LAPORAN PRAKTIKUM

BAKTERIOLOGI PERTANIAN

Disusun Oleh:
Nama

: Yekti Agus S.

Nim

: 125040200111017

Kelompok

: Kamis 13.20

Asisten

: Iriyanti

MINAT HAMA DAN PENYAKIT TUMBUHAN

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2015

I.

PENDAHULUAN
1.

Latar Belakang

Penyakit tumbuhan adalah salah satu permasalahan petani yang banyak menjadi progress
pemikiran utamanya oleh kalangan ahli. Dalam kepentingan pengandaliannya, sudah
semestinya harus mengetahui terlebih dahulu penyebab dari penyakit yang menyerang suatu
tanaman. Proses identifikasi perlu dilakukan untuk mengetahui secara pasti karakteristik dari
suatu

pathogen

sehingga

dapat

mempermudah

pengambilan

keputusan

untuk

pengendaliannya. Mikroba yang ditemukan di suatu lingkungan ditemukan dalam populasi

campuran, sangat jarang sekali yang ditemukan sebagai satu spesies tunggal. Penelitian
mengenai mikroorganisme biasanya memerlukan teknik untuk memisahkan populasi
campuran pada permulaanya, atau biakan campuran, menjadi spesies-spesies yang berbedabeda sebagai biakan murni. Biakan murni terdiri dari suatu populasi sel yang berasal dari satu
sel induk.
Dalam praktikum bakteriologi pertanian ini dilakukan beberapa kegiatan dimulai dari
pegenalan gejala dan tanda panyakit, isolasi pathogen, purifikasi pathogen sampai dengan
pengujian dan identifikasi pathogen. Diharapkan mampu memberikan keahlian dan
pengalaman tambahan bagi praktikan sehingga bermanfaat dalam peranannya sebagai ahli
diidang penyakit tanaman.
2.

Tujuan

1. Menganalisis gejala dan tanda-tanda penyakit yang disebabkan oleh bakteri.

2. Memahami teknik purifikasi, isolasi, identifikasi dan anlisis penyakit yang disebabkan
oleh bakteri.
3. Memahami teknik pengujian fitobakteri dengan uji OF, KOH dan pigmen flourecent
4. Mengetahui alat dan bahan yang dibutuhkan dalam teknik purifikasi, isolasi dan
identifikasi serta takarannya serta fungsi masing-masingnya.
3.

Manfaat

1. Melatih skill dan kemampuan dalam mengenali gejala hingga mengidentifikasi.

2. Media pembentukan keahlian khusus pekerja bidang proteksi tanaman

II.

TINJAUAN PUSTAKA
1.

a.

Bakteri

Definisi
Bakteri adalah salah satu golongan organisme prokariotik (tidak memiliki selubung inti).

Bakteri sebagai makhluk hidup tentu memiliki informasi genetik berupa DNA, tapi tidak
terlokalisasi dalam tempat khusus (nukleus) dan tidak ada membran inti. Bentuk DNA bakteri
adalah sirkuler, panjang dan biasa disebut nukleoi. Pada DNA bakteri tidak mempunyai
intron dan hanya tersusun atas akson saja. Bakteri juga memiliki DNA ekstrakromosomal
yang tergabung menjadi plasmid yang berbentuk kecil dan sirkuler (Jawetz, 2004).
b. Klasifikasi
1. Bakteri Gram-negatif

Bakteri Gram Negatif Berbentuk Batang (Enterobacteriacea).

Bakteri gram negatif berbentuk batang habitatnya adalah usus manusia dan binatang.
Enterobacteriaceae meliputi Escherichia, Shigella, Salmonella, Enterobacter,
Klebsiella, Serratia, Proteus). Beberapa organisme seperti Escherichia coli
merupakan flora normal dan dapat menyebabkan penyakit, sedangkan yang lain
seperti salmonella dan shigella merupakan patogen yang umum bagi manusia.

Pseudomonas, Acinobacter dan Bakteri Gram Negatif Lain. Pseudomonas aeruginosa

bersifat invasif dan toksigenik, mengakibatkan infeksi pada pasien dengan penurunan
daya tahan tubuh dan merupakan patogen nosokomial yang penting.

Vibrio Campylobacter, Helicobacter, dan Bakteri lain yang berhubungan.

Mikroorganisme ini merupakan spesies berbentuk batang Gram-negatif yang tersebar
luas di alam. Vibrio ditemukan didaerah perairan dan permukaan air. Aeromonas
banyak ditemukan di air segar dan terkadang pada hewan berdarah dingin.
(Jawetz, 2004).

1. Bakteri Gram-positif

Bakteri gram positif pembentuk spora : Spesies Bacillus dan Clostridium.

Kedua spesies ini terdapat dimana-mana, membentuk spora, sehingga dapat hidup di
lingkungan selama bertahun-tahun. Spesies Basillus bersifat aerob, sedangkan
Clostridium bersifat anaerob obligat.

Bakteri Gram-positif Tidak Membentuk Spora: Spesies Corynebacterium, Listeria,

Propionibacterium, Actinomycetes.
Beberapa anggota genus Corynebacterium dan kelompok Propionibacterium
merupakan flora normal pada kulit dan selaput lender manusia.

Staphylococcus
Berbentuk bulat, biasanya tersusun bergerombol yang tidak teratur seperti anggur.
Beberapa spesies merupakan anggota flora normal pada kulit dan selaput lendir, yang
lain menyebabkan supurasi dan bahkan septikemia fatal. Staphylococcus yang
patogen sering menghemolisis darah, mengkoagulasi plasma dan menghasilkan
berbagai enzim ekstraseluler. Tipe Staphylococcus yang berkaitan dengan medis
adalah Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis dan Staphylococcus
saprophyticus.

Streptococcus
Merupakan bakteri gram-positif berbentuk bulat yang mempunyai pasangan atau
rantai pada pertumbuhannya. Beberapa streptococcus merupakan flora normal
manusia tetapi lainnya bisa bersifat patogen pada manusia. Ada 20 spesies
diantaranya:

Streptococcus

pyogenes,

Streptococcus

agalactiae,

dan

jenis

Enterococcus.
(Jawetz, 2004).
c.

Faktor yang mempengaruhi penyebaran

Faktor-faktor lingkungan yang mempengaruhi mikroba udara adalah suhu atmosfer,

kelembaban, angin, ketinggian, dan lain-lain. Temperatur dan kelembaban relatif adalah dua
faktor penting yang menentukan viabilitas dari mikroorganisme dalam aerosol. Studi dengan
Serratia marcesens dan E. coli menunjukkan bahwa kelangsungan hidup udara terkait erat
dengan suhu. Peningkatan suhu menyebabkan penurunan waktu bertahan (Jawetz, 2004).
d. Cara pengendalian
Menurut Abadi (2005), ada tiga strategi yang dapat dilakukan untuk pengendalian
penyakit tumbuhan yaitu : (1) strategi untuk mengurangi inokulum awal, (2) strategi untuk
mengurangi laju infeksi, dan (3) strategi untuk mengurangi lamanya epidemi.
Strategi untuk Mengurangi Inokulum Awal
Taktik-taktik yang dapat digunakan untuk mengurangi inokulum awal patogen adalah sebagai
berikut:
1. Avoidan mengurangi tingkat penyakit dengan memilih waktu tanam atau memilih
lahan yang mempunyai jumlah inokulum yang rendah atau karena faktor lingkungan
tidak sesuai untuk infeksi
2. Ekslusi mengurangi jumlah inokulum awal yang berasal dari luar lingkungan
tersebut

3. Eradikasi mengurangi produksi inokulum awal dengan memusnahkan atau membuat

tidak aktif sumber inokulum awal (dengan cara sanitasi, membuang penyimpan
inokulum, membuang inang antara, dan sebagainya).
4. Proteksi mengurangi tingkat infeksi awal dengan aplikasi racun atau penghalang
infeksi lainnya.
5. Resisten menggunakan kultivar tahan terhadap infeksi terutama terhadap infeksi
awal
6. Terapi menggunakan terapi panas, terapi kimia dan/atau kultur meristem untuk
memproduksi benih bebas penyakit atau bagian vegetatif tanaman bebas penyakit
Strategi untuk Mengurangi Laju Infeksi
Taktik-taktik yang dapat digunakan untuk mengurangi laju infeksi penyakit adalah sebagai
berikut:
1. Avoidan mengurangi laju produksi inokulum, laju infeksi, atau laju perkembangan
patogen dengan cara memilih musim tanam atau memilih lahan yang lingkungannya
tidak mendukung
2. Ekslusi mengurangi masuknya inokulum dari luar lingkungan tersebut selama
terjadinya epidemi
3. Eradikasi mengurangi laju produksi inokulum selama terjadinya epidemi dengan
cara memusnahkan atau membuat tidak aktif sumber inokulum (penebangan atau
pemangkasan)
4. Proteksi mengurangi laju infeksi dengan aplikasi senyawa racun atau dengan
beberapa penghalang infeksi lainnya
5. Resisten menanam kultivar yang dapat mengurangi laju produksi inokulum, laju
infeksi atau laju perkembangan patogen
6. Terapi menyembuhkan tanaman yang telah terinfeksi atau mengurangi produksi
inokulumnya
Strategi untuk Mengurangi Lamanya Epidemi
Taktik-taktik yang dapat digunakan untuk mengurangi lamanya terjadinya epidemi adalah
sebagai berikut:
1. Avoidan menanam cultivar tanaman yang cepat dewasa atau menanam suatu musim
yang memungkinkan tanaman cepat dewasa
2. Ekslusi menghambat introduksi inokulum dari luar lingkungan tersebut dengan cara
karantina
e.

Metode perbanyakan

- Metode Cawan Gores (Streak Plate)

Prinsip metode ini yaitu mendapatkan koloni yang benar-benar terpisah dari koloni
yang lain, sehingga mempermudah proses isolasi. Cara ini dilakukan dengan membagi 34 cawan petri. Ose steril yang telah disiapkan diletakkan pada sumber isolat Kemudian
menggoreskan ose tersebut pada cawan petri berisi media steril. Goresan dapat dilakukan
3-4 kali membentuk garis horisontal disatu cawan. Ose disterilkan lagi dengan api
bunsen. Setelah kering, ose tersebut digunakan untuk menggores goresan sebelumnya
pada sisi cawan ke dua. Langkah ini dilanjutkan hingga keempat sisi cawan tergores (Tim
Asisten Ilmu Penyakit Tumbuhan, 2015).
- Metode Cawan Sebar (Spread Plate)
Teknik spread plate (cawan sebar) adalah suatu teknik di dalam menumbuhkan
mikroorganisme di dalam media agar dengan cara menuangkan stok kultur bakteri atau
menghapuskannya di atas media agar yang telah memadat. Dan perlu perhatian pour plate
kultur dicampurkan ketika media masih cair (belum memadat). Kelebihan teknik ini
adalah mikroorganisme yang tumbuh dapat tersebar merata pada bagian permukaan agar
(Tim Asisten Ilmu Penyakit Tumbuhan, 2015).
- Teknik Dilusi (Pengenceran)
Tujuan dari teknik ini adalah melarutkan atau melepaskan mikroba dari substratnya ke
dalam air sehingga lebih mudah penanganannya. Sampel yang telah diambil kemudian
disuspensikan dalam aquades steril. Teknik dilusi sangat penting dalam analisa
mikrobiologi karena hamper semua metode penelitian dan perhitungan jumlah sel
mikroba menggunakan teknik ini, seperti TPC (Total Plate Counter) (Tim Asisten Ilmu
Penyakit Tumbuhan, 2015).
f.

Macam-macam media pertumbuhan bakteri

Berikut ini beberapa media yang sering digunakan secara umum dalam mikrobiologi

menurut Tim Penyusun Modul Teknologi Produksi Hayati (2015):

-

Lactose Broth. Lactose broth digunakan sebagai media untuk mendeteksi kehadiran
koliform dalam air, makanan, dan produk susu, sebagai kaldu pemerkaya (preenrichment broth) untuk Salmonellae dan dalam mempelajari fermentasi laktosa oleh
bakteri pada umumnya. Pepton dan ekstrak beef menyediakan nutrien esensial untuk
memetabolisme bakteri. Laktosa menyediakan sumber karbohidrat yang dapat
difermentasi untuk organisme koliform. Pertumbuhan dengan pembentukan gas
adalah presumptive test untuk koliform. Lactose broth dibuat dengan komposisi 0,3%
ekstrak beef; 0,5% pepton; dan 0,5% laktosa.

EMBA (Eosin Methylene Blue Agar). Media Eosin Methylene Blue mempunyai
keistimewaan mengandung laktosa dan berfungsi untuk memilah mikroba yang
memfermentasikan laktosa sepertiS. aureus, P. aerugenosa, dan Salmonella. Mikroba
yang memfermentasi laktosa menghasilkan koloni dengan inti berwarna gelap dengan
kilap logam. Sedangkan mikroba lain yang dapat tumbuh koloninya tidak berwarna.
Adanya eosin dan metilen blue membantu mempertajam perbedaan tersebut. Namun
demikian, jika media ini digunakan pada tahap awal karena kuman lain juga tumbuh
terutama P.

Aerugenosadan

Salmonella

sp

dapat

menimbulkan

keraguan.

Bagaiamanapun media ini sangat baik untuk mengkonfirmasi bahwa kontaminan

tersebut adalah E.coli. Agar EMB (levine) merupakan media padat yang dapat
digunakan untuk menentukan jenis bakteri coli dengan memberikan hasil positif
dalam tabung. EMB yang menggunakan eosin dan metilin bklue sebagai indikator
memberikan perbedaan yang nyata antara koloni yang meragikan laktosa dan yang
tidak. Medium tersebut mengandung sukrosa karena kemempuan bakteri koli yang
lebih cepat meragikan sukrosa daripada laktosa. Untuk mengetahui jumlah bakteri
coli umumnya digunakan tabel Hopkins yang lebih dikenal dengan nama MPN (most
probable number) atau tabel JPT (jumlah perkiraan terdekat), tabel tersebut dapat
digunakan untuk memperkirakan jumlah bakteri coli dalam 100 ml dan 0,1 ml contoh
air.
-

Nutrient Agar. Nutrien agar adalah medium umum untuk uji air dan produk dairy. NA
juga digunakan untuk pertumbuhan mayoritas dari mikroorganisme yang tidak
selektif, dalam artian mikroorganisme heterotrof. Media ini merupakan media
sederhana yang dibuat dari ekstrak beef, pepton, dan agar. Na merupakan salah satu
media yang umum digunakan dalam prosedur bakteriologi seperti uji biasa dari air,
sewage, produk pangan, untuk membawa stok kultur, untuk pertumbuhan sampel
pada uji bakteri, dan untuk mengisolasi organisme dalam kultur murni. Untuk
komposisi nutrien agar adalah eksrak beef 10 g, pepton 10 g, NaCl 5 g, air desitilat
1.000 ml dan 15 g agar/L. Agar dilarutkan dengan komposisi lain dan disterilisasi
dengan autoklaf pada 121C selama 15 menit. Kemudian siapkan wadah sesuai yang
dibutuhkan.

Nutrient Broth. Nutrient broth merupakan media untuk mikroorganisme yang

berbentuk cair. Intinya sama dengan nutrient agar. Nutrient broth dibuat dengan cara
sebagai berikut: 1.Larutkan 5 g pepton dalam 850 ml air distilasi/akuades, 2.Larutkan

3 g ekstrak daging dalam larutan yang dibuat pada langkah pertama, 3.Atur pH
sampai 7,0, 4.Beri air distilasi sebanyak 1.000 ml, dan 5.Sterilisasi dengan autoklaf.
-

MRSA (deMann Rogosa Sharpe Agar). MRSA merupakan media yang diperkenalkan
oleh De Mann, Rogosa, dan Shape (1960) untuk memperkaya, menumbuhkan, dan
mengisolasi jenis Lactobacillus dari seluruh jenis bahan. MRS agar mengandung
polysorbat, asetat, magnesium, dan mangan yang diketahui untuk beraksi/bertindak
sebagai faktor pertumbuhan bagi Lactobacillus, sebaik nutrien diperkaya MRS agar
tidak sangat selektif, sehingga ada kemungkinan Pediococcus dan jenis Leuconostoc
serta jenis bakteri lain dapat tumbuh. MRS agar mengandung: Protein dari kasein 10
g/L, Ekstrak daging 8,0 g/L, Ekstrak ragi 4,0 g/L, D (+) glukosa 20 g/L, Magnesium
sulfat 0,2 g/L, Agar-agar 14 g/L, Dipotassium hidrogen phosphate 2 g/L, Tween 80
1,0 g/L, Diamonium hidrogen sitrat 2 g/L, Natrium asetat 5 g/L, dan Mangan sulfat
0,04 g/L. MRSB merupakan media yang serupa dengan MRSA yang berbentuk
cair/broth.

Trypticase Soy Broth (TSB). TSB adalah media broth diperkaya untuk tujuan umum,
untuk isolasi, dan penumbuhan bermacam mikroorganisme. Media ini banyak
digunakan untuk isolasi bakteri dari spesimen laboratorium dan akan mendukung
pertumbuhan mayoritas bakteri patogen. Media TSB mengandung kasein dan pepton
kedelai yang menyediakan asam amino dan substansi nitrogen lainnya yang
membuatnya menjadi media bernutrisi untuk bermacam mikroorganisme. Dekstrosa
adalah sumber energi dan natrium klorida mempertahankan kesetimbangan osmotik.
Dikalium fosfat ditambahkan sebagai buffer untuk mempertahankan pH.

Plate Count Agar (PCA). PCA digunakan sebagai medium untuk mikroba aerobik
dengan inokulasi di atas permukaan. PCA dibuat dengan melarutkan semua bahan
(casein enzymic hydrolisate, yeast extract, dextrose, agar) hingga membentuk
suspensi 22,5 g/L kemudian disterilisasi pada autoklaf (15 menit pada suhu 121C).
Media PCA ini baik untuk pertumbuhan total mikroba (semua jenis mikroba) karena
di dalamnya mengandung komposisi casein enzymic hydrolisate yang menyediakan
asam amino dan substansi nitrogen komplek lainnya serta ekstrak yeast mensuplai
vitamin B kompleks.

Potato Dextrose Agar (PDA). PDA digunakan untuk menumbuhkan atau

mengidentifikasi yeast dan kapang. Dapat juga digunakan untuk enumerasi yeast dan
kapang dalam suatu sampel atau produk makanan. PDA mengandung sumber
karbohidrat dalam jumlah cukup yaitu terdiri dari 20% ekstrak kentang dan 2%

glukosa sehingga baik untuk pertumbuhan kapang dan khamir tetapi kurang baik
untuk pertumbuhan bakteri. Cara membuat PDA adalah mensuspensikan 39 g media
dalam 1 liter air yang telah didestilasi. campur dan panaskan serta aduk. Didihkan
selama 1 menit untuk melarutkan media secara sempurna. Sterilisasi pada suhu 121C
selama 15 menit. Dinginkan hingga suhu 40-45C dan tuang dalam cawan petri
dengan pH akhir 5,6+0,2.
-

VRBA (Violet Red Bile Agar). VRBA dapat digunakan untuk perhitungan kelompok
bakteri Enterobactericeae. Agar VRBA mengandung violet kristal yang bersifat basa,
sedangkan sel mikroba bersifat asam. Bila kondisi terlalu basa maka sel akan mati.
Dengan VRBA dapat dihitung jumlah bakteri E.coli. Bahan-bahan yang dibutuhkan
untuk membuat VRBA adalah yeast ekstrak, pepton, NaCl, empedu, glukosa, neutral
red, kristal violet, agar). Bahan-bahan tersebut kemudian dicampur dengan 1 liter air
yang telah didestilasi. Panaskan hingga mendidih sampai larut sempurna. Dinginkan
hingga 50-60C. Pindahkan dalam tabung sesuai kebutuhan, pH akhir adalah 7,4.
Campuran garam bile dan kristal violet menghambat bakteri gram positif. Yeast
ekstrak menyediakan vitamin B-kompleks yang mendukung pertumbuhan bakteri.
Laktosa merupakan sumber karbohidrat. Neutral red sebagai indikator pH. Agar
merupakan agen pemadat.

g.

Jenis-jenis sterilisasi
Sterilisasi adalah cara untuk mendapatkan suatu kondisi bebas mikroba atau setiap proses

yang dilakukan baik secara fisika, kimia, dan mekanik untuk membunuh semua bentuk
kehidupan terutama mikroorganisme. Sterilisasi yang sering dilakukan pada praktikum
biologi terbagi menjadi sterilisasi kering dan sterilisasi basah (Hadioetomo,1993).
Sterilisasi dalam mikrobiologi adalah suatu proses untuk mematikan semua organisme
yang terdapat pada atau di dalam suatu benda. Ketika untuk pertama kalinya melakukan
pemindahan biakan bakteri secara aseptic, sesungguhnya hal itu telah menggunakan salah
satu cara sterilisasi, yaitu pembakaran. Namun, kebanyakan peralatan dan media yang umum
dipakai di dalam pekerjaan mikrobiologi akan menjadi rusak bila dibakar. Untungnya tersedia
berbagai metode lain yang efektif (Hadioetomo,1993).
h. Teknik isolasi
Bakteri jarang terdapat dalam keadaan murni bila berada di alam. Kebanyakan bakteri
merupakan campuran berbagai macam spesies bakteri. Cara yang umum untuk mengisolasi
bakteri adalah:
1. Cara Goresan (Streak Plate Method)

Cara ini dasarnya adalah menggoreskan suspensi bahan yang mengandung bakteri
pada permukaan medium agar yang sesuai dalam cawan petri. Setelah inkubasi maka
pada bekas goresan akan tumbuh koloni-koloni terpisah yang mungkin berasal dari 1 sel
bakteri, sehingga dapat diisolasi lebih lanjut.
2. Cara Taburan (Pour Plate Method)
Cara ini dasarnya adalah menginokulasi medium dengan agar yang sedang mencair
pada temperatur 50 0C dengan suspensi bahan yang mengandung bakteri, kemudian
menuangkan ke dalam cawan petri. Setelah inkubasi akan terlihat koloni-koloni yang
tersebar di permukaan agar yang mungkin berasal dari 1 sel bakteri sehingga dapat
diisolasi lebih lanjut.
3. Cara Pengenceran (Dillution Plate)
Cara ini pertama kali dilakukan oleh Lister pada tahun 1865. Lister berhasil
menghasilkan biakan murni Stretococcus lactis yang diisolasi dari susu yang sudah
masam. Caranya dengan mengencerkan suspensi yang berupa campuran bermacammacam species kemudian diencerkan dalam suatu tabung tersendiri. Dari pengenceran ini
diambil 1 ml untuk diencerkan lagi, bila perlu diencerkanlagi hingga seterusnya.
Langkah selanjutnya adalah dari pengenceran diatas, diambil 0,1 ml untuk disebarkan
pada suatu medium padat, sehingga kita mendapatkan beberapa koloni tumbuh dlaam
media tersebut, tetapi bisa saja hanya satu koloni yang tumbuh.. dalam ha; demikian ,
kita telah memperoleh sat koloni murni, dan selanjutnya spesies ini dapat kita jadikan
biakan murni. Sampel yang telah diambil kemudian disuspensikan dalam akuades steril.
Tujuan dari teknik ini pada prinsipnya adalah melarutkan atau melepaskan mikroba dari
substratnya ke dalam air sehingga lebih mudah penanganannya. Macam-macam preparsi
bergantung kepada bentuk sampel :
a. Swab (ulas), dilakukan menggunakan cotton bud steril pada sampel yang memiliki
permukaan luas dan pada umumnya sulit dipindahkan atau sesuatu pada benda
tersebut. Contohnya adalah meja, batu, batang kayu dll. Caranya dengan
mengusapkan cotton bud memutar sehingga seluruh permukaan kapas dari cotton bud
kontak dengan permukaan sampel. Swab akan lebih baik jika cotton bud dicelupkan
terlebih dahulu ke dalam larutan atraktan semisal pepton water.
b. Rinse (bilas) ditujukan untuk melarutkan sel-sel mikroba yang menempel pada
permukaan substrat yang luas tapi relatif berukuran kecil, misalnya daun bunga dll.
Rinse merupakan prosedur kerja dengan mencelupkan sampel ke dalam akuades

dengan perbandingan 1 : 9 (w/v). Contohnya sampel daun diambil dan ditimbang 5 g

kemudian dibilas dengan akuades 45 ml yang terdapat dalam beaker glass.
c. Maseration (pengancuran), sampel yang berbentuk padat dapat ditumbuk dengan
mortar dan pestle sehingga mikroba yang ada dipermukaan atau di dalam dapat
terlepas kemudian dilarutkan ke dalam air. Contoh sampelnya antar alain bakso, biji,
buah dll. Perbandingan antar berat sampel dengan pengenceran pertama adalah 1 : 9
(w/v). Unutk sampel dari tanh tak perlu dimaserasi
4.

Cara Penuangan
Penemuan metode penuangan ini ada dua orang yang berjasa yaitu Petri yang

menciptakan cawan dengan tutup, yang sekarang dikenal dengan cawan petri. Orang
kedua adalah Hense yang menemukan agar-agar untuk menggantikan gelatin. Hal ini
dikarenakan agar-agar memiliki sifat yang lenbih baik daripda gelatin untuk bahan
pengental suatu medium. Agar-agar tidak lekas mencair, karena titik cairnya 950C.
Sehingga teknik ini sekarang lebih dikenal sebagai teknik agar tuang.
Prinsip melakukan pengenceran adlaah menurunkan jumlah mikroorganisme
sehingga suatu saat hanya ditemukan satu sel dalam satu tabung. Demikian juga dengan
cara penuangan.
5.

Cara Penggoresan
Cara ini lebh menguntungkan bila ditinjau dari sudut ekonomi dan waktu, tetapi

memerlukan ketrampilan yang diperoleh dari latihan. Penggoresan yang sempurna akan
menghasilkan koloni yang terpisah. Tetapi kelemahan cara ini bakteri-nakteri anaerob
tidak dapat hidup tumbuh. Ada beberapa teknik penggoresan, yakni:

Goresan T

Goresan Kuadran

Goresan Radian

Goresan Sinambung

6. Cara Pengucilan satu sel

Cara ini dengan menggunkaan suatu alat yang dpaat memungut satu bakteri dari
sekian banyak bakteri, dengan tanpa ikutnya bakteri yang lain. Alat semacam ini tidak
mudah untuk mengggunakannya. Alat ini berupa mk=ikropipet yang ditempatkan pada
suatu mikromanipulator. Dengan membuat beberapa tetesan bergantung pada suatu kaca
penutup dengan menggunkaan mikropipet. Pekerjaan ini dilakukan di bawah kaca
objektif mikroskop. Bila tampak suatu tetesan yang hanya mngendung satu bakteri, mka

dengan pipet lain, tetesan dipindahkan ke suatu medium encer dnegan tujauna bakteri
tersebut berbiak lebih dahulu. Dari biakan ini kan diperoleh piaraan murni
(Waluyo, 2010).
2.
a.

Patogen Praktikum

Kalasifikasi Patogen

Xanthomonas oryzae
Menurut Amrullah (2008), klasifikasi bakteri Xanthomonas oryzae adalah sebagai

berikut:

Divisi

: Gracilicutes

Kelas

: Proteobacteria

Bangsa

: Pseudomonadales

Suku

: Pseudomonadaceae

Marga

: Xanthomonas

Jenis

: Xanthomonas oryzae pv. Oryzae

Xanthomonas glycine
Menurut Amrullah (2008), klasifikasi bakteri Xanthomonas glycine adalah sebagai

berikut:

Divisi

: Gracilicutes

Kelas

: Proteobacteria

Bangsa

: Pseudomonadales

Suku

: Pseudomonadaceae

Marga

: Xanthomonas

Jenis

: Xanthomonas glycine

Erwinia carotovora
Menurut Astuti (2012), klasifikasi bakteri Erwinia carotovora adalah sebagai berikut:

Kingdom

: Bakteria

Phylum

: Protobacteria

Class

: Gammaproteobacteria

Order

: Enterobacterialles

Family

: Enterobacteriaceae

Genus

: Erwinia

Speceis

: Erwinia carotovora

Ralstonia solanacearum

Menurut Agrios (2005) dalam Hardiyanti (2013), R. solanacearum diklasifikasikan

sebagai berikut:
Kingdom

: Prokaryotae

Divisi

: Gracilicutes

Subdivisi

: Proteobacteria

Famili

: Pseudomonadaceae

Genus

: Ralstonia

Spesies

: R. solanacearum

b. Ciri Makroskopis Patogen

Xanthomonas oryzae
Koloni bakteri pada media padat yang mengandung glukosa (glucose yeast extract

agar) berbentuk bulat, cembung, berlendir dan berwarna kuning karena memproduksi pigmen
xanthomonadin yang menjadi karakteristik dari genus ini (Bradbury, 1984) dalam Puspitasari
(2014). Koloni bakteri pada media NA berbentuk lingkaran, halus, cembung, tidak tembus
cahaya, dan warna awalnya kuning pucat kemudian berubah warna menjadi kuning jerami.
Koloni mencapai 1-2 mm setelah 5-7 hari dan kelangsungan hidup bakteri pada media padat
pendek.

Gambar 1. Ciri makroskopis bakteri Xanthomonas oryzae

Sumber: google image

Xanthomonas glycine
Bakteri berbentuk batang dengan flagel polar, membentuk kapsul, dan tidak

membentuk spora. Apabila dibiakkan berwarna putih kekuningan, berbentuk bundar,

permukaan dan tepinya halus, serta berlendir. Bakteri masuk ke tanaman melalui hidatoda.
Pemencaran bakteri dapat terjadi melalui irigasi, percikan air hujan, dan alat pertanian
(Anonima, 2015).

Gambar 2. Ciri makroskopis bakteri Xanthomonas glycine

Sumber: google image

Erwinia carotovora
Koloni berwarna putih susu, berlendir, mengkilat, tepi rata dan tampak cembung

setelah diinkubasi selama 24 jam. Bakteri E. carotovora berwarna bening sampai putih susu,
mengkilat, bulat dan bertepi rata (Sallytha et al., 2014).

Gambar 3. Ciri makroskopis bakteri Erwinia carotovora

Sumber: google image

Ralstonia solanacearum
Jika bakteri ditumbuhkan pada medium YPA ditambah tetrazolium salt dan diinkubasi

selama 24 jam maka akan terlihat koloni berwarna putih, fluidal dengan pusat koloni
berwarna merah jambu (Nasrun 2005). Tipe koloni ini merupakan koloni R. solanacearum
virulen (Hayward 1994).

Gambar 4. Ciri makroskopis bakteri R. solanacearum

Sumber: google image
c.

Ciri Mikroskopis Patogen

Xanthomonas oryzae

Bakteri Xoo mempunyai ciri-ciri berupa sel berbentuk batang pendek, tidak
membentuk spora dan bisa bergerak (motil) dengan 1 flagel. Sel-sel individu ukurannya
bervariasi dengan panjang sekitar 0,7 m-2,0 m dan lebar sekitar 0,4 m-0,7 m. Bakteri ini
termasuk gram negatif (Bradbury, 1984) dalam Puspitasari (2014).

Gambar 5. Ciri mikroskopis bakteri Xanthomonas oryzae

Sumber: google image

Xanthomonas glycine
Morfologi bakteri ini berbentuk batang dengan flagellum polar, bersifat aerobic

dengan ukuran 0.4-0.9 x 0.6-2.6 m . Membentuk kapsula, tidak menghasilkan spora. Biakan
yang dihasilkan memiliki warna putih kekuningan, berbentuk bundar, permukaan tepi halus
serta berlendir. Hampir semuanya monotrichus, bersifat gram negative yaitu bakteri yang
tidak dapat diberi warna atau menyerap warna oleh pewarna crystal violet (pewarna gram),
menyebabkan nekrose (kematian jaringan setempat) pada tumbuhan monokotil dan dikotil
(NurAinun, 2011).

Gambar 6. Ciri mikroskopis bakteri Xanthomonas glycine

Sumber: google image

Erwinia carotovora
Sel

bakteri

berbentuk

batang

dengan

ukuran

(1,5x2,0)x(0,6x0,9)

mikron,umumnya membentuk rangkaian sel-sel seperti rantai, tidak mempunyai kapsul, dan
tidak berspora. Bakteri bergerak dengan menggunakan flagella yang terdapat di keliling
bakteri. Erwinia carotovora adalah bakteri bergram negatif, berbentuk batang yang hidup

soliter atau berkelompok dalam pasangan atau rantai. Merupakan bakteri tanpa spora
berflagella. Batkeri ini termasuk jenis fakultatif anaerob (Astuti, 2012).

Ralstonia solanacearum
Ralstonia solanacearum berbentuk batang, bersifat gram negatif, aerob, tidak

berspora, bergerak dengan satu flagel di kutub, berukuran 0,5-0,7 x 1,5-2,0 m, bereaksi
negatif terhadap hidrolisis pati, gelatin, arginin, dan produksi levan, dan bereaksi positif
terhadap uji katalase, oksidase, akumulasi poly-hydroxybutyrate (PHB) dan denitrifikasi.
Bakteri dapat tumbuh pada NaCl 2% dengan pH 4-8,5 dengan suhu 13 - 37 C, sedangkan
pada suhu 41 C bakteri tidak dapat tumbuh. Bakteri tidak mengeluarkan pigmen fluoresen
(Nasrun 2005).

Gambar 8. Ciri mikroskopis bakteri R. solanacearum

Sumber: google image
d. Gejala Penyakit

Xanthomonas oryzae
Gejala yang ditimbulkan oleh bakteri ini tergolong khas, yaitu mulai dari

terbentuknya garis basah pada helaian daun yang akan berubah menjadi kuning kemudian
putih. Gejala ini umum dijumpai pada stadium anakan, berbunga, dan pemasakan. Serangan
penyakit pada tanaman yang masih muda dinamakan kresek, yang dapat menyebabkan daun
berubah menjadi kuning pucat, layu, dan kemudian mati. Kresek merupakan bentuk gejala
yang paling merusak (Wahyudi et al., 2011).

Gambar 9. Gejala patogen Xanthomonas oryzae

Sumber: google image

Xanthomonas glycine

Gejala awal berupa bercak kecil berwarna hijau pucat, tampak pada kedua permukaan
daun, menonjol pada bagian tengah lalu menjadi bisul warna coklat muda atau putih pada
permukaan bawah daun. Gejala ini sering dikacaukan dengan penyakit karat kedelai. Tetapi
bercak karat lebih kecil dan sporanya kelihatan jelas. Bercak bervariasi dari bintik kecil
sampai besar tak beraturan, berwarna kecoklatan. Bercak kecil bersatu membentuk daerah
nekrotik yang mudah robek oleh angin sehingga daun berlubang-lubang. Pada infeksi berat
menyebabkan daun gugur (Hasna, 2011).

Gambar 10. Gejala patogen Xanthomonas glycine

Sumber: google image

Erwinia carotovora
Gejala yang umum pada tanaman kubis-kubisan adalah busuk basah, berwarna coklat

atau kehitaman, pada daun, batang, dan umbi. Pada bagian terinfeksi mula-mula terjadi
bercak kebasahan. Bercak membesar dan mengendap (melekuk), bentuknya tidak teratur,
coklat tua kehitaman. Jika kelembaban tinggi, jaringan yang sakit tampak kebasahan,
berwarna krem atau kecoklatan, dan tampak agak berbutir-butir halus. Di sekitar bagian yang
sakit terjadi pembentukan pigmen coklat tua atau hitam (Astuti, 2012).

Gambar 11. Gejala patogen Erwinia carotovora

Sumber: google image

Ralstonia solanacearum
Penyakit layu bakteri di tandai dengan gejala daun layu dan diakhiri kematian dalam

waktu singkat. Kelayuan terjadi pada tanaman muda dan tua (dari cabang ke cabang secara
tidak teratur). Gejala awal terlihat daun layu pada salah satu daun pucuk dan diikuti dengan

daun bagian bawah. Setelah terlihat gejala lanjut dengan intensitas penyakit diatas 50% ,
tanaman akan mengalami kematian dalam waktu 7-25 hari. Pada gejala serangan lanjut
terjadi pembusukan akar dan pangkal batang dengan terlihat adanya massa bakteri berwarna
kuning keputihan seperti susu yang merupakan ciri khas dari serangan bakteri (Nasrun 2005).

Gambar 12. Gejala patogen Ralstonia solanacearum

Sumber: google image

3. Identifikasi Bakteri
a.

Isolasi
Menurut Mahatmi (2008).

Isolasi adalah memisahkan satu spesies mikroba dari

kelompok mikroba atau spesies yang lainnya.

Tujuan pemisahan ini adalah untuk

mempelajari sifat-sifat, pertumbuhan dan aktivitas mikroba.

Sebagaimana diketahui sel

mikroba sangat kecil, sehingga untuk melakukan isolasi sangat sulit. Salah satu cara untuk
melakukan isolasi adalah dengan menggoreskan suspensi campuran sel pada permukaan
media padat dalam cawan petri, kemudian menginkubasinya. Dengan cara ini setiap sel akan
tumbuh membentuk koloni. Sehingga akan mudah untuk memisahkannya.
Menurut Mahatmi (2008). Ada beberapa teknik goresan yang dapat dilakukan untuk
mendapatkan hasil yang baik, yaitu:
1. Streak Culture.
Pada teknik ini dibuat beberapa garis goresan terputus dengan ose pada permukaan
agar.
2. Streak Dilution Technique.
Teknik ini sangat baik untuk mendapatkan koloni tunggal terpisah sehingga dapat
digunakan untuk mengamati morfologi koloni dan untuk keperluan mendapatkan
kultur murni untuk kultivasi.
3. Spot Inoculation.
Teknik ini biasanya dilakukan pada media padat dalam tabung reaksi.
4. Lawn Culture.

Pada teknik ini mikroba disebarkan pada permukaan medium dengan cara
menempatkan inokulum pada permukaan medium dengan menggunakan pipet
kemudian disebarkan dengan menggunakan spreader (gelas bengkok), seperti pada
perhitungan jumlah sel mikroba.

Gambar 13. Isolasi bakteri

Sumber: google image
b. Purifikasi
Purifikasi adalah proses pemisahan mikroorganisme yang diinginkan dari populasi
campuran ke media biakan (buatan) untuk mendapatkan kultur murni. Inokulasi merupakan
perpindahan inokulum dari sumbernya ke dalam tanaman inang. Dengan dilakukan inokulasi
dan purifikasi, berarti patogen memiliki peluang yang besar untuk menyerang inangnya dan
menimbulkan penyakit. Purifikasi Isolat Patogen adalah suatu cara untuk memisahkan satu patogen dari
patogenlainnya yang tujuannya untuk mendapatkan biakan yang murni.
Pemurnian biakan murni adalah suatu metode yang bertujuan untuk mendapatkan satuspesies dalam satu
tabung pemeliharaan kultur. Purifikasi atau disebut juaga pemurnian adalah pemisahan satu jenis
mikroorganisme patogen dari media inokulasi yang terdiri mungkin saja, dari beberapa
macam

mikroorganisme

dalam

satu

media,purifikasi

ini

dilakukan

memudahkan dalam pengidentifikasian patogen tersebut (Semangun, H. 1996).

Gambar 14. Purifikasi bakteri

Sumber: google image

untuk

c.

Uji Patogenisitas
Isolat bakteri yang menunjukkan reaksi hipersensitif diambil beberapa nomor isolate

untuk diuji patogenisitasnya pada tanaman inangnya. Inokulasi bakteri dilakukan dengan
memasukkan suspense bakteri dengan kepekatan populasi bakteri 108 sel/ml dengan
menggunakan jarum inokulasi pada pangkal batang tanaman inang yang sehat. Masingmasing perlakukan diulangi 3 kali dengan menggunakan rancangan acak lengkap (RAL).
Perkembangan gejala diamati dua minggu kemudian dengan mencatat waktu muncul gejala
peyakit layu bakteri. Isolate bakteri yang paling virulen ditentukan berdasarkan gejala
penyakit (Lelliot dan Stead.1987).
d. Uji Hipersensitif
Pengujian reaksi hipersensitif dilakukan denga menyuntikkan suspense bakteri ke dalam
daun tembakau (Klement et al., 1990). Perkembangan gejala klorosis layu daun tembakau
diamati sampai 7 hari.
e.

Uji Gram
Uji pengecatan gram dimulai dengan meneteskan suspensi bakteri di atas preparat dan

dikeringanginkan diatas Bunsen. Setelah itu ditambahkan Kristal violet dan diamkan selama 20
detik hingga berwarna biru keunguan. Cuci dengan air mengalir dan dikeringanginkan diatas
Bunsen. Kemudian ditambahkan Iodin dan didiamkan selama 20 detik untuk menetralkan.
Setelah itu cuci dengan air mengalir dan dikeringanginkan diatas Bunsen. Kemudian
ditambahkan akohol, dicuci dan dikeringanginkan diatas Bunsen. Setelah itu ditambahkan
safranin sebagai indikator warna merah.Setelah itu cuci dengan air mengalir dan
dikeringanginkan diatas Bunsen. Gram positif menunjukkan warna ungu dan gram negatif
menunjukkan warna merah (Klement et al., 1990).

f.

Uji Oksidatif-Fermentatif
Bakteri yang bersifat gram negatif diuji pertumbuhannya secara anaerob dengan

menginokulasikan bakteri dalam media sebanyak 5 ml dalam tabung reaksi dan dilapisi
dengan waer agar. Media terdiri atas: pepton 2 gram, NaCl 5 gram, KH2PO4 0,3 gram,
Bromothymol blue 1% 3 ml. Bahan-bahan dilarutkan dalam aquades 1 liter dan diatur pada
pH 7,1. Media disterilisasi pada 121C selama 20 menit. Setelah disterilisasi, setiap tabung
ditambahkan larutan glukosa 10% sebanyak 0,5 ml.
Pengujian dilakukan dengan menggunakan 2 tabung reaksi, salah satu tabung ditutup
dengan water agar steril sebanyak 2 ml, sedangkan tabung lain tanpa water agar. Pada tabung
tanpa water agar reaksi positif terjadin jika warna media dari biru menjadi kuning hal tersebut
menunjukkan bakteri dapat tumbuh secara aerob. Sedangkan pada tabung yang diberi parafin

reaksi positif terjadi jika tidak adanya perubahan warna dari biru menjadi kuning hal tersebut
menunjukkan bakteri tidak dapat tumbuh secara anaerob (Klement et al., 1990).
g.

Uji KOH
KOH 3% diteteskan di preparat. Kemudian isolat bakteri endofit diletakkan diatas larutan

KOH yang telah diteteskan di preparat. Setelah itu diratakan dengan jarum ose. Kemudian
jarum ose diangkat dan diamati larutan berlendir atau tidak. Jika berlendir menandakan
bahwa bakteri tersebut termasuk gram negatif dan tidak berlendir termasuk gram positif
(Klement et al., 1990).
h. Uji Katalase
Pengujian dilakukan dengan larutan H2O2. Larutan H2O2 dituang ke dalam tabung reaksi
sebanyak 2 ml kemudian satu jarum ose bakteri uji dimasukkan ke dalam larutan tersebut.
Reaksi positif ditandai dengan terbentuknya gelembung-gelembung oksigen sedangkan reaksi
negatif tidak terbentuk gelembung (Klement et al., 1990).

III. METODE PELAKSANAAN

a.

Tempat dan Waktu

Tempat: Laboratorium Bakteriologi, Jurusan Hama dan Penyakit Tumbuhan, Fakultas

Pertanian, universitas Brawijaya.

Waktu: Setiap hari Kamis, 13.20.
b. Alat dan Bahan
Alat:
1. Tabung reaksi
2. Spuit
3. Jarum ose
4. Jarum inokulasi
5. Scalpel
6. Gelas ukur
7. Gunting
8. Mikroskop
9. Preparat
10. Cover glass
11. Mikro pipet
12. Cawan petri
13. Tube

Bahan:
1. PDA
2. Spiritus
3. Aquades steril
4. Alkohol 70%
5. Tissue steril
6. Tanaman tembakau
7. Biakan murni bakteri: Xanthomonas oryzae, Xanthomonas glycine, Erwinia
carotovora, Ralstonia solanacearum
8. Kristal violet
9. Iodin
10. Safranin
11. KOH
12. Larutan H2O2
c.

Metode pelaksanaan

Pengenalan gejala dan tanda pada tanaman

Cara menangani sampel tanaman sakit

Untuk sampel berupa daun

Melipat daun yang terinfeksi tersebut secara rapi

Masukkan ke dalam amplop dan beri label

Sisipkan diantara lembaran buku yang cukup tebal

agar daun tidak berkerut
Untuk sampel yang berupa umbi, batang atau seluruh bagian tanaman
Cuci tanaman sampai bersih dari tanah dan kotoran
Keringanginkan dan tempatkan sampel dalam
kantong plastik dan beri label
Simpan dalam kotak dingin dan tidak terkena
cahaya matahari secara langsung

Pengenalan gejala
Amati gejala sampel tanaman berpenyakit dengan mata
telanjang, lup atau mikroskop stereo
Pengamatan pada bagian tanaman yang diserang, bentuk ukuran,
warna gejala dan ada tidaknya water soak.

Pengenalan tanda pada tanaman sakit yang disebabkan oleh bakteri

Pisahkan bagian tanaman
Batang dan umbi

Daun

Cucu dengan air mengalir

Dipotong kecil-kecil

Potong meintang dan miring

Letakkan di atas gelas objek

Masukkan dalam botol berisi air

jernih

Tetesi dengan air suling

Amati dibawah mikroskop

Amati
Apabila penyakit akibat bakteri
maka akan muncul aliran massa
(oose) bakteri berupa benangbenang putih di daerah potongan

Apabila penyakit akibat bakteri

maka akan muncul aliran massa
(oose) bakteri berupa benangbenang putih di daerah potongan

Pembuatan media
Mempersiapkan alat dan bahan
Melarutkan 250 ml air + 7 gr NA
Masak hingga mendidih

Sterilisasi

Masukkan dalam botol dan simpan

Isolasi dan purifikasi patogen

Isolasi Patogen

Jaringan tanaman

Suspensi pathogen

Ambil bagian sehat dan

bagian sehat dari
bagian yang sakit

Rendam bagian tanaman

yang sakit dalam air

Celup pada alkohol (1x)

dan aquades (2x)

Celup pada alkohol (1x)

dan aquades (2x)
Tunggu sampai muncul massa bakteri
dan air berubah warna

Streak pada media

Tutup petri dan inkubasi

Ambil suspense dengan jarum ose dan

sterak pada media

Tutup petri dan inkubasi

Purifikasi patogen

Ambil pathogen yang dikehendaki dari hasil

isolasi patogen

Ambil dengan jarum ose dan sterak

pada media yang baru

Tutup petri dan inkubasi

Uji hipersensitif
Buat suspense dari hasil purifikasi

Ambil cairan dengan suntikan

Suntikkan pada daun tanaman tembakau

Amati setiap hari dan dokumentasi

Uji patogenisitas
Buat suspense dari hasil purifikasi patogen

Ambil suspense menggunakan suntikan

Suntikkan pada wortel

Amati dan dokumentasi setiap hari

Identifikasi bakteri

Uji gram
Gelas objek + suspensi
Di keringkan dibawah bunsen
Kristal violet (1 menit)
Cuci dan kering anginkan
Iodine (1 menit)
Cuci + kering angin
Larutan safranin
Cuci + keringangin
Mikroskop

Uji oksidatif-fermentatif
Pepton 2 gr, NaCl 5 gr, KH2PO4 0.3 gr, Agar 3 gr, bromotimol blue
Media bassa dilarutkan dalam 100 ml air
Cek pH 7,1, tuang media ke tabung reaksi 5 ml
Sebelum sterilisasi + glukosa 10% (5ml)
Sterilisasi
Inokulasi bakteri ke 2 tabung (paraffin (2 ml) dan non parafin
Inkubasi 4-7 hari
Amati perubahan warna

Uji KOH
Bakteri berumur 48 jam diletakkan diatas gelas objek steril

Suspensi dengan 1 atau 2 tetes KOH 3%

Gram negative ditunjukkan dengan adanya benang jika jarum ose

diangkat dan sebaliknya untuk gram positif.

Uji katalase
Bakteri berumur 48 jam diletakkan diatas gelas objek steril

Ditetesi larutan H2O2

Gram positif ditunjukkan dengan adanya gelembung dan sebaliknya

untuk gram negatif tidak terdapat gelembung.

IV. PEMBAHASAN
a.

Hasil Pengamatan Gejala dan Tanda pada Tanaman

Berdasarkan hasil pengamatan gejala dan tanda yang ditemukan pada tanaman yang

sakit, dapat diketahui bahwa tanaman sakit yang benar-benar menunjukkan gejala penyakit
yang dikehendaki adalah: Erwinia carotovora dan Xanthomonas glycine. Gejala Erwinia

carotovora tampak ada umbi wortel dengan ciri-ciri tanaman tampak busuk berlendir dan
menunjukkan perubahan warna menjadi coklat kehitaman. Menurut Astuty (2012), pada
bagian terinfeksi mula-mula terjadi bercak kebasahan. Bercak membesar dan mengendap
(melekuk), bentuknya tidak teratur, coklat tua kehitaman. Jika kelembaban tinggi, jaringan
yang sakit tampak kebasahan, berwarna krem atau kecoklatan, dan tampak agak berbutirbutir halus. Di sekitar bagian yang sakit terjadi pembentukan pigmen coklat tua atau hitam.
Sedangkan gejala serangan Xanthomonas glycine ditemukan pada tanaman kedelai dengan
ciri-ciri tanaman yang terserang timbul adanya pustul/bisul berwarna coklat hijau kehitaman.
Gejala yang parah menyebabkan tanaman mudah sobek.
Menurut Hasna (2011), gejala awal berupa bercak kecil berwarna hijau pucat, tampak
pada kedua permukaan daun, menonjol pada bagian tengah lalu menjadi bisul warna coklat
muda atau putih pada permukaan bawah daun. Gejala ini sering dikacaukan dengan penyakit
karat kedelai. Tetapi bercak karat lebih kecil dan sporanya kelihatan jelas. Bercak bervariasi
dari bintik kecil sampai besar tak beraturan, berwarna kecoklatan. Bercak kecil bersatu
membentuk daerah nekrotik yang mudah robek oleh angin sehingga daun berlubang-lubang.
Pada infeksi berat menyebabkan daun gugur.
Gejala dan tanda pada tanaman sakit berikutnya adalah Xanthomonas oryzae dan
Ralstonia solanacearum. Namun, selama praktikum gejala yang disebabkan patogen ini tidak
ditemukan di lapang sehingga terjadi kekeliruan dalam pengambilan sampel. Wahyudi et
a.,(2011) menyebutkan bahwa gejala yang ditimbulkan oleh bakteri ini tergolong khas, yaitu
mulai dari terbentuknya garis basah pada helaian daun yang akan berubah menjadi kuning
kemudian putih. Gejala ini umum dijumpai pada stadium anakan, berbunga, dan pemasakan.
Serangan penyakit pada tanaman yang masih muda dinamakan kresek, yang dapat
menyebabkan daun berubah menjadi kuning pucat, layu, dan kemudian mati. Kresek
merupakan bentuk gejala yang paling merusak. Sedangkan pada Ralstonia solanacearum
gejala awal terlihat daun layu pada salah satu daun pucuk dan diikuti dengan daun bagian
bawah. Setelah terlihat gejala lanjut dengan intensitas penyakit diatas 50% , tanaman akan
mengalami kematian dalam waktu 7-25 hari. Pada gejala serangan lanjut terjadi pembusukan
akar dan pangkal batang dengan terlihat adanya massa bakteri berwarna kuning keputihan
seperti susu yang merupakan ciri khas dari serangan bakteri (Nasrun 2005).

b. Hasil Isolasi dan Purifikasi Tanaman

Hasil isolasi
Nama Patogen
Erwinia carotovora

Dokumentasi

Xanthomonas campestris

Xanthomonas oryzae

Xanthomonas glycine

Hasil purifukasi
Nama Patogen
Erwinia carotovora

Xanthomonas campestris

Dokumentasi

Xanthomonas oryzae

Xanthomonas glycine

Berdasarkan hasil pengamatan isolasi dan purifikasi, semua isolat yang telah dibiakkan
pada media NA menunjukkan hasil adanya kontaminasi mikroba lain yang tidak dikehendaki.
Hal ini disebabkan karena selama proses isolasi kondisi lingkungan yang tidak steril, begitu
pula dalam penyimpanan. Karena adanya kontaminasi pada semua isolat, maka dilakukan
isolasi dan purifikasi ulang oleh asisten, sehingga didapatkan jenis-jenis patogen:
Xanthomonas glycine, Xanthomonas oryzae, Xanthomonas campestris, dan Ralstonia
solanacarum.
Sementara, Puspitasari (2014) menyebutkan bahwa koloni Xanthomonas oryzae pada
media NA berbentuk lingkaran, halus, cembung, tidak tembus cahaya, dan warna awalnya
kuning pucat kemudian berubah warna menjadi kuning jerami. Bakteri Xanthomonas glycine
berbentuk batang dengan flagel polar, membentuk kapsul, dan tidak membentuk spora.
Erwinia carotovora koloni berwarna putih susu, berlendir, mengkilat, tepi rata dan tampak
cembung setelah diinkubasi selama 24 jam. Bakteri E. carotovora berwarna bening sampai
putih susu, mengkilat, bulat dan bertepi rata (Sallytha et al., 2014). Sedangkan koloni
Ralstonia solanacarum berwarna putih, fluidal dengan pusat koloni berwarna merah jambu
(Nasrun 2005).

c.

Hasil Identifikasi

Uji patogenisitas
Nama Patogen
Erwinia carotovora

Dokumentasi

Ralstonia solanacearum

Xanthomonas glycine

Dalam praktikum, uji patogenisitas merupakan pengujian untuk membuktikan apakah

suatu bakteri hasil isolasi termasuk patogen atau bukan. Uji ini merupakan serangkaian dari
postilat Koch yang membedakan bakteri patogen tanaman dengan bakteri saprofit. Uji
patogenisitas dilakukan dengan cara menginokulasikan bakteri yang diduga patogen pada
tanaman inang bakteri tersebut. Bagian yang diinokulasi juga harus disesuaikan dengan jenis
bakteri dan bagian mana tanaman yang sering diinfeksi oleh bakteri patogen tersebut.
Menurut Lelliot dan Stead (1987), perkembangan gejala diamati dua minggu kemudian
dengan mencatat waktu muncul gejala peyakit layu bakteri. Isolate bakteri yang paling
virulen ditentukan berdasarkan gejala penyakit.
Berdasarkan hasil uji patogenisitas pada 3 tanaman inang (kentang, kedelai, dan
tomat), ketiga tanaman tersebut menunjukkan gejala tanaman sakit yang sesuai dengan
tanaman hasil isolasi. Pada umbi kentang tampak luka-luka bekas tusukan pada bagian tepi
umbi kentang. Luka menyebar dan membuat umbi kentang menjadi busuk. Pada tanaman
tomat gejala yang muncul adalah tanaman tampak layu dan kering dalam waktu 48 jam

setelah inokulasi bakteri. Sedangkan pada kedelai ditandai adanya luka kuning kecoklatan
bada bagian yang diinokulasi. Luka pada daun ini menyebar dan mudah sobek.
Uji hipersensitif
Hari ke1 hsi

2 hsi

3 hsi

4 hsi

5 hsi

Dokumentasi

6 hsi

7 hsi

Uji hipersensitif dilakukan dengan cara menginfeksi daun tembakau dengan suspensi
bakteri dan mengamati gejala yang timbul selama 24-48 jam. Apabila timbul gejala
hipersensitif atau nekrosis berarti bakteri patogen tersebut virulen, sedangkan apabila klorosis
muncul setelah 3 hari, maka bakteri tersebut adalah saprofit.
Uji hipersensitif adalah uji yang dilakukan untuk mengetahui patogenesitas patogen
(kemampuan patogen dalam menyebabkan penyakit). Teknik pengujian ini dilakukan dengan
cara menginokulasikan suspensi patogen pada tanaman sukulen muda kemudian
menginkubasikan tanaman tersebut dalam suhu yang sesuai (Schaad, dkk., 2000). Suswanto
dkk. (1996) menggunakan tanaman tembakau sebagai tanaman indikator untuk uji
hipersensitif. Dalam uji ini, respon hipersensitif ditunjukkan dengan terjadinya pencoklatan
daun pada daerah yang diinokulasi bakteri yang diakibatkan kematian lokal jaringan daun
(nekrosis).
Berdasarkan hasil praktikum, gejala nekrosis timbul setelah 1 hari setelah inokulasi
pada daun tembakau untuk bakteri Xanthomonas oryzae dan Ralstonia solanacearum. Hal ini
menunjukkan bahwa suspensi bakteri yang diinokulasikan merupakan bakteri patogen yang
bersifat virulen. Sedangkan bakteri Erwinia carotovora tidak menimbulkan gejala nekrosis
pada tembakau yang menunjukkan bahwa bakteri ini bukan merupakan patogen, melainkan
bakteri saproba.

Uji gram
Nama Patogen
Erwinia carotovora

Dokumentasi

Ralstonia
solanacearum

Xanthomonas glycine

Hasil uji gram menunjukkan bahwa semua bakteri patogen (Erwinia carotovora,
Ralstonia solanacearum, dan Xanthomonas glycine) tergolong bakteri gram negatif yang
ditandai warna merah pada bakteri. Hal ini menunjukkan bahwa bakteri gram negatif tersusun
atas peptidoglikan yang tipis. Pada bakteri Ralstonia solanacearum bentuk bakteri basil,
begitu pula pada Xanthomonas glycine. Berdasarkan literatur, Morfologi bakteri
Xanthomonas glycine berbentuk batang dengan flagellum polar, bersifat aerobic dengan
ukuran 0.4-0.9 x 0.6-2.6 m. Membentuk kapsula, tidak menghasilkan spora. Hampir
semuanya monotrichus, bersifat gram negative yaitu bakteri yang tidak dapat diberi warna
atau menyerap warna oleh pewarna crystal violet (pewarna gram) (NurAinun, 2011).
Ralstonia solanacearum berbentuk batang, bersifat gram negatif, aerob, tidak berspora,
bergerak dengan satu flagel di kutub, berukuran 0,5-0,7 x 1,5-2,0 m, bereaksi negatif
terhadap hidrolisis pati, gelatin, arginin, dan produksi levan, dan bereaksi positif terhadap uji
katalase, oksidase, akumulasi poly-hydroxybutyrate (PHB) dan denitrifikasi (Nasrun 2005).
Sedangkan pada Erwinia carotovora bakteri berbentuk coccus. Hal ini berlawanan
dengan literatur yang menyebutkan bahwa Erwinia carotovora adalah bakteri bergram

negatif, berbentuk batang yang hidup soliter atau berkelompok dalam pasangan atau rantai.
Merupakan bakteri tanpa spora berflagella. Batekeri ini termasuk jenis fakultatif anaerob
(Astuti, 2012). Perbedaan antara hasil pengamatan dengan studi literatur dapat diduga bahwa
isolat bakteri yang diambil bukan merupakan bakteri Erwinia carotovora yang dikehendaki,
atau juga dapat disebabkan oleh adanya kontaminan dari bakteri lain.
Uji oksidatif-fermentatif
Sebelum inkubasi

Sesudah setelah inkubasi

Bakteri

WA

Tanpa WA

Erwinia carotovora

kontaminasi

Kuning

Xanthomonas glycine

Kuning

Kuning

Ralstonia solanacearum

Kontaminasi

Kuning

Kontrol

kontaminasi

Tanpa perubahan

Pengujian dilakukan dengan menggunakan 2 tabung reaksi, salah satu tabung ditutup
dengan water agar steril sebanyak 2 ml, sedangkan tabung lain tanpa water agar. Pada tabung
tanpa water agar reaksi positif terjadin jika warna media dari biru menjadi kuning hal tersebut
menunjukkan bakteri dapat tumbuh secara aerob. Sedangkan pada tabung yang diberi parafin
reaksi positif terjadi jika tidak adanya perubahan warna dari biru menjadi kuning hal tersebut
menunjukkan bakteri tidak dapat tumbuh secara anaerob (Klement et al., 1990).
Berdasarkan hasil pengujian, menunjukkan bahwa Erwinia carotovora menghasilkan
warna kuning pada medium tanpa water agar, sedangkan pada medium water agar terjadi
kontaminasi sehingga belum diketahui secara pasti apakah bakteri ini termasuk aerob atau
anaerob. Menurut Astuti (2012), batekeri ini termasuk jenis fakultatif anaerob.
Bakteri Xanthomonas glycine menghasilkan warna kuning pada medium water agar,
sedangkan pada medium water agar terjadi kontaminasi sehingga belum diketahui secara
pasti apakah bakteri ini termasuk aerob atau anaerob. NurAinun (2011), menyebutkan bahwa
bakteri Xanthomonas glycine tergolong ke dalam bakteri aerob.
Sedangkan pada Ralstonia solanacearum menghasilkan warna kuning pada kedua
medium water agar dan tanpa water agar. Hal ini menunjukkan bahwa bakteri ini tergolong
anaerob. Namun, hail ini bertentangan dengan Nasrun (2005) yang menjelaskan bahwa
Ralstonia solanacearum berbentuk batang, bersifat gram negatif, aerob, tidak berspora.
Uji KOH 3%
Nama Patogen

Dokumentasi

Keterangan

Erwinia
carotovora

Tidak menghasilkan benang-

Ralstonia
solanacearum

Tidak menghasilkan benang-

benang lendir.

benang lendir.

Xanthomonas
glycine

Menghasilkan benang-benang
lendir.

Uji KOH bertujuan untuk mengetahui apakah bakteri mampu mengikat KOH atau
tidak. KOH 3% diteteskan di preparat. Kemudian isolat bakteri endofit diletakkan diatas
larutan KOH yang telah diteteskan di preparat. Setelah itu diratakan dengan jarum ose.
Kemudian jarum ose diangkat dan diamati larutan berlendir atau tidak. Jika berlendir
menandakan bahwa bakteri tersebut termasuk gram negatif dan tidak berlendir termasuk
gram positif (Klement et al., 1990).
Berdasarkan hasil uji KOH 3%, dapat diketahui bahwa bakteri Xanthomonas glycine
bereaksi positif terhadap KOH yang ditandai adanya benang-benang lendir pada saat ose
diangkat. Hal ini menunjukkan bahwa bakteri ini merupakan bakteri gram negatif. Sedangkan
bakteri Erwinia carotovora dan Ralstonia solanacearum tidak menghasilkan benang-benang
lendir yang menunjukkan bahwa kedua bakteri ini bereaksi negatif terhadap KOH, sehingga
dapat digolongkan dalam bakteri gram positif berdasarkan uji KOH 3%.
Uji katalase
Nama Patogen

Dokumentasi

Keterangan

Erwinia
carotovora

Bakteri menghasilkan

Ralstonia
solanacearum

Bakteri menghasilkan

gelembung.

gelembung.

Xanthomonas
glycine

Bakteri menghasilkan
gelembung.

Menurut Klement et al., (1990), pengujian katalase dilakukan dengan larutan H2O2.
Larutan H2O2 dituang ke dalam tabung reaksi sebanyak 2 ml kemudian satu jarum ose bakteri
uji dimasukkan ke dalam larutan tersebut. Reaksi positif ditandai dengan terbentuknya
gelembung-gelembung oksigen sedangkan reaksi negatif tidak terbentuk gelembung.
Berdasarkan

hasil

praktikum,

ketiga

bakteri

(Erwinia

carotovora,

Ralstonia

solanacearum, dan Xanthomonas glycine) menghasilkan gelembung setelah ditetesi larutan

H2O2. Hal ini menunjukkan bahwa bakteri bereaksi positif terhadap uji katalase, sehingga
dapat digolongkan bakteri gram positif berdasarkan uji katalase. Hal ini sesuai dengan
pernyataan Nasrun (2005), bahwa bakteri Ralstonia solanacearum bereaksi positif terhadap
uji katalase, oksidase, akumulasi poly-hydroxybutyrate (PHB) dan denitrifikasi.

V.

SIMPULAN

Berdasarkan hasil pengamatan gejala dan tanda yang ditemukan pada tanaman yang
sakit, dapat diketahui bahwa tanaman sakit yang diisolasi adalah: Erwinia carotovora,
Xanthomonas glycine, Ralstonia solanacearum, dan Xanthomonas oryzae.
Hasil uji patogenisitas pada 3 tanaman inang (kentang, kedelai, dan tomat), ketiga
tanaman tersebut menunjukkan gejala tanaman sakit yang sesuai dengan tanaman hasil
isolasi. Uji hipersensitif pada tembakau menunjukkan adanya gejala nekrosis timbul setelah 1
hari setelah inokulasi pada daun tembakau untuk bakteri Xanthomonas oryzae dan Ralstonia
solanacearum. Hal ini menunjukkan bahwa suspensi bakteri yang diinokulasikan merupakan
bakteri patogen yang bersifat virulen. Sedangkan bakteri Erwinia carotovora tidak
menimbulkan gejala nekrosis pada tembakau yang menunjukkan bahwa bakteri ini bukan
merupakan patogen, melainkan bakteri saproba.
Uji gram pada ketiga isolat menunjukkan bahwa semua bakteri yang diidentifikasi
merupakan bakteri gram negatif. Hasil uji KOH 3% menunjukkan reaksi positif pada
Xanthomonas glycine, sedangkan Ralstonia solanacearum dan Erwinia carotovora
menunjukkan reaksi negatif. Uji katalase menunjukkan reaksi positif pada ketiga isolat. Hasil
uji oksidatif-fermentatif dapat diketahui bahwa bakteri Erwinia carotovora merupakan

kelompok bakteri anaerob yang sesuai dengan literatur. Untuk bakteri Ralstonia
solanacearum menunjukkan hasil anaerob yang bertentangan dengan literatur yang
menyebutkan bahwa bakteri ini merupakan kelompok bakteri aerob. Sedangkan
Xanthomonas glycine merupakan bakteri aerob.

DAFTAR PUSTAKA

Abadi, Abdul Latief. 2003. Ilmu Penyakit Tumbuhan. Malang: Bayumedia Publishing
Amrullah, Isa. 2008. Uji Potensi Daun Sirih Sebagai Antimikroba Terhadap Bakteri
Xanthomonas oryzae dan Jamur Fusarium oxysporum (skripsi). Malang: Universitas
Islam Negeri Malang
Anonima.

2015.

Basisdata

Hama

dan

Penyakit

Tanaman

(online).

http://www.opete.info/detail2.php?idp=60. Diakses: 17-05-2015

Astuti, Dian Tri. 2012. Identifikasi Patogen Erwinia carotovora. Makassar: Universitas
Hassanudin
Hardiyanti,

siti.

2013.

Pengendalian

R.

Solanacearum

(online).

http://hardiyanti1992.blogspot.com/2013/01/pengendalian-ralstoniasolanacearum.html. Diakses: 18-05-2015

Hasna,

Qolamul.

2011.

Macam-macam

Penyakit

Kedelai

(online).

http://planthospital.blogspot.com/2011/08/macam-macam-penyakit-kedelai_260.html.
Diakses: 18-05-2015
Hayward, A.C. 1994. Systematic and phylogeny of Pseudomonas solanacearum and related
bacteria. p. 123135. In A.C. Hayward and G.L. Hartman (Eds.). Bacterial Wilt. The
disease and its causative agent, Pseudomonas solanacearum. CAB International
Jawetz, Melnick, dan Adelbergs. 2004. Mikrobiologi Kedokteran, Ed 23, Penerbit Buku
Kedokteran EGC, Jakarta, page 233, 235.
Lelliot, R. A. an D.E. Stead.1987. Methods for the diagnosis of bacterial diseases of plant.
Methods in Plant Pathology, British Society for Plant Pathology. Blackweel Scientific
Publications (2) p 212. Dalam Nasrun dkk. 2003. Karakteristik Fisiologis Ralstonia
solanacearum Penyebab Layu Bakteri Nilam. Jurnal Littri 13 (2).
Mahatmi, Hapsari. 2008. Penuntun Praktikum Mikrobiologi Veteriner I Fakultas Kedokteran
Hewan. Denpasar : Universitas Udayana.
Nasrun, Christanti, T. Arwiyanto, dan I. Mariska. 2005. Pengendalian Penyakit Layu Bakteri
Nilam Menggunakan Pseudomonas fluoresen. Jurnal Penelitian Tanaman Industri 11
(1): 19-24.Persley et al., 1985
NurAinun.

2011.

Pengendalian

Hayati

dan

Pengelolaan

Morfologi,
Xhantomonas

Habitat
Fisiologi

axonopodis

glycine

dan

Rhizobakteria

(Rizosfer,

Rizoplan,

Dan

Endofitik)

(online).

http://ainunnst.blogspot.com/2011_01_02_archive.html. Diakses: 18-05-2015

Puspitasari, Monita. 2014. Diskripsi Sifat Khas Bakteri Xanthomonas oryzae pv. Oryzae.
Padang: Universitas Andalas
Sallytha, Ariestya, Hardian Susilo, Paniman Ashna. 2014. Penghambatan Actinomycetes
Terhadap Erwinia carotovora Subsp. carotovora Secara In Vitro. Berkala Ilmiah
PERTANIAN. Volume 1, Nomor 4, Mei 2014, hlm 70-72.
Schaad, N.W., J.B. Jones, and W. Chun. 2000. Laboratory Guide for Identification of Plant
Pathogenic Bacteria. Third edition. American Phytopathological Society, APS Press,
St. Paul.
Semangun, H. 1996, Pengantar ilmu penyakit tumbuhan, Gadjah Mada University Press,
Jogjakarta
Suwanto, A., B. Friska, dan I. Sudirman. 1996. Karakterisasi Pseudomonas fluorescens B29
dan B39; Profil DNA Genom, Uji Hipersensitivitas, dan Asai Senyawa Bioaktif.
Hayati 3 (1):15 20p.
Waluyo, Lud. 2010. Teknik dan Metode Dasar dalam Mikrobilogi. Malang: UMM Press
Wahyudi, Aris Tri, Siti Meliah, Abdjad Asih. 2011. Xanthomonas oryzae pv. oryzae Bakteri
Penyebab Hawar Daun Pada Padi: Isolasi, Karakterisasi, Dan Telaah Mutagenesis
Dengan Transposon. MAKARA, SAINS, VOL. 15, NO. 1, APRIL 2011: 89-96