Estructura secundaria del DNA

Estructura secundaria del DNA.

1. El modelo de Watson y Crick El DNA B es el ms habitual in vivo y el que se considera biolgicamente activo. Tiene una estructura de doble hlice dextrgira de 2nm de dimetro, con una longitud de vuelta de 3.4 nm. Cada uno de los filamentos es un polinucletido y estn dispuestos en forma antiparalela. Los filamentos de la hlice estn constituidos por los ejes ribosa-fosfato de los dos polinucletidos, estando situados hacia el exterior, y con las cargas electronegativas del fosfato en contacto con el solvente. El enlace beta-glicosdico est en conformacin anti- y la desoxirribosa en forma furansica; en esta forma se ha podido comprobar que de los cinco tomos que constituyen el anillo, cuatro son coplanares y uno se sale del plano; en el DNA el tomo que sobresale es el 2 (posicin llamada endo-2). Los sustituyentes del fosfato se dirigen aproximadamente segn los vrtices de un tetraedro. Las bases estn en planos aproximadamente perpendiculares al eje mayor de la hlice, y situadas hacia el interior. La distancia entre planos contiguos de bases es de 0.34 nm, de manera que en cada vuelta de la doble hlice hay 10 pares de bases. Cada base es aproximadamente coplanar con la que est en el filamento opuesto, y estn interaccionando entre s a travs de enlaces de hidrgeno. Esta interaccin slo puede darse si adenina interacciona con timina y guanina con citosina, o viceversa. La estructura de la hlice est mantenida por los enlaces de hidrgeno entre las bases complementarias y una interaccin de naturaleza hidrofbica que se da entre planos contiguos de bases, llamada interaccin de apilamiento. La carga electronegativa debida a los grupos fosfato, interacciona con iones magnesio, con agua, o con protenas bsicas (histonas). La rotacin respecto al enlace glucosdico, es la que marca la posicin del azcar respecto a la base nitrogenada. Se han asignado dos rangos para este ngulo syn anti.

1.2 Conformaciones syn y anti El enlace -N-glucosdico es capaz de rotar sobre s mismo (figura 1), de manera que la orientacin de la base puede variar respecto a la pentosa. Los nucletidos que se dibujan con la base sobre la pentosa equivalen a la conformacin syn ( entre 0 y 72) mientras que cuando se dibuja la base hacia fuera/derecha del azcar, se trata de la conformacin anti ( en torno a 210). Los nucletidos de purina pueden adoptar cualquiera de las dos conformaciones cuando estn libres en solucin, aunque la preferida es la syn, ya que en la anti, el H del C8 se encuentra sobre el anillo y existe cierto impedimento estrico. En el caso de la guanina, el NH 2 del C2 establece un puente de hidrgeno con el 5'-fosfato, lo que estabiliza la conformacin syn . Los nucletidos de pirimidina prefieren la forma anti ya que el anillo de la pentosa interfiere con el grupo ceto que hay en la posicin 2. Cuando forman parte de oligonucletidos, las restricciones cambian. Curiosamente, las purinas pueden ser incluso estables en la forma C2-endo-syn ya que el NH3+ de la base interacciona electrostticamente con los O del fosfato.

Figura 1. Conformaciones syn y anti de dos nuclesidos.

Las interacciones ptimas se forman entre G y C (tres enlaces de hidrgeno) y entre A y T, o bien A y U (dos enlaces de hidrgeno). El par GC establece as una interaccin ms fuerte que el par AT (en el DNA) o el par AU (en el RNA). Siempre se forma un enlace de hidrgeno entre los dos tomos de N nucleares, mientras que los restantes se forman entre un grupo amino exocclico y un grupo carbonilo (figura 2).

Adenina y Timina o Uracilo pueden formar dos enlaces por puentes de hidrgeno: O del grupo C =O en C-4 de T con H del grupo NH 2 en C-6 de A H en N-3 de T con N-1 de A

Formula 2

4 3

T/U

1 6 9

Formula 3

Guanina y Citosina pueden formar tres enlaces por puentes de hidrgeno: H del grupo NH2 en C-4 de C con O del grupo C=O en C-6 de G H en N-3 de C con H de N-1 de G O del grupo C=O en C-2 de C con H del grupo amino en C-2 de G

Formula 2

3 2

16 2

Formula 3
9

G
1

Figura 2. Interacciones entre las bases y las posiciones de los enlaces en cada apareamiento.

Se pueden formar otros apareamientos entre bases, denominados de Hoogsteen, que aparecen con menos frecuencia y no forman parte del B-DNA, pero se pueden encontrar en la triple hlice de DNA o RNA y en las interacciones codn anticodon.

1.3 Geometra de los pares de bases La formacin de enlaces de hidrgeno requiere que los tres tomos implicados (dos electronegativos y un hidrgeno) se siten sobre una lnea recta. Esta condicin slo se puede cumplir cuando los dos enlaces N-glicosdicos de los nuclesidos complementarios forman un ngulo, inferior a 90o, con la lnea imaginaria que une los C1 (figura 3)de ambas pentosas. Esta geometra del par de bases determina la posicin espacial relativa de las dos hebras en el DNA (helicidad) y es la causa a nivel molecular de la presencia de surcos, menor y mayor en su estructura tridimensional.

0,29 nm H N

0,28 nm

+
H

+
O N N

H 3C

+
H

+
H N

C
N O

T G
N N N N O

52o
C1

H 0,30 nm

A
N

H 0,30 nm

0,30 nm

54o
C1 C1

50o
1,11 nm

51o
C1

1,08 nm

Figura 3. Representacin bidimensional de los pares de bases.

Todos los pares de base presentan una simetra similar, definida por: Longitud de los enlaces de hidrgeno Separacin entre las pentosas de ambos nucletidos ngulo entre enlace glucosdico y la lnea C-1 C-1 Una vez establecido los enlaces de hidrgeno mltiples, las diferencias entre los tomos que lo forman son prcticamente iguales para todos los casos. Igualmente, al aparearse siempre una purina con una pirimidina, la separacin entre las pentosas de ambas hebras tambin se mantiene constante. Slo de esta forma (distancia constante entre las hebras, independientemente de su secuencia) es posible la asociacin continua de las dos cadenas para formar una molcula de DNA doble.

1.4 Estructura del ADN El apareamiento completo entre las dos hebras del DNA exige que sus secuencias sean complementarias. Estructuralmente esto slo se puede conseguir s ambas hebras se disponen en sentidos opuestos: si una avanza de 5 3, la otra debe hacerlo de 3 5. Se dice que las hebras tienen polaridad opuesta, o que son antiparalelas. El concepto de antiparalelas va, estrechamente ligado al de complementariedad.

Como se puede observar en la figura 4, las secuencias de las dos hebras son siempre distintas, tanto ledas en el mismo sentido como ledas en sentido contrario: 5AGTACG3 5CGTACT3 Las bases slo son complementarias s se leen en distintos sentido: una en sentido 5 3 5 (en contra del convenio establecido para dar la secuencia de una cadena). 3 y la otra en sentido

Azcar fosfato

Pares de bases

Azcar fosfato

Puentes de hidrgeno

Pares de bases

Nucletido

Figura 4. Las cuatro bases nitrogenadas del ADN se disponen a lo largo del esqueleto de azcar-fosfato en un determinado orden: la secuencia de ADN, codificando todas las instrucciones genticas para el organismo. Ambas cadenas de ADN se mantienen unidas por enlaces dbiles entre bases.

1.5 Diferencia en las secuencias de ambas hebras Las dos hebras del DNA, complementarias y antiparalelas, poseen secuencias totalmente diferentes, como se puede ver en la figura 5; son hebras no idnticas. Este hecho aparentemente simple pero, que a menudo pasa inadvertido, es de gran importancia en el proceso de transcripcin, la molcula de RNA que se sintetiza es completamente diferente segn cul de las dos molculas del DNA se transcriba. Muchas veces se utiliza el trmino hebra equilibrada para referirse a aquellas regiones del DNA en las que una de las hebras contiene igual proporcin de purinas y pirimidinas. Como consecuencia, la hebra complementaria es tambin equilibrada, figura 5: La existencia de hebras equilibradas o no se refiere a regiones localizadas de una molcula de DNA. Por ejemplo en el DNA mitocondrial humano que posee 16,5 kb, sus dos hebras son desequilibradas, una hebra es ms rica en purinas que la otra (56 y 44%, respectivamente). A la primera se le llama hebra pesada (o H del ingls heavy, recurdese el mayor tamao del anillo purnico) y la otra hebra ligera (o L de ligth).

Purinas hebra 1 hebra 2 Pirimidinas hebra equilib rada % (A+G)hebra 1 = (T+C)hebra 1 = 50% % (A+G)hebra 2 = (T+C) hebra 2 = 50% Como consecuencia % (A+G)hebra 2 =%(A+G)hebra 2 % (T+C)hebra 1 =%( T+C)hebra 2 hebra no equilibrada % (A+G)hebra 1 >%(T+C)hebra 1 % (A+G)hebr a 2 <%(T+C)hebra 2 Como consecuencia % (A+G)hebra 1 >%(A+G)hebra 2 % (T+C)hebra1 <%(T+C)hebra 2

-G-A-T-G-C-T-T-G-C-T-A-C-G-A-A-C-

-C-A-A-G-G-A-T-G-G-T-T-C-C-T-A- C-

Figura 5 Dos secuencias equilibradas y dos no equilibradas en relacin a la composicin de sus bases.

1.6 Antiparalelismo de las hebras del DNA El ADN est formado por dos cadenas muy largas de polinucletidos unidas entre s por puentes de hidrgeno especficos entre las bases de las dos cadenas. La base de una cadena que se une por los puentes de hidrgeno con la base de la otra cadena se dice que forman un par de bases. A se parea con T y G con C. Las dos cadenas se encuentran arregladas en una estructura helicoidal (figura 6) alrededor de un eje comn por lo que recibe el nombre de doble hlice. Las bases se encuentran acomodadas hacia el eje de la doble hlice, mientras que el azcar y los fosfatos se encuentran orientados hacia el exterior de la molcula.

5 3
Surco mayor 2,2 nm (22 _ ) Rotacin de cada par de bases respecto al anterior: 34,6o (34,6 x 10,4 = 360 )

Surco menor 1,2 nm (12 _ )

0,354 nm (35,4 _ ) Por cada vuelta completa con 10,4 pares de bases por vuelta (0,34 x 10,4 = 3,54)

0,34 nm (3,4 _ ) Entre pares de bases Inclinacin de lo pares de bases: 88,8, casi perpendicular al eje de la hlice

Figura 6. Estructura helicoidal del DNA-B.

1.6 Superficie de la molcula: surcos en el DNA Los puentes de hidrgeno, son unas interacciones principalmente electrostticas, que se efectan entre un grupo electronegativo, poseedor de pares libres (aceptor) y otro que tiene unido un hidrgeno (dador). El sistema de tres tomos X-H'e1'e1'e1Y suele ser lineal, con una desviacin no superior a los 20, la distancia entre heterotomos est establecida entre 2.6 y 3.5 '81. La geometra de los pares de bases y el apareamiento de las hebras, necesarios para la formacin de los puentes de hidrgeno, hacen que los C1'abde los azcares de los dos nucletidos complementarios no se dispongan simtricamente con respecto a las bases y, por ello que los esqueletos desoxirribosa-fosfato de las dos cadenas no se sitan en puntos diametralmente opuestos de la doble hlice. Como consecuencia, a todo lo largo de estructura en doble hlice se forman dos surcos, uno mayor y otro menos, que van girando de forma helicoidal, al igual que los dos esqueletos. Los surcos, especialmente el mayor, dejan espacio suficiente para que las molculas externas puedan contactar con las bases, este es el fundamento de la interaccin del DNA con numerosas protenas capaces de reconocer secuencias de bases con funciones tan importantes como la regulacin de la expresin gnicas. En cierto modo es como si las protenas leyeran la secuencia a travs de los grupos funcionales de las bases que asoman dentro del surco mayor del DNA, figura 7.

Genera el surco m ayor

Genera el surco mayor

H N H

N H N

H3 C

H H

N N

C
N
O

N
O

G
N

N
N O

N O

A
N

H N H
Genera el surco m enor

Genera el surco menor

Figura 7 Pares de bases encontrados en las dobles hlices de ADN y de ARN. Se muestra el surco menor y el surco mayor de la hlice.

Las caractersticas del apareamiento son: (i) preferencia por la coplanaridad de las dos bases, (ii) la formacin de 3 puentes de hidrgeno para el apareamiento CG y la formacin de 2 puentes de hidrgeno para el apareamiento T(U)A, (iii) la distancia del par de bases GC y AT es prcticamente la misma y el ngulo de inclinacin de los 2 pares de bases muy similar (geometra isomorfa). Esto permite la formacin de una doble hlice regular.

1.8 Alternativas al modelo de doble hlice El anlisis de difraccin de rayos X a resolucin atmica revel la existencia de dos nuevas formas estructurales o conformaciones, diferentes a la B-DNA tradicional (A-DNA y Z-DNA), en la que se mantienen las caractersticas bsicas de ste (complementariedades, antiparalelismo, helicidad, etc.), pero presentan algunas diferencias (figura 8).

1.9 A-DNA y su comparacin con el B-DNA El A-ADN es interesante por presentar una estructura parecida a la de los hbridos ADN-ARN y a las regiones de auto apareamiento ARN-ARN. Este DNA posee a una hlice ms ancha que la del B-DNA, al contar con ms residuos por vuelta de hlice (11 pares de bases por giro completo). Otra caracterstica diferencial comparada con el B-DNA son los surcos, en el A-DNA, el surco ancho es mucho ms profundo que el surco menor, y ms estrecho. En el DNA-B el surco mayor es ms ancho y un poco ms profundo que el surco estrecho, los pares de bases son perpendiculares al eje de la hlice, la hlice es ms estilizada y compacta en su interior. Por el contrario, el A-ADN aparece mucho menos estilizado (conformacin ms rgida), siendo visible un hueco existente en el interior de la hlice y presenta una mayor inclinacin de los pares de bases con respecto al eje de la hlice.

1.10 El Z-DNA, comparacin con las formas B-DNA A-DNA El anlisis de tractos de DNA ricos en G + C demostr que el modelo de Watson y Crick no es el nico presente en DNAs de fuentes naturales Estos DNA ricos en G + C pueden presentar la estructura llamada Z-DNA, descubierta por primera vez en un dplex formado por copolimeros GCGCGCGC con caractersticas distintas a las formas DNAs (A y B); como por ejemplo su giro izquierdo o levgiro, 12 pares de bases por giro completo y 18 de dimetro. Debido a la conformacin alternante de los residuos azcar-fosfato sigue un curso en zig-zag. Esta estructura requiere una concentracin de cationes superior a la del ADN-B, y teniendo en cuenta que las protenas que interaccionan con el DNA tienen gran cantidad de residuos bsicos sera posible que algunas convirtieran segmentos de ADN-B en ADN-Z; las posiciones N7 y C8 de la Guanina son ms accesibles. Aunque in vivo predomina el DNA-B, se ha podido observar la parecencia de algunas regiones Z en el genoma de clulas eucariotas.
ADN-A ADN-B ADN-Z

los surcos son ms parecidos en anchura:

Ms corta

surco mayor estrecho y profundo surco menor ancho y superficial

Ms larga
el surco mayor no existe, es muy poco profundo

19

bases algo inclinadas: 9

surco menor, profundo y estrecho

dextrg ira

levgira

Figura 8. Modelos espaciales de las estructuras de los DNAs A, B y Z.

1.11 Estructuras secundarias poco habituales del DNA. Curvaturas en la doble hlice A pesar de la regularidad del modelo de Watson y Crick, existen pequeas diferencias en las estructuras de los DNAs dependiendo de los nuclesidos integrantes. Por ejemplo, en determinadas secuencias los pares de bases no son exactamente coplanares, lo que puede ocasionar una desviacin del eje de la doble hlice. En otros casos, frecuentes, la curvatura no se origina por una secuencia particular de nucletidos, sino que es forzada por la unin de una protena a la cadena de DNA. Se han encontrado otras variaciones estructurales dependientes de la secuencia. Ejemplos: cuatro o ms adeninas consecutivas en una de las hebras produce curvatura de la hlice. Seis adeninas consecutivas producen una curvatura de aproximadamente 18. En molculas de DNA de cadena sencilla la presencia de secuencias auto complementarias permite que la cadena se pliegue sobre s misma y forme una hlice antiparalela de bases apareadas (figura 9).

Horquilla con bucle (a)

Figura 9. Secuencia complementaria.

En ocasiones pueden formarse horquillas dobles formando una estructura cruciforme, para lo cual es necesario la presencia de una secuencia palindrmica, (figura 10). Las secuencias palindrmicas palndromos son regiones en el DNA cuya secuencia es la misma en ambas cadenas. EI palndromo tambin es una figura gramatical que se lee igual en los dos sentidos, por ejemplo: DABALE ARROZ A LA ZORRA EL ABAD, RADAR. En los palndromos hay un centro de simetra (a la vez eje y plano de simetra), que es la letra central o la posicin entre las dos letras. Sin embargo la extensin de este trmino al campo de la biologa no es directa: se dice que una regin de DNA es palindrmica cundo la secuencia de una hebra, leda de izquierda a derecha, es igual que la otra hebra leda de derecha a izquierda. Por tanto, los palndromos se observan en las dos cadenas conjuntamente, y no en una sola. Por ejemplo, la secuencia TTAGCAC.CACGATT sera un palndromo gramatical, pero no es una secuencia palindrmica .

Palndromo

Repeticiones especulares
Cruciforme con bucles

Figura 10 Formacin de doble horquilla a partir de secuencias palindromicas. Vase la diferencia entre la secuencia palindrmica y la repeticin en espejo o palndromo gramatical. Teniendo en cuenta que, segn el convenio de escritura de los DNAs, ambas hebras se deben leer de en direccin 5 3, para que la secuencia sea palindrmica las dos hebras deben tener la misma secuencia. Las repeticiones especulares se producen cuando la secuencia se repite, de forma invertida, dentro de la misma hebra. Esto no es un palndromo, porque no hay centro de simetra rotacional, sino plano de simetra especular. Muchas veces se utiliza como sinnimo de palndromo el trmino de repeticiones invertidas, puesto que si se leen en sentidos opuestos, las dos mitades tienen la misma secuencia a ambos lados del eje de simetra, puntalo no. Vase la figura 10 (palndromo).

5T T A G C A C . G T G C T A A 3 3A A T C G T G . C A C G A T T 5 Eje de simetra rotacional Un giro de de 180o en la secuencia alrededor del centro del palndromo reproduce la situacin inicial. Existen tambin los llamados palndromos interrumpidos, en los cuales una pequea secuencia separa las dos mitades del palndromo y acta, como centro de simetra no puntual. 5T T A G C C A G T G C T A A 3 3A A T C G G T C A C G A T T5 En el ADN existen otras repeticiones llamadas repeticiones directas, que no deben confundirse con un palndromo. Estas secuencias son repeticiones que se leen en el siempre en el mismo sentido de la unidad de repeticin y no pueden serse en el sentido opuesto, ni hay centro de simetra. Estas repeticiones aparecen son frecuentes en el genoma, tanto en posiciones contiguas como adyacentes (repeticiones en tndem). Ejemplo. 5TTAGCAC.TTAGCAC3 3AATCGTG.AATCGTG5

1.12 Interaccin del ADN con otras molculas Son numerosos los procesos biolgicos en los que la funcin del DNA depende de su interaccin especfica con protenas; como es el control de la expresin gnica, ejercido por protenas llamadas genricamente factores de transcripcin. El estudio de estas protenas tiene un marcado inters dentro de las variantes estructurales del DNA, por su capacidad para interaccionar con secuencias concretas del DNA. El reconocimiento es posible debido a las variaciones en la estructura tridimensional del DNA, y la interaccin directa de las protenas con las bases, sin necesidad de separacin de las hebras de la doble hlice. La unin de las protenas con DNA se produce a travs de interacciones inicas, enlaces de hidrgeno y hidrofbicos, a pesar de ser enlaces individualmente dbiles, al unirse a las protenas dan interacciones especficas muy fuertes. La unin del DNA con las protenas tiene patrones estructurales caractersticos llamados motivos. Hay diversas clases de motivos. Por ejemplo: hlice-giro-hlice (HTH, del ingls hlix-turn-helix), los dedos de zinc y las camelleras bsicas de leucina (bZIP, del ingls basic leucine zipper) El domino HTH que tambin se encuentra en procariotas, se caracteriza por su conformacin geomtrica, en vez de por una secuencia aminoacdica caracterstica (figura 11). Este motivo tiene dos hlices adyacentes separadas por un giro de varios aminocidos, lo que permite que la protena se una al DNA (y de ah proviene el nombre de motivo). A diferencia de otros motivos el patrn HTH no puede funcionar solo, siempre forma parte de de un dominio de unin al DNA mayor. Los residuos de aminocidos que estn por fuera del motivo HTH son importantes para la regulacin del reconocimiento y de la unin al DNA.

2 COOH 1 3 NH 2 3 1 2

Figura 11 Hlice-giro-hlice en el que (a) establece los tres planos diferentes de las hlice a la protena, y (b) dominios unidos a la molcula de DNA. El motivo dedo de zinc se descubri originalmente en el factor de transcripcin TFIIA de la rana Xenopus laevis. Recientemente este motivo estructural se ha identificado en protoncogenes en genes que regulan el desarrollo de la Drosophila, en protenas cuya sntesis se induce mediante factores de crecimiento y seales de diferenciacin, y de factores de transcripcin. Las protenas con dedo de zinc representan una de las familias ms importantes de factores de transcripcin eucariticos, y estn implicadas en muchos aspectos de la regulacin gnica. Hay varios tipos de protenas con dedo de zinc, cada una de ellas con un patrn caracterstico. Una protena tpica con dedos de zinc contiene grupos de residuos de cistena y de residuos de histidina a intervalos repetidos (figura 12). Los residuos de cistena y de histidina unen tomos de zinc covalentemente, plagando los aminocidos en lazos conocidos como dedos de zinc. Cada dedo est formado por 23 aminocidos

aproximadamente, con un lazo de 12 a 14 aminocidos entre residuos cys e his, y se unen a ellas, Las investigaciones han demostrado que los dedos de zinc se unen al surco mayor del DNA y envuelven, al menos en parte, el DNA. Dentro del surco mayor, los dedos de zinc hacen contacto con un grupo de bases del DNA, y muchos forman puentes de hidrgeno con las bases, especialmente en cadenas ricas en G.

b COOH

HOOC

His 23 Zn His 19 Cys 6

Cys 3

NH2

Figura 12 (a) Dedo de zinc en que los residuos de de cistena y histidina se unen a un tomo de Zn++. (b) Esto hace que la cadena aminoacdica se doble en una configuracin parecida a un dedo. Un tercer tipo de dominio de unin al DNA es el de la cremallera bsica de de leucina (bZIP). Este dominio de unin al DNA se encuentra adyacente a una cremallera de leuceina, una regin que permite la dimerizacin protena-protena. La cremallera de leucena tiene cuatro residuos de leuceina separados por siete aminocidos, y est flanqueado por aminocidos bsicos. Esta regin forma una hlice con los residuos de leuceina sobresaliendo en cada vuelta. Cuando dimerizan dos de estas molculas, los residuos de leuceina se cierran como una cremallera (figura 13). El dmero contiene dos regiones de hlice adyacentes a la cremallera que se unen a los residuos fosfatos y a bases especficas del DNA, haciendo que el dmero se parezca a una tijera. Los factores de transcripcin tambin contienen dominios que interaccionan con las protenas del complejo de transcripcin basal y que controlan la tasa de iniciacin de la transcripcin. Estos dominios se activacin en trans, que son diferentes a los dominios de unin al DNA, pueden ocupar de 30 a 100 aminocidos.
a HOOC COOH b

L L L L

L L LL

NH2

NH2

Figura 13 (a) La cremallera de Lucina es el resultado de la presencia de dimeros deleuceina encarados en dos cadenas polipectidicas en cada vuelta de la hlice. (b) Cuando las regiones de hlice a forman una cremallera de leuceina, las regiones que hay ms all de la cremallera forman una regin en forma de Y que sujeta el DNA mediante una configuracin semejante a unas tijeras.

La mayora de las protenas, especialmente aquellas que reconocen el DNA de manera especfica interaccionan por el surco mayor, aunque en muchos casos una pequea parte de la protena tambin establece contactos por el surco estrecho.

1.13 Triples hlices y H-DNA Se trata de una estructura poco habitual formada por tres hebras: una triple hlice, tambin llamada triplex. Se descubri por primera vez en un RNA, aunque es en el DNA donde se encuentra con ms frecuencia. Se forman en regiones ricas en pirimidinas, (secuencias (CT) n) en una hebra y ricas en purinas (secuencias (AG)n) en la hebra complementaria. En condiciones normales, dichas secuencias se encuentran totalmente apareadas sin alteracin alguna en la doble hlice. Sin embargo, puede ocurrir que parte de la doble hlice se abra y la hebra rica en C y T se repliegue y se aparee con otras hebras (AG), mediante una nueva clase de enlace de hidrgeno (conocida como enlace Hoogsteen), en una zona donde sta an forma doble hlice. Aparece as una triple hlice (CT)n / (AG)n /(CT)n en dicho segmento del DNA. La otra hebra sencilla (rica en A y G) desapareada, forma una especie de bucle, figuras 14. Este tipo de estructura ha despertado gran inters por su aplicacin en terapia de inhibicin de la expresin gnica, mediante la unin de un oligonucletido sinttico a la doble cadena del DNA en la regin promotora de un gen, formando una triple hlice que impide la expresin del gen. Una triple hlice se forma cuando una cadena polinucletida se coloca en el surco mayor de una doble hlice de DNA y sus bases interaccionan por puentes de hidrgeno Hoogsteen con las purinas del apareamiento del B-DNA(1).

ebra 1 rica en CT ebra 2 rica en GA

Hebra desapareada

(1) sta puede formarse a partir de una nica cadena polimrica (trplex intramolecular) o a partir de diferentes

cadenas polinucletidas (trplex intermolecular). El esqueleto de las cadenas puede provenir de ARN o ADN, de la combinacin de stos o de una gran variedad de esqueletos no naturales (p.e. PNA).

Figura 14. Las hebras ,1, y 2 forman una doble hlice, una de las hebras gira volviendo hacia atrs y se aparea con las dos hebras anteriores. La hebra queda desapareada hasta que rene de nuevo con la hebra 1 para formar un segundo tramo. Figura 15. El Modelo de triple hlice del cido desoxirribonucleico (DNA). La estructura de triple hlice est constituida por 2 cadenas de un dplex (rojo), pero con una cadena extra que se dispone a lo largo del surco mayor de la doble hlice (verde). La tercera cadena se une a una de las cadenas del dplex por medio de puentes de hidrgeno de tipo Hoogsteen.

La incorporacin de la tercera cadena, en el surco mayor de la doble hlice hace que ste se reduzca mientras que el surco menor se mantiene con slo pequeas alteraciones (figura 15). El hecho de que la tercera cadena se una al mismo sitio de unin de la mayora de protenas que controlan la expresin del DNA hace que se trabaje en el uso de oligonucletidos que puedan formar triples hlices como posibles frmacos capaces de inhibir la transcripcin de genes nocivos (ej. Oncogenes, genes defectuosos, genes bacterianos,...). Esta terapia se conoce como antgeno, y parece que tiene un notable potencial, ya que el DNA humano tiene una gran sobreexpresin de regiones capaces de formar triple hlice. Dicha sobreexpresin es especialmente notable en las regiones reguladoras de la expresin del DNA, sobre todo en los pequeos fragmentos cercanos a los lugares de interaccin de los factores de transcripcin.

Este tema forma parte del Manual de Gentica Molecular, para uso docente. Figura 1: http://av.bmbq.uma.es/bma/ Gonzalo Claros Figura 4: http://www.accessexcellence.org/RC/VL/GG/dna2.php Figura 4: fundacionannavazquez.files.wordpress.com/2007... modificada) Figura 9: http://fbio.uh.cu/genmol2/temas/estructuradna.htm Figura 10: http://fbio.uh.cu/genmol2/temas/estructuradna.htm Figura 11: Conceptos de gentica W.S. Klug, M.R Cummings y Ch.A Spencer. Pg. 483 Figura 12: Conceptos de gentica W.S. Klug, M.R Cummings y Ch.A Spencer. Pg. 483 Figura 13: Conceptos de gentica W.S. Klug, M.R Cummings y Ch.A Spencer. Pg. 484