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1.
INTRODUCTION . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1
2.
2.1.2.
2.1.3.
2.1.4.
2.1.5.
2.1.6.
2.1.7.
Groupe 7 : iminoacide........................................................................................................7
2.2.
La chiralit ......................................................................................................................8
2.2.2.
2.2.3.
Solubilit ....................................................................................................................... 10
P ROPRITS CHIMIQUES......................................................................................................... 10
2.3.1.
2.3.2.
2.3.3.
2.4.
2.4.1.
Remarque gnrale.......................................................................................................... 16
2.4.2.
2.4.3.
2.4.4.
2.4.5.
2.4.6.
2.5.
4.
2.2.1.
2.3.
3.
2.5.1.
Hydrophilicit................................................................................................................. 24
2.5.2.
3.2.
LES PEPTIDES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
4.1.
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
4.1.1.
Type de liaison................................................................................................................ 27
4.1.2.
4.2.
4.3.
4.3.1.
Exemple 1 ...................................................................................................................... 29
4.3.2.
Exemple 2 ...................................................................................................................... 33
4.4.
4.4.1.
4.4.2.
4.4.3.
4.4.4.
4.5.
4.5.1.
4.5.2.
4.5.3.
4.5.4.
4.6.
5.
LA SYNTHSE PEPTIDIQUE...................................................................................................... 44
LES PROTINES. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
5.1.
5.1.1.
Mthodes directes............................................................................................................ 45
5.1.2.
5.2.
5.2.1.
5.2.2.
-hlice......................................................................................................................... 46
5.2.3.
Feuillet ....................................................................................................................... 47
5.2.4.
Le coude........................................................................................................................ 49
5.2.5.
5.3.
5.3.1.
5.4.
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
Les protines
11.. IInnttrroodduuccttiioonn
En 1839, le chimiste hollandais Gerrit MULDER publia des rsultats sur l'analyse de la
fibrine du sang, des albumines du srum sanguin et de l'uf. Ceux-ci indiquaient que c'taient
des composs quaternaires (C, H, O, N) avec des pourcentages quasiment identiques pour ces
quatre atomes et qui contenaient des traces variables de soufre et de phosphore. En 1938, sur
la suggestion du chimiste sudois BERZELIUS, MULDER dsigna ces composs sous le
nom de protines (du grec : prminence).
Aprs une priode d'identification des composants, les acides -amins, FISCHER et
HOFMEISTER prsentrent chacun, le mme jour, lors d'un congrs en 1902 le mode de
liaison des acides amins dans les protines: la liaison peptidique.
Les protines sont des biomolcules de premire importance :
- par leur prsence universelle dans le monde vivant, seuls des virodes en sont dpourvus.
- par leur abondance cellulaire : c'est le premier constituant aprs l'eau (10 fois plus que des
glucides)
- par leur extrme diversit : elles assurent des fonctions vitales tant structurales que
dynamiques et de plus elles sont le support de la spcificit des "espces".
Nom
Abrviations
Nom
Abrviations
alanine
Ala
leucine
Leu
arginine
Arg
lysine
Lys
asparagine
Asn
mthionine
Met
acide aspartique
Asp
phnylalanine
Phe
cystine
Cys
proline
Pro
acide glutamique
Glu
srine
Ser
glutamine
Gln
thronine
Thr
glycine
Gly
tryptophane
Trp
histidine
His
tyrosine
Tyr
isoleucine
Ile
valine
Val
Asp ou Asn
Glu ou Gln
inconnu
Asx
Glx
B
Z
X
2.1.
Formules gnrales
Les aminoacides ont en commun d'tre des molcules bifonctionnelles portant un groupement
amine (primaire) sur le carbone porteur du groupement carboxyle, dit carbone . La fonction
amine est une base et la fonction carboxyle est un acide (fonctions ionisables).
Ce sont des acides -amins (ou encore 2-amino-acides), exception pour la proline qui a une
amine secondaire (acide -imin). Leur formule gnrique s'crit :
NH 2
NH 2
R
C
H
acide -amin
OH
R : chane latrale
OH
R
O
Sept groupes d'aminoacides peuvent tre dfinis par rapport leurs chanes latrales :
C COOH
H
NH 2
CH C COOH
CH 3
NH 2
CH CH 2
CH 3
C COOH
H
CH 2
CH C COOH
CH 3 H
C COOH
H
CH 2
C COOH
H
Les alcools aromatiques sont des acides trs faibles dont la forme base conjugue est un
phnate.
C COOH
H
N
H
O
C CH 2
HO
C COOH
H
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DEUG SV2 : les protines
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O
C CH 2
NH2
C COOH
H
Le groupement amide n'est pas protonable : le doublet lectronique de l'azote est dlocalis et
engag dans une orbitale hybride sp2 avec les atomes C et O.
O
C CH 2
CH 2
HO
C COOH
H
O
C CH 2
CH 2
NH2
C COOH
H
La chane latrale contient une fonction amine qui porte sous la forme acide conjugue une
charge positive.
Lysine (Lys, K) : groupement -amino
NH 2
H 2 N CH 2
CH 2
CH 2
CH 2
C COOH
H
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DEUG SV2 : les protines
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Le groupement -amino est un accepteur de proton (forme acide conjugu : ion ammonium).
NH
C COOH
H 2N
C N H CH 2
CH 2
CH 2
H N (a)
C COOH
H
La double liaison de l'azote (a) et les doublets libres des deux autres azotes forment un
hybride de rsonance. Seul le doublet de l'azote (a) est libre et peut fixer un proton.
La chane latrale contient une fonction alcool. Les groupes OH ne sont pas ionisables.
Srine (Ser, S) : alcool primaire
NH 2
HO CH 2
C COOH
H
3
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DEUG SV2 : les protines
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C COOH
H
Le groupement thiol (SH) ou sulfhydrile est un donneur de proton, c'est un acide trs faible
(forme base conjugue : thiolate).
Mthionine (Met, M) : groupement thiother
NH 2
CH 3
CH 2
CH 2
C COOH
H
()
CH 2
CH COOH
NH
groupe -aminocarboxylique
CH 2
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DEUG SV2 : les protines
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2.2.
Proprits physiques
2.2.1. La chiralit
CHO
HO
H 2N
CH2OH
COOH
COOH
H 2N
CH2OH
CH3
L-glycraldhyde
L-alanine
L-srine
Les acides amins des protines appartiennent tous la srie L. Comme pour les oses,
aucune prdiction du pouvoir rotatoire ne peut tre faite : un aminoacide de la srie L peut
tre lvogyre ou dextrogyre.
Cas d'acides amins ayant un deuxime centre chiral
Le carbone 3 () de la thronine et de l'isoleucine est aussi un centre chiral : leur nantiomre
(L) existera sous deux formes pimres. On affecte le prfixe "allo" l'pimre que l'on ne
trouve pas dans les protines :
COOH
COOH
1
H 2N
COOH
H 2N
2
3
COOH
OH
CH3
L-thronine
H 2N
H 2N
CH3
H 3C
CH2
CH2
CH3
CH3
CH3
L-allo-thronine
L-isoleucine
HO
L-allo-isoleucine
Cette particularit augmente la rsistance de ces peptides la dgradation par des enzymes
protolytiques dont une spcificit est d'agir que sur des aminoacides de srie L.
Une solution d'aminoacide L volue trs lentement vers un l'quilibre racmique. Aprs la
mort d'un organisme vivant qui ne contient que des aminoacides de srie L, on aura une
volution lente vers l'quilibre racmique pour chacun d'entre eux : l'valuation du rapport
D/L de l'acide aspartique est utilise comme mthode de datation de fossiles.
Absorption
- les aminoacides n'absorbent pas la lumire visible, leurs solutions sont incolores.
- les bandes d'absorption dans l'infrarouge sont caractristiques de leurs chanes latrales
- les chanes latrales aromatiques des aminoacides ont des spectres d'absorption
caractristiques dans l'ultraviolet moyen :
Absorption
Tryptophane
Spectres d'absorption des
aminoacides aromatiques
dans l'ultra-violet
Tyrosine
Phnylalanine
240
260
280
300
nm
La phnylalanine absorbe peu et le tryptophane est 4 fois plus absorbant que la tyrosine au
maximum d'absorption, proche de 280 nm. Cette proprit est trs souvent utilise pour le
dosage des peptides et des protines.
Remarquons que l'absorption de la tyrosine dans l'UV sera dpendante de l'tat d'ionisation
du phnol et par consquent du pH.
Fluorescence
Certaines molcules, lorsqu'elles sont excites par une lumire incidente une longueur
d'onde o elles absorbent ce rayonnement mettent une lumire de longueur d'onde plus
grande : c'est le phnomne de fluorescence qui est maximum pour une longueur d'onde
excitatrice gale leur maximum d'absorption. Cette mission est trs dpendante des
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DEUG SV2 : les protines
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molcules voisines : cette dpendance permet des tudes fines de l'environnement des
molcules fluorescentes.
C'est le cas du tryptophane et de la tyrosine dont la fluorescence permet l'tude de leur
environnement proche dans les protines (analyse de structure tridimensionnelle ou de
mcanisme catalytique).
Emission de fluorescence
Tyrosine (excitation 274 nm)
280
320
360
nm
2.2.3. Solubilit
La solubilit des aminoacides dans l'eau (de un gramme une centaine par litre) va dpendre
essentiellement de deux facteurs :
- le double groupement fonctionnel commun qui peut s'ioniser et donc favoriser la
dissolution
- la chane latrale qui peut avoir un caractre plus ou moins polaire ou apolaire.
La solubilit dans les solvants organiques est faible de quelques mg/L et encore moins dans
les solvants plus apolaires. En prsence de deux phases liquides (thanol/eau), les
aminoacides se rpartissent dans les deux phases avec des coefficients de partage spcifique :
cette proprit est utilise pour les classer (voir plus loin).
2.3.
Proprits chimiques
Lorsque l'acide amin est libre, il a au moins deux groupements fonctionnels sur le mme
carbone et pour certains un troisime sur la chane latrale.
Dans l'eau, un pH physiologique, l'ion carboxylate est fortement stabilis par rsonance et
donc peu ractif :
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DEUG SV2 : les protines
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O
C
C
-
carboxylate
R CH2 NH 2
amine
CO2
Le groupement amine est trs ractif : le doublet lectronique de l'azote est un puissant
nuclophile. Cette ractivit a t utilise dans l'identification des aminoacides et l'lucidation
des structures primaires des protines.
Addition de carbonyle
Les fonctions -amins des aminoacides ragissent rversiblement avec les aldhydes pour
donner des bases de Schiff qui sont relativement labiles. Ces bases de Schiff apparaissent trs
souvent comme intermdiaires dans des ractions enzymatiques impliquant les aminoacides
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DEUG SV2 : les protines
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comme substrat. La proline qui contient une fonction amine secondaire ne ragit pas avec les
aldhydes.
COOH
R CH N
H
H
H2O
COOH
H
C R'
R CH N
aldhyde
C R'
COOH
R CH N
OH
C R'
H
base de Schiff
Un des moyens trs sensibles de dtection des aminoacides utilise cette raction : l'aldhyde
utilis est le 1, 2-dialdhyde benznique. Le produit d'addition est trs fluorescent.
Arylation
Cette raction l'aide d'un driv aromatique activ a permis Frederik SANGER (1953)
d'tablir la premire structure primaire d'une protine : l'insuline, hormone pancratique qui
contrle la production et l'utilisation du glucose.
NO2
H
O2N
NO2
R
N
CH COOH
O2N
R
CH COOH
H
2, 4-dinitrophnyl aminoacide
DNP aminoacide
Couleur jaune
fluoro-2, 4-dinitrobenzne
FDNB (ractif de Sanger)
Acylation
Le ractif de Sanger a t supplant par un ractif donnant un produit plus stable et
fluorescent permettant une plus grande sensibilit dans la dtection : c'est le chlorure de
dansyle (1-dimthyl-amino-naphtalne-5-sulfonyle).
CH2
CH2
N
CH2
H
N
SO2Cl H
Chlorure de dansyle
(DNS Cl)
CH COOH
CH2
R
SO2 N
CH COOH
dansyl-aminoacide
DNS aminoacide
Fluorescent
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DEUG SV2 : les protines
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Dans les cellules, aprs leur biosynthse, nombreuses sont les protines subissent une
acylation sur leur extrmit - NH 2 par l'acide actique "activ".
Carbamylation
La carbamylation avec le phnylisothiocyanate (PTC), un pH basique de 9, donne des
drivs qui absorbent dans l'ultraviolet et facilement sparable par chromatographie. De plus
la raction avec l'acide amin terminal d'une protine libre le driv d'addition et une
protine ampute de son aminoacide N-terminal : en itrant le processus, la dtermination de
la structure primaire de la protine sera possible (dgradation rcurrente d'Edman).
S
H
N
C
N
CH COOH
CH
COOH
N
H
N
H
phnylthiocarbamyl aminoacode
PTC-aminoacide
Absorbe dans l'UV
phnylisothicyanate
PTC (ractif d'Edman)
Dans le cas d'un peptide de n aminoacides, le PTC-peptide va subir une cyclisation et une
coupure un pH lgrement acide, librant un phnylthiohydantoine-aminoacide identifiable
(PTH-aminoacide), qui absorbe dans l'UV, et un peptide de (n-1) aminoacides.
S
C NH
CH
N
O C
NH
R2
PTC-peptide
CH
C O
R1
NH
C NH
N
CH
C
+
R1
R2
CH
C O
peptide (n-1)
Phnylthiohydantoine-aminoacide
PTH-aminoacide
Absorbe dans l'UV
Dsamination
Pour maintenir la rserve intracellulaire des 20 aminoacides servant la synthse protique,
le mtabolisme passera par des dsaminations avec oxydation qui produiront des acides ctoniques, source principale, sinon la seule, partir de laquelle les aminoacides sont
synthtiss.
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DEUG SV2 : les protines
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R CH COOH
R CH COOH
NH 2
R CH COOH + NH3
NH
acide -imin
acide amin
acide -ctonique
La raction avec la ninhydrine est l'une des plus connue et utilise, elle aboutit un produit
violet pour les amines primaires et un autre driv de couleur jaune pour les amines
secondaires. L'acide amin est compltement dgrad par une raction de dsamination et de
dcarboxylation.
H 2N
CH COOH
CHO
O
ninhydrine
+ CO2
OH
OH
HO
O
NH 3
OH
produit violet
N
O
SH
HS
CH2
cystine
CH2
CH2
pont disulfure
(cystine)
2.4.
Proprits ioniques
Lorsque l'acide amin est libre, il a au moins deux groupements fonctionnels sur le mme
carbone et pour certains un troisime sur la chane latrale.
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DEUG SV2 : les protines
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L'un des deux groupements est un acide (carboxylique) et l'autre est une base (amine). C'est
une molcule amphotre. Avant d'tudier les quilibres des diverses formes qu'on peut
trouver en solution aqueuse pour un aminoacide et les courbes de titrage, nous allons faire
une remarque gnrale.
Considrons une molcule (M) portant deux fonctions ionisables et tudions les diverses
formes en solution en quilibre : une fonction note 1 et une fonction note 2 avec leurs
constantes individuelles acides de dissociation notes respectivement K1 et K 2 . Nous
pouvons reprsenter le systme ainsi dans le cas o les groupes sont indpendants (l'tat de
fixation du site 1 n'a aucune influence sur l'quilibre du site 2 et vice-versa).
1
K1
M
2H
1H
K2
1
M
2H
K2
1H
M
2
K1
2
Nous pouvons aussi l'crire en considrant uniquement le nombre d'H port par la molcule
indpendamment du groupe concern en dfinissant de nouvelles constantes acides de
dissociation, constante apparente ou successive : K1s et Ks2 (avec K1s > Ks2 )
MHH
K s1
MH
K s2
Pour ce cas particulier de deux fonctions, les relations entre les constantes individuelles et
successives s'crivent en utilisant la relation [MH] = [M12H] + [M1H2] et bien sr les
relations d'quilibre pour les deux faons d'crire le systme :
(KS)
K1s = K1 + K 2
et Ks2 =
K1K 2
K1 + K 2
Remarquons que si les deux groupes sont identiques et bien sr indpendants, nous avons :
K
, d'une manire gnrale, on peut dmontrer que si nous avons n
2
n - j +1
groupes identiques et indpendants, les constantes successives sont : Ksj =
K o
j
K1s = 2K
et Ks2 =
Pour les aminoacides, les constantes tabules des fonctions ionisables sont les constantes
individuelles acides de dissociation et leurs pK correspondant.
Examinons les courbes de titrage que nous pouvons obtenir :
1) Si K1 et K 2 ont des valeurs assez diffrentes, la courbe de titrage ressemblera la
juxtaposition de chacune des courbes relatives chacun des deux groupes ionisables : nous
avons dj vu que pour des valeurs de pH extrieures au segment [pK-1 pK+1], l'quilibre
est compltement dplac.
pH
Courbe de titrage
pK2
1,5
2) Si K1 et K 2 ont des valeurs assez proches, la courbe de titrage sera une combinaison de
chacune des courbes de titrage
pH
Courbe de titrage
Cas o les constantes individuelles
de dissociation sont diffrentes d'un
facteur infrieur 10
(1 unit pH entre les pK)
eq OH
0,5
1,5
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DEUG SV2 : les protines
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Considrons une molcule portant des fonctions ionisables telles que diffrentes formes
charges de la molcule puissent exister en solution aqueuse. Le pH isoionique (pI) est la
valeur du pH de la solution dans laquelle la charge totale nette moyenne de la molcule
est nulle : (on dit aussi pH isolectrique)
zi [fip ] - z j[f jn ]
i
= 0
Les pK des groupes -COOH et -amin sont trs diffrents, celui correspondant l'acide
tant beaucoup plus faible. Les quilibres successifs de dissociation s'crivent avec les
constantes individuelles de dissociation (gales aux constantes successives dans ce cas) :
C
NH3
K1
COOH
C
NH3
pK-COOH
[A + ]
K2
COO
COO
C
pK-NH3
NH 2
[A - ]
[A +- ]
La forme qui porte une charge nette nulle est un ion mixte ou bipolaire ou encore zwitterion.
pH isolectrique : dfini par [A + ] - [A - ] = 0
Nous avons rsoudre le systme d'quations suivant :
[A -+ ][H + ]
K
=
1
[A + ]
[A - ][H + ]
K
=
2
[A -+ ]
+
[A ] = [A ]
pI =
pK1 + pK 2
2
pK -COOH
pK -amine
pI
2,3
9,8
6,05
Ser
2,2
9,2
5,7
Thr
2,6
10,4
6,5
Met
2,3
9,2
5,75
Asn
Gln
2,0
2,2
8,8
9,1
5,4
5,65
Phe
Trp
2,6
2,4
9,2
9,4
5,9
5,9
Pro
2,0
10,6
6,3
Aminoacide
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 19 -
Pour ces aminoacides avec une chane latrale ne comportant pas de fonction ionisable, la
courbe de la charge totale nette moyenne en fonction du pH a l'allure suivante :
Charge totale nette moyenne
Alanine
Zone
0
pH
4
Iso
pK-COOH = 2,3
pK-NH
+
3
= 9,8
pI = 6,05
-1
La zone de pH o l'aminoacide a une charge totale nette moyenne nulle est appele zone
isoionique ou isolectrique : celle-ci sera d'autant plus importante que les pK de la fonction
carboxylique et de la fonction amine seront loigns et on peut l'estimer par excs
[ (pK -COOH + 1) .. (pK
+ - 1) ].
-NH 3
-NH 3+
- pour un pH < pI, l'aminoacide a une charge totale nette moyenne positive
- pour un pH > pI, l'aminoacide a une charge totale nette moyenne ngative
Dans le cas d'une fonction carboxylique, le phnomne d'ionisation est reprsent par les
quilibres successifs suivants (le pK du COOH de la chane latrale est plus lev que le pK
du -COOH et plus faible que le pK de l' -amine) :
COOH
R
COOH
C
NH3
[A + ]
K1
COOH
pK-COOH
COO
C
NH3
[A +- ]
K3 COO COO
K2 COO COO
R C
R C
+
+
pKR-COOH
NH 2
NH3 pK-NH3
[A +
2-]
[A 2 - ]
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 20 -
K1 =
[A -+ ][H + ]
[A + ]
- carboxylique
K2 =
[A +2- ][H + ]
[A -+ ]
R - carboxylique
K3 =
[A 2- ][H + ]
[A +2- ]
- amine
d'o
[H + ]3 - K1K 2 [H + ] - 2K1K 2 K 3 = 0
[A + ] - [A +2- ] - 2[A 2- ] = 0
d'o
pI =
pK1 + pK 2
2
4
3
pH
pK-COOH = 2,2
pKR-COOH = 4,3
pK-NH3+ = 9,7
-1
pI = 3,25
-2
Contrairement aux aminoacides chane latrale ne comportant pas de fonctions ionisables, il
n'y a pas de zone isolectrique pour l'acide glutamique : la forme portant une charge nette
nulle est au centre des deux quilibres correspondant aux deux fonctions carboxyliques et
leurs pK ont des valeurs trop proches. Il en est de mme pour l'acide aspartique .
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DEUG SV2 : les protines
- 21 -
pK -COOH
pK -amine
pK R-acide
pI
Asp
Glu
2,1
2,2
9,8
9,7
3,9
4,3
3,0
3,25
Cys
1,7
10,8
8,3
5,0
Tyr
2,2
9,1
10,1
5,65
Aminoacide
Pour la cystine, la diffrence des pK est leve (1,7 et 8,3) et on retrouvera le cas du
paragraphe prcdent avec une zone isolectrique [2,7 7,3] (par excs).
Pour la tyrosine, le deuxime quilibre ne concerne pas la deuxime fonction acide mais la
fonction -amine, le pI sera la moyenne des pK -COOH et -amine. La diffrence des pK
est leve (2,2 et 9,1) et on aura une zone isolectrique [3,2 8,1] (par excs)
Ces aminoacides portent une amine sur leur chane latrale. , le phnomne d'ionisation est
reprsent par les quilibres successifs suivants (le pK de la fonction -amine est plus faible
que celui de la fonction R-amine) :
+
NH 3
R
COOH
+
NH 3
R
NH3
[A 2 + ]
K1
pK-COOH
COO
C
NH3
K2
+
NH 3
pK-NH3+
[A 2-+ ]
COO
C
NH 2
[A +- ]
K3 NH 2 COO
R C
pKR-NH3+
NH 2
[A - ]
[A 2+
][H + ]
K1 =
[A 2+ ]
- carboxylique
K2 =
[A -+ ][H + ]
[A 2+
- ]
- amine
K3 =
[A - ][H + ]
[A -+ ]
R - amine
d'o
2[A 2+ ] + [A 2+
- ] - [A ] = 0
pI =
pK 2 + pK 3
2
Lysine
pK-COOH = 2,2
pK-NH3+ = 8,95
pKR-NH
pH
11
0
+
3
= 10,5
pI = 9,725
-1
Contrairement aux aminoacides chane latrale ne comportant pas de fonctions ionisables, il
n'y a pas de zone isolectrique pour la lysine : la forme portant une charge nette nulle est au
centre des deux quilibres correspondant aux deux fonctions amines et leurs pK ont des
valeurs trop proches. Il en sera de mme pour l'histidine et l'arginine avec toutefois une
"petite" zone isolectrique puisque les deux quilibres concerns ont des valeurs de pK
diffrentes de 3 units.
pK -COOH
pK -amine
pK R-amine
pI
His
1,8
9,2
7,6
Lys
2,2
8,95
10,5
9,725
Arg
2,2
9,05
12,5
10,775
Aminoacide
Dans l'criture des quilibres successifs, il faut remarquer que, pour l'histidine, la fonction Ramine perdra son proton avant celle -amine.
Rappel :
NH2
N
H
NH
N
NH 2
+
NH 2
groupement guanidyle
Arginine
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 23 -
HN
NH
NH
groupement imidazole
Histidine
Asp
Glu
His
Cys
-COOH
-COOH
-COOH
NH+
SH
1,8 - 2,6
3,9
4,3
8,3
2.5.
-NH3+
8,9 - 10,8
Tyr
Lys
Arg
-OH
-NH3+
NH2+
10,1
10,5
12,5
Dans le paragraphe 2.1 (Formules des aminoacides), les aminoacides standard ont t classs
en sept groupes par rapport aux proprits de leurs chanes latrales.
D'autres classifications ont t dfinies dont les deux les plus utilises sont :
- proprit d'hydrophilicit
- valeur du pI
2.5.1. Hydrophilicit
Par rapport la structure et la fonction des peptides et des protines, la classification des
aminoacides a t faite en tenant compte essentiellement des interactions de l'aminoacide
avec son environnement, c'est--dire les liaisons faibles autres que les interactions de Van der
Waals : liaisons lectrostatiques, hydrogne, interactions hydrophobes. On distingue trois
classes sur le critre de la polarit de la chane latrale (R) :
- R apolaire (hydrophobe)
Gly, Ala, Val, Pro, Met, Leu, Ile, Phe, Tyr, Trp
- R polaire mais non charg pH physiologique (hydrophile)
Ser, Cys, Asn, Thr, Gln, Arg
- R polaire et charg (plus ou moins hydrophile selon le pH)
Asp, Glu, Lys, His
La valeur de la polarit de l'aminoacide est soit calcule thoriquement partir des valeurs
des groupes simples, ou obtenue exprimentalement en mesurant le coefficient de partage
entre deux phases liquides thanol/eau.
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 24 -
3.1.
Ces modifications peuvent concerner dans les protines, les groupes des extrmits
terminales ou ceux qui appartiennent la chane latrale.
Modification
Acide amin
Protines ou fonctions
hydroxylation
tablissement de liaisons H
sites d'O-glycosylation
(collagne)
mthylation
azote de l'histidine
- protines contractiles
- protines se complexant aux
acides nucliques (histones)
carboxylation
actylation
- NH 2 terminaux
- NH 2 des Lys
rsistance la dgradation
interactions avec l'ADN
(histones)
O et N-glycosylations
O : Ser, Thr
N : Asn
- NH 2 terminaux ou -SH
glycoprotines
phosphoprotines (casine)
modulation de l'activit
fixation de lipides
phosphorylation
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 25 -
3.2.
Autres aminoacides
ttra et tri-iodothyronines
prohormone et hormone
thyroidiennes
hydroxylation
3,4-dihydroxyPhe (DOPA)
dcarboxylation
dopamine
adrnaline
hormone des glandes
mdullo-surrnales
oxydation
quinone
polymrisation
mlanines
pigments de la
peau et des cheveux
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 26 -
- peptide : enchanement d'un nombre d'aminoacide infrieur 50. Parmi ceux-ci, on parle
d'oligopeptide pour un nombre d'aminoacides infrieur 10 et de polypeptide pour un
nombre suprieur 10.
- protine : enchanement d'un nombre d'aminoacides au-del de 50.
4.1.
La liaison peptidique
La liaison est de type amide substitue : limination d'eau entre les groupes -COOH et
- NH 2 de deux aminoacides. Cette liaison amide lie les deux carbones C des deux
aminoacides.
R1
R2
H 2 N CH C
OH + H 2 N
R1
CH C
H 2 N CH C
OH
N CH C
OH + H2 O
R2
liaison peptidique
Les lectrons du groupe carbonyle et le doublet lectronique libre de l'azote sont trs
proches. La rsonance de ces lectrons donne au groupe peptidique des structures
intermdiaires entre deux formes msomres.
H
N
+
N
+
C
O-
Cette liaison est intermdiaire entre une simple et une double liaison qui implique les
proprits suivantes :
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 27 -
- la structure du groupe peptidique est rigide : les 6 atomes sont coplanaires. Les angles des
liaisons pour le carbone et pour l'azote avec leurs substituants sont de 120.
- les 2 carbones C se placent de part et d'autre du pont C-N dans la configuration trans la
plus favorable thermodynamiquement
- de part et d'autre de cette structure rigide, les rotations des groupes des liaisons C-N et
C-C sont libres et seulement limites par l'encombrement strique.
3,5 - 3,6
O
H 2N
R1
C
C
R2
H
C
axe de la liaison
O
R3
Les atomes d'oxygne et d'hydrogne d'une liaison peptidique sont d'excellents accepteurs et
donneurs de liaisons hydrogne.
4.2.
Les chanes peptidiques sont vectorises : les liaisons peptidiques attachent les acides amins
dans un ordre spcifique. Les conventions sont les suivantes :
- les aminoacides engags dans une chane peptidique sont appels rsidus. Leur nom est
celui de l'aminoacide auquel on ajoute le suffixe yl.
- les deux aminoacides aux extrmits de la chane sont appels : N-terminal pour celui qui
a sa fonction -amine libre et C-terminal pour celui qui a sa fonction -COOH libre
- on numrote les aminoacides en crivant l'enchanement de gauche droite partir de
l'extrmit N-terminal.
On distingue trois types de peptides :
- peptide form d'une seule chane (monocatnaire) et linaire
Met(N-terminal)
1
Ala
2
Lys Asp
3
4
MAKD
Thr(C-terminal)
n
T(C-terminal)
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 28 -
Cys
N-terminal
C-terminal
S
S
boucle
Cys
Cystine
Une liaison covalente (pont S-S) intra-chane est prsente et ralise par l'oxydation de deux
fonctions thiol de deux cystines
S
S
N-terminal
C-terminal
Pont disulfure
inter-chanes
C-terminal
Une liaison covalente (pont S-S) inter-chanes est prsente et ralise par l'oxydation de deux
fonctions thiol de deux cystines appartenant deux chanes peptidiques diffrentes
4.3.
4.3.1. Exemple 1
Fonctions ionisables :
pK1 = 2,6
- Ile -COOH
- Asp R-COOH
- Ala -NH3+
- Lys
+
R-NH 2
K1 = 2,5 10-3 M
pK2 = 3,9
K 2 = 1,25 10-4 M
pK3 = 9,8
K 3 = 1,6 10-10 M
pK4 = 10,5
K 4 = 3,16 10-11 M
Considrons que les valeurs des constantes individuelles sont assez diffrentes pour crire les
quilibres successifs avec celles-ci. Le cas litigieux est celui des deux derniers quilibres
(diffrence de 0,7 entre les deux pK). Les quilibres successifs s'crivent :
2+
K1
K2
2+
P-
pK1
2+
P 2-
pK2
K3
pK3
+
P 2-
K4
P 2-
pK4
pH
pH isolectrique
L'quation de contrainte s'crit :
+
2[P 2+ ] + [P 2+
- ] - [P2- ] - 2[P2- ] = 0 (C)
Au lieu d'crire le systme complet dcrivant ce phnomne d'quilibres, nous allons voir si
nous ne pouvons pas le simplifier en sachant que la valeur du pI sera ncessairement dans une
zone de pH particulire.
L'quation de contrainte du pH isolectrique (C) nous indique :
- si le pH a une valeur suprieure pK3, les formes prpondrantes seront charges
ngativement et l'quation (C) ne pourra tre satisfaite
- de manire symtrique, si le pH a une valeur infrieure pK2, les formes prpondrantes
seront charges positivement et l'quation (C) ne pourra tre satisfaite
La valeur du pI sera comprise entre pk2 et pK3, vu d'une part, les diffrences entre pK2 et
pK1 et d'autre part, les diffrences entre pK3 et pK4, les quilibres concerns seront
uniquement ceux qui entourent la forme qui a une charge nette moyenne nulle P 2+
2- . Ecrivons
le systme approxim d'quations :
[P 2+
][H + ]
2 K2 =
[P 2+
- ]
+
[P2][H + ]
K3 =
[P 2+
2- ]
2+
+
[P - ] - [P2- ] = 0
d'o
pI =
pK 2 + pK 3
3,9 + 9,8
=
= 6,85
2
2
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 30 -
Courbe de titrage : les valeurs de pK2 et de pK3 sont trs diffrentes, on note donc une zone
de pH isoionique.
2
Peptide AKLMD
zone
0
pH
pI = 6,85
iso
-2
(S1)
K1 =
+
[P 2+
- ][H ]
[P 2 + ]
K2 =
+
[P 2+
2- ][H ]
[P 2+
- ]
K3 =
+
[P2][H + ]
[P 2+
2- ]
K4 =
[P2- ][H + ]
+
[P2]
2+
+
[P 2 + ] + [P 2+
- ] + [P 2- ] + [P2- ] + [P2- ] = [PT ] concentration totale
K3
[H + ]
[H + ]2
K 4K3
1
+
+
+
+
= [PT ] (P1)
K2
K 2 K1
[H + ]
[H + ]2
Les deux derniers termes reprsentent les contributions des formes P 2+ et P2- dont les
valeurs respectives sont : 6,2 10-6 et 2,57 10-7 pour une valeur de pH de 6,85
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 31 -
([H + ] = 1, 4 10-7 M ), termes absolument ngligeables. L'quation (P1) peut tre approxime
par l'quation :
K3
[H + ]
2+
[P 2] 1 +
+
= [PT ]
K 2
[H + ]
2+
Le calcul nous donne un pourcentage de la forme P 2+
2- de 99,7 % et pour les formes P - et
+
P 2un pourcentage de 0,15 %
Remarque :
Nous pouvons simplifier le calcul en crivant un systme d'quations dj approxim.
Compte tenu des remarques prcdentes pour le calcul du pI, les formes significatives ce
2+
+
pH seront P 2+
- , P 2- et P 2- , les quilibres concerns sont les deuxime et troisime : le
systme approxim d'quations s'crit :
+
[P 2+
2- ][H ]
K
=
2
[P 2+
- ]
+
[P2][H + ]
K3 =
[P 2+
2- ]
2+
2+
+
[P - ] + [P 2- ] + [P2- ] = [PT ] concentration totale de la protine
K4
[H + ]
[H + ]2
[H + ]3
+
+
+
= [PT ] (P2.1)
1 +
K3
K 3K 2
K 3K 2 K1
[H + ]
2+
Les deux termes qui reprsentent les contributions des formes P 2+
sont
- et P
-7
-15
respectivement gaux 2, 45 10 et 6,8 10 , contribution absolument ngligeable.
L'quation (P2.1) se rduit :
K4
[H + ]
+
[P 2] 1 +
+
= [PT ] (P2.2)
K 3
[H + ]
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 32 -
K4
[H + ]
o le terme
reprsente la contribution de la forme P2- , et le terme
celle de la
K3
[H + ]
forme P 2+
2- .
+
Calcul numrique : P 2+
2- = 23,5 % P 2- = 53 % et P2- = 23,5 % (R1)
[P2][H + ]
K3 =
[P 2+
2- ]
[P2- ][H + ]
K
=
4
+
[P2]
2+
+
[P 2- ] + [P2- ] + [P2- ] = [PT ]
Remarque importante :
Nous avons vu au paragraphe 2.4.1 (Remarque gnrale) que lorsque les constantes
individuelles ont des valeurs trop proches (diffrence pour les pK de l'ordre de 1), les
constantes successives ne peuvent pas tre remplaces par les constantes individuelles (erreur
de 10% pour une diffrence pour les pK de l'ordre de 1). Ici nous avons les valeurs suivantes
des pK : 9,8 et 10,5. Recommenons le calcul prcdent avec les constantes successives.
Ks3
= K3 + K 4
et
Ks4
K 3K 4
d'o :
=
K3 + K 4
1.1.2. Exemple 2
K1 = 2,5 10-3 M
pK = 4,3
K = 5 10-5 M
pK6 = 9,8
K 6 = 1,6 10-10 M
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 33 -
Pour crire les quilibres successifs, il faut expliciter les constantes successives de
dissociation des 4 groupes COOH des chanes latrales des rsidus acide glutamique. Pour
n - j +1
K (ici n=4), d'o :
des fonctions ionisables indpendantes et identiques, K j =
j
Ks2 = 4K = 2 10-4 M
pKs2 = 3,7
3
Ks3 = K = 7,5 10-5 M
pKs3 = 4,125
2
2
s
K 4 = K = 3,33 10-5 M
pKs4 = 4,48
3
1
s
K 5 = K = 1,25 10-5 M
pKs5 = 4,91
4
K1
pK1
P-
s
K2
s
pK 2
s
K3
+
P 2-
pK s3
+
P 3-
s
K4
pK s4
+
P 4-
s
K5
pK s5
+
P 5-
K6
pK6
P 5pH
pH isolectrique
L'quation de contrainte s'crit :
+
+
+
[P 2+ ] - [P +2- ] - 2[P3] - 3[P4] - 4[P5] - 5[P5- ] = 0 (C2)
K1 =
[P-+ ][H + ]
[P + ]
Ks2 =
+
[P2][H + ]
[P-+ ]
Ks3 =
+
[P3][H + ]
+
[P2]
+
+
[P + ] - [P2] - 2[P3] = 0
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 34 -
Nous pouvons simplifier l'quation (C3) en constatant que K1Ks2 [H + ] >> 2K1Ks2 Ks3 d'au
moins un facteur 10 et obtenir la valeur du pI avec une prcision suprieure 5% :
L'quation (C3) se simplifie en :
[H + ]3 - K1Ks2 [H + ] = 0 d'o pI =
pK1 + pKs2
2,6 + 3,7
=
= 3,15
2
2
Si on avait conserv la valeur de la constante individuelle pour les fonctions ionisables des
acides glutamiques, on aurait trouv : pI = 3,45
Courbe de titrage : les valeurs de pK1 et de pKs2 sont assez proches, il n'y a pas de zone
isoionique. On note une zone de pH o la charge est constante et gale -4, elle est situe
entre pKs5 et pK6 qui ont des valeurs trs diffrentes.
1
0
pH
Peptide AEEMEEI
2
pI = 3,15
-4
-5
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 35 -
(S2)
K1 =
[P-+ ][H + ]
[P + ]
Ks2
+
[P2][H + ]
=
[P-+ ]
Ks3
+
[P3][H + ]
=
+
[P2]
Ks4 =
+
[P4][H + ]
+
[P3]
Ks5 =
+
[P5][H + ]
+
[P4]
K6 =
[P5- ][H + ]
+
[P5]
+
+
+
+
] + [P4] + [P5] + [P5- ] = [PT ]
[P + ] + [P-+ ] + [P2] + [P3-
A l'aide des 6 premires quations, exprimons les diffrentes formes en fonction de la forme
P +- et remplaons celles-ci dans l'quation de conservation :
[H + ] Ks2
Ks Ks Ks Ks Ks Ks Ks Ks K
Ks Ks Ks Ks Ks
+ + + 2+ 23 + 2 +3 3 4 + 2 3+ 44 5 + 2 3 +4 5 5 6 = [PT ]
(P3) [P +- ] 1 +
K1 [H ] [H ]
[H ]
[H ]
[H ]
Pour la valeur de pH de 3,15 ( [H + ] = 7 10-4 M ), les termes des contributions des diffrentes
+
+
+
formes P3, P4, P5et P5- sont ngligeables (pour le plus lev : 3%) et l'quation (P3) se
rduit :
[P
+
-]
[H + ] Ks2
1 + K + + = [PT ]
[H ]
+
Le calcul nous donne un pourcentage de la forme P +- de 64 % et pour les formes P + et P 2un pourcentage de 18 %.
Reprenons le systme d'quations (S2), et calculons chacune des formes en fonction de P 4l'aide des six premires quations d'quilibre. En les remplaant dans l'quation de
conservation, on obtient :
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 36 -
[H + ] Ks
[H + ]2 Ks K
[H + ]3
[H + ]4
+
[P 4] 1 + s + +3 + s s + 5+ 26 + s s s +
= [PT ] (P4)
K 2 K 3K 4 K1Ks2 Ks3Ks4
K 4 [H ] K 3K 4 [H ]
Les termes reprsentant les contributions des formes P5- , P +- et P + sont ngligeables ( 5%
prs pour le terme le plus lev) pour une valeur de pH de 4,48 ( [H + ] = 3,11 10-5 M ).
L'quation (P4) se simplifie en :
[H + ] Ks
[H + ]2
+
[P 4] 1 + s + +3 + s s = [PT ]
K 4 [H ] K 3K 4
+
P5= 13 %
4.4.
La liaison peptidique est trs stable, son hydrolyse spontane est quasiment nulle.
Hydrolyse chimique complte
L'action de l'acide chlorhydrique (HCl) 6M sur un peptide, bullition pendant au moins 24
heures, aboutit un hydrolysat contenant les aminoacides avec toutefois les restrictions
suivantes :
- l'aminoacide acide tryptophane est entirement dtruit
- les amides (Asn, Gln) sont hydrolyses en ammoniac et acides correspondants (Asp, Glu)
- certains aminoacides (Tyr, Ser, Thr) peuvent tre partiellement dtruits (un temps
d'hydrolyse plus faible permet de rsoudre le problme).
Hydrolyse chimique spcifique
Certains ractifs hydrolysent une liaison peptidique avec une spcificit sur un des
aminoacides participant la liaison :
- le bromure de cyanogne (BrCN) hydrolyse la liaison peptidique du ct carboxyle de la
mthionine : cette dernire devient alors un rsidu C-terminal transform en rsidu
homosrine lactone
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 37 -
COOH
Carboxypeptidase
Nom
Source
Particularit
- sauf Pro
aminopeptidase M
rein de porc
aminopeptidase K
moisissure
carboxypeptidase A
pancras de boeuf
carboxypeptidase B
pancras de boeuf
carboxypeptidase C
feuille de citronnier
carboxypeptidase P
moisissure
carboxypeptidase
- endopeptidase
L'enzyme hydrolyse des liaisons peptidiques internes entre deux aminoacides i, (i+1). Il peut
tre spcifique du rsidu en position i ou (i+1). L'hydrolyse d'un peptide par une
endopeptidase donnera plusieurs fragments peptidiques : si on a m coupures (m liaisons
peptidiques hydrolyses), le peptide sera dgrad en (m+1) fragments peptidiques.
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 38 -
H 2N
COOH
n
1
hydrolyse enzymatique
H 2N
2 coupures
COOH
i
H 2N
i+1
COOH
j
H 2N
j+1
fragments peptidiques
COOH
n
Source
rsidu i
trypsine
pancras de boeuf
Arg, Lys
chymotrypsine
pancras de boeuf
Sa protase
Staphylococcus
aureus
Asp, Glu
Fm protase
Flavobacterium
meningosepticum
Pro
thermolysine
Bacillus
thermoprotolyticus
rsidu (i+1)
particularit
sauf (i+1) = Pro
Remarque : on peut dire que la thermolysine est une endopeptidase spcifique des
aminoacides Ala, Val, Leu, Ile, Met avec une coupure du ct amino de la liaison peptidique.
Les autres enzymes sont spcifiques des aminoacides indiqus avec une coupure du ct
carboxyle de la liaison peptidique.
On utilise de plus en plus la spectromtrie de masse (dviation d'une particule charge dans
un champ lectrique). Un spectromtre de masse est un appareil capable de mesurer avec
grande prcision le rapport masse/(charge lectrique) de molcules. Cette technique comporte
deux tapes :
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 40 -
- le bombardement d'un peptide par des atomes "rapides" d'un gaz rare (argon ou xnon)
produit l'espce peptidique ionique (P,H)+ isole du milieu par un premier spectromtre,
- l'ion peptidique est ensuite bombard par des atomes neutres d'hlium qui provoquent des
ruptures partir des deux extrmits. Une srie de fragments est obtenue, et ces derniers sont
soumis une analyse par un second spectromtre de masse.
Les rsultats sont analyss et un traitement informatique reconstitue la squence primaire.
Cette technique ne peut analyser que des peptides d'environ 30 aminoacides, il faudra dans le
cas de peptides de nombre d'aminoacides suprieur les fragmenter.
4.5.
peroxydes
agressifs
formes
rduites
inoffensives
O
2 G-SH
HO
G-S-S-G
SH
NH 2
-Glu
H
N
N
H
O
OH
O
Cys
Gly
Glutathion : G-SH
Cette famille de peptides se retrouve dans les grandes de fonctions de communication dans le
systme endocrine, la transmission et la modulation nerveuses, la motricit des vaisseaux
sanguins, les ractions inflammatoires. Citons quelques exemples :
Les peptides hormonaux
- l'hypothalamus contient des neurones, fonction endocrine, qui scrtent 2 nonapeptides
activit hormonale :
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 41 -
- l'ocytocine qui dclenche les contractions des muscles lisses (utrus pour
l'accouchement, glande mammaire pour la rjection du lait)
- la vasopressine : effet antidiurtique au niveau du rein (action hypertensive comme
mdicament)
- d'autres neurones produisent des peptides activateurs (librines) ou inhibiteurs
(inhibines) de la scrtion d'hormones par le lobe antrieur de l'hypophyse.
- le lobe antrieur de l'hypophyse biosynthtise et scrte de nombreuses hormones
peptidiques : citons l'ACTH (hormone adrnocorticotrope), polypeptide de 39 aminoacides.
- le pancras endocrine scrte :
- l'insuline, polypeptide form de deux chanes (une de 21 et une de 30 aminoacides),
qui rgule le mtabolisme du glucose (hypoglycmie)
- le glucagon, peptide de 29 aminoacides, qui provoque une augmentation de la
glycmie (hyperglycmie)
- la muqueuse duodnale produit la scrtine, peptide de 27 aminoacides, qui stimule le
pancras exocrine au cours de la digestion
Les neuropeptides
Ce sont deux familles de molcules, ligands de rcepteurs crbraux : la famille des
enkphalines et la famille des endorphines. Ces molcules participent au contrle de la
douleur. Elles contiennent le mme ttra peptide N-terminal (Tyr-Gly-Gly-Phe).
Les peptides vasomoteurs
Citons des peptides vasoconstricteurs :
- l'angiotensine II est un octapeptide
- les endothlines, dont la production est localise dans le tissu pulmonaire sont des
peptides de 21 aminoacides,
des peptides vasodilatateurs :
- l'oreillette du cur scrte une famille de peptides natriurtiques atriaux (ANP) qui
agissent au niveau rnal en augmentant la scrtion d'ions Na+ et dans la diurse (limination
d'eau) : chez l'homme, l'-ANP est un polypeptide de 28 aminoacides.
- la bradykinine est un hypotenseur libr lors d'une raction inflammatoire.
Les molcules de l'inflammation
Une agression tissulaire dclenche une raction de dfense d'abord locale : c'est la raction
inflammatoire dont les manifestations sont douleur, chaleur, rougeur et dme provoqus par
des molcules vasodilatatrices :
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O
R
cycle
thiazolidine
C NH
liaison
peptidique
CH3
S
CH CH C
CH3
CH
C
N
O
Pnicilline
R dpend de la souche de Penicillium
COOH
4.6.
La synthse peptidique
2.1.
Structure primaire
Elle est dfinie par la composition et l'enchanement des aminoacides dont la dtermination
peut se faire par :
- des mthodes directes
- des mthodes indirectes partir de la squence d'un ARN messager dont la traduction est
base sur le code gntique.
Les mthodes utilises sont celles qui sont dcrites dans le paragraphe 4.4 (Dtermination de
la structure d'un peptide). Les mthodes les plus utilises sont soit la dgradation rcurrente
d'Edman, soit la spectromtrie de masse. Toutefois celles-ci obligent utiliser des fragments
peptidiques d'une longueur infrieure 200 aminoacides pour la premire et 30 aminoacides
pour la seconde : il faut donc utiliser les techniques classiques pour obtenir des fragments
analysables comme l'hydrolyse de la protine par des enzymes protolytiques ou des
hydrolyses chimiques spcifiques avec BrCN ou NTCB.
Les problmes rencontrs seront identiques que ceux dj dcrits pour la dtermination de la
structure d'un peptide :
- prsence de ponts disulfure intra-chane ou inter-chane
- cyclisation de l'aminoacide N-terminal pour la mthode d'Edman
2.2.
Structure secondaire
R
C
C
N
L'angle didre est compt positivement quand on dplace dans le sens des aiguilles d'une
montre l'atome situ en avant pour qu'il se superpose l'atome situ en arrire (dans la
reprsentation de Newmann). Les angles et sont caractristiques de la gomtrie locale
des deux plans de liaisons peptidiques conscutifs
- : rotation autour de la liaison C-N
- : rotation autour de la liaison C-C
5.2.2. -hlice
C'est une structure locale rptitive et relativement compacte dont les caractristiques
principales sont :
- la structure est stabilise par les liaisons hydrogne de l'atome d'oxygne (C=0 d'une
liaison peptidique i avec l'atome d'hydrogne (N-H) de la liaison peptidique (i+4)
- les radicaux des rsidus sont l'extrieur de l'hlice, ce qui minimise les encombrements
striques
- l'hlice ne peut s'tablir qu'avec des rsidus de la mme srie (L ou D)
- la configuration L des aminoacides privilgie un enroulement droite (dans un
enroulement gauche, les chanes latrales recouvrent trop le squelette de l'hlice)
- les plans des liaisons peptidiques sont parallles l'axe de l'hlice et forment le squelette
de l'hlice.
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Caractristiques de l'hlice :
- pas : 0,54 nm par tour
- nb de rsidus par tour : 3,6
- translation par rsidu : 0,15 nm
- diamtre de l'hlice : 0,50 nm
- angles didre : = - 57 et = - 47
- la liaison hydrogne C=O--------N-H, d'une longueur de 0,286 nm, est presque
parallle l'axe de l'hlice
R
C i+5
O
O
R
i+3
H C N
C
H
R
N
i+4
H
pas
O,54 nm
C
O
R
i
NH
H C N
R
C
H i+1
N
sens du
peptide
Cette structure est favorise par les rsidus dont les chanes latrales ne portent pas de
charges et dont l'encombrement strique est faible.
Certains rsidus dstabilisent l'hlice par la prsence de charge dans leurs chanes latrales
(Asp, Glu, Arg et Lys).
La proline est un point de rupture d'une hlice pour deux raisons :
- il n'existe pas de NH pour une liaison hydrogne
- le cycle rigide pyrrolidone engag dans la liaison peptidique bloque la rotation, dtruisant
la continuit de l'hlice.
5.2.3. Feuillet
Les liaisons hydrogne des atomes d'oxygne (C=0) et d'hydrogne (N-H) d'une liaison
peptidique se rptent non plus sur une portion continue de la chane peptidique mais entre
des segments diffrents qui peuvent appartenir la mme chane ou des chanes diffrentes.
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Cette structure est une structure plat, tire et tale : feuillet pliss.
Le sens peptidique des deux brins adjacents peut tre identique ou contraire, les feuillets sont
respectivement dits parallles ou anti-parallles. Ces derniers sont plus stables, les liaisons
H subissant de plus faibles distorsions.
Les chanes latrales des rsidus se distribuent alternativement de part et d'autre du plan
moyen.
Les feuillets parallles et anti-parallles ont des caractristiques trs similaires :
- parallle
- translation : 0,32 nm
- angles didre : = - 119 et = 113
- anti-parallle
- translation : 0,34 nm
- angles didre : = - 139 et = 135
H
N
H
N
H
H
N
H
H
R
N
0,66 nm
brins parallles
H
N
H
N
N
H
N
O
N
H
H
O
H
O
R
H
OR
N
H
N
H
brins antiparallles
Une liaison peptidique sur deux ne participe pas une liaison hydrogne : cela implique que
nous pourrons avoir une structure en feuillet pliss, compose de plus de deux brins.
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1.1.4. Le coude
Certaines rgions protiques ne sont pas structures dans des conformations priodiques.
Toutefois leurs structures sont semblables par le fait qu'elles imposent un changement
brusque de direction de 180: on les appelle coude ou tour ( turn). La lettre rappelle
qu'ils sont indispensables pour des feuillets de chanes anti-parallles.
Cette structure peut tre ralise de diffrentes manires, toutefois on peut dire :
- c'est un court segment peptidique de 2 4 rsidus
- une ou deux liaisons hydrogne se forment entre le premier et le dernier rsidu du coude
- la configuration de la proline est telle qu'elle provoque un changement de direction et peut
donc tre presque elle seule un coude.
O
C
3
R3
R2
C
2
R4
N
C N
1
R1
Coude 4 rsidus
C
H
H
R
C N
C N
H C O
O
Conformation trans
Conformation cis
Dans le coude 4 rsidus, les rsidus R2 et R3 avec des chanes latrales portant des charges
favoriseront une telle structure (chanes latrales l'extrieur et interagissant avec l'eau). Les
rsidus R1 et R4 avec des chanes latrales de faible encombrement strique favoriseront
cette structure.
Certaines rgions protiques ne sont pas structures dans des conformations priodiques
comme l'-hlice ou le feuillet pliss : leur forme irrgulire est qualifie de pelote
statistique (random coil). Cette structure n'est pas pour autant inorganise, elle obit aux
contraintes locales de voisinage.
1.3.
Structure tertiaire
L'arrangement spatial des structures secondaires locales aboutit une forme globale
spcifique de la protine maintenue par des interactions qui peuvent tre de nature diffrente :
- liaison covalente : pont disulfure
- liaisons ioniques entre groupements chargs de signe oppos (pont salin)
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Phe Val
Ile
Leu
Met
interactions
hydrophobes
O
O
N-terminal
O
+
NH3
H
O
liaison hydrogne
entre chanes latrales
C-terminal
pont salin
attraction lectrostatique
Les liaisons ou interactions entre chanes latrales des rsidus,
impliques dans la structure tertiaire des protines
La structure tertiaire d'une protine est le paramtre fondamental dont dpend l'expression de
ses fonctions biologiques qu'elles soient structurales ou dynamiques (protines des
membranes ou du cytosquelette ou etc, rcepteurs, enzymes, etc). Cette structure est trs
dpendante des interactions que nous venons de dcrire. Ces interactions subissent l'influence
du milieu dans lequel elles se trouvent (solvant, temprature, pH, force ionique, agents
dtruisant ces interactions, etc).
La conformation native de la protine est la structure tertiaire qui correspond celle qui
exprime sa fonction biologique dans les conditions physiologiques. Un traitement dtruisant
cette structure qui a pour consquence de supprimer sa fonction est appel dnaturation :
elle aboutit un tat plus dsorganis de la molcule.
L'tude des protines est la partie la plus importante de l'enseignement de deuxime cycle,
nous n'aborderons pas les relations structure-fonction, ni les proprits physicochimiques.
Avant de nous arrter, citons les deux grands types de structure des protines :
- protines fibreuses : elles forment des agrgats ordonns de protines qui sont en gnral
sous une unique conformation principale, soit -hlice (la kratine a est sous formes de
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torsades de dimres en -hlice) ou feuillets plisss (les fibrones sont des empilements de
protines en feuillets plisss ).
- les autres protines sont dites globulaires : leurs structures tertiaires sont trs dpendantes
des interactions. Elles peuvent comprendre des motifs de structure -hlice ou feuillets
plisss . On les subdivise en groupes par rapport la dominance des motifs de structure
secondaire :
- protines domaine
- protines domaine
- protines / : elles comprennent des domaines et des domaines (les plus
nombreuses).
Les mthodes de dtermination de la structure tertiaire d'une protine les plus utilises et
performantes sont :
- analyse par diffraction aux rayons X de cristaux de protines : cette technique a t utilise
partir de 1937 et permit de dterminer des structures partielles (premires tudes sur
l'hmoglobine par Max PERUTZ). La premire rsolution complte de la structure d'une
protine (myoglobine de cachalot) 0,28 nm fut ralise par John KENDREW en 1968.
Depuis, des centaines de structures tertiaires de protines ont t rsolues.
- par rsonance magntique nuclaire (RMN), limite des fragments d'au maximum 80
100 rsidus.
D'autres mthodes prdictives, essentiellement informatiques, sont utilises. Elles sont bases
sur la comparaison de structure primaire d'une protine avec d'autres protines dont on
connat la structure tertiaire (banques de structure 3D).
5.4.
Structure quaternaire
C'est l'organisation des protomres qui dfinit la structure quaternaire d'une protine forme
de multimres. De manire trs succincte, indiquons que :
- l'association ou la dissociation des protomres permettent ces protines d'avoir des
fonctions de signalisation ou de contrle (l'enzyme protine-kinase dpendante de l'AMP
cyclique)
- l'interaction entre les protomres (sous-units) est un moyen trs prcis de rgulation :
phnomne coopratif de fixation de ligands, enzymes allostriques, rcepteurs
membranaires
- les isoformes des protines : elles ont les mmes fonctions, toutefois leur structure est
dpendante du tissu soit au niveau du nombre de protomres dans l'association soit une
diffrence au niveau du protomre.
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