UNIVERSIDAD DE SAN MARTIN DE PORRES

FACULTAD DE MEDICINA HUMANA

QUMICA MDICA
GUA DE SEMINARIO N 11
NIVELES ESTRUCTURALES EN PROTENAS

INTEGRANTES:
Vergara Rios Alexandra Gianela
Vsquez Chacn Mariclaudia
Prez Acua Medina Katherine Alexandra
Samam Ramirez Cinthia
Lozano Hurtado Gianmarco
Lpez Hernndez Eric

I.

Introduccin:

Las protenas son biomolculas formadas bsicamente por

carbono, hidrgeno, oxgeno y nitrgeno. Pueden adems contener
azufre y en algunos tipos de protenas, fsforo, hierro, magnesio y
cobre entre otros elementos. Pueden considerarse polmeros de
unas pequeas molculas que reciben el nombre de aminocidos y
seran, por tanto, los monmeros unidad. Los aminocidos estn
unidos mediante enlaces peptdicos. La unin de un bajo nmero
de aminocidos da lugar a un pptido; si el nmero de
aminocidos que forma la molcula no es mayor de 10, se
denomina oligopptido, si es superior a 10 se llama polipptido y si
el nmero es superior a 50 aminocidos se habla ya de protena.
Por tanto, las protenas son cadenas de aminocidos que se
pliegan adquiriendo una estructura tridimensional que les permite
llevar a cabo miles de funciones. Las protenas estn codificadas
en el material gentico de cada organismo, donde se especifica su
secuencia de aminocidos, y luego son sintetizadas por los
ribosomas.
Las protenas desempean un papel fundamental en los seres
vivos y son las
biomolculas ms verstiles y ms diversas. Realizan una enorme
cantidad de funciones diferentes, entre ellas funciones
estructurales, enzimticas, transportadora, entre otros.
Las protenas son esenciales para la vida ya que ejecutan la
mayora de las funciones que le dan soporte y para cumplir estas
funciones, las protenas deben plegarse en su correspondiente
estructura nativa y conservar este estado. Este trabajo trata de los
fundamentos de la agregacin almiloide de las protenas y de las
caractersticas generales de esta clase de agregados.

II.

Cuestionario:
1. Respecto a los aminocidos
a) Cuntos aminocidos presentes en la naturaleza se
han reportado hasta el momento?
En la naturaleza se han identificado cientos de
aminocidos.
b) Cuntos y cules aminocidos forman parte de las
protenas?, qu caractersticas tienen en comn?
Solo 20 de los aminocidos forman parte de las
protenas y se caracterizan en que todos son
aminocidos de la serie L entre ellas estn:

Valina (Val, V)

Prolina (Pro, P)

Leucina (Leu, L)

Glicina (Gly, G)

Treonina (Thr, T)

Serina (Ser, S)

Lisina (Lys, K)

Cistena (Cys, C) **

Triptfano (Trp, W)

Asparagina (Asn, N)

Histidina (His, H) *

Glutamina (Gln, Q)

Fenilalanina (Phe, F)

Tirosina (Tyr, Y) **

Isoleucina (Ile, I)

cido asprtico (Asp,

D)

Arginina (Arg, R) *
Metionina (Met, M)
Alanina (Ala, A)

cido glutmico (Glu,

E)

c) Como se clasifican los aminocidos segn:

I.

Tipo de cadena Lateral:

Aminocidos Alifticos
En este grupo se encuadran los aminocidos cuya cadena lateral es aliftica,
es decir una cadena hidrocarbonada.

Glicina
, Gly,
G

Alanin
a, Ala,
A

Valina,
Val, V

Leucin
a, Leu,
L

Aminocidos Aromticos

Isoleuc
ina,
Ile, I

 La prolina
tambien tiene
una cadena
lateral de
naturaleza
aliftica, pero
difiere de los
dems
aminocidos en
que su cadana
lareral est
unida tanto al
carbono alfa
como al
nitrgeno del
grupo amino.

En este grupo se encuadran los aminocidos

cuya cadela lateral posee un anillo aromtico. La
fenialalanina es una alanina que lleva unida un
grupo fenlico. La tirosina es como la fenilalanina
con un hidroxila en su anillo aromtico, lo que lo
hace menos hidrofbico y mas reactivo. El
triptfano tiene un grupo indol.

Prolina, Pro, P

Fenilala
nina,
Phe, F

Tirosin
a, Tyr,
Y

Triptfano,
Trp, W

Aminocidos azufrados

Aminocidos hidroxilados

Hay dos aminocidos

cuyas cadenas laterales
poseen tomos de azufre,
son la cistena, que posee
un grupo sulfhidrilo, y la

Otros dos aminocidos tienen

cadenas alifticas hodroxiladas, la
serina y la treonina. El grupo
hidroxilo hace de estos
aminocidos mucha ms

metionina, que posee un

enlace tioster.

hidroflicos y reactivos.

Cisteina
, Cys, C

Metioni
na, Met,
M

Serina,
Ser, S

Treonina, Thr,
T

Aminocidos bsicos
Dentro de los aminocidos con cadenas laterales muy polares
encontramos tres aminocidos bsicos: lisina,arginina e histidina.

Lisina, Lys,
K

Arginina,
Arg, R

Histidina, His, H

 Aminocidos cidos y sus amidas

En este grupo encontramos dos aminocidos con cadenas laterales de
naturaleza cida y sus amidas correspondientes. Estos son el cido
asprtico y el cido glutmico (a estos aminocidos se les denomina
normalmente aspartato y glutamato par resaltar que sus cadenas
laterales estn cargadas negativamente a pH fisiolgico). Los derivados
sin carga de estos dos aminocidos son la asparragina y la glutamina
que contienen un grupo amida terminal en lugar del carboxilo libre.

cido
asprtico,
Asp, D

Asparr
agina,
Asn, N

cido
glutmico
, Glu, E

II.

Las Propiedades de Cadena Lateral:

Neutros polares, polares o hidrfilos : Serina (Ser, S),

treonina (Thr, T), cistena (Cys, C), glutamina (Gln, Q),
asparagina (Asn, N) , tirosina (Tyr, Y) y glicina (Gly, G).
Neutros no polares, apolares o hidrfobos: Alanina (Ala,
A), valina (Val, V), leucina (Leu, L), isoleucina (Ile, I),
metionina (Met, M), prolina (Pro, P), fenilalanina (Phe, F) y
triptfano (Trp, W).
Con carga negativa, o cidos: cido asprtico (Asp, D) y
cido glutmico (Glu, E).
Con carga positiva, o bsicos: Lisina (Lys, K), arginina
(Arg, R) e histidina (His, H).

 Aromticos: Fenilalanina (Phe, F), tirosina (Tyr, Y) y

triptfano (Trp, W) (ya incluidos en los grupos neutros polares
y neutros no polares).

III.

La Capacidad de la Sntesis del Organismo:

A los aminocidos que necesitan ser ingeridos por el

cuerpo se les llama esenciales; la carencia de estos
aminocidos en la dieta limita el desarrollo del organismo,
ya que no es posible reponer las clulas de los tejidos que
mueren o crear tejidos nuevos, en el caso del crecimiento.
Para el ser humano, los aminocidos esenciales son:
Valina (Val, V)

Histidina (His, H) *

Leucina (Leu, L)

Fenilalanina (Phe, F)

Treonina (Thr, T)

Isoleucina (Ile, I)

Lisina (Lys, K)

Arginina (Arg, R) *

Triptfano (Trp, W)

Metionina (Met, M)

A los aminocidos que pueden sintetizarse o producirse

mediante la sntesis de aminocidos en el organismo se los
conoce como no esenciales y son:
Alanina (Ala, A)

Asparagina (Asn, N)

Prolina (Pro, P)

Glutamina (Gln, Q)

Glicina (Gly, G)

Tirosina (Tyr, Y) **

Serina (Ser, S)

cido asprtico (Asp,

D)

Cistena (Cys, C) **

 cido glutmico (Glu,

E)

2. Respecto a los niveles de organizacin de las

protenas

a) Qu estructuras puede presentar una protena?

Explique cada una de ellas.

Estructura Primaria:

Es la secuencia de aminocidos enlazados

covalentemente, describe la estructura lineal. Nos dice qu
aminocidos componen la protena y el orden en el que se
encuentran adems describe la posicin de los puentes
disulfuro y aclara cul es el aminocido N-terminal y cul
es el C-terminal. Contiene la informacin necesaria para la
estructura tridimensional. Esta determinada
genticamente.

 Estructura Secundaria:

Es la organizacin o arreglo espacial de los aminocidos.

Podramos decir que es la disposicin espacial de la
estructura primaria, se estabilizan por enlaces hidrgeno y
disulfuro.

Existen tres tipos:

Hlices alfa
Laminas beta
Giros entre s

Adems encontramos elementos conectados entre s: los

motivos, que son secuencia de aminocidos, y que forman a
su vez los dominios, que son arreglos globulares estables de
una gran porcin de la protena. Estos elementos forman
parte de la estructura supersecundaria, que finalmente est
ms relacionada con la estructura terciaria.

Estructura Terciaria:

Es la estructura biolgicamente activa, es la disposicin y

relaciones entre cadenas polipeptdicas, formando
estructuras compactas. Se mantiene por fuerzas
interatmicas (fuerzas de Van der Waals). Nos muestra la
forma tridimensional general del polipptido complejo y
determina la funcin de las protenas, la actividad
enzimtica y la antigenicidad.

Estructura Cuaternaria:

Unin de varias cadenas polipptdicas idnticas o no,

llamadas protmeros, formndose as un complejo proteico
llamado oligmero. Presente en las inmunoglobulinas
(anticuerpos), cubierta de virus, algunas enzimas y la
hemoglobina.

b)

Qu
fuerzas
estabilizan la estructura tridimensional de una protena?

La fuerza estabilizadora de la estructura tridimensional son

los enlaces puentes de hidrgenos, gracias a dos
caractersticas:
Son abundantes
Son aproximadamente lineales o rectos.
Puede contener casi todos los aminocidos naturales.

3. Qu condiciones afectan el plegamiento correcto de

las protenas?

Por mutaciones en laprotena que pueden modificar la

cintica del plegamiento o disminuirla estabilidad del estado
nativo.
Por la acumulacin de molculas conplegamiento incorrecto
en ciertas condiciones de estrs celular que cursan con el
incremento sostenido de la sntesis de protenas y/o provocan
la disminucin de la capacidad funcional delos sistemas de
control del plegamiento.
Prdida parcial o total de la funcin de la protena
involucrada, locual puede ser causa de enfermedad; como en
los errores congnitos del metabolismo.
Acumulacin de agregados en los diferentes compartimientos
celulares, as como en el espacioextracelular.
Por el efecto de condiciones ambientales adversas
Condiciones hostiles en el mediointracelular.

4. Cmo est formado el sistema de control de

plegamiento en los organismos?
Todos los organismos vivos poseen complejos sistemas
multiproteicos, presentes en los diferentes
compartimientos celulares donde ocurre sntesis de
protena, los cuales controlan y asisten el plegamiento de
estas molculas y eliminan a las que no consiguen
plegarse correctamente, as como a las que habiendo
alcanzado previamente su estado nativo, lo han perdido
por el efecto de condiciones ambientales adversas . Estos
sistemas de control del plegamiento de las protenas se
caracterizan por ser redundantes y muy dinmicos,
pudiendo responder a los cambios en el microambiente
intracelular, ajustando la concentracin de varios de sus
componentes de acuerdo a la demanda de la clula.

Componentes fundamentales de los sistemas de control

del plegamiento:

CHAPERONAS MOLECULARES: Esta clase de protenas, muy

conservadas entre las diferentesespecies, unen
reversiblemente a las molculas de protena de reciente
sntesis y, mediantemecanismos diversos que pueden
requerir la hidrlisis de ATP, las ayudan a plegarse en
suestado nativo. Algunas chaperonas pueden revertir el
plegamiento de las molculas queestn plegadas
incorrectamente, dndoles una nueva oportunidad de iniciar
el proceso ypotencialmente alcanzar su estado nativo
funcional.

PROTEASAS: Son muy especializadas, cuya distribucin

intracelular semeja a la de las chaperonas. Estas proteasas,
cuya funcin est coordinada con la de las
chaperonas,degradan a las molculas de protenas plegadas
incorrectamente, generalmente una vez quechaperonas
especficas las han desplegado convenientemente. La va
fundamental deeliminacin de las protenas incorrectamente
plegadas en el compartimiento citoplasmtico es elcomplejo

del proteosoma. Este sistema degrada a las protenas que

han sido marcadas para talfin mediante la unin covalente a
su estructura de un nmero variable de molculas de
ubiquitin. La va del proteosoma es tambin el destino de
algunas de las protenas sintetizadas enlos ribosomas unidos
al retculo endoplsmico y que por alguna razn no
alcanzaron su estadonativo.

5. Qu es la almidosis?

Son un grupo de enfermedades degenerativas del hombre

y los animales, clnica y bioqumicamente muy
heterogneas, que se caracterizan por la deposicin
extracelular de agregados fibrilares insolubles de
naturaleza proteica.
La heterogeneidad de la almidosis deriva de la amplia y
diversa distribucin tisular de los depsitos amiloides. En
las variables localizadas, como el trmino lo indica, estos
se limitan a un nico rgano o tipo de tejido; por ejemplo,
en la diabetes mellitus tipo II, las enfermedades de
Parkinson y Alzheimer, entre otras.

6. A qu se denomina precursor almiloide?

El componente fundamental de los depsitos en cada tipo
de amiloidosis son agregados fibrilares insolubles de una
protena particular o sus fragmentos. Al presente, se han
identificado veinticuatro protenas diferentes cuya
agregacin fibrilar se asocia a alguna forma clnica de
amiloidosis. A estas protenas se les denomina precursores
de amiloide y es notable que no compartan similitud de
funcin, secuencia ni estructura. Algunos, como la
transtiretina, o prealbmina, la cual est asociada a
diversas formas de amiloidosis, tanto de aparicin
espordica como hereditaria, son protenas con
plegamiento estable en condiciones fisiolgicas. En

contraste, otros, como el pptido insular amiloide, o

amilina, asociado a la diabetes mellitus tipo II,
carecen de plegamiento estable, aun en condiciones
fisiolgicas. A esta clase singular de protenas se
les denomina pptidos desordenados en condiciones
nativas.
Los precursores de amiloide tambin difieren en la
proporcin de elementos de estructura secundaria que
caracteriza su plegamiento. Por ejemplo, la insulina,
slo posee estructura secundaria de tipo a-hlice,
mientras otros, como la 2-microglobulina, son molculas
todo-; un tercer grupo, como la lisozima y la
anteriormente mencionada transtiretina, se caracterizan
por una proporcin diferente de ambas formas de
plegamiento.

7. Cules son las caractersticas generales de los

amiloides?

Al margen de la diversidad estructural de los

precursores, los amiloides poseen propiedades de apariencia
microscpica y sub-microscpica, as como tintoreales y
espectroscpicas comunes, lo cual sugiere que comparten
elementos estructurales fundamentales. Al microscopio ptico
los depsitos tisulares de amiloide tienen aspecto hialino y
homogneo y producen una caracterstica birrefringencia verde
manzana cuando son observados al microscopio de luz
polarizada, una vez teidos con Rojo Congo. La unin del
colorante rojo Congo a los amiloides determina un cambio en
sus propiedades pticas, lo cual puede usarse para cuantificar
los agregados mediante espectroscopia .

Otra caracterstica comn de los amiloides es la de

unir al colorante tioflavina T, lo cual modifica las propiedades
de fluorescencia de esta molcula. Al microscopio electrnico,
los depsitos de amiloide estn compuestos por manojos de

fibras no ramificadas, de aspecto recto y rgido, de longitud

variable, pero con dimetro en el orden de los 75 a los 120.

8. Mencione las estructuras proteicas involucradas en la

almidosis humana conocidas.

sor

Precur
Estructura
secundaria
Caden
Inmunoglobulinas
a
(Todo-Beta)
ligera
de

inmun
oglobulinas
Caden
Inmunoglobulinas
a
(Todo-Beta)
pesad
a de

inmun
oglobulinas

Beta2

Inmunoglobulinas
microglobulin (Todo-Beta)
a
Transt
Prealbmina (Alfa
iretina + Beta)
(Muta
ntes)

(Silve
stre)

Primario y
secundario a
mieloma mltiple

Primario y
secundario a
mieloma mltiple

Asociado a
hemodilisis

Familiar
Senil sistmico

9. Qu modelos se postulan para el posible mecanismo

de conversin del estado nativo al estado fibrilar de
una protena amiloidea?

 Uno de estos modelos, denominado de replegamiento,

postula que el estado nativo y el fibrilar del precursor son
esencialmente diferentes, siendo el primero una entidad
definida por las interacciones mediadas por las cadenas
laterales de sus residuos constituyentes, mientras que en el
segundo son las interacciones intra e intermoleculares,
dependientes del esqueleto peptdico, las determinantes. Para
que esta transicin ocurra, la protena debe desplegarse
totalmente para luego adoptar el estado fibrilar, rico en
estructura Beta.

Un tercer grupo de modelos, reunidos bajo la

denominacin comn de modelos de ganancia de
interacciones, propone que la formacin de la fibra amiloide
requiere un reajuste estructural en el precursor que se limita a
un segmento menor de su estructura, mientras que el resto
de la molcula conserva su estado nativo Beta.

I.

II.

III.

IV.

Conclusiones:

Aunque se ha avanzado en la comprensin de los factores

que se asocian a la
agregacin amiloide de las protenas, an no se han
esclarecido en detalle el, o los mecanismos moleculares de
formacin de las fibras y tampoco se ha determinado la
estructura a nivel atmico de estos agregados. Esta
carencia de informacin ha dificultado el desarrollo de
estrategias teraputicas eficaces que modifiquen el
carcter crnico y el pronstico sombro que tpicamente
acompaa a este grupo de enfermedades. Los aspectos
clnicos y moleculares de las amiloidosis y los fenmenos
asociados a la amiloidegnesis son, en el presente,
campos muy activos de investigacin cientfica. Esto se
debe, como se menciona, a que la evolucin de la mayora
de estas enfermedades es irremediablemente mortal, o
cuando no, provocan un alto grado de invalidez. Ambas
caractersticas las convierte en una prioridad para los
sistemas de salud y estimulan la inversin de cuantiosos
recursos en su investigacin. Algunas de estas
enfermedades, como la diabetes mellitus tipo II, la
enfermedad de Alzheimer y la encefalopata espongiforme
bovina son adems causa de prdidas econmicas de
consideracin. Por otra parte, el reconocimiento de las
alteraciones del plegamiento como parte fundamental del
mecanismo molecular de amiloidognesis y el reto que el
mismo estado amiloide -como forma alternativa de
plegamiento- implica para la conceptos tradicionales en el
campo, han atrado la atencin de muchos investigadores
interesados en desentraar las causas que llevan a una
protena a adoptar un plegamiento diferente del nativo,
condicin ltima que se supone es la favorecida por la
evolucin.

V.

Referencias:

Qumica y Bioqumica de los alimentos II. Josep

Boatella Riera. Edicions Universitat Barcelona (2004).

Biologa Molecular de la Clula. Alberts y col. Edit.

Omega. Espaa (2004).
Terry C.J., Damas, A.M., Oliveira, P., Saraiva, M.J.,
Alves, I.L., Costa, P.P., Matias, P.M., Sakaki, Y.,
Blake, C.C. (1993) EMBO J. 12, 735-741

Hurle, M.R., Helms, L.R., Li, L., Chan, W., Wetzel, R.

(1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 5446-5450

http://www.uv.es/tunon/pdf_doc/proteinas_09.pdf