ANALISIS COMPUTACIONAL DE ALCALOIDES POR METODOS Semi Empricos (SE),

Teora del Funcional de la Densidad (DFT) Y Hartree Fock (HF)

RESUMEN

En el presente trabajo se le hicieron los clculos computacionales de optimizacin, frecuencia,

energa, superficie de energa potencial, espectros UV-vis y de Resonancia Magntica Nuclear a los
alcaloides VINBLASTINA; LOLINA; ACIDO ARISTOLCHICO; LACTMICOS DE
NICOTINA;
2,3,4-TRIHIDRONAFTALENO
y
8-(CARBAZOL-1-IL)-7,8DIHIDROBERBERINA. Los mtodos utilizados fueron: Semiemprico AM1-PM3, DFT y Hartree
Fock, los dos ltimos con el set de bases 6-311G con diferentes polarizaciones y con la correlacin
funcional de Becke y Lee-Yang-Parr (B3LYP). A partir de los datos obtenidos se hacen las
respectivas comparaciones con los datos experimentales obtenidos por los autores de los diferentes
artculos.

INTRODUCCIN

La qumica computacional es una disciplina que se extiende ms all de los limites tradicionales
que separan la qumica, la fsica, la biologa y la ciencia de la computacin, permitiendo la
investigacin de tomos, molculas y macromolculas mediante un sistema de ordenadores o
actualmente incluso con ordenador, cuando la investigacin de laboratorio sea inapropiada,
impracticable o imposible.

La qumica computacional incluye aspectos como:

El modelado molecular.
Los mtodos computacionales.
El diseo molecular asistido por ordenador.
Las bases de datos qumicas.
El diseo de sntesis orgnica.
La bsqueda de datos en bases qumicas.

Aunque hay distintas definiciones de qumica computacional quizs las mas apropiada sea la dada
por Lipkowitz y Boyd: Aquellos aspectos de la qumica que son explicados o realizados mediante
ordenadores.
Mientras el modelado molecular nos da un modelo en 2D o 3D de la estructura de una molcula y
sus propiedades, los mtodos computacionales calculan la estructura y los datos apropiados
necesarios para realizar el modelo.

Dicha disciplina abarca un amplio rango de mtodos matemticos que pueden dividirse en dos
grandes categoras:

La mecnica molecular: que aplica las leyes de la fsica clsica al ncleo molecular sin
considerar explcitamente a los electrones.
La mecnica cuntica: se basa en la ecuacin de Schrdinger para describir una molcula
con un tratamiento directo de la estructura electrnica y que se subdivide a su vez en dos
clases, segn el tratamiento realizado, mtodos semiempricos y mtodos ab initio ("desde
el principio").

Los mtodos computacionales se basan en el clculo de las Superficies de Energa Potenciales

(PES) de las molculas. La superficie de energa potencial es la envoltura de las fuerzas de
interaccin entre tomos de una molcula. De la Superficie de Energa Potencial se puede derivar
informacin estructural y qumica de la molcula. Los diferentes mtodos computacionales difieren
en el modo en el cual la superficie se calcula y como se derivan las propiedades moleculares de
esta.
Los tipos bsicos de clculos que se realizan con los diferentes mtodos son:

Clculo de la Energa en un Punto: La energa para una disposicin dada de los tomos en
un modelo o el valor de la SEP para un conjunto de coordenadas atmicas.
Optimizacin Geomtrica: Consiste en la modificacin sistemtica de las coordenadas
atmicas de un modelo dando como resultado una geometra donde las fuerzas netas en la
estructura son iguales a cero. En una disposicin 3D de los tomos, representa un mnimo
de energa local (se encontrar una geometra molecular estable sin necesidad de cruzar una
barrera de energa conformacional).
Clculo de propiedades: es la prediccin de determinadas propiedades fsicas y qumicas,
tales como la carga, momento dipolar o el calor de formacin.

Los mtodos computacionales pueden tambin realizar ms funciones especficas tales como
bsquedas conformacionales y simulaciones dinmicas moleculares. [1]

Gracias a estos mtodos, se pueden analizar gran variedad de compuestos qumicos, tanto orgnicos
como inorgnicos, entre ellos se encuentran los Alcaloides, los cuales fueron de inters para realizar
el estudio del presente trabajo.
Un gran nmero de medicamentos se han obtenido de plantas que contienen alcaloides, estos se han
aislado principalmente en plantas superiores y se han encontrado en ms de 100 familias de
Fanergamas (aquellas plantas que se reproducen por semillas producidas en sus inflorescencias),
en menor proporcin en Criptgamas (Plantas que tienen sus rganos reproductores ocultos) del
tipo licopodios, tambin en microorganismos (ergot) y animales como peces y ranas del gnero
Phyllobates cuyos alcaloides constituyen algunas de las sustancias ms venenosas para el hombre.
Su actividad biolgica a nivel del sistema nervioso, dio pie a las primeras investigaciones, siendo
los alcaloides las primeras sustancias naturales estudiadas.

No existe una definicin exacta para los alcaloides, pero se puede considerar como: Un compuesto
orgnico de origen natural (generalmente vegetal), nitrogenado (el nitrgeno se encuentra
generalmente intracclico), derivados generalmente de aminocidos, de carcter ms o menos
bsico, de distribucin restringida, con propiedades farmacolgicas importantes a dosis bajas y que
responden a reacciones comunes de precipitacin.

De acuerdo a las caractersticas de esta definicin, algunos autores han dividido a los alcaloides en
cuatro clases:
Alcaloides verdaderos
Protoalcaloides
Pseudoalcaloides
Alcaloides imperfectos

Alcaloides Verdaderos cumplen estrictamente con las caractersticas de la definicin de alcaloide:

son formados a partir de aminocidos, tienen siempre un nitrgeno intracclico, son de carcter
bsico y existen en la naturaleza normalmente en estado de sal. Protoalcaloides son aminas simples
con nitrgeno extracclico, de carcter bsico y son productos del metabolismo de los aminocidos.
Pseudoalcaloides presentan algunas de las caractersticas de la definicin de alcaloide, pero no son
derivados de aminocidos. Alcaloides imperfectos son derivados de bases pricas, no precipitan con
los reactivos especficos para alcaloides.
No son alcaloides los aminocidos, las betalanas, los pptidos, los amino azcares, las vitaminas
nitrogenadas, las porfirinas, algunas bases como la tiamina ampliamente distribuida en los seres
vivos y los alkil aminas de bajo peso molecular. [2]

METODOLOGA
RESULTADOS

Vinblastina: La optimizacin de la geometra, el clculo de la energa y de la superficie de energa

potencial PES, se realizaron por Metodos Semiempricos AM1.

Figura 1. Molcula Vinblastina

Figura 2. Molcula Vinblastina Optimizada

La superficie de energa potencial se obtuvo con el clculo del ngulo diedro entre los tomos C8,
C20, C57 y C112.

Figura3.Angulo dihedro

Figura 4. Superficie de Energa Potencial (PES)

Figura 5. Molcula ms estable PES

Figura 6. Resultados Vinblastina

Lolina: La optimizacin de la geometra y el clculo de la energa se realizaron por mtodos

semiempricos PM3

Figura 7. Molcula de Lolina Optimizada

Figura 8. Resultados de la Lolina

cido Aristolchico: La optimizacin de la geometra, frecuencia, energa y espectro UV-vis, se

relizaron por DFT/B3LYP con el set de bases 6-311G con la funcin de polarizacin (d,p).

Figura 1 Optimizacion DFT

Figura 2 Optimizacion HF

Figura 3resultados DFT

Figura 4Resultados HF

[1]
http://www.fis.unam.mx/~ramon/CursoDF/Material%20Didactico/Varios/Principios%20Quimica%
20Computacional%203%20Edicion.pdf
[2] http://farmacia.udea.edu.co/~ff/alcaloides.pdf