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Tema 2
Propiedades cido-base
de los aminocidos
Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )
pKa de aminocidos
Punto isoelctrico
Polimerizacin de
aminocidos: El enlace
peptdico
Propiedades del enlace
peptdico
Pptidos
Protenas
Estructura de protenas
Estructura primaria,
secundaria, terciaria y
cuaternaria.
Protenas fibrosas y
protenas globulares
Aminocidos
Un -aminocido es un
cido carboxlico con
un grupo amino y un
grupo R en el carbono
D-Alanina
3
Aminocidos
Estndar
Se representa
normalmente el
estado de
protonacin a pH 7,0
Los aminocidos se
clasifican segn las
propiedades de sus
cadenas laterales (a
pH 7,0)
Glicina
Fenilalanina
Alanina
Triptfano
Valina
Leucina
Metionina
Cisteina
Isoleucina
Prolina
Serina
Treonina
Aminocidos cidos
Tirosina
Asparagina
Glutamina
Aminocidos bsicos
Atencin a los
Glutamato
Lisina
Arginina
Histidina
Glicina
Gly, G
Alanina
Ala, A
Leucina
Leu, L
Metionina
Met, M
Cadena lateral
ciclada. Implica
restricciones
conformacionales
(Iminocido)
Valina
Val, V
Isoleucina
Ile, I
Prolina
Pro, P
5
Aminocidos Aromticos
No polar
(Hidrofbico)
Polar
Fenilalanina
Phe, F
Tirosina
Tyr, Y
No polar
(Hidrofbico)
Triptfano
Trp, W
6
Serina
Ser, S
Treonina
Thr, T
Tirosina
Tyr, Y
Asparagina
Asn, N
Cisteina
Cys, C
Puede
encontrarse
cargado a
pH>9
Puede
encontrarse
cargado a
pH>8,5
Grupo -SH es
muy reactivo.
Dos molculas
de Cys se oxidan
formado cistina
mediante un
puente disulfuro
(-S-S-).
Glutamina
Gln, Q
7
Se encuentra
cargado a
pH<7
H+
Lisina
Lys, K
Arginina
Arg, R
Histidina
His, H
8
Aspartato
Asp, D
Glutamato
Glu, E
9
Aminocidos no Estndar
Aminocidos distintos de los 20 estndar y
derivados de stos realizan funciones
biolgicas importantes como mensajeros o
precursores
Neurotransmisores
-aminobutrico (GABA), derivado de la Gln
serotonina, derivado del Trp
Hormonas
tiroxina, derivado de la tirosina
cido indol actico, derivado del triptfano
Importante para la
unin de calcio en
proteasas de la
cascada de
coagulacin
Posibilitan la
formacin de la
estructura reticular
del colgeno
-carboxiglutamato 4-hidroxiprolina
5-hidroxilisina
La fosforilacin en
residuos con grupos
hidroxilo (Ser, Tyr, Thr)
regula la actividad de
muchas protenas
o-fosfoserina
11
Carga neta +1
K1; pK1
Forma catinica
Carga neta 0
Carga neta -1
K2; pK2
Forma zwitterinica
(neutra)
Forma aninica
12
-carboxilo
pK1=2-3
-amino
pK2=9-11
Lys y Arg
pKR> pK2
13
Carga -2 pK2=9.9
cido
glutmico
Carga -1
pKR=4.3
pK1=2.2
Carga 0
Carga +1
Equivalentes de OH14
Los aminocidos
polimerizan formando
polipptidos mediante
enlaces peptdicos
Formacin de un Dipptido
Dos aminocidos
El enlace peptdico es un
enlace amida formado
por unin del grupo carboxilo y el grupo amino de dos
aminocidos
Los aminocidos unidos
se llaman residuos de
aminocido
Los residuos se nombran
con la terminacin il
comenzando por el
extremo N-terminal
Enlace peptdico
N-terminal
C-terminal
15
Estructuras de resonancia
del enlace peptdico
H
CN
C= N
O-
H
CN
trans
C
O
C
CN
H
cis
16
Pptidos
Son polmeros de unos pocos aminocidos
Ejemplos de algunos pptidos importantes
Glutatin (-glutamil-L-cisteinilglicina)
Agente reductor. Protege a las clulas de productos
oxidantes derivados del metabolismo del O2
Vasopresina (Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-Gly-NH2)
Hormona antidiurtica. Interviene en la regulacin del
equilibrio hdrico
Oxitocina (Cys-Tyr-Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Arg-Gly-NH2)
Hormona sexual. Estimula la secrecin de la leche y la
contraccin muscular uterina durante el parto
Protenas
Transporte
Almacenamiento
Detoxificacin
18
Tipos de Protenas
Segn su forma
Fibrilares
Globulares
Segn su composicin
Simples
Conjugadas
Constan de una cadena polipeptdica y un grupo prosttico
apoprotena --> slo la cadena polipeptdica
holoprotena --> polipptido + grupo prosttico
glucoprotenas
lipoprotenas
metaloprotenas
hemoprotenas
fosfoprotenas
19
Conformacin de la cadena
polipeptdica
Secuencia de aminocidos
Plegamiento local
Estructura terciaria
Estructura cuaternaria
Carbono
Cadena
lateral
Estructura secundaria
Plegamiento global
Carbono
Plano
amidapeptdico
Organizacin multimrica de
varias cadenas
20
Estructura Primaria
Se define por la secuencia de
aminocidos
Especfica de cada protena
Las protenas homlogas tienen
secuencias y funciones semejantes
La comparacin de secuencias
permite establecer relaciones
evolutivas
Estructura primaria
de la ribonucleasa
Mutaciones -->variaciones en la
secuencia
Los aminocidos invariables son
importantes para la funcin
Las mutaciones conservadoras son
cambios entre aminocidos
qumicamente semejantes
Algunas mutaciones se relacionan con
enfermedades --> enfermedades
moleculares (patologa molecular)
21
Estructura Secundaria
Patrones repetitivos de
conformacin local de la
cadena polipeptdica
Dependen de los valores de los
rotmeros y
Fragmento de cadena
polipeptdica en conformacin
extendida: =180o, =180o
Plano
amida
Carbono
Cadena
lateral
Plano amida
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Conformaciones Prohibidas
El choque estrico (solapamiento de los radios de van der Waals) al
girar los rotmeros y impide gran nmero de conformaciones. Las
conformaciones posibles se representan en el diagrama de
Ramachandran
Conformacin Posible
Choque
de los
grupos
-CO
Choque
de los
grupos
-NH
=0o, =180o
=180o, =0o
Choque
-NH con
-CO
=-60o, =180o
Grupos -CO lejos
entre ellos y lejos de
la cadena lateral R
=0o, =0o
23
Diagrama de Ramachandran
Distribucin de
ngulos y en un
polipptido de
polialanina
(grados)
Cadenas
Hlice
(a izquierdas)
Hlice
(a derechas)
(grados)
En blanco, valores
prohibidos
En azul, valores
posibles.
Tipos principales de
estructura secundaria
hlice
lminas
24
Hlice (3,613)
Vista desde arriba
Conformacin helicoidal
derechas
=-60o, =-40o - -50o
3,6 residuos por vuelta
avance de 5,4 por vuelta
4
3
2
Residuo i+4
Residuo i
3,6 residuos
5,4
(1,5 por residuo)
13 tomos por cada bucle
cerrado por un enlace de H
Cadenas
laterales
hacia afuera
Estabilidad de la Hlice
Contribucin principal: enlaces de hidrgeno entre
grupos -CO y -NH peptdicos (cada residuo i con i+4)
No es posible en los tres primeros residuos de los extremos
Se estabilizan por enlaces de H con grupos de cadenas laterales
Hidrofbicas
Hoja
Alineamiento de segmentos
polipeptdicos en conformacin extendida (cadenas )
Hoja
Paralela
Peor orientacin de
enlaces de H (ms
dbiles)
Hoja
Antiparalela
Enlaces de H mejor
orientados (ms fuertes)
27
Esquemas de Hojas
Antiparalela
Paralela
Cadenas
laterales
28
Giros
Cambian la direccin de
la cadena 180o
Conectan entre s cadenas
antiparalelas
Glicina
Varios tipos
Tipo I
Tipo II (Gly en 3a
posicin)
Tipo I
Tipo II
29
Estructuras Supersecundarias
Unidades
Meandro
Unidad
Barril
Llave griega
30
Motivos Estructurales
Son secuencias de aminocidos que presentan
caractersticas y funciones definidas
Hlice E
Ca2+
Hlice F
Unin DNA
Activacin
66-68 residuos
transcripcin
conservados
(longitud y
secuencia variable)
Mano EF
Configuracin
hlice-vueltahlice que se une
especficamente a
iones Ca2+
Unin hormona
(longitud y secuencia
variable)
Dedo de Zn
Habitual en
protenas que
unen DNA
Cremallera
de leucinas
31
Estructura Terciaria
Estructura tridimensional
global que asume una protena
al plegarse
Interacciones
hidrofbicas
Puentes
disulfuro
Enlaces de
hidrgeno
Interacciones
covalentes
Presentes slo
en algunos
casos
33
Entorno
acuoso
membrana
Entorno
lipdico
Arg
Asp
Lys
Glu
Asn
Gln
His
Tyr
Pro
Ser
Gly
Thr
Ala
Trp
Cys
Val
Leu
Ile
Met
Phe
Polar
Escala de
hidrofobicidad
de Engelman
Hidrofbico
34
Factores fsicos
Fraccin desnaturalizada
Renaturalizacin
Desnaturalizacin
nativa
El plegamiento
depende de las
condiciones del medio
Temperatura
Presin
Factores qumicos
pH
Disolventes orgnicos
Agentes caotrpicos
(urea, cloruro de
guanidinio)
Temperatura (C)
35
renaturalizacin
desnaturalizacin
Ovillo estadstico
Irregular, variable, abierta
Ausencia de estructura 2ria
Pocos enlaces intramoleculares
Residuos hidrofbicos
expuestos
Efecto hidrofbico
Contribucin entrpica al
plegamiento
N
Regular, compacta
Estructura 2ria
Abundancia de enlaces
intramoleculares
Puentes de H
Enlaces inicos
Interacciones de van
der Waals
Residuos hidrofbicos no
expuestos
36
Plegamiento in vivo
Sntesis de protenas
mRNA
ribosoma
Cys
Cadena
naciente
Pro
Cys
Cys
Plegamiento
proceso
asistido
Protena-disulfuro isomerasas
Peptidil-prolil isomerasas
37
Estructura Cuaternaria
Asociacin no covalente
de varias cadenas
polipeptdicas
Subunidades=monmeros=protmeros
Las subunidades se
organizan de manera
simtrica
Ventajas de la asociacin
Estructura cuaternaria
de la hemoglobina
Hetero-oligmero de
cuatro subunidades
(tetrmero 2x)
Mayor estabilidad
Regulacin alostrica
Estabilidad
Mismo tipo de enlaces que
estructura terciaria
1
38
Estructura
primaria
Residuos aminocidos
Estructura
secundaria
Hlice
Estructura
terciaria
Cadena polipeptdica
Estructura
cuaternaria
Subunidades unidas
39
Ejemplos
Colgeno (en tejido
conectivo de
vertebrados)
Queratina (en piel, pelo
y uas)
Fibrona de la seda
Globulares
Forma ms o menos
esfrica
Ricas en estructura
secundaria
Flexibles, y dinmicas
Mltiples funciones
Ejemplos
Hemoglobina
Inmunoglobulinas
(anticuerpos)
Enzimas
40
El Colgeno
Protena ms abundante de
vertebrados
Red fibrosa de tropocolgeno
Tropocolgeno
Abundancia de Pro y Gly
Secuencia G-X-Y
X e Y suelen ser Pro e hidroxi-Pro
En Y tambin abunda hidroxi-Lys
Hlice triple de
tropocolgeno
Tres hlices a
izquierdas
Entrecruzamiento de
unidades de tropocolgeno
Por derivados aldehdo de Lys
41
Estriaciones
640 (64
nm)
Cadena
polipeptdica
Norleucina (residuo
de Lys sin grupo amino)
Estriaciones
640 (64
nm)
Tropocolgeno
Residuo de
hidroxilisina
Cadena
polipeptdica
Uniones hidoxilisinonorleucina
42
Residuo
4-hidroxiprolil
Residuo
3-hidroxiprolil
Residuo
5-hidroxilisil
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-Queratina
Estructura del Pelo
Unidad
estructural
Hlice
Dos hlices
enrolladas a
izquierdas
Clulas
Filamento
intermedio
Asociacin tetrmeros
Tetrmero antiparalelo
Hlices
enrolladas
Hlice
Dmero
Tetrmero
antiparalelo
Varios
tetrmero
Reduccin
Rizado
Oxidacin
44
Fibrona de la Seda
Flexible y resistente al
estiramiento
polar
apolar
apolar
polar
45