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No entanto, esta classificao no reflete completamente a sua viso sobre qual dos trs
ramos mais basal. Na filogenia em que baseiam a sua classificao, o ramo mais basal
o que conduz ao domnio Bactria, sendo posterior a ramificao dos dois restantes
grupos posterior, o que os torna mais relacionados entre si do que cada um deles com as
bactrias. Esta relao prxima no se reflete na classificao, pois para esta filogenia
ser aparente, Archaea e Eukarya teriam que ser agrupados num nico super domnio.
A posio da raiz da rvore da Vida junto das bactrias no , apesar de tudo, pacfica.
Foram propostas razes alternativas, que implicariam diferentes relaes filogenticas e
diferentes classificaes, mas deixando sempre intocada a parte dos eucariontes, pelo
que a maioria das classificaes coloca os procariontes num nico grupo do mesmo
nvel que o dos eucariontes. Esta uma simplificao deliberada, que ignora o fato de
que, obrigatoriamente, um dos grupos de procariontes est mais prximo dos
eucariontes do que qualquer outro.
Woese (1977)
Woese (1990)
Seis reinos
Trs domnios
Eubacteria
Bactria
Monera
Archaebacteria
Archaea
Protista
Protista
Eukarya
Fungi
Fungi
Plantae
Plantae
Animalia
Animalia
Tabela com as relaes entre estes sistemas de classificao