Unidad 5 (Parte 5)

Aminocidos, Pptidos y Protenas.

Las protenas se encuentran en todos los
organismos vivos, son de muchos tipos
diferentes
y
desempean
muchas
funciones biolgicas distintas.
La queratina de la piel y uas de los
dedos, la fibrona de la seda y las
telaraas, y el estimado de 50 000 a 70 000
enzimas que catalizan las reacciones
biolgicas en nuestros cuerpos son todas
protenas.
Independientemente de su funcin,
todas las protenas estn construidas
de muchas unidades de aminocidos
unidos entre s en una cadena larga.

Los aminocidos, como su nombre lo implica, son

bifuncionales (alfa amino-cidos). Contienen un grupo amino
bsico y un grupo carboxilo cido.

Su valor como unidad de todas las protenas, es la capacidad

que tienen de unirse en grandes cadenas formando enlaces
amida entre el NH2 de un aminocido y el COOH del otro.
Con fines de clasificacin, las cadenas con menos de 50
aminocidos se denominan pptidos y las que se forman de ms
aminocidos se denominan protenas.

Si hablamos de peso molecular polipptidos de 5,000 o menor,

las protenas varan entre 6,000 a 41, 000,000. Resumiendo las
protenas y pptidos estn formados por unidades de
aminocidos.
Al igual que los azucares a los pequeos
se denominan segn la cantidad de
aminocidos que tengan, pero se les
denomina: dipptidos, tripptidos etc. Y la
unin se realiza por medio de un enlace
tipo amida.

20 aminocidos comunes en las protenas y sus propiedades,

estructuras y clasificacin segn sus propiedades cido-base.
Alanina (Ala), Asparagina (Asn), Cisterna (Cys), Glutamina
(Gln), Glicina (Gly), Isoleucina (Ile), Leucina (Leu), Metionina
(Met), Fenilalanina (Phe), Prolina (Pro), Serina (Ser), Treonia
(Thr), Triptofano (Trp), Tirosina (Tyr), Valina (Val), cido
Asprtico (Asp), cido glutmico (Glu), Arginina (Arg),
Histidina (His), Lisina (Lys) Se resumen a continuacin en las
tabla de libro McMurry 26-1 (1018-19), con todos sus datos
importantes.

Todos son -aminocidos, lo que significa que el grupo amino en

cada uno es un sustituyente en el tomo de carbono , el
siguiente al grupo carbonilo. Diecinueve de los 20 aminocidos
son aminas primarias, RNH2, y nicamente difieren en la
naturaleza del sustituyente unido al carbono , llamado cadena
lateral.

Adems de los 20 aminocidos que se encuentran

comnmente en las protenas, otros dos selenocistena y
pirrolisina se encuentran en algunos organismos, y tambin
se encuentran en la naturaleza ms de 700 aminocidos no
protenicos.

QUIRALIDAD
A excepcin de la glicina, H2NCH2CO2H, los carbonos de los
aminocidos son centros quirales. Por lo tanto, son posibles
dos enantimeros de cada uno, pero la naturaleza slo utiliza
uno para construir protenas.
En las proyecciones de Fischer, el estado natural de los
aminocidos se representa al colocar el grupo CO2 en la
parte superior y la cadena lateral abajo, como si se
representara un carbohidrato y colocando el grupo NH3 a la
izquierda. Debido a su similitud estereoqumica con los
azcares, con frecuencia los -aminocidos que se encuentran
en estado natural se refieren como aminocidos L.

Algunos D- aminocidos se
encuentran en pequeos
pptidos presentes en la
pared celular de algunas
bacterias .

Adems, los 20 aminocidos comunes pueden clasificarse

como neutros, cidos o bsicos, dependiendo de la estructura
de sus cadenas laterales. Quince de los veinte tienen cadenas
laterales neutras, dos (cido asprtico y cido glutmico) tienen
una funcin extra de cido carboxlico en sus cadenas laterales,
y tres (lisina, arginina e histidina) tienen grupos amino bsicos
en sus cadenas laterales.
Sin embargo, observe que la cistena (un tiol) y la tirosina (un
fenol), aunque es usual clasificarlos como aminocidos
neutros, tienen cadenas laterales dbilmente cidas que
pueden desprotonarse en una disolucin fuertemente bsica.

A un pH fisiolgico de 7.3 dentro de las clulas, se desprotonan

los grupos carboxilo de la cadena lateral del cido asprtico y
del cido glutmico y se protonan los nitrgenos bsicos de la
cadena lateral de la lisina y de la arginina.
Sin embargo, la histidina, la cual contiene un anillo
heterocclico de imidazol en su cadena lateral, no es lo
suficientemente bsica como para protonarse a un pH de 7.3
Observe que slo es bsico el nitrgeno unido con un enlace
doble parecido al de la piridina en la histidina. El nitrgeno
unido con un enlace sencillo parecido al del pirrol no es bsico
debido a que su par de electrones no enlazado es parte de los
seis electrones del anillo aromtico de imidazol.

Aminocidos esenciales y no esenciales.

Los aminocidos se clasifican en esenciales y no esenciales,
basados en las necesidades de la dieta humana, los
esenciales son los que no producen el organismo y se
requiere adquirir de los alimentos y los no esenciales si
pueden ser sintetizados por el organismo humano.
Los humanos son capaces de
sintetizar slo 11 de los 20
aminocidos que se encuentran en
las
protenas,
llamados
aminocidos no esenciales. Los
otros nueve, llamados aminocidos
esenciales, slo se biosintetizan en
plantas y microorganismos y deben
obtenerse en nuestra ingesta diaria.

Sin embargo, la divisin entre aminocidos esenciales y no

esenciales no est bien definida, por ejemplo, algunas veces la
tirosina se considera no esencial debido a que los humanos
pueden producirla a partir de la fenilalanina, pero la
fenilalanina es esencial y debe obtenerse en la ingesta diaria.

La arginina puede biosintetizarse por los humanos, pero la

mayor parte de la arginina que necesitamos proviene de nuestra
ingesta diaria.
Esta clasificacin puede variar segn otros autores.
A las protenas que contienen todos los aminocidos
esenciales se las denomina completas y en general se
encuentran en alimentos tales como carnes, huevos, lcteos y
derivados.
Las protenas de vegetales y
cereales
se
denominan
incompletas ya que no
aportan al organismo todos
los aminocidos esenciales.
Este
concepto
es
particularmente importante
en individuos vegetarianos.

Segn sus propiedades cido-Base

cidos

Neutros

Bsicos

Asp &
Glu

Ala, Asn, Cys, Gln, Gly,

Ile, Leu, Met, Phe, Pro,
Ser, Thr, Trp, Tyr & Val

Arg, His &

Lys

Propiedades fsicas:
Los aminocidos son slidos cristalinos no voltiles,
solubles en agua, que no funden sino se descomponen
a altas temperaturas.
Son insolubles en disolventes apolares, como ter
etlico o cloroformo.
Estas propiedades son caractersticas de compuestos
inicos y no de slidos covalentes.

Aminocidos como iones dipolares

Los aminocidos existen en disolucin acuosa principalmente
en la forma de un ion dipolar, o zwitterion (del alemn zwitter,
que significa hbrido)

Los zwitteriones de los aminocidos son sales internas y, por lo

tanto, tienen muchas de las propiedades fsicas asociadas con
las sales. Tienen momentos dipolares grandes, son solubles en
agua pero insolubles en hidrocarburos y son sustancias
cristalinas con puntos de fusin relativamente altos.

Adems, los aminocidos son anfteros, ya que pueden

reaccionar como cidos o como bases, dependiendo de las
circunstancias. En disolucin cida acuosa, un zwitterion de
aminocido es una base que acepta un protn para producir un
catin; en disolucin bsica acuosa, el zwitterion es un cido
que pierde un protn para formar un anin.
Ntese que es el carboxilato, -COO, el que acta como el sitio
bsico y acepta un protn en la disolucin cida, y es el catin
amonio, +NH3, el que acta como el sitio cido y dona un
protn en la disolucin bsica.

Si conocemos tanto el pH de una disolucin como el pKa de un

cido HA, podemos calcular la relacin de [A] a [HA] en la
disolucin. Adems, cuando pH = pKa, las dos formas A y HA
estn presentes en cantidades iguales debido a que log 1 = 0.

Encontremos qu especies estn presentes en una disolucin

1.00 M de la Alanina a pH 9.00.
La Alanina protonada [+H3NCH(CH3)CO2H] tiene un pKa = 2.34, y la
Alanina como un ion dipolar neutro (zwitterion) [+H3NCH(CH3)CO2-]
tiene un pKa =9.69:

Dado que el pH de la disolucin est mucho ms cerca de pKa2

que de pKa1, para el clculo necesitamos utilizar pKa2. A partir
de la ecuacin de Henderson-Hasselbalch, tenemos:

Adems, sabemos que

Al resolver las dos ecuaciones simultneas se obtiene que

[HA] = 0.83 y [A] = 0.17. En otras palabras, a pH 9.00, 83% de
las molculas de Alanina en disolucin 1.00 M son iones
dipolares neutros (zwitteriones), y 17% estn desprotonadas.

Se calcula por separado cada etapa de la curva de titulacin. La

primera etapa, de pH de 1 a 6, corresponde a la disociacin de la
alanina protonada, H2A+. La segunda etapa, de pH 6 a 11,
corresponde a la disociacin de la alanina como ion dipolar
neutro (zwitterion), HA.
Ejercicio en clase:
Calcule la concentracin de in zwitterion y protonado de una
solucin de Alanina de 1.0 M a pH = 2.0. (tienen 10 minutos
reunirse en lo grupos y entregar el resultado)
2.34 2.0 = 0.34

[HA] = 1.00 / 2.19 = 0.457

[A-] = .543

Curva de Titulacin de la Alanina:

Observe cuidadosamente la curva de titulacin. En disolucin

cida, el aminocido es protonado y existe principalmente como
un catin.

En disolucin bsica, el aminocido es desprotonado y existe

principalmente como un anin.
Entre las dos est a un pH intermedio en el que el aminocido
est balanceado exactamente entre las formas aninica y
catinica y existe principalmente como un ion dipolar neutro
(zwitterion).
Este pH se llama punto isoelctrico (pI) del aminocido y tiene
un valor de 6.01 para la alanina.

Los 15 aminocidos neutros tienen puntos isoelctricos

cercanos a un pH neutro, en el intervalo de pH de 5.0 a 6.5.

Los dos aminocidos cidos tienen puntos isoelctricos en

pH ms bajos por lo que la desprotonacin del CO2H de la
cadena lateral no ocurre en su pI, y los tres aminocidos
bsicos tienen puntos isoelctricos a pH ms altos, por lo que
la protonacin del grupo amino de la cadena lateral no ocurre
en su pI.
Ms especficamente, el pI de cualquier aminocido es el
promedio de las dos constantes cidas de disociacin que
involucran al ion dipolar neutro (zwitterion)
Para los 13 aminocidos con una cadena lateral neutra, el pI
es el promedio de pKa1 y pKa2.
Para los cuatro aminocidos con una cadena lateral
fuertemente o dbilmente cida, el pI es el promedio de los
dos valores ms bajos de pKa.

Para los tres aminocidos con una cadena lateral bsica, el pI

es el promedio de los valores ms altos de pKa.

De igual manera que los aminocidos individuales tienen

puntos isoelctricos, las protenas tienen un pI global debido a
los aminocidos cidos o bsicos que pueden contener.

Por ejemplo, la enzima lisozima tiene una preponderancia de

aminocidos bsicos y por lo tanto tiene un punto isoelctrico
alto (pI =11.0).
La pepsina tiene una preponderancia de aminocidos cidos y
un punto isoelctrico bajo (pI =1.0). No es sorprendente, que
las solubilidades y las propiedades de las protenas con pIs
diferentes son afectadas fuertemente por el pH del medio.
La solubilidad es por lo general ms baja en el punto
isoelctrico, donde la protena no tiene carga neta, y es mayor
por arriba y por debajo del pI, donde la protena est cargada.
Aprovechamos la ventaja de las diferencias en los puntos
isoelctricos para separar una mezcla de protenas en sus
constituyentes puros. Si utilizamos una tcnica conocida
como electroforesis, una mezcla de protenas se coloca cerca
del centro de una tira de papel o de un gel. El papel o el gel se
humedece con un amortiguador acuoso (buffer) a un pH dado,
y los electrodos se conectan a los extremos de la tira.

Cuando se aplica un potencial elctrico, las protenas con

cargas negativas (las que se desprotonan debido a que el pH
del amortiguador est por encima de su punto isoelctrico)
migran lentamente hacia el electrodo positivo.
Al mismo tiempo, los aminocidos con cargas positivas (los
que se protonan debido a que el pH del amortiguador est por
debajo de su punto isoelctrico) migran hacia el electrodo
negativo.
Las protenas diferentes migran a velocidades distintas,
dependiendo de sus puntos isoelctricos y del pH del
amortiguador acuoso, por lo que separan la mezcla en sus
componentes puros.

Los aminocidos se movern en

funcin de su punto isoelctrico y el
pH del medio.

Pptidos y protenas, al tener tambin un

pI, pueden ser separados por esta tcnica.

Determinacin del punto isoelctrico

de un pptido
Considere el siguiente pentapptido
LEKAT (leucina-glutamato-lisina-alaninatreonina)

Clculo del Punto Isoelctrico

pKa 1, aa C-terminal 3.1
pKa 2 grupo cido del glutamato 4.4

pKa 3, aa N-terminal 8
pKa 4 grupo amino de lisina, 10
pI = (4.4 + 8)/2 = 6.2
A pH inferior a 2, la carga neta es +2
Se aade base y el pH se eleva a pH 6, entonces, se han
desprotonado los carboxilos C-terminal y del glutamato y la
carga neta es cero (punto isoelctrico).
A pH 9 se ha desprotonado el N-terminal, carga neta-1
A pH 12 se desprotona el amino de la lisina y la carga neta es -2.