Acidos Basicos Polares Neutros Hidrofbicos

Universidad de Concepcin
Dpto. Biologa Molecular
Biofsica para Bioqumica

Estructura de Protenas:
Conceptos bsicos. Relacin estructura-funcin.


Las protenas son biopolmeros que se caracterizan por la gran cantidad de funciones que
desempean en los seres vivos: componentes estructurales de clulas y tejidos, soporte celular,
fenmenos de transporte, actividad metablica, enzimtica, inmunolgica, hormonal;
reconocimiento, transmisin y transduccin de seales Las protenas juegan un rol fundamental
en todos los procesos llevados a cabo por los organismos, que caracterizan la vida.
No es de extraar entonces que sean, de los biopolmeros, los ms variados en trminos
estructurales: cada clula contiene miles de protenas diferentes, desempeando una amplia
gama de funciones. Esto es gracias a las caractersticas fsico-qumicas de los monmeros que las
constituyen: Los aminocidos (aa).
Monmero hace referencia a las sub-unidades de caractersticas similares que conforman a los
polmeros mediante su unin repetitiva. En el caso de los aminocidos, su estructura general
consiste en un tomo de carbono (llamado carbono ) unido a un grupo carboxilo, un grupo amino
(estos dos primeros les confieren caractersticas anfteras), un hidrgeno y una cadena lateral
variable. Y es precisamente esta cadena lateral la que confiere caractersticas distintivas a cada
aminocido, las cuales desempean un rol fundamental a la hora de hablar de estructura y
plegamiento de protenas.
Se conocen hasta la fecha 22 tipos de aa
diferentes. Sus cadenas laterales se pueden
clasificar, segn sus propiedades qumicas,
en cidas, bsicas, polares neutras e
hidrofbicas. Cabe destacar que el carbono
, por poseer 4 sustituyentes distintos es
quiral, por lo que por cada aa existirn dos
enantimeros, L y D, a excepcin de la
glicina; que por ser su cadena lateral otro
hidrgeno, no es quiral. Se ha encontrado
que en los seres vivos, los aa constituyentes
de las protenas presentan configuracin L.
Ahora cabe preguntarse: Cmo se realiza
la unin entre los distintos aminocidos que
conforman una protena?

Para responder a esto, hay que entender que pueden existir distintas interacciones entre los
aminocidos que las constituyen, tanto covalentes como no-covalentes.
Los grupos amino y carboxilo de los aa participan en la formacin del enlace peptdico, interaccin
covalente que da origen a las cadenas polipeptdicas: Se lleva a cabo una reaccin de
condensacin entre el carbonilo de un primer aa con el grupo amino de un segundo, formando un
grupo amida. El grupo carbonilo del segundo aa puede reaccionar con el grupo amino de un
tercero, y as sucesivamente. Es importante sealar que tras las reacciones de condensacin, como
ya no se est en presencia de la estructura general de los aminocidos, los grupos moleculares
derivados de stos, que pasan a conformar la cadena, se conocen como residuos aminoacdicos.
Pueden formarse as, cadenas desde 2 residuos
aminoacdicos hasta miles. Las cadenas
polipeptdicas son la base estructural de los
pptidos y de las protenas, ambos tipos de
molculas pueden estar conformadas por una o
por ms de una cadena. Las cadenas formadas
se caracterizan por ser rgidas a nivel del enlace
peptdico (ngulo omega), debido al carcter de
doble enlace parcial que presenta el enlace C-N
del grupo amida; siendo solo posible la rotacin alrededor de los enlaces C-N (ngulo phi) y C-C
(ngulo psi). Sin embargo esta rotacin presenta lmites debido a los impedimentos estricos que
se pueden generar entre los distintos grupos que conforman las cadenas. Adems, de las distintas
conformaciones que pueden adoptar las cadenas polipeptdicas debido a esta libertad de rotacin,
habrn algunas favorecidas y otras desfavorecidas, en funcin de las distintas interacciones que
se pueden presentar entre los grupos que las constituyen y el medio. Son, por tanto, las
propiedades tanto fsicas como qumicas de los grupos amida propios de los enlaces peptdicos
como de los distintos grupos laterales de los residuos aminoacdicos que las conforman, sin olvidar
los grupos amino y carboxilo terminales; las que determinan qu interacciones son favorables y
por tanto que conformacin (ordenamiento, disposicin de los residuos de aa en el espacio) es
ms estable en el medio en que se encuentran, lo que da como resultado su plegamiento o
empaquetamiento caracterstico al ser sintetizadas. Las interacciones involucradas en tal proceso
son los puentes disulfuro (-S-S-), un tipo de interaccin covalente que puede darse en una misma
cadena o entre dos cadenas distintas, que se produce por la unin de dos grupos SH procedentes
de residuos de cistena; e interacciones no covalentes, ya sean interacciones residuo-residuo o
residuo-solvente: puentes de hidrgeno, interacciones inicas, interacciones hidrofbicas y van
der waals.
Resulta evidente, entonces, que las diferencias estructurales entre los distintos pptidos y
protenas se deben a la diferencia en la secuencia aminoacdica que caracterizan a las cadenas que
las conforman. En general, pptidos y protenas presentan una nica forma estructural estable, o
un pequeo nmero de ellas, en su ambiente natural. La conformacin ms estable de una
protena en su ambiente natural se conoce como conformacin nativa y de ella depender,
obviamente, la funcin que realice.
No est dems aclarar, antes de ahondar un poco ms en el tema de estructura de las protenas,
la diferencia entre pptido y protena. sta radica esencialmente en la cantidad de residuos
aminoacdicos que los conforman: Hablamos de protena cuando estamos en presencia de una
macromolcula, a la cual se le puede asociar una masa molecular igual o mayor a 10.000 da. En el
caso de los pptidos, se suelen clasificar en oligopptidos, conformados por una pequea cantidad
de residuos (suele hablarse de entre 2 a 10); y polipptidos, molculas de masa molecular
intermedia. Los pptidos ms pequeos son ms simples estructuralmente hablando, pero esto no
significa que no cumplan roles importantes en los seres vivos. Ejemplos prcticos son la oxitocina
(formada por 9 residuos) y la TRH (formada por 3). No existe un lmite bien definido entre
polipptido y protena, muchas veces estos trminos son intercambiables. Un ejemplo es la
hormona insulina, que suelen tratarse como protena a pesar de que presenta un peso molecular
menor a 10.000 da (la insulina est conformada por dos cadenas polipeptdicas, de 30 y 21
residuos respectivamente, unidas mediante puentes disulfuro; y presenta un peso molecular
cercano a 6.000 da).
El estudio de las estructuras de las distintas protenas y las interacciones involucradas en su
estabilizacin es bastante complejo. En general, para un estudio simple del fenmeno de
plegamiento de las cadenas polipeptdicas se considera que ste se produce fundamentalmente
en funcin de dos principios: Los residuos hidrofbicos tienden a agruparse en el interior de la
protena (interaccin hidrofbica), siendo los polares los expuestos al solvente; y se formar el
mayor nmero de puentes de hidrgeno dentro de la protena, ya que son estas dos las
interacciones no-covalentes que ms favorecen la estabilizacin. Esto a grandes rasgos, no hay
que quitar importancia al resto de las interacciones, ya que, aunque sean ms dbiles, la
sumatoria de todas ellas constituye un aporte significativo a la estabilizacin de la estructura de
protenas. Tampoco hay que olvidar los puentes disulfuro: Si estn presentes, son determinantes
en el plegamiento y estabilidad de las protenas, ya que son enlaces covalentes. La reduccin de
los puentes disulfuro en las protenas puede significar su desnaturalizacin y prdida total de
funcin. Por ejemplo la insulina, que ya se mencion presenta dos cadenas polipeptdicas unidas
mediante puentes disulfuro, la reduccin de stos conllevara a la prdida de su conformacin
nativa y por consiguiente prdida de funcin.
En cuanto a la descripcin de estructura de protenas, se definen 4 niveles estructurales:
Estructura primaria: Se refiere al conocimiento tanto de la secuencia aminoacdica de la o las
cadenas polipeptdicas que conforman la protena en estudio, como de los residuos que participan
en puentes disulfuro, si es que los hay; sin conocer especficamente su distribucin espacial.
Puede determinarse mediante anlisis qumicos en un laboratorio.
Estructura secundaria: Como ya se discuti, de las conformaciones que pueden adoptar las
cadenas polipeptdicas, habrn algunas favorecidas y otras desfavorecidas, dependiendo de la
composicin aminoacdica de las cadenas y su entorno. Se han estudiado las conformaciones
bsicas que pueden adoptar los distintos segmentos de las cadenas polipeptdicas que
constituyen a las protenas, las cuales se conocen como elementos de estructura secundaria, y se
clasifican de acuerdo a su geometra en hlices, hebras extendidas, vueltas, y estructuras al azar.
Las cadenas que constituyen las protenas se organizan en segmentos, cada uno identificable con
alguno de estos elementos. Se define como estructura secundaria de una protena el
conocimiento de la relacin segmento-elemento existente en la o las cadenas polipeptdicas
que la conforman. Estos elementos interactan entre s, estabilizndose y configurando
finalmente el plegamiento de las protenas. A continuacin una pequea caracterizacin de estos
distintos elementos:
Las hlices se caracterizan por ser elementos de estructura secundaria capaces de estabilizarse
por s mismas, a diferencia de las hebras extendidas. Esto se debe a que, por su forma helicoidal,
son capaces de formar puentes de hidrgeno consigo mismas, por lo que constituyen una unidad
de plegamiento bsico estable. Es por esto que es posible encontrar protenas pequeas
conformadas por hlices aisladas, no pasando as con hebras extendidas.
De las hlices, la ms comn es la -hlice, la cual presenta 3.6 residuos de aminocidos por
vuelta, es decir una hlice con 36 residuos podra formar 10 vueltas. Cada grupo C=O y N-H de la
cadena principal establece un puente hidrgeno con un enlace peptdico 4 residuos por adelante,
lo que le confiere estabilidad. La estabilidad y forma de las hlices depende de los residuos que la
conformen como de su entorno (el entorno puede generar distorsiones en la forma debido a las
interacciones que se presentan). Hay secuencias aminoacdicas que por sus caractersticas
favorecen la formacin de hlices, y otras que las desestabilizan. Una secuencia que presente
residuos de prolina es difcil que est en forma de -hlice ya que la prolina no puede formar
una hlice regular, por el impedimento estrico originado por su cadena lateral cclica, la cual
bloquea el tomo de N de la cadena principal y evita su participacin en la formacin de un puente
hidrgeno. Se ha demostrado que la prolina en las hlices causa la ruptura de dos puentes
hidrgenos, ya que el grupo NH del residuo siguiente tampoco puede participar en la formacin de
puente hidrgeno. Es por esto que las prolinas generalmente se encuentran en regiones
extendidas de la cadena polipeptdica, o conformando segmentos donde se requiera un cambio de
direccin.
Las hebras extendidas, en cambio, siempre se encuentran conectadas lateralmente entre s
mediante interacciones puente hidrgeno. Esta asociacin puede ser de tipo paralela, donde las
hebras corren en una misma direccin; y antiparalela, donde las hebras corren en direcciones
opuestas. Los puentes de hidrgeno de dos hebras asociadas de manera antiparalela estn menos
tensionados que los presentes en las hebras que se asocian de forma paralela, por lo que son ms
estables. De esta forma, dos o ms hebras extendidas se pueden agrupar dando origen a
estructuras conocidas como hojas o lminas , las cuales se pueden clasificar en paralelas,
antiparalelas o mixtas, de acuerdo a la forma en que se asocian las hebras constituyentes. Las
hojas , al igual que las hlices, pueden constituir un plegamiento estable por s mismo, por lo que
pueden existir protenas conformadas esencialmente por hojas .
Las vueltas (turns) son estructuras constituidas por a lo ms 5 aa generalmente estabilizadas por
puentes de hidrgeno, donde la distancia entre los residuos extremos no supera los 7 y se
asocian a un cambio de direccin en la cadena polipeptdica. Se han identificado varios tipos de
vueltas, existiendo distintos tipos de clasificaciones para ellas, de acuerdo a la cantidad de
residuos que las conforman, los puentes hidrgeno existentes, y los ngulos phi y psi que adoptan
sus residuos constituyentes.
Las estructuras al azar (random coils) son regiones de las cadenas que no presentan un patrn
conformacional determinado, por lo que no se pueden clasificar dentro de los elementos ya
mencionados. Los bucles (loops), por ejemplo, son zonas de las cadenas de ms de 5 aa sin una
geometra especfica asociada. Si bien tambin se asocian a cambios de direccin de la cadena
polipeptdica, muchas veces presentan un rol funcional directo, como fijar cofactores, debido a
que son zonas generalmente expuestas y flexibles debido a la ausencia de interacciones
estabilizantes especficas, lo que les otorga mayor libertad conformacional.
Las hlices y las hojas son las estructuras secundarias predominantes en las estructuras de
protenas, donde el resto de los elementos de estructura secundaria se relacionan con la unin
entre estos elementos. Es por esto que son las estructuras determinantes a la hora de clasificar
una protena, como se ver ms adelante.
Como las conformaciones favorecidas dependen de las caractersticas de las cadenas, los
segmentos de cadenas polipeptdicas que presentan caractersticas qumicas similares suelen
presentar conformaciones locales similares, hecho que da las bases a los mtodos de prediccin
de estructuras secundarias. Existen varios mtodos de prediccin basados en el estudio protenas
cuya estructura es previamente conocida.
Conocida la estructura secundaria de una protena, toca responder cmo se organizan estos
distintos elementos. Si bien esto es variable en funcin de la protena en estudio, tras los estudios
hechos a lo largo de los aos se ha encontrado que existen patrones estructurales comunes, que
corresponden a interacciones estabilizantes caractersticas de dos o ms de estos elementos
observados en varias protenas; los cuales obedecen a los principios de plegamiento mencionados
y se conocen como unidades de plegamiento o estructuras secundarias superiores. stas
clsicamente son 3:
Motivo -vuelta- u horquillas : Son agrupaciones de dos hebras extendidas
antiparalelas unidas por vueltas que constituyen un cambio de direccin de
180. Estas vueltas pueden ser de distintos tipos.
Motivo -vuelta- u horquillas : Son agrupaciones de dos a hlices
antiparalelas unidas por vueltas que constituyen un cambio de direccin de
180, las cuales tambin pueden ser de distintos tipos.
Motivo --: Dos hebras- paralelas estn conectadas por una regin larga
de la cadena polipeptdica, la cual cruza la hoja y frecuentemente contiene
una zona helicoidal. Este motivo se encuentra en la mayora de las protenas
que contienen una hoja paralela.

Existen tambin otros motivos estructurales de pocos elementos de estructura secundaria que
podran considerarse como motivos de estructura secundaria superior, pero que no son
clasificables dentro de los tres bsicos ya mencionados.

Cabe aclarar el significado de motivo estructural: Patrones estructurales que se han encontrado
de manera repetitiva en las distintas protenas que se han estudiado. Como la estructura est
siempre asociada a la funcin, se han descrito motivos estructurales asociados a funciones
especficas. Esto no implica que motivos estructurales similares se deban asociar a una misma
funcin: incluso cuando dos genes codifican el mismo tipo de elementos estructurales secundarios
en un mismo orden, stos pueden presentar diferencias tanto en la secuencias de aminocidos
como en la longitud de sus segmentos, lo que ser determinante en su funcin.
Un ejemplo de esto son los motivos de dos hlices. Constituyen
una clasificacin ms libre a la hora de hablar de la asociacin de
dos estructuras helicoidales. Las horquillas cabran dentro de
este grupo. Otros motivos incluidos dentro de esta categora
seran las esquinas , donde el cambio de direccin es cercano a
90; la mano EF, un motivo asociado a la unin de calcio (este
motivo ha sido llamado mano EF dado que se presenta entre las
hlices E y F de la parvalbmina, y aparece en varias otras
protenas que unen calcio o son sensibles a este, tales como
Calmodulina y Troponina C) y motivos asociados a factores de
transcripcin.
Cabe destacar que no todas las protenas consisten en un conjunto de estructuras secundarias
superiores. stas se han descrito porque se han encontrado ampliamente distribuidas en las
protenas, pero las distintas formas de agrupacin entre los distintos elementos de estructura
secundaria que pueden existir son enormes. El estudio de estos agregados mayores se estudia en
niveles estructurales superiores.
Estructura terciaria: Se denomina estructura terciaria de una protena a la distribucin
tridimensional de todos los tomos que constituyen la protena. En este nivel, como ya se dijo, se
estudian los agregados de elementos de estructura secundaria mayores. Para facilitar la
clasificacin de las protenas segn su estructura, se introducen dos conceptos importantes:
Dominios Estructurales: Se refiere al agregado de elementos de estructura secundaria de una
protena que tiene la caracterstica de ser estables por s misma. Las protenas pueden estar
conformadas por un solo dominio, o ser multidomino. Los dominios pueden ser continuos,
formados por segmentos adyacentes de la cadena polipeptdica; o discontinuos, en los que
participan partes no adyacentes de la macromolcula.
Clases o Topologas estructurales: Dependiendo de los elementos de estructura secundaria que
conforman el o los dominios de una protena, sta puede ser clasificada dentro de alguna de estas
4 clases estructurales:
Todo : Protenas cuyos dominios son de carcter helicoidal (dominios ).
Todo : Protenas cuyos dominios estn constituidos esencialmente por hojas dominios ).
/: Protenas cuyos dominios se estabilizan gracias a la interaccin de estructuras
helicoidales con hojas (dominios conformados por motivos ).
+: Protenas que presentan dominios de carcter tanto helicoidal como -plegado.
En este nivel se describen motivos estructurales mayores: tipos de empaquetamiento que suelen
constituir en su totalidad los dominios proteicos. Como ya se dijo, dentro de estos agregados uno
puede distinguir estructuras secundarias superiores, como no hacerlo. Es importante recalcar
tambin que una hlice u hoja as como estructuras secundarias superiores, pueden ser
dominios por s solos. A continuacin un resumen de algunos empaquetamientos comunes
asociados a los dominios que se pueden encontrar en las distintas clases estructurales
presentadas:
Todo
Hlices aisladas
Motivos de dos hlices
Empaquetamiento de 4 hlices
Globulinas
Todo
Sandwishes
Barriles
Clave griega
Remolinos
Turbina
Trboles
/
Plegamiento Rossmann
Herraduras /
Barriles /
Estructuras / abiertas
Estos empaquetamientos comunes se diferencian al nivel de las interacciones especficas, que
depende de la composicin aminoacdica, nmero y tamao de los
elementos que las conforman. Esto genera diferencias en las
distancias y en los ngulos en los que se disponen estos elementos.
Por ejemplo, en el caso del empaquetamiento de estructuras
helicoidales, las reas donde se produce el contacto deben tener
superficies complementarias. Si stos son complementarios, las
estructuras sern ms compactas, de lo contrario sern estructuras
ms abiertas. Las hlices se pueden describir como una sucesin de
hendiduras y montculos. Por lo general el empaquetamiento se
puede entender como el encaje entre hendiduras y montculos.
Sin embargo esto no siempre es as. Por ejemplo, en el plegamiento
de la mioglobina un par de hlices (B y E) se empaquetan de tal
forma que sus montculos se cruzan entre ellos gracias a un hueco
formado por un par de residuos de Glicinas.
Estructura Cuaternaria: Los niveles estructurales anteriores estudian la asociacin de elementos
estructurales secundarios de una sola cadena polipeptdica, o bien de dos o ms que estn
necesariamente unidas por interacciones covalentes (puentes disulfuro). Existen protenas que
estn constituidos por dos o ms agregados proteicos que interactan entre s slo mediante
interacciones no-covalentes. Estos agregados se denominan sub-unidades proteicas. Dependiendo
de sus caractersticas, pueden constituir homo multmeros o hetero multmeros.
Homo multmeros: Protenas cuyas sub unidades constituyentes son iguales. Ejemplo de esto es la
insulina en su estado inactivo, la cual se guarda dentro del cuerpo como un hexmero, y ciertas
citoquinas.
Hetero Multmeros: Protenas cuyas sub unidades constituyentes no son iguales, como el caso del
fotocentro de reaccin, o la la hemoglobina, formada por 4 sub-unidades dos y dos

Modificaciones Post-Transduccionales: Si bien muchas protenas ya son funcionales una vez
sintetizadas y plegadas, muchas otras requieren modificaciones posteriores para poder ser
funcionales. Existen distintos tipos de modificaciones, tales como rompimientos proteolticos o
splicing de intenas, las cuales consisten en rompimiento de ciertos segmentos proteicos. Otros
tipos de modificaciones consisten en adiciones de grupos no aminoacdicos, lo que constituye la
formacin de heteroprotenas o protenas conjugadas. Las protenas constituidas slo por
aminocidos se conocen como holoprotenas.
Algunas modificaciones que consisten en adicin de grupos qumicos caractersticos son:
Fosforilacin: Se refiere a la adicin de un grupo fosfato. La fosforilacin es uno de los
principales mecanismos de regulacin de la actividad de ciertas protenas, siendo activas
fosforiladas e inactivas desfosforiladas, o viceversa. Existen protenas que cumplen el rol
de fosforilar o desfosforilar otras protenas,

Glicosilacin: Adicin de carbohidratos a una protena, constituyendo las glicoprotenas.
Suelen asociarse a funciones de reconocimiento celular. Son glicoprotenas
varias hormonas, los anticuerpos, diversas enzimas, protenas receptoras, protenas
de adhesin celular, factores de crecimiento, etc.

Acetilacin: Adicin de un grupo acetilo (-COCH
3
). Es muy comn encontrar este tipo de
modificacin en el amino terminal de varias protenas.

Miristoilacin: La N-miristoilacin es un proceso celular en el cual un grupo miristoilo
(derivado del cido mirstico) se une covalentemente mediante un enlace amida al grupo
alfa-amino del aminocido N-terminal de un polipptido naciente. Esta modificacin
garantiza el correcto funcionamiento y el trfico intracelular de ciertas protenas. Muchas
protenas que intervienen en una amplia variedad de vas de sealizacin, incluyendo la
transformacin celular y la oncognesis, estn miristoiladas.

Las protenas son macromolculas vitales, tanto a nivel celular y sistmico, pero rara vez actan
solas. Diversos procesos moleculares esenciales dentro de una clula se llevan a cabo gracias a una
serie de procesos dirigidos por interacciones protena-protena. De hecho, estas interacciones son
la base del buen funcionamiento de cualquier clula viva y por lo tanto, como era de esperar, fallas
en estas interacciones son la base de mltiples enfermedades, como la enfermedad de Creutzfeld
- Jacob, enfermedad de Alzheimer, y cncer. Ejemplos de procesos donde intervienen
interacciones protena protena son la contraccin muscular, la transduccin de seales,
metabolismo celular, transporte intermembrana, etc.


Martina Oppliger.