Diversidad Gentica y Mtodos de Anlisis

Por qu es importante la diversidad gentica?

La diversidad gentica alta aumenta el potencial evolutivo de una poblacin. Las

poblaciones con baja diversidad gentica no pueden evolucionar rpidamente en
respuesta a los cambios ambientales.
Baja diversidad gentica est asociada con la endogamia y la disminucin aptitud
reproductiva que puede conducir a la extincin.
Baja diversidad gentica de especies disminuye la diversidad global del ecosistema.
Cuando la diversidad del ecosistema es baja, los ecosistemas son menos capaces de
entregar "Servicios" como la regulacin del clima, el ciclo de nutrientes, etc.

La diversidad gentica es la variedad de alelos y genotipos presente en una poblacin (o de una

especie)
Trminos ms utilizados para describir la diversidad gentica (vase el cuadro 3.1):

Proporcin de loci polimrficos (P) - Nmero de loci polimrficos / total de loci

muestreados
Heterocigosidad observada (Ho) - Proporcin de individuos heterocigticos en un locus
Heterocigosidad promedio (H) - Promedio de heterocigosis observada durante varios loci
Diversidad de alelos (A) - Nmero promedio de alelos por locus

Las especies amenazadas tienen la diversidad gentica significativamente menor

Las especies amenazadas tienen diversidad gentica significativamente menor

Heterocigosidad promedio (H) de especies no amenazadas son tpicamente en el rango de
0,6 a 0,8.
Las especies amenazadas, en promedio, tienen slo el 65% de la gentica diversidad de
especies no amenazadas (medido por medio heterocigosidad).

Baja diversidad gentica en las poblaciones con cuello de botella

Las poblaciones que se han sometido a un cuello de botella, tienen muy poca diversidad gentica
incluso despus de la poblacin se ha recuperado a nmeros muy grandes.
El elefante marino del Norte se recuper a una poblacin de ~ 175 000 de un cuello de botella de
20 a 30 personas, pero no tiene la diversidad gentica en algunos loci y muy poco en los dems
Extent of Genetic Diversity
La divisin de la abundante diversidad gentica del lobo ancestral en modernas razas de perros (a
travs de la seleccin artificial) muestra la cantidad de variacin gentica que puede ser
"almacenada" en especies. Y las especies de vertebrados, como el lobo, tienen menos diversidad
gentica que otros taxones.

Locations of genetic diversity in the genome

La mayor variacin gentica se produce en las regiones no codificantes (intrones y regiones
intergnicas) o como "mutaciones silenciosas" en la tercera posicin de los codones (que no
cambian la codificada cido amino). Exon (secuencias de codificacin) son generalmente muy
altamente conservados dentro de una especie.
SNP (polimorfismo de un solo nucletido) la diversidad
SNPs se producen alrededor de 1 de cada 1.000 bases en los seres humanos. El 96% de todos los
SNPs en los seres humanos se encuentran en regiones no codificantes, slo el 4% en las regiones
de codificacin y 70% de los SNPs en las regiones de codificacin son mutaciones en silencio o en
los codones que se encuentran bajo muy dbil seleccin natural.
Medicin de la diversidad gentica a nivel de protenas
Anlisis de aloenzimas
Los primeros trabajadores de la gentica de conservacin utilizados allozyme (y isoenzima) anlisis
antes el desarrollo de tcnicas de anlisis de ADN, y todava se utiliza en algunas aplicaciones. Los
trminos allozyme y isoenzima son a menudo utilizan indistintamente, ya que son variaciones
estructurales de las enzimas que tienen la misma actividad - pero hay una diferencia. Las
isoenzimas estn codificadas por diferentes alelos de el mismo lugar mientras isoenzimas son
evolutivamente enzimas relacionadas que estn codificados por diferentes loci (que surgi de la
duplicacin de genes y mutaciones.Algunas mutaciones alteran la carga caractersticas de la
enzima. Para ejemplo, un nico punto de mutacin puede causar un cido asprtico (negativo
carga) para ser sustituido por un neutral glicina (vase el recuadro 3.2, pgina 47). Allozymes /
isoenzimas con diferente cargos pueden ser separados por gel de electroforesis foresis y se
visualizaron por tincin para su actividad enzimtica. Las isoenzimas alcohol deshidrogenasa del
locus ADH-1 son enzimas monomricos que se codifican ya sea por el S (lento) o alelo F (rpido). El
alelo F se carga ms negativa y migra ms rpido a travs del gel
Las subunidades allozyme producen a partir de los ADH-2 locus producen una enzima dimrica,
por lo que tres combinaciones electroforticos son posibles en el estado heterocigtico V
Ventajas - marcadores codominantes (heterocigotos se pueden detectar)
Desventajas

Requiere de muestreo invasivo (sangre, tejido orgnico fresco)

Las muestras debern congelarse inmediatamente o almacenadas en hielo (o enzimas
perdern actividad)
Detecta Slo alelos donde las mutaciones han alterado cargo de enzima (no tan sensible
como mtodos de ADN)
Medicin de la diversidad gentica a nivel del ADN

mtodos multilocus (se utiliza cuando no hay informacin acerca de loci especficos)

RAPD: A corto (10 bases), secuencia aleatoria Cebador de PCR se une a mltiples aleatoria ADN
loci por todo el genoma Si dos molculas de cebador se unen en hebras de ADN opuestas dentro
100-2000 pares de bases de la otra, que puedenamplificar ese locus. Por lo general, 10-50 locise
amplifican por imprimacin. Las mutaciones (polimorfismos) en diferentes individuos evitarn
imprimacin vinculante en algunos sitios.
La ausencia de una banda = alelo recesivo; la presencia de una banda = alelo dominante.

Ventajas:

Sin conocimiento previo del genoma necesaria

Simple, rpido y barato

Desventajas

Marcadores dominantes (no se puede distinguir entre homocigoto estado dominante y

heterocigotos)
Perfiles altamente dependiente de reaccin condiciones y no siempre reproducible

Comparando divergencia gentica en dos poblaciones de pill bug en fragmentado poblaciones

mediante anlisis RAPD
Homor et al. (2003) han encontrado diferencias genticas significativas entre dos poblaciones de
cochinilla que haban sido separados unos de otros por 150 aos por un campo de cultivo de 5 km
que impidi el flujo de la migracin y de genes entre los dos.
Amplified Fragment Longitud polimorfismo (AFLP)

El ADN genmico se corta con dos restriccin enzimas para producir muchos fragmentos.
Los engarces se ligan a cada extremo. cada enlazador tiene una secuencia de cebador de
PCR conocido. Si todos los fragmentos de restriccin ligados fueron amplificados, no
habra demasiados Fragmentos de PCR para separar por electroforesis, as cebadores con
una base aleatoria extra en su 3 'extremos se utilizan para "preamplificar". esto slo
amplifica una subpoblacin de la restriccin fragmentos.

Una segunda ronda de amplificacin "selectiva" se hace utilizando cebadores con dos ms
bases aleatorias en los extremos 3 '. esta PCR reduce el nmero de fragmentos
amplificados an ms.

Ventajas

- Sin conocimiento previo del genoma necesario

- Ms reproducible que la tcnica RAPD

Desventajas

Marcadores dominantes (no se puede distinguir entre homocigotos estado dominante y

heterocigotos)
Proceso de mltiples pasos
Ms caro que el AFLP se utiliz para detectar la hibridacin y la introgresin gentica entre
sub-especies amenazadas y no amenazadas Haig et al. (2004) utilizaron anlisis AFLP para
detectar los hbridos entre la amenaza del Norte bho manchado y el bho barradol
anlisis RAPD

Mtodos Single-locus (se utiliza cuando la informacin de secuencia es conocida por nica loci)

Secuencias Simples Repetidas (SSR). Tambin llamado Short Tandem Repeticiones (STR) o
microsatlites
Secuencias cortas (1-6 pb) en regiones no codificantes pueden existir como alelos de
diferentes unidades de repeticin.
El ejemplo muestra tres alelos de un dinucleotide repetir: (CA11, (CA) 13 y (CA) 16 Si las
secuencias de acompaamiento son conocidos, cebadores de PCR pueden ser diseado. el
amplificado productos pueden ser separados por poliacrilamida o capilar electroforesis

SSR analysis examples

Modelos de la repeticin
A. Dinucleotide. Bandas menores se deben a "tartamudeo" causado por la ADN polimerasa a
veces falta una o dos unidades de repeticin durante la PCR. Tartamudeo es comn en
repeticiones de dinucletidos
B. Los alelos de SSR con unidades de repeticin ms grandes se separan ms fcilmente y no
tienen problemas de tartamudeo Nota los homocigotos (1 grupo) y heterocigotos (2 bandas)
individuos.
C. Electroforesis capilar con deteccin fluorescente ahora se utiliza comnmente para SSR
genotipado.
Ventajas
- A menudo altos niveles de diversidad gentica (muchos alelos)
- Marcadores-Co dominante (pueden detectar heterocigotos)

- SSR cebadores de una especie a menudo pueden utilizarse para amplificar el mismo locus en
una especie relacionada
- Saber analizar varios loci SSR a la vez por capilaridad
fluorescente de color cebadores ("multiplexacin")

electroforesis utilizando diferentes

Desventajas
- Tiempo muy lento y costoso para aislar, caracterizar y detectar polimrficos loci SSR

- Resolucin de las diferencias de tamao entre menore alelos requiere mucho tiempo de
poliacrilamida electroforesis capilar o caro electroforesis
Anlisis de microsatlites revela la diversidad gentica menor en poblaciones del sur de secoyas
costeras de California Hay significativamente menos diversidad en un locus de microsatlites en el
sur de cloroplasto poblaciones de secuoyas que tienen poblaciones ms pequeas y los incendios
ms frecuentes (Brinegar 2012).
Secuenciacin de ADN
Fluorescente automatizada de secuenciacin de Sanger de producto de PCR
Sitios polimrficos se pueden detectar como homocigotos o heterocigotos.
Ambos polimorfismos de nucletido nico (SNP) y la insercin / mutaciones de delecin (indel)
pueden ser detectado y utilizado como polimrfica personajes.
Ventajas
- Detecta polimorfismo en el nivel ms bsico
- ($ 10.05 / muestra relativamente sencillo y barato
Desventajas
- Artefactos de secuenciacin (por ejemplo,
estructura secundaria)

Artefactos de secuenciacin de ADN comn estructura secundaria durante el nuevo

captulo de sntesis
Secuencia doble es causado por que tiene dos plantillas de ADN en el Reaccin de PCR
debido a la mezcla accidental de dos muestras de ADN o de amplificacin de duplicado y
divergido loci
Al igual que con los SSR, DNA polimerasa puede tartamudear durante la secuenciacin de
ADN cuando intenta copiar larga mononucleotide repite
Las concentraciones bajas de la plantilla puede hacer que sea difcil distinguir un pico real
del fondo

Algunos marcadores tienen una mayor polimorfismo, y por lo tanto una mayor diversidad allica y
heterocigosidad, que otros. Los microsatlites se han convertido en muy populares para los
marcadores esta razn.
ADN Organellar tiene ms polimorfismos
El ADN mitocondrial (ADNmt)
Pequeo, genoma haploide (16-17 kpb animales; 130-200 kpb en las plantas)
Herencia materna en la mayora de las especies
Varios genes de ARNt; rRNA genes; limitado nmero de genes de codificacin de protenas
Polimorfismo significativa en algunas regiones
CO1), pero no mucho en las plantas

en los animales (regin de control, gen

Se utiliza para la resolucin de las incertidumbres taxonmicas, definicin de las unidades de

gestin, el exame intraspecies variacin, y la comprensin especies biologa / reproduccin
(trazando lneas femeninas de descendencia)
Chloroplast DNA (cpDNA)

Genoma haploide (> 150 kpb) Muchos tRNA, rRNA, y la codificacin de protenas genes;
contiene dos repeticin invertida regiones (IRA e IRB) y pequeas grandes regiones solo
ejemplar (SSC, LSC)
Herencia materna en la mayora de las plantas, pero heredado del padre en la mayora
gimnospermas
Mayor tasa de mutacin de plantas mitocondrias, pero inferior a la de los animales
mitocondrias
Secuencias intergnicas (por ejemplo, trnL-TRNF) y algunos genes de codificacin de
protenas (por ejemplo matK utilizado para la clasificacin taxonmica - ms til para

intergnica / interespecfica estudios, pero a veces para intraespecfica (poblacin)

comparaciones.
Microsatlites cloroplasto (principalmente mono- repeticiones de nucletidos) han sido
tiles en algunos estudios