Captulo 8 Paseos aleatorios y la Estructura de Macromolculas Indice del captulo : en que pensamos de Macromolculas como Random Walks Hay

muchas maneras diferentes de la caracterizacin de las estructuras biolgicas . Una alternativa til a la descripcin determinista de la estructura en trminos de coordenadas atmicas bien definidos es el uso de descripciones estadsticas . Por ejemplo , la disposicin de una molcula de ADN grande dentro de la clula es a menudo mejor caracteriza estadsticamente en trminos de cantidades medias tales como el tamao medio y la posicin . El objetivo de este captulo es examinar una de las ideas ms poderosas de toda la ciencia , a saber , la caminata al azar , y para demostrar su utilidad en la caracterizacin de macromolculas biolgicas , como el ADN . Vamos a mostrar cmo estas ideas culminan en una distribucin de probabilidad para la distancia de extremo a extremo de polmeros y cmo esta distribucin se puede utilizar para calcular la " estructura " de ADN en las clulas , as como para entender los ltimos experimentos de una sola molcula en la que molculas de ADN ( o protenas ) se tira en y la posterior deformacin se controla como una funcin de la fuerza aplicada . Adems , vamos a mostrar cmo estas mismas ideas pueden ser adaptados a pensar en las protenas. 8.1 Qu es una Estructura: PDB o RG ? El estudio de la estructura es a menudo un requisito previo para abordar la cuestin ms interesante de la dinmica funcional de una macromolcula en particular o conjunto de macro- molecular. En efecto , esta nocin de la relacin entre la estructura y la funcin ha sido elevado a la condicin de la verdadera dogma central de la biologa molecular , es decir , " la secuencia determina la estructura de la funcin determina " ( Petsko y Ringe , 2004 ) , que aboga por el descubrimiento de la relacin entre secuencia y consecuencia. La idea de la estructura es jerrquica y sutil, con el detalle pertinente que sea necesaria para la funcin que a menudo viven en escalas espaciales totalmente dispares descubrir . Por ejemplo , en el pensamiento sobre los cambios conformacionales inducidos por la fosforilacin , se requiere una descripcin tomo por tomo , mientras que en pensar en la divisin celular , una descripcin mucho ms gruesa de ADN es probable que sea ms til . El mensaje principal de este captulo es que hay mucho que ganar en algunas circunstancias , abandonando la mentalidad determinista , pdb descrito en captulos anteriores para una descripcin estadstica en la que intentamos slo para caracterizar algunas propiedades medias de la estructura. Vamos a argumentar que este tipo de pensamiento permite el contacto inmediato y potente con una amplia gama de experimentos.

8.1.1 determinista vs Descripciones estadsticos de Estructura Archivos PDB reflejan una descripcin determinista de la Estructura de Macromolculas La nocin de estructura es compleja y ambigua . En el contexto de los cristales , podemos pensar en la estructura a nivel de la empaquetadura normal montono de los tomos en las clulas de la unidad de la cual el cristal se construye . Este pensamiento se aplica incluso a los cristales de cidos nucleicos, protenas o complejos tales como ribosomas , virus y ARN polimerasa . De hecho , es precisamente esta regularidad que permite depositar enormes pdb que contienen las coordenadas atmicas en bases de datos como el Protein Data Bank y VIPER . En esta visin del mundo , una estructura es el conjunto ( R1, R2 , RN) , en donde RI es el vector postion RI = ( xi, yi , zi ) de la i-sima en el tomo de esta molcula tomo de N . Sin embargo , las descripciones estructurales que emergen de la cristalografa de rayos X proporcionan una imagen engaosamente esttica que slo puede ser visto como un punto de partida para reflexionar sobre la dinmica funcional de las macromolculas y sus complejos en las entraas apretadas de una clula. Descripciones estadsticos de Estructura Enfatizar medio tamao y la forma en lugar de Coordenadas Atmica En el contexto de los sistemas polimricos , la nocin de estructura es sutil y nos lleva inmediatamente a la cuestin de la importancia relativa de universalidad ( por ejemplo , la forma en escalas de tamao con el nmero de monmeros ) y especificidad en macromolculas . En particular , hay ciertas cosas que podramos decir sobre la estructura de los sistemas polimricos que son indiferentes a los detalles qumicos precisos de estos sistemas. Por ejemplo, cuando una molcula de ADN es expulsado de un bacterifago en una clula bacteriana , lo nico que podemos realmente importa que decir acerca de la disposicin de que la molcula es la cantidad de espacio que ocupa y donde dentro de la clula que lo hace . Del mismo modo , en la descripcin el carcter geomtrico de un genoma bacteriano , puede ser suficiente para proporcionar una descripcin de la estructura slo en el nivel de caracterizacin de una gota de un tamao y una forma dada . De hecho, estas consideraciones nos llevan inmediatamente al examen de las medidas estadsticas de estructura. Como insina en el ttulo de esta seccin, una tal medida estadstica de la estructura es proporcionada por el radio de giro , RG , que , en trminos generales , da una medida del tamao de una gota de polmero . Es el resto del captulo para mostrar las consecuencias calculables de descripciones estadsticas de estructura. Figura 8.1: modelo de paseo aleatorio de un polmero. Representacin esquemtica de una ( A) una caminata aleatoria unidimensional y (B ) una caminata al azar en tres dimensiones como un arreglo de segmentos vinculados de longitud a. 8.2 Las macromolculas como paseos aleatorios

Modelos de caminar al azar de Macromolculas verlas Segmentos como rgidas unidas por bisagras Una forma de caracterizar la disposicin geomtrica de una macromolcula tal como ADN es a travs de la funcin r ( s ) determinista . Esta funcin nos dice la posicin ( R ) de la parte del polmero que es una distancia s a lo largo de su contorno . Una alternativa que exploraremos aqu es discretizar el polmero en una serie de segmentos , cada uno de longitud a, y para el tratamiento de cada uno de esos segmentos como si es rgida. Los diversos segmentos que componen la cadena macromolecular A continuacin, se imaginaron que ser conectados por enlaces flexibles que permiten que los segmentos adyacentes al punto en varias direcciones . El uno y tres versiones dimensionales de esta idea se muestran en la fig . 8.1 . En el caso unidimensional , los segmentos estn en 180 con respecto a la otra . Los dibujamos como no superpuesta para mayor claridad. Para los tres casos dimensional , se expone la situacin en la que los enlaces estn restringidos a ngulos de 90 , aunque hay muchos casos en los que tendremos en cuenta los vnculos que pueden girar en direcciones arbitrarias ( el llamado modelo de la cadena libremente articulado ) . La figura . 8.2 muestra un ejemplo de la correspondencia entre las estructuras reales de estas molculas y su idealizacin en trminos del modelo de enrejado de la paseo aleatorio . En particular , la fig . 8.2 muestra una conformacin de ADN sobre una superficie . Uso de la discretizacin defendido ms arriba , se muestra cmo esta misma estructura se puede aproximar utilizando una serie de varillas rgidas ( los segmentos Kuhn ) conectados por bisagras flexibles . Nosotros sostenemos que este nivel de descripcin puede ser til en entornos que van desde la estimacin del costo entrpico de confinar ADN a una clula bacteriana al estiramiento de ADN mediante pinzas lser . Figura 8.2 : ADN como un paseo aleatorio . (A ) Estructura de ADN sobre una superficie como se observa experimentalmente utilizando microscopa de fuerza atmica . (B ) Representacin del ADN sobre una superficie como un paseo aleatorio . 8.2.1 A Mathematical Estupor Cada macromolecular configuracin es igualmente probables Cuando el polmero se ve como un camino aleatorio En esta seccin , trabajamos nuestro camino poco a poco a algunos de toda la belleza y la profundidad del modelo de paseo aleatorio . El objetivo del anlisis es obtener una distribucin de probabilidad para cada uno y cada configuracin macromolecular y para utilizar estas probabilidades para calcular las propiedades de la macromolcula que se pueden observar experimentalmente , tales como el tamao medio de la macromolcula y la energa libre necesaria para deformar que molcula. Nuestro punto de partida ser un anlisis de la caminata al azar en una sola dimensin , con nuestra discusin se gua por las formas en que veremos ms adelante generalizar estas ideas y aplicarlas en lo que a primera considerarse ajustes inesperados. Comenzamos por imaginar un solo caminante aleatorio confinado a una retcula unidimensional con un parmetro de red como se ha mostrado en la fig . 8,1 ( A) . La historia de vida de este andador se construye como una secuencia de pasos de izquierda y derecha , con cada paso que constituye un nico segmento en el polmero. Adems , por ahora postulamos que las probabilidades de pasos izquierdo y derecho se dan como Pr = j = 1/2 . La trayectoria de la andadera se construye suponiendo que en cada paso del caminante comienza de nuevo sin ninguna preocupacin por la orientacin del segmento anterior. Tomamos nota de que para una cadena con N segmentos , esto implica que hay un total de 2N diferentes configuraciones macromoleculares permisibles , cada uno con 1/2N probabilidad. El tamao medio de un paseo aleatorio Macromolcula Escalas como la raz cuadrada del nmero de segmentos , N Dado el espectro de posibles configuraciones y sus correspondientes probabilidades, una de las cuestiones ms inmediatas que podemos suponer que respecta a la distancia media del andador desde su punto de partida en funcin del nmero de segmentos de la cadena. En el contexto de la biologa , esta pregunta est ligado a problemas tales como la ciclacin del ADN , la probabilidad de que un ligando del receptor de atado y encontrarn entre s y a la estructura bruta de plsmidos y ADN cromosmico en las clulas . Para calcular la distancia de extremo a extremo para la molcula de inters que podemos utilizar ambos argumentos simples , as como el clculo de la fuerza bruta, y nos ocuparemos de estas dos opciones , a su vez . El argumento sencillo toma nota de que el valor esperado de la distancia desde el origen caminantes , R , despus de N pasos se puede obtener como

donde xi = a es el desplazamiento sufrido por el andador durante el paso iy donde hemos introducido la notacin de corchetes ( ) para indicar un promedio . Recordemos que para obtener una media tal que suma sobre todas las configuraciones posibles con cada configuracin ponderada por su probabilidad ( en este caso son todos iguales ) . Este resultado puede simplificarse observando que la operacin de promediacin representado por los soportes ( ) en el lado derecho de la ecuacin puede ser tomada en el smbolo de suma ( es decir, la media de una suma es la suma de los promedios ) y el reconocimiento de que a travs de ( xi ) = 0 . De hecho , esto nos deja con la conclusin de que la excursin media realizada por el andador es idnticamente cero. Una medida ms til de la partida del andador desde el origen es examinar

Esta es la varianza de la distribucin de probabilidad de R, mientras que , R2 ) es la desviacin estndar . Su importancia es que la probabilidad de encontrar nuestro aleatoria Walker dentro de una desviacin estndar de la media es cerca de 70 % . En otras palabras, la desviacin estndar es la medida de la excursin tpica de la Walker azar despus de N pasos , y por lo tanto sirve como un buen sustituto para el tamao tpico del polmero relacionado. Con el fin de avanzar en la ecuacin 8.2 , rompemos la suma en dos partes como

Tenga en cuenta que todos y cada paso es independiente de todos los pasos que preceden y le siguen. Esto implica que el segundo trmino del lado derecho es cero. Adems , y puesto que xi = a , observamos que ( Xi2 ) = a2 , con el resultado de que

Por lo tanto , hemos aprendido que la partida del andador desde el origen se caracteriza estadsticamente por la afirmacin d e que , R2 ) = a N, lo que significa que la distancia desde el origen crece como la raz cuadrada del nmero de segmentos de la cadena. El probablity de una configuracin macromolecular Dada depende de ello de degeneracin microscpica Adems de la sencilla argumento explicado anteriormente, tambin es posible llevar a cabo un anlisis de la fuerza bruta de este problema usando la maquinaria convencional de la teora de la probabilidad . Consideramos esta una alternativa importante para el anlisis indicado anteriormente , ya que pone de relieve el hecho de que hay muchas configuraciones microscpicas que corresponden a una configuracin macroscpica dado. En particular , en el caso en el que el caminante hace un total de N pasos , nos planteamos la pregunta: cul es la probabilidad de que nr de esas medidas ser la de la derecha ( y por lo tanto nl = N - nr a la izquierda ) ? Dado que la probabilidad de cada paso a la derecha o la izquierda est dada por PR = j = 1/2 , la probabilidad de una secuencia particular de n hacia la izquierda y pasos adecuados viene dado por ( 1/2 ) N . Por otro lado , hay que recordar que hay muchas maneras de realizar los pasos nr adecuadas y medidas de izquierda nl de un total de N pasos . En particular , hay

distintas maneras de lograr este resultado . Este tipo de resultado del recuento se ha basado en las matemticas detrs de los modelos en la pg 239 . Un ejemplo particular de esta forma de pensar al caso N = 3 se muestra en la fig . 8.3 donde vemos que hay una configuracin en la que los tres segmentos estn apuntando a la derecha , una configuracin en la que los tres segmentos se dejan puntero y tres configuraciones de cada uno de los casos en los que NR = 2 , nl = 1 y nr = 1 , = nl 2 . Ahora hemos enumerado las degeneraciones microscpicas de cada configuracin macroscpica ( caracterizadas por una distancia dada de extremo a extremo ) . Como resultado, estamos a punto de escribir la probabilidad de una salida nr general desde el origen que est dada por

Con esta distribucin de probabilidad en la mano , ahora podemos evaluar cualquier medio de la caracterizacin de la disposicin geomtrica de la cadena mediante la suma sobre todas las configuraciones.

Desarrollar facilidad en el uso de esta distribucin de probabilidad , comenzamos por lo que confirma que se normaliz . Para ello , le pedimos para el resultado de la suma

Para evaluar esta suma , recordamos el teorema del binomio que nos dice

Figura 8.3 : Configuraciones de paseo aleatorio . El esquema muestra todas las conformaciones permitidas de un polmero compuesto de tres segmentos ( 23 = 8 conformaciones ) y sus correspondientes degeneraciones . Para el caso en el que x = y = 1 , vemos que esto implica

Al conectar este resultado nuevamente dentro de la ecuacin . 8.7 demuestra que la distribucin de probabilidad es de hecho normalizado ( es decir, La entropa determina las propiedades elsticas de las cadenas de polmero La distribucin de probabilidad para nr se puede utilizar para deducir una cantidad ms revelador , la distribucin de probabilidad para la distancia de extremo a extremo , R = ( NR- NL ) a. Si utilizamos la condicin nr + nl = N para resolver nl y sustituimos esto en R = (nr - nl ) a, se deduce que nr = (N + R / a ) / 2 y la ecuacin 8.6 se puede reescribir como

para dar la distribucin de probabilidad de la distancia de extremo a extremo . Esta distribucin se representa en la fig . 8.4 . Para N grande esta distribucin de probabilidad se alcanz bruscamente a R = 0 . Siguiente nos muestran que se necesita en la forma de una distribucin gaussiana para R << N una . Este clculo implica dos mtodos matemticos que hemos discutido anteriormente , a saber , la aproximacin de Stirling ( p. 222 y los problemas ) , ln n ! n ln n - n + 1 ln ( 2n ) para n 1 , y la expansin de Taylor ( pg. 249 ) , ln ( 1 + x) x - x2 / 2 para x 1 . Tenga en cuenta que aqu tomamos los tres primeros trminos en la aproximacin de Stirling, y guardamos vigencia no superior a x2 en el desarrollo de Taylor , en previsin de que el trmino principal de ln p ( R , N ) es de orden R2.

Figura 8.4 : Distribucin de extremo a extremo de probabilidad para un " macromolcula " unidimensional con 100 segmentos. La figura muestra una comparacin de la distribucin binomial (puntos ) dada en la ecuacin 8.10 y la distribucin gaussiana aproximado (curva ) dada en la ecuacin 8.16 . Comenzamos por tomar el logaritmo de la distribucin de probabilidad de R se muestra en la ecuacin . 8,10 y luego aplicamos la aproximacin Strirling a cada uno de los tres factoriales , lo que resulta en

En el siguiente paso reescribimos los logaritmos ,

donde hemos utilizado la regla de los logaritmos que ln [ AB ] = ln ( A) + ln ( B). Ahora podemos hacer uso de la expansin de Taylor ,

que sustituimos en varias ocasiones en la ecuacin . 8.11. Despus de un poco de lgebra molesto (que se deja como ejercicio para el lector ) llegamos a la frmula

Si ahora exponenciar ambos lados de esta ecuacin, nos encontramos con la distribucin de Gauss codiciado ,

Tenga en cuenta que la frmula aproximada derivada es una probabilidad para valores de R que vienen en mltiplos de 2 , ya que R es siempre un mltiplo par o impar de 2 , en funcin de si N es par o impar . Para convertir esto en una funcin de distribucin de probabilidad , P ( R , N ) , tal que P (R , N ) dR es la probabilidad de que R cae dentro de un intervalo de longitud dR , todo lo que queda es dividir el resultado en la ecuacin . 8,15 por la densidad de los valores de R enteros por unidad de longitud , que es 1/2a . Esto produce el resultado de la funcin de distribucin de probabilidad para el final para poner fin a la distancia de una cadena libremente articulado ,

que vamos a hacer uso de varias ocasiones a lo largo del libro. El resultado derivado de arriba es un caso especial de la llamada del lmite central - la - Orem que es posiblemente el resultado ms importante de la teora de la probabilidad . En pocas palabras, se establece que la distribucin de probabilidad de x1 + x2 + + xN , que es una suma de variables aleatorias idnticas , distribuidas de forma independiente , es gaussiana en el lmite de gran N , siempre que la media y la varianza de cada individuo xi son finitos . Dado que los desplazamientos individuales de la al azar Walker satisfacen esta condicin , inmediatamente se deduce

que para un gran nmero de pasos N, el desplazamiento total R es ser gaussiano distribuido , con una media de ( R ) = 0 y la varianza ( R2 ) = N A2 . Tenga en cuenta que este llevar a cabo independientemente de si el pie se ejecuta en 1 , 2 o 3 dimensiones , e independiente de los ngulos permitidas entre los pasos posteriores de la caminata , siempre y cuando se toma cada paso de forma independiente de la anterior . Dejamos como un problema de tarea para mostrar que la distribucin de Gauss de la I a dar un paseo de 1 dimensin dada en la ecuacin . 8.16 de hecho tiene la media y la varianza requerido . Aqu hacemos uso de este resultado para obtener la distribucin a gran N para la distancia de extremo a extremo de un camino aleatorio en 3 dimensiones . Dado que la media es cero, la distribucin es de la forma

donde los parmetros N y se han de determinar a partir de dos identidades :

Ya que ambos son integrandos funcin de R2 , podemos transformar el volumen integrales en ambos casos a una integral cscaras esfricas de radio R para obtener

Para calcular las integrales de las ecuaciones anteriores, hacemos uso de las frmulas integrales gaussianos

Para calcular k , podemos dividir la segunda de las ecuaciones 8.20 por la primera para dar

Sustituyendo este resultado en el primero de los dos integrales anteriormente nos da

La constante de normalizacin . Poniendo todo esto junto se obtiene la distribucin de extremo a extremo para un paseo aleatorio de 3 dimensiones con segmentos N Kuhn de longitud a,

Tenga en cuenta que P (R, N) tiene unidades de volumen inversa, o concentracin, y tiene una interpretacin intuitiva como la concentracin de un extremo del polmero del paseo aleatorio en la posicin R en la proximidad del otro extremo. Adems, P (R, N) es marcadamente enarbolado en R = 0, y esta propiedad se basa la elasticidad de las cadenas polimricas. Es decir, si te imaginas el estiramiento de un polmero (por ejemplo, el ADN de E. coli), de modo que R es distinto de cero, a continuacin, una vez en libertad ser encontrarse rpidamente en el R = 0 Estado por el mero hecho de que ste sea un estado mucho ms probable. Tenga en cuenta que este no es el resultado de una fuerza fsica, como la fuerza elctrica, que es en ltima instancia responsable de las propiedades elsticas de los cristales, sino puramente el resultado de las estadsticas. Como tal, es, como el caso de la presin de un gas ideal, otro ejemplo de una fuerza entrpica. Estimacin: Probabilidad termino - termino para el genoma de E. coli. Una aplicacin interesante de estas ideas que se explorarn ms a lo largo del captulo es el de la estructura del ADN cromosmico. El ADN circular asociado con una clula de E. coli es de aproximadamente 5 millones de pares de bases de longitud. Una cadena de ADN abierto del mismo tamao se puede modelar como un paseo aleatorio de ms o menos N = 15.000 pasos desde la longitud Kuhn (la longitud de los segmentos "rgidas" en el modelo de la cadena) para el ADN desnudo es ms o menos 300 pb de longitud. La probabilidad de que la distancia de extremo a extremo es cero para una caminata de una dimensin de esta cantidad de pasos es de 7 10-3. La probabilidad de que R = 500a es de 2 10-6 mientras que para R = 1000a la probabilidad desciende hasta el fondo a 2 10-17. Como se discuti anteriormente, esta probabilidad abrumadora que R es cercano a cero es responsable de las propiedades elsticas de las cadenas de polmero debido a una carga aplicada. La persistencia de longitud es una medida de la Escala de longitud sobre la cual un polmero permanezca Aproximadamente Straight Con el modelo de paseo aleatorio en la mano, podemos describir la estructura de polmeros largos, cuyo contorno longitud L es mucho ms grande que el p longitud de persistencia, que es la longitud sobre la cual el polmero es prcticamente recta. En particular, la longitud de persistencia es la escala sobre la que la funcin de correlacin tangente-tangente decae a lo largo de la cadena. Figura 8.5 transmite esta idea en el ADN ODF caso ilustrando la escala de longitud sobre la cual el ADN genmico de un meandros bacteria. Para ver ms claramente esta idea, nos imaginamos un polmero como una curva en el espacio tridimensional. En cada punto a lo largo de la curva, podemos dibujar un vector tangente que apunta a lo largo del polmero en ese punto. Como resultado de las fluctuaciones trmicas, el polmero serpentea en el espacio y la longitud de persistencia es la escala de longitud sobre la que se pierde la "memoria" del vector tangente. Desde el punto de vista matemtico, podemos escribir la funcin de correlacin tangente-tangente como (t (s) t (sr)), donde t (s) es el vector tangente evaluada en el punto de una distancia s a lo largo del polmero y la notacin ( ) es una instruccin para promediar todas las configuraciones. La persistencia de longitud determina la escala sobre la cual correlaciones en tangente vectores de caries a travs de la ecuacin (8,24) En el captulo 10, que se derivan de esta ecuacin en el contexto de un modelo en el que el polmero es pensado como una viga elstica larga y delgada. Adems, observamos que la ecuacin 8.24 no es universalmente vlida. Por ejemplo, si se mantienen las tangentes fija e igual en los extremos del polmero, dicen por pinzas lser, entonces <t(0).t(S)> decaer al principio, pero a medida que se acerca al s longitud de contorno del polmero , L, que necesariamente se incrementar, ya que t (0). t (L) = 1. Otras limitaciones en el polmero, tales como el confinamiento de la pared celular, tambin dar lugar a desviaciones de la ecuacin 8.24. todava, para las pequeas separaciones suficientes | Do |, se espera que la ley exponencial de sostener. Un buen ejemplo de un polmero largo y flexible es proporcionado por el ADN genmico de virus tales como el fago -con una longitud de contorno de 16.6m. Esto debe ser comparado con la longitud de persistencia p 50 nm de ADN a temperatura ambiente y condiciones de disolve nte tpicas del entorno celular. Dado que la longitud de persistencia es la longitud sobre la que los vectores tangente a la cadena principal del polmero se convierten en no correlacionado, podemos pensar en el polmero como un conjunto de N ~ L / p conectado enlaces que tienen orientaciones aleatorias con respecto a la otra. Esta es la lgica que da lugar a la modelo de la cadena libremente articulado (esencialmente la imagen de paseo aleatorio llevado a cabo en la seccin anterior). Como ya se ha descrito, en el modelo de cadena libremente articulado, conformaciones de polmero son paseos al azar de N pasos. La longitud del paso es la longitud Kuhn que es aproximadamente igual a la longitud de persistencia. Como se prometi en el debate anterior, ahora establecemos

la relacin entre la longitud de persistencia y la longitud Kuhn invocado en el modelo de paseo aleatorio. Para hacer una determinacin ms precisa de la longitud Kuhn calculamos la distancia cuadrtico medio de extremo a extremo de una viga elstica sufrir fluctuaciones trmicas, y compararlo con la misma cantidad obtenida por la cadena libremente articulado. El vector r de extremo a extremo de una viga se puede expresar en trminos del vector de T (s) tangente, (8,25) Como resultado, podemos escribir (8,26) donde ( ) es el promedio trmico sobre todas las configuraciones de polmeros. Usando el promedio de la funcin de correlacin tangentetangente, ecuacin 8.24, encontramos: (8,27) La integral anterior se obtiene mediante la divisin de la integracin sobre la L cuadro de L en el espacio do a integrales ms de los dos tringulos, uno con s <U y la otra con s> u, que dan contribuciones iguales (por lo tanto el factor de dos) . En el lmite L p estamos considerando aqu, tenemos (8,28) Para obtener este resultado, hemos hecho un cambio de variables x = a nosotros en la segunda integral y luego reemplazamos el lmite superior de integracin Ls por infinito, que se justifica en el L >> p lmite. Comparando la frmula anterior con el resultado de que sigue a partir del modelo de paseo aleatorio, (R ^ 2) = AL, es ver que Kuhn longitud a es el doble de la longitud de persistencia, a = 2 p. En volver a escribir el resultado de paseo aleatorio, hicimos uso de la relacin entre la longitud del pie y el nmero de segmentos de Kuhn, L = Na. Ahora estamos preparados para hacer estimaciones sobre el tamao fsico de genomas en solucin. Figura 8.5: Ilustracin de la extensin espacial de un genoma bacteriano que se ha escapado de la clula bacteriana. La regin ampliado en la figura muestra un pequeo segmento del ADN y tiene una serie de flechas en el ADN, cada uno de los cuales tiene una longitud igual a la longitud de persistencia con el fin de dar una idea de la escala sobre la que el ADN es rgido. 8.2.2 Qu tan grande es un genoma? Una simple estimacin del tamao de un polmero en solucin se puede conseguir usando la distancia de extremo a extremo: (8,29) El radio de giro es tal vez una medida ms precisa de la amplitud de polmero y se define a travs de la expresin (8,30) En trminos generales, se mide la distancia media entre los monmeros y el centro de masa del polmero. El centro de masa se define como (8,31) Con esta definicin del radio de giro en la mano, una simple relacin entre el radio de giro, la longitud del contorno (L) y longitud de persistencia (p) se puede escribir como (demostrado por el lector en los problemas al final del captulo) (8,32) Podemos escribir este resultado en una forma alternativa en trminos del nmero de pares de bases en el genoma de inters observando que 0.34Nnm L x N nm, y por lo tanto,
pb

(8,33) Figura 8.6.Size de ADN genmico en solucin. parcela de el tamao promedio de una molcula de ADN en solucin como una funcin del nmero de pares de bases utilizando el modelo de paseo aleatorio.Las etiquetas corresponden a los cromosomas particulares de virus, bacterias, levaduras, moscas, gusanos y seres humanos.

Esta relacin entre el radio de giro de ADN en la solucin y el nmero de pares de bases se representa en la fig. 8.6. Estimacin: el tamao de los genomas virales y bacterianas. Una aplicacin de ideas como las descritas anteriormente en el marco de la microscopa electrnica biolgica es a las imgenes de los virus y las clulas que se han roto y por lo tanto estn rodeados por los restos de ADN de su genoma. Ya hemos mencionado en relacin con la fig. 1,16 (pg. 28) que la aparicin de ADN en las imgenes de microscopa electrnica se puede utilizar como la base de una estimacin de la longitud del genoma. Un segundo ejemplo se muestra en la fig. 8,5 donde se observa que el ADN adopta una configuracin en la solucin que es mucho ms grande que la configuracin que tiene cuando se llena el interior del virus o bacteria. Para desarrollar la intuicin para lo que se ve en este tipo de imgenes, explotamos ecuacin. 8,32 para formular una estimacin del tamao del ADN.Considere la fig. 1,16 que muestra T2 bacterifago. Como se ve en la figura, el genoma viral se ha filtrado de lo que aparentemente es una cpside roto y vamos a suponer que este ADN en solucin se ha adoptado una configuracin de equilibrio. Las genomas de T2 y T4 son muy similares con una longitud de genoma de aproximadamente 150 kB. Recordando que la longitud de persistencia es p 50 nm, ecuacin 8.33 nos dice que el tamao medio de la ADN visto en la fi g. 1,16 es decir, R ^ 2 = <1/3> 150 10 ^ 3 Ax50nm 0.9m. Este resultado es comparable a pesar de que ms grande que la escala de longitud del ADN en despiece ordenado visto en la fig. 1.16. Teniendo en cuenta la crudeza del modelo, y probablemente ms importante, el hecho de que el ADN parece estar restringida a travs de enlaces a la propia de la cpside, este anlisis proporciona una primera aproximacin satisfactoria a las estructuras observadas en microscopa electrnica. Estos mismos argumentos se pueden invocar de nuevo para entrenar nuestra intuicin sobre el tamao de la nube que rodea el ADN de una bacteria que ha perdido su ADN. En este caso, la longitud del genoma es sustancialmente mayor que la del fago T2, a saber, 4,6 10 ^ 6 pares de bases NBP . Una vez ms invocando la ecuacin 8.33 nos dice que el tamao medio de la ADN visto en la fig. 8.6 Se RG ^ 2 5m. Al igual que con el clculo de fago, el clculo de paseo aleatorio debe ser visto como una sobreestimacin ya que el ADN est claramente obligado a regresar a la bacteria varias veces, la inhibicin de la estructura de adoptar una configuracin completamente expandida. 8.2.3 La geografa de Cromosomas Mapas genticos y mapas fsicos de los cromosomas descripcin de diferentes aspectos de la estructura cromosmica. En nuestro anlisis de ADN hasta ahora, hemos descrito como una cadena de polmero sin rasgos distintivos. Sin embargo, por supuesto, el ADN es mucho mejor conocido y apreciado como el portador de la informacin gentica. La gentica clsica se centraron en la identificacin y caracterizacin de genes como entidades abstractas, haciendo caso omiso de la importancia de su ubicacin fsica en los cromosomas y con vistas a las consecuencias de la naturaleza fsica de la molcula de ADN portador. El trabajo innovador de Thomas Hunt Morgan y sus cazadores de genes que hemos descrito en el cap. 4 era un ejemplo temprano y vvida del hecho de la existencia de las entidades abstractas-en formativo conocidos como genes con relaciones fsicas concretas a los otros. Como hemos aprendido ms acerca de la regulacin y la actividad de los genes, se ha vuelto cada vez ms claro que la ubicacin fsica y las propiedades dinmicas de la molcula de ADN que les lleva son componentes crticos de su actividad biolgica. Por ejemplo, estrategia de mapeo de Morgan se bas en la medicin de la frecuencia de recombinacin entre dos o ms genes. El proceso fsico de la recombinacin requiere que dos molculas de ADN homlogas ser mvil dentro de un ncleo de tal manera que pueden encontrarse fsicamente unos a otros con una frecuencia mensurable. Recombinaciones no parecen ocurrir en todos los ncleos.En la mosca de la fruta, los cromosomas son capaces de recombinar en la meiosis durante la ovognesis en la lnea germinal femenina, pero no durante la espermatognesis en la lnea germinal masculina.Por qu es que a veces los segmentos de ADN son capaces de encontrarse fsicamente entre s ya veces no lo son? Qu determina la probabilidad de tales encuentros? Estas cuestiones en conformaciones de polmero establecen lmites fsicos sobre los eventos genticos que van desde la transformacin y la transduccin en las clulas bacterianas a la generacin de diversos anticuerpos en el sistema inmunolgico de los mamferos. Diferentes Modelos Estructurales de la cromatina se caracterizan por la densidad de compactacin lineal del ADN. Uno de los temas que vamos a tener nueva visita es la cuestin de embalaje ADN. En las clulas eucariotas, el ADN se condensa en fibras de cromatina. La unidad bsica de la cromatina es el nucleosoma.Cmo nucleosomas se empaquetan en cromatina depende de si la clula se est dividiendo o no. En la interfase de la clula se transcribe activamente los genes, y los cromosomas no son tan condensada como durante la mitosis cuando las dos copias del genoma completo necesitan ser dividido en partes iguales entre las dos clulas hijas. Una medida del grado de empaquetamiento del ADN en los cromosomas es la densidad de revestimiento de de la cromatina, que e specifica el nmero de pares de bases de ADN en un nanmetro de fibra de cromatina. Para la fibra de 30 nm-, que se muestra en la fig. 8,7 (A), 100bp/nm, mientras que para la fibra de 10 nm-la densidad de empaquetamiento es aproximadamente un orden de magnitud menor. Una estimacin sencilla de se puede hacer basado en la micrografa en la fig. 8,7 (B) que muestra los nucleosomas individuales a lo largo de la fibra de 10 nm-. Vemos que hay un promedio de 2 nucleosomas por cada 50 nm de fibra. En clulas de levadura, por ejemplo, hay 200 pb por nucleosoma (150 pb de la herida alrededor de las histonas, ms de 50 pb de ADN enlazador), por lo tanto 2 200bp/50nm = 8bp/nm. Para la comparacin, para los cromosomas en metafase 30, 000bp/nm. Figura 8.7: Imgenes de microscopa de electrones de la cromatina. (A) La cromatina se extrae de una interfase ncleo aparece como una fibra gruesa 30nm. (B) La estructura de fibra de 10 nm muestra nucleosomas individuales. Organizacin espacial de los cromosomas muestra tanto elementos de aleatoriedad y de Orden. Antes se crea que los cromosomas en interfase fueron distribuidos al azar dentro del ncleo de la clula se asemeja a un plato de espaguetis. En contra de este punto de vista existe una creciente evidencia de los experimentos con cromosomas marcados con fluorescencia que la organizacin espacial de los genes en la clula se ordena, como se muestra en la fig. 8.8. Estos experimentos han presentado la nocin de territorios cromosmicos mediante el cual los cromosomas individuales y particulares loci genticos son siem-pre que se encuentran en la misma regin del

ncleo. La existencia de territorios cromosmicos plantea una serie de preguntas acerca de cmo la expresin de genes y las interacciones de apareamiento de genes (por ejemplo, durante la recombinacin) son orquestados en el espacio y el tiempo. La observacin de que la interfase cromosomas se segregan no sera sorprendente si se tratara de un sistema de polmero que es muy diluidas. En una situacin densa polmeros libres en solucin se interpenetran mutuamente. Estimaciones simples se pueden hacer para la densidad de la cromatina dentro del ncleo, y por lo general conducen a la conclusin de que la esperada, estado de equilibrio de los cromosomas debe ser la de un sistema de polmero denso. El hecho de que la segregacin no es puntos observados a la existencia de mecanismos ms all de entropa cadena de polmero y el confinamiento, que afectan a la distribucin espacial de los cromosomas. Vamos a examinar el cromosoma tethering como uno de esos mecanismos. Posibles escenarios de inmovilizacin se muestran en la fig. 8.9. Figura 8.8: cromosomas teidos fluorescencia 18 y 19 en una clula humana. Los cromosomas asumen territorios separados dentro del ncleo. Figura 8.9: Representacin de la historieta de los posibles escenarios de la inmovilizacin de los cromosomas en interfase. El panel izquierdo muestra la inmovilizacin en el centrmero y los dos telmeros en la periferia nuclear. Panel h8.e09right PTK muestra tethering en puntos intermedios. Calcule: Cromosoma Embalaje en el Ncleo de la levadura. El uso de la fsica de polmeros, que aqu se examina la cuestin de si se espera que los cromosomas separados en la levadura que se comporten como manchas independientes o un lo de interpenetracin, perseguimos la discusin dada anteriormente en detalle cuantitativo. La clula de levadura tiene 16 cromosomas en su ncleo. El dimetro de la interfase ncleo es de aproximadamente 2m. El tamao de los cromosomas vara entre 230kb hasta 1500kb, con un tamao total del genoma de 12Mb. Esto le da una densidad de c = 12 Mb / (4 / 3 1m3) 3Mb/m3. Vamos a comparar esta densidad con la densidad de un cromosoma de la levadura tpica liberado de los confines del ncleo de la clula. Si adoptamos el modelo de paseo aleatorio de un polmero para describir libre de la cromatina en la solucin, esta densidad se puede estimar como c * = 750 / (4 / 3) x (0.97m) 3] 200kb/m3, que es cerca de 10 veces ms pequea que la densidad de los cr omosomas en el ncleo. A la misma conclusin se llega cualitativa asumiendo un modelo de 30 nm en fibra de los cromosomas. Usando una densidad de empaquetamiento de 100 pb / nm y la longitud de persistencia informado de 200 nm un cromosoma promedio tiene una densidad de 100 pb / nm y longitud de persistencia informado de 200 nm, un cromosoma promedio tiene una densidad de C * = 500kb/m3. Esto indica que los cromosomas en el ncleo de la levadura por lo general se deben encontrar en una configuracin de fusin como enredado ya que no hay suficiente espacio para que adopten sus configuraciones preferidas sin solapamiento. El hecho de que los cromosomas de levadura se segregan con cada cromosoma teniendo una regin bien definida del ncleo indica la necesidad de un mecanismo especfico para la segregacin, tales como la inmovilizacin a la periferia nuclear, como se muestra en la fig. 8.9. Los cromosomas estn atados en diferentes lugares. Uno de los ltimos trucos de experimentacin que ha hecho posible examinar el cromosoma geografa es el uso de sitios de unin de ADN repetidas que son el objetivo de las protenas en particular marcados con fluorescencia. Conceptualmente, el experimento puede ser diseado por tener dos conjuntos distintos de los sitios de unin de ADN que estn separadas por una distancia conocida genmico. Entonces, mediante la medicin de la distancia fsica entre estos sitios de unin en el espacio segn lo revelado por donde el manchas de color AP-pera una imagen de fluorescencia en, es posible trazar la distribucin espacial de diferentes sitios en el genoma. Los experimentos que utilizan la fluorescencia in situ hibridacin, o matrices Laco insertados en los cromosomas y etiquetados con las buenas prcticas agrarias fusionados represores Lac, pueden proporcionar informacin detallada sobre la distribucin de las distancias entre loci cromosmicos. Tenga en cuenta que el uso de la "distancia" palabra depende del contexto, y en algunos casos nos estaremos refiriendo a la distancia escalar entre dos puntos y en otros casos con el vector de desplazamiento de conectarlos. Vamos a pasar libremente hacia atrs y adelante entre estos dos casos, y su relacin se explora en los problemas al final del captulo. En la ausencia de la inmovilizacin (o si hay una sola correa de sujecin presente) un modelo de paseo aleatorio de la cromatina conduce a una distribucin gaussiana de las distancias r entre dos marcadores fluorescentes, (8,34) Aqu un = 2p es la Kuhn o longitud de segmento de polmero, mientras que N es el nmero total de segmentos entre los dos marcadores. La configuracin de la inmovilizacin ms simple que conduce a una distribucin de distancia diferente de la descrita anteriormente es uno con dos correas de sujecin, como se muestra en la figura 8.10. una correa de sujecin se supone que coinciden con la ubicacin de uno de los dos marcadores fluorescentes, y otra correa de sujecin est en una posicin I entre los dos marcadores. Esta configuracin de los marcadores anf correas de sujecin conduce a una distribucin gaussiana desplazados de distancias r entre los marcadores, (8,35) Donde N 'es ahora el nmero de los segmentos Kuhn entre la segunda correa de sujecin y el segundo marcador. Esta frmula se deduce simplemente de la ecuacin 8.34 cuando se aplica a la distribucin de las distancias R-R entre la segunda correa de sujecin y el segundo marcador. Es interesante observar que dice que una convolucin de dos distribuciones gaussianas, como el que dice que una convolucin de dos

distribuciones gaussianas es una distribucin gaussiana, dictan que cualquier configuracin de la inmovilizacin dar lugar a una distribucin gaussiana desplazados de distancias. El supuesto implcito de que hemos hecho en la escritura Ecuaciones 8.34 y 8.35 es que las configuraciones de cromosomas pueden ser descritas por las caminatas al azar, a la luz del empaquetamiento denso de los cromosomas en las clulas, esto podra parecer un uso excesivamente celoso de un modelo fsico simple. Sin embargo, como se demuestra mediante varios ejemplos ms adelante en esta seccin, este modelo captura las principales caractersticas de los datos experimentales en los cromosomas y, ms importante an, hace predicciones falsables que sugieren nuevas direcciones para la experimentacin. Como resuly, este modelo es un buen punto de partida para el estudio cuantitativo de cromosoma geografa. Esta idea se ve reforzada an ms por el teorema de Flory, que establece que para los sistemas de polmeros densos, como los cromosomas confinados a las clulas, las distribuciones de las distancias entre los monmeros son descritos por las estadsticas caminata aleatoria. La longitud de contorno del cromosoma entre los dos loci etiquetados, Na se puede expresar en trminos de la distancia genmico entre los dos marcadores fluorescentes como Na = Nbp / v, donde v es la densidad de empaquetamiento lineal de ADN en la cromatina. Por ejemplo, dos loci genmico Nbp = 100kb aparte sera separado por una fibra de 30 nm que es 100kb/100bp/nm = 1m en la distancia de contorno a lo largo de la fibra entre los loci sera 10 veces ms grande dado los diez veces menor densidad de empaquetamiento . Figura 8.11: La distancia fsica entre dos loci marcada con fluorescencia en el cromosoma humano cuatro como una funcin de la distancia genmico. La distancia fsica se mide en trminos de la distancia al cuadrado media entre las dos etiquetas. La funcin de extremo a extremo de distribucin para un polmero de paseo aleatorio es determinada por un nico parmetro a2 N, la distancia media de extremo a extremo cuadrado. Dado que el contorno de longitud N A = NG / , la distancia media de extremo a extremo cuadrado puede tambin ser escrito como <R^2> = NBPA / . Por lo tanto el parmetro del material que caracteriza el modelo del paseo aleatorio de cromosomas es la relacin de la longitud Kuhn y la densidad de empaquetamiento. Este parmetro se puede determinar a partir de mediciones de la distancia media al cuadrado entre dos regiones del cromosoma como una funcin de su distancia genmico. Los resultados de una medicin de este tipo en el cromosoma humano cuatro se muestran en la fig. 8.11. El ajuste de los datos se obtiene una estimacin de a / = 2 nm ^ 2/bp, que es nada ms que la pendiente inicial de la parte lineal de los datos. El hecho de que los niveles de la trama fuera a larga distancia genmica pueden ser aportados al confinamiento peffkect8.of1c1hromosome dentro del ncleo de la clula. A continuacin se analiza este efecto confinar el uso de un modelo de paseo aleatorio en el contexto de los cromosomas de la bacteria Vibrio cholerae. Con una medicin del material de la cromatina parmetro A / V en la mano, se puede calcular la distribucin de probabilidad esperada de las distancias entre marcado con fluorescencia loci en el cromosoma. Por lo general, debido a las orientaciones al azar de las clulas en el microscopio, los experimentos con cromosomas marcados solamente ofrecen importantes datos acerca de la magnitud de la distancia r vector r entre los dos puntos marcados en el cromosoma. Distribuciones de probabilidad para esta cantidad se deducen de las ecuaciones 8.34 y 8.35 .......

Figura 8.12 : Estadsticas de levadura cromosoma III . Distribucin de las distancias entre dos etiquetas fluorescentes colocados en la proximidad de la cetromero y la regin HML en el cromosoma de levadura III . Estas dos regiones estn separadas por aproximadamente 100 kb en genmica distancia . La lnea completa es un ajuste a la distribucin a distancia libre de polmeros , la ecuacin 8.36 , mientras que la lnea de puntos es un ajuste a la frmula inmovilizado polmero , Ecuacin 8.37 . Figura 8.13 : geografa del cromosoma en Caulobacter crescentus . Posiciones promedio ( x / L ) y la desviacin estndar ( Ax / L ) de la posicin a lo largo del eje mayor de la clula, por 112 ubicaciones con fluorescencia etiquetados diferentes a lo largo del cromosoma de C.crescentus . Las ubicaciones de las etiquetas fluorescentes se muestran en el diagrama. Figura 8.14 : distribuciones de posicin del cromosoma en vivo. ( A) La posicin del marcado con fluorescencia origen de replicacin en el ms grande de los dos cromosomas V. cholerae , se mide a lo largo del eje largo de la celda ( direccin x ) y (direccin Y ) perpendicular a la misma. La clula puede ser modelado como un cilindro , mientras que la distribucin de posiciones X e Y se puede explicar con un modelo de un cromosoma como un polmero de paseo aleatorio confinado y atado . (BC) funciones de distribucin de la distancia medida y la comparacin con la teora . P ( x) es la caracterstica de distribucin de Gauss de un polmero de paseo aleatorio gratuita, mientras que p ( y) en la nogaussiano debido a los efectos de la reclusin por parte de las paredes celulares. Clculo de p ( y) para un polmero de paseo aleatorio confinado a un cilindro se deja como un problema en el final del captulo . Figura 8.15 : simplificado modelo unidimensional de un cromosoma confinado a una clula de tamao L y atado en la posicin x0 . El modelo hace una prediccin para la distribucin de distancias para el marcador fluorescente P (x ) . Figura 8.16 : A. La distribucin de distancias para el marcador fluorescente para el modelo cromosoma unidimensional para diferentes longitudes de contorno de la fibra de cromatina entre el punto de anclaje ( en x0 = 0.75m ) y el marcador fluo rescente . El tamao de la celda es L = 2m , y la densidad de empaquetamiento y la longitud Kuhn son la de ADN desnudo . ( B ) Igual que A una fibra larga de la cromatina 1m confinada a las clulas de diferente tamao y atado en el centro de la celda . Figura 8.17 : representacin de las series de Fourier de una onda cuadrada . Diferentes grficas corresponden a la representacin de las series de Fourier de la funcin de onda cuadrada donde los primeros N trminos se han mantenido en suma en el lado derecho de la ecuacin . 8.51 . Figura 8.18 : Ejemplos de bucle . ( A) la formacin de burbujas en una hlice de ADN de doble cadena , ( B ) de bucle de la horquilla en la

estructura secundaria del ARN , ( C ) un bucle de ADN debido a un factor de transcripcin , ( D ) de larga distancia bucle de ADN de ADN cromosmico . Figura 8.19 : Modelo para la formacin de bucle de ADN por el represor Lac. La interfaz entre la protena y el ADN se determin por cristalografa de rayos X, pero la posicin global y la forma del ADN en el bucle es la interpretacin de un artista . Distribuciones de probabilidad para esta cantidad se deducen de la ecuacin 8.34 y 8.35, integrando la teta las variables angulares y 0 asociado al vector r. Este procedimiento produce

para el caso sin ataduras y cuando se at el polmero. Tenga en cuenta que la inmovilizacin que da una forma funcional diferente para la distribucin de las distancias. Esto nos proporciona una herramienta matemtica con la que detectar la inmovilizacin de los cromosomas en las clulas. Medicin de la distribucin de las distancias entre las regiones etiquetadas en el cromosoma de levadura III sugiere que esta diferencia en la distribucin se puede observar in vivo. En la fig. 8.12 mostramos la distribucin distancia medida entre dos etiquetas fluorescentes, uno colocado cerca de la denominada regin de HML del cromosoma III de levadura en ciernes y el otro en el cuerpo del polo del huso, que es en una ubicacin fija en la periferia nuclear y, esencialmente, marca el ubicacin del centrmero. La distribucin medida no est bien equipado por la frmula libre de polmeros, la ecuacin. 8,36, mientras que el atado de polmero de frmula, la ecuacin. 8.38 hace bien el trabajo. El ajuste a los rendimientos de distribucin atado de polmero de dos cantidades que caracterizan el modelo, a saber, la distancia cuadrtico medio entre la correa de sujecin y el fabricante fluorescente en HML, N'a2 = 0.5m2, y R 0.9m, la distancia desde la husillo polo rgano al punto de anclaje. Tenga en cuenta que el fin de calcular la localizacin genmica del punto de anclaje putativo, necesitamos la cantidad a / v que caracteriza la estructura de la cromatina. Para ello, se necesitan medidas como las que conducen a la figura 8.11 para el cromosoma humano 4.

Territorios

cromosmicos

se

han

observado

en

las

clulas

bacterianas.

Cromosomas bacterianos eran hasta hace poco pensaba en cmo no estructurada y al azar. Este punto de vista ha sido seriamente cuestionado por los experimentos que utilizan marcadores fluorescentes colocados en diferentes lugares del genoma, como se muestra en la fig . 8.13. En este experimento 112 diferentes mutantes de C.cresentus fueron creados con etiquetas fluorescentes colocados en 112 lugares diferentes que cubren la longitud de su cromosoma circular . Las mediciones de la posicin media de los marcadores a lo largo de la longitud de la clula revelaron una relacin lineal entre la distancia genmico desde el origen de la replicacin y la distancia fsica de distancia desde el polo de la bacteria . Esto no es demasiado esperar asumiendo un modelo simple de la cromosoma circular 4Mbp como un bucle de polmero confinado a la clula . Estimacin: organizacin de los cromosomas en C. Crescent us . Otra medida de la organizacin del cromosoma en C.cresentus es proporcionado por la anchura de la distribucin de las posiciones de las regiones marcadas. Como se muestra en la fig . 8.13 la desviacin estndar de la posicin es independiente de la distancia genmico desde el origen de la replicacin, y es de aproximadamente 0.2m ( longitud de la clula L 2m ) . Podemos racionalizar esta medida dentro de un modelo sencillo en el que el cromosoma se divide en ciclos. Esto puede ser efectuado por las protenas que hacen contacto entre diferentes ubicaciones en el cromosoma ( H-NS es un posible candidato ) . Para estimar el tamao de un bucle, se supone que la dispersin observada de la posicin es debido a la naturaleza de paseo aleatorio del bucle . Dado que la media del cuadrado de la distancia de extremo a extremo, r2 = x2 + y2 + z2 , es N a2 la media de x2 es tres veces menos , o N A2 / 3 . Usando la relacin entre la distancia genmico y la distancia media al cuadrad o , N a2 = Nbp un / , y asumiendo que el cromosoma tiene la misma longitud Kuhn ( A = 100 nm ) y la densidad de embalaje ( = 3bp/nm ) como ADN desnudo , nos llegar a una estimacin ( 0.2m ) 2 = N A2 / 3 = NG / 3 ( 100/3 ) nm2/bp , 4kb NG , lo que significa que el bucle debe ser d e 8 kb o menos . (Un anlisis ms cuidadoso tendra en cuenta el carcter cerrado de un bucle dando una estimacin que es mayor en un factor de dos. ) Esto se correlaciona muy bien con otras mediciones de dominios topolgicos en los cromosomas bacterianos que parece que sean ms o menos 10kb en tamao. Cromosoma Territorios en V. clera puede explicarse por modelos de polmero confinamiento e inmovilizacin Otro experimento puso a fluorescentes marcadores cerca de cada uno de los dos orgenes de replicacin en los dos cromosomas de la bacteria V. cholerae . Esta bacteria tiene dos cromosomas , aproximadamente 3Mb y 1Mb de tamao. En este caso , la posicin a lo largo de la longitud de la clula ( x) y perpendicular a ella ( y) fue tanto midi . La distribucin de X e Y se muestra en la fig . 8,13 para el origen de replicacin para el mayor de los dos cromosomas . Para la comparacin , la longitud de la clula es de aproximadamente 3.2m , mientras que su dimetro es aproximadamente 0.8m . La anchura de la distribucin de posiciones x es aproximadamente la mitad de una micra , que es considerablemente menor que la longitud de la clula. La distribucin se centra alrededor de x0 = 0.6m , consistente con una correa de sujecin situado en esta posicin e n la clula , y est bien descrita por una gaussiana , como se esperaba para un polmero de paseo aleatorio que no se ve afectada por la presencia de paredes celulares . Por ajuste de la distribucin de Gauss para la distancia de extremo a extremo de un polmero aleatorio unidimensional simple paseo , la Ecuacin 8.16

extraemos el parmetro N a2 = 0.16m2 . Suponiendo una vez ms la longitud Kuhn de ADN desnudo , a = 0,1 Mm , llegamos a la c onclusin de que el nmero de segmentos Kuhn entre el marcador fluorescente y el punto de anclaje en x0 = 0.6m , es N = 16 . Tomando = 3bp/nm esto da una distancia genmico de 16 0,1 Mm 3bp/nm = 4,8 kb a la correa. Por lo tanto el modelo unidimensional simple del cromosoma es consistente con la existencia de una correa de sujecin en la posicin genmica aproximadamente 5 kb de distancia desde la ubicacin del marcador fluorescente . Este tipo de distribucin tambin puede ser compatible con otros mecanismos para determinar las posiciones de loci cromosmicos en las clulas vivas , incluyendo la existencia de mltiples correas . La distribucin de las posiciones a lo largo de la direccin y se extiende sobre la anchura de la clula y est centrado en cero . Este ltimo es una consecuencia del procedimiento experimental utilizado para recoger datos de distancia se recogi a partir de clulas cuya orientacin a lo largo de la direccin azimutal fue al azar . Adems , la distribucin no es gaussiana , indicativo de confinamiento por las paredes celulares . Para desarrollar la intuicin cuantitativa sobre el confinamiento se desarrolla un modelo de un polmero unidimensional formado por N segmentos, cada uno de longitud a, sujetos, en la posicin x0 y confinados a una celda de tamao L, ver fig. 8.14. Queremos calcular la distribucin de la distancia P de extremo a extremo (x, N). Para calcular P (x, N) que, una vez ms hacemos uso de la cartografa para el modelo de paseo aleatorio en el que las configuraciones de polmero se identifican con las trayectorias de un caminante al azar que ha tenido n pasos empezando en la posicin x0. Como slo estamos interesados en aquellos paseos aleatorios que permanecen dentro de la clula, imponemos absorbiendo las condiciones de frontera en los lmites. Esto garantiza que cualquier paseo que cruza el lmite de la caja se excluye del conjunto de los mbitos permitidos. La fraccin de los paseos aleatorios que comienzan en x = x0 y terminan en x sin salir de la celda es entonces G (x, N). Esta cantidad satisface la ecuacin de difusin,

Esta conexin entre paseos aleatorios y lder de difusin que llevan a la Ecuacin anterior se analiza en el captulo 13 (vase la discusin en la p. 518) y en los problemas al final de este captulo. La probabilidad de que un pie, que se queda en la caja tambin termina en la posicin x, es entonces

Por lo tanto, para obtener la distribucin de probabilidad P (x, N) primero debemos resolver. eqn. 8.39 con condiciones de contorno G (0, N) = G (L, N) = 0 y la condicin inicial G (x; 0) = (x-x0), cosa que dice donde comienza la caminata de polmero. La funcin delta (x-x0) es marcadamente alcanz su punto mximo en x0, lo que indica que el azar walker comienza en esta posicin. Para resolver la ecuacin. 8.40 ampliamos la funcin G (x, N) en una serie de Fourier (ver las matemticas detrs de los modelos en p 332),

Tenga en cuenta que cada trmino de la suma satisface la condicin de contorno absorbente. Todava tenemos que satisfacer la condicin inicial y la misma ecuacin diferencial. Los estados de las condiciones iniciales

y necesita ser resuelto para las constantes Un (0). Para ello se multiplican ambos lados con el pecado (mx / L) e integramos la ecuacin de 0 a L. El lado izquierdo da el pecado (mx0 / L), mientras que el lado derecho es

donde hemos utilizado la propiedad de ortogonalidad de las funciones seno dada por

Poner los resultados de la integracin de la parte izquierda y derecha de equation.8.42 juntos, nos encontramos

Ahora volvemos a la misma ecuacin diferencial. La cuestin que nos ocupa es lo que debemos elegir para los coeficientes An (N), de modo que la ecuacin de la difusin, la ecuacin. 8.39, se cumple?. Para resolver esto, simplemente sustituimos la expansin de Fourier de G (x, N) en la ecuacin diferencial. Esto produce

Ahora, una vez ms usamos el truco de la multiplicacin de ambos lados de esta ecuacin con el pecado (mx / L) e integrando entre 0 y L. El empleo de la propiedad de ortogonalidad este tiempo arroja una ecuacin diferencial para la Am coeficiente (N) dada por

La solucin a esta ecuacin es una funcin exponencial,

donde el coeficiente de Am (0) se determin anteriormente (eqn.8.46) desde la condicin inicial. Finalmente, la solucin a eqn.8.39 que satisface la condicin inicial de que todos los caminantes comienzan en x0 y las condiciones lmite de absorcin en los lmites de las celdas, es

Para desactivar esta cantidad en la distribucin de probabilidad buscada para la distancia de extremo a extremo de un polmero confinado en una caja, hacemos uso de eqn.8.41, para producir

Esta distribucin de probabilidad se representa en la fig . 8.16a para el ADN ( A = 100 nm ) limita a un 2m clula de longit ud , para el ADN longitudes que van desde 0.5m a 10m . Tenga en cuenta que para la cadena ms corta de la clula de confinamiento no tiene ningn efecto y la distribucin de la distancia de extremo a extremo es una funcin gaussiana sencilla , eqn.8.38 . Para la longitud de cadena i ntermedia , un N = 2m , el efecto de la celda es para sesgar la distribucin debido al hecho de que el punto de anclaje , x0 = 0.75m , fue elegido ms c erca del lmite de la

celda izquierda . Finalmente , para el ADN muy largo longitudes de la distribucin es simtrica , una vez ms , con toda la memoria del punto de anclaje perdido . Esto nos proporciona la intuicin cuantitativa que nos permite concluir que la distribucin observada de las posiciones medias de los marcadores a lo largo del cromosoma C.crescentus se muestra en la figura 8.13 es incompatible con un modelo de un polmero confinado a la clula interior que slo se at en el polo de la bacteria . En otras palabras, nuevas limitaciones deben ser impuestas en el cromosoma de establecer la geografa cromosoma observado. Esta distribucin de probabilidad se representa en la fig . 8.16a para el ADN ( A = 100 nm ) limita a un 2m clula de longitud , para el ADN longitudes que van desde 0.5m a 10m . Tenga en cuenta que para la cadena ms corta de la clula de confinamiento n o tiene ningn efecto y la distribucin de la distancia de extremo a extremo es una funcin gaussiana sencilla , eqn.8.38 . Para la longitud de cadena i ntermedia , un N = 2m , el efecto de la celda es para sesgar la distribucin debido al hecho de que el punto de anclaje , x0 = 0.75m , fue elegido ms cerca del lmite de la celda izquierda . Finalmente , para el ADN muy largo longitudes de la distribucin es simtrica , una vez ms , con toda la memoria del punto de anclaje perdido . Esto nos proporciona la intuicin cuantitativa que nos permite concluir que la distribucin observada de las posiciones medias de los marcadores a lo largo del cromosoma C.crescentus se muestra en la figura 8.13 es incompatible con un modelo de un polmero confinado al interior de la clula que slo se at en la polo de la bacteria . Esta configuracin inmovilizacin llevara a la posicin media para la mayora de los marcadores (excepto allegados en el origen y terminal de replicacin , que son a pesar de que se coloca izado con los polos ) siendo en el punto medio de la celda. Por lo tanto, nuevas limitaciones deben ser impuestas en el cromosoma de establecer la geografa cromosoma observado. En la fig . 8.15b trazamos una vez ms la distribucin de extremo a extremo a dist ancia utilizando eqn.8.50 , pero esta vez por una N a = 1m molcula de ADN de longitud ( a = 100 nm ) inmovilizado en el centro de la caja de confinamiento , para tamaos de cajas que van desde 1m a 3m . Tomamos nota de que el efecto de confinamiento pone en bastante rpidamente : hay poca evidencia de ello en el mayor tamao de la caja , mientras que para la ms pequea de la distribucin es prcticamente la de un largo polmero confinado a una pequea caja. Esto proporciona una explicacin de la diferencia en las distribuciones de distancia observada en las direcciones x e y para los marcadores fluorescentes colocados en el cromosoma V. cholerae como se muestra en la figura 8.14C . Podemos comprobar esta afirmacin cuantitativamente mediante el ajuste de la x distribucin medida a la frmula derivada. Esto da dos parmetros , la posicin de la correa de sujecin x0 asumido y el tamao de la cadena caracterizado por el A2 N cantidad. Con el A2 cantidad de N en la mano y asumiendo la posicin Y de la correa de sujecin para ser en y = 0 ( resulta que esto tiene poco efecto , dada la fuerte confinamiento en la direccin y , que, como se coment ms arriba , borra el efecto de la atadura posicin ) simplemente podemos trazar la esperada y- distribucin y preguntar si coincide con los datos. Esta comparacin se muestra en la fig.8.13 . Una mejor partido a los datos se puede lograr mediante la adopcin de la clula para ser un cilindro y teniendo en cuenta adems el hecho de que la medicin y es la proyeccin de la distancia radial sobre el plano de la hoja de la cubierta en la que las clulas descansan . Los detalles de este clculo se dejan como ejercicio de los deberes. La matemtica detrs de los modelos: Ampliacin de senos y cosenos. A travs del libro a menudo se nos invita a considerar las funciones que se definen en el intervalo entre 0 y L. Una propiedad til de tales funciones que empleamos una y otra vez es que pueden ser ampliadas en una serie de Fourier dada por

Aqu una y BN son coeficientes de Fourier, los nmeros que necesitan ser calculado para una funcin f dada. La igualdad anterior es cierto para todos los puntos del intervalo con la posible excepcin de x = 0 yx = L. Puesto que todas las funciones que aparecen en la suma de la parte derecha toman el mismo valor en 0 y L, tendramos a la conclusin de que f (0) = f (L) tambin es cierto. Si esto si no es el caso, se puede demostrar que la representacin en serie de Fourier de f (x) toma el valor (F (0) + f (L)) / 2 en los lmites del intervalo. Clculo de los coeficientes de Fourier se basa en la propiedad de ortogonalidad de las funciones seno y coseno. Es decir, la integral del producto de dos de tales funciones es distinto de cero solamente en el caso de que ambas funciones son senos, o ambos son los cosenos, y tienen el mismo perodo, el perodo del pecado (2n / L) es L / n . podemos reiterar esto matemticamente como

donde el smbolo de Kronecker, n, m, es uno de n = m, y cero en caso contrario. Con estas identidades en la mano, podemos calcular los coeficientes de Fourier de la funcin f (x), multiplicando con senos y cosenos con diferentes perodos, y la integracin en el intervalo entre 0 y L. En cuanto a la parte derecha de la ecuacin. 8,51 y teniendo en cuenta las identidades de ortogonalidad anterior, vemos que el trmino nico superviviente en el lado derecho ser el seno o coseno con el mismo periodo. Por lo tanto, tenemos las siguientes identidades

de la que podemos calcular los coeficientes de Fourier

Para ilustrar el procedimiento de la expansin de una funcin en una serie de Fourier , vamos a considerar el simple ejemplo dado por la funcin f ( x ) , que es igual a 1 para 0 < x < L / 2 y igual a cero para L / 2 < x < L. la extensin de esta funcin para todo el eje x da una onda cuadrada . Coeficientes de Fourier se calculan utilizando la ecuacin . 8.54 , y nos encontramos con a0 = 2 / l, an = 0 , bn = 0 para n par y bn = 2 / ( n ) para n impar. Cmo se muestra la funcin f ( x) se desprende de la serie de Fourier a medida que ms y ms trminos se mantienen en la suma de la fig. 8.17. 8.2.4 ADN Looping : De Cromosomas del Reglamento Gene La organizacin de los genomas se produce en muchas escalas diferentes . Un fenmeno ms corta escala de importancia generalizada es la formacin de bucles de varias clases tanto en el ADN genmico y ARN tambin. Estos eventos de bucle se pueden fructferamente examinados desde la perspectiva del paseo aleatorio . La figura . 8.18 muestra cmo los cidos nucleicos forman "bucles " en una amplia variedad de diferentes configuraciones. Por ejemplo , como se muestra en el captulo anterior y se ilustra en la fig . 8,18 ( A) , de fusin de los resultados de ADN en burbujas de fragmentos de cadena simple y los meandros de los fragmentos de cadena sencilla se pueden evaluar como un problema en paseos aleatorios . Ideas similares son relevantes en la evaluacin de la propensin de ARN para formar bucles en horquilla . Otro ejemplo preferido implica la formacin de bucles de ADN por factores de transcripcin como parte del proceso de la regulacin de genes . Sin embargo, otro ejemplo que se muestra en la fig . 8.18 ( D ) implica la recombinacin gentica en la que las partes distantes de ADN cromosmico encuentran uno al otro como un precursor para el evento de recombinacin en s . Estos eventos son importantes en situaciones que van desde la conmutacin del tipo de apareamiento en levadura a V ( D) J recombinacin en las clulas B a la toma de decisin estocstico que asiste a la seleccin receptor olfativo . El Lac represor molcula acta Mecnicamente mediante la formacin de un bucle questered - Se en ADN En la fig . 4.13 ( p. 182 ) y la seccin 4.4.3 ( pg. 184 ) , que introdujo el opern lac como un ejemplo especialmente notable de la regulacin gnica . Una parte de la historia opern lac es cmo los genes de este opern son reprimidos por la molcula represora Lac , como se muestra en la fig . 8.18 . Hasta ahora , nuestra descripcin de represor Lac ha sido en gran parte esquemtica y sin referencia particular a las acciones mecnicas responsables de la represin . La historia real de la accin del represor Lac es ms complicada que la que se ilustra en la fig . 4.16 ( p. 187 ) . De hecho , hay varios otros sitios de operador (O2 y O3) adems del sitio principal del operador ( O1 ) descrito all donde el represor puede unirse resultante en un bucle de ADN como la que se muestra en la fig . 8.18 . La eficacia de la represin es ms alta cuando el tetrmero del represor lac ( construido a partir de cuatro copias del gen lacI ) se une a dos operadores a la vez . Looping de grandes fragmentos de ADN est dictada por la dificultad de los extremos distantes para encontrar otro Para que una molcula de protena tal como el represor lac para formar espontneamente un bucle en el ADN , el ADN y protena conjuntamente, deben sufrir una fluctuacin que trae todas las piezas en la proximidad fsica . Como se ver en el cap. 10 , para el ADN de doblar de esta manera gastos de energa elstica . Sin embargo , hay tambin una contribucin a la energa libre de bucles de entropa ya que cuando se enrolla el ADN , hay menos conformaciones disponibles para el sistema y por lo tanto una reduccin de la entropa . Como ejercicio de calentamiento para evaluar el coste entrpico de la formacin de bucle consideramos un modelo unidimensional y examinamos la fraccin de conformaciones que se cierran sobre s mismos. La probabilidad, p , de formacin de bucle es la probabilidad de que la unidimensional aleatoria Walker vuelve al origen . La probabilidad , p , de formacin de bucle es la probabilidad de que la unidimensional aleatoria Walker vuelve al origen . Utilizando la ecuacin 8.10 para R = 0 , concluimos

( 8,55 ) donde N es el nmero de segmentos Kuhn . Aqu nos interesa el lmite de cadena larga , que corresponde al N >> 1 . Este es tambin el lmite en el que el modelo de paseo aleatorio se puede aplicar a conformaciones de ADN , como se discuti previamente . Para simplificar an ms la ecuacin . 8.55 , hacemos uso de nuestra frmula de confianza Stirling ( p. 222 ), N ! (N / E ) N 2N , que para N >> 1 implica

( 8.56 ) La prediccin interesante del modelo es que la probabilidad de ciclacin de hebras largas de ADN decaer con la longitud del polmero a la potencia -1 / 2 . Este resultado de la probabilidad de que los dos extremos estarn dentro de una pequea distancia de cada otro tambin se puede obtener usando la aproximacin de Gauss para la distribucin de extremo a extremo derivada Secction 8.2.1 . Para usar la distribucin continua , necesitamos la probabilidad de que los dos extremos de la cadena son dentro de una distancia crtica de uno al otro , a saber , << En este caso, la distribucin de extremo a extremo de la ecuacin . 8.16 se puede aproximar por

( 8,57 ) donde hemos hecho la direccin de sustitucin ( -R2/2N a2) 1 , vlido R < para - < . La probabilidad de ciclacin se obtiene integrando sobre todas las distancias de contacto cerca en la forma

( 8,58 ) que como era de esperar , es la misma que la ecuacin 8.56 para = a . A diferencia de la escala del tamao del polmero con su longitud , que nos pareci ser independiente de la dimensionalidad del espacio , el efecto de la dimensionalidad de ciclacin es bastante significativa . En particular , la probabilidad de ciclacin tiene una forma diferente dependiendo de si se evala esta cantidad por una - , dos - o paseos aleatorios tridimensionales . Para ver esto, considere el 3 - dimensional walker aleatoria de N pasos . La probabilidad de volver al origen se puede escribir como la relacin entre el nmero de sectores que devuelven al origen con el nmero total de paseos en mucho de la misma manera como lo hicimos anteriormente ( los detalles precisos de este clculo en la lengua discreta se izquierda a los problemas al final del captulo) . Sin embargo , una ruta ms inmediata al resultado se puede conseguir mediante la explotacin de la distribucin continua . Para ver esto, considere la distribucin de extremo a extremo de una de tres dimensiones paseo aleatorio . En particular , la probabilidad de que los dos extremos de la cadena son en distancia o ms pequeo , est dada por la integral

( 8,59 ) Dado que estamos interesados en la ciclacin se puede suponer que la distancia es mucho ms pequeo que el tamao del polmero , N 1/2a . En este caso la funcin exponencial en el integrando se puede aproximar por 1 , y la integral resultante es

( 8,60 ) La principal conclusin que se desprende de este clculo es que la probabilidad de ciclacin se desintegra como el nmero de segmentos de Kuhn de la cadena a la potencia -3 / 2 . En la seccin 10.3 ( pg. 394 ) , vamos a terminar estos argumentos , mostrando la forma de vincular la entrpica y la descripcin energtica de bucle de ADN . Estas ideas se pueden aplicar para calcular la probabilidad de la expresin gnica en la seccin 19.2.5( pg. 822 ) .

Cromosomas sexuales con Capture Conformacin revela la geometra de Parcking de todo el genoma en clulas
Hasta el momento, nuestro tratamiento del cromosoma geografa ha hecho uso de loci genticos nivelados fluorescente para abordar la cuestin de la organizacin espacial de cromosomas. La principal debilidad de este enfoque es que proporciona informacin acerca de la posicin y la dinmica de uno, o por lo un pocos ms de loci, gentico en el momento . La organizacin espacial de todo el genoma se puede construir mediante el examen de varias veces uno tras otro Lucus gentica , como se hizo en el experimento en C. crescentus descrito en la figura 8.13 , pero esto consume mucho tiempo e incluso poco prctico para muy grandes genomas eucariotas . Es interesante sealar que una alternativa se ha desarrollado tal que apela a las ideas sobre un bucle como los descritos anteriormente. Un mtodo que supera el problema locus - por - locus es el cromosoma de captura de conformacin ( 3C ) , se ilustra en la Figura 8.20 ( A) . Este mtodo se utiliza para obtener la informacin de todo el genoma de la proximidad espacial de los dos loci genticos . En particular , para cualquiera de los dos loci genticos en el genoma , que proporciona la frecuencia de los contactos cercanos . Estos contactos cercanos son detectados por primera reticulacin de todo el genoma . El concepto es que dos sitios en el ADN son reticulado cuando estn en estrecha proximidad y conectados entre s por medio de ADN - unido a las protenas . A continuacin, se digiere el ADN , dejando los fragmentos - gustado cruz unidos a las protenas intactas . Ahora bien, estos fragmentos de ADN se ligaron juntos y las protenas removidas , creando as nuevas cadenas de ADN que contienen la secuencia de los dos loci genticos que fueron en estrecha proximidad en la clula antes de la fijacin . En el 3C original, el mtodo , estas secuencias se detectaron a continuacin, utilizando la reaccin en cadena de la polimerasa con cebadores que corresponden a loci individuales se probaron para su proximidad , mientras que en las implementaciones ms recientes del mtodo que ha sido reemplazada por secuenciacin directa de los fragmentos resultantes . El mtodo 3C y sus generalizaciones y extensiones se han utilizado ampliamente para estudiar la relacin entre las diferentes funciones de la cromosoma (transcripcin , recombinacin ) y su organizacin espacial . Tambin ha proporcionado pruebas cuantitativas de los modelos de polmero de cromosomas , como se muestra en las figuras 8.20 ( B ) y ( C ) . En la seccin anterior se calcul la probabilidad de ciclacin de polmero de paseo aleatorio y se encontr que en tres dimensiones se escala con la longitud del polmero a la potencia -3 / 2 . Este es de hecho el resultado de la aplicacin de encontrado 3C a la levadura cromosoma III , como se muestra en la Figura 8.20 ( B ) . Por otro lado , en las clulas humanas las mediciones de frecuencia de contacto como una funcin de la distancia genmico producen el exponente -1 incompatible con la expectativa proporcionado por un sencillo modelo de paseo aleatorio de la cromosoma . Investingly , el llamado modelo de glbulo arrugado , predice este tipo de escala. En los modelos de glbulos arrugadas , el cromosoma se supone asumir una configuracin no-equilibrio de un polmero de paseo aleatorio obtenido por el colapso de los pequeos segmentos del polmero en glbulos interpretando el papel de monmeros. Esta estructura luego se desplom an ms en un nuevo juego de super- glbulos que se forman una vez ms una estructura de cuentas contra las cuerdas , con este embalaje jerrquica llevado hasta el infinito. Este proceso conduce a una estructura fractal auto-similar con propiedades interesantes como el absece de nudos y otros obstculos topolgicos al cromosoma easly plegar y desplegar . Se ha especulado que esta es una caracterstica estructural que puede ser til en la fabricacin de loci genticos easly accesible para mquinas de protenas implicadas en la transcripcin y recombinacin .

8.3 El nuevo mundo de la Mecnica sola molcula

Modelos como el modelo de paseo aleatorio descrito aqu tienen alcance extraordinario . Otra aplicacin interesante de estas ideas es el reciente desarrollo de tcnicas de una sola molcula para medir la respuesta de macromolculas al forzamiento externo .

Tcnicas de medicin de una sola molcula de plomo forzar Spectroscopy

Hay un nmero de diferentes maneras de aplicar fuerzas a las macro- molculas individuales . Varias de estas tcnicas estn representados de forma esquemtica en la fig . 8.21 . Una de tales tcnicas se muestra en la fig . 8.21 ( A) implica el uso de voladizos de tamao micromtrico que estn unidos a una macromolcula que es , a su vez , tet - Ered a una superficie . A travs del control de la altura de la superficie a la que est atado la molcula , por ejemplo , el voladizo sufrir una deformacin que se puede medir utilizando la luz lser reflejada . Un segundo ejemplo se muestra en la fig . 8.21 (B ) es de pinzas pticas que permiten la aplicacin de las fuerzas del orden 1-50 pN en macromolculas de inters . En este caso , la idea clave es que uniendo una macromolcula a un cordn de tamao de micras , es posible tirar del cordn ( y por lo tanto la molcula ) por el resplandor de la luz lser en el taln y el uso de la presin de la radiacin resultante de la lser luz para manipular el cordn. El mismo concepto se reproduce de manera similar en el contexto de las pinzas magnticas mostradas en la fig . 8.21 ( C ) , en el que el taln est manipulado por los campos magnticos en lugar de luz lser . Una de las variaciones interesantes en el esquema de forzar proporcionada por la pinza magntica es la oportunidad de aplicar fuerzas de torsin que examinan la respuesta de las molculas a torcer . El ltimo ejemplo mostrado en la fig . 8.21 ( D ) es el uso de un aparato de fuerza de pipeta - controlado en el que los puntos fuertes de las interacciones ligando-receptor , as como la respuesta mecnica de lpidos de la bicapa Vesi -culos pueden ser examinados . Nuestro punto principal en esta discusin es para alertar al lector a la aparicin de las tcnicas una sola molcula que complementan las herramientas de la bioqumica solucin tradicional y permite la medicin no slo de las propiedades de medios de los diferentes macromolculas de inters biolgico , sino tambin las fluctuaciones sobre esta respuesta promedio.

8.3.1 Curvas fuerza - extensin: Una Nueva Espectroscopia Diferentes Macromolculas tienen diferentes firmas Fuerza Cuando Sub - proyectada a Loading

Las tcnicas introducidas anteriormente permiten la medicin explcita de las caractersticas de fuerza - extensin de una gama de diferentes molculas . La figura . 8.22 muestra las propiedades de fuerza de extensin de varios ejemplos caractersticos que van desde el ADN a las protenas . En particular , la fig . 8.22 ( a) muestra las caractersticas de fuerza - extensin de una sola molcula de ADN sometido a una carga ( un ejemplo similar se muestran en la Figura 5.13 , p 207 ) . Tenga en cuenta que la misma caracterstica firma fuerza - extensin se puede encontrar por una molcula de ADN dada , independientemente de cul de las diversas tcnicas se utiliza para medirlo , y piel- Ther , que esta curva proporciona una huella digital nica que sirve como la base de la espectroscopa de fuerza de macromolculas . La figura . 8.22 (B ) muestra un grfico de las propiedades de fuerza de extensin de una molcula de ARN particular. Tenga en cuenta que el carcter de la estructura secundaria asociada con una molcula de ARN dada se traduce , a su vez , en el carcter de la curva de fuerza - extensin , que ilustra la idea de que la curva de fuerza extensin proporciona una huella digital espectroscpico de diferentes macro- molculas . La figura . 8.22 ( C) muestra un tercer ejemplo de la diversidad intrigante de las curvas de fuerza de extensin asociados con diferentes macromolculas , este tiempo de re - vealing cmo la protena titina multi-dominio se desarrolla en presencia de la fuerza . Una declaracin inmediata que se puede hacer en este ejemplo es que el nmero de gotas de carga en la curva corresponde al nmero de dominios en la protena . Hacemos hincapi en que estos tres ejemplos son slo una pequea representacin de la amplia clase de mediciones que se han hecho en polisacridos , lpidos , protenas y cidos nucleicos , as como sus conjuntos .

Figura 8.21: Esquema que muestra una variedad de tcnicas de una sola molcula . ( A) molcula de microscopa de fuerza atmica nico que se utiliza para estirar una protena multi-dominio , ( B ) pinzas pticas se utilizan para medir la tasa de transcripcin , ( C ) pinzas magnticas se utilizan

para medir las propiedades de torsin de ADN y (D ) aparato de fuerza basada en la pipeta que se utiliza para medir las fuerzas de adhesin ligando-receptor .

Figura 8.22 : Curva fuerza - extensin para una variedad de diferentes macromolculas : ( A) ADN de doble cadena , ( B ) de ARN , y la protena ( C ) hecha de repeticiones de mdulo de Ig 27 de la banda 1 de la titina cardiaca humana . Las curvas medidas ilustran el sentido en que los experimentos de una sola molcula sirven como base de la espectroscopia de fuerza . Nonmonotonic caractersticas observadas en las parcelas corresponden a cambios en la estructura debido a una fuerza aplicada .

8.3.2 Modelos de paseo aleatorio para las curvas de fuerza - extensin

Dado que las diferentes macromolculas presentan diferentes firmas de fuerza de extensin , es de inters para ver si podemos calcular algunas caractersticas de estas curvas utilizando lo que sabemos acerca de las caminatas al azar . De hecho , el clculo de las curvas fuerza - extensin nos da la oportunidad de explorar ms a fondo las fuerzas entrpicos . El Rgimen de baja fuerza en las curvas de fuerza - extensin puede ser entendida Usando el Modelo Random Walk Uno de los modelos ms sencillos que se pueden escribir para capturar la relacin fuerza -tre y extensin en polmeros se basa en una interpretacin estrictamente entrpica de la energa libre . En particular , recordando que a medida que la molcula de cadena se estira a longitudes acercando a su longitud total del contorno , el nmero total de configuraciones disponibles para la molcula va hacia abajo , y con l tambin lo hace la entropa . Esta reduccin de la entropa corresponde a un aumento en la energa libre . En la medida en que el experimento de traccin se realiza con la suficiente lentitud , podemos pensar en la fuerza que est dada por

( 8,61 ) donde G es la energa libre y L es la longitud . Comenzamos con una interpretacin unidimensional del modelo de la cadena libremente articulado . Imaginemos un polmero de longitud total Ltot = Na , donde N es el nmero de monmeros y a es la longitud de cada segmento monomrico . La idea bsica de nuestro argumento ser construir el G energa libre (L ) en funcin de la longitud L = ( nr - nl) a partir de la cual la fuerza necesaria para llegar a esa extensin est dada por la ecuacin 8.61 . Al igual que antes , usamos la notacin y nr nl para significar la cantidad de los enlaces en total estn apuntando a la derecha ( nr) y cuntos quedan apuntando ( nl) . Para poder proceder , necesitamos una frmula explcita para la energa libre . Como se seal anteriormente , en este sencillo de modelos ignoramos cualquier contribucin entlpicos a la energa libre , con la totalidad de la energa libre de la molcula que

toma la forma ,

( 8,62 )

donde W ( L ; Ltot ) es el nmero de configuraciones de la molcula que tienen longitud L dado que la longitud total del contorno de la molcula es Ltot . Como se muestra en la fig . 8.23 , estamos interesados en el equilibrio de nuestra representacin de paseo aleatorio del polmero cuando se somete a fuerzas externas como pueden ser proporcionados por una configuracin de pinzas pticas . Una forma particularmente transparente

imaginar este problema es pensar en pesos se colgaban de los extremos del polmero , como se muestra en la fig . 8.24 ( este idea de que representa la energa del dispositivo de carga a travs de los pesos se introdujo en la fig . 5.12 ( pg. 206 ) ) . En este caso , la energa libre de la ecuacin . 8.62 debern completarse con un trmino de la forma Uweights = - 2mgL . Qu dice este trmino fsicamente es que cuanto ms la molcula se estira, el menor de los pesos se cuelga con el resultado de que su energa potencial disminuye.

Figura 8.23 : Modelo de polmero subjeted a la carga . Esquema de un polmero unidimensional modelo subjeted al forzamiento externo se aplica utilizando pinzas pticas . La elaboracin de este trmino con la contribucin de la ecuacin . 8.62 , tenemos para la energa libre total del sistema .

Para seguir avanzando con este resultado, y , en particular , para obtener la longitud de minimizacin de la energa libre en funcin de la fuerza aplicada, primero tenemos que encontrar una expresin concreta de W (L ; L tot ) . A tal efecto , se observa que esto se reduce a nada ms que la cuestin combinatoria de cuntas maneras diferentes hay de organizar N flechas , nR de los cuales son apunta hacia la derecha y nL = N - nR de los cuales son apunta hacia la izquierda . El resultado es

( 8,63 ) donde hemos considerado conveniente sustituir nuestra referencia a L y Ltot con referencia al nmero de flechas apuntan hacia la derecha y el nmero total de dichas flechas con el reconocimiento de que estn relacionados por L = ( nR - latitud norte) y una Ltot = N una . Dada la energa libre , nuestra tarea ahora es reducir al mnimo con respecto a la longitud (o NR) . Para ello , lo primero que invocamos a la aproximacin de Stirling ( pg. 222 ), que recordamos al lector nos permite reemplazar ln N! por N lnN - N . A la luz de esta aproximacin , la energa libre total puede escribirse como ( 8,64 )

Figura 8.24 : Polmero sujetos a una carga externa . Esquemtica de un modelo de polmero unidimensional sometido a forzar a travs de la fijacin de los pesos en el extremo externo . Este escenario es un dispositivo pedaggico para ilustrar la forma de incluir la obligatoriedad en el presupuesto general de la energa libre. Tenga en cuenta que hemos descuidado todos los trminos constantes , ya que no contribuyen en la reduccin al mnimo . Diferenciacin de esta expresin con respecto a nR resulta en

( 8,65 ) Resolviendo esta ecuacin para la cantidad nR / nL , obtenemos

( 8,66 )

que utilizamos para obtener una relacin simple para la extensin

( 8,67 )

El constructo de la utilizacin de pesos para cargar la molcula era un dispositivo peda - lgica conveniente proporcionar un mecanismo concreto para ver cmo la energa del dispositivo de carga puede ser incluido en el presupuesto de energa libre . Ms generalmente , los dos extremos son sometidos a una fuerza F con el resultado de que z = tanh ( fa / kB T ) . Esta relacin fuerza - extensin se muestra en la fig . 8.25 . Para obtener una mayor comprensin de los aspectos cuantitativos del modelo , consideramos el caso lmite de una pequea fuerza , es decir, fa << kB T. Para una molcula de ADN de doble cadena en condiciones fisiolgicas ( una 100nm ) esto corresponde a f << 40 fN mientras que para e l ssDNA mucho ms flexible (a 1,5 nm ) se obtiene el rgimen de pequea fuerza para f 3 PN . En la pequea fuerza de limitar la curva de fuerza - extensin es lineal ( como se muestra en los problemas al final del captulo) ,

( 8,68 ) es decir, en este rgimen el polmero se comporta como un resorte Hookean ideal, con una constante k = rigidez kB T / Ltota . El hecho de que la rigidez de este resorte es linealmente proporcional a la temperatura revela su verdadera naturaleza entrpica . Para - fago ADN de doble cadena cuya longitud de contorno es Ltot = 16,6 micras primavera efectiva constante es k 2,3 fN / m mientras que para el mismo ssDNA longitud de la rigidez viene dada por k 160 fN / m. Tenga en cuenta que la mayor flexibilidad de DNA de cadena simple , como lo demuestra su longitud de persistencia ms pequeo , conduce a un valor ms grande para la rigidez efectiva de la primavera. Hasta el momento, nuestro modelo de la macromolcula ha sido altamente idealizado en que hemos imaginado que cada monmero slo puede apuntar en una de dos direcciones . A pesar de que el modelo es instructivo , est claro que es de inters para ampliar nuestros horizontes para el caso fsicamente ms realista en tres dimensiones . La generalizacin de nuestro anlisis de la cadena libremente con juntas en tres dimensiones tiene sorpresas particulares. La idea fundamental es que ahora en lugar de limitar los monmeros que forman la molcula de inters sealar slo a derecha o izquierda , les damos movimiento tridimensional completa. La variante ms simple de este modelo es permitir que cada monmero apuntar en una de las seis direcciones (es decir, e1, e1, e2 , - e2 , e3 y e3) . Citamos el resultado de este modelo , es decir , ( 8.69 )

El caso ms interesante que trabajamos con ms detalle es que en la que cada monmero puede apuntar en cualquier direccin. En este caso , en lugar de escribir la energa libre de forma explcita , se calcula la funcin de particin y la utilizamos para deducir las medias pertinentes, tales como la duracin media de una fuerza aplicada dada . A medida que cada eslabn de la cadena est fluctuando de forma independiente la funcin de particin para N = Ltot / a enlaces es ZN = ZN con ( 8.70 ) Esta ecuacin nos instruye para calcular el factor de Boltzmann para cada orientacin de la monmero , caracterizado por los ngulos y , y luego suma ( integrar ) sobre todos los valores posibles de los dos ngulos . Esta integral sobre la esfera unidad se puede evaluar con el cambio de variables x = cos , para dar ( 8,71 )

Ahora la energa libre G ( f ) = - kB T Ln ZN es una funcin de la fuerza F aplicada y que lo diferencian con respecto a f para obtener una expresin para su conjugado termodinmico , la longitud promedio de polmero , ( 8.72 ) El lmite de fuerza pequea , FA / T 1 kB en este caso da la misma expresin Hookean , f = k ( L ) como la cadena libremente articulado unidimensional , excepto la constante elstica efectiva es tres veces ms grande , k = 3kB T / Ltota . El mismo resultado se deduce de la ecuacin . 8.79 . Como era de esperar , la versin en dos dimensiones del modelo, ya sea definido en una red o no, da k = 2 kB T / Ltota . En las grandes fuerzas cuando el polmero se acerca la extensin completa , la frmula de la fuerza - extensin , la ecuacin 8.72 , derivado del modelo de la cadena libremente articulado describe ya no adecuadamente los datos experimentales obtenidos tirando de ADN de doble cadena . En ese rgimen de las propiedades elsticas de ADN de doble cadena comienzan a la materia y un modelo ms sofisticado , que incorpora rigidez a la flexin , se describen los datos experimentales mucho mejor . El llamado modelo de cadena de gusano-como se recoge en el captulo 10.

8.4 Protenas como paseos aleatorios

Una de las ideas clave que impulsan la investigacin en biologa estructural, que busca describir la estructura de protenas en detalle atmico , es que la funcin de una protena se deriva es estructura. Hasta ahora , hemos mostrado cmo el modelo de paseo aleatorio se puede aplicar a los cidos nucleicos . Las protenas son polmeros que comprenden los aminocidos . Por lo tanto , una pregunta natural es lo que, en su caso , los aspectos de la estructura de la protena se pueden entender desde simples modelos de grano grueso de polmeros, tales como las diversas caminatas aleatorias introducidas en este captulo? Las protenas globulares en su forma estatal estructura compacta nativa que son muy diferentes de las configuraciones abiertas que implica el modelo de paseo aleatorio . Por lo tanto . Podramos estar tentados a concluir que el modelo de paseo aleatorio no tiene por comentar protenas lugar , consideramos que una modificacin del modelo de paseo aleatorio hemos empleado hasta ahora por lo que representa de manera explcita la naturaleza compacta de las protenas. El modelo de paseo aleatorio compacto empleamos en esta seccin se define en una red , lo que significa que el caminante al azar cuyas trayectorias representan configuraciones de polmeros, salta de un sitio de la red a la siguiente. Por lo general, cuando se representa el polmero mediante un paseo aleatorio en una red , los sitios no ocupados por los monmeros (o, equivalentemente esos sitios no visitados por el azar Walker) son considerados como la representacin de las molculas de disolvente . Caminatas aleatorias simples descritos en las secciones anteriores son estructuras abiertas con los sitios de monmeros normalmente rodeados de sitios de solventes. Como se ha comentado anteriormente, esto se inadmisi equivale para la descripcin de conformaciones de las protenas , que son compacto con disolvente tpicamente marcado contacto slo con el aminocido en la superficie de la protena . Para imitar este establecimiento de protenas , invocamos paseos compactos aleatorios ( tambin conocidos como camina hamiltoniano ), que son paseos aleatorios independientes evitando que visitan todos los sitios de la red . Por lo general, toma como cbico, como se muestra en la figura 8.26 . en virtud de cubrir todos los lugares de la red de monmeros , todos los sitios solventes son empujados a la superficie . Estos paseos aleatorios compactos son un modelo muy de grano grueso de las protenas y, como con todos los modelos de grano grueso , uno est limitado en scopeand precisin de las preguntas que el modelo est equipado para hacer frente a .Las recompensas en el otro lado vienen en la forma de la simplicidad y la generalidad de las respuestas obtenidas . Adems, como cualquier buen modelo , paseos aleatorios compactos revelan nuevas preguntas y agudizan las antiguas, sobre la estructura de las protenas de origen natural.

Paseos y 8.4.1 Compacto aleatoria del tamao de Protenas Modelos paseo aleatorio permiten una estimacin del tamao de las protenas
Posiblemente la propiedad ms simple de una protena globular es su tamao , segn lo medido por sus dimensiones lineales , o ms precisamente , su radio de giro . El Protein Data Bank revela una dependencia sistemtica del tamao de la protena de su masa. Es decir , para protenas globulares , el radio de giro escalas ms o menos con la raz cbica de la masa . La relacin entre el tamao fsico de las protenas y su tamao secuencia se muestra en la fig . 8.28 . Esta es una propiedad de polmeros compactos como lo demuestra la configuracin que se muestra en la fig .

8.27 . Como un polmero compacta llena completamente la red , su tamao lineal se escala con la dimensin lineal de la red o con la raz cbica del nmero de sitios de celosa , dado que tenemos en mente una red tridimensional . Si le damos un nico residuo con cada sitio , y tomamos estos a ser de ms o menos la misma masa , llegamos a la ley de escala observada para protenas reales. Compacidad implica que todo el espacio ocupado por las protenas se llena , sin agujeros presentes . Por lo tanto , el volumen ocupado por la protena , que necesariamente escalas como la raz cbica de su dimensin lineal , es proporcional a la masa . Para las protenas , sin plegar las estructuras se describen mejor como paseos aleatorios . El tamao de un polmero de paseo aleatorio , a diferencia de los polmeros compactos , escalas como la potencia media de la masa. Si uno fuera a examinar los mbitos autnomos evitando al azar, un argumento debido a Flory predice escala del tamao lineal con la masa a la potencia 3/5 , lo que indica una estructura que es an ms expandida que la de un simple paseo aleatorio.

Hidrofbico y residuos polares : el modelo HP

Uno de los desafos planteados en los talones de los xitos de las grandes iniciativas de secuenciacin genmica es el de averiguar las implicaciones estructurales y funcionales de estas enormes bibliotecas de genes. Un paso para desentraar el significado de todos estos datos genmicos es averiguar cmo pasar de una secuencia de la protena particular a la estructura correspondiente . el problema es que es cuando se enfrentan a una nueva secuencia de genes, a uno le gustara ser capaz de indicar qu protenas estn implcitos en las diversas secuencias y qu estructuras de estas protenas tienen . Al igual que para el anlisis de unin en el captulo 7 de protena - ligando , aqu tambin se encuentra que el uso de variables de estado internas para caracterizar la identidad de aminocidos de un residuo dado es extremadamente powerful.The proceso por el cual una cadena de aminocidos asume la especfica estructura nativa tridimensional de una protena no es a menudo bajo - se puso de pie con suficiente detalle para permitir una prediccin de la estructura basada en la secuencia conocida . La complejidad del problema se ilustra en parte por la observacin de que el nmero de posibles conformaciones tridimensionales de protenas a es tan grande que una bsqueda aleatoria en la estructura de espacio nunca sera descubrir el estado nativo . A pesar de la naturaleza es lo suficientemente inteligente para mover su manera de salir de este problema , a veces no lo somos. Incluso si vamos a modelar estructuras utilizando un esquema muy simplificado y contratados en el que una estructura dada es vista como un camino aleatorio en una red cbica que present anteriormente, el nmero de estructuras para una cadena de monmeros 100 es 6100, o 6.5x1077 . la forma en que se obtiene esta estimacin se basa en la idea de que el nexo de unin de cada serie sucesiva de los residuos puede apuntar en una de las seis direcciones a lo largo de los tres ejes cartesianos. Si imaginamos haciendo una bsqueda al azar entre estas estructuras , a razn de uno por cada estructura de femtosegundos ( 10 -15s ) (muy optimista) , se necesitaran aproximadamente 2x1055 aos para completar la bsqueda. Esto es alrededor de 1045 veces la edad del universo ! La estimacin anterior nos dice que el plegamiento de una protena en su estructura nativa sin duda no es un proceso aleatorio . La interaccin hidrfoba entre los residuos de aminocidos y las molculas de agua que los rodean conduce a un colapso de la cadena como se ilustra en la fig . 5.8 ( pg. 203) . Como resultado los residuos hidrfobos son secuestradas en el interior de la protena , mientras que la superficie est poblada por residuos polares . Por lo tanto hidrofobicidad es una fuerza que puede dirigir la protena a un estado plegado evitar una bsqueda aleatoria de espacio de configuracin . De hecho , el espritu de la clase de modelos introducidos aqu es que el colapso inducido por efectos hidrfobos impulsa la formacin de estructura secundaria en lugar de una vista alternativa en la que la formacin de los enlaces de hidrgeno que definen la estructura secundaria de plomo se colapse.

Divide el modelo HP Aminocidos en dos clases: hidrofbicos y polares

La idea de que la fuerza hidrofbica juega un papel importante en el plegamiento de protenas ha dado lugar a modelos de grano grueso de las protenas , donde los 20 aminocidos naturales se sustituyen con un alfabeto de dos letras que identifica a cada aminocido como hidrofbicas ( H) o polar ( P ) . Esto conduce a una drstica reduccin de la complejidad del espacio de secuencias como el nmero de posibles secuencias para un 100 -mer baja desde 20100 10.130 a 2.100 1.030 . Para llevar a cabo tales un modelo , tenemos que decidir cmo dividir los 20 aminocidos en los dos las categoras H y P. Un ejemplo de una particin tipo se muestra en la fig . 8.28 . De hecho , como se muestra en la fig . 8,29 , existe una jerarqua de posibles clasificaciones de los aminocidos sobre la base de diversas propiedades para la agrupacin de ellos. En el resto del libro , utilizaremos el modelo HP presenta aqu como la base de una variedad de diferentes discusiones. Nuestro razonamiento es que clasificacin de aminocidos de acuerdo con slo estos dos grandes categoras nos permite tomar los problemas de otro modo analticamente intratables y para hacerlos manejables . Por ejemplo , en la seccin 21.5.1 ( pg. 1011 ) , vamos a considerar un modelo de HP de traduccin y correccin cintica con slo dos especies de tRNA . Esta simplificacin nos permitir llevar a cabo el anlisis completo. Del mismo modo , la totalidad de cap. 21 de la bioinformtica se basar en la secuencia de alineaciones utilizando slo el alfabeto HP . Aunque nos comprometemos en el realismo biolgico , nuestra sensacin es que la recompensa pedaggica vale la pena.

Modelos HP de plegamiento de protenas

El plegado de protenas problema de encontrar la estructura nativa dada la secuencia de aminocidos de una protena es uno de una clase de problemas acerca de la relacin entre el espacio de secuencia y el espacio de tres tenue paseos por una celosa hace que la exploracin de la estructura de espacio ms manejable . En particular, el nmero de estructuras de polmero compacto en un 3 3 3 celosa , a menudo usados en los estudios numricos , es 103.346 , mientras que el nmero de posibles secuencias es 227 = 134 , 217, 728. Para ganar la intuicin acerca de los modelos de celosa HP investigamos el modelo de juguete que consta de 6 monmeros sobre un enrejado 2 3 . El nmero de posibles secuencias es 26 = 64 , mientras que el nmero de estructuras compactas que no estn relacionados por una celosa rotaciones, traducciones o reflexiones son slo 3 . Estos se muestran en la fig . 8,30 ( A) .

lado de la lista de secuencias y estructuras , el otro ingrediente del modelo es la energa hidrfoba que mide el grado en que los H -monmeros hacen contactos energticamente desfavorables con el disolvente y con P monmeros . ( Molculas de disolvente son los sitios de celosa en la superficie exterior de los seis - mer ) Un modelo simple de esta interaccin es asignar un pena de energa libre para cada monmero H hace ya sea con una molcula de disolvente o un monmero p. Estos contactos desfavorables se muestran como lneas discontinuas en la figura 8.30 (B) . un modelo ms refinado puede distinguir la energa de interaccin asociado con una H - disolvente y un contacto de HP . El problema plegamiento de protenas dentro de este modelo de juguete se puede formular de la siguiente manera : Dada una secuencia de HP , cul de los posibles estructuras minimiza la energa de interaccin hidrofbica ? Entonces el estado de menor energa se identifica como el estado natural de la protena. Para arrojar ms luz sobre esta cuestin , consideramos el ejemplo de dos secuencias modelo, HPHPHP y PHPPHP . Las energas para cada una de estas dos secuencias en cada una de las 3 posibles configuraciones compactas se dan en fig.8.30 ( B ) . Vemos que la primera secuencia tiene la misma energa independientemente de la estructura compacta de la 6 -mer asume . Esto implica que, independientemente de la temperatura de la probabilidad de encontrar el polmero en cualquiera de las tres conformaciones compactas es 1/3 . Tal secuencia no es semejante a la protena en el sentido de que no tiene una baja energa nica , estructura nativa . Por otro lado la secuencia PHPPHP tiene un estado nativo nico, la conformacin en forma de se muestra en la fig.8.30 ( B ) . La probabilidad de encontrar la cadena en la conformacin nativa es proporcional al factor de Boltzmann asociado con su energa , ( 8.83 )

donde el denominador es nada ms que la funcin de particin de los tres posibles conformaciones . La probabilidad de esta protena juguete adoptar el estado plegado como una funcin de la temperatura se muestra en la fig.8.31 . Tenga en cuenta el carcter sigmoidal de la parcela que es caracterstico de muchas protenas reales. Otra pregunta interesante que podemos plantear en el contexto de este modelo de juguete de plegado es : Qu son las secuencias de protenas como ? Tales preguntas son prcticamente imposibles de tratar en modelos ms realistas de protenas dada la astronmica -mente gran nmero de secuencias y conformaciones ( literalmente) . La esperanza es que al pedir este tipo de preguntas en celosa modelos simples uno puede descubrir patrones que tambin estn presentes en las protenas reales. En el contexto de nuestro modelo de juguete , podemos abordar esta cuestin de forma sistemtica ya que slo hay 64 secuencias que pasar. Para cada secuencia , tendramos que determinar su energa en cada uno de los tres posibles estructuras compactas , con el fin de identificar la secuencia de la protena como una estructura de menor energa nica. En vez de ir a travs allthe secuencias , una solucin simple se presenta si nos damos cuenta de que una condicin necesaria para una secuencia que tiene una estructura nativa nica es para que haya al menos un contacto HH , como la que existe entre los dos monmeros H en el estado nativo de la secuencia de PHPPHP en fig.8.30 ( b) . Entonces podemos construir para cada uno de los 3 posibles estructuras compactas todas las secuencias que tienen que estructura particular como su estado nativo nico. Una estrategia consiste en comenzar por la eleccin de dos residuos que estn en contacto en la conformacin elegido y no en cualquier otro , por ejemplo este es el caso para el residuo 2 y 5 e n la estructura . Hacemos tanto estos residuos de un H y luego se le asigna un H o un P para todos los otros de modo que no hay contactos se realizan en cualquiera de las otras conformaciones compactas . El resultado de la implementacin de este algoritmo se muestra en la fig.8.32 . Una caracterstica interesante de este modelo es que predice la estructura ser el ms designable . De las 64 secuencias , 9 tienen esta estructura particular ya que su estado de tierra nico. La estructura menos designable tiene slo tres secuencias que se pliegan en ella. Este pequeo clculo nos motiva a preguntarse si las ms complejas estructuras de las protenas presentes en la naturaleza son muy designable o no. El modelo HP de protenas sugiere una estrategia interesante para el diseo de protenas. La idea es usar la degeneracin del cdigo gentico para crear una biblioteca de secuencias de amino - cidos que son idnticos cuando se traducen al lenguaje de HP . Para cualquier secuencia particular, los aminocidos se eligen al azar de la piscina de los residuos H o P . Por ejemplo , un haz de cuatro hlices ha sido diseado por el siguiente patrn: HPPHHPPHPPHHPPH ... que asegura que hay un residuo hidrofbico cada tres o cuatro aminocidos en la secuencia ; vase la fig . 8.33 . Esto es consistente con la estructural de repeticin de 3,6 aminocidos por vuelta de una hlice alfa . Se ha demostrado experimentalmente que estas secuencias no slo plegarse correctamente en hlices sino que tambin tienen la actividad enzimtica . Principios de diseo idnticas se han utilizado para hacer - hojas que pueden agregar en estructuras similares a las fibras amiloides .

8.5 Resumen y Conclusiones

El modelo del paseo aleatorio es til en muchas clases de entornos cientficos. Una potente aplicacin de estas ideas es que la estructura y propiedades de los polmeros, incluyendo muchas de las "molculas gigantes" de la vida. En este captulo, hemos demostrado lo fcil ideas de la fsica de los paseos aleatorios se puede utilizar para explorar el tamao y la distribucin de ADN, las propiedades de fuerza de extensin de los polmeros y la aparicin de la elasticidad entrpica y como un modelo de juguete que captura algunos de las caractersticas de plegamiento de protenas.