Module de Base 3

Microbiologie

Diarrhes Diagnostic, techniques et interprtation des examens bactriologiques.

ED Diarrhes
Diagnostic, Techniques et Interprtation
des Examens Bactriologiques
Objectifs
1.

Dfinir les termes : commensal, saprophyte, pathogne, pathogne opportuniste, portage,

diarrhe
2. Expliquer les principaux mcanismes physiopathologiques des diffrentes diarrhes
bactriennes
3. Citer les principales indications de la coproculture
4. Dcrire les principales tapes dun examen cyto-bactriologique des selles
5. Interprter un compte-rendu de coproculture
6. Connatre les principales bactries responsables dinfections intestinales chez lhomme :
Bactries Gram positif : S. aureus, B. cereus, Anarobies (Clostridium perfringens, C. difficile)
Bactries Gram ngatif : Entrobactries (E. coli, Salmonella spp., Shigella spp., Y. enterocolitica),
V. cholerae, C. jejuni
7. Expliquer les mesures prophylactiques prendre lors de toxi-infection alimentaire collective

Plan de cours

I- Dfinition..............................................................................................................................2
II- Flore bactrienne normale du tube digestif ....................................................................2

II.1- Relations Hte-Bactries.......................................................................................................... 2

II.2- Quantit de bactries prsentes ............................................................................................. 2
II.3- Composition de la flore ............................................................................................................ 2
II.4- Physiologie ................................................................................................................................ 2

III- Physiopathologie des diarrhes......................................................................................3

III.1-Processus Toxique ................................................................................................................... 3

III.2-Processus Invasif...................................................................................................................... 3
III.2.1- Troubles de la fonction d'absorption .................................................................................. 3
III.2.2- Cas Particulier des Salmonelles ........................................................................................ 3

IV- Indications de la Coproculture ........................................................................................4

V- Mode de contamination.....................................................................................................5

V.1- Infections intestinales .............................................................................................................. 5

V.2- Toxi-infections alimentaires Collectives (TIAC) .................................................................... 5

VI- La coproculture.................................................................................................................5
VII- Autres Mthodes de Recherche de Bactries..............................................................6
VIII- Principales bactries recherches au cours dune coproculture et impliques en
pathologie (voir Tableau I) ......................................................................................................6
IX- Ouvrages et site de rfrence .........................................................................................6
Annexe 1 .................................................................................................................................7
Annexe 2 .................................................................................................................................8

Octobre 2005
JP. LAVIGNE

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Diarrhes Diagnostic, techniques et interprtation des examens bactriologiques.

I- Dfinition

Diarrhe : Emission trop rapide, trop frquentes (>3/j) de selles trop liquides et trop abondantes (au
dessus de 300 g /j).
Aigu : < 2-3 semaines

II- Flore bactrienne normale du tube digestif

II.1- Relations Hte-Bactries
Commensalisme : Association conduisant 2 espces dorganisme vivre ensemble, sans que lun
nuise lautre.
Saprophytisme : Forme de nutrition permettant un organisme dutiliser des matires organiques en
dcomposition.
Bactries Pathognes : Bactrie capable de provoquer une maladie chez un sujet dont les dfenses
sont normales.
Bactries Pathognes Opportunistes : Bactrie capable de provoquer une maladie chez un sujet dont
les dfenses sont affaiblies.
Portage : Colonisation par des bactries pathognes.
II.2- Quantit de bactries prsentes
2/3 bactries anarobies strictes + 1/3 aro-anarobies facultatifs
II.3- Composition de la flore
Variation selon la localisation anatomique: nombre de bactries /g de selles

Daprs Raibaud P.,

Ducluzeau R., 1984

Flore Commensale : 400 espces prsentes, environ 1014 bactries dans le tube digestif
- Flore dominante Anarobie :
Bacille Gram ngatif : Bacterodes
Bacille Gram positif : Bifidobacterium, Clostridium
Cocci Gram positif : Peptostreptococcus
- Flore sous dominante Arobie :
Bacille Gram ngatif : Entrobactries (E. coli +++)
Cocci Gram positif : streptocoques, entrocoques
Flore de passage (saprophyte) :
Corynbactries (apport par le fromage)
Propionibacterium
Lactobacillus (apport par les yaourts)
1010 1011 bactries viables par gramme de selles fraches
II.4- Physiologie
9 litres deau dapport quotidien soit 7 litres de scrtion et 2 litres de lalimentation
7 8 litres sont absorbs par lintestin grle et 1 2 litres par le colon
Normalement environ 200 ml d'
H2O sont limins par jour dans les selles
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III- Physiopathologie des diarrhes

III.1-Processus Toxique
Troubles de la fonction de scrtion (entrotoxine)

- Adhsion de la bactrie lpithlium sans pntration

- Production dune entrotoxine (LT : Thermolabile ; ST : Thermostable) qui active ladnylate
cyclase entranant la transformation dATP en AMPc, lorigine de la sortie de leau et des
ions chlore
- Scrtion accrue d'
ions chlore et sodium par l'
entrocyte et limination dans les selles
- Diarrhe aqueuse
- Pas de destruction cellulaire ou villositaire
- Absence de leucocytes et de sang dans les selles
- Modle : Vibrio choler
III.2-Processus Invasif
III.2.1- Troubles de la fonction d'absorption

- Attachement des germes et pntration de la muqueuse intestinale au niveau des cellules M

(plaque de Peyer)
- Invasion et multiplication des bactries lintrieur des cellules pithliales
- Destruction cellulaire, effraction de l'
axe conjonctivo-vasculaire (hmorragie) do ulcrations
de la muqueuse intestinale
- Afflux de polynuclaires
- Attachement au dbut au niveau de la muqueuse du grle puis infection descendante se
localisant habituellement au niveau du clon
- Selles glaireuses, purulentes, riches en polynuclaires, parfois sanglantes accompagnes de
fivre
- Modle : Shigella spp.
III.2.2- Cas Particulier des Salmonelles
- Attachement des germes la muqueuse avec pntration dans le tissu sous-muqueux par les
cellules M.
- Pas dinterruption des limites pithliales, donc pas de destruction des muqueuses

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- Raction inflammatoire dans la lamina propria :

- de type mononucle pour les salmonelles typhiques (ex : Salmonella typhi). Les
germes sont viables lintrieur des macrophages et sont transports ailleurs dans la
circulation occasionnant des bactrimies et une symptomatologie systmique - cas
n1
- de type polynucle pour les salmonelles non typhiques (ex : Salmonella enteritidis).
Les germes sont phagocyts et retenus dans la lamina propria donnant un tableau de
gastro-entrite banale - cas n2
Cas N1
Salmonella typhi

Cas N2
Salmonella enteritidis

IV- Indications de la Coproculture

La majorit des Diarrhes sont spontanment rsolutives : La coproculture est inutile.
La coproculture est indique :
- Lors de diarrhes avec signes de gravit (choc septique, sepsis, dshydratation intra ou
extracellulaire, intolrance digestive totale, diabte dcompens, insuffisance cardiaque
dcompense, signes danmie ou de colectasie).
- Syndrome dysentrique
- Fivre 39C.

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Diarrhe > 3 jours malgr un traitement symptomatique adapt

Situations particulires : VIH, Retour de Pays trangers, Toxi-Infection Alimentaire
Collective, en cours ou aprs une antibiothrapie, vise pidmiologique.

V- Mode de contamination

V.1- Infections intestinales

Les bactries envahissent la muqueuse intestinale et sont responsables de gastro-entrites,
diarrhes, dysenteries, colites pseudo-membraneuses.
Exemples de Bactries : bactries pathognes spcifiques
Shigella, Salmonella, Vibrio cholerae
bactries pathognes opportunistes
Staphylococcus aureus, Clostridium sp., Bacillus cereus
V.2- Toxi-infections alimentaires collectives (TIAC)
= Etiologie chez au moins deux personnes ayant mang le mme repas, au mme endroit, au mme
moment.
Absorption d'
aliments contamins (bactries ou leurs toxines)
Exemples de Bactries : TIA dincubation courte (1 4h)
Staphylococcus aureus, Bacillus cereus
TIA dincubation longue (12 76h)
Salmonella non typhiques,
Clostridium perfringens ou C. botulinum..

VI- La coproculture

Objectif : La finalit de la coproculture consiste tenter disoler au sein dune flore complexe un
nombre limit despces, rputes pathognes, responsables de diarrhes.
Recueil : selles fraches ou couvillonnage rectal
La transmission au laboratoire doit tre rapide ; des germes comme Shigella ne supportant pas un
sjour prolong dans les selles. Si le temps dacheminement est trop long, il faut utiliser un milieu de
transport.
Examen macroscopique:
la consistance : aqueuse, liquide, molle, moule
l'
aspect : purulent, prsence de sang
Examen microscopique (coloration de Gram) :
Celui-ci apprcie l'
importance et l'
quilibre de la flore: Gram + et Gram (selles normales : 35% de
Gram +, 65% de Gram -)
Rechercher un dysmicrobisme (flore monomorphe Gram + ou -) et les microorganismes
caractristiques (Campylobacter, Vibrion, Candida)
Permet dorienter le diagnostic et les cultures :
- en cas de diarrhes germes invasifs : prsence de leucocytes ;
- en cas de diarrhes germes entrotoxinognes : absence de leucocytes
Culture : Rechercher une aiguille dans une botte de foin ! .
Ensemencement de plusieurs milieux, le plus souvent slectifs.
Incuber 24h 37C.
Utilisation de galerie didentification de germes.
Ralisation dun antibiogramme pour toutes les bactries pathognes isoles dans des coprocultures.

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VII- Autres Mthodes de Recherche de Bactries

-

Tests Immunologiques : Antisrums spcifiques pour agglutiner et identifier les srogroupes

et les srotypes des bactries (Salmonella, Shigella, V. cholerae, E. coli, Yersinia)

Demandes Spciales : A prciser et tlphoner au Laboratoire

Recherche de Campylobacter jejuni (milieux spciaux) ou de V. cholerae (prlvement dans
Eau Peptone Alcaline)

Test immunoenzymatique : Kit de dtection rapide par ELISA de C. difficile (environ 15)

Biologie Molculaire : PCR la recherche de la toxine des E. coli entrohmorragiques ;

Sondes ADN et PCR pour la recherche de la toxine LT dE. coli entrotoxinogne

Culture cellulaire : cellules HeLa pour rechercher E. coli entroinvasif ; cellules vro pour
rechercher E. coli entrohmorragique.

VIII- Principales bactries recherches au cours dune coproculture et

impliques en pathologie (Annexe1 - voir Tableau I)
Salmonella, Shigella, E. coli (Annexe2 - voir Tableau II)
Recherches particulires :
En fonction de lge :
- chez le nouveau-n (mconium) : E. coli K1, Streptocoque B, Listeria
- enfant de moins de 2 ans : E. coli entropathognes (EPEC)
Notion dantibiothrapie de longue dure : Clostridium difficile et sa toxine
Contexte TIA : Salmonelles non Typhiques (S. enteritidis
Clostridium perfringens, Bacillus cereus, Staphylococcus aureus

n1

en

France),

Sjour rcent en zone d'

endmie E. coli entrotoxinogne, Shigella, Aeromonas
Virus (Rotavirus chez les enfants), Champignons (Candida spp.)
Immunodpression : Campylobacter jejuni

IX- Ouvrages et site de rfrence

PILLY, Ed. 2M2

Abrg de bactriologie, Ed. MASSON

http://lyon-sud.univ-lyon1.fr - Rubrique Cours en ligne DES bactriologie

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Diarrhes Diagnostic, techniques et interprtation des examens bactriologiques

Annexe 1

TABLEAU I : Principaux germes responsables de diarrhes. (TIAC : toxi-infection alimentaire collective ; GE : Gastro-entrite ; FQ : fluoroquinolones)

Germes
Contexte
Epidmiologique
Facteurs
Favorisants

Incubation

Processus Toxique
Vibrio cholerae Staphylococcus Escherichia coli
aureus
entrotoxinogne

Processus Invasif
Shigella

Salmonella
non typhique
re

Voyage
rcent Voyage
rcent TIAC 1 cause
dans Pays Tropical dans Pays Tropical de GE/Voyage
rcent
dans
Pays Tropical
Eaux et aliments Aliments
Eaux et aliments Eaux et aliments Aliments
contamins
contamins
contamins
contamins
contamins
(glace,
(volaille, ufs,
(lgumes, fruits)
Interhumaine
gteaux, plats
Porteurs sains
aliments crus)
cuisins)
Porteurs sains
6-72 heures
1-6 heures
12-36 heures
36-72 heures
8-48 heures

Voyage
dans
Tropical

rcent TIAC
Pays

Cholriforme
(abondantes,
liquide, profuse,
afcale, odeur de
poisson, couleur
eau de riz)
Signes Cliniques Vomissements
incoercibles
associs
Douleurs
abdominales
Pas de Fivre

Diarrhe

turista
modre,
cholriforme
(liquide,
afcale,
odeur de poisson,
couleur eau de riz)
Nauses,
Pas de Fivre
Vomissements Douleurs
++
abdominales
Pas de Fivre

Profuse,
liquide,
douloureuse

Clostridium
difficile

Secondaire un
TIAC/Voyage
rcent dans Pays traitement
Tropical

Aliments
contamins
(volailles,porc)
Porteur sain

Eaux et aliments
souills (animaux
de boucherie)
Petits Enfants et
enfants
24-36 heures

Antibiotiques
(clindamycine,
lincosamide,
cphalosporines)

48-120 heures

Afcale, glaireuse,
mucosanglante
Polynuclaires
fcaux+++

Liquide,
abondante,
parfois glaireuse
Polynuclaires
fcaux +

Mucosanglante,
glaireuse
Polynuclaires
fcaux+++

Afcale, glaireuse, Modre,

mucosanglante
mucosanglante,
Emission
de
fausses
membranes

Vomissement
colique
abdominale,
preinte, tnesme
Fivre 40C

Fivre
Douleurs
abdominales

Fivre leve
# colite ulcre

Fivre 38c
Douleurs FID++

Dshydratation

Cholcystite
Arthrite
ractionnelle

Arthrite
ractionnelle,
Eruption cutane
(rythme noueux)

Macrolides
14 jours

FQ ou Ttracycline
10 jours

Dshydratation++ Dshydratation
Choc

Autres Signes

Dshydratation
++
Choc

Traitement
Antibiotique

Ttracycline ou Gurison
FQ ou Ttracycline FQ
Cotrimoxazole
spontane sans ou Cotrimoxazole
Cotrimoxazole
3 jours
traitement
5 jours
5 jours

Dshydratation
++
Collapsus

TIAC
2e cause de GE

Yersinia
enterocolitica

Campylobacter

ou FQ 5 jours

Colite
pseudomembraneuse
Fivre
leve,
douleurs
abdominales,
altration de ltat
gnral

Vancomycine
Mtronidazole
10 jours

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Annexe 2

Tableau II : Les 4 principaux types dEscherichia coli impliqus dans les diarrhes
Contexte

Clinique

Physiopathologie

Nourrisson jeune enfant de

moins de 2 ans, en collectivit

Diarrhe liquide, muqueuse +/- sang

Fivre,
Vomissements,
Douleurs
abdominales
Dshydratation

Adhsion et Destruction des cellules en brosse

de la muqueuse intestinale (phnomne
dattachement-effacement)

Enfants de moins de 10 ans

Aliments contamins : produits
dorigine bovine (hamburger, lait
non pasteuris)

Diarrhe aqueuse puis hmorragique

sans pus, Fivre modre,
Douleurs et crampes abdominales,
Colites hmorragique
Risque de Syndrome Hmolytique et
Urmique (SHU) et de Purpura
Thrombotique Thrombopnique (PTT)

- Adhsion
- Phnomne dattachement-effacement
- Cytotoxines (ou vrotoxine) SLT (ou VT) :
inhibition de la synthse protique et destruction
cellulaire

E. coli entroinvasif (EIEC)

Enfant - Adulte

Syndrome dysentrique
(cf Shigella)

Pouvoir pathogne identique Shigella (Diarrhe

par invasion des cellules pithliales)

E. coli entrotoxinogne (ETEC)

Voyage turista

Syndrome cholriforme
(cf V. cholerae)

- Facteurs dadhsion
- Entrotoxines (thermostable ST et thermolabile
LT)
Pas de pntration des bactries dans les
cellules pithliales

Germes
E. coli entropathogne (EPEC)

E. coli entrohmorragique (EHEC)

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