Professional Documents
Culture Documents
ubat- 2012
IS A
NDEKLER
NSZ .................................................................................................................................
GR ......................................................................................................................................
ii
iii
1. SU ve AST-BAZ KAVRAMLARI
2. HCRE
12
3. BYOMOLEKLLER
39
51
5. PROTENLER
68
6. ENZMLER
89
101
8. LPDLER
107
119
131
150
12. KARBOHDRATLAR
165
179
196
226
231
248
269
271
NSZ
Sevgili renciler,
nn niversitesi Fen Edebiyat Fakltesi Biyoloji Blm 3. snfnda zorunlu bir ders olan
Biyokimya (BIOL 301/302), iki dnem boyunca haftalk 3 saat olarak okutulan bir derstir. On
yldan beridir rencilerimize verile gelen bu notlarn ierii her yl yeniden gzden geirilip
uygun yenilemeler ve dzeltmelerle gncellenmektedir. Geen yl olduu gibi bu yl da kitap
Biyokimya I ve Biyokimya II olmak zere iki cilt halinde baslmtr. Kitap batan sona gzden
geirilerek her cildin sonuna kullanl tablo, grafik ve dizinler eklenmitir. Ayrca, her iki cilde
Biyokimya ve Molekler Biyolojide yaygn kullanlan birok terimi ieren bir szlk
eklenmitir. Yaplm olan eitli dil bilgisi ve yazm hatalarnn yannda, geni bir alan kapsayan
ve her gn gelien biyokimya gibi bir bilim alan iin hazrlanm olan bu notlarda, varsa bilimsel
hatalarn da ho grleceini umuyorum.
Sevgilerimle,
Hikmet Gekil
Malatya
Ekim 2011,
ii
iii
iv
molekler ieriklerinin ou, karbon atomuna baka bir karbon atomu, hidrojen, oksijen veya
azotun kovalent balanmasndan meydana gelmitir. Karbon, zel ba yapma zelliinden dolay
ok sayda farkl molekln oluumuna imkan salar. Molekl arl 500 daltonun altnda olan
organik yaplar, rnein, amino asitler, nkleotidler ve monosakkaritler, sras ile proteinleri,
nkleik asitler (DNA ve RNA) ve polisakkaritleri olutururlar. Tek bir protein 1000 kadar amino
asit ierebilir. Tek bir DNA molekl milyonlarca nkleotidden olumu olabilir. Escherichia coli
nin her hcresinde 3000 kadar farkl sayda protein, bir o kadar da farkl nkleik asit molekl
(RNA) bulunur. Bunlar hepsi, ancak, tek bir DNA molekl (4,2 milyon baz ifti veya nkleotid
ifti) tarafndan kodlanr. Proteinler 20 eit monomer (amino asit) oluurken, nkleik asitler 4
eit monomer (nkleotid) den oluurlar. Nasl ki 29 harflik Trk alfabesinden snrsz sayda
kelime, cmle ve kitap yazlabilirse, bu monomerlerin de birbirlerine kovalent balanmalar ile
snrsz say ve eitte protein ve nkleik asit molekl oluabilir. Tm canllar ayn
monomerleri ierirler, ancak her canlnn karakteristik zellikleri bu ayn monomerlerin polimer
yapda farkl dizilimleri ile ortaya kar.
Bu dersin konusu iinde hayatn en nemli molekllerini tanyacaz. Onlarn oluumu, yaplar,
fonksiyonlar, gibi konular analiz edilerek nemli biyokimyasal fenomenler zerinde
durulacaktr. ki dneme yaylm olan konular iinde, biyolojik olarak nemli molekl,
makromolekl ve yaplarn fiziko-kimyasal zelliklerini tanmak, fonksiyonlarn incelemek ilk
dnemin konular iinde iken, ikinci dnem ayn yaplarn metabolizmas (sentezi ve
paralanmas), ve bu metabolizmay regle eden yap ve sistemler zerinde durulacaktr.
Biyokimya biliminin temel amac, cansz maddelerin nasl bir araya gelip canl organizmay ve
dolays ile hayatn devamn saladn ortaya koymaktr. Her ne kadar, tp, tarmclk,
beslenme ve endstride biyokimyasal almalar nemli ise de, bu bilimin en ileri amac hayatn
bilinmezlerini aratrmaktr.
HG
vi
1.2
Solsyonlardaki birok madde proton alma ve salma kapasitesine sahiptir. Brnsted asid-baz
kuramna gre asit hidrojen iyonu (proton) veren bir madde iken, baz (alkali) hidrojen alan bir
maddedir. Dolays ile proton veren bir asit ortamda bir baz oluumuna neden olur. Bylece orijinal
asit ve yeni oluan baza konjuge asit-konjuge baz cifti denir. Protonu alp asit forma dnen baz
baka bir bazdr:
HA
+
B
A+
HB
Asit
Konjuge baz
Konjuge asit
Baz
Bylece her iyonizasyon reaksiyonunda iki konjuge asit-konjuge baz ifti vardr. Yukardaki durumu
gerek bir rnekle ifade edersek, asetik asit bir asit iken, asetat bir bazdr. Yine, amonyum iyonu
(NH4+) bir asit iken, amonyak (NH3) bir bazdr. Dier bir deyimle bir asit protonunu (H)
kaybederse onun konjuge baz formu oluurken, konjuge bir baz bir proton kazanrsa onun konjuge
asit formu oluur. Baz asitler suda komple znrler, yani tm protonlarn ortama salarlar. Bu
eit maddelere kuvvetli asit veya kuvvetli baz denir. Kuvvetli asit ve kuvvetli bazlar sulu bir
ortamda % 100 iyonize olurlar. rnein, HCl solsyonda % 100 H3O+ ve Cl- iyonlarna iyonize olur:
HCl
+
H2O
H3O+ +
ClSulu zeltilerde H3O+ (hidronyum iyonu veya dier bir deyimle suyun konjuge asiti) hidrojen iyonu
(proton)un gerek formudur. Bu nedenle yukardaki reaksiyon daha basit ekilde,
HCl
H+
+
Cl+
+
eklinde ifade edilebilir (yani H3O = H ). Bir rnek verirsek, eer 1 M HCl suda znrse 1 M H+ ve
1 M Cl- aa karken, yine kuvvetli bir asit olarak kabul edilebilecek slfrik asit (H2SO4) ayn
konsantrasyonda (1 M) suda znrse 2 M H+ ve 1 M SO4- iyonu aa kar.
Zayf asit ve bazlar karakteristik disosasyon (iyonizasyonu) sabitelerine sahiptirler. Hidroklorik,
slfrik, nitrik asit kuvvetli asitler olup suda tamamen znrler. Sodyum hidroksit ve potasyum
hidroksit ise kuvvetli bazlardan olup yine suda tamamen znrler. Ancak, biyokimyaclar daha
ok, suda tam olarak iyonize olmayan zayf asit ve bazlarla alrlar. nk bu eit asit ve bazlar
canl metabolizmasnda nemli rol alrlar (her enzimin veya proteinin zel bir pH deerinde
optimum aktivite gsterir). Asitler proton (H+) verici, bazlar ise proton alclardr. Bu ekilde
konjuge asit-baz ifti oluur. Zayf bir asit olan asetik asit
(CH3COOH) bir proton verici, asetat anyonu (CH3COO-) ise
alcsdr:
CH3COOH H+ + CH3COO[HA] [H+] + [A-]
iyonizasyonu reaksiyonlarnda denge sabiteleri genellikle
iyonizasyonu veya disosasyon (ayrm) sabiteleri (Ka)
olarak da adlandrlr:
Ka= [H+] [CH3COO-]/ [CH3COOH]=
= [H+] [A-]/[HA]
[H+]=Ka[HA]/ [A-]
-log[H+]=-log
Ka + log [A ]/[HA]
pH=pKa + log [A-]/[HA] (Henderson-Hasselbalch (H-H)
Eitlii). Bundan sonra bu eitlie ksaca H-H eitlii
diyeceiz.
Kuvvetli asitler byk Kalara sahipken, zayf asitler kk
Kalara sahiptirler. pKa pHnin analou olduundan;
ZML SORULAR
1. Tm biyokimyasal reaksiyonlar suda oluurlar. Suyun konsantrasyonu 55.5 M (Molar), pHs ise
7.0dir. Bu rakamlar nasl elde ederiz?.
2. Kuvvetli bir asite rnek vererek ksaca tanmlaynz.
3. Zayf bir asite rnek vererek ksaca tanmlaynz.
4. Aadakilerden hangisi en dk pH deerine sahiptir?
A) 0.1 M HCl
B) 0.1 M asetik asit(pKa = 4.86)
C) 0.1 M formik asit (pKa = 3.75)
D) 10-13 M NaOH
5. Bir bileiin pKa deeri 7.4tr. Bu bileiin pH deeri 8.0 olan 100 ml 1.0 Mlk solsyonuna 30 ml
1.0 M HCl eklenirse yeni solsyonun pH?
A) 7.58
B) 7.40
C) 7.22
D) 6.80
E) 6.53
6. Suda etanoln (CH3CH2OH) etandan (CH3CH3)daha kolay erimesinin sebebi nedir?
7. 50 mL 0.1 M sodyum asetat solusyonu ile 150 mL 1 M asetik asit (pKa = 4.7) solusyonunun
karmndan kan yeni solusyonun pH?
8. pKa deeri 4.0 olan zayf bir asitin Kas nedir?
9. Laktik asit mi (pKa = 3.86) yoksa asetik asit mi(pKa = 4.76)daha kuvvetli bir asittir?
10. Eer 0.1 mol zayf asit (Ka of 1.00 x 10-4 M ) 1 litre suda znrse, asit (HA) ve konjuge bazn (A-)
denge konsantrasyonlar ne olur? Bu solsyonun pH?
11.Aadakilerden hangisi sulu zeltiler iin dorudur?
A)Solu solsyonlarda hidrojen balar kolayca oluur
B)Ykl molekller genellikle suda erimezler
C)pH 5.0ten 6.0ya rat hidroksil iyon konsantrasyonunda ([OH]) % 22lik bir art ifade eder.
D)pH 8.0den 6.0ya d proton konsantrasyonunda ([H+]) 100 katlk bir d ifade eder.
12.Hidronyum iyonu:
A)hidratlanm (sulu) bir protondur
B)hidratlanm (sulu) bir hidrojen iyonudur
31. 0.22 M laktik asit solsyonunda 0.20 M ayrm, 0.02 M ayrmam formu bulunuyorsa,
solsyonun pH? (Laktik asitin pKa deeri 3.9).
32. Baz amino asitlerin yan zincirleri (R) fonksiyonel gruplara sahip olup su
ile temas ettiklerinde hidrojen ba yaparlar. Yanda verilen amino asit yan
zincirleri ile su arasnda oluabilecek muhtemel hidrojen balarn izerek
gsteriniz.
33. Hocanz size 50 ml solsyon A (0.02 M Na2HPO4) ve 50 ml solsyon B (0.02 M NaH2PO4)yi biri
birine kartrarak 100 ml 0.02 M pH 7.2 olan sodyum fosfat tamponu hazrlamanz syledi. Normalde
byle bir tamponu 0.02 M NaH2PO4 zerine seyreltik NaOH ekleyerek veya 0.02 M Na2HPO4 zerine
seyreltik HCl ekleyerk daha kolay hazrlayabilirdiniz. Ancak, hocanz size kendi syledii tamponun
(yani NaH2PO4 ve Na2HPO4 karmnn) daha etkili bir tampon olduunu sylyor. Neden?
34. Tablodaki hangi bileik verilen titrasyon erisini temsil etmektedir?
Bileik
pK1
pK2
pK3
Fosforik asit
2.15
7.20 12.15
Asetik asit
4.76
Sksinik
4.21
5.64
asit
Borik asit
9.24
12.74
Glisin
2.40
9.80
35. Besinlerin mide ve barsaktan emilimi molekllerin hcre membranndan geip dolama
karmalarna baldr. Hidrofilik veya ykl molekllere nazaran hidrofobik molekller daha kolay
emilir. Azdan alnan ilalarn emilimi sindirim sistemlerimizdeki pH ve pKa deerleri ile ilikilidir.
Aspirin (Asetilsalisilik asit) iyonize olabilen bir karboksil grubuna (COOH) sahip olup bu grubun pKa
deeri 3.5tir. Bu ilacn protone formunun pH deeri 2.0 olan bir midede ve pH deeri 5.0 olan bir ince
barsaktaki emilim yzdesi nedir?
36. Glisinamid (+H3NCH2CONH2)in (a) pH 7.5, (b) pH 8.2 ve (c) pH 9.0da % ka protone olmamtr?
(Not: Glisinamid iin pKa 8.20).
10
11
Blm 2: HCRE
2 HCRE
2.1 En kk canl: Hcre
Zarla evrili bir yap olan hcre, genetik bilgi ve dier elemanlar (r. protein, DNA, lipid, vd.) ierir.
rnein, bu elemanlardan enzimler aracl ile maddeler metabolize edilirler. Bu sayede hcre
byr ve yeni hcrelere oalr. Tm organizmalar hcrelerden yaplmlardr. Bazlar tek hcreli
(bakteri, amip, vs), bazlar ok hcrelidir (insan, hayvan, bitki). Bir kelebein zar gibi grnen
kanad ince bir hcre tabakasndan olumutur. Ksaca, gz bebeimizin en di zarndan, diimize,
derimize trnamza kadar her ey hcrelerden olumutur. Yediimiz hamburger bile hcrelerden
olumutur ve ksa sonra onun ierii bizim hcre ieriine dntrlecektir. Su anda elinizde
tuttuunuz kursun kalemin odun ksmi hcrelerden meydana gelmitir, vs. Temel hcre teorisine
gre; yaayan organizmalarn yapsal ve ilevsel zelliklerinin temel biriminin hcre olduu ve
hcrenin tek bana canllk zellikleri olan beslenme, reme ve metabolizma ilevlerini
yrtebildii, ayrca tm canllarn da hcrelerden olutuu gr kabul edilmitir.
2.2 Hcrelerinin yapsal zelliklerine gre canllar
Kendilerini oluturan hcrelerin yapsal zelliklerine gre gezegenimizdeki tm canllar iki ana
grup iine sokulabilirler:
1. Prokaryotlar
2. karyotlar
Prokaryotlarn hepsi MONERA kingdomu (alem) iinde yer alp iki ana gruba (domeyn) ayrlr:
1. Gerek bakteriler (bakteriler)
2. Eski dnya bakterileri (arkeikler)
karyotlar ise drt leme sokulabilirler:
1. Protistler (bitki benzeri, hayvan benzeri ve fungus benzeri tek hcreli karyotlar)
2. Bitkiler
3. Funguslar (mayalar, mantarlar, kfler, vs.)
4. Hayvanlar
ekil: Canllarn 5 lem (ng. Kingdom) snflamas. Rakamlar, o gruba ait ilk canllarn ortaya
kmasn milyar yl olarak ifade etmektedir.
12
13
Blm 2: HCRE
ekil: Tipik bir hayvan hcresi. pER, przl Endoplazmik Retikulum; dER, dz Endoplazmik
Retikulum.
14
Sitoplazma
Hcre blnmesi
Kromozomlar hcre
membran ile ekilirler,
Mitoz yok
Kromozomlar i iplikikleri
yardm ile ekilir,
Mitoz var
Hcresel yap
Tek hcreli
ou ok hcreli bazlar
tek hcreli
Hcre, organel ve makro molekllerin boyut ve arlklarndan bahsedilirken, metrik sistemin kk
birimleri kullanlr. Bu birimler gram ve cmden binlerce defa kktrler. Bunlar ksaca
hatrlayalm:
1 m = 10-6 m (metre)=10-4cm= 10-3 mm
1 nm (nanometre)= 10-9 m
1 oA= 10 nm= 10-8 cm
1 g= 1000 mg= 1,000,000g
1 g= 1000 ng= 1,000,000 pg
1 pg= 10-12 g
1 ml=1000 l= 1 cm3
1 ml su= 1 g
1 l su= 1 mg
1 ppm (milyonda bir ksm) rnein,1 litrede
1 l veya 1 kg.da 1 mg.
1 pbm (milyarda bir ksm) rnein, 1 litre
suda 1 ng madde
ekil: ki m byklndeki bir bakteri
hcresinin (Escherichia coli) elektron
mikroskobu ile 23,000 defa bytlm
grnm.
15
Blm 2: HCRE
Hcreler ekilleri ile deil ayn zamanda byklkleri ile de biri birinden ayrlrlar. Birka hcre
eidi plak gzle grlebilecek kadar byk iken, hcrelerin ou plak gzle grlemezler.
rnein, bir zrafann bir sinir hcresi zrafann omurgasndan ayana kadar olup 2 m uzunlukta
olabilir. Bir insan yumurtas bu cmlenin sonundaki nokta byklnde olabilir. Ancak hcrelerin
ou 10-50 m apndadr. Bu byklk bu cmlenin sonundaki noktann yaklak 1/500 kadar
olduundan plak gzle grlmez.
Bir hcrenin bykl onun d yzey alan ile hacmi arasndaki ilikiye baldr (yzey
alan/hacim). Yani dier bir deyimle hcrenin bykl yzey alan ve hacim tarafndan snrlanr.
Hcre bydke onun hacmi yzey alanndan ok daha fazla byr. Hacim bydke, hcrenin
iine girmesi gereken madde (r. Oksijen ve besinler) miktarnn da ayn oranda artmas gerekir.
Ancak, buna yetiemeyen bir yzey alan bymesinden dolay hcre blnerek yzey alann
oaltmaya alr. nk, mikroskopik (kk) yaplar makroskopik (byk) yaplara gre daha
byk bir yzey alan/hacim oranna sahiptir.
1. Yandaki kp belli hacim ve yzey alanna sahiptir.
Toplam yzey alan kpn alt yznn alannn
toplamdr. rnein, kpn bir kenar 12 cm ise, hacmi
12 x 12 x 12= 1723 cm3 veya ml iken, yzey alan 6 (12
x12)= 664 cm2dir.
2. Eer yukardaki kp 8 adet eit kpe blersek, 48 adet yzey elde ederiz. Burada toplam hacim 8
(6 x 6 x 6) = 1728 cm3, yani ayn kalrken, yzey alan iki katna kar 48 (6 x 6)= 1728 cm2.
3. Eer yukardaki 8 adet kpmzn her birini 8 adet kpe blersek toplam 64 kp elde ederiz.
Tm bu kplerin hacmi en bataki kpmze eit iken (yani 1728 cm3), toplam yzey alan yine iki
katna kar (yani, 3456 cm2).
ekil: Kk hcreler maddeleri byk hcrelere gre daha kolay alr ve kullanrlar. nk kk
hcreler daha byk bir yzey alan/hacim oranna sahiptir.
16
ekil: Tipik bir memeli hcresinin ierii. Hcrenin kuru arlnn byk ksm protein gibi
grnmekte ise de, bu proteinlerin yarsnn glikan, lipid ve dier metabolitlerle modifiye halde
bulunduklar tahmin edilmektedir.
17
Blm 2: HCRE
ekil: Gnmzde evrenin yaklak olarak 11 ile
15 milyar yl nce ortaya kt ve bu haline
evrimletii dnlmektedir. Dnyamz ise
yaklak 4.5 milyar yl nce olumutur.
Oluumundan itibaren dnya - jeolojisi ve evresi
ile birlikte - saysz fiziksel ve kimyasal gcn
etkisiyle deimitir ve deimeye devam
etmektedir. Dnyada yaam en az 2.5 milyar yl
nce ortaya kmtr. Bundan ksa bir sre sonra,
fotosentez yapan canllarn evrimlemesi, en az iki
milyar yl ncesinden balayarak atmosferin yava
yava nemli miktarlarda oksijen ieren bir biime
dnmesine yol amtr. Soluduumuz oksijeni
aa karmasnn tesinde, fotosentez sreci,
gezegenimizde insan yaamnn baml olduu
sabit enerji ve besinin son kertedeki kaynan
oluturur.
Hcrelerin ou mikroskobik byklklerdedir.
Hayvan ve bitki hcreleri tipik olarak 10-30 m
(mikron metre) apnda iken, bakteri hcreleri 12 m boyutlarndadr. Hcrelerin temel yaps, bundan sonraki derste greceimiz makro
molekllerden olumutur. Bu dersimizde daha ok karyotik hcrelerin yaplar zerinde
duracaz. Her ne kadar karyotik hcreler birok deiik formda ve
fonksiyonda bulunurlarsa da, hepsinin paylat zellikler vardr.
rnein, hepsi plazma (hcre veya sitoplazma) membran (zar)
denen bir zarla evrili, hepsinde sitoplazmik iskelet adi verilen ve
hcreye destek grevi yapan bir hcre matriksi ve eitli
organellere sahiptirler ki bu organeller kendilerine has zarlarla
evrilidirler. Simdi bu yaplar zerinde ksaca duralm.
ekil: Canl sistemler ve onlarn yapsna giren molekllerin boyutlar.
Sitoplazmik iskelet (ng. Cytoskelaton)
Bir ka eit protein filamenti hcre sitoplazmasn batan baa
geerek hcreye destek ve kre eklinde olmasn salayan bir yap
kazandrr ki buna sitoplazmik iskelet (sitoplazmik matriks) denir.
karyotlarda sitoplazmik iskelet hcre blnmesinden hareketine
kadar hemen her tr biyolojik olayda nemli rol stlenir. Hatta bir
aa grnmne sahip nron (sinir hcresi) ile konkav bir disk
grnmne sahip bir eritrosit (krmz kan hcresi), bu yaplarn
farkl sitoplazmik iskletle kazanrlar. Sitoplazmik iskelet hcre
eklinin korunmas iin gerekli olan yapsal kararll salar.
Dolays ile hcrelerin farkl morfolojileri de byk oranda hcresel
sitoplazmik iskeletle belirlenir. Bu olaanst hcre iskeleti a temel olarak ipliksi tip
proteinden yaplmtr: aktin, mikrotbller ve intermediet (orta boy) filamentler. Bu
proteinler kendilerine zg biyofizik ve biyokimyasal karakteristiklere sahiptir.
18
19
Blm 2: HCRE
mikrotbllerin oluturduu silindrik bir gruptur. aplar 150 nm ve uzunluklar 350500 nm
arasndadr. Her biri 9 adet mikrotbl ls (triplet) ierirler.
ekil: Sentriollerin yaps. Sentrioller molekler seviyede
mikrotbllerden oluurlar. Sentrozom denen nukleusa
yakn bir blgede bulunurlar. Sentriollerin yapsn
oluturan
mikrotbller
tbilin
proteinlerinin
polimersizayonu ile meydana gelip ayn zamanda
sitoplazmik iskelette destek, baz organellerin yapna girme,
hcre hareketinde rol oynama, hcre bnmesinde, ve hcre
ii madde transferinde rol oynama gibi fonksiyonlar da
vardr. Hcre blnmeden nce sentriyoller blnr ve
hcrenin farkl kutuplarna hareket ederek orada i
iplikiklerinin oluumunu balatrlar.
Bir ldeki her bir mikrotbl, komu mikrotbl duvarnn bir blmn paylar. Bir interfaz
hcresinde, uzun eksenleri birbirine dik ekilde yerlemi bir ift sentriol vardr ve her birinin
etrafnda ok sayda elektron youn satellitler ya da perisentriolar cisimler bulunur. Dier
sitoplzmik mikrotbller, perisentriolar cisimlerden kaynaklanr ve evreye doru radiyal bir
biimde dalr. Sentrioller, hcrenin yapsal organizasyon merkezleridir. Sentriol dublikasyonu,
hcre blnmesi ncesi olmas gereken bir olaydr ve mitoz srasnda sentrioller, mitotik iin
mikrotbllerini organize ederler. Sentrioller bazal cisimleri oluturabilirler. nterfaz hcrelerinde
sentrioller ekirdee yakn ve genellikle Golgi kompleksi tarafndan evrelenmi ekilde bulunurlar.
nterfazn S evresinde her bir sentriol oalarak prosentriol oluturur. Bunlar da uzunlamasna
byyerek orjinal boyutlarna eriirler. Mitoz srasnda yeni sentriol iftleri, mitoz mekiini
organize etmek zere, hcrenin kar kutuplarna doru hareket ederler. Mitotik bir hcrenin iki zt
kutbunda yerleik sentriol iftlerinin arasnda bulunan i biimli mikrotbllere mitoz mekii
denir. mikrotbllerinin bazlar (kesintisiz lifler) bir sentriolden dierine kesintisiz olarak
uzanrlar. Dierleri (kromozomal lifler), bir sentriolden uzanr ve bir kromozomun sentriolne
tutunurlar. iplikikleri mitoz srasnda kromozomlarn ayrlmas iin kullanlrlar. Kromozomlara
sentromerlerinden balanm i iplikiklerini yapan tbller depolimerize (ykldnda)
kromozomlar kutuplara ekilmi
olurlar.
ekil: Flagella. Hcre yzeynden
darya
doru
uzanan
ve
tbllerden oluan yaplardr.
Hcrenin hareketi sorumludurlar.
Sillerden daha uzun fakat daha az
sayda (genellikle hcre bana bir
adet) bulunurlar. Kaynak:Pearson
Education ve Benjamin Cummings
(2003)).
Aktinler
ve
mikrotbller
ayrca hem organel ve hem de
hcrenin kendisinin hareketinde
nemlidirler
(bu
filamentler
flagella ve sillerin yapsna
girerler.
20
Flagellum bir sile ok benzer. Ancak, silden ok uzundur ve bir hcrede 1 ya da 2 tane bulunur.
nsanda ve dier memelilerde flagellum, yalnzca 5055 m uzunluunda ve 0.20.5 m kalnlnda
olan spermiumun kuyruunda bulunur.
ekil: Siller. Hcre yzeynden darya doru
uzanan ve tbllerden oluan yaplardr. Hcre
hareketi ve eitli materyalleri hcre yzeyi
boyunca hareketten sorumludurlar.
Siller hareketli olup, etraflar plzma membran
tarafndan evrilmitir. Her silin ortasnda
aksonem denilen bir gvde blm vardr.
Aksonem, ortada bir ift ve birbirine yapmam
mikrotbl ile bunlarn etrafnda 9 tane
mikrotbl iftiinden olumutur (9+2 dzeni).
Bir iftin her bir eine, alt-fibril A ve B denir. Altfibril A, tam bir mikrofibrildir ve 13 tane
protofilament tblinine sahiptir. Alt-fibril B, 10
ya da 11 protofilamente sahiptir ve duvarnn
eksik tarafn einin (yani A alt-fibrilinin) duvaryla tamamlar. Her bir ait-fibril Ann duvarndan
dinein (ATP az aktiviteli bir protein) denilen bir ift kol, komu ifte doru uzanr. Neksin ad
verilen protein kprler, komu iftleri bir birine balarken, radiyal uzantlar da iftleri, sentral
mikrotbl iftinin etrafndaki klfa balar. Her aksonem, balanm olduu bazal cisim tarafndan
organize edilir.
ekil: Mikrovili. Plazma zarnn uzantlardr.
Bylece hcereye daha fazla bir yzey alan
salanr. Bir hcre yzeyinde bir ok sayda
bulunurlar. Sillerin 1/10u uzunlukta olup,
hareket etmezler.
(c) ntermediyet (orta boy) filamentlerin
kalnl (1012 nm), mikrotbl ile mikrofilamentlerin kalnl arasndadr. Yapsal olarak nklear
laminlerle ilgili ve hcre tipine gre farkllk gsteren proteinlerden olumulardr. Epitel
hcrelerindeki sitokeratinler, mezenimal kkenli hcreler (r. fibroblast, kondrosit) deki
vimentin, kas hcrelerindeki desmin (skeletin), glia hcrelerindeki glial filamentler,
nronlardaki nrofilamentler intermediyet filament proteinlerine rnektir. ntermediyet
filamentlerin fonksiyonlar hcre eklinin korunmas ile ilgilidir. ntermediyet filament tiplerinin
ou sitoplzmann her tarafna yaylmlardr.
PLAZMA MEMBRANI (STOPLAZMK ZAR)
Hcrelerin etrafnda kendilerini d ortamdan ayran bir plazma zar (hcre zar) bulunur. Hcreye
madde girii kn dzenlemek, hcrehcre ilikilerini dzenlemek, hcre tannmasn salamak
gibi birok zellikler hcre zar tarafndan salanr. Hi bir ey bu zar gemeden hcre iine
giremez. Her trl sv ve madde al-verii membran aracl ile olur. yonik partikller ve byk
molekller membrandan basite geemezler. Ancak, daha kk molekller, rnein, oksijen, su,
karbon dioksit basit difzyonla (maddenin yksek konsantrasyonlu bir blgeden daha dk
konsantrasyonlu bir blgeye gemesi), hcre iine girip karlar. Ancak, arada bir membrann
bulunmas bu dengenin (hcre ii veya d) hemen eit duruma gelmesine engel olur. Membranda
21
Blm 2: HCRE
yerlemi proteinler ou zaman bu ama iindir. Membran ayn zamanda endo ve eksositozisin
olduu blgedir. Byk bir para madde (yiyecek, bakteri, vb) hcre iine ancak endositozis yolu
ile alnr. Byk ksm lipidden olumutur. Yer yer denizdeki adacklar veya mozaik gibi protein
moleklleri bulunur (sv mozaik modeli). Yaygn olarak kabul gren sv mozayik modele gre,
biyolojik membranlar; lipid denizinde yzen protein buzdalar. eklinde tanmlanrlar. ntegral
proteinler, lateral olarak hareket edebilirler ve ilikili olduklar periferal proteinler, sitoplzma
iinde bulunan sitoskletal elemanlar, komu hcrenin membran komponentleri ile ekstraselller
matriksin komponentleri tarafndan saptanan yeniden dzenlenmeye urayabilirler. ntegral
proteinler, (hareket asndan) bir yere fikse deillerdir. Bazen membrann her tarafna dalrlar,
bazen de, membrann belli bir yerinde toplanarak protein kepi olutururlar.
ekil. Hcre zar.
Hcre
membran,
hcrenin ya da hcre
organellerinin i ve d
ortamlar
arasnda
etkili
bir
bariyer
oluturur.
Bylece;
zararl
maddelerin
girmesini,
makromolekllerin
dalmasn ve enzim
ile substratlarn dile
olmasn engellerler.
Bununla
beraber,
membranlar seici geirgenlik gsterirler. Bu zellik, hcrenin yaamn devam ettirebilmesi iin
gerekli olan, fonksiyonel denge ya da homeostaz srdrmesinin temelidir. Homeostatik
mekanizmalarn srdrlmesi; intraselller iyon, su, enzim ve substrat konsantrasyonlarnn, hcre
membran tarafndan optimum dzeyde tutulmas ile olur. Seilmi molekllerin geiini salayan
mekanizma vardr: a. Pasif difzyonla belli maddeler (r. su), konsantrasyon gradientine bal
olarak, membran her iki ynde geebilirler. Pasif difzyon iin enerji gerekli deildir. b.
Kolaylatrlm difzyonla Belli molekller (r. glukoz), bir membran komponentinin yardm
olmadan, membran serbeste geemez. Kolaylatrlm difzyon ounlukla tek ynldr,
konsantrasyon gradientini izler ve enerji gerektirmez. c. Aktif transportla baz difzyon
yeteneinde olmayan molekller, konsantrasyon gradienti ynnde veya onun tersi ynnde
membrann her iki tarafna doru geebilirler. Byle bir hareket iin enerji, genellikle de ATP
gereklidir. Aktif transporta rnek, sodyum pompas (Na/K ATPaz) verilebilir. Bu pompa, hcre
dndaki sodyum konsantrasyonu, hcre iindekinden fazla bile olsa, sodyum iyonlarn hcre
iinden, hcre dna pompalayabilir.
Hcre yzeyinde, sinyal molekllerine (r. nrotransmitterler, peptid hormonlar, byme
faktrleri) gl balanma afinitesi olan membran reseptr proteinleri bulunur. Reseptrn
spesifik olarak baland sinyale ligand denir. Reseptr, kendi sinyal moleklne balandktan
sonra, sinyali hcre membranndan hcre iine tar. Bu olaya sinyal transdksiyonu denir ve bu
iletide bilinen reseptr snf vardr: a. yon kanalna bal reseptrler (transmitter kapl iyon
kanallar) plzma membrann birka kere kateden (geen) uzun proteinlerdir. Bir nrotransmitter
(ligand olarak) hcre yzeyindeki reseptrne balanarak biimsel bir deiiklii indke eder.
Reseptrde oluan bu biim deiiklii sonucunda, transmembran iyon kanal alr (ya da kapanr).
Ligandn balanmas ve sonuta kapnn almas ksa srer, eski dzen yeniden alnr. Yeterince
uzun (ya da yeterince iddetli) sren bir sinyal, potansiyel deiikliine bal olarak, membrandan
22
23
Blm 2: HCRE
vardr. Bu organik molekllere karbonhidratlarda eklenmi haldedir. Zar akkanlna kolesterol
moleklleri de etki eder, zar akkanlna etki etmek yannda ift tabakann mekanik duraanlnn
olumasn da salar. Plazma zarnn d yzeyinde bulunan glikolipitler (Glikoz + Lipid)
glikoproteinlerle birlikte hcre rtsn meydana getirirler. Hcrelerin birbirlerini tanmasnda bu
rtnn byk bir nemi vardr. Hcre zarlarnda deiik zelliklerde proteinler bulunur.
Transmemban proteinler ift lipit tabakada her iki yzey boyunca uzanmlardr. Periferal
proteinler ise bir yzeyde bulunurlar. Hcre zarnn dnda bulunan proteinlerin bir ksm reseptr
grevi grrler, deiik zellikteki hormon, antijen gibi maddelerle birbirlerine balanabilirler.
Madde tanmasnda grevli olan proteinler hcreler aras birleme, hcre d matriksle ba yapma
gibi grevleri de yerine getirirler. Lipidler konusu altnda membranlar daha detayl islenecektir.
Hcre membran bir az yaparak alnacak cisim zerine kapanr ve onu bir torback (hcre
membrannn kendisi) iinde ieri alr ve kullanr. Eksositozis ise bunun tam tersi bir olaydr. Hcre
iindeki bir cisim veya madde dar atlr. Hcre zari yapkan bir tabiatta olduundan, hcre-hcre
temas ile milyarlarca hcrenin bir araya gelip doku ve organlar oluturmas salanr.
2.3
Hcre organelleri
2.3.1
24
25
Blm 2: HCRE
2.3.2 ekirdek (Nukleus)
Hcrenin en byk ve mikroskop altnda en kolay grnen organelidir. Nkleusun yzeyi iki kat bir
membranla evrilidir. Bu membrann ER membrannn bir devam olduuna inanlr. Yzey boyunca
yer yer nuklear delikler vardr. Bu delikler (porlar) birer kanal (veya kpr) grevi grrler ve zel
proteinlerden olumulardr. Esasen bu kanallar sadece iki eit materyalin geiine izin verirler: 1.
nkleus iinde kanalizasyon yapacak proteinlerin (rnein mRNAy isleyen proteinler) ve yaplarn
ekirdek iine alnmas ve 2. son duruma gelmi (yani ilenmi) RNA ve RNA komplekslerinin
ekirdekten sitoplazmaya tanmas.
Nukleus tm genetik bilgiyi yani DNA ve kromozomlar hcrenin dier blgelerinden ayran
bolumudur. Tm canllarda hcresel yapy veya organizmann kendisini belirleyen genetik bilgi
DNA zerinde kodlanm durumdadr. Bakteri DNAsndan farkl olarak karyot DNAs proteinlerle
beraber kompakt olan kromozom yaplar olutururlar. Bu durum ok uzun olan DNA moleklnn
daha da youn hale gelmesini salar.
ekil: Nukleus.
ekirdein grn dokuya ve
hcreden hcreye deimekle
birlikte genelde drt blmden
oluur: (1) ekirdek membran;
(2) kromatin; (3) nkleoplzma
ve bir ya da daha ok sayda (4)
ekirdekik.
ekirdek,
kromatininde, hcre komponentlerinin ve rnlerinin sentezi iin
linear bir kod (DNA) ierir. Ayrca,
hcrenin oalmas iin de
gereklidir ve hcre dngs
srasnda
ekirdek
ve
sitoplzmada
grlen
deiiklikleri de kontrol eder.
Kendi
DNAsn
iki
katna
karacak ve tip RNAy (mRNA,
rRNA, tRNA) sentezleyecek ve
ileyecek
molekler
bir
mekanizmaya sahiptir. ekirdek
protein
retmez;
kendi
aktiviteleri iin gerekli olan proteini sitoplzmadan alr. Kimi olgun hcrelerin (r. eritrosit)
ekirdei yoksa da, tm karyotik hcrelerin yaamlarnn bir dneminde, en azndan bir tane
ekirdekleri olmutur. ekirdek ierii, iki membran ve bunlarn arasnda perinklear sisterna
(perinuklear aralk) denilen dar (4070 nm) bir aralktan olumutur. ekirdek, d membran ile
sitoplzmadan ayrlmtr. D yzeyinde polizomlar bulunur ve yer yer GERla balant kurar. Bu
noktalarda, perinuklear sisterna GERin lmeniyle devam eder. membrann i yz, fibrz
(ipliksi) lamina denilen protein bir yapyla delidir. Fibrz lamina, lamin A, B ve C denilen 3
temel proteinden olumutur. Bunlar, yapsal olarak sitoplzmadaki ara filament proteinleriyle
(vimentin, desmin) ilikilidirler. Laminler, ekirdek membran ve bu membranla kromatin
arasndaki ilikiyi organize eden bir a olutururlar. Bu nedenle laminler, ekirdein eklini,
bykln ve kromatin zelliini dzenliyor ve transkripsiyonu etkilerler. Laminler ile
ekirdein dier komponentleri arasndaki iliki, lamin proteinlerinin enzimatik fosforilasyonu ve
26
27
Blm 2: HCRE
bulunur. Diideki bu olaya X kromozomu inaktivasyonu denir. Aktif olmayan dier X kromozomu
genellikle, seks kromatini ya da Barr cismi adn alan bir heterokromatin kmesi eklinde grlr.
nterfaz evresindeki (iki mitoz aras) bir hcrenin ekirdeinde en azndan bir (ya da 2) tane youn
bazofilik boyanm ekirdekik bulunur. ekirdekik, ribozomal RNA (rRNA) nn sentezlendii
yerdir. Genellikle heterokromatinden ayrt edilebilir; ancak, ok koyu boyanm ekirdeklerde
maskelenmi olabilir. Embriyonik, aktif olarak protein sentezleyen ve hzla byyen tmr
hcrelerinde olduka byk ve ok saydadr. ekirdekik, mitoz hazrlklar baladnda kaybolur
ve tamamlandktan sonra yeniden grnr.
Gerekli mekanizmalar, madde ve zamann kullanlarak bir hcreden iki hcre yaplmasna hcre
oalmas ve bu olayn btnne hcre dngs denir. Her tamamlanm dng, iki oul hcre
meydana gelmesine neden olan, hcre blnmesiyle (mitoz) sonlanr. Hcre oalmas ile ilgili ilk
almalarda, mitoz srasnda meydana gelen yapsal deiiklikler, k mikroskobunda bile kolayca
saptanmtr. Bir birini izleyen mitoz blnmeler arasndaki dneme interfaz denir. nterfaz evresi
nceleri, hcrenin fazla bir aktivite gstermedii bir dinlenme dnemi olarak kabul edilirdi. Ancak,
ok hzl blnen hcrelerde bile, mitoza ayrlan zaman, interfaza ayrlan zamandan daha azdr.
Gnmzde, hcrenin interfaz srasnda ok nemli aktiviteleri yerine getirdii bilinmektedir.
Bunlarn en nemlisi, hcrenin kendisini bir sonraki mitoza hazrlamasdr. Artk, hem mitoz ve hem
de interfaz, hcre siklusunun kompleks ve nemli bir komponenti olarak grlmektedir. Her iki
evre de kesintisiz devam eder. Ancak, anlatmay ve anlamay kolaylatrmak iin bu evreler, bir seri
basamaklara blnmtr. Bu basamaklarn detayl bir izah bu dersin konu iine girmemektedir.
Ancak, bu konu ile ksm bilgi Hcrenin bymesi, oalmas, lm ve kanser blmnde
verilmitir.
2.3.3 ekirdekik (Nkleolus)
ekirdek svs (nkleoplazma) iinde en bariz boyanan yapdr. rRNA molekllerinin sentezlendii
yerlerdir. Dolays ile rRNA genlerinin youn bulunduu blgelerdir. Ribozomal alt niteler
buralarda oluturulurlar.
2.3.4 Golgi kompleksi
Bata sekresyon olmak zere birok aktiviteye katlr. Asl grevi, membran akn (yapm ve ykm)
ve organeller aras vezikl trafiini koordine etmektir. Sitoplazmann belirli blgelerinde st ste
gelmi yass membran kompartmanlardr. Golgi cisimcikleri ad da verilir. Temel grevleri eitli
madde ve moleklleri toplama, modifiye etme, paketleme, ve datmadr. ER zerinde yaplm pipid
ve proteinler buraya gelir ve burada bunlar eitli polisakkaritlerle balanr (glikolipid ve
glikoprotein). Bu ekilde bu molekllerin zerine zel bir ifre (etiket) kaydedilmi olur. Bu
glikolipid ve glikoproteinler zel bir golgi kompartmannda toplanrlar ve bu kompartman
(vezikl) golgiden tomurcuklanp ayrlarak iindeki maddeyi hcrenin gerekli blgelerine tar veya
hcre dna salar (salnm veziklleri). Tipik bir hcrede 30 dakika iinde hcrenin tm
membranna edeer membran bu ekilde golgiden ayrlr ve hcre membran ile birleerek
(fzyon) iindeki maddeleri dar veya membrana verir. Yani dier bir deyimle hcre membran
statik olmayp, srekli yaplm ve yklm halindedir (ekzositoz ve endositozda membrann vezikler
ayrlmn hatrlaynz).
28
29
Blm 2: HCRE
aldklar dnlen bu organeller yalar karbonhidratlara eviren enzimler, toksik olan hidrojen
peroksidi (H2O2) paralayan enzimlere (r, katalaz) ve hidrolitik enzimlere sahiptirler.
2.3.5.1 Lizozomlar
Lizozomlar, tek membranla evrili yuvarlak vezikllerdir. Her biri hcre ii sindirimden sorumlu
50den fazla enzim ierebilir. Lizozomlarn karakteristik enzim aktiviteleri, onlarn dier hcresel
granllerden ayrlmasn salar. Bunlar iersinde, lizozomlarda en ok bulunan asit fosfatazlar, bu
organelin en belirleyici enzimleridir. Lizozomlarda yaygn olarak bulunan dier enzimler,
ribonkleazlar, dezoksiribonkleazlar, katepsinler, sulfatazlar, glukuronidazlar, fosfolipazlar ve
dier proteazlar, glukozidazlar ve lipazlardr. Lizozomal enzimler genellikle glikoprotein
eklindedirler ve asidik pHda daha ok aktiftirler. Lizozomal enzimler, RERda sentezlenir ve ilk
glikozilasyon da burada olur. Daha sonra, daha ileri glikozillenme iin Golgi kompleksine tanr.
Hcrenin anm komponentleri de burada
paralanr ve geriye dntrlr. Golgi
kompleksinden
orijin
aldklar
zannedilmektedir.
Lizozomlar asidik organeller olup bir seri
paralayc enzim ierirler. Tay-Sachs hastal
gangliyozitlerin lizozomlardaki paralanmasn salayan bir emzimatik basamaktaki
kusurdan dolay oluur. Bunun sonucu olarak
zellikle sinir hcrelerinde olmak zere bu
glikolipitler birikir ve nemli sorunlara neden
olur. Bu kaltmsal hastal sahip bireylerde
semptomlar 1 yandan nce grlmeye
balanr, 2 yandan nce zeka gerilii ve
krlk oluur, 3 yandan nce ise lm olur.
Byle ocuklardaki sinir hcreleri lipitle dolu
lizozomlardan dolay ikin olduka byk bir
yapdadrlar.
2.3.5.2 Peroksizomlar
Peroksizomlar, hidrojen peroksit metabolizmasyla ilgilidirler.
Bakteri ldrme yeteneinde olan hidrojen peroksiti (H2O2) reten
oksidazlar ierirler. Bu enzimler kendi maddelerini okside ederler
ve O2 ile H2O2yi indirgerler. Ayrca bu organeller, eitli maddeleri
okside eden ve hcrenin birok nemli kompanentine zarar veren
toksik hidrojen peroksiti, su ve oksijene eviren (2 H2O2 2 H2O +
O2) katalaz da ierirler. Bylece, hcreyi hidrojen peroksitin toksik
etkisinden korurlar.
ekil: Peroksizomlardaki reaksiyon tipleri
Peroksizomlar, uzun zincirli ya asitlerinin (18 karbonlu ya da daha uzun) oksidasyonuna
yardmc olarak, glukoneogenezise de katlrlar. leri derecede saflatrlm peroksizom
fraksiyonlarnda, safra asitlerinin yapmn salayan, belli hidroksilasyon reaksiyonlarnn da
yerleik olduu gsterilmitir. Peroksizomlar, ya sitoplzmada dalm, ya da AGERa bal olarak
bulunurlar. Peroksizom enzimleri (katalaz, oksidasyon enzimleri) sitoplzmadaki serbest
polizomlarda sentezlenir. Bu enzimlerin karboksil ucunda sinyal fonksiyonu gren ksa bir amino
30
Glioksizomlar
31
Blm 2: HCRE
anneden gelir. Mitokondri mayoz ve mitoz srasnda blnerek dalr ve DNAs yksek oranda
mutasyona maruz kalr.
Mitokondride enerji retimi iki bir birine bal biyokimyasal olayla gerekleir: Trikarboksilik asit
dngs(ayrca Krebs dngs) ve Elektron transpotsistemine bal oksitatif fosforilasyon. Krebs
dngs asetil-CoA gibi ana metabolikleri oksidize eder ve bunun sonucunda indirgenmi
koenzimler (NADH ve FDAH2) aa kar. Bu indirgenmi koenzimlerle i membran boyunca bir
proton (H+) gradiyenti oluur ve daha sonra bu gradiyent ATP sentezini mmkn klar. Bu olaylar
mitokondrini i membrannda gml 5 adet ok alt niteli enzim kompleksi ile gerekleir. Bu
enzim kompleksileri; kompleks I (NADH ko enzimQ oksidore liklaz), kompleks II (Q enzim
oksidoriliklaz), kompleks III(bikinol sitokrom c oksidoredktaz),komleks IV (sitokrom c oksidaz),
komplek V (ATP sentaz). kompleks II 4 alt niteden oluur ve hepsi de nDNA tarafndan kodlanr.
ekil: Mitokondri. Mitokondrinin
transmisyon elektron mikroskobunda
(TEM) grnm ve emtik gsterimi.
Membranlarn yzeyinde oksidatif
metabolizmadan sorumlu proteinler
(enzimler) vardr. Hcrenin enerji
organelleridir.
nemli
miktarda
ATPnin
yapld
solunum
merkezleridir. Kendi zel genetik
materyaline
(DNA)
sahiptir.
Ribozomlar ve DNAs daha ok
bakterilerinkini andrr. Baz nemli
enzimler kendi DNAs tarafndan
kodlanr,
ancak,
mitokondrinin
nemli ksm ekirdek genetik bilgisi
ile oluur. Dier nemli ve ilgin bir
durum da btn mitokondrilerimizin
annemizden (babamzdan deil)
geliyor olmalardr. Dllenmemi
yumurta bir ok mitokondri ierirken, sperm az sayda mitokondri ierir ve bunlarda dllenme
(fertilizasyon) srasnda yumurta iine girmezler. Mitokondriler sfrdan deil daha nce bulunan
mitokondrilerin blnmesi ile oluurlar. Nkleik asitler konusunda organel DNAs zerinde daha
detayl durulacaktr.
En byk sitoplzmik organel olan mitokondriler, hcrenin enerji salayan yaplar (enerji
santrallar) dr. Yaklak bir bakteri byklnde (yaklak 26 m uzunluunda ve 0.2 m
apnda) olan mitokondri iki membranla evrilmitir (i ve d zar). D mitokondriyal membran
dzgn ve kesintisiz olup nispeten porlu bir rt oluturur. eitli kk molekllere kar serbest
bir geirgenlie sahiptir. mitokondriyal membran por says daha azdr ve bu nedenle de yar
geirgendir. Mitokondri'nin iine doru uzanan, krista ad verilen ok sayda kvrmlar yapar.
Mitokondriyal kristalar, birok hcrede raf biimindedir. Ancak, steroid sentezleyen hcrelerde
kristalar tp biimlidir. membrana bal olan mitokondriyal ATPaz oksidatif fosforilasyonun
baarld en son komplekstir. Ayrca, mitokondriyal ribozomlar da i yzeye tutunmulardr.
Mitokondriyal fonksiyonda nemli rol olan enzimler ve kofaktrleri (r. sitokromlar,
dehidrogenazlar, flavoproteinler) ieren elektron transport sistemi de, i membrann dier
32
33
Blm 2: HCRE
2.3.9 Kloroplast
Mitokondriye benzer yaplardr. ki membranla kapl durumdadrlar. Mitokondriden daha
byktrler ve i membranlar daha komplekstir. Mitokondri gibi kendi DNAlarna sahiptirler.
Fotosentez organelleridir. Kloroplast ve mitokondrilerin endosimbiyotik bakterilerden orijin
aldklar sanlmaktadr. Baz bilimsel veriler ilk karyotik hcrelerin iine siyanobakteri ve aerobik
bakterilerin girmesi ile sras ile kloroplast ve mitokondrinin olutuu ynndedir
(endosimbiyotik hipotez). Her iki organelin hcre DNA veya kromozomundan bamsz olarak
kendi DNAlarn tamas bu hipotezi glendirmektedir. Ayrca, bu organel DNAsnn baz dizisi
bakterilerinkine nemli benzerlikler gstermekte ve bu organellerde bulunan ribozomlar ise daha
ok bakteri ribozomlarna benzemektedirler.
34
35
Blm 2: HCRE
ZML SORULAR
1. Canlln en kk nitesi (birimi) hangisidir?
(a)
DNA
(b)
hcre
(c)
organel
(d)
virus
(e)
protein
2. Aadakilerden hangi(leri) hcrenin temel kimyas bakmndan dorudur?
(a)
Tm hcreler ayn proteinleri ierirler
(b)
Tm proteinler ayn 22 amino asitten oluurlar
(c)
Tm hcrelerde genetic bilgi DNAda sakldr
(d)
Tm organizmalar ayn genleri tarlar
(e)
Hepsi doru
3. Tipik bir insan hcresinin boyutlar iin genellikle hangisi kullanlr?
(a)
Santimetre
(b)
Nanometre
(c)
Milimetre
(d)
Mikrometre
(e)
Angstrm
4. Prokaryotlar iin hangisi dorudur?
(a)
Nukleuslar olmad iin DNAlar da yoktur
(b)
Golgi cisimcii yoktur
(c)
Basit tek hcrelilere dnebilirler
(d)
Bu grubun iinde bakteri, maya ve protozalar bulunur
(e)
Hepsi inorganik bir ortamda oalabilirler
5. Bir karyotu prokaryottan ayran en nemli zellik:
(a)
hcre zarnn varldr
(b)
nukleusun varldr
(c)
daha byk olmasdr
(d)
DNAya sahip olmasdr
6. Mitokondri iin hangisi dorudur?
A.
Mitokondri oksijen tketerek karbon dioksit salarlar
B.
Hemen tm aerobic karyotlarda bulunurlar
C.
D ve i zar olmak zere iki membranlar vardr
D.
Mitokondrilerin heterotrofik bakterilerden orijin aldklarna inanlmaktadr
E.
Hepsi doru
7. Aadakilerden hepsi hem mitokondri ve hem de kloroplast iin dorudur. Bir tanesi hari. Bu
hangisidir?
(a)
ift zarla evrilidirler
(b)
Prokaryotlardan orijin aldklarna inanlmaktadr
(c)
Hcreden ayrldklarnda kendi balarna oalamazlar
(d)
kiye blnerek oalrlar
(e)
Tm karyotlarda bulunurlar
36
hayvan
hayvan
hayvan
hayvan
hayvan
hayvan
hayvan
hayvan
Hcre tipi
bitki
bitki
bitki
bitki
bitki
bitki
bitki
bitki
bakteri
bakteri
bakteri
bakteri
bakteri
bakteri
bakteri
bakteri
37
Blm 2: HCRE
SORULAR
1. E. coli ubuk (silindir) eklinde bir bakteri olup yaklak 1 x 2 m (mikron metre)
boyutlarndadr. Silindirin hacmi= r2h.
a. Eer bakterinin hcre ii younluu 1.12 g/ml (veya 1.12 g/cm3) ise, tek bir bakteri
hcresi ka gramdr?
b. Eer hcre duvar 10 nm ise, bakterinin toplam hacminin ne kadar (yzde ka)
hcre duvardr?
c. Her E. coli hcresi, iinde bulunan yaklak 15,000 ribozom sayesinde hzlca byr
ve oalr. Eer her ribozomun ap 18 nm ise, toplam hcre hacminin yzde kan
ribozomlar igal eder?
2. E. colinin DNAsnn (kromozom) uzunluu ne kadardr (E. coli DNAs yaklak 4.5 x 106 baz
iftinden yaplmtr ve iki baz cifti arasndaki mesafe 0.34 nmdir).
38
3 BYOMOLEKLLER
39
Blm 3: BYOMOLEKLLER
3.3 Organik-inorganik madde
Bir biyokimya rencisinin karlat sorulardan biri insan veya dier canllarn hangi
molekllerden yapldklardr. Dier canllar iin de benzer durum sz konusu olmasna ramen,
insanda en bol bulunan molekl sudur. nsan vcudunun 2/3 sudur. Sudan sonra, proteinler ve
triglisertler (yalar) gelir. Yalar kiinin kilosu ile orantl olarak farkl miktarlarda bulunurlar.
Proteinler ise hcre iin hem yapsal ve hem de ilevsel olan nemli molekllerdir. Karbohidratlar
proteinlerden ok daha az miktarlarda bulunurlar. Karbohidratlar yapsal rollerden metabolic enerji
eldesine kadar bir takm funksiyonlara sahiptirler. Eriyebilir inorganik tuzlar hem hcre ii ve hem
de hcre d svlarda bulunurlar ve kalsyum fosfat ve benzeri tuzlar kemik oluum ve salnda
nemlidir. Organik kimyada milyonlarca bileik olduu halde, biyokimyaclar nispeten az sayda
organik madde ile ilgilenirler. Bunlar daha ok organizmada veya hcrede bulunan organik
bileiklerdir. Karbon dioksit ve karbon monoksit hari yapsnda karbon atomu bulunduran her
turlu madde organik madde iken (rnein, glukoz, amino asitler, etanol, asetik asit vb.) yapsnda
karbon atomu bulunmayan (CO2 ve CO hari) her trl madde inorganik madde olarak adlandrlr
(rnein, CO2, CO, H2O, O2, NaCl, btn elementler, vb.). Dier bir deyimle organik molekller daima
karbon ve hidrojen ierirler. norganik bileikler tipik olarak karbon iermezler.
Hcrenin organik materyalinin hemen hemen hepsi yukardaki drt eit makromoleklden
(proteinler, nkleik asitler, lipidler ve polisakkaritler) olumutur. Bunlara ve bunlar yapan
monomerlere organik materyal denmesinin sebebi, hepsinin temel yapsnda karbon atomunun
bulunmasdr. Balangta organik maddelerin sadece canllar tarafndan sentezlenebilecei
dnlmt. Ancak, gnmzde saylar milyonlarla ifade edilen organik molekllerin byk
ounluu laboratuar artlarnda sentezlenmektedir. Organik molekllerin ou H, O ve Nun C
atomu ile ba yapabilme zelliinden yararlanlarak elde edilmilerdir. Millerin primitif atmosferi
stimule ederek yapm olduu deneyi hatrlaynz:
Miller su blmnde
toplanan
maddeleri
incelediinde
oluan
organik
asitlerin
(rnein, amino asitlerin
bazlar, HCN, aldehitler
ve siyano bileikleri)
karbonlarnn % 10dan
fazlasnn
metandan
geldiini belirlemitir.
Biyomolekller, karbon
bileikleridir.
Hcre
kuru arlnn 1/3u bu
elementtir. Metan (CH4)
da drt ift elektron drt
hidrojen atomu ile birer
ba kurar. Karbon ayn
zamanda oksijen ve
azotla da bir ve iki ba
kurabilir. Ancak, en
nemlisi bir karbon
atomu baka bir karbon atomu ile, iki, u ve drt ba kurabilir. Kovalent balanm karbon balar
lineer, dallanm veya halkasal yaplar oluturabilirler. Karbon-karbon balar iki-u adet olabilir.
40
Karbonil
Karboksil
3. Azot ieren gruplar
-NH2
Birincil amin
kincil amin
ncl amin
Drdncl amonyum tuzu
41
Blm 3: BYOMOLEKLLER
Kovalent balar molekl oluturan atomlar arasnda elktron paylam ile salanan balardr.
Biyomolekller belli sayda fonksiyonel gruplara sahiptirler ve bunlar sayesinde molekllere
kendilerine zg yap ve kimyasal reaktivite zelii kazandrlr. Macromolekller, daha kk
molekllerin fonksiyonel gruplar arasnda oluan kondensasyon (su kmas) reaksiyonlar
sonucu oluurlar. Bu balar su moleklnn girmesi (hidroliz) ile tekrar krlabilirler.
Kk organik molekller bir araya gelerek daha byk makro moleklleri yaparlar. Makro
molekller genellikle tekrar eden kk alt nitelerden meydana gelirler ve polimer olarak da
adlandrlrlar. Kk alt nitelere ise monomer denir. Monomerler polimerleri meydana getirmek
iin ya dehidrasyon (su kmas) ya da kondensasyon reaksiyonlar ile bir raya gelirler.
Fonksiyonel gruplar kimyasal zelliklerin ortaya kmasnda rol alrlar. En nemlileri:
42
43
Blm 3: BYOMOLEKLLER
balanp oluturduklar uzun zincirli yaplara polisakkarit denir. Bu eker polimerleri daha ok
ekerlerin depo edilmesinde (r, glikojen, niasta) veya hcreye dayankllk kazandran (r,
selloz) yaplarn olumasnda rol alrlar. Proteinler canl sistemde en ok bulunan ve en kompleks
makromolekllerdir. Amino asitlerin birebirine peptid ba ile balanmas sonucu oluan uzun
polipeptid zincirlerinden olumulardr. Kimisi enzimlerde olduu gibi ilevsel, kimisi de kollajen,
keratin gibi yapsal roller stlenmitir. Nkleik asitler hcrede bulunan en byk
makromolekllerdir. rnein tek bir molekl bakteri DNAs (bakteri kromozomu) 3000 adet farkl
protein molekln kodlayabilir. Genetik bilginin nesilden nesile aktarlmasnda rol alrlar.
Makromolekllerin, yap, ilev, sentez ve ykm bu ders boyunca zerinde durulacak konulardr.
Lipidler
Hcre
membranlarnn
esas
bileenleridir. C, H ve Odan oluurlar.
Polar olmayan bileikler olup suda
erimezler. Yalar veya trigliseritler
(trigliseroller) olarak bilinirler. Bir
gliserol molekl ve buna bal adet
ya asidinden oluurlar. Doymam ya
asitleri bir veya daha fazla sayda ift ba
ierirler. Kompleks Lipidler C, H, O + P, N,
veya
S
ierebilirler
Membranlar
fosfolipidlerden olumutur.
ekil: Membranda
molekl.
bulunan
fosfolipid
Karbohidratlar
Yap ve enerji kayna olarak kullanlrlar.
Genelde C, H, ve O ierir ve (CH2O)n
genel
formul
ile
gsterilirler.
Monosakaritler basit ekerler olup 3-7
karbon
atomundan
oluurlar.
Disakkaritler iki monosakkaritin dehidrasyon sentezi sonucu birlemesi ile oluurlar. Disakkaritler
hidrolizle paralanabilirler. Oligosakkaritler 2-20 monosakkaritten oluurlar. Polisakkaritler
onlarca hatta yzlerce monosakkaritin dehidrasyon sentezi sonucu birlemesi ile oluurlar. Niasta,
glikojen, dekstran ve selloz hepsi glukoz polimerleridir ve glukoz monomerlerinin farkl kovalant
balanmalar ile meydana gelirler. Kitin iki ekerin tekrarlanan polimeridir.
44
Nkleik asitler
Nkleik asitler (DNA ve RNA), nkleotid alt nitelerinden oluurlar. Nkleotidler:
Pentoz (5 karbonlu bir eker)
Fosfat grubu
Azot (nitrojen) ieren bir bazdan (purin (A, G) veya pirimidin (C, T, U)) oluurlar
DNA
Deoksiriboz tar
ifte sarmal yap
A=T
CG
RNA
Riboz eker tar
Tek zincir
A=U
CG
45
Blm 3: BYOMOLEKLLER
ilenecktir. Esas itibar ile Biyokimya bu molekllerin (daha ok hcreden izole edilerek)
alld bir bilim daldr. Bu nedenle, bu dnem ve nmzdeki dnem bu dersimizde ileneck
konularn merkezinde bu molekller (amino asitlerproteinler, nukleotidlernkleik asitler, ya
asitlerilipidler, polisakkaritlermonosakkaritler) olacaktr.
ekil: Tipik bir bakterinin kimyasal kimyasal ierii.
3.6 Kimyasal balar
Atomlar bir birine zel bir ekilde tutturan
kovalent balar
sayesinde kararl organik
maddeler oluurlar. Kovalent balar atomlar
arasnda (d yrngede) elektron paylam ile
olurlar. Tek balarda (r, C-C) 2, ift balarda (r.
C=C) 4, l balarda (r. CC) 6 elektron paylam
sz konusu olur. C-C, C=C, C-H, H-H, NN gibi
balar kuvvetli kovalent balardr. Bu balar en
kuvvetli kimyasal balar olup, her birinin krlmas iin yaklak 100 kal enerjiye ihtiya vardr. Ba
oluumu endergonik (enerji gerektiren) bir olaydr. Yani, kk molekllerden daha byk
molekllerin yaplmas metabolik enerjiye ihtiya duyar. Bunun tersine, ba krlmas (hidroliz)
ekzergonik bir olaydr ve bunun sonucunda enerji salnr. r. Sindirim enzimleri hidrolitik ba
krlmasn katlize ederler.
Tablo: Ayn bakteri hcresinde bu maddelerin eit ve says.
Madde
Molekl says/hcre
Su
40 milyar
Proteinler
2-3 milyon
Nkleik asitler
DNA
1-2 adet
rRNA
100,000
tRNA
400,000
mRNA
100,000
Amino asit ve metabolitleri
30 milyon
Nkleotid ve metabolitleri
10 milyon
Lipid ve metabolitleri
25 milyon
Monosakkaritler
200 milyon
norganik iyonlar
250 milyon
eit
1
2000-3000
1
3
40
1000
100
200
50
200
20
46
47
Blm 3: BYOMOLEKLLER
Ba
Eter
Karboksilik
ester
Asetal
Nerede oluur
Metil eterleri,
baz membran
lipidleri
Trigliserdler,
dier yalar
Disakkarit,
oligosakkarit ve
polisakkaritler
(Glikozidik
balar)
Baz metabolik
ara rnler
Kark
anhidrit
Fosfoanhdrit
Nukleotidler
(r. ATP)
Posfat ester
Birok
metabolik ara
rn,
fosfoproteinler
Nukleik asitler,
fosfolipidler
Fosfodiester
Amid
Polpeptidler
(peptid ba)
Tiyoester
Astil-CoA, dier
aktive asitler
Tiyoeter
R1-S-R2
R1-SH + HO-R2
Metionin
48
49
Blm 3: BYOMOLEKLLER
Hidrojen ba sadece iki su molekl arasnda bulunmaz. ki DNA
zinciri arasnda kurulan tm balar, proteinlerde alfa-sarmal ve
beta-tabakalarn oluturan balar hepsi genelde hidrojen
balardr.
Hidrojen balar genellikle bir molekle bal hidrojen atomu ile
dier molekln daha elektronegatif olan azot veya oksijeni
arasnda kurulurlar. Polar ve polar olmayan svlar ayn ortama
konduklarnda biri birine karmazlar (suyu ve ya dnnz).
Suda erimeyen bir tabiatta olan polar olmayan maddeler hidrofobik etkileim veya balanmalarla
bir araya toplanma eilimi gsterirler. Hcre membrannn ve
proteinlerin u boyutlu yaplarnn kazanlmasnda nemlidirler. van
der Waals kuvvetleri btn molekllerde bulunur. Burada, bir
atomun elektronlarnn dier atomun ekirdeine olan ilgisi sz
konusudur. Atomlar biri birine yaklatka bu ilgi (kuvvet) artarken,
tersi durumda azalr. Ancak, iki atom biri birlerine d yrnge
elektronlar akacak kadar yaklarlarsa, bu defa da iki atom biri
birini iter.
50
51
eit
amino
asit
proteinlerin
yapsna
giren standart amino
asitlerdir.
Ancak,
bilinmektedir ki, protein
sentezinden sonra baz
standart amino asitler
modifiye olabilmektedir.
Yine, canlda bulunup da
proteinlerin
yapsna
girmeyen baka amino
asitler de mevcuttur.
Ancak, doada her ne
kadar 300 kadar farkl
amino
asit
eidi
tanmlanmsa
da,
bunlardan
sadece
yukardaki 20 tanesi
genetik kodun deifre
edilmesi
ile
protein
sentezine girerler.
Yukarda verildii gibi,
amino
asitler
yan
zincirleri (R)nin yapsna gre snflandrlabilirler. Protein yapsna giren 20 amino asit sahip
olduklar farkl yan zincirlerden dolay farkl fiziksel ve kimyasal zelliklere sahiptir. Bu standart 20
eit amino asit farkl ekilde gruplandrlabilir. En yaygn gruplamalardan biri onlarn yan zincir
polaritesine dayanarak yaplan drtl gruplamadr: (1) Polar olmayan veya hidrofobik amino
asitler, (2) Polar fakat yksz (ntr) amino asitler, (3) Asidik amino asitler ve (4) Bazik amino
asitler.
52
53
54
Lizin ve arginin
Fizyolojik pHda (pH 7.0) bu amino asitlerin yan zincirleri pozitif ykl olup olduka polardrlar.
Dolays ile lizin, arginin ve ayn zamanda histidin bazik amino asitler olarak bilinirler (her biri
birden fazla amino grubuna sahip olduu iin). Arjinin re dngsnde ornitinden sentezlenebilse
de esansiyel bir amino asit olarak kabul edilir (zellikle ocuklarda). Bu amino asit vcuttaki
amonyan dntrlmesinde grev alr ve ayn zamanda damar gevetici bir rol olan nitrik
oksitin (NO) sentezinde grev yapar. Bazik karakter gsteren proteinler bu 3 amino asidi yksek
oranlarda ierirler (rnein, histon proteinler). Bu nedenle bir proteinde bazik amino asitlerin
asidik amino asitlere oran 1.0dan bykse (lizin+arjinin/glutamik asit + aspartik asit) bu proteine
bazik protein, 1.0den kk ise asidik protein denir.
Histidin
midazol yan zincirine sahip tek amino asittir. Bu yan zincirinden dolay bir ok enzimin katalitik
merkezinde ve mettalloproteinlerin (r. hemoglobinin) metal koordinasyon blgelerinde bulunur.
Bu zelliklerinden dolay histidin genellikle enzim katalizi ile ilikili bir amino asittir. Hisitidinin
imidazol yan zinciri genellikle metal iyonlarnn elatlanmasnda kullanlrlar. Bu amino asit ayn
zamanda histamin ve karnozinin prekrsrdr.
Fenilalanin, tirozin ve triptofan
Nispeten polar olmayan alifatik (hidrofobik) yan zincirlere sahip dier amino asitler ise bu aromatik
amino asitlerdir. Yukardaki dier alifatik amino asitler gibi bu amino asitlerin yan zincirleri de
sudan ok kendi aralarnda ve dier alifatik yan zincirlerle interaksiyona girerler. Bu hidrofobik
karakterlerinden dolay bu amino asitler katlanm (yani sekonder ve tersiyer yapda) bir proteinde
genellikle kor ksmda (suyun olmad ksmda) bulunurlar. Fenilalaninin aromatik yan zinciri
rekatif deilken, tirozinin aromatik halkasna bir hidroksil (OH) grubu ba olduundan ve hidrojen
ba yapabildiinden bu amino asit nispeten reaktiftir. Dolays ile birok enzimin aktivitesinde bu
amino asitin (tirozinin) zel nemi olup yan ziniciri eitli post-translasyonal modifikasyonlar (r.
tiorozin kinazlarla fosforilasyon) iin uygun bir ortam oluturmaktadr. Fenilalaninin nemli ksm
vcutta enzimatik olarak tirozine dnr. Bu dnm gereklemezse yaygn olarak bilinen bir
amino asit metabolizma bozukluu olan fenilketonria oluur. Fenilalaninden oluan veya doal
olarak bulunan tirozin L-DOPA, epinefrin (adrenalin) ve norepinefrin (noradrenalin) gibi baz
katekolaminlerin ncl maddesidir. Ayrca, tiroid (r. tiroksin) hormonlar, deriye renk veren
melanin pigmenti da tirozinden yaplrlar. Triptofann en nemli zellii tm amino asitler iinde
en byk yan zinicre sahip olmasdr. Triptofan byk bir indol yan zincire sahip olup, girmi
olduu proteine o blgede byk bir hacim kazandrr. Triptofan bir nrohormon olan melatonin
ve bir nrotransmitter olan serotoninin prekrsrdr. Bu aromatik amino asitler (fenilalanin,
tirozin ve triptofan) insanlar tarafndan retilemezler. Yani bunlar esansiyel amino asitlerdir.
Ancak bitkiler ve bakteriler bu amino asitleri sentezleyabilirler. Her 3 amino asit de ultraviyole
(UV)* absorbe eder (sourur). Bundan dolay 280 nm dalga boyunda proteinlerin
konsantrasyonunun llmesi bu amino asitlerin aromatik yan zincir zelliklerinden yararlanlarak
yaplan bir ilemdir.
55
Absorpsiyon spektroskopisi
Ik absorbansnn llmesi biyolojik molekllerin analizinde nemli bir aratr. Bir solsyonun belli bir
dalga boyundaki k absorpsiyonu, o solsyondaki madde konsantrasyonu ve n gemi olduu alanin
kalnl ile direkt ilikilidir. Bu iki iliki Beer-Lambert kanununda,
log Io/I= cl ve log Io/I= A (absorbans) olduundan, A= cl
denkleminde anlamn bulur. (Io= solsyona gelen k yzdesi, I= solsyondan kan k yzdesi, = molar
absorbsiyon sabitesi veya dier bir deyimle ekstinksiyon sabitesi, c=molar konsantrasyon, l=k yolu veya
kvet kalnl ki genellikle 1 cm olarak alnr). Absorbans (A) direkt olarak absorbe eden maddenin
konsantrasyonu ile orantl (lineer)dr.
ekil: yan zincir (R)i iyonize olabilen amino asitler ve ayrm sabiteleri (Ka). Ortam pH deeri arttka
baz amino asitlerin yan zincirinin yk sfrdan -ya bazlarnn ise +dan sfra gider.
56
57
58
59
ekil: Tipik bir zayf asit solusyonunda eklenen edeer orandaki baza bal olarak pH deiimi (a).
pKada [A-]= [HA] olduuna dikkate ediniz; Alaninin titrasyon erisi (b). Her nem noktadaki iyonik
trlerin oran belirtilmitir.
Bir nceki sayfadaki gibi titrasyon erilerinden nemli bilgiler salanabilir. yonize olabilen
gruplarn (r, NH3 ve COOH) pKalarnn hesaplanmasnn yannda, bu gruplarn zellikleri hakknda
da bize bilgi verir. rnein, pKas 2.34 olan glisinin COOH grubu, pKas 4.76 olan asetik asitin COOH
grubundan 100 kattan daha fazla asidiktir (yani daha kolay iyonize olur). Bunu nedeni, amino asitte
COOHa yakn blgede bulunan pozitif ykl amino (NH3+) grubundan kaynaklanr. Titrasyon
erisinden salanabilecek ikinci nemli bilgi ise titre edilen maddenin tamponlama zelliinin
bulunmasdr. rneimizde glisin iin iki tamponlama blgesi vardr (iki adet iyonize grup
ierdiinden). Bir tanesi pKa1 blgesinde ikincisi ise pKa2 blgesindedir. pKa 1.0 tamponlaann en
iyi yapld blgeye denk gelir (yani 2.34 1.0 ve 9.60 1.0). Bu aralklarda, tampon ilave edilecek
asit veya baza kar maksimum diren gstererek pHnn byk lde deimemesini salar. pH>pI
ise amino asit negatif ykl, pH<pI ise amino asit pozitif ykl duruma geer (bu durum proteinler
iin de geerlidir). rnein, arjinin ve lizin yan zincirinde bulunan bazik gruplardan (NH 2) dolay
fizyolojik pHda (pH=7.5) pozitif ykldrler (NH3+).
Bir adet karboksil ve bira adet amino grubu ieren amino asitlerin hepsi, glisine benzer titrasyon
erilerine sahiptir. Ancak, R grubu da iyonize olabilen amino asitler daha kompleks titrasyon
erilerine sahiptirler. Bu eit amino asitlerde iki yerine titrasyon basama ve dolays ile adet
pKaya sahiptirler. nk byle amino asitlerde (rnein asidik ve bazik amino asitler), R grubunda
bir veya daha fazla NH3+ veya COOH bulunur. Bir amino asitin veya proteinin iyonik formu herhangi
bir pH deerinde belirlenebilir.
Amino asitlerden lsin iin aada verilen titrasyon erisinden anlyoruz ki, bu amino asitin COOH grubu pKa1= 2.4, -NH+3 grubu ise pKa2= 9.6 deerine sahiptir.
Dk pHda (pH= 1) en ok bulunacak iyonik form A formu olup +1 yke sahiptir ve elektrik alanda
katoda (negatif kutba) doru hareket eder. 0.5 edeer baz ilavesi halinde karboksil gruplarn yars
titre edilmi olur (yani, [COO-]/ [COO]= 1) ve dolays ile Henderson-Hasselbach eitliine gre pH=
pKa1= 2.4 olur. Amino asitin edeeri miktarda (yani 1.0 edeer) baz ilavesi halinde btn karboksil
gruplar titre olur (COO->>COOH)ken, NH+3 gruplarnda yine bir deiim meydana gelmez. Bu
amino asit sadece bir adet karboksil ve bir adet amino grubuna sahip olduundan burada COO -=
NH+3 olur (B formu). Dolays ile net yk sfr (zwitteryon) olur ve molekl elektrik alanda hareket
60
61
62
4.2 Peptidler
Hcreler yzeylerinde bulunan spesifik reseptrlere balanan bir ok hormon, byme faktr,
nrotransmitterler ve baz toksinlerle reglle olurlar. Bu maddelerin ou ye peptid yapdaki
hormonlar yada amigo asit trevleridir. Peptid ve polipeptid arasnda kesin bir ayrm
yaplmamasna ramen, 5000 daltondan kk zincirlere peptid, daha byk zincirlere ise
polipeptid denir. Protein yapda olmayan steroid hormonlar (rnein kolesterol trevleri olan
progesteron, testosteron, aldosteron, kortizon) ise daha ok hcre membranndan ieri girme
kabiliyetinde olup hcre iinde kendi spesifik reseptrlerine balanrlar (bu konular hormonlar ve
metabolizmann hormonal reglasyonu konularnda daha detayl verilecektir). Peptidler Amino asit
polimerleridir. Byklkleri birka Amino asitlik zincirden yzlerce Amino asitlik zincirlere kadar
deiir. Bu dersimizde daha ok biyolojik olarak aktif kk peptidlerden bahsedeceiz. byk
peptidler genellikle proteindir ve bir
sonraki dersimizde bunlar zerinde
durulacaktr. ki amino asit biri birine
peptid ba ile balanr.
Kovalent olan bu ba bylece bir
dipeptid oluturur. Bu reaksiyon
sonucu bir su molekl kar (birinci
amino asitin COOH grubundan OH ve
ikinci amino asitin NH2 grubundan H).
amino asit birbirine byle
balanarak bir tripeptid, veya birka
balanarak
oligopeptidleri
oluturur. Bir ok sayda amino asitin
bu ekilde balanmas ile de
polipeptidiler oluur.
ekil: Peptid Ba.
Baz kk polipeptidiler biyolojik olarak aktivite gsterirler. Yani daha ok bir mesaj tama iinde
rol alrlar. rnein, inslin 30 ve 20 amini asit ieren iki zincirden oluur. nsulinin tersi bir
fonksiyon yapan glukagon hormonu ise 29 amino asitten olumutur. Dier baz aktif peptidler
sadece birka amino asitten olumulardr. Glutatyon bir tripeptid (Glutamik asit-Sistein-glisin)
olup NADPH yi kofaktr olarak kullanan glutatyon redktaz enzimi ile redklenir (indirgenir).
ndirgenmi glutatyon hcrede oksitlenmi glutatyonun 500 kati daha fazla miktarda bulunur ve
sitoplzmada indirgeyici ajan olarak grev yapar. Glutatyon hemoglobini indirgenmi ve demiri (Fe)
ferrus (Fe++) durumda tuttuu iin eritrositlerin fonksiyonunda hayati nem tar. Ayrca bu
tripeptid detoksifikasyonda da nemlidir. Metabolik olarak organik peroksitler daha az zararl olan
63
64
ZML SORULAR
1. Bir amino asitin kiral yaps onun alfa karbonunun:
A) bir karboksilik asit olmasdr
B) drt farkl kimyasal gruba bal olmasdr
C) simetrik olmasdr
D) doal olarak bulunan proteinlerde sadece L-amino asitlerin bulunmasdr
E) net bir yke sahip olmamasdr
2. 20 amino asit arasnda optik aktivite gstermeyen yegane amino asit hangisidir ve bu durum amino
asitin yan zincirinin hangi zelliinden kaynaklanr?
A) prolin; amino grubu ile kovalent ba oluturmas
B) alanin; basit bir metil grubu olmas
C) glisin; dallanmam olmas
D) alanin; sadece hidrojen iermesi
E) glisin; bir hidrojen atomu olmas
3. Ntr yan zincirlere (R)sahip amino asitler pI deerlerinin altndaki bir pHda nasl bulunurlar?
A) Yksz ve ntr
B) Net yk olmaz
C) Net pozitif yke sahip olurlar
D) Pozitif ve negatif yk eit konsantrasyonlarda bulunur
E) Net negatif yke sahip bulunurlar
4. Ninhidrin bulunan bir ortamda stldklar zaman mor renk alan en son rndeki gruplar
hangileridir?
A) alfa karbonu ve ona bal hidrojen atomu
B) amino gruplarndaki azotlar
C) karboksilik asit karbonu ve amino grubu
D) yan zincirdeki karbonlar
E) karboksilik asitteki oksijenler
5. Bir tanesi hari, 20 amino asitin hepsinin optik aktivite gstermeleri neye baldr? Ksaca
aklaynz.
6. Polar olmayan amino asitlerin yan zincirleri en iyi nasl kategorize edilir?
A)aromatik
B)pozitif ykl
C)negatif ykl
D)yksz
E)hidrofilik
7. Izolektrik pHda (pI) bulunan bir tetrapeptitde:
A)amino ve karboksil ular ykszdr
B)orta ksmda bulunan iki amino asit iyonize olabilen yan zincirlere (R) sahip olamazlar.
C)toplam net yk sfrdr
D)drt adet iyonik yk vardr
E)ykleri sadece amino ve karboksil ular salarlar
65
Bu peptidin net yk (a) pH 2.0, (b) pH 8.5 ve (c) pH 10.7de nedir? yonize gruplarn pKa deerlerini
kitabn sonundaki tablodan bulabilirsiniz. (Not: Dislfit ba her pHda da kararldr ve C-ucu, yani
karboksil ucu amid formundadr).
66
67
Blm 5: PROTENLER
5 PROTENLER
Proteinler canl hcrede en ok bulunan makromolekllerdir. Hcrenin tm ksmlarnda
bulunurlar. Bir hcrede binlerce farkl protein bulunabilir (rnein E. colide 3000, insan hcresinde
100,000 kadar farkl protein bulunur). Proteinlerin hepsi hcrede doal olarak bulunan 20 eit
amino asitten oluurlar (btn proteinler L-amino asitlerden oluurlar. Ancak, baz zel hcre ve
hcre yaplarnda D-amino asitler de bulunur, rnein, baz antibiyotikler). Bu amino asitlerin farkl
ayi ve dizilimde protein yapsnda bulunmas ile bir proteinin saysz kombinasyonda zincirini
yapm pratikte mmkndr. Her protein zel bir greve ve dolays ile yapya sahiptir. Bir bakma,
proteinler genetik bilgiyi anlaml hale getiren yaplardr. Protein almalar biyokimyann en
bataki konusunu tekil eder.
Canl hcrede oluan her eyde bir veya daha fazla protein rol alr. Proteinler yapsal, ilevsel
(kataliz) gibi bir ok olayda rol alrlar. Genetik bilginin kendini en son ifade sekli proteinlerle olur.
Tipik bir hcrede her biri farkl miktarlarda olmak zere binlerce farkl protein bulunur. Biyolojik
makromolekller iinde proteinler hcrede en ok bulunanlardr.
Proteinler bir ok biyolojik fonksiyona sahiptir. Biyolojik rollerine gre proteinleri genel olarak
snflandrabiliriz:
Enzimler: Bunlar en zellemi ve eitli sayda olan ve katalitik aktivite gsteren proteinlerdir.
Hcredeki organik molekllerin urad tm kimyasal reaksiyonlar bunlar aracl ile olur.
Transport proteinleri: Kan plazmasndaki proteinler zel molekl ve iyonlar balayp bir
organdan bir organa tarlar. Eritrositlerdeki hemoglobin, kan akcierden geerken oksijeni balar
ve onu periferal dokulara tayarak orada salverir. Bylece, besin maddelerinin oksidasyonu
(yakm) salanarak enerji elde edilir. Ayrca kan plazmas karacierden dier organlara ya tayan
lipoproteinleri ierir. Dier transport proteinlerine, hcre membrannda yerleik ve bir ok madde
ve iyonun hcre iine veya dna transferini salayan proteinler rnek verilebilir.
20 amino asitten oluan bir zincirde her amino asit sadece bir adet bulunuyorsa bu zincir 20! (20
faktoriyel), yani 20 x 19 x 18 x 17 x....x1= 2 x 1018 adet farkl sayda bulunabilirken, 100 amino
asitten ve 20 doal amino asidin herhangi bir ayi ve srada bulunmasndan oluan normal
boyuttaki bir protein 20100 farkl zincire sahip olabilir. Bu sayda farkl protein zincirinin
olumasnn 1077 yl alaca hesaplanmtr. Evrenin yasinin yaklak sadece 15 x 109 yl olduunu
hatrlaynz.
Besin ve Depo proteinleri: Bir ok bitki tohumu imlenme iin gerekli besi proteinlerini
depolarlar. Yumurta aknn en nemli proteini olan ovalbumin ve stn kazeini dier besinsel
proteinlerdir. Hayvan, bitki ve baz bakterilerde bulunan ferritin ise dokularda demiri depo eden bir
protein eididir.
Kontraktil ve hareket proteinleri: baz proteinler hayvanin veya hcrenin elastikiyetinden, kaslp
gevemesinden ve hareketinden sorumludurlar. skelet kaslarndaki aktin ve miyozin en nce akla
gelenlerdendir. A iplikiklerinin olumasndan, flagella olumasna kadar nemli yaplara giren
mikrotbllerin yaps da tblin denen protein molekllerinden meydana gelmitir.
68
Proteinlerin kovalent omurgas yzlerce badan oluur. Bir proteinin boyutlu yapsnda tm
molekller ayn ekilde dizildikleri iin kusursuz kristal yaplar oluabilmektedir. Bir proteindeki
atomlarn zel dizilimi ile o protein belli bir kon formasyon kazanr. Fonksiyonel
konformasyonunda bulunan proteinlere doal protein denir. Proteinlerin yaplarn kazanmasnda
69
Blm 5: PROTENLER
drt basamak vardr. Primer yap amino asitlerin biri birine kovalent bala (peptid) baland dz
zincir yapsdr.
5.1.1
5.1.2
Bir proteinin 2-4o konformasyonu daha ok zayf balarla (hidrojen, iyonik, hidrofobik) salanr.
Kovalent balar bu yapya pek girmezler. rnein sekonder yapda nemli rol oynayan proteinlerin
alfa-sarmal ve beta-bzgl ksmlar hidrojen balarndan olumutur. Alfa-sarmal yapda
polipeptid omurgas uzun eksen boyunca kuvvetli bir ekilde molekl etrafnda sarlmtr ve amino
asitlerin R gruplar bu omurgadan dar doru bulunurlar. Her alfa-sarmal donumu 0.55 nm
uzunluunda olup yaklak 3.6 amino asite denk gelir. Her peptitdeki >N-H grubu 4 amino asit
uzaktaki peptidin karbonil (>C=O) grubuna hidrojen ba ile balanmtr. Yani, H-balar ayn zincir
zerindeki bu gruplar arasnda kurulur. Baz polipeptidler alfa-sarmal yapy oluturamazlar.
Dolays ile bu yapnn olumasnda amino asit dizisi nemlidir.
Proteinin ikincil (sekonder) yaps dzenli ve daha kararl bir yap verir (rnein. alfa-sarmal ve
beta yaplar). ncl (tersiyer) yap, proteinin fonksiyonel yapsn verir. Baz birden fazla alt
niteye sahip proteinlerde drdncl (kuaterner) yapdan da bahsedilir.
ekil: Bir polipeptid zincirinin alfa-sarmal yapya dnmesi. (a) Omurgas boyunca sadece C
atomlarnn gsterildii -sarmal; (b) bu -sarmalda x amino asitinin CO grubu ile x+4 amino aitinin
NH grybu arasnda hidrojen ba kurulur; (c) -sarmal yapnn stten grn (Rler eksenden
darya doru bulunan amino asit yan zincirlerini gstermektedir).
70
5.1.3
ekil:
Proteinlerin katlanmasnda nemli bir yap olan - sarmalin
yandan (A) ve stten (B) grnm. - sarmalin her tam dn
0.55 nm olup yaklak 3.6 amino asite denk gelir. Her iki amino asit
arasndaki mesafe ise yaklak 0.15 nmdir. Amino asitlerin yan
zincirleri (R) sarmal ekseninden darya doru bulunurlar.
Atomlarn van der Waals aplar burada gsterilenden byk
olduklarndan, sarmalin ortasnda grlen boluk normal artlar
altnda yoktur.
71
Blm 5: PROTENLER
72
ekil: Proteinlerin boyutlu yap kazanmasnda kovalent olmayan balarn (hidrojen ba, iyonik
ba, hidrofobik etkileim) nemi byktr. Burada iki protein zinciri zerinde bulunan amino asitlerin
biri biri ile yapt balar ematize edilmitir. Bu ekilde bir ok zincirin bir araya gelmesi tabaka
(sayfa) gibi dz bir yap oluturduundan, byle yaplara -pileli ( -bzgl, -tabakal) yaplar ad
verilmitir. Hem alfa-sarmal ve hem de beta yaplar proteinleri daha kararl hale sokarlar. nk,
molekller arasndaki itme kuvveti bu sayede azaltlmakta ve oluan bir ok saydaki hidrojen ba
yapy daha da kararl hale sokar.
5.2
fibrz proteinleri yapan polipeptid zincirleri tamamen beta-bzgl (rnein, ipek), alfa-sarmal
(keratin) veya sarmal yap (kollajen) ierirler. En iyi bilinen 3 fibrz protein olan -keratin,
kollajen ve elastinin yaplar onlarn fonksiyonlar hakknda bilgi verir. Bu proteinler girmi
olduklar yaplara kuvvet ve elastikiyet kazandrrlar. Hepsi, ierdikleri yksek orandaki hidrofobik
amino asitlerden dolay suda znmezler. Omurgal hayvanlarda sa, yn, ty, trnak, mahmuz,
boynuz ve derinin d tabakas gibi yaplarn hemen hepsi alfa-keratin (-keratin)den
olumulardr (insan sa ylda 15-20 cm uzar. Bu nedenle sa kk hcreleri vcutta en yksek
aktiviteye sahip hcrelerdir. Bir hcre bir saniyede yaklak 109 dnmden oluan keratin sarmal sentezler. Her donumun yaklak 3.6 amino asite denk geldiini hatrlaynz). Epidermal
hcreler tarafndan retilen bu proteinler, dolays ile genellikle destek ve koruma gibi ilevler iin
73
Blm 5: PROTENLER
vardr. Keratinlerin sitoplazmik iskeletin oluumunda da nemli rolleri vardr. Keratinlerin
sekonder yaps genelde -sarmal olup, 3-4 sarmal bir araya gelerek bir mikrofilament oluur. Hem
bir mikrofilamentteki -sarmal yaplar kendi iinde ve hem de mikrofilamentler arasnda dislfit (S-S-) balar kurulur.
Kollajen, alfa-keratinlerin tersine yksek glisin amino asidi ieriinden dolay alfa-sarmal iermez.
Kollajen tendon, kartilaj, kemiklerin organik matriksi gibi ba dokusu ve gzn korneasnn byk
ksmini oluturur. Bu nedenle, bir ok canlnn toplam vcut proteininin 1/3unu ve toplam vcut
arlnn % 6sini kollajen oluturur. Yaps en iyi bilinen fibrz protein kollajendir. Bir yiyecek
rn olan jelatin kollajenden meydana gelir. Ancak, bir ok esas amino asidi iermedikleri iin,
kollajen ve jelatin iyi birer besin kayna saylmazlar.
Kollajenin amino asit ierii, rnein, tipik bir globuler proteininkinden olduka farkldr. Enzimatik
olarak oluan hidroksiprolin ve hidroksilizin amino asitleri kollajenlere zgdr ve ayrca bu
protein glisin ve prolin bakmndan zengindir ve bu yn ile dier bir fibrz protein olan keratinden farkldr (tm yapnn neredeyse % 50si bu iki amino asitten meydana gelir). Glisin en
kk amino asit olduundan kollajenin 3 polipeptid zincirinin birbiri etrafna sarlarak (ve
hidrojen balar ile bir arada tutulmas ile) sper sarmal oluturmas bu ekilde mmkn olur (keratin gibi -sarmal yap gstermezler. Dolays ile tropokollogen ismi buradan gelir (kollajenin
her biri yaklak 1000 amino asitten meydana gelen sola dnml molekl segmentleri ki yaklak
300 nm uzunluktadrlar ve 3lu sarmal yapdadrlar). Kollajenin yapm fibroblast hcrelerinin
prokollajeni sentezi ile baslar. Kollajenin prekrsoru olan bu protein amino ve karboksil ucunda
kollajende bulunmayan ilave peptid zincirleri tarlar. Fibroblast hcrelerinde prokollajen
moleklleri bir araya gelir ve dislfid (-S-S-) balar ile karboksil ularndan birbirlerine balanrlar.
Bu 3lu sarmalin ucundaki sinyal (ilave) peptidler enzimatik olarak koparlr. Bylece tropokollajen
yaplr. Tropokollajen moleklleri yana yana gelerek mikrofibrilleri olutururlar. Bir miyofibrildeki
tropokollajen moleklleri birbirlerine gre 67 nm yatay olarak kaym pozisyonda bulunurlar ve bir
tropokollajenin amino ucu ile ayn dzlem zerindeki dier tropokollajen moleklnn karboksil
ucu arasnda 40 nm aralk vardr:
74
Globler proteinler
Fibrz proteinlerin yaplarnn tersine, globuler proteinlerde yap daha karmaktr. Yukarda yeni
kefedilen bakteri hemoglobininin kristalizasyonu sonucu elde edilen muhtemel alfa-sarmal ve
beta-dnlerden oluan yaps grlmektedir (atomik rezolusyon mmkn olmadndan, bunlar
bir takm veriler yardm ile izilmi modellerdir ve hi bir zaman makromolekler yaplar bu
derece ayrt edecek ayrntl yaplar gzlenemez). Proteinlerin molekler veya submolekler
dzeyindeki aktivitelerini veren yaplar ancak bir ka protein iin aydnlatlabilmitir
(kristalizasyon metodu ile). Bunlarn banda hemoglobin ve miyoglobin gelir. Bu iki protein,
aktiviteleri, yaplar en ok allan enzimatik olmayan proteinlerdendir. Proteinlerin primer
yaplarnn (amino asit dizilerinin) dier yaplar (sekonder, tersiyer, kuarterner) belirlediine dair
deliller, amino asit dizisinde bir veya birka amino asit fark olan ayn proteinlerle salanmtr.
rnein orak hcre anemisi genetik bir hastalk olup, hemoglobin zincirindeki kk bir deiim
sonucu krmz kan hcrelerini etkilenmesi ile ortaya kar. Normal krmz kan hcreleri
(eritrositler) ortas ukur bir diski andrrken, orak hcre anemisinde bu hcreler orak eklinde
grnrler. Bunun olmas u molekler temele dayanr: DNA zerinde bulunan ve hemoglobini
kodlayan gen bir nokta mutasyona urar ve bu mutasyon sonucunda hemoglobinin beta alt
nitesindeki bir valin amino asidi yerine bir glutamik asit girer. Bu deiim, proteinin tm
durumunu etkiler. Deoksihemoglobin (oksijen balanmam hemoglobin)in erirlilii azalr ve bu da
hemoglobinin krmz kan hcrelerinde kelmesine (presipite) neden olur. Bu durum krmz kan
hcrelerinin orak gibi grnmesine sebep olur ve onlarn elastikiyetini azaltarak ince klcal
damarlardan geiini yavalatr veya tamamen durdurur. Bunun sonucu yeterince oksijen dokulara
tanamaz ve ar baslar. ou zaman hayatn kayb sz konusudur. Orak seklini alan bu eit
hcrelerdeki defektli hemoglobine S hemoglobin denir. Primer yapnn, proteinin fonksiyonunu
nasl etkilediini bu rneimizde grdkten sonra, simdi de globuler proteinlerin reaksiyon
aktiviteleri zerinde duralm. Globuler proteinlerin ounun (rnein enzimler) balang aksiyonu,
onlarn dier bir maddeye balanma zellikleridir. rnein, enzimler iin bu maddeler substrat
denirken, hemoglobin ve miyoglobine balanan maddelere (r, oksijen) ligand denir. Enzimler
konusunda (bir sonraki derste), enzim aktivitesi, enzim-substrat yap ve ilikisi zerinde detayl
durulacaktr.
Organizmalar (hcreler) enerji salamak iin oksijen yardm ile yiyecekleri oksidize ederler.
Omurgallarda oksijeni balayarak onu doku ve organlara tayan en nemli iki protein hemoglobin
ve miyoglobindir. Bu proteinlerin her ikisinde de proteinik bir ksm (polipeptid) ve protein
olmayan (prostetik) bir ksm bulunur. Tek fark, hemoglobin drt alt nite (iki alfa ve iki beta)den
yaplmken, miyoglobin tek zincirlidir. Prostetik grup bir porfirin halkasndan olumutur ki, bu
halkaya eer demir (Fe+2) balanm ise hem grubu denir.
75
Blm 5: PROTENLER
5.3.1
Hemoglobin
Krmz kan hcrelerinin yaklak % 90i bu proteinden olumutur. nsanda drt alt nite yan yana
gelerek (22) fonksiyonel proteini oluturur. Yani burada kuarterner bir yapdan bahsetmekteyiz.
Her bir alt nite bir hem grubu ierir ve oksijeni reversibl olarak balar. Oksijen saturasyon erisi
sigmoidal bir karakter gsterir.
Bunun nedeni oksijenin hemoglobine balanmasnn kooperatif bir olay olmasdr. Bu durum
fizyolojik olarak olduka yarar salar. nk, bu zelliinden dolay hemoglobin, akcierler ve
dokularda oluan farkl oksijen basnlar aracl ile byk miktarlarda oksijen balar ve ihtiya
duyulan yere salar. Grafikte de grld gibi oksijenin yokluunda hemoglobin oksijen iin
olduka dk bir affiniteye (ilgiye) sahiptir. Bir molekl oksijen drt alt niteden herhangi birine
baland zaman, dier alt nitede yle bir yapsal deiim olur ki, bu yap oksijeni daha kolay
balar. Oksijenli ortamlarda (r, akcier) bu olay dk basnlar altnda olur. Bir oksijen
moleklnn balanarak dierlerinin balanmasn kolaylatrc etkisi kooperativiteye rnek
olduu gibi, buna benzer olaylara allosterik etkileim denir. Ortamda CO2 veya edeer
fonksiyondaki difosfogliserat (DFG)in bulunmas halinde sigmoid eri saa doru kayar.
Yukardaki her iki molekl hemoglobine yle bir ekilde balanr ki onun oksijene kars olan
ilgisinde azalma olur. Dk pH da ayn olay gzlenir. Burada DFGnin rnek olarak verilmesinin
nedeni, krmz kan hcrelerinde bu biyomolekln hemoglobinle eit molar oranda
bulunmasndandr. Dolays ile bu molekl bir hemoglobin reglatr gibi hareket eder.
ekil:
Hemoglobinin
hem
paketiindeki Fe+2ye oksijenin
balanmas. Balanma histidini
(ng. proximal histidine) porfirin
halkasnn bir yzndeki Fe+3e
balanrken, oksijen dier yz
zerinden
Fe+3e
balanr.
Oksijenin balanmas Fe+3
tekrara halkann merkezine
eker.
ekil: Bohr etkisi. Periferal dokularda oluan karbon
dioksit su ile birleerek karbonik asiti oluturur.
Karbonik asit de bikarbonat ve protonlara ayrr.
Deoksi-hemoglobin bir tampon gibi davranarak
protonlar balar ve onlar cierlere tar. Cierlerde
hemoglobin oksijen balayp protonlar ortama salar.
Ortama salnm olan protonlar ise bikarbonat
iyonuna balanarak karbonik asiti oluturur. Eer
karbonik asitten karbonik anhidraz enzimi yardm
ile su uzaklatrlrsa geriye karbon dioksit kalr ki, bu
da solunumla dar verilir. Karbonik anhidraz enzimi
ayn zamanda bu reaksiyonu tersine de mmkn klar.
Yani, karbon dioksite suyu ekleyerek karbonik asiti
oluturur.
76
77
Blm 5: PROTENLER
yntemlerde esas olarak poliakrilamik jel
elektroforezi kullanlabilir. Bu yntemle bir
proteinin saflatrma oran, molekler bykl
ve varsa alt niteler belirlenebilir.
Kan serumu gibi biyolojik svlardaki protein
kolayca ayrlabilirlerken, doku ve hcrelerdeki
proteinlerin byk ksmnn izolasyonu iin
hcrelerin paralanmas gerekir. Hayvan
hcreleri su veya hipotonik solsyona
konulduklar zaman su daha youn olan sitozol
iin difz olur ve hcreyi iirerek patlatr.
Santrifigasyonla hcre organelleri ayrlabilir.
Membrana bal proteinlerin ayrlm ek bir
eritme basamana ihtiya duya. Bununu iin
genellikle bir deterjan olan triton x100 kullanlr
ve lipit tabaka eritilerek integral membran
proteinlerinin solsyonun iine dalmas
salanr. Hcre duvarna sahip hcrelerde
(rnein birok bakteri ve bitkilerde olduu gibi)
hcre duvarn eritmek iin ek enzimatik veya
mekanik ilemlerin kullanlmas gerekir.
Protein saflatrmalarnda en yaygn kullanlan
yntemlerden biri de onlarn iyonik zelliklerini
hesaba katarak yaplan tuzla presipitasyon
(keltme)dir. Bu amala genel olarak amonyum
slfat, (NH4)2SO4 kullanlr. Dier bir deyimle,
proteinlerin ayrmnda ilk basamak genellikle
amonyum slfat ktrmesidir. Bu teknik, dk
tuz konsantrasyonlarnda proteinlerin ounun
erirliliinin dmesine dayanr. Proteinler ykl
yan gruplarndan dolay iinde erimi olduklar solsyonlarla polar birlemeler yaparlar. Proteinler
izoelektrik pHda (pI) minimum erime gsterirler. Ayrca bir proteinin eriyebilirlii ortamdaki tuz
konsantrasyonundan etkilenir. rnein, birok globler protein saf suda ok az erirler. Ortama tuz
ilavesi ile proteinin erirlilii artmaya baslar. Ancak, daha yksek tuz konsantrasyonlar protein
zincirlerinin bir araya gelmesini ve dolays ile kelmesine neden olur (olduka yksek tuz
konsantrasyonlarnda, proteinler iinde bulunduklar solventten ok kendileri arasnda birleirler
ve presipite olurlar). Her protein presipitasyon iin kendine has bir tuz konsantrasyonuna sahiptir
(bu zelliini bildiimiz bir proteini dier tm proteinlerden uygun tuz konsantrasyonu seerek
saflatrabiliriz). Tuz konsantrasyonu arttrldnda belli bir noktada protein solsyondan ayrlr ve
ker. Bu kme noktas her proteinin kendi zelliine baldr. rnein; 0.8M amonyum slfat ile
phtlama proteini olan fibrinojen kan serumundan ktrlrken, 2.4 M amonyum slfat ile ayn
svdaki albmin ker.
5.4.1 Spektrofotometri
Elektromanyetik spektrum farkl zelliklere sahip dalga boylarndan olumutur: bunlardan radyo
dalgalar metrelere, mikrowave dalgalar milimetreye tekabl ederken, infra-red (kzl tesi) blge
800-100000 nm, Grnen k 400-800 nm, ultraviole (mor tesi) 100-400 nm, X nlar 1-100 nm
78
79
Blm 5: PROTENLER
Bir proteini almak iin nce
hcredeki binlerce farkl protein
iinden saflatrlmas gerekir. Bunun
iin
yeterli
teknie
sahip
bulunmaktayz. Protein izolasyonu bir
proteinin erirlilii, yk, bykl
gz nne alnarak yaplr. Birok
protein
dier
biyomolekllere
balanabildiinden,
proteinlerin
ayrm
bunlarn
bu
balanma
zellikleri ile de baarlabilir. Protein
saflatrma iin doku veya hcreler
(rnein bakteri) kullanlabilir. Doku
veya hcrenin paralanp (mekanik
veya enzimsel olarak) proteinlerin sv
iine salnmasna hcre ekstresi
denir. Santrifugasyonla deiik organel
veya ksmlar saflatrlabilir. Amino
asit blmnde akladmz gibi bir
iyon-deiim kromatografisi burada da
uygulanabilir ve protein elektrik
ykne gre saflatrlabilir veya aadaki ekilde grld gibi porlu bir matriks (rnein
Sefadeks) ieren bir ortamda proteinler byklklerine gre ayrlabilirler. Burada kk proteinler
matriksin porlar iine girip zaman kaybederken, byk proteinler matriks aralarndan gecik daha
nce aaya akm olacaklardr. Standart proteinlerin byle bir matriks ortamndan ayrl
surelerine gre bilinmeyen proteinlerin molekl arlklar belirlenir.
ekil: Proteinleri ayrmak iin kullanlan tipik bir kolon
kromatografisi emas. R, proteinlerin bulunduu
rezervuar, K, belli bir dolgu maddesi (matriks) ile
paketlenmi kolon, FT; fraksiyon toplayc.
5.4.2 Protein elektroforezi
Proteinler ayrca elektroforez yntemi ile karakterize
edilebilirler. Bu yntemle proteinler hem molekl
byklklerine gre ve hem de tadklar elektriksel
yke gre bir jel ortamnda elektrik akm verilerek
yrtlrler. Protein standartlar da yani jele
uygulanarak
bilinmeyen
proteinlerin
molekl
arlklar bulunabilir. Jle gibi bir yaps olan matriks
(poliakrilamid) iinde proteinler molekl arlklar ile
orantl ancak logaritmik bir ayrlma ile bantlar
olutururlar. Byk proteinler en geride kalrken kk proteinler elektrik alanda daha hzl
hareket ederler. Bu yntemle proteinler doal yaplar ( boyutlu yaplar) veya denatre edilerek
zellikleri aratrlabilir.
80
Elektroforezde bir hareketli bir de hareketsiz faz vardr. Sabit faz olarak kat, asetat, selloz,
poliakrilamid, agaroz gibi dolgu maddeleri kullanlr. Sabit ortamdaki en nemli zellik molekllerin
porlardan kolaylkla gemesine dayanr. Hareketli faz olarka genellikle tamponlar kullanlr.
Elektroforezin dier yntemlerden fark bir elektriksel alan yaratlmasdr. Protein zeltisi bu
elektriksel alanda farkl hzlarla bir elektrotdan dierine hareket ederek molekl arlklarna ve
tadklar elektrik yklerine gre birbirleirnden ayrlrlar. Daha sonra boyama yaparak protein
bantlar grnr hale gelmektedir.
zoelektrik fokus teknii bir proteinin izoelektrik noktasn (pI) belirlemeye yarar. Bunun iin
amfoterik (amfolit) maddeler kullanlr (Bkz. Amino asitler). Bu yntemde bir pH gradiyenti
oluturularak proteinlerin belli bir pHda taklp daha ileri hareket etmedii noktalar (pI) saptanr.
Her protein iin farkl bir pI deeri olduundan, proteinler de bu gradiyenti iinde farkl tabakalar
halinde kalrlar. zoelektrik fokuslama, proteinlerin bir pH gradientinde izoelektrik noktalarna gre
ayrlmas prensibine dayanr. Bu yntemde; yksek mobiliteye sahip sentetik
poliaminopolikarboksilik asitlerin karmlar olan amfoterik bileikleri ieren jel polimerletirilir.
pH gradienti oluturmak iin sisteme akm verilir. ve amfolitler izoelektrik noktalarna gre jelde
dzenlenirler . En asidik olan anoda, en bazik olanda katoda doru ilerler. Daha sonra rnek
proteinler jele uygulanr ve yklerine gre anoda ve katoda doru hareket ederler. Proteinler jel
zerinde net yklerinin sfr olduu pH deerine ( pI ) kadar g ederler ve bu noktada hareketsiz
kalarak dururlar. En son aamada protein bantlarnn gzlenmesi iin boyama yaplr fakat
boyamann olmas iin ncelikle jelden amfolitlerin uzaklatrlmas gerekir. nk amfolitler jelin
tamamen boyanmasna neden olur.
Jel filtrasyonu proteinlerin molekl arlklarna gre ayrlmasn salar. Jel filtrasyon kromatografisi
ile proteinler byklklerine ekillerine gre porlu marrikslerle doldurulmu bir kolondan
81
Blm 5: PROTENLER
geirilerek ayrlabilirler.byk ve geni bit ekli olan proteinler bu porlara giremez ve dolasyla
kolonun altndan en nce bunlar karlar.daha kk proteinler ise bu porlarn iine girdiklerinde
ve svyla daha fazla temas halinde kaldklarn daha yava hareket ederler ve en son kolondan
ayrlrlar. Bu yntemde proteinlerin birbirinden ayrlmas, sabit fazdaki jelin oluturduu porlarn
apna gre molekllerin belirli derecede engellenmesine dayanr. Sabit faz olarak kullanlan
sefadeks, biojel, agaroz gibi dolgu maddeleri kolona doldurulduktan sonra uygun bir tampon ile
ykanr ve kararl hale geirilir. daha sonra protein zeltisi tampon ile birlikte kolonun zerinden
yava yava ilave edilir. Yer ekimine gre aa doru hareket eden protein zeltisi ierisinde
bulunan kk protein moleklleri kolon dogu maddesinin kk oyuklarna girerkan,- byk
proteinler bu oyuklara hi girmeden kolondan ilk kan molekller halinde ayrlrlar.
yon-deiim kromatografisi proteinleri asit ve baz zelliklerine gre ayrmak iin kullanlan bir
yntemdir. Dier bir deyimle, iyon-deiim kromatografisinde proteinler net yklerine gre
ayrlrlar. Bu yntemde kolon iine pH= 7 de pozitif yk tayan bir selloz trevi olan DEAE- selloz
( dietilaminoetil selloz ) konur. Bu bileie negatif yk tayan proteinler balanrken dier
proteinler kolondan kar. Kolonun ierisine konan dier bir bileik ise pH= 7de negatif yk tayan
CM-selloz (karboksimetl selloz) dur. Bu bileie de pozitif yk tayan proteinler balanr. Dier
proteinler ise kolon dolgu maddesine balanmadan kolondan kar. Daha sonra kullanlan
tamponlarn iyonik kuvveti deitirilerek kolon materyaline geici olarak balanm olan bu
proteinler kolonun dolgu maddesinden ayrlarak kolondan kmaya balarlar. Fraksiyon toplaycs
ile kk miktarlar halinde tplerde toplanan proteinler asidik yada bazik zelliine gre dier
proteinlerden ayrlm olur. yon-deitirme kromatografi ayn zamanda amino asitlerin ve
peptitlerin de birbirinden ayrlmasn salar. Bu tip kromatografi zellikle molekl arlklar
birbirine ok yakn olan moleklleri ayrmak iin kullanlmaktadr. Anyon-deiim kromatografisi
pozitif ykl matriks ieren bir kolondan oluur ve bu matrikse net negatif ykl proteinler
balanr. Katyon-deiim kromatogrfasinde ise negatif ykl matriks kullanlr ve bu matrikse net
pozitif ykl proteinler balanr. Bbalanm proteinlerin kolonlardan ayrmas sodyum klorr
eklenmesi veya ortam pHsnn deimesiyle gerekletirilir.
Affinite kromatografisi ile ok kompleks bir karm iinde bulunan baz proteinler tek basamakta
olduka saf halde elde edilirler. Affinite kromatografisi iin polisakkarit yapsndaki agaroz
taneciklerine kimyasal bir reaksiyon ile bir enzimin koenzimi balanr. zerine koenzim balanm
olan agaroz tanecikleri kolon dolgu maddesi olarak kullanlr. Proetin karm bu kolona
uyguland zaman yalnz ilgilendiimiz enzim proteinleri koenzimin serbest ucuna spesifik olarak
balanmaktadr. Bu balanma kovalent bir balanma deildir. Dier proteinler koenzimin serbest
ucuna balanma zelliine sahip olmadklar iin kolondan ayrlrlar. Daha sonra serbest koenzim
ieren zelti kolona ilave edildiinde, agaroz taneciklerine bal koenzime balanm olan enzim
moleklleri bu defa rekabetten dolay zelti ile birlikte gelen serbest koenzime balanarak
kolondan kar. Bylece koenzime spesifik olarak enzim proteini dier yzlerce proteinden affinite
kromatografisi ile tek basamakta saflatrlm olmaktadr. Afinite kromatografisinde bir protein
baka bir molekle (ligand) balanp saflatrlmas ile gerekletirilir. Ligand kolon ieresindeki
suda erimeyen bir destee balanr. Protein solsyonu iindeki tm proteinler iinde sadece liganda
zg olan protein liganda balanrken tm dier proteinler akar geer. Bal protein daha sonra
kolundan ykanark olduka saf bir biimde elde edilir.
5.4.3 Santrifgasyon
Santrifj hz ve sresi de proteinleri byklklerine gre ayrt etmeye yarayan bir metottur.
Baklk olayndaki antijen-antikor balanmnn dnda, proteinlerin bir matriks zerinde hangi
blgede ve ne miktarlarda olduunu aratrmak iin ilgili proteine kars gelitirilen iaretli (rnein,
radyoaktif iaret) bir antikor kullanlr. DNA hibridizasonuna (Southern blot) edeer olan bu olaya
82
83
Blm 5: PROTENLER
verimlilikte ayrlmasn salar. Bu basn sayesinde kk molekllerle birlikte bir miktar sv
kaybedildii iin protein daha konsantre bir ekilde elde edilir. Birok diyaliz membranndaki porlar
yaklak 10 kda byklndeki moleklleri serbeste geirirken daha byk molekller ieride
tutuklu kalr. Proteinlerin ou 10 kda zerinde olduundan bu teknik proteinlerin fraksinasyonu
iin uygun deildir. Ancak, ktrme iin kullandmz tuz (amonyum slfat) gibi molekller
diyalizle proteinden uzaklatrlabilir.
Proteinlerde anino asit dizi analizi
Bir protein rneindeki her aminoasit says aminoasit ierik analiziyle belirlenebilir. Saflatrlm
protein rnei 6 M HCI iinde 100 oC 24 saat boyunca havas alnm ve kapal tp iinde stlarak
hidroliz edilir. Bunun sonucu a kan amino asit karm iyon deiim kromotografisine tabii
tutulur. Bunun iin slfonatlanm polisitilen bir kolan zerinde 20 standart amino asit ayrlabilir.
Ayrlan amino asitler daha sonra ninhidrin ile reaksiyona sokularak belirlenir. Her amino asidin
miktar o amino asit iin elde edilmi standart optik absorbans erisinden hesaplanabilir.
Ninhidrinle 10 nmol amino asit belirlenebilir. Amino asit kompozisyon analizi ile bir peptidteki her
amino asidin says belirlenebilir. Fakat bu yntemle amino asit dizisi hakknda her hangi bir bilgi
elde edilemez.
Bir proteinin amino ucundaki amino asitin belirlenmesi bu amino asidin serbest amino grubuyla
kovalent olarak reaksiyona giren bir madde sayesinde olabilir. Ancak bu olayn 6 M HCI ile
hidrolizden nce yaplmas gerekir. aretli N-ucu amino asit daha sonra dier standart amino
asitlerle karlatrlarak belirlenebilir. N-terminal analiz iin en yaygn olarak kullanan maddeler
floronitrobenzen ve dansilklorittir. Bu teknikle peptidin ucundaki amino asit belirlenebilir fakat geri
kalan amino asitler belirlenemez. Asit hidrolizden dolay peptid tamamen paralandndan dansil
kloritle reaksiyon daha ileri derece mmkn olmayacaktr. Bu problem Edman tarafndan Nterminal ucunun iaretlendii ve utaki amino asidi koparan fakat peptidin geri kalan amino
asitlerine zarar vermeyen bir metotla zld. Bu metotla N- ucundaki her bir amnio asit peptid
zincirinden tek tek koparlr ve tanmlanr. Yksz N-terminal amino grup fenilizosiyanatla
reaksiyona sokulur ve bu amino asit bir siklik fenol hidantoyin (PTH) amino asit olarak orta
derecede asidik artlar altnda proteinden ayrlr. Orta derecede asidite peptidin geri kalan ksmn
bozmaz ve bylece bu olay tekrar edilir. Salnan PTH amino asit HPLC ile belirlenir. Bu teknikle 50
adet amino asit N-ucundan
krlarak belirlenebilir.
Bir
proteinin
ortalama
bykl 50 Kda olup
yaklap 500 amino asit ierir.
Bu nedenle yukardaki Edman
yntemiyle byle bir proteinin
sadece 1/10i belirlenebilir.
Daha byk bir protein
dizilemek iin onu 20-100 adet
kk paralara blmek gerekir. Bu paralama kimyasal ya da enzimatik metotlarla olabilir. rnein
siyanojenbromid (CNBr) C-ucundaki metiyonin aminoasitlerinden zinciri krarken, tripsin enzimi ve
kimotripsin C-ucundaki bazik (arginin ve lzin) ve aromatik (fenilalanin ve trozinden paralar).
Tripsinle paralama sonucunda 6 lizini, 5 arjinini olan bir protein 12 peptidden oluan bir tirptik
peptik karacaktr. Her bir triptik peptid arginin ve lizin ile sonulanacaktr. zel kimsayal ve
enzimatik kesmelerle elde edilen peptid paralar kromotografi ile birbirinden ayrlrlar ve her
birinin dizisi Edman yntemiyle belirlenir.
84
Mr
82,000
21,500
23,000
22,000
DNAya balanma
evet
evet
hayr
evet
85
Blm 5: PROTENLER
ilikilidir. Bilindii gibi polar molekller membrandan yava geebilirken, hidrofobik ntr molekller
daha hzl geerler. Mide ortamnn pHs 1.5 iken, ince barsak ortamnn pHs yaklak 6.0dr. Kana
karan aspirin en ok mideden mi yoksa ince barsaktan m gelir?
6. Bir amino asit olan lsinin yaps:
a. Lsin ka kiral merkeze sahiptir?
b. Ka optik izomere sahiptir?
c. Bu izomerlerin kimyasal formllerini gsteriniz.
7. Bir peptid aadaki gibi bir diziye sahiptir;
Glu-His-Trp-Ser-Gls-Ls-Arg-Pro-Gls
a. Bu peptidin pH 3; 8 ve 11de net yk nedir? (Her bir amino asit iin yan zincirlerin ve u amino ve
karboksil gruplarnn pKa deerleri:
b. peptidin pI deeri nedir?
8. Bir biyokimyac yeni bir enzim kefetmi ve onu aadaki tabloda grld metotlarla deiik
derecelerde saflatrmtr:
a. Tabloda verilen bilgilere gre, her
saflatrmadan sonra enzimin spesifik
aktivitesini hesaplaynz.
b. En etkili saflatrma hangisidir?
(saflktaki en yksek deer)
c. En az etkin saflatrma hangi
basamakta olmutur?
d. 6. basamaktan sonra enzimin saf olduunu gsteren bir veri varmdr? Enzimin saflk derecesinin
lm iin baka bir eyler yaplabilir mi?
9.Bir proteini detayl almak iin nce o proteinin:
A)bilinen bir molekle konjugasyonu (balanmas) salanr
B)amino asit ierii belirlenir
C)amino asit dizisi belirlenir
D)molekler arl belirlenir
E)saflatrlmas yaplr
10.Doal olarak bulunan proteinlerin yapsna giren tm amino asitlerde ortak zellik nadir?
11.Suda zndkleri zaman amino asitler neden zwitterion form kazanrlar?
12.Proteinlerde aadakilerden hepsi zayf olarak deerlendirilebilir. Bir tanesi hari:
A)van der Waals kuvvetleri
B)hidrojen balar
C)iyonik balar
D)peptid balar
E)hidrofobik etkileimler
86
87
Blm 5: PROTENLER
SORULAR
1. 300 amino asitten oluan bir polipeptid veya proteinin yaklak molekl arl nedir?
2. Globler bir proteinde hangi amino asitleri molekln i ksmnda bulmay beklersiniz?
Neden?
3. Ultrasantrifgasyonla maya alkol dehidrojenaz enziminin molekler arl 145,000 olarak
belirlenmitir. Ancak, bu enzim kompleksi denature edildii zaman sadece 36,000 dal tonluk
molekller belirlenebilmitir. Bu enzimin muhtemel kuarterner yaps nasldr?
4. Bir segmentinin yapsnda -Ala-Val-Tre-Asp-Olu-Pro-Glu-Ile-Gly-Arg- bulunan bir proteinde
bu ksm nasl bir sekonder (ikincil) yapda bulunur?
5. fibrz proteinlerin ou neden dk besinsel deere sahiptirler?
6. Trnak ve deri her ikisi de esas olarak -keratin ierdikleri halde trnak neden deriden daha
serttir?
7. pHdaki deiimler (rnein, olduka asidik veya bazik ortam) neden genel olarak
proteinlerin denaturasyonuna neden olur?
8. 122 amino asitten oluan bir polipeptid tm ile alfa-sarmal
konformasyonunda bulunuyorsa uzunluu ne kadardr? Ayrca bu alfa-sarmal yapy
tamamen ekip uzatrsak uzunluu ne kadar olur? (her alfa-helik dnnn yaklak 3.6
amino asit ve 5.5 oA olduunu ve uzatlm bir zincirde iki alfa-karbon atomu arasndaki
mesafenin 3.6 oA olduunu hatrlaynz).
88
6 ENZMLER
Enzimler biyokimyasal katalizrledir. Yani kendileri deiime uramadan bir reaksiyonu
hzlandran katalist molekllerdir. Enzimlerin hemen hepsi proteindir ve Globler yapdadrlar.
Ancak, proteinlerin hepsi enzim deildirler. Enzimlerin katalitik zellikleri artcdr. rnein,
krmz kan hcrelerimizde bulunan karbonik anhidraz karbon dioksiti karbonata evirerek
zararsz hale getirir:
CO2 + H2OH2CO3
6
Bu enzimin bir molekl 1 saniyede 10 molekl CO2i evirir. Katalaz da byle yksek aktiviteli bir
enzimdir ve dokularda oluan zararl hidrojen peroksidi suya ve oksijene evirir:
2H2O22H2O + O2
Bir molekl katalaz bu reaksiyonu 1 saniyede 107 kez tekrarlar (turnover). Enzimlerin ou bu ve
buna benzer yksek oranlarda reaksiyonlar hzlandrrlarsa da, baz istisnalar da vardr. rnein,
bakteri hcre duvarndaki glikozidik balar eriten lizozim enziminin 1 molekl sadece saniyede 1
ba krabilmektedir.
Enzimlerin en nemli zelliklerinden bir tanesi de yksek spesifite gstermeleridir. Her enzim
sadece bir eit reaksiyonu katalizler ve o reaksiyonun substrat (reaktan) ve rnlerine kar zel
spesifite gsterir. rnein, tripsin enzimi bir polipeptidi daima lizin veya arjinin amino asitlerinin
bulunduu yerden keser. Kimotripsin ise ayn ii fenilalanin, tirozin ve triptofan blgelerinden
yapar. Fumaraz ise daima fumaratn ift bana bir su sokarak malatn olumasn salar. Biyoloji
derslerinizde grm olduunuz tm enzim eitleri (metabolik enzimler, sitokromlar, vs) hepsi bu
ekilde zgn spesifite gsterirler.
Hcrenin canll birok kimyasal reaksiyonun koordineli olmas ile mmkndr. Bu ibirliinin
herhangi bir noktasnda meydana gelecek bir bozukluk (rnein, o basamaktaki enzimin yapsnn
nemli lde bozulmas) tm hcre veya tm canly olumsuz etkiler. Ar scaklkta veya ate
halinde insanda klima grevi yapacak enzimatik reaksiyonlardan (rnein, terleme byle bir
reaksiyonun sonucudur), kas kaslmas, gzn grmesi, gne n kimyasal enerjiye dntren
enzimlere kadar birok enzim reaksiyonu vardr. Ancak, kolaylk olmas acsndan enzimler
katalizledikleri ana reaksiyon tipine gre uluslar aras Enzim Komisyonu (EC) tarafndan 6 ana
gruba yerletirilebilirler:
1.
2.
3.
4.
5.
6.
EC sisteminde enzim numaralamas her enzim iin biri birinden nokta ile ayrlan ve nne EC konan
4 saydan oluan bir yntemle yaplr. r. Bir hidrolaz olan ve L-asaparajin amino asitini aspartik
asit ve amonyaa eviren L-asparajinaz enziminin EC sistemi ile gsterimi, EC. 3.5.1.1 eklindedir.
89
Blm 6: ENZMLER
Hcrede birok enzim sentezlenir. Ayrca, birok enzim doku veya organ spesifitesi gsteririler.
Yani, belli enzimler belli doku veya organlar tarafndan daha ok sentezlenirler. Baz enzimlerin
hcrede srekli retilmesi gerekir (rnein, enerji retiminden sorumlu enzimler). nk bunlar
sayesinde hcre termodinamik yap ve fonksiyonunu korur. Bunlar hcrenin iinde bulunduu
duruma gre az veya ileri derecede sentezleri sz konusudur. Dier baz enzimler ise gerekli
olduklar zaman ancak yaplrlar ki, gen reglasyonu konusunda bunlar zerinde duracaz
(rnein, DNA replikasyonu iin gerekli enzimler hcre oalamaya balayaca zaman en aktif
ekilde yaplrlar).
Enzimlerin bazlar aktivite iin baz kk molekllere ihtiya duyarlar ki bunlara kofaktr
(prostetik grup) denir. Kofaktrler Mg2+, Fe2+ gibi basit inorganik iyonlar veya koenzim denen
daha kompleks organik molekller olabilirler. Koenzimler memeli beslenmesinde de nemli
molekllerdir. nk ileride de (vitaminler ve metabolizma konularnda) zerinde duracamz gibi
bu kofaktrler baz suda eriyebilen vitaminlerden yaplmaktadrlar. rnein B2 vitamini (riboflavin)
90
ekil: Koenzimlerin rol. Alkol dehidrogenz enzimi alkol paralama srasnda koenzim olarak
NAD kullanr. Enzim tarafndan alkolden koparlan hidrojen koenzim aracl ile tanr. NAD
koenzimi bu reaksiyonu daha etkin klar. nk reaksiyonun yan rnlerinden biri olan hidrojen
NAD tarafndan balanarak reaksiyon blgesinden baka yere tanr. Hidrojen artk reaksiyona
giren molekllere yakn bulunmadndan, reaksiyonun yn asetil oluturma ynnde olur. Bu da
daha ok alkoln yklmasn salar.
Enzimle katalize olan reaksiyonda bu olay enzimin aktif blgesi
denen bir zel ksmda gerekleir. Enzimin aktif blgesine balanan
ve islenen molekle substrat (reaktan, S) denir. Enzim-substrat
kompleksi enzimatik reaksiyonda merkezi rol oynar ve enzimatik
reaksiyonlarn mekanizmasnn matematiksel ifadesini (enzim
kinetii) salar. Basit bir enzimatik reaksiyon,
E + S -------ES ------ EP----- E + P
91
Blm 6: ENZMLER
eklinde ifade edilebilir (P= rn). Burada tek bir substrat tek bir rne (S ----P) dntrld
iin bire-bir reaksiyon denir. Ancak, enzimlerle katalizlenen reaksiyonlarn ou birden fazla
(daha ok iki) substrat ierir. rnein, S1 + S2 ----- P reaksiyona ikiye-bir reaksiyonu, S1 + S2 ----P1 + P2 reaksiyonuna ikiye-iki reaksiyonu adi verilir. Enzim gibi bir katalizrn grevi reaksiyon
orann arttrmaktr. Enzimler kimyasal bir reaksiyonun dengesini deitirmezler.
Bir nceki ekilde enzimle katalize olan ve kimyasal olarak katalize olan reaksiyonun aktivasyon
enerji fark grlmektedir. Bu ekilde bir reaksiyonun enerjitik oluum sekli gsterilmitir. leride
zerinde duracamz gibi biyolojik sistemlerde enerji, serbest enerji (G) olarak ifade edilmektedir.
Herhangi bir molekl (rnein, reaktan veya rn) kararl durumunda (eik seviyesi) kendine has
bir serbest enerji ierir. Denge halinde reaktan (substrat) ve rn arasndaki enerji farkna, serbest
enerji fark (G) denir (bu kavrama Biyoenerjitk konusunda daha detayl deineceiz). Erinin en
tepe noktas tranzisyon noktasdr. Bu noktada madde eit ansla hem geri reaktana ve hem de
rne dnebilir. Tranzisyon noktas ile substrat veya rnn eik seviyesi (kararl yap)
arasndaki enerji fark aktivasyon enerjisi olarak bilinir.
Pratikte herhangi bir reaksiyon ara bileikleri
ieren birka basamakta gerekleebilir (rnein,
glikozun glikolizis yolu ile piruvata oksidasyonu,
triptofan sentezi, vs.). Byle bir reaksiyonda
reaksiyonun oran-belirleyici basamandan
bahsedilir ki, bu basamak en yksek aktivasyon
enerjisine sahip olandr. Dolays ile enzimlerin
hcrenin canll iin nemi olan byle
reaksiyonlar mmkn klmak (onlarn aktivasyon
enerjisini drerek) iin ortaya ktklar kabul
edilmektedir.
Enzim aktivitesi, aktivitenin reglasyonu ve enzim kinetii
Enzimatik almalarn ounda (rnein rutin enzim yntemlerinde) allan enzimin molar
konsantrasyonu bilinmez. Bu nedenle, enzimin miktar aktivite cinsinden ifade edilir. Aktivite
genellikle standart nite olarak verilir. Dolays ile 1 nite (U) enzim, dakikada 1 mikromol
(mol) rn oluumunu katalizleyen enzim miktar anlamna gelir (1 U enzim= mol P/dak,
burada P, rn anlamndadr). Dier protein veya enzimlerle kark halde bulunan bir enzimin
(rnein, hcre ekstraktndaki bir enzimin) konsantrasyonu nite/ml cinsinden ifade edilir. Eer
byle bir karmdaki hcre protein konsantrasyonunu belirlersek (rnein ml ekstraktta ka mg
protein olduunu) ve 1 mg proteindeki enzim nite saysn hesaplarsak spesifik aktiviteyi elde
ederiz. Yani dier bir deyimle bir enzimin spesifik aktivitesi= nite/mg protein veya mol
P/dek/mg anlamna gelir. Her enzim kendine has spesifik bir aktiviteye ve dolays ile turnover
says (kcat)na sahiptir. Bir enzimin turno ver says, 1 mol enzim tarafndan dakikada evrilen mol
substrat saysdr (veya 1 mol enzim tarafndan dakikada evrilen mol substrat saysdr). Dier
bir deyimle bu say Vmax/[E]ta eittir ([E]t= ortamdaki toplam enzim, yani [ES]+[E]). Ancak,
bildiiniz gibi ou zaman bir enzime birden fazla substrat balanabilir (yani enzim, birden fazla
katalitik blge tayabilir). Bu durumda, esas turnover says 1 mol katalitik blge tarafndan
evrilen mol substrat says olarak ifade edilebilir.
Vcut (veya hcre) enzim aktivitesini birok ekilde dzenler (regle eder). Bunu o ilgili enzimin
sentez/paralanma orann deitirerek yapar. Baz durumlarda ise enzim moleklnde yaplan
kovalent bir modifikasyon zelliine gre o enzimin aktivitesi azalabilir veya tersi artabilir. Dier
92
93
Blm 6: ENZMLER
Bu son reaksiyondan enzim aktivitelerini bulmak iin kullanlan nl Michaelis-Menten (M&M)
eitliini (v/Vmax=[S]/Km + [S]) bulalm:
Km=[E] [S]/[ES], veya Km= kp + k2/k1 [ES]=[E] [S]/Km
[ES] oluumu : k1 [E] [S]
[ES] ykm: k2[ES]+ kp [ES]= (k2+kp)[ES]
k1[E] [S]= (k2+kp)[ES]
[ES]= k1[E] [S]/ k2+kp
[ES]= [E] [S]/Km (eitlik 1)
Herhangi bir zamandaki hz (v)
v= [ES] kp olduundan ve [ES]= v/kp
eitlik 1de yerine konursa,
v/kp=[E] [S]/Km (eitlik 2)
[E]toplam= [ES] + [E]
[E]= [E]t-[ES]
eitlik 2de yerine konursa
v/kp= ([E]t-[ES]) [S]/Km
v= (kp[E]t-kp[ES]) [S]/Km
olur.
Biliyoruz ki, kp[E]t=Vmaxa
kp[ES]= vye eittir. Dolays ile, v= (Vmax-v) [S]/Km= Vmax [S]- v[S]/Km
vKm= Vmax [S]- v[S]
Vmax [S]= vKm + v[S]
Vmax[S]= v (Km+ [S])
v= Vmax[S]/ (Km+ [S])
Burada Kme M&M sabitesi denir. Km reaksiyonun maksimum hznn (Vmax) yarsna tekabl eden
substrat konsantrasyonudur. Dolays ile birimi de [S] ile ayndr. Bir ok enzim iin Km deeri 10 -1
ila 10-6 M arasnda deiir. Enzimatik reaksiyonlarda Km en nemli reaksiyon sabitesidir. Bu sabite
ile reaksiyon hz (v) ve substrat konsantrasyonu [S] anlalabildii gibi, enzimin substrata olan ilgisi
de anlalr. Km deerinin bilinmesi ile hcre ii [S] konsantrasyonunun belirlenmesi mmkndr.
nk [S]in Kmden byk lde byk veya kk olmas mmkn deildir. nk Kmin [S]den
ok byk veya kk olmasnn hcreye hi bir pratik faydas yoktur. rnein, [S]yi Kmin 1000
kat yaparsak, enzim reaksiyon hznda sadece 2 kat art olur;
[S]= Km halinde v= Vmax [S]/Km + [S]den v= Vmax Km/Km + Km= Vmax iken,
[S]= 1000Km halinde v=Vmax (1000Km)/Km + 1000 Km Vmax olur.
Eer bir enzim-substrat reaksiyonunda Kmi biliyorsak, reaksiyonun artlarn Vmax hesaplamak iin
ayarlayabiliriz. Spesifik bir enzimin alternatif substratlarnn bulunup bulunmadn da Kmi
bilmekle mmkn olur. En dk Kme sahip reaksiyonlarda enzimin substrata olan ilgisi en yksek
derecededir. Dolays ile en spesifik enzimler en byk vmax/Km oranna sahip olanlardr. Yukarda
elde ediliini grdmz M&M eitlii bir grafie aktarlabilir. Grafiin x eksenine [S] ve y eksenine
ise hz (v) yani birim zamanda aa kan rn miktar yazlabilir. Tipik M&M eitliine gre,
94
95
Blm 6: ENZMLER
demektir. Yani bu kadar mol enzim dakikada 1.2 x 10-3 mol CO2yi eviriyor demektir. Dolays ile
enzimin molekler aktivitesi (turnover says) dier bir deyimle kp veya Vmax/[E], (1.2 x 10-3 mol
CO2/dak)/3.33 x 10-11 mol enzim= 3.6 x 107 mol CO2/dak/mol enzimdir Yani, bir molekl enzim
dakikada 36 milyon substrat (CO2)i rne (H2CO3) evirmektedir.
Hcrede enzim aktivitesini etkileyen en nemli faktrler arasnda ksaca substrat ve rn
konsantrasyonundaki
deiimler,
son-rn
inhibisyonu
(aadaki
ekil),
allosterik
aktivasyon
veya
inhibisyon,
irreversibl
inhibisyon, pH deiimi,enzimin kovalent
modifikasyonu,
enzimin
sentez
veya
paralanmasndaki deiim saylabilir.
Hcre veya vcut pH deiimlerini tamponlama
zellii tasa da (rnein, kanda hemoglobin ve
genelde vcuttaki karbonat tampon sistemi:
CO2nin karbonata dnmn ve karbonatn
bir
tamponlayc
ajan
olduunu
hatrlaynz), ou kez az da olsa hcre
(veya doku) bu pH deiimlerinden dolay
negatif etkilenir. Burada en ok etkilenen
molekller ise, aktiviteleri ancak belli
pHlarda olabilen enzimlerdir. Bir sonraki
sayfadaki ekilde de grld gibi verilen
enzimin her biri belli pHlarda optimal
aktivite gsterirler. rnein pepsin olduka
dk
pHda
(pH=
2.0, midede) aktif bir proteaz (protein paralayan enzim) iken,
ayn enzim ortam pHs ntr olduundan sentezlenmi olduu
hcrelerde inaktif durumdadr.
Baz enzimlerin spesifik metabolitler (metabolik maddeler)
tarafndan inhibisyonu ana metabolizma (glikolizis, krebs,
vb)in reglasyonunda olduka nemlidir. Bu enzimlerin ou
kooperatif olarak regle olan allosterik enzimlerdir. Ancak, Michaelis-Menten (M&M) eitlii
(Bkz. Enzim Kinetigi) eitliine gre davranan (hiperbolik bir aktivite erisi veren) enzimlerin hepsi
kooperatif olmayan enzimlerdir (kooperatif durum iin Bkz. Proteinler: hemoglobinin oksijene
kar ilgisi). Kooperatif olmayan enzimlerin reversibl inhibisyonu grup altnda toplanabilir:
kompetitif (substratla yaran veya aktif blgeye balanan inhibitrden kaynaklanan inhibisyon),
kompetitif olmayan (aktif blgenin dnda bir blgeye balanan, dolays ile substratla ayn
blgeye balanmak iin yarmayan), ve unkompetitif (enzime deil fakat ES kompleksine balanan
inhibitrn sebep olduu inhibisyon). Enzimatik inhibisyon bir ok ila tedavisinde bavurulan bir
yntemdir. Bir enzimin inhibisyon mekanizmas allarak o enzimin kendi substrat iin ne kadar
affiniteye sahip olduu ve inhibisyonun ne tur bir inhibisyon olduu anlalr. Bylece, o enzime
uygun inhibitrler gelitirilebilir. ekilde, sksinat dehidrogenaz iin inhibitr grevi yapan eitli
yaplar verilmitir. Burada, bu yaplarn enzimin doal substratlar olan sksinat veya fumarata
benzerliine dikkat ediniz:
96
97
Blm 6: ENZMLER
Eer bir enzimin hcre ii substrat konsantrasyonunu biliyorsak, o enzimin Km deerinden enzimin
substrat ile doyurulmu durumda olup olamadn anlayabiliriz. Bunu bilmek bu enzimatik
reaksiyonun metabolik bir yolda oran-belirleyici basamak olup olmad konusunda da bize bilgi
verir. Bu eit enzim Kinetigi ile belirlenen nemli reaksiyonlardan biri glukozun glukoz-6-fosfata
fosforilasyonudur. Glukoz kullanan tm hcrelerde bu is hekzokinaz enzimi ile olur (bu enzimin
glukoz iin Kmsi 500 Mdir). Ancak karacier hcreleri (hepatositler) ayn reaksiyonu katalizleyen
ikinci bir enzim (glukokinaz)e sahiptir ki bu enzimin glukoz iin Km deeri 100 mMdir. Dier bir
fark ise, glukoz-6-fosfat hekzokinaz inhibe ederken, glukokinaz etkilemez. Alk halinde, kan ekeri
seviyesi 40 mM kadardr ve hekzokinaz tamamen doyurulmu halde bulunur ([S] Kmin 80 misli
kadardr). Bu nedenle hekzokinaz maksimum aktivite ile kendi aktivitesini inhibe edecek glukoz-6fosfat ortamda birikinceye kadar alacaktr. Karbonhidrat bakmndan zengin bir yemekten sonra
kandaki glukoz konsantrasyonu 100-120 mMya kadar kar. karacier glukokinaznn Kmi 100 mM
olduundan glukoz konsantrasyonu arttka bu enzim hz da artarken, dk Km deerine sahip
hekzokinaz nemli bir miktarda substrat evirimi yapamaz. Bu nedenle fazla glukoz balangta
glukoz-6-fosfat olarak karacierde birikecek ve daha sonra glikojene evrilecektir. Bu kinetik
sistemin bizler iin nemi, hormonal kontrole gerek olamadan kandaki fazla glukozun karacierde
bir nevi inaktif forma dntrlmesidir.
ZML SORULAR
1. Bir hcre ekstresinin protein ierii 20 mg/mldir. Toplam 0.5 ml reaksiyon karmnda bulunan 10
mikrolitre (l) extrakt dakikada 30 nmol rn oluumunu katalizlemektedir. a. reaksiyon hzn (v)
nmol/dak/reaksiyon, nmol/ml/dak, nmol/l/dak, mol/l/dak cinsinden hesaplaynz. b. ayn miktar
extrakt toplam 1 ml reaksiyon karmnda olsayd, reaksiyon hz ne olurdu? c. nite/ml cinsinden
extrakttaki enzim konsantrasyonu ne olurdu? d. enzimin spesifik aktivitesi nedir?
2. Bir enzim reaksiyonunda spesifik aktivite 42 nite/mg protein olarak bulunmutur. Solsyonun
protein konsantrasyonu 12 mg/mldir. a. 20 l, b. 5 l solsyon ieren ve toplam hacmi 1 ml olan
reaksiyonlarn hzn (v) hesaplaynz.
3. Elinizde saf bir enzim bulunmakta ve bunun 1 mikrogram bir reaksiyonu 0.5 mol/dak orannda
katalizlemektedir. Molekl arl 92,000 olan bu enzimin spesifik aktivitesini a. nite/mg protein
(enzim), nite/mol cinsinden hesaplaynz. b. enzimin turnover says nedir? c. bir dakikadaki katalitik
cevirim says nedir?
4. Michealis-Menten eitliini kullanarak,
a. [S] >> Km olduu zaman von [S]den bamsz olduunu
b. [S] <<Km olduu zaman reaksiyonun S itibar ile birinci derecede olduunu
c. vo Vmaxn yars ise [S]=Km olduunu gsteriniz.
5. Alfa-kimotripsinin (E) tirozin benil ester (S)le reaksiyonu sonucu gzlenen hzlar 6 farkl substrat
konsantrasyonu iin belirtilmitir:
mM [S]
0.00125
0.01 0.04 0.10 2.0
10
vo (mM/dak) 14
35
56
66
69
70
Bu enzimin Vmax ve Km deerlerini hesaplaynz.
6. a. Neden kcat/Km deeri bir enzimin katalitik etkinliini lmede baz alnr?
b. Enzimlerin kcat/Km deerleri iin st snr nedir?
98
99
Blm 6: ENZMLER
4. Elde ettiiniz bir enzimin M&M bantsna gre hareket ettiini varsayn. [S]in a) Km, b)
Km, c) 2 Km, d)1/10 Km, e)10 Kme eit olmas durumlarnda Vmaxn< % ka gzlenir?
5. Aadaki deneysel verileri kullanarak grafik kadnda Leenwaver-Burk erisini iziniz ve
Km ve Vmaxin a) inhibisyonlu, b) inhibisyonsuz reaksiyonda ne olduklarn hesaplaynz. c)
reaksiyonun inhibisyon ekli nedir?
[S]
v(inhibisyonsuz)
v(inhibisyonlu)
(mM)
(mol/dak/mg)
(mol/dak/mg)
3.0
2.29 x 10-3
1.83 x 10-3
-3
5.0
3.20 x 10
2.56 x 10-3
-3
7.0
3.86 x 10
3.09 x 10-3
9.0
4.36 x 10-3
3.49 x 10-3
11.0
4.75 x 10-3
3.80 x 10-3
-5
6. Bir enzimin Km deeri 4.7 x 10 Mdir. Eer reaksiyonun Vmax 22 mol/l/dak ise,
substratn 2 x 10-4 M olduu bir reaksiyonda a) 5 x 10-4 M kompetatif inhibitr, b) 5 x 10-4 M
kompetatif olmayan inhibitr varlndaki hzn hesaplaynz (Not: hem kompetatif ve hem
de kompetatif olmayan inhibitr iin Kiyi 3 x 10-4 M olarak kabul ediniz). c) her iki durumda
inhibisyon derecesi (%) nedir?
7. Substrat konsantrasyonu 1.5 x 10-3 M olan enzimatik bir reaksiyonda % 75 inhibisyon
salamak iin Ki deeri 2 x 10-5 M olan inhibitrn konsantrasyonunun ne olmas gerekir?
(Enzimin Km deerini 2.9 x 10-4 kabul ediniz)
cevap: 3.7 x 10-4 M
100
7 HORMONLAR, NROTTRANSMTTERLER VE
AKTF PEPTDLER
Hormonlar nroendokrin sistem (yani sinir hcresi olarak bilinen nronlar ve eitli salg bezleri)
tarafndan yaplrlar. Hormonlar zellikle yksek yapl hayvanlarda sinyal iletimi, davran ve
enerji metabolizmasnda nemli roller stlenmilerdir ve kanla hedef dokulara tanrlar
(metabolizmann hormonal reglasyonu ikinci dnem daha detayl islenecektir).
Ekstrasellar (hcre d) sv ve kanda hormonlarn konsantrasyonu genellikle 10-9-10-15 M
konsantrasyonda bulunur. Bu konsantrasyon dier benzer yaplarla (rnein, glukoz, amino asitler,
peptidler, proteinler, 10-3-10-6 M) karlatrldnda olduka dk bir konsantrasyondur. Bu
nedenle hcreler bu kadar dk konsantrasyonda bulunan moleklleri hem kendi aralarnda ve
hem de dier benzer molekllerden ayrt etmek zorundadrlar. Hcreler bu tanmay hcre
membrannda yerleik alc yaplarla salarlar. Bu alc molekller protein olup reseptr olarak
adlandrlrlar. Hcresel seviyede hormonun etkisi onun kendine has reseptre balanmas ile
balar.
En basit prokaryotik hcrede bile herhangi bir zamanda
zt metabolik yollarn ilememesi iin metabolik olaylarn
koordineli olarak dzenlenmesi gerekir. Bylece
organizma deien evresel artlara uyum salar
(rnein, deien besin miktar ve eidi). Ayrca,
organizmann genetik olarak programlanm byme
ve remesi iin gerekli metabolik aktivitenin olmas
arttr. ok hcreli organizmalarda, hcrelerin birbiri ile
iliki iinde olmas gerekir ve dolays ile bu canllarda
enerji yapm ve kullanm daha karmaktr. Bitki ve
hayvanlarda bu durumun deiik doku ve organlara
paylalmas ile stesinden gelinir. Hayvanlarda eitli
dokular aras iliki sinirsel ve hormonal sinyallerle olur. Bu eit reglatr sistemler hcreleri
basite aktive veya deaktive etmezler. Bunun yerine, bu reglatr sistemler etkilerini sonsuz sayda
uyarlarla yaparlar. Herhangi bir hcrenin bir uyarya cevab onun alglam olduu sinergistik
(dayanmal,
kooperatif)
veya
antagonistik
(sinergizmin tersi) sinyale baldr.
Hormonlar kimyasal yap, eriyebilirlik, reseptrlerinin
lokalizasyonu ve hcre iinde verdikleri hormonal
sinyalin tabiatna gre eitli gruplar altnda
snflandrlabilirler. Esas olarak hormonlar hcre ii
reseptrlere sahip lipofilik (yada eriyen) hormonlar
grup 1, hcre membrannda yerleik reseptrleri olan
peptid hormonlar grup 2 olarak snflandrabiliriz.
101
102
103
104
105
106
8 LPDLER
Biyolojik lipidler birok farkl kimyasal
yapda bulunabilirler. Ancak, lipidlerin
en yaygn bilinen zellikleri sudaki
erimezlikleridir. Bu hidrofobik (suda
erimeyen) zelliklerinden dolay dier
biyolojik molekllerden hem yap ve
hem de fonksiyonel farklar gsterirler.
Lipidlerin fonksiyonlar da, kimyasal
yaplar gibi farkllklar gsterir.
107
Blm 8: LPDLER
108
109
Blm 8: LPDLER
Esas olarak insan veya hayvanlarda
yalardan bahsedilirken trigliseroller
kast edilir ve kilolu insanlarda bu ya
miktar 15-20 kg kadar olabilir. Bu
yan ou adipoz dokusu (ya
dokusu)nda bulunur. Hayvanlarda ya
dokusu
hcreleri
(adipositler)
triailgliserollerin
sentezi
ve
depolanmas iin zellemilerdir. Dier
vcut hcrelerinde sadece bir ka ya
damlac
sitozolde
bulunmasna
ramen,
adipositler
neredeyse
tamamen yala dolu bulunurlar.
nsanlarn ya ierii (erkekte % 21,
kadnda % 26) onlarn bir ey yemeden 2-3 ay yaamasn mmkn klar. Halbuki vcudumuzdaki
glikojen miktar bize ancak bir gn yetecek kadar enerji depolamtr.
Bazen (rnein fosfolipidlerde), iki ya asidi zinciri gliserolun iki karbonu ile ester ba
olutururken, dier karbon atomuna bir fonksiyonel grup (rnein, fosfat) balanr. Bu tr iki
zincirli lipid molekllerine diailgliserol denir.
Triailgliserollerin enzimatik sindirimi genellikle ntr pHlarda (rnein, ince barsakta) eitli
lipazlarla olur. Enerji kaynaklar olarak kullanlabilmeleri iin, triailgliserollerin en nce byle bir
enzimatik reaksiyonla ya asitlerine ve gliserole paralanmalar gerekir (bildiiniz gibi
triailgliseroller ya asitlerinin bir gliserol moleklne ester ba ile balanmalar sonucu
oluurlar). Daha sonra ya asitleri aktivasyon gibi ilemlerden geerek ierdikleri enerji ileriki
basamaklarda aa kar (bu ilemler uzun zaman aldndan, lipidler karbonhidratlar gibi hazr
enerji kaynaklar deildirler).
Bir gram yan 1 gram karbonhidrattan 3 kat daha fazla enerji ierdii dnlrse, yukardaki
miktardaki bir ya aylarca yetebilecek enerji anlamna gelir. Ancak, glukoz ve glikojenin balca
enerji kayna molekller olarak kullanlmalarnn nedeni bunlarn suda daha kolay erimesi ve
enerji aa kmasnn daha ksa sre almas ile aklanabilir. baz hayvanlarda deri altna
stoklanm lipidler sadece enerji rezervleri olarak deil, ayn
zamanda o hayvanlar ok dk slara kar bir izolasyon
bariyeri gibi korur (rnein, penguenler, balinalar, deniz foklar,
kaz, rdek gibi rutin olarak souk su ile temasa gelen hayvanlar).
Biyolojik mumlar (rnein, balmumu) uzun zincirli (14-36
karbonlu) doymu ve doymam ya asitleri ile uzun zincirli (1630 karbon) bir alkol zincirinden olumu esterlerdir. Mumlar
triailgliserollerden daha yksek erime noktalarna (60-100 oC)
sahiptir. Suyu tutmayan zelliklerinden dolay eitli amalar
iin kullanlrlar. Ayrca, ynden elde edilen lanolin ve balmumu
eitli losyonlarn ve boyalarn yapmnda kullanlr. rdek gibi
suda yasayan ve tyleri slanmayan kularn bu zellikleri
salgladklar ve kendilerini slanmaktan koruyan (su tutmayan)
mumumsu maddelerden dolaydr.
110
111
Blm 8: LPDLER
proteinindeki byle bir mutasyondan dolay bu amino asit hcre iine alnamaz ve kandaki sistin
bbreklere gelir ki orada absorbe olamadndan kelerek bbrek talarnn olumasna neden
olur. Oksijen ve syeroidler gibi yeterince hidrofobik molekller ise membrandan rahatlkla yksek
konsantrasyonlu blgeden dk konsantrasyonlu blgeye pasif difzyonla herhangi bir yardmc
molekle ihtiya duymadan olur. Yani burada
maddenin kimyasal gradiyenti onun tanmnda
belirleyicidir. lgin olan,
su gibi polar bir
molekln de membrandan rahatlkla difuz
olmasdr. Suyun nispeten kk bir molekl
olmas
ve
hem
de
olduka
yksek
konsantrasyonlarda bulunmas byle bir olayn
gereklemesine neden olur (bylece suyun hcre
ii ve d denge noktasna kolaylkla ulalr).
Kolaylatrlm difuzyon olaynda ise, yine
yksz polar bir molekl membranda yerleik
tayc bir proteinin o molekln tanm iin kanal grevi grmesi ile olur. Ykl molekllerin
membrandan transportu ise hem onlarn konsantrasyonlarna ve hem de olumu olan elektron
potansiyel gradiyentine baldr.
ekil. Bir fosfolipidin genel yaps (a) ve yaygn bulunan
fosfolipid (b).
Dier nemli bir membran transport sekli de aktif
transporttur.
Burada,
molekller
konsantrasyon
gradiyentlerinin tersi ynnde (dk konsantrasyonlu
blgeden yksek konsantrasyonlu blgeye) tanrlar. Bu
olayda dierlerinden farkli olarak ayn zamanda enerji
(rnein ATPnin hidrolizi) kullanlr.
molekl
ayn
yne doru
tanyorsa simport, iki molekl
birine zt ynde tanyorlarsa
(biri hcre iine dieri hcre
dna) antiport tanm, bu
grevlerde yer alan protein
sistemlerin
de
uniporter,
simporter ve antiporter denir.
Baz membran proteinleri klinik
olarak da olduka nemli
fonksiyonlar tarlar. rnein,
112
113
Blm 8: LPDLER
114
Steroid hormonlar dokular aras mesaj tanmn gerekletirirler. Steroid hormonlarn en byk
grubunu seks hormonlar ve adrenal korteks hormonlar meydana getirir Bu hormonlarn hepsi
benzer bir halkasal yap (kollestrolun drtl halkasal yapsna benzer) ierirler ve her biri bir
115
Blm 8: LPDLER
dokuda yaplarak kan vastas ile hedef doku ve organlara tanrlar (Bkz. Hormonlar, 7. hafta). Her
hormon kendisine ait zel bir protein reseptre balandndan, ok dk konsantrasyonlarda (10 9
M) hormon bulunmas sinyalin ekirdee ulamas iin yeterlidir. karyotik hcre
membranlarnda bulunan fosfatidilinozitol ve trevleri bu ekildeki bir hormon-reseptr
etkileimi ile hcre iine salnrlar ve birer mesaj molekl olarak hareket ederler.
Prostaglandinler dier bir eit aktif lipiddir. Hepsi be karbonlu bir halka tarlar ve isimlerini ilk
defa bulunduklar prostat bezinden alrlar.
En belirgin fonksiyonlar hcre ii bir mesaj
molekl
olan
cAMPnin
sentezlenmesini
dzenlemesidir. Bir ok hormon cAMP tarafndan
etkilenir. Baz prostaglandinler doum srasnda
uterusun dz kaslarnn kaslmasndan sorumlu
iken, dier bazlar baz spesifik organlara kann
akn, uyku ve uyanma ritmini ve baz dokularn
belirli hormonlara (rnein, epinefrin ve glukagon)
kar uyarlmasn etkilerler.
Lipidler (fosfolipidler, trigliseridler, kollesterol)
suda ok az oranda erirlik gsterirler. Bu nedenle bunlar dolamda proteinlerle tanrlar ve
hcreler tarafndan reseptrlerin rol oynad bir mekanizma ile ieri alnrlar. Bu eit lipid-protein
komplekslerine lipoproteinler denir. Bunlarn en nemli 5 grubu kilomikronlar (dardan alnan
lipidleri ince barsaktan dokulara tarlar), ok dk younluklu lipoproteinler, dk
younluklu lipoproteinler ve orta younlukta lipoproteinler (VLDL, LDL, IDL) olup vcut
tarafndan yaplan trigliserit ve kollesterolu karacierden dier dokulara tarlar. Yksek
younluktaki lipoprotein (HDL) ise yine hcreler tarafndan yaplm kollesterolu dokulardan
karaciere tarlar. kinci bir kompleks lipid grubu olan glikolipidler polar ba ksmlar olarak
karbonhidrat moleklleri tarlar. Glikolipidler membrann ekstraselular (yani hcre dna bakan)
tabakann zerinde yerleik iken, inozitol fosfolipidler sitoplazmaya bakan tabaka zerinde
bulunurlar ki bunlar hcre-sinyal mekanizmasnda nemli roller oynarlar. karyotik hcre
membran ayrca kollesterol molekl ierirler.
Yukarda da verildii gibi plazma membran hcreler aras komnikasyonda kritik nem tar.
Komu hcreler arasnda bu komnikasyon direkt temasla olurken, daha uzak hcreler arasnda
ekstraselular sinyal molekllerinin kullanlmas ile olur. Ekstraselular sinyaller bir hcre veya hcre
topluluu tarafndan yaplr ve salnrken dier hcre veya hcre topluluu tarafndan da alnp
kabul edilir. Bu sinyaller esas olarak iki gruba ayrlabilirler. Birinci grup sinyal moleklleri plazma
membranndan gecik direkt olarak hcre iinde bulunan reseptr (alc molekl)e balanrken (
rnein, steroid hormonlar), dier grup sinyal moleklleri ise hcre membranndan bu ekilde
geemezler ve dolays ile hcre dndaki reseptrlere balanarak sinyallerini indirekt olarak
(ikincil mesajc molekller (cAMP, G-proteini, vb.)in oluumu ile) hcre iine gnderirler
(rnein, peptid hormonlar). Hem direkt ve hem de indirekt olabilen bu ekil sinyal iletimine sinyal
transdksiyonu denir.
Bitki, maya ve bakterilerin ounda hcre duvar denen sert bir yap plazma membrann
epeevre sarmaktadr. Yine E. coli gibi bakterilerde (Gram negatif) ift membran yaps grlr ki,
iki membran aras (d membranla i membran aras) blgeye periplazmik boluk denir.
116
117
Blm 8: LPDLER
solventlerle (eter, kloroform, metanol, benzen gibi) ayrtrlabilirler. Farkl lipidler polaritelerine ve
polar olamayan solventlerdeki znebilirlik kabiliyetlerine gre farkl ayrmlara tabi tutulurlar.
Ester bal ya asitlerini ieren lipidler asit veya alkalilerle hidrolize (saponifikasyon) edilerek
yapy oluturan bileimler incelenebilir. Ntr lipidler (triailgliseroller, mumlar, vb) ise dokulardan
etil eter, kloroform ve benzen gibi solventlerle rahatlkla ayrtrlabilirler. Organik solventler
lipidlerin hidrofobik etkileimini bozarak (bir ya lekesinin suyla deil de deterjanla nasl ktn
dnnz) bu etkiyi gsterirler. Membran lipidleri etanol ve metanol gibi daha polar solventlerle
znrler. Bu solventler hem hidrofobik etkileimi bozarken, hem de mebrandaki lipidlerle
proteinler arasnda kurulmu olan hidrojen balarn bozarlar.
SORULAR
1. Hem trigliseroller ve hem de fosfolipidler ya asidi
esterlerine sahiptirler. Ancak bunlardan bir grubu
amfipatik olarak adlandrlr. Bu grup hangisidir ve
neden bu zellii tarlar.
2. Ya asitleri hcrede serbest halde bulunduklarnda
neden hcre veya canl iin tehlikelidirler?
3. Lipazlar ve fosfolipazlar triailgliserolleri ve
membran fosfolipidlerini hidrolize eden enzimlerdir.
Ancak, fosfolipazlarn ilemi olduu yalar birer deterjan gibi davranp hcre membrann eritirken
(lizis), Lipazlarn ilemi olduu yalar genellikle hcreyi eritmezler. Neden?
4. Membran sinyal hipotezini aklaynz.
5. a. 30 oA kalnlndaki bir membran lipid tabakasn sitoplazmik yznden d yze kadar gemek
iin ka -sarmal dngs gereklidir? Bunun iin minimum ka amino asite ihtiya vardr?
6. 20 oCde kltr yaplan bir bakteriyi 30 oCye alyorsunuz. a.Bu bakteri size gre yeni ortamda
muhtemelen doymu ya asitlerini mi yoksa doymam ya asitlerini mi sentezler? Neden? b. Ya
asitleri uzun zincirli mi yoksa ksa zincirli mi olacaktr?
5. a. 1 dn/5.4 oA x (30 oA)= 5.4 dn
b. 3.6 amino asit/dn x 5.6 dn= 20 amino asit
6. a. doymu ya asitlerini sentezler. b. Uzun zincirli olurlar. Bakteri doymu ve uzun zincirli ya
asitlerinin miktarn arttrarak daha yksek bir sda membran svln salam olur.
118
CH3
Karotenoidler doal olarak bulunan bir grup pigment olup doada olduka yaygn bulunurlar.
Bakteri, fungus, alg ve bitkilerde 600den fazla eitte karotenoid belirlenmitir. Renkeleri sardan
krmzya birok renk tonunda olabilir. Karotenoidler ayrca renklendiriciler olarak kararl bir pH
deeri ve askorbik asit (C vitamini) gibi indirgeyici ajanlara kar duyarszdrlar. Yz yllardan beri
bu maddeler besin rnleri ve kozmetiklere katla gelmilerdir. A vitamininin yapsnda
bulunmalarndan dolay beslenmemizde nemli rolleri vardr. Karotenoidler insanlar tarafndan
sentezlenemediklerinden besinlerle dardan alnmalar gerekir. Karotenoidler 40 karbonlu
izoprenoid trevleridir. Renkleri ve biyolojik aktiviteleri (r. antioksidan olarak) yaplarnda
bulunan ift ba sayssna ve bu balarn nerede bulunduuna, molekllerin ularnn kapanma
zelliklerine, hidroksil, keto ve epoksi gibi oksijen tayan yan gruplara baldr. Vitamin A (retinol)
grme iin nemli bir pigmenttir. grme olaynda grev yapan proteinlere bu vitamin reversibl
olarak balanr ve k retinaya arptnda sinir impulsu yaratacak bir seri kompleks reaksiyon
oluur. Vitamin A eksikliinin erken belirtilerinden biri, karanla kar adaptasyon bozukluu ile
karakterize gece krl (niktalopi)dir. Gece krlnde retinada rodopsin azalmtr; rodopsinin
119
120
ekil: Alfa-tokoferol
Tokoferol gibi lipidlerden biri olan
E
vitamini bir hidrokarbon zinciri ve aromatik
halkadan
meydana
gelmitir.
eitli
tokoferollerin biyolojik etkinlikleri arasnda farklar vardr. Bir vitamin olarak doada en yaygn
ekilde dalm bulunan ve en byk biyolojik aktiviteye sahip olan tokoferol, -tokoferoldr.
Yumurta, bitkisel ya bu vitamin bakmndan zengin kaynaklardr. Lipidlerin oksidasyonunu
engelleme fonksiyonlar sayesinde, oksijenin olduka reaktif formlarn (serbest radikaller gibi)
paralama zelliine sahiptirler.
Dolays ile tokoferoller ve E vitamini iyi birer antioksidan olarak bilinirler. Ticari olarak Tokoferol
grubu lipidler baz besinlerin bozulmasna kar koruyucu olarak kullanlrlar. E vitamini ve
selenyum (bir metal kofaktr) sinergistik olarak fonksiyon yaparlar. Selenyum glutatyon
peroksidazin kofaktrdr. Bu enzimin hidroperoksitlerin zararl etkilerine kar membranlar
ve dier hcre yaplarn koruma zellii iyi bilinmektedir. Yeterli miktarda vitamin E varlnda bile
oluan peroksitler, selenyum gerektiren glutatyon peroksidaz tarafndan yok edilirler.
Vitamin K kann phtlamas iin gerekli olup, yeil bitkilerde bulunduu gibi ince barsaktaki
bakteriler tarafndan da sentezlenirler. Bu vitamin bir plazma proteini olan ve kan phtlamasnda
nemli protrombinin oluumunda ve bunun trombine evrilmesinde grev yapar. Esasen,
protrobin proteolitik (protein paralayc) bir enzim olup, bir kan proteini olan fibrinojenden baz
peptid balarn krarak onu fibrine evirir. Fibrin, suda erimeyen bir protein olup kan phtlarn
bir arada tutarak phtlamay daha ileri basamaklara tar. Dolays ile K vitamini eksiklii, kan
phtlamasnda gecikmeye sebep olurken, eitli yaralanmalarda canl lme kadar gidebilir.
Warfarin sentetik olarak retilmi ve K vitaminine analog olan bir maddedir.
Dier iki izoprenoid turevi bileik ubikinon ve plastokinon olup, sras ile mitokondride ve
kloroplastta elektron tayclar olarak grev yaparlar. Memelilerde koenzim Q olarak da bilinen
ubikinon 10 izopren nitesinden meydana gelmitir.
Ayrca, bakteri hcre duvarlarndaki kompleks karbonhidratlarn olumas ve baz proteinlere
polisakkaritlerin balanmas (glikoprotein) iin eker monomerlerinin aktive edilmesi gerekir. Bu
eker niteleri dier bir izoprenoid olan dolikollerle olur. Olduka hidrofobik olan bu yaplar
membran lipidleri ile ilikiye girerek eitli ekerlerin membrana balanmasn salarlar.
SUDA ERYEN VTAMNLER
Suda eriyebilir zelliklerinin yannda, bu vitaminlerin yukarda verdiimiz yada eriyebilen
vitaminlerden ikinci nemli farklar ise ounun enerjitik reaksiyonlarda kullanlan koenzimlere
dnmesidir. Yani koenzimlerin ou vitaminlerin modifiye olmu ekilleridir ve ou zaman
enzimlere bal bulunduklarndan enzimlerin prostetik grubu olarak da tanmlanrlar.
Tiamin (B1 vitamini), bir pirimidin halkas ile bir tiazol
halkas ieren, baz karakterli bir maddedir; doada tiamin
hidroklorr halinde bulunur. Tiamin kolayca bir koenzim
olarak grev yapan tiamin pirofosfata (TPP) dnr. Bu
koenzim asetil CoAy veren piruvat dehidrogenaz ve alkol
fermentasyonundan
sorumlu
piruvat
dekarboksilaz
121
122
123
124
125
Vitamin
kayna
-
Mekanistik
rol
Ko-substrat
S-Adenozilmetionin
Ko-substrat
Ko-substrat
Nikotinamid adenin
dinukleotid (NAD+)ve
Nikotinamid adenin
dinukleotid fosfat (NADP+)
Flavin mononukleotid
(FMN) ve
Flavin adenin dinukleotid
(FAD)
Koenzim A (CoA)
Niasin
Ko-substrat
Riboflavin
Prostetik grup
Pantotenat
(B3)
Thiamine (B1)
Prostetik grup
Piridoksin
(B6)
Prostetik grup
Biotin
Biotin
Substratlarn ATP-baml
karboksilasyonu veya substratlar
arasnda karboksil grubu transferi
Prostetik grup
Adenozilkobalamin
Kobalamin
(B12)
Molekler ii dzenlenmeler
Prostetik grup
Tetrahidrofolat
Folat
Metilkobalamin
Lipoamid
Kobalamin
(B12)
-
Retinal
K vitamini
Ubikinon (Q)
Ko-substrat
Ko-substrat
Prostetik grup
Prostetik grup
A vitamini
K vitamini
Prostetik grup
Prostetik grup
Ko-substrat
126
127
Sodyum (Na) su, asit-baz dengesinin salanmas, kas kaslm ve sinir impulsu ve karbohidrat
emilimi gibi fonksiyonlar ile bilinir. shal, ar terleme ve su kayb be elementin eksikliine sebep
olur. Tuz, turu gibi maddeler nemli miktarda sodyum kaynadr.
Klor (Cl) da sodyum benzeri fonksiyonlara sahiptir. Mide asitliinin (HCl) salanmasnda ve bylece
demirin, B12 vitamininin emiliminde yardmc rol alr. Tuz ieren rnlerde bulunur.
Magnezyum (Mg) kemik ve dilerin yapnda bulunur, hcre metabolizmas iin esastr.
Fosforilasyonla ilikili enzimlerin aktivasyonunda grev yapar. Bu nedenle zellikle ATP gerektiren
enzimatik reaksiyonlarda bu metalin nemi vardr. Kalsiyumun tersine sinir impulslarn gevetir.
Daha ok tahlsal kaynakldr. Magnezyum ayrca fosfat gruplarna balanarak baz yaplar daha
kararl klar (r. ATP ve membran fosfolipidleri).
Potasyum (K) uygun asit-baz dengesinin salanmasnda, eitli besinlerin hcre iine tanmas
veya dar atlmasnda grev yapar. Kalp kas zerinde kalsiyumun tersine rahatlatc bir grev
yapar. Pankreas tarafndan inslin salnmnda yardmc rol oynar. Kalsiyum ve fosfordan sonra
vcutta en bol bulunan nc element potasyumdur. Hcre iinde en bol bulunan bu pozitif ykl
iyon, bu yn ile hcrenin elektrolit ortamn salar.
Kobalt (Co) iin en yaygn bilinen fonksiyon krmz kan hcrelerinin oluumunda nmli rol olan
B12 (kobalamin) vitamininin yapsna girmesidir. Bu elemen birok besinde bulunur.
Bakr (Cu) barsak sistemi tarafndan demirin emilimi, birka enzim sisteminin yapsna girmesi,
merkezi sinir siteminin yap ve fonksiyonu, san normal pigmentasyonu gibi olaylarda rol alr.
Elektronlar bir substrata aktarmak iin baz metalloenzimlerdeki bakr +2 ve +1 ykleri arasnda
deiir.
Flor (F) di ve kemik yapsna girer, di salnda nemli rol vardr.
yot (I)un balca rol tiroit hormonlarnn yapsna girmesidir.
Demir (Fe) hem grubu eklinde bir protein zinciri (globin) ile birleince hemoglobin (ve
miyoglobin) oluur. Bu element ayrca enerji metabolizmasnda grev yapan enzimlerin
(sitokromlar) kofaktr olarak bulunur. Demir ayn zamanda baka bir sitokroma ilesi olan P-450
ad verilen bir seri enzimin yapsna girer. P450 enzimleri eitli toksik kimyasallarn ve steroid
metabolizmasnda kullanlrlar. Demir aerobik metabolizmay ekilde etkiler. Birincisi elektron
transfer zincirini (ETZ) iin gerekli oksijenin hcre iine tanmas, ikincisi Krebs dngsnde
akonitaz enziminin yapsna girerek ve son olarak ve bylece yarak ETZdeki sitokromlarn ve
demir-slfr proteinlerinde katalitik merkezde bulunmalardr.
Mangan (Mn) kemik ve dier ba dokusunun oluumunda, kan phtlamasnda, insulinin etki
yapmasnda, kolesterol sentezinde ya, karbohidrat ve protein ve nkleik asitlerin
metabolizmasnda rol alan baz enzimlere aktivatr grevi yapar. Dier nemli bir biyokimyasal
fonksiyonu mangann baz metalloenzimlerin yapsna girmesidir. Buna en iyi rnek mangan
superoksit dismutazdr (Mn SOD). Mn SOD zellikle mitokondride oluan superoksit radikallerini
ortadan kaldrr. Mn ieren baka dier iki nemli metalloenzim re dngsnn son aamasn
katalizleyen arjinaz ve karcierde glukoz sentezinde grev yapan piruvat karboksilazdr.
128
129
130
131
Blm 10: OKSDATF STRESS (Prof. Dr. smet Ylmaz/nn niversitesi, Kimya Blm)
ROTlar, serbest radikaller yannda hidrojen peroksit (H2O2), hipoklorz asit ve tekil oksijen gibi bir
veya daha fazla elenmemi elektron iermeyen, fakat ekstra ve intraseller ortamda serbest radikal
oluturma kapasitesine sahip moleklleri de ierirler. Oksijenin bir elektron (e-) alarak
indirgenmesi ile speroksit anyon radikali (O2 ) oluur.
O2
e- O2
Speroksit hidroksil radikaline oranla reaktivitesi daha zayftr, membranlar geemez ve az sayda
hcresel hedeflere hasar verir. Spontan olarak sulu ortamda hidrojen peroksit ve tekil oksijene
dismute olur ve hcre hasar oluturur. Ayrca speroksitin ortamdan uzaklatrlmas speroksit
dismutaz (SOD) ile ok daha hzl bir ekilde H2O2e dismutasyonuyla gereklemektedir.
O2 + O2 + 2H+ H2O2 +
1O
2
Oluan tekil oksijen (1O2), serbest radikal olmamasna karn kuvvetli bir okside edici ajandr ve
birok moleklle etkileir. Membran lipidlerine etki ederek peroksitleri (lipid peroksidasyonu)
oluturur.
Hidrojen peroksit, serbest radikal deildir ve nispeten anreaktiftir. H2O2, biyolojik membranlar
geerek, intraseller olarak fosfolipitler, karbonhidratlar, metalloproteinler ve DNA ile reaksiyona
girerek hasara sebep olmaktadr. Speroksitin dismutasyonuyla oluan hidrojen peroksit, birok
fizyolojik fonksiyona sahiptir. Baz enzimler (ksantin oksidaz, glikolat gibi) direkt olarak hidrojen
peroksit oluturlar. SOD tarafndan oluturulan hidrojen peroksit daha ok intraseller (hcre ii)
ortamda bulunan katalaz enzimi ile suya ve oksijene dntrlr.
2H2O22H2O + O2
Ekstraseller (hcre d) ortamda katalazn grevini daha ok selenyum baml enzim olan
glutatyon peroksidaz (GSH) stlenir.
2GSH + H2O2 GSSG + 2H2O
O2, biyolojik materyallerde nemli indirgeyici reaksiyonlar indkler; rnein, ferritin gibi
metalloproteinlerde ferrik formdaki demir (Fe+3)i ferrus form (Fe+2)a indirgeyebilir.
Fe+3 + O2 Fe+2 + O2
Demir bal proteinin indirgenmesi, biyolojik materyallerde nemli bir reaksiyondur. nk o, ok
yksek oranda reaktif olan hidroksil radikali (OH.-)ne dnm salayacaktr.
Hidroksil radikali en reaktif okside edici radikaldir ve in vivo koullarda yksek bir reaksiyon hzyla
hemen hemen her molekle saldrr. Hidroksil radikali lipit peroksidasyon olarak bilinen klasik
serbest radikal zincir reaksiyonunu balatabilir.
132
Antioksidan
savunma
Oksidatif stres
Membran fosfolipitlerin
yaknnda hidroksil radikali
olutuu zaman, peroksil
radikali, lipit hidroperoksitler
gibi radikaller oluturur.
Hidroperoksitlerin akmlasyonu
membran fonksiyonunu bozabilir ve
sitotoksik aldehidler oluturabilir.
SOD
CAT
GPx
-tokoferol
askorbik asit
GSH
GR
O2
H2O2
OH.MDA
4HNE
NO.GSSG
Hcre
lm
Fe+2
H2O2
Yaam
OH- + Fe+3 + OH
Oksidatif stres; hcresel antioksidan dzeyinin, reaktif oksijen dzeylerine kar yetersiz kalmas
sonucu, toksik bir etkinin balamas olarak tarif edilir. Bu durum ya antioksidan savunmalarn
yetersizlii, ya reaktif oksijen trlerinin ar retimi, ya da her ikisinden dolay olmaktadr. ROT
retiminin ar artmas veya antioksidan savunmann azalmasndan dolay her iki sistemin
dengesizlii oksidatif strese yol amaktadr .
O2
H2O
Katalaz
O2
GSH peroksidaz
H2O
Mitokondri
P450 redktaz sistem
Ksantin ve ksantin
oksidaz
NADPH oksidaz
semikinonlar
GSH
GSSG
L-sistein
O2
.-
SOD
H2O2
Fe, Cu
.
Peroksinitrit
H2O
yonize radyasyon
NO
Vitamin E
Kinonlar
OH.DNA hasar
Lipid peroksidasyonu
Protein oksidasyonu
133
Blm 10: OKSDATF STRESS (Prof. Dr. smet Ylmaz/nn niversitesi, Kimya Blm)
Oksidanlar, iyonize radyasyon, U.V. , kimyasal reaksiyonlar, enzimatik olarak metal iyonlarnn
serbest geiini kapsayan redoks katalizleriyle veya enzimlere metal iyonlarnn balanmas gibi
birok yolla retilmektedirler. Oksidanlar, slfr merkezli radikaller, reaktif nitrojen trleri ve
reaktif oksijen radikallerini kapsamaktadr. Elenmemi bir veya daha ok elektronlu molekller
gibi olan reaktif trlerin hepsi radikal deildir, fakat birok durumda, oksidasyonla
biyomolekllerin hasarlanmas sonucu oluan reaktif non-radikal trler, radikaller gibi davranrlar.
Bu ekilde reaksiyonlar oaltarak, radikallerin kendi kendine oksidasyon rnlerini oluturmas,
ar hasara yol aan, en tehlikeli reaksiyon tipidir.
Reaktif oksijen trleri, lipitlere, proteinlere, nkleik asitlere hasar verebilen ve insan
karsinogenezisinde rol oynayan oksidatif metabolizmann kalamayan bir yan rndr.
Aktive oksijen, birok kompleks kimyasal reaksiyonlarn gerekletii metabolizmann bir
komponenti olarak sk sk oluur, fakat evresel veya kimyasal streslerin sebep olduu
metabolizmadaki kark durumlarn bir sonucu olarak, elektron transport sistemleri veya
enzimlerin disfonksiyonuyla, en bata mitokondri olmak zere endoplazmik retikulum, plazma
membranlar, kloroplastlar, mikrobadiler ve hcre duvarlarnda oluturulur. Aktive edilmi
oksijenin organik substratlarla reaksiyonlar, homojen zeltilerde, in vitro artlar altnda
komplekstir, fakat biyolojik sistemlerde membran yzey zellikleri, elektriksel yk,
makromolekllerin balayc zellikleri, enzim, substrat ve katalizrlerin kompartlamasndan
dolay ok daha komplekstir. Bylece tek bir hcre iinde bile eitli blgelerde oksijenli
reaksiyonlarn kapsam ve doas farkldr. Oksidatif stresin nemli hcresel kayna;
motikondrilerde solunum zincirinde, oksijenin tamamen indirgenmemesi ile reaktif oksijen
trlerinin oluumu ve hipoklorik asitin oluumuna yol aan miyeloperoksidaz ve speroksit radikali
reten NADPH oksidaz araclyla oksidatif yanmay ieren savunma sistemleridir. Bir dier nemli
molekl ise, anreaktif olarak L-arjinini NO. ve L-sitruline dntren, nitrik oksit sentazlar olarak
isimlendirilen bir grup enzim ile sentezlenen, nitrik asittir. Oksijen veya speroksit varlnda NO .,
nitrojen dioksit ve peroksinitrit olan daha reaktif trlere dntrlr.
Biyolojik sistemlerde, oksidatif stresle oluturulan reaktif trler, genel olarak radikaller olarak
dnlr. Bunlar biyomolekller iin genellikle yksek oranda reaktif olan bir veya daha ok
elenmemi elektronlu molekllerdir. zellikle hidrojen peroksit gibi radikal olmayan, oksijenden
tretilmi dier reaktif molekller de vardr. Elenmemi iki elektronunun antiparalel spiniyle
karakterize olan tekil oksijen (1O2), normal triplet oksijenle karlatrldnda (3O2), yksek
oranda reaktiftir. Prensipte, her iki trde oksijen olmasna ramen, radikaldir.
Aerobik organizmalarda, mitokondri tarafndan oksijenin kullanlmas sonucu, speroksit (O2.-),
hidrojen peroksit (H2O2) ve hidroksil radikali (HO.-) gibi birka reaktif radikal retilmektedir. Ayrca
nitrik oksit (NO.) de mitokondri tarafndan retilir ve yalanma ile oluturulan birka hastalkla
birlikte yalanma srelerini de kapsayabilir. Oksidan rnlerin bir dier potent kayna
fagositlerdir ve onlar speroksit (O2.-), hidrojen peroksit (H2O2), hidroksil radikali (HO.-), nitrik oksit
(NO.) ve hipoklorik asit (HOCI) retirler. HOCI, nitrit varlnda nitrojen dioksit (NO2.) ve nitril
klorid (NO2CI) gibi dier reaktif metabolitleri oluturabilen bir inflamasyon arac ve gl bir
oksidan olan klorlu bileiklerdir.
Potansiyel olarak zararl bileiklerin olumasna nemli bir ekilde katkda bulunabilen nitriti,
NO2Cl ve NO2.ye dntren, aktive edilmi insan polimorfonlear ntrofillerinin varlda sz
konusudur.
134
ekil: Basit bir ekilde oksidan veya radikal olarak tanmlanan reaktif oksijen, reaktif nitrojen ve
klorlanm trlerin potansiyel olarak aa karlm etkileri, yalanma srecinde etkili olabilir.
Aerobik organizmalar, kompleks antioksidan savunma sistemleri tarafndan oksidatif saldrlara
kar iyi bir ekilde korunmaktadr. Oksidatif stres olarak tanmlanan, oksidanlar ve antioksidanlar
arasnda meydana gelen bir dengesizlik, yalanma sreci boyunca gzlenmektedir. Oksidan trler
tarafndan indklenmi oksidatif stres, antioksidan savunmalarn tketildii ya da radikal
reaksiyonlarn, antioksidan savunma mekanizmalarndan daha byk olduu durumlarda meydana
gelir.
Biz immn sistemde nemli pozitif rol oynayan oksidanlarn retimine katkda bulunan, oksijence
zengin bir evrede yayoruz ve besinlerden enerji elde etmek iin oksijeni kullanyoruz. Bunun
sonucu olarak salnan oksijen radikallerinin kontrol ve retimi hayat srecinin bir paras haline
gelmektedir.
Oksijen, oksijenden tretilmi serbest radikalleri oluturmak iin, dier molekllerden elektronlar
kolay bir ekilde alr. Oksijenin hcreler iin toksik olmas, bu zelliinden dolaydr. Solunum dahil
bir ok hcre ii reaksiyonlarda oksijen, speroksit (O2.-) veya hidrojen peroksit (H2O2)e indirgenir.
135
Blm 10: OKSDATF STRESS (Prof. Dr. smet Ylmaz/nn niversitesi, Kimya Blm)
Bu molekller, dier biyolojik molekller ile sadece orta derecede reaktiftir, fakat onlar biyolojik
sistemlerde reaktif oksijen trlerinden oluturulan oksidatif hasarn en ou iin dorudan sorumlu
olabilen ve en yksek miktarda reaktif olan hidroksil radikalini oluturabilir.
Aerobik hcreler reaktif oksijen trlerinin hasar etkilerini nlemek iin, oksidatif kuatmann
devam ettii durumlarda gzlenen geni bir savunma mekanizmasna sahiptirler ve bu hcrelerin
hayatta kalmas, antioksidanlar ve ROT arasnda bir dengeye baldr.
Canllarn hayatlar boyunca etkilendii reaktif oksijen trleri, oksidatif hasarlara yol amaktadr.
Kmlatif ve potansiyel olarak artan miktardaki hasar, yalanmadaki fonksiyonel ve patolojik
bozukluklara yol amaktadr. Serbest radikallerin DNA, proteinler ve lipidlerde hasarlara yol at
bir ok aratrc tarafndan almalarla bildirilmitir. Oksidatif stres, oksijen serbest radikallerinin
oluumu ve antioksidan savunma sistemleri tarafndan bu trlerin inaktivasyonu arasndaki
dengesizliin bir sonucu olarak ta meydana gelmektedir.
ROTleri, mutagenezis, karsinogenezis ve tmr ilerlemesine sebep olan faktrler olarak
nerilmekte ve birok insan hastalklarnn patofizyolojisini ve sebeplerini ortaya karmaktadr.
ROTleri DNAda zincir krlmalarn ve ayn zamanda mutagenik ve karsinogenik etkilere yol aan
DNA yapsnn oksidatif modifikasyonlarn da indkler. ROTleri normalde ksa yarlanma mrne
sahip olmasna ramen DNA, proteinler ve doymam ya asitleri ile reaksiyona girebilirler. Bu
durum DNAda zincir krlmalar ve oksidatif hasar, protein-protein ve protein-DNA apraz
balanmalar ile sonulanr. Lipidlerin oksidasyonu, hcrede ok daha uzun reaksiyonlar ile devam
eden lipit peroksitleriyle sonulanr. Onlar radikal zincir reaksiyonlarn balatr ve bylece sebep
olduklar oksidatif hasar artar.
Btn membran lipitleri polidoymam ya asitleri (PUFA)ni ierir ve serbest radikal hasarna kar
hassastrlar. PUFAlar C=C gibi ift bal karakteristik bir yapya sahiptir. Bu yap, peroksit
rnlerini oluturan, dien konjugatlarna kar ve molekllerden H atomlarnn karlmasna yol
aan hidroksil radikaline kar hassastr.
Reaktif oksijen trleri ya da dier reaktif maddeler proteinleri oksitleyerek, onlarn oksidatif
modifikasyonlarnda rol oynayabilirler. Aromatik aminoasitlere, sisteine ve dislfit balar (S-S)na
saldrrlar. Bu durum immnoglobulinler, albumin ve kollajeni kapsayan eitli ekstraseller
proteinlerin konformasyonel btnln ciddi olarak etkilemektedir ve sonuta bir ok fizyolojik
bozukluk ve hastalklarn sebebi veya geliiminden sorumlu olmaktadrlar. Proteinlere serbest
radikal saldrsnn karakteristik bir zellii, otoflorescens oluumudur. Bu florescent protein
deiimleri, kataraktl lenslerde ortaya kmaktadr.
Serbest radikaller karsinogenezis iin de bir aracdr. Bu mekanizma, DNAda tek ve ift zincir
krlmalarna, mutagenezise ve hcre lmlerine yol aar. Hidrojen peroksitin metal iyonlar (Fe ve
Cu) ile DNAda etkiletii zel bir blgede, hidroksil radikalinin hasarna yol aar.
DNA ile interelat oluturabilen ve balanabilen sigara dumanndaki semikinonlar normal olarak,
speroksit radikali ve hidrojen peroksit retirler. Aktif oksijen trleri, radyasyonla indklenmi
karsinogenezisde btn DNA zincir krlmalarnn %70inden sorumludur.
Glukoz, mannoz ve deoksi ekerler gibi ekerler, hidrojen peroksit retmek iin otooksidize olurlar.
Monosakkaritlerin otooksidasyonuyla retilen okzoaldehitler, diyabet, kanser ve sigara iimiyle
ilgili hastalklarn bir gstergesi olarak ortaya kmaktadr. Diyabet hastalarnn serumlarnda
136
137
Blm 10: OKSDATF STRESS (Prof. Dr. smet Ylmaz/nn niversitesi, Kimya Blm)
Reaktif oksijen trleri, membran fonksiyon kaybna, membran akkanlnn ve sonuta membran
yapsnn bozulmasna yol aan lipit peroksitlerinin oluumunda, membran fosfolipitleriyle zincir
reaksiyona neden olan yksek derecede toksik oksidanlardr.
Vcutta ok sayda biyokimyasal reaksiyon, hcresel hasara sebep olabilen elememi elektronlu
moleklleri, serbest radikalleri ve yksek oranda reaktif oksijen ieren moleklleri retirler.
Reaktif oksijen trleri ve serbest radikallerin evresel kaynaklar; kirleticiler, organik zcler,
pestisitler, sigara duman, anestetikler, hiperoksiya ve belirli ilalardan oluur. Ayrca ar egzersiz
ve iskemi de serbest radikal retimine yol aar.
Elenmemi bir elektron, stabil deildir ve yksek oranda reaktiftir. Elenmemi elektronun stabil
duruma dnmesi iin, bir dier elektronla iftlemesi gerekir. Serbest radikaller, ihtiya duyulan
elektronu yakalamak iin giriimde bulunan dier bileiklerle hzl bir ekilde reaksiyona girer.
Genel olarak serbest radikaller, vcutta en yaknndaki stabil molekle kolayca saldrarak bir
elektronu karr. Bir elektronun kaybyla, stabil molekln kendisi bir serbest radikal olur ve bir
zincir reaksiyonu balar.
Antioksidanlar, kendi elektronlarndan birini vererek serbest radikalleri ntralize eder, bylece
elektron karan reaksiyonlar sonlanr.
Serbest radikaller gittikleri her yerde hasara sebep olan kasrga gibidir. Onlar, yaygn olarak hcre
membranlarnda doymam ya asitleri ve lipoproteinlere saldrarak, lipid peroksidasyonu olarak
isimlendirilen zincir reaksiyonlarn balatrlar. Kontrol edilmeyen lipit peroksidasyonu, hcre
yaplarna hasar verir ve onlarn fonksiyonlarn bozar. Lipid peroksitler, indirgenmis glutasyona
(GSH) bagml selenyumlu bir enzim olan GS-peroksidaz tarafndan lipid alkollere evrilerek
inaktive edilirse de, gerek speroksit gruplaryla fazla miktarda lipid peroksitlerin sekillendirilmesi
ve gerek selenyum eksikligi ve gerekse ortamdaki GSHnn tkenmesine neden olabilen dietilmaleat,
dioksin gibi maddelerin bulunmas, lipid hidroperoksitlerinden serbest lipid gruplarn olusmasna
yol aar. Serbest lipid gruplar da, ayrca doymams yag asitlerinin peroksidasyonuna neden olur.
Lipid hidroperoksitlerin ykm ile olusan ve biyolojik olarak aktif olan aldehidler ya hcre
dzeyinde metabolize olurlar ya da baslangtaki etki alanlarnda diffze olup hcrenin diger
blmlerine hasar yayarak sekonder bozukluklarn da gstergesi olabilirler. Beyin, oksidatif hasara
en duyarl blgedir. Serbest radikaller, santral sinir sisteminin patolojik durumlarnn pek ogunda,
direkt olarak doku hasar meydana getirirler. Serbest oksijen trleri, ekzitotoksisite, metabolik
disfonksiyon ve kalsiyumun intraseller hemostazisinde bozulma gibi ogul mekanizmalarla doku
hasar meydana getirirler.
Lipid peroksidasyonun en nemli rn malondialdehid (MDA) dir. ya da daha fazla ift bag
ieren ya asitlerinin peroksidasyonunda MDA meydana gelir. Oluan MDA, hcre
membranlarndan iyon alveriine etki ederek membrandaki bileiklerin apraz balanmasna yol
aar ve iyon geirgenliinin ve enzim aktivitesinin deiimi gibi olumsuz sonulara neden olur. MDA
bu zellii nedeniyle, DNAnn nitrojen bazlar ile reaksiyona girebilir ve bundan dolay mutajenik,
hcre kltrleri iin genotoksik ve karsinojeniktir.
Serbest radikaller ayn zamanda proteinler ve DNAya da hasar verir. n alnamayan serbest
radikallerin oluumu ve beraberinde oluturduu hasarn her ikisi birden oksidatif stres olarak
isimlendirilir. Bu stres kanser, artrit, katarakt, inme, yang, otoimmn hastalklar, nrodejeneratif
138
SOD aktivitesindeki herhangi bir art, SOD rn olan H2O2in retimini de arttrd iin
beraberinde, katalaz ve GSH-Px aktivitesinde de artlara yol aabilmektedir. Eer SOD aktivitesi,
H2O2 sprclerinin aktivitesini aarsa, H2O2 birikiminden dolay, speroksit toksisitesinde artlar
ortaya kabilmektedir.
139
Blm 10: OKSDATF STRESS (Prof. Dr. smet Ylmaz/nn niversitesi, Kimya Blm)
Katalaz (CAT)
H2O2i suya ve oksijene dntrerek spren bir dier enzim katalazdr.
2H2O2 2H2O + O2
Tetramerik yapda olan katalaz, drt tane ferrihem grubu
iermektedir. En yksek oranda karacier ve eritrositlerin
peroksizomlarnda lokalize olmutur. Peroksitleri ortadan
kaldrarak, lipit peroksidasyonunan kar da koruyucu rol
oynamaktadr.
2.3.1.c. Glutatyon Redktaz (GSH-R)
Dimer yapl bir enzim olan GSH-R, hcrede indirgenmi bir
durumda glutatyon havuzu oluturmak iin, okside
glutatyonu redkte glutatyona NADPHa baml olarak
katalizleyen bir flavoproteindir .
GSSG + NADPH + H+ 2GSH + NADP+
Bu enzim varlnda, H2O2in artt durumlarda, glutatyon havuzu indirgeme olaynda ok etkili
olmaktadr. H2O2i suya indirgemek iin de NADPH kullanr. ki elektron gerektiren bir sre olan
bu dngnn net sonucu:
H2O2 + 2GSH GSSG + H2O
GSSG + NADPH 2GSH + NADP+ + H+
H2O2 + NADPH NADP+ + H+ + H2O
2.3.1.d. Glutatyon Peroksidaz (GSH-Px)
Selenyum (Se) baml glutatyon peroksidaz enzimi, hidrojen peroksit (H2O2) ve lipit peroksitlerine
kar aktiftir (67). Enzimin aktivitesi, enzim iin tek hidrojen veren glutatyon (GSH)un bol miktar
ve enzimin drt subnitesinin her birindeki Se varlna baldr.
Se eksiklii GSH-Px aktivitesinde azalmaya ve lipit peroksidasyonunda artlara yol amaktadr (54).
GSH-Px, redkte glutatyon (GSH)u okside glutatyon (GSSG)a dntrerek, hidrojen peroksiti
ortadan kaldrr.
H2O2 + 2GSH GSSG + 2H2O
Redkte glutatyonun rejenerasyonu, NADPH- baml glutatyon redktaz ile olmaktadr .
2GSH
NADPHNADP
GSSG
140
yer
141
Blm 10: OKSDATF STRESS (Prof. Dr. smet Ylmaz/nn niversitesi, Kimya Blm)
Askorbat, oksidatif stres tarafndan oluturulan hasar minimize eder ve bir ok serbest radikal iin
indirgen olarak fonksiyon grr. Askorbat direkt olarak enzim katalisti olmakszn serbest
radikalleri sprebilir ve tokoferolleri yeniden indirgenmi forma dntrerek de, serbest
radikalleri indirekt olarak sprebilir.
Vitamin A
Karotenoidler, renkli meyve ve sebzelerle, bitkilerde bulunan
molekllerin bir snfdr. nsan hayat iin temel deildir. 600den
fazla karotenoid bilinir ve yaklak 50si yada znen A
vitamininin ncl (retinol olarak isimlendirilir) olarak alr. A
vitaminine zellikle gz retinasnn fonksiyonu iin ihtiya duyulur.
A vitamininin eksiklii dnyada, ocuklarda krlk ile sonulanr.
Retinol
142
143
Blm 10: OKSDATF STRESS (Prof. Dr. smet Ylmaz/nn niversitesi, Kimya Blm)
Toplumdan topluma degimekle beraber her toplumda yal bir kesim olmutur. Bu ortalama yaam
sresi olarak Antik Romada yaklak olarak 22 yl iken, 1800l yllarda 41-42 yla, bugn ise 75-80
yla kmtr. Bu sonu, gittike daha uzun yaadmz ve bu sreyi daha salkl ve baarl
klabilmek iin aba gstermemiz gerektiini ortaya koymaktadr. Literatrde 65 ya st kiiler
yal olarak kabul edilmektedir. Amerika Birleik Devletlerinde hergn 5000 kisi 65 yana
basmakta, 65 ya ve st 3600 kii lmektedir. Dolaysyla hergn bu ya kesiminden topluma net
1400 kii katlmaktadr. ve 75 ya ve st grup nfusu en hzl art gsteren kesimdir. Yalnzca bir
yzyl nce 65 ya ve st grup ABD toplumunun % 2si iken, bugn %10u seviyesine ykselmitir.
Yalanma hcrelerden organlara kadar tm yaplarda fonksiyonlarn giderek azald olduka
kark bir sretir. Canl organizmann byme ve gelimesinde zamanla meydana gelen
gerilemelerin toplam ve fonksiyonel adan yeteneklerin azalmasdr. Yalanma bir sretir,
doumla balar ve bir daha durmaz. Meydana gelen fiziksel, psikolojik veya sosyal yetersizliklerin
hepsi daha nceki deiim ve geliimlerin sonucudur.
Yalanma asla tek boyutlu bir sre olarak ele alnmamaldr. Toplumda gzlemlerimize dayanarak,
65 yanda olup 45 yanda gsteren ya da 65 yanda olup 85 yasinda gsteren insanlarn olduunu
syleyebiliriz. Bunun nedeni, insann bir btn olarak einden, ailesinden, komusundan ksaca
herkesten farkl yani "tek" oluudur.
Kiinin takvim ya onun kronolojik yalanmas, vcudun yap ve fonksiyonlarndaki deimeler
biyolojik yalanmas, bu deiikliklerin dzenli bir ekilde gelimesiyle fizyolojik yalanmas, insann
alglama, renme, problemleri zme ve davranlarna gre psikolojik yalanmas ve sosyal
alkanlklar ile toplum iindeki rolne gre bir sosyal yalanmas sz konusudur. Dolaysyla;
biyolojik, psikolojik ve sosyal yan i ie gemesi ve birbirini etkilemesi, kiinin gerek yaam
sresini belirlemektedir.
Yalanma srecine bu ekilde farkl boyutlardan bakmay rendiimiz zaman, yaam sresi
tanmlarmzda da baz deiiklikler olmas gerekmektedir; "maksimum potansiyel yasam sresi",
kazalar ve hastalklarn olmamas durumunda sadece zamana bal biyolojik canll ifade eder ki,
insan iin 115-120 yl arasndadr. "Beklenen yasam sresi" ise, kiinin iinde yaad toplum ve
evresi tarafndan belirlenir. Bu yzylda bat toplumlarnda 75-80 yl iken, gelimekte olan
lkelerde 40-50 yla dmektedir.
Kesin olarak sebebini bilmememize ramen, yaplan aratrmalar sonucunda, neden yalandmz
ya da ldmz aklamaya ynelik pek ok teori gelitirilmitir. Bu teorilerin hepsi, zaman
iinde vcut hcrelerimize ne olduu konusunda odaklanmtr. Zaman iinde, hcrelerin
fonksiyonlarnda ya da dardan gelen stress ve enfeksiyonlara cevap verme yeteneinde
deiiklikler olmaktadr.
Yalanmaya ait teorilerden bazlar, zaman iinde meydana gelen deiikliklerin, genetik
yapmzdaki programlanmaya bal olduunu ne srmektedir. Yani bizim ne zaman yalanacamz
genetik yapmzda bellidir ve zaman gelince yalanrz. Erken dnemdeki byme ve gelimenin bir
program izlemesi gibi, olgunluk, yalanma ve lm de bir program izler (ileri yalardaki
programlanma, erken yalardaki programlanmaya gre ok daha fazla deikenlik gstermektedir).
Dier teoriler yalanmann, zaman iinde eitli vcut sistemlerinde oluan hasar sonucu olutuunu
varsaymaktadr. Bu hasar, solunumla, besinlerle alabileceimiz gibi, doal olarak vcudumuzda da
oluabilen ve "ypranmaya" neden olan zararl maddeler tarafndan oluturulabilmektedir. "Hasar
144
145
Blm 10: OKSDATF STRESS (Prof. Dr. smet Ylmaz/nn niversitesi, Kimya Blm)
rnleri, sigara duman, enfeksiyon, stress, ya metabolizmas sonunda kan rnler gibi hcre
metabolizmasnn toksik rnleri, baz tahrip edici kimyasallar, haere kontrol ilalar v.b.dir.
Serbest radikaller etkiledii maddenin normal grevini yapmasn engeller ve hasar meydana
getirir). Yaammzn kayna olan oksijen ayn zamanda yaammzn paradoksudur. Besinlerden
enerji retmek iin oksijen gereklidir ama ok az bir oranda da olsa (%3-5) kullanlan oksijenin bir
ksm biyolojik yapmza zararl olan serbest radikallerin olumasna neden olmaktadr. Serbest
radikaller doduumuz gnden itibaren metabolizmamzla birlikte hcrelerimizde olumaya
balamaktadr. Metabolizmamzdan kaynaklananlarn yannda olumsuz d etkenler de (sigara, kirli
hava, radyasyon vb.) radikal oluumuna neden olurlar, oluan bu radikaller "oksidatif hcre hasar"
dediimiz zararl etkileri meydana getirirler.
Doal olarak vcudun "antioksidanlar" ad verilen savunma sistemleri mevcuttur ve srekli olarak
bu radikallerin oksidan etkilerini nlemeye alrlar. Salkl insanlarda, antioksidan sistem
dokular yeterli dzeyde serbest radikal hasarna kar korur. Antioksidan/oksidan dengesinin
bozulmas (hastalk, beslenme bozukluu...) sonucu bu korunma salanamaz. Baz antioksidanlar
(SOD, GSH, katalaz) vcut tarafindan retilir, bazlar da (vitamin A, C, E, polifenoller) besinlerle
dardan alnr. Bu teoriye gre, vcudumuzda oksidanlar ve antioksidanlar arasnda bir denge sz
konusudur, yala birlikte bu denge hasar yapclarn lehine deimekte ve vcut sistemlerimiz
hasara uramaktadr. Bu teoriye gre baz insanlar yaam sresini uzatmak iin, antioksidan
maddeleri dardan fazla miktarda almann faydal olabileceini dnmektedirler. Bugn iin bu
dnceyi kesin olarak kantlayacak insan zerinde yaplm alma yoktur, fakat hayvan deneyleri
diyete antioksidan eklenmesinin faydal olduunu gstermektedir.
Doal olarak, vcudun ihtiyac olan antioksidanlar farkl besin maddelerinin dengeli olarak alnmas
ile karlanabilir. Kald ki, antioksidan olarak grev yapan C vitamini, fazla miktarda alnd
takdirde, kendisi oksidasyon olayn tetiklemektedir. Dolaysyla, antioksidan maddeleri de yeterli
miktarda almak gerekmektedir, fazlas yarar yerine zarar getirir. Bu teoriye gre, yasam boyu
srekli serbest radikallere maruz kalmak hcre hasar oluturmakta, hcrelerin byme, gelime ve
farkllama fonksiyonlarnda bozulma, kanser, ateroskleroz gibi hastalklar ve sonuta lm
olmaktadr. Serbest radikaller DNA hasar teorisinde belirtilen hasarn en nemli nedenidir. Tm bu
sonular vcudun antioksidan sisteminin ok nemli olduunu ve yeterli dzeyde tutulmas
gerektiini ortaya koymaktadr.
Mitokondrial Yalanma Teorisi: Bu teoriye gre yaam boyunca mitokondride mutasyonlarn
birikmesi yalanmaya gtren nemli faktrlerden biridir. Mtokondrial DNA matrikste mitokondri
i zarna yakn yerde bulunur ve mitokondriye penetre eden serbest radikaller bu hayati organelin
genetik materyalinde nemli hasarlar yaratr. Bu da yalanma ile bu organellerin bozulmasna ve
metabolik enerji retimi ve dier fonksiyonlarnda nemli defektlere neden olur. Yalanma ile bu
hasarn artt, tamirin daha gevek olduu ve karacier ve kalp gibi blnmeyen hcrelerdeki
mitokondriyel aktivitenin mitotik hcrelere gre daha dk olduu belirlenmitir. Mitokondriyal
DNAda (mtDNA) oksidatif hasar ve bu hasara bal mutasyonlarn yalanma srecinde nemli
olduu ve mitokondrilerin yalanmada anahtar rol oynadklar bilinmektedir.
Mitokondride meydana gelen malfonksiyonlar nemli negatif pleitropik etkilerle kendini gsterir.
Bu malfonksiyonlara bal olarak membran potansiyeli azalr, ROM oluumu artar ATP sentezinde
azalma olur. Oksidatif hasara bal mutasyonel yk artarken koruyucu ve onarc proteinlerin
azalmas/hasar grmesi mitokondrilerin hasar ve mutasyona yatknln arttrr ve dolays ile
hcresel yalanmay hzlandrr. Mitokondriyal DNAnn korunmas iin son derece nemli olan
nukleusdaki DNAnn hasara uramas da mtDNA delesyonlarna yol aarak mitokondriyi
etkilemektedir. Mitokondriyal DNAnn transkripsiyonu yalanma ile keskin bir azalma gsterir.
146
147
Blm 10: OKSDATF STRESS (Prof. Dr. smet Ylmaz/nn niversitesi, Kimya Blm)
Immnolojik ve endokrin teori: Bu teoriye gre yalanmann nedeni, ya ile birlikte baz
hormonlarn dzeyindeki azalma ya da baklk sistemindeki zayflamadr. Hcresel baklk iin
ok nemli bir grevi olan timus bezinin ergenlikten sonra fonksiyonlarnda nemli oranda azalma
olmas, yalanmada timus bezinin nemli bir rol olduunu dndrmektedir. Yalanma ile
birlikte vcudumuzun hastalklarla savaan silah olan baklk sisteminin fonksiyonlar (r. T
hcrelrinin says ve nitelii) azalmakta, viral, bakteriyel ya da dier hastalk yapc etkenlere giri
yolu almaktadr. Ayrca, vcudun yalanma ile beraber yabanc ile kendi vcut elemanlarn
tanma (yabancy ayrma) yetenei azalmaktadr. Dier bir deyimle, immun (baklk) sistemi
yalannca, vcudun kendi dokular ile yabanc maddeler arasndaki fark tanma yeteneini
kaybetmeye balar ve sonu olarak da, eskiden istila eden organizma ile savarken, imdi kendi
vcuduna saldrr ve hastalk oluturur. Endokrin teoriye gre, endokrin bezlerin hormon
salglamalarndaki dzensizlik veya yetersizlik yalanmay balatmaktadr. Pineal bezden salglanan
uyku-uyanklk dnem reglasyonunda nemli rol olan melatonin hormonunun yalanmann
nedeni olduunu ileri srenlerin yan sra, bbrek st bezinden salglanan dehidroepiandrosteron
(DHEA)un azalmasnn yalanma nedeni olduunu syleyenler de mevcuttur.
Pineal bez nroendokrin bir organdr ve kendisinin en iyi bilinen ana hormonu melatonin yoluyla,
birok organ ve sistem zerine gl bir dzenleyici etkisi vardr. Vcuttaki dier organ
fonksiyonlarnda olduu gibi, pineal bezde de ilerleyen yala birlikte gerilemeler oluur ve bu
melatoninin azalmasyla kendini gsterir. Melatoninin kan ve dokulardan kayb, psikosomatik
bozuklar, tmoral hastalklar, immn zayflamalar ve enfeksiyonlar gibi ya-baml baz
deiikliklere neden olmaktadr. Gen insanlarda kan dzeyi, yallardakinden daha fazladr ve
hayvanlarda yaplan almalarda DHEA takviyesinin salkl kalmak ve daha uzun sre yaamak
konusunda etkili olduu gsterilmitir. Bu almalardan dolay DHEA preparatlar yaam uzatc
olarak satlmaktadr. Fakat insan zerinde deneme almalar yaplmamtr ve bilim adamlarnn
elinde fazla miktarda kullanld takdirde yaam sresini uzatacana dair bir bilgi
bulunmamaktadr. Kald ki, biyolojik sistemde dengelerin bu ekilde deitirilmesinin ortaya
karabilecei tehlikeli yan etkiler olabilmektedir. Melatonin hormonu da gnmzde yaam iksiri
olarak ne srlmektedir. Fakat, etki ve yan etkileri henz tam olarak belirlenememitir. Son
almalarda byme hormonu kullanlmasnn, yalanmaya bal gelien zellikle vcut yaps ve
kas ktlesi ile ilgili deiiklikleri nleyebilecei konusunda bulgular elde edilmitir.
Kalori kstlamas teorisi: Bilim adamlar besinlerle alnan kalori miktarnn azaltlmas ile yaamn
uzatlmas arasndaki ilikiyi aratrmaktadrlar. Besin kstlamas, laboratuvar fare ve sanlarnda
yaam srelerini uzatmakta ve yalanma ile ortaya kan hastalklarn olumasn azaltmaktadr.
Bugn iin yalanmaya kar yaplabileceklerin banda diyet kstlamas nerilmektedir. Yaplan
almalarda diyet kstlamas ile yala birlikte art gsteren radikal miktarnda azalma,
metabolizmada yavalama, hcre btnlnde salamlama, antioksidan savunma sisteminde art
olduu, yaam sresini uzatt, yallkla artan hastalklara yakalanma orann azaltt, ya
birikimini azaltt saptanmtr. Yaplan almalarn sonular incelendii zaman, yalanmay
durduramayacamz fakat erteleyebileceimiz gerei ortaya kmaktadr. Bugn iin tm bilim
adamlarnn zerinde durduu konu; uzun yaamann deil "salkl ve baarl yalanmann"
nemli olduudur. Baarl yalanma, sizin kontrolnzde olan pek ok faktr iermektedir.
Salkl kalmak ve uzun sre salkl yaamak kendi tutumumuz, aktivitelerimiz ve ilikilerimizle
ok yakndan ilikilidir.
Yeterli ve dengeli beslenmeyle vcudumuzun ihtiyac olan vitamin ve mineralleri alabiliriz. Bu
konuda tamamyla ilalara baml olmann ya da fazla doz almann daha iyi olacan dnmek son
derece yanltr. Fazla miktarda alnan vitaminlerin ciddi yan etkileri ve toksisiteleri ( fazla A
148
149
1868 ylnda svireli bilim adam Friedrich MIESHER, balk spermlerinin ekirdeklerini ve akyuvar
ekirdeklerini izole ederek yapt almalarda, bu hcrelerin ekirdeklerinin asit zellii
gsterdiini gzlemitir. Bilim adam, bu molekllere ekirdekte bulunan asit anlamna gelen
nkleik asit adn vermitir. Bugnk bilgilerimize gre, nkleik asitler btn canllarda bulunan
organik molekllerdir. nk, organik molekller canl tarafndan sentezlenebilen ve canlnn
yapsn oluturan molekllerdir. Her canl organizmada veya hcrede iki eit nkleik asit vardr:
ribonkleik asit (RNA) ve deoksiribonkleik asit (DNA). Sadece virsler ya DNA ya da RNA
ierirler. DNA ve RNA fosforca zengin organik molekller olup, organizmann genetik bilgi
deposudur. Nkleik asitlerin kimyasal yapsnda C (karbon), H (hidrojen), O (oksijen), N (azot) ve P
(fosfor) elementleri bulunur. Nkleik asitlerin biyolojik fonksiyonu genetik informasyonun
saklanmas, oaltlmas, eitlendirilmesi ve nesilden nesile aktarlmas eklinde sralanabilir. Tm
nkleik asitler polimerik yaplar olup bir ok farkl byklklerde bulunabilirler (1 milyondan 1
milyara kadar deiik molekler byklkte). Transfer RNAlar (tRNA) en kk molekllerdir
(25,000 dalton kadar).
NKLEK ASTLER (DNA VE RNA) GENETK BLGY ZERLERNDE TAIYAN VE NESLDEN NESLE
AKTARAN BYOMOLEKLLERDR.
Nkleik asitlerin biyokimyas konusunda her yl ok nemli bulgular elde edilmektedir. Bugn
rekombinant DNA teknikleri kullanlarak genler izole edilebilmekte, kopyalanabilmekte ve bir
canlnn yeni hayatsal formlar elde edilebilmektedir (Dolyi hatrlaynz!!!!). kinci dnem sonu
biraz daha detayl olarak rekombinant DNA ve uygulamalar zerinde duracaz.
Her iki nkleik asit eidi de (DNA ve RNA) nkleotid denen yap taslarndan (monomerlerden)
meydana gelmilerdir. Bu nedenledir ki nkleik asitlere polinkleotid adi da verilir. Nkleotidler
DNA ve RNAnn yapsna girme zelliklerinin yannda, enerji metabolizmasnda, fizyolojik aktivite
dzenleyici molekller olarak, koenzim komponentleri, allosterik effektrler olarak gorev yaparlar.
Bir nkleotid 3 kimyasal ksmdan olumutur: inorganik fosfat, be karbonlu bir eker (riboz veya
deoksiriboz) ve azot
ieren bir baz (prin veya
pirimidin). Hem DNA ve
hem de RNAda 4 adet
farkl
baz
bulunur.
Stearik
zelliklerinden
dolay DNA sarmalinde
(sarmal) veya baz tRNA
ve rRNAlarda olduu gibi
bir prin ancak bir
pirimidinle bag (H-ba)
yapabilir.
Milyonlarca
hidrojen bann bir
eksende
dizilimi
ile
olduka kararl bir yap olan DNA sarmallar meydana gelir. Isnn arttrlmas (> 80 oC) veya tuz
konsantrasyonunun drlmesi ile bu ift zincirli DNA sarmali bozulabilir ki buna denaturasyon
150
ekil: Standart nkleotidler. Balca prin ve pirimidin moleklleri ve onlarn organik isimleri.
Bunlardan adenin (A) ve guanin (G) prin baz iken sitozin (C), timin (T) ve urasil (U) pirimidin
bazlardrlar. DNAda timin, RNAda ise bunun yerine urasil bulunur. Prinler halkadaki N9 (yani 9.
pozisyonda bulunan azotla) ile 5 karbonlu ekerin (riboz veya deoksiriboz) C1 atomuna bal iken,
pirimidinlerde bu balanma N1le olur.
Nkleozidler, prin ve pirimidinlere bir eker moleklnn balanmasyla oluur. Genellikle tercih
edilen eker RNAda 5 karbonlu D-riboz
DNAda ise 5 karbonlua 2-deoksi-D-riboz
molekldr.
ekil: D-riboz ve 2-deoksi-D-riboz moleklnn
yaps.
Deoksi-2-ribozun yapsnda bulunan tek fark pentoz iskeletinin 2. karbon atomunda bir hidroksil
grubunun bulunmaydr. eker ile baz birbirine balayan -N-glikosidik banda baz, eker
dzleminin zerinde yer almakta ve ekerin anomerik karbon atomu prindeki N9a veya
pirimidindeki N1e balanmaktadr. N-glikozil ba pentozlardan bir hidroksil grubunun ve bazdan
bir hidrojen atomunun ayrlmas, yani su k sonucu meydana gelmektedir. Prin nkleozidlerine
-ozin son eki verilirken pirimidin nkleozidlerine de -idin son eki verilmektedir. Organizmada
bulunan temel prin nkleozidleri adenozin, guanosin, deoksiadenozin, deoksiguanozin; pirimidin
nkleozidleri ise sitidin, ridin, timidin, deoksisitidin, deoksiuridin ve deoksitimidindir.
151
Deoksiriboz tar
ifte sarmal yap
A=T
CG
RNA
Riboz eker tar
Tek zincir
A=U
CG
152
153
ATP dier nkleozid fosfatlardan farkl olarak yaygn olarak kimyasal enerjinin elde edilmesi ve
korunmasnda anahtar rol oynamaktadr. ATPnin dier modifiye olmu bir molekl en nemli
ikincil mesajc molekl olarak bilinen cAMP (halkasal AMP)dir. Bu molekl hcre iinde bir ok
hormonun fizyolojik hareketini dzenleyici rol oynar.
Nkleotid ieren hcresel komponentler nkleotidlerin UV n maksimum absorbe etme
zellikleri sayesinde kolaylkla belirlenir. nkleotid ve nkleik asitler 260 nm dalga boyunda
maksimum olarak absorbe ederler (organik baz halkasndan dolay). Bu dalga boyunda nkleotid
veya nkleik asitlerin solsyondaki konsantrasyonlar bulunabilir. Bu dalga boyunda 1.0 absorbans
yaklak 50 mikrogram/ml DNA veya 40 mikrogram/ml RNAya denk gelir (proteinlerin 280 nmde
maksimum absorbans verdiini ve 1.0 absorbansn solsyonda yaklak 1 mg/ml proteine denk
geldiini hatrlaynz).
Prin ve pirimidin nkleotidlerin genetik bilgi transferi dnda temel fonksiyonlarndan birisi ATP
ve dier nkleozid trifosfatlarn oluturduklar ekzergonik reaksiyonlar ile saysz fosfat transfer
reaksiyonlarna katlmalar saylabilir. Bundan baka karbohidrat biyosentezinde UDP-glukoz ve
UDPgalaktoz, lipid biyosentesinde kovalent ba sentezinde CDP-ailgliserol olarak fonksiyon
grmeleri saylabilir. Nkleotidler eitli koenzimleri olutururlar: FAD, NAD+, NADP+, koenzim A
ve S-adenosil metiyonin gibi. Nkleotidler ayn zamanda reglatr fonksiyon da gsterirler. ADP
seviyesi mitokondriyal oksidatif fosforilasyonu regle eder, spesifik nkleotidler enzimatik
aktivitenin allosterik reglatr olarak rol alr ve cAMP ile cGMP fonksiyonel olarak ikincil mesajc
rolne sahiptirler. En son olarak da nkleozid trifosfatlar olarak RNA ve DNA nkleik asitlerin en
kk birimi olan nkleozid trifosfatlar olarak hizmet ederler.
rik asit, rat tuzu olarak alkali pHda olduka znr olup asidik idrarlarda znemez. Prin
katabolitlerinden olan ksantin ve rik asit bu yzden idrar yolu talarnda yer alrlar. Sentetik prin
analoglar hekim iin birer potent teraptik materyaldir. rnein alloprinol gut tedavisinde
kullanlrken doal olarak bulunan bazlarn sentetik analoglarnn nkleozid veya nkleotid formlar
kanser hcrelerinin veya eitli virslerin bymesini inhibe edebilmektedir. Bunlarn ierisinde 5flourourasil,
5-iyodo-2-deoksiridin,
6-tiyoguanin,
6-merkaptoprin,
6-azaridin
ve
arabinosilsitozin gibi maddeler ila olarak kullanlr ve spesifik enzimleri inhibe edebilir veya DNA
veya RNAdaki doal nkleotidlerle yer deitirirler. Ayn zamanda bu analoglar biyomedikal
aratrmalarda olduka ok kullanlmaktadrlar.
154
155
156
kprs
yaparak
birleir.
Dolaysyla iskeleti oluturan yap
hidrofilik zellik gstermektedir.
Hcreler iki yeni hcre oluturmak zere blnecekleri zaman, genom kendini eler ve DNAnn
kendini elemesi (replikasyon) adn verdiimiz bu olay hcre ekirdeinde gerekleir. ncelikle
157
veya
P-ApTpCpApA-OH
veya
ATCAA
ekil: Polinkleotidlerin farkl gsterim ekilleri. Yukardaki gsterim ekli, 5-hidroksil grubunun
fosforile olduunu ve 3-hidroksil grubunda herhangi bir deiikliin olmadn gstermektedir. Klasik
gsterimde 5-ucu solda ve 3-ucu da sada kalmaktadr.
DNA molekl, bir zar ile hcrenin dier ksmlarndan ayrlm olan hcre ekirdeinin ierisinde
hareketsizdir. Oysa proteinlerin yapm ekirdek dnda gerekleir. Bu nedenle DNA daki ifreyi
protein reten makineye tayacak bir aracya gereksinim vardr. Mesajc ribonkleik asit (mRNA),
DNA zerinde mevcut genetik ifrenin protein yapsna aktarlmasnda, bir dier deyile gen ile o
genin kotlad protein arasnda bilgi akna araclk eden molekldr. Bu molekl, geni oluturan
DNA ift sarmalnn ipliklerinden birisinin kalp olarak kullanlmas ile yaplr (yazlm ilemi;
transkripsiyon) ve dolays ile kalp olarak kullanlan gendeki tm bilgiye sahiptir. Kk ve
hareketli olan mesajc molekl, ekirdek zarn geerek protein reten makineye ular ve zerinde
tad ifre sayesinde amino asit molekllerinin protein yapsna belli bir sra ve dzen ierisinde
girmesini salar. Yap talar olan amino asit molekllerinin ifreye uygun biimde birbirlerine
balanmas ile proteinlerin olumas srecine eviri ilemi (translasyon) ad verilir.
158
159
160
161
162
163
ekil: DNAnn farkl formlar. A ve B formlar saa-dnen formlarda iken, Z formu sola-dnmldr.
Yaygn bulunan doal formu B formu olup, DNAnn Watson-Crick modeli ad da verilir.
A-DNA: Genelde su kaybetmi (nem oran % 75in altndaki) DNA fibrillerinde grlr. A-DNA, BDNAda olduu gibi saa-dnen bir yap gsterir. Bir tam dnmnde 11 nkleotid bulunur.
Sarmal yaps daha geni ve daha ksadr. Farkllk riboz nitelerinden kaynaklanmaktadr. Furanoz
halkasndaki 4 atom bir dzlem ierisinde yer alrken beincisi dzlemin stndedir. Bu ekilde, 2. C
dzlemin stnde olmas halinde C2-endo, 3. Cnun dzlemin stnde olmas halinde C3-endo
denilmektedir. A-DNA da C3-endo eker niteleri yer alrken B-DNAda C2-endo bulunmaktadr.
eker nitesinin bu durumundan dolay 19olik bir eilmeye yol amaktadr. Bunun sonucunda
fosfat gruplar sarmalde daha az su molekl balmaktadr. Yalnz, A-tipi sarmal su kaybetmi
DNAya zg deildir, ift katlanm RNAda ve RNA-DNA hibritlerinde benzer yap grlmektedir.
Ribozdaki 2-OH grubu sterik (yapsal konum) olarak Watson-Crick modeline benzer yapnn
olumasna engel olmaktadr.
Z-DNA: Sola dnen bir sarmal olup bu DNA modelinde fosfat atomlar zig-zag bir dizilim
gstermektedir. Bu da bunu yapan nkleotidlerin mono deil, bir dinkleotid olduunu gsterir. Bir
dnmnde 12 nkleotid birimi yer alr. Ayrca Z-DNA, sadece tek bir derin helikal oyuk
iermektedir. Z-DNA genelde termodinamik olarak istenilmeyen bir yapdr. Ancak Z-form
dnm, sitozinin C-5unun metilasyonu ile muhafaza edilir. Bu modifikasyon daha ok
karyotlarda grlr. Z-DNAnn bu ksmnda kk bir boluk doldurulmakta ve hidrofobik
interaksiyonlar artrmaktadr. B-DNAda bulunan metil grup su ile evrili bulunmaktadr ve bu da
istenilmeyen bir durumdur.
Farkl DNA formlarnn zellikleri
164
12 KARBOHDRATLAR
Doada yaygn olarak dalm ve en byk ktlesel miktarlarda bulunan biyomolekllerdir.
Sakkarit olarak da bilinirler. Kimyasal olarak hem amino asitlerden ve hem de nkleotidlerden
daha basit molekllerdir. Element olarak sadece karbon, hidrojen ve oksijen ierirler. Ayn zamanda
gne enerjisinin fotosentez olaynda kullanlmas ile inorganik karbon (CO2), hidrojen-oksijen
(H2O)den meydana gelen ilk organik molekller karbonhidratlardr. Bundan dolay canllarn temel
enerji kaynadrlar.
Her ne kadar CnH2nOn genel forml ile tanmlanrlarsa da, bu ou zaman yanl anlalmalara
neden olur. nk baz molekller bu tanmlamaya uyduklar halde (rnein formaldehit CH 2O,
laktik asit C3H6O3, gibi) karbonhidrat deildirler. Ayn zamanda karbonhidratlar modifiye
olmularsa (rnein, deoksiriboz C5H10O4) yukardaki tanmlamaya uymazlar. Karbonhidratlar en
uygun olarak polihidroksi aldehit veya polihidroksi keton olarak adlandrlabilirler. Bu
nedenle karbonhidratlar baka zelliklerini de belirterek tanmlamamz gerekir. Karbonhidratlar
aktif aldehid veya keton grubuna sahip polialkollerin oluturduu maddelerdir. Aldehitlerde
karbonil oksijen (-CHO) utaki karbon atomu ile birlemiken, ketonlarda karbonil oksijen i
ksmdaki bir karbon atomuna baldr (-C=O). Doada karbonhidratlar monosakkarit, oligosakkarit
(2-10 monosakkarit) ve polisakkarit halinde bulunurlar.
Monosakkaritler,
basit
ekerler olarak bilinirler.
Yaplarnda aldehid veya
keton grubu tamalarna
gre aldo ekerler (aldoz)
ve keto ekerler (ketoz)
olmak zere 2 gruba
ayrlrlar. Ayrca her bir
grupta karbon says 3 ila 7 arasnda deien ekerler bulunur. Glukoz, monosakkaridleri temsil
eden en nemli ekerdir. Metabolik olaylarda karbonhidratlar glukoza evrilmek suretiyle kullanlr.
Bu nedenle anlattklarmz glukoz zerine odaklanacak ve yeri
geldike dier bileiklerle iliki kurulacaktr. Keto grubu ieren
monosakkaridin isminin sonuna loz eki eklenir. Bu bilgiler
nda aadaki dzenleme yaplabilir.
Bir monosakkarit yapsndaki karbon atomu says ve
fonksiyonel karbonil grubu (aldoz veya ketoz)una gre
belirlenir. Monosakkaritlerin omurgas dallanmam bir karbon
zincirinden olumutur ki, karbon atomlarndan biri bir oksijen
atomuna ift ba
yapmtr. Bu gruba
karbonil
grubu
denir. Geriye kalan
karbon atomlarnn herbirine bir hidroksil grubu ve
hidrojen baldr. Canllarda karbonhidratlarn D-formu
(rnein D-glukoz) bulunur (amino asitlerin canlda Lformunda olduklarn hatrlaynz). Bu yap, karbonil
165
olduundan
166
ekil:
Bir
hemiasetal oluturmak zere bir alkolle bir aldehitin
reaksiyonu (a), ve bir hemiketal oluturmak zere bir
alkolle bir ketonun reaksiyonu. Yldzlar yeni oluan kiral
merkezleri gstermektedir.
Galaktoz
glukozun
glukozun birer
sadece
bir
atomuna bal
konfigrasyonu
farkldr:
Ancak,
galaktoz
ve
mannoz birbirlerinin epimeri deildirler. nk her ikisi biri
birine iki karbon atomuna bal gruplar konfigrasyonu
bakmndan farkllk gsterir.
167
168
169
170
171
Bu balardan dolaydr ki
glukozun -1,4 baglar ile
balanmasndan oluan
polimeriler
(rnein,
glikojen, niasta) hayvan
ve bitkiler iin hazr
172
173
ekil: Glikojenin molekl. A, Genel yap. B. Bir dallanma noktasndaki detay. Molekl 21 nm yarapl
bir disk eklinde olup elektron mikroskobu ile grlebilir. Molekl arl 10 7 dolaylarnda olup, her
biri 13 glukozdan oluan polisakkarit zincirlerine sahiptir. Zincirler dallanm veya dallanmam
olabilir ve 12 tabakal bir yap olutururlar (ekilde sadece 4 tabaka gsterilmitir). Dallanm olanlar
i ksmda dallanmam zincirler ise d blgede bulunurlar. G= Glikojenin: glikojen sentezinde primer
molekl olarak grev yapar.
Niasta amiloz ve amilopektin polimerlerinin bir karmdr (4000 kadar glukoz monomeri
olabilir). Her iki polimer de salt glukoz nitelerinden meydana gelir. Maltoz (glukoz + glukoz)
amilozun yapsal nitesidir.
174
175
176
177
Polisakkaritler ticari veya tbbi (laboratuar) birok amala kullanlabilirler. Bunlardan en nemli
ikisi yine glukoz polimerleri olan dekstrin ve dekstranlardr. Dekstrin (niasta sakz) niastann
ksmi paralanmas ile elde edilen eitli rnlere verilen addr. Birok farkl byklk ve
dallanmaya sahip dekstrinler tekstilde (boyalarn younlatrlmasnda) yapkan madde olarak,
tbbi olarak da dekstrinler hap kaplamasndan, su geirmeyen bandajlarn yaplmasna kadar birok
alanda kullanlrlar. Dekstranlar baz bakteriler tarafndan yaplrlar. Birok farkl tipi vardr.
Dekstranlarn eker sanayisinde, boya endstrisinde (cila) kullanmlar vardr. Laboratuarda kolon
kromatografisi materyali olarak en ok kullanlan matrikslerdendir. tbbi olarak da ok geiren
hastalarda plazma hacim geniletici olarak kullanlrlar. Krmz kan hcrelerinin olumas veya
hcrelerdeki hemoglobin miktarn arttrmak iin dekstran-demir bileikleri kullanlr.
GLKOLPDLER
Karbonhidratlar lipidlerle birleerek glikolipidleri olutururlar. Bunun organizmamzdaki en gzel
rnei kan grubu antijenleridir. Glukoz, galaktoz, N-asetil-galaktozamin ve fkozdan oluan
karbonhidrat yaps, eritrosit membranlarnda sfingolipidlere balanarak kan grubu antijenlerini
meydana getirir (ayn tip karbonhidratlar sekresyon materyelinde proteinlere balanr).
Eritrositlerdeki temel kan grubu antijeni O grubu antijenidir. Bu antijenin karbonhidrat ksm
glukoz- galaktoz- N- asetilgalaktozamin-galaktoz ve fkozdan oluur. Lipid ksmnda ise
sfingozin(amino-alkol) ve ya asidi bulunur. O grubu antijenine N-asetilgalaktozamin eklenmesiyle
A grubu antijeni, galaktoz eklenmesiyle B grubu antijeni meydana gelir.
178
179
180
181
Tablo: Fare karacierinde eitli organellerin fosfolipid ierii. En alttaki iki satrda toplam membran
fosfolipidlerinin ve kolesteroln proteine oran verilmitir.
182
183
184
185
Fonksiyonu
Membrandan hcre iine veya dna madde geii
1. TRANSPORTUN TERMODNAM
Bir maddenin herhangi bir membrann iki yzeyi arasna difzyonu,
A(dar) A(ieri)
eklineki kimyasal bir denge eitlii ile gsterilebilir. Burada A znen maddeyi, yani mebrandan
difz olan maddeyi ifade etmektedir. Bu maddenin serbest enerjisi onun konsantrasyonu ile
ilikilidir:
GA - GA= RT ln[A]
Burada GA, Ann kimyasal potansiyelini, yani molar serbest enerjiyi, GA ise standart artlar altnda
Ann kimyasal potansiyelini ifade etmektedir. Bylece, A maddesinin mebrann iki yan arasndaki
konsantrasyon fark, yani dier bir deyimle hcre d konsantrasyonla hcre ii konsantrasyonu
kimyasal bir potansiyel farkna neden olur:
GA= GA(i) - GA(d) - RT ln ([A]i/[A]d)
Sonu olarak, eer Ann membran dndaki konsantrasyonu membran iindeki
konsantrasyonundan bykse Ann dardan ieriye tanmas iin GA deeri negatif bir deer
kazanacak ve daha sonra biyoenerjitik konusunda greceimiz gibi byle bir sistemde A maddesinin
hcre dndan hcre iine geii spontan (yani kendiliinden) olacaktr. Ancak, hcre iindeki [A],
hcre dndakinden bykse GA deeri pozitif bir deer olacak ve byle bir durumda A
maddesinin hcre dndan hcre ierisine geii enerji (r. ATP) kullanm olmadan mmkn
olmayacaktr. ATPnin hidrolizi ile ekzergonik bir ortam yaratlmakta ve dolays ile sistemin net
serbest enerji fark negatif klnmaktadr.
yonlarn membrandan transportu da hce d ile hcre ii arasnda bir yk farknana neden olur.
Bylece elektrik bir potansiyel fark olumu olur:
= (i) - (d)
Burada , membran potansiyelini ifade etmektedir. Eer A maddesi iyonik bir madde ise
yuakrdaki forml, bir mol A maddesinin dardan ieriye tanmas iin gerekli elektrik enerjisi iin
aadaki formle dntrlr:
GA= RT ln ([A]i/[A]d) + ZAF
186
Burada ZA, Ann iyonik ykn, F bir mol elektronun ykn ifade eden Faraday sabitesini (96,485
coulomb mol-1) ve buradaki GA ise Ann elekrokimyasal potansiyelini ifade etmektedir. Canl
hcreler genel olarak -100 mV kadar bir mebran potansiyeline sahiptirler (ierisi negatif, 1 V= 1 J C-1
olup, burada J joul, C ise coulombu ifade etmektedir).
Hcre membranndan madde transferi genel olarak iki ana grup altnda snflanabilir. Birincisinde
araya yukarda bahsettiimiz hibir tarnsporter yani yardmc girmeden basit difzyonla
maddelerin hcre iine alnmas veya hcre dna atlmas iken, dierinde ise ancak zel
transporterler yardm ile olabilen madde tanmdr. Basit difzyonda maddenin hcre iine
alnmasnda veya hcre dna atlmasnda belirleyici rol o maddenin kimyasal potansiyel
gradiyentidir. Byle bir tanm sisteminde iki blge arasndaki konsantrasyon fark dengeleninceye
kadar, yksek olan konsantrasyon blgesinden dk olan konsantrasyon blgesine madde ak
olur. Byle bir tanmn hz iki eye baldr; iki blge arasndaki madde konsantrasyon fark ve o
maddenin membrandaki erirlilii. Byle bir tanm sistemi ile tanan maddeler, steroid
hormonlarn ve oksijenin hcreler tarafndan al veriini rnek olarak gsterebiliriz.
Membrandan tanmalar yardmc bir maddeye (r. bir transporter proteinine) ihtiya duyan
maddelerin transportu iki ana balk altnda incelenebilir: Kolaylatrlm difzyonda madde
transferi yukarda basit difzyonda olduu gibi yksek konsantrasyondan dk konsantrasyona
olana blgeye doru olur. Ancak, burada farkl olarak bir yardmc molekl (r. tarnsporter protein)
kullanlr. Aktif trasport durumunda ise yukardaki durumun tersine bu eit bir tanmda, madde
dk konsantrasyonlu blgeden yksek konsantrasyonu blgeye doru olur. Yani madde kendi
konsantrasyon gradiyentine kar ynde transfer edilir. Hali ile byle bir sistemin termodinamik
olarak almas mimkn olamdndan, byle bir tanmda yukardakilerden farkl olarak enerji
kullanlr (endergonik bir sistemi ekzergonik duruma dntrmek iin). Bu enerji inputu genel
olarak ATPnin hidrolizinden salanr.
2. KOLAYLATIRILMI DFZYON
ifte lipid membranlardan difz edemeyecek kadar byk veya polar maddeler ancak membranda
yerleik bulunan tayc permeazlar, kanallar veya transporterler gibi isimlerle anlan protein
karakterdeki yaplar yardm ile hcre ierisine alnrlar. Bu transporterler ayn termodinamik
prensiplerle alsalar da yaplar, tadklar substratlara kar spesifiteleri ve transport
mekanizmalar bakmndan olduka farkldrlar.
A. YONOFORLAR
Olduka farkl tiplerde iyonoforlar bulunup, daha ok bakteriyel orijinlidirler ve membranlarn
iyonlara kar geirgenliini arttrrlar. yonoforlar ou zaman membran iyon konsantrasyonunu
bozduklarndan bir antibiyotik etki yaratrlar. ki eit iyonofor vardr:
1. Tayc iyonoforlar. Membranlara balanarak kendilerine zg iyonlarn membrandan difz edip
dar kmasna neden olurlar (Fig. A). yon atlm iin iyonofurun membrann bir yzeyine(r.
sitoplazmik) geip iyonu balamas onu dier yzeye (yani ekstrasellar yzeye) tamas ve dsarya
salmas gerekir. Olay bu ekilde tekrar-tekrar oluur.
2. Kanal oluturan iyonoforlar. Bu tr iyonoforlar mebran batan baa geerler ve oluturduklar
oluk (kanal) gibi bir yap sayesinde hcrenin bir tarafndaki iyonu balayp, dier tarafa salarlar (Fig.
B). Tayc iyonoforlar gibi ifte membran tabakalar arasnda hareket etmezler.
187
188
189
190
191
192
193
194
Escherichia coli gibi gram-negatif bakterilerde bir ka aktif transport sistemi hcre ii eker
konsantrasyonunu ykseltmek iin bir proton gradiyentinden yararlanrlar. Bu sistemlerden en
yaygn allm olan laktoz permeaz sistemi olup bazen galaktozid permeaz olarak da bilinir.
Bu sistem bir antport olup olumu olan proton gradiyentindeki enerjiyi kullanarak laktozu hcre
iine alrken, protonlar hcre iinden hcre dna salar.
195
ZLM SORULAR
ZML SORULAR
BLM-01: SU, AST-BAZ KAVRAMLARI
1. Tm biyokimyasal reaksiyonlar suda oluurlar. Suyun konsantrasyonu 55.5 M (Molar), pHs ise
7.0dir. Bu rakamlar nasl elde ederiz?.
Suyun molekler arl (Mr) 18 gdr. Yani, H2O 18 g/mol. Oda scaklnda suyun zgl arl (d)
yaklak 1 g/mldir. Yani, dier bir deyimle 1 litre (L)su 1 kilo gram (kg) veya 1000 gdr.
Dolays ile;
1mol/18g x 1000g/L= 55.5 mol/L= 55.5 M.
Suyun ayrmnn ([H2O] [H+] [OH-]) denge sabitesi (Kden);
[H+] [OH-]
Kden= ----------= 1.8 x 10-16 M olduundan,
[H2O]
Suyun iyonlama sabitesi(Ksu)= (Kden) x [H2O]= (1.8 x 10-16 M) x (55.5 M)= 1 x 10-14 M2
Saf su iin; [H+]=[OH-] kabul edilirse,
Ksu= [H+][OH-]= [H+]2= 1 x 10-14
[H+]= 1 x 10-7
-log(1 x 10-7)= 7.0 (suyun pH deeri)
2. Kuvvetli bir asite rnek vererek ksaca tanmlaynz.
Kuvvetli bir asit suda tam olarak bileenlerine ayrr. r. HCl, H2SO4
3. Zayf bir asite rnek vererek ksaca tanmlaynz.
Zayf bir asit suda iyi ayrmaz. r. Ka deeri 1.75 x 10-5 olan asetik asit (CH3COOH).
[CH3COOH] [CH3COO-] [H+]
Bunun anlam; ayran her 1 molekl asetik asit iin 57,143 molekl asetik asit ayrmadan kalr;
[CH3COO-] [H+] (1) (1)
Ka= 1.75 x 10-5= ---------------= --------[CH3COOH] 57143
4. Aadakilerden hangisi en dk pH deerine sahiptir?
A) 0.1 M HCl
B) 0.1 M asetik asit(pKa = 4.86)
C) 0.1 M formik asit (pKa = 3.75)
D) 10-13 M NaOH
5. Bir bileiin pKa deeri 7.4tr. Bu bileiin pH deeri 8.0 olan 100 ml 1.0 Mlk solsyonuna 30 ml
1.0 M HCL eklenirse yeni solsyonun pH?
A) 7.58
B) 7.4
C) 7.22
D) 6.8
E) 6.53
196
(2)
Yukardaki tanmlamaya gre, kuvvetli asitler iin (1)deki denge saa doru olacak ve bu da (2)
daha byk bir Ka ile kendini gsterecektir. pKa ile Ka arasndaki ilikiden biliyoruz ki daha byk
bir Ka daha kk bir pKaya neden olacaktr. Bunun sonucu olarak, asit ayrm sabitesinin negatif
loagritmasn alrsak; Daha dk ve dolays ile daha asidik pKaya sahip olan laktik asit, asetik asite
gre daha kuvvetli bir asittir.
10. Eer 0.1 mol zayf asit (Ka of 1.00 x 10-4 M ) 1 litre suda znrse, asit (HA) ve konjuge bazn (A-)
denge konsantrasyonlar ne olur? Bu solsyonun pH?
(1)
(2)
Sorudan biliyoruz ki toplam 0.1 mol asitimiz var. Laktik asitin belli ksm (x) konjuge baza (A-), ve
hidrojen iyonuna (H+) yaracaktr. Dolays ile,
[A-]=[H+]=x ve
[HA]=0.1-x
197
ZLM SORULAR
(2)de yerine korsak,
Asitin ayran miktar orijinal konsantrasyona gre olduka dk olduu iin, 0.1- x terimindeki x
ihmal edilebilir. Bylece,
pH=2.52
11.Aadakilerden hangisi sulu zeltiler iin dorudur?
A)Solu solsyonlarda hidrojen balar kolayca oluur
B)Ykl molekller genellikle suda erimezler
C)pH 5.0ten 6.0ya rat hidroksil iyon konsantrasyonunda ([OH]) % 22lik
bir art ifade eder.
D)pH 8.0den 6.0ya d proton konsantrasyonunda ([H+]) 100 katlk bir
d ifade eder.
12.Hidronyum iyonu:
A)hidratlanm (sulu) bir protondur
B)hidratlanm (sulu) bir hidrojen iyonudur
C)yaps H3O+ eklindedir
D)suyun esas ayrm rnlerinden biridir
E)yukardakilerin hepsi doru
13. 0.01 M Asetik asit (CH3COOH) ve sodyum asetat (Na+CH3COO-) ieren bir solsyonun pH? (asetik
asit iin pKa=4.74)
Henderson-Hasselbach (H-H) eitliinden,
pH=pKa+ log[CH3COO-]/[CH3COOH]
pH=4.74+ log(0.05/0.01)
pH=4.74+0.699
pH=5.44
14. pH deeri 3.8 olan bir 0.01 M zayf bir asit (HA) solsyonun pKa deeri nedir?
Ka=[H+][A-]/[HA]=[H+]2/[HA],
Ka=[H+]2/[HA]
Ka[HA]=[H+]2
-logKa-log[HA]=-2log[H+]
pKa-log[HA]=2pH
pKa=2pH+log[HA]
198
199
ZLM SORULAR
[H+] + [A-]
0.4 x 10-2 X
X
X
Ka= (X)(X)/ 0.4 x 10-2 X
yonizasyon sabitesinden anlyoruz ki 0.4 x 10-2 Mnin yannda X olduka kk bir deerdir ve
ihmal edilebilir. Bylece,
3 x 10-5= X2/0.4 x 10-2
X= [H+]= 3.46 x 10-4 M, pH=3.46
% iyonizasyon= (3.46 x 10-4/0.4 x 10-2)= 0.0867= % 8.67
21. 100 ml 1 x 10-3 M NaOH ile 50 ml 0.05 M NaOH karmndan kan yeni solsyonun molaritesi (M)
ve mol konsantrasyonu nedir? Molarite ile mol konsantrasyonu karlatrnz.
100 ml x (1 x 10-3 M)= 0.1 mmol
50 ml x (0.05 M) = 2.5 mmol
150 ml
2.6 mmol
2.6 mmol/150ml= 0.017 M (veya 17 mM)
Toplam karmdaki mol says= 2.6 mmol
yukardaki karmdan 15 ml baka bir tpe alrsanz konsantrasyon hala 0.017 M kalrken, mol
says 10 kat azalacaktr (yani 0.26 mmol). Ayrca, yukardaki karma (yani 150 ml.ye) 850 ml su
ilave ederseniz molar konsantrasyon 2.6 x 10-3 Ma derken, toplam hacimdeki mol says ayn
kalacaktr (yani 2.6 mol).
22. 500 ml 0.01 N HClin 0.01 N KOH ile titrasyonunu bir eri yardm ile gsteriniz (yani eklenen baz (y
ekseni) miktarna karlk gelen pH deerlerini x ekseninde gstererek).
Balangta hi KOH eklenmedii zaman yukardaki konsantrasyondaki asit pH= -log 0.01= 2.00dir.
KOH ilavesinde,
HCl + KOH H2O + KCl
Asit ve baz iyonlar eit oluncaya kadar solsyonun pHs ortamdaki fazla asit iyonlar (titre
olmayan) tarafndan belirlenir:
100 ml KOH ilavesinde H+ iyon konsantrasyonu,
[HCl]VHCl [KOH] VKOH
H+ = _________________________________ = 0.004 M, pH= 2.18
VHCl + VKOH
200
201
ZLM SORULAR
5.50= 4.74 + log[CH3COO-]/[CH3COOH]
log[CH3COO-]/[CH3COOH]= 5.50-4.74
log[CH3COO-]/[CH3COOH]=0.76
[CH3COO-]/[CH3COOH]=100.76
[CH3COO-]/[CH3COOH]=5.8
Ancak, soruda total asetik asitin iinde bulunan konjuge baz formu yani asetat oran sorulduundan:
Eer [CH3COO-]/[CH3COOH]=5.8 ise, solsyonun 5.8 ksm CH3COO-, 1 ksm ise CH3COOHtr.
Yani toplam iindeki oran [CH3COO-]/([CH3COOH]+[CH3COO-])=5.8/1 + 5.8=.853 (veya % 85.3)tir.
27. pH deeri 3.8 olan bir 0.01 M zayf bir asit (HA) solsyonun pKa deeri nedir?
Ka=[H+][A-]/[HA]=[H+]2/[HA],
Olduundan,
Ka=[H+]2/[HA]
Ka[HA]=[H+]2
-logKa-log[HA]=-2log[H+]
pKa-log[HA]=2pH
pKa=2pH+log[HA]
pKa=2(3.8)+log0.01
pKa=2(3.8)-2
pKa=5.6
28. Bir kas hcresinin sitoplazmik pH deeri 6.8dir. Bu hcrede [HPO42]/[H2PO4-] oran nedir?
Posfat tamponu gibi birden fazla pKa deeri bulunan bir madde ile alyorsanz, nce o maddenin
altnz pHya yakn olan pKa deerini alarak ie balamalsnz. Protonlarn (H iyonlarnn)
fosforik asitten ayrm 3 basamakta gerekleir ve her bir basamak ayr bir pKa deerine sahiptir:
1) H3PO4 H+ + H2PO4-,
pKa(1)=2.15
+
22) H2PO4 H + HPO4 ,
pKa(2)=7.20
3) HPO42- H+ + PO43-,
pKa(3)=12.40
Kas hcresinin pH deeri 6.8 olduundan, yukardaki pKa deerlerinden ikincisini, yani Pka=7.2
olann almalyz.
H-H denklemini kullanarak,
pH=pKa+log ([A-]/[HA])
[A-] = [HPO42-] ve [HA]=[H2PO4-]
log([HPO42-]/[HPO42-])=pH-pKa
[HPO42-]/[HPO42-]=10(pH-pKa)=1096.8-7.2=0.4
29. Asetik asitin pKa deeri 4.8dir. 0.2 M astik asit ve 2 M asetat iyonu ieren solusyonun pH ? (Not:
Asetik asitin pKa deeri 3.9).
Byle bir sorunun zm iin asit ve baz konsantrasyonlarnn aadak H-H eitliinde yerine
konmas gerekir:
pH=pKa + log[baz]/[asit]
pH= 4.8 + log (2/0.2)
pH= 4.8 + log (10)
pH= 4.8 + 1= 5.8
202
30. pKa deerleri 2.1, 3.9 v3 10.0 olan aspartik asitin izoelektrik noktas (pI) katr?
Bir amino asitin izolelktrik noktas (pI) o amino asitin net yknn sfr olduu pH derecesidir. pK
deerleri amino asitlerdeki -COOH, -NH3 ve yan zincird (R)deki gruplarn ayrt pHy ifade
ettiinden pI deerini hesaplayabiliriz. Yan zinciri yksz olan amino asitlerde (r. Alifatik amino
asitler) sadece -COOH ve -NH3 ayrtndan, byle amino asitlerin pI deeri basite -COOH
(pK1) ve -NH3 (pK2) deerlerinin ortalamsdr (Yani pK1 + pK2/2= pI). adet pK deeri olan bazik
amino asitler (lizin, arginin, histidin) iin pI deeri -NH3 (pK2) ve bazik yan zincirin (pK3)
deerlerinin ortalamasdr (yani, pK2 + pK3/2= pI). Yine adet pK deeri olan asidik amino asitler
(glutamik ve aspartik asit) iin pI deeri -COOH (pK1) ve asidik yan zincirin (pK3) deerlerinin
ortalamasdr (yani, pK1 + pK3/2= pI). Dolays ile aspartatn pI deeri 2.1 + 3.9/2=3.0
31. 0.22 M laktik asit solsyonunda 0.20 M ayrm, 0.02 M ayrmam formu bulunuyorsa,
solsyonun pH? (Not: Laktik asitin pKa deeri 3.9).
Bu sorunun cevab da 29. sorudakine benzer biimde bulunabilir:
pH= 3.9 + log (0.2/0.02)
pH= 3.9 + log (10)
pH= 3.9 + 1= 4.9
32. Baz amino asitlerin yan zincirleri (R) fonksiyonel gruplara sahip olup su ile
temas ettiklerinde hidrojen ba yaparlar. Aada verilen amino asit yan
zincirleri ile su arasnda oluabilecek muhtemel hidrojen balarn izerek
gsteriniz.
32. Hidrojen balar oksijen, azot gibi yksek derecede elektronegatif zellik gsteren atomlarla
ilikilidir:
33. Hocanz size 50 ml solsyon A (0.02 M Na2HPO4) ve 50 ml solsyon B (0.02 M NaH2PO4)yi biri
birine kartrarak 100 ml 0.02 M pH 7.2 olan sodyum fosfat tamponu hazrlamanz syledi. Normalde
byle bir tamponu 0.02 M NaH2PO4 zerine seyreltik NaOH ekleyerek veya 0.02 M Na2HPO4 zerine
seyreltik HCl ekleyerk daha kolay hazrlayabilirdiniz. Ancak, hocanz size kendi syledii tamponun
(yani NaH2PO4 ve Na2HPO4 karmnn) daha etkili bir tampon olduunu sylyor. Neden?
33. H2PO4-n iyonizasyonu iin pKa 7.2dir. H-H eitliinden eer asidik formun (H2PO4-)
konsantrasyonu onun konjuge baznn (HPO4=) konsantrasyonuna eitse, PH pKa deerine eit olur
(eitliin log ksm sfra eit olacandan). Bu nedenle 50 ml solsyon A ile 50 ml solsyon B
kartrldnda yeni akrmn pH deeri 7.2 olur. Her iki solsyonun konsantrasyonu 0.02 M
olduundan, yeni karmdaki fosfat konsantrasyonu da 0.02 M olur. Bunun etkili bir tampon
olmasnn nedeni oluan pHnn pKaya eit olmasdr.
203
ZLM SORULAR
34. Tablodaki hangi bileik verilen titrasyon erisini temsil etmektedir?
Bileik
pK1
pK2
pK3
Fosforik asit
2.15
7.20 12.15
Asetik asit
4.76
Sksinik
4.21
5.64
asit
Borik asit
9.24
12.74
Glisin
2.40
9.80
34. Bu titrasyon erisinde iki adet pKa gze arpmaktadr. Bir tanesi pH 2.0 dieri ise pH 10
civarnda. Byle pKa deerlerini glisin iin grmekteyiz (Glisin iki adet pKa deerine sahiptir: pKa1
2.4 ve pKa2 9.8).
35. Besinlerin mide ve barsaktan emilimi molekllerin hcre membranndan geip dolama
karmalarna baldr. Hidrofilik veya ykl molekllere nazaran hidrofobik molekller daha kolay
emilir. Azdan alnan ilalarn emilimi sindirim sistemlerimizdeki pH ve pKa deerleri ile ilikilidir.
Aspirin (Asetilsalisilik asit) iyonize olabilen bir karboksil grubuna (COOH) sahip olup bu grubun pKa
deeri 3.5tir. Bu ilacn protone formunun pH deeri 2.0 olan bir midede ve pH deeri 5.0 olan bir ince
barsaktaki emilim yzdesi nedir?
35. Aspirinin asidik ve konjuge baz formalrn sras ile CH3COOH (RCOOH)ve CH3COO- (RCOO)eklinde gsterebiliriz. H-H eitliini kullanarak pH 2.0 ve H 5.0da bu her iki trn orann
hesaplayabiliriz. Daha sonra toplam trlerin iyonize olmayan ve absorpsiyon (emilim) iin uygun
olan ksmn hesaplayabiliriz. Mide ortamnda pH 2.0da,
Yksz trlerin (RCOOH) yzdesi , bu trn kendisinin ve ykl formunun (RCOO-) toplamna
blmdr;
Bylece, midedeki aspirinin hemen hepsi emilime elverilidir. nce barsakta pH 5.0 ise aspirinin
ok az bir ksm emilim iin uygun formda bulunur.
204
36. Glisinamid (+H3NCH2CONH2)in (a) pH 7.5, (b) pH 8.2 ve (c) pH 9.0da % ka protone olmamtr?
(Not: Glisinamid iin pKa 8.20).
36. H-H eitliini kullanarak her pHda bulunan trlerin orann hesaplayabiliriz:
pH 7.5te;
Konjuge bazn yzdesini belirlemek iin: 1/(1 + 5) x 100= % 17. Bylece pH 7.5te toplamn % 17si
protone olmayan formda bulunur.
pH 8.2de;
Konjuge bazn yzdesi belirlenir: 1/(1 + 1) x 100= % 50. Bylece pH 8.2de toplamn % 50si
protone olmayan formda bulunur.
pH 9.0da;
205
ZLM SORULAR
Konjuge bazn yzdesi belirlenir: 6.3/(6.3 + 1) x 100= % 86. Bylece pH 9.0da toplamn % 86s
protone olmayan formda bulunur.
BLM-02: HCRE
1. canlln en kk nitesi (birimi) hangisidir?
(a)
(b)
(c)
(d)
(e)
DNA
hcre
organell
virus
protein
Santimetre
Nanometre
Milimetre
Mikrometre
Angstrm
206
7. Aadakilerden hepsi hem mitokondri ve hem de kloroplast iin dorudur. Bir tanesi hari. Bu
hangisidir?
(a)
(b)
(c)
(d)
(e)
8. Aadakilerden hangisi ift zar tabakas (i ve d zar olamk zere) ile sarldr?
(a)
(b)
(c)
(d)
(e)
Endoplasmic retikulum
Nukleus
Lizozom
Peroxksizom
Vakuol
207
ZLM SORULAR
10. Aada A-H arasnda gsterilen yap veya molekllerin yandaki hcre tiplerinden hangisinde
bulunduunu, bu hcre tipini iaretleyerek gsteriniz. (Not: baz yaplar birden fazla hcre tipinde
bulunabilir).
Yap veya molekl
A.
DNA
Hcre tipi
hayvan
bitki
bakteri
B.
nukleus
hayvan
bitki
bakteri
C.
plazma zar
hayvan
bitki
bakteri
D.
kloroplast
hayvan
bitki
bakteri
E.
hcre duvar
hayvan
bitki
bakteri
F.
lizozom
hayvan
bitki
bakteri
G.
mitokondri
hayvan
bitki
bakteri
H.
Golgi cihaz
hayvan
bitki
bakteri
Protein molekl
nsan hcresi
Karbon atomu
Ribozom
Maya hcresi
Mitokondri
C<A<D<F<E<B
BLM-03: BYOMOLEKLLER
1. Aadaki moleklde hangi fonksiyonel gruplar vardr?
CH2-CH2-CHO
|
OH
A) hidroksil ve karboksilik asit
B) hidroksil ve aldehit
C) hidroksil ve keton
D) eter ve aldehit
E) hidroksil ve ester
2. Hidrojen balar ile ilgili olarak aadakilerden hangisi doru deildir?
A) Bir hidrojen ba kovalent bir badan ok daha zayftr.
B) Suyun olduka yksek olan kaynama derecesi hidrojen balar ile ilgilidir.
208
209
ZLM SORULAR
4. Ninhidrin bulunan bir ortamda stldklar zaman mor renk alan en son rndeki gruplar
hangileridir?
A) alfa karbonu ve ona bal hidrojen atomu
B) amino gruplarndaki azotlar
C) karboksilik asit karbonu ve amino grubu
D) yan zincirdeki karbonlar
E) karboksilik asitteki oksijenler
5. Bir tanesi hari, 20 amino asitin hepsinin optik aktivite gstermeleri neye baldr? Ksaca
aklaynz.
Hepsi dr farkl grupla alfa karbon atomuna baldr. Sadece glisinde bu karbon atomuna iki
hidrojen atomu baldr.
6. Polar olmayan amino asitlerin yan zincirleri en iyi nasl kategorize
edilir?
A)aromatik
B)pozitif ykl
C)negatif ykl
D)yksz
E)hidrofilik
7. Izolektrik pHda bulunan (pI) bir tetrapeptitde:
A)amino ve karboksil ular ykszdr
B)orta ksmda bulunan iki amino asit iyonize olabilen yan zincirlere (R)
sahip olamazlar.
C)toplam net yk sfrdr
D)drt adet iyonik yk vardr
E)ykleri sadece amino ve karboksil ular salarlar
8. Bazik amino asitlerin (arg, his, liz) yan zincirleri en iyi nasl kategorize edilebilir?
A) halkasal yaplardr
B) ntr pHda pozitif ykldrler
C) ntr pHda negatif ykldrler
D) ntr hidrokarbon yaplardr
E) hidroksil, karboksil ve kkrt (slfr) ieren gruplardr
9. Amino asitler amfoterik maddeler olarak bilinirler. nk:
A) ntr pHlarda pozitif ykldrler
B) hem asit hem de baz gibi davranrlar
C) D- veya L konfugurasyonunda bulunurlar
D) proteinlerin yapsna girmezlar
E) hepsi optik aktivite gsterir
10. Olduka asidik bir solsyonda (r. pH = 1.2), glisinin esas formu hangisidir?
210
Bu peptidin net yk (a) pH 2.0, (b) pH 8.5 ve (c) pH 10.7de nedir? yonize gruplarn pKa deerlerini
kitabn sonundaki tablodan bulabilirsiniz. (Not: Dislfit ba her pHda da kararldr ve C-ucu, yani
karboksil ucu amid formundadr).
14. yonize olabilecek gruplar N-terminal sisteinin serbest amino grubu (pKa= 10.7), glutamatn yan
zinciri (pKa= 4.1) ve histidininin yan zinciridir (pKa= 6.0).
(a) pH 2.0de N-ucu ve histidin yan zinciri net pozitif yke sahipken, glutamat yan zinciri
ykszdr. Dolays ile peptidin net yk +2dir.
(b) pH 8.5te N-ucu pozitif yke, histidin yan zinciri yksz, glutamat yan zinciri ise negatif
ykldr. Dolays ile peptidin net yk 0dr.
(c) pH 10.7de N-ucu sisteinin yk +0.5, histidin yan zinciri yksz, glutamat yan zinciri ise
negatif ykldr. Dolays ile peptidin net yk -0.5tir.
211
ZLM SORULAR
15. Aadaki titrasyon erisi histidine aittir. Histidin iin pKa deerleri sras ile 1.8 (-COOH), 6.0 (-R)
ve 9.3 (-NH3+)tr.
a. Histidinin yapsn her iyonizsyon basamanda
belirtiniz? b. Drt adet iyonik trn de bulunduu
blgeleri belirle. c. Ortalama net ykn +2, 40.5, 0 ve -1
olduu blgeleri belirle. d. pH deerinin yan zincirin
pKasna eit olduu noktay belirle. e. Yan zincirin tam
olarak titre olduu noktay belirle. f. Hangi pH
aralnda histidin iyi bir tampon grevi grr?
15.
a.
b. A= 1, B= 3, C= 5, D= 7
c. 1, 4, 5, 7
d. 4
e. 5
f. Histidin, her tampon maddesi iin olduu gibi her hangi 3 pKa deerinin pH blgesinde (yani,
(pKa1= 1.81, pKa2= 6.01 , pKa3= 9.31) iyi bir tampon olacaktr. Dier bir deyimel hsitidin u
pH aralklarnda iyi bir tampon olarak hareket edecektir: pH= 0.8-2.8, pH= 5.0-7.0 ve pH= 8.3-10.3.
16. Baz amino asitler hcreler tarafndan modifiye edilerek biyolojik olarak
nemli aminlere dntrlrler. Serotonin beyinde sentezlenen nemli bir
nrotransmitterdir. Dk miktarlarda serotonininin depresyona, saldrganla
ve hiperaktivteye neden olduu bulunmutur. Serotonin hangi amino asitten
yaplr? Bu amino asitle serotonin arasndaki fark nedir?
16. Bir nrotransmitter olan serotonin
triptofan amino asitinden yaplr. Bu dnm srasnda
triptofandan karboksil grubu (COOH) koparlr ve aromatik
halkaya bir hidroksil grubu eklenir.
17. (a) serin, (b) arginin ve (c) glutamatn izoelektrik noktalarn (pI) hesaplaynz? (Not; bu soruyu
zmek iin kitabn sonundaki amino asitlere ait pKa deerlerinin verildii tablodan yararlannz).
17. Net ykn sfr olduu pH iki pKa deeri arasndaki blge olup burada ortalama ykler +0.5 ve 0.5tir.
212
Mr
82,000
21,500
23,000
22,000
DNAya balanma
evet
evet
hayr
evet
213
ZLM SORULAR
b) izolektrik fokuslama veya iyon deiim kromatografisi (farkl yklere sahip proteinler
iin kullanlr)
c) afinite (ilgi) kromatografisi (DNAnn balanm olduu bir afinite kolonu kullanldnda,
sadece DNAya balanabilen, yani X, proteini matrikse (dolgu maddesine) balanacaktr)
4. Biyokimya deneylerinde glisin amino asiti genellikle bir tampon maddesi olarak kullanlr. Bu amino
asitin amino grubunun pKa deeri 9.6 olup ya protone olmu formda (NH3+) ya da serbest baz (NH2)
olarak bulunur.
a. Amino grubuna bal olarak hangi pH veya pH aralnda glisin etkili bir tamponlama arac olarak
kullanlabilir?
b. Bu amino asitin 0.1 M ve pHs 9.0 olan solsyonunda, amino gruplarnn % ka NH3+ formunda
bilinir?
c. Bu pHda bulunan 1 litre 0.1 M glisine 5 M KOHtan ne kadar eklemeliyiz ki pH 10 olsun?
d. Glisin % 99 orannda NH3+ bulunursa, solusyonun pHs ile amino gruplarnn pKas arasnda nasl
bir iliki olur?
a. Genellikle bir tampon maddesi en iyi pKasnn 1 pH nitesi altnda ve 1 pH nitesi stnde en iyi
tamponlama gcne sahiptir. Dolays ile 9.6 pKas olan glisin en iyi bu deerin 1 pH st 1 pH
altnda yani 8.6 ila 10.6 arasnda iyi bir tamponlama raca olarak alr.
b. Henderson-Hasselbalch denklemini kullanarak,
buluruz.
Bu da 1/4 oranna denk gelir. Bu da gstermektedir ki, pH 9.0da glisinin amino gruplarnn 1/5i
deprotone (NH2) olmuken, 4/5 orannda bu gruplar protone (NH3+) formda bulunur.
c. Yukarda grld gibi pH 9.0da amino gruplarnn 1/5i yani % 20si deprotone frormda
bulunur. Bu nedenle pHy 9.0dan 9.6ya deimek (ki bu pH pKa deerine eit olduundan amino
gruplarnn % 50 sinin deprotone formda olduunu gsterir), glisinin % 30u veya 0.3 titre
edilmi demektir. imdi buradan H-H denklemi ile pH 10.0da yzde kann protone olduunu
hesaplayabiliriz.
Bu oran gstermektedir ki, glisinin 5/7si veya dier bir deyimle % 71i pH 10.0da deprotone (NH2)
formda bulunur. Yani yukarda pKa (9.6) iin bulunmu olan % 50 orannna ek olarak % 21 daha
fazlas deprotone formda bulunur. Bylece, 9.6dan 10.0a deiimle 0.30+0.21=0.51, bu da 0.51 x
0.1 mol=0.051 mol KOH
d. H-H denkleminden,
214
Genellikle iyonize olabilen bir hidrojen tayan herhangi bir grup, kendi pKasnn 2 pH nitesi
altnda (r. burada glisin iin 9.6-2=7.6) tamamen protone olmu halde bulunur.
5. Aspirin, zayf bir asit olup pKa deeri 3.5tir.
Aspirin mide ve barsak mukoza hcrelerinden emilerek kana karr. Bu emilim plazma
membranndan geii gerektirir ve emilim oran aspirinin polarl ile ilikilidir. Bilindii gibi polar
molekller membrandan yava geebilirken, hidrofobik ntr molekller daha hzl geerler. Mide
ortamnn pHs 1.5 iken, ince barsak ortamnn pHs yaklak 6.0dr. Kan karan aspirin en ok
mideden mi yoksa ince barsaktan m gelir?
Aspirin 3.5 pKa deerinin 1 pH altndaki pHlarda (yani pH 2.5in altnda) protone (ntr) formda
bulunurken, daha yksek pHlarda deprotone (anyonik) formda bulunur. Bylece, aspirin asidik bir
ortamda (yani midede) daha iyi emilir.
6. Bir amino asit olan lsinin yaps:
215
ZLM SORULAR
a. pH>pKa olduu zaman iyonize olan gruplar protonlarn kaybedereler. Amino ucunda glutamik
asit bulunmakta ve bu amino asitin serbest amino grubunun pKa deeri 9.6 iken, peptidin karboksil
ucunda glisin bulunmakta ve bu amino asitin serbest karboksilinin pKa deeri 2.3tr. Yan zincirleri
iyonize olan amino asitler ise Glu, His ve Argdir ve sras ile pKa deerleri 4.3, 6.0 ve 12.5tir. Trp,
Ser, Gls, Ls ve Prolinin byle bir zelikleri yoktur (ayni bu amino asitlerin yan zincirleri iyonize
olmazlar ve dolays ile yan zincirlerle ilikili bir pKa deereleri de yoktur).
b. pI deerini hesaplamak iin iki farkl metot kullanlabilir. pH 8.0de iyonize olan iki yan zincirin
(amino terminal ucundaki Gluin amino grubu ve Hisin imidazol grubu) ortalamasndan
Yukardaki metoda alternatif olarak, hesaplanm olan net ykleri pHya karn grafie dk. Dikey
eksen (y) zerinde net ykn sfr olduu pHy belirle. Bu nokta pI deerine eittir.
8. Bir biyokimyac yeni bir enzim kefetmi ve onu aadaki tabloda grld metotlarla deiik
derecelerde saflatrmtr:
a. Tabloda verilen bilgilere gre, her saflatrmadan sonra enzimin spesifik aktivitesini hesaplaynz.
b. En etkili saflatrma hangisidir? (saflktaki en yksek deer)
c. En az etkin saflatrma hangi basamakta olmutur?
d. 6. basamaktan sonra enzimin saf olduunu gsteren bir veri varmdr? Enzimin saflk derecesinin
lm iin baka bir eyler yaplabilir mi?
a. Elde edilen yzde aktivite (nite)den her metodun verim yzdesini ve spesifik aktivitesini
(nite/mg) hesaplayabiliriz.
216
217
ZLM SORULAR
hidrofobik etkileimler iin deterjanlar ve re, iyonik etkileimler iin pH
veya iyonik kuvvet deiikliidir.
15. Bir ligandn bir proteine balanmas koperatif bir ekilde ise
aadakilerden hangisi doru deildir?
A)Olay genellikle bir ka alt niteden meydana gelen proteinlerde olur
B)Genellikle allosterik bir etkileim sz konusudur
C)Lineer olmayanbir Hill Erisi ile sonulanr
D)Sigmoidal bir balanma erisi ile sonulanr
E)enzimlerde nadiren grlr
16.Orak-hcre anemisin altndaki temel neden:
A)krmz kan hcreleridir
B)hemoglobindir
C)klcal damarlardr
D)kandr
E)kalptir
17. Karbon monoksit (CO) aerobik organizmalar (r. nsanlar) iin neden
toksiktir?
CO hemoglobine oksijenden daha kuvvetli balanr. Bylece hemoglobine oksijen
balanp tanamaz.
18.(a) Oksijenin hemoglobine balanmasnda pHnn etkisi (Bohr etkisi) nadir?
(b) Bu mekanizmay ksaca aklaynz.
a) den pHya bal olarak oksijenin hemoglobine balanmasnda azal grlr (b) Dk
pHlarda (yani yksek H+ konsantrasyonlarnda) histidin gibi amino asitlerin protonasyonu artar ve
bud a protein alt nitelerinin dk afiniteli konformasyonunu kararl klar.
19. Yandaki tripeptidi inceleyiniz.
f. -karbon atomunu belirtiniz ve peptid ba
yapan blgeyi daire iine alnz.
g. R gruplar neyi temsil etmektedir?
h. Karbonil grubu (C=O)nun N amid balar
ynndeki serbest rotasyonu neden snrldr?
i. Bu yapdaki peptid gruplar cis veya trans yapdamdr?
j. Hangi balar peptid gruplarnn biri biri ile rotasyonuna imkan tanr?
19. a.
b. R gruplar amino asitlerin yan zincirlerini temsil
ederler.
c. C-N amid balarnn ksmi ift-ba karakteri
serbest hareketi kstlar.
d. Bu tripeptidteki her iki peptid grubu trans
konformasyondadr. nk alfa-karbon atomlar peptid bann ters tarafndadr.
218
219
ZLM SORULAR
BLM-06: ENZMLER
1. Bir hcre ekstresinin protein ierii 20 mg/mldir. Toplam 0.5 ml reaksiyon karmnda bulunan 10
mikrolitre (l) extrakt dakikada 30 nmol rn oluumunu katalizlemektedir. a. reaksiyon hzn (v)
nmol/dak/reaksiyon, nmol/ml/dak, nmol/l/dak, mol/l/dak cinsinden hesaplaynz. b. ayn miktar
extrakt toplam 1 ml reaksiyon karmnda olsayd, reaksiyon hz ne olurdu? c. nite/ml cinsinden
extrakttaki enzim konsantrasyonu ne olurdu? d. enzimin spesifik aktivitesi nedir?
a. 30 nmol/dak/reaksiyon,
30 nmol/ 0.5 ml/dak= 60 nmol/ml/dak
60 nmol/ml/dak= 60,000 nmol/ml/dak= 60 mol/l/dak
b. 30 nmol/ml/dak
c. 1 nite enzim= 1 mol SP/dak
0.03 mol SP/dak/0.01 ml extrakt= 3 nite/ml ekstrakt
d. Spesifik aktivite= nite/mg protein/ml
3 nite/20 mg/ml= 0.15 nite/mg protein
2. Bir enzim reaksiyonunda spesifik aktivite 42 nite/mg protein olarak bulunmutur. Solsyonun
protein konsantrasyonu 12 mg/mldir. a. 20 l, b. 5 l solsyon ieren ve toplam hacmi 1 ml olan
reaksiyonlarn hzn (v) hesaplaynz.
a.42 nite/mg protein x 12 mg/ml= 504 nite/ml x 0.02 ml= 10.08 nite= 10.08 mol/dak/ml
b.504 nite/ml x 0.005 ml= 2.52 mol/dak/ml
3. Elinizde saf bir enzim bulunmakta ve bunun 1 mikrogram bir reaksiyonu 0.5 mol/dak orannda
katalizlemektedir. Molekl arl 92,000 olan bu enzimin spesifik aktivitesini a. nite/mg protein
(enzim), nite/mol cinsinden hesaplaynz. b. enzimin turnover says nedir? c. bir dakikadaki katalitik
cevirim says nedir?
a.0.5 mol/dak/10-3 mg= 500 mol/dak/mg= 500 nite/mg
500 nite/mg x 1000 mg/g x 92,000 g/mol= 4.6 1010 nite/mol
b. Vmax=kp[ES]
kp= Vmax/[ES]= 4.6 1010 nite/mol/dak x 10-6 mol/mol= 4.6 104 nite/dak/mol enzim (yani
dakikada bir mol enzim 46,000 mol substrat rne evirir).
c. 1 cevirim dolays ile, 1/46,000= 2.17 x 10-5 dakika alr.
4. Michealis-Menten eitliini kullanarak,
d. [S] >> Km olduu zaman von [S]den bamsz olduunu
e. [S] <<Km olduu zaman reaksiyonun S itibar ile birinci derecede olduunu
f. vo Vmaxn yars ise [S]=Km olduunu gsteriniz.
a. Eer [S] >> Km ise, Km + [S] [S] olur. Sunbstrat konsantrasyonun hz zerine etkisi olmaz ve
vo=Vmax olur:
220
5. Alfa-kimotripsinin (E) tirozin benil ester (S)le reaksiyonu sonucu gzlenen hzlar 6 farkl substrat
konsantrasyonu iin belirtilmitir:
mM [S]
0.00125
0.01 0.04 0.10 2.0
10
vo (mM/dak) 14
35
56
66
69
70
Enzimin balang reksiyon hznda S konsantrasyonu ile ilgili bir art gzlenirke, daha yksek S
konsantrasyonlarnda enzimin hznn pek deimediini gryoruz. Dolays ile Vmax yaklak 70
olarak alabiliriz. Km maksimum hzn (yani Vmaxn) yarsna denk gelen S konsantrasyonu
olduundan, Vmaxn yarsna denk gelen hz olan 35 mM/dakdan Kmin 0.1 mM olduunu
syleyebiliriz.
6. a. Neden kcat/Km deeri bir enzimin katalitik etkinliini lmede baz alnr?
b. Enzimlerin kcat/Km deerleri iin st snr nedir?
c. kcat/Km deerleri st snra yaklaan enzimlerin mkemmel katalzrler olduu sylenir. Neden?
a. kcat/Km oran veya zgn sabite bir enzimin deiik substartalar olan ilgisini ifade eder. Ayn
konsantrasyonda bulunan iki substrat enzimin ayn katalitik blgesi iin yartnda, her substrat
iin vo= (kcat/Km) [E][S] ve [E] ve [S] ayn olduundan bu substartlarn rnlere dnm oran
kcat/Km oranlarna eittir.
b. Enzimlerin kcat/Km deerleri iin st snr 108- 109 s-1dir. Bu en hzl oranlarda iki yksz molekl
fizyolojik scaklklarda biri birine difzyonla yaklarlar.
c. Bir enzimin katalitik etkinlii E ve Sden ES oluumunu geemez. En etkin enzimler substartalar
yakalama hzna yakn olan kcat/Km deerlerine sahip olanlardr:
kcat, Km ve kcat/Km: Katalitik etkinlik
Tablo: kcat/Km deerleri difzyona-bal limite (en yksek katalitik etkinlik) yakn (108-109 M-1 s-1)
enzimler
Enzim
Substrat
kcat (s-1)
Km (M)
Kcat/Km (M-1 s1)
4
-5
Asetilkolinesteraz
Asetilkolin
1.4 x 10
9 x 10
1.6 x 108
Karbonik anhidraz
CO2
1 x 106
1.2 x 10-2
8.3 x 107
HCO34 x 105
2.6 x 10-2
1.5 x 107
7
Katalaz
H2O2
4 x 10
1.1
4 x 107
Fumaraz
Fumarat
8 x 102
5 x 10-6
1.6 x 108
Malat
9 x 102
2.5 x 10-5
3.6 x 107
221
ZLM SORULAR
-Laktamaz
Benzilpensilin
2 x 103
2 x 10-5
1 x 108
7. M-M kinetii ile uyumlu bir enzimin Km deeri 1 Mdr. 0.1 M dak-1 balang hzna 100 M
substratla varlmtr. a. 1 mM, b. 1 M ve c. 2 M substrat konsantrasyonunda reaksiyon hz?
[S]= 100 M ise, [S] >> Km olacandan vo= Vmax = 0.1 M dak-1
a. 100 Mdan byk herhangi bir substrat konsantrasyonunda v0= Vmax = 0.1 M dak-1
b. [S] = Km olursa, vo = Vmax/2 veya 0.05 M dak-1
c. Km ve Vmax bilindiklerinden, M-M eitlii kullanlarak herhangi bir substrat konsantrasyonundaki
v0 hesaplanabilir. r. [S]= 2 M iin:
222
1/[S] (M-1)
1
2
4
8
1
0.5
0.25
0.125
0.1 M ketokonazol
varlnda rn oluumu
(pmol-1 dak-1)
11
18
27
40
223
ZLM SORULAR
y ekseninin kesim yerinde art olurken, x ekseninin kesim yerinde bir deiim olmamtr. Bu da bu
antifungal maddenin enzim iin kompetatif bir inhibitr olduunu gsterir (kompetatif inhibitrler
enzimlerin Kmsinde, kompetatif olmayan inhibitrler Vmaxnda deiiklik yapar.)
BLM-9: VTAMNLER, MNERALLER VE KOENZMLER
1. Aada enzimlerle katalizlenen her reaksiyonun tipini ve hangi koenizmin reaksiyonda grev
aldn belirleyiniz.
1. (a) NAD+, NADP+ FAD, FMN, lipoamid, ubikinon. Tioredoksin ve sitokromlar gibi protein
koenzimler.
(b) Koenzim A, lipoamid.
(c) Tetrahidrofolat, S-adenozilmetionin, metilkobalamin
(d) Piridoksal fosfat
(e) Biotin, tiamin pirofosfat, K vitamini
2. NAD+, FAD ve koenzim Ann ortak yapsal zellii nedir?
2. NAD+, FAD ve koenzim A. de bir ADP grubu tar.
3. Laktat dehidrogenzla (LDH) laktatn piruvata oksidasyonunda NAD+ laktattan iki elektron transfer
edilen bir olayla indirgenir. Laktattan ayn zamanda iki prton da ayrldndan indirgenmi koenzimi
NADH2 eklinde yazabilirmiyiz? Aklaynz.
3. Hayr. ndirgenmek iin NAD+ iki elektrona fakat bir protona ihtiya duyar (yani NADH + H). Dier
proton solsyona salnr ve protona ihtiya duyan dier reaksiyonlar tarafndan kullanlr.
4. Warfarin rodent (kemirgen)leri ldrmek iin kullanlr ve genel olarak i kanamalara neden
olduunan tm hayvanlar iin toksiktir. Warfarin halkasal vitamin trevi bir koenzime yap olarak
224
225
NOBEL DLLER
Nobel dlleri
SON 50 YILIN BYOKMYA VE MOLEKLER BYOLOJDE NEML BAZI
NOBEL FZYOLOJ VE TIP DLLER
Keif
1953
1954
1958
1959
Arthur Kornberg
Severo Ochoa
1962
1964
Konrad Bloch
Feodor Lynen
1965
Franois Jacob
Jacques Monod
Andr Lwoff
1966
Peyton Rous
Charles B. Huggins
1968
Marshall W. Nirenberg
Har Gobind Khorana
Robert W. Holley
1969
Max Delbrck
Alfred Hershey
Salvador E. Luria
1975
David Baltimore
Renato Dulbecco
Howard Martin Temin
1978
Werner Arber
Daniel Nathans
Hamilton O. Smith
1983
Barbara McClintock
Transpozonlarn kefi
226
1984
Niels K. Jerne
Georges J.F. Khler
Csar Milstein
1985
Michael S. Brown
Joseph L. Goldstein
Kolesterol metabolizmas
1986
Stanley Cohen
Rita Levi-Montalcini
1989
J. Michael Bishop
Harold E. Varmus
1992
Edmond H. Fischer
Edwin G. Krebs
1993
Phillip A. Sharp
Richard J. Roberts
ntronlarn kefi
1994
Alfred G. Gilman
Martin Rodbell
1997
Stanley B. Prusiner
Prionlarn kefi
1998
Ferid Murad
Robert F. Furchgott
Louis J. Ignarro
1999
Gnter Blobel
2001
Leland H. Hartwell
Timothy Hunt
Paul M. Nurse
2002
Sydney Brenner
Robert Horvitz
John E. Sulston
2006
Andrew Fire
Craig C. Mello
2007
Oliver Smithies
Sir Martin Evans
Mario R. Capecchi
2008
Elizabeth H. Blackburn
Carol W. Greider
Jack W. Szostak
2009
227
NOBEL DLLER
2010
Robert G. Edwards
2011
Bruce A. Beutler
Jules A. Hoffmann
Ralph M. Steinman
Kazanlm baklk
Doal baklk
Dendritik hcrelerin kefi
228
Makromolekllerin fiziko-kimyas
229
NOBEL DLLER
230
EKLER
Metrik sistem
Metrik sistem, bilim dnyasnca kabul edilen lm-tartm sistemidir. Burada mil, yard, fit ve in
gibi uzunluk lleri birimleri yerine km, m, cm, mm gibi birimler kullanlrken, galon, Onz, libre gibi
arlk ve hacim birimleri yerine litre, mililitre, kg gibi birimler kullanlr. Bizlerin metrik olmayan
sistemi bilmemiz gerekmez. Ancak, metrik sistemin birimlerini ve bu birimlerin biribirine
evrilimini bilmemiz gerekir. Biyolojide ve genel olarak dier bilimlerde hem byk ve hem de
kk niteler kullanlr. r. Tipik bir hcre byklnden bahsederken mikronmetre (m) ve
molekller aras mesafeden bahserken Angstrm() terimlerinden bahsedilir. Dolays ile bu
terimlerin ka cm, mm veya metreye denk geldiini bilmemiz gerekir (Angstrm, nanometrenin
1/10u bir birimdir).
Faktr Sembol n ek
Faktr Sembol n ek
10-1
desi
101
da
deka
10-2
santi
102
hekto
10-3
mili
103
kilo
10-6
mikro
106
mega
10-9
nano
109
giga
10-12
piko
1012
tera
10-15
femto
1015
peta
10-18
atto
1018
ekza
10-21
zepto
1021
zetta
10-24
yokto
1024
yotta
Tablo aklama: burada verilen uzunluk birimleri metre (m) ile kyaslanmlardr. r. 1 desi (d)
metre= 0.1 metre. Bilimsel notasyonla 0.1in 10-1 eklinde sterildiini hatrlaynz. Yine, burada 1
nanometre= 10-9 m. kinci sutunda ise metreden byk birimler verilmitir. r. 1 deka metre (da)=
10 m olup bilimsel notasyonla bu 101 eklinde gsterilir.
1 Kilometre (km) (k, veya km) 1000
veya 103 m.
231
EKLER
Faktr ile
arp
Elde edilen
birim
ngiliz
sistemi
Faktr ile
arp
Elde edilen
birim
Santimetre (cm)
0.0394
2.54
Santimetre (cm)
Metre (m)
3.28
Fit (ayak)
Fit (ayak)
0.0305
Metre (m)
Metre (m)
1.094
Yard
Yard
0.9144
Metre (m)
Kilometre (km)
0.621
Mil (kara)
Mil (kara)
1.5609
Kilometre (km)
Kilometre (km)
0.540
Mil (deniz)
Mil (deniz)
1.853
Kilometre (km) (
Millimetre (m)
0.039
25.40
Millimetre (m)
0.1550
n kare
n kare
6.45
10.76
Fit kare
Fit kare
0.0929
1.196
Yard kare
Yard kare
0.836
Santi metre kp
(cm3)
0.610
Kbik in
Kbik in
16.39
Santi metre kp
(cm3)
Metre kp (m3)
35.3
Kbik fit
Kbik fit
0.0283
Metre kp (m3)
Metre kp (m3)
1.308
Kbik yard
Kbik yard
0.765
Metre kp (m3)
Mililitre (ml)
0.0338
Ons (sv)
Onz
29.6
Mililitre (ml)
Litre (l)
0.264
Galon
Galon
3.79
Litre (l)
Gram (g)
0.0353
Ons (kat)
Onz (kat)
28.4
Gram (g)
Kilogram (kg)
2.20
Paund (libre)
Paund(libre)
0.454
Kilogram (kg)
Metrik sisitem
Uzunluk
Alan
Hacim (volm)
Arlk
232
233
EKLER
234
Eni, boyu, ykseklii 1er cm olan bir kpn hacmi (V) 1 cm3 tr. Biyolojide daha ok svlarn
volumleri ile ilgilendiimizden cm3 ou zaman mililitre (mL) veya salk bilimlerinde cc (kubik cm)
olarak kullanlr. Bir ml litrenin 1/1000i bir hacimdir. Tipik bir hcrenin hacmi birka
mikronmetre3 (m3) kadardr.
235
EKLER
Bilimsel Notasyon
Bilim insanlar ou zaman ok byk veya ok kk yaplarla urarlar. Bu nedenle ok byk
veya ok kk rakamlar kullanmak kanlmazdr. r. Bizler gibi biyolojik bilimlerle uraan
insanlar metrenin milyonda biri olan hcrelerle urarken, bir astronum genellikle milyar yldz
veya milyarlarca k yl uzaktaki bir gk cisminden bahseder. Ksaca, bilim adamlar hem ok
byk ve hem de ok kk rakamlarla uramak zorundadrlar. Bu nedenle bilim adamlar byle
rakamlar bilimsel notasyon denen bir dzenleme ile gsterirler. Bylece, yazlmas ve ilem
yaplmas zor rakamlar daha kolay bir kullanma kavuturulur.
Bilimsel notasyon, ok byk veya ok kk rakamlarn 10 ss eklinde ifadesidir. Byle bir
gsterimde say, mantis (M) ve 10n olmak zere iki ksmdan oluur ve M x 10n eklinde ifade edilir.
M (mantis) 1 ila 9 arasnda bir tam say iken, n herhangi bir say olabilir. r. dnyamzn ekvatordan
evresi= 40,000,000 m. Bilimsel notasyonla gsterim iin 4tten itibaren saydmzda 7 basamak
sayarz. Dolays ile 40,000,000 (40 milyon)un bilimsel notasyonla daha ksa gsterimi 4 x 10 7 m
eklindedir. Dier bir rnek verirsek, ipik bir bakteri 0.000001 m byklndedir. Burada da yine
noktadan itibaren rakamlar saydmzda 6 olduunu bulur ve bylece 1 x 10-6 m eklinde ifade
edebiliriz.
Bu iki rnek arasnda dikkat edilmesi gereken ey, 1den byk saylaran bilimsel notasyonunda 10
ss pozitif bir say iken, 1 den kk rakamlrda bu negatif bir saydr:
1= 100
10=101
100 = 102
1,000= 103
10,000 = 104
100,000= 105
1,000,000= 106
10,000,000= 107
100,000,000= 108
1,000,000,000= 109
0.000000001 = 10-9
0.00000001 = 10-8
0.0000001 = 10-7
0.000001 = 10-6
0.00001 = 10-5
0.0001 = 10-4
0.001 = 10-3
0.01 = 10-2
0.1 = 10-1
1 = 100
236
237
EKLER
Proteinlerin yapsna giren amino asitler ve baz zellikleri
238
239
EKLER
240
241
EKLER
Nkleik asit ve proteinlerin elektroforetik ayrlmlar
242
EKLER
244
245
EKLER
In Fiziksel zellii
246
247
TERMLER
Adrenal medulla
Adrenal (bbrek dt) bezin i ksm.
Epinefrin (adrenalin) ve norepinefrin
(noradrenalin) salglar
Akrilamid
CH2=CH-CONH2; suda eriyebilen olduka
toksik ve UV kla veya kimyasal bir
katalizrle poliakrilamide polimerize olan
kimyasal madde (jel elektroforezindeki
balca bileen)
Akrosentrik
Sentromeri uca yakn kromozom
Akrolein testi
Gliseroln kantitatif tayini; kat potasyum
hidrojen fosfat ile stma sonucu akroleinin
oksidatif dehidrasyonuna dayanr
Akrozom
Bir spermatozoonun ba ksmnda asit
hidrolazlarla dolu ve fertilizasyon srasnda
yumurta membrann eritmeden sorumlu
yap
Aksiyon potansiyeli
Uyarlm bir hcrenin dinlenme
durumundaki membran potansiyelindeki
ani deiim
Akson
Nronlarn sinyal iletici blgesi
ADH
Antidiretik hormon: suyun dengesini
korumaya yardmc olan hipotalamus
hormonu
Aktif tama
Belli bir zcy bir membrandan karya
konsantrasyon gradiyentinin tersi ynnde
tanmas. Bu olay membran iindeki tayc
proteinlerin vastasyla ve enerji (ATP)
harcanarak gerekleir
Adrenal korteks
Adrenal (bbrek st) bezin d ksmdr.
Kortizol ve aldosteron salglar
Aktin
Bir sarkomerdeki kaln filamentlerin asl
bileeni olan sitoplazmik iskelet proteini
248
Aktinin
Hem Z ve hem I bandnda bulunan kas
proteini
Aktivasyon enerjisi
Bir reaksiyonun balamas iin gerekli olan
minimum enerji miktar: enzim aksiyonu bu
enerji seviyesini drr
Aktivatr
Bir hcrenin aktivitesini arttran dzenleyici
protein ( rnein; gen transkripsiyonu)
Albmin
Karacigerde sentezlenen ve toplam kan
proteirlerinin % 60'n oluturan nemli bir
plazma proteini
Aldehit
Karbon zincirinn sonunda -CHO grubu, yani
karbonl grubu bulunan organk bileikler
Aldosteron
Adrenal korteks hormonu. Bbreklerden
sodyumun yeniden absorbsiyonunu salar
Alel
Mutasyonla ortaya kan bir genin bir ya da
daha fazla molekler formlarndan biridir ve
ayn zelliin farkl versiyonlarn belirtir
Alerji
Bir allerjene ar duyarllk
Alfa sarmal (alfa-sarmal)
Polipeptid zincirlerinde dzenli aralklaral
tekrar eden H-balar. Beta-tabakalrla
birlikte proteinlerin ikincil yapsna katkda
bulunan en nemli yap
Alkilleyici ajan
Biyolojik bir moleklde bir hidrojen atomu
ile bir alkil (doymu organik) grubunun yer
deitirmesini salayan maddedir
Alkolik fermentasyon
Oksijensiz ATP oluturan yolu. NADH
elektronlarn asetaldehite transfer eder ve
etanol oluur. Reaksiyonlar glikolizde
249
TERMLER
Amfibolik yol
Hem katabolizma ve hem de anabolizma
yn olan
metabollk yol
Amfipatik molekl
Hem polar hem de polar olmayan blgeler
ieren molekl (r. Fosfolipidler)
Amfolit
Hem asit ve hem de baz gibi davranan
madde
Amfoterik molekl
Br asit veya baz glbi davranabilen proton
alp verebilen molekl
Amino asit
Bir amino grubu ( NH2 ), bir karboksilik asit
grubu ( COOH- ) ve ayn karbon atomuna
kovalent bala bal bir yan grup ieren
organik bir bileiktir. Proteinlerin alt
niteleri
Amniyon
Embriyonun d membrandr: amniotalarn
(amniyotik yumurtallarn) embriyolarnn
geliiminin olduu bu yer svyla dolu bir
keseyle kapldr
Amonifikasyon
Azot dngsnde, azotlu atk ve kalntlarn
toprak funguslar ve bakterileri tarafndan
bitkilerin absorbe edebildii amonyak
bileenlerne evirilmesi
Anabolit
Anabolizmann herhangi bir rn
Anabolizma
Daha basit ncl maddeler
(prekrsrler)den daha kompleks hcre
bileenlerinin yapm. Endergonik tabiatl
olan bu reaksiyonlar iin enerji (ATP)
harcanr
Anafaz
Her bir kromozomun karde
kromatidlerinin kar kutuplardaki i
ipliklerine doru hareket ettii mitoz
250
Asit
Dier zgenlere ya da su molekllerine H+
iyonu veren znm herhangi bir madde
Asit anhidrid
ki asitin asidik gruplarndan suyu yapan
bileenlerin (H+ ve OH-) ayrlmas sonucu
oluan herhangi bir bileik
Asit-baz dengesi
Ekstraseller svnn ok asidik ve ok bazik
olmadnn ifadesi, znm iyonlarn
konsantrasyonlarn kontrol eden bir sonu
Atom
Olaan yntemlerle paralanamayan,
uzayda yer kaplayan ve bir ktleye sahip
maddenin temel birimi
Atom says (numaras)
Bir atomun ekirdeindeki protonlarn
saysdr: bir elementi tanmlar
ATP
Adenozin trifosfat : adenin, riboz ve l
fosfat gruplarndan olumu nkleotitdir:
Hcrelerdeki asl enerji taycs
ATP sentaz
ATPnin oluumunda bir enzim olarak rol
oynayan membrana bal aktif tama
proteini
ATP/ADP dngs
Fosfat grup tayclar araclyla ATP ve
ADPnin biribirlerine dnm ekilleri
Ayrtrclar
Organizmalarn kalntlardan, rnlerden ya
da atklarndan karbon ve enerji elde eden
heteretrof bakteri ya da funguslar
Azot dngs
Azotun atmosferden okyanus, sediment,
toprakr, besin zincirine ve sonra tekrar
atmosfere geri dnd dng
Azot fiksasyonu
Azot gaznn, bitkilerin topraktan alabilecei
formlara dntrlmesi (baz bakteriler
azot balar)
251
TERMLER
B hcresi
B lenfositlere baknz
B lenfosit
Antikor moleklleri salglayan beyaz kan
hcreler. Plazma hcreleri olarak da
adlandrlr.i
Baklk sistemi
Belli tehditlere kar antijenleri tanyp
balayan vcut sistemi
Bakteri
Prokaryotik organizmalarn en yaygn ve
farkl grubu
Bakteriyal konjugasyon
Plazmit DNAsnn bir prokaryotik hcreden
dierine transferi
Bakteriyofaj
Bakterileri enfekte eden bir virs
Baz
Suda zndnde H+ iyonlarn alan
herhangi bir madde. Ayrca nkleik asitlerde
azotlu bileen
Bazal gvde
Sil yada kamnn zerinde olutuu bir
organeldir: sentriole benzer
Bazal metabolik hz
Yemekten uzun sre sonra bir bireyin
dinlenme halindeki oksijen tketim hz
Bazofil
Yang esnasnda hzlca histamin salglayan
beyaz kan hcreler
Besin a
Besin zincirlerinin karlkl balantlar
Besin pramidi
Salkl bir diyeti meydana getiren farkl
besinlerin oranlarn gsteren emalar
Besin zinciri
Birincil reticiler (ototroflar) tarafndan
tutulan enerjinin, ekosistemin daha yksek
besin seviyelerine doru dorusal ak
Beta dn
Polipeptitin kendi zerinde geri dnmesi
iin
sk bir dn iinde dzenlenmi drt
amino asitten ibaret polipeptitlerdeki ikinc
yaplardan biri
Beta-tabakalar (beta krmal tabaka)
Polipeptid zincirleri arasnda paralel veya
ant-paralel olarak kurulan H-balar. Alfasarmallarla birlikte proteinlerin ikincil
yapsna katkda bulunan en nemli yap
Beyaz kan hcresi
Lkosit. Spesifik olmayan savunma, basit
konak savunmas ve kazanlm
baklkta grev yapan bir kan hcresi tipi
(r eozinofil, ntrofil,makrofaj ve lenfosit)
Biyojeokimyasal dng
Canl nesneler araclyla evresel
haznelerden elementin canl sistemlere ve
oradan tekrar evreye geri dnmesi
Biyolojik saat
tempo lm mekanizmas: evresel
deiikliklere kar vcudun gnlk ve
mevsimsel aktiviteleri ayarlamas
Biyoluminesans (biyo nm)
Canl bir organizma ile floresan n
retilmesi
Biyomas (biyoktle)
Bir ekosistemdeki tm organizmalarn
toplam arl
Biyopterin
Pterinden elde edilen ve oksidasyon
redksiyon reaksiyonlarna katlan
enzimatik bir kofaktr
Biyosfer
Organizmalarn yaad dnyann su, kabuk
ve atmosfer blm
252
Geometrik izomerler
znen (solut)
Bir zeltide znm her hangi bir madde
Dalga uzunluu
Hareket halindeki enerjisinin dalga ekli. ki
ardk dalgann en d noktalar arasndaki
yatay uzaklk
Dalton
Tek bir hidrojen atomunun arl (1/6.02 x
1023= 1.66 x 10-24 g)
Delesyon
Bir kromozom segmentinin kaybdr. Bir
DNA moleklnn bir ya da daha fazla
baznn kaybolmasna neden olan bir
mutasyon
Denatrasyon
Bir proteinin ya da baz dier kompleks
molekllerin boyutlu yapsnn hidrojen
balarnn krlmasndan dolay zlmesi
(bozulmas)
Dendrit
Bir nronun hcre gvdesinden kan ksa,
ince uzants: Sinyal giri blgesi
Dendritik hcre
Antijen sunucu beyaz kan hcresi tipidir
CAM bitkisi
C4 yolunun tekrar-tekrar dnmesiyle
karbonu fikse edipen, stomalarn sadece
geceleri aarak suyu tasarruf eden bitkiler
Denitrifikasyon
Belli baz toprak bakterilerinin nitrit ya da
nitrat gaz halindeki azot (N2) ve azot dioksit
(N2O) evirmesi
CD4 Lenfosit
HIVi balayabilen bir reseptre sahip beyaz
kan hcresi (rnein; T hcresi)
D iskelet
D iskelet (rnein; sertlemi artropod
epidermi)
Difzyon
Benzer molekllerin ya da iyonlarn
konsantrasyonlarnn az olduu tarafa
doru net hareketi
Diploid
nterfazdaki bir hcre ekirdeinde
kromozomun her tipinin ift sayda olmas
253
TERMLER
durumu (rnein; homolog kromozom
iftleri)
Dipol
Atomlar (gruplar) evresinde, eit olmayan
br ekilde dalm, elektrik ykne sahip
olan, su gibi moleklleri tarif etmek iin
kullanlr; hem pozitif hem de negatif yke
sahip bir molekl
Diprotik asit
ki tane ayrlabilen protona sahp bir asit. r.
karbonik asit, bikarbonat, glisin
Disakkarid
Yaygn bir oligosakkariddir; kovalant bala
bal ki eker monomeri
Dissosiasyon sabiti
ki veya daha ok biyomolekl komplekinin
bileenlerine ayrlmas iin gereken denge
sabiti (Kd). r. bir enzimden bir substratn
ayrlmas. Konjge baz ve protona ayrlan
br asidin dissosasyon sabiti (Ka)
DNA
Deoksiribonukleik asit.Tm yaayan
organizmalar ve ou virsler iin kaltsal
bilginin esas taycs
DNA ipi
Bir cam plaka zerinde DNA spotlarnn
mikrodizisidir; genlerin eksprasyonunun
eklinin aklanmas almalarnda
kullanlr
DNA ligaz
DNA moleklndeki krklar birletiren,
tamir eden enzimdir; Replikasyon boyunca
yeni DNA fragmentlerini balar
DNA parmak izi
DNAnn kiiye zg kesilim profili.
Restriksiyon fragmenti uzunluk
polimorfizmi (RFLP) olarak da adlandrlr
DNA polimeraz
DNAy tamir eden ve replikasyonunu
katalizleyen enzim
DNA replikasyonu
Hcre blnmeden nce DNA
molekllerinin birer kopyalarn
oluturmas
Doal katil hcre
Doal ldrc hcre. Tmor hcreleri ve
virsle enfekte olmu hcrelere dokunupldren lenfositler
Dllenme
Bir sperm ekirdeinin ve bir yumurta
ekirdeinin birlemesidir; sonuta bir zigot
oluur
Doz telafisi
Geliimin ilk basamaklarnda balayan
eeysel hcreler arasndaki gen ifadelerini
dengeleyen kontrol mekanizmas
Duplikasyon
Birka adet, yzlerce, hatta binlerce kez
tekrar eden DNA dizisi
Edinsel (kazanlm baklk)
Daha nce karlam olduklar patojenlerle
veya antijenlere kar T ve B hcre
populasyonularnn etkinliindeki art
ifade eder
Efektr hcreler
mmn cevap esnasnda antijen tayan
ajanlar bulmada ve paralamada grev alan
farkllam lenfositler
Ekzon
mRNAnn protein kodlayan (translasyon)
blgesi
Ekzositoz
keseciin (vazikl) plazma membran ile
kaynap btnlemesi sonucu ieriini
hcre dna salmas
Elektrik gradiyenti
Bitiik alanlar arasnda elektrik yknde bir
farkllk
254
Enzim
Kimyasal bir reaksiyonu hzlandran
proteinin (ya da, nadiren RNA)
Eozinofil
Solucan gibi hcre d parazitlere kar rol
oynayan beyaz kan hcreleri
Epifiz (pineal) bezi
Melatonin salglayan a duyarl endokrin
bezi. Melatonin melanin gibi tirozinden
ancak farkl bir yolla yaplr
Esas amino asit
Bir hayvann sentezleyemedii ve
besinlerden almak zorunda olduu amino
asit
Element
Ayn atom saysna sahip atomlarn tmn
oluturan madde
Esas ya asidi
Bir hayvann sentezleyemedii ve
besinlerden almak zorunda olduu ya asidi
Endokrin sistem
Hormon ve dier kimyasal salglarla sinir
sistemi ile balantl olarak hcre, doku ve
organlar arasndaki integratif sistem
Eey kromozomlar
Belli kombinasyonlarda yeni bireyin eeyini
belirleyen kromozomlar (r X ve Y).
Endoplazmik retikulm
ER. ekirdek zarnda balayan ve sitoplazma
boyunca uzanan organeldir. Dz ER
membran lipitlerini dzenler, ya asitlerini
paralar ve baz toksinleri etkisiz hale
getirir. Sitoplazmik yzeyinde ribozomlara
sahip granll ER yeni polipeptid
zincirlerini modifiye eder
Endositoz
Bir maddenin hcreye alnm; maddenin
etrafnda plazma membran bir kesecik
oluturur
Enerji
yapabilme kapasitesi
Enerji pramidi
Bir ekosistemin besinsel yaplarnn
emasdr; her bir besin seviyesindeki
kullanlabilir enerjiyi gsterir
Eeyli reme
Mayoz, gamet olumu ve dllenmeyle
genetik olarak eitli dllerin retimi
Eik (threshold)
Uyarlabilir hcreler iin (rnein; bir nron
ya da kas hcresi), dinlenme halindeki
membran potansiyelindeki minimum
deiim miktarnn sebep olduu aksiyon
potansiyeli
Etki arttrc (enhancer)
Transkripsiyon dzenleyici moleklleri
balayan DNA daki kk bir dizi
FAD
Flavin adenin dinukleotid. Nukleotid
koenzim; reaksiyonlar arasnda proton (H+)
ve elektron transferi yapar
255
TERMLER
Fenotip
Gen etkileimlerinden ve gen-evre
etkileimlerinden ortaya kan bir bireydeki
gzlenebilir zellik ya da zellikler
Feromon
Hormone-like exocrine gland secretion;
diffuses through air and affects a different
member of the same species. Hormon
benzeri ekzokrin bez salgs; hava ile difze
olur ve ayn trlerin farkl yelerini etkiler
Fotosentez
Organizmalarn gne n kullanarak CO2
ve H2Ou ekerlere dntrd ilem
Fotosistem
Fotosentetik hcrelerde, membrana bal,
yakalayan pigmentler ve dier
molekller kmesi
FSH
Folikl-uyarc hormon. Hipofiz bezinin n
lobundan retilir ve salnr; her iki eeyde
remeyi salayan bir role sahiptir
Fikobilin
Krmzdan maviye fotosentetik yardmc
pigment
Gen
Anne babadan yavruya geen DNAdaki
kaltsal bir zelliin bilgisini tayan birim
Fitokrom
Ia duyarl bir pigment. Bu pigmentin
kontroll aktivasyonu ve inaktivasyonu
byme, dallanma ve ieklenme gibi birok
bitki aktivitesini dzenler
Gen kontrol
Spesifik bir genin neden, nasl ve ne zaman
ve kullanlcana karar veren molekler
mekanizma
Floem
ekerleri, znm maddeleri vaskler
(damarl) bir bitki boyunca tayan
kompleks bir doku
Fonksiyonel grup
Karekteristik zellikleriyle bir organik
bileiin karbon iskeletine kovalent bala
bal bir atom yada atom grubu
Fosfolipit
Bir fosfat gruplu lipid. Biyolojik
membranlarn esas yap birimi
Fosfor dngs
Fosforun topraktan besin zinciri vastasyla
okyanus sedimentlerine sonrada tekrar
topraa dnmesi
Fosforilasyon
Bir fosfat grubunun enzim araclyla
molekller arasnda transferi
Fotoreseptr
Ia duyarl sensr hcreler
Gen ktphanesi
Bir genomun ounu ya da tmn ifade
eden klonlanm DNA fragmentlerini ieren
konak hcreler kolleksiyonu
Gen lokusu
Bir genin kromozomdaki yeri
Gen mutasyonu
Bir protein rnnde deiiklikle
sonulanabilecek, genin nukleotid
dizisindeki kk lekli deiim
Genetik bozukluk
Birinin genetik materyalindeki kaltsal
arzadr; ciddi salk sorunlarna neden
olabilir
Genetik kod
DNA daki (daha sonra mRNAdaki) l
nkleotidler (kodonlar) ve kendilerine zg
amino asitleri balayp ribozoma tayan
tRNAlarn l nkleotidleri (antikodon) ile
kodonlar arasndaki baz ifti oluumu ve
polipetid zinciri yapm ile sonulanan
olaylar dizisini tanmlamak iin kullanlan
terim
256
Hidrofobik madde
Suda znmeye direnli polar olmayan
molekl(ya ve petrol gibi)
Hidrojen ba
Kovalent bala bal hidrojen atomu ile
negatif ykl farkl bir atom (rnein;
oksijen, flor ya da azot) arasndaki
molekller etkileim (r. Iki su molekl
biri birine hidrojen ba ile balanr)
Hidroliz
Bir molekln paraland enzimatik bir
krlma reaksiyonudur ve suyun bileenleri
(OH- ve H+ ) fragmentlerin her birine
balanr
Hidrolojik dng
Gne enerjisi yardm ile suyun
okyanuslardan atmosfere buharlamas,
yamur olarak topraa yamas ve ordan da
tekrar deniz ve okyanus gibi su ortamlarna
geri dnmesi ile sonulanan su dngs
Hipertonik zelti
ki solsyondan veya svdan daha yksek
znen konsantrasyonuna sahip olan
Haploid say
Trn karekteristik kromozom tiplerinden
her birinin bir adet bulunmas
Hem grubu
Oksijeni tersinir balayan demir ieren
fonksiyonel grup
Hipotonik zelti
ki solsyondan veya svdan daha dk
znen konsantrasyonuna sahip olan
Hemoglobin
Krmz kan hcrelerindeki solunum
proteini; drt polipeptid zinciri ve drt hem
grubundan oluur
Histamin
Bir immn cevap srasnda mast hcreleri
tarafndan salnan kimyasal; yang ve dier
alerji belirtilerine katkda bulunur
Heterotrof
Organik bileiklerini kendisi yapamayan
organizma; ototroflarla, dier
heterotroflarla ya da organik atklarla
beslenirler
Homeostasis
Hcre aktiviteleri iin i evrenin kimyasal
ve fiziksel ynlerden uygun iinde
bulunmas
257
TERMLER
Homeotik gen
Temel genlerin snfndan biridir;
embriyonik geliim boyunca vcut
ksmlarnn belirlenmesine yardm eder.
Homolog kromozom
Kromozomlarn iftinden biri; boyut, ekil
ve gen dizileri ayndr, her biri farkl bir
ebeveynden kaltsal olarak geer. Farkl
eey kromozomlar da homolog olarak
dnlr
Horizontal gen transferi
Konjugasyon ya da dier ilemlerle ayn
veya farkl hcreler arasnda genetik
materyalin hareketi
Hormon
Vcudun bir ksmnda oluturulan, dier
ksmnn zerinde rol oynayan kimyasal
sinyal molekl; Hayvanlarda endokrin
bezlerin, endokrin hcrelerin ya da
nronlarn bir rndr. Bitkilerde primer
srgn ya da kk hcrelerinin bir rn
Hcre
Kendi kendine oalabilen ve canl kalma
yeteneindeki en kk canl birim
Hcre d sv
ou hayvanda svnn hepsi hcrelerde
bulunmaz; plazma (kann sv ksm) art
dokular arasndaki svy ifade eder
Hcre dngs
Bir hcre blnmesinden dierine
gerekleen olaylar dizisi. Bir dngy
interfaz, mitoz ve sitoplazmik blnme
oluturur
Hcre duvar
ou hcrenin plazma membrann kuatan
yar sert, geirgen bir yap: hcrelerin
eklini ve biri biriyle olan ilikilerinin
korunmasna yardm eder
Hcre farkllamas
Hcre soylarnn seici olarak aktive olan
genlerle yap ve fonksiyonda zellemye
gitmeleri
258
Kalsiyum pompas
Kalsiyum iyonlar iin zel olan membrana
bal aktif tayc protein
Kanser
Kt huylu hcre oluumu: anormal ekilde
blnen hcre kitlesidir ve vcutta
yaylabilir
Karbon dngs
Karbonun atmosferden besin alarna,
okyanus sularna, kayalara ve tekrar
atmosfere dnme hareketi
Karde kromatidler
Mayoz yada mitozda birbirinden ayrlana
kadar sentromere bal iki zde DNA (ve
bal proteinlerden meydana gelen) yapdr;
daha sonra her biri ayr bir kromozom olur
Karde olmayan kromatidler
ki homolog kromozmun kromatidleri.
Mayoz srasnda krossingover bu
kromatidler arasnda olur
Karotenoid Krmzdan sarya yardmc
pigment
Katabolizma
Daha kompleks bileiklerin daha basit
maddelere paralanmas. Ekzergonik
tabiatl olan bu reaksiyonlar sonucu enerji
(ATP) aa kar
Kemoreseptr
Kimyasal uyarclara cevap veren reseptr
Kemotaksin
Hayvanlarda fagositik beyaz kan hcrelerini
cezbeden kimyasal bir sinyal
Kilokalori (kcal)
Bin kalori s enerjisi. Bir kilogram suyun
scakln 1 oC arttrmak iin gerekli olan s
enerjisi. Besinlerin enerji ieriinin
llmesinde standart birim (1 cal= 4.2
joule)
259
TERMLER
Kimyasal ba
ki yada daha fazla atom ya da iyonun
elektron yaplar arasndaki bir birlik
Koryon
Baz memelilerde plesentann bir paras
olan d embriyonik membran
Kimyasal denge
Tersinir bir kimyasal reaksiyonun kararl
kalmasnda girenlerin ve rnlerin
konsantrasyonlarndaki durum
Kovalent ba
ki atom arasndaki bir yada daha fazla
elektronun paylam
Kimyasal sinaps
Bir presinaptik nron ve bir postsinaptik
hcre arasndaki ince yarktr.
Nrotransmitter molekller burdan karya
difze olur
Klonlama vektr
ine eklenen yabanc DNA ile birlikte bir
konak hcrede replike olabilen DNA
molekl
Klorofil a Esas fotosentetik pigmentt
Kloroplast
Bitkilerde ve birok protistte fotosentez
oganeli
Kodon
Bir aminoasiti kodlayan yada translasyonu
durdurucu yada balatc sinyal olarak grev
yapan bir mRNA ipliindeki l baz dizisi
Koenzim
Bir enzimatik reaksiyona katlan ve
reaksiyon srasnda tersinir olarak modifiye
olabilen kk molekl
Kohezyon (yapkanlk)
Basn (gerilme) altna krlmalara kar
koyma kapasitesi
Kk hcre
Saysz blnebilen farkllamam hayvan
hcresi; farkllaan yavru hcrelerin bir
ksm zellemi hcre tiplerine
farkllaabilir
Kortizol
Adrenal korteks hormonu: Gkukozun
dzenlenmesinde ve strese cevapte rol
oynar
Kreatin fosfat
Kas hcrelerinin enerji kayna: ATPden
ADP ye fosfat transfer eder
Krebs dngs
Piruvatn CO2 ve H2Oya paraland
oksijenli solunumun ikinci aamasdr. Bir
glkoz 2 piruvata dntnden Krebs iki
kez tekrar der ve sonuta 2 ATP, 6 NADH ve
2 FADH2 oluur. karyotlarda mitokondride,
prokaryotlarda sitoplazmada oluur.
Oksijensiz artlarda gereklemez
Kromatin
Bir ekirdekte tm DNA moleklleri ve ona
bal proteinlerin meydana getirdii yap
Kromozom
Bir DNA molekl ve proteinlerin
birleiminden oluan youn yap
Krossing over
Mayozun profaz 1 eversinde homolog
kromozom iftinin karde olmayan iki
kromatidi arasndaki segmentlerin karlkl
deiimi: yeni alel bileimleriyle sonulanr
Ksantofil
Sar-turuncu karotenoid. Yardmc bir
pigment
Ksilem
Vaskler bitkilerde, suyu ve znm
maddeleri hcre duvarlaryla birbirine bal
borular araclyla tayan kompleks ancak
ergenlikte l olan doku
Ktle numaras
Bir atomun ekirdeindeki proton ve
ntronlarn toplam
260
Mast hcresi
Yang ve alerjilerde rol olan histamin
salglayan beyaz kan hcreleri
Laktat fermantasyonu
ATP oluumunun oksijensiz yoludur.
Glikolizden gelen piruvat karbonlu
laktata dntrlr ve NAD+ yenilenir. Yani
piruvat NADHtaki protonu alarak laktik
asite dedklenir ve NAD+ yeniden ortaya
karak glikolizi mmkn klar. Bu nedenle
glikoliz hem oksijenli ve hem de oksijensiz
artlarda gerekleir. Net enerji kazanc: 2
ATPdir
Mayoz
Bir ana hcrenin diploid (2n) kromozom
saysn haploid (n) sayya eviren blnme
eidi. Bu blnme ile hayvanlardaki
gametler (sperm ve yumurta), bitkilerde ise
sporlar oluur
Melanin
nsan derisini ultraviyole radyasyondan
koruyan kahverengimsi-siyah pigment.
Tirozin amino asitinden yaplr
Mesajc RNA (mRNA)
mRNA. Gen transkripsiyonunun tek zincir
RNA rn; Ribozoma balanr ve protein
kodlar
Metabolik yol
Enzim aracl ile olan ve hcrelerin
yaplmasndan hcrelerde madde ykmna
kadar olan bir seri reksiyon dizisi
Metabolizma
Tm kontroll, hcrelrin enerji salama ve
kullanma, maddeleri depolama, paralama
ve bertaraf etmekten sorumlu enzimlerle
gerekleen kimyasal reaksiyonlarn tm
Mikroflament
Sitoplazmik iskelet elementi; Aktin
altbirimlerinden oluur. Hareket ve
hcrelerin yapsal btnlyle ilgilidir
Mikrotbl
Sitoplazmik iskelet elementi; Tubulin
altbirimlerinden oluur. Hcre ekli,
byme ve harketine katkda bulunur.
iplikiklerinin yapan protein
Mineral
Doal jeolojik olaylar sonucu olumu bir
element veya inorganik bileik; birou
normal metabolik fonksiyon iin gereklidir
261
TERMLER
Mitokondri
ATP oluturma organeli. oksijenli
solunumda solunumun ikinci (Krebs
dngs) ve nc aamas (ETZ)nn
getii organel
Mitoz
Ana kromozom saysnn yavrusunda
korunduu blnme ekli; Byme, doku
tamiri ve sklkla karyotlarn eeysiz
remesinin temelini oluturur
Miyofibril
Bir iskelet kas lifi iindeki iplik benzeri
apraz bal yaplar
Miyoglobin
Kalp ve iskelet kas hcrelerinde bol
bulunan bir solunum proteini
Miyozin
Bir sarkomerin kaln filamentlerini
oluturan motor protein
Molekl
Ayn ya da farkl elementlerin kimyasal
balarla baland iki ya da daha fazla
atomdur (r, H2O, O2 gibi kk molekller
olabilecei gibi bir DNA zinciri de bir
molekldr)
Monosakkarit
Oligosakkarit ya da polisakkaritlerin temel
bileenleri olan basit ekerler (rnein;
glukoz)
Motor nron
Sinyalleri merkezi sinir sisteminden kaslara
ya da salg bezi hcrelerine yayan nronlar
Motor protein
Hcre hareketinde rol olan mikrotbller
ya da mikrofilametlerle birlemi protein
(r, aktin, miyozin)
Mum (vax)
Uzun zincirli alkoller ya da karbon
halkalarna bal uzun zincirli ya
asitlerinden oluan lipid
Mutasyon
DNA daki kaltsal deiiklik
NAD+
Nikotinamdi adenin dinukleotit. Bir
nukleotid koenzim; ndirgenmi formu
NADH
Nakavt (knock-out) deneyi
Bir genin fonksiyonunu almak iin
canldan o geni ya karp almay ya da
ekspresyonunu tamamen durdurmay
salayan almalar
Negatif geri bildirim mekanizmas
Deiimi tersine eviren baz aktivite
tetikleyicilerine verilen cevap sonucu
deien bir durumdaki homeostatik bir
mekanizma
Negatif kontrol
Gen ekspresyonunda transkripsiyonu ya da
translasyonu durduran ya da yavalatan
dzenleyici proteinlerin yapt i
Neoplazm
Byme ve blnme zerine olan kontroln
kaybolmas sonucu oluan hcre kitlesi
(tmr)
Nitrifikasyon
Toprak bakterileri tarafndan amonyan
nitrata dnm
Nrotransmitter
Bir nronun aksonunun ular tarafndan
salnan sinyal molekl
Ntrofil
beyaz kan hcrelerinin en ok bulunan bir
tipi; patojenleri yutar ve yangya kar
cepata rol oynarlar
Ntron
Bir atomun ekirdeinde bulunan ktleye
sahip fakat yksz sub-atomik para
Nuklear zar
karyotlarn ekirdeini evreleyen ift
katmanl lipid membran
262
Nukleik asit
Fosfat gruplaryla biri birine bal
nukleotidlerden olumu tek ya da ift iplikli
molekl (DNA, RNA)
Nukleik asit hibridizasyonu
Farkl kkenlerden gelen DNA ya da RNAlar
arasndaki komplementer baz ifti olumas
Nukleoid
Bakteri hcrelerinde fiziksel olarak organize
olmu fakat bir membranla sitoplazmadan
ayrlmayan DNA blgesi
Nukleotid
Be karbonlu bir eker, bir azotlu baz ve bir
fosfat grubu ieren kk organik bileik
(DNA veya RNAnn yap birimleri)
Nukleozom
Histon proteinleri etrafna sarl olan
karyotik DNAnn kk bir ksm
Operatr
Operonun bir paras; Dzenleyici bir
protein iin balanma blgesi
operon
Birden fazla bakteri genini kontrol altnda
tutan promotor-operator dizisi
Organel
karyotik sitoplazmada membranla sarl
oluumlar; bir ya da daha fazla zel
metabolik fonksiyonlar yerine getirirler
Organik bileik
Karbon ve hidrojen ieren molekl; ayrca
oksijen, azot ve dier elementleri de
ierebilir
Osmoz
Seici geirgen bir membranla ayrlan iki
blge arasnda suyun difzyonu
Nukleus
karyotik bir hcrede DNAy fiziksel olarak
sitoplazmadan ayran organel
Oksidasyon-redksiyon reaksiyonu
(redoks reaksiyonu)
Elektronlarn reaktan moleklleri
arasndaki transferi
Ototrof
Bir evresel enerji (r gne ve su)
kayna ve CO2 in karbonunu kullanarak
kendi besinini yapan bir organizmadr
Oksijenli solunum
ATP oluturmann oksijen baml yoludur.
Burada glukoz glikoliz, Krebs dngs ve
elektron tanma fosforilasyonunu ieren
eitli admlarla CO2 ve H2Oya kadar
paralanr. Tipik net kazan: 36 ATPdir
Otozom
Bir trn diisinde ve erkeinde ayn olan
herhangi bir tip kromozom
Ovaryum (yumurtalk)
iekli bitkilerde, bir ya da daha fazla
karpelin genilemi taban. ou hayvanda,
yumurtay oluturan dii gonad
Ovulasyon
Ar LH salnm ile inklenen ovaryumdan
sekonder oositin salnmas
Oksitosin
Arka hipofiz (putiatr) hormonu; Laktasyon
ve hamilelikten sonra uterusun daralmasna
neden olur. Ayrca baz memelilerde sosyal
davran etkiler
Oosit
Olgunlamam yumurta
Ovum
Olgunlam sekonder oosit; olgunlam
yumurta
263
TERMLER
Ozmotik basn
Suyun seici geirgen bir membran boyunca
bir hcre iine veya kapal bir blgeye
difzyonuna kar koyan hidrostatik basn
karyotlar
karyotik (ekirdekli) hcreler; tm
protistalar, bitkiler, mantarlar ve hayvanlar
strojen
Yumurtalardan salnan kadn eey
hormonudur; oositlerin olgunlamasna
yardm eder, hamilelik iin dl yata
astarn hazrlar, sekonder eey zellikleri
kazandrr, bymeyi ve gelimeyi etkiler
Pankreatik adack
Pankreasn endokrin hcrelerinin iki milyon
ya da daha ok kmelerinden herhangi biri
Paratiroid bezi
Drt endokrin bezinden biri; salglanmas
kandaki kalsiyum seviyesinin artmasna
neden olur
Pasif tama
Bir znenin bir hcre membranndan
karya tayc proteinlerin vastasyla
difzyonu
PCR
Polimeraz zincir reaksiyonu. Spesifik DNA
fragmentlerinin saysn hzl bi ekilde
oaltan bir metot
Peptid hormonu
Bir hormon olarak rol oynayan ksa amino
asit zinciri
Peroksizom
Amino asit ve ya asitlerini hidrojen
peroksite ykan enzimle dolu keseciktir.
Hidrojen peroksit daha sonra zararsz
rnlere dntrlr
pH lei
Kan, su ve dier zeltilerin H+
konsantrasyonlarnn (asidite) lmdr.
pH=7 ntrdr.
Pigment
I absorbe eden herhangi bir molekl
Piruvat
Glikolizin son rn olarak oluan
karbonlu bileik; metabolize edilen her
glukoz molekl bana iki molekl piruvat
oluur
Plasenta
Endometriyal doku ve ekstraembriyonik
membrandan oluan organ. kisi arasndaki
kan dolamnn ayr olmasn salarken,
hamile anne ile fetusu arasndaki
maddelerin deiimine izin verir
Plazma
Kann sv ksm; iyonlar, proteinler,
ekerler, gazlar ve dier maddelerin
znd byk ksm su olan kann sv
ksm
Plazma membran (hcre zar)
Hcrenin en dtaki membran; hcreyi
evreleyen sv ve sitoplazma arasndaki
yapsal ve fonksiyonel snr
Plazmid
zellikle antibiyotiklere direnli zerinde
bir ka gen tayan kk dairesel bakteriyel
DNA molekl. Bakteri kromozomundan
bamsz olarak replike olur
Pleotropi
Tek bir gen lokusundaki alellerle ortaya
kan iki ya da daha fazla karakter zerinde
pozitif ya da negatif etki
Polar cisim
Omurgallarda, bir oositin mayoz hcre
blnmesiyle oluan drt hcreden ovuma
dnmeyeni
Polipeptid zinciri
Peptid balaryla balanan ya da daha
fazla aminoasitten oluan zincir
Poliploidi
Bir trn karekteristik kromozom tipinden
yada daha fazlasna sahip olmas durumu
264
Promotor
RNA polimerazn balanp transkripsiyonu
balatt dzeneyici blge
Protein
Bir ya da daha fazla polipeptid zincirinin
katlanp bir araya gelip boyutlu bir yap
oluturduu organik bileik
Protist
Protista aleminin tmn iinde tutan
genellikle tek hcreli karyotlar
Proton
Atomun ekirdeinde bulunan pozitif ykl
sub-atomik parack
Proto-onkogen
Mutasyon ya da ar ifade olduunda
normal hcreleri kanser hcrelerine
dntren gen
Rekombinant DNA
zerinde birden ok organizmann genetik
materyalini tayan DNA molekl
Restriksiyon enzimi
ift zincirli DNAda belli nkleotid dizilerini
tanyan ve kesen bir protein
Revers transkriptaz
Bir RNA kalb kullanarak tek zincirli DNA
yapan enzim; RNA virslerinde
(retrovirsler) bulunur
Ribozom
Polipeptid zincirlerinin yapld yap. Tam
bir ribozom birka eit RNA ve 50 kadar
proteinden oluur. karyotlarda ribozom
bykl 80 S, prokaryotlarda 70 S
Ribozomal RNA
rRNA. Ribozomlarn yapsal ve fonksiyonel
RNA bileeni
RNA
Ribonkleik asit. Transkripsiyon,
translasyon ve katalizde rolleri olan tek
zincirli nkleik asitler
265
TERMLER
RNA dnyas
RNAnn hem protein ve hem de genetik
materyal olarak davranm olabileceini
ileri sren ilk hcrenin ortaya kmasndan
nceki zaman (yaklak 4 milyar yl ncesi)
RNA-polimeraz
Bir RNA ipliinin uzamas (transkripsiyon)
iin nkleotitlerin eklenmesini katalizleyen
enzim
Rubisco (Ribuloz-1,5-bifosfat
karboksilaz/oksigenaz= RuBP
RuBP karboksilaz. Karbon dioksitden bir
karbon atomunu RuBPe balanmasn
katalizleyen ve C3 fotosentetik yolunu
balatan enzimdir.
Safra
Yalarn sindirimi iin gerekli olan karacier
salgs
Sarkomer
skelet ve kalp kasnda kaslmann
(gerilmenin) temel birimi. Aktin ve miyozin
filamentleri arasndaki ATPninde
kullanld etkileimlerin bir sonucu olarak
kas kaslr
Seici geirgenlik
Bir hcre membrannn, belli zamanlarda ve
belli miktarlarda baz maddelerin gemesini
engelleme ve dierlerinin gemesine izin
verme kapasitesi
Seici gen ifadesi (ekspresyonu)
Transkripsiyon ve translasyonun kontroll
aktivasyon yada engellenmesi; hcreye
kimliinin kazanmasna nclk eder
Sekonder oosit
Ovulasyonda bir yumurtalktan salnmadan
nce mayoz Ii tamamlanm bir oosit.
Sentriol
Sil, kam ve i ipliklerinin organize edildii
organel
Sentromer
mikrotbllerinin baland kromozom
boumu
Sentrozom
Mikrotbllerin retildii hcre blgesi
Serbest radikal
En az bir ortaklanmam elektronu olan
yksek derecede reaktif molekl
Sitopazmik iskelet
karyotik bir hcreyi yapsal olarak
destekleyen, dzenleyen ve onun internal
yaplar ile berber hareketini salayan
birbirine bal protein filamentleri sistemi
Sitoplazma
Plazma membran ve nucleus (yada
nukleoid) arasndaki hcre paralar,
tanecikler ve yar sv maddelerin tm
Sitotoksik T hcresi
Kendi yzeyindeki belirteleriyle virsle
infekte olmu, kanserli ya da deiiklie
uram dier vcut hcrelerini etkileyip
ldren T lenfositler
Sv mozaik model
Bir hcre membrannn, lipid ve protein
ieriinin hareketi ve etkileimi sebebiyle
akc olmas
Siyanobakteriler
Devirsel olmayan fotosentez yaparak
oksijen reten bakter
Sodyum-potasyum pompas
Sodyum ve potasyum iyonlarn hcre
membranndan karya hareket ettiren aktif
tayc protein
Son rn inhibisyonu
Bir metabolik yolda son rnn hcresel
aktivitede bir deiime nede olmas; bu
deiimle aktivite yavalar veya durur
Sperm Olgun erkek gamet
Steroid hormone
Yada znen kolesterolden trevi hormon
266
Transfer-RNA
tRNA. Translasyon boyunca her bir mRNA
kodonuyla tadklar antikodonlarla
komplementer baz ifti oluturan ve
zerinde tadklar kendilerine zg amino
asiti ribozomdaki polipeptid ucuna
eklyenrek ribozomdan ayrlan serbest RNA
moleklleri (Crickin adaptr molekl)
Transkripsiyon
RNA sentezi; DNA kalb (gen) zerinden bir
bir RNA ipliinin yaplmas
Translasyon
Protein sentezi. Bir mRNA da kodlanan
bilgi, yeni bir polipeptid sentezi iin amino
asitlere rehberlik eder. Ribozomlarda
gerekleir
Translokasyon
Hcrelerden, molekler kayp olmakszn
yeni bir kromozomal yerleim iin DNAnn
pozisyon deitirebilen ksmdr. Vaskler
bitkilerde floem boyunca organik
bileiklerin datlmas
Transpirasyon
Bir bitkinin toprak stndeki ksmlarndan
suyun buharlaarak kaybdr.
Transpozon
Yer deitireblir (hareketli) genetik
element. Farkl bir yere kendiliinden ve
tesadfi olarak yer deitirebilen genomda
mutasyona neden olabilen bir DNA
parasdr
Trigliserit
Bir gliserol omurgasna balanan l ya
asidi kuyruuna sahip lipid
Trombosit (platelet)
Kanda dolaan hcre fragmenti; Pht
oluumunda rol oynar
Tmr
Yksek oranda anormal oranda blnen
hcrelerden oluan doku kitlesi. yi huylu
(benign) ise hcreler olduu yerde kalr.
Kt huyluysa (malignan) metastaz
267
TERMLER
(hareket yolu ile yaylma) olur ya da
vcudun yeni bir yerinde tumor oluturmak
iin hareket eder
Urasil
Nitrogen-containing base of a nucleotide of
RNA molecules. RNA molekllerinin azot
ieren baz. Adeninle baz ifti oluturabilir
re
Karacierde amonyak ve CO2den
oluturulan atk bir rndr; idrarla atlr.
Whler tarafndan 19. yyda baboratuvarda
sentezlenen ilk biyoorganik molekl.
Biyokimyann balangc olarak kabul edilir
Viroid Bitkilerde hastalk yapc kk RNA
partikl
Virs
Sadece bir konak hcreye girip onun
metabolizmasn yeniden dzenlediinde
kendi genetik materyalini oaltabilen ve
konaknn metabolik sistemini kerten
hcresel olmayan bulac bir ajan
Vitamin
Bir organizmann metabolizmas iin kk
miktarlarda gerekli fakat organizmann
kendisi tarafndan genellikle
sentezlenemeyen bir dzineden fazla
organik madde
Vitellus
Hayvan yumurtalarnda embriyoyu
besleyen protein ve lipidce zengin maddesi
X-kromozomu inaktivasyonu
Dii bir memelinin somatik hcrelerindeki X
kromozomlarndan birinin programlanm
inaktivasyonu veya younlamas
Ya Bir, iki, ya da ya asidi ile
esterlemi gliserol
Ya asidi
36 karbon atomuna kadar olanbilen bir
ucunda metil (-CH3) dier ucunda karboksil
(COOH) bulunduran organik bileik
Yardmc T hcre
Antijenin tannmasna cevapta B hcrelerini
ve dier T hcrelerini uyaran T
lenfositlerdir; tm immn cevaplarn nemli
bileeni
Y-bal gen Y kromozomu zerindeki gen
Yumurta Dii gamet
Yzey-hacim oran
Hacmin apn kp ile artmasna karn
yzey alannn apn karesi ile artmas
durumundaki fiziksel ilki. Bu nedenle hcre
boyutundaki art snrlanr ve hcre
blnmeye zorlanr
Zigot
Yeni bir bireyin ilk hcresi. bir yumurta
nukleusuyla bir sperm nukleusunun
birlemesiyle oluur, dllenmi yumurta
268
Yararlanlan kaynaklar
1. David L. Nelson and Michael M. Cox.
Lehninger Principles of Biochemistry,
3rd (1999) and 4th (2004) editions.
Worth Publishing
2. Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko
and Lubert Streyer. Biochemistry,
5th ed. (2004). W.H. Freeman and
Co.
3. Benjamin Lewin. Genes VIII, 2004.
Prentice Hall.
4. Harvey Lodish, Arnold Berk, Paul
Matsudaira, Chris A. Kaiser, Monty
Krieger, Matthew P. Scott, Lawrence
Zipursky and James Darnell.
Molecular Cell Biology, 5th ed.
(2003). W. H. Freeman & Co.
5. Bruce Alberts, ,Alexander Johnson,
Julian Lewis, Martin Raff, Keith
Roberts, and Peter Walter. Molecular
Biology of the Cell, 4th ed. (2002),
Garland Publishing.
6. Geoffrey L. Zubay. Biochemistry, 4th
ed. (1998). McGraw-Hill.
7. Thomas M. Devlin. Textbook of
Biochemistry With Clinical
Correlations, 4th Ed. (1997). Wiley
Co.
8. Marks' Basic Medical BiochemistryA Clinical Approach 2ed. 2004.
9. Biochemistry: The Molecular Basis
of Life, 3rd Edition Trudy McKee,
James R McKee, 2003.
10. HIRAM F. GILBERT, BASIC
CONCEPTS IN BIOCHEMISTRY: A
STUDENT'S
SURVIVAL GUIDE, 2ed. 2000.
269
Interdisciplinary Approach.
Daniel L. Gilbert, Carol A.
Colton, 1999
27. ahin A. SIRMALI, Histoloji ve
Embriyoloji Ders Notlar. Uluda
niversitesi Tp Fakltesi
Histoloji ve Embriyoloji ABD.
2003.
28. Marks' Basic Medical Biochemistry,
2e
29. Lehninger Principles of
Biochemistry-2004
30. Campbell Biochemistry-1999
31. Molecular Cell Biology Lodish 5th Ed
32. Biochemistry-Lubert Stryer 5ed
International Version-2002
33. Biochemistry, by Voet & Voet, 3rd
edition
34. General,Organic and Biochemistry2003
35. SCHAUWS OUTLINE of THEORY
AND PROBLEMS of BIOCHEMISTRY1998
36. UCV Biochemistry-2001
nternet ortamndaki bir ok ilgili site.
270
Dizin
-adrenarjik reseptr, 106
-amilaz, 176
-amino butirik asit, 105
-dn, 73
-keratin, 73, 74
absorbans, 56
adenilat siklaz, 104
adipoz dokusu, 110
A-DNA, 164
adrenalin, 55
adrenarjik reseptr, 105
agranler endoplzmik retikulum, 25
aktif blge, 91
aktif transport, 112
Aktif transport, 22
AKTF TRANSPORT, 191
Aktif trasport, 187
aktivasyon enerjisi, 92
akuaporinler, 189
Alanin, 53
aldoheksoz, 166
aldosteron, 102
aldoz, 166
alfa-heliks, 70
alifatik amino asitler, 53
allosterik enzim, 93
allosterik etkileim, 76
amfipatik, 3, 111
amfolit, 58
amfoter, 58
amilopektin, 174
amiloz, 174
Amino asitler, 51
androjen, 102
Anomer, 51
antagonist, 101
antioksidan, 120
antiport, 112
Antiport, 191
apoenzim, 91
arginin, 55
asidik amino asitler, 54
asimetrik karbon, 51
Asparagin, 54
aspartam, 173
Aspartik asit, 54
ATP, 45
Avagadro says, 7
avidin, 123
B1 vitamini, 121
B6 vitamini, 123
Bakr, 128, 143
Barr cismi, 28
bazal metabolik oran, 103
bazik amino asitler, 55
B-DNA, 163
beriberi hastal, 122
biotin, 123
bradikinin, 64
Brnsted asid-baz kuram, 5
C vitamini, 125
Ca+2-ATPaz, 191
cAMP, 104
cis durum, 114
Cis-trans izomerizm, 51
ekirdek, 26
ekirdekik, 28
inko, 129, 143
D vitamini, 103
Dalton, 7
dekstran, 178
dekstrin, 178
dekstroz, 166
Demir, 128, 143
denaturasyon, 150
deoksiribonkleik asit, 150
desmozin, 57
difosfogliserat, 76
dinein, 21
dinorfin, 106
dipeptid, 63
Dislfit balar, 54
DNA hasar teorisi, 145
dolikol, 121
E vitamini, 121
efektr molekl, 93
ekzergonik, 3
elastin, 73, 75
271
GABA, 105
gap balantlar, 190
genom, 157
Geometrik izomer, 48
GERL, 29
glikojen, 173
GLKOLPD, 178
glikoprotein, 178
glikoproteinler, 69
glikoziltransferaz, 29
Glioksizom, 31
gliserofosfolipid, 111
Glisin, 53
globler proteinler, 69
Globler proteinler, 75
glukagon, 63, 104
Glukokortikoid, 102
glukorinik asit, 176
glukoz transporteri, 190
glukozaminoglikan, 176
glutamik asit, 54
glutamin, 54
Glutatyon, 63, 142
glutatyon peroksidaz, 121, 132
Glutatyon Redktaz (GSH-R), 140
Golgi kompleksi, 28
Gprotein, 23
G-proteinleri, 105
granler endoplzmik retikulum, 24
HDL, 116
hemiasetal, 167
hemiketall, 167
Hemoglobin, 76
Henderson-Hasselbalch Eitlii, 5
Heparan slfat, 177
heterokromatin, 27
hidrofobik, 3
hidrofobik etkileim, 50
hidrojen ba, 1
Hidrojen ba, 50
hidroksilizin, 57
hidroksiprolin, 57
Histidin, 55
histon, 27
hiyaluronik asit, 176
holoenzim, 91
272
kitin, 168
Klor, 128
Kloroplast, 34
kobalamin, 124
Kobalt, 128
koenzim, 90
koenzim Q, 121
kofaktr, 90
Kolaylatrlm difuzyon, 112
Kolaylatrlm difzyon, 22, 187
kolinerjik sistem, 117
kollesterol, 102
kollestrol, 115
kollojen, 73
Kolisin, 19
Kondroitin slfat, 177
konjuge proteinler, 69
konneksin, 190
konnekzon, 190
kooperatif, 76
kortizol, 102
kortizon, 102
kovalent ba, 41
kovalent balar, 46
Kk Hcreler, 35
Krom, 129
ksenobiyotik, 25
Kuarterner yap, 71
laktoz, 172
lanolin, 110
LDL, 116
L-DOPA, 55
levuloz, 168
ligand, 22, 75
Ligand-duyarl kanallar, 189
Lineweaver-Burk erisi, 95
lipaz, 114
Lipidler, 44
lipoprotein, 69, 116
Lizin, 55
lizofosfolipid, 113
lizozim, 89, 176
Lizozom, 30
lsin, 53
Magnezyum, 128
makro (bol) elementler, 127
273
Maltoz, 172
Mangan, 128, 143
Mekanik-duyarl kanallar, 189
melatonin, 55, 148
membran potansiyeli, 186
metabolik su, 3
metalloflavoproteinler, 122
metalloprotein, 69
metillizin, 57
metionin, 53
mikroelementler, 127
Mikrofilamentler, 19
Mikrotbller, 19
Mikrozomlar, 29
Mitokondri, 31
Mitokondrial DNA teorisi, 146
mitoz, 28
Miyoglobin, 77
miyozin, 77
Molarite, 7
molekler aktivite, 95
Molibden, 129
mukopolisakkarid, 176
multipotent, 35
mutarotasyon, 168
Na+/K+- ATPaz, 191
Na+K+pompas, 192
N-asetilglukozamin, 176
N-asetilmuramik asit, 176
Neksin, 21
niasin, 123
niasta, 173
nitrik oksid, 105
noradrenalin, 55
norepinefrin, 55
Normalite, 7
Nukleus, 26
Nkleer Manyetik Rezonans, 79
Nkleik asitler, 45
Nkleolus, 28
nkleoporin, 27
nkleotid, 150
Nkleotidler, 153
nkleozom, 27
Oksidatif stres, 133
oligopeptid, 63
sitoplazmik iskelet, 18
sitrullin, 57
Sodyum, 128
Solsyon, 7
somatostatin, 64
Spektrofotometri, 78
stereoizomer, 51
Stereoizomer, 51
streptavidin, 123
substrat, 75, 91
skroz, 172
Slfr, 129
speroksit dismutaz, 132
Speroksit Dismtaz (SOD), 139
aperon, 117
elatr, 54
Telomer teorisi, 147
Tersiyer yap, 71
tetrahedron, 49
Tiamin, 121
tiroid hormonlar, 103
tirozin, 55
Tokoferol, 121
tranferrin, 120
trans durum, 114
tranzisyon noktas, 92
treonin, 54
triacilgliserol, 109
trigliserid, 109
tripeptid, 63
tripsin, 89
triptofan, 55
trombin, 121
tropokollogen, 74
Tropomiyozin, 75
turnover says, 95
tblin, 19
ubikinon, 121
uniport, 112
Uniprt, 191
nite (U) enzim, 92
Vakuol, 31
Valin, 53
Valinomaysin, 188
van der Waals kuvvetleri, 50
vazopressin, 64, 104
275
Vinblastin, 19
Vitamin A, 119, 142
Vitamin B12, 124
Vitamin C, 141
Vitamin D, 120
Vitamin E, 141
Vitamin K, 121
VLDL, 116
276
277