Les transferts dinformation gntique chez les

bactries

Le patrimoine gntique des bactries est plastique et varie au cours du

temps

Les bactries sadaptent la pression de slection des environnements

changeants
- par des mutations spontanes
- par acquisition de matriel gntique tranger
Ce sont les transferts gntiques

Objectifs
Combien de types de transfert d'ADN existe-t-il chez les bactries ?
Donner la dfinition de la transformation

Objectifs d'aujourd'hui :

Combien de types de transfert d'ADN existe-t-il chez les bactries ?

Donner la dfinition de la transformation
Donner la dfinition de la conjugaison
Donner la dfinition de la transduction
Pouvez-vous prciser leurs principales caractristiques ?
Quelles ont t les consquences scientifiques de ces transferts ?
Quelles sont les consquences mdicales de ces transferts ?

Donner la dfinition de la conjugaison

Donner la dfinition de la transduction
Pouvez-vous prciser leurs principales caractristiques ?
Quelles ont t les consquences scientifiques de ces transferts ?
Quelles sont les consquences mdicales de ces transferts ?

Ces transferts d'ADN bactrien sont suivis d'une recombinaison gntique

- dite lgitime (si DNA homologue provenant dune mme espce
ou dune espce voisine)
- ou illgimite (si DNA htrologue despces loignes)

Ces transferts sont unidirectionnels et le plus souvent partiels

Dcouverte de la transformation chez les

pneumocoques
Griffith 1928
Avery 1944

Les pneumocoques (Streptococcus pneumoniae)

Colonies S smooth et R rough

Caractristiques de la transformation

Le ADN doit tre libr d'une bactrie (exognote)

Le DNA nu doit se fixer sur une bactrie rceptrice en phase de
comptence

Caractristiques de la transformation

L absorption d'ADN polymris est suivie d'une recombinaison lgitime avec

acquisition de nouveaux caractres gntiques stables, transmissibles
la descendance ( recombinants ou transformants).

Le transfert est partiel : une partie de l'exognote (1-2% du gnome) pntre

et se recombine (si homologie suffisante).

Ce transfert naturel d'ADN bactrien est limit quelques espces telles

Streptococcus dont S. pneumoniae, Neisseria, Haemophilus.....

Les bactries naturellement transformables :

notion dtat de comptence

La comptence est la capacit dune bactrie de recevoir de l'ADN exogne

lie des mcanismes diffrents en fonction des espces.

N. gonorrhoeae
Croissance
des bactries
S. pneumoniae
B. subtilis,
H. influenzae

heures

Espces bactriennes naturellement transformables

Neisseria meningitidis
Streptococcus pneumoniae
Haemophilus influenzae
Staphylococcus aureus
Campylobacter jejuni
Helicobacter pylori
Moraxella spp.
Neisseria gonorrhoeae
Streptococcus sanguis
Streptococcus mutans
Bacillus subtilis

Les principales tapes de la transformation naturelle

L'ADN : bicatnaire, PM > 106 107 Mdal, dorigine variable
1re tape : fixation covalente un complexe protique membranaire
2me tape : fragmentation de l'ADN (nuclases)
3me tape : entre de l'ADN simple brin dans la bactrie
4me tape : devenir de l'ADN simple brin transformant dans la bactrie
- Recombinaison homologue ncessitant de larges homologies
entre l'ADN exogne et endogne, avec remplacement alllique
-

L'ADN provient de la mme espce bactrienne ou d'une espce proche

- Frquence des recombinants 10-310-5

Remplacement

Dltion

Insertion

Consquences de la transformation
Ce mode de transfert a permis de montrer que l'ADN est le support chimique
de l'hrdit, et non les protines.

Il a permis l'tablissement des premires cartes gntiques partielles chez

les bactries, et donc des tudes plus prcises sur la virulence, la
rsistance aux antibiotiques

C'est une technique de base du gnie gntique, utilise quotidiennement

dans les laboratoires lors de clonage (transfection), dans des bactries
non transformables naturellement comme E. coli
- Electroporation, traitement par des cations divalents (chlorure
de calcium)
- L'ADN rentre sous forme double brin et le reste.
- Plus efficace que si l'ADN est capable de rplication autonome
(rplicon).

Consquences de la transformation
Cest le mcanisme de la variation antignique chez le gonocoque et le
mninggocoque etde l'mergence de certaines espces rsistantes aux
antibiotiques (pneumocoque , mningocoque)
Aprs slection de mutants rsistants (streptocoques buccaux) lors
d'antibiothrapie, il peut y avoir transfert de gnes de cette rsistance
par transformation naturelle l'espce pathogne potentielle en
situation de portage( penicillin-binding proteins, PBP).

Conjugaison ou sexualit des bactries

Dcouverte de la conjugaison
par Lederberg et Tatum 1946

- Mlange en milieu liquide de 2 mutants auxotrophes de E. coli K12

108 T-L-M+B+ et 108 T+L+M-B- (exigence en thronine, T- ; leucine, L- ;
mthionine, M- et biotine B-).
- Aprs plusieurs heures de contact, talement de 108 bactries sur milieu
synthtique sans T, L, M et B
- Croissance d'une centaine de colonies T+ L+ M+ B+ la surface du milieu
qui ne peuvent tre des mutants doublement rverses (probabilit de
l'ordre de 10-14) mais de recombinants.

Conjugaison ou sexualit des bactries

Dfinition
- Processus sexuel ncessitant un appariemment entre bactries de sexes
diffrents et formation d'un pont cytoplasmique permettant les changes
gntiques: un transfert unidirectionnel dADN dune cellule donatrice
une cellule rceptrice, par un mcanisme requrant un contact spcifique.
-

Le facteur de sexualit ou de fertilit (F) permet la synthse de pili sexuels

chez la bactrie donatrice ou mle et donne la polarit au chomosome.
Le transfert d'ADN chromosomique est sens unique, orient, progressif et
parfois total (2 h).

- Le transfert d'ADN chromosomique est spcifique (intra-espces) et limit

certaines espces Gram ngatif telles E. coli, Salmonella,
Pseudomonas aeruginosa et Streptococcus.
- Le transfert d'ADN plasmidiques et de transposons est trs frquent et peu
spcifique (intra et inter-espces).

La conjugaison
- Deux classes de vhicules : - plasmides
- transposons
On observe souvent une synergie entre les vhicules, en
particulier des transposons ports par des plasmides.
- Limites :
-

- pour les plasmides, rplication et expression des fonctions

de transfert.
- pour les transposons, expression des fonctions de transfert.

- De faon gnrale, le transfert et lexpression des fonctions de transfert sont

trs finement rgules, vraisemblablement pour limiter la charge
biosynthtique lie ce processus.

Le facteur de fertilit: le plasmide F+, premier plasmide connu

Le plasmide F+: DNA circulaire double brin, ~ 2 % du chromosome bactrien

Le plasmide F+ se rplique chez E. coli et Salmonella typhimurium

Le plasmide F+ code pour des fonctions de transfert (rgion tra de 30 kb de

~30 gnes), incluant la biosynthse de pili sexuels.

Le plasmide F+ peut sinsrer dans le chromosome ( bactries HFr High

Frequency recombination) et mobiliser le transfert partiel des gnes
chromosomiques du donneur dans la bactrie rceptrice (F-).

Les fonctions de transfert

M

J Y A L E K B

oriT

Rgulation de lexpression des gnes tra: finO, finP, traJ

Formation des pili: traABCEFGH, traKLQUVWX

Stabilisation du couple donatrice et rceptrice: traGN

Mtabolisme de lADN: traD (sortie de lADN)

traI (clivage oriT, ADN hlicase)
traM (activation de oriT)
traY (endonuclase, clivage oriT)

- Exclusion de surface:

traST

finQ

Adhsine ?

Tra A

Membrane externe

TraV

TrbC

TraF

TraW

TraH
TraK
TraB
TraQ

TraA

TraE

TraU

TraX

TraG
TraI N

TraC

Membrane cytoplasmique.

Contact ou appariement :
Les pilis sexuels, flexibles ou non (2 3 par donneur) reconnaissent des zones
de contact la surface cellulaire des bactries rceptrices, s'y fixent et se
rtractent permettant un contact cellulaire troit entre les bactries (pont
cytoplasmique de 100 300 m).

Bactrie donatrice
coupure d oriT par le complexe
relaxase-hlicase (TraY-TraI).
Brin non-transfr

Synthse du brin
complmentaire

ADN polymrase III

Amorce d'ARN

SSB protines

Pore conjugatif

3'
5'

Synthse du brin
complmentaire

Membranes
bactriennes

Brin transfr
ADN polymrase III

Bactrie rceptrice

Systmes de transfert conjugatif large spectre d'hte

Les bactries Gram-ngatif

Plasmides IncP (RP4, RK2, etc)
Bacilles et coques Gram-ngatif (Tra+, Rep+)
Bacilles et coques Gram-positif bas GC% (Tra+,
Rep-)
Sacharomyces cerevisiae (Tra+, Rep-)
Plasmide IncQ (RSF1010)
Bacilles et coques Gram-ngatif (Mob+, Rep-+)
Bacilles Gram-positif bas GC% (Mob+, Rep+)
Plasmide Ti
Plantes (Tra+, Int+)

Les transposons conjugatifs

Em-Tc DOT
spectre dhte troit : Bacteroides fragilis
confre la rsistance la ttracycline (tetQ)
transfert induit par la ttracycline (X 104)
Tn916
spectre dhte large :

Bacilles et cocci Gram positif

E. coli
P. fluorescens

confre la rsistance la ttracycline (tetM)

existence de variants contenant des marqueurs additionnels
(ermB, aphA-3)
transfert induit par la ttracycline, in vitro et in vivo (X 102)

Les plasmides rpondeurs aux sex-pheromones

Dcrits chez Enterococcus faecalis
Plasmides conjugatifs (taille > 50 kb)
Plasmides capables dtre transfrs en milieu liquide trs haute frquence (10-2, 10-3).
Le mlange de conjugaison (donatrice + rceptrice) entraine la formation daggrgats
cellulaires (clumps).
Ces aggrgats sont le rsultat dinteractions physiques mdies par essentiellement deux
substances prsentes la surface des bactries.
La synthse de lune de ces substances, la substance aggrgative, est code par un
dterminant plasmidique et induite par une sex-pheromone spcifique.
De nombreux plasmides sex-pheromones dpendants ont t dcrits, le plus connu dentre
eux est le plasmide pAD1.
pADI : 4 proprits distinctes

- fonction de rplication
- activit cytolytique
- rsistance aux UV
- systme conjugatif particulier
- +/- gnes de rsistance aux antibiotiques.

Consquences de la conjugaison
- Le mode de transfert d'ADN bactrien par conjugaison d'une cellule
l'autre a permis :
. La caractrisation des proprits remarquables du facteur F
- plasmide:rplicon
- insertion au chromosome en des sites limits ou autonome
- Le passage de l'tat intgr l'autre par excision peut entrainer la
formation d'un plasmide F' (unit autonome de rplication et porteuse
de gnes bactriens).
. L'tablissement de cartes gntiques du chromosome bactrien (E. coli,
P. aeruginosa )
. La circularit du chromosome bactrien
- Principal facteur d'volution des bactries: acquisition de plasmides de
rsistance aux antibiotiques, et porteurs de gnes de virulence et
mtaboliques

Transduction

Transduction

Dcouverte
- En 1952, N. Zinder et J. Lederberg tentent d'obtenir des recombinants
aprs croisement de mutants auxotrophes de souches de
Salmonella typhimurium responsables de toxi-infections d'origine
alimentaire.
- La frquence des recombinants histidine+ tryptophane+, de l'ordre de 10-6,
n'est pas modifie lorsque les souches parentales spares par un
filtre ne sont plus en contact direct.
- L'existence d'un agent filtrable, vecteur de l'information gntique, est
dmontre (bactriophage tempr produit par la souche parentale
lysogne.

La transduction
- Dfinition : Transfert d'ADN bactrien d'une bactrie une autre par
l'intermdiaire d'un bactriophage
Ce transfert partiel de gnes bactriens peut s'accompagner d'une
recombinaison lgitime (transduction gnralise) ou non
(transductions abortive et spcialise).
- Bactriophages : vecteurs de transduction
- Particules transductrices : les phages virulentes contenant de l'ADN
bactrien encapsid.
- Processus essentiellement intra-spcifique
- Deux types de transduction
La transduction gnralise
La transduction spcialise

La transduction
-

L'existence de nombreuses souches lysognes fait quil sagit dun

phnomne
est
gnral
chez
les
espces
Gram
positif
(Staphylocoques, Bacillus) et Gram ngatif (Entrobactries,
Pseudomonas).
La transduction a un potentiel limit aux espces trs proches, mais c'est un
processus extrmement efficace :
Efficacit du phnomne
- Protection du DNA dans les particules virales
- Systme de dlivrance trs performant
- Abondance des phages en milieu aquatique103 et 108 phages / ml.
108 phages / ml 1/3 population bactrienne sujette une
attaque virale / 24 h.

PNTRATION
LIBRATION

ASSEMBLAGE

MULTIPLICATION

La transduction gnralise
Transfert de n'importe quelle fragment du gnome bactrien
Transducteurs : phages ADN
T4 et P1 chez E. coli
P22 chez Salmonella typhimurium
Mcanisme de la transduction gnralise :
Fragmentation du gnome bactrien au cours de la rplication virale
(nuclases virales ou non spcifiques).
1% des particules encapsident de l'ADN bactrien.
Formation de particules transductrices infectieuses capable d'injecter
l'ADN bactrien dans une autre cellule.
Devenir de l'ADN transduit : remplacement alllique ou transfert de
plasmides.

La transduction spcialise
-

Transfert qui ne concerne qu'une ou des rgions bien particulires du

gnome bactrien.

Repose sur les proprits d'intgration et d'excision de certains

bactriophages temprs comme le phage .

Le bactriophage ne transfert que :

Les gnes ncessaires la fermentation du galactose ou la synthse
de la biotine.
Par excision aberrante deux types de particules transductrices : gal et
bio.

gal : perte de l'information gntique ncessaire la synthse de

la queue + la tte (particule dfectueuse).

bio : perte de gnes xis et int, plus de cycle lysognique mais

potentiel infectieux normal.

Consquences de la transduction
- Mode de transfert ayant un intrt historique (phage lambda de E. coli)
- Transfert en ADN bactrien ou plasmidique limit (taille du phage)(<50 kb)
- La lysognie :
Exemples:
toxine du bacille diphtrique et phage
toxine rythrogne par le streptocoque A
certaines cytotoxines (vrotoxines) chez E.coli ECEP
certains facteurs antigniques de Salmonella (conversion lysognique)
- Certains ilots de pathognicit des bactries sont en fait hbergs par des
prophages intgrs dans les chromosomes bactriens (V. cholerae
TCP et CTX, E. coli EPEC et EHEC, )

Infection de Vibrio cholerae par les phages CTX et VPI

tcpA

Phage VPI

ctxA ctxB
RS1

Phage CTX

RS1

Les transferts dinformation gntique

Transduction
- vecteur : phage
- spectre dhte : intra-espce
- efficacit : importante
- distribution : ubiquitaire

Transformation
vecteur : ADN
spectre dhte : intra- ou inter-espce
efficacit : importante
distribution : restreinte

Conjugaison
vecteur : plasmide
spectre dhte : inter-espce
efficacit : variable
distribution : ubiquitaire

Les systmes de capture de gnes

Lintgration par transformation, transduction ou conjugaison se fait
principalement par recombinaison homologue (lgitime).
Pour les recombinaisons non-homologues,il existe des systmes de
capture intgrant des fragments de DNA sans aucune homologie:
-

Transposons composites :
Des gnes flanqus de squences IS de chaque ct
deviennent mobiles et peuvent s'intgrer (quelques Tn
multi-rsistants et mtaboliques).

Les intgrons :
Systme de capture immobiles qui transforme un
fragment d'ADN en cassette par ajout d'une structure de
reconnaissance pour un systme de recombinaison
spcifique de site (multi-rsistance, virulence, fonctions
adaptatives varies).

Quest ce quun intgron?

Cest un lment gntique immobile dcrit en 1989
- capture et intgre des gnes, dits gnes cassette (gnes de
rsistance aux antibiotiques)
- assure lexpression de ces gnes cassette (transcription et traduction)
Vecteurs dexpression naturels de gnes de rsistance largement rpandus
dans le monde microbien
- 9 classes dintgrons selon base sur la squence nuclotidique de
lintgrase.
- La classe 1 est prdominante: bacilles Gram ngatif (Entrobactries,
Pseudomonas, Vibrio, Acinetobacter, Campylobacter; Bactries Gram
positif : Corynebacterium, Enterococcus, Staphylococcus aureus;
Mycobactries : Mycobacterium fortuitum

Quest-ce quune cassette ou un gne cassette ?

lment gntique mobile non rplicatif

petite taille : 250 1500 pb
form dun gne et d un site attC
gne
forme : circulaire ou linaire
Plus de cinquante membres
attC

Principaux gnes cassette ports par les intgrons de classe 1

Antibiotiques

Gne

Aminoside

aadA (30%), aadB

aac(6)-I , aac(6)-II , aac(3)-I
aph(3)

- lactamine

oxa , bla

Trimthoprime

dfrA , dfrB

Chloramphnicol

cmlA , cat

Rifampicine

arr-2 , arr-3

Erythromycine

ereA2

Antiseptiques

qacE , qacF

, bla
, bla
, bla
PSE
IMP
GES-1
VEB-1

Reconnaissance et intgration d une cassette

rgion 5 conserve

rgion 3 conserve

attC

GTTRRRY

Pant

(site cur de la cassette)

P2

attI1
qacE1 sul1

intI1
P3

GTTRRRY
(site coeur)

orf5

Acquisition de plusieurs gnes cassette

cassette 1 : rsistance aux aminosides
Cassette 1

attC

bactrie rsistante
Cassette 1

cassette 2 : rsistance aux -lactamines

Cassette 2

attC
Cassette 2

Cassette 1

bactrie multirsistante

Conclusions

Les intgrons sont des vecteurs d expression naturels

Ce sont des lments gntiques qui ont la capacit de capturer, dintgrer et
d exprimer des gnes de rsistances aux antibiotiques (gnes cassette)
Leur structure facilite la multirsistance aux antibiotiques pour de nombreuses
espces bactriennes