IRM et Database des images IRM crbrales

ALJI Mohamed
LaRIT - facult des sciences - Universit Ibn Tofail

2 janvier 2014

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Plan

1 Imagerie par rsonance magntique - IRM

Histoire de lIRM Dnition Les images IRM Principe

2 Bases de donnes de limagerie mdicale

Images synthtiques Images relles

3 Questions :

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3 Questions :

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Histoire
IRM a t dcouverte par deux physiciens en 1947 :
Felix Bloch Edward Mills Purcell

Les premieres images cliniques ont t obtenues en 1977.

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3 Questions :

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Dnition de lIRM

Limagerie par rsonance magntique (IRM) est une technique dimagerie mdicale utilise en radiologie pour tudier lanatomie et les fonctions du corps, permettant dobtenir des vues 2D (et par reconstruction dobtenir des vues 3D) du tissu mou telque le cerveau avec une rsolution en contraste leve.

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Les appareils de mesure IRM

(a) Achieva 3T Philips

(b) Panorama HFO Philips

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3 plans : axiale, sagittale, et coronale.

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Multiples tranches/slices axiales

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Les mesures des images IRM

En modiant les paramtres dacquisition IRM : le temps de rptition entre deux excitations par onde electromagntique le temps dcho, temps entre le signal dexcitation et la rception de lcho lutilisateur peut modier la pondration de limage entre : T1, T2 ou DP. Cela permet de caractriser les dirents composants du cerveau, par exemple : en pondration T1, la substance blanche apparat plus claire que la substance grise et le liquide cphalo-rachidien, situ entre la substance grise et los apparat lui nettement plus fonc. Il est possible dadministrer au patient un produit de contraste pour caractriser lanomalie : Gadolinium.
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Principe de lIRM - 1

LIRM utilise les proprits magntiques de lhydrogen et les ondes de frquence radio (il ny a pas de radiation). A savoir lhydrogne est prsent en abondance dans leau (70% du corps humain) et la graisse. Lhydrogene (1 proton et 1 lectron) se comporte comme une barre aimante tournant sur son axe avec un ple nord et un sud. Ils sont orients de faon alatoire.

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Principe de lIRM - 2
Lorsque le patient est plac dans lappareil de mesure IRM, il subit un champ magntique statique intense souvent entre 1.5 et 3T (le champ magntique de la terre est environ 40 T ). les hydrogenes salignent uniformment parallle ou anti-parallle et crent un vecteur magntique M suivant laxe Z.

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Principe de lIRM - 3
En ralit, les hydrognes connaissent une prcession. Elle tourne autour de leur axe principal comme une toupie.

Quand on ajoute au champ magntique une nergie sous forme donde lectromagntique, le vecteur magntique M se dvie. la frquence de londe est particulire.
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Principe de lIRM - 4

Lorsque la source de londe lectromagntique est coupe, le vecteur magntique retourne son tat de repos.
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Principe de lIRM - 5
Quand la source de londe lectromagntique est teinte, le tissu se relaxe avec dirente vitesse :
Le temps ncessaire pour le vecteur magntique de retourner son tat de repos longitidunale est appel relaxation T1. Le temps ncessaire pour le spin? axiale de retourner son tat de repos transversale est appel relaxation T2.

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Principe de lIRM - 6

Le mouvement de relaxation des hydrogenes provoque un signal lectrique quon capture par des bobines rceptrices. Lintensit du signal ru est reporte sur un chelle de gris et les images IRM sont construites. Le retour au repos cre un signal dirent suivant la nature du tissu (eau, graisse, ... ). References :
Berger, A. (2002). How does it work ? Magnetic resonance imaging. British Medical Journal, 324, 35. Lightbox Radiology Education, introduction to the physics of Magnetic Resonance Imaging (MRI)

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BrainWeb

BrainWeb est une base de donnes dimages synthtiques du cerveau (normal seulement), ralises avec un simulateur dimages IRM. Les images sont prsentes avec plusieurs paramtres : modalit (T1,T2,DP) paisseur entre la succession de prise prise coronale, axiale ou sagitale niveau de bruit niveaux dintensit non-uniforme Format des images IRM : MINC, raw ou rawb http://www.bic.mni.mcgill.ca/ServicesBrainWeb/

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TumorSim

TumorSim est un logiciel de simulation multi-plateforme (windows et linux seulement) qui gnre pathologique verit terrain sur des donnes en bonne sant. http://www.nitrc.org/projects/tumorsim/

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MNI BITE : the Montreal Neurological Institutes Brain Images of Tumors for Evaluation database

Lobjectif de cette base de donnes est de partager des images mdicales in vivo de patients atteints de tumeurs du cerveau pour faciliter le dveloppement et la validation de nouveaux algorithmes de traitement dimage. Le format des images mdicales est MINC. http://www.bic.mni.mcgill.ca/Services/ServicesBITE Paper : Online database of clinical MR and ultrasound images of brain tumors.

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TCIA : The Cancer Imaging Archive

TCIA est un service rendu pour la communaut des chercheurs. Il ore, en accs libre et en tlchargement, une galerie dimages mdicales de dirent cancers dont les tumeurs crbrales. https://public.cancerimagingarchive.net/ncia/ Contact, ils ont conrm le problme de tlchargement.

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BraTS : Multimodal Brain Tumor Segmentation Challenge

Un challenge annuel des meilleures mthodes de segmentation automatique des tumeurs crbrales. Il met disposition des donnes dimages mdicales en format .mha. . http://www2.imm.dtu.dk/projects/BRATS2012/data.html Le principe est simple : le participant doit valuer les performances de segmentation sur les donnes dapprentissage fournis, et soumettre un bref document dcrivant les rsultats et la mthode de segmentation utilise. https://vsd.unibe.ch/WebSite/BRATS/Start2013

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IBSR* : the Internet Brain Segmentation Repository

IBSR est disponible par lorganisation NITRC. Les images mdicales IRM sont de 256x256 en format .img, ayant subi aucun ltre. Plusieurs cas dIRM de cerveau sont fournis avec les rsultats de la segmentation manuelle. IBSRv2.0 : 18 patients, en pondration T1 avec segmentation. plusieurs scans dune patiente ayant une tumeur, IRM en pondration T1 avec Gadolinium. ... http://www.nitrc.org/projects/ibsr
"The MR brain data sets and their manual segmentations were provided by the Center for Morphometric Analysis at Massachusetts General Hospital and are available at www.cma.mgh.harvard.edu/ibsr/".
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IBSR : the Internet Brain Segmentation Repository

Lide : je dispose des images IRM de cerveau normal avec les segmentations manuelles, que jutiliserai comme donnes de validation des mthodes automatiques de segmentation. Le test sera eectu sur les cas dimages IRM de tumeurs crbrales.

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MIPAV

Un outil de traitement de limage mdicale, danalyse et de visualisation des images mdicales crit en java donc multiplateforme. http://mipav.cit.nih.gov/index.php

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3 Questions :

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Questions :

Est-ce quon devrait faire une extraction de lencphale ? extraction du contenu de la boite cranienne ? skull-stripping ? Les images IRM crbrales de 245x245 susent ? risque de leet volume partiel ?

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