Instituto de Qumica de So Carlos IQSC

Universidade de So Paulo

Aminocidos e Protenas

Disciplina: Bioqumica Avanada

Docente: Profa. Dra. Fernanda Canduri

O Aminocido

Formas quirais de aminocidos

Aminocidos polares

Aminocidos apolares

A abreviao dos 20 aminocidos

Os aminocidos

citrulina

ornitina

selenometionina

selenocistena

hidrofobicidade

Escala de hidrofobicidade de aa
2,5
2
1,5
1
0,5
0
-0,5
-1
-1,5

aminoacidos

Diagrama de Venn dos aminocidos

Cys
Met
Phe

Gln

Ser

Val
Gly

Thr

Trp

Tyr

Asn

Ala
Asp

Ile
Leu

Glu
Lys

His
Pro

Arg

Leu

Ocorrncia de aminocidos

Ala
Gly
Ser
Val
Glu
Thr
Lys
Ile
Asp
Pro
Arg
Asn
Gln
Phe
Tyr
His
Met
Cys
Trp

Os aminocidos

Titulao da alanina

A ligao peptdica

O polipeptdeo

Sequncia Primria

A cadeia polipeptdica

Distncia entre tomos na ligao peptdica

ngulos de toro , e

Nveis de estrutura protica

Estruturas secundrias
Hlice Alfa

n+1

n+2

n+3

n+4

Estrutura helicoidal direita

Estabilizao por ligaes de H entre
aminocidos prximos
n + 4 paralelas direo da cadeia
Rotao de 100o entre aa adjacentes = 3,6
resduos por volta = passo
1 Passo = 5,4

n+5

A Hlice
Interaes entre os grupos R adjacentes podem estabilizar ou desestabilizar a
Hlice Alfa presena de Gly e Pro

Exemplo de protena constituda de hlices

A hemoglobina

Folha beta pregueada

Estrutura distendida em ziguezague
Estabilizada por ligaes de H pela CC=O e HN
C da cadeia principal de aa distantes na sequncia de
aminocidos

Distncia entre os carbonos alfa de aa adjacentes de

3,5

Folha
antiparalela

Folha
paralela

Exemplo de protena constituda de folhas

Frequncia relativa dos aas em

estruturas secundrias

Voltas
Conectam os segmentos de hlices alfa e folhas beta
Mudam a direo da cadeia
So estruturas estabilizadas por ligaes de H entre os grupos C
C=O e HNC da cadeia principal do AA n e n + 3.
Alas so segmentos maiores de 8 a 16 resduos de aa

Type II presena de Gly e Pro

Estrutura Secundria
Diagrama de Ramachandran dos diferentes tipos de Estruturas
secundrias
Diagrama de Ramachandran
da Piruvato quinase
- Cada ponto representa 1
resduo (Exceto Gly)

Preferncia relativa de estrutura secundria

pelos diferentes aa
Depende da sequncia de aa estrutura primria
possvel predizer a estrutura secundria de uma sequncia
por bioinformtica conhecendo a estrutura primria

Estrutura Supersecundria
Combinaes entre diferentes arranjos de estrutura secundria
Formam domnios caractersticos de famlias de protenas
Unidade

Meandro

Chave grega
Unidade alfa-alfa

(Barril )

Estrutura terciria
Relacionamento espacial entre todos os aminocidos de um polipeptdeo

Estrutura tridimensional
Estabilizada por interaes diversas entre as cadeias laterais e pontes dissufeto
Ligaes de H tm pequena contribuio devido competio com a gua
Coordenao por on
metlico

Interaes
hidrofbicas

Atrao eletrosttica

Hlice

Folha

Pontes dissulfeto

Ligaes de H entre grupos R

Foras que estabilizam a estrutura protica

A estrutura terciria

Na estrutura terciria,
aminocidos da cadeia
polipeptdica com caractersticas
hidroflicas tendem a
permanecer na periferia,
expostos ao solvente, enquanto
aminocidos hidrofbicos,
tendem a permanecer no interior
da protena.

Enovelamento de protenas
Dogma de Anfinsen: As informaes necessrias para uma
protena obter sua estrutura nativa esto na sequncia de
aminocidos da protena.
Ao longo da evoluo, as clulas incorporaram mecanismos
bastante eficientes para evitar que erros na transmisso da
informao gentica se propagassem na replicao, na transcrio e
na traduo.

Ainda assim, possvel que protenas recm sintetizadas no

consigam desempenhar suas funes por erro no enovelamento.
Protenas com multidomnios e multissubunidades, cujos
componentes devem estar totalmente formados antes que se
possam associar de modo correto entre si, necessitam de auxlio
para tanto.

Relao Estrutura Funo Biolgica

Ausncia de estrutura nativa Ausncia de funo

Mioglobina

Lisozima

BSA: ~600 AA

Tripsina

Enovelamento de protenas
As protenas podem ser desnaturadas e renaturadas in vitro

Agentes desnaturantes de protenas frequentemente utilizados no Laboratrio de

Bioqumica: cidos e detergentes, alm de altas temperaturas

Enovelamento de protenas
A protena pode ser renaturada pela dilise na presena de um agente redutor

- Agente redutor catalisa o enovelamento correto

Reenovelamento
Incorreto

RNase A possui 4 pontes dissulfeto

Enovelamento protico
O efeito hidrofbico
A introduo de um composto hidrofbico perturba a rede de gua;
A gua tende a minimizar seu contato com as molculas hidrofbicas;

H uma organizao de camadas ou gaiolas de gua entorno de compostos apolares

Com alto custo entrpico.
Excluso do composto apolar da fase aquosa Interaes hidrofbicas (H < 0)

Formao de aglomerados apolares reduz a rea de contato com a gua

Liberao de molculas de H20 das gaiolas

Gaiola de H20

Enovelamento protico
O efeito hidrofbico
Ex: Mioglobina
- Polipeptdio de 153 resduos

- 8 hlices alfas (70%)

- 45 x 35 x 25 muito compacta

- Algumas Hlices so anfipticas

- Azul: Aminocidos Hidrofbicos enterrados no interior Excludos da gua

- Resduos polares no interior esto interagindo com o Ferro e Oxignio

O efeito hidrofbico
Existem excees regra - as protenas de membrana

Linguagem de 20 aminocidos
permitem a diversidade estrutural
das protenas

O Enovelamento de Protenas em termos da G

Um conjunto de protenas no-enoveladas no meio aquoso enovelam-se
espontaneamente (G < 0), para atingirem um estrutura organizada com baixa S

G H System TSSystem 0

Enovelamento de protenas
O enovelamento cooperativo
O enovelamento ocorre de maneira hierrquica pores locais enovelam
primeiro e sucessivamente

Intermedirios do enovelamento so observados

O Enovelamento de Protenas Hierrquico

Segue vias ou rotas sem testar todas as possibilidades!!

Controle termodinmico
Controle Cintico
Vias de Enovelamento

Teoria do Funil

Enovelamento de protenas
Existem protenas que, alm de auxiliar o enovelamento
protico, encaminha a protena destruio, caso no seja
possvel atingir a configurao correta.
So as chaperonas moleculares: constituem uma famlia de
protenas que se ligam s protenas desenoveladas ou s
cadeias polipeptdicas parcialmente enoveladas para evitar a
associao incorreta de segmentos hidrofbicos expostos, os
quais poderiam levar a um dobramento incorreto, agregao e
precipitao.

Permitem ainda que protenas enoveladas de maneira incorreta

sejam reorganizadas em sua conformao nativa.

Enovelamento de protenas
O enovelamento pode ser auxiliado ou assistido

Chaperones moleculares
15 a 20 % das protenas bacterianas em condies no estresse necessitam de

auxlio para o enovelamento

As chaperones moleculares auxiliam o enovelamento e previnem a agregao de
protenas em condies de estresse

Elas no interferem na estrutura final das protenas

O Princpio de Anfinsen respeitado A estrutura de uma protena codificada
pela seqncia de aminocidos

Dinmica de protenas
A estabilidade das protenas controlada para manter suas funes

Mudanas conformacionais e flexibilidade maior estabilidade faria a protena pouco

flexvel
Permitir regulao por ligantes diversos Alosteria ativao e inativao regulada
Permitir rpida degradao quanto maior a estabilidade mais difcil seria a
degradao

Permitir transporte por membranas os poros e canais so pequenos

Permitir o escape de armadilhas nas vias de enovelamento

Estrutura Quaternria
Reunio de diferentes subunidades
Interaes entre grupos laterais de cadeias diferentes

Mesmas interaes que na estrutura terciria

Possuem diversos eixos de simetria cristalina

Holohemoglobina

Estrutura quaternria

(b) HIV protease

Consiste de mais de uma cadeia polipeptdica unidas por diferentes

interaes, formando polmeros necessrios para a funo da
protena.

Protenas Globulares

Protenas assume uma forma aproximadamente esfrica

A cadeia se enovela entorno de si mesma formando uma estrutura compacta
Geralmente solveis em gua
Ex.: Mioglobina e Triose fosfato isomerase

Protenas Fibrosas
Protenas filamentosas com a cadeia distendida ao longo de um eixo
Funo estrutural e de sustentao
Insolveis em gua

Colgeno e Queratina estrutura helicoidal

Fibrona (seda) Folha anteparalela

Protenas Fibrosas
Colgeno
Principal protena de sustentao
30 genes 19 tipos diferentes de colgeno
~ 1000 residuos

35%= Gly
11%= Ala
21% = Pro ou Hyp
Baixo valor nutricional: gelatina

Repetio do tripeptdeo
Gly-X-Y
X= Pro
Y= Hyp
Forma uma tripla-hlice a direita
Somente Gly pode ser acomodada entre
as cadeias

Protenas Fibrosas
Colgeno
Hlice esquerda

3 aminocidos por volta: Gly no interior

Protenas Fibrosas
Queratina: protena do cabelo
Forma uma hlice alfa a direita em um Coiled-coil: duas hlices alfa entrelaadas

Classificao de protenas
Protenas simples
Compostas apenas por aminocidos naturais

Protenas Conjugadas
Contm aminocidos modificados ou outros grupos ligados
Grupo prosttico (ex: grupo heme)

Holoprotenas protena + grupo prosttico (ex: holomioglobina)

Apoprotenas protena sem o grupo prosttico (ex: apomioglobina)

Protenas monomricas
Formada por apenas uma cadeia polipeptdica
Desprovidas de estrutura quaternria

Classificao de protenas
Protenas oligomricas

Formadas por associaes de subunidades polipeptdicas

Homo = associao de cadeias idnticas
Hetero = associao de diferentes cadeias

Protenas Estruturais
Do forma e sustentao ao organismo
Ex: colgeno

Protenas Funcionais
Desempenham funes diversas

Ex: Catlise enzimtica; transporte, defesa, etc.