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INTRODUCCIN A LA BIOQUMICA
DEFINICION DE BIOQUIMICA
Es la ciencia que estudia los cambios qumicos en los seres vivos.
Estudio de las reacciones qumicas y las molculas que forman parte de la vida.
Busca explicar la vida a nivel molecular
Industria lctea
Produccin de yogurt.
Bacterias lcteas
Produccin de quesos.
Cuajo.
microorganismos
Queso camembert. Francs, untuoso (Penicillium
camemberti)
Produccin de cerveza
ORGANISMO
PRODUCCION
(Ton/ao)
Solventes
Etanol
Acetona/butanol
Saccharomyces cerevisiae
Clostridium acetobutylicum
20 millones
2000
Biomasa
Starters para alimentos
Proteina unicelular
500,000
50,000
Acidos organicos
Acido citrico
Acido gluconico
Acido lactico
Aspergillus niger
Aspergillus niger
Lactobacillus delbrueckii
250,000
50,000
50,000
Aminoacidos
Acido glutamico
Lisina
Fenilalanina
arginina
Corynebacterium glutamicum
Brevibacterium flavum
Corynebacterium glutamicum
Brevibacterium flavor
300,000
30,000
2000
1000
PRODUCTO
ORGANISMO
PRODUCCION
(Ton/ao)
Enzimas
Proteasas
Alfa-Amilasas
Glucosa-amilasa
Glucosa isomerasa
Pectinasa
Renina
otras
Bacillus spp
Bacillus amyloliquefasciens
Aspergillus niger
Bacillus coagulans
Aspergillus niger
Mucor o levaduras recombinantes
600
500
500
500
100
50
50
Propionibacterium shermanii
Eremothecium ashbyii
10
Corynebacterium diphteriae
Clostridium tetani
Bordetella pertussis
Virus atenuado crecido en rion de mono
o clulas diploides humanas
Idem anterior
Antigenos de superficie expresados en
levadura
< 0.1
Claviceps paspali
PRODUCTO
ORGANISMO
PRODUCCION
(Ton/ao)
Pigmentos
Shikoninas
Beta-carotenos
Lithospermum (plantas)
Levaduras
< 0.1
E. coli recombinante
E. coli recombinante o celulas de mamfero
recombinante
celulas de mamfero recombinante
celulas de mamfero recombinante
E. coli recombinante
< 0.1
Antibioticos
Penicilinas
Cefalosporinas
Tetraciclinas
Macrolidos (eritromicina)
Polipeptidicos (gramicidina)
Aminoglicosidos (estreptomicina)
Aromticos (griseofulvina)
Penicillum chrysogenum
Cephalosporium acremonium
Streptomyces aureofaciens
Streptomyces erythreus
Bacillus brevis
Streptomyces griseus
Penicillum griseofulvum
80,000
15,000
15,000
10,000
2,000
1,000
Insecticidas
Esporas bacterianas
Bacillus thuringiensis
< 0.1
Anticuerpos monoclonales
Celulas de hibridoma
< 0..01
Vitaminas
B12
Riboflavina
Vacunas
Difteria
Tetanos
Pertussis
Polio
Rubola
Hepatitis B
Las clulas
CELULA PROCARIOTICA
Generalmente pequea (1-10 m)
No tiene organelos.
CELULA EUCARIOTICA
Generalmente grande (5-100 m)
Posee organelos.
Clulas eucariotas
Macromolculas
Todos los organismos vivos tienen las mismas subunidades monomricas.
La estructura de las macromolculas determina la funcin biolgica.
Cada gnero y especie es determinada por un conjunto especfico de
macromolculas.
Tipos de biomolculas
CAPITULO 2
AMINOCIDOS
Aminocido
TIPOS DE PROTEINAS
Clasificacin de AAs
Existen muchas formas de clasificar los aminocidos.
Segn las propiedades de su cadena. (caractersticas qumicas)
Segn su obtencin.
SEGN LA CADENA
Neutros polares, polares o hidrfilos : Serina (Ser,S), Treonina (Thr,T), Cistena
(Cys,C), Asparagina (Asn,N), Glutamina (Gln,Q) y Tirosina (Tyr,Y).
Neutros no polares, apolares o hidrfobos: Glicina (Gly,G), Alanina (Ala,A),
Valina (Val,V), Leucina (Leu,L), Isoleucina (Ile,I), Metionina (Met,M), Prolina
(Pro,P), Fenilalanina (Phe,F) y Triptfano (Trp,W).
Con carga negativa, o cidos: cido asprtico (Asp,D) y cido glutmico
(Glu,E).
Con carga positiva, o bsicos: Lisina (Lys,K), Arginina (Arg,R) e Histidina
(His,H).
Aromticos: Fenilalanina (Phe,F), Tirosina (Tyr,Y) y Triptofano (Trp,W) (ya
incluidos en los grupos neutros polares y neutros no polares).
Por la carga
Apolares.
Polares
Bsicos
cidos.
Segn su obtencin
A los aminocidos que necesitan ser ingeridos por el cuerpo para obtenerlos se
les llama esenciales.
Para el ser humano, los aminocidos esenciales son:
Valina (Val)
Leucina (Leu)
Treonina (Thr)
Lisina (Lys)
Triptfano (Trp)
Histidina (His)
Fenilalanina (Phe)
Isoleucina (Ile)
Arginina (Arg) (Requerida en nios y tal vez ancianos)
Metionina (Met)
Protenas =combinaciones
Potencialmente, con 20 aminocidos
Se podran formar:
Aminocidos no proteicos
Hay aminocidos que no se consideran proteicos y aparecen en algunas
protenas. Son derivados de otros aminocidos, es decir, se incorporan a la
protena como uno de los aminocidos proteicos y, despus de haber sido
formada la protena, se modifican qumicamente; por ejemplo, la hidroxiprolina.
Algunos aminocidos no proteicos se utilizan como neurotransmisores,
vitaminas, etc. Por ejemplo, la beta-alanina o la biotina.
Propiedades aminocidos
cido-bsicas.
Comportamiento de cualquier aminocido cuando se ioniza. Cualquier
aminocido puede comportarse como cido y como base, se denominan
sustancias anfteras.
Cuando una molcula presenta carga neta cero est en su punto
isoelctrico. Si un aminocido tiene un punto isoelctrico de 6,1 a este
valor de pH su carga neta ser cero
Los aminocidos y las protenas se comportan como sustancias tampn.
pticas.
Todos los aminocidos excepto la glicina, tienen el carbono alfa
asimtrico lo que les confiere actividad ptica; esto es, que desvan el
plano de polarizacin cuando un rayo de luz polarizada se refracta en la
molcula.
Si el plano es a la derecha, se denominarn dextrgiras y las que lo
desvan a la izquierda se denominan levgiras. Adems, cada aminocido
puede presentar configuracin D o L dependiendo de la posicin del
grupo amino en el plano. Esta ltima configuracin D o L es
independiente de las formas dextrgira o levgira.
pticas.
Segn el ismero, desviar el rayo de luz polarizada hacia la izquierda
(levgiro) o hacia la derecha (dextrgiro) el mismo nmero de grados
que su esteroismero. El hecho de que sea dextrgiro no quiere decir que
tenga configuracin D. La configuracin D o L depende de la posicin
del grupo amino (L si est a la izquierda segn la representacin de
Fisher)
Qumicas.
Las que afectan al grupo carboxilo (descarboxilacin).
Las que afectan al grupo amino (desaminacin).
Las que afectan al grupo R.
ESTEREOISMERISMO DE AMINOACIDOS
Ismeros: dos o mas compuestos que tienen el mismo numero, clase de tomos
y PM.
Isomera estructural.
Estereoisometra.
Ismeros geomtricos. Cis- trans.
Ismeros pticos. L. D
ENANTIOMEROS
La estructura tetradrica regular del tomo de carbono permite
enlazar un mximo de 4 sustituyentes distintos. Dos ismeros
son posibles. Uno, y su imagen en el espejo (enantimeros). La
relacin de enantiomera es llamada quiralidad
Los AA tienen altos puntos de fusin ( 200 C), y alto valor del momento
dipolar.
Debe tratarse de estructuras dipolares.
Pero no todos lo AA tienen cadena polar (R ). El carcter solo puede deberse a
los grupos NH2 y COOH.
En solucin se disocian a switeriones
pKa
Para concluir este anlisis, consideremos las formas inicas de la lisina que es un
aminocido dibsico.
A pH 1, todos los grupos aparecen protonados: el carboxilo como -COOH y los
dos aminos como -NH3+. El aminocido tiene dos cargas positivas netas.
A pH 7, el alfa-carboxilo disociado (-COO-) y los dos aminos protonados (NH3+ ). El aminocido tiene una carga positiva neta.
A pH 9.5, el carboxilo sigue disociado (-COO-) y el amino de la cadena lateral
sigue protonado (-NH3+); el alfa-amino aparece como (-NH2). El aminocido
estar prximo a su punto isoelctrico.
A pH 13, el carboxilo sigue disociado (-COO-) y los dos aminos han perdido el
protn (-NH2); el aminocido queda con una carga negativa neta.
La mayora de las clulas tiene valores de pH aproximadamente neutros; por lo
tanto, la forma predominante de los aminocidos en las clulas es el ion dipolar.
Puesto que el anin carboxilato -COO-, esta cargado negativamente, y el grupo
amino protonado -NH3+, est cargado positivamente, el ion dipolar es una
especie qumica neutra. Si la forma inica dipolar de un aminocido se coloca
entre dos electrodos cargados opuestamente (electrlisis), los iones dipolares
neutros no son afectados. Las formas aninica y catinica de los aminocidos
migran hacia los electrodos
Es una forma simplificada de observar la constante de equilibrio K
PROPIEDADES QUIMICAS DE AA
Reacciones del grupo amino.
Reacciones del grupo carboxilo.
Reacciones del grupo R
Reaccin de la Ninhidrina. "La reaccin de la ninhidrina cuantifica la reaccin de los
aminocidos del grupo alfa amino. La ninhidrina reacciona rpidamente con el grupo
amino, lo oxida y libera amonio el cual se condensa con la ninhidrina reducida, y con
otra molcula de ninhidrina libre, para producir un aducto prpura."
reaccin de la ninhidrina
Es una de la reacciones ms importantes, la cual se ha utilizado durante muchos
aos para detectar y cuantificar a.a. en cantidades del orden del microgramo.
La ninhidrina descarboxila por oxidacin los a -a.a. a CO2 y un aldehdo,
formndose un complejo de color azul-prpura (l : 570 nm).
Los a.a. Como la , prolina e hidroxiprolina, producen un color amarillo con
ninhidrina.
El cloruro de dansilo tambin reacciona con los a.a., dando origen a derivados
estables en condiciones drsticas, como las utilizadas en la hidrlisis de
protenas.
SEPARACION DE AMINOACIDOS
Alos a.a. son liberados de las protenas mediante una hidrlisis. Un hidrolizado
proteico, obtenido por coccin con HCl 6N, presenta una mezcla de a.a.
Cromatografa:
Cromatografa en papel
Aunque es sustituda en gran parte por tcnicas ms sofisticadas, esta tcnica
todava encuentra aplicacin en la separacin de a.a. Las muestras se aplican en
un punto marcado aprox. A 5 cm del extremo de una tira de papel filtro, y sta se
suspende en un recipiente sellado que contiene el solvente cromatogrfico (para
a.a. son mezclas de agua, alcoholes y cidos o bases, constituyendo la fase
mvil). La fase movil asciende por capilaridad. Cuando ha avanzado hasta el
otro extremo, la tira se seca y se trata para permitir la visualizacin de las
molculas de inters (ej.: para a.a. se trata con ninhidrina al 0.5% en acetona,
seguida de calentamiento de 90-100 C durante unos minutos). Los a.a. con
grandes cadenas laterales no polares (Leu, Ileu, Fen, Trip, Val, Met, Tir) migran
ms que que aquellos con cadenas laterales mas cortas no polares (Pro, Ala, Gli)
o con cadenas laterales polares (Thr, Glu, Ser, Arg, Asp, His, Lis, Cis). Esto
refleja la mayor solubilidad relativa de las molculas polares en la fase
estacionaria hidroflica, y de las molculas no polares en solventes orgnicos. La
relacin entre la distancia recorrida por un a.a. con la distancia que viaja el
solvente, medidas ambas desde el sitio marcado para la aplicacin de la mezcla
de a.a., se asigna como valor Rf (movilidad relativa con el sustrato) de ese a.a.
La movilidad puede expresarse en relacin a la de un estandar
CAPITULO 3
PROTENAS
ANTICUERPOS
(LUCHAN INFECCIONES)
ENZIMAS
(ACELERAN REACCIONES EN EL ORGANISMO)
HEMOGLOBINA (LLEVAN OXIGENO)
Polipptidos
Pptidos. Menos de 50 AA
Ej. Glutatin. Es un tripptido constituido por tres aminocidos: glicina, cistena
y cido glutmico.
Es un antioxidante intracelular para lo cual usa el grupo tiol de la cistena como
agente reductor. Acta reduciendo especies reactivas del oxgeno como perxido
de hidrgeno gracias a la enzima glutatin peroxidasa la cual cataliza la
siguiente reaccin:
(IDA). Sin embargo, ciertas voces han reabierto el debate sobre los riesgos que
el aspartamo pudiera representar para la salud.
El enlace peptdico define a un pptido, y tiene carcter parcial de doble enlace. Por
ello, el enlace peptdico es plano y no permite la libre rotacin de sus sustituyentes
ESTRUCTURA SECUNDARIA
-Hlice.
Estructuras secundarias
Estructura terciaria
Son el resultado de las fuertes atracciones entre tomos positivos y negativos. Estas
uniones se observan en las estructuras terciarias y tienen una energa de enlace de
335KJ/mol y una longitud de 0,25nm
Fuerzas de Van der Waals:
(dipolos inducidos por dipolos) son fuerzas de atraccin dbiles entre dos tomos
cuando los orbitales de sus electrones se acercan uno al otro. La energa de enlace es
muy dbil, de 0,8 KJ/mol y la longitud de 0,35nm. Colectivamente, estos enlaces se
aaden a la importante energa contenida en la estructura terciaria de los grandes
polipptidos
Interacciones de las cadenas laterales:
Forman enlaces, siendo los ms importantes los producidos entre los grupos tiol de
los residuos de cistena, que forman una unin covalente de 210 KJ/mol llamada puente
disulfuro. Los puentes disulfuro son importantes en las estructuras terciarias y en la
estructuctura secundaria de la elastina, y se encuentran habitualmente en protenas
diseadas para la exportacin,
por ejm:
- La enzima digestiva
ribonucleasa tiene
cuatro puentes
disulfuro.
- La protena plasmtica
insulina tiene tres
puentes disulfuro
Agentes desnaturalizantes
La desnaturalizacin de una proteina se refiere a la ruptura de los enlaces que
mantenian sus estructuras cuaternaria, terciaria y secundaria, conservandose
solamente la primaria.
SOLUBILIDAD
Las protenas son solubles en agua cuando adoptan una conformacin globular. La
solubilidad es debida a los radicales (-R) libres de los aminocidos que, al ionizarse,
establecen enlaces dbiles (puentes de hidrgeno) con las molculas de agua. As,
cuando una protena se solubiliza queda recubierta de una capa de molculas de agua
(capa de solvatacin) que impide que se pueda unir a otras protenas lo cual provocara
su precipitacin (insolubilizacin). Esta propiedad es la que hace posible la hidratacin
de los tejidos de los seres vivos.
CAPACIDAD AMORTIGUADORA
Las protenas tienen un comportamiento anftero y esto las hace capaces de neutralizar
las variaciones de pH del medio, ya que pueden comportarse como un cido o una base
y por tanto liberar o retirar protones (H+) del medio donde se encuentran
Centrifugacin.
Acabado.
Post-curtido. Estos procesos que incluyen las operaciones en hmedo a partir del
estado de wet-blue, vale decir lavado, neutralizado, recurtido, teido y engrase
El proceso de acabado del cuero al cromo incluye una serie de operaciones
mecnicas y normalmente la aplicacin de una capa de cubricin a la superficie
del cuero. El ablandado es una operacin mecnica de batido que se utiliza para
hacer el cuero ms suave. Para mejorar el aspecto final, el lado de flor del cuero
se esmerila utilizando un cilindro de esmerilado