Ontologia

Uma ontologia uma descrio explcita de um domnio

do conhecimento:

Conceitos

Propriedades e atributos de conceitos

Limitaes dos conceitos

Uma ontologia define:

Um vocabulrio comum

Um entendimento compartilhado do domnio do conhecimento

Comprometimento em como usar o vocabulrio

Ontologia

Representao
computvel de um
domnio:

Orgo

um

Sistema

cardio-vascular

parte de

Que tipos de coisas

Corao

existem?

Quais so as
parte de

parte de

relaes entre essas
Vlvula

Vlvula mitral

coisas?

artica

Por que desenvolver uma

ontologia?


Para compartilhar um entendimento
comum da estrutura da informao

Entre pessoas

Entre desenvolvedores de software

Para possibilitar a re-utilizao de um dado

domnio do conhecimento

Evitar a re-inveno da roda

Introduzir padres que permitam a interoperabilidade

Algumas ontologias

Gene Ontology

Anotao de genes e seus produtos

Anlise de dados de NGS

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and

Genomes)


- Anotao de protenas


- Mapeamento em vias

Gene Ontology (GO)

3 ontologias para anotar genes e seus
produtos genes

Ontologia

Funo Molecular

Processo Biolgico

Componente Celular

# termos

7889

13978

2034

# links

9225

25065

3894

Essas ontologias so organizadas como colees de termos

relacionados e organizadas como ns em um grfico.

Gene Onthology (GO) 

Processo Biolgico

Objetivo dentro da clula,

tecido

Funo Molecular

Funo bsica ou tarefa

Componente celular

Compartimento ou complexo

Busca com a palavra collagenase

Contedo do GO

molecular function
biological process

cellular component

7422 termos


8972 termos


1472 termos

all

17,866 terms

KEGG:
Kyoto Encyclopedia of Genes
and Genomes

Propsito
Integra:
Dados sobre redes de interao molecular
Informaes sobre genes e protenas
Informaes sobre compostos qumicos

Relaes representadas no
KEGG
Relaes binrias
Representam interaes pareadas

Bancos Relacionais
LIGAND
PATHWAY
GENES

LIGAND

Representam relaes binrias entre substrato e

produto catalizada por uma enzima.
Trs partes: Enzyme,Compound,Reaction

LIGAND

Enzyme

Substrate

Product

2.6.1.57

Prephenate

Pretyosine

4.2.1.51

Prephenate

Phenylpyruvate

4.2.1.51

Chorismate

Prephenate

Exemplo:
2.7.1.30: ATP + Glycerol <=> ADP + Glycerol 3-phosphate

Path computation using LIGAND

After a while

diagram show:

PATHWAY
Relao
KEGG
PATHWAY

Map

Enzyme

Phe,try and trp biosynthesis

2.6.1.57

Phe,try and trp biosynthesis

4.2.1.51

Map

Enzyme1

Enzyme2

Phe,try and trp biosynthesis

4.6.1.4

4.2.1.51

Phe,try and trp biosynthesis

4.2.1.51

2.6.1.57

Coleo de diagramas grficos das vias

PATHWAY - Exemplo

GENES
Coleo de genes de todos os organismos
representados no KEGG
Cada entrada contm: organism name,gene
name, functional description, functional
hierarchy, chromosomal position, codon
usage, aa sequence, nt sequence
Cada entrada possue uma relao
especfica con entradas em PATHWAY e
LIGAND (automtica e manual).

Application of KEGG ( I* )

Objectiveuse KEGG to detect

functionally related enzyme
clusters
FREC : a set of enzymes that
catalyze successive reactions in the
metabolic pathway and that are
encoded in close locations on the
chromosome
* A heuristic graph comparison algorithm and its application to
detect functionally related enzyme clusters, Nucleic Acids
Research,2000,vol 28, 4021-4028

Ortholog clusters of enzyme genes

Superimpose multiple genome-pathway alignment and obtain
a multiple alignment
Example of ortholog group table

Application
EXPRESSION Database
Flat-file database, under construction
Graphical view by taking ratio of two
channels(Cy5- and Cy3-labeled spots)

Parkinsons Disease
Search the Pathway database
Explore a pathway linked with
Parkinsons disease in humans
Look more closely at the PARK2 gene

OC Viewer

Features

Gene catalog
SSDB
LinkDB
Position
Amino Acid sequence
Nucleotide Sequence

Databases in KEGG
Chemicals and

their reactions

Expression

Pathway

Genomes

Genes

Orthologs

Information on relations

between molecules

03/09/11

Oracle Life Science Day & User Group Meeting

Sequence

similarity