin de nutrientes, la generacin de energa (ATP) y fotosntesis.
Est compuesta por una bicapa lipdica constituida en su mayora por fosfolpidos y
protenas, stas ltimas pueden ser de superficie (perifricas) o transmembranales
(integrales) que facilitan la catlisis y transporte de sustancias. Los iones divalentes de
calcio y magnesio contribuyen a la estabilidad inica de la membrana celular. A diferencia
de las clulas eucariotas y con excepcin de los Mycoplasmas la membrana de las
procariotas no contiene esteroles (Tortora et al 2007).
Citoplasma
Es la sustancia semifluida (citosol) al interior de la clula donde se encuentra el
cromosoma (material gentico), ribosomas y depsitos de reserva o inclusiones. Est
constituido es su mayora por agua y otras sustancias (carbohidratos, iones, lpidos,
enzimas y compuestos de bajo peso molecular) A diferencia de las clulas eucariotas no
tiene citoesqueleto ni flujo citoplasmtico (Llop et al. 2001; Tortora et al 2007).
Nucleoide o procarin
Es la zona que contiene el material gentico conformado por un cromosoma (molcula
de ADN bicatenario), unido a la membrana celular pero que a diferencia de las clulas
eucariotas no est delimitado por una envoltura o membrana nuclear. Muchas bacterias
contienen pequeas molculas de ADN circular que no estn unidas al cromosoma
bacteriano y que se replican independientemente de ste, llamados plsmidos (muy tiles
en la biotecnologa); los cuales le otorgan propiedades especiales como resistencia a
antibiticos, tolerancia a sustancias txicas, entre otras (Llop et al. 2001; Madigan et al.
2003; Tortora et al. 2007).
Ribosomas
Son estructuras celulares que constan de dos subunidades compuestas por acido
ribonucleico ribosomal (ARNr o rRNA por siglas en ingls) y protenas, se encuentran por
millares en el citoplasma dada su funcin vital en la sntesis de protenas. Cuando se
estn agrupados en cadenas se les llama polirribosomas. Los ribosomas procariotas son
ms pequeos que los eucariotas y se les conoce como ribosomas 70S.
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Inclusiones
El citoplasma de las clulas procariotas contiene diversas estructuras de
almacenamiento, reserva o depsito de nutrientes llamadas inclusiones,que pueden ser
utilizados cuando est expuesta a medios adversos o en condiciones de inanicin. Entre
ellas tenemos:
Grnulos metacromticos o volutina
Son estructuras conformadas por reservas de fosfato inorgnico utilizados para la sntesis
de ATP, se les llama as por el color rojo que toman cuando son expuestos a colorantes
azules como es el caso del azul de metileno o azul de toluidina. Adems de las bacterias.
las algas, hongos o protozoos los pueden tener (Tortora et al. 2007).
Grnulos polisacridos
Son reservas de almidn y glucgeno que la bacteria almacena cuando crece en un
medio pobre en nitrgeno pero rico en carbono; al exponerse al yoduro de potasio el
glucgeno toma un color rojo y el almidn azul.
Inclusiones lipdicas
Son acmulos de
poli-beta
hidroxibutricos (PHB) que en
especies
como Bacillus constituyen reservas de carbono y energa durante la esporulacin.
Tambin hay bacterias que reservan poli-beta-hidroxialcanoatos (PHA), los cuales hoy
son utilizados para fabricar plsticos bacterianos biodegradables y disminuir a la
contaminacin ambiental. Se tien con colorantes como el Negro-Sudn.
Grnulos de azufre
Se forman cuando en el medio hay compuestos de azufre reducido para usarlos como
reservas de energa. Aparece en las bacterias que utilizan sulfuro de hidrgeno (SH 2)
como el gnero de Thiobacillus.
Carboxisomas
Son inclusiones compuestas por una monocapa protenica que contiene la enzima
ribulosa-bifosfato carboxilasa; utilizada por las bacterias fotosintticas y nitrificantes.
Vacuolas de gas
Son vesculas con una monocapa protenica impermeable al agua pero que acumulan
gas dependiendo de la concentracin de ste en el exterior. Estas estructuras confieren
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la flotabilidad ptima que les permite alcanzar luz, oxgeno u otros elementos. Estn
presentes en cianobacterias, halobacterias y anoxignicas.
Magnetosomas
Son partculas cristalinas de hierro magnetita (Fe3O4), sensores del campo magntico
terrestre ya que permiten la orientacin de las bacterias magnetotcticas (Aquaspirillum
magnetotacticum y Magnetospurillum magnetotacticum); en el campo industrial se
desarrollan mtodos para obtener magnetita para la fabricacin de cintas magnticas
para audio y datos.
Endosporas
Son clulas en reposo que se forman intracelularmente por la carencia de nutrientes en
ciertas bacterias (Bacillus, Clostridium, Sporosarcina). Estas estructuras pueden vivir en
ambientes adversos como calor extremo, falta de nutrientes, radiaciones, desecacin,
presencia de agentes qumicos o bactericidas etc. El proceso de formacin de
endosporas se conoce como esporulacin o esporognesis e implica la invaginacin de
la membrana celular junto con material gentico en una clula vegetativa o progenitora
que despus de lisarse libera la endospora y puede permanecer en latencia por millones
de aos, hasta que por un estmulo qumico o fsico se desencadena la germinacin
(recuperacin del estado vegetativo). Este no es considerado un proceso de
reproduccin.
NOTA:
En este enlace encontrar un video sobre bacterias:
http://www.youtube.com/watch?v=KcFjXYzGh20
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Leccin 7. Estructura celular en eucariotas

Clula eucariota
Est conformada por clulas unicelulares y pluricelulares de mayor tamao y complejidad
que tienen un ncleo definido; comprende algas, protozoos, plantas y animales. A
continuacin se describir de una forma general de las estructuras en las eucariotas
(figura 4).
Figura 4. Estructura celular eucariota (tomado de Tortora et al. 2007).
Flagelos y cilios
Al igual que en las procariotas sirven para la locomocin y desplazamiento, pueden estar
recubiertas de citoplasma y membrana plasmtica; estn conformados por microtbulos
compuestos de tubulina y didena. Si son largos se les llama flagelos y si son escasos y
numerosos cilios. Son frecuentes en protozoos y algas.
Pared celular y glicoclix
Son una estructura ms simple que en las clulas procariotas est compuesta por
celulosa (en plantas y algunos hongos) y quitina, glucano y manano en la mayora de los
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hongos. No todas las eucariotas tienen pared, las clulas animales estn desprovistas de
ella pero en cambio constan de una cubierta de carbohidratos llamada glicoclix.
Membrana celular
Est conformada por una bicapa lipdica, pero a diferencia de las procariotas contiene
carbohidratos (actan como receptores), esteroles (colesterol en animales) y ergosterol
(en hongos).
Citoplasma
Al contrario de las procariotas tiene un citoesqueleto que le da soporte y contribuye al
transporte de las sustancias gracias al flujo citoplasmtico, las enzimas no estn disueltas
en el citosol sino que estn confinadas en las organelas.
Ribosomas
Son estructuras ms grandes y densas que en procariotas, conocidas como 80S,
compuestos por ARNr y protenas, se encuentran en el retculo endoplasmtico rugoso y
libres en el citoplasma. Los cloroplastos y mitocondrias contienen ribosomas de 70S.
Pueden formar polirribosomas y su funcin es la sntesis de protenas para todas las
actividades celulares (Tortora et al. 2007).
Ncleo
Es el orgnulo ms grande de la clula, con forma esfrica u ovalada rodeado por una
doble membrana nuclear con poros nucleares que controlan el intercambio de sustancias
(ARNr, ARNmensajero y enzimas) entre el ncleo y el citoplasma. El nucleolo est
inmerso en la membrana nuclear y se encarga de sintetizar ARNr. El ncleo contiene el
material gentico (ADN y ARN). El ADN est rodeado por protenas llamadas histonas y
contiene mltiples cromosomas.
Retculo endoplasmtico
Existen dos tipos: el retculo endoplasmtico rugoso que es una red de canales o sacos
membranosos (cisternas) que se extiende desde la membrana nuclear y estn
recubiertos de ribosomas; su funcin es sintetizar protenas y catalizar las unin entre
stas y otros compuestos como carbohidratos o lpidos que luego son secretados a la
membrana.
El retculo endoplasmtico liso, no tiene ribosomas (de all su nombre) pero tiene enzimas
que sintetizan fosfolpidos, grasas, esteroides (estrgenos, tetosterona y colesterol),
adems de fagocitar sustancias txicas como el alcohol y drogas (figura 5).
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Figura 5. Estructura del retculo endoplasmtico. Se observa el retculo endoplasmtico liso (RE liso) y el
retculo endoplasmtico rugoso (RE rugoso) con ribosomas en su interior (tomado de Tortora et al. 2007).
Aparato de golgi
Es una red de canales o cisternas que recibe vesculas (con protenas) que vienen del
retculo endoplasmtico rugoso y despus de reacciones enzimticas las proteinas sufren
modificaciones para generar glicoprotenas, glucolpidos y lipoprotenas las cuales
pueden ser secretadas y transportadas hasta la membrana celular (figura 6).
Lisosomas
Son estructuras esfricas rodeadas de membrana, formados a partir del aparato de golgi,
contienen enzimas capaces de degradar diversas sustancias e incluso bacterias.
Vacuolas
Son cavidades derivadas del aparato de golgi rodeadas de una membrana llamada
tonoplasto, presentes en su mayora en clulas vegetales. Sus funciones estn
relacionadas con almacenamiento de nutrientes, desechos y agua.
17

Figura 6. Aparato de golgi. Se observan vesculas que llegan desde el RE rugoso (tomado de Tortora et
al. 2007).
Mitocondrias
Son organelas esfricas o bastoniformes compuestas por una doble membrana (interna
y externa) que forma pliegues llamadas crestas y con un interior semilquido conocido
como matriz. Las mitocondrias contienen ADN y ribosomas 70S indispensables para la
produccin de enzimas que participan en varias actividades metablicas exclusivas de
esta organela. Sus funciones estn relacionadas con la respiracin celular y produccin
de ATP. Tambin pueden dividirse para generar nuevas mitocondrias en la misma clula.
Cloroplastos
Son estructuras grandes de doble membrana que contienen la clorofila necesaria para la
fotosntesis. Tambin contienen ADN, ribosomas 70S y enzimas que participan en la
sntesis de protenas; adems de poder reproducirse dentro de la misma clula. Los
cloroplastos contienen granas, las cuales son agrupaciones de sacos aplanados
llamados tilacoides donde se encuentra el pigmento de la clorofila. Estn presentes en
algas y plantas.
Peroxisomas
Son orgnulos pequeos rodeados de membranas con enzimas que oxidan sustancias
orgnicas (aminocidos, cidos grasos) y txicas (alcohol, perxido de hidrgeno). La
catalasa se encuentra en esta organela.
18

Centrosomas
Est formado por material pericentriolar (zona del densa citosol de fibras protenicas) y
centriolos (nueve tripletes de microtbulos). Sus funciones estn relacionadas con la
divisin celular en la formacin del huso mittico.
NOTA:En este enlace encontrar un video sobre estructura y funcin celular:

http://www.youtube.com/watch?v=395B4JZg6I0&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=f9TA7-sypXs&feature=related
Leccin 8. Estructura vrica

Los virus (del latn virus = veneno) son entidades infecciosas o elementos genticos de
ADN o ARN que se replican indispensablemente dentro de una clula husped utilizando
su maquinara celular y enzimtica; pero tienen formas extracelulares que facilitan su
transmisin entre clulas. Muchos autores no los consideran seres vivos porque sin la
clula husped que infectan stos no podran replicarse y por lo tanto no existiran. A
diferencia de las clulas eucariotas y procariotas los virus no tienen estructuras celulares
(membrana celular, pared celular, citoplasma, ncleo) y pocas o ninguna enzima que le
permita realizar actividades metablicas.
Los virus son entidades muy pequeas (20 - 1000 nm) que slo pueden observarse con
la ayuda de microscopios electrnicos y tienen la capacidad de atravesar filtros
bacteriolgicos. Su espectro de clulas husped es amplio (plantas, animales) y los que
infectan a bacterias conocidos comobacterifagos. Cuando los virus estn libres de
manera extracelular se le conoce como virin, estn compuestos por cidos nucleicos
(ADN o ARN pero nunca ambos) y una cubierta o cpside. Los virus no son susceptibles
a antibiticos por lo tanto su empleo en enfermedades virales es inocuo es innecesario,
slo aumenta la posibilidad de resistencia bacteriana (cuadro 1). Entre las partes vricas
estn:
Acido nucleico
Est constituido por ADN o RNA y stos pueden ser monocatenario (una cadena o
cadena sencilla) o bicatenario (dos cadenas o cadena doble) o dividido en varios
segmentos. Por lo general el material gentico viral es mucho ms pequeo que en
bacterias (5000 bases 230.000 pared de bases). Los cidos nucleicos tienen la
19

informacin necesaria para sintetizar protenas y enzimas virales indispensables para la

replicacin viral.
Cpside y envoltura
La cpside es la cubierta protenica que envuelve al material gentico y est constituido
por subunidades estructurales proteicas llamados capsmeros, la composicin qumica
de stos puede ser de una o varias protenas y vara de acuerdo al virus. La cpside es
la que determina la forma del virus.
La envoltura es una membrana constituida por lpidos, protenas y carbohidratos, se
forma durante la maduracin viral mediante un proceso de gemacin a travs de la
membrana celular de la clula husped. Algunos virus tienen prolongaciones por fuera
de la envoltura conocidas como peplmeros; usualmente estn conformados por
glucoprotenas virales. Tambin tienen protenas no glucosiladas por debajo de la
envoltura. Es importante aclarar que el carbohidrato que se aade a las protenas no es
de origen viral si no que es aportado por la clula husped mientras que la protena si es
codificada por el virus (Llop et al. 2001).
Cuadro 1. Comparacin de virus y bacterias (tomado de Tortora et al. 2007).
20

Existen virus sin envoltura o virus desnudos, en este tipo de virus la cpside protege al
material gentico de la degradacin por parte de nucleadas (DNasa y RNasa).
Los virus se clasifican morfolgicamente con base a la simetra o arquitectura de su
cpside mediante estudios de microscopa electrnica, crioelectrnica y cristalografa de
rayos X. Los principales grupos son: virus helicoidales (virus de la rabia, virus mosaico
del tabaco, TMV), virus polidricos (virus del papiloma humano, HPV), virus con envoltura
(virus de la gripe, VIH) y virus complejos como el caso de los bacterifagos (Fago T4),
ver algunos en la figura 7.
Figura 7. Tipos de virus (tomado de Tortora et al. 2007).
NOTA:
En este enlace encontrar un video sobre virus :
http://www.youtube.com/watch?v=L9kwsj9h2Hg
21

Leccin 9. Morfologa de bacterias

Las bacterias tienen diversidad de formas y tamaos y se clasifican de acuerdo a su
forma en varios grupos (figura 8):
Cocos: Bacterias de forma esfrica, redonda u ovalada. Cuando se dividen pueden agruparse
entre si de varias formas: diplococos (cocos en pares), tetracocos (grupos de cuatro),
estreptococos (cocos unidos en forma de cadena) y estafilococos (en agrupaciones amplias
semejantes a racimos).
Bacilos: Bacterias en forma cilndrica o de bastn. Despus de la divisin celular pueden

agruparse de diversas formas: diplobacilos (bacilos unidos en pares), estreptobacilos (unidos en
cadenas) y cocobacilos (bacilos ovalados).
Espirilos: Bacterias en forma helicoidal o de espiral, son relativamente rgidos.
Espiroquetas: Bacterias en forma de espiral, sacacorchos o helicoidal pero flexibles.
Otras formas menos comunes como las bacterias en forma de estrella, rectangular y triangular.
Figura 8. Morfologa de clulas bacterianas (tomado de www.oocities.org) .
NOTA:
En este enlace un documento para ampliar esta leccin y las anteriores:
http://www.higiene.edu.uy/cefa/2008/MorfologiayEstructuraBacteriana.pdf
22

Leccin 10. Microscopa ptica y electrnica

La gran mayora de los microorganismos no se pueden observar a simple vista y por lo
tanto se requiere el uso de un equipo o instrumento muy conocido, el microscopio (micro
= pequeo; scopio = observar) el cual permite visualizar objetos de estudios que a simple
vista sera imposibles de percibir por el ojo humano.
El primer microscopio simple fue diseado por Anton Van Leeuwenhoek e inicialmente
tena una sola lente; al transcurrir de los aos muchos investigadores mejoraron las
tcnicas hasta llegar a la microscopa moderna.
Microscopa ptica (MO)
Se refiere al uso de microscopios que usen luz visible con el fin de visualizar u observar
muestras. Existen varios tipos de microscopa ptica:
Microscopio ptico compuesto
Tiene varias lentes y usan luz visible como fuente de iluminacin. Con sus lentes talladas
permite aumentar muchas veces el tamao de la muestra real gracias a los rayos
luminosos que vienen de la fuente de luz y pasan por el condensador hasta llegar a la
muestra, luego los rayos pasan a travs de la lente del objetivo (lentes de 10X, 40 X y
100X) y puede finalmente observarse la muestra en el ocular (monocular o binocular),
mirar la figura 9. Es usado para observar microorganismos vivos o teidos.
Microscopio de campo oscuro
El condensador tiene un disco que bloquea los rayos de luz directa que llegara a los
objetivos, al no tener una luz de fondo directa, la muestra se observa iluminada en los
bordes pero con un fondo o campo oscuro; es una tcnica muy usada para observar
estructuras muy pequeas como flagelos y espiroquetas por la alta resolucin (capacidad
de distinguir entre dos puntos) de este tipo de microscopio. Ver figura 10.
23

Figura 9. Microscopio ptico compuesto. A la izquierda partes y funciones del microscopio. A la derecha
trayecto de la luz de abajo hacia arriba hasta el ojo humano.
Microscopio de contraste de fase

Con la ayuda de un diafragma anular los rayos de luz de una fuente se reflejan o se
difractan en la muestra, mientras que otros rayos la atraviesan, cuando ambos rayos se
unen en los oculares se pueden detectar muestras con mayor diferenciacin de
estructuras internas de clulas vivas. (Figura 10)
Microscopio de fluorescencia
Se utilizan en muestras que fluorescen al exponerse a la luz ultravioleta. Algunas clulas
lo hacen de forma natural como las que contienen clorofila; en las que no fluorescen
naturalmente se puede usar fluorocromos (colorantes fluorescentes que tien las clulas)
que absorben la longitud de onda corta (luz U.V) y emiten luz visible, que es de mayor
longitud de onda. Con este tipo de microscopio la muestra se observa brillante o
fluorescente contra un fondo oscuro (figura 10). Usado para diagnstico de
microorganismos, ecologa microbiana o tcnicas de inmunofluorescencia (se tien
anticuerpos para reaccionar con antgenos).
24

Figura 10. Imgenes de Paramecium por microscopia ptica (MO). A la izquierda fotografa con
microscopio de campo claro, en el centro con MO de campo oscuro y a la derecha con MO de contraste de
fase (Tomado de Tortora et al. 2007).
Microscopa electrnica (ME)
El microscopio electrnico se ha convertido en una valiosa herramienta para el estudio

detallado de estructuras muy pequeas, virus e incluso molculas que seran imposibles
de ver con microscopa ptica. Aunque la finalidad es la misma existen varias diferencias
entre ambos microscopios; los microscopios electrnicos no usa una fuente de luz o
fotones sino un haz de electrones que viajan en forma ondulatoria en longitudes de onda
mucho menores que la luz blanca lo que aumenta notablemente el poder de resolucin.
Tambin se diferencia en el uso de lentes electromagnticas para enforcar la luz en la
muestra deshidratada en lugar de lentes de vidrio; no se usan portaobjetos de vidrio sino
una rejilla de cobre (Tortora et al. 2007). Las imgenes obtenidas son a blanco y negro
pero se les puede dar color desde el ordenador. No se puede trabajar con organismos
vivos. Hay dos tipos de microscopa electrnica:
Microscopio electrnico de transmisin (MET)
Un haz o rayo de electrones enfocado por un lente condensador electromagntico se
dirige sobre una muestra ultra delgada que es atravesada por los electrones dirigidos
hacia lentes electromagnticas del objetivo, ste se encarga de ampliar la imagen y por
ltimo enfocarlos en las lentes electromagnticas proyectoras sobre una pantalla que
fluoresce cuando recibe el impacto de los electrones (figuras 11 y 12). Se pueden usar
sales de metales pesados para teir las muestras (Llop et al. 2001; Tortora et al. 2007).
Como desventajas se destaca que los cortes deben ser ultradelgados, fijados y
deshidratados en vaco. No genera imgenes tridimensionales. Las microfotografas por
ME son a blanco y negro pero son coloreadas desde un ordenador.
Figura11. Microscopios
electrnicos.
A
la
izquierda
microscopio
electrnico de transmisin
(MET) y a la derecha
microscopio electrnico
de barrido (MEB) (tomado
de Tortora et al. 2007).
25

Microscopio electrnico de barrido (MEB)

Un haz de electrones (haz primario) producido por un can pasa las lentes
electromagnticas y la muestra que a su vez libera electrones secundarios de la superficie
de sta que pueden ser capturados, detectados y ampliados para producir una imagen
tridimensional en una pantalla. A pesar de tener menor resolucin que el MET es muy til
para producir imgenes tridimensionales de superficies de clulas o virus (Llop et al.
2001) ver las figuras 11 y 12.
Figura 12. Microfotografas de Paramecium con microscopa electrnica. A la derecha imagen desde un
microscopio electrnico de transmisin (MET) y a la derecha desde un microscopio electrnico de barrido
(MEB).
NOTA:
En este enlace encontrar un video de microscopa:
http://www.youtube.com/watch?v=gA3V7N6E6LA&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=fgnkdgHXK_Y&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=9-qps2KU7WM&feature=related
26

Captulo 3. Metabolismo microbiano

Leccin 11. Reacciones metablicas y conservacin de la energa
Para que un organismo pueda cumplir con todas las funciones celulares y crecimiento
realiza un conjunto de reacciones y transformaciones bioqumicas que liberan o
consumen energa, proceso conocido como metabolismo. Cuando la clula degrada
compuestos orgnicos en molculas ms simples y lleva a cabo reacciones qumicas que
producen energa (exergnicas) se le conoce como catabolismo o metabolismo
degradativo; un ejemplo de sto es la gluclisis donde se degrada el azcar para obtener
o liberar energa y otros compuestos. Esta energa liberada se usa en el anabolismo o
biosntesis, el cual tiene como finalidad la construccin de macromolculas a partir de
molculas simples, ste es un proceso endergnico; por ejemplo la construccin de
protenas a partir de sus monmeros (aminocidos). Todas las reacciones catablicas y
anablicas estn mediadas por enzimas y ambas se complementan, es decir, para la
supervivencia de una clula deben presentarse ambos procesos acoplados.
La forma qumica ms usual de energa es la molcula de adenosn-trifosfato (ATP)
conocida como la moneda energtica del metabolismo, ste se forma en procesos de
fotosntesis o en la degradacin de compuestos orgnicos o inorgnicos. Las reacciones
catablicas estn acopladas a liberar o sintetizar ATP mientras que las anablicas lo
degradan o consumen. Es importante mencionar que aunque las clulas mantienen el
equilibrio metablico para todas sus funciones celulares con el ATP, la mayor proporcin
de energa aportada por esa molcula es liberada en forma de calor. Ejemplo, la mayor
cantidad de energa en el ser humano es liberada en forma de calor para mantener la
temperatura corporal y la restante para las actividades metablicas.
Dentro del metabolismo generador de ATP existen dos mecanismos a nivel de membrana
para sintetizarlo, la fosforilacin a nivel de sustrato y el transporte de electrones (tambin
conocido como fosforilacin oxidativa) y dentro de esos mecanismos hay dos modos para
generar ATP: la oxidacin biolgica (fermentacin o respiracin) y la fotosntesis. La
fermentacin y la respiracin son dos mecanismos para la conservacin de la energa,
la cual establece que la energa no puede crearse ni destruirse, solo se transforma
(cuadro 2).
27

Cuadro 2. Reacciones de xido reduccin para obtencin de energa por bacterias (tomado de Llop et al.
2001).
Fermentacin
Es un proceso catablico generador de ATP a partir de compuestos orgnicos en el que
stos sirven como donadores y aceptores de electrones. Aqu no existe un aceptor final
de electrones como lo es el O2 en la respiracin. Los microorganismos pueden usar como
sustrato en la fermentacin carbohidratos, cidos orgnicos, aminocidos y nucletidos.
La fermentacin es un proceso anaerbico que slo puede generar ATP a travs de la
fosforilacin a nivel sustrato. Por ejemplo la produccin de cido lctico a partir de glucosa
por Streptococcus. Este proceso es propio de microorganismos anaerobios estrictos,
facultativos y anaerobios aerotolerantes.
Respiracin
Es un proceso metablico generador de ATP a travs de la fosforilacin oxidativa donde
el oxgeno u otro aceptor de electrones pueden actuar como aceptor final de electrones.
En la respiracin compuestos orgnicos (en hetertrofos) e inorgnicos (bacterias
littrofas) pueden donar y aceptar electrones. La respiracin puede ser aerobia, donde el
oxgeno es el aceptor final de electrones y anaerobia, donde el aceptor final de electrones
puede ser sulfatos, nitratos y carbonatos (Llop et al 2001) ver cuadro 2. La respiracin
aerobia produce mucha ms energa que la fermentacin.
La respiracin aerobia consta de tres pasos: formacin de piruvato a partir de sustancias
orgnicas, ciclo de Krebs y cadena de transporte de electrones. La respiracin aerobia
produce mucha ms energa que la anaerobia.
Fotosntesis
Esta actividad metablica la veremos ms adelante en la leccin 14.
28

Leccin 12. Gluclisis

Es un proceso metablico catalizado por enzimas que oxidan una molcula de glucosa
en dos molculas de piruvato, produce 2 ATP por fosforilacin a nivel de sustrato y 2
NADH+. Este proceso de degradacin de azcares se da en el citosol de las clulas y el
destino de los productos finales vara de acuerdo a las necesidades fisiolgicas del
organismo (figura 13).
En presencia de oxgeno el piruvato puede pasar al ciclo de Krebs (ciclo del cido ctrico
o tricarboxlico) en las mitocontrias, el ATP puede usarse como fuente de energa y el
NADH puede pasar a la cadena transportadora de electrones en las mitocondrias para
generar ms ATP (figura 13).
En ausencia de oxgeno el piruvato puede usarse como sustrato para la fermentacin y
producir lactato, etanol y CO2. El NADH se usa en la reduccin del piruvato en la
fermentacin (figura 14).
Figura
13. Oxidacin
global
de
la
glucosa
(tomado
del
enlace: http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%20%20Capitulo%208.htm)
29

Figura
14. Fermentacin
para
la
produccin
de
etanol
y
lactato
(tomado
del
enlace:http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%20%20Capitulo%208.htm).
En honor a sus descubridores la gluclisis (figura 15) tambin es conocida como la va

de Embden-Meyerhof. La gluclisis se divide en dos etapas, algunos autores la dividen
en tres cuando se refieren a la fermentacin del piruvato en ausencia de oxgeno.
30

Figura 15. Gluclisis
En la primera etapa preparatoria no se incluyen reacciones de oxido-reduccin, se

invierten dos molculas de ATP pero no se genera energa, al terminar esta fase a partir
de una molcula de glucosa se forman dos molculas de gliceraldehido 3-fosfato. Una de
ellas obtenida por la catlisis de una aldolasa y la otra para la actividad enzimtica de
una triosa fosfato isomerasa. Por lo tanto en lo sucesivo ocurre el mismo proceso
degradativo para ambas molculas de gliceraldehido 3-fosfato.
La segunda etapa es la fase de oxido reduccin o conversin de energa, en ella por la
accin de la gliceraldehido 3-fosfato deshidrogenasa de forman dos equivalentes
reductores (NADH + H+) y por la fosfoglicerato quinasa se generan las dos primeras
molculas de ATP. Luego por la actividad de la enzima piruvato quinasa sobre el
fosfoenolpiruvato se forman los dos ATP restantes y dos piruvatos.
31

En la gluclisis se generan 4 molculas de ATP, pero el valor neto es de 2 ATP dada a

inversin de ATP que se hizo en la primera etapa.
La etapa fermentativa de la gluclisis en ausencia de oxgeno no genera energa, sino
etanol, lactato, acetato o CO2 dependiendo de la enzima que realice la actividad
degradativa, aunque estos productos son muy tiles en la industria alimentaria no se tiene
claro la importancia de estos metabolitos en los microorganismos que los producen
(bacterias, levaduras). La fermentacin que forma el lactato tambin se da en clulas
humanas (clulas musculares y eritrocitos).
NOTA:
Favor ver el siguiente enlace para profundizar en la leccin:
http://comunidad.uach.mx/carzola/apuntesglucolisis.pdf
Leccin 13. Ciclo del cido ctrico

Tambin conocido como ciclo de Krebs o
ciclo de cidos tricarboxlicos, es una serie
de reacciones bioqumicas de xido
reduccin de gran energa que hacen parte
de la respiracin de clulas aerobias, en las
procariotas este proceso se realiza en el
citosol mientras que en la clulas eucariotas
en las mitocondrias.
En este ciclo el piruvato proveniente de la
gluclisis sufre una descarboxilacin por la
accin de la enzima piruvato deshidrogenasa
para generar aceltil-CoA, NADH y CO2 antes
de ingresar al ciclo de Krebs en la
mitocondria. All el grupo acetilo se integra
con el oxalacetato para formar citrato (un
compuesto de 6 carbonos), luego se dan una
serie
de
reacciones
qumicas
(deshidratacin,
hidratacin,
descarboxilacin,
fosforilacin,
oxidoreduccin, ect) donde a partir de una
molcula de piruvato se forma: 1 molcula
oxalacetato, 2 molculas de CO2, 3
equivalentes reductores de NADH+, 1 FADH
y una molcula de GTP (figura 16).
32

Cada equivalente reductor de NADH al ingresar a la cadena de fosforilacin oxidativa

genera 2.5 3 molculas de ATP; cada FADH produce 1.5 2 molculas de ATP. Ambas
cantidades son usadas. Si usamos la primera entonces a partir de una molcula de
glucosa en la respiracin aerobia se pueden generar 38 molculas de ATP o 32 ATP en
la segunda (cuadro 3).
Figura
16. Ciclo
de
Krebs
o
del
cido
ctrico
(tomado
del
enlace: http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%
20-%20Capitulo%208.htm).
En la cadena transportadora de electrones o fosforilacin oxidativa, las molculas

transportadoras (flavoprotenas, citocromos, ubiquinona y coenzima Q) producen
reacciones de oxido reduccin que liberan energa para generar ATP. En las clulas
eucariotas la cadena transportadora se encuentra en la membrana interna mitocondrial
mientras que en las procariotas en la membrana celular (figura 17).
Figura
17. Cadena
transportadora
de
electrones
en
(tomado
del
enlace:http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%2
0-%20Capitulo%208.htm).
33

Cuadro 3. Rendimiento energtico por la oxidacin de una molcula de glucosa. Tomado del
enlace:(http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%20%20Capitulo%208.htm).
NOTA:
Favor ver este video en el siguiente enlace:
http://video.google.com/videoplay?docid=-4979202337380045677#
Leccin 14. Fotosntesis en microorganismos

La fotosntesis es el proceso de conversin de energa lumnica en energa qumica,
donde a partir de sustancias inorgnicas simples (CO2) se pueden obtener compuestos
orgnicos de mayor complejidad (azcares) indispensables para la vida de los
organismos hetertrofos. La molcula de ATP se produce por transferencia de energa
de fotones de luz absorbidos por pigmentos fotosintticos (clorofilas o bacterioclorofilas)
donde los electrones se transfieren de tomos de hidrgeno a molculas de azcar. Este
proceso es realizados por una diversidad de organismos: plantas, algas, cianobacterias,
bacterias sulfurosas verdes y prpuras.
En la fotosntesis el CO2 sirve como fuente de carbono y el hidrgeno como aceptor final
de electrones, el cual se oxida y forma agua, las bacterias fotosintticas usan compuestos
inorgnicos como el hidrgeno o cido sulfrico como aceptor final de electrones.
34

Las plantas, algas y cianobacterias usan el agua como fuente de hidrgeno y liberan el
oxgeno:
6CO2 + 12H2O + Luz C6H12O6 + 6H2O + 6O2
Las bacterias rojas, sulfurosas y verdes usan el H2S como fuente de hidrgeno y
producen grnulos de azufre:
6CO2 + 12H2S C6H12O6 + 6H2O + 12S
La fotosntesis se da en dos fases. Fase lumnica (fotofosforilacin) o reacciones

dependientes de luz, donde la energa aportada por fotones es absorbida por la
clorofila y excita sus electrones, stos al excitarse pasan a una cadena transportadora
de electrones donde bombean protones y el ADP se convierte en ATP, cuando la
fotofosforilacin es cclica los electrones retornan a la clorofila pero cuando no lo es
(no cclica) reducen el NADP en NADPH y los electrones perdidos en este procesos
son devueltos a las fotofosforilacin cclica por molculas de agua (figura 18 y 19). En
la fase lumnica de forma entonces: oxgeno, ATP y NADPH. En la fase oscura (ciclo
de Calvin) o reacciones independientes de luz los electrones derivados de la fase
lumnica, NADPH y el ATP son empleados para la reducir el CO2 a azcar.
Figura 18. Fotofosforilacin cclica (tomado de Tortora et al. 2007).
Cuando las plantas, algas y cianobacterias utilizan protones (tomos de hidrgeno)

provenientes del agua para reducir el CO2 y producir oxgeno molecular se dice que
hay una fotosntesis oxignica, pero existen bacterias (bacterias verdes y prpuras)
que no pueden usar el agua para reducir el dixido de carbono y al no generar oxgeno
se le conoce como fotosntesis anoxignica. Estas bacterias no utilizan la
clorofila a sino bacterioclorofila, un pigmento que absorbe la luz en longitudes de onda
superior a la clorofila a; la localizacin de la bacterioclorofila en los microorganismos
es variable (en clorosomas, en la superficie, inmersas o en invaginaciones de la
membrana celular). El cuadro 4 compara la fotosntesis en procariotas y eucariotas.
35

Figura 19. Fotofosforilacin no cclica (tomado de Tortora et al. 2007).
Cuadro 4. Comparacin de fotosntesis en clulas eucariotas y procariotas (tomado de Tortora et al.

2007).
NOTA:
Leer en el siguiente enlace para mayor
informacin:http://web.usal.es/~jmcsil/biblioteca/biofisica/unizar/FOTO.htm
36

Leccin 15.Alternativas catablicas

As como los microorganismos son diversos, de la misma manera su comportamiento
nutricional donde las fuentes de carbono y energa varan, la figura 20 sintetiza de forma
clara los tipos de nutriciones.
Segn la fuente de energa que usen los microorganismos pueden ser fottrofos o
quimitrofos. Los fottrofos utilizan la luz como fuente de energa mientras que los otros
usan compuestos orgnicos a travs de reacciones de xido reduccin. Segn la
capacidad para producir alimento pueden ser: auttrofos, fabrican su propio alimento y
usan el CO2 como fuente de carbono, los hetertrofos requieren una fuente de carbono
orgnica. Entonces si combinamos la fuente de energa y carbono los microorganismos
se pueden clasificar en otras categoras: fotoauttrofos, fotohetertrofos,
quimioauttrofos y quimiohetertrofos.
Figura 20. Clasificacin nutricional de organismos vivos
37

UNIDAD 2. DIVERSIDAD MICROBIANA
Captulo 4. Crecimiento microbiano

Leccin 16. Crecimiento celular y fisin binaria
El crecimiento celular de las bacterias contrario a lo que podemos inferir no est
relacionado con el aumento de tamao de las bacterias si no con incremento del nmero
de clulas, las cuales incluso pueden ser observadas a simple vista cuando stas se
agrupan y forman colonias. Pero para que una bacteria sea capaz de dividirse tiene
requerimientos energticos y nutricionales (disponibilidad de nutrientes, condiciones
ambientales qumicas y fsicas) que le ayuden a realizar todas las actividades de sntesis
que permitirn conformar su estructura fsica, es decir, pared celular, membrana, material
gentico, cuerpos de inclusin, etc.
La mayora de las bacterias se reproducen asexualmente por fisin binaria (figura 21),
donde una clula se divide para producir dos clulas hijas con la misma informacin
gentica (con altas tasas de mutaciones) que su progenitora. Durante el crecimiento
celular se duplican los componentes que constituyen a la clula (macromolculas,
monmeros, sustancias orgnicas) e incluso el ADN donde ste en su origen de
replicacin (Ori) inicia la sntesis de una molcula de ADN a partir de una preexistente;
permitiendo que la clula hija reciba todo el componente gentico y estructural de manera
que pueda realizar todas las funciones metablicas.
Figura 21. Fisin binaria. Tomado del enlace: http://elprofedebiolo.blogspot.com/2010/01/la-celulaprocariota.html
Adems de las bacterias, tambin las levaduras, algas unicelulares, protozoos y

archaeas se reproducen por fisin binaria.
Para el crecimiento celular se necesitan varias condiciones o requerimientos fsicos (pH,
temperatura, presin osmtica) y qumicos (fuentes de carbono, nitrgeno, azufre,
fsforo, elementos traza, oxgeno, vitaminas, etc). En esta leccin describiremos los
requerimientos qumicos o nutricionales y en las prximas lecciones los fsicos.
38

Fuente de carbono
Es la principal fuente para la obtencin de energa, y composicin de elementos o
estructuras celulares. Los organismos fotosintticos (auttrofos) obtienen el carbono a
partir del CO2 y lo convierten en glucosa, mientras que los hetertrofos lo obtienen de
fuentes orgnicas como carbohidratos, protenas, y lpidos. El carbono constituye casi la
mitad de peso seco de una clula.
Fuente de nitrgeno
Sirve para la sntesis de protenas, cidos nucleicos (ADN, ARN) y enzimas. Los
microorganismos lo pueden asimilar a partir de fuentes inorgnicas o de compuestos que
lo contengan como es el caso de las protenas. Unas bacterias utilizan el nitrgeno en la
forma reducida proveniente del amonio (NH4+), otras a partir de nitratos (NO3-) o nitritos
(NO2-) y las fijadoras de nitrgeno o las simbiticas a parir de nitrgeno molecular o libre
(N2).
Fuentes de azufre y fsforo

El azufre es til para la sntesis de ciertos aminocidos, coenzimas y vitaminas que
contienen este elemento es su composicin estructural (indispensable para la formacin
de enlaces disulfuro en protenas). Se puede obtener en la naturaleza partir del in sulfato
(SO4-2), sulfuro de hidrgeno (H2S) y aminocidos que lo contengan.
El fsforo es un elemento indispensable para la sntesis de ATP, cidos nucleicos y
fosfolpidos y se encuentra principalmente en iones de fosfato inorgnico (PO43-).
Elementos traza y vitaminas

Existen otros elementos que si bien no se requieren en grandes cantidades son
importantes para la actividad metablica o composicin celular, donde alguno de ellos
acta como cofactores o facilita la produccin, degradacin de ciertos sustratos o
sustancias y en la formacin de esporas, entre ellos tenemos al calcio, hierro, cobre,
magnesio, manganeso, potasio, zinc, sodio y cloro. Estos ltimos se requieren en
grandes cantidades (NaCl) para el crecimiento de bacterias halfilas.
NOTA:Por favor ver el siguiente enlace las pginas 168 hasta 183 y 188 hasta 208:
http://books.google.com.sv/books?id=Nxb3iETuwpIC&printsec=frontcover&dq=introd
ucci%C3%B3n+a+la+microbi%C3%
B3logia+tortora&hl=es&ei=15w9TuzyHuPX0QH3v7DDBw&sa=X&oi=book_result&ct=
book-thumbnail&resnum=1&ved=0CCsQ6wEwAA#v=onepage&q&f=false
39

Leccin 17. Curva de crecimiento

Durante el ciclo de crecimiento el comportamiento de las poblaciones bacterianas puede
estudiarse mediante el crecimiento de las clulas en funcin del tiempo. Cuando
inoculamos bacterias en un medio de cultivo lquido y fresco se dan cuatro fases en las
que se puede dividir el crecimiento microbiano (figura 22).
Figura
22.
Curva
de
crecimiento
microbiano.
Ver
detalle
en
texto. (Tomado http://www.facmed.unam.mx/deptos/microbiologia/bacteriologia/generalidades.html).
el
Fase de adaptacin, retraso o latencia

Es un periodo de adaptacin al medio donde las bacterias comienzan a prepararse
metablicamente sintetizando enzimas y molculas importantes para la reanimacin del
crecimiento. En esta fase la divisin celular es escasa o nula con velocidad de
crecimiento Vc = 0. Este periodo puede durar entre 1 hora o varios das dependiendo del
microorganismo, las condiciones de crecimiento y la edad del cultivo del que se tom el
inculo.
Logartmica o exponencial
Es la fase de mximo crecimiento celular y actividad metablica donde las clulas
comienzan a dividirse activamente a velocidad constante Vc = constante. En este periodo
los microorganismos aprovechan al mximo los nutrientes presentes en el medio de
40

cultivo y cuando se le aportan todas las condiciones ptimas puede generar productos
de inters industrial; aunque es la fase de mayor sensibilidad a antimicrobianos.
Fase estacionaria
Cuando de agotan los nutrientes, aumentan las toxinas, cambia el pH y disminuye el
oxgeno la velocidad de crecimiento comienza a decrecer hasta llegar a cero Vc = 0, ya
que el nmero de clulas que se dividen es igual al nmero de clulas que mueren.
Fase de declinacin o muerte

En esta fase el nmero de clulas de clulas que se dividen comienzan a disminuir
notablemente mientras que aumentan de una forma sostenida las que mueren, Vc =
negativa, en esta etapa las clulas pierden casi completamente toda sus actividad
metablica y comienzan a lisarse mientras que unas pocas, las ms resistentes pueden
sobrevivir con los nutrientes de las que mueren.
NOTA:
Leer en el siguiente enlace para mayor informacin:
http://www.ucv.ve/fileadmin/user_upload/facultad_farmacia/catedraMicro/08_Tema_6_crecim
iento.pdf
Leccin 18. Medidas directas del crecimiento microbiano

Existen varios mtodos para medir el crecimiento de las poblaciones microbianas:
Recuentos en placa o de colonias

Es el mtodo ms usado para medir poblaciones bacterianas, ya que a diferencia de otros
permite contabilizar el crecimiento de clulas viables, es decir clulas que pueden dar
una descendencia. Su principal desventaja es que requiere mnimo 24 horas para
conocer los resultados del recuento y en la industria a veces se requieren resultados ms
rpidos. Es muy usado en la microbiologa de alimentos, pero puede ser impreciso
cuando se toman muestras naturales, como por ejemplo el suelo; donde no todos los
microorganismos a pesar de estar presentes en la misma muestra podrn crecer en el
medio de cultivo seleccionado dado a la diferencia de requerimientos nutricionales.
41

Esta tcnica se fundamenta en que cada colonia est compuesta por un solo tipo de
bacteria. Los recuentos se informan en unidades formadoras de colonias (UFC). Existen
dos mtodos para realizar el recuento en placa: el mtodo de placa vertida o el mtodo
de extensin en placa (figura 23). Cuando el nmero de colonias en placa supera el de
300 UFC es recomendable realizar diluciones seriadas para diluir el inculo original y
facilitar el conteo.
Figura 23. Mtodos de recuento en placa de clulas viables (tomado de Madigan et al. 2003).
Mtodo de extensin en placa

Se coloca un volumen de inculo no superior a 0.1 ml (100 l) sobre la superficie de un
medio de cultivo y se extiende uniformemente por toda la placa con un asa o varilla de
vidrio estril hasta que el medio lo absorba por completo, posteriormente se incuba a una
temperatura determinada hasta que aparezcan las colonias y as realizar el recuento. Ver
figura 23.
Mtodo de placa vertida

Sobre una placa estril sin medio de cultivo se agrega cierto volumen del inculo (0.1
1.0 ml) al que se aade el medio de cultivo con una temperatura de 45 o 50 C, luego se
agita suavemente la placa para mezclar, despus que el agar se solidifica y se incuba las
colonias crecern y en la superficie del agar. El principal inconveniente de este mtodo
es que ciertos microorganismos sensibles al calor pueden verse daados por la
temperatura del agar fundido. Ver figura 23.
Mtodo de diluciones seriadas
Cuando una muestra contenga muchos microorganismos que superen las 300 UFC se
recomienda realizar diluciones seriadas que faciliten el conteo y permita obtener
42

resultados confiables; luego de las diluciones se siembran las placas y se procede a hacer
el conteo del nmero de colonias que debe ser multiplicado por el factor de dilucin para
obtener las UFC por mililitro de muestra original (figura 24).
Filtracin
Es un mtodo muy usado en microbiologa de aguas cuando la concentracin de
bacterias presentes en la muestra es muy baja. Para la filtracin por membranas 100 ml
de agua atraviesan un filtro con poros muy pequeos que no pueden pasar las bacterias,
las cuales se quedan en la superficie del filtro, ste se transfiere a una almohadilla con
medio de cultivo donde las colonias pueden crecer y con una incubacin previa hacer el
recuento. Es una tcnica muy usada para detectar y cuantificar bacterias de
contaminacin fecal (coliformes fecales).
NOTA:
Leer las secciones 6.5, 28.1 y 20.3 en: Madigan, M., Martinko, J &
Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed).
Madrid: Pearson Prentice Hall
Figura 24. Mtodo de diluciones seriadas para recuento en placa de colonias (tomado de Tortora et al.
2007).
43

Recuento microscpico directo

En esta tcnica un volumen definido se coloca en un portaobjetos para luego ser
observado al microscopio. El mtodo de recuento de Breed es muy usado en la industria
lctea, en ste se colocan 0.01 ml de muestra sobre un portaobjetos con un recuadro de
1 cm2 que se tie con un colorante para luego contar las clulas observadas con el
objetivo de 100X, al final el nmero de bacterias contadas se multiplica por 100. Los
recuentos microscpicos tambin se realizan usando la cmara de Petroff-Hausser; estos
mtodos no requieren tiempo de incubacin (Tortora et al. 2007).
Entre las principales desventajas del recuento directo tenemos: se pueden contar clulas
muertas y vivas, dificulta el conteo de bacterias mviles, se requieren concentraciones
de bacterias adecuadas.
Leccin 19. Factores fsicos en el crecimiento microbiano
Temperatura
Es uno de los aspectos ms importantes en el crecimiento microbiano porque influencia

las reacciones bioqumicas de la clula, donde para muchas enzimas a medida que
aumenta la temperatura se incrementan las reacciones catalticas y por tanto el
crecimiento se acelera, pero aumenta demasiado las enzimas se desnaturalizan y se
inactivan adems de lisarse las membranas; si son muy bajas las membranas se
congelan y las actividades metablicas prcticamente se anulan.
Los microorganismos pueden crecer a temperaturas mnimas, ptimas y mxima. La
temperatura mnima es la ms baja donde puede crecer la especie, por debajo de sta
no hay crecimiento. La temperatura ptima es la temperatura donde crece ms rpido y
mejor. La temperatura mxima, es la temperatura ms elevada que puede soportar el
microorganismo para crecer.
Los microorganismos tambin se clasifican de acuerdo al rango de su temperatura ptima
(sicrfilos, mesfilas y termfilos) y estn subclasificadas como obligadas o facultativas.
Las obligadas deben tener condiciones ambientales especficas y las facultativas son
capaces de tolerar condiciones ambientales (figura 25).
Figura
25.
Efecto de la
temperatura en
el crecimiento
microbiano.
(Tomado
de
Madigan et al.
2003).
44

Sicrfilos
Son aquellos microorganismos afines al fro o con temperaturas de crecimiento bajas (0
20 C). Existen sicrfilos estrictos que crecen a 0 C pero con una T ptima de 15C;
mientras que los sicrotrofos o sicrofilos facultativos pueden crecer a 0 C pero tienen
temperaturas ptimas entre 20 y 30C. Este grupo se encuentran en ocanos, zonas
polares y contaminando alimentos refrigerados.
Las algas (Chlamydomonas Nivalis) estn dentro de los sicrfilos ms estudiados las
cuales crecen en zonas nevadas dando tonalidad roja o verde a la superficie (Madigan et
al. 2003).
Mesfilos
Aquellos microorganismos con afinidad a temperaturas moderadas y con temperatura
ptima de crecimiento entre 25 y 40 C. En este grupo encontramos a la mayora de los
microorganismos ambientales y patgenos.
Termfilos
La mayora de las eucariotas estn por fuera de este grupo, son aquellos
microorganismos capaces de crecer a temperaturas elevadas y con afinidad por el calor.
Tienen temperaturas ptimas entre 50 y 60 C. Los hipertermfilos o termfilos extremos
tienen temperaturas ptimas de crecimiento de 80 C o ms, cierto miembros del
dominio Archaea hacen parte de este grupo. La mayora se encuentran en compost,
aguas termales y fumarolas hidrotermales de volcanes.
pH
Los microorganismos se clasifican segn su tolerancia al pH en acidfilos, con rangos de

pH desde 0 hasta 5.4 (hongos levaduras, ciertas bacterias quimioautotrofas); neutrfilos,
con pH ptimo de crecimiento de 6.5 a 7.5 (la mayora de bacterias ambientales y
patgenas) y alcalfilos, con pH ptimo de 9 y 10 (microorganismos productores de
lipasas, Archaea).
NOTA:
Ver en el siguiente enlace para mayor informacin (desde la pgina 8):
http://www.higiene.edu.uy/cefa/2008/FisiologiayMetabolismoBacteriano.pdf
45

Leccin 20. Oxgeno y el crecimiento microbiano

Los microorganismos tienen diferentes exigencias respecto a la concentracin o
disponibilidad de oxgeno para cumplir con todas sus funciones metablicas (figura 26).
Los microorganismos aerobios producen ms energa a partir del nutriente respecto a los
que no usan el oxgeno. Se clasifican en relacin al oxgeno como:
Aerobios estrictos
Son aquellos que necesariamente requieren el oxgeno para vivir, su metabolismo es

de respiracin aerobia es decir que el oxgeno es el aceptor final de electrones. La
enzima catalasa y superxido dismutasa (SOD) permite que contrarreste las formas
txicas del oxgeno como es el caso de los radicales libres, anin perxido, radical
hidroxilo, etc. Existen aerobios facultativos, los cuales pueden crecer en presencia o
ausencia de oxgeno.
Anaerobios facultativos
Utilizan el oxgeno cuando est presente pero cuando no hay pueden continuar su
crecimiento a travs de la fermentacin o respiracin anaerobia. Aunque su
crecimiento es mayor en presencia de oxgeno as como su produccin de energa.
Ejemplo, Escherichia coli.
Figura 26. Efecto del oxgeno en el crecimiento microbiano. (a) Microorganismos aerobios; (b)
anaerobios estrictos; (c) anaerobios o aerobios facultativos (c); (d) microaerfilos y (e) anaerobios
aerotolerantes. (Tomado de Madigan et al. 2003).
46

Anaerobios estrictos
No pueden usar el oxgeno molecular (O2) como aceptor de electrones para la

produccin de energa ni para su crecimiento. No tienen enzimas para neutralizar las
formas txicas del oxgeno y por esto dada su extrema sensibilidad pueden morir
cuando este elemento est presente en el medio. Ejemplo, especies de Clostridium.
Anaerobios aerotolerantes
Toleran el oxgeno porque tiene una enzima (SOD), que neutraliza las formas txicas
del oxgeno pero no lo usan para su crecimiento ni para la obtencin de energa. Los
de este grupo fermentan los carbohidratos para formar cido lctico. Ejemplo, los
lactobacilos usados en la produccin de quesos, yogures y alimentos fermentados.
Microaerfilos
Son aerobios que requieren oxgeno pero no en concentraciones elevadas. Son

sensibles a radicales libres y perxidos. Su tipo de respiracin es aerobia. Ejemplo,
bacterias de aguas negras, Methanobacterium formicicum.
NOTA:
Leer la seccin 6.13 oxgeno y crecimiento microbiano en: Madigan, M.,
Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos.
(10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
47

Captulo 5. Eucariota y procariota

Leccin 21. Archea
Son microorganismos procariotas unicelulares con morfologa similar a las bacterias
(cocos, bacilos) y con otras formas diferentes (clulas rectangulares, cuadradas y
planas). Una caracterstica importante es que la pared celular no contiene peptidoglucano
como las bacterias sino protenas, los lpidos de la membrana celular se unen mediante
enlaces ter los cuales le dan una mayor resistencia para sobrevivir en ambientes
extremos (salinidad, acidez, alcalinidad), utilizan isoprenoides para sintetizar fosfolpidos
de membrana que impidan la fusin de stas a altas temperaturas, en algunas archaeas
la membrana celular est constituida por una monocapa lipdica.
Su locomocin o desplazamiento se da con la ayuda de flagelo, a diferencia de otras
clulas no forman esporas, se reproducen asexualmente y se dividen por fisin binaria,
fragmentacin o brotacin. Viven en ambientes extremos como aguas termales, lagos
salados, alta presin, bajas temperaturas y en ambientes habituales: ocanos, suelos,
humedales. Aunque pueden establecer relaciones simbiticas con otros organismos
(comensalismo y mutualismo) todava no se conocen archaeas patgenas humanas.
Nutricin
Su metabolismo es muy diverso; algunos son fottrofos (usan la luz como fuente de
energa) pero no producen oxgeno como las plantas o las cianobacterias, otras archaeas
son littrofas (compuestos inorgnicos como fuente de energa y carbono) y tambin
pueden tener una nutricin organotrfa (compuestos orgnicos como fuente de energa
y carbono). Aunque tambin existen especies que fijan el CO 2 (auttrofos). Sus
necesidades fisiolgicas de oxgeno varan entre aerobios, anaerobios facultativos o
aerobios estrictos. La figura 27 muestra algunas divisiones del dominio Archaea.
Figura 27. Dominio Archaea. (Tomado del enlace: http://universe-review.ca/F10-multicell.htm).
48

Algunos grupos fisiolgicos
Halfilos extremos
Viven en ambientes de elevada salinidad (incluso cercanos a la saturacin) como

lagos salados y salinas. Cuando un ambiente salino se acerca a una concentracin
mnima de sales las archaeas comienzan a crecer y forman una tonalidad rojiza
producida por carotenoides y otros pigmentos. Algunos gneros crecen en ambientes
muy alcalinos (pH de 9 11) pero la mayora, entre ellos el gnero Holobacterium lo
hace en medios cidos, pueden ser gramnegativos, inmviles aunque algunas tienes
flagelos, tienen una gran proporcin de plsmidos y casi todas son aerobias estrictas.
Una caracterstica particular de este grupo frente a otras archaeas es que los
ribosomas requieren altas concentraciones de potasio (Madigan et al 2003) (figura
28).
Metangenos
Estos microorganismos producen metano como producto de desecho a partir de la

respiracin (metanognesis). Son anaerobios estrictos, existen algunos termfilos
aunque la mayora son mesfilas. Los sustratos utilizados para la produccin de
metanol son diversos (CO2, CO, formato, metlicos y acetotrficos). Su hbitat est en
ambientes anxicos (fangos pantanosos, sedimentos de lagos, tracto digestivo de
mamferos e insectos, fuentes hidrotermales, etc. En este grupo est el
gnero Methanobacterium y Methanococcus (Madigan et al 2003) (figura 28).
Figura 28. Archaeas halfilas y metangenas. A la izquierda Halococcus archaea y a la

derecha Methanobacterium
formicicum.
Imgenes
tomadas
de
los
enlaces:http://www.sciencephoto.com/images/download_lo_res.html?id=662440039 y http://www.look
fordiagnosis.com/mesh_info.php?term=Methanobacterium&lang=2
Thermoplasmatales
Contiene tres gneros que adems de ser termfilos son acidfilos extremos. El
gnero Thermoplasma, es aerobio facultativo, crece a pH 2.0, no tienen pared celular
pero si flagelos, es quimioorganotrofo; se pueden encontrar en restos orgnicos del
carbn. El gnero Ferroplasma, es quimiolittrofo y auttrofo, obtiene la energa a
49

partir del in frrico y usa el CO2, crece a 35 C, tampoco tiene pared celular. Por
ltimo el gneroPicrophilus, puede crecer en pH de 0.06, tiene pared celular a pH
moderados de 4.0 las clulas se desintegran (Madigan et al 2003) (figura 29).
Figura
29. Microfotografa
de Thermoplasma
acidophilum.
enlace: http://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Thermoplasma
Tomado
del
Hipertermfilos de volcanes terrestres
Pueden vivir a temperaturas de 100 C, en este grupo est el gnero Sulfolobus, que
crece en manantiales ricos en azufre y a pH cidos, es quimiolitotrfico aerbico, este
microorganismo se adhiere a los cristales de azufre pero tambin puede usar iones
de hierro y cobre (Madigan et al 2003) (figura 30).
Figura
30. Solfulobus
archaea.
Microfotografa
enlace: http://www.sciencephoto.com/media/13222/enlarge
tomada
del
NOTA:
Leer en el captulo 13 Diversidad procariota Archaea en: Madigan, M., Martinko, J &
Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson
Prentice Hall.
50

Leccin 22. Hongos

Son microorganismos eucariotas pertenecientes al reino Fungi, pueden ser unicelulares
(levaduras) o pluricelulares (setas). Es uno de los grupos ms heterogneos. A diferencia
de las plantas la pared celular est compuesta en su mayora por quitina. Su hbitat es
muy diverso, pueden estar presentes en la materia orgnica en descomposicin del
suelo, en ambientes acuticos (agua dulce o salada), en desiertos, sedimentos marinos,
o infectando otros organismos como las plantas y animales (incluido el hombre). No
poseen cloroplastos por lo tanto son hetertrofos, incapaces de fabricar su alimento, a
diferencia de clulas animales vierten enzimas hidrolticas al medio extracelular para
facilitar la absorcin de nutrientes. Su reproduccin puede ser sexual o asexual. De
acuerdo a su morfologa macroscpica y microscpica se dividen en hongos
filamentosos, levaduriformes y carnosos.
Hongos filamentosos (mohos) y carnosos
Estn compuestos por hifas o filamentos que se pueden unir y entrelazar de forma
abundante hasta formar el micelio que puede verse a simple vista. Las hifas pueden estar
divididas por tabiques llamados septos, con la presencia de un ncleo o tambin pueden
ser aseptadas o cenocticas (con muchos ncleos). Tienen pequeos poros que permiten
el intercambio.
El micelio se clasifica en areo (o reproductivo), ste crece en la superficie del medio de
cultivo y contiene las estructuras reproductivas (conidias o esporas) y el micelio
vegetativo, que est dentro del medio de cultivo para absorber y obtener los nutrientes
(figura 31).
Figura 31. Ejemplos de hongos filamentosos. A la derecha Aspergillus sp. (Tomado del
enlace: http://www.emlab.com/s/sampling/env-report-09-2006.html) y a la izquierda cultivo en agar
de Aspergillus fumigatus tomado del enlace: http://es.wikipedia.org/wiki/Aspergillus_fumigatus.
51

Hongos levaduriformes
Son microorganismos unicelulares, de forma ovalada ms grandes que las bacterias, se dividen
por gemacin o brotacin (figura 32), su hbitat es generalmente en ambientes con azcares:
frutos, cortezas, flores; tambin pueden infectar insectos o animales. Es importante aclarar que
no todas son patgenas, por ejemplo, Saccharomyces es muy usada en procesos fermentativos
en la industria alimentaria.
Figura 32. Ejemplo de hongo levaduriforme. Microfotografa de Saccharomyces cerevisiae. Tomado

de http://www.microbiologyonline.org.uk/about-microbiology/introducing-microbes/fungi
Reproduccin
Los hongos tienen reproduccin sexual y asexual a travs de esporas, las cuales no
podemos confundir con las endosporas de las bacterias que son estructuras de
resistencia y no reproductiva. Son dos los tipos de esporas (esporas sexuales y conidias
o esporas asexuales). Las esporas asexuales (conidias) se desprenden de una hifa, y
cuando germinan se convierten en un individuo idntico al parental; mientras que, las
esporas sexuales fusionan ncleos e intercambian material gentico de tal manera que
la clula hija tendr caractersticas de ambas cepas parentales (Tortora et al. 2007).
Nutricin y aplicaciones ambientales
Los hongos son hetertrofos (quimioorganotrofos que necesitan compuestos orgnicos
como fuente de energa y carbono), crecen en ambientes con pH cidos (alrededor de 4
y 5) y altas concentraciones de azcares porque su requerimiento de carbohidratos es
ms alto que el de las bacterias, mientras que el del nitrgeno es menor, los hongos
filamentosos son aerobios entretanto las levaduras son anaerobias facultativas, no
existen hongos anaerobios estrictos.
Los hongos tienen la capacidad de degradar carbohidratos complejos como la lignina y
celulosa en sus actividades metablicas, compuestos que se encuentra en grandes
cantidades en las plantas, por lo tanto tienen un papel beneficioso en la descomposicin
de material vegetal muerto, leoso o de desecho en los bosques. Tambin establecen
relaciones simbiticas con las plantas (micorrizas) y le ayudan a la absorcin y
asimilacin de minerales que seran muy difciles de captar por la planta individualmente.
Los hongos tambin producen sustancias de inters industrial y farmacolgico (etanol,
52

bebidas, antibiticos, etc), adems de utilizarse como fuente de alimentos ya que mucho
de ellos son comestibles (championes) y tienen importantes calidades nutricionales de
carbohidratos, protenas y vitaminas.
Algunos filos de importancia
Zygomycota
Son hongos filamentosos que crecen en materia orgnica en descomposicin

(saprofitos), tambin infectando insectos, tienen hifas cenocticas. Sus esporas
sexuales (zigosporas), son grandes y cubiertas por una pared gruesa, se que se
producen por meiosis; las esporas asexuales se conocen como esporangiosporas.
Entre los hongos ms conocidos tenemos al moho de pan, Rhizopus stonolifer y
el Mucor sp. Ver la figura 33.
Basidiomycota
Tienen hifas septadas, se encuentran en el suelo o material vegetal, las basidiosporas

son sus esporas sexuales que se forman por meiosis, y las conidias sus esporas
asexuales. Dentro de este grupo encontramos a las setas u hongos macroscpicos.
Ver figura 34.
Ascomycota
Es el grupo ms grande, tambin

llamados hongos en sacos, crecen en
diversos ambientes (suelos, vegetales,
cuero, tela, vidrios, madera, etc). Sus
esporas asexuales son los conidios y la
sexuales las ascosporas. Tambin hay
levaduriformes
entre
ellos Saccharomyces
cerevisiae (ampliamente usada en
procesos fermentativos), la mayora de
los lquenes, muchos actan como
micorrizas u hongos endfitos. Ver
figura 34.
Figura 33. Ciclo de vida del moho del

pan Rhizopus stolonifer. (a) Reproduccin
asexual y (b) reproduccin sexual del
hongo Rhizopus stolonifer. Tomado del
enlace:http://iescarin.educa.aragon.es/estati
ca/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Secci
on%205/5%20-%20Capitulo%2029.htm
53

Figura 34. Ciclo de vida de Basidiomycota y Ascomycota. A la izquierda y derecha

respectivamente.http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%20
5/5%20-%20Capitulo%2029.htm
NOTA:
Leer la seccin 14.9 sobre hongos en: Introduccin a la microbiologa en:Madigan, M.,
Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid:
Pearson Prentice Hall.
54

Leccin 23. Hongos mucosos

Son organismos eucariotas, que producen esporas y tienen movimientos ameboides, se
encuentran en material vegetal en descomposicin, suelo, en ambientes hmedos o
acuticos y se alimentan de principalmente de bacterias que ingieren por fagocitosis.
Existen dos grupos:
Hongos mucosos celulares
Se originan de la germinacin de una espora en condiciones favorables que genera

amebas individuales que pueden agregarse gracias a la seal de adenosinmonofosfato
cclico (cAMP) para posteriormente formar otro cuerpo fructfero que produzca esporas.
Son conocidos como hongos acelulares. Pueden tener reproduccin sexual o asexual.
Ejemplo, el gneroDictyostelium (figura 35).
Figura 35. Ciclo de vida de Dictyostelium discoideum. (Tomado de Kessin, 2000).
Hongos mucosos plasmodiales
Son una masa protoplasmtica multinucleada llamada plasmodio, con movilidad

ameboide, tienen microfilamentos debajo de la membrana plasmtica que favorecen
el desplazamiento. Pueden tener reproduccin sexual u asexual. Ejemplo el
gnero Physarum (figura 36).
55

Figura 36. Hongos mucilaginosos. A la izquierda imagen de un plasmodio reticulado y a la derecha

imagen
de
cuerpos
fructferos.
Tomado
del
enlace:http://cnho.wordpress.com/2010/05/28/%C2%ABhongos-mucilaginosos%C2%BB
%C2%BFreinventando-la-pluricelularidad/
NOTA:
Leer la seccin 14.10 sobre hongos mucosos en: Introduccin a la microbiologa
en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los
microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
Leccin 24. Protozoos

Son organismos unicelulares eucariotas, sin pared celular, se mueven a travs de
flagelos, cilios o seudpodos (pies falsos), son mucho ms grandes que las bacterias,
algunos tienen cloroplastos (dinoflagelados y euglenoides), presentes en ambientes
acuticos (agua dulce o salada), suelo, rboles, ambientes hmedos, viven como
entidades libres o como parsitos. Pueden reproducirse sexual (conjugacin) o
asexualmente (fisin). Forman estructuras en medios adversos llamados quistes.
Nutricin
Son quimiohetertrofos, principalmente aerobios, saprofitos (alimentacin de materia
orgnica en descomposicin), los ciliados se nutren por fagocitosis donde el alimento
(bacterias, resto de clulas, pequeas clulas eucariotas) entra por una abertura
semejante a una boca llamada (citostoma) hacen la digestin en las vacuolas y los
desechos salen por un poro anal. Al estadio de alimentacin o crecimiento se le conoce
como trofozoito.
Al ser depredadores que cazan bacterias, hongos pequeos y algas juegan un papel muy
importante en la cadena alimentaria y en el equilibrio de la biomasa y poblaciones de la
56

microbiota. Unos pocos son patgenos humanos pero lo que estn en este grupo tienen
una gran repercusin en la salud pblica.
Reproduccin
Su reproduccin en forma asexual es por fisin o esquizogonia (el ncleo sufre mltiples
divisiones para formar varios ncleos que luego son rodeados por citoplasma para formar
nuevas clulas hijas). En la reproduccin sexual (conjugacin) de algunos ciliados como
el Paramecium como lo muestra la figura 37, dos clulas con ncleos haploides se
fusionan donde un ncleo migra hacia el otro y al separarse las dos clulas cada una
queda fecundada donde luego de la divisin producirn clulas hijas con ADN
recombinante (Tortora et al 2007).
Clasificacin
Basados en el tipo de locomocin o movimiento podemos clasificarlos en varios grupos:
Mastigophora: flagelados
Son protozoos flagelados (uno o ms flagelos) de vida libre, estn presentes en

ambientes acuticos y pueden ser patgenos de animales (incluido el hombre). En
este grupo encontramos a los euglenoides los cuales tienen cloroplastos que le
permiten tener un tipo de nutricin fotoauttrofa, pero cuando no tiene luz disponible
puede crecer como un quimioorganotrofo (figura 38). Dentro de los flagelados se
encuentran
los
hemoflagelados
(parsitos de
la
sangre)
como
el
gnero Trypanosoma que son transmitidos por insectos hematfagos.
Ciliophora
Poseen filamentos cortos y numerosos (cilios) alrededor de la clula que le permiten

el desplazamiento, el ciliado ms conocido es Paramecium (figura 39). Pueden estar
presentes en agua dulce o salada adems de infectar animales.
Figura
37. Conjugacin
del
protozoo Paramecium.
enlace: http://www.geocities.ws/batxillerat_biologia/reprosex.htm
Tomado
del
57

Sarcodina
Se desplazan por medio de proyecciones o extensiones del citoplasma llamadas

seudpodos, pueden estar presentes en ambientes acuticos y parasitar animales.
En este grupo se encuentra las amebas como Entamoeba histolytica que causa
enfermedades como la disentera. (Figura 38)
Esporozoos
Son parsitos obligados e inmviles en estado adulto. El ejemplo ms importante es

el gnero Plasmodium causante de la malaria (figura 38).
Figura
39. Ejemplo
de
ciliophora. Paramecium y
sus
enlace: http://www.geocities.ws/batxillerat_biologia/reprosex.htm
partes.
Tomado
del
58

Figura 38. Phylum del reino protista. Este reino incluye hongos mucosos, protozoos y algas. En el cuadro
se describen algunas caractersticas y ejemplos. (Tomado del
enlace: http://cnho.wordpress.com/2010/05/28/%C2%ABhongos-mucilaginosos%C2%BB%C2%BFreinventando-la-pluricelularidad/).
NOTA:
Leer por favor las pginas 8 hasta la 11 del siguiente enlace:
http://docencia.udea.edu.co/bacteriologia/MicrobiologiaAmbiental/microbiologia_7.pdf
59

Leccin 25. Algas

Son organismos eucariotas, unicelulares o pluricelulares, forman agregados, tienen
cloroplastos que le permiten realizar procesos de fotosntesis, la mayora son verdes pero
pueden presentar coloraciones rojizas o marrones gracias a las xantofilas, viven en
ambientes acuticos y en el suelo. Cuentan con varios tipos de clorofila y polmeros de
reserva que incluso sirven para su identificacin, existen formas microscpicas y
macroscpicas. Las algas multicelulares tienen un cuerpo conocido como tallo. Tienen
reproduccin sexual y asexual.
La composicin qumica de sus paredes celulares es variable en algunas est formada
por celulosa modificada por polisacridos (xilano, peptina, cido algnico, etc), en otras
por carbonato de calcio, quitina o silicio (diatomeas). Las paredes celulares tienen poros
que le permiten el ingreso de molculas pequeas, iones y sustancias nutritivas para su
metabolismo (Madigan et al 2003).
Son habitantes cosmopolitas de la tierra, productores de oxgeno, la mayora se
encuentran en aguas ocenicas pero es muy comn observarlas en ros, rocas,
vegetales, plancton, cortezas, paredes y formando asociaciones simbiticas mutualistas
con hongos (lquenes), animales y helechos. Aunque tambin existen algas parsitas.
Tienen una gran importancia ecolgica porque fijan el dixido de carbono en molculas
orgnicas que puedan ser asimiladas por organismos quimiohetertrofos, convierten el
CO2 en carbohidratos y producen oxgeno. Son indicadores de contaminacin y equilibrio
ambiental (Tortora et al 2007).
La ficologa es la ciencia que estudia las algas. Las figuras 38, 40, 41 y 42 muestran
ejemplos de los grupos de algas. Las figuras 40 y 41 fueron tomadas del enlace
virtual: http://www.tutorvista.com/content/biology/biology-iii/kingdoms-livingworld/algae.php
Algunos filos de algas
Cuadro 5. Comparacin de caractersticas de filos de algas.
Phylum
Nombre
Phaeophyta
Algas pardas
Pared
Celular
Celulosa
o
alginato
Rhodophyta
Algas rojas
Celulosa
Morfologa
Pigmentos
Reserva
Aplicacin/caracterstica
Multicelulares
con filamentos
o
ramificaciones
semejantes a
plantas
Unicelulares y
multicelulares,
filamentosas
con
ramificaciones
Clorofilas
acy
xantfilas
Carbohidratos
(laminaria)
Clorofilas a
y d,
ficocianina
y ficoeritrina
Polmeros de
glucosa,
floridean
El alginato se usa en la
industria
de
alimentos(helados,
repostera), neumticos,
lociones.viven
en
ambientes marinos
Obtencin de agar y
carragenina / algunas
algas producen toxinas
mortales.
Viven
en
ambientes marinos
60

Phylum
Nombre
Chlorophyta
Algas verdes
Bacillariophyta
Diatomeas
Pyrrophyta
Dinoflagelados
o plancton
Pared
Celular
Celulosa
Morfologa
Pigmentos
Reserva
Aplicacin/caracterstica
Unicelular y
multicelular
Clorofilas a
yb
Almidn
Pectina
y slice
Unicelulares
Lpidos o
aceite
Celulosa
Unicelulares
Clorofilas a
y c,
carotenos y
xantfila
Clorofila a y
ce,
carotenos y
xantinas
Forman el verde en
estanques. Viven en agua
dulce y suelo
Algunas pueden causar
intoxicaciones por el cido
domoico. Presentes en
agua dulce y marina
Algunas algas producen
neurotoxinas, producen la
marea roja. Viven en
ambientes marinos.
Almidn
Figura 40. Ejemplos de Phaeophyta.
Figura 41. Ejemplos de Clorophyta y Rodophyta. A, algas pertenecientes Clorophyta y B pertenecientes

a Rodophyta.
61

Figura 42. Ejemplos de Bacillariophyta y Pyrrophyta. Izquierda, varios tipos de diatomeas. A la

derecha Gonyaulax verior (A) una clula viva; (b) tecas en vista dorsal y ventral; (C) un quiste. Tomadas
de http://www.flickr.com/photos/52345239@N05/sets/72157625392836753/detail/http://www.nordicmicroa
lgae.org/taxon/Gonyaulax
NOTA:
Leer por favor el siguiente enlace para mayor informacin:
http://docencia.udea.edu.co/bacteriologia/MicrobiologiaAmbiental/microbiologia_7.pdf
62

Captulo 6. Sistema de vida anaerobio

Leccin 26. Respiracin anaerobia
Es un proceso de generacin de energa (ATP) a travs de reacciones de oxido reduccin
similar a la respiracin aerobia pero se caracteriza porque el aceptor final de electrones
no es el oxgeno molecular (O2) sino sustancias inorgnicas como nitratos (NO3-), iones
de hierro (Fe3+), sulfatos (SO42-), carbonatos y en algunas o pocas ocasiones compuestos
orgnicos (figura 43). En este tipo de respiracin se obtiene menos energa que en la
respiracin aerobia pero es vital para la supervivencia y metabolismo de microorganismos
anaerobios estrictos, aunque tambin puede presentarse en anaerobios facultativos los
cuales en ausencia de oxgeno recurren a esta va.
Al igual que en la respiracin aerobia tambin hay una cadena transportadora de
electrones anloga (con citocromos, quinonas, ferrosulfoprotenas y otras protenas
transportadoras de electrones), presentes en la membrana celular. Entre los
microorganismos que utilizan esta va tenemos: Pseudomonas, Bacillus, Desulfovibrio,
Thermoplasma, Methanococcus, etc.
La fermentacin y la respiracin anaerobia son dos procesos diferentes, porque aunque
la fermentacin es anaerbica en sta no participa una cadena transportadora de
electrones y el aceptor final es una sustancia orgnica.
Es importante resaltar que los microorganismos que emplean este tipo de respiracin
tienen un crecimiento ms lento respecto a los que usan la respiracin aerobia.
Metabolismo asimilador y desasimilador
Muchos microorganismos usan compuestos inorgnicos como fuentes de nitrgeno,
carbono, hierro, azufre, etc donde estos grupos se reducen, pero no podemos confundir
la asimilacin con el uso de iones inorgnicos como aceptores finales de electrones. Para
esto se emplean dos trminos: asimilacin y desasimilacin. En la asimilacin slo se
reducen los compuestos suficientes para cumplir las necesidades nutritivas del
microorganismo y formar macromolculas (frecuente en bacterias, hongos, plantas
superiores, etc), mientras que, en el metabolismo desasimilador se reduce una cantidad
mayor de compuestos orgnicos para ser aceptores de electrones, esto slo ocurre en
ciertas procariotas (Madigan et al 2003).
63

Figura 43. Ejemplos de respiracin anaerobia. (Tomado de Madigan et al. 2003).
NOTA:
Leer la seccin 17.13 sobre respiracin anaerobia en: Madigan, M., Martinko, J
& Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid:
Pearson Prentice Hall.
64

Leccin 27.Reduccin del nitrato y proceso de desnitrificacin

El nitrato (NO3-) y el amoniaco (NH3) son fuentes de nitrgeno inorgnico que pueden
usarse como aceptores de electrones en la cadena respiratoria anaerobia. Uno de los
ms comunes y estudiados es el NO3-, el cual puede ser reducido con la participacin de
enzimas (nitrato reductasa, nitrito reductasa, xido ntrico reductasa, y xido nitroso
reductasa) todas ellas presentes en la membrana celular, las dos primeras se encuentran
inmersas en la membrana mientras que las restantes slo en la superficie. Ellas slo se
activan en ausencia de oxgeno y cuando el nitrato est presente antes de expresarse
completamente las enzimas.
Cuando el aceptor de electrones nitrato es reducido a productos gaseosos que pasan a
las atmsfera se le conoce como desnitrificacin.
NO3- NO2- NO N2O N2
Cada reaccin es catalizada por las cuatro enzimas descritas arriba en su orden. La
nitrato reductasa (que contiene molibdeno) inicia la reduccin del nitrato a nitrito y la nitrito
reductasa lo reduce a xido ntrico y as sucesivamente hasta obtener nitrgeno gaseoso.
Al ser el nitrato una forma de nitrgeno accesible para las plantas las desnitrificacin es
considerada una prdida para la agricultura porque este pasa a la atmsfera como N 2.
Este proceso puede presentarse cuando los suelos estn anegados y la concentracin
de oxgeno disminuye. Pero puede convertirse en un beneficio para le tratamiento de
aguas residuales porque la reduccin de nitrato desfavorece el crecimiento de algas.
En bacterias como Escherichia coli el nitrato slo se reduce a nitrito mientras que el las
bacterias Paracoccus denitrificans yPseudomonas stutzeri es reducido hasta nitrgeno
molecular adems durante el transporte de electrones en la cadena respiratoria
anaerobia se genera un fuerza motriz protnica que produce ATP (figura 44).
Figura 44. Posible transporte de electrones en Pseudomonas stutzeri durante la desnitrificacin. Note que
hay enzimas inmersas en la membrana celular y periplsmicas. Fp = flavoproteinas, Q= ubiquinona y Cyt=
citocromos. (Tomado de Madigan et al. 2003).
65

Es importante mencionar que la mayora de las procariotas desnitrificantes en presencia

de oxgeno realizan respiracin aerobia ya que ella les proporciona ms energa aunque
est presente el nitrato (Madigan et al 2003).
NOTA:
Leer por favor el siguiente artculo para mayor informacin:
http://www.unicolmayor.edu.co/invest_nova/NOVA/NOVA6_ARTORIG4.pdf
Leccin 28. Reduccin de sulfatos

En los sistemas anaerbicos el sulfato (SO4-), la forma ms oxidada del azufre, se usa
como aceptor de electrones para generar energa y reducirlo finalmente a sulfuro (H2S)
para luego excretarlo. El sulfuro de hidrgeno es un compuesto importante en procesos
biogeoqumicos. El proceso ms favorable energticamente es la respiracin aerbica,
pero entre la reduccin de nitrato y sulfato esta ltima es menos favorable. Entre los
compuestos donadores de electrones ms usados por las bacterias sulfato reductoras
para reducir el sulfato estn el acetato, lactato, piruvato, etanol, fumarato, fosfitos, etc.
Para que el sulfato se reduzca a sulfuro deben ocurrir varias etapas. Primero
la activacin del sulfato, como el sulfato es una sustancia estable ste debe activarse
con ATP por medio de la enzima ATP sulfurilasa la cual une el sulfato a un fosfato del
ATP para formar adenosina fosfosulfato (APS), el APS puede reducirse a sulfito (SO3-2 +
AMP) por la actividad de la enzima APS reductasa y por ltimo el sulfito se reduce al
sulfuro (H2S) por la accin de la sulfito reductasa (figura 45).
66

Figura 45. Reduccin del sulfato. Esquema de reduccin asimiladora y desasimiladora del sulfato (tomado
de Madigan et al. 2003).
Durante la reduccin del sulfato el transporte de electrones genera una fuerza motriz
protnica til para la produccin de ATP por la accin de una enzima APT asa. En este
transporte de electrones participan varias protenas periplsmicas (enzima hidrogenasa,
citocromo c3, complejo de citocromo Hmc). Primero los electrones donados por el sustrato
citoplasmtico son recibidos por la enzima hidrogenasa las cual los transfiere al
citocromo c3 y ste a su vez al complejo Hmc el cual finalmente los transporta por la
membrana celular hasta el citoplasma donde los recibe la molcula de APS que
finalmente puede reducirse por la accin de la sulfato reductasa hasta formar sulfuro.
Entonces finalmente, un sulfato reducido a sulfuro genera fuerza motriz protnica que
produce una molcula de ATP. Pero cuando el lactato o piruvato es el donador de
electrones se genera otra molcula de ATP producida por la oxidacin del piruvato a
acetato (Madigan et al 2003) ver figura 46. Este es un proceso tpico en Desulfovibrio
desulfuricans.
67

Figura 46. Transporte de electrones en bacterias reductoras de sulfato. Para mayor detalle leer el texto
(tomado de Madigan et al. 2003).
En el metabolismo asimilador del sulfato, es decir el que tiene como finalidad la formacin
de compuestos orgnicos de azufre o biosntesis, la enzima APS quinasa aade otro
grupo fosfato a la molcula de APS para formar fosfoadenosina fosfosulfato (PAPS) el
cual puede continuar sus etapas hasta la formacin de sulfuro.
Todos los microorganismos reductores de sulfato son anaerobios obligados. El acetato
tambin es usado por muchas bacterias como donador de electrones para la reduccin
del sulfato. Otras bacterias sulfato reductoras usan compuestos de azufre en estado de
oxidacin intermedio para reducir desproporcionadamente compuestos de azufre.
Tambin se ha aislado una bacteria auttrofa y anaerobia estricta (Desulfotignum
phosphitoxidans) que acopla la reduccin del sulfato a la oxidacin del fosfito (HPO3-)
obteniendo como productos fosfatos y sulfuro. Como el fosfito se oxida espontneamente
en el aire todava no se conoce el sustrato que usa para obtenerlo pero se asume que
puede estar presente en ambientes anaerbicos (Madigan et al 2003).
NOTA:
Leer por favor el siguiente artculo para mayor informacin:
http://www.scielo.org.bo/pdf/rbfb/v17n1/v17n1a02.pdf
68

Leccin 29. Metanognesis

Es un proceso que realizan microorganismos conocidos como metangenos (archaeas
anaerobias estrictas) que usan el carbono (dixido de carbono) como aceptor final de
electrones para producir metano.
CO2 + 4 H2 CH4 + 2H2O
Coenzimas que participan en la metanognesis

Segn Madigan et al. (2003) pueden dividirse en las transportadoras de carbono y en las
que suministran electrones en la reacciones de xido reduccin:
Coenzima metanofurano (MF)
Transportan la unidad de carbono desde el sustrato inicial que puede ser CO 2 hasta
el sustrato final CH4. Participa en la primera etapa de la metanognesis.
Coenzima metanopterina (MP)
Porta la unidad de carbono en las etapas intermedias de la conversin del dixido de

carbono a metano.
Coenzima M (CoM)
Participa en la etapa final de la metanognesis, convierte el metilo (CH3) a metano

(CH4). Es la coenzima ms pequea de todas.
Coenzima F430
Su estructura est formada con un tetrapirrol con nquel, participa en el paso final de
la metanognesis como un complejo enzimtico de metilreductasa. A diferencia de
las anteriores no porta la unidad de carbono.
Coenzima F420
Es un derivado de flavina que participa como donador de electrones en la reduccin

del dixido de carbono. Esta coenzima fluoresce a 420 nm y puede se usada para
identificar metangenos.
Coenzima B (CoB)
Participa al finalizar la metanognesis con el complejo enzimtico de la

metilreductasa.
69

Proceso de metanognesis
Aunque la reduccin del dixido de carbono a metano usualmente depende del hidrgeno
molecular (H2), otros compuestos (acetato, formiato, monxido de carbono, alcoholes,
etc) tambin pueden actuar como donadores de electrones para la reduccin del CO 2.
En la metanognesis el CO2 es activado por la enzima que contiene metanofurano (MF)
y reducido a formilo, luego ste se transfiere a la enzima que tiene metanopterina (MP),
aqu se produce una molcula de agua y lo reduce a metileno, posteriormente lo vuelve
a reducir a metilo. El grupo metilo es transferido a la enzima CoM para formar metil-CoM y
reducirse finalmente a metano por la accin del complejo enzimtico metil reductasa
donde participan activamente F430 y CoB. La F430quita el CH3 del CH3-CoM y forma el
complejo Ni2+-CH3 que es reducido por los electrones aportados por el complejo unido
por puentes disulfuro CoM-S-S-CoB; para mayor ilustracin ver la figura 47. (Madigan et
al 2003).
La enzima que contiene F430 genera una fuerza motriz protnica capaz de generar ATP,
adems de las reducciones asociadas a la enzima heterodisulfuro reductasa que generan
reacciones exergnicas y extrusiones a travs de la membrana celular (Madigan et al
2003).
Los
microorganismos
metangenos (Methanosarcina
barkeri,
Methanobacterim formicicum, Methanopyurus,
etc) pueden encontrarse en materias orgnica
en
descomposicin,
zonas
pantanosos,
sedimentos, hidrotermales, reservas de petrleo
y ambientes anoxignicos con materias
orgnica, aunque tambin pueden estar
presentes en el trato digestivo de animales.
Figura 47. Proceso de metanognesis a partir de

dixido de carbono. El tomo de carbono aparece en
amarillo y la fuente de electrones en marrn. Los
electrones para la reduccin del CO2 provienen del
H2. Para mayor detalle leer el texto. (Tomado de
Madigan et al. 2003).
NOTA:Por favor leer el siguiente artculo:

http://redalyc.uaemex.mx/redalyc/pdf/231
1/231116434001.pdf
70

Leccin 30. Acetanognesis

La Acetognesis es un proceso que realizan microorganismos conocidos como
homoacetgenos (son anaerobios estrictos), que usan el CO 2 (compuesto abundante en
la naturaleza y ambientes anoxignicos) como aceptor de electrones para la generacin
de energa y al hidrgeno (H2) u otras sustancias (azcares, aminocidos, cidos
orgnicos, alcoholes, etc) como donadores de electrones para produccin de acetato:
4H2 + H+ + 2HCO3- CH3COO2 + 4H2O

C6H12O6 3CH3COO- + 3H+
2 piruvato + 4H 3CH3COO- + H+
Los homoacetgenos convierten el dixido de carbono en acetato a travs de la va
acetil-CoA o va Ljungdahl-Wood en honor a sus descubridores (figura 48).
Figura 48. Produccin de acetato a travs de la va acetil coenzima A. (Tomado de Madigan et al. 2003).
71

La mayora de homoacetgenos que excretan el acetato como producto del metabolismo

energtico son bacterias Gram positivas (Clostridium, Acetobacterium, etc).
Va de la acetil-CoA
La va de la acetil-Coenzima-A no es un ciclo, sino que reduce el dixido de carbono y
produce el acetato por medio de dos vas lineales. En la primera una molcula de CO2 se
reduce al grupo metilo que har parte del acetato y en la segunda otra molcula de
dixido de carbono se reduce para formar el grupo carbonilo, ambos se ensamblan y
forman la coenzima A, precursor del acetato (figura 48).
Entonces en mayor detalle, para obtener el acetato participa una enzima que usa como
cofactores iones de nquel, zinc e hierro, conocida como la monxido de carbono
deshidrogenasa (CO deshidrogenasa), la cual cataliza la formacin de CO que terminar
en la posicin carbonilo del acetato (-COO-). El grupo metilo se forma porque una
segunda molcula de CO2 se reduce por la coenzima tetrahidrofolato donde sta lo
transfiere a una enzima que contiene B12; finalmente por accin de la CO deshidrogenasa
se combina el grupo metil y CO, donde el Ni de la enzima interacciona con el grupo metilo
y el Fe de la enzima con el CO, adems de la coenzima A para formar acetil coenzima A;
en este paso se genera una fuerza motriz protnica que sirve para la sntesis de ATP.
Posteriormente el acetil coenzima A se convierte a acetato y se genera otro ATP. Por lo
tanto un ATP se forma por la fuerza motriz protnica mientras que el otro por fosforilacin
a nivel de sustrato.
NOTA:
Por favor leer el siguiente texto:
http://www.ingenieroambiental.com/4014/tratamiento545.pdf
72

UNIDAD 3. ECOLOGA Y MICROBIOLOGA
Captulo 7. Mtodos para estudiar microorganismos

Leccin 31. Anlisis de las comunidades microbianas basado en tcnicas de
cultivo
En las muestras ambientales es casi imposible encontrar un solo tipo de microorganismo,
pero cuando queremos aislar o conocer la microbiota de determinada muestra es muy
importante darles las condiciones que reflejen el medio en el que los microorganismos
deseados se encuentran, es decir, se debe tener en cuenta la temperatura, humedad,
pH, tipo de nutrientes, consistencia adecuada del medio, presencia o ausencia de gases,
luz, etc., de tal manera que las condiciones de laboratorio imiten el estado ideal del
microorganismo en la naturaleza y limite el crecimiento de aquellas especies que no
queremos estudiar. Uno de los mtodos ms usados para aislar microorganismos
ambientales son los medios de cultivo, stos pueden ser slidos, semi-slidos o lquidos
y deben otorgarle todas las condiciones nutricionales y ambientales para que se de el
crecimiento microbiano. Es importante resaltar que no todos los microorganismos pueden
cultivarse en el laboratorio, por ejemplo, archaeas presentes en ambientes con
temperaturas extremas. En estos casos los conocimientos de la biologa molecular y la
biotecnologa han sido clave para poder conocer parte de este tipo de organismos
extremfilos.
Existen varios tipos de medios de cultivo, entre ellos tenemos:
Medios definidos
Son aquellos medios de cultivo a los que se les conoce la composicin qumica y
concentracin de todos sus componentes, es decir fuente de carbono, nitrgeno, sales,
etc., o sustancias particulares como vitaminas, factores de crecimiento. Estos medios
suelen usarse para trabajos experimentales o para cultivar microorganismos
quimiohetertrofos o auttrofos.
Medios complejos
Son aquellos medios a los que no se les conoce la composicin qumica exacta de sus
componentes, como los que contienen extracto de levadura, peptona, extracto de carne,
etc. Son muy usados en el laboratorio para microorganismos ambientales y patgenos.
Medios selectivos
Contiene sustancias que favorecen el desarrollo y crecimiento de microorganismos

deseados pero inhiben el crecimiento de los indeseados. Suele usarse tanto para hongos
como para bacterias. Es muy til cuando se parte de inculos con poblaciones
microbianas heterogneas o mixtas.
73

Medios diferenciales
Permiten diferenciar microorganismos de acuerdo a sus propiedades y reacciones de

crecimiento en el medio. Ejemplo, en el agar sangre se diferencian microorganismos
hemolticos y no hemolticos. Tambin se usan para aislar microorganismos dentro de
una mezcla.
Cultivo de enriquecimiento
Se usa cuando el/los microorganismo (s) deseado est en pequeas cantidades mientras
que los indeseados estn presentes en altas proporciones de tal manera que con los
sustratos selectivos aportados se promueva el crecimiento de los microorganismos de
inters hasta obtener concentraciones detectables. Por ejemplo, si queremos aislar de
una muestra de sedimento bacterias que degraden o metabolicen lpidos a travs de
lipasas, lo ideal es sembrar el inculo directamente en un medio enriquecimiento lquido
que contenga lpidos (como el aceite de oliva) como nica fuente de carbono y energa,
de tal manera que slo los microorganismos que tengan estas enzimas puedan crecer en
l. Es muy prctico realizar pases sucesivos a medios enriquecidos frescos con el
sustrato limitante para asegurar que toda la poblacin que se obtuvo tiene lipasas (figura
49). Pero si en el estudio queremos no slo detectar y aislar cepas lipolticas sino tambin
termoflicas lo indicado sera adems de usar aceite de oliva como fuente de carbono y
energa usar condiciones de incubacin a altas temperaturas; de esta manera slo lo
lipolticos termoflicos podran sobrevivir en estas condiciones.
Otro ejemplo de cultivo de enriquecimiento es la columna de Winogradsky, en honor al
investigador que la dise. Esta columna es un sistema anaerobio para el
enriquecimiento y aislamiento de bacterias fototrficas (rojas y verdes), sulfato
reductoras, anaerobias, algas o cianobacterias; la columna de Winogradsky se realiza en
un cilindro que contiene material orgnico, lodo y agua de lagos, charchos o acequia;
donde los microorganismos se van desarrollando estratificadamente de acuerdo a sus
actividades metablicas y requerimientos ambientales (figura 50).
Figura 49. Medio de enriquecimiento. Medio de enriquecimiento FAM + aceite de oliva al 1% (izquierda)
para aislar microorganismos lipolticos a partir de muestras de sedimentos (a la derecha). Fuente Carmen
Julia Pedroza.
74

Figura
50.
Columna
de
Winogradsky.
Imgenes
tomadas
enlace: http://biosonia.blogspot.com/2008/12/webquest-la-columna-de-winogradsky.html
del
NOTA:
En el siguiente enlace encontrar mayor informacin:
http://www.unavarra.es/genmic/microgral/Tema%2002.%20Cultivo%20de%20microorganismos.pdf
Leccin 32. Aislamiento de cultivo axnico

Consiste en la obtencin de colonias puras, es decir, grupo o aglomeracin de
microorganismos de la misma especie originados a partir de una espora o clula
vegetativa; esta colonias tienes caractersticas distintivas que les permite diferenciarlas
de otras.
Si consideramos el ejemplo anterior de enriquecimiento de bacterias lipolticas, pero
ahora con el objetivo de aislar por aparte cada especie de bacterias (clones), es decir,
obtener un cultivo puro, existen varias tcnicas que puede ser muy tiles, entre ellas:
75

diluciones seriadas, siembre en superficie, siembra en profundidad (vistas en la leccin

18), siembra por estras o agotamiento y pinzas pticas de lser.
Siembra por estras
Se toma el inculo de un cultivo mixto con un asa y se extiende sobre la superficie del
medio de cultivo slido contenido en una caja de petri, luego se hacen estras en forma
de zigzag, posteriormente debe esterilizarse el asa con calor, girar la caja e iniciar en la
ltima lnea que se sembr para trazar de nuevo la lneas en formar de zigzag, se
esteriliza de nuevo el asa y se repite el procedimiento de tal manera que el inculo se va
agotando y las colonias que crecern despus del periodo y temperatura de incubacin
tendrn una distribucin aislada unas de otras, de tal manera que cada colonia pueda
aislarse de nuevo por agotamiento y comprobar por medio de otras tcnicas que el
microorganismo est puro (figura 51).
Figura 51. Mtodo de siembra por estras o agotamiento. (Tomado de Tortora et al. 2007).
Las colonias tienen caractersticas especficas que ayuda a diferenciarlas (color, borde,
elevacin, brillo, etc); pero adems de estos detalles es muy importante apoyarse con
tinciones y observaciones microscpicas para determinar morfologas o estructuras.
Pinzar de lser
En esta tcnica se usa un microscopio ptico invertido, con un lser infrarrojo y un

instrumento de micromanipulacin, donde un rayo lser se enfoca sobre una clula
(puede ser una bacteria, espora, etc) de forma individual y crea fuerzas de radiacin sobre
ella que permite su desplazamiento controlado en cualquier direccin mientras
est sometida a la fuerza por el haz del lser. Este experimento se realiza en un tubo
capilar donde est contenida la muestra mixta o poblacin, de tal manera que cuando el
76

lser separe la clula o bacteria de inters de la mezcla o cultivo, se corte el capilar y

quede completamente aislada del resto. Luego puede transferirse a un cultivo fresco para
obtener el cultivo puro o clones (figura 52) (Madigan et al 2003).
Figura 52. Pinzas lser. Tambin conocidas como pinzas pticas lser (tomado de Madigan et al.
2003).
NOTA:
Para mayor ilustracin por favor ver este enlace:

http://129.215.156.68/tweezermovies/tweezermovies.htm
http://www.science.oas.org/Simbio/mbio_ind/cap3_mi.pdf
Leccin 33. Anlisis molecular de las comunidades microbianas

Existen varias tcnicas que permiten cuantificar, detectar y conocer los microorganismos
presentes en determinado hbitat microbiano, Madigan et al. (2003) expone varias de
ellas como se describirn a continuacin:
Tincin fluorescente con DAPI
Es empleado para teir microorganismos de ambientes opacos, la tincin se realizan con
el colorante fluorescente 4,6-diamino-2-fenilindol, el cual se une a los pares de bases
adenina: timina (A:T) del ADN (o tambin al ARN) del microorganismo . Las clulas
teidas con DAPI muestran una fluorescencia azul brillante que facilita su deteccin y
conteo con un microscopio de fluorescencia con luz ultravioleta. Esta es una tincin que
es muy especfica porque se une al ADN y no a material inerte pero no discrimina clulas
muertas ni microorganismos especficos, de tal manera que permite la cuantificacin total
de la poblacin. Se usa para cuantificar microorganismos de muestras clnicas y
alimentos (figura 53).
77

Figura 53. Tinciones fluorescentes de clulas. (A) Tincin con DAPI, los ncleos de las clulas se ve en
azul. (B) Tincin de clulas viables, las clulas vivas se observan verdes mientras que las muertas rojas.
Tincin de viables
A diferencia de la anterior esta tcnica permite diferenciar y contabilizar clulas vivas y
muertas. En este mtodo se usan dos colorantes fluorescentes, verde y rojo, el verde
puede penetrar todas las clulas muertas o vivas (viables); mientras que el rojo (yoduro
de propidio) slo penetra las clulas cuya membrana est daada, es decir clulas
muertas. Por lo tanto las clulas viables al teirse de verde pueden cuantificarse. Esta
tcnica puede ser inespecfica con materiales inertes por lo tanto no se recomienda su
uso en ambientes naturales si no en cultivos de laboratorio (figura 53).
Anticuerpos fluorescentes
Esta tincin no se realiza sobre los microorganismos sino en anticuerpos; entre los
colorantes tiles para teir anticuerpos est la Rodamina B y el isotiocianato de
fluorescencia, los cuales emiten una fluorescencia roja o amarillo verdosa
respectivamente. Esta tcnica es muy especfica porque permite la deteccin de
anticuerpos unidos a la clula o antgenos de la superficie celular, por la emisin de
fluorescencia del colorante que puede ser detectada con un microscopio. Es muy til en
estudios de ecologa microbiana porque permite identificar microorganismos en
ambientes naturales sin tener que aislarlos o cultivarlos adems de rastrearlos en hbitats
complejos. Su desventaja radica en que la preparacin de anticuerpos especficos para
microorganismos puede ser larga y laboriosa. Para diagnsticos clnicos es una tcnica
muy comn por la mayor disponibilidad comercial (figura 54).
78

Figura 54. Tincin con anticuerpos fluorescentes y con FISH. A la izquierda identificacin de Yersinia pestis
con anticuerpos fluorescentes CDC y a la derecha FISH mltiple para identificar bacterias nitrificantes de
aguas residuales. En rojo oxidadotas de amoniaco y en verde oxidadotas de nitritos. (Tomado de Brock et
al. 2003)
Protena fluorescente verde

Por medio de la tecnologa del DNA recombinante se puede insertar un gen que codifica
una protena fluorescente verde (GFP siglas en ingls) en el genoma de una clula, de
tal manera que cuando la protena se exprese en la clula pueda observarse la coloracin
verde con la ayuda de un microscopio de de luz ultravioleta. Cmo slo las clulas
recombinantes pueden emitir el color verde no es adecuada para el estudio de
poblaciones naturales (las clulas nativas en ambientes naturales no emiten color) pero
si para observar el comportamiento in situ de la clula modificada genticamente frente
a las cepas nativas.
Todas la tcnicas descritas anteriormente requieren el uso de un microscopio para poder
observar a los microorganismos, pero no representa una ayuda para estudiar la
diversidad gentica en los ambientes naturales porque es muy difcil diferenciar clulas
con morfologas o tamao, por lo tanto el uso de tcnicas moleculares permite estudiar la
informacin gentica y as dilucidar funciones de genes, interacciones de
microorganismos y funciones dentro de un ecosistema.
Tinciones genticas
Es un mtodo muy til para identificar y cuantificar microorganismos en la naturaleza, se
realiza con la ayuda de fragmentos u oligonucletidos de ADN o ARN complementario a
una secuencia del gen diana (blanco o de estudio) llamada sonda, donde sta puede
teirse con colorantes fluorescentes; esta tcnica se conoce como hibridacin
fluorescente in situ (FISH por sus siglas en ingls).
79

Tincin filogentica con FISH

Para esta tcnica se usan colorantes filogenticos, llamados as porque la soda empleada
es complementaria a una regin del rRNA 16S (en procariotas) o al rRNA 18S (en
eucariotas); se caracteriza porque el colorante penetra la clula directamente hasta llegar
al ribosoma donde la sonda hibrida con su secuencia complementaria. Se han diseado
sondas filogenticas para especies e incluso dominios de tal manera que se puede
estudiar, identificar o rastrear organismos particulares o relacionados.
La muestras naturales pueden analizarse con sondas filogenticas mltiples por FISH
donde cada sonda tendra un colorante que emita un color diferente, as se puede
estudiar un hbitat completo y adems de buscar organismos especficos permite
establecer relaciones filogenticas (figura 54).
Tincin de cromosomas y transcripcin inversa in situ

La tincin de cromosomas se usa para identificar genes especficos de ambientes
naturales, por ejemplo el gen de la nitrogenasa. En este mtodo se pueden usar varios
tipos de sonda (oligonucletidos, genes completos, conjunto de genes o incluso genomas
completos fragmentados) donde la sonda marcada se unir a la secuencia
complementaria del gen o genes de inters y as se conoce que microorganismo presente
en la muestra contiene el gen de inters.
En la transcripcin inversa in situ (ISRT siglas en ingls) la sonda hibrida con molculas
de mRNA, luego se da la transcripcin inversa para originar ADN complementaria (cDNA)
que es amplificado por la reaccin en cadena de la polimerasa (PCR siglas en ingls)
donde finalmente el ADN amplificado hibrida con una sonda fluorescente. Esta tcnica
permite explorar los factores que afectan la expresin gnica y transcripcin de genes
especficos.
NOTA:
Leer la seccin 18.3 y 18.4 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock
80

Leccin 34. Tcnicas moleculares usadas en la microbiologa y biotecnologa

Reaccin en cadena de la polimerasa (PCR)
La PCR fue desarrollada en 1986 por el cientfico Kary Mullis, es una de las tcnicas ms
importantes de la biologa molecular y gracias a ella se han obtenido muchos avances en
la biotecnologa (entre ellos secuenciacin y clonacin). Este mtodo amplifica una regin
selectiva del ADN, es decir, permite obtener muchas copias de ese fragmento simulando
el proceso de replicacin que se da en las clulas naturalmente. La tcnica depende de
la capacidad del ADN para desnaturalizarse e hibridar con alineadores o primers que
sirven como cebadores para que la enzima Taq polimerasa (una enzima termoestable
aislada del microorganismo Termus aquaticus) sintetice una nueva hebra de ADN usando
una cadena de ADN como molde. Para realizar la PCR no se necesita conocer la
secuencia del ADN a amplificar pero si los bordes que flanquean el ADN de inters,
indispensable sto para el diseo de los primers o cebadores (figura 55).
Figura
55.
Reaccin
en
cadena
de
la
polimerasa
(PCR).
enlace: http://es.wikipedia.org/wiki/Reacci%C3%B3n_en_cadena_de_la_polimerasa
Tomado
del
La reaccin en cadena de la polimerasa tiene varios componentes que permiten obtener

muchas copias de una regin del ADN, todos ellos deben estar presentes en el tubo de
reaccin para que tener una amplificacin exitosa. Se realiza en un equipo llamado
termociclador. Los componentes son:
81

ADN molde
Contiene la regin del ADN que se quiere amplificar, se puede usar segmentos de ADN
o incluso genomas completos.
Desoxirribonucleosidos-trifosfato (dNTP)
Son los nucletidos que componen el ADN (adenina, timina, guanina y citosina) y los que
la enzima DNA polimerasa (taq polimerasa) usar para polimerizar y sintetizar nuevas
copias de ADN.
Cebadores o iniciadores (primers en ingls)
Son fragmentos u oligonucletidos complementarios a cada cadena del ADN molde, los
cuales apuntan entre si en direcciones opuestas. Flanquean la regin a amplificar.
Usualmente se usan primers de 17-20 nucletidos (merts). El uso de primers muy
pequeos o grandes genera limitantes para la PCR.
Iones
Usualmente se usan el in de magnesio divalente (MgCl2) ya que este acta como

cofactor de la enzima DNA polimerasa (taq polimerasa) para aumentar su procesividad.
Buffer
Es una solucin que mantiene el pH adecuado para la actividad de la enzima y

amplificacin del ADN.
DNA polimerasa
Usualmente se emplea la taq polimerasa, es la enzima que se encarga de unir los dNTPs
al ADN molde para sintetizar una nueva cadena de ADN que a su vez servir como molde.
La PCR se desarrolla bsicamente en tres etapas que se repiten aproximadamente 30

veces, llamados ciclos. Estas son:
Desnaturalizacin
La molcula de ADN molde se desnaturaliza (separacin de las cadenas) a altas

temperaturas (usualmente a 94- 95 C). Ver crculo 1 de la figura 55.
82

Alineacin
La mezcla de reaccin se enfra a 50-60 C para que se de la hibridacin o unin de los

cebadores o primers a su secuencia complementaria (alineacin). Crculo 2 de la figura
55.
Extensin
De nuevo se aumenta la temperatura (usualmente a 47 C) para que la enzima Taq

polimerasa sintetice una nueva cadena de ADN usando los dNTP. Crculo 3 de la figura
55.
Luego de la primera extensin o elongacin se vuelve al repetir de nuevo el ciclo de
desnaturalizacin de tal manera que la cadenas de DNA nuevas puedan servir como
molde para generar nuevo ADN (crculo 4 de la figura 55). Los tres ciclos se repiten
aproximadamente 30 veces as que se obtienen millones de fragmentos del ADN que se
quera amplificar.
Los productos de PCR pueden tener varias finalidades: gel de electroforesis, clonacin
o secuenciacin. Todas estas tcnicas son indispensables para el desarrollo de
microorganismos recombinantes que tengan caractersticas especiales como
degradacin de contaminantes ambientales, transgnicos, resistentes, etc.
Electroforesis en gel
Permite separar molculas a travs de una matriz porosa (gel de agarosa o
poliacrilamida) donde la muestra (cidos nucleicos o protenas) migra por un campo
elctrico con base a su carga, forma, masa o tamao. Despus de terminado el corrido
las muestras menos pesadas migrarn ms rpido y quedarn en la parte de abajo del
gel mientras que las ms grandes en la parte superior. Para conocer el tamao se usan
marcadores de peso molecular conocido y programas informticos. Comnmente los
fragmentos se pueden observar con tinciones del ADN (bromuro de etidio, con la ayuda
de una cmara de luz U.V) o protenas (con colorantes como el azul de Coomassie)
(figura 56).
83

Figura 56. Electroforesis de protenas y gel de corrido. A la izquierda electroforesis en gel de poliacrilamida
de protenas (lipasas) y a la derecha corrido electrofortico de producto de PCR. Fuente Carmen Julia
Pedroza.
Secuenciacin de ADN
Es una tcnica que permite conocer el orden exacto de los nucletidos en una muestra
de ADN (ADN genmico, mitocondrial o de cloroplastos, producto de PCR, plsmidos,
etc); existen varios mtodos para la secuenciacin, entre ellos el mtodo de terminacin
en cadena o el de degradacin qumica.
Clonacin
La clonacin permite obtener muchas copias de un gen determinado, por ejemplo, se
quiere estudiar un producto de PCR ste se puede introducir con la ayuda de enzimas de
restriccin a un vector (plsmido o fago) para obtener muchas copias del gen de inters
el cual puede tener alguna caracterstica especial (como la produccin de protenas o
resistencia). Esta informacin gentica puede llevarse hasta organismos vivos pero son
varios los procedimientos que se realizan para lograr transformaciones o expresiones
gnicas.
NOTA:Leer la seccin 10.14 en el libro: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003).Brock
Los fundamentos de tcnicas como Southern y Northern blot y RFLP aparecen en este
enlace:
http://seqcore.brcf.med.umich.edu/doc/educ/dnapr/mbglossary/mbgloss.html
y leer temas relacionados en los libros de Lodish o Brown (ver la bibliografa del mdulo para
mayor detalle.
84

Leccin 35. Medicin de la actividad microbiana en la naturaleza

En muchos casos se estudia la actividad microbiana in situ para observar la actividad
metablica y biodiversidad en el hbitat. Madigan et al. (2003) describen varios mtodos,
entre ellos:
Radioistopos
Se usan las transformaciones qumicas que sufren los compuestos por la actividad
metablica de los microorganismos para evaluar lo que se da en el ambiente, marcando
los productos de esas transformaciones con radioistopos, stos son istopos
radiactivos.
Microelectrodos
Son pequeos electrodos (dispositivos de oro, vidrio y platino) de cristal para medir pH,
oxgeno, NO2, CO2, H2, H2S o salinidad. Son muy tiles para cuantificar la actividad de
los microorganismos en la naturaleza y se puede usar para estudiar diversos
microorganismos en muchos ambientes, zonas intermareales, fuentes termales, suelos,
etc.
Istopos estables
Son istopos que no se destruyen como resultado de la degradacin radiactiva, los ms
usados en la ecologa microbiana son los istopos de carbono (12C) y azufre (32S) y los
menos abundantes en la naturaleza son el carbono 13 y el azufre 34. Cuando el carbono
y el azufre son metabolizados en las actividades celulares las reacciones bioqumicas
favorecen al istopo ms liviano es decir al 12 y al 13. De tal manera que cuando el
dixido de carbono es usado por un microorganismo fottrofo el carbono celular se
enriquece en 12C y se empobrece en 13C, esto se conoce como fraccionamiento isotpico
(Madigan et al 2003).
NOTA:
Leer la seccin 18.6 y 18.7 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003).Brock
85

Captulo 8. Relaciones microbianas, comunicacin celular y ciclo de

nutrientes
Leccin 36. Ecosistemas microbianos
Los microorganismos estn presentes en todas partes e interactan constante mente con
otros organismos estableciendo incluso relaciones intraespecficas (dentro de la misma
especie) o interespecficas (entre diferentes especies), pero no slo la relacin con otros
organismos es importante en la ecologa microbiana sino tambin su interaccin con el
medio abitico en el que estn contenidos.
Dado el tamao microscpico de los microorganismos y su incapacidad para recorrer
largas distancias stos han desarrollado la capacidad de establecer su hbitat en
muchos ambientes y para facilitar el estudio de ellos los eclogos microbianos han
definido como microambiente al lugar del hbitat en el que el microorganismo vive y
desarrolla todas sus actividades metablicas; de tal manera que un entorno tan pequeo
para nosotros como una matera y tan grande para una bacteria representa millones de
microambientes donde pueden desarrollarse microorganismos diferentes gentica y
metabolitamente, por ejemplo, los microorganismos aerobios siempre estarn en
superficie mientras que los anaerobios en lo ms profundo.
A continuacin se definirn una serie de trminos importantes en la ecologa microbiana,
el orden y algunas definiciones fueron descritas por Llop et al. (2001).
Biomasa
Es el conjunto de seres vivos u organismos que viven en un lugar determinado.
Biotopo
Es el lugar o sitio donde se encuentra la biomasa, se caracteriza por tener condiciones

ambientales uniformes.
Biocenosis
Es el conjunto de seres vivos de todas las especies que coexisten en un biotopo.
Ecosistema
Es una biocenosis en un biotopo determinado. En el ecosistema hay flujo de materia y

energa entre sus componentes. Existen varios tipos de ecosistemas: terrestre, acuticos
y areos.
86

Biosfera
Es el conjunto de ecosistemas de la tierra. Se puede decir que la biosfera es el

ecosistema global del planeta.
Hbitat
Es el sitio o ambiente donde vive una especie o poblacin. Debe tener las condiciones
adecuadas para que los organismos que la conforman realicen todas sus actividades
celulares y reproductivas que permita la supervivencia de la especie.
Nicho
Es la funcin que realiza un organismo o poblacin dentro de un ecosistema e incluye a

los factores biticos y abiticos con los cuales el organismo se relaciona. No debe
confundirse con hbitat.
Relaciones entre seres vivos
Neutralismo
Es una relacin en la que dos microorganismos tienen un comportamiento

completamente independiente del otro donde ningn organismo afecta al otro;
usualmente no hay interaccin directa por separacin fsica o temporal. Se relaciona ms
con la baja densidad celular que con la alta densidad celular.
Comensalismo
Es una relacin donde un solo microorganismo recibe beneficios de la interaccin, sin

que el otro se vea afectado. Por ejemplo, las algas fotosintticas producen el oxgeno que
puede ser usado por bacterias u organismos aerobios. Ciertos microorganismos excretan
componentes que ayudan al crecimiento de otro. Otros disuelven minerales y liberan
nutrientes que pueden ser usados por otros.
Amensalismo
Es una relacin opuesta al comensalismo donde una especie es perjudicada mientras

que la otra no se afecta. Por ejemplo los antibiticos producidos por hongos matan a las
bacterias presentes en el medio.
Mutualismo
Implica una relacin entre microorganismos que reciben beneficios mutuos; esta relacin
puede ser o no obligada. Ejemplo, los lquenes que estn conformados por hongos y
algas donde el alga proporciona nutrientes mientras que el hongo anclaje y proteccin.
87

El sinergismo, simbiosis y protocooperacin hacen parte del mutualismo

En el sinergismo la cooperacin de mutuo beneficio no es obligatoria; por ejemplo la
degradacin de herbicidas, un microorganismo degrada una parte del herbicida mientras
que el otro degrada lo restante. La simbiosis es una relacin estrecha, persistente y
obligada. Por ejemplo las micorrizas (figura 57) o los protozoos con las termitas. En la
protocooperacin los dos microorganismos o poblaciones se benefician mutuamente pero
no son necesarios para la vida de ambos ya que pueden vivir separados.
Figura
57.
Ejemplo
de
micorriza.
Relacin
simbitica
entre
hongo
y
planta.
Enlaces:http://www.forestales.net/archivos/forestal/pdfs%2024/ecologia_hongos_2.html y http://greismicorrizas.blogspot.com/
Competencia
Es una relacin en la que ambos organismos se ven perjudicados donde uno suprime al
otro, usualmente compiten nutrientes, territorio, etc. Puede ser intra o interespecfica.
Parasitismo
Una especie se beneficia mientras perjudica a otra. Se presente entre especies

diferentes. Por ejemplo, virus que infectan a bacterias u hongos que enferman a
nemtodos.
NOTA:
Por favor leer el siguiente artculo:
http://www.revistaecosistemas.net/pdfs/109.pdf
88

Leccin 37. Comunicacin celular

En los ltimos aos se han iniciado investigaciones que permitan conocer los diferentes
mecanismos que usan los microorganismos para comunicarse, stos para colonizar o
infectar su husped, dependen y usan el sistema de qurum sensing (QS) o sensacin
de qurum, descubierto inicialmente en la bacteria marina Vibrio fischeri en 1970, quien
lo utiliza para regular la expresin de bioluminiscencia (Nealson et al. 1970). El QS
bacteriano es una estrategia de comunicacin clular que permite liberar y detectar
pequeas molculas de seal que se acumulan a medida que aumenta la densidad
poblacional y as, poder responder de forma individual y colectiva a cambios ambientales,
adems de coordinar sincronizadamente la expresin de algunos genes; por ejemplo,
aparte de de la regulacin de la bioluminiscencia en V. fisheri y V. harvey, se ha
descubierto que este tipo de molculas intervienen en la regulacin de otros procesos
biolgicos en muchos organismos, entre ellos, el intercambio gentico en la conjugacin
de Enterobacter faecalis, expresin de factores de virulencia y formacin de biopelculas
en Pseudomonas aeruginosa, produccin de antibiticos por Streptommyces sp. etc (Oh
et al. 2001; Hornby et al. 2001; Dong y Zhang, 2005) Pedroza, 2010.
Este mecanismo de regulacin celular es el mismo que coordina la formacin de
biopelculas o biofilms, sistemas biolgicos o microlonias de clulas bacterianas que
excretan polisacridos en la superficie conde se desarrollan y estn adheridas; las
biopelculas forman capas de microorganismos que facilitan la obtencin de nutrientes y
proteccin. Pseudomonas aeruginosaes una bacteria gramnegativa que tiene la
capacidad de secretar pequeas molculas de seal conocidas como acilhomoserina
lactonas (AHL) las cuales favorecen el aumento de la densidad poblacional y por lo tanto
la formacin del biofilm. Existen muchos tipos de molculas autoinductores adems de
las AHL entre ellas: derivados de cidos grasos, oligopptidos, furanonas, tiolactona
cclica (AIP), ster metlico del cido palmtico (PAME), furanosylborato (AI-2), methyl
dodecenoic acid (DSF), muchas de ellas vinculadas en la regulacin de la virulencia
bacteriana (Dong y Zhang, 2005; Dong et al., 2007); estas seales son producidas por
microorganismos ambientales no patgenos, fitopatgenos, patgenos humanos y de
animales, es decir estn ampliamente extendidas en los microorganismos.
La formacin de biopelculas puede darse en el ser humano, por ejemplo, la placa dental
o causando enfermedades de importancia como la fibrosis qustica entre otras; en la
medicina representan un problema porque los microorganismos son ms difciles de
combatir y desarrollan resistencia ante los tratamientos con antibiticos siendo un
problema mayor en pacientes inmunocomprometidos (como aquellos que tienen SIDA).
Los fitopatgenos usan este mecanismo para activar la expresin de genes de virulencia
y causar enfermedades en plantas como es el caso de la pudricin de la papa
por Pectobacteium carotovorum, sto representa millones en la economa agrcola.
En la industria las biopelculas reducen el flujo de agua, aceite, petrleo u otras sustancias
lquidas que se muevan por tuberas donde los microorganismos crecen y adems de
contaminar pueden corroer la superficie y deteriorar las tuberas (figura 58). La calidad
89

del agua potable tambin puede verse muy afectada porque a pesar que muchas de las
bacterias que se desarrollan en las tuberas no son patgenas algunas como la Vibrion
cholera pueden causar graves enfermedades en la poblacin cuando parte de la
biopelcula de microorganismo se desprenden de las tuberas y llegan hasta los
consumidores. En las aguas residuales tambin se forman biopelculas o floc.
Figura 58. Biopelcula microbiana. A la izquierda flujo de la corriente de agua a travs de la Biopelcula y
a la derecha Biopelcula bacteriana sobre una superficie de acero de un sistema de provisin de agua
vista desde MEB. Los valos grandes son diatomeas. (Tomado de Tortora et al. 2007).
Para el control de biofilm se han propuesto investigaciones en nuevos antibiticos pero

esta sera una solucin costosa y quiz despus de un tiempo los microorganismos
desarrollaran resistencia teniendo al final cepas poderosamente patgenas y
multiresistentes. Por eso se han comenzado a dilucidar mecanismos para poder
contrarrestar las biopelculas interrumpiendo la comunicacin celular, es decir, no matar
a los microorganismos sino impedir que lleguen las rdenes que promuevan la
formacin de la biopelcula, por ejemplo hidrolizando los autoinduntores de las AHL con
enzimas; este mecanismo es conocido como Quorum quenching (Q-Q) o inhibicin de la
comunicacin celular (figura 59).
Figura 59. Modelo de interferencia de mecanismo de QS dependiente de AHL, (tomado de Zhang y Dong
(2004).
90

Leccin 38. Ciclo del carbono y del oxgeno

Son una serie de transformaciones qumicas de sustancias que contienen carbono,
realizada por macroorganismos y microorganismos el cual se puede dar en dos fases:
aerobia y anaerobia (figura 60). El carbono est presente como constituyente de material
abitico y en organismos vivos, siendo las rocas y sedimentos marinos los mayores
reservorios de carbono; otro gran portador del carbono es el humus, una mezcla compleja
de materia orgnica que resulta de los organismos vivos, los mayores contenedores de
carbono son las plantas terrestres las cuales a su vez juegan un papel clave en el ciclo
del carbono y oxgeno, ambos muy relacionados e indispensables para el equilibro
ambiental y la vida aerobia sobre la tierra.
El dixido de carbono (CO2) es el medio ms rpido de transferencia del carbono de la
tierra presente en un 0.03% (Seonez, 2002) pero en los ltimos aos a aumentado como
resultado de las actividades antrpicas segn Madigan et al. (2001) a niveles del 12%.
El CO2 es el sustrato indispensable para la fotosntesis, en este primer paso del ciclo del
carbono los organismos fotoauttrofos (plantas, cianobacterias, algas y bacterias
sulfurosas verdes y prpuras) fijan o integran el CO 2 en sustancias orgnicas en
presencia de luz solar. De la misma manera los microorganismos quimioauttrofos fijan
el dixido de carbono en sustancias orgnicas como producto de sus actividades
metablicas para la obtencin de energa pero no requieren la luz solar.
Figura 60. Ciclo de oxido reduccin del carbono. Las flecha amarillas indican oxidaciones y las rojas
reducciones. Tomado de Madigan et al. 2003.
91

El material orgnico, polisacridos o carbohidratos formados en la fotosntesis se usan a

su vez como sustrato durante el proceso de respiracin para obtener energa y producir
nuevamente CO2, esta es una actividad propia de de fototrficos y quimiohetertrofos
como animales, protozoos y algunos microorganismos de tal manera que el CO 2 se
transfiere de diversas maneras de un organismo a otro en la cadena alimentaria.
CO2 + H2O (CH2O) + O2
CH2O + O2 CO2 + 2H2O
(luz)
(luz u oscuridad)
El carbono tambin retorna a la atmsfera cuando los organismos mueren y bacterias y

hongos descomponedores oxidan los compuestos orgnicos retornando el CO 2 al ciclo.
Durante esta descomposicin se observan dos estados de oxidacin del carbono (CH4 y
CO2) donde el metano lo producen las bacterias metanognicas y el dixido de carbono
quimioorganotrofos en los procesos metablicos de fermentacin o respiracin aerobia y
anaerobia. En ambientes anaerobios el metano puede ser sintetizado por metangenos
usando como sustrato el CO2 y a su vez sirve como alimento para microorganismos
metanotrofos que lo oxidan nuevamente a CO2; de tal manera que todo el carbono
orgnico se convierte nuevamente en dixido de carbono que retorna a la atmsfera para
que inicie el ciclo.
El ciclo del carbono es un equilibrio entre la fotosntesis y la respiracin y est
estrechamente ligado al ciclo del oxgeno, porque este elemento indispensable para el
metabolismo aerobio es producido durante la fotosntesis de microorganismos
fotoauttrofos.
Con la extensin masiva de las actividades humanas y explotaciones mineras todo el
equilibrio ecolgico del ciclo del carbono puede verse gravemente afectado con el uso de
combustibles, emisiones de CO2 y deforestacin indiscriminada de bosques que trae
como consecuencia menos fotoauttrofos que usen el dixido de carbono y produzcan
oxgeno de tal manera que en su conjunto todos llevan a la misma consecuencia negativa:
el aumento de CO2 en la atmsfera terrestre que provoca el efecto invernadero y el
calentamiento global.
NOTA:
Por favor leer el artculo del siguiente enlace:
http://www.scielo.org.bo/pdf/reb/v41n3/v41n3a06.pdf
92

Leccin 39. Ciclo del nitrgeno

El nitrgeno (N) es un elemento indispensable para la vida celular y las actividades
metablicas, hace parte de los componentes de protenas, cidos nucleicos y otras
sustancias orgnicas. A continuacin veremos las etapas que sufre este elemento en la
naturaleza durante su ciclo (figura 61).
Figura 61. Ciclo del nitrgeno (tomado de Tortora et al. 2007).
Fijacin del nitrgeno

Termodinmicamente el nitrgeno gaseoso o molecular (N2) es el ms estable en la
naturaleza pero a pesar que constituye un 79 % del aire que respiramos no podemos
asimilarlo directamente en esa forma para que haga parte de nuestros componentes
celulares sino que slo unos microorganismos especficos tienen la capacidad de tomarlo
y transformarlo.
La fijacin del nitrgeno es un proceso que requiere gran cantidad de energa mediante
el cual algunas especies de bacterias o cianobacterias fijadoras de nitrgeno convierten
el nitrgeno gaseoso en amoniaco (NH3), usando una enzima inestable a la presencia de
oxgeno conocida como nitrogenasa.
N2 + 8H+ + 8e + 16 ATP 2NH3 + H2 + 16ADP + 16 Pi
Los microorganismos fijadores de nitrgeno (N2) pueden ser de vida libre o simbitica.
Las bacterias de vida libre fijadoras de nitrgeno estn en altas concentraciones en la
rizsfera, entre ellas la bacteria aerobiaAzotobacter, este gnero que tiene gran demanda
93

de oxgeno disminuye la difusin de este elemento al interior de la clula puesto que la

nitrogenasa es anaerobia. Beijerinckia es otra bacteria aerobia de vida libre fijadora de
nitrgeno. Las cianobacterias aerobias fotosintticas tambin fijan el nitrgeno con la
ayuda de estructuras especializadas llamadas heteroquistes donde se encuentra
contenida la enzima nitrogenasa en condiciones anaerobias.
El nitrgeno molecular tambin puede ser fijado a amoniaco por bacterias anaerobias de
vida libre como Clostridium pasteurianum y bacterias fototrficas rojas y verdes.
Las bacterias simbiticas fijadoras de nitrgeno tienen un papel vital en los cultivos donde
especies como Rhizobium, Bradyrhizobium y Frankia establecen relaciones con
leguminosas otorgndole el nitrgeno para que las plantas puedan asimilarlo e
incorporarlo a protenas, cidos nucleicos y dems necesidades celulares.
Amonificacin
Es la actividad hidroltica de microorganismos descomponedores (bacterias y hongos)
que permite degradar protenas (a travs de proteasas) en aminocidos para eliminar el
grupo amino presente en los monmeros de las protenas y convertirlos en amoniaco
(NH3).
Protenas de clulas muertas aminocidos (descomposicin microbiana)
Aminocidos NH3 (Amonificacin microbiana)
El amoniaco es un gas que en suelos secos se evapora y desaparece pero en ambientes

hmedos es soluble y forma iones de amonio (NH4+) el cual puede ser usado por otras
bacterias y plantas para sintetizar aminocidos.
NH3 + H2O NH4+ OH NH4+ + OH-
Nitrificacin
Es la oxidacin del amonio a nitrato (NO3-) por bacterias nitrificantes del suelo. Se realiza
en dos etapas, en la primera fase especies de Nitrosomonas oxidan el nitrato y lo
convierten a nitrito (NO2-).
NH4+ NO2-
94

Luego en la segunda etapa bacterias de Nitrobacter oxidan el nitrito a nitrato, una fuente
de nitrgeno mvil y asimilable para la sntesis de protenas. El amonio es un in que
requiere menos energa para hacer parte de la constitucin de las protenas pero al tener
una carga positiva es atrapado por las partculas de arcilla con carga negativa, mientras
que los iones de nitrato estn libres en el suelo y dispuestos para ser asimilados.
NO2- NO3
Desnitrificacin
Como vimos en lecciones anteriores ciertos microorganismos (Pseudomonas, Bacillus)

usan el nitrato (NO3-) como aceptor final de electrones en su metabolismo o respiracin
anaerobia, stos tienen la capacidad de revertir el proceso de nitrificacin, es decir
reducen el nitrato a nitrgeno molecular o gaseoso que se libera a la atmosfera.
NO3- NO2- N2O N2
A pesar que para la agricultura no representa un beneficio cuando los campos fertilizados
con nitratos son inundados por las lluvias, porque el agua crea ambientes anxicos que
favorece la desnitrificacin; sino existiera este proceso biolgico todo el nitrgeno
gaseoso de la tierra se habra disuelto en los ocanos dejando sin fuente de N a la vida
continental.
Las desnitrificacin es un proceso biolgico til para el tratamiento de aguas residuales
porque la reduccin del nitrato desfavorece en crecimiento de algas cuando el agua se
descarga en otras fuentes de agua y la eutrofizacin.
http://www.elementos.buap.mx/num38/pdf/43.pdf
95

Leccin 40. Ciclo del azufre

Es un proceso donde el azufre (S) sufre una serie de conversiones en su estado de
oxidacin, permitindole a ciertos microorganismos obtener energa de sustancias
inorgnicas, es similar al del nitrgeno porque tambin pasa por varios estados de
oxidacin. La forma ms reducida del azufre es sulfuro de hidrgeno (H2S), una fuente
de energa para bacterias anaerobias auttrofas que lo convierten en azufre elemental
(S0) o en sulfatos (SO4-2), ver la figura 62. El azufre presente mayoritariamente en los
mares est en forma de sulfato inorgnico, en sedimentos y rocas (como el yeso,
CaSO4 .2H2O) o en minerales de sulfuro (como la pirita FeS2).
Figura 62. Ciclo del azufre. Tomado del enlace: http://microgaia.blogspot.com/2009/11/micro-cazadoressegunda-parte.html
El ciclo del azufre se presenta en condiciones aerobias y anaerobias. Primero el sulfuro

de hidrgeno (H2S) un gas muy voltil es reducido a sulfato por bacterias reductoras de
sulfato (Beggiatoa, Thiobacillus). Las bacterias reductoras usan compuestos con azufre
o el azufre elemental como aceptor final de electrones en la cadena transportadora
durante el proceso de respiracin anaerobia para la obtencin de ATP. Muchas de estas
bacterias viven en ambientes anaerbicos como los lodos, donde el H2S produce el color
oscuro y el olor a huevo podrido.
H2S S0 SO4-2
La conversin del H2S a SO4-2 est mediada por dos tipos de bacterias. Las
quimioauttrofas, generan ATP oxidando los compuestos que contienen azufre para
obtener como producto final el sulfato pero tambin un intermediario conocido como
azufre elemental. Las bacterias fottrofas realizan las mismas reacciones
anaerbicamente e incluso pueden oxidar tambin el azufre elemental.
Beggiatoa usa el sulfuro de hidrgeno para reducir el dixido de carbono, mientras
que Thiobacillus lo usa como fuente de energa para producir sulfato y cido sulfrico.
En condiciones anaerobias y preferiblemente en materia orgnica se produce la misma
reaccin pero por bacterias fototrficas rojas y verdes. La forma en la que est presente
96

el sulfuro en la naturaleza depende del pH, es decir, en pH = 7.0 predomina H 2S, mientras
a pH > 7.0 predominan las formas HS - y S2-.
Estas reacciones estn implicadas cuando se vierten al mar lodos, basuras y aguas
residuales los cuales aumentan la cantidad de materia orgnica de los sedimentos
favoreciendo la contaminacin (Madigan et al. 2001).
El sulfato (SO4-2) puede ser utilizado por plantas y bacterias para incorporarlo a los
aminocidos o protenas que tienen los puentes disulfuro (asimilacin), luego tras la
muerte celular microorganismos descomponedores degradan las protenas y permiten
que el azufre se libere como H2S (desasimilacin o desulfurilacin) para volver de
nuevo al ciclo (figura 63). Estos procesos pueden darse en condiciones aerobias o
anaerobias.
Luego el sulfato tambin puede
reducirse por la accin de bacterias
(Desulfovibrio o Desulfobacter) en
condiciones anoxignicas a sulfuro
de hidrgeno. El azufre elemental se
reduce
u
oxida
por Desulfuromonas o archaeas en
condiciones anaerobias o se usa
como fuente de energa inorgnica
por bacterias como Beggiatoa.
SO4-2 H2S
Figura 63. Ciclo de oxido reduccin del azufre. Flechas

amarillas reacciones de oxidacin y rojas de reduccin.
DMSO: dimetilsulfxido y DMS: dimetilsulfuro. (Tomado de
Madigan et al. 2003).
S0 H2S
Todas las reacciones del ciclo del azufre son aprovechadas para el tratamiento de aguas
residuales, lodos o incluso cultivos donde a suelos muy alcalinos se les aade azufre de
tal manera que las bacterias puedan bajar el pH mediante la oxidacin del azufre que
genera cido sulfrico (H2SO4).
S + 11/2 O + H2O H2SO4
El azufre elemental tambin es un producto con valor comercial usado como materia prima en la
industria qumica para la produccin de H2SO4.
http://b-dig.iie.org.mx/BibDig/P04-0721/D/D-03.pdf
97

Captulo 9. Aplicaciones de la microbiologa ambiental

Leccin 41. Tratamiento de residuos slidos
Como resultado de las actividades antrpicas en distintas reas (industria, agricultura,
domstica, etc) se generan una serie de excedentes no tiles conocidos como residuos,
los cuales segn el estado de agregacin de la materia o estado predominante pueden
dividirse en aguas residuales, emisiones a la atmsfera y residuos slidos. Los residuos
slidos pueden tener varios estados de agregacin, es decir, pueden contener gases o
lquidos contenidos en ellos (Rodrguez y Crdova, 2006). Segn Campos, (2000) los
residuos slidos pueden clasificarse en municipales o urbanos, industriales y peligrosos.
Residuos slidos municipales
Su composicin vara de acuerdo a la zona, poca del ao, poblacin, etc. Entre este tipo
de residuos podemos encontrar: residuos de construccin y demoliciones, residuos
especiales (de calles, jardines, etc), desperdicios (papel, cartn, plstico, vidrio, etc) y
residuos orgnicos (provenientes de comida como frutas, verduras, cereales, etc),
cenizas y residuos (material sobrante de quema de combustibles).
Residuos Industriales
Son aquellos que generan las actividades industriales y pueden incluir las clasificaciones
descritas arriba.
Residuos peligrosos
Son aquellos que por su naturaleza producen dao a seres humanos, animales o plantas.
Este tipo de residuos pueden ser corrosivos, reactivos, txicos o incandescentes.
Para minimizar el impacto de este los residuos en el ecosistema y en la salud pblica los
desechos slidos son tratados con un conjunto de operaciones fsicas, qumicas,
biolgicas o trmicas que tienen como finalidad disminuir o eliminar su potencial
peligroso, reutilizar desechos o adaptar sus propiedades fsicas, qumicas o biolgicas a
los requerimientos de su disposicin final (Campos, 2000).
La disposicin de residuos slidos tiene varias alternativas, entre ellas el relleno sanitario,
el compostaje y la incineracin. En este mdulo nos enfocaremos en el proceso de
compostaje donde los microorganismos tienen un papel protagnico e indispensable.
Compostaje o compost
Los residuos slidos usualmente se disponen en grandes terrenos donde se forman
montaas de basura generando condiciones anaerobias que afectan la biodegradacin
de compuestos orgnicos, sin embargo en estas condiciones se pueden desarrollar
98

microorganismos metangenos que producen metano (este compuesto puede utilizarse

como fuente de energa para industrias y hogares); los metangenos tambin
descomponen el lodo de aguas residuales. Pero, aunque produce ciertos beneficios el
objetivo primordial es disminuir la cantidad de residuos slidos, en este sentido y para
lograr un mejor manejo la cantidad de compuestos orgnicos pueden disminuir si se
separan de la sustancias biodegradables para formar composta o composta (figura 64).
Mark Coyne (1999), propone varias definiciones para compostaje: Es una aceleracin de
los procesos de mineralizacin de la materia orgnica. Desde un punto de vista prctico
es un proceso que convierte los residuos orgnicos en formas adecuadas para
aplicaciones al suelo. O una ltima definicin relacionada directamente con la
microbiologa donde dice que es un proceso microbiano en el cual el residuo orgnico
nocivo se convierte en un compuesto estable similar al humus.
El compostaje tiene varias ventajas, entre ellas:
Reduce el volumen de los residuos.

Disminuye la demanda biolgica de oxgeno (DBO).
Mejora las caractersticas fsicas y hace ms fcil el manejo.
Reduce los patgenos de humanos, animales y plantas adems de eliminar
semillas de malas hiervas
Reduce el uso de la tierra para rellenos sanitarios y para la aplicacin superficial

de residuos.
Figura 64. Pila de compost. Formada a partir de residuos municipales (tomado de Tortora et al. 2007).
Para realizar el compostaje primero hay que separar la materia orgnica de la inorgnica
y se forman pilas de compostaje para facilitar el proceso biolgico de los organismos
presentes en ella.
El proceso de compostaje se inicia con quimiohetertrofos mesfilos (bacterias y hongos)
que oxidan aerbicamente los residuos y como resultado de este metabolismo aumentan
la temperatura en pila, permitiendo entonces el desarrollo de microorganismos
termofilicos (actinomicetos); eventualmente la temperatura del compost disminuye de tal
99

manera que se reestablecen los mesfilos (hongos y actinomicetos) para que consuman
los sustratos disponibles. La temperatura de una pila puede subir de 76-80 C, este
incremento permite la muerte de muchos microorganismos patgenos pero usualmente
se trabaja con temperaturas de 60 y 65 C, por sto para prevenir el exceso de calor se
emplea la aireacin o el riego.
Dentro
de
las
bacterias
importantes
del
compostaje
estn, Bacillus
stearothermophilus, Clostridium
thermocellum,Thermomonospora y Thermoactinomyces. Entre los hongos, Geotrichum,
Aspergillus y Mucur.
Coyne, (1999) menciona que para un proceso de compostaje ptimo es importante que
se tengan las siguientes consideraciones:
Tipo y composicin de materia orgnica
En este aspecto se considera el tamao de la partcula, hidrofobicidad y tipos de enlaces

qumicos. La descomposicin en el compostaje es proporcional al rea de superficie e
inversamente proporcional al tamao de la partcula, de tal manera que en partculas ms
pequeas se incrementa la tasa de descomposicin; el tamao ptimo est entre 0.652.54 cm, porque partculas ms pequeas intervienen con la aireacin y ms grandes no
son reactivas.
Los compuestos insolubles e hidrofbicos son ms resistentes a la descomposicin que
los solubles e hidroflicos. Otros elementos como los metales pesados o txicos tambin
pueden afectar el compostaje.
Disponibilidad de microorganismos
El proceso de compostaje puede beneficiarse si el compost se inocula con una mezcla

de microorganismos (bacterias, hongos y actinomicetos mesfilos y termfilos) y con esto
se garantiza una mezcla o cantidad representativa.
Aireacin
La descomposicin de compuestos orgnicos se facilita en condiciones aerobias.
La proporcin de carbono, nitrgeno y fsforo
La proporcin adecuada de C:N para iniciar el material de compostaje es de 30:1 40:1,

aunque tambin se usan proporciones bajas 20:1. Proporciones muy altas pueden
inmovilizar el nitrgeno mientras que ms bajas causan una prdida del nitrgeno por
volatilizacin. La proporcin recomendada de C:P es de 100:1 a 150:1.
Temperatura
100

El proceso de compostaje se da en dos rangos de temperatura, un rango mesfilo desde

10 a 45C y un rango termfilo de 55 60C. La temperatura es un aspecto crtico durante
el compostaje ya que ella regula el crecimiento y metabolismo de microorganismos
benficos y no benficos. El aumento de temperatura es muy til para matar a
microorganismos patgenos, con este fin usualmente se pueden trabajar a 70 C por 2
horas. La temperatura ptima para mantener el equilibrio de la microbiota termoflica es
de 60 a 65 C. La aireacin y el riego ayudan a mantener la temperatura ptima.
pH
El pH ideal es de 6.5 -7.2 para el desarrollo y metabolismo de la mayora de los

microorganismos benficos para el compostaje.
NOTA:
Por favor leer los siguientes artculos:
http://ojs.uo.edu.cu/index.php/cq/article/viewFile/2648/2178
http://www.scielo.cl/pdf/infotec/v18n6/art10.pdf
Leccin 42. Tratamiento de agua potable

El agua es vital para la sostenibilidad en todos los seres vivos y puede constituirse en
una fuente de enfermedades para plantas, animales y el hombre; por esto se constituye
en un objetivo importante de la salud pblica. En la actualidad para lograr la potabilizacin
del agua se han desarrollado varios mtodos o tratamientos microbiolgicos, qumicos y
fsicos que eviten al mximo muchas enfermedades.
Para determinar la pureza del agua no es prctica la bsqueda de microorganismos
patgenos porque si estos estn presentes en pequeas cantidades es posible que no
sean detectados en las muestras analizadas. Por este motivo los estudios de
microbiologa de aguas estn concentrados en la deteccin de microorganismos
indicadores, especialmente de aquellos presentes en grandes cantidades en las heces
humanas, de tal manera que puedan sobrevivir del mismo modo que los patgenos y se
relacione su deteccin en la muestra con la presencia de patgenos humanos que ponen
en riesgo la salud pblica. Los microorganismos indicadores asociados al tracto
gastrointestinal son los coliformes.
101

Los coliformes son bacterias gramnegativas, bacilares, no esporuladas, muchas de ellas

entricas, aerobias o anaerobias facultativas capaces de fermentar la lactosa con la
produccin de gas (CO2) a 35 C. Para evitar la confusin con coliformes no entricas,
en las pruebas de potabilizacin del agua se buscan las coliformes fecales. Entre estos
microorganismos se destaca uno de los ms estudiados, la bacteria Escherichia
coli (bacteria intestinal frecuente) y Klebsiella pneumoniae(patgenos intestinal), entre
otras.
En general cuando en una muestra se detectan coliformes esto indica que hay
contaminacin fecal y por lo tanto no es acta para el consumo humano, de tal manera
que el agua requiere un tratamiento para su consumo.
Mtodos para la deteccin de coliformes
Los mtodos ms usados para detectar la presencia de coliformes fecales en el agua se
basa en la capacidad de este tipo de bacterias para fermentar la lactosa.
El mtodo de filtracin por membrana (descrito en lecciones anteriores) es un mtodo
directo y seguro donde el agua (unos 100 ml de muestra) se hace pasar a travs de un
filtro o membrana estril que tienen el tamao de poro indicado para retener bacterias.
Luego la membrana se coloca sobre la superficie de un medio de cultivo (eosina-azul de
metileno, por las siglas en ingls EMB) que es selectivo para coliformes, terminado el
periodo de incubacin se cuentan las colonias y se calculan el nmero de coliformes
presentes en el agua. En los sistemas de abastecimiento de agua esta prueba debe ser
negativa pero cuando se detectan indica que hubo una falla en el sistema de filtracin,
cloracin, o en las tuberas de distribucin (Madigan 2003).
En el mtodo del nmero ms probable (NMP, siglas en ingls) se emplean tubos de
ensayo con medios de cultivo lquido al que se le aade la muestra de agua. Si despus
del tiempo de incubacin del cultivo se observa turbidez indica que hay contaminacin
fecal en el agua.
Actualmente se han propuesto otros mtodos para detectar la presencia de coliformes
o E. coli utilizando medios de cultivo con o-nitrofenil--D-galactopiranosida (ONPG, siglas
en ingls) y 4-metilumbeliferil--D-glucoronida (MUG), estos son mtodos muy tiles
porque las bacterias coliformes producen la enzima -galactosidasa capaz de hidrolizar
el ONPG y producir un color amarillo que indica la presencia de coliformes en la muestra.
La prueba con el MUG se basa en la actividad que tiene la enzima -glucuronidasa de E.
coli sobre este sustrato para formar un compuesto fluorescente de color azul cuando se
expone a la luz ultravioleta (Tortora et al. 2007).
Potabilizacin del agua
Por todas las implicaciones que tiene en la salud pblica la calidad del agua, se han
desarrollado varias estrategias en los procesos de potabilizacin. El tipo de proceso
102

depende de la fuente de abastecimiento de agua es decir, arroyos montaosos, ros

cristalinos, pozos, o ros que reciben residuos municipales o industriales como es el caso
del ro Magdalena en Barranquilla.
La potabilizacin del agua no busca obtener agua estril sino agua libre de
microorganismos patgenos, adems con parmetros fsicos y qumicos establecidos por
cada legislacin como aceptables o tolerables.
Acosta, (2008) propone varias etapas o pasos para el tratamiento de agua, entre ellos
estn:
Captacin
Aunque es preferible elegir una fuente de agua que requiera un mnimo tratamiento, la
captacin del agua se escoge de acuerdo a las fuentes disponibles (metericas,
superficiales o subterrneas).
Sedimentacin
Consiste en la precipitacin de partculas slidas o suspendidas por la accin de
gravedad despus de un tiempo determinado. La sedimentacin ayuda a reducir la
turbiedad, el contenido bacteriano, el color y la produccin de algas (para este fin se usa
el sulfato de cobre).
Coagulacin y floculacin
Consiste en la aglutinacin de partculas no eliminadas en la sedimentacin con la ayuda
de sustancias qumicas floculantes (sulfato de potasio, cloruro frrico y sulfato de aluminio
o alumbre) que forma agregados conocidos como floc. Durante este proceso se realiza
una agitacin lenta por medios mecnicos y adems acidifica el agua.
Decantacin
Los floc se precipitan en el fondo o base del recipiente decantador eliminando as un gran
nmero de virus y bacterias.
Alcalinizacin
Busca disminuir la acidez (aumentar el pH) lograda en la floculacin, para sto se usa la
cal, el carbonato o hidrxido de sodio.
Filtracin
Consiste en el flujo del agua a travs de lechos constituidos por arena fina o carbn de
antracita triturado, de tal manera que muchos microorganismos quedan atrapados en la
103

arena por adsorcin superficial. Este proceso ayuda a disminuir la turbiedad, los
microorganismos, quistes u ovoquistes de protozoos. Algunos sistemas tambin usan
carbn activado para eliminar sustancias qumicas txicas disueltas.
Desinfeccin
Consiste en la eliminacin o reduccin de bacterias patgenas. Para este fin existen
varios mtodos: entre los fsicos tenemos al calor, la radiacin con luz ultra violeta,
ultrafiltrado con membranas; entre los qumicos, la cloracin, el ozono, el permanganato
de potasio, el exceso de cal, y la oligodinamia.
NOTA:
Por favor leer desde la pgina 55 hasta la 66 en el siguiente enlace:
http://books.google.com.sv/books?id=g7YIShBSXsC&pg=PA55&dq=potabilizaci%C3%B3n+del+agua&hl=es&ei=FJxeTpDlJ8zAtgeNhImmC
w&sa=X&oi=book_
result&ct=result&resnum=3&ved=0CDcQ6AEwAg#v=onepage&q=potabilizaci%C3%B3n%20
del%20agua&f=false
Leccin 43. Biorremediacin

El desarrollo industrial y las actividades humanas (como las agrcolas, mineras,
petroleras, manufactureras, qumicas, etc) han aumentado considerablemente la
contaminacin en el planeta poniendo en grave riesgo la vida de muchas especies en los
ecosistemas afectados por los contaminantes; con los avances de la biotecnologa
microbiana existen nuevos procesos que ayuden a restaurar los ambientes y minimizar
en muchos casos los daos causados, uno de ellos es la biorremediacin. En esta leccin
nos enfocaremos en las definiciones de los diferentes procesos que hacen parte de este
mecanismo de recuperacin ambiental.
Biodegradacin
En estudios de microbiologa ambiental se propone varias definiciones que profundizan
en este proceso:
104

Madsen, (2008), asocia el trmino biodegradacin como un sinnimo del metabolismo

microbiano sobre compuestos orgnicos en el que se rompen los enlaces
intramoleculares o de carbono en molculas contaminantes orgnicas para simplificarlas
y generar compuestos inofensivos al ambiente, este proceso microbiano est gobernado
por principios termodinmicos y bioqumicos.
Como lo notar Madsen, (2008) no incluye molculas o sustancias inorgnicas como
sustrato para los microorganismos, para sto incluye el termino biotransformacin,
definindolo como la alteracin de la estructura molecular de una sustancia qumica
(puede ser de compuestos orgnicos o inorgnicos) usualmente por la catlisis
enzimtica microbiana. Las reacciones incluyen aquellas que aumentan (condensacin)
o disminuyen (mineralizacin) el nmero o complejidad de enlaces intramoleculares.
Estas reacciones pueden darse de manera intracelular o extracelularmente.
Coyne, (1998), considera que la biodegradacin se refiere a el proceso de la
biorremediacin en el cual los xenobiticos (compuestos qumicos sintticos que no
existen de manera natural, ejemplo, plaguicidas, plsticos, etc) son transformados a
sustancias menos txicas, porque el hecho que un compuesto sea biodegradable no
significada que los productos de degradacin son menos txicos o indeseables; por sto
lo ms deseado es la mineralizacin donde los compuestos txicos u orgnicos
contaminantes se descomponen en iones orgnicos y CO2.
Como se describi arriba y aunque algunos autores establezcan diferencia en este tipo
de terminologa ambos son aceptables por la comunidad cientfica y la seleccin de uno
u otro en realidad dependen del rea de estudio del investigador.
Biorremediacin
La biorremediacin es el proceso de limpieza de ambientes contaminados (Coyne, 1998)
o tambin, es el proceso de biodegradacin y biotransformacin controlado o espontneo
que busca eliminar o atenuar los contaminantes ambientales a travs de la actividad
biolgica en los sitios afectados (Madsen, 2008); de acuerdo al tipo de organismo que
realiza la biorremediacin esta puede llamarse:
Fitorremediacin
Es la descontaminacin de suelos, agua o aire de sustancias orgnicas o inorgnicas con
la actividad biolgica/metablica de plantas (arbreas, arbustivas, herbceas, etc)
actuando solas o en simbiosis con algas (ficorremediacin) u hongos (micorremediacin)
para almacenar, absorber, reducir movilidad, modificar, degradar o eliminar las
sustancias txicas. Entre los elementos contaminantes ms utilizados con este conjunto
de tecnologas estn los metales pesados, hidrocarburos, pesticidas y herbicidas (figura
65).
105

Figura 65. Sistema de fitorremediacin. Para este sistema se usan 75 hectreas de sauces en
Suecia Central: en primer plano planta de tratamiento de aguas residuales, al fondo las albercas
para aguas en invierno y campos de sauces regados con efluentes de fangos. Tomado del
enlace:http://www.fao.org/docrep/008/a0026s/a0026s11.htm
Remediacin microbiana
Es la limpieza de sitios contaminados utilizando microorganismos que a travs de

actividades metablicas degradar, eliminan, acumulan o atenan sustancias orgnicas o
inorgnicas. Para este tipo de biorremediacin Gmez, (2004)describe dos enfoques, la
bioestimulacin o la bioaumentacin.
En la bioestimulacin se emplean microorganismos nativos (es decir, cepas propias del
sitio contaminado) a las que se les estimula el crecimiento y actividad metablica con la
adicin de nutrientes (como el nitrgeno, fsforo o materia orgnica) o mejora de
condiciones ambientales como la circulacin de oxgeno a travs del bioventeo. Este
enfoque es muy til porque por un proceso de seleccin natural las cepas nativas ya
estn adaptadas a las condiciones ambientales. Pero en algunas situaciones las
poblaciones de cepas nativas son escasas o no realizan actividades metablicas que
puedan actuar sobre el contaminante, como es el caso de los suelos pobres en nutrientes,
desiertos o terrenos muy contaminados; en estas condiciones tambin puede
biorremediarse el ambiente contaminado con la bioaumentacin.
La bioaumentacin es la inoculacin o adicin de cepas alctonas (forneas) que tengan
la capacidad comprobada de degradar el contaminante. Estas pueden ser cepas
naturales o modificadas genticamente para tal fin. Este tipo de microorganismos deben
tener caractersticas especficas que aseguren la descontaminacin y minimicen el
impacto negativo en el ecosistema contaminado, entre ellas tenemos: no puede ser
patgeno, estabilidad gentica, crecimiento rpido, alta produccin de enzimas,
capacidad de competencia frente a las cepas nativas y no generar sustancias txicas
como producto de su metabolismo.
En la actualidad es muy comn el uso de bacterias y hongos para degradar compuestos
como petrleo y sus derivados, sustancias qumicas (benceno, acetona, teres,
alcoholes, etc), xenobiticos (pesticidas, herbicidas, etc); otros compuestos qumicos
106

como el PBC, cromo, pueden ser parcialmente degradados y algunos como el uranio,
mercurio o cadmio no pueden ser biodegradados pero si almacenados y concentrados
por los microorganismos de tal manera que se puedan aislar fcilmente del ambiente
contaminado.
Respecto al sitio, la biorremediacin se puede realizar in situ, es decir en el lugar
contaminado o ex situ fuera de sitio contaminado.
En la biorremediacin in situ, se usan bacterias nativas o forneas que degraden o
minimicen el potencial txico del contaminante en el lugar afectado. Cuando se emplean
cepas nativas se realiza un tipo de biorremediacin intrinseca o pasiva, porque depende
de la capacidad de los microorganismos para responder y metabolizar los contaminantes.
Por sto para fomentar y mejorar la capacidad del microorganismo para transformar o
biodegradar el contaminante se usan estrategias de ingeniera que ayudan a hacer ms
eficiente el proceso de biorremediacin, como el control del flujo de agua, aireacin,
modificaciones qumicas y fsicas que influyan en las poblaciones microbianas y en el
contaminante. Es importante medir la eficiencia del proceso con el anlisis qumico del
agua, aire o suelo contaminado. El lugar contaminado tambin puede ser modificado por
excavaciones, manipulaciones hidrolgicas, instalacin de biorreactores o materiales que
apresuren la biorremediacin (Madsen, 2008).
En la biorremediacin ex situ, el contaminante debe almacenarse y trasladarse del lugar
contaminado para ser tratado. Un ejemplo de sto es el sistema de tratamiento de aguas
municipales donde se dirigen a travs de una serie de ambientes controlados que
estimulan el crecimiento y actividad metablica microbiana sobre los contaminantes en
filtros, tanques, digestores o biorreactores, de tal manera que las descargas a los ros,
lagos u ocanos tengan los controles fsicos, qumicos y microbiolgicos (Madsen, 2008).
NOTA:
http://www.scielo.org.mx/pdf/rica/v23n3/v23n3a4.pdf
107

Leccin 44. Biodegradabilidad y efectos ecolgicos

La biodegradacin de compuestos contaminantes ha sido posible gracias a la diversidad
metablica de plantas y en especial la de microorganismos; pero este proceso de
descontaminacin debe hacerse de manera responsable y minimizar en todo lo posible
los riesgos. Existen varios aspectos que deben considerarse antes de iniciar un proceso
de biorremediacin, Madsen, (2008) propone los siguientes:
Caractersticas del contaminante
Estructura molecular, toxicidad, solubilidad, volatilidad y susceptibilidad al ataque

microbiano.
El sitio contaminado
Geologa, hidrologa, tipo de suelo, clima y presiones econmicas y polticas del

propietario o causante de la contaminacin.
Microorganismos
Cultivos puros, mezcla de cultivos, cepas nativas o modificadas genticamente,

condiciones para su crecimiento y actividad metablica. Suplementos.
Seleccin de estrategia
Bioestimulacin, bioaumentacin o ambas. Biorremediacin in situ o ex situ.
Procedimientos de ingeniera
Control del flujo de agua, aireacin, sistema de biorreactores, etc.
Modificaciones qumicas, fsicas que influyen en la poblacin microbiana y en el

contaminante.
Fernndez, (1996) y Gmez, (2004) plantean que tambin se deben considerar varios
aspectos que influyen en el proceso de biodegradacin:
Biodegradabilidad del contaminante
Depende de la estructura molecular, si tiene halogenacin, ramificaciones en sus

cadenas moleculares, solubilidad en agua lo cual determina la disponibilidad del
contaminante, concentracin y toxicidad. Estos aspectos son importantes porque
prcticamente determinan el tiempo del proceso de limpieza en el lugar afectado.
108

Presencia de componente inhibidores
Se deben considerar los inhibidores que puedan afectar el crecimiento de los

microorganismos y las actividades enzimticas o metablicas de los mismos.
Poblaciones microbianas
Aunque se realice un proceso de bioaumentacin tambin es importante contar con

poblaciones microbianas nativas que ayuden el proceso de recuperacin usando los
contaminantes como fuentes nutricionales y de energa.
Concentracin de nutrientes
Nutrientes inorgnicos entre ellos el nitrgeno y fsforo influyen notablemente en el

crecimiento microbiano y esto a su vez favorece una mayor velocidad de biodegradacin
y detoxificacin del medio. Para cumplir esta necesidad usualmente se emplean
fertilizantes agrcolas.
Aceptores finales de electrones
Cantidades suficientes en el medio de aceptores de electrones (oxgeno, nitratos,

sulfatos, etc.) garantizan la oxidacin enzimtica del carbono proveniente de los
contaminantes.
Temperatura
Se debe considerar la temperatura ptima para el crecimiento de los microorganismos

presentes en el medio contaminado, de las cepas forneas y la de la actividad enzimtica
durante procesos metablicos; de tal manera que la poblacin aumente con rapidez y las
enzimas no se desnaturalicen. Temperaturas lejanas a la temperatura ptima afecta el
proceso de biorremediacin.
pH
Al igual que la temperatura afecta el crecimiento de los microorganismos, las enzimas y

tambin la solubilidad del fsforo o metales pesados. Usualmente se trabaja en rangos
de pH de 6 8. Es importante mencionar que el uso de cepas nativas es una ventaja
porque ellas estn adaptadas a las condiciones en las que est presente el contaminante,
mientras que las cepas modificadas genticamente deben alcanzar esta adaptacin
despus de ser inoculadas en el medio.
Concentracin de oxgeno
La biorremediacin se puede dar en condiciones aerobias o anaerobias dependiendo del

tipo de microorganismo biorremediador. Pero es importante mencionar que la tasa de
109

biodegradacin en condiciones aerobias es mucho ms eficiente, 50 a 100 veces mayor

que la degradacin anaerobia. Recuerde que en lecciones anteriores se estudi que el
metabolismo aerbico es ms eficiente y produce ms energa.
Humedad
En el caso de los suelos es determinante en la movilidad de los nutrientes. Poca humedad

afecta la biodegradacin y demasiada humedad reduce la concentracin de oxgeno y
por lo tanto el crecimiento microbiano y las actividades enzimticas sobre del
contaminante. Es importante contar con un sistema de drenaje y aireacin.
Textura y estructura del suelo
Esta relacionada con el contenido de materia orgnica y las caractersticas fsicas del
suelo. Suelos de estructura franca mejoran la degradacin mientras que los arcillosos la
dificultan. Para solucionar problemas de humedad, drenaje y propiedades fsicas del
suelo se pueden usar materiales como la arena, cscara de arroz o nuez, entre otros.
Respecto a los mtodos qumicos donde se aprovechan las caractersticas fsicas y

qumicas de los contaminantes para destruirlos o aislarlos del entorno (procesos costosos
y no siempre efectivos), la biorremediacin es una excelente alternativa para recuperar
ambientes contaminados. Coyne, (1998) plantea ventajas y desventajas de la
biorremediacin. Entre las ventajas estn: los productos finales generalmente no son
txicos si ocurre una mineralizacin completa, la actividad biolgica en los sitios
contaminados se hace sin muchas perturbaciones, es un proceso expansivo comparado
con los mtodos fsicos adems es menos costosa y requiere menos equipos.
La biorremediacin tambin tiene desventajas, la mayora de ellas manejables y
controladas. En altas concentraciones de contaminantes es necesario estimular el
crecimiento de microorganismos biorremediadores, hay limitaciones a los materiales que
pueden ser tratados porque algunos son inherentemente recalcitrantes o txicos, el
destino de los compuestos xenobiticos depende de las propiedades intrnsecas del
contaminante, de las poblaciones microbianas y condiciones ambientales, la
biorremediacin puede afectarse es condiciones extremas, est limitada por el tiempo
disponible para el tratamiento y por ltimo algunas veces se necesita ms tiempo para
biorremediar un sitio contaminado que para tratarlo con mtodo fsicos o qumicos.
NOTA: Por favor leer el siguiente artculo:
http://www.revistas.unal.edu.co/index.php/ingeinv/article/viewFile/15211/16006
110

Leccin 45. Biorremediacin de petrleo y otros contaminantes

Biodegradacin del petrleo
El petrleo es un lquido negro viscoso de composicin qumica diversa,
mayoritariamente de la familia de los hidrocarburos. Este compuesto de gran utilidad para
las actividades humanas, en los ltimos aos se ha convertido en uno de los
contaminantes ambientales que impactan gravemente a los ecosistemas; actualmente
son frecuentes los vertimientos accidentales en tierra y agua que se extienden
rpidamente de manera casi incontrolable como es el caso de los ocanos. Ante esta
grave situacin los microorganismos son una herramienta valiosa e indispensable para
la descontaminacin de sitios afectados por este combustible (figura 66).
La biodegradacin del petrleo, desechos petrolizados y sus derivados ha sido posible
gracias a la actividad metablica enzimtica de una diversidad de bacterias, hongos,
levaduras, cianobacterias y algas que tienen la capacidad de oxidarlo a CO2. Esta accin
de los microorganismos adems de descomponerlo dispersa o desaparece la mancha
sobre el sitio contaminado. Es importante mencionar que para este tipo de
contaminaciones es comn usar varias estrategias a la vez como la bioestimulacin,
bioaumentacin o fitorremediacin.
Figura 66. Biorremediacin de petrleo en suelos. Imagen de la izquierda en enero del 2008, imagen
central en junio del 2008 e imagen de la derecha en septiembre de 2008. Tomado del siguiente
enlace: http://eninteriores.com/2010/05/27/biorremediacion-opcion-contra-derrames-de-petroleo/
El petrleo es una fuente orgnica muy rica que puede ser usada como sustrato por
muchos microorganismos en condiciones aerobias. Su biodegradacin tiene lugar en la
interfase petrleo agua donde ste compuesto est mezclado con el sustrato hmedo
que facilita la accin microbiana. Para hacer ms eficiente el proceso de biorremediacin
es importante fertilizar la zona afectada con compuestos inorgnicos como el nitrgeno,
fsforo y potasio. La eficiencia de la biodegradacin tambin depende de la disponibilidad
de oxgeno y de la temperatura.
111

Entre los factores que afectan la biodegradacin del petrleo tenemos:
Temperatura
El rango de temperatura puede variar de -2 a 35 C, donde la velocidad de degradacin
y volatilidad disminuye a medida que baja la temperatura y se incrementa la viscosidad.
Oxgeno
La biodegradacin del petrleo es mayor en condiciones aerobias que anaerbias. En el
caso de los vertimientos marinos usualmente no es un limitante pero cuando el petrleo
alcanza los sedimentos marinos la biodegradacin disminuye. Cuando la permeabilidad
se reduce y se obstruyen los espacios intersticiales de los sedimentos se deben recurrir
a tcnicas que ayuden la aireacin como la labranza, rastrillado o arado en forma
peridica.
Nutrientes
En muchos ambientes contaminados los nutrientes esenciales como el nitrgeno, fsforo,
hierro o potasio puede ser deficientes para el proceso degradativo porque sus
concentraciones no favorecen el crecimiento y el metabolismo microbiano. En estos
casos es usual agregarlos al ambiente, como fertilizantes lquidos y agrcolas, o en forma
de liberacin lenta, briquetas, grnulos o con aspersores.
Usualmente se usa una proporcin de C:N:P de 120:10:1. Es importante aclarar que la
fuente de carbono es el petrleo.
En la naturaleza se pueden encontrar muchos microorganismos degradadores de

petrleo y su diversidad y efectividad dependen de la exposicin a este tipo de
hidrocarburos adems de la complejidad de los componentes del petrleo, donde los ms
complejos demorarn ms en degradarse respecto a los ms simples. Es importante
mencionar que hay fracciones de hidrocarburos voltiles que se evaporan rpidamente y
no necesitan la participacin de microorganismos, slo los componentes de mayor
complejidad son tratados con la remediacin microbiana.
La biorremediacin del petrleo como cualquier otro proceso de limpieza tiene sus
ventajas y desventajas, entre las ventajas tenemos:
Los cambios fsicos que origina sobre el sitio afectado son menores.
Si se usa correctamente no produce efectos adversos significativos.
112

Es til para retirar compuestos txicos del petrleo
Se usan tecnologa ms simples y menos costosas
Entre las desventajas de la biorremediacin del petrleo estn:
Para muchos tipos de vertimientos su efectividad todava es indeterminada.
Es un proceso largo.
Su implementacin es nica y especfica para cada lugar contaminado
Se requiere informacin sustancial del lugar contaminado y de las caractersticas del

vertido.
NOTA:
http://www.unicolmayor.edu.co/invest_nova/NOVA/ARTREVIS1_5.pdf
Biodegradacin de xenobiticos
Los xenobiticos son compuestos desarrollados por sntesis qumica por el hombre y no
existen en la naturaleza. Como resultado de las actividades industriales, agrcolas y
mineras se han desarrollado una gran variedad de estos componentes de difcil
degradacin o tratamiento, los cuales son persistentes en los ambientes
contaminados (recalcitrantes). Entre ellos estn: insecticidas clorados (DDT, lindano,
clordano), insecticidas organofosforados (palatin, malatin), herbicidas, PCB, etc.
Entre los procesos ms usados para degradar estos compuestos esta la fotodegradacin
por radiaciones solares, los procesos de oxidacin y reduccin qumica y la
biorremediacin o biodegradacin microbiana; nos enfocaremos en esta ltima.
Aunque no existen en la naturaleza, la estructura de los plaguicidas o xenobiticos puede
estar sujeta a la actividad microbiana donde algunas sustancias sirven como fuentes de
carbono y energa o como donadores de electrones. La degradacin de estos
compuestos puede ser total o incompleta dependiendo de la toxicidad y complejidad del
113

contaminante. Muchos de ellos no llegan hasta los procesos de mineralizacin e incluso

se pueden generar sustancias recalcitrantes an ms txicas que las originales.
De la misma manera que con otros contaminantes la degradacin depende de factores
como temperatura, pH, aireacin, contenido de materia orgnica, biodisponibilidad de
oxgeno, solubilidad (muchos son insolubles en agua), entre otros.
Muchas bacterias y hongos en la naturaleza tienen la capacidad de degradar
xenobiticos, pero con los avances biotecnolgicos la manipulacin gentica de
microorganismos se ha convertido en una herramienta clave y muchas veces ms
eficiente para biorremediar ambientes contaminados con xenobiticos, petrleo, metales
pesados y casi todos los contaminantes.
Para el tratamiento de sitios contaminados con metales pesados (plomo, mercurio,
selenio, etc) tambin es muy til la fitorremediacin.
NOTA:
Para mayor informacin sobre biorremediacin de metales pesados por
accin microbiana ver este enlace:
http://binational.pharmacy.arizona.edu/documents/Biorem-HM-es-JAF.pdf
114

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UNIDAD 3. ECOLOGA Y MICROBIOLOGA

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UNIDAD 1. PRINCIPIOS DE MICROBIOLOGA Y METABOLISMO MICROBIANO

Captulo 1. Mundo microbiano

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enfermedades con microorganismos especficos, conocidos como postulados de Koch

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Leccin 3. Microorganismos como clulas

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Leccin 4. Importancia de los microorganismos para el hombre

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En la agricultura no slo causan enfermedades en plantas (fitopatgenos) sino que

Lecccin 5. Los microorganismos y sus ambientes naturales

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Captulo 2. Perspectiva general de la vida microbiana

Figura 1. Estructuras celulares de una procariota (tomado de Tortora et al. 2007).

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de manera organizada a la pared celular se le llama cpsula de lo contrario se considera

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Leccin 7. Estructura celular en eucariotas

Figura 4. Estructura celular eucariota (tomado de Tortora et al. 2007).

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NOTA:En este enlace encontrar un video sobre estructura y funcin celular:

Leccin 8. Estructura vrica

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informacin necesaria para sintetizar protenas y enzimas virales indispensables para la

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Figura 7. Tipos de virus (tomado de Tortora et al. 2007).

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Leccin 9. Morfologa de bacterias

Bacilos: Bacterias en forma cilndrica o de bastn. Despus de la divisin celular pueden

Espirilos: Bacterias en forma helicoidal o de espiral, son relativamente rgidos.

Espiroquetas: Bacterias en forma de espiral, sacacorchos o helicoidal pero flexibles.

Figura 8. Morfologa de clulas bacterianas (tomado de www.oocities.org) .

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Leccin 10. Microscopa ptica y electrnica

Microscopa ptica (MO)

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Microscopio de contraste de fase

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Microscopa electrnica (ME)

El microscopio electrnico se ha convertido en una valiosa herramienta para el estudio

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Microscopio electrnico de barrido (MEB)

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Captulo 3. Metabolismo microbiano

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Leccin 12. Gluclisis

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En honor a sus descubridores la gluclisis (figura 15) tambin es conocida como la va