BIOQUIMICA AMBIENTAL

Blga. Sonia Pilar Yufra Cruz

MSc. Qumica Ambiental
Cdta. a Dr. Ciencias y Tecnologas Ambientales

syufrac@gmail.com

MSC. SONIA PILAR YUFRA CRUZ

DEFINICIN DE BIOQUMICA
Ciencia que estudia:
Estudia la composicin qumica de los seres vivos
Los fenmenos bioqumicos que se dan en los organismos vivos
Fenmenos bioqumicos que afectan a los organismos vivos
Ej. Una cianobacteria usa sustancias inorgnicas muy simples para a partir
de ellas construir sus molculas vitales

Esta materia busca aportar una formacin cientfica en

Bioqumica aplicada a los problemas medio-ambientales

derivados de la contaminacin qumica, procurando generar en
los alumnos una actitud crtica sobre la importancia de la
dispersin universal de sustancias qumicas ajenas a los procesos
biolgicos, basada en una serie de conocimientos y actividades
que generen un criterio cientfico en los alumnos con
trascendencia, tanto para la funcin profesional, como en el
mbito de la vida cotidiana o personal.

RELACIN CON OTRAS DICIPLINAS

La bioqumica es el punto de interaccin con:
Biologa
Qumica
Fisiologa

Citologa

COMPOSICIN DE LOS SERES VIVOS

Los seres vivos estn caracterizados, entre otras cosas, por poseer una
organizacin celular, es decir determinadas molculas se organizan de

una forma particular y precisa e interactan entre s para establecer la

estructura celular.
Al estudiar qumicamente estas molculas observamos que las mismas estn
constituidas en:
98% por elementos tales como C, H, O, N, P y S;

2 % Fe, Ca , Na, K, Cu, Mg, I, Cl. Etc.)

Aquellos compuestos en cuya composicin interviene el carbono se los

denomina compuestos orgnicos; dentro de este grupo podemos mencionar
a los monosacridos, polisacridos, aminocidos, protenas, lpidos ,
nucletidos y cidos nucleicos, estos representan aproximadamente el 30% de

la composicin qumica de los seres vivos. El 70% lo constituye el agua.

Tambin encontramos algunos iones tales como el Na, Fe, Ca, K, etc. en
proporciones muy pequeas.

TOMOS Y MOLCULAS Y UNIONES

A. UNIN INICA
Algunos tomos tienden a ganar o a perder electrones con gran facilidad (debido a su
configuracin electrnica) formando partculas cargadas que se denominan IONES. Aquellos
tomos que ganan con facilidad electrones se dice que son electronegativos, formarn
entonces iones con carga negativa (ANIONES). Si el tomo pierde electrones predominarn
las cargas positivas del ncleo y por lo tanto se formarn iones con carga positiva
(CATIONES).
En las uniones inicas los tomos se mantienen unidos debido a las fuerzas de atraccin que
surgen por tener cargas opuestas (catin anin).
Los compuestos inicos se caracterizan por un alto punto de fusin, alto punto de
ebullicin, en general son solubles en agua, por lo tanto en solucin acuosa conducen
la corriente elctrica
Un ejemplo de este tipo de unin lo constituye el cloruro de sodio.

Fig. 1.1- Unin inica : cloruro de sodio

Las uniones inicas son importantes desde el punto de vista biolgico, ya que forman parte de
las interacciones entre cidos nucleicos y protenas. Sin embargo este tipo de uniones no
las encontramos entre los tomos que predominan en la composicin qumica de los seres vivos
( C, H, O, N , S, y P)

TOMOS Y MOLCULAS Y UNIONES

UNIN COVALENTE
Algunos tomos no tienen tendencia a ganar o perder
electrones, sino a compartir con otros tomos. Cuando la
diferencia de electronegatividad no existe o es muy baja, los
tomos que intervienen comparten electrones.
Cuando un tomo de H se une a otro tomo de H ambos tienen
la misma capacidad de atraer electrones, por lo tanto el par
compartido se ubicar a igual distancia de ambos ncleos. Los
electrones compartidos pertenecen a ambos tomos
simultneamente.
Muchos elementos de importancia biolgica son diatmicos (
H, O, F, Cl, N, etc.)

Fig. 2.3- Ejemplo de unin covalente

Si la diferencia de electronegatividad entre los tomos que hace

que l o los pares de electrones compartidos estn ms cerca del

tomo con mayor electronegatividad. Este tipo de unin
covalente recibe el nombre de unin covalente polar.
Este tipo de unin es la que encontramos en la mayor parte de
las molculas biolgicas. El carbono (C) se une con los otros
elementos (H, O, N, P, S) por medio de uniones covalentes, as
como tambin se une a otros tomos de carbono dando largas
cadenas.

Fig.2.4 - Cloruro de hidrgeno

TOMOS Y MOLCULAS Y UNIONES

UNIN PUENTE HIDRGENO
Cuando un tomo de hidrgeno se une a un tomo muy
electronegativo (como ser el O o el N) el par compartido se
sita lejos del ncleo del hidrgeno, por lo tanto se crea una
pequea separacin de cargas, quedando el hidrgeno
ligeramente positivo (d+) y el oxigeno o el nitrgeno
levemente negativo (d-). (d Indica la separacin parcial de
cargas). La d+ del hidrgeno es atrada por la d- del elemento
electronegativo de otra molcula, de manera que el H queda
formando un puente entre dos molculas.
La unin es sumamente lbil, formndose y destruyndose
continuamente, dependiendo su efecto estabilizador ms a la
cantidad de dichas uniones, que a la fuerza de atraccin entre
los tomos. Es muy importante en los sistemas biolgicos ya
que contribuyen a dar estabilidad a macromolculas tales
como las protenas, los cidos nucleicos, etc.

El tomo de Nitrgeno de una molcula de amoniaco (NH3) est

unido a un tomo de hidrgeno de una molcula de agua (H2O)
por un enlace de hidrgeno. En este ltimo, un tomo de hidrgeno
combinado con un tomo electronegativo en un enlace covalente
polar es compartido por otro tomo electronegativo por medio de
una atraccin elctrica dbil.

Fig. 2.5- Enlace de hidrgeno.

TOMOS Y MOLCULAS Y UNIONES

FUERZAS DE VAN DER WAALS
Son fuerzas de atraccin inespecficas que ocurren
cuando los tomos se encuentran a distancias pequeas
y cuando momentneamente se forman diferencias de
cargas en torno al tomo debido a los movimientos de
los electrones. Esta distribucin de carga fluctuante da
al tomo una polaridad: una parte de l tiene una carga
ligeramente negativa respecto a las dems que quedan
ligeramente positivas de manera que una zona negativa
momentnea de un tomo interacta con una positiva
de otro.
Estas interacciones son aproximadamente 100 veces ms
dbiles que las uniones covalentes; sin embargo son muy
importantes porque se pueden establecer cientos de
interacciones simultneas, manteniendo a las molculas
juntas con bastante cohesin.
Este tipo de interaccin juega un papel muy importante
en la unin de los sustratos a las enzimas.

TOMOS Y MOLCULAS Y UNIONES

INTERACCIONES HIDROFBICAS
Tambin son importantes en las propiedades biolgicas de
distintas molculas. Estas interacciones ocurren porque las
molculas no polares tienden a agruparse cuando estn en un
medio acuoso para repeler el agua o esconderse de ella.
Ciertas molculas presentan partes que se pueden intercalar con
el agua (partes hidroflicas) a parte de las porciones hidrofbicas,
de manera que las zonas hidroflicas establecen contacto con el
agua y las zonas hidrofbicas quedan resguardadas en el interior
(adoptan en general una forma esfrica), este tipo de
ordenamiento estabiliza la estructura de la macromolcula,
contribuyendo a mantener su conformacin activa.
Estas interacciones tiene importancia en el plegamiento de las
protenas y en la asociacin entre una enzima con su sustrato.

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

Todas las clulas estn gobernadas por los mismos principios

fsicos y qumicos de la materia inerte. Si bien dentro de las

clulas encontramos molculas que usualmente no existen en la
materia inanimada, en la composicin qumica de los seres vivos
encontramos desde sencillos iones inorgnicos, hasta complejas
macromolculas orgnicas siendo todos igualmente importantes
para constituir , mantener y perpetuar el estado vivo.

Cuadro 2. Composicin qumica de la materia viva

Tabla - Composicin porcentual de la materia viva
Compuesto
Agua

Porcentaje de peso
total
70

Macromolculas:
Protenas

15

cidos Nucleicos

7*

Polisacridos

Lpidos

Molcula s orgnicas
pequeas
Iones inorgnicas

2**
1

Constituido
aproximadamente por 1% de
ADN y 6% de ARN.

**Incluyen

los bloque de
construccin para generar
macromolculas y otras
molculas en los procesos de
sntesis o degradacin

AGUA
AGUA
La qumica de la vida ocurre en el agua. De
hecho, todas las reacciones que ocurren en el
citoplasma de una clula tiene lugar en un
medio acuoso.
El agua es el solvente biolgico ideal, pero no
solo es el medio en el que se desarrollan las
reacciones qumicas sino que tambin en
muchos casos participa activamente de ellas ya
sea como reactivo o producto de una reaccin.
Por todo esto no resulta sorprendente que las
propiedades del agua sean un factor clave para
comprender la bioqumica.
La molcula de agua consta de dos tomos de
hidrgeno y uno de oxgeno, unidos
covalentemente. Debido a la diferencia de
electronegatividad entre los mismos se crea
una distribucin asimtrica de cargas lo que
llega a la formacin de una molcula polar.
Como hemos visto anteriormente esa
polaridad permite la aparicin de los puentes
de hidrgeno entre las molculas de agua.

Fig. (a) Estructura de la molcula de agua. (b) Las

molculas de agua en disolucin interactan entre
si a travs de los puentes de hidrgeno.

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

AGUA
AGUA (CONTINUACIN)
Muchas de las propiedades del agua se

explican debido al gran nmero de

puentes de hidrgeno que existen entre
sus molculas. El agua es lquida en un
amplio intervalo de temperaturas que va
desde los 0 C a los 100 C, lo que indica
que no solo debemos entregarle calor para
que ocurra el cambio de estado sino para
poder romper los puentes de hidrgeno. El
calor de evaporacin del agua es muy
superior al de otros lquidos por lo que
muchos
organismos
utilizan
esta
propiedad para el mantenimiento de la
temperatura corporal.

Fig. 2.7- Las molculas de agua facilitan la

separacin de los iones en disolucin.
Cada ion est "recubierto" de molculas de
agua.

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

AGUA
AGUA (CONTINUACIN)
El hielo flota en el agua, es decir que el agua al estado slido es ms liviana que
al estado liquido, (debido a que por la accin de los puentes de hidrgeno en el
estado slido se forma una verdadera red cristalina por lo que el agua al
congelarse se dilata, disminuyendo as su peso especfico). Esta propiedad
permite que la capa de hielo que cubre un ro o un lago, flote sirviendo entonces
como aislante, permitiendo que la vida acutica contine.

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

AGUA
AGUA (CONTINUACIN)
El

agua acta como disolvente para

molculas polares, principalmente para
aquellas con las que puede formar puentes
de hidrgeno. La alta polaridad del agua
favorece tambin a la clula porque fuerza
a las sustancias no polares a agregarse y
permanecer juntas, contribuyendo as a la
estructura de las membranas. Como
veremos ms adelante las membranas
biolgicas
estn
constituidas
principalmente por sustancias no polares
(lpidos) los cuales se agregan y cumplen
una funcin de barrera selectiva.

Fig. 2.8- En general las protenas

globulares tienen un interior hidrofbico
y residuos hidroflicos de aminocidos en
la superficie. que interactan con el
disolvente acuoso que las rodea.

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

AGUA
AGUA (CONTINUACIN)
INFORMACIN GENERAL: PROPIEDADES
QUMICAS DEL AGUA
Molculas hidrofbicas y estructuras acuosas.
Las molculas que son no polares y no pueden
formar enlaces de hidrgeno (por ej.
Hidrocarburos) slo tienen una limitada
solubilidad en agua, y se denominan
hidrofbicas.
Cuando ests molculas se encuentran con
agua, las molculas de agua se disponen a su
alrededor de manera ordenada, como bloques
de hielo. Estas estructuras son ms ordenadas
que el agua libre y por lo tanto generan una
disminucin de la entropa del medio. En la
figura contigua, se muestra estas estructuras
(gris) rodeando al hidrocarburo (negro) en el
centro.

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

AGUA
cidos y bases
Un cido es una molcula que, en solucin,
cede un ion H+ (protn).
Una Base es una molcula que, en solucin,

acepta un ion H+ (protn).

El agua por si misma tiene una dbil

tendencia a ionizarse, actuando tanto como

cido dbil y como base dbil. Cuando acta
como CIDO DBIL libera un protn,
generando un ion hidroxilo. Como BASE
DBIL acepta un protn formando ion
hidronio. En solucin acuosa la mayora de
protones estn como iones hidronio.

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

AGUA
pH
Este pasaje del agua desde
una solucin hipotnica a
una hipertnica,
puede
provocar un aumento de la
presin hidrosttica en el
compartimiento hipertnico.
Cuando las dos soluciones se
equilibran,
teniendo
concentraciones idnticas de
solutos, se dice que son
isotnicas.

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

AGUA
SMOSIS
Si dos soluciones acuosas estn separadas por una
membrana que nicamente permite el paso de las
molculas de agua, dichas molculas pasaran hacia la
solucin que contiene la mayor concentracin de
molculas solubles, denominndose a dicho proceso
smosis.

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

Molculas Orgnicas y Macromolculas
EL TOMO DE CARBONO
La qumica de los compuestos que contienen
carbono se denomina qumica orgnica.
Los compuestos orgnicos se basan en el
carbono combinado con otros tomos de
carbono y con otros elementos como el
hidrgeno, el nitrgeno, el azufre, etc.
Forman grandes estructuras con distinta
complejidad y diversidad, el tomo de carbono
puede unirse a otros tomos de carbono
formando largas cadenas las cuales pueden ser
lineales, ramificadas o bien cclicas.
Se han aislado miles de compuestos de carbono
de varios sistemas biolgicos, aqu algunos
ejemplos:

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

Molculas Orgnicas y Macromolculas

Fig. - Los tomos de carbono pueden unirse con otros tomos de carbono y con muchos de otro tipo para formar una gran variedad de compuestos
orgnicos. Las mismas fuerzas que mantienen unido al metano (CH4) tambin permiten la formacin de molculas extremadamente complicadas
pero estables. En diversas estructuras, como los triacilgliceroles. predominan las cadenas lineales. En otras, como el azcar glucosa. son anillos. La
muscona, el atrayente sexual del venado almizclero del Tibet, tambin se basa en un anillo de carbonos. Otras molculas vitales como la clorofila y
la vitamina B12 contienen cadenas, anillos e iones metlicos.

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

Molculas Orgnicas y Macromolculas
El tomo de carbono tiene seis protones y seis electrones
ubicados en dos niveles de energa, en la capa interna
encontramos dos y en la ms externa cuatro. Dada esta
configuracin el carbono tiene poca tendencia a ganar o
perder electrones , sino que tiende a compartirlos con
otros tomos, por lo tanto se forman uniones covalentes.
Los electrones que participan de dichas uniones
covalentes son los cuatro que se ubican en el nivel
exterior y son conocidos como electrones de valencia.
Estos cuatro electrones de valencia se ubican hacia los
vrtices de un tetraedro equiltero, es decir que los
ngulos de unin no son en 90 (de lo que resultara una
estructura plana) si no que son superiores a los 100.
Como resultado de est estructura tetradrica las
molculas tienen entonces estructuras tridimensionales.
Cuando el carbono se une a cuatro tomos distintos,
stos se pueden unir a l de dos maneras distintas.

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

Molculas Orgnicas y Macromolculas

Fig. (a) Cuando un tomo de carbono forma enlaces covalentes con otros cuatro tomos, los
electrones de su nivel de energa exterior forman nuevos orbitales. Estos nuevos orbitales, que
son todos de la misma configuracin, se orientan hacia los cuatro vrtices de un tetraedro. As,
los cuatro orbitales e encuentran separados tanto como es posible. (b) Cuando un tomo de
carbono reacciona con cuatro tomos de hidrgeno, cada uno de los electrones en su nivel de
energa exterior forma un enlace covalente con el nico electrn de un tomo de hidrgeno,
producindose una molcula de metano. (c) Cada par de electrones se mueve en un orbital
molecular nuevo. La molcula adopta configuracin de un tetraedro.

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

Molculas Orgnicas y Macromolculas

Fig. 2.11 - Como las valencias del carbono estn ordenadas en forma tetradrica, la molcula tridimensional que se muestra
puede construirse en dos formas que son imgenes especulares una de la otra. Esto se aplica a cualquier tomo de carbono que
tenga cuatro grupos distintos unidos a l. Aunque las propiedades qumicas de estos pares de compuestos son similares, sus
propiedades biolgicas suelen ser muy distintas. Esto se debe a que el reconocimiento biolgico funciona por interacciones
entre molculas que tienen formas complementarias. Generalmente una de las molculas tendr actividad biolgica y la otra
ser totalmente inactiva.
La molcula tridimensional se puede construir en dos formas que son imgenes especulares una de la otra (como observamos
en la fig.) y aunque estos compuestos tengan propiedades fsico-qumicas muy semejantes, su comportamiento en los seres
vivos es bastante diferente. Mientras que uno de los compuestos es aceptado con facilidad por un sistema biolgico, el otro
puede ser ignorado, o hasta resultar txico. Esto se debe a que los sistemas biolgicos trabajan reconociendo las formas o las
configuraciones moleculares, que son las posiciones relativas precisas que los tomos y grupos de tomos guardan entre s.
Esto es de importancia en compuestos tales como monosacridos y aminocidos.

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

Molculas Orgnicas y Macromolculas
GRUPOS FUNCIONALES
Grupo
funcional

Hidroxilo

Frmula
estructura

Clase de
compuestos

Ejemplo

Descripcin
Compuesto polar porque el
oxgeno electronegativo capta
electrones de tomo covalentes

Alcoholes
Etanol

Amino

Inico, el grupo amino acta

como base.

Aminas
Aminocido

Carboxilo

Estr

cidos
carboxlicos
(orgnicos)

Inico, el hidrgeno puede

disociarse como hidrogenin
Aminocido

Esteres
Metilacetato

Relacionado con el grupo

carboxilo, pero tiene un grupo
en lugar del hidrgeno del
hidroxilo; polar

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

Molculas Orgnicas y Macromolculas
GRUPOS FUNCIONALES
Grupo
funcional

Frmula
estructura

Clase de
compuestos

Ejemplo

Aldehdos
Formaldehdo
Carbonilo
Cetonas

Descripcin
Carbono de carbonilo enlazado
con al menos un tomo de
hidrgeno; polar
Grupo carbonilo enlazado con
otros dos tomos de carbono;
polar

Acetona
No polar
Metilo

Componente de
muchos compuestos
orgnicos.
Metano

Fosfato

Fosfatos orgnicos
Ester de fosfato

Sulfidrilo

Tioles

Forma disociada del cido

fosfrico, el ion fosfato se enlaza
en forma covalente, por medio de
uno de sus tomos de oxigeno,
con uno de los tomos de
carbono; inico.
Ayuda a estabilizar la estructura
interna de las protenas

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

Molculas Orgnicas y Macromolculas
MONMEROS, POLMEROS Y MACROMOLCULAS
Los monmeros son unidades moleculares sencillas agrupadas de acuerdo a
sus propiedades qumicas; podemos mencionar a los: monosacridos,
aminocidos y los nucletidos. Cuando los monmeros de un mismo grupo se
unen entre s en forma covalente obtenemos un polmero que es una
molcula de gran tamao. Las cadenas pueden ser ramificadas o sin
ramificaciones. Cuando las unidades son idnticas reciben el nombre de
homopolmero; si las unidades son distintas se denominan heteropolmero,
pero siempre hablando de unidades diferentes pero dentro de un mismo grupo,
por ejemplo aminocidos distintos, o azcares distintos, nunca vamos a
encontrar un polmero formado simultneamente por distintos grupos de
monmeros.
La mayora de las biomolculas que utilizan los organismos en su
funcionamiento son polmeros.

COMPOSICIN QUIMICA DE LOS SERES VIVOS

Molculas Orgnicas y Macromolculas
MONMEROS, POLMEROS Y MACROMOLCULAS
El trmino macromolcula se usa para designar a
molculas de gran tamao, sin embargo no define que se
entiende por gran tamao, muchas macromolculas son
polmeros (polisacridos, cidos nucleicos, protenas)
pero otros no (esteroides, triglicridos, etc.)
Se han identificado en los sistemas vivientes unos 30.000
compuestos orgnicos diferentes, sin embargo un pequeo
grupo de ellas son las que cumplen funciones principales
en los organismos.