5

Esquema del Tema

Qu es la Bioqumica?
Qu es la vida?
Organizacin de los
organismos vivos
La clula
Tipos de clulas
Biomolculas
Grupos funcionales
Tipos de biomolculas
Monmeros
Macromolculas
Aminocidos y protenas
Azcares
Monosacridos y
polisacridos
cidos grasos y lpidos
Nucletidos y cidos
nucleicos
El agua
Estructura
Interacciones dbiles en
disolucin acuosa
Propiedades del agua
6
Qu es la Bioqumica?
La Bioqumica estudia las bases moleculares de
la vida
Composicin qumica de las formas de vida y su
funcionamiento
Pretende resolver preguntas fundamentales
Qu es la vida? Origen de la vida
Mltiples aplicaciones de importancia social
Biomedicina, Biotecnologa
Enfoque experimental multidisciplinal
Basado en conceptos de Biologa, Qumica y Fsica
Ayudado por desarrollos tecnolgicos complejos
7
Qu es la Vida?
Unidad dentro de la diversidad
Todos organismos vivos
Se componen de las misma clase de molculas (molculas
biolgicas)
Funcionan de manera semejante
Responden a las mismas leyes Fsicas y Qumicas que rigen el
Universo
La vida es compleja y dinmica
La vida se organiza y mantiene a s misma
Organizacin jerrquica
Necesita de aporte de energa y materia
Metabolismo y homeostasis
8
Organizacin
Jerrquica de
Organismos
Multicelulares
Organismo
Sistema
(aparato digestivo)
rgano
(hgado)
Tejido
(tejido heptico)
Clula
(hepatocito)
Orgnulo
(ncleo)
Molcula
(DNA)
tomo
(carbono)
9
Qu es la Vida?...
La clula es la unidad fundamental de
organizacin y funcionamiento de la vida
La vida necesita informacin biolgica
Necesaria para su organizacin, funcionamiento y
replicacin
Es una informacin estructural
Secuencia de los genes --> protenas --> funciones
La vida no es esttica: se adapta y evoluciona
Todas las formas de vida tienen un origen comn
10
Organismos Vivos
Todas las especies vivas se componen de
clulas
Tipos de clulas
Procariotas (sin ncleo)
Eucariotas (con ncleo y orgnulos celulares)
Tipos de organismos
Tres dominios
Bacterias
Arqueas
Eucariotas
Los virus son entidades genticas sin vida
autnoma
11

Hay Tres Grandes
Tipos de Formas de
Vida Sobre la
Tierra
12
La Clula Procariota
13
La clula Eucariota Animal
14
La Clula Eucariota Vegetal
15
Distribucin de Biomolculas en la Clula
16
Biomolculas
Inorgnicas
Agua 50-95%
Iones (Na
+
, K
+
, Mg
2+
, Ca
2+
, ...) 1%
Orgnicas
Derivados de hidrocarburos
Combinaciones de carbono (principal), hidrgeno, oxgeno,
nitrgeno, fsforo y azufre.
Forman enlaces covalentes estables
Importancia del carbono:
Puede participar hasta en 4 enlaces covalentes fuertes
Complejidad y estabilidad estructural
Permite formar cadenas largas lineales o ramificadas
17
Grupos Funcionales en Biomolculas
Polar, aceptor en enlaces de hidrgeno ster
O-----
||-----
R C O R
steres
Polar, fcilmente oxidable para formar
enlaces disulfuro (S-S)
Tiol R SH Tioles
Polar, puede ser tanto dador como aceptor
en enlaces de hidrgeno
Amido
O.
||-
...R C NH
2
Amidas
Base dbil, cargado positivamente en estado
protonado
Amino R NH
2
Aminas
Polar, cido dbil, cargado negativamente en
estado desprotonado
Carboxilo
O.
||-
.R C OH
cidos
Polar, aceptor en enlaces de hidrgeno Carbonilo
O
||
.R C R
Cetonas
Polar, aceptor en enlaces de hidrgeno Carbonilo
O
||
R C H
Aldehdos
Polar, dador en enlaces de hidrgeno Hidroxilo R OH Alcoholes
Propiedades Grupo Estructura Familia
18
Biomolculas Orgnicas
Monmeros
Aminocidos
grupo amino + carboxilo +
cadena lateral
Azcares sencillos
polihidroxialdehdos o
polihidroxicetonas
cidos grasos
cidos monocarboxlicos
con un nmero par de
tomos de carbono
Nucletidos
azcar (ribosa) + base
nitrogenada + fosfato
Macromolculas
Protenas
polmeros de -
aminocidos
Polisacridos
polmeros de
monosacridos
cidos Nucleicos
polmeros de nucletidos
DNA, RNA
19
Aminocidos y Protenas
Los aminocidos se distinguen por sus cadenas laterales
Naturaleza hidrofbica o hidroflica, tamao, grupos funcionales
20 -aminocidos formadores de protenas
Polipptido
Unin de varios aminocidos por enlaces peptdicos
Pptido: unos pocos aminocidos
poca riqueza estructural
Protena: muchos aminocidos
la cadena se pliega en estructuras definidas
gran diversidad de funciones
catalizadoras, elementos estructurales, transmisoras de seales, etc.
20
Aminocidos y Protenas
Algunos -aminocidos
Polipptido
Plegamiento de una protena
Cadena polipeptdica
desplegada
Cadena plegada
Enlaces peptdicos
Glutamina Valina Lisina
Glicina Fenilalanina Serina
21
Azcares
Monosacridos
Segn sean aldehdos o
cetonas:
Aldosas
Ribosa, glucosa, galactosa
Cetosas
Fructosa
Segn el nmero de
carbonos
Triosas
Tetrosas
Pentosas
Hexosas
Formas lineales en
equilibrio con hemiacetales
cclicos
Aldosa
-D-Glucopiranosa
-D-Glucopiranosa
Cetosa
D-Glucosa
Enlace
hemiacetlico
22
Disacridos y Polisacridos
Uniones por enlace glucosdico
Disacridos
Sacarosa, lactosa, maltosa
Oligosacridos
Rafinosa (trisacrido)
Polisacridos
Homopolisacridos
Fuente y almacenamiento de energa
Almidn (en vegetales)
Glucgeno (en animales)
Funcin estructural
Celulosa (en vegetales)
Quitina (en insectos)
Heteropolisacridos
En pptidoglucanos
Glucosaminoglucanos
En glucoprotenas
Glucgeno
23
cidos Grasos
Saturados
Estearato
Insaturados
Oleato
Cabeza
polar
Cola hidrocarbonada
24
Lpidos
Triacilglicerol Fosfatidilcolina
(fosfolpido)
colina
Acilo 2
Acilo 1
Acilo 3
Glicerol
Colesterol
Micela
Bicapa
25 P
r
o
f
.

J
.

S
a
l
g
a
d
o

(
U
V
E
G

-
2
0
0
5
)

cido ribonucleico
(RNA)
cido desoxi-
ribonucleico (DNA)
Ribosa
Desoxi-
ribosa
Enlace
fosfo-
dister
Enlace
fosfo-
dister
3
5
3
5
Bases nitrogenadas
Nucletido
Adenosin-
trifosfato (ATP)
Timina (T) Citosina (C) Uracilo (U)
Adenina (A) Guanina (G)
Pirimidinas
Purinas
A
Ribosa
Nucletidos y cidos Nucleicos
26
El Agua, Matriz de la Vida
Medio donde se desarrolla la vida
Fluido bsico de la materia viva
Medio disolvente de las reacciones bioqumicas
Medio de transporte de sustancias
Transporte de nutrientes
Excrecin de sustancias txicas
Ayuda a mantener la temperatura
Propiedades moleculares y fsicas especiales
Estructura molecular: Posibilita interacciones dbiles
Propiedades trmicas
Propiedades como disolvente
Polaridad
Presin osmtica
27
Estructura Molecular del Agua
Hibridacin sp
3
del oxgeno
Estructura tetradrica
Geometra no lineal
Distinta electronegatividad de
O e H
Molcula polar
Distribucin asimtrica de los
electrones de enlace
Carga parcial + (
+
) cerca de los
H y (
-
) cerca del O
Capacidad de formar enlaces de
hidrgeno
H
H
O

+

+

-
Dipolos de enlace

+

-
Dipolo neto
Enlace de H
Geometra angular
28
Enlaces Dbiles en Disolucin Acuosa
Pequea energa de enlace
Se rompen y forman con facilidad
Importantes para la estructura y la funcin de las
biomolculas
Flexibilidad, dinamismo, interacciones y reconocimiento
molecular
Tipos
Interacciones inicas
Enlaces de hidrgeno
Interacciones dipolares
Fuerzas de van der Waals
Interacciones hidrofbicas
29
Interacciones Inicas
Entre tomos o grupos
cargados
Atraccin entre iones de carga
opuesta
Repulsin entre iones de la
misma carga
Dependen de
Las cargas elctricas (q)
La polaridad del entorno ()
La distancia (r )
No dependen de la orientacin
En macromolculas, dan
lugar a puentes salinos
Estabilizan el plegamiento
Intervienen en interacciones
intermoleculares
Na
+
Na
+
Na
+
Cl

NH
3
+
COO

Puente
salino
kq
1
q
2
r
F=
Ley de Coulomb
Constante
dielctrica
del medio
Cargas
Distancia
30
El Enlace de Hidrgeno
Atraccin dbil entre
un tomo de H en un
grupo polar y un
tomo
electronegativo (O,
N, S) en otro grupo
polar
Dadores
H
2
O, OH, NH, NH
2
,
SH
Aceptores
hidroxilo
dador y agua
aceptor
carbonilo
aceptor y
agua dador
carbonilo
aceptor y
amida dador
Grupos
complementar
ios de bases
de DNA
T
A
Enlace de
hidrgeno
fuerte
Enlace de
hidrgeno
dbil
C
C
Dependencia con la orientacin
31
Interacciones Dipolares
Entre molculas o grupos dipolares. Dependen de la
distancia, pero no de la orientacin
C=O

Dipolo permanente
dipolo permanente
Dipolo permanente
dipolo inducido
Dipolo inducido dipolo
inducido (Fuerzas de
dispersin de London)
Dbil
F 1/r
3
Ms dbil
F 1/r
5
Mucho ms
dbil
F 1/r
6
C=O

C=O

32
Fuerzas de van der Waals
Pueden ser atractivas o repulsivas
A B
A B
Suma de los radios de
van der Waals
A B
Solapamiento de
nubes electrnicas:
Repulsin
A B
Cerca:
atraccin
Lejos: no
interaccin
Mxima atraccin
r (nm)
0 0.2 0.4 0.6 0.8
0
-1
1
E
n
e
r
g

a

(
K
J
/
m
o
l
)
r
R
e
p
u
l
s
i

n
A
t
r
a
c
c
i

n
33
Propiedades Trmicas del Agua
El agua es un lquido a
temperatura ambiente
Agua lquida:
Red dinmica de enlaces de H
Hielo:
Red rgida con nmero
mximo de enlaces de H
Regulador trmico de los
organismos vivos
Elevada capacidad calorfica
Modulador de la temperatura
Elevado calor de vaporizacin
Mecanismo de refrigeracin
Estructura del hielo
34
El Agua como Disolvente
Molculas hidrfilas
Iones (electrolitos)
Se disuelven a travs de
esferas de solvatacin
Molculas polares
Se disuelven por interacciones
dipolo-dipolo y enlaces de
hidrgeno
Molculas hidrfobas
(apolares)
No se disuelven en agua
Se agrupan entre ellas
El agua se organiza alrededor
de ellas formando un
clatrato (efecto hidrofbico)
Disolucin de
iones en agua
Molculas de agua
del entorno
Agrupacin de
molculas
hidrfobas
Molculas de
agua muy
organizadas
Estructura de un clatrato
Esfera de
solvatacin
Estructura de las Protenas
Tema 2
Aminocidos
2
Un -aminocido es un
cido carboxlico con un
grupo amino y un grupo
R en el carbono
R --> cadena lateral
Dos estereoismeros
posibles
Enantimeros L y D
Slo la forma L se
encuentra en protenas
L-Alanina D-Alanina
3
Aminocidos
Estndar
Aminocidos neutros no polares
Aminocidos neutros polares
Aminocidos cidos Aminocidos bsicos
Glicina
Alanina Valina Leucina Isoleucina
Fenilalanina Triptfano Metionina Cisteina Prolina
Serina Treonina Tirosina Asparagina Glutamina
Aspartato Glutamato Lisina Arginina Histidina
Se representa
normalmente el estado
de protonacin a pH
7,0
Los aminocidos se
clasifican segn las
propiedades de sus
cadenas laterales (a pH
7,0)
Atencin a los
casos de His, Tyr y
Cys!
4
Aminocidos Alifticos No Polares
Glicina
Gly, G
Alanina
Ala, A
Valina
Val, V
Leucina
Leu, L
Metionina
Met, M
Isoleucina
Ile, I
Prolina
Pro, P
Cadena lateral
ciclada. Implica
restricciones
conformacionales
(Iminocido)
Aminocidos Aromticos
5
Fenilalanina
Phe, F
Tirosina
Tyr, Y
Triptfano
Trp, W
No polar
(Hidrofbico)
Polar
No polar
(Hidrofbico)
6
Aminocidos Neutros Polares
Serina
Ser, S
Treonina
Thr, T
Cisteina
Cys, C
Asparagina
Asn, N
Glutamina
Gln, Q
Puede
encontrarse
cargado a pH>8,5
Grupo -SH es
muy reactivo. Dos
molculas de Cys
se oxidan formado
cistina mediante
un puente
disulfuro (-S-S-).
Puede
encontrarse
cargado a
pH>9
Tirosina
Tyr, Y
7
Aminocidos Bsicos con Carga Positiva
Arginina
Arg, R
Histidina
His, H
Lisina
Lys, K
H
+
Se encuentra
cargado a pH<7
8
Aminocidos cidos con Carga Negativa
Aspartato
Asp, D
Glutamato
Glu, E
Aminocidos no Estndar
9
Aminocidos distintos de los 20 estndar y
derivados de stos realizan funciones
biolgicas importantes como mensajeros o
precursores
Neurotransmisores
-aminobutrico (GABA), derivado de la Gln
serotonina, derivado del Trp
Hormonas
tiroxina, derivado de la tirosina
cido indol actico, derivado del triptfano
Precursores e intermediarios metablicos
citrulina
ornitina
Aminocidos Proteicos Modificados
Se forman despus de la sntesis proteica
Proporcionan propiedades funcionales
especficas
10
-carboxiglutamato
4-hidroxiprolina 5-hidroxilisina o-fosfoserina
Importante para la
unin de calcio en
proteasas de la
cascada de
coagulacin
Posibilitan la
formacin de la
estructura reticular
del colgeno
La fosforilacin en residuos
con grupos hidroxilo (Ser,
Tyr, Thr) regula la actividad
de muchas protenas
Propiedades cido-Base de los Aminocidos
Los aminocidos son anfteros
se comportan a la vez como cidos y como bases
A pH 7 Los aminocidos sin cadena lateral cargada son zwitteriones
presentan simultneamente una carga positiva y una negativa
11
Carga neta +1 Carga neta 0 Carga neta -1
Forma aninica Forma zwitterinica
(neutra)
Forma catinica
K
2
; pK
2
K
1
; pK
1
12
-carboxilo
pK
1
=2-3
Asp y Glu
pK
R
4> pK
1
Lys y Arg
pK
R
> pK
2
-amino
pK
2
=9-11
His
pK
R
< pK
2
Cys, pK
R
< pK
2
Tyr, pK
R
> pK
2
carga - en estado
desprotonado
Valores de pK
a
de Aminocidos
Punto Isoelctrico (pI)
13
pI es el valor de pH para el
cual la carga neta del
aminocido es 0
Valor medio de los pK
a
que
flanquean la estructura
isoelctrica
Para aminocidos neutros es
el valor medio de los pK
1
y
pK
2
Para aminocidos cidos o
bsicos depende de cada
caso
Cuando pH= pI disminuye la
solubilidad en agua
pK
1
=2.2
pK
R
=4.3
pK
2
=9.9
Equivalentes de OH
-
cido
glutmico
pI= (2.2+4.3)/2 = 3.22
Carga +1
Carga -1
Carga -2
Carga 0
14
Polimerizacin de Aminocidos: El enlace Peptdico
Los aminocidos
polimerizan formando
polipptidos mediante
enlaces peptdicos
El enlace peptdico es un
enlace amida formado por
unin del grupo -carboxilo
y el grupo -amino de dos
aminocidos
Los aminocidos unidos se
llaman residuos de
aminocido
Los residuos se nombran
con la terminacin il
comenzando por el extremo
N-terminal
Formacin de un Dipptido
Enlace peptdico
N-terminal C-terminal
Dos aminocidos
Propiedades del Enlace Peptdico
15
CN
C

O
H
C

CN
C

O
H
C

Estructuras de resonancia
del enlace peptdico
Equilibrio cis-trans. Slo en
los enlaces XPro aparece la
conformacin cis en una
proporcin significativa
CN
C

O H
C

C=N
C

O-
C

+
H
trans cis
El enlace peptdico es
rgido y planar
Tiene carcter parcial de
doble enlace (~40%)
Equilibrio de estructuras
resonantes
No tiene libertad de giro
Es ms corto que otros
enlace CN
Se presenta normalmente
en conformacin trans
Los grupos C=O y N-H
peptdicos son polares
Participan en la formacin
de enlaces de hidrgeno
Pptidos
16
Son polmeros de unos pocos aminocidos
Ejemplos de algunos pptidos importantes
Glutatin (-glutamil-L-cisteinilglicina)
Agente reductor. Protege a las clulas de productos
oxidantes derivados del metabolismo del O
2
Vasopresina (hormona antidiurtica)
Interviene en la regulacin del equilibrio hdrico
Oxitocina
Hormona sexual. Estimula la secrecin de la leche y la
contraccin muscular uterina durante el parto
Pptidos opiceos (leu- y met-encefalinas)
pentapptidos que intervienen en el alivio del dolor
Protenas
17
Largas cadenas de aminocidos que se
pliegan con una estructura definida
Son responsables de la mayora de las
funciones bioqumicas:
Catlisis Transporte
Estructura Almacenamiento
Movimiento Detoxificacin
Defensa
Regulacin
Tipos de Protenas
18
Segn su forma
Fibrilares
Globulares
Segn su composicin
Simples
Conjugadas
Constan de una cadena polipeptdica y un grupo prosttico
apoprotena --> slo la cadena polipeptdica
holoprotena --> polipptido + grupo prosttico
Segn sea el grupo prosttico:
glucoprotenas
lipoprotenas
metaloprotenas
hemoprotenas
fosfoprotenas
19
Estructura de las Protenas
Surge del plegamiento de la
cadena polipeptdica
Depende de su secuencia y de
las caractersticas del
disolvente
Se distinguen cuatro niveles
estructurales:
Estructura primaria
Secuencia de aminocidos
Estructura secundaria
Plegamiento local
Estructura terciaria
Plegamiento global
Estructura cuaternaria
Organizacin multimrica de
varias cadenas
Conformacin de la cadena
polipeptdica
Plano
amida-
peptdico
Cadena
lateral
Carbono
Carbono

Estructura Primaria
20
Se define por la secuencia de
aminocidos
Especfica de cada protena
Las protenas homlogas tienen
secuencias y funciones semejantes
La comparacin de secuencias permite
establecer relaciones evolutivas
Mutaciones -->variaciones en la
secuencia
Los aminocidos invariables son
importantes para la funcin
Las mutaciones conservadoras son
cambios entre aminocidos qumicamente
semejantes
Algunas mutaciones se relacionan con
enfermedades --> enfermedades
moleculares (patologa molecular)
Estructura primaria
de la insulina
Estructura Secundaria
21
Patrones repetitivos de
conformacin local de la cadena
polipeptdica
Dependen de los valores de los
rotmeros y
Hay un nmero limitado de
conformaciones posibles debido a
impedimentos estricos entre los
grupos -NH, -CO y -R
La conformacin ms favorable
depende de la secuencia de
aminocidos
Las conformaciones posibles se
estabilizan por un nmero elevado
de enlaces de hidrgeno
Fragmento de cadena polipeptdica e
conformacin extendida: =180
o
,
=180
o
Plano
amida
Plano amida
Cadena
lateral
Carbono
Conformaciones Prohibidas
El choque estrico (solapamiento de los radios de van der Waals) al girar los
rotmeros y impide gran nmero de conformaciones. Las
conformaciones posibles se representan en el diagrama de Ramachandran
22
Choque
de los
grupos -
CO
Choque
de los
grupos -
NH
Grupos -CO lejos entre
ellos y lejos de la
cadena lateral R
Choque
-NH con
-CO
Conformacin Posible
=0
o
, =180
o
=180
o
, =0
o
=-60
o
, =180
o
=0
o
, =0
o
Diagrama de Ramachandran
23
o

(
U
V
E
G

-
2
0
0
5
)
Distribucin de
ngulos y en un
polipptido de
polialanina
En blanco, valores
prohibidos
En azul, valores
posibles.
Tipos principales de
estructura secundaria
hlice
lminas

(
g
r
a
d
o
s
)
(grados)
Hlice
(a derechas)
Cadenas
Hlice
(a izquierdas)
24
.

J
.

S
a
l
g
a
d
o

(
U
V
E
G

-
2
0
0
5
)
Hlice (3,6
13
)
Conformacin helicoidal a
derechas
=-60
o
, =-40
o
- -50
o
3,6 residuos por vuelta
avance de 5,4 por vuelta
13 tomos por bucle (hlice
3,6
13
)
Casi todos los grupos peptdicos
participan en enlaces de H
Entre residuos i e (i+4)
Excepto en los extremos
Las cadenas laterales se dirigen
hacia fuera
Mnima repulsin
Posibles interacciones entre
ellas
3,6 residuos
5,4
(1,5 por residuo)
Residuo i
Residuo i+4
Cadenas
laterales hacia
afuera
Vista desde arriba
1
2
3
4
13 tomos por cada bucle cerrado
por un enlace de H
Estabilidad de la Hlice
25
Contribucin principal: enlaces de hidrgeno entre grupos -
CO y -NH peptdicos (cada residuo i con i+4)
No es posible en los tres primeros residuos de los extremos
Se estabilizan por enlaces de H con grupos de cadenas laterales
Interacciones entre cadenas laterales
Residuo i con i+3 e i+4 (por encima) y con i-3 e i-4 (por debajo)
Electrostticas
Atractivas (estabilizadoras, entre residuos de distinta carga)
Repulsivas --> desestabilizadoras (entre residuos con la misma carga)
Hidrofbicas
Algunos residuos desestabilizan la hlice
Glicina (no tiene R --> otorga demasiada flexibilidad)
Prolina (restringe el giro de ; no tiene -NH para formar enlace de
H)
Residuos voluminosos (Trp) y ramificados en el carbono (Val, Thr)
26
Hoja
Hoja
Paralela
Hoja
Antiparalela
Enlaces de H mejor orientados
(ms fuertes)
Peor orientacin de
enlaces de H (ms dbiles)
Alineamiento de segmentos
polipeptdicos en confor-macin
extendida (cadenas )
-CO y -NH peptdicos forman enlaces
de H entre cadenas adyacentes
Apariencia de lmina plegada
Cadenas laterales dispuestas
perpendicularmente a ambos lados
de la hoja
Frecuentes aminocidos con cadena
lateral voluminosa
Segn la direccin de las cadenas

Paralela
Antiparalela
27
Esquemas de Hojas
Paralela
Antiparalela
Cadenas laterales
Giros
28
Cambian la direccin de la
cadena 180
o
Conectan entre s cadenas
antiparalelas
Son giros cortos y
cerrados
Implican cuatro residuos
Con frecuencia Gly y Pro
Enlace de H entre i e i+3
Varios tipos
Tipo I
Tipo II (Gly en 3
a
posicin)
Tipo I Tipo II
Glicina
1
2
3
4
3
4
1
2
29
l
g
a
d
o

(
U
V
E
G

-
2
0
0
5
)
Meandro Unidad Barril Llave griega Unidades
Estructuras Supersecundarias
Son combinaciones de elementos de estructura
secundaria que forman patrones definidos
Tambin se denominan motivos estructurales y son la
base para la clasificacin estructural de las protenas
Estructura Terciaria
30
Estructura tridimensional global
que asume una protena al
plegarse
Residuos lejanos en la secuencia
quedan cerca en el espacio
Estructura compacta que excluye las
molculas de agua de su interior
La ausencia de agua facilita las
interacciones inicas y los enlaces de
hidrgeno
En el interior se agrupan residuos
hidrofbicos (efecto hidrofbico). Los
polares se exponen al exterior
Las protenas grandes suelen
presentar dominios estructurales
31
2
0
0
5
)
Dominios Estructurales
Son unidades estructuralmente independientes que
presentan caractersticas y funciones definidas
Mano EF
Configuracin
hlice-vuelta-hlice
que se une
especficamente a
iones Ca
2+
Dedo de Zn
Habitual en
protenas que
unen DNA
Cremallera de
leucinas
Hlice F
Hlice E
Ca
2+
32
Mantenimiento de la Estructura Terciaria
Puente
salino
Interacciones
hidrofbicas
Puentes
disulfuro
Enlaces de
hidrgeno
Interacciones
covalentes
Presentes slo en
algunos casos
Interacciones dbiles (no
covalentes)
Inicas (puentes salinos)
Hidrofbicas
Enlaces de hidrgeno
Fuerzas de
van der Waals
33
Protenas Hidrosolubles y Protenas de Membrana
Entorno
acuoso
Hidrofbico
Hidrofbico
Arg Arg
Asp Asp
Lys Lys
Glu Glu
Asn Asn
Gln Gln
His His
Tyr Tyr
Pro Pro
Ser Ser
Gly Gly
Thr Thr
Ala Ala
Trp Trp
Cys Cys
Val Val
Leu Leu
I le I le
Met Met
Phe Phe
Polar
Escala de
hidrofobicidad
de Engelman
Entorno
lipdico
membrana
Plegamiento de las Protenas
34
El plegamiento depende
de las condiciones del
medio
Factores fsicos
Temperatura
Presin
Factores qumicos
pH
Disolventes orgnicos
Agentes caotrpicos
(urea, cloruro de
guanidinio)
Es reversible y
cooperativo
Temper at ur a ( C)
F
r
a
c
c
i

n

d
e
s
n
a
t
u
r
a
l
i
z
a
d
a
R
e
n
a
t
u
r
a
l
i
z
a
c
i

n
D
e
s
n
a
t
u
r
a
l
i
z
a
c
i

n
N
D
D
desnaturalizada
N
nativa
Experimento de Anfinsinsen
Protena denaturalizada <-> Protena Nativa
35
Regular, compacta
Estructura 2
ria
Abundancia de enlaces
intramoleculares
Puentes de H
Enlaces inicos
Interacciones de van der
Waals
Residuos hidrofbicos no
expuestos
Ovillo estadstico
Irregular, variable, abierta
Ausencia de estructura 2
ria
Pocos enlaces intramoleculares
Residuos hidrofbicos expuestos
Efecto hidrofbico
Contribucin entrpica al
plegamiento
D N
desnaturalizacin
renaturalizacin
Clatratos:
Capas de H
2
O ordenadas
Residuos
hidrofbicos
Plegamiento in vivo
36
Problema del plegamiento in vivo
Plegamiento acoplado a la sntesis de
protenas
Cmo selecciona la clula las
condiciones de plegamiento?
Control celular de las condiciones de
plegamiento (chaperonas moleculares)
Plegamiento de protenas nacientes
Prevencin y correccin de errores de
plegamiento en condiciones de estrs
(Heat shock proteins, HSP)
Sistemas enzimticos que ayudan al
plegamiento
Protena-disulfuro isomerasas
Peptidil-prolil isomerasas
mRNA
ribosoma
Sntesis de protenas Sntesis de protenas
Cadena
naciente
N
proceso
catalizado
Plegamiento Plegamiento
Cys
Pro
Cys
Cys
Estructura Cuaternaria
37
Asociacin no covalente de
varias cadenas
polipeptdicas
Subunidades=mon-
meros=protmeros
Las subunidades se organizan
de manera simtrica
Ventajas de la asociacin
Mayor estabilidad
Regulacin alostrica
Estabilidad
Mismo tipo de enlaces que
estructura terciaria
Estructura cuaternaria de
la hemoglobina
Homo-oligmero de cuatro
subunidades (tetrmero
2x)
1
1 2
2
Protenas Fibrosas y Protenas Globulares
38
Fibrosas
Forma alargada
Unidades repetidas de un
solo tipo de estructura
secundaria
Resistentes e insolubles
Funcin estructural
Ejemplos
Colgeno (en tejido
conectivo de vertebrados)
Queratina (en piel, pelo y
uas)
Fibrona de la seda
Globulares
Forma ms o menos
esfrica
Ricas en estructura
secundaria
Flexibles, y dinmicas
Mltiples funciones
Ejemplos
Hemoglobina
Inmunoglobulinas
(anticuerpos)
Enzimas
El Colgeno
39
Protena ms abundante de
vertebrados
Red fibrosa de tropocolgeno
Tropocolgeno
Abundancia de Pro y Gly
Secuencia G-X-Y
X e Y suelen ser Pro e hidroxi-Pro
En Y tambin abunda hidroxi-Lys
Triple hlice a derechas formada
por tres hlices a izquierdas
Enlaces de H interhlice
Gly, uno de cada tres residuos, en la
zona de empaquetamiento
Entrecruzamiento de unidades
de tropocolgeno
Por derivados aldehdo de Lys
Hlice triple de
tropocolgeno
Tres hlices a
izquierdas
40
Fibrilognesis del Colgeno
Cabezas de
tropocolgeno
Estriaciones
640 (64 nm)
Estriaciones
640 (64 nm)
Tropocolgeno
Uniones hidoxilisinonorleucina
Cadena
polipeptdica
Norleucina (residuo
de Lys sin grupo -
amino)
Residuo de
hidroxilisina
Cadena
polipeptdica
Aminocidos Especiales en el Colgeno
Residuos de Prolina y Lisina hidroxiladas
Proporcionan grupos formadores de enlaces de hidrgeno
Se forman por adicin de hidroxilo
Modificacin enzimtica post-traduccional
Catalizada por una prolilhidroxilasa (o lisilhidroxilasa) que requiere
ascorbato (vitamina C) como antioxidante
41
Residuo
4-hidroxiprolil
Residuo
3-hidroxiprolil
Residuo
5-hidroxilisil
-Queratina
Estructura del Pelo
42
Protofila-
mento
Protofibrilla
Filamento
intermedio
Clulas
Hlices
enrolladas
Hlice
Hlice
Dos hlices
enrolladas a
izquierdas
Protofilamento
Proto-
fibrilla
Unidad
estructural
Dmero
Reduc-
cin
Rizado
Oxida-
cin
Rizado Artificial del cabello
43
Fibrona de la Seda
Fibras formadas por
hojas antiparalelas
Aminocidos con cadena
lateral pequea (Gly, Ala,
Ser)
Residuos hidrofbicos y
polares alternados (en
caras opuestas)
Varias hojas interaccionan
por las caras hidrofbicas
Flexible y resistente al
estiramiento
polar
polar
apolar apolar
Dinmica de las Protenas
Tema 3
2
Esquema del Tema
Dinmica y Funcionalidad
Flexibilidad
Cambios conformacionales
Interacciones
Interaccin
Protena/Ligando
Generalidades
Fraccin de saturacin
Cooperatividad
Alosterismo
Protenas transportadoras de
oxgeno
Mioglobina y Hemoglobina
Curvas de saturacin de O
2
Origen molecular de la
cooperatividad
Efectores alostricos de la
hemoglobina. Origen
molecular del alosterismo
2,3-BPG
Efecto Bohr
CO
2
Variantes naturales y
patologa molecular de la
hemoglobina
Dinmica y Funcionalidad
3
La funcionalidad de las Protenas depende de
sus propiedades dinmicas
Flexibilidad
Las protenas no son estructuras rgidas
Su flexibilidad depende de un gran nmero de enlaces
dbiles
Cambios conformacionales
Son pequeas variaciones de la estructura terciaria
Sirven para regular la actividad de las protenas
Interacciones
Unin reversible de ligandos
Interacciones reversibles protena-protena
Se estabilizan mediante enlaces dbiles
Interaccin Protena (P) / Ligando (L)
4
Muchas funciones dependen
de la unin reversible de
ligandos
Tipos de ligandos
En catlisis
P = enzima
L = sustrato, activador,
inhibidor
En sealizacin
P = receptor
L = hormona
En transporte
P = transportador
L = O
2
, lpido, azcar, etc.
En sistema inmunolgico
P = anticuerpo
L = antgeno
P
L
Sitio de
unin
Complejo PL
L
Sitio de unin
Especfico y definido
Interacciones P-L
Enlaces dbiles:
Hidrofbicos
Inicos
Enlaces de H
van der Waals
Otros
Fraccin de Saturacin
Para un solo sitio:
Representacin de Y frente a [L]
1
0,5
0
P + L PL
K
d
Y
5
Constante de
disociacin
Definimos
Fraccin de
Saturacin Y :
[L]
K
d

K
d

Unin dbil
Unin
fuerte
Definicin
de K
d
Concentracin de ligando para la
cual se alcanza la mitad de la
saturacin mxima (L

)
K
d
= L

Afinidad K
d

De las expresiones
anteriores
Ecuacin de una
hiprbola
6
Cooperatividad
Sitios equivalentes e
independientes
K
1
= K
2
= K
n
= L

c = 1
Sitios equivalentes y
dependientes
Supercooperatividad +
Todos simultneamente
c = n
Cooperatividad +
K
1
> K
2
> K
n
1 < c < n
Cooperatividad
K
1
< K
2
< K
n
0 < c < 1
P + L PL
Para varios sitios
K
1
PL + L PL
2
K
2
PL
2
+ L PL
3
K
2
PL
n-1
+ L PL
n
K
n

c coeficiente de Hill
P + nL PL
n
K
Curvas de Cooperatividad Positiva
7
La afinidad aumenta a
medida que se van
ocupando los sitios
Resultado:
Curva sigmoidea
Superposicin de distintas
curvas hiperblicas
tericas
L

representa la afinidad
del conjunto
Para el conjunto No cabe
hablar de K
d
Curva sigmoidea
1
0,5
0
L

Y
[L]
K
d

K
d

U
n
i

n

d

b
il

(
p
r
i
m
e
r

s
it
io
)
Unin fuerte
(ltimo sitio)
U
n
i

n
cooperativa
Alosterismo Homotrpico
8
Existe alosterismo
cuando:
Hay ms de un sitio de
unin
La unin en un sitio afecta
a la afinidad en otros
(dependientes)
Efecto alostrico
homotrpico
Sitios equivalentes
Mismo ligando en los
distintos sitios
Protenas multimricas
Cada sitio en una
subunidad proteica
Es el caso de
cooperatividad
Dos estados conformacionales de
afinidad
T (tenso), baja afinidad
R (relajado), alta afinidad
Modelo concertado (de Monod)
L
L
T
T
Dmero
Modelo secuencial (de Koshland)
R
R
L
L
L
T
T
Dmero
L
R
L
T
R
R
R
R
L
L
L
Alosterismo Heterotrpico
9
Efecto alostrico
heterotrpico
Sitios no equivalentes
Distintos ligandos
Cada uno su sitio
especfico
Positivo activacin
Negativo inhibicin
Se deben a cambios
conformacionales
inducidos por la unin del
efector
Sirven como mecanismo
de regulacin
I
Efector negativo (inhibidor)
Efector positivo (activador)
A
Activador
S
P
Sustrato
S
P
Sustrato
Inhibidor
A
P
I
P
S
P
A
P
S
Curvas de Alosterismo
Solo heterotrpico
Activacin o inhibicin y
no cooperatividad
Activador
Aumenta la afinidad
Inhibidor
Disminuye la afinidad
Homo y heterotrpico
Cooperatividad + activacin o
inhibicin
Activador
Afinidad, cooperatividad
Inhibidor
Afinidad, cooperatividad
10
1
0,5
0
L

Y
[L]
L

+ Activador
1
0,5
0
Y
[L]
+ Inhibidor
+ Activador
Slo
cooperatividad
+ Inhibidor
K
d

K
d

K
d
Ejemplo de Sistemas Alostricos: Protenas Transportadoras
de O
2
11
Mioglobina
Hemoprotena monomrica
Funcin:
Almacenamiento de O
2
en
el msculo
Hemoglobina
Hemoprotena tetramrica
Cada cadena es muy
similar a la mioglobina
Funcin:
Transporte de O
2
y CO
2
entre los pulmones y los
tejidos
Mioglobina
Hemoglobina
El Sitio de Unin del Oxgeno
12
2
0
0
5
)
Fe
2+
Desoxi-Hb Oxi-Hb
O
2
Fe
2+
hemo
His proximal
Fe
2+
Grupo hemo
Fe
2+
-protoporfirina IX
O
2
Histidina
distal
Histidina
proximal
Cavidad
hidrofbica
Cmo Funciona el Transporte de O
2
?
Y Y
Eficiencia del
transporte
El transporte es
eficaz si la
saturacin en
los tejidos es
mucho menor
que en los
pulmones
mala
regular
Muy afn
Poco afn
Muy afn
pO
2
pO
2
13
La mayor eficacia se
consigue con un
comportamiento
cooperativo
(sigmoideo)
Y
pO
2
Y
Eficiencia del
transporte
(Hemoglobina)
buena
(R)
(T)
Cooperatividad
pO
2
Origen Molecular de la Cooperatividad
14
Desoxihemoglobina
Oxihemoglobina
Interfase
1

1
-
2

2

2

1
Transmi-
sin del
cambio a
otras
subunida-
des
Le hemoglobina es un
dmero de dmeros
Interfase
1

1
-
2

2
Interacciones inicas en
forma desoxi (T)
Grupos hemos muy
separados
La unin de O
2
en una
subunidad provoca:
Desplazamiento del Fe
2+
en el plano del grupo
hemo
Cambio conformacional
transmitido a las
subunidades vecinas
(Transicin TR)
Transicin T R en la Hemoglobina
Forma T
(desoxi)
Forma R
(oxi)

1

2

1

2

2
15
1. Unin de O
2
a una subunidad
Cambia sta de T a R
2. Reordenamiento de la
interfase
1

1
-
2

2
3. Cambio conformacional
transmitido a las subunidades
vecinas
Giro de 15 de
1

1
con
respecto a
2

2
Disminucin de cavidad
entre
1
y
2
4. Transicin T R en
subunidades vecinas
Aumento de afinidad por el
O
2
Cooperatividad

1

1

1

1

2
Efectores Alostricos de la Hemoglobina
16
In H
+
, CO
2
y 2,3-bisfosfoglicerato (2,3-BPG)
Efectores heterotrpicos
Actan como inhibidores
Estabilizan forma desoxi (T)
Disminuyen afinidad por el O
2
Facilitan liberacin en los tejidos
Acentan cooperatividad
Mejoran la efectividad del transporte
Permiten regulacin fisiolgica
Modulan la afinidad por el O
2
Transporte de H
+
y CO
2
en sentido inverso al O
2
Papel del 2,3-BPG
17
Compuesto inico
Carga negativa
Se une slo a las formas
T
Sitio de unin slo en las
formas T
2,3-BPG dificulta la
transicin TR
Estabiliza forma desoxi
Inhibe la unin de O
2
Sin 2,3-BPG
Mucha afinidad por O
2
Poca cooperatividad
Baja eficiencia de
transporte
+
+
+
+
+
+
+
+
-
-
-
-
-
p
50
O
2
P
50
O
2

1
0,5
0
Y
pO
2
(torr)
sin 2,3-BPG
con 2,3-BPG
Papel del H
+
(Efecto Bohr)
18
Un pH bajo facilita la
liberacin de O
2
en los tejidos
pH 7,4 (pulmones)
Mayor afinidad
pH 7,2 (msculo activo)
Menor afinidad
Origen molecular del efecto
Bohr
Grupos ionizables protonados
(dos His y N-terminal)
En estado protonado forman
puente salino
Estabilizan forma T (desoxi)
Disminuyen la afinidad por el O
2
Se libera O
2
en los tejidos
pH 7,2 (en
los tejidos)
Protn
aadido
Puente salino que
estabiliza la forma
T (desoxi)
Papel del CO
2
carbamato
19
Una mayor presin parcial de
CO
2
facilita la liberacin de O
2
en los tejidos
En los tejidos, pCO
2
alta
Menor afinidad por O
2
En los pulmones pCO
2
baja
Mayor afinidad por O
2
Origen molecular
CO
2
en los tejidos reacciona
con grupos N-terminal de la
Hb
Forma grupos carbamato con
carga
Participan en puentes salinos
de las formas T
Estabiliza forma desoxi
Facilita liberacin de O
2
Tejidos Pulmones
Y
Variantes moleculares de la hemoglobina
+
+
+
+
+
+
+
+
-
-
-
-
-
Sustituido por Ser
(sin carga +)
Hemoglobina
2

2
20
Hemoglobina fetal
Cadenas en lugar
de
His143 sustituida por
Ser (sin carga +)
Menor afinidad por el
2,3-BPG
Mayor afinidad por O
2
Transferencia de O
2
desde la
hemoglobina
materna
Eritrocitos
maternos
(
2

2
)
Eritrocitos
del feto (
2

2
)
El O
2
fluye desde la
oxihemoglobina materna a la
desoxihemoglobina del feto
Y
Enzimas
Tema 4
1
Catalizadores Biolgicos
2
Ejemplos de reacciones catalizadas
Anhidrasa
carbnica
Pptido o
protena
Proteasa
10
11
veces ms rpida
La especifidad depende de R1
Convierte 6x10
5
molculas por
segundo
10
7
veces ms rpida que sin enzima
Catalizador:
Aumenta la velocidad de
reaccin
No vara G de la reaccin
Facilita la reaccin en
condiciones no extremas
No se consume durante la
reaccin
Los catalizadores
biolgicos son:
Casi siempre protenas
(enzimas)
Excepcionalmente RNA
cataltico (zibozimas)
El Centro Activo
3
Las enzimas son
especficas por sus
sustratos
Interaccin precisa enzima-
sustrato
Sitio de interaccin: centro
activo
Hendidura tridimensional
Zona pequea de la enzima
Propiedades especiales para
la unin y catlisis del
sustrato
Sustrato y centro activo
tienen formas
complementarias
Interaccin a travs de
enlaces dbiles
Uracilo
(parte del
Sustrato)
Serina
Treonina
Ribonucleasa
C
e
n
t
r
o

a
c
t
i
v
o
El Estado de Transicin
Explicacin termodinmica
4
La reaccin transcurre
a travs de un estado
de transicin (S*)
Intermedio entre S y P
Mayor energa que S
Barrera de energa de
activacin
La enzima facilita la
formacin de S*
Reduce la energa de
activacin
Acelera la reaccin
S* es complementario
con el centro activo
S S* P
Sustrato (S)
Producto (P)
Progreso de la reaccin
E
n
e
r
g

a

l
i
b
r
e
De
reaccin
(No catali-
zada)
Estado de
transicin S*
(catalizada)
Energa de
activacin
Modelos del Complejo Enzima-Sustrato
5
La llave y la cerradura
(Fisher, 1890)
Centro activo y sustrato
son perfectamente
complementarios
Reconocimiento molecular
Ajuste inducido
(Koshland, 1958)
La unin del sustrato
induce un cambio en el
centro activo que aumenta
la complementariedad
Reconocimiento molecular
dinmico
Sustrato
Enzima
Complejo ES
Enzima
Complejo ES
Sustrato
Estado de
transicin
6
Tipos de Enzimas
Oxidoreductasas
Catalizan reacciones de
oxidoreduccin
Deshidrogenasas,
oxidasas, oxigenasas,
reductasas, peroxidasas
Transferasas
Catalizan transferencias de
grupos
Transcarboxilasas,
transaminasas,
transmetilasas
Hidrolasas
Catalizan la rotura de
enlaces por adicin de agua
Esterasas, fosfatasas,
peptidasas
Liasas
Catalizan la eliminacin de
grupos para formar un
doble enlace
Descarboxilasas,
deshidratasas,
desaminasas
Isomerasas
Catalizan reordenamientos
moleculares
Epimerasas, mutasas
Ligasas
Catalizan formaciones de
enlace entre dos sustratos,
con energa aportada por la
hidrlisis de ATP
Cofactores Enzimticos
7
Componentes no proteicos requeridos
para la actividad de la enzima
Apoenzima + cofactor = holoenzima
Dos tipos
Iones metlicos
Mg
2+
, Zn
2+
, Cu
2+
, Mn
2+
, ...
Coenzimas
Molculas orgnicas pequeas, muchas son
derivadas de las vitaminas
Su carencia produce enfermedades
Nociones de Cintica Qumica
En condiciones de
equilibrio
Velocidad de reaccin
8
Velocidad
Consumo
de A
Formacin
de B
Constante de
velocidad
A B
k
1
k
-1
En el equilibrio v = 0
Nociones de Cintica Qumica
A B C
Reacciones sucesivas
La velocidad depende del paso ms lento
k
1
k
2
Si k
2
<< k
1
, entonces B C es el paso limitante de la reaccin,
y la velocidad depende slo de k
2
k
2
B = Intermediario
9
Cuando la primera reaccin es reversible, la
llamamos preequilibrio
A B C
k
1
k
-1
k
2
Si k
2
<< k
-1
, entonces A y B pueden llegar virtualmente al equilibrio, y
decimos que se alcanza un estado estacionario
Cintica de la Catlisis Enzimtica
Producto
Complejo
enzima-sustrato
(intermediario)
Preequilibrio
E + S ES E + P
k
1
k
-1
k
2
10
Fase de catlisis:
transformacin de S en P y
recuperacin de E
Fase de afinidad: unin
de S al centro activo de E y
formacin del complejo ES
Es el paso limitante
Constante de
disociacin del
complejo ES
Constante
cataltica (k
cat
)
Modelo Cintico de Michaelis-Menten
11
Relaciona la velocidad de catlisis con la
concentracin de sustrato
Parte de los siguientes supuestos
1. P no se convierte en S
Es cierto cuando [P] es muy baja (al inicio de la
reaccin). Consideramos velocidades iniciales (V
0
)
2. K
2
<< k
-1
Se alcanza el estado estacionario
[ES] se considera constante
3. [E] << [S]
[S] [S]
inicial
Estado Estacionario
12
Tiempo
Estado
Pre-estacionario
C
o
n
c
e
n
t
r
a
c
i

n
Equilibrio
Estado estacionario: d [ES] / d t 0
[E]
Ecuacin de Michaelis-Menten
E + S ES E + P
k
1
k
-1
k
2
1 Velocidad Inicial:
2 En el estado estacionario:
Constante
de Michaelis
13
V
0
alcanza el valor mximo
cuando [ES]=[E]
total
Ecuacin de Michaelis
(curva hiperblica):
Representacin de la Ecuacin de Michaelis
Se representan valores de velocidad inicial , V
0
, para distintos valores de
concentracin inicial de sustrato [S]
1
, [S]
2
, etc
V
0
aumenta al aumentar [S], hasta llegar a la saturacin ([ES] [E]
total
,se
alcanza V
max
)
K
M
representa la [S] para la cual se alcanza la mitad de la V
max
V
max
es un valor asinttico (se alcanza para [S] = ). No se puede obtener de
la representacin hiperblica
14
Equilibrio
Tiempo
P
r
o
d
u
c
t
o
[S]
1
[S]
2
[S]
3
[S]
4
V
e
l
o
c
i
d
a
d

d
e

r
e
a
c
c
i

n
Concentracin de sustrato [S]
Linealizacin de la Ecuacin de Michaelis
Para determinar V
max
y K
M
con precisin la ecuacin de Michaelis se
transforma en una funcin lineal
Representacin de Lineweaber-Burk (o de dobles inversos)
Inverso
15
1/ V
0
1/ [S]
1/ V
max
-1/ K
M
Pendiente:
K
M
/ V
max
Pendiente
Ordenada en
el origen
Recta
Significado de la K
M
16
Dos significados
K
M
es la [S] para cual V
0
= V
max
Representa la [S] necesaria para que ocurra una catlisis
significativa
Cuando k
2
<< k
-1
, K
M
K
S
(constante de disociacin del
complejo ES)
Representa la inversa de la afinidad de la enzima por el
sustrato
K
M
Tiene unidades de concentracin (M)
Para una enzima determinada
K
M
vara segn el sustrato y las condiciones (pH,
temperatura, fuerza inica, ...)

Significado de V
max
y k
2
(k
cat
)
V
max
revela el nmero de recambio de la
enzima
Nmero de recambio = k
cat
nmero de molculas de sustrato convertidas en
producto por unidad de tiempo y por cada molcula de
enzima, en condiciones de saturacin
E + S ES E + P
k
1
k
-1
k
2
17
1 / k
cat
es el tiempo
necesario para la
conversin de una molcula
de sustrato en producto (un
ciclo cataltico)
Unidades
: M s
-1
Unidades:
s
-1
Unidades:
M
Eficacia Cataltica (k
cat
/ K
M
)
En condiciones fisiolgicas las enzimas
no se encuentran saturadas ([S] < K
M
)
En estas condiciones
18
Constante de velocidad para la interaccin entre
E y S
Representa la eficacia cataltica de la enzima
Sirve para comparar la preferencia de una
enzima por diferentes sustratos
Unidades: M
-1
s
-1
Inhibicin Enzimtica
19
Inhibicin: Disminucin de la actividad de
una enzima por accin de un inhibidor
Irreversible
El inhibidor se une fuertementa a la enzima
Ejemplos:
La ampicilina: Modifica covalentemente una
transpeptidasa responsable de la sntesis de la pared
celular bacteriana
La aspirina: Modifica covalentemente una
ciclooxigenasa que produce seales inflamatorias
Reversible
El inhibidor se une a la enzima por enlaces dbiles, y el
complejo EI se encuentra en equilibrio con las formas
libres
Inhibicin Reversible Competitiva
20
Sin inhibidor
[S]
V
e
l
o
c
i
d
a
d

d
e

r
e
a
c
c
i

n
Sustrato
Inhibidor
competitivo
El inhibidor se une a
la enzima libre
Compite con el
sustrato
Puede ser superada a
[S] elevada. No afecta
a la V
max
(ni a la k
cat
)
Afecta a la K
M
Aumenta (K
M
aparente
>
K
M
)
Suelen ser molculas
similares al sustrato
o anlogos del estado
de transicin
Inhibicin Reversible No Competitiva
Sustrato
Inhibidor
no competitivo
21
El inhibidor se une tanto
al E y como al complejo
ES
Se une en un sitio
distinto del sitio activo
No se supera con [S]
elevada
V
max
disminuye
V
max
aparente
< V
max
No afecta a La K
M
V
e
l
o
c
i
d
a
d

d
e

r
e
a
c
c
i

n
Sin inhibidor
[S]
22
Anlisis Grfico de la Inhibicin
Inhibicin competitiva
+ Inhibidor
competitivo
Sin
inhibidor
+ Inhibidor
no competitivo
Sin
inhibidor
Inhibicin no competitiva
-1/K
M
-1/K
M
ap
1/V
max
-1/K
M
-1/V
max
ap
1/V
max
Mecanismos Moleculares de Regulacin Enzimtica
23
Permiten la adaptacin de la actividad a
necesidades fisiolgicas, estados del
desarrollo o condiciones ambientales
Regulacin temporal/espacial
Utilizacin de isoenzimas
Regulacin lenta
Control de la disponibilidad y de la vida media de la
enzima
Regulacin rpida
Control alostrico
Modificacin covalente
Reversible
Irreversible
Isoenzimas
24
P
r
o
f
.

J
.

S
a
l
g
a
d
o

(
U
V
E
G

-
2
0
0
5
)
Son distintas formas de una misma
enzima
Enzimas homlogas presentes en un
mismo organismo
Cada isoenzima en un tejido diferente o en
un momento del desarrollo diferente
Catalizan la misma reaccin, con pequeas
diferencias
Pequeas diferencias en su secuencia
Diferencias en su estructura
Distintos valores de K
M
y/o V
max
Distintas propiedades reguladoras
Vida Media y Disponibilidad de las Enzimas
25
Muchas enzimas presentan una vida
media corta
En las clulas existe un recambio
proteico constante
La concentracin de las enzimas se
encuentra regulada
A travs de la regulacin de su sntesis
Regulacin de la transcripcin y de la traduccin
A travs de la regulacin de su degradacin
Mediada por ubiquitina y ejecutada por el
proteasoma
Enzimas Alostricas
26
Contienen varios centros y
varias subunidades
Centros activos
Centro reguladores
Efecto alostrico
A travs de cambios
conformacionales
Alosterismo homotrpico
Entre centros equivalentes
Cooperatividad
Curvas sigmoides
No siguen la cintica de
Michaelis-Menten
Alosterismo heterotrpico
De centros reguladores sobre
centros activos
sustrato
[sustrato]
V
V
Estado R
Estado T
27
Ejemplo de Enzima Alostrica
Carbamilfosfato Aspartato
+
N-carbamilaspartato
Aspartato
transcarbamilasa
ATCasa
Citidin trifosfato
CTP
Producto final de la ruta
Primer paso de la ruta de sntesis de nucletidos de pirimidina
Ruta de 9 pasos
ATP
Purinas
Produccin energtica
A
c
t
i
v
a
c
i

n
R
e
t
r
o
-
i
n
h
i
b
i
c
i

n
Estructura de la ATCasa
Estructura cuaternaria:
dos trmeros catalticos + tres dmeros reguladores
28
Regulacin Alostrica de la ATCasa
Mecanismo de inhibicin:
Los inhibidores estabilizan
las formas de baja afinidad
(o formas T)
Mecanismos de cooperatividad
y de activacin:
Los sustratos y los activadores
estabilizan las formas de alta
afinidad (o formas R)
29
Estado T
(menos activo)
Estado R
(ms activo)
Favorecido por la unin del
Inhibidor (CTP)
Favorecido por la unin de
los sustratos y del activador (ATP)
Activacin e Inhibicin Alostrica
Inhibicin
Activacin
30
Mayor actividad y curva ms
sensible a la concentracin de
sustratos
Menor actividad y curva menos
sensible a la concentracin de
sustratos
Modificacin Covalente
31
Irreversible
Activacin por
rotura proteoltica
de precursores
inactivos
(zimgenos)
Enzimas de la
digestin
Cascada de
coagulacin
Activacin de
caspasas en
apoptosis
Reversible
Unin covalente de
un grupo qumico
que altera las
propiedades
catalticas de la
enzima
Fosforilacin-
desfosforilacin
Oxidacin-reduccin
Acetilacin-
desacetilacin
Cascada de la Coagulacin
32
Regulacin por Fosforilacin Reversible
33
Fosforilacin
Transferencia de grupo fosforilo desde el ATP a
grupos OH de Ser Thr o Tyr
Cataliza por protenas quinasa
A menudo desencadenan efectos amplificados
Una sola quinasa activa centenares de otras enzimas
que. A su vez cada una de ellas activar centenares
de otras enzimas, ...
Desfosforilacin
Eliminacin de grupo fosforilo de protena
fosforilada
Catalizada por protena fosfatasa
Regulacin de rutas Metablicas
Control a nivel de sustrato
La acumulacin de producto inhibe la accin de
la enzima
Control por retroinhibicin
El producto final de una ruta inhibe el primer
paso de la ruta
Glucosa + ATP Glucosa-6-P + ADP
Hexoquinasa
Inhibicin
34
A B C D N
Retroinhibicin
Estructura y Funcin de
los cidos Nucleicos
Tema 5
1 Parte: Estructura de los cidos
Nucleicos
1
2
Los cidos Nucleicos son Polmeros de Nucletidos
Azcar Azcar Azcar Azcar Azcar
Fosfato
Fosfato Fosfato Fosfato Fosfato
cido Nucleico
Esqueleto azcar-fosfato
Ribosa
Desoxirribosa
5 3
DNA y RNA se diferencian
en el azcar:
En RNA
En DNA
cido
desoxirribonucleico
cido ribonucleico
tomos numerados
con primas
3
Las Bases Pueden ser Purinas o Pirimidinas
Purinas
Pirimidinas
Purina
Pirimidina
Adenina (A) Guanina (G)
Citosina (C) Uracilo (U) Timina (T)
tomos numerados
sin primas
En el DNA se encuentran A,
G, C y T
En el RNA se encuentran A,
G, C y U
4

(
U
V
E
G

-
2
0
0
5
)
Nucletidos: Unidades Monomricas de los cidos Nucleicos
Nuclesido: Base + Azcar
Enlace -glicosdico
Ribosa
A
Adenosina
Nucletido: Nuclesido + Fosfato
Enlace fosfoster
Ribosa
A
Adenosina 5-trifosfato
o adenilato 5-trifosfato
(5-ATP)
En el RNA: adenosina, guanosina,
citidina, uridina
En el DNA: desoxiadenosina,
desoxiguanosina, desoxicitidina,
desoxitimidina
En el RNA: adenilato, guanilato,
citidilato, uridilato
En el DNA: desoxiadenilato,
desoxiguanitato, desoxicitidilato,
desoxitimidilato
1
9
5
La Cadena de Nucletidos: Estructura Primaria
Enlace
fosfodister
Esqueleto azcar-
fosfato
DNA
RNA
Esqueleto azcar-
fosfato
5
5 3
Las secuencias de nucletidos
se escriben siempre en la
direccin 5 3
Estructura Secundaria del DNA
6
La molcula de DNA se pliega
localmente como una doble cadena
heliciodal
Modelo de James Watson y Francis Crick
(1953). Basado en:
Patrn de difraccin de rayos X de Maurice
Wilkins y Rosalind Franklin
Reglas de Erwin Chargaff
Las proporciones A:T y G:C son siempre cercanas
a 1
7
-
2
0
0
5
)
La Doble Hlice del DNA B
Dos cadenas
antiparalelas
complementarias
Doble hlice a derechas
Plano de las bases
perpendicular al eje de
la hlice
~10 pares de bases
(pb) por vuelta
3,4 entre bases
36 de giro cada base
Surco
mayor
Surco
menor
Desde arriba
Cadenas
azcar-
fosfato
Bases
Apiladas
5 3
3
5
Apareamiento entre Bases
8
Guanina Citosina
Adenina Timina
Interaccin especfica
entre pares purina-
pirimidina
Tres enlaces de H entre
G y C
Dos enlaces de H entre
A y T
Adaptado a la anchura
de la hlice
Facilita la replicacin
Los apareamientos
errneos causan
mutaciones
Estabilidad de la Doble Hlice
9
Enlaces por puente de hidrgeno entre las bases
Son ms estables las uniones CG (tres enlaces) que las A=T
(dos enlaces)
Efecto hidrofbico
Interacciones hidrofbicas entre las bases apiladas en el centro
de la hlice
Fuerzas de van de Waals debidas al empaquetamiento de
los anillos de las bases
Fuerzas electrostticas
El DNA es un polianin. La repulsin entre las cargas
negativas de los grupos fosfato se reduce por apantallamiento
con
Cationes divalentes (Mg
2+
)
Protenas bsicas, ricas en Lys y Arg (Histonas)
Poliaminas
Desnaturalizacin del DNA
10
Efecto hipercrmico:
La absorbancia a 260
nm de las bases
apiladas en la doble
hlice es menor que en
las hebras sencillas
A
b
s
o
r
b
a
n
c
i
a
Temperatura
Temperatura
de fusin
Longitud de onda (nm)
A
b
s
o
r
b
a
n
c
i
a
Doble
hlice
Cadena
sencilla
Curva de fusin
Doble
hlice
Cadena sencilla
Al calentar el DNA se
separan las dos
hebras de la doble
hlice
La temperatura de
fusin (T
m
) depende de
la proporcin de pares
CG frente a A=T
El proceso es reversible
y cooperativo
En las clulas est
catalizado por enzimas
helicasas, e implica la
hidrlisis de ATP
Otras Estructuras Secundarias del DNA
11
El DNA de cadena doble puede asumir distintas
conformaciones debido a la flexibilidad del anillo
de ribosa y al giro del enlace C
1
N
DNA B (de Watson y Crick)
En condiciones de humedad elevada
DNA A
En DNA parcialmente deshidratado
11 pb por vuelta, dimetro=26
Semejante a los dplex de RNA y RNA/DNA
DNA Z
Hlice a izquierdas
12 pb por vuelta, dimetro=18
Puede aparecer en zonas con repeticiones CG
Posible funcin en la regulacin de la expresin gnica
Superenrollamiento
DNA circular relajado
Surge al girar una cadena doble de DNA
cuyos extremos estn fijos
Puede ser positivo (DNA sobre-enrollado) o
negativo ( DNA infra-enrollado)
Es ms comn el negativo, y tiene importancia
en los procesos de replicacin y transcripcin
Da lugar a una molcula ms compacta
12
Relajado Superenrollado
DNA circular superenrollado
Superenrollamiento in vivo
13
El superenrollamiento es un proceso catalizado
que requiere energa de la hidrlisis de ATP
Llevado a cabo por las topoisomerasas
Topoisomerasas de tipo I
Catalizan el relajamiento del DNA superenrollado por corte de
una de las hebras
Topoisomerasas de tipo II
Introducen superenrollamiento negativo por corte y giro de las
dos hebras
En procariotas
Asociacin del DNA a un ncleo central de protenas
Superenrollamiento en trenza
En eucariotas
Asociacin del DNA a ncleos sucesivos de protenas
Superenrollamiento solenoidal compacto
Genomas
14
Se llama genoma al conjunto completo de informacin
gentica de un organismo
Se hereda de generacin en generacin
Codificado en secuencias de cidos nucleicos
Organizado en cromosomas
Cada cromosoma contiene una sola molcula de DNA
Los genomas se diferencian por su tamao y complejidad
En procariotas
Un solo cromosoma de DNA circular de cadena doble
Puede haber DNA extracromosmico circular de cadena doble
(llamado plsmido)
En eucariotas
Mltiples cromosomas de DNA lineal de cadena doble
Genoma diploide, excepto en gametos (haploide)
Gran cantidad de DNA no codificador
Las mitocondrias y los cloroplastos tienen genoma propio (similar al
genoma de procariotas)
En virus
Genoma de DNA o RNA, de cadena simple o doble, circular o lineal
El Cromosoma Bacteriano
15
Forma una estructura
llamada nucleoide
DNA circular de cadena
doble, superenrollado y
unido a un ncleo central
proteico
Tetrmeros de la
protena HU
Poliaminas catinicas
Le permite comprimirse
en un espacio pequeo
Cromosoma extendido
(3x10
6
pb) 1,5 mm
Cromosoma
empaquetado 2 m
Centro
proteico
Bucle
relajado
Bucles
superenrollados
Cromosoma de Escherichia coli
Cromosomas Eucariotas
16
Dimetro del
cromosoma
Cromatina
Histonas
Nucleosoma
Fibra
condensada
DNA
Cromosoma
DNA lineal empaquetado
alrededor de octmeros de
histonas
Las histonas asociadas a DNA
forman unidades repetidas
cada 200 pb, llamadas
nucleosomas
El conjunto se asocia en una
fibra condensada que forma la
cromatina
Se consigue una elevada
compactacin
La estructura de la cromatina
regula la expresin gnica
Estructura de los Nucleosomas
17
Unidades repetidas cada 200
pb
Nucleosoma: octmero de
histonas + DNA enrollado (145
pb)
Las histonas son protenas
policatinicas
Muchas Lys y Arg
Estabilizacin electrosttica del
DNA (son polianiones)
Cinco tipos de histonas
2 x (H2A, H2B, H3, H4) forman el
ncleo octamrico
H1 interacciona con el DNA
conector y delimita al nucleosoma
Modificaciones covalentes de las
histonas regulan la funcionalidad
del DNA
Acetilacin, metilacin,
fosforilacin
Ncleo de
histonas
Nucleosomas
DNA
enrollado
(145 pb)
DNA
conector
Tipos de RNA
18
RNA mensajero (mRNA)
Se transcribe en el ncleo a partir de la secuencia de DNA de
los genes. Su secuencia ser leda en el citoplasma para dar
lugar a protenas especficas
RNA de transferencia (tRNA)
Transporta los aminocidos hasta los ribosomas para formar las
protenas
Existen tipos especficos para cada aminocido
Contienen diversas bases modificadas
RNA ribosmico (rRNA)
Principal componente de los ribosomas (formados tambin por
protenas)
RNA nuclear heterogeneo (hnRNA)
Transcritos primarios y precursores del mRNA en clulas
eucariotas
RNA nuclear pequeo (snRNA)
En partculas ribunucleoproteicas nucleares. Participan en el
procesamiento de otros RNA
Estructura de los RNA
3 5
3 5
Bucle
Brazo
Estructura primaria
E
s
t
r
u
c
t
u
r
a

s
e
c
u
n
d
a
r
i
a
19
La mayora son cadenas sencillas
plegadas sobre s mismas
No tienen aplicacin las reglas de
Chargaff
Excepcin: Algunos virus de RNA
de cadena doble
Distintos tipos de estructura
secundaria
Bucles, horquillas, brazos
Regiones dplex con
apareamientos CG (tres enlaces de
H) y A=U (dos enlaces de H) entre
zonas palindrmicas
complementarias
Forman hlices dextrgiras similares a
las de el DNA
Adoptan una estructura terciaria
compleja, por asociacin de
hlices y bucles
Regin palindrmica
(autocomplementaria)
3
5
Estructura
terciaria de
un tRNA
Estructura de los tRNA
20
Brazo aceptor
Anticodn
Brazo del
anticodn
Brazo
variable
Brazo TC
Bucle del anticodn
Bucle TC
Brazo DHU
Bucle DHU
Sitio de unin del
aminocido
activado
Bucle
DHU
Bucle del
anticodn
Bucle TC
Extremo
CCA
5
3
Estructura adaptada a su
funcin
Forma de trbol
Cuatro brazos principales
con zonas dplex
Brazo aceptor
Une el aminocido activado
en el extremo CCA 3
Brazo del anticodn
Contiene la secuencia
complementaria de los
codones del mRNA
Contiene mltiples bases
modificadas
Derivados metilados y
dimetilados de A, U, C y G;
pseudouridina (),
dihidrouridina (DHU)
Estructura del Ribosoma
Maquinaria de sntesis de las protenas de gran tamao molecular
Coeficiente de sedimentacin 70S (Svedberg) en procariotas
Complejo ribonucleoproteico: 2/3 rRNA + 1/3 protenas
Dos subunidades
50S (contiene rRNA 5S y 23 S + 34 polipptidos)
30S (contiene rRNA 16 S + 21 polipptidos)
21
Subunidad 50S Ribosoma (70S,
2700 kDa)
Subunidad 30S
Estructura del rRNA
Estructura terciaria del rRNA 16S:
Determinada mediante cristalografa
de rayos X
Estructura secundaria del rRNA 16S:
Puede deducirse a partir de zonas de
complementariedad de su secuencia
22
Tema 5
2 Parte: Procesos del Metabolismo
Informacional
23
Principios Fundamentales de la Biologa Molecular
1. La informacin codificada en el DNA consiste en una secuencia
especfica de bases nitrogenadas
La REPLICACIN se basa en el apareamiento especfico entre las
bases de cadenas de DNA complementarias
2. La descodificacin de la informacin gentica para su utilizacin
comporta la sntesis de RNA
La TRANSCRIPCIN se basa en el apareamiento especfico entre bases
de cadenas de DNA y cadenas de RNA
3. Con la intervencin de varios tipos de RNA se sintetizan las
protenas, que son responsables de la mayora de las funciones
celulares
La TRADUCCIN de las secuencias de bases en secuencias de
aminocidos ocurre de acuerdo con el cdigo gentico
24
DNA RNA Protenas
transcripcin
traduccin
replicacin
Replicacin
25
Molcula parental original
Primera generacin de molculas hijas
Segunda generacin de molculas hijas
Sntesis de copias
nuevas de DNA a partir
de un molde
preexistente
Ocurre una sola vez en la
vida de la clula, antes de
la divisin celular
Proceso rpido y exacto,
con mecanismos de
reparacin eficaces
Siempre se da en la
direccin 5 3
La replicacin es semi-
conservadora
Cada hebra de una cadena
doble de DNA sirve de
molde para la sntesis de
una hebra complementaria
Requerimientos para el Proceso de Replicacin
26
Molde de DNA preexistente
Cadena (o fragmento de cadena) simple
Cebador (primer)
Pequeo fragmento de RNA (~5 nucletidos) con el grupo 3-OH libre, unido al
DNA molde (sintetizado por la primasa del primosoma)
Precursores activados
Desoxinucletidos 5-trifosfato (dATP, dGTP, dTTP, dCTP)
DNA-polimerasas
Catalizan la formacin de enlaces fosfodister dirigida por un molde de DNA
(actividad polimerasa 5 3) y la correccin de errores (exonucleasa 3 5)
Requieren Mg
2+
y un cebador con su extremo 3-OH libre
Tres tipos:
DNA polimerasa I (Pol I): Elimina el cebador mediante una actividad exonucleasa 5
3 y sintetiza DNA en su lugar
DNA polimerasa II (Pol II): Funcin desconocida (quiz similar a la Pol I)
DNA polimerasa III (Pol III): Sntesis de la nueva cadena de DNA a partir del cebador
Otras enzimas
Primasa: RNA polimerasa que sintetiza el cebador. Forma parte del primosoma
Helicasa (Dna B): Separa las dos hebras del DNA dplex. Requiere ATP
Girasa (topoisomerasa II): Genera superenrollamiento negativo. Requiere ATP
Ligasa: Une fragmentos nuevos sintetizados
27
Proceso de Replicacin: Iniciacin
1. La replicacin se inicia en
lugares especficos
En procariotas el origen es nico,
y se llama locus oriC
Contiene secuencias de ricas en
AT y cuatro sitios de unin para
la protena DnaA
La unin de la DnaA inicia el
proceso
2. La helicasa, DnaB, separa las
dos hebras de DNA
Se forman un oj o y dos
horquillas de replicacin
El proceso genera tensin
(enrollamiento) que es relajada
por la accin la girasa
Topoisomerasa II que
introduce superenrollamiento
negativo (con consumo de ATP)
3. Las cadenas simples se
estabilizan por las SSB (protenas
de unin a cadena simple)
Secuencia consenso (13 pb)
secuencias ricas en
AT en tandem
Sitios de unin para
la protena DnaA
Origen de replicacin en E. coli
tetrmeros
SSB
en las horquillas
de replicacin
ojo de
replicacin
horquilla de
replicacin
ATP
helicasa
ADP+P
i
girasa
girasa
28
0
5
)
Proceso de Replicacin: Elongacin
4.La primasa del primosoma
sintetiza cebadores de RNA sobre
las hebras simples de la horquilla
5.La Pol III sintetiza nuevo DNA a
partir del cebador
Siempre en direccin 53
La hebra gua se sintetiza de
manera continua
La hebra retardada forma un
bucle donde la sntesis de DNA
ocurre de manera discontinua en
fragmentos de Okazaki
6.La Pol I elimina los RNA cebadores
y sintetiza DNA en su lugar
Tiene actividad exonucleasa 53
y polimerasa 53
7.Los fragmentos de la hebra
retardada son ligados por la DNA
ligasa
Helicasa
Hebra
retardada
Protenas SSB
Primosoma
5
5
5
3
3
3
3 5
Primasa
Holoenzima
DNA Pol III
5
3
3
5
5
3
Girasa
Hebra
gua
DNA Pol I
DNA ligasa
Fragmentos
de Okazaki
Cebador
29
La maquinaria
de replicacin
Girasa
(topoisomerasa)
Avance de la
horquilla
Primosoma
Protena
abrazadera
Dmero de
Pol III
Protena
pinza
Cadena
gua
Cadena
retardada
Ligasa
Pol I
Fragmento de
Okazaki
Cebador
(RNA)
Protenas de
Unin a cadena
simple (SSB)
Helicasa
Cebador
Replisoma
Holoenzima Pol III:
Dmero asimtrico
Sintetiza la
cadena gua
Sintetiza la
cadena retardada
Mutaciones
30
Cambios en la secuencia del
DNA. Tipos:
Sustitucin de un par de bases
por otro
Eliminacin (delecin) de parte
de la secuencia
Insercin de pares de bases
Pueden ocurrir de manera
espontnea
Transiciones A<>G o T<>C
debidas a tautomerizaciones
Amino (-NH
2
) imino (=NH)
Ceto ( ) enol ( )
Pueden deberse a agentes
mutagnicos
Radiacin ultravioleta
Reactivos qumicos
Molculas aromticas planas
(agentes intercalantes)
Citosina Tautmero imino
de Adenina
Mutacin por tautomerizacin:
Apareamiento anmalo transicin
Mutacin por radiacin: La luz
ultravioleta produce dmeros de pirimidina
C=O
C-OH
Dmero de timina
31
Mecanismos de Reparacin
El nivel de fidelidad de las
copias de DNA es muy alto,
debido a:
La especificidad enzimtica
de la maquinaria replicativa
La correccin de errores de
las DNA polimerasas mediante
prueba de lectura
Detectan nucletidos
incorrectos y los eliminan
hacia atrs (actividad
exonucleasa 35)
Los mecanismos de
reparacin post-replicativos
Reparacin directa
Reparacin por escisin de
bases
Reparacin por escisin de
nucletidos
Reparacin directa
La regin daada se corrige
in situ
La DNA fotoliasa utiliza
energa de la luz para
eliminar los dmeros de
pirimidina formados por
radiacin UV
Por escisin de bases
Las bases daadas se
retiran y se reemplazan
Por escisin de nucletidos
Se elimina y se reemplaza
un fragmento en torno a la
zona daada
La escinucleasa urvABC
escinde 12 nucletidos en la
zona daada
Regeneracin a cargo de la
DNA Pol I y la DNA ligasa
Replicacin en Eucariotas
Los eucariotas poseen cinco DNA
polimerasas
, inicia la sntesis
, funcin de reparacin
, elongacin
, papel desconocido
, replicacin del genoma
mitocondrial
32
Ms compleja y ms lenta
que en procariotas
Por el mayor tamao y
complejidad del genoma
Mltiples orgenes de
replicacin
Cada uno representa una
unidad de replicacin
(replicn) bidireccional
La replicacin se encuentra
regulada de acuerdo con el
ciclo celular
Sntesis de DNA limitada a
la fase S, y coordinada con
la divisin celular (mitosis)
Ciclo celular
Comienza la
sntesis de DNA
Comienza la
mitosis
Expresin Gnica
33
Expresin de la informacin
gentica (secuencias de
DNA)
Sntesis de las molculas que
realizan funciones
Principalmente protenas
El molde para la sntesis de
protenas es mRNA
Adems, tRNA y rRNA
participan en la sntesis de
protenas
La expresin gnica consta
de dos procesos
Transcripcin
Sntesis de los RNA a partir de
DNA molde
Traduccin
Sntesis de protenas a partir de
un molde de mRNA
Cromosoma
Genes
T
r
a
n
s
c
r
i
p
c
i

n
DNA
(genoma)
Transcrito
RNA
(transcriptoma)
Protena
(proteoma)
T
r
a
d
u
c
c
i

n
Transcripcin
Sntesis de RNA a partir de un
molde de DNA
Siempre se da en la direccin
53
No requiere cebador
Implica segmentos cortos
(regiones codificadoras) que
no se transcriben necesariamente
de manera simultanea
Ocurre mltiples veces a lo
largo de la vida de la clula
Slo una hebra del DNA acta
como molde
El nuevo RNA es complementario
de la hebra molde ( - )
El nuevo RNA tiene la misma
secuencia que la hebra
codificadora ( +) , pero tiene U
en lugar de T
Como referencia, la direccin de la
hebra codificadora se utiliza como
direccin del gen
34
RNA polimerasa
Enrollamiento Desenrollamiento
Hebra molde Hebra codificadora
RNA naciente
Doble hlice hbrida
RNA-DNA
Avance de la polimerasa
Punto de
elongacin
Requerimientos para la Transcripcin
35
RNA polimerasas
De procariotas De eucariotas
Inicio de la
transcripcin
Secuencia
Consenso
(caja TATA o Pribnow)
+1 -10
Unidad de transcripcin
Terminador Promotor
+1 -35 -10
Unidad de transcripcin de DNA
con promotor y terminador
Promotor: secuencia especfica
de tamao variable
En ella se encuentran dos secuencias
consenso a ~ -35 y -10 pb con
respecto al sitio de inicio
RNA polimerasa
Complejo de cinco tipos de
polipptidos: , , , ,
El factor reconoce el sitio de inicio
permite la unin a la cadena molde

2
, , y forman la enzima
central que cataliza la sntesis de
RNA
No tiene actividad nucleasa (no
puede corregir errores)
Nucletidos activados
CTP, GTP, ATP, UTP
36
Proceso de Transcripcin: Iniciacin
1. La holoenzima
2

reconoce al promotor
de una unidad de
transcripcin
El reconocimiento se
debe al factor
Existen distintos factores
para distintos tipos de
promotores
2. Apertura del promotor
Desenrollamiento y
separacin de las
cadenas de DNA en la
zona de inicio
3.Unin del primer
nucletido trifosfato a
la RNA polimerasa
Suele ser ATP o GTP
Se une por apareamiento
de bases a la hebra
molde de DNA
Apertura del promotor
DNA de
doble hlice
DNA desenrollado
(abiertos 17 pb)
RNA polimerasa
37
Proceso de Transcripcin: Elongacin
RNA polimerasa
Enrollamiento
Desenrolla-
miento
Hebra molde Hebra codificadora
RNA naciente
Doble hlice hbrida
RNA-DNA
Avance de la polimerasa
Punto de
elongacin
P P P
OH
X
5
3
Burbuja de transcripcin
4. Unin de sucesiva de los
siguientes nucletidos
Cada uno se une al 3-OH libre del
anterior por enlace fosfodister
Se van seleccionando por
apareamiento especfico con la hebra
de DNA molde
Se forma una hlice dplex hbrida
DNA/RNA de ~8 pb
La regin que contiene la RNA
polimerasa y la hlice hbrida se
llama burbuja de transcripcin
5. Avance de la burbuja
La hlice de DNA se va
desenrollando por
delante y enrollando
por detrs
El factor se suelta.

2
contina hasta la
terminacin
Unin sucesiva de nuevos nucletidos
X
P P P
P OH
Y
YTP
PPi
3
5
Enlace
fosfodister
38
Proceso de Transcripcin: Terminacin
6. Llegada a la seal de terminacin
en la hebra molde
Secuencia palindrmica rica en
GC seguida de secuencia rica en AT
Se forma una estructura en horquilla
en el RNA transcrito
La polimerasa se para y el hbrido
DNA/RNA se vuelve inestable
La transcripcin finaliza en los
residuos de U que siguen a la
horquilla
7. Disociacin
Disociacin del hbrido DNA/RNA
Fusin y enrollamiento del DNA
abierto
Desprendimiento de la RNA
polimerasa
Terminacin dependiente del
factor (en algunos casos)
Actividad DNA/RNA helicasa,
dependiente de ATP, que disocia el
complejo de transcripcin
Regin palindrmica
(autocomplementaria)
Oligo poliU
Seal de terminacin
Terminacin dependiente del factor
Factor
(hexmero)
RNA polimerasa
DNA/RNA
RNA 5
39
Regulacin de la Transcripcin (en Procariotas)
Constituye el control
ms importante de la
expresin gnica
La afinidad de la RNA
polimerasa por el
promotor es el primer
nivel de control
Depende de la secuencia
del promotor y del tipo
de factor
Genes de expresin
constitutiva
Son transcritos
continuamente
Genes inducibles
Su transcripcin vara
segn las condiciones o
las necesidades
metablicas
Se regulan a travs de
centros operadores
secuencias reguladoras
cercanas al promotor
Algunos genes que
participan en una
misma adaptacin
regulan su expresin
de manera conjunta
Forman unidades de
expresin llamadas
operones
Modelo del Opern de Jacob y Monod
40
Gen regulador (i)
Contiene su propio
promotor
Codifica la protena
represora (represor)
Opern. Consta de:
Secuencias de regulacin
Promotor
Operador
Genes estructurales
Codifican protenas que
participan en una misma
adaptacin
Puede regularse por
induccin o por
represin
Esquema general del modelo
del opern
Gen
regulador
Centros de
control
Genes
estructurales
Opern
Esquema del opern de la
lactosa
Opern de
la lactosa
Induccin: El Opern de la Lactosa
En ausencia de lactosa
41
Regula en paralelo la expresin
de enzimas relacionadas con la
utilizacin de lactosa en
ausencia de glucosa
-galactosidasa (z)
Galactosido permeasa (y)
Tiogalactosido transacetilasa (a)
En ausencia de lactosa
No hay inductor
El represor sin inductor se une al
operador
Impide a la RNA polimerasa
transcribir z, y, a
En presencia de lactosa
Se forma el inductor alolactosa
El represor con inductor inactiva
al represor
Los genes z, y, a se transcriben
En presencia de lactosa
El represor unido al centro
operador bloquea la transcripcin
de los genes z, y, a
Represor
-galactosidasa Permeasa
Trans-
acetilasa
Inductor
Alolactosa
(o molcula
anloga)
Metabolismo de
la lactosa
RNA pol bloqueada
RNA pol no bloqueada
Represin: El Opern del Triptfano
42
trpL trpE trpD trpC trpB trpA o p trpR p
En ausencia de Trp
RNA pol no bloqueada
mRNA
mRNA
Enzimas de la
sntesis del Trp
Represor
inactivo
trpL trpE trpD trpC trpB trpA o p trpR p
En presencia de Trp
RNA pol bloqueada
mRNA
Represor
inactivo
Represor
activo
Trp
(corepresor)
Regula en paralelo la expresin
de enzimas relacionadas con la
sntesis de Trp
El Trp acta como corepresor
En ausencia de triptfano
El represor no puede unirse al
operador
La RNA polimerasa transcribe los
genes relacionados con la
sntesis de Trp
En presencia de Trp
El Trp se une al represor
El complejo activo represor/Trp
se une al operador
La RNA polimerasa queda
bloqueada
Procesamiento Post-transcripcional en Procariotas
43
Ribonucleasa P
tRNA
Ribonucleasa III Ribonucleasa III
rRNA 16S
rRNA 23S rRNA
5S
5 3
OH
tRNA
5
CCA-
3
OH
1- Corte
2- adicin de CCA
tRNA
maduro
5
CCA-
3
OH
3- Modificacin de bases
Procesamiento:
Modificacin Post-
transcripcin de algunos
RNA transcritos
Transcrito primario
RNA recin sintetizado, no
modificado
En procariotas
Los mRNA no se procesan
Los rRNA y tRNA se
obtienen por corte y
modificacin de
transcritos primarios
Intervienen RNAs
catalticos
Transcripcin en Eucariotas
44
Tiene lugar en el ncleo
Existen tres tipos de RNA polimerasas (cada una
reconoce un tipo de promotor)
RNA polimerasa I
Sintetiza precursores de los rRNA
RNA polimerasa II
Sintetiza precursores de los mRNA
RNA polimerasa III
Sintetiza precursores de los tRNA
Promotores complejos y secuencias potenciadoras
Caja TATA entre 30 y 100
Otras secuencias (caja CAAT, caja GC)
Son necesarios los factores de transcripcin
Se unen a los promotores y secuencias potenciadoras
Guan la unin de la polimerasa
Procesado en Eucariotas
45
En eucariotas, todos los productos
de la transcripcin deben procesarse
En los pre mRNA se modifican los
extremos 5 y 3
Casquetes 5: en el extremo 5 se
aade 7-metilguanosina y se metilan
algunas ribosas
En el extremo 3 se aade una cola de
poli(A) de ~250 residuos
Maduracin:
Eliminacin de intrones por corte y
empalme
Llevada a cabo por partculas
ribonucleoproteicas nucleares pequeas
(snRNPs)
Contienen RNA cataltico (ribozimas)
El conjunto mRNA + snRNPs se llama
espliceosoma
Algunos RNA son capaces de
automadurarse (RNA autocataltico)
P
r
e

m
R
N
A
5
3
7
7-metil-
guanosina
2-metilribosa
2
Espliceosoma
Complejo
U4-U5-U6
Pre mRNA
Exn 1 Exn 2 Intrn
Traduccin
46
Sntesis de protenas a
partir de un molde de
mRNA
En procariotas ocurre
inmediatamente despus de
la transcripcin
El transcrito primario sirve
de mRNA
Transcripcin y traduccin
pueden ocurrir
simultneamente
En eucariotas est separada
de la transcripcin en
espacio y tiempo
El transcrito primario se
procesa y el mRNA se
transporta fuera del ncleo
Permite una regulacin ms
compleja
Expresin de protenas
en procariotas
Ribosoma
Protena
naciente
Ribosoma
Protena
naciente
Expresin de protenas
en eucariotas
Ncleo
Transcrito
primario
Citosol
Transporte
Procesado
Requerimientos para la Traduccin
47
mRNA
Molde con la secuencia organizada en codones
Los codones son tripletes de bases del mRNA
Son ledos por apareamiento especfico con anticodones de los aminoacil-tRNA
Debe contener al menos una pauta abierta de lectura
En procariotas suelen existir mRNAs policistrnicos (o polignicos) que contienen varias pautas
abiertas de lectura en tandem
Ribosoma
Complejo ribonucleoproteico de rRNA y protenas
Une el mRNA molde y los distintos tRNA
Cataliza la formacin de los enlaces peptdicos de la nueva protena
tRNA
Especficos para cada uno de los 20 aminocidos (al menos uno por
aminocido)
Transportan los aminocidos activados hasta el ribosoma
Cada uno contiene un anticodn (complementario con un codn del mRNA)
Aminoacil-tRNA sintetasas
Activan y unen un aminocido a cada tRNA
Especficas para cada aminocido
Interpretan el cdigo gentico
Requieren ATP
Diversos factores proteicos
Caractersticas del Cdigo Gentico
48
Es la relacin entre la secuencia de bases del DNA
(o de su mRNA transcrito) y la secuencia de
aminocidos de las protenas
Codn: grupo de tres bases que codifican un aminocido
Las secuencias se leen a partir de un punto de inicio
(AUG)
El codn de iniciacin establece el marco o pauta de lectura
El resto de codones se leen a partir del de iniciacin
El cdigo no solapa
El cdigo est degenerado
64 tripletes posibles para 20 aminocidos ms la parada
Todos los aminocidos, excepto Trp y Met, se codifican por ms de
un codn
Hay tres codones de terminacin (UAA, UAG y UGA)
Los codones sinnimos difieren casi siempre en la ltima base (las
dos primeras especifican la identidad del aminocido)
El cdigo gentico es casi universal
Las mitocondrias y los protozoos ciliados tienen algunos
codones diferentes
49
El Cdigo Gentico
Primera posicin
(extremo 5)
Segunda posicin
Tercera posicin
(extremo 3)
Variaciones del Cdigo en Mitocondrias
Codn
Cdigo
estndar
Cdigo
mitocondrial
50
Los tRNA
51
Molculas adaptadoras
Se unen a codones especficos y
transportan aminocidos
especficos
Anticodn y sitio del aminocido
estn en brazos opuestos
Muchas bases poco comunes
Impiden apareamientos
normales
Facilitan interacciones especiales
Relacionadas con su estructura
terciaria
Relacionadas con interacciones
con la aminoacil-tRNA sintetasa y
protenas ribosmicas
Aminoacil-tRNA
Intermediario de la sntesis de
protenas
ster de tRNA+aminocido
Sitio de
unin
del
aminocido
Nuclesidos modificados
UH
2
: dihidrouridina
I: inosina
mG: metilguanosina
m
2
G: dimetilguanosina
T: ribotimidina
ml: metilinosina
: pseudouridina
tRNA de la alanina
5
3
Las aminoacil-tRNA sintetasas
52
Catalizan la adicin de un
aminocido sobre su tRNA
Dos etapas catalizadas por la
misma enzima
Activacin del aminocido
Formacin del intermediario
activado aminoacil-AMP
Se consume ATP y se
desprende pirofosfato (PPi)
Una pirofosfatasa hidroliza el PPi
para impulsar la reaccin
Consume una segunda
molcula de ATP
Transferencia del aminocido
activado a su tRNA especfico
Se transfiere sobre el grupo 2-OH
o 3-OH libre del tRNA
Se forma un aminoacil-tRNA
mediante enlace ster
Aminoacil-tRNA
tRNA
3
Adenina
aminocido
Especificidad de las aminoacil-tRNA sintetasas
53
Doblemente especficas por
reconocimiento molecular
Para cada aminocido
Reconocen propiedades de carga,
hidrofobicidad, tamao
Para cada tRNA correspondiente
Interaccionan especficamente con
el brazo aceptor y con el brazo del
anticodn
Conocen e interpretan el
cdigo gentico
Son capaces de corregir
errores
Contienen sitios especiales de
revisin
Si el aminocido es incorrecto es
hidrolizado del tRNA
Alta fidelidad
Brazo
aceptor
Sitio de
revisin
Sitio de
activacin
Lazo del
anticodn
t
R
N
A
Aminoacil-tRNA
sintetasa
Complejo treonil-tRNA
sintetasa
Reconocimiento
Especfico del
Lazo del anticodn
El Ribosoma (Procariota)
54
Sitio de formacin
del enlace peptdico
(formado por RNA)
Estructura del Ribosoma
Coordina las interacciones
entre el molde (mRNA) y el
adaptador (tRNA)
Complejo supramolecular de
RNA y protenas
La funcionalidad principal se
debe a los rRNA (ribozimas)
Tres tipos de rRNA (5S, 16S,
23S) procedentes de un
transcrito comn (30S)
Dos subunidades
Grande (50S)
Funcin de catlisis (actividad
peptidil transferasa)
Pequea (30S)
Funcin de reconocimiento
Las protenas del ribosoma
tienen una funcin estructural
Sitios de Unin en el Ribosoma
55
Sitios de unin para los tRNA
Sitio A
Para la unin de los aminoacil-tRNA
Sitio P
Para la unin del peptidil-tRNA
Sitio E
Sitio de salida del tRNA recin
descargado
Sitio de unin del mRNA
En la subunidad 30S
En el rRNA 16S de esta subunidad se
encuentra un sitio de reconocimiento
de la secuencia de iniciacin del
mRNA
Va de salida del nuevo
polipptido
Tnel a travs de la subunidad 50S
Conecta con el sitio activo, donde se
forma el enlace peptdico
S
i
t
i
o

E
S
i
t
i
o

P
S
i
t
i
o

A
30S
50S
Tnel de la subunidad 50S
Caractersticas de la Traduccin
56
La direccin de la sntesis de protenas es siempre
N-terC-ter
El mRNA molde se lee en direccin 53
El aminocido que se incorpora viene determinado
slo por las interacciones codn-anticodn
Excepto en el caso del 1
er
aminocido, donde se reconoce
especficamente un aminoacil-tRNA de iniciacin por el
factor de iniciacin 2 (IF2)
Se reconocen principalmente las dos primeras bases del
codn (balanceo de las bases)
Existe cierta libertad en el apareamiento de la tercera base
La estereoespecificidad es importante para la
formacin del enlace peptdico
No pueden utilizarse D-aminocidos
Seal de Iniciacin en Procariotas
57
La traduccin comienza en un punto
especfico
El codn de iniciacin es AUG (Met)
Se encuentra precedido de la secuencia de Shine-
Dalgarno, rica en purinas (G,A) lo que le diferencia
de otros AUG internos
La secuencia de Shine-Dalgarno interacciona
especficamente con una zona del rRNA 16S rica en
pirimidinas (C,U)
El codn de iniciacin aparea especficamente
con un aminoacil-tRNA iniciador que contiene
N-formilmetionina en lugar de metionina
(fMet-tRNA
f
)
Mecanismo de la Traduccin: Iniciacin
58
1.Formacin del complejo
de iniciacin 70S
Previamente se ensambla un
complejo de 30S que
contiene:
mRNA unido a la subunidad
30S con la secuencia de
Shine-Dalgarno
interaccionado con rRNA 16S
fMet-tRNAf unido en el sitio P
y apareado con el codn de
iniciacin
El ensamblaje es ayudado
por los factores de iniciacin
IF1, IF2, IF3
Requiere GTP
Subunidad 30S
Factores de iniciacin
Complejo de iniciacin 30S
Complejo de iniciacin 70S
Subunidad 50S + H
2
O
Mecanismo de la Traduccin: Elongacin
59
2.Transporte del segundo
aminoacil-tRNAs (y sucesivos)
al sitio A del ribosoma
Dependiente de factores de
elongacin EF-Tu y EF-Ts y de
GTP
3.Formacin del enlace peptdico
Transferencia de grupo peptidil
al tRNA del sitio A
4.Translocacin simultanea de los
tRNAs y del mRNA
Dependiente del factor de
elongacin EF-G y de GTP
Movimiento del mRNA en la
distancia de un codn
Movimiento del tRNA vaci al sitio
E
Movimiento del peptidil-tRNA al
sitio P (el sitio A queda libre)
5.Disociacin del tRNA libre
Transporte y unin del
aminoacil-tRNA
GTP
GDP + P
i
EF-Tu
EF-Ts
Formacin del enlace
peptdico
Translocacin
GTP
GDP + P
i
EF-G
Mecanismo de la Traduccin: Terminacin
60
6. Llegada de un codn de parada (UAA, UGA o
UAG) del mRNA al sitio A
El codn de terminacin es reconocido por un factor de
liberacin (RF1 o RF2)
Estos son protenas (no hay tRNA para los codones de
terminacin)
El reconocimiento es ayudado por el factor de liberacin
RF3
Requiere GTP
7. Hidrlisis del enlace ster que une el polipptido
al tRNA y liberacin del polipptido
8. Liberacin del mRNA y del ltimo tRNA y
disociacin del complejo de traduccin
Requiere el factor de liberacin del ribosoma (RRF) y
GTP
Sntesis de Protenas en Eucariotas
61
Las principales diferencias con respecto a
procariotas son:
Tamao del ribosoma
En eucariotas el ribosoma es de 80S, con dos
subunidades de 60S y 40S
Iniciacin
Se inicia con Met y no con N-formil-Met, aunque
tambin existe un tRNA especial de iniciacin
No hay secuencia de Shine-Dalgarno
El codn de iniciacin se encuentra por rastreo (es el
ms prximo a 5). Los mRNA son monocistrnicos
Los eucariotas presentan un mayor nmero de
factores de traduccin