BAB 1

PENDAHULUAN
A.

Latar Belakang
Salah satu penyusun kehidupan pada mahluk hidup adalah protein. Dan

salah satunya yang berbentuk protein yaitu enzim. Enzim memiliki peran yang
sangat penting bagi kehidupan smua mahluk hidup, karena enzim merupakan
suatu biomolekul yang berfungsi sebagai katalis (senyawa yang mempercepat
proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu reaksi kimia dan juga Hampir
semua proses biologis sel memerlukan enzim agar dapat berlangsung dengan
cukup cepat.
Sebagai mahasiswa dari fakultas perikanan dan ilmu kelautan, khususnya
jurusan perikanan, ternyata banyak enzim yang berperan alam kehidupan
perikanan seperti pada proses pencernaannya maupun pembusukan pada produk
perikanan, juga enzim-enzim yang berperan dalam bidang bioteknologi perikanan.
B.

Tujuan
Tujuan yang hendak dicapai dalam pembuatan makalah ini tentang enzim

dan kaitannya dengan bidang perikanan adalah :

1. Untuk mengetahui definisi enzim.
2. Untuk mengetahui etimologi dan sejarah enzim, konvensi
penamaan, struktur dan mekanisme, kofaktor dan koenzim,
termodinamika, kinetika, inhibisi, fungsi biologis, dan control
aktivasi pada enzim.
3. Untuk mengetahui peran dan kaitan enzim dalam bidang
perikanan.
C.

Manfaat
Dari pembuatan makalah tentang enzim dan kaitannya dengan bidang

perikanan, dapat diperoleh manfaat antara lain :

1. Memberi pengetahuan kepada kami selaku pembuat makalah

2. Memberi pengetahuan kepada para pembaca nantinya tentang

enzim dan kaitannya dengan bidang perikanan.
3. Sebagai pelengkap makalah-makalah sebelumnya yang membahas
tentang enzim dan kaitannya dengan bidang perikanan.
D.

Tinjauan Pustaka
Enzim adalah biomolekul yang berfungsi sebagai katalis (senyawa yang

mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu reaksi kimia.
Hampir semua enzim merupakan protein. Pada reaksi yang dikatalisasi oleh
enzim, molekul awal reaksi disebut sebagai substrat, dan enzim mengubah
molekul tersebut menjadi molekul-molekul yang berbeda, disebut produk. Hampir
semua proses biologis sel memerlukan enzim agar dapat berlangsung dengan
cukup cepat.
Enzim bekerja dengan cara menempel pada permukaan molekul zat-zat
yang bereaksi dan dengan demikian mempercepat proses reaksi. Percepatan
terjadi karena enzim menurunkan energi pengaktifan yang dengan sendirinya akan
mempermudah terjadinya reaksi. Sebagian besar enzim bekerja secara khas, yang
artinya setiap jenis enzim hanya dapat bekerja pada satu macam senyawa atau
reaksi kimia. Hal ini disebabkan perbedaan struktur kimia tiap enzim yang bersifat
tetap. Sebagai contoh, enzim -amilase hanya dapat digunakan pada proses
perombakan pati menjadi glukosa.
Hal-ihwal yang berkaitan dengan enzim dipelajari dalam enzimologi.
Dalam dunia pendidikan tinggi, enzimologi tidak dipelajari tersendiri sebagai satu
jurusan tersendiri tetapi sejumlah program studi memberikan mata kuliah ini.
Enzimologi terutama dipelajari dalam kedokteran, ilmu pangan, teknologi
pengolahan pangan, dan cabang-cabang ilmu pertanian.
Kerja enzim dipengaruhi oleh beberapa faktor, terutama adalah substrat,
suhu, keasaman, kofaktor dan inhibitor. Tiap enzim memerlukan suhu dan pH
(tingkat keasaman) optimum yang berbeda-beda karena enzim adalah protein,
yang dapat mengalami perubahan bentuk jika suhu dan keasaman berubah. Di luar
suhu atau pH yang sesuai, enzim tidak dapat bekerja secara optimal atau

strukturnya akan mengalami kerusakan. Hal ini akan menyebabkan enzim

kehilangan fungsinya sama sekali. Kerja enzim juga dipengaruhi oleh molekul
lain. Inhibitor adalah molekul yang menurunkan aktivitas enzim, sedangkan
aktivator adalah yang meningkatkan aktivitas enzim. Banyak obat dan racun
adalah inihibitor enzim.

BAB 2
PEMBAHASAN

A.

Etimologi dan Sejarah

Pada akhir tahun 1700-an dan awal tahun 1800-an, pencernaan daging

oleh sekresi perut dan konversi pati menjadi gula oleh ekstrak tumbuhan dan ludah
telah diketahui. Namun, mekanisme bagaimana hal ini terjadi belum
diidentifikasi.
Pada abad ke-19, ketika mengkaji fermentasi gula menjadi alkohol oleh ragi,
Louis Pasteur menyimpulkan bahwa fermentasi ini dikatalisasi oleh gaya dorong
vital yang terdapat dalam sel ragi, disebut sebagai "ferment", dan diperkirakan
hanya berfungsi dalam tubuh organisme hidup. Ia menulis bahwa "fermentasi
alkoholik adalah peristiwa yang berhubungan dengan kehidupan dan organisasi
sel ragi, dan bukannya kematian ataupun putrefaksi sel tersebut."
Pada tahun 1878, ahli fisiologi Jerman Wilhelm Khne (18371900)
pertama kali menggunakan istilah "enzyme", yang berasal dari bahasa Yunani
yang berarti "dalam bahan pengembang" (ragi), untuk menjelaskan proses
ini. Kata "enzyme" kemudian digunakan untuk merujuk pada zat mati seperti
pepsin, dan kata ferment digunakan untuk merujuk pada aktivitas kimiawi yang
dihasilkan oleh organisme hidup.
Pada tahun 1897, Eduard Buchner memulai kajiannya mengenai
kemampuan ekstrak ragi untuk memfermentasi gula walaupun ia tidak terdapat
pada sel ragi yang hidup. Pada sederet eksperimen di Universitas Berlin, ia
menemukan bahwa gula difermentasi bahkan apabila sel ragi tidak terdapat pada
campuran. Ia menamai enzim yang memfermentasi sukrosa sebagai "zymase"
(zimase). Pada tahun 1907, ia menerima penghargaan Nobel dalam bidang kimia
"atas riset biokimia dan penemuan fermentasi tanpa sel yang dilakukannya".
Mengikuti praktek Buchner, enzim biasanya dinamai sesuai dengan reaksi yang
dikatalisasi oleh enzim tersebut. Umumnya, untuk mendapatkan nama sebuah
enzim, akhiran -ase ditambahkan pada nama substrat enzim tersebut (contohnya:

laktase, merupakan enzim yang mengurai laktosa) ataupun pada jenis reaksi yang
dikatalisasi (contoh: DNA polimerase yang menghasilkan polimer DNA).
Penemuan bahwa enzim dapat bekerja diluar sel hidup mendorong
penelitian pada sifat-sifat biokimia enzim tersebut. Banyak peneliti awal
menemukan bahwa aktivitas enzim diasosiasikan dengan protein, namun beberapa
ilmuwan seperti Richard Willsttter berargumen bahwa proten hanyalah bertindak
sebagai pembawa enzim dan protein sendiri tidak dapat melakukan katalisis.
Namun, pada tahun 1926, James B. Sumner berhasil mengkristalisasi enzim
urease dan menunjukkan bahwa ia merupakan protein murni. Kesimpulannya
adalah bahwa protein murni dapat berupa enzim dan hal ini secara tuntas
dibuktikan oleh Northrop dan Stanley yang meneliti enzim pencernaan pepsin
(1930), tripsin, dan kimotripsin. Ketiga ilmuwan ini meraih penghargaan Nobel
tahun 1946 pada bidang kimia.
Penemuan bahwa enzim dapat dikristalisasi pada akhirnya mengijinkan
struktur enzim ditentukan melalui kristalografi sinar-X. Metode ini pertama kali
diterapkan pada lisozim, enzim yang ditemukan pada air mata, air ludah, dan telur
putih, yang mencerna lapisan pelindung beberapa bakteri. Struktur enzim ini
dipecahkan oleh sekelompok ilmuwan yang diketuai oleh David Chilton Phillips
dan dipublikasikan pada tahun 1965. Struktur lisozim dalam resolusi tinggi ini
menandai dimulainya bidang biologi struktural dan usaha untuk memahami
bagaimana enzim bekerja pada tingkat atom.
B.

Konvensi Penamaan
Nama enzim sering kali diturunkan dari nama substrat ataupun reaksi

kimia yang ia kataliskan dengan akhiran -ase. Contohnya adalah laktase, alkohol
dehidrogenase (mengatalisis penghilangan hidrogen dari alkohol), dan DNA
polimerase.
International Union of Biochemistry and Molecular Biology telah
mengembangkan suatu tatanama untuk enzim, yang disebut sebagai nomor EC;
tiap-tiap enzim memiliki empat digit nomor urut sesuai dengan ketentuan

klasifikasi yang berlaku. Nomor pertama untuk klasifikasi teratas enzim

didasarkan pada ketentuan berikut:

EC 1 Oksidoreduktase: mengatalisis reaksi oksidasi/reduksi

EC 2 Transferase: mentransfer gugus fungsi

EC 3 Hidrolase: mengatalisis hidrolisis berbagai ikatan

EC 4 Liase: memutuskan berbagai ikatan kimia selain melalui hidrolisis

dan oksidasi

C.

EC 5 Isomerase: mengatalisis isomerisasi sebuah molekul tunggal

EC 6 Ligase: menggabungkan dua molekul dengan ikatan kovalen

Struktur dan Mekanisme
Diagram pita yang menunjukkan karbonat anhidrase II. Bola abu-abu

adalah kofaktor seng yang berada pada tapak aktif.

Enzim umumnya merupakan protein globular dan ukurannya berkisar dari
hanya 62 asam amino pada monomer 4-oksalokrotonat tautomerase[, sampai
dengan lebih dari 2.500 residu pada asam lemak sintase. Terdapat pula sejumlah
kecil katalis RNA, dengan yang paling umum merupakan ribosom; Jenis enzim ini
dirujuk sebagai RNA-enzim ataupun ribozim. Aktivitas enzim ditentukan oleh
struktur tiga dimensinya (struktur kuaterner). Walaupun struktur enzim
menentukan fungsinya, prediksi aktivitas enzim baru yang hanya dilihat dari
strukturnya adalah hal yang sangat sulit.
Kebanyakan enzim berukuran lebih besar daripada substratnya, tetapi
hanya sebagian kecil asam amino enzim (sekitar 34 asam amino) yang secara
langsung terlibat dalam katalisis. Daerah yang mengandung residu katalitik yang
akan mengikat substrat dan kemudian menjalani reaksi ini dikenal sebagai tapak
aktif. Enzim juga dapat mengandung tapak yang mengikat kofaktor yang
diperlukan untuk katalisis. Beberapa enzim juga memiliki tapak ikat untuk
molekul kecil, yang sering kali merupakan produk langsung ataupun tak langsung
dari reaksi yang dikatalisasi. Pengikatan ini dapat meningkatkan ataupun
menurunkan aktivitas enzim. Dengan demikian ia berfungsi sebagai regulasi
umpan balik.
6

Sama seperti protein-protein lainnya, enzim merupakan rantai asam amino

yang melipat. Tiap-tiap urutan asam amino menghasilkan struktur pelipatan dan
sifat-sifat kimiawi yang khas. Rantai protein tunggal kadang-kadang dapat
berkumpul bersama dan membentuk kompleks protein. Kebanyakan enzim dapat
mengalami denaturasi (yakni terbuka dari lipatannya dan menjadi tidak aktif) oleh
pemanasan ataupun denaturan kimiawi. Tergantung pada jenis-jenis enzim,
denaturasi dapat bersifat reversibel maupun ireversibel.
1. Kespesifikan
Enzim biasanya sangat spesifik terhadap reaksi yang ia kataliskan
mauapun terhadap substrat yang terlibat dalam reaksi. Bentuk, muatan dan
katakteristik hidrofilik/hidrofobik enzim dan substrat bertanggung jawab terhadap
kespesifikan ini. Enzim juga dapat menunjukkan tingkat stereospesifisitas,
regioselektivitas, dan kemoselektivitas yang sangat tinggi.
Beberapa enzim yang menunjukkan akurasi dan kespesifikan tertinggi
terlibat dalam pengkopian dan pengekspresian genom. Enzim-enzim ini memiliki
mekanisme "sistem pengecekan ulang". Enzim seperti DNA polimerase
mengatalisasi reaksi pada langkah pertama dan mengecek apakah produk
reaksinya benar pada langkah kedua. Proses dwi-langkah ini menurunkan laju
kesalahan dengan 1 kesalahan untuk setiap 100 juta reaksi pada polimerase
mamalia. Mekanisme yang sama juga dapat ditemukan pada RNA polimerase,
aminoasil tRNA sintetase dan ribosom. Beberapa enzim yang menghasilkan
metabolit sekunder dikatakan sebagai "tidak pilih-pilih", yakni bahwa ia dapat
bekerja pada berbagai jenis substrat yang berbeda-beda. Diajukan bahwa
kespesifikan substrat yang sangat luas ini sangat penting terhadap evolusi lintasan
biosintetik yang baru.
2. Model "kunci dan gembok"
Enzim sangatlah spesifik. Pada tahun 1894, Emil Fischer mengajukan
bahwa hal ini dikarenakan baik enzim dan substrat memiliki bentuk geometri
yang saling memenuhi. Hal ini sering dirujuk sebagai model "Kunci dan
Gembok". Manakala model ini menjelaskan kespesifikan enzim, ia gagal dalam
menjelaskan stabilisasi keadaan transisi yang dicapai oleh enzim. Model ini telah

dibuktikan tidak akurat, dan model ketepatan induksilah yang sekarang paling
banyak diterima.

3. Model ketepatan induksi

gambar 5. Diagram yang menggambarkan hipotesis ketepatan

induksi.
Pada tahun 1958, Daniel Koshland mengajukan modifikasi model kunci
dan gembok: oleh karena enzim memiliki struktur yang fleksibel, tapak aktif
secara terus menerus berubah bentuknya sesuai dengan interaksi antara enzim dan
substrat. Akibatnya, substrat tidak berikatan dengan tapak aktif yang kaku.
Orientasi rantai samping asam amino berubah sesuai dengan substrat dan
mengijinkan enzim untuk menjalankan fungsi katalitiknya. Pada beberapa kasus,
misalnya glikosidase, molekul substrat juga berubah sedikit ketika ia memasuki
tapak aktif. Tapak aktif akan terus berubah bentuknya sampai substrat terikat
secara sepenuhnya, yang mana bentuk akhir dan muatan enzim ditentukan.
4. Mekanisme
Enzim dapat bekerja dengan beberapa cara, yang kesemuaannya menurunkan
G:

Menurunkan energi aktivasi dengan menciptakan suatu lingkungan yang

mana keadaan transisi terstabilisasi (contohnya mengubah bentuk substrat
menjadi konformasi keadaan transisi ketika ia terikat dengan enzim.)

Menurunkan energi keadaan transisi tanpa mengubah bentuk substrat

dengan menciptakan lingkungan yang memiliki distribusi muatan yang
berlawanan dengan keadaan transisi.

Menyediakan lintasan reaksi alternatif. Contohnya bereaksi dengan

substrat sementara waktu untuk membentuk kompleks Enzim-Substrat
antara.

Menurunkan perubahan entropi reaksi dengan menggiring substrat

bersama pada orientasi yang tepat untuk bereaksi. Menariknya, efek
entropi ini melibatkan destabilisasi keadaan dasar, dan kontribusinya
terhadap katalis relatif kecil.

5.

Stabilisasi keadaan transisi

Pemahaman asal usul penurunan G memerlukan pengetahuan bagaimana

enzim dapat menghasilkan keadaan transisi reaksi yang lebih stabil dibandingkan
dengan stabilitas keadaan transisi reaksi tanpa katalis. Cara yang paling efektif
untuk mencapai stabilisasi yang besar adalah menggunakan efek elektrostatik,
terutama pada lingkungan yang relatif polar yang diorientasikan ke distribusi
muatan keadaan transisi. Lingkungan seperti ini tidak ada dapat ditemukan pada
reaksi tanpa katalis di air.
6. Dinamika dan fungsi
Dinamika internal enzim berhubungan dengan mekanisme katalis enzim
tersebut.Dinamika internal enzim adalah pergerakan bahagian struktur enzim,
misalnya residu asam amino tunggal, sekelompok asam amino, ataupun bahwa
keseluruhan domain protein. Pergerakan ini terjadi pada skala waktu yang
bervariasi, berkisar dari beberapa femtodetik sampai dengan beberapa detik.
Jaringan residu protein di seluruh struktur enzim dapat berkontribusi terhadap
katalisis melalui gerak dinamik. Gerakan protein sangat vital, namun apakah
vibrasi yang cepat atau lambat maupun pergerakan konformasi yang besar atau
kecil yang lebih penting bergantung pada tipe reaksi yang terlibat. Namun,
walaupun gerak ini sangat penting dalam hal pengikatan dan pelepasan substrat
dan produk, adalah tidak jelas jika gerak ini membantu mempercepat langkah-

langkah reaksi reaksi enzimatik ini. Penyingkapan ini juga memiliki implikasi
yang luas dalam pemahaman efek alosterik dan pengembangan obat baru.
7. Modulasi alosterik
Enzim alosterik mengubah strukturnya sesuai dengan efektornya.
Modulasi ini dapat terjadi secara langsung, di mana efektor mengikat tapak ikat
enzim secara lngsung, ataupun secara tidak langsung, di mana efektor mengikat
protein atau subunit protein lain yang berinteraksi dengan enzim alosterik,
sehingga mempengaruhi aktivitas katalitiknya.
D.

Kofaktor dan Koenzim

1.

Kofaktor
Beberapa enzim tidak memerlukan komponen tambahan untuk mencapai

aktivitas penuhnya. Namun beberapa memerlukan pula molekul non-protein yang

disebut kofaktor untuk berikatan dengan enzim dan menjadi aktif. Kofaktor dapat
berupa zat anorganik (contohnya ion logam) ataupun zat organik (contohnya
flavin dan heme). Kofaktor dapat berupa gugus prostetik yang mengikat dengan
kuat, ataupun koenzim, yang akan melepaskan diri dari tapak aktif enzim semasa
reaksi.
Enzim yang memerlukan kofaktor namun tidak terdapat kofaktor yang
terikat dengannya disebut sebagai apoenzim ataupun apoprotein. Apoenzim
beserta dengan kofaktornya disebut holoenzim (bentuk aktif). Kebanyakan
kofaktor tidak terikat secara kovalen dengan enzim, tetapi terikat dengan kuat.
Namun, gugus prostetik organik dapat pula terikat secara kovalen (contohnya
tiamina pirofosfat pada enzim piruvat dehidrogenase). Istilah holoenzim juga
dapat digunakan untuk merujuk pada enzim yang mengandung subunit protein
berganda, seperti DNA polimerase. Pada kasus ini, holoenzim adalah kompleks
lengkap yang mengandung seluruh subunit yang diperlukan agar menjadi aktif.
Contoh enzim yang mengandung kofaktor adalah karbonat anhidrase,
dengan kofaktor seng terikat sebagai bagian dari tapak aktifnya.
2.

Koenzim

10
gambar
6.
Model
pengisian
ruang
koenzim NADH

Koenzim adalah kofaktor berupa molekul organik kecil yang mentranspor

gugus kimia atau elektron dari satu enzim ke enzim lainnya. Contoh koenzim
mencakup NADH, NADPH dan adenosina trifosfat. Gugus kimiawi yang dibawa
mencakup ion hidrida (H) yang dibawa oleh NAD atau NADP+, gugus asetil yang
dibawa oleh koenzim A, formil, metenil, ataupun gugus metil yang dibawa oleh
asam folat, dan gugus metil yang dibawa oleh S-adenosilmetionina. Beberapa
koenzim seperti riboflavin, tiamina, dan asam folat adalah vitamin.
Oleh karena koenzim secara kimiawi berubah oleh aksi enzim, adalah
dapat dikatakan koenzim merupakan substrat yang khusus, ataupun substrat
sekunder. Sebagai contoh, sekitar 700 enzim diketahui menggunakan koenzim
NADH.
Regenerasi serta pemeliharaan konsentrasi koenzim terjadi dalam sel.
Contohnya, NADPH diregenerasi melalui lintasan pentosa fosfat, dan Sadenosilmetionina melalui metionina adenosiltransferase.

E.

Termodinamika
Sebagai katalis, enzim tidak mengubah posisi kesetimbangan reaksi kimia.

Biasanya reaksi akan berjalan ke arah yang sama dengan reaksi tanpa katalis.
Perbedaannya adalah, reaksi enzimatik berjalan lebih cepat. Namun, tanpa
keberadaan enzim, reaksi samping yang memungkinkan dapat terjadi dan
menghasilkan produk yang berbeda.
Lebih lanjut, enzim dapat menggabungkan dua atau lebih reaksi, sehingga
reaksi yang difavoritkan secara termodinamik dapat digunakan untuk mendorong
reaksi yang tidak difavoritkan secara termodinamik. Sebagai contoh, hidrolsis
ATP sering kali menggunakan reaksi kimia lainnya untuk mendorong reaksi.
Enzim mengatalisasi reaksi maju dan balik secara seimbang. Enzim tidak
mengubah kesetimbangan reaksi itu sendiri, namun hanya mempercepat reaksi
saja. Sebagai contoh, karbonat anhidrase mengatalisasi reaksinya ke dua arah
bergantung pada konsentrasi reaktan.

11

(dalam jaringan tubuh; konsentrasi

CO2 yang tinggi)

(pada paru-paru; konsentrasi CO2 yang rendah)

Walaupun demikian, jika kesetimbangan

tersebut sangat memfavoritkan satu arah reaksi,
yakni reaksi yang sangat eksergonik, reaksi itu
akan

menjadi

ireversible.

Pada

kondisi

Gambar
1.
Tahapan-tahapan
energi
pada
reaksi
kimia.
Substrat
memerlukan
energi
yang banyak untuk mencapai
keadaan transisi, yang akan
kemudian
berubah
menjadi
produk.
Enzim
menstabilisasi
keadaan transisi, menurunkan
energi yang diperlukan untuk
menjadi produk.

demikian, enzim akan hanya mengatalisasi reaksi yang diijinkan secara

termodinamik.
F.

Inhibisi
Laju reaksi enzim dapat diturunkan menggunakan berbagai jenis inhibitor

enzim.

Inhibisi kompetitif

12

Pada

inihibisi

kompetitif,

inhibitor dan substrat berkompetisi

untuk

berikatan

Seringkali

dengan

inhibitor

enzim.

kompetitif

memiliki struktur yang sangat mirip

dengan substrat asli enzim. Sebagai
contoh, metotreksat adalah inihibitor
kompetitif untuk enzim dihidrofolat
reduktase. Kemiripan antara struktur
asam

folat

dengan

obat

ini

ditunjukkan oleh gambar di samping

gambar 2. Inhibitor kompetitif mengikat

enzim secara reversibel, menghalangi
pengikatan substrat. Di lain pihak,
pengikatn substrat juga menghalangi
pengikatan
inhibitor.
Substrat
dan
inhibitor berkompetisi satu sama lainnya.

bawah. Perhatikan bahwa pengikatan inhibitor tidaklah perlu terjadi pada tapak
pengikatan substrat apabila pengikatan inihibitor mengubah konformasi enzim,
sehingga menghalangi pengikatan substrat. Pada inhibisi kompetitif, kelajuan
maksimal reaksi tidak berubah, namun memerlukan konsentrasi substrat yang
lebih tinggi untuk mencapai kelajuan maksimal tersebut, sehingga meningkatkan
Km.

Inhibisi tak kompetitif

Pada inhibisi tak kompetitif, inhibitor tidak dapat berikatan dengan enzim

bebas, namun hanya dapat dengan komples ES. Kompleks EIS yang terbentuk
kemudian menjadi tidak aktif. Jenis inhibisi ini sangat jarang, namun dapat terjadi
pada enzim-enzim multimerik

Inhibisi non-kompetitif
Inhibitor non-kompetitif dapat mengikat enzim pada saat yang sama

substrat berikatan dengan enzim. Baik kompleks EI dan EIS tidak aktif. Karena
inhibitor tidak dapat dilawan dengan peningkatan konsentrasi substrat, Vmax reaksi
berubah. Namun, karena substrat masih dapat mengikat enzim, Km tetaplah sama.

Inhibisi campuran
Inhibisis jenis ini mirip dengan inhibisi non-kompetitif, kecuali kompleks

EIS memiliki aktivitas enzimatik residual.

13

Pada banyak organisme, inhibitor dapat merupakan bagian dari mekanisme

umpan balik. Jika enzim memproduksi terlalu banyak produk, produk tersebut
dapat berperan sebagai inhibitor bagi enzim tersebut. Hal ini akan menyebabkan
produksi produk melambat atau berhenti. Bentuk umpan balik ini adalah umpan
balik negatif. Enzim memiliki bentuk regulasi seperti ini sering kali multimerik
dan mempunyai tapak ikat alosterik. Kurva substrat/kelajuan enzim ini tidak
berbentuk hiperbola melainkan berbentuk S.
Inhibitor ireversibel bereaksi dengan enzim dan membentuk aduk dengan
protein. Inaktivasi ini bersifat ireversible. Inhibitor seperti ini contohnya
efloritina, obat yang digunakan untuk mengobati penyakit yang disebabkan oleh
protozoa African trypanosomiasis. Penisilin dan Aspirin juga bekerja dengan cara
yang sama. Senyawa obat ini terikat pada tapak aktif, dan enzim kemudian
mengubah inhibitor menjadi bentuk aktif yang bereaksi secara ireversibel dengan
satu atau lebih residu asam amino.

Kegunaan inhibitor
Oleh

inhibitor
fungsi

karena
menghambat

enzim,

inhibitor

sering digunakan sebagai

obat.

Contohnya

inhibitor

yang

adalah

digunakan

sebagai obat aspirin. Aspirin

menginhibisi enzim COX-1

gambar 3. Koenzim asam folat (kiri) dan obat anti

kanker metotreksat (kanan) memiliki struktur
yang sangat mirip. Oleh sebab itu, metotreksat
adalah inhibitor kompetitif bagi enzim yang
menggunukan folat.

dan COX-2 yang memproduksi pembawa pesan peradangan prostaglandin,

sehingga ia dapat menekan peradangan dan rasa sakit. Namun, banyak pula
inhibitor enzim lainnya yang beracun. Sebagai contohnya, sianida yang
merupakan inhibitor enzim ireversibel, akan bergabung dengan tembaga dan besi
pada tapak aktif enzim sitokrom c oksidase dan memblok pernafasan sel.
G.

Kinetika

14

Kinetika enzim menginvestigasi bagaimana enzim mengikat substrat

dengan mengubahnya menjadi produk. Data laju yang digunakan dalam analisa
kinetika didapatkan dari asai enzim.
Pada tahun 1902, Victor Henri mengajukan suatu teori kinetika enzim yang
kuantitatif, namun data eksperimennya tidak berguna karena perhatian pada
konsentrasi ion hidrogen pada saat itu masih belum dititikberatkan. Setelah Peter
Lauritz Srensen menentukan skala pH logaritmik dan memperkenalkan konsep
penyanggaan (buffering) pada tahun 1909, kimiawan Jerman Leonor Michaelis
dan murid bimbingan pascadokotoralnya yang berasal dari Kanada, Maud
Leonora Menten, mengulangi eksperimen Henri dan mengkonfirmasi persamaan
Henri. Persamaan ini kemudian dikenal dengan nama Kinetika Henri-MichaelisMenten (kadang-kadang juga hanya disebut kinetika Michaelis-Menten).[45] Hasil
kerja mereka kemudian dikembangkan lebih jauh oleh G. E. Briggs dan J. B. S.
Haldane. Penurunan persamaan kinetika yang diturunkan mereka masih
digunakan secara meluas sampai sekarang .
Salah satu kontribusi utama Henri pada kinetika enzim adalah memandang
reaksi enzim sebagai dua tahapan. Pada tahap pertama, subtrat terikat ke enzim
secara reversible, membentuk kompleks enzim-substrat. Kompleks ini kadangkadang disebut sebagai kompleks Michaelis. Enzim kemudian mengatalisasi
reaksi kimia dan melepaskan produk.

gambar 4. Kurva kejenuhan suatu reaksi

enzim yang menunjukkan relasi antara
konsentrasi substrat (S) dengan kelajuan
(v).

15

Kurva kejenuhan suatu reaksi enzim yang menunjukkan relasi antara

konsentrasi substrat (S) dengan kelajuan (v). Enzim dapat mengatalisasi reaksi
dengan kelajuan mencapai jutaan reaksi per detik. Sebagai contoh, tanpa
keberadaan enzim, reaksi yang dikatalisasi oleh enzim orotidina 5'-fosfat
dekarboksilase akan memerlukan waktu 78 juta tahun untuk mengubah 50%
substrat menjadi produk. Namun, apabila enzim tersebut ditambahkan, proses ini
hanya memerlukan waktu 25 milidetik. Laju reaksi bergantung pada kondisi
larutan dan konsentrasi substrat. Kondisi-kondisi yang menyebabkan denaturasi
protein seperti temperatur tinggi, konsentrasi garam yang tinggi, dan nilai pH
yang terlalu tinggi atau terlalu rendah akan menghilangkan aktivitas enzim.
Sedangkan

peningkatan

konsentrasi

substrat

cenderung

meningkatkan

aktivitasnya. Untuk menentukan kelajuan maksimum suatu reaksi enzimatik,

konsentrasi substrat ditingkatkan sampai laju pembentukan produk yang terpantau
menjadi konstan. Hal ini ditunjukkan oleh kurva kejenuhan di samping.
Kejenuhan terjadi karena seiring dengan meningkatnya konsentrasi substrat,
semakin banyak enzim bebas yang diubah menjadi kompleks substrate-enzim ES.
Pada kelajuan yang maksimum (Vmax), semua tapak aktif enzim akan berikatan
dengan substrat, dan jumlah kompleks ES adalah sama dengan jumlah total enzim
yang ada. Namun, Vmax hanyalah salah satu konstanta kinetika enzim. Jumlah
substrat yang diperlukan untuk mencapai nilai kelajuan reaksi tertentu jugalah
penting. Hal ini diekspresikan oleh konstanta Michaelis-Menten (Km), yang
merupakan konsentrasi substrat yang diperlukan oleh suatu enzim untuk mencapai
setengah kelajuan maksimumnya. Setiap enzim memiliki nilai Km yang berbedabeda untuk suatu subtrat, dan ini dapat menunjukkan seberapa kuatnya pengikatan
substrat ke enzim. Konstanta lainnya yang juga berguna adalah kcat, yang
merupakan jumlah molekul substrat yang dapat ditangani oleh satu tapak aktif per
detik.
Efisiensi suatu enzim diekspresikan oleh kcat/Km. Ia juga disebut sebagai
konstanta kespesifikan dan memasukkan tetapan kelajuan semua langkah reaksi.
Karena konstanta kespesifikan mencermikan kemampuan katalitik dan afinitas, ia

16

dapat digunakan untuk membandingkan enzim yang satu dengan enzim yang lain,
ataupun enzim yang sama dengan substrat yang berbeda. Konstanta kespesifikan
maksimum teoritis disebut limit difusi dan nilainya sekitar 10 8 sampai 109 (M-1 s1

). Pada titik ini, setiap penumbukkan enzim dengan substratnya akan

menyebabkan katalisis, dan laju pembentukan produk tidak dibatasi oleh laju
reaksi, melainkan oleh laju difusi. Enzim dengan sifat demikian disebut secara
katalitik sempurna ataupun secara kinetika sempurna. Contoh enzim yang
memiliki sifat seperti ini adalah karbonat anhidrase, asetilkolinesterase, katalase,
fumarase, -laktamase, dan superoksida dismutase.
Kinetika Michaelis-Menten bergantung pada hukum aksi massa, yang
diturunkan berdasarkan asumsi difusi bebas dan pertumbukan acak yang didorong
secara termodinamik. Namun, banyak proses-proses biokimia dan selular yang
menyimpang dari kondisi ideal ini, disebabkan oleh kesesakan makromolekuler
(macromolecular

crowding),

perpisahan

fase

enzim/substrat/produk,

dan

pergerakan molekul secara satu atau dua dimensi. Pada situasi seperti ini, kinetika
Michaelis-Menten fraktal dapat diterapkan.
Beberapa enzim beroperasi dengan kinetika yang lebih cepat daripada laju
difusi. Hal ini tampaknya sangat tidak mungkin. Beberapa mekanisme telah
diajukan untuk menjelaskan fenomena ini. Beberapa protein dipercayai
mempercepat katalisis dengan menarik substratnya dan melakukan pra-orientasi
substrat menggunakan medan listrik dipolar. Model lainnya menggunakan
penjelasan penerowongan kuantum mekanika, walaupun penjelasan ini masih
kontroversial. Penerowongan kuantum untuk proton telah terpantau pada
triptamina.

H.

Fungsi biologis
Enzim mempunyai berbagai fungsi bioligis dalam tubuh organisme hidup.

Enzim berperan dalam transduksi signal dan regulasi sel, seringkali melalui enzim

17

kinase dan fosfatase.[59] Enzim juga berperan dalam menghasilkan pergerakan

tubuh, dengan miosin menghidrolisis ATP untuk menghasilkan kontraksi otot.[60]
ATPase lainnya dalam membran sel umumnya adalah pompa ion yang terlibat
dalam transpor aktif. Enzim juga terlibat dalam fungs-fungsi yang khas, seperti
lusiferase yang menghasilkan cahaya pada kunang-kunang.[61] Virus juga
mengandung enzim yang dapat menyerang sel, misalnya HIV integrase dan
transkriptase balik.

Salah satu fungsi penting enzim adalah pada sistem pencernaan hewan.
Enzim seperti amilase dan protease memecah molekul yang besar (seperti pati dan
protein) menjadi molekul yang kecil, sehingga dapat diserap oleh usus. Molekul
pati, sebagai contohnya, terlalu besar untuk diserap oleh usus, namun enzim akan
menghidrolisis rantai pati menjadi molekul kecil seperti maltosa, yang akan
dihidrolisis lebih jauh menjadi glukosa, sehingga dapat diserap. Enzim-enzim
yang berbeda, mencerna zat-zat makanan yang berbeda pula. Pada hewan
pemamah biak, mikroorganisme dalam perut hewan tersebut menghasilkan enzim
selulase yang dapat mengurai sel dinding selulosa tanaman.
Beberapa enzim dapat bekerja bersama dalam urutan tertentu, dan
menghasilan lintasan metabolisme. Dalam lintasan metabolisme, satu enzim akan
membawa produk enzim lainnya sebagai substrat. Setelah reaksi katalitik terjadi,
produk kemudian dihantarkan ke enzim lainnya. Kadang-kadang lebih dari satu
enzim dapat mengatalisasi reaksi yang sama secara bersamaan.
Enzim menentukan langkah-langkah apa saja yang terjadi dalam lintasan
metabolisme ini. Tanpa enzim, metabolisme tidak akan berjalan melalui langkah
yang teratur ataupun tidak akan berjalan dengan cukup cepat untuk memenuhi
kebutuhan sel. Dan sebenarnya, lintasan metabolisme seperti glikolisis tidak akan
dapat terjadi tanpa enzim. Glukosa, contohnya, dapat bereaksi secara langsung
dengan ATP, dan menjadi terfosforliasi pada karbon-karbonnya secara acak. Tanpa
keberadaan enzim, proses ini berjalan dengan sangat lambat. Namun, jika
heksokinase ditambahkan, reaksi ini tetap berjalan, namun fosforilasi pada karbon

18

6 akan terjadi dengan sangat cepat, sedemikiannya produk glukosa-6-fosfat

ditemukan sebagai produk utama. Oleh karena itu, jaringan lintasan metabolisme
dalam tiap-tiap sel bergantung pada kumpulan enzim fungsional yang terdapat
dalam sel tersebut.
I.

Kontrol aktivitas

Terdapat lima cara utama aktivitas enzim dikontrol dalam sel.

1. Produksi enzim (transkripsi dan translasi gen enzim) dapat ditingkatkan
atau diturunkan bergantung pada respon sel terhadap perubahan
lingkungan. Bentuk regulase gen ini disebut induksi dan inhibisi enzim.
Sebagai contohnya, bakteri dapat menjadi resistan terhadap antibiotik
seperti penisilin karena enzim yang disebut beta-laktamase menginduksi
hidrolisis cincin beta-laktam penisilin. Contoh lainnya adalah enzim dalam
hati yang disebut sitokrom P450 oksidase yang penting dalam
metabolisme obat. Induksi atau inhibisi enzim ini dapat mengakibatkan
interaksi obat.
2. Enzim dapat dikompartemenkan, dengan lintasan metabolisme yang
berbeda-beda yang terjadi dalam kompartemen sel yang berbeda. Sebagai
contoh, asam lemak disintesis oleh sekelompok enzim dalam sitosol,
retikulum endoplasma, dan aparat golgi, dan digunakan oleh sekelompok
enzim lainnya sebagai sumber energi dalam mitokondria melalui oksidasi.
3. Enzim dapat diregulasi oleh inhibitor dan aktivator. Contohnya, produk
akhir lintasan metabolisme seringkali merupakan inhibitor enzim pertama
yang terlibat dalam lintasan metabolisme, sehingga ia dapat meregulasi
jumlah produk akhir lintasan metabolisme tersebut. Mekanisme regulasi
seperti ini disebut umpan balik negatif karena jumlah produk akhir diatur
oleh konsentrasi produk itu sendiri. Mekanisme umpan balik negatif dapat
secara efektif mengatur laju sintesis zat antara metabolit tergantung pada
kebutuhan sel. Hal ini membantu alokasi bahan zat dan energi secara

19

ekonomis dan menghindari pembuatan produk akhir yang berlebihan.

Kontrol aksi enzimatik membantu menjaga homeostasis organisme hidup.
4. Enzim dapat diregulasi melalui modifikasi pasca-translasional. Ia dapat
meliputi fosforilasi, miristoilasi, dan glikosilasi. Contohnya, sebagai
respon terhadap insulin, fosforilasi banyak enzim termasuk glikogen
sintase membantu mengontrol sintesis ataupun degradasi glikogen dan
mengijinkan sel merespon terhadap perubahan kadar gula dalam darah.[64]
Contoh lain modifikasi pasca-translasional adalah pembelahan rantai
polipeptida. Kimotripsin yang merupakan protease pencernaan diproduksi
dalam keadaan tidak aktif sebagai kimotripsinogen di pankreas. Ia
kemudian ditranspor ke dalam perut di mana ia diaktivasi. Hal ini
menghalangi enzim mencerna pankreas dan jaringan lainnya sebelum ia
memasuki perut. Jenis prekursor tak aktif ini dikenal sebagai zimogen.
5. Beberapa enzim dapat menjadi aktif ketika berada pada lingkungan
yang berbeda. Contohnya, hemaglutinin pada virus influenza menjadi
aktif dikarenakan kondisi asam lingkungan. Hal ini terjadi ketika virus
terbawa ke dalam sel inang dan memasuki lisosom.
J.

Keterlibatan Enzim Dalam Penyakit

Oleh karena kontrol aktivitas enzim yang ketat diperlukan untuk menjaga

homeostasis, malafungsi (mutasi, kelebihan produksi, kekurangan produksi

ataupun delesi) enzim tunggal yang penting dapat menyebabkan penyakit genetik.
Pentingnya enzim ditunjukkan oleh fakta bahwa penyakit-penyakit mematikan
dapat disebabkan oleh hanya mala fungsi satu enzim dari ribuan enzim yang ada
dalam tubuh kita.
Salah satu contohnya adalah fenilketonuria. Mutasi asam amino tunggal
pada enzim fenilalania hidroksilase yang mengatalisis langkah pertama degradasi
fenilalanina mengakibatkan penumpukkan fenilalanina dan senyawa terkait. Hal
ini dapat menyebabkan keterbelakangan mental jika ia tidak diobati.[66]
Contoh lainnya adalah mutasi silsilah nutfah (germline mutation) pada gen
yang mengkode enzim reparasi DNA. Ia dapat menyebakan sindrom penyakit

20

kanker keturunan seperti xeroderma pigmentosum. Kerusakan ada enzim ini dapat
menyebabkan kanker karena kemampuan tubuh memperbaiki mutasi pada genom
menjadi berkurang. Hal ini menyebabkan akumulasi mutasi dan mengakibatkan
berkembangnya berbagai jenis kanker pada penderita.

21

BAB 3
PENUTUP
A.

KESIMPULAN
Enzim adalah biomolekul yang berfungsi sebagai katalis (senyawa yang

mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu reaksi kimia.
Hampir semua enzim merupakan protein. Pada reaksi yang dikatalisasi oleh
enzim, molekul awal reaksi disebut sebagai substrat, dan enzim mengubah
molekul tersebut menjadi molekul-molekul yang berbeda, disebut produk. Hampir
semua proses biologis sel memerlukan enzim agar dapat berlangsung dengan
cukup cepat
Enzim bekerja dengan cara menempel pada permukaan molekul zat-zat
yang bereaksi dan dengan demikian mempercepat proses reaksi. Sebagian besar
enzim bekerja secara khas, yang artinya setiap jenis enzim hanya dapat bekerja
pada satu macam senyawa atau reaksi kimia. Hal ini disebabkan perbedaan
struktur kimia tiap enzim yang bersifat tetap.
Kerja enzim dipengaruhi oleh beberapa faktor, terutama adalah substrat,
suhu, keasaman, kofaktor dan inhibitor. Tiap enzim memerlukan suhu dan pH
(tingkat keasaman) optimum yang berbeda-beda karena enzim adalah protein,
yang dapat mengalami perubahan bentuk jika suhu dan keasaman berubah. Di luar
suhu atau pH yang sesuai, enzim tidak dapat bekerja secara optimal atau
strukturnya akan mengalami kerusakan. Hal ini akan menyebabkan enzim
kehilangan fungsinya sama sekali. Kerja enzim juga dipengaruhi oleh molekul
lain. Inhibitor adalah molekul yang menurunkan aktivitas enzim, sedangkan
aktivator adalah yang meningkatkan aktivitas enzim. Banyak obat dan racun
adalah inihibitor enzim.
B.

SARAN
Enzim merupakan komponen yang sangat dibutuhkan oleh semua mahluk

hidup. Dan dengan makalah ini kita dapat mengetahui apa itu enzim, cara

22

kerjanya maupun faktor-faktor yang mempengaruhi enzim. Semoga para pembaca

makalah ini mendapatkan tambahan ilmu. Amin.

23

MAKALAH
ENZIM
Disusun oleh:
Allen Hirim C
Algi Panji Rivera
Derri Dwima
Faris Alfath
Raymond Siahaan
Rendy Desmondo Dwi A.

(230110090043)
(230110090028)
(230110090022)
(230110090010)
(230110090015)
(230110090042)

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN UNIVERSITAS

PADJAJARAN
2010

24