Biologa computacional

4 Software y herramientas

La biologa computacional es el uso de algoritmos y

ordenadores para facilitar el entendimiento de problemas biolgicos. Rama de las ciencias que estudio sistemas biolgicos mediante el diseo, estudio y aplicacin
de algoritmos computacionales. Se focaliza en el anlisis de datos, modelado matemtico y simulacin computacional. Los sistemas estudiados abarcan desde la escala molecular a los ecosistemas, pasando por las clulas, el sistema nervioso, y los sistemas sociales. La biologa computacional abarca varios campos ya establecidos:
qumica, bioqumica, gentica, matemticas, ingeniera
de sistemas, fsica, estadsticas, etc.

Los bilogos computacionales usan un amplio rango de

herramientas computacionales. Desde programas que se
ejecutan en la linea de comandos a programas con entorno grco y aplicaciones web. Es comn que los bilogos computacionales escriban su propio software. La
complejidad de este software vara ampliamente desde
pequeos _scripts_ para facilitar la comunicacin entre
programas o el anlisis de datos a programas realmente
complejos con miles de lineas de cdigo.

4.1 Software de cdigo abierto

Introduccin

Programas de Cdigo abierto (y de Software libre)) proveen de una plataforma ideal para el desarrollo de mtodos biolgicos. El cdigo abierto permite que cualquier
persona tenga acceso y pueda corregir y modicar el cdigo fuente de un programa. La revista PLOS cita cuatro
principales razones para utilizar c{odigo abierto en ciencia:

La biologa computacional es a veces denida como sinnimo de Bioinformtica y a veces como una disciplina
emparentada, pero distinta, de esta. El NIH dene a ambas disciplinas como distintas aunque con cierto grado
de solapamiento, segn esta denicin la bioinformtica
esta ms relacionada con el desarrollo de herramientas
computacionales con el n de analizar y procesar datos
y la biologa computacional con el estudio por medios
computacionales de sistemas biolgicos [1] .

Reproducibilidad: Esto permite a las investigadoras

usar exactamente los mismos mtodos para el anlisis y/o modelado de datos biolgicos.
Desarrollo ms rpido: En vez de re-inventar la rueda las cientcas pueden hacer uso de cdigo preexistente y adaptarlo a sus necesidades.

Subcampos

2.1

Biomodelado computacional

2.2

Genmica computacional

Mayor calidad: Al hacer el cdigo accesible a terceros, se hace ms fcil que se encuentren y corrijan
errores, que de otra forma podran pasar inadvertidos.

A travs de las tcnicas de biologa computacional y de

aproximaciones manuales se pueden evaluar las mutaciones originadas en las divisiones embrionarias tempranas
y luego observar su rendimiento al volver a secuenciarlas,
por ejemplo, en distintos organoides.

2.3

Disponibilidad a largo plazo: El cdigo abierto (y

el software libre) no estn atados a una empresa en
particular o a patentes, lo que fomenta su diseminacin a lo largo de la web y aumenta las chances de
que el cdigo este disponible en el futuro. [2]

Neurologa computacional

5 Centros e instituciones proveedores de recursos en Biologa

Biologa evolutiva computacional
Computacional

Las herramientas computacionales/estadsticas permiten

el estudio de las relaciones evolutivas entre molculas
(como protenas) y/o entre individuos.

National Center for Biotechnology Information

(NCBI)
1

10 CAMPOS RELACIONADOS
European Bioinformatics Institute (EBI)
European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
Wellcome Trust Sanger Institute (WTSI) or The
Sanger

9 Bases de datos relevantes en Bioinformtica y Biologa Computacional

Broad Institute

Ensembl

Whitehead Institute

UCSC Genome Browser

The Institute for Genomic Research

Center for Biomolecular Science and Engineering

InterPro

Netherlands Bioinformatics Centre

Pfam

COSBI - The Centre for Computational and Systems

Biology

OMIM
Superfamily

Sociedades y organizaciones relevantes

International Society for Computational Biology
bioinformatics.org

CATH
SCOP
Protein Data Bank
DECIPHE

Revistas especializadas
(BMC) Algorithms for Molecular Biology

10 Campos relacionados

Bioinformatics (formerly Computer Applications in

Algunos de los campos de estudio relacionados a la biothe Biosciences)
loga computacional son:
BMC Bioinformatics
BMC Systems Biology
Genome Biology
Genomics
Journal of Computational Biology
Nucleic Acids Research
PLoS Computational Biology
PLoS ONE
Statistical Applications in Genetics and Molecular
Biology

Conferencias de inters

Bioinformtica, es la aplicacin de algoritmos y

tcnicas estadsticas a informacin biolgica que tpicamente consiste de grandes secuencias de ADN,
ARN, o protenas. Ejemplos de tcnicas especcas
incluyen alineamiento de secuencias, que es usado
para la bsqueda de secuencias en bases de datos
y para su comparacin con secuencias homlogas;
bsqueda de genes; y prediccin de la expresin gnica. El trmino biologa computacional se utiliza a
veces como sinnimo de Bioinfomtica.
Biomodelado computacional, Es un campo
de biociberntica que busca construir modelos
computacionales de sistemas biolgicos
Genmica computacional

Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)

Modelado molecular

European Conference on Computational Biology

(ECCB)

Sistemas biolgicos

Pacic Symposium on Biocomputing (PSB)

International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB)

Prediccin de estructura de protenas

Bioqumica y biofsica computacional

11

Enlaces externos

Isea, R. (2015). The present-day meaning of the

word bioinformatics (en ingls). Consultado el 21 de
septiembre de 2015.
Ilzins, O., Isea, R. and Hoebeke, J. (2015). Can Bioinformatics Be Considered as an Experimental Biological Science? (en ingls). Consultado el 21 de septiembre de 2015.
The First q-bio Conference on Cellular Information
Processing - Conferencias en Santa Fe (NM) (8-11
de agosto de 2007), centradas en el modelado de sistemas y experimentacin cuantitativa de regulacin
gnica y transduccin de seales.
http://www.embnet.org/ La primera red bioinformtica cumple 20 aos en 2008.
The Wellcome Trust Heart Physiome Project - Enlaces.
PLoS Computational Biology - Publicacin de acceso libre con revisin por pares.
Computational Biology News
Computational Biology and Evolution Una mezcla emocionante de computacin, biologa evolutiva
y otras cosas importantes.
[1] NIH working denition of bioinformatics and computational biology.
[2] PLOS Computational Biology.

12 ORIGEN DEL TEXTO Y LAS IMGENES, COLABORADORES Y LICENCIAS

12
12.1

Origen del texto y las imgenes, colaboradores y licencias

Texto

Biologa computacional Fuente: https://es.wikipedia.org/wiki/Biolog%C3%ADa_computacional?oldid=89613747 Colaboradores: Taichi, RobotQuistnix, Akhram, BOT-Superzerocool, NoelCarrascal, CEM-bot, Fedaro, Serg!o, AlnoktaBOT, AlleborgoBot, PaintBot,
Bigsus-bot, Nubecosmica, StarBOT, Asasia, Diegusjaimes, DumZiBoT, Nallimbot, Boto a Boto, Mcapdevila, ArwinJ, EmausBot, KLBot2,
MetroBot, Sitotorres, HiW-Bot, Elvisor, Proyecto genmica, Aloctavodia y Annimos: 4

12.2

Imgenes

12.3

Licencia del contenido

Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0