UNIVERSIDAD NACIONAL AUTNOMA DE MXICO FACULTAD DE QUMICA QUMICA FARMACUTICO BIOLGICA Introduccin a la Genmica Grupo 03 Profesor: Dr. Ma.

Benita Leonor Fernndez Alumno: David Muoz Herrera No. de Cuenta: 27801254 Semestre 2014/2
ELEMENTOS TRANSPONIBLES Historia breve de la condicin de elementos transponibles: Del DNA basura a los principales actores de la evolucin. En la dcada de 1950 Brbara McClintock sugiri que algunos genes pueden moverse a lo largo de los cromosomas, con base a sus anlisis genticos en maz, denominados elementos transponibles (TE). Los TE ya no son vistos como piezas basura del DNA, puesto que como los principales componentes de los genomas han desarrollado un papel significativo en la evolucin. En los aos 70, los estudios en el campo de la gentica de poblaciones estaba dirigido a las mutaciones puntuales en regiones codificantes como el origen principal del cambio evolutivo. En los aos 50, McClintock demostr que algunos factores genticos en el maz controlan el color de los granos y que adems son capaces de cambiar su ubicacin dentro de los cromosomas, por tanto, controlan la expresin de algunos genes. La presencia de elementos de DNA mvil en bacterias aumento la posibilidad de que los TE podran influir en el polimorfismo gentico y la diversidad gentica, pero todo lo anterior era en su mayor parte ignorado. Algunos investigadores no crean en que porciones del DNA se pudieran mover o que contribuyeran a la diversidad gentica, debido a que siempre encontraban la misma insercin de TE en el modelo experimental en el que estaban interesados. En la dcada de los 70 se observ en Drosophila el fenmeno de disgenesia hbrida, en donde los cruces entre lneas especficas lleva a varios cambios entre ellos la esterilidad y el aumento de las tasas de mutacin y recombinacin. Aos despus estos efectos fueron asociados con TEs especficos. Los elementos descubiertos en maz y en Drosophila, que se mueven en el DNA intermedio, fueron nombrados inicialmente como transposones, el trmino se utiliz en gentica para todo tipo de elementos de transposicin. Actualmente se utiliza el trmino transposones de DNA y la expresin retrotransposones para aquellos formados de RNA. Se ha propuesto una nueva nomenclatura basada en el mecanismo de trasposicin, las similitudes dentro de la secuencia y las relaciones estructurales con el fin de incluir las nuevas clases de TE que han surgido. En la dcada de los 80 fueron descubiertos varios TEs como los genes mviles dispersos, desde entonces han surgido muchos otros nombres lo que hizo necesaria la aparicin de una nomenclatura sistemtica. Lo siguiente en la investigacin fue determinar el nmero de copias y localizacin de las inserciones, lo cual se llevo a cabo con marcadores radiactivos mediante hibridacin in situ en Drosophila. La tcnica llev a la estimacin del nmero de copias de varios TEs y la deteccin del polimorfismo de si insercin en diferentes cepas y las poblaciones, lo cual indica la movilidad de estos elementos. Los mecanismos de accin de la seleccin natural contra las inserciones de TE implica reordenaciones cromosmicas causadas por recombinacin desigual de copias de TE, en donde el sistema reproductivo, demografa y el tamao de la poblacin parecen jugar un papel importante. Fue difcil aceptar que el genoma humano est hecho de secuencia repetidas, esto fue aceptad slo cuando el genoma humano haba sido completamente secuenciado. La mayora de los genomas parece contener una mezcla de TE, algunos de los cuales an estn activos, mientras que otros se han degenerado y ya no se pueden reconocer como tales. Gracias a la deteccin de la presencia de antiguas copias de TE ahora se sabe que la proporcin del genoma tiene su origen en el aumento de TE. En la dcada de 1990 surgi un debate entre la relacin existente entre los retrovirus y los elementos retrotransponibles. Se pensaba que los TE surgieron de los retrovirus, pero no se intento explicar el origen de los retrovirus.

A pesar de que era ms fcil aceptar que los retrovirus y los retrotransposones tuvieron antepasados comunes, y que los retrovirus surgieron de las ET por la adicin de un gen, las ideas no fueron aceptadas con facilidad. Esto se debe a que las ET no tenan la condicin que los virus tenan hasta entonces y porque era difcil aceptar la idea de la presencia de miles de copias de DNA basura dentro de nuestro genoma. Pero el descubrimiento de que algunos Te eran capaces de producir partculas similares a los retrovirus y la similitud de sus secuencias, revel claramente el vnculo entre retrotrasposones y los retrovirus. Debido a que los retrovirus infecciosos se pueden transmitir entre los organismos, es muy probable que se transfiera de forma horizontal como TEs. Los retrovirus y SE TE convirtieron en herramientas importantes en ingeniera gentica, a que empezaron a ser utilizados como vectores para trasferir genes entre especies. La investigacin entre 1990 y el 2000 se enfoco en los mecanismos que regulan la actividad de los TE. Gracias a hallazgos recientes, ahora se considera que los TE han dado estructura, funcin y evolucin a los genomas y que las secuencias reguladoras que poseen pueden inferir en la regulacin de genes. Por lo tanto han desarrollado un papel importante en la evolucin. Lo anterior sugiere que se trata de elementos de control y que su existencia representa mutaciones espontneas presentes en algunas poblaciones naturales. Debido a sus caractersticas los TEs podran promover especiacin, pero por ser predominantemente perjudiciales se ha considerado que solo tienen el efecto de aumentar la carga gnica. Ahora se tiene evidencia que muestra el impacto de los TEs a lo largo de la evolucin, tal vez por reordenamiento cromosmico, pero que pueda haber facilitado o promovido la especiacin, est en debate. Se necesitan ms anlisis comparativos de los genomas de varios organismo para saber si los genomas realmente necesitan los TE. La metilacin de las citocinas del DNA, modificaciones en las histonas, interferencia del RNA y tolos los mecanismos interdependientes asociados con la conformacin de la cromatina pueden apagar o encender TE. Lo anterior sugiere que estos procesos deben jugar un papel no solo en la defensa del genoma contra la invasin de los TE y los retrovirus, sino tambin en las interacciones involucradas en la regulacin gentica durante el desarrollo. Adems las ET tienen un papel importante en la programacin de genes de resistencia a antibiticos en poblaciones de bacterias inactivando los efectos del medio ambiente, importantes en la interaccin entre el genotipo y el fenotipo.

UNIVERSIDAD NACIONAL AUTNOMA DE MXICO FACULTAD DE QUMICA QUMICA FARMACUTICO BIOLGICA Introduccin a la Genmica Grupo 03 Profesor: Dr. Ma. Benita Leonor Fernndez Alumno: David Muoz Herrera No. de Cuenta: 27801254 Semestre 2014/2

PSEUDOGENES
Los signos de la actividad entre los pseudogenes son otro recordatorio de que aunque el proyecto de secuenciacin del genoma humano fue terminado oficialmente, los cientficos todava estn empezando a desentraar sus complejidades. Los pseudogenes pueden ser anlogamente vestigios del antiguo cdigo asociado con rutinas ahora inexistentes, y tambin constituyen un registro fascinante contenido dentro del genoma de cmo ha crecido y se ha diversificado con el tiempo. Como productos de los procesos por los cuales los genomas se remodelan y actualizan, los pseudogenes estn proporcionando nuevos conocimientos sobre esas dinmicas, as como pistas sobre su papel en nuestro genoma. Los genes "falsos", parecen genes reales pero no tienen funcin aparente, fueron reconocidos por primera vez y llamaron pseudogenes durante la dcada de 1970. Los tramos entre los genes constituyen la gran mayora de nuestro ADN, y su funcin es todava desconocida. La mayora de pseudogenes se dispersan al azar. Se han identificado ms de 19,000 pseudogenes. Su gran prevalencia ha planteado muchas preguntas, incluyendo cmo llegaron a existir, porque hay tantos de ellos y por qu, si son realmente intiles, se han conservado en nuestro genoma durante tanto tiempo. La respuesta a la primera pregunta ya es bastante conocida. La mayora de los pseudogenes son copias de genes que trabajan deficientemente. Esto pudo haber sucedido, despus de haber sufrido un dao letal durante el proceso de copia, o pueden haber acumulado mutaciones que con el tiempo que en conjunto los haca incapaces de funcionar. Los pseudogenes pueden nacer de dos maneras. Justo antes de la divisin, una clula duplica la totalidad de su genoma, durante ese proceso, una copia adicional de un gen puede ser insertada en los cromosomas en una nueva ubicacin. Alternativamente, una nueva versin de un gen tambin puede ser creado a travs de la transcripcin inversa. Durante la expresin de genes, el ARNm se copia de nuevo en una secuencia de ADN que se inserta en el genoma. Conocido como retrotransposicin, este fenmeno puede ocurrir debido a la actividad de otro tipo de actor genticos transponibles, conocido como LINE, que se comporta como un virus genmico. Los LINEs llevan su propia maquinaria para la realizacin de copias de ADN y para insertarse en el genoma. Estos dos procesos, la duplicacin y retrotransposicin, son las principales fuerzas que remodelan los genomas a lo largo del tiempo, generando nueva variacin en los organismos. Son los medios por los cuales los genomas crecen y se diversifican, debido a que muchos genes replicados permanecen activos. Pero si la copia gen contiene errores tipogrficos discapacitantes o faltan piezas del original, tales como el promotor, se convertir en un pseudogen. Los derivados de la duplicacin de un gen completo son reconocibles porque contienen ambos intrones y exones. Los pseudogenes hechos a partir de ARNm carecen de intrones y se describen como pseudogenes procesados . Aunque la distribucin global de la mayora de los pseudogenes a travs de los cromosomas humanos es al azar, ciertos tipos de genes son ms propensos a dar lugar a pseudogenes. Los genetistas organizan genes funcionales en familias basadas en su similitud entre s tanto en secuencia y el propsito. Slo alrededor de una cuarta parte de estos grupos familiares se asocian a un pseudogen. Los principios de la seleccin natural parecen extenderse a los genes individuales, lo que limita fuertemente las mutaciones en las secuencias de genes funcionales. Mutaciones beneficiosas en un gen que mejorar la condicin fsica del organismo, tienden a ser preservadas. Mientras que un cambio en la secuencia que alter la funcin de un gen conduce a a que sea desechado. Los pseudogenes son liberados de esta presin de seleccin y son libres de acumular todos los tipos de mutaciones, incluyendo cambios que seran perjudiciales para los genes normales. Los cientficos pueden utilizar esta tendencia para crear una especie de reloj molecular de los cambios de nucletidos en pseudogenes y lo utilizan para estudiar la dinmica global y la evolucin del genoma. El seguimiento de la trayectoria evolutiva de los genes y pseudogenes ayuda a los bilogos moleculares a descubrir los casos de nacimiento de genes y muerte as como el estudio de los fsiles minerales dice paleontlogos acerca de la creacin y la extincin de especies. El nmero de pseudogenes en diferentes genomas vara mucho, y no es fcilmente predecible, porque no es proporcional al tamao de un genoma ni al nmero total de genes .

Las diferencias en los pseudogenes de animales ofrecen pistas acerca de sus diversas historias de vida que no son detectados tan fcilmente en las comparaciones de genes que trabajan, los cuales estn fuertemente limitados por su funcin. Sin embargo, a pesar de esta similitud en los genes funcionales y la estructura global del genoma, slo una pequea fraccin de los pseudogenes humanos conocidos tiene una contraparte obvia en otras especies animales. Los primeros esfuerzos para catalogar a los pseudogenes fueron impulsados en gran medida por la necesidad de distinguirlos de los genes verdaderos al anotar secuencias del genoma. La identificacin de pseudogenes no es tan sencilla como reconocer genes, sin embargo. Sobre la base de los elementos caractersticos, algoritmos informticos pueden escanear e identificar genes con un xito moderado. El reconocimiento de pseudogenes, se basa principalmente en su similitud con los genes y su falta de funcin. Las computadoras pueden detectar similitud alineando exhaustivamente trozos de ADN intergnicas contra todos los posibles genes de los padres. El establecimiento de la incapacidad de una sospecha de pseudogen a la funcin es ms difcil. Se pueden buscar signos prematuros " stop" , as como inserciones o deleciones de nucletidos que desplazan el marco de lectura de la maquinaria celular que decodifica la informacin del gen para hacer una protena . Las mutaciones de nucletidos individuales se pueden dividir en dos tipos: aquellos que preservaran la secuencia de aminocidos de la protena codificada por un gen y cambios alteraran el significado de la secuencia. Debido a que el cambio de secuencia de una protena de aminocidos puede abolir su funcin, un gen bajo presin selectiva ser ms probable que contenga mutaciones del primer tipo. Pocos pseudogenes parecen estar mejor conservados de lo que cabra esperar si sus secuencias se derivan de un ancestro neutral. Por tanto, estos pseudogenes pueden estar bajo restriccin evolutiva, lo que implica que puede ser que tengan alguna funcin despus de todo. Una forma de tratar de determinar si estn funcionando estos pseudogenes es ver si se transcriben en ARN. Se han descubierto que una fraccin significativa de las regiones intergnicas del genoma humano se transcribe activamente, varias de esas zonas intergnicas transcripcionalmente activas se superponen con pseudogenes, lo que sugiere que algunos pseudogenes son activos. Al menos una dcima parte de los pseudogenes en el genoma humano son transcripcionalmente activos. Muchos pseudogenes son transcritos pero no se conoce su funcin, desafa la visin clsica de los pseudogenes como muertos. Existe la posibilidad de que los pseudogenes juegan una parte en curso en la regulacin de la actividad de genes funcionales. Los bilogos moleculares han llegado a entender en los ltimos aos que muchos genes en los organismos superiores no codifican para una protena como producto, sino que sus transcripciones de ARN actan para controlar otros genes. Estas molculas de ARN reguladoras pueden activar o reprimir diversamente otro gen o pueden interferir con la traduccin del transcrito de ARNm de ese gen en una protena funcional. A gran escala la identificacin de pseudogenes es un proceso de extraccin de datos muy dinmica. Las tcnicas actuales se basan en gran medida en la comparacin de secuencias de genes bien identificados, y aunque pueden fcilmente identificar pseudogenes recientemente generados, las secuencias muy antiguas son probablemente escapando de deteccin. Como la secuencia y anotacin del propio genoma humano son se refina y actualiza, la caracterizacin de pseudogenes mejorar tambin. No todos los pseudogenes estn totalmente muertos y existe evidencia de la posibilidad de la resurreccin. La comparacin cuidadosa de secuencias han demostrado que un gen de la vaca para una enzima ribonucleasa, era un pseudogen durante gran parte de su historia pero parece que se ha reactivado durante el tiempo evolutivo reciente. Tal vez, es demasiado pronto para adivinar el alcance o significado de esta fuente de variacin gentica entre los humanos. Sin embargo, algunos pseudogenes de protenas de la superficie celular se reactivan cuando el organismos unicelulares son puestos en un nuevo ambiente estresante. Por lo tanto, pseudogenes pueden ser considerados no slo como genes muertos, sino tambin como genes que no se han activado lo cual es un recurso escondido en la gentica.