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Estructura de las Protenas

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Tema 2

Esquema del Tema


Aminocidos
Aminocidos estndar
Aminocidos no
estandard
Aminocidos proteicos
modificados

Propiedades cido-base
de los aminocidos
Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

pKa de aminocidos
Punto isoelctrico

Polimerizacin de
aminocidos: El enlace
peptdico
Propiedades del enlace
peptdico
Pptidos
Protenas

Estructura de protenas
Estructura primaria,
secundaria, terciaria y
cuaternaria.
Protenas fibrosas y
protenas globulares

Aminocidos
Un -aminocido es un
cido carboxlico con
un grupo amino y un
grupo R en el carbono

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

R --> cadena lateral


Dos estereoismeros
posibles
Enantimeros L y D
Slo la forma L se
encuentra en protenas
L-Alanina

D-Alanina
3

Aminocidos neutros no polares

Aminocidos
Estndar

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Se representa
normalmente el
estado de
protonacin a pH 7,0
Los aminocidos se
clasifican segn las
propiedades de sus
cadenas laterales (a
pH 7,0)

Glicina

Fenilalanina

Alanina

Triptfano

Valina

Leucina

Metionina

Cisteina

Isoleucina

Prolina

Aminocidos neutros polares

Serina

Treonina

Aminocidos cidos

Tirosina

Asparagina

Glutamina

Aminocidos bsicos

Atencin a los

casos de His, Tyr y


Cys!
Aspartato

Glutamato

Lisina

Arginina

Histidina

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Aminocidos Alifticos No Polares

Glicina
Gly, G

Alanina
Ala, A

Leucina
Leu, L

Metionina
Met, M

Cadena lateral
ciclada. Implica
restricciones
conformacionales
(Iminocido)
Valina
Val, V

Isoleucina
Ile, I

Prolina
Pro, P
5

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Aminocidos Aromticos
No polar
(Hidrofbico)

Polar

Fenilalanina
Phe, F

Tirosina
Tyr, Y

No polar
(Hidrofbico)

Triptfano
Trp, W
6

Aminocidos Neutros Polares

Serina
Ser, S

Treonina
Thr, T

Tirosina
Tyr, Y

Asparagina
Asn, N

Cisteina
Cys, C

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Puede
encontrarse
cargado a
pH>9

Puede
encontrarse
cargado a
pH>8,5
Grupo -SH es
muy reactivo.
Dos molculas
de Cys se oxidan
formado cistina
mediante un
puente disulfuro
(-S-S-).

Glutamina
Gln, Q
7

Aminocidos Bsicos con Carga Positiva

Se encuentra
cargado a
pH<7

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

H+

Lisina
Lys, K

Arginina
Arg, R

Histidina
His, H
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Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Aminocidos cidos con Carga Negativa

Aspartato
Asp, D

Glutamato
Glu, E
9

Aminocidos no Estndar
Aminocidos distintos de los 20 estndar y
derivados de stos realizan funciones
biolgicas importantes como mensajeros o
precursores
Neurotransmisores
-aminobutrico (GABA), derivado de la Gln
serotonina, derivado del Trp

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Hormonas
tiroxina, derivado de la tirosina
cido indol actico, derivado del triptfano

Precursores e intermediarios metablicos


citrulina
ornitina
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Aminocidos Proteicos Modificados


Cadenas laterales de aminocidos se modifican
despus de la sntesis proteica
Proporcionan propiedades funcionales especficas

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Importante para la
unin de calcio en
proteasas de la
cascada de
coagulacin

Posibilitan la
formacin de la
estructura reticular
del colgeno

-carboxiglutamato 4-hidroxiprolina

5-hidroxilisina

La fosforilacin en
residuos con grupos
hidroxilo (Ser, Tyr, Thr)
regula la actividad de
muchas protenas

o-fosfoserina
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Propiedades cido-Base de los Aminocidos


Los aminocidos son anfteros
se comportan a la vez como cidos y como bases

A pH 7 Los aminocidos sin cadena lateral cargada son


zwitteriones
presentan simultneamente una carga positiva y una negativa

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Carga neta +1

K1; pK1
Forma catinica

Carga neta 0

Carga neta -1

K2; pK2
Forma zwitterinica
(neutra)

Forma aninica
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Valores de pKa de Aminocidos

-carboxilo
pK1=2-3

-amino
pK2=9-11

Cys, pKR< pK2


Tyr, pKR> pK2
carga - en estado
desprotonado
His
pKR< pK2
Asp y Glu
pKR4> pK1

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Lys y Arg
pKR> pK2

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Punto Isoelctrico (pI)


pI es el valor de pH para
el cual la carga neta del
aminocido es 0
Valor medio de los pKa que
flanquean la estructura
isoelctrica

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Para aminocidos neutros


es el valor medio de los
pK1 y pK2
Para aminocidos cidos o
bsicos depende de cada
caso

Cuando pH= pI disminuye


la solubilidad en agua

Carga -2 pK2=9.9

cido
glutmico

Carga -1

pKR=4.3

pK1=2.2

Carga 0

pI= (2.2+4.3)/2 = 3.22

Carga +1
Equivalentes de OH14

Polimerizacin de Aminocidos: El enlace Peptdico

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Los aminocidos
polimerizan formando
polipptidos mediante
enlaces peptdicos

Formacin de un Dipptido
Dos aminocidos

El enlace peptdico es un
enlace amida formado
por unin del grupo carboxilo y el grupo amino de dos
aminocidos
Los aminocidos unidos
se llaman residuos de
aminocido
Los residuos se nombran
con la terminacin il
comenzando por el
extremo N-terminal

Enlace peptdico

N-terminal

C-terminal
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Propiedades del Enlace Peptdico


El enlace peptdico es
rgido y planar
Tiene carcter parcial de
doble enlace (~40%)
Equilibrio de estructuras
resonantes
No tiene libertad de giro

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Es ms corto que otros


enlace CN
Se presenta
normalmente en
conformacin trans

Los grupos C=O y N-H


peptdicos son polares
Participan en la
formacin de enlaces de
hidrgeno

Estructuras de resonancia
del enlace peptdico

H
CN

C= N

O-

Equilibrio cis-trans. Slo en


los enlaces XPro aparece la
conformacin cis en una
proporcin significativa

H
CN

trans

C
O

C
CN
H

cis
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Pptidos
Son polmeros de unos pocos aminocidos
Ejemplos de algunos pptidos importantes
Glutatin (-glutamil-L-cisteinilglicina)
Agente reductor. Protege a las clulas de productos
oxidantes derivados del metabolismo del O2

Vasopresina (Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-Gly-NH2)
Hormona antidiurtica. Interviene en la regulacin del
equilibrio hdrico

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Oxitocina (Cys-Tyr-Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Arg-Gly-NH2)
Hormona sexual. Estimula la secrecin de la leche y la
contraccin muscular uterina durante el parto

Pptidos opiceos (leu- y met-encefalinas)


Pentapptidos que intervienen en el alivio del dolor
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Protenas

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Largas cadenas de aminocidos que


se pliegan con una estructura definida
Son responsables de la mayora de
las funciones bioqumicas:
Catlisis
Estructura
Movimiento
Defensa
Regulacin

Transporte
Almacenamiento
Detoxificacin

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Tipos de Protenas
Segn su forma
Fibrilares
Globulares

Segn su composicin
Simples
Conjugadas
Constan de una cadena polipeptdica y un grupo prosttico
apoprotena --> slo la cadena polipeptdica
holoprotena --> polipptido + grupo prosttico

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Segn sea el grupo prosttico:

glucoprotenas
lipoprotenas
metaloprotenas
hemoprotenas
fosfoprotenas
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Estructura de las Protenas


Surge del plegamiento de la
cadena polipeptdica
Depende de su secuencia y
de las caractersticas del
disolvente
Se distinguen cuatro
niveles estructurales:
Estructura primaria

Conformacin de la cadena
polipeptdica

Secuencia de aminocidos

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Plegamiento local

Estructura terciaria
Estructura cuaternaria

Carbono

Cadena
lateral

Estructura secundaria

Plegamiento global

Carbono

Plano
amidapeptdico

Organizacin multimrica de
varias cadenas
20

Estructura Primaria
Se define por la secuencia de
aminocidos
Especfica de cada protena
Las protenas homlogas tienen
secuencias y funciones semejantes
La comparacin de secuencias
permite establecer relaciones
evolutivas

Estructura primaria
de la ribonucleasa

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Mutaciones -->variaciones en la
secuencia
Los aminocidos invariables son
importantes para la funcin
Las mutaciones conservadoras son
cambios entre aminocidos
qumicamente semejantes
Algunas mutaciones se relacionan con
enfermedades --> enfermedades
moleculares (patologa molecular)
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Estructura Secundaria
Patrones repetitivos de
conformacin local de la
cadena polipeptdica
Dependen de los valores de los
rotmeros y

Fragmento de cadena
polipeptdica en conformacin
extendida: =180o, =180o
Plano
amida

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Hay un nmero limitado de


conformaciones posibles debido
a impedimentos estricos entre
los grupos -NH, -CO y -R
La conformacin ms favorable
depende de la secuencia de
aminocidos

Las conformaciones posibles se


estabilizan por un nmero
elevado de enlaces de
hidrgeno

Carbono

Cadena
lateral

Plano amida

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Conformaciones Prohibidas
El choque estrico (solapamiento de los radios de van der Waals) al
girar los rotmeros y impide gran nmero de conformaciones. Las
conformaciones posibles se representan en el diagrama de
Ramachandran
Conformacin Posible

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Choque
de los
grupos
-CO

Choque
de los
grupos
-NH
=0o, =180o

=180o, =0o

Choque
-NH con
-CO
=-60o, =180o
Grupos -CO lejos
entre ellos y lejos de
la cadena lateral R

=0o, =0o
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Diagrama de Ramachandran
Distribucin de
ngulos y en un
polipptido de
polialanina

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

(grados)

Cadenas

Hlice
(a izquierdas)
Hlice
(a derechas)

(grados)

En blanco, valores
prohibidos
En azul, valores
posibles.
Tipos principales de
estructura secundaria
hlice
lminas
24

Hlice (3,613)
Vista desde arriba

Conformacin helicoidal
derechas
=-60o, =-40o - -50o
3,6 residuos por vuelta
avance de 5,4 por vuelta

4
3
2

Residuo i+4

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Residuo i
3,6 residuos
5,4
(1,5 por residuo)
13 tomos por cada bucle
cerrado por un enlace de H

Cadenas
laterales
hacia afuera

13 tomos por bucle (hlice


3,613)
Casi todos los grupos
peptdicos participan en
enlaces de H
Entre residuos i e (i+4)
Excepto en los extremos

Las cadenas laterales se


dirigen hacia fuera
Mnima repulsin
Posibles interacciones entre
ellas
25

Estabilidad de la Hlice
Contribucin principal: enlaces de hidrgeno entre
grupos -CO y -NH peptdicos (cada residuo i con i+4)
No es posible en los tres primeros residuos de los extremos
Se estabilizan por enlaces de H con grupos de cadenas laterales

Interacciones entre cadenas laterales


Residuo i con i+3 e i+4 (por encima) y con i-3 e i-4 (por
debajo)
Electrostticas
Atractivas (estabilizadoras, entre residuos de distinta carga)
Repulsivas --> desestabilizadoras (entre residuos con la misma carga)

Hidrofbicas

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Algunos residuos desestabilizan la hlice


Glicina (no tiene R --> otorga demasiada flexibilidad)
Prolina (restringe el giro de ; no tiene -NH para formar enlace
de H)
Residuos voluminosos (Trp) y ramificados en el carbono (Val,
Thr)
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Hoja
Alineamiento de segmentos
polipeptdicos en conformacin extendida (cadenas )

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

-CO y -NH peptdicos forman


enlaces de H entre cadenas
adyacentes
Apariencia de lmina plegada
Cadenas laterales dispuestas
perpendicularmente a ambos
lados de la hoja
Frecuentes aminocidos con
cadena lateral voluminosa

Hoja
Paralela

Peor orientacin de
enlaces de H (ms
dbiles)

Hoja
Antiparalela

Segn la direccin de las


cadenas
Paralela
Antiparalela

Enlaces de H mejor
orientados (ms fuertes)
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Esquemas de Hojas
Antiparalela

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Paralela

Cadenas
laterales
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Giros
Cambian la direccin de
la cadena 180o
Conectan entre s cadenas
antiparalelas

Son giros cortos y


cerrados

Glicina

Implican cuatro residuos


Con frecuencia Gly y Pro

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Enlace de H entre i e i+3

Varios tipos
Tipo I
Tipo II (Gly en 3a
posicin)

Tipo I

Tipo II

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Estructuras Supersecundarias

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Son combinaciones de elementos de estructura


secundaria que forman patrones definidos
Son la base para la clasificacin estructural de las
protenas

Unidades

Meandro

Unidad

Barril

Llave griega
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Motivos Estructurales
Son secuencias de aminocidos que presentan
caractersticas y funciones definidas

Hlice E
Ca2+
Hlice F

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Unin DNA
Activacin
66-68 residuos
transcripcin
conservados
(longitud y
secuencia variable)

Mano EF
Configuracin
hlice-vueltahlice que se une
especficamente a
iones Ca2+

Unin hormona
(longitud y secuencia
variable)

Dedo de Zn
Habitual en
protenas que
unen DNA
Cremallera
de leucinas
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Estructura Terciaria
Estructura tridimensional
global que asume una protena
al plegarse

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Residuos lejanos en la secuencia


quedan cerca en el espacio
Estructura compacta que excluye
las molculas de agua de su
interior
La ausencia de agua facilita las
interacciones inicas y los enlaces
de hidrgeno
En el interior se agrupan residuos
hidrofbicos (efecto hidrofbico).
Los polares se exponen al exterior

Las protenas grandes suelen


presentar dominios estructurales
32

Mantenimiento de la Estructura Terciaria


Interacciones dbiles (no
covalentes)
Inicas (puentes salinos)
Hidrofbicas
Enlaces de hidrgeno
Fuerzas de
van der Waals
Puente
salino

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Interacciones
hidrofbicas

Puentes
disulfuro

Enlaces de
hidrgeno

Interacciones
covalentes
Presentes slo
en algunos
casos
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Protenas Hidrosolubles y Protenas de Membrana

Entorno
acuoso

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

membrana
Entorno
lipdico

Arg
Asp
Lys
Glu
Asn
Gln
His
Tyr
Pro
Ser
Gly
Thr
Ala
Trp
Cys
Val
Leu
Ile
Met
Phe

Polar

Escala de
hidrofobicidad
de Engelman

Hidrofbico
34

Plegamiento de las Protenas


Experimento de Anfinsen
desnaturalizada

Factores fsicos

Fraccin desnaturalizada

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Renaturalizacin

Desnaturalizacin

nativa

El plegamiento
depende de las
condiciones del medio
Temperatura
Presin

Factores qumicos
pH
Disolventes orgnicos
Agentes caotrpicos
(urea, cloruro de
guanidinio)

Suele ser reversible y


cooperativo

Temperatura (C)
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Protena desnaturalizada <-> Protena Nativa


Clatratos:
Capas de H2O ordenadas
Residuos
hidrofbicos

renaturalizacin

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

desnaturalizacin

Ovillo estadstico
Irregular, variable, abierta
Ausencia de estructura 2ria
Pocos enlaces intramoleculares
Residuos hidrofbicos
expuestos
Efecto hidrofbico
Contribucin entrpica al
plegamiento

N
Regular, compacta
Estructura 2ria
Abundancia de enlaces
intramoleculares
Puentes de H
Enlaces inicos
Interacciones de van
der Waals
Residuos hidrofbicos no
expuestos
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Plegamiento in vivo
Sntesis de protenas
mRNA
ribosoma
Cys

Cadena
naciente

Pro
Cys
Cys

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Plegamiento
proceso
asistido

Problema del plegamiento in vivo


Plegamiento acoplado a la sntesis
de protenas
Cmo selecciona la clula las
condiciones de plegamiento?

Control celular de las condiciones de


plegamiento (chaperonas
moleculares)
Plegamiento de protenas nacientes
Prevencin y correccin de errores
de plegamiento en condiciones de
estrs (Heat shock proteins, HSP)

Sistemas enzimticos que ayudan al


plegamiento
N

Protena-disulfuro isomerasas
Peptidil-prolil isomerasas
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Estructura Cuaternaria
Asociacin no covalente
de varias cadenas
polipeptdicas
Subunidades=monmeros=protmeros
Las subunidades se
organizan de manera
simtrica
Ventajas de la asociacin

Estructura cuaternaria
de la hemoglobina
Hetero-oligmero de
cuatro subunidades
(tetrmero 2x)

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Mayor estabilidad
Regulacin alostrica

Estabilidad
Mismo tipo de enlaces que
estructura terciaria

1
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Niveles de Estructura de las Protenas

Estructura
primaria

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Residuos aminocidos

Estructura
secundaria

Hlice

Estructura
terciaria

Cadena polipeptdica

Estructura
cuaternaria

Subunidades unidas

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Protenas Fibrosas y Protenas Globulares


Fibrosas
Forma alargada
Unidades repetidas de
un solo tipo de
estructura secundaria
Resistentes e insolubles
Funcin estructural

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Ejemplos
Colgeno (en tejido
conectivo de
vertebrados)
Queratina (en piel, pelo
y uas)
Fibrona de la seda

Globulares
Forma ms o menos
esfrica
Ricas en estructura
secundaria
Flexibles, y dinmicas
Mltiples funciones

Ejemplos
Hemoglobina
Inmunoglobulinas
(anticuerpos)
Enzimas

40

El Colgeno
Protena ms abundante de
vertebrados
Red fibrosa de tropocolgeno
Tropocolgeno
Abundancia de Pro y Gly
Secuencia G-X-Y
X e Y suelen ser Pro e hidroxi-Pro
En Y tambin abunda hidroxi-Lys

Hlice triple de
tropocolgeno

Tres hlices a
izquierdas

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Triple hlice a derechas formada


por tres hlices a izquierdas
Enlaces de H interhlice
Gly, uno de cada tres residuos,
en la zona de empaquetamiento

Entrecruzamiento de
unidades de tropocolgeno
Por derivados aldehdo de Lys
41

Fibrilognesis del Colgeno


Cabezas de
tropocolgeno

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Estriaciones
640 (64
nm)

Cadena
polipeptdica

Norleucina (residuo
de Lys sin grupo amino)

Estriaciones
640 (64
nm)

Tropocolgeno

Residuo de
hidroxilisina

Cadena
polipeptdica

Uniones hidoxilisinonorleucina
42

Aminocidos Especiales en el Colgeno


Residuos de Prolina y Lisina hidroxiladas
Proporcionan grupos formadores de enlaces de hidrgeno
Se forman por adicin de hidroxilo

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Modificacin enzimtica post-traduccional


Catalizada por una prolilhidroxilasa (o lisilhidroxilasa) que
requiere ascorbato (vitamina C) como antioxidante

Residuo
4-hidroxiprolil

Residuo
3-hidroxiprolil

Residuo
5-hidroxilisil
43

-Queratina
Estructura del Pelo
Unidad
estructural

Hlice
Dos hlices
enrolladas a
izquierdas

Clulas
Filamento
intermedio
Asociacin tetrmeros
Tetrmero antiparalelo

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Hlices
enrolladas
Hlice

Dmero

Tetrmero
antiparalelo

Varios
tetrmero

Rizado Artificial del cabello

Reduccin

Rizado

Oxidacin

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Fibrona de la Seda

Bioqumica gD Tema 2 (UVEG )

Fibras formadas por


hojas antiparalelas
Aminocidos con
cadena lateral pequea
(Gly, Ala, Ser)
Residuos hidrofbicos y
polares alternados (en
caras opuestas)
Varias hojas
interaccionan por las
caras hidrofbicas

Flexible y resistente al
estiramiento

polar

apolar

apolar

polar
45

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