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Section des Units de recherche

Rapport de lAERES sur


lunit :
Procds alimentaires et microbiologiques
sous tutelle des
tablissements et organismes :
Universit de Bourgogne
Agrosup Dijon
Mai 2011




Section des Units de recherche

Rapport de lAERES sur
lunit :
Procds alimentaires et microbiologiques
sous tutelle des
tablissements et organismes :
Universit de Bourgogne
Agrosup Dijon

Mai 2011


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Unit
Nom de l'unit : Procds Alimentaires et Microbiologiques (PAM)
Label demand : UMR_MA
N si renouvellement : fusion des EA 581, 4181 et 4149
Nom du directeur : M. Patrick GERVAIS
Membres du comit d'experts
Prsident :
M. Grard GOMA, INSA, Toulouse, France
Experts :
Mme Marguerite DOLS, ENSCBP, Bordeaux, France
M. Jean-Marc ENGASSER, INPL, Nancy, France
Mme Camille MICHON, AgroParisTech, Paris, France
M. Jean-Marie SABLAYROLLES, INRA, Montpellier, France
M. Philippe SCHMITZ, INSA, Toulouse, France
Reprsentants prsents lors de la visite
Dlgu scientifique reprsentant de l'AERES :
M. Claude MARANGES
Reprsentant(s) des tablissements et organismes tutelles de l'unit :
Mme Monique DUMAS, VP CS, Universit de Bourgogne
M. Pierre-Andr MARECHAL, Directeur gnral dlgu, Agrosup Dijon


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Rapport
1 Introduction
Date et droulement de la visite :
La visite du comit sest droule les 2 et 3 mai 2011.
Les 2 journes sur site se sont droules avec auditions compltes, en sances publiques, animes la fois
par les responsables dquipes passs et futurs en sances publiques. Laudition des enseignants
chercheurs, des personnels BIATOSS, des doctorants et des tutelles fut trs positive. Une visite des locaux
avec prsentation des exprimentations cls a t organise.
Les conditions daccueil et de travail ont t parfaites.
Historique et localisation gographique de lunit et description
synthtique de son domaine et de ses activits :
Lunit Procds Alimentaires et Microbiologiques (PAM) est en cours de constitution par le
regroupement de 3 quipes :
- Gnie des procds Microbiologiques et Alimentaires (GPMA) dirige par P. Gervais avec deux
directeurs adjoints J.M. Perrier-Cornet et R Cachon
- Recherche Vigne et Vin (ReVV ) dirige par H Alexandre
- Eau,Molcules actives, Macromolcules et Activits (EMMA) dirige P. Cayot
Par ses activits, elle sinscrit dans le Ple Agroalimentaire Dijonnais.
A la suite de la cration du PRES Bourgogne /Franche Comt en 2010 regroupant, entre autres, lUniversit
de Bourgogne et Agrosup Dijon (fusion ENESAD et ENSBANA), lopportunit de fdration dquipes aboutit
au projet dunit PAM, qui personnalise une thmatique centre sur les Procds Alimentaires et
Microbiologiques.
PAM est la dnomination de la future unit qui regroupera deux quipes finalit gnrique : i) Procds
microbiologiques et biotechnologiques-PMB- (ex GPMA), ii) Procds alimentaires et physicochimie-PAPC-
(ex EMMA) et une quipe oriente filire Vin-Aliments, Microbiologie et Stress- VALMIS-(ex ReVV)).
Les activits de transfert de cette nouvelle unit sont ralises en relation avec une structure opratrice
SAS, filiale de transfert de lUB Welliance Agroalimentaire et Bioindustriel faisant partie de linstitut
Carnot Qualiment ainsi quavec le ple de comptitivit Vitagora .
Equipe de Direction :
Lunit PAM en cours de constitution sera dirige par P. GERVAIS avec 3 directeurs adjoints : H. Alexandre,
P. CAYOT et J.M. PERRIER-CORNET.

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Effectifs de lunit : (sur la base du dossier dpos lAERES) :

Dans
le
bilan
Dans
le
projet
N1 : Nombre denseignants-chercheurs (cf. Formulaire 2.1 du dossier de
lunit)
34 37
N2 : Nombre de chercheurs des EPST ou EPIC (cf. Formulaire 2.3 du
dossier de lunit)
0 0
N3 : Nombre dautres enseignants-chercheurs et chercheurs y compris
chercheurs post-doctorants (cf. Formulaire 2.2, 2.4 et 2.7 du dossier de
lunit)
29 1
N4 : Nombre dingnieurs, techniciens et de personnels administratifs
titulaires (cf. Formulaire 2.5 du dossier de lunit)
4,75
ETP
4,65
ETP
N5 : Nombre dingnieurs, techniciens et de personnels administratifs
non titulaires (cf. Formulaire 2.6 du dossier de lunit)
5
N6 : Nombre de doctorants (cf. Formulaire 2.8 du dossier de lunit) 27
N7 : Nombre de personnes habilites diriger des recherches ou
assimiles
23 25
2 Apprciation sur lunit
Avis global sur lunit:
La nouvelle unit PAM (Procds Alimentaires et Microbiologiques) rsulte du regroupement de trois
quipes de recherche de l'Universit de Bourgogne : Gnie des Procds Microbiologiques et
Alimentaires (GPMA) centre sur la comprhension des mcanismes des rponses cellulaires diffrents
types de stress environnementaux, Eau, Molcules actives, Macromolcules et Activits (EMMA) dont les
thmatiques portent sur la matrice alimentaire, ses proprits rhologiques, ses relations avec leau et ses
proprits de rtention et de libration de composs actifs, et Recherche Vigne et Vin (ReVV)
principalement oriente sur ltude des mcanismes de stress chez les microorganismes du vin.
Globalement les trois quipes comprennent 38 Enseignants-Chercheurs dont 23 HDR, 7 ingnieurs et
techniciens et prs d'une trentaine de doctorants.
La cration de l'unit s'inscrit dans le cadre d'une politique globale de restructuration du ple universitaire
agroalimentaire de Dijon. Ainsi PAM (UMR AgroSup Dijon/Universit de Bourgogne) sera la premire Grande
Unit de recherche du nouvel tablissement AgroSup Dijon, issu de la fusion des deux Ecoles de l'ENSBANA
et de lENESAD. En regroupant l'ensemble des forces dijonnaises en microbiologie et procds
agroalimentaires PAM se positionnera aussi en complmentarit de la nouvelle TGU INRA dans le domaine
du got et de la sensorialit des aliments.

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Les trois quipes, qui constituent un ensemble relativement bien quilibr, ont acquis des expertises
exprimentales et mthodologiques bien reconnues dans leurs domaines respectifs. Elles s'appuient sur un
important rseau de partenariats acadmiques et industriels, sur la filiale de transfert Welience et le ple
de comptitivit Vitagora. Leurs activits bnficient d'une excellente dynamique contractuelle rpartie
sur des projets dimension rgionale, nationale et internationale. Elles donnent lieu un bon niveau de
production scientifique.
Le projet de fusion est confort par la volont affiche des quipes dirigeantes, lexistence de
collaborations et publications communes entre les quipes et la mise en place daxes danimation
transversaux. L'association de comptences en sciences pour l'ingnieur et en sciences de la vie ainsi
ralise ne peut que promouvoir des projets pluridisciplinaires combinant des approches molculaires,
cellulaires et macroscopiques. Mais, simultanment, les quipes devront poursuivre l'effort de recentrage
de leurs thmatiques et, pour certaines, en prciser le fil conducteur scientifique. Elles auront aussi
mettre rapidement en place une gouvernance d'ensemble de l'unit.
Points forts et opportunits :
Les 3 quipes en regroupement sont des entits forte personnalit, possdant dj une tradition de
coopration-au travers de publications et de thses en collaboration ou par la mise en commun de moyens
analytiques et de personnel ddi. La cration de lunit autour de laliment et du microorganisme crera
i) une vraie synergie potentielle entre les diffrentes comptences et ii) un groupe multidisciplinaire
(Gnie des procds, Physique, Microbiologie et Sciences des aliments). Tout en se personnalisant les
quipes ont su rester en cohrence avec la politique de site et continuer renforcer leurs points forts.
Les capacits scientifiques oprationnelles permettent le dveloppement de thmatiques lies la
comprhension multi-chelle des systmes biologiques, par des analyses intgratives de physique et de
microbiologie macroscopique et molculaire.
La mtrologie critique et de rupture est regroupe autour de relles plateformes. Elle est assure par
defficients plateaux techniquesstructurant au niveau des quipes et au-del. Unanimement le personnel
de la future unit reconnait lefficace oprationnalit, la fonctionnalit et louverture de ces structures
qui creront du lien transversal dans la future unit.
Les quipes sont jeunes et motives (42 ans de moyenne dge). Elles comportent un nombre dHDR lev
et assurent un encadrement de qualit de leurs doctorants.
Le soutien de la rgion et de Vitagora est sensible et significatif. Pour le moment, il en rsulte un bon
quilibre recherche amont / recherche technologique et un flux de moyens financiers consquents grce
principalement aux contrats FUI.
Dans chaque quipe, la direction fut et est volontariste. La dynamique de rapprochement pour former une
unit est enclenche et lon ressent globalement une adhsion des personnels, dans une atmosphre assez
positive.
Points amliorer et risques :
Les structures de tutelles devront considrer, dune part, les charges denseignements fort leves et le
faible appui en nombre de BIATOSS - cest qui constitue un handicap certain - et dautre part, la dispersion
des locaux et la ncessit de mise aux normes hygine et scurit en vigueur de certains dentre eux.
Dans les 3 quipes, les risques de dispersion sont importants. Il conviendra de maitriser deux paramtres :
- lquilibre recherche de base/recherche technologique (plus intgration des contraintes
socitales) en conservant le curseur tel quil est actuellement.

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- lquilibre entre recherche gnrique et diffusion de cette gnricit. En effet, les succs
gnriques et leurs applications- multiplient le nombre dobjets dtudes sous linfluence de la
demande aval. Le comit recommande de rechercher lappui des structures de transfert pour
matriser ce paramtre.
Le recrutement parat un peu endogame (il semble trs / trop centr sur Dijon) ; il serait bon de le
diversifier.
A juste titre, la future unit sorganise vers une structuration matricielle en organisant des axes
transversaux dots i) de responsables daxes, ii) de moyens (doctorants, investissements). Cette
stratgie, lors de sa mise en uvre devra contribuer accroitre les points forts de lunit en limitant
notamment les nouveaux sujets dispersants. Pour cela, il conviendra de veiller la reconnaissance des
responsables daxes mais aussi des nuds de rseaux matriciels par lensemble des personnels.
Lanimation scientifique inter quipe reste pour le moment faible.
Le rglement intrieur, prvu pour accompagner la vie de la future unit, manque dune relle
structuration du futur modus vivendi et operandi , en particulier en ce qui concerne la mise en place
des diffrents conseils et lments structurants de lunit.
Recommandations :
Scientifiquement, les axes stratgiques des 3 quipes sont originaux et pertinents (ainsi que ceux des
futurs axes transversaux). Nanmoins, le comit recommande de faire merger plus de projets
multidisciplinaires. En outre, il conviendra de mieux caractriser le matriel biologique en termes dtat
de comptence physiologique des microorganismes, objets dtudes, avant lapplication de traitements
physiques investiguant mortalit, survie ou revivification. Cette approche est aussi un passage
indispensable pour la comprhension des interactions eau /matrices (biotiques vivante ou non / abiotiques)
et la ralisation de laxe 3 structuration de matrices et vectorisation .
De plus, il faudra continuer rflchir la structuration de lunit (axes transversaux/organes de
fonctionnement/communication interne).
Lorganigramme fonctionnel de la future unit mrite un effort supplmentaire travers une dmarche de
type constituante faisant apparaitre conseil scientifique (ou stratgique), conseil de laboratoire et
conseil H&S et reconnaissant/explicitant le rle des responsables daxes.
Il faudra focaliser les thmatiques de lunit, pour viter la dispersion notamment en utilisant les futurs
axes transversaux pour renforcer les points forts de lunit et maintenir un bon quilibre entre recherche
amont et applique tout en imaginant des stratgies dassociation permettant la diffusion des acquis
gnriques, sans multiplier en trop grande quantit les objets dtudes .
Poursuivre le renforcement des plateformes et obtenir si possible le label de plateformes IBISA .En
effet, ltude de limpact des perturbations environnementales quantifies et leurs effets mesurs - est
un point fort et original des quipes et de la future unit.
Ouvrir le recrutement hors rgion : au national et mme linternational.
Enfin, les tutelles doivent imprativement - accompagner le dveloppement de lunit dune part par
laugmentation du nombre de personnels BIATOSS anormalement bas et dautre part par la mise aux
normes des locaux restant hors normes.


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Donnes de production :
(cf. http://www.aeres-evaluation.fr/IMG/pdf/Criteres_Identification_Ensgts-Chercheurs.pdf)

A1 : Nombre de produisants parmi les chercheurs et enseignants
chercheurs rfrencs en N1 et N2 dans la colonne projet
37
A2 : Nombre de produisants parmi les autres personnels
rfrencs en N3, N4 et N5 dans la colonne projet
1
A3 : Taux de produisants de lunit [A1/(N1+N2)] 100%
A4 : Nombre dHDR soutenues (cf. Formulaire 2.10 du dossier de
lunit)
2
A5 : Nombre de thses soutenues (cf. Formulaire 2.9 du dossier de
lunit)
39
3 Apprciations dtailles
Apprciation sur la qualit scientifique et la production :
Sagissant dune nouvelle unit, les aspects production sont valus sur les anciennes quipes.
Apprciation sur le rayonnement, lattractivit, et lintgration de lunit de
recherche dans son environnement :
Sagissant dune nouvelle unit, les aspects attractivit sont values sur les anciennes quipes.
Apprciation sur la gouvernance et la vie de lunit:
La future unit doit culturellement passer dun statut dquipe un statut dunit de taille moyenne
certes mais avec une gouvernance adapte. Ladhsion de lensemble du personnel au projet de cration
de lunit est relle. La rflexion qui a conduit la rdaction de ce projet date de plus dun an ; elle a t
mene avec une bonne communication / implication de lensemble des membres des 3 quipes
fondatrices. Cette fdration nest pas opportuniste car des collaborations sont dj effectives entre
les quipes (16 publications communes + 2 thses).
La structuration doit cependant tre affine : composition du comit de direction, mise en place dun
conseil dunit, dun conseil scientifique (de forme adapte type steering committee ), mutualisation
des aspects H&S, qualit, rglement intrieur. Il est suggr que lquipe de direction anime un groupe
lu, rig en logique dassemble constituante , pour revoir le rglement intrieur.
Au sein des quipes, la communication interne est bonne. Les runions daxes devront tre totalement
ouvertes, et, les sminaires dunit doivent tre multiplis pour favoriser les synergies avec, par exemple,
une invitation de personnalits extrieures de qualit.
Bien que lon note quelques anxits lies aux changements, la communaut des personnels de cette
future unit a un positionnement positif sur son futur doubl dune motivation affiche.

9

Par suite de la forte implication des enseignants-chercheurs dans lenseignement avec un niveau de
responsabilit leve (responsable DNO, master), il faudra, imprativement, discuter au sein de lunit
les profils recherche des futurs postes.
Apprciation sur la stratgie et le projet :
La cration de lunit PAM entrainera une plus value. Lapproche pluridisciplinaire multi-chelle autour de
laliment et du biocatalyseur est trs pertinente et ncessaire. Les 3 quipes ont une grande
complmentarit et une exprience de coopration. La stratgie est manifestement bonne.
La volont de structurer lunit de manire matricielle, pour aller au-del des 3 quipes, en crant des
axes transversaux avec des moyens financiers idoines (notamment des thses) est excellente mais dlicate
mettre en uvre.
Les actions transversales doivent donc structurer et contribuer renforcer les points forts sans dispersion
supplmentaire.
Le rle des actions transversales doit tre clarifi (rle structurant vs animation scientifique). Dans un
premier temps, avant la cration effective de lunit, il conviendra de privilgier lanimation et
dencourager les transversalits sans gommer les points forts des quipes.
La responsabilit des axes transversaux confie de jeunes matres de confrences, ainsi mis en conditions
de responsabilit, est trs positive.
Enfin, vis--vis de Vitagora, il faudrait que la future unit conserve une stratgie de recherches gnriques
tout en veillant leur pertinence socitale.


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4 Analyse quipe par quipe et/ ou par projet
Intitul de lquipe et nom du responsable : Eau - Molcules actives
Macromolcules Activits (EMMA - Bilan) / Procds alimentaires et
physicochimie (PAPC Projet) ; Philippe CAYOT
Effectifs de lquipe ou affects au projet (sur la base du dossier dpos
lAERES) :

Dans
le
bilan
Dans
le
projet
N1 : Nombre denseignants-chercheurs (cf. Formulaire 2.1 du
dossier de lunit)
14 16
N2 : Nombre de chercheurs des EPST ou EPIC (cf. Formulaire 2.3 du
dossier de lunit)
0 0
N3 : Nombre dautres enseignants-chercheurs et chercheurs y
compris chercheurs post-doctorants (cf. Formulaires 2.2, 2.4 et 2.7
du dossier de lunit)
11 1
N4 : Nombre dingnieurs, techniciens et de personnels
administratifs titulaires (cf. Formulaire 2.5 du dossier de lunit)
1,75
ETP
2,65
ETP
N5 : Nombre dingnieurs, techniciens et de personnels
administratifs non titulaires (cf. Formulaire 2.6 du dossier de
lunit)
0,5
N6 : Nombre de doctorants (cf. Formulaire 2.8 du dossier de
lunit)
9
N7 : Nombre de personnes habilites diriger des recherches ou
assimiles
11 13
Apprciation sur la qualit scientifique et la production :
Lquipe EMMA a fait un effort de recentrage de ses activits de recherche qui sont aujourdhui
structures autour de trois thmes principaux : structuration des matrices, dynamique molculaire,
transfert de petites molcules. Les rsultats obtenus sont originaux, novateurs pour le secteur et reconnus
du fait de publications dun bon niveau.
Lquipe est jeune (moyenne dge environ 40 ans) et prsente un taux dHDR lev, ce qui dmontre la
bonne reconnaissance de ses travaux de recherches. Le nombre de doctorants reste faible (0,6 par EC)
mme si une dynamique trs positive est installe depuis 5 ans, avec une augmentation de la masse
salariale des doctorants rgulire et significative.

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59 articles ont t publis durant les 4 dernires annes. Lquipe publie rgulirement dans le premier
quartile des journaux de son domaine (90% de sa production). Sa production scientifique est donc de trs
bon niveau et lisible linternational.
Des relations contractuelles sont nombreuses et prennes. La proximit du centre de transfert Wellience
est favorable.
Apprciation sur le rayonnement, lattractivit, et lintgration de lquipe de
recherche dans son environnement :
Lquipe de recherche EMMA est bien intgre dans son environnement rgional mais aussi national et
international. Ainsi, lquipe a accueilli des collgues trangers dorigines diverses (Allemagne, Australie,
USA, Pologne) avec des publications la cl. Une post-doctorante russe a galement t accueillie. Cinq
thses ont t ralises au laboratoire en co-tutelle avec des pays europens (Pologne, Italie, Espagne,
Moldavie). Plusieurs collaborations avec des laboratoires trangers ont conduit des publications. La
collaboration avec un laboratoire italien semble installe et prenne.
Lquipe a dmontr une trs bonne capacit obtenir des financements, notamment grce son
association la dynamique rgionale et nationale : Lquipe participe 5 projets FUI. Dix neuf
partenaires industriels ont t associs lactivit de lquipe, ce qui reprsente 50% de son budget.
Plusieurs points facilitants sont identifis : lien fort avec le ple de comptitivit Vitagora, soutien de la
rgion Bourgogne, fort interfaage avec Wellience (filiale transfert UB). Malgr cela, la valorisation en
termes de brevet est faible.
Cependant, lquipe EMMA na particip aucun projet europen ou ANR sur le bilan (Nanmoins, elle
dmarre un projet ANR, avec une coordination de work-package en 2011).
Lquipe a organis un congrs international (WAC) en collaboration avec lquipe Revv ce qui contribue
fortement son rayonnement international. Elle participe trs rgulirement des oprations de
formation continue dans le cadre de son partenariat avec Wellience ce qui accroit sa reconnaissance
rgionale notamment en ce qui concerne les partenaires industriels.
Apprciation sur le projet :
Malgr un effort prononc de recentrage des activits, il manque encore un fil conducteur des activits de
recherche qui apparaissent disperses et sans rel lien les unes avec les autres. Il convient de continuer
structurer ces activits et limiter la dispersion en faisant attention notamment ne pas tre trop pilot
par laval et le ple de comptitivit Vitagora.
Si la stratgie scientifique de lquipe doit tre plus mise en avant, les 3 thmes proposs sont nanmoins
cohrents, scientifiquement fonds, dun bon niveau et sappuyant sur des comptences de longue date.
Le thme numro 3, mergent est jug trs intressant et novateur avec des rsultats trs prometteurs. Il
faudra veiller ce quil trouve toute sa place dans la politique de lunit.
En poursuivant le dveloppement de thmes de recherche plus anciens et bien ancrs dans la communaut
scientifique et en dveloppant ce nouveau thme en lien avec les prcdents, lquipe innove sans pour
autant prendre de risque majeur 5 ans. La stratgie est bonne.
Lquipe manque de moyens humains BIATOSS. Elle a rassembl ses moyens techniques en un plateau dont
laffichage des forces pourrait tre encore plus efficace. Ce plateau accessible tous est un lment de
dynamisation de la recherche de lquipe. Une politique de renouvellement de matriel est en place et se
droule rgulirement.

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Conclusion :
Avis global sur lquipe :
Lquipe EMMA est quipe jeune, dynamique, soude. Le sentiment dappartenance cette quipe est
particulirement marqu chez les tudiants et les personnels. La gouvernance est volontariste, les
objectifs affichs clairs et les moyens ddis adquats. En particulier, lquipe a su trouver les moyens
ncessaires pour
recentrer mais aussi dvelopper ses activits (quipement et organisation de plateaux techniques,
recherches de financements plus nombreux).
Points forts et opportunits :
Lquipe dmontre de bonnes comptences disciplinaires reconnues (protine, physicochimie protines et
polysaccharides). Les axes de recherche encore un peu nombreux ont commenc tre recentrs.
Lesprit dquipe et la cohsion sont trs bons. Les moyens financiers de lquipe sont importants.
Linterfaage avec lindustrie est trs significatif. Le lien fort avec Vitagora et Wellience est dynamisant.
Le plateau technique RMB est un atout en termes de lisibilit et permet la mutualisation des moyens,
attnuant ainsi la faible dotation en personnels BIATOSS.
Points amliorer et risques :
La dispersion des thmes de recherche est encore trop grande. Attention au pilotage par laval et le
grand nombre de partenaires industriels qui risque de pousser la dispersion thmatique. En outre, le
potentiel du plateau technique pourrait tre mieux mis en valeur.
Enfin, lquipe EMMA devra, lavenir, tre plus active sur les appels doffre ANR / EU. La cration de
lunit PAM et le rapprochement avec les quipes GPMA et REVV constitue une relle opportunit ce
niveau.
Recommandations :
Lquipe devrait mieux faire ressortir sa stratgie scientifique et le fil conducteur de ses projets de
recherche. Les comptences scientifiques acquises de longue date pourraient tre plus mise en avant.
Limplication dans des projets europens et des projets ANR pourrait tre positif de ce point de vue.


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Intitul de lquipe et nom du responsable : Gnie des procds microbiologiques
et alimentaires (GPMA Bilan) / Procds microbiologiques t biotechnologoqies
(PMB Projet) ; Patrick GERVAIS (bilan) / Jean-Marie PERRIER-CORNET (Projet)
Effectifs de lquipe ou affects au projet (sur la base du dossier dpos
lAERES) :
Dans
le
bilan
Dans
le
projet
N1 : Nombre denseignants-chercheurs (cf. Formulaire 2.1 du
dossier de lunit)
13 13
N2 : Nombre de chercheurs des EPST ou EPIC (cf. Formulaire 2.3 du
dossier de lunit)
0 0
N3 : Nombre dautres enseignants-chercheurs et chercheurs y
compris chercheurs post-doctorants (cf. Formulaires 2.2, 2.4 et 2.7
du dossier de lunit)
10 0
N4 : Nombre dingnieurs, techniciens et de personnels
administratifs titulaires (cf. Formulaire 2.5 du dossier de lunit)
2,5 2,5
N5 : Nombre dingnieurs, techniciens et de personnels
administratifs non titulaires (cf. Formulaire 2.6 du dossier de
lunit)
4,5
N6 : Nombre de doctorants (cf. Formulaire 2.8 du dossier de
lunit)
10
N7 : Nombre de personnes habilites diriger des recherches ou
assimiles
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Apprciation sur la qualit scientifique et la production :
L'quipe GPMA est issue du regroupement en 2007 d'une quipe de gnie des procds (EA 1684) et d'une
partie de l'UMR INRA/UB 1232 en microbiologie/enzymologie. Elle compte 13 EC dont 10 HDR .
Les activits de l'quipe sont organises autour d'une thmatique directrice : la rponse de cellules des
perturbations de leur environnement de nature physique (temprature, pression, hydratation, lectriques)
et chimique (potentiel redox). Les rponses considres sont la fois de type physique (structure et
fluidit membranaire, volume cellulaire) et biologique (viabilit, croissance, transcriptome, protome,
mtabolome). Les tudes concernent des levures, des champignons filamenteux, des bactries, des spores
bactriennes ainsi que des cellules humaines et vgtales. Lapproche scientifique est pluridisciplinaire
puisquelle associe des comptences en physique, biologie molculaire et gnie des procds.

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Les travaux de l'quipe sont particulirement originaux au niveau des techniques exprimentales utilises
(dispositifs de suivi dynamique de cellules sous stress, imagerie, spectroscopie). Au cours des dernires
annes l'quipe a apport des contributions notoires la comprhension des mcanismes l'origine de
l'adaptation ou de la mort des cellules (sous forme vgtatives, sches, spores) et des rles respectifs du
changement de l'tat de la membrane, de la dnaturation des protines, de l'expression des gnes et de la
synthse des protines. Sur le plan applicatif, ces nouvelles connaissances ont galement donn lieu
d'importantes retombes technologiques portant sur loptimisation de lutilisation, de la conservation
et/ou de la destruction de microorganismes.
La production scientifique de l'quipe est rgulire et de qualit : 81 publications ACL entre 2006 et 2010
(14 en 2006, 14 en 2007, 25 en 2008, 11 en 2009, 17 en 2010), dont plus de la moiti dans le premier
quartile (facteur d'impact moyen de 2,8). Sur cette priode, elle correspond une production moyenne
voisine de 1,4 ACL/an/EC, soit 2,8 ACL/an/quivalent temps plein. Douze des treize EC sont produisants
selon les critres AERES. La production de l'quipe comprend aussi 9 chapitres d'ouvrages, 3 brevets, 16
communications avec actes et 11 sans actes dans des congrs internationaux et nationaux.
Le flux de thses (21 soutenues entre 2006 et 2009) est rgulier et en adquation avec la capacit
d'encadrement. Il est accompagn d'un excellent niveau de publication (en moyenne 3 publications par
doctorant). Le placement des doctorants est bon et diversifi : une majorit dans l'enseignement
suprieur, les autres dans les organismes de recherche, les entreprises et en post doc. Un seul tait sans
emploi. Actuellement l'quipe a 10 thses en cours.
Apprciation sur le rayonnement, lattractivit, et lintgration de lquipe de
recherche dans son environnement :
L'quipe GPMA est fortement ancre au niveau rgional. Elle a de nombreuses collaborations avec des
quipes dijonnaises, concrtises par des thses et publications communes. Elle est porteuse du plateau
d'imagerie spectroscopique. Elle est fortement implique dans l'IFR 92 "Qualits des Aliments et
Sensorialits", dans l'animation du ple de comptitivit Vitagora (gout, nutrition, sant en Bourgogne) et
du centre de transfert Welience de l'Universit de Bourgogne. Elle bnficie de soutiens importants du
Conseil Rgional.
Au niveau national, l'quipe a une excellente notorit dans son domaine d'activit. Elle s'appuie sur des
collaborations rgulires avec des laboratoires de thmatiques proches : AgroParisTech, Clermont,
Toulouse, Nancy, Nantes. Elle participe 2 ANR (traitement des poudres alimentaires, production d'armes
par bioconversions) et 3 projets FUI.
Au niveau international, elle a tabli des partenariats institutionnels (Brsil, Vietnam) et plusieurs
collaborations cibles sur les complmentarits de comptences (Tchquie, Canada, UK, Italie, Espagne,
Allemagne, Inde, Portugal). Ces partenariats ont donn lieu 2 thses en co-tutelle et 26 publications
communes. Elle participe deux programmes de recherche europens. On note aussi l'accueil de 5
chercheurs trangers et 5 confrences invites des congrs internationaux.
L'quipe est fortement implique dans des activits de valorisation et de partenariat industriel. Elle a de
nombreux partenariats/contrats avec des grands groupes (Merck, Air Liquide, Lesaffre, Roquette) et des
PME. Elle joue un rle moteur dans le ple de comptitivit Vitagora et le centre de transfert Welience.
Elle a fait preuve dune excellente capacit obtenir des financements rgionaux, nationaux ou via des
projets europens. Son budget annuel est voisin de 500 k hors personnel permanent, avec une rpartition
41% FUI, 16% CPER, 25% ANR, 9% CEE, 7% MESR, 2% OSEO.

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Apprciation sur le projet :
Le projet propos par l'quipe, dont l'intitul devient Procds Microbiologiques et Biotechnologiques
(PMB), s'inscrit dans la continuit des travaux en cours. Il conserve comme ligne directrice l'tude des
effets des stress physiques et chimiques sur des cellules microbiennes, avec comme principale originalit
l'analyse des cellules en conditions dynamiques. Les objectifs scientifiques d'approfondir les connaissances
sur les mcanismes physiques et biologiques sont bien identifis. Ils porteront aussi sur les mcanismes de
rsistance et de dveloppement en conditions extrmes de spores bactriennes et de cellules pizophiles
et pizotolrants. Simultanment l'quipe poursuivra des tudes plus appliques portant sur la survie
(ferment, pro biotiques), la destruction (pasteurisation, strilisation) ou la modification du mtabolisme
des microorganismes, ainsi qu' l'utilisation de micro-organismes dshydrats pour vectoriser des
molcules. Dans le cadre de ces thmatiques
l'quipe s'investira fortement dans les projets transversaux proposs pour promouvoir la structuration de la
nouvelle unit de recherche.
Conclusion :
Avis global sur l'quipe :
L'quipe GPMA, qui fait preuve d'une excellente dynamique, mne un ensemble bien quilibr d'activits.
Elle a su se focaliser sur une recherche de fond long terme, qui prsente de forts enjeux scientifiques et
technologiques, et privilgier des approches exprimentales particulirement originales. Les travaux de
l'quipe s'appuient sur un important rseau de partenariats acadmiques et industriels. Ils bnficient
d'une forte dynamique contractuelle rpartie sur des projets dimension rgionale, nationale et
internationale. Ces travaux donnent lieu un bon niveau de production scientifique et d'encadrement de
doctorants.
Points forts et opportunits :
- un crneau original de recherche amont qui lui assure une excellente visibilit nationale et
internationale et de nombreuses retombes industrielles.
- des comptences pluridisciplinaires en biochimie, microbiologie et gnie des procds qui lui
permettent de mener des projets intgrs allant de la biologie molculaire jusqu' l'optimisation
de procds industriels.
- des quipements performants, associant en particulier un plateau technique Imagerie
Spectroscopie et des dispositifs d'tude dynamiques de cellules sous stress permettant une
analyse in situ.
- un environnement rgional trs favorable, avec notamment de fortes synergies avec un ple de
comptitivit et un centre de transfert.
- Points amliorer et risques :
- le manque de personnel BIATOSS qui constitue un frein au dveloppement de plateaux techniques
et la prennisation des comptences acquises,
- un risque de dispersion thmatique compte tenu de la diversit la fois des techniques d'tudes
physiques et biologiques et des objets d'tude cellulaires.

16

Recommandations :
- matriser la dispersion thmatique en privilgiant les thmes scientifiques les plus originaux et les
plus prometteurs en terme de retombes industrielles,
- une meilleure prise en compte de l'tat physiologique et nergtique des cellules lors des tudes
dynamiques sous stress,
- une meilleure identification de la stratgie de recherche en mtabolomique,
- une ambition plus affirme de dveloppement d'approches de modlisation soit pour mieux
comprendre les processus mis en jeu, soit pour optimiser les procds.

17

Intitul de lquipe et nom du responsable : Recherche en vigne et vin (REVV
Bilan) / Vin Aliment Microbiologie Stress (VALMIS Projet) ; Herv ALEXANDRE
Effectifs de lquipe ou affects au projet (sur la base du dossier dpos
lAERES) :

Dans
le
bilan
Dans
le
projet
N1 : Nombre denseignants-chercheurs (cf. Formulaire 2.1 du
dossier de lunit)
7 8
N2 : Nombre de chercheurs des EPST ou EPIC (cf. Formulaire 2.3 du
dossier de lunit)
0 0
N3 : Nombre dautres enseignants-chercheurs et chercheurs y
compris chercheurs post-doctorants (cf. Formulaires 2.2, 2.4 et 2.7
du dossier de lunit)
8 0
N4 : Nombre dingnieurs, techniciens et de personnels
administratifs titulaires (cf. Formulaire 2.5 du dossier de lunit)
0,5 0,5
N5 : Nombre dingnieurs, techniciens et de personnels
administratifs non titulaires (cf. Formulaire 2.6 du dossier de
lunit)
0
N6 : Nombre de doctorants (cf. Formulaire 2.8 du dossier de
lunit)
8
N7 : Nombre de personnes habilites diriger des recherches ou
assimiles
4 4
Apprciation sur la qualit scientifique et la production :
Lquipe daccueil REVV a t cre en 2007 et concentre ses activits de recherche sur les mcanismes
dadaptation des microorganismes leur environnement, principalement Oenococcus oeni, mais aussi
dautres bactries lactiques ainsi que des microorganismes rencontrs dans les process de vinification
(Brettanomyces bruxellensis, Botrytis cinerea, Saccharomyces cerevisiae).
Les activits menes sur O. oeni, espce peu tudie par ailleurs, mais aussi sur dautres microorganismes
du vin, permettent au laboratoire de se positionner parmi les leaders au plan national comme
international, ce qui atteste dun rel savoir faire, car peu doutils sont disponibles pour tudier ces
microorganismes.

18

Les approches retenues sont multiples (physiologie, biochimie, biologie molculaire), les techniques
utilises souvent pointues et permettent de dcrire mais surtout de comprendre les mcanismes
molculaires dadaptation des modles microbiens tudis.
Des travaux plus appliqus sont aussi mens et valoriss via la cellule de transfert CESEO adosse au
laboratoire et par le biais de la socit Nexidia, start up cre en 2007 par un des membres de lquipe.
Par ailleurs, lquipe entretient des relations soutenues avec la filire viti-vinicole (IFV, Inter-Rhne, BIVB)
et la socit Lallemand qui dveloppe et commercialise des produits et levains nologiques.
La production scientifique est bonne avec 35 publications de rang A (soit 2 par quivalent temps plein
chercheur et par an). Il est cependant noter que moins de 50 % (14) sont dans le premier quartile de la
discipline. Neuf thses et deux HDR ont t soutenues.
Apprciation sur le rayonnement, lattractivit, et lintgration de lquipe de
recherche dans son environnement :
Lquipe de recherche est bien intgre dans son environnement tant au niveau rgional que national ou
international, ce qui permet, paralllement une activit de recherche fondamentale dun bon niveau,
une trs bonne activit de transfert :
- au niveau rgional, le laboratoire bnficie de financements importants malgr labsence de ple
de comptitivit directement ddi au vin.
- au niveau national, le laboratoire participe actuellement un projet ANR, est impliqu dans la
cration dune UMT en partenariat avec lIFV et bnficie de nombreux contrats industriels.
- au niveau international, le laboratoire participe un projet europen et a co-organis deux
congrs internationaux (WAC 2008 et 2011). Des relations suivies avec lAfrique du Sud sont
mentionner. En outre, le laboratoire a reu 3 post docs (2 italiens, 1 espagnol) ainsi que plusieurs
chercheurs trangers.
Les membres de lquipe ont reu 5 prix au cours de la priode expertise, et plusieurs dentre eux ont
t invits exposer leurs travaux dans des congrs nationaux ou internationaux (20 confrences).
Enfin, la cration de la socit Nexidia et de la cellule de transfert CESEO contribue aux bonnes relations
de lquipe avec le tissu socio-conomique.
Apprciation sur le projet :
Le projet prsent pour lquipe VALMIS constitue la suite logique des travaux prsents au bilan de
lquipe REVV. Il apparat tout fait pertinent aussi bien au niveau de la dmarche scientifique que des
objets dtude (O. oeni et B. bruxellensis). Ce projet sinscrit parfaitement dans le projet de lunit. En
effet, lquipe va poursuivre ses recherches sur les mcanismes dadaptation des microorganismes. Des
approches plus larges avec les technologies omique sont prvues pour prendre en compte la
rponse cellulaire globale. Un des axes transversaux proposs pour animer lunit sera coordonn par un
des membres de lquipe.
Malgr la volont claire de lquipe de recentrer les activits de recherches sur deux microorganismes de
fort intrt pour la filire vinicole, le projet est ambitieux et des collaborations devront tre mises en
place. Certaines sont dores et dj envisages.
Le projet semble donc bien rflchi et sappuie sur les domaines dexpertise de lquipe. Nanmoins, le
comit recommande que le recentrage des activits de recherche autour de O. oeni et B. bruxellensis soit
rel et que les activits annexes sur Listeria ou Lb plantarum soient contenues, car elles reprsentent un
fort risque de dispersion pour une petite quipe.

19

Conclusion :
Avis global sur lquipe :
Equipe investissant dans une logique de filire sur 2 objets dtudes difficiles. Avec tnacit elle est
reconnue et tmoigne de russite et de crdibilit.
Points forts et opportunits :
Une quipe dynamique, travaillant sur des microorganismes originaux et qui, malgr des charges
denseignement importantes (DNO, MASTER) prsente une bonne capacit grer une recherche amont
paralllement une recherche directement utile la filire. Cette activit participe son intgration au
tissu socio-conomique local ainsi qu des rseaux nationaux et internationaux. Lquipe dispose de
locaux et dquipement tout fait adapts.
Points amliorer et risques :
Pour mener bien son projet scientifique, cette quipe a besoin de personnel technique et le demi-poste
actuel apparat insuffisant. De nouvelles collaborations seront aussi ncessaires, en privilgiant celles
permettant de complmenter ses forces.
Recommandations :
La physiologie des microorganismes choisis, O. oeni et B. bruxellensis, est difficile tudier. Un quilibre
dlicat doit tre trouv entre la faisabilit-reproductibilit des cultures et leur reprsentativit des
conditions relles. Il est souhaitable que lquipe concentre ses forces sur ces questions complexes et
limite les risques de dispersion sur dautres microorganismes.


Intitul UR / quipe C1 C2 C3 C4
Note
globale
Procds alimentaires et microbiologiques
(PAM)
A A A A A
Procds alimentaires et physico-chimie (PAPC) A B Non note A A
Procds microbiologiques et biotechologiques
(PMB)
A A Non note A+ A
Vin - Aliment - Microbiologie - Stress (VALMIS) A A Non note A A


C1 Qualit scientifique et production
C2 Rayonnement et attractivit, intgration dans l'environnement
C3 Gouvernance et vie du laboratoire
C4 Stratgie et projet scientifique




Statistiques de notes globales par domaines scientifiques
(tat au 06/05/2011)

Sciences du Vivant et Environnement

Note globale SVE1_LS1_LS2 SVE1_LS3 SVE1_LS4 SVE1_LS5 SVE1_LS6 SVE1_LS7 SVE2 _LS3 * SVE2_LS8 * SVE2_LS9 * Total
A+ 7 3 1 4 7 6 2 30
A 27 1 13 20 21 26 2 12 23 145
B 6 1 6 2 8 23 3 3 6 58
C 1 4 5
Non not 1 1
Total 42 5 20 26 36 59 5 17 29 239
A+ 16,7% 60,0% 5,0% 15,4% 19,4% 10,2% 11,8% 12,6%
A 64,3% 20,0% 65,0% 76,9% 58,3% 44,1% 40,0% 70,6% 79,3% 60,7%
B 14,3% 20,0% 30,0% 7,7% 22,2% 39,0% 60,0% 17,6% 20,7% 24,3%
C 2,4% 6,8% 2,1%
Non not 2,4% 0,4%
Total 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0% 100,0%

* les rsultats SVE2 ne sont pas dfinitifs au 06/05/2011.



Intituls des domaines scientifiques
Sciences du Vivant et Environnement
SVE1 Biologie, sant
SVE1_LS1 Biologie molculaire, Biologie structurale, Biochimie
SVE1_LS2 Gntique, Gnomique, Bioinformatique, Biologie des systmes
SVE1_LS3 Biologie cellulaire, Biologie du dveloppement animal
SVE1_LS4 Physiologie, Physiopathologie, Endocrinologie
SVE1_LS5 Neurosciences
SVE1_LS6 Immunologie, Infectiologie
SVE1_LS7 Recherche clinique, Sant publique
SVE2 Ecologie, environnement
SVE2_LS8 Evolution, Ecologie, Biologie de l'environnement
SVE2_LS9 Sciences et technologies du vivant, Biotechnologie
SVE2_LS3 Biologie cellulaire, Biologie du dveloppement vgtal


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