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Departamento de Bioqumica
Prof Rodrigo Volcan Almeida
Lista de Exerccios Bioqumica Escola de Qumica
Estrutura e Replicao
1. Quais so os grupos bsicos formadores de uma molcula de
nucleotdeo?
2. Baseado nos conhecimentos aprendidos sobre a estrutura do DNA e
conhecendo uma das fitas (ATG AAT CGC), determine a sua fita
complementar.
3. Quantas pontes de hidrognio so formadas entre as bases A.T e G.C. De
posse desta resposta explique o porqu de microrganismos hipertermoflicos
possurem em geral altos ndices de G+C.
4. Qual a diferena bsica entre a estrutura do DNA e do RNA?
5. O que Erwin Chargaff observou sobre a composio das bases no DNA?
6. Faa um resumo do artigo publicado por Watson e Crick, na Nature, em
1953,
que
se
encontra
disponvel
em
http://www.nature.com/nature/dna50/watsoncrick.pdf .
7. Quais as principais diferenas entre os tipos de DNA descritos e em que
condies podem ser encontrados nas clulas?
8. Faa um resumo de como ocorre o processo de replicao de DNA em
procariotos, salientando: o mecanismo de reao e as diferenas entre a
cpia das duas fitas de DNA.
9. Como foi visto na aula, a replicao do DNA exige um complexo
mecanismo de reparo de nucleotdeos erroneamente pareados. Explique,
em poucas palavras, o que poderia acontecer se a replicao no contasse
com estes mecanismos.
10. Comente, passo a passo, a experincia de Meselson e Sthal a partir da
animao
disponvel
no
stio
http://www.dnaftb.org/dnaftb/20/concept/index.htm l .
Transcrio e Traduo
5 CAACGTAACACTTTACAGCGGCGCGTCATTTGATATGATGCGCCCCGCTTCCCGATA3
3 GTTGCATTGTGAAATGTCGCCGCGCAGTAAACTATACTACGCGGGGCGAAGGGCTAT5
3. Introns so lixo gentico? Por que?
4. A figura apresentada abaixo uma micrografia eletrnica e uma
interpretao esquemtica de um hbrido entre a fita anti-senso do gene da
ovoalbumina de galinha e seu correspondente mRNA, resultante dos
estudos do grupo de Pierre Chambon, que mostrou a existncia de introns
neste gene. A existncia destas seqncias intervenientes foi demonstrada
independemente por Phil Sharp e Rich Roberts, em 1977, apesar da idia
parecer inicialmente estranha! A partir disto, identifique os smbolos e
nmeros indicados na figura e explique por que processo eles so formados.
5.
Especifique a protena codificada na seqncia de DNA da fita anti-senso que
est mostrada abaixo. Assuma que a traduo inicia no primeiro cdon da seqncia.
5 TCTGACTATTGAGCTCTCTGGCACATAGCA 3
Se o DNA acima for uma seqncia da fita senso, a protena codificada ser diferente?
Explique e determine a protena, caso ela seja diferente.
6.
Indique os stios de controle da traduo e a seqncia de aminocidos
especificada no mRNA procaritico apresentado abaixo.
5 CUGAUAAGGAUUUAAAUUAUGUGUCAAUCACGA
AUGCUAAUCGAGGCUCCAUAAUAACACUUCGAC 3
7.
Como vimos, os mRNAs de bactrias so geralmente policistrnicos, isto ,
cada mRNA codifica mais de uma protena. Considere um mRNA que codifica duas
protenas e que contm uma seqncia interna no codificante. Sabendo como opera
o processo de transcrio e traduo, explique por que o resultado final da traduo
deste mRNA policistrnico seria duas protenas separadas ao invs de uma nica
protena mutante hbrida.
8.
Clulas da bactria Escherichia coli foram cultivadas em meios com diferentes
fontes de carbono (glicose e lactose), com concentraes iniciais conhecidas dos
acares no meio de cultivo. Aps crescimento da bactria at sua fase exponencial,
duas alquotas de clulas de cada um dos meios foram coletadas, centrifugadas,
lavadas e ressuspensas em diferentes frascos contendo apenas tampo fosfato e com
a presena de glicose na primeira alquota e lactose na segunda, para as clulas
cultivadas nas duas fontes de carbono. Note que as clulas inicialmente cultivadas em
glicose so submetidas a diferentes meios, ou com glicose ou com lactose, em
condies que no permitem a represso catablica nem a induo de sntese
protica, e o mesmo feito com as clulas inicialmente cultivadas em lactose. Que
resultados so esperados em termos de consumo de acar contido no tampo nas
quatro diferentes condies experimentais? Explique as bases para a sua proposta.
Lembre-se que as enzimas da via glicoltica, para degradao de glicose a piruvato,
so constitutivas.
9.
Um organismo selvagem foi exposto radiao ionizante e seu DNA foi
seqenciado, sendo observadas mutaes em um gene responsvel pela codificao
de uma enzima da rota de sntese de um aminocido essencial, que originaram cepas
com genes mutantes diferentes, que so mostrados abaixo.
5 ATGATTGCGGTGTTACGCGGATGGTGCTTATTATGA 3 (cepa selvagem)
5 ATGATTGCGGTGTTGCGCGGATGGTGCTTATTATGA 3 (cepa mutante 1)
5 ATGATTGCGGTGTTCCGCGGATGGTGCTTATTATGA 3 (cepa mutante 2)
Quando estes mutantes foram colocados em um meio de cultivo sem a presena deste
aminocido essencial, observou-se que somente uma delas cresceu e a outra no.
Determine a estrutura primria das protenas das trs cepas e explique o resultado
obtido. Observe que as seqncias apresentadas so da fita senso. Considere que a
traduo comea no primeiro cdon.
Tecnologia do DNA recombinante
1. Vrios so os plasmdeos comerciais disponveis para clonagem em bactrias,
leveduras, clulas animais ou insetos, entre outros. Eles empregam desde o mtodo
clssico, por enzimas de restrio, at a utilizao de tcnicas modernas