Las protenas son biomleculas formadas bsicamente por carbono, hidrgeno,
oxgeno y nitrgeno. Pueden adems contener azufre y en algunos tipos de protenas, fsforo, hierro, magnesio y cobre entre otros elementos. Las protenas proporcionan estructuras, catalizan reacciones celulares y llevan a cabo multitud de tareas. Su papel central en la clula !ueda refle"ado en el hecho !ue la informacin gentica se expresa en forma de protenas. #xiste para cada protena un segmento de $%& !ue codifica la informacin !ue especifica su secuencia de aminocidos. FUNCIONES * Enzimas Protenas variadas y altamente especializadas, con actividad cataltica para las reacciones !umicas de las biomolculas orgnicas en forma especfica. * Transporte Protenas de transporte del plasma sanguneo !ue fi"an y transportan molculas o iones especficos de un rgano a otro. ' Hemoglobina( en los eritrocitos fi"a el )* a medida !ue pasa la sangre pasa a travs de los pulmones, lo transporta a los te"idos perifricos y all lo libera para !ue participe en la oxidacin de los nutrientes para la produccin de energa. - Lipoprotenas: en el plasma transportan lpidos desde el hgado a otros rganos. - Protenas de Membrana: adaptadas para fi"ar glucosa, aminocidos u otras sustancias y transportarlas a travs de la membrana. + Nutricin y Resera ! Ovoalbmina( protena de la clara de huevo. - Casena( protena de la leche - Ferritina( en bacterias y en te"idos animales y vegetales almacenan hierro. * Estructura"es confieren la capacidad de moverse, contraerse, cambiar de forma. ' Actina y Miosina: sist. contrctil del m,sculo es!ueltico y otras clulas no musculares. ' Tblina( forma los microt,bulos y estos act,an con la !ineina de los flagelos y cilios. -ilamentos de soporte, !ue confieren fuerza o proteccin a las estructuras biolgicas. ' Col"geno( componente de tendones y cartlagos, posee una resistencia elevada a la tensin ' #lastina: ligamentos, !ue se extienden en * dimensiones ' $eratina: pelo, u.as, plumas + De#ensa contra la invasin por otras especies o protegen contra las heridas. ' %nmnogloblinas- Anticerpos: fabricada por los linfocitos, pueden reconocer y precipitar o neutralizar bacterias, virus o protenas invasoras. ' Fibrin&geno- Trombina /enzimas0( coagulacin, impiden perdida de sangre al da.o vascular. + Re$u"acin 1ormonas( regulan la actividad celular o fisiolgica. ' %nslina: regula metabolismo glucocdico ' Protenas ': fi"an 2%P y facilitan la respuesta a muchas se.ales hormonales NO%ENCLATURA Se suelen clasificar de acuerdo a los siguientes criterios( + Se$&n tama'o( P(ptidos - Oligop(ptidos: / *'34 aminocidos0 #"( $spartamo /*aa0, )xitocina /5 aa0 ' Polip(ptidos: )*+-*++ aa, #"( 2lucagn Protenas: )*+++--+++ aa, * Se$&n canti)a) )e ca)enas po"ipept*)icas( Monom(ricas( constan de una sola cadena, como la mioglobina, citocromo 6 Oligom(ricas( constan de varias cadenas. Las distintas cadenas polipeptdicas se llaman su+uni)a)es y se unen a travs de enlaces no covalentes, y pueden ser iguales o distintas entre s. 7n e"emplo es la ,emo$"o+ina, formada por 8 subunidades. + Se$&n su #orma( Fibrosas( Presentan cadenas polipeptdicas largas y una tpica estructura segundaria. Son insolubles en agua y en soluciones acuosas. $lgunos e"emplos de estas son la !ueratina y colgeno. Por lo general, tienen funciones estructurales. 'loblares( Se caracterizan por doblar apretadamente sus cadenas en una forma esfrica apretada o compacta. #"emplo de stas son la mayora de las enzimas, anticuerpos, algunas hormonas, protenas de transporte. + Se$&n su composicin -u*mica( .imples holoprotenas( Su hidrlisis slo produce aminocidos. #"emplos de estas son la insulina y el colgeno /fibrosas y globulares0. Con/gadas o heteroprotenas( Su hidrlisis produce aminocidos y otras sustancias no proteicas 92rupo prosttico: /slo globulares0. OJO= segn las diapositivas las simples corresponden a las apoproteinas y las holoproteinas serian las conjugadas. PROTE.NAS CON/U0ADAS 6L$S# 2;7P) P;)S<=<>6) #?#@PL) Lipoprotenas Lipidos A 3 'Lipoproteina de la sangre 2lucoprotenas 2l,cidos >g 2 -osfoprotenas 2rupo fosfatos 6aseina 1emoprotenas 1emo /-erroporfirina0 1emogobina -lavoprotenas &ucleotidos de flavina Succinato deshidrogenasa @etaloproteinas 1e'Bn'6a'@b'6u -erritina' 6almodulina ESTRUCTURA 1ASICA DE LAS PROTE.NAS A%INOACIDOS #xisten *4 aminocidos diferentes y todos ellos tienen una parte com,n en su molcula !ue consisten en un grupo amino /&1C0 y un grupo cido /6))10, unidos al mismo tomo de 6arbono /6D0 . Se pueden representar como &1 * '61;'6))1, siendo ; un radical o cadena lateral caracterstico de cada aminocido. #xisten * enanti&meros /imagen especulares no superponibles, pero !ue tienen las mismas propiedades fsicas y !umicas, excepto por la interaccin con el plano de la luz polarizada0 posibles, pero solo la forma L, se encuentra presente en las protenas.
Neurotransmisores( 2$E$ /derivado de glutamina0' Serotonina /triptfano0 2ormonas ( <iroxina /tirosina0 ' $cido indol actico /triptfano0 Interme)iarios meta+"icos( 6itrulina' )rnitina Se clasifican seg,n sus radicales ;. 1ay varios tipos( ESTADO DE IONI3ACION Los aminocidos pueden tener carga neta positiva, negativa o cero. Portan por lo menos * grupos cidos dbiles ionizables F6))1 y F&1 C G. + #l grupo carboxilo de los aa se comporta como cido( 6))1 6)) ' G 1 G pHa + #l grupo amino, actua como base( &1 C G &1 * G 1 G pHb $ p1 del plasma y l!uido intracelular /I,8 y I,30, predominan las formas 6)) ' y &1 C G . Se utilizan como mensa"eros o precursores o mensa"eros metablicos APOLARES ' 2licina ' $lanina ' Jalina ' Leucina ' @etionina ' >soleucina ARO%ATICOS ' <irosina ' <riptofano ' -enilalanina ACIDOS ' $c. $sprtico ' $c. 2lutmico POLARES ' Serina ' <reonina ' 6isteina ' Prolina ' $paragina ' 2lutamina 1ASICOS ' $rginina ' 1istidina ' Lisina $minocidos proteicos $minocidos no #stndar $minocidos $ceptores de protones( 6)) ' &1 *
Las fuerzas relativas de los cidos dbiles son expresadas en trminos de sus constantes de disociacin de cidos pHa pH3 /carboxilo0 *'C Si el p1 K *'C el grupo carboxilo estar protonado. Si el p1 L *'C el grupo carboxilo estar desprotonado. pH* /amino0 5'33 Si el p1 K 5'33 el grupo amino estar protonado. Si el p1 L 5'33 el grupo amino estar desprotonado PUNTO ISOEL4CTRICO 5PI6 #xiste un valor de p1 caracterstico para cada aa, en el cual la disociacin de cargas positivas y negativas se iguala y por lo tanto, la carga total del aa es nula. $ este valor de p1 se le denomina punto isoelectrico /p>0 y el aa se encuentra en la forma de Zwitterion. 6orresponde al valor medio de los pHa !ue se encuentran a ambos lados de la especie isoelctrica. ' Para aa neutros corresponde al valor medio de los pH3 y pH*. #xisten solo * grupos disosiables #"( p> para la $lanina Si pH3M *.CN y pH*M 5.O5 pI M *.CN G 5.O5 M O.4* * ' Para aa cidos o bsicos, depende de cada caso. <omandose los valores ms cercanos. #xisten ms de * grupos disosiables #"( p> para el $c. $sprtico Si pH3M *.45, pHr M C.PO y PQ*M 5.P* pI M *.45 G C.PO M *.5P * p2 +a7o, la mayor parte de los grupos disociables estarn protonados, y por lo tanto habr un gran n,mero de car$as positias en la protena
p2 e"ea)o, los grupos disociables no estarn protonados, con lo cual habr mayor n,mero de car$as ne$atias &eutro
1o"a plegada 1o"a plegada 1lice alfa 1lice alfa $minocidos FOR%ACI8N DEL ENLACE PEPT.DICO Los L'D'aminocidos se unen mediante enlaces peptdicos, para formar los pptidos. La unin entre dos aminocidos, se establece entre el grupo carboxilo /'6))10 de un aminocido y el grupo amino /'&1*0 del aminocido inmediato, con la prdida de una molcula de agua. #l enlace peptdico tiene un comportamiento similar al de un enlace doble, es decir, presenta una cierta rigidez !ue inmoviliza en un plano los tomos !ue lo forman 6orresponde a una reacci&n de condensaci&n0 P;)P>#%$%#S R #s rgido y planar. R <iene carcter parcial de doble enlace. R #!uilibrio de estructuras resonantes. R &o tiene libertad de giro. R #s mas corto !ue otros enlaces 6'&. R Se presenta normalmente en transformacin 9<rans:. R Los grupos 6M) y &' 1 son polares y participan en la formacin de puentes de hidrgeno. ESTRUCTURAS DE LAS PROTEINAS La organizacin de una protena viene definida por cuatro niveles estructurales. R #s la secuencia especfica y ordenada de aa !ue componen la cadena polipeptdica de una protena. R Los aa como ya vimos estn unidos por enlaces covalentes( enlace peptdico o amida. -ormacin de un grupo amida.
paralela R Las protenas homlogas tienen secuencias y funciones seme"antes. R La comparacin de secuencias permite establecer relaciones evolutivas. R Las mutaciones corresponden a variaciones en la secuencia( S Los aa invariables son importantes para la funcin. S Las mutaciones conservadoras son cambios entre aa !umicamente seme"antes. S 1ay mutaciones !ue se relacionan con enfermedades a nivel molecular Patologa molecular R #s la disposicin de la secuencia de aminocidos en el espacio /Plegamiento0. R Se logra gracias a la capacidad de giro de sus enlaces !ue van ad!uiriendo una disposicin espacial estable R #l carcter de doble unin parcial entre el grupo carbonilo al nitrgeno D de la unin peptdica restringe de manera significativa las conformaciones posibles, debido a impedimentos estricos entre los grupos F&1, '6) y ;. R Lo rotacin slo puede darse alrededor de las uniones entre el 6D y el carbono carbonilo /6o0 y al nitrgeno. R Por lo tanto depende de los valores de T y U( $ngulo alrededor de la unin 6D '& fi /T0 $ngulo alrededor de la unin 6D F 6o psi /U0 R #l Dia$rama )e Ramac,an)ran ilustra las conformaciones permitidas !ue caracterizan a los dos tipos de estructura( S hlice D S lmina V antiparalela R Las conformaciones ms favorables dependen de la secuencia de aa y se estabilizan por enlaces no covalentes( S Puentes de 1idrgeno existe en un n,mero muy elevado. S >nteracciones 1idrfobas o van der Waals aa con cadenas laterales apolares. S >nteracciones #lectroestticas o Puentes salinos grupos carboxilo y amino. 1lice D R La cadena polipeptdica se enrolla en espiral sobre s misma debido a los giros producidos en torno al carbono alfa de cada aminocido. Se mantiene gracias a los enlaces de hidrgeno formados entre el grupo '&1 de un enlace peptdico y el grupo '6M) del cuarto aminoacido !ue le sigue. R #n las protenas no tienen lugar las hlices con giro hacia la iz!uierda. R Las cadenas laterales se dirigen hacia fuera, lo !ue permite una mnima repulsin y posibles interacciones entre ellas. R 6asi todos los grupos peptdicos participan en los enlaces 1. R #xisten algunos residuos !ue desestabilizan la hlice D( S 2licina &o tiene ;, por lo tanto otorga demasiada flexibilidad S Prolina restringe el giro de TX no tiene F&1 para formar puentes de 1. S ;esiduos voluminosos <riptfano
R #n algunos casos existen enlaces covalentes( S Puentes disulfuro 1o"a V R 6onservan su estructura primaria en zigzag y se asocian estableciendo uniones mediante enlaces de hidrgeno entre F6) y F&1 de cadenas adyecentes. R Las cadenas laterales se disponen perpendicularmente a la ho"a. R #s una conformacin simple formada por dos o ms cadenas polipeptdicas V ( S paralelas !ue corren en el mismo sentido S antparalelas !ue corren en direcciones opuestas R %isposicin de la estructura secundaria de un polipptido al plegarse sobre s misma originando una conformacin globular, tridimensional R Se mantiene por enlaces no covalentes( S >nicos S 1idrofbicos S Puentes de 1idrgeno S -uerzas de Jan der Waals
R #structura compacta !ue excluye las molculas de agua de su interior. R #n el interior se agrupan residuos hidrofbicos y al exterior los grupos polares. R La ausencia de agua facilita las interacciones inicas y los enlaces de hidrgeno. R Las protenas grandes suelen presentar Dominios estructura"es( S Son unidades estructuralmente independientes !ue presentan caractersticas y funciones definidas como la unin con ligandos especficos. S )tros e"emplos( @ano #- /configuracin hlice'vuelta'hlice0 se une a 6aGG %edo de Bn en protenas !ue unen $%&. R 7nin mediante enlaces dbiles /no covalentes0 de varias cadenas polipeptdicas con estructura terciaria, para formar as un comple"o proteico. 6ada una de estas cadenas polipeptdicas recibe el nombre de protmero. R Las subunidades se organizan de manera simtrica. R 8 protmeros por e"emplo forman la 1emoglobina /*D*V0 R Proporcionan mayor estabilidad y regulacin alostrica R Se estabilizan a travs de las mismas fuerzas !ue la estructura terciaria. DENATURACI8N DE PROTE.NAS R 6onsiste en la prdida de la estructura terciaria, por romperse los puentes !ue forman dicha estructura. R 7na protena soluble en agua cuando se desnaturaliza se hace insoluble en agua y precipita. R Se produce por agentes !ue interfieren en las fuerzas de estabilizacin( variacin de p1, temperatura, detergentes /hidrofbicos0, @ercaptoetanol /enlace disulfuro0, agitacin. R La estructura primaria se mantiene intacta. R #n la estructura secundaria las protenas pierden todos los patrones de repeticin regulares como las alfa'hlices y adoptan formas aleatorias. R La mayora de las protenas biolgicas pierden su funcin biolgica, por e"emplo, las enzimas pierden su actividad cataltica, por!ue los sustratos no pueden unirse ms al sitio activo. R #s un proceso !ue puede ser reversible S La desnaturalizacin de cidos nucleicos como el $%& por altas temperaturas, produce una separacin de la doble hlice, !ue ocurre por!ue los enlaces puente hidrgeno se rompen. Los filamentos del cido nucleico vuelven a unirse una vez !ue las condiciones YnormalesY se restauran, pero si las condiciones son restauradas demasiado rpidamente, las cadenas pueden no alinearse correctamente.
SEPARACI8N 9 PURIFICACI8N DE PROTE.NAS PARA ANALISIS Se utiliza la 6entrifugacin !ue es el mtodo ms com,n de separacin. #n este mtodo, el tubo de centrfuga se llena con una mezcla uniforme problema. <ras la centrifugacin se obtienen dos fracciones( un pellet !ue contiene el material sedimentado y un sobrenadante con el material no sedimentado. Luego se aprovechan las propiedades de las protenas en solucin para separar mezclas de stas basndose en su( <ama.o /peso0 molecular Solubilidad 6arga elctrica $finidad biolgica por otras molculas. Las separaciones analticas se realizan fundamentalmente por( Cromato$ra#*a( separa los componentes de una mezcla por su afinidad relativa a * fases, una mvil y otra estacionaria E"ectro#oresis( separa los componentes en base a sus caractersticas de carga yZo tama.o. Los cidos nucleicos ya disponen de una carga elctrica negativa, !ue los dirigir al polo positivo, mientras !ue las protenas se cargan con sustancias como el S%S /detergente0 !ue incorpora cargas negativas de una manera dependiente del peso molecular. Para la separacin se usa un gel de poliacrilamida. $l poner la mezcla de molculas y aplicar un campo elctrico, stas se movern y debern ir pasando por la malla, por la !ue las pe!ue.as se movern me"or, ms rpidamente. $s, las ms pe!ue.as avanzarn ms y las ms grandes !uedarn cerca del lugar de partida [ Di:"isis Las protenas globulares se separan en disolucin utilizando una membrana semipermeable para retener molculas de protena, permitiendo !ue las molculas pe!ue.as de soluto y de agua las atraviesen.
[ U"tra#i"tracin Se utiliza la presin de la fuerza centrfuga para hacer pasar por una membrana semipermeable agua y molculas pe!ue.as, reteniendo a las protenas. <ama.o [ Centri#u$acin en $ra)iente )e )ensi)a); Se usa una solucin de sacarosa cuya concentracin vara de *4 al O4\, se puede separar una mezcla de protenas, !ue al centrifugar, se separaran en bandas, seg,n su tama.o, forma y densidad. [ Cromato$ra#*a )e e<c"usin mo"ecu"ar Fi"tracin en $e" Se utiliza como matriz un gel con esferas !ue poseen poros en su interior, entonces las molculas pe!ue.as penetran en los poros, en cambio las molculas grandes, incapaces de penetrar por los poros, solo se mueven entre las bolas, donde la velocidad de solvente es superior. 6omo consecuencia, las molculas de mayor peso, son eluidas antes. [ Precipitacin con su"#ato )e amonio Las sales neutras afectan la solubilidad de las protenas globulares( $ K concentraciones, las salesL la solubilidad de las protenas ya !ue se induce la ionizacin de los grupos ; disociables de la protena. [ So"u+i"i)a) )i#erencia" por )i#erentes so"entes $dicin de solventes orgnicos con el agua, como lo son el etanol y la acetona disminuye la solubilidad de la mayor parte de las protenas globulares, de tal forma !ue precipitan.
[ Cromato$ra#*a )e Intercam+io Inico Se basa en la atraccin entre iones del soluto y puntos cargados !ue existen en la fase estacionaria. #n unas condiciones determinadas sern retenidas en la columna las protenas !ue tengan una carga complementaria a la de la matriz del gel /las protenas cargadas negativamente sern retenidas por una matriz cargada positivamente0, siendo eluidas las restantes. [ E"ectro#oresis se$&n En#o-ue Isoe"=ctrico Se separan las protenas en un gel donde se ha establecido un gradiente de p1 y al aplicar el campo elctrico, las protenas van a migrar hasta la zona del gel donde el p1 sea igual a su punto isoelctrico y en ese punto se detendr Solubilidad 6arga #lctrica
[ Cromato$ra#*a )e A#ini)a) Los bolas del gel estan recubiertas de un ligando por el !ue tiene afinidad algunas de las protenas a aislar. $l pasar la mezcla comple"a, sta protena es retenida en la superficie de las bolas, fluyndose las demas. %4TODOS PARA LAS DETER%INACIONES ESTRUCTURALES DE PROTE.NAS %ifraccin de ;ayos'] /6ristalografia0 slidos, estructura tridimensional #spectroscopia circular del dicrosmo #structura *ria #spectroscopia determinacin de cantidades muy pe!ue.as ;esonancia magntica nuclear/&@;0 espectroscopia provee informacin acerca de los tomos RELACI8N ESTRUCTURA!FUNCI8N Las protenas estn compuestas por cadenas de pptidos !ue para poder desempe.ar su funcin biolgica deben plegarse de una determinada manera, adoptando una forma tridimensional estable. 6uando una protena pierde su estructura tridimensional, por denaturacin tambin pierde su funcin, provocando una P$<)L)2>$. La concentracin de una protena es el resultado de un balance entre la velocidad de sntesis y degradacin de la misma. Transporte )e O<*$eno 1emoglobina /8 subunidades0 F @ioglobina /3 subunidad0 7na modificacin en la estructura de la hemoglobina, como alteraciones en la cadena beta de la hemoglobina puede provocar la prdida de funcin de la misma. Por e"emplo( [ $nemia @editerrnea o <alasemia V( produccin defectuosa de hemoglobina !ue lleva a una disminucin en la produccin y un aumento de la destruccin de los glbulos ro"os. $finidad In#i"tracin en $e" Intercam+io inico Cromato$ra#*a por a#ini)a) [ $nemia -alciforme o 1emoglobina S( mutacin en donde el $cido 2lutmico es sustituido por Jalina de la cadena E. 6uando la hemoglobina S se desoxigena disminuye su solubilidad y precipita dentro del hemate y da lugar a la formacin de una red gelatinosa, produciendo eritrocitos rgidos y en forma de hoz, con menor capacidad de transporte de ) * )tro e"emplo de alteraciones estructurales es la Prote*na Prion Su accin patgena consiste en ser una forma modificada de una protena natural existente en el organismo !ue al entrar en contacto con las protenas originales las induce a adoptar la forma del prin, !ue suele ser una forma anormal y disfuncional, todo ello en una accin en cadena !ue acaba por destruir la operatividad de todas las protenas sensibles al prin. PROTE.NAS PLAS%>TICAS Son todas a!uellas protenas !ue estn presentes en el plasma y !ue e"ercen presin osmtica, con lo !ue son parte importante en la distribucin del agua entre el plasma y los l!uidos titulares. Para su anlisis hay !ue tener en cuenta( Funcin Prote*na <ransporte $lb,mina, $polipoprotena, transferan >nmunidad >nmunoglobulinas @anutencin P^ )smtica <odas, principalmente $lb,mina #nzimas ;enina, -actores de 6oagulacin >nhibidores de proteasas $ntitripsina D3 ;egulacin del p1 /tampn0 <odas [ 6oncentracin de protenas totales Jelocidad de sntesis o degradacin proteica 6ambios en el volumen de distribucin [ Solo la variacin de las protenas plasmticas mas abundantes /alb,mina' >g0 tendrn un efecto significativo