BIOINFORMTICA

Lea la vieta clnica de Marina, de la pagina 161

del libro de Informtica Biomdica
Discuta el caso con su compaer@ de al lado,
qu les llama la atencin de la vieta?
Comente con el grupo hacia dnde va la medicina,
y los retos que hay que enfrentar
El trmino Bioinformtica es relativamente
reciente. Apareci en la literatura a principios
de 1990, cuando comenzaba a estructurarse
el llamado Proyecto Genoma Humano en el
National Center for Biotechnology
Information de los Estados Unidos.
ANTECEDENTES
Ingeniera
Gentica
Nuevas Tecnologas
de Informacin
Ciencias Biolgicas Informtica
http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/home.shtml
Proyecto del
Genoma Humano
INFORMTICA
Secuenciar el genoma humano
Almacenar informacin
Herramientas de Anlisis
Herramientas de Difusin
ANTECEDENTES
BIOINFORMTICA
Es la disciplina cientfica que utiliza la tecnologa de la informacin
para organizar, analizar y distribuir informacin biolgica, con la
finalidad de responder preguntas complejas en biologa.









Es una disciplina que engloba mtodos matemticos, estadsticos y
computacionales para solucionar problemas biolgicos usando ADN,
ARN, secuencias de aminocidos e informacin relacionada.
Rev Md Chile 2008; 136: 645-652
Campo cientfico interdisciplinario que se propone la
investigacin y el desarrollo de sistemas que faciliten
la comprensin del flujo de informacin desde los genes
a las estructuras moleculares.
BIOINFORMTICA

La bioinformtica se ocupa del entendimiento de los
procesos mediante los cuales los sistemas biolgicos
bsicos se organizan para crear molculas, organelos,
clulas vivas, rganos e inclusive organismos
completos.
Actualmente la bioinformtica se encuentra en un perodo
de rpido crecimiento debido a las necesidades de
informacin, almacenamiento, bsqueda y anlisis de
informacin en el campo de la biologa, particularmente en
la biologa molecular y la genmica.
Son tres que han revolucionado a la biologa humana y han
generado grandes cambios en el procesamiento de datos:

1) Secuencias de informacin generadas por el Proyecto del
Genoma Humano (PGH)

2) Protemica. Anlisis de protenas importantes para determinadas
enfermedades

3) Arreglos de ADN. Observacin de la evolucin de varios
fenmenos fisiolgicos
FUENTES DE DATOS BIOLGICAS
Flujo de Informacin
Genes
Estructuras
moleculares
Funcin bioqumica
Conducta fisiolgica
Influencia en salud
Influencia en enfermedades
Objetivo de la Bioinformtica
Extraer conocimiento de una gran cantidad de
datos para obtener una representacin de las
clulas y organismos, as como predecir sistemas
de gran complejidad, como son las redes de
interaccin en los procesos celulares y el fenotipo
de los organismos
Los nuevos enfoques de la medicina genmica persiguen
avanzar en el conocimiento de las causas moleculares de
las enfermedades y desarrollar soluciones diagnsticas y
teraputicas personalizadas a las peculiaridades genticas
de los individuos
Es un nio!...

Fumador,
Homosexual,
Agente de seguros,
Con un 95% de
probabilidad de
padecer Alzheimer...

Se puede dar respuesta a las promesas de la nueva
medicina al vincular la biologa molecular, la
medicina genmica y la prctica clnica.
Disponibilidad del nuevo conocimiento sobre el genoma y acceso a
nuevas tecnologas de alta capacidad y rendimiento, como la
bioinformtica.










Medicina genmica como un objetivo hacia el que se intenta ir
para mejorar el modo en que tratamos y diagnosticamos las
enfermedades
http://vimeo.com/26790793
Revise el video institucional del INMEGEN, y comente su percepcin de la
posicin de la medicina genmica en Mxico.
DISCIPLINAS RELACIONADAS
Mtodos Matemticos
Mtodos Estadsticos
Mtodos Computacionales
APLICACIONES
Gestin de datos
Simulacin de datos
Minera de datos
Anlisis de informacin
*El trmino simulacin hace referencia a la experimentacin con
un modelo a partir de una hiptesis de trabajo, para comprender
la estructura ntima del sistema o realizar una prediccin.

*Por minera de datos se entiende el conjunto de tcnicas para la
induccin de conocimiento til a partir de masas ingentes de
datos.

*En sus orgenes a travs de la bioinformtica se desarrollaban
bases de datos genmicas y protemicas y se construan
herramientas (software) para el anlisis y presentacin de dichos
datos.
La bioinformtica clnica es y ser muy importante en la prctica mdica pues se
ha aplicado exitosamente en la deteccin temprana y tratamiento de
enfermedades oncolgicas, as como en la identificacin y reduccin de riesgos y
prevencin de estas enfermedades.

Esto ha sido posible gracias
a que en la investigacin se
ha podido integrar la
informacin obtenida a
partir de la bsqueda en
bases de datos on-line de
secuencias genticas, de
protenas, mutaciones,
referencias bibliogrficas y
redes de regulacin gnica
y rutas metablicas.
Modelos 3D mediante el formato PDB. The Protein Data Bank (PDB) es un
formato con coordenadas atmicas. Fundado en 1971 y mantenido en el
Brookhaven National Laboratory, New York USA desde 1999.











Herramientas de Visualizacin y anlisis de estructuras moleculares en tercera
dimensin.
Formatos: mol, SMILES, SMARTS, Sybyl mol, pdb, cml, xyz, POV-Ray, sk2, , skc, rxn,
chm, wmf


Aplicaciones de simulacin
En la actualidad existen varios programas capaces de llevar a cabo las simulaciones
de Dinmica Molecular, y a su vez existen varios campos de fuerza, que en general
pueden utilizarse con diversos programas. CHARMM, AMBER, NAMD y GROMACS
son algunos de los paquetes ms populares.

http://www.inmegen.gob.mx/es/tecnologia/herramientas-bioinformaticas/
http://www.g-language.org/g3/
Visita el Genome Projector:


Herramienta que permite utilizar la misma
tecnologa de Google Maps para la
visualizacin de genomas completos.
Actualmente cuenta con el genoma de varias
bacterias en 4 posibles vistas: Plasmid Map,
Genome Map, Pathway View y DNA Walk
Dentro del sitio de INMEGEN, en la seccin de Tecnologa:
Imagina navegar en tu mapa gentico, tal como navegas en el mapa de tu
pas con google maps.
https://www.youtube.com/watch?v=yaf-9EnRYmU
Observa el video: [Discovery] Vida Sinttica el futuro de la humanidad

Discute tus impresiones del video con tus compaer@s
Ejercicios prcticos
Bsqueda en PubMed del trmino MeSH para
bioinformtica (bioinformatics)
Cul es el trmino MeSH y su definicin?,
En qu ao se agreg a Medline?,
Cuntos artculos encuentra usando ese trmino?
Encontrar en la revista Science (http://www.sciencemag.org/)
el artculo en donde se report la secuencia del genoma
humano y bajarlo para su biblioteca personal utilizando
Mendeley.
En qu fecha se public?
Cules son los nombres de los dos coautores espaoles
en este trabajo?