Tahap Replikasi DNA (DNA Replication Part II)

Tahapan Replikasi DNA adalah sebagai berikut

1. Pengenalan Origin of Replication (ORI)
Titik awal dimulainya replikasi disebut Origins of Replication
(titik ORI), merupakan suatu unique sequence yang akan dikenali
suatu protein inisiator. Protein Origin Recognition Complex
(ORC) berperan sebagai protein inisiator yang akan mengenali
sekuens ORI dan menginisiasi penempelan helicase. ORC ini akan
selalu menempel pada saat proses replikasi berlangsung,
penghancuran ORC oleh protein tertentu dapat menghambat
proses replikasi.

2. Inisiasi Replication Fork
Helicase yang menempel pada ORI berfungsi membuka pilinan
DNA double strand menjadi dua single strand DNA terpisah
sehingga membentuk struktur Replication Fork. Single Strand
Binding Protein (SSBP) akan menempel pada single strand DNA
yang baru terbentuk agar stabil sehingga tidak bergabung kembali
(renaturasi). Pembukaan pilinan oleh helicase dimulai dari ORI
menuju ke dua arah, membentuk 2 Replication Fork yang tampak
sebagai Replication Bubble.

3. Replikasi pada Leading Strand
Replikasi pada Leading strand diawali dengan aktivitas primase
(DNA primase) yang mensintesis RNA primer. Setelah adanya
RNA primer, sintesis DNA dapat dimulai oleh DNA polimerase
secara kontinyu dari arah 5' ke 3' searah dengan pembukaan
replication fork.

4. Replikasi pada Lagging Strand
Sintesis DNA harus terjadi pada arah 5' ke 3' maka arah replikasi
berlawanan arah dengan pembukaan Replication Fork atau
antiparalel dengan arah Leading strand. Replikasi pada lagging
strand terjadi secara tidak kontinyu. Sintesis DNA diawali dengan
pembentukan RNA primer kemudian dilanjutkan sintesis DNA
oleh DNA polimerase, demikian berulang-ulang setelah helicase
membuka untaian double helix DNA. Oleh karena itu, pada
lagging strand dijumpai fragmen-fragmen DNA yang disebut
fragmen Okazaki. DNA polimerase akan menganti RNA primer
dengan sekuens DNA dan meninggalkan celah antar fragmen
(gap). Fragmen-fragmen tersebut akhirnya disatukan oleh Ligase
sehingga membentuk untai DNA baru yang utuh dan
komplementer dengan template DNA induk.
Secara umum, proses sintesis protein meliputi tiga tahapan utama,
antara lain:

a. Replikasi DNA

Setiap sel dapat memperbanyak diri dengan cara membelah.
Sebuah sel membelah menjadi 2 sel, 2 sel membelah menjadi 4
sel, 4 sel membelah menjadi 8 sel dan seterusnya. Sebelum sel
membelah, terjadi perbanyakan komponen-komponen di dalam sel
termasuk DNA. Perbanyakan DNA dilakukan dengan cara
replikasi. Dengan demikian, replikasi adalah proses pembuatan
(sintesis) DNA baru atau penggandaan DNA di dalam nukleus.
Pada saat replikasi berlangsung, DNA induk membentuk kopian
DNA anak yang sama persis sehingga DNA induk berfungsi
sebagai cetakan untuk pembentukan DNA baru.


RNA Virus dapat Membentuk DNA

Menurut Baltimore, Mizushima, dan Temin (1970), beberapa
virus dapat mensintesis DNA dari RNA hasil cetakan yang
berantai tunggal. Enzim yang berperan disebut DNA polimerase
bergantung RNA atau Transkriptase Sebaliknya. (Suryo, Genetika,
hlm. 101)

Replikasi merupakan tahapan rumit yang mengawali sintesis
protein. Oleh karena itu, kalian perlu menyimak dengan saksama.


Gambar 1. Tahapan replikasi DNA.
Proses replikasi dimulai pada beberapa daerah spesifik dari rantai
DNA, disebut pangkal replikasi. Beberapa tahapan dan enzim
yang berperan dalam sintesis protein, antara lain:

a) DNA helikase, berfungsi untuk membuka rantai ganda DNA
induk.
b) Enzim primase, membentuk primer yang merupakan segmen
pendek dari RNA sebagai pemula untuk terjadinya sintesis
protein.
c) Dari ujung 3 RNA primer, DNA polimerase menambahkan
pasangan basa nitrogen (dari nukleotida-nukleotida) pada rantai
tunggal DNA induk dan terbentuk rantai DNA yang
bersambungan secara kontinyu (tanpa terpisah-pisah) yang disebut
leading strand.
d) Pada rantai tunggal DNA induk yang lain, DNA polimerase
membentuk lagging strand (merupakan keseluruhan rantai kopian
DNA yang pertumbuhannya tidak kontinyu) dengan
memperpanjang RNA primer-RNA primer di beberapa tempat
sehingga membentuk segmen-segmen DNA baru yang saling
terpisah. Segmen-segmen itulah yang disebut fragmen Okazaki.
e) DNA polimerase yang lainnya, menggantikan RNA primer
dengan DNA dan enzim ligase menghubungkan segmen-segmen
okazaki, sehingga terbentuk salinan DNA baru. Nah, DNA baru
yang telah terbentuk (identik dengan DNA induk) akan
melanjutkan tahapan untuk mensintesis protein yaitu tahapan
transkripsi dan translasi.

b. Transkripsi
Pada tahapan ini, DNA akan membentuk RNA dengan cara
menerjemahkan kode-kode genetik dari DNA. Proses
pembentukan RNA ini disebut transkripsi, yang menghasilkan 3
macam RNA seperti yang telah kalian ketahui sebelumnya, yaitu
mRNA, tRNA, dan rRNA. Transkripsi terjadi di dalam sitoplasma
dan diawali dengan membukanya rantai ganda DNA melalui kerja
enzim RNA polimerase. Sebuah rantai tunggal berfungsi sebagai
rantai cetakan atau rantai sense, rantai yang lain dari pasangan
DNA ini disebut rantai anti sense. Tidak seperti halnya pada
replikasi yang terjadi pada semua DNA, transkripsi ini hanya
terjadi pada segmen DNA yang mengandung kelompok gen
tertentu saja. Oleh karena itu, nukleotida nukleotida pada rantai
sense yang akan ditranskripsi menjadi molekul RNA dikenal
sebagai unit transkripsi.


Transkripsi meliputi 3 tahapan, yaitu tahapan inisiasi, elongasi,
dan terminasi.


1) Inisiasi (Permulaan)


Jika pada proses replikasi dikenal daerah pangkal replikasi, pada
transkripsi ini dikenal promoter, yaitu daerah DNA sebagai tempat
melekatnya RNA polimerase untuk memulai transkripsi. RNA
polimerase melekat atau berikatan dengan promoter, setelah
promoter berikatan dengan kumpulan protein yang disebut faktor
transkripsi. Nah, kumpulan antara promoter, RNA polimerase, dan
faktor transkripsi ini disebut kompleks inisiasi transkripsi.
Selanjutnya, RNA polimerase membuka rantai ganda DNA.


2) Elongasi (Pemanjangan)

Setelah membuka pilinan rantai ganda DNA, RNA polimerase ini
kemudian menyusun untaian nukleotida-nukleotida RNA dengan
arah 5 ke 3. Pada tahap elongasi ini, RNA mengalami
pertumbuhan memanjang seiring dengan pembentukan pasangan
basa nitrogen DNA. Pembentukan RNA analog dengan
pembentukan pasangan basa nitrogen pada replikasi. Pada RNA
tidak terdapat basa pirimidin timin (T), melainkan urasil (U). Oleh
karena itu, RNA akan membentuk pasangan basa urasil dengan
adenin pada rantai DNA. Tiga macam basa yang lain, yaitu
adenin, guanin, dan sitosin dari DNA akan berpasangan dengan
basa komplemennya masing-masing sesuai dengan pengaturan
pemasangan basa. Adenin berpasangan dengan urasil dan guanin
dengan sitosin (Gambar 2).


Gambar 2. Tahap elongasi transkripsi.
3) Terminasi (Pengakhiran)

Penyusunan untaian nukleotida RNA yang telah dimulai dari
daerah promoter berakhir di daerah terminator. Setelah transkripsi
selesai, rantai DNA menyatu kembali seperti semula dan RNA
polimerase segera terlepas dari DNA. Akhirnya, RNA terlepas dan
terbentuklah RNA m yang baru.

Pada sel prokariotik, RNA hasil transkripsi dari DNA, langsung
berperan sebagai RNA m. Sementara itu, RNA hasil transkripsi
gen pengkode protein pada sel eukariotik, akan menjadi RNA m
yang fungsional (aktif) setelah malalui proses tertentu terlebih
dahulu. Dengan demikian, pada rantai tunggal RNA m terdapat
beberapa urut-urutan basa nitrogen yang merupakan komplemen
(pasangan) dari pesan genetik (urutan basa nitrogen) DNA. Setiap
tiga macam urutan basa nitrogen pada nukleotida RNA m hasil
transkripsi ini disebut sebagai triplet atau kodon.

c. Translasi
Setelah replikasi DNA dan transkripsi mRNA di dalam nukleus,
mRNA dari nukleus dipindahkan ke sitoplasma sel. Langkah
selanjutnya adalah proses translasi RNA m untuk membentuk
protein. Translasi merupakan proses penerjemahan beberapa
triplet atau kodon dari RNA m menjadi asam amino-asam amino
yang akhirnya membentuk protein. Urutan basa nitrogen yang
berbeda pada setiap triplet, akan diterjemahkan menjadi asam
amino yang berbeda. Misalnya, asam amino fenilalanin
diterjemahkan dari triplet UUU (terdiri dari 3 basa urasil), asam
amino triptofan (UGG), asam amino glisin (GGC), dan asam
amino serin UCA.

Sebanyak 20 macam asam amino yang diperlukan untuk
pembentukan protein merupakan hasil terjemahan triplet dari
mRNA. Selanjutnya, dari beberapa asam amino (puluhan, ratusan,
atau ribuan) tersebut dihasilkan rantai polipeptida spesifik dan
akan membentuk protein spesifik pula.


Gambar 3. Tahapan transkripsi RNA.
Lalu, bagaimana mekanisme translasi tersebut? Langkah-langkah
pada proses translasi adalah sebagai berikut:
1) Inisiasi Translasi
Ribosom sub unit kecil mengikatkan diri pada mRNA yang telah
membawa sandi bagi asam amino yang akan dibuat, serta
mengikat pada bagian inisiator tRNA. Selanjutnya, molekul besar
ribosom juga ikut terikat bersama ketiga molekul tersebut
membentuk kompleks inisiasi. Molekul-molekul tRNA mengikat
dan memindahkan asam amino dari sitoplasma menuju ribosom
dengan menggunakan energi GTP dan enzim. Bagian ujung tRNA
yang satu membawa antikodon, berupa triplet basa nitrogen.
Sementara, ujung yang lain membawa satu jenis asam amino dari
sitoplasma. Kemudian, asam amino tertentu tersebut diaktifkan
oleh tRNA tertentu pula dengan menghubungkan antikodon dan
kodon (pengkode asam amino) pada mRNA.


Gambar 4. Tahap inisiasi translasi.
Kodon pemula pada proses translasi adalah AUG, yang akan
mengkode pembentukan asam amino metionin. Oleh karena itu,
antikodon tRNA yang akan berpasangan dengan kodon pemula
adalah UAC. tRNA tersebut membawa asam amino metionin pada
sisi pembawa asam aminonya.
2) Elongasi
Tahap pengaktifan asam amino terjadi kodon demi kodon
sehingga dihasilkan asam amino satu demi satu. Asam-asam
amino yang telah diaktifkan oleh kerja tRNA sebelumnya,
dihubungkan melalui ikatan peptida membentuk polipeptida pada
ujung tRNA pembawa asam amino. Misalnya, tRNA membawa
asam amino fenilalanin, maka antikodon berupa AAA kemudian
berhubungan dengan kodon mRNA UUU. Fenilalanin tersebut
dihubungkan dengan metionin membentuk peptida. Nah, melalui
proses elongasi, rantai polipeptida yang sedang tumbuh tersebut
semakin panjang akibat penambahan asam amino.


Gambar 5. Tahap elongasi translasi.
Keterangan :
a. tRNA membawa antikodon AAA & asam amino (fenilalanin)
b. antikodon AAA berpasangan dengan kodon mRNA
c. pembentukan ikatan peptida
d. pemanjangan rantai polipeptida & ribosom siap menerima
tRNA selanjutnya.
3) Terminasi
Proses translasi berhenti setelah antikodon yang dibawa tRNA
bertemu dengan kodon UAA, UAG, atau UGA. Dengan demikian,
rantai polipeptida yang telah terbentuk akan dilepaskan dari
ribosom dan diolah membentuk protein fungsional.


Gambar 6. Terminasi translasi.
2. Kode Genetik dalam Sintesis Protein

Anda sekarang sudah mengetahui Sintesis Protein. Terima kasih
anda sudah berkunjung ke Perpustakaan Cyber.

Referensi :
Rochmah, S. N., Sri Widayati, Mazrikhatul Miah. 2009. Biologi :
SMA dan MA Kelas XII. Pusat Perbukuan, Departemen
Pendidikan Nasional, Jakarta, p. 282.

Sumber : http://perpustakaancyber.blogspot.com/2013/03/proses-
dan-tahapan-sintesis-protein-pengertian-transkripsi-dna-dan-
translasi-rna-pembentukan-polipeptida.html#ixzz2gT2y5gTg


SOAL JAWAB BIOLOGI MOLEKULER

1. DNA bersifat asam, basa atau netral ? jelaskan
Jawab :
Deoxyribonukleic acid (DNA)atau asam deoksiribonuklat
merupakan polinulkelotida yang berarti tersusun atas unit-
unit dasar yang disebut nukleotida. Satu nukleotida DNA
terdiri atas : gugus fosfat, gula deoksiribosa dan satu jenis
basa nitrogen. Struktur nukleotida adalah sebagai berikut :

Ujung fosfat dari nukleotida bersifat negatif sehingga bersifat
asam akan tetapi nukleotida DNA juga mengandung unsur
basa yaitu basa nitogen (salah satu dari Adenin, Timin, Sitosin
dan Guanin). Dengan adanya bagian asam dan basa maka
molekul DNA dapat saling menetralkan.

2. Apa unit dasar kromosom?
Jawab :
Kata Kromosom berasal dari bahasa Yunani Krom (warna)
dan soma (tubuh). Kromosom hanya nampak pada saat
pembelahan sel dan akan nampak sangat jelas pada fase
metafase. Kromosom terdapat di nukleus dan mengandung
pembawa informasi genetik suatu species yaitu DNA. DNA
yang terdapat dalam kromosom terlilit pada protein yang
disebut protein histon. Jadi dapat disimpulkan bahwa unit
dasar kromosom adalah DNA sementara DNA tersusun atas
deretan gen-gen. Unit dasar penyusun gen adalah nukleotida.

3. Sebutkan komponen penyusun nukleotida!
Jawab :
Satu nukleotida DNA terdiri atas : gugus fosfat, gula
deoksiribosa dan satu jenis basa nitrogen. Struktur nukleotida
adalah sebagai berikut :

Karena basa nitrogen terdiri atas purin : guanin (G) dan
adenin (A) dan pirimidin : sitosin (C) dan timin (T) maka
nukleotida penyusun DNA terdapat 4 jenis berdasarkan jenis
basa nitrogen yaitu:
- Nukleotida Adenin
- Nukleotida timin
- Nukleotida sitosin
- Nukleotida guanin

4. Jelaskan struktur DNA double helix
Jawab :
Berdasarkan hasil penelitian Franklin Gosling dan M.H.F.
Wilkins tahun 1952 pada DNA dengan menggunakan sinar X
maka J. D. Watson dan F.H.C. Crick pada tahun 1953
mengemukkan model struktur molekul DNA double helix (
beruntai ganda) dimana tersusun atas :
a. Gula dan gugus fosfat sebagai induk tangga
b. Basa nitrogen dengan pasangannya sebagai anak tangga.

5. Mengapa struktur DNA double helix antipararel? Jelaskan
Jawab :
Struktur DNA bersifat antipararel memungkinkan masing-
masing untai pada DNA dapat menjadi templete dalam proses
replikasi DNA. Hal ini DNA parental dan DNA anakan hasil
replikasi bersifat sama sehingga informasi genetik
terkonservasi dari generasi ke generasi.
Arah polinukleotida DNA dapat berdasarkan pada ikatan
fosfodiester antar nukleotida (diester : 2 ikatan antara gugus
OH yang bereaksi dengan gugus fosfat yang bersifat asam).
Pada punggung gula fosfat DNA, gugus fosfat terhubung
dengan atom carbon 3 dari molekul gula deoksiribosa dan
selanjutnya pada atom carbon 5. Dua ujung dari rantai
polinukleotida berbeda. Pada ujung yang satu yang tidak
berikatan dengan nukleotida adalah ujung 5 (gugus fosfat (-
OPO3-) dimana bagian ujung ini sering disebut ujung 5.
Pada ujung yang lain yang juga tidak berikatan dengan
nukleotida juga disebut ujung 3 (mengandung gugus
hidroksil -OH). Pada DNA arah replikasi adalah 5 3,
dimana pada DNA doble helix tsb ujung 5 akan berikatan
dengan ujung 3 pada untai berikutnya. Hal inilah yang
menyebabkan DNA doble helix disebut bersifat antipararel.

6. DNA bermuatan positif atau negatif? Mengapa
Jawab :
DNA memiliki bagian punggung fosfat yang bermuatan
negatif yang memungkinkan terjadi pengikatan antara
nukleotida pada saat replikasi DNA pada lagging strand yang
bersifat diskontinu.

7. Deskripsikan tentang nukleosom dan solenoid
Jawab
Nukleosom adalah kompleks protein histon. Nukleosom
adalah unit dasar dari kromatin. Nukleosom yang membentuk
lipatan melingkar disebut solenoid. Solenoid berhubungan
dengan bentuk lipatan atau supercoil DNA pada kromatin.
Struktur solenoid akan membentuk struktur spiral dan
selanjutnya melekat pada protein scaffold membentuk
struktur kromosom yang terlihat pada mitosis dan meiosis.

The fundamental unit of organization in the chromatin of
eukaryotic cells is the nucleosome, which consists of histones
and a 200 bp segment of DNA. A core protein particle
containing eight histones (two copies each of histones H2A,
H2B, H3, and H4) is encircled by a segment of DNA (about
146 bp) in the form of a left-handed solenoidal supercoil.
Nucleosomes are organized into 30 nm fibers, and the fibers
are extensively folded to provide the 10,000-fold compaction
required to fit a typical eukaryotic chromosome into a cell
nucleus. The higher-order folding involves attachment to a
nuclear scaffold that contains histone H1, topoisomerase II,
and SMC proteins. (Nelson dan Cox, 2005).

8. Apa perbedaan fungsi protein histon dan non histon
Jawab :
Kromosom eukariotik terdiri atas komponen DNA dan
protein yang dikenal sebagai protein histon dan non histon.
Protein histon berperan secara struktural pada kromosom
sedangkan protein non histon berperan dalam meregulasi
ekspresi gen.
Protein histon mengemas DNA menjadi bentuk nukleosom
sedangkan protein non histon protein dalam bentuk benang-
benang yang menstabilkan kromatin. Histon bersifat basa
sehingga dapat menetralkan DNA.

1. Bagaimana hubungan antara pemindahan informasi
genetik dari sel ke sel dengan replikasi?
Jawab :
Pemindahan informasi genetik atau transmisi informasi
genetik dari sel ke sel berlangsung pada salah satu tahap
dalam siklus sel yang disebut tahap sintesis. Pada tahap ini
terjadi replikasi DNA secara semikonservatif dimana DNA
replikan akan sama persis dengan DNA parental sehingga sel
hasil pembelahan akan mewarisi informasi genetik atau DNA
yang sama dengan sel sebelumnya atau sel parental. Pada sel
prokariot yang pembelahan selnya terjadi secara langsung
tanpa melalui siklus sel akan tetapi proses replikasi DNA
tetap berlangsung sama.

Gambar Siklus Sel pada eukariotik.

Penjelasan tahapan dalam siklus sel :
Fase M adalah periode dimana sel-sel mempersiapkan diri
untuk sitokenesis. Fase M (fase mitosis atau mitosis). Selama
mitosis kromosom berpasangan dan kemudian membelah
pada pembelahan sel. Kejadian pada tahap ini membawa
pada tahap/tahap dalam pembelahan sel yaitu profase,
metafase, anafase dan telofase.
Fase G1 , proses yang terjadi dalam siklus sel mengikuti
sitokenesis. Selama fase ini sel-sel ditentukan apakah akan
tetap bertahan dan melangsungkan siklus atau mengahiri
diferensiasi. Tahap inilah yang banyak dikaji dalam
hubungan dengan apoptosis. Jika tidak terjadi diferensiasi
lagi setelah sitokenesis maka disebut fase G0. fase G0 ini
dapat diinduksi lagi setelah beberapa waktu tidak
berdiferensiasi dengan stimulus spesifik untuk memasuki
kembali siklus sel pada fase G1. selama G1 sel akan memulai
sintesis semua komponen seluler yang dibutuhkan untuk
menghasilkan kembali 2 sel indetik. Sebagai akibatnya
ukuran sel mulai bertambah selama G1.
Fase S, fase dalam siklus sel dimana DNA direplikasi. Fase ini
merupakan fase sintesis DNA. Protein tertentu di sintesis
dalam fase S, seperti histon.
Fase G2, dicapai setelah replikasi DNA komplete. Selama G2
kromosom mulai berkondensasi, nukleus mulai tidak tampak
dan mikrotubul terorganisir pada bagian pusat memulai
polimerisasi tubulin untuk menghasilkan spindel pole.

2. Replikasi DNA memerlukan banyak enzim dan protein.
Sebutkan 5 enzim yang terlibat dalam replikasi DNA dan
jelaskan masing-masing perannya.
Jawab :
a. Girase : bertugas melepatkan lilitan DNA
b. Primase : mengkatalisis sintesis RNA primer pada DNA
untai tunggal yang digunakan oleh DNA polimerase memulai
fragmen Okazaki pada lagging strand.
c. DNA polimerase : berperan dalam pemanjangan nukleotida
DNA. DNA polimerase berperan menggabungkan
deoksiribonukleosida trifosfat dNTP. DNA polimerase terdiri
atas DNA polimerase I, II dan III.
d. Helicase : berfungsi dalam membuka untai DNA doble helix
untuk proses replikasi. Helikase membuka untai DNA double
helix menjadi untai tunggal
e. DNA ligase : berperan dalam menyambung fragmen DNA,
nampak jelas pada pemanjangan rantai DNA yang bersifat
diskontinu.
f. Topoisomerase : berperan dalam membentuk topologi DNA

3. Bagaimana mekanisme dasar replikasi DNA pada bakteri ?
Jawab :
Pada bakteri replikasi dimulai pada tempat awal replikasi
yang disebut ORI (origin of replication). Proses replikasi
dimulai dengan pembentukan garpu replikasi yang dalam
pembentukannya melibatkan berbagai jenis enzim. Enzim
girase bertugas melepaskan lilitan DNA, helikase berperan
memisahkan untai DNA menjadi untai tunggal pada daerah
ORI sehingga akan terbentuk garfu replikasi. Dua untai DNA
yang sudah terpisah distabilkan oleh Single binding protein
(SSB) agar tidak mudah patah atau terurai sehingga dapat
menjadi templete DNA baru. Proses replikasi DNA
membutuhkan DNA polimerase III yakni enzim yang
menggabungkan bahan pembentuk DNA
(deoksiribonukleosida trifosfat) menjadi DNA baru.

Secara Ringkas replikasi DNA adalah :
Replikasi DNA terjadi pada bentuk Y dari untai DNA yang
disebut garpu replikasi. DNA polimerase mengkatalisis reaksi
polimerasi mulai dari arah 5 ke 3, pengkopian strand DNA
tempelete dengan sangat akurat. Dua strand DNA Double
helix bergerak antipararel, sintesis DNA dengan arah 5 ke 3
berlangsung kontinu hanya strand pada garfu replikasi
(leading strand). Pada lagging strand, sintesis di mulai pada
RNA primer yang bersifat semikontinu. Replikasi DNA
membutuhkan banyak kerja enzim/protein. Termasuk
didalamnya : 1) DNA polimerase dan DNA primase yang
mengkatalisis polimerasi nukleosida trifosfat. 2)DNA helikase
dan protein single strand DNA-binding (SSB) yang berperan
membuka helix DNA sehingga dapat dikopi. 3) DNA ligase,
enzim yang mendegradasu DNA primer dan menyambungkan
sintesis langging strand DNA dan 4). DNA topoisomerase yang
berperan membentuk relive lilitan helikal DNA. Kebanyakan
protein ini bekerja sama satu dengan lainnya pada garfu
replikasi membentuk mesin replikasi yang efesien.

Pada bakteri misalnya pada E. coli. memiliki DNA sirkuler
yang disebut Plasmid hanya memiliki satu titik awal replikasi
(ORI). Pada proses replikasi ini untai induk akan memisah
pada bagian ORI membentuk bubble replication dengan 2
garpu replikasi.

4. Deskripsikan tentang fragmen okazaki!
Jawab :
Pada satu strand, strand yang baru disintesis dengan arah 5
3 dan strand ini disebut leading strand. Pada strand yang
lain, fragmen kecil DNA disintesis dengan arah 5 3,
sintesis fragmen kecil ini berlangsung secara diskontinu pada
arah 5 3, strand ini disebut langging strand.

Bagaimana lagging strand disintesis ?

Sintesis diskontinu (panah biru) ditemukan oleh Dr. Reiji
Okazaki. Fragmen DNA kecil pada langging strand ini
kemudian disebut fragmen okasaki.

5. Apa rasionalnya bahwa replikasi pada sel eukariotik
diawali pada banyak ori.
Jawab :
Origins of replication (ORI) disebut juga Autonomously
Replicating Sequences (ARS) atau replicators. Pada
eukariotik memiliki banyak gen yang direplikasi sehingga
membutuhkan banyak daerah ORI. Ukuran kromosom
eukariotik lebih besar dibandingkan dengan ukuran
kromosom prokariotik.
Pada eukariotik mengandung beberapa ribu replikon masing-
masing berukuran 50.000 300.000 bp. Setiap pusat replikon
adalah ORI, tempat sintesis DNA di mulai.

6. Jelaskan mengapa pada replikasi DNA semikonservatif pita
3-5 yang dicetak bersifat diskontinu?
Jawab :
Karena struktur molekul DNA bersifat antipararel dengan
arah replikasi 5 3, setiap strand atau untai DNA
berfungsi sebagai templete dalam proses replikasi DNA.
Dengan sifat diskontinu ini maka memungkinkan proses
repair atau perbaikan DNA jika terjadi kesalahan pasangan
basa (mismatch pairing)

7. DNA ligase sangat esensial dalam proses replikasi DNA,
namun ligase tidak diperlukan dalam proses transkripsi RNA,
mengapa?
Jawab :
Dalam proses transkripsi atau penyalinan informasi genetik
dari DNA ke mRNA untuk ditranslasi menjadi protein, yang
disalin hanyalah fragmen DNA tertentu yang membawa
informasi sifat tertentu atau dikenal dengan istilah gen.
Fragmen tersebut dapat terdiri dari beberapa ratus
nukleotida yang adalah bagian dari DNA sebagai genom
(kumpulan gen-gen). Dalam proses transkripsi tidak
berlangsung proses penyambungan fragmen DNA ataupun
RNA sehingga ligase yang berperan sebagai lem biologi
tidak diperlukan. Tujuan transkripsi adalah menyalin
informasi genetik dari DNA ke dalam bentuk mRNA untuk
dibawah ke luar dari inti sel, untuk diterjemahkan menjadi
bentuk protein. Jadi RNA bersifat bilingual yaitu
mengetahui bahasa DNA (Transkripsi) dan dapat
membahasakan informasi genetik dari DNA menjadi bentuk
protein.

8. Mengapa replikasi pada sel eukariot waktunya lebih lama
dibanding prokariot? Bukti-bukti apa yang mendukung ?
Jawab :
Genom eukariot lebih besar dibandingkan dengan prokariot.
Replikasi pada eukariot sangat cepat yaitu 1000 nukleotida
tidap detik (Albert, 2002).
Pada eukarioti memiliki banyak segmen noncoding yang
disebut intron sedangkan pada prokariot hanya sedikit.

1. DNA atau gen berekspresi dengan cara mensintesis protein,
mengapa? Jelaskan
Jawab :
Melalui tahapan dogma genetik atau ekspresi genetik. DNA
akan melakukan proses replikasi untuk menghasilkan untai
DNA baru yang sama persis dengan DNA asalnya. Informasi
genetik yang dibawah oleh gen-gen yang tersusun dalam
molekul DNA sebagai genom, akan ditranskripsi yaitu disalin
dari sekuens DNA tersebut (gen) ke dalam bentuk mRNA.
Selanjutnya informasi genetik tersebut akan ditranslasi
(diterjemahkan) menjadi bentuk protein.
Gambar dogma genetik
Informasi genetik dari suatu gen diterjemahkan dalam bentuk
protein karena sebagian besar massa sel adalah protein.
Protein dapat berfungsi struktural yaitu komponen penyusun
sel dan juga fungsional yaitu berupa enzim, hormon dan
protein fungsional lain.

2. Bagaimana cara DNA melaksanakan fungsinya sebagai
penyampai informasi genetik pada keturunannya?
Jawab :
DNA melakukan proses replikasi pada salah satu tahap dalam
siklus sel dimana DNA replikan sama persis dengan DNA
parental. Masing-masing untai DNA dapat berfungsi sebagai
templete (replikasi semikonservatif) sehingga informasi
genetik dari generasi ke generasi dapat dikonservasi.

3. Bagaimana hubungan antara DNA dan RNA?
Jawab :
DNA bersifat autokatalitik yaitu dapat melakukan replikasi
dan juga bersifat heterokataliti yaitu dapat membuat molekul
asam nukleat lainnya yaitu RNA. RNA adalah hasil
transkripsi informasi genetik dari DNA sehingga RNA
membawa informasi genetik dari DNA untuk ditranslasikan
atau diterjemakan di ribosom melalui proses sintesis protein.

4. Jelaskan perbedaan antara struktur antara DNA dan RNA
Jawab :

Karakteristik DNA RNA
Struktur molekul Terdiri atas untai ganda (double helix)
Terdiri atas untai tunggal (singgle helix)
Molekul gula penyusun Deoksiribosa Ribosa
Basa nitrogen Purin : Adenin dan Guanin sedangkan
pirimidin : Sitosin dan Timin Purin : Adenin dan Guanin
sedangkan pirimidin : Sitosin dan Urasil
Fungsi Biologis Pembawa informasi genetik, direplikasi satu
kali pada fase sintesis dalam siklus Sel.
Tidak akan meninggalkan inti sel Membawa informasi
segmen/fragmen DNA tertentu (gen), untuk ditranslasi
menjadi protein.
Disintesis di inti sel tetapi berfungsi di sitosol.

5. Bandingkan ribosom yang dimiliki organisme prokariotik
dengan eukariotik!
Jawab :
Perbandingan ribosom prokariotik dan eukariotik :

6. Semua jenis RNA disintesis oleh DNA sebagai cetakannya.
Apakah yang membedakan dalam sintesis ketiga macam RNA
tersebut?
Jawab :
- mRNA adalah molekul pembawa informasi genetik dari
DNA, memiliki molekul yang lebih besar dari 2 jenis RNA
lainnya. mRNA membawa informasi genetik dalam bentuk
kodon triplet yang akan ditranslasi menjadi protein. Pada
proses translasi mRNA berfungsi sebagai templete sintesis
protein.
- tRNA adalah molekul RNA kecil tersusun atas 70-90
nukleotida. Membentuk struktur seperti daun semanggi
karena adanya beberapa basa yang saling berpasangan. tRNA
berfungsi sebagai adaptor antara asam amino dan kodon yang
terdapat pada mRNA selama proses translasi.
- rRNA adalah komponen penting pembentuk ribosom. rRNA
dihasilkan oleh gen khusus (daerah pengatur nukleolus) pada
kromatin. Fungsi ribosom adalah tempat melekatnya mRNA
dalam proses sintesis protein.
7. Bagaimana rasionalnya bahwa kode genetik tersusun dari
tiga nukleotida dan bukannya 1,2 atau 4?
Jawab :
Kode genetik dalam bentuk triplet untuk tujuan efesiensi
dalam mengkode asam amino yang berjumlah 20 jenis.
Karena basa ada 4 buah maka probabilitas asam amino yang
bisa dikode jika kodon dalam bentuk 2 nukleotida (duplet)
adalah 42 = 16 sedangkan asam amino ada 20 jadi masih ada
asam amino yang tidak terkode.
Apabila dalam bentuk 3 nukleotida (triplet) berarti 43 = 64.
Kelihatan terlalu banyak dibandingkan jumlah asam amino
yang hanya 20 tetapi ternyata pada kenyataannya dalam
sintesis protein beberapa kodon bisa mengkode asam amino
yang sama. Penelitian menunjukkan bahwa kode genetik
berbentuk triplet ternyata sama pada semua makluk hidup.
Apabila dalam bentuk 4 nukleotida 44=265 maka terlalu
banyak dibandingkan jumlah asam amino yang hanya 20
jenis.