FACULTAD DE FARMACIA Departamento de Qumica Orgnica y Farmacutica

Prcticas de QUMICA COMPUTACIONAL APLICADA 2003-2004

Responsables Dra. Mara Font Arellano Dr. Miguel Romero Cuevas

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1. Descripcin del programa Hyperchem

En estas prcticas trabajaremos principalmente con el programa Hyperchem 5.1 Standard, en mquinas Pentium III bajo el sistema operativo Windows XP. Describiremos primero la pantalla general y los iconos de las herramientas principales de Hyperchem junto con algunas convenciones a tener en cuenta en este manual. Hyperchem es un verstil paquete de modelizacin molecular que permite la visualizacin, edicin y clculos de mecnica molecular y mecnica cuntica de diversos sistemas moleculares.

1.1. Descripcin de pantalla

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1.2. Herramientas

1.3. Convenio de pantalla

WORKSPACE STATUS M ETHOD rea de trabajo ngulo inferior izquierdo ngulo inferior derecho

2. Construccin de un modelo tridimensional, opciones bsicas de Hyperchem: Estudio de la acetanilida

2.1. El archivo .log
Es posible guardar en un fichero de texto todos los datos acerca de la evolucin de los clculos, as como de los resultados que se obtienen. Este fichero suele ser bastante grande dependiendo del nivel de datos que queramos grabar en l, se activa mediante la siguiente opcin: File / Start Log... Guardar en: (elegir un directorio) Nombre del archivo: Mechanics print level: Quantum print level: OK

Una vez finalizado el seguimiento de los clculos, se puede desactivar esta opcin mediante: File / Stop Log El fichero se puede leer e imprimir con cualquier editor de texto, como MS Word. 4

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2.2. Opciones de trabajo

Antes de empezar a trabajar con cualquier molcula es conveniente establecer algunas opciones de trabajo como el mtodo de clculo que vamos a utilizar, ya sea de mecnica molecular o mecnica cuntica. Todas las opciones vienen en el men Setup, elegiremos el campo de fuerzas MM+: Setup / Molecular Mechanics MM+ Options Atomic charges OK OK
Comprobar que en la zona METHOD aparece MM+

2.3. Dibujo en 2 dimensiones

Una molcula se dibuja tomo a tomo con la herramienta de dibujo elemento de la tabla peridica: Build / Default Element... C (o el elemento correspondiente: N, O, ...)
Podemos picar en Properties... para ver las propiedades de cada elemento. Es conveniente desplazar la ventana de los elementos para dejar el WORKSPACE ms despejado.

, seleccionando primero el

Con el elemento elegido se van uniendo los diferentes tomos entre si, picando en el tomo 1 y desplazando el ratn con el botn izquierdo todava presionado hasta la posicin del nuevo tomo 2. Los tomos de hidrgeno no es necesario dibujarlos, ya que Hyperchem los colocar en aquellas posiciones que queden valencias libres, por lo tanto hay que especificar correctamente el tipo de enlace entre cada par de tomos. Para dibujar la acetanilida vamos a seguir la siguiente secuencia de dibujo:
C C C C C C C O C C C C C C N C C C C C C C C N C C C C C C C O C C C C C N

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A continuacin tenis algunos consejos para guiarles en la construccin de la molcula: Para cambiar el tip o de enlace (simple, doble, ...): Picar una vez ms en el punto medio del enlace... ...o volver a dibujar el enlace sobre el anterior
Si se pica dos veces seguidas sobre un ciclo este se volver de tipo aromtico

Para cambiar el tipo de tomo: Elegir el elemento en la tabla peridica Picar dos veces con el botn izquierdo sobre el tomo Para borrar tomos o enlaces: Picar con el botn derecho sobre el tomo o enlace Para centrar la figura en WORKSPACE : Pulsar la barra espaciadora del teclado Para desplazar la molcula por WORKSPACE: Picar la herramienta de desplazamiento

2.4. Construccin del modelo tridimensional

Antes de seguir trabajando es conveniente cerrar la ventana de la tabla peridica. Vamos ahora a aadir los hidrgenos que falta y a construir el modelo tridimensional a partir de los datos estndar que Hyperchem tiene (distancias, ngulos, diedros, ...): Build / Add H & Model Build
O C C C C C C N
Add H & Model Build

O H C C H N H H H H C C

H H H

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2.5. Visualizacin de estructuras

Para conocer las herramientas de visualizacin de Hyperchem vamos a utilizar la acetanilida como ejemplo . Activando los modos de giro en los ejes xy y giro en el eje z , a la vez que movemos el

ratn con el botn izquierdo pulsado, podemos observar la molcula final en tres dimensiones. Si activamos el modo de zoom modo de desplazamiento podemos aumentar o disminuir el tamao de la molcula. Con el podemos desplazar la molcula por la ventana WORKSPACE hacia

la izquierda y derecha, arriba y abajo. Hyperchem nos ofrece distintos modos de representacin de la molcula: lneas, varillas, bolas, .... Para cambiar de un modo a otro, por ejempo a varillas y bolas: Display / Rendering... Method Balls and Cylinders Aceptar
En las distinas pestaas (Sticks, Balls, ...) hay ms opciones para cada modo de representacin.

Dejar finalmente el modo de representacin en sticks . Las imgenes del WORKSPACE se pueden copiar con el comando: Edit / Copy Image
Tambin hace la misma funcin la tecla F9

Estas imgenes copiadas se pueden pegar tanto en el MS Word como en el MS Powerpoint . Tambin tenemos la posibilidad de ver distintas propiedades de los tomos, residuos, molculas, mediante el etiquetado de cada una de estas unidades. Para cada una de ellas, son diferentes las propiedades que podemos conocer. Para ver, por ejemplo, el smbolo de cada tomo: Display / Labels... Symbols OK
Cada elemento se encuentra representado por un color diferente.

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2.6. Grabacin
Cuando terminemos un paso, ya sea la simple construccin de una molcula o clculos ms complejos, es conveniente guardar la estructura en archivo: File / Save as... Guarda en: elegir un directorio en vuestro saco o disco
En el apartado Comments podemos incluir cualquier comentario que consideremos importante.

2.7. Obtencin de parmetros geomtricos: medidas de distancias, ngulos y diedros

Una de las propiedades ms interesantes es la propia geometra de la molcula. Adems de la idea general que nos da la visualizacin en 3D, explicada anteriormente, las medidas de distancias, ngulos y diedros nos dar una idea ms exacta de la geometra, aparte de unos valores concretos que luego podrn ser comparados con los de otras molculas. Es conveniente apuntar en papel cada uno de estos valores. Necesitaremos elegir dos tomos para medir distancias, tres para medir ngulos y cuatro para medir diedros. Las opciones de seleccin mltiple de tomos ya estarn activadas, aunque conviene comprobarlo. Elegimos luego los tomos implicados en nuestras mediciones:

Picar en la herramienta de seleccin Select / Atoms Select / Multiple selections. Para poder seleccionar ms de un tomo a la vez.
Esas dos ltimas opciones han de estar seleccionadas (3 )

Picar con el botn izquierdo del ratn sobre alguna zona libre del WORKSPACE (para elegir toda la molcula) o sobre un tomo o enlace concreto. Para dejar de seleccionar los tomos: Picar con el botn derecho del ratn sobre alguna zona libre del WORKSPACE o sobre un tomo o enlace concreto

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2.8. Edicin de parmetros geomtricos

Para la edicin de las distintas propiedades geomtricas se utilizar la opcin correspondiente en el men Edit. Como ejemplo para aprender realizaremos la edicin de un diedro de la molcula acetanilida. Es necesario tener en cuenta la estereoqumica de la molcula a la hora de construir la misma, ya que se ha comprobado en numerosas ocasiones. Cmo el simple cambio de una conformacin por otra puede dar lugar a cambios drsticos en las propiedades de esta molcula. Podemos, en este caso, observar la disposicin CIS o TRANS del enlace amida y colocarlo finalmente en TRANS .

O R1 N H

R2

Picar en los 4 tomos implicados: H, N, C y O

En el STATUS aparece el valor del ngulo diedro. Ej: Torsion angle of atoms 15-6-7-9 is 0

Edit / Set Bond Torsion... Bond torsion: 180 (o el valor que deseemos) OK
Comprobar que la configuracin final del enlace es TRANS.

3. Caracterizacin de la molcula de acetanilida por clculos de Mecnica Molecular

Vamos ahora a calcular diversas propiedades de la acetanilida utilizando el campo de fuerzas MM+.

3.1. Geometra molecular

La primera propiedad que podemos comprobar es la geometra de la molcula. Para ello realice las siguientes medidas y apunte los datos en la tabla adjunta al final de la prctica:
H H O H H N H H H H H H H H O H H N H H H H H H O H H N H H

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o Distancias N-O, Corto_1-O y Corto_2 -O. o ngulos N-C-O y N-C-C. o Diedros C-N-C-O y H-N-C-O.

3.2. Propiedades de tomos

Otra de las propiedades que vamos a observar es la carga parcial sobre cada tomo, por lo que vamos a activar las etiquetas para esta propiedad: Display / Labels... Charge OK La propiedad Type nos informa acerca de los tipos atmicos, que tendr unas caractersticas determinadas para cada campo de fuerza. Probar esta etiqueta y anotar los distintos tipos en la tabla .

3.3. Energa del sistema

Los clculos en Hyperchem requieren en general dos pasos: eleccin del mtodo de clculo y sus parmetros asociados y el clculo en si mismo. Antes de iniciar cualquier clculo es conveniente asegurar que los parmetros son los correctos. En este caso hay que comprobar que tenemos activado el campo de fuerzas MM+ y las opciones que elegimos al principio. Calcularemos las propiedades de la conformacin actual, haciendo un clculo Single Point. Para hacer el clculo de la conformacin actual: Compute / Single Point
En la ventana de STATUS aparece el valor de la energa y de gradiente.

Apuntar estos valores en la tabla, junto con las medidas antes indicadas y guardar el archivo como acetanilida-mm.

3.4. Comparacin de resultados de Mecnica molecular

Realice ahora la construccin del sistema desde el paso a las tres dimensiones por los distintos campos de fuerza que ofrece el programa Hyperchem y rellene la tabla al final. Por ltimo, cierre el archivo .log creado durante toda la prctica. Lo visualizaremos con un editor de texto. A continuacin, realice distintos clculos single point grabando los resultados en archivos .log con mechanics print level : 1, 2, 3 y compare la informacin obtenida.

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MM+ Energa Gradiente N-O Corto_1-O Corto_2-O N-C-O N-C-C C-N-C-O H-N-C-O TIPOS ATMICOS

AMBER

BIO+

OPLS

4. Caracterizacin de la molcula de acetanilida por clculos de Mecnica Cuntica

Pasamos ahora a precisar los clculos utilizando el mtodo semiemprico AM1. Como antes, primero hemos de elegir el mtodo y sus opciones, para luego hacer el clculo. Setup / Semi-empirical AM1 Realizar la construccin del modelo 3D. Calcular la energa Observar y anotar los valores de carga que aparecen sobre los tomos y que con los mtodos de Mecnica Molecular no podan ser calculados. Anote los valores obtenidos en la tabla correspondiente y guardar la estructura como acetanilida-am1. A continuacin vamos a calcular alguna de las propiedades moleculares que podemos obtener mediante este tipo de clculos:

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4.1. Momento dipolar

El momento dipolar, , es el vector cuyo mdulo, direccin y sentido viene determinado por la distribucin de cargas en el interior de la molcula. Nos dar informacin acerca de la polaridad de una molcula. Todas las molculas no polares tienen un momento dipolar igual a cero. Display / Show Dipole Moment

4.2. Densidad electrnica

Representa el nmero de electrones por unidad de volumen alrededor de una molcula (e -/3). Esta propiedad suele representarse como contornos de un nivel determinado de densidad. Compute / Plot Molecular Properties... Molecular Properties: Property: Total Charge Density Representation: 3D isosurface Aceptar
Podemos crear distintos tipos de superficie y a distintos niveles de densidad cambiando los parmetros que aparecen al picar en las distintas pestaas. Probar con un nivel de densidad de 1, valor que se puede cambiar con las opciones:

Isosurface Rendering: Contour value: 1

Observar la distribucin de la densidad de carga.

4.3. Potencial electrosttico molecular

El potencial electrosttico molecular se define como el trabajo realizado para acercar una carga positiva desde el infinito hasta un punto determinado alrededor de la molcula. Depender de la distribucin electrnica y carga nuclear de esta molcula. Esta propiedad se relaciona con las interacciones a larga distancia. Compute / Plot Molecular Properties... Molecular Properties: Property: Electrostatic Potential Representation: 3D isosurface Aceptar Observar la distribucin de los valores de potencial electrosttico. 12

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Otra representacin interesante se consigue con las siguientes opcio nes: Compute / Plot Molecular Properties... Molecular Properties: Electrostatic potential Representation: 3D mapped isosurface Aceptar Observar el mapa de la distribucin de zonas desde valores negativos a positivos. Comparar entre s la distribucin de potencial electrosttico, la de densidad electrnica y los valores de carga parcial sobre los tomos.

4.4. Orbitales moleculares

Un orbital molecular es la regin de la molcula en la que hay mayor probabilidad de encontrar un electrn. Compute / Orbitals...
Aparece una nueva ventana. En la derecha podemos ver el diagrama de niveles de energa de los orbitales. Para elegir un orbital, picamos en el mismo o lo elegimos respecto al HOMO o el LUMO:

Vamos a ver primero la energa del orbital HOMO: Orbital: HOMO Number: 0
Anote el valor que aparece en energy. Active Labels para ver los orbitales rellenos. Pasamos ahora a dibujar el orbital HOMO . Conviene desplazar la ventana de orbitales hacia una esquina de la pantalla para ver la molcula y el orbital en el WORKSPACE:

Orbital Plotting: 3D Isosurface

Comprobar que est desactivada Orbital squared

Plot

En Options... podemos cambiar algunas opciones de dibujo del orbital seleccionado.

OK

Para ver mejor la distribucin del orbital y de los nodos, puede alinear la molcula respecto a los tres ejes X, Y y Z. Para el eje X:

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Edit / Align Viewer... With: X OK Hacer un esquema sobre papel del orbital HOMO. Puede ver los ejes con la opcin: Display / Show Inertial Axes Dibuje sobre el papel la distribucin del orbital HOMO respecto de los ejes Y y Z. Represente ahora los orbitales LUMO, HOMO-23 y LUMO+22.

4.5. Espectro vibracional

Calculando las derivadas segundas de la energa respecto a las coordenadas espaciales de los ncleos (matriz hesiana) es posible hallar las fuerzas con que se mueven los tomos y por tanto las vibraciones que sufren. Compute / Vibrations Compute / Vibrational Spectrum
Aparece una nueva ventana con las lneas espectrales. En la zona superior se encuentran representadas todas las frecuencias encontradas, mientras que en la de abajo aparece la intensidad de cada una.

Seleccionar una frecuencia de alta intensidad Apply

Observar el modo de vibracin y relacionarlo con el comportamiento esperado para este grupo funcional en la espectroscopa de infrarrojo. Probar otras frecuencias.

OK Cancel

(para la animacin)

4.6. Espectro electrnico

Para realizar el espectro electrnico UV-visible es necesario tener en cuenta algunos estados excitados de la molcula. Por este motivo hay que modificar algunos parmetros relacionados con la Interaccin de Configuraciones . Utilizaremos en este caso el mtodo semiemprico ZINDO/S, ya que se encuentra parametrizado para esta propiedad, estimndose que se sobrestima la longitud de onda mxima en 20 nm. Analice el espectro electrnico por el mtodo PM3.

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Elegimos el mtodo semiemprico ZINDO/S Options...: Configuration interaction...: CI Method: Single excited Orbital Criterion Occupied: 1 Unoccupied: 1
Estos valores indican la cantidad de orbitales que tendremos en cuenta al crear la combinacin lineal de estados excitados.

Compute / Electronic Spectrum En la parte inferior del grfico aparecen las transiciones significativas a nivel espectroscpico. Anote los valores que segn este espectro sern los mximos esperables para un espectro UV de esta molcula.

4.7. Comparacin de resultados de Mecnica Cuntica

Realice distintos clculos con distintos mtodos semiempricos y con distintos conjuntos de funciones base de mtodos ab initio y rellene la tabla correspondiente. Compare los resultados. A continuacin, realice distintos clculos single point grabando los resultados en archivos .log con quantum print level : 1, 2, 3 y compare la informacin obtenida. Semiempricos AM1 Energa Gradiente Carga N Carga O Carga C=O H Bandas IR Ab initio

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5. Algoritmos de Optimizacin Geomtrica

Para calcular las propiedades de una manera mucho ms exacta, se necesita generar una estructura ptima. El clculo usualmente requiere una estructura estable que representa un mnimo en la superficie de energa potencial. Para ello se han desarrollado diversos algoritmos de optimizacin geomtrica. En Hyperchem todos los algoritmos de clculo se encuentran en el men Compute.

5.1. Importancia de la optimizacin geomtrica

Un primer ejemplo para comprobar la importancia de obtener estructuras optimas para tener datos correctos, es la comparacin de la propiedades obtenidas para una molcula pequea como es el dixido de carbono sin optimizar y optimizada. Para ello, construya ahora un modelo inicial del dixido de carbono con el mtodo PM3 sin optimizar, grabe la estructura y calcule y anote las propiedades necesarias para describir el sistema: energa, longitud de enlaces y espectro vibracional. Con la conformacin inicial construida con el mtodo semiemprico PM3 realice ahora una optimizacin geomtrica utilizando el algoritmo Polak-Ribiere hasta una convergencia de 0,00001. Vuelva a realizar las medidas anteriores y comprelas entre s y con resultados experimentales. Compute / Geometry Optimization... Algorithms: Steepst Descent RMS gradient of: 0.1 Kcal/( mol)
En el STATUS van apareciendo distintos valores de energa y de gradiente, junto a la informacin correspondiente al nmero de ciclos transcurrido. Observar el descenso en los valores de gradiente. Al finalizar el clculo, aparece CONVERGED YES

Una de las caractersticas ms importantes para poder tener datos correctos de bandas IR es la necesidad de hacer una optimizacin geomtrica bastante buena para obtener unas lneas espectrales muy aproximadas (< 0,01 Kcal / mol para el gradiente del RMS) y calcular las vibraciones con el mismo mtodo que la optimizacin geomtrica.

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5.2. Aplicacin de un protocolo de optimizacin geomtrica

En muchas ocasiones no basta con aplicar un solo algoritmo de minimizacin para obtener una estructura ptima o el mismo algoritmo no optimiza los recursos computacionales utilizados. Para ello, existe un gran nmero de protocolos de optimizacin que comprenden distintos algoritmos. Normalmente un protocolo comienza con la construccin de la molcula mediante mecnica molecular y su optimizacin primeramente con un algoritmo robusto de primera derivada y despus con algoritmo de segunda derivada. Una vez obtenido el modelo optimizado mediante mecnica molecular se pasa a realizar clculos mediante mecnica cuntica y volver a optimizar con un algoritmo de primera derivada seguido de uno de segunda. Pasemos ahora a optimizar la estructura de la acetanilida inicial con el campo de fuerzas MM+ . Para ello se debe ir rellenando los datos obtenidos en la tabla correspondiente. Se utilizar un protocolo , con un Steepest Descent primero y un Newton-Raphson despus: Compute / Geometry Optimization... Algorithms: Steepst Descent RMS gradient of: 0.1 Kcal/( mol)
En el STATUS van apareciendo distintos valores de energa y de gradiente, junto a la informacin correspondiente al nmero de ciclos transcurrido. Observar el descenso en los valores de gradiente. Al finalizar el clculo, aparece CONVERGED YES

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Si no se alcanzara la convergencia es necesario repetir el mismo clculo partiendo de la estructura obtenida. Podemos aumentar tambin el nmero de ciclos. Repetir las medidas de ngulos y diedros anteriormente realizadas y anotar en la tabla. Salvar la estructura en un archivo acetanilida-mm-sd. Minimizar con el algoritmo Block Diagonal Newton-Raphson hasta un gradiente de RMS de 0.01 Kcal/( mol). Repetir el clculo si no se alcanza la convergencia, anotar los datos obtenidos y guardar como acetanilida-mm-nr. A continuacin optimizamos la estructura de la acetanilida obtenida en el clculo anterior, aplicando ahora el mtodo AM1 mediante un protocolo, con un Steepest Descent primero y un Polak-ribiere despus: Utilizar un algoritmo de primera derivada para llegar a un gradiente de RMS de 0.1 kcal/( mol) Anotar los datos necesarios y guardar la estructura como acetanilida-am1-first . Utilizar un algoritmo de segunda derivada para llegar a un gradiente de RMS de 0.01 kcal/( mol). Anotar los datos necesarios y guardar la estructura como acetanilida-am1-second. Repetimos el procedimiento utilizando un mtodo ab initio, guardando las estructuras optimizadas y las cargas obtenidas. Compare los resultados tericos obtenidos para el espectro de IR de la molcula optimizada con el espectro experimental.

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Tabla de mediciones de la optimizacin de la acetanilida

O H H C H N H H H C H H H

Inicial
Energa Gradiente N-O Corto_1-O Corto_2-O N-C-O N-C-C C-N-C-O H-N-C-O

MM+
Steepest Descent NewtonRaphson Single Point

AM1
First derivative Second derivative

ab initio
First derivative Second derivative

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6. Exploracin del Espacio conformacional. Anlisis del Butadieno

Los mtodos sistemticos de exploracin del espacio conformacional alteran la geometra de una molcula y calculan la energa del sistema para cada uno de los puntos. Dentro del conocimiento de la superficie de energa potencial de una molcula existen puntos en los cuales la energa no vara con respecto de infinitesimales cambios de la geometra. Esto significa que la derivada de la energa con respecto de las coordenadas moleculares, llamada gradiente, se acerca a cero, y se conocen como puntos estacionarios dentro de la curva de energa potencial. Estos puntos estacionarios pueden corresponder a mximos energticos conocidos como puntos de ensilladura o a estados estables o de mnima energa. En la siguiente prctica vamos a intentar conocer mediante variacin sistemtica manual y mediante dinmica molecular los puntos crticos para la molcula de butadieno estudiada posteriormente en las reacciones de Diels-Alder.

6.1. Bsqueda sistemtica

Para ello, se construir un modelo inicial del butadieno al que se realizar una primera optimizacin geomtrica para liberar tensiones. A continuacin se realizarn diferentes clculos energticos restringiendo el valor del diedro entre los carbonos 2 y 3. Para restringir el valor del ngulo se utilizar las siguientes opciones: Build / Constrain Bond Torsion... Other: VALOR NGULO OK Select / Name Selection... Other: Diedro OK Setup / Restraints... Add: Diedro Other: VALOR NGULO OK A continuacin realizamos una optimizacin geomtrica mediante el mtodo semiemprico AM1 y anotamos los valores de Energa y de calor de formacin de la conformacin obtenida.

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En el siguiente paso mediante la utilizacin de una hoja de clculo se construye la grfica de los valores de energa obtenidos con respecto de los valores de diedro e identifique los puntos mnimos y de ensilladura a qu conformaciones corresponden.

Por ltimo elimine la restriccin geomtrica y realice una optimizac in. Qu conformacin obtiene ?

6.2. Mtodo de Dinmica Molecular (Recocido Simulado)

Los mtodos de optimizacin geomtrica no son capaces de superar barreras energticas y el modelo final resultante corresponder a un solo mnimo de la superficie de energa potencial. Mediante dinmica molecular se puede conseguir superar estas barreras realizando simulaciones a altas temperaturas, para ello se utiliza la tcnica de recocido simulado en la que se aplicar un choque trmico rpido en 1 ps que provocar un aumento muy rpido de la energa. La simulacin se mantendr durante 0.5 ps a 1000 K, esto permitir la exploracin de zonas de alta energa donde se producen movimientos muy rpidos de las molculas. Seguidamente se enfriar lentamente durante 2 ps para ir direccionando la molcula hacia zonas de baja energa donde los movimientos son ms lentos y las conformaciones son ms estables. Partiendo cada uno de la conformacin de mnima energ a obtenida en la fase anterior, aplique el siguiente mtodo:

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Compute / Molecular dynamics.. Times Heat time: 1 ps Run time: 0.1 ps Cool time: 2 ps Step size: 0.0005 ps Temperature Starting temperature: 200 K Simulation temperature: 1000 K Final temperature: 100 K Temperature step: 30 K Options In vacuo Constant temperature: 0.1 ps Data collection period 20 time steps Screen refresh period: 1 data steps. Restart Snapshots 10 data steps velocities Averages (Graphics) TEMP Diedro EPOT

Proceed

7. Estudio de tautomeras
7.1. Equilibrio ceto-enlico
Los aldehdos y cetonas pueden existir como una mezcla en equilibrio de dos formas, llamadas la forma cetnica y la forma enlica. Estas dos formas difieren en la localizacin de un protn y de un doble enlace. Esta clase de isomera estructural se denomina tautomera y las distintas formas tautmeros. Para que un compuesto carbonlico tenga la capacidad de presentarse en la forma enlica es indispensable que contenga un tomo de hidrgeno unido a uno de los tomos de cabono adyacentes al grupo carbonilo. Este tipo de hidrgeno recibe el nombre de hidrgeno . 22

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La mayora de los aldehdos y cetonas sencillas se presentan principalmente en la forma cetnica. El desplazamiento del equilibrio depende de la estructura de la cetona o el aldehdo, del solvente, de la temperatura y otros factores como la conjugacin o la formacin de enlaces de hidrgeno. En la siguiente prctica se evaluar el equilibrio para distintas mol culas carbonlicas: acetona, dicetona 2,4-pentadiona y fenol. Para ello se obtendr un modelo para cada molcula y se calcular su calor de formacin mediante el mtodo AM1. Aproximando el calor de formacin al valor de la energa libre de Gib bs podemos calcular la constante de equilibrio para cada una de las reacciones y conocer el desplazamiento del mismo hacia cualquiera de las formas (R=1.987 cal K-1 mol-1).

G = H T S H = RT ln K eq K eq =

[P ] [R ]

FORMAS DE LA ACETONA
O H3C CH 3 H 3C O H CH 2

FORMAS DE LA 2,4 PENTADIONA

O H3C
O H3C O CH 3 H 3C

O CH 3

H H 3C

O CH 3

O CH 3

FORMAS DEL FENOL

OH O H H

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7.2. Aromaticidad del tiofeno

El benceno posee una estabilidad termodinmica relativa que no se corresponde a lo esperado para el 1,3,5-ciclohexatrieno. La energa de estabilizacin aromtica del benceno se puede calcular comparando la entalpa de la reaccin de hidrogenacin de un doble enlace en el benceno con una media de las entalpas de reaccin del segundo y tercer doble enlace como se muestra a continuacin:
+ H2

+ H2

+ H2

La diferencia en las entalpas de hidrogenacin del benceno y de la media de los ciclohexadienos corresponde a la estabilizacin aromtica del benceno. Calcula la energa de estabilizacin aromtica del benceno y aplica el mismo procedimiento para calcular la energa de estabilizacin aromtica del tiofeno (el calor de formacin del hidrgeno molecular es de -5,2 Kcal/mol). Cul de los compuestos es ms aromtico?.

8. Reactividad: Reacciones de Diels-Alder

Una de las diversas aplicaciones de la qumica computacional es el estudio de la reactividad de molculas y de sus grupos funcionales. Uno de los mtodos es el uso de la Teora de los Orbitales Frontera Moleculares. Se pueden usar los valores de energa, coeficientes y las propiedades nodales obtenidas mediante clculos sencillos de mecnica cuntica para investigar la reactividad relativa de distintos sustituyentes, la regioselectividad de reacciones, y la especificidad de sustitucin de nuclefilos y electrfilos. Se denominan reacciones de Diels-Alder a todas aquellas reacciones en las que se forma un compuesto cclico por adicin 1,4 de un compuesto de doble o triple enlace (dienfilo) a un dieno conjugado. Se les conoce tambin como cicloadiciones [4+2], ya que en el proceso intervienen 6 electrones , 4 correspondiente al dieno y 2 al dienfilo. Estas reacciones estn favorecidas cuando el dienfilo posee grupos electroatrayentes como -CN, -COOH, -CHO y el dieno tiene sustituyentes electrodonantes como -R,-OH, -OR.

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Las reacciones de Diels-Alder transcurren con facilidad, incluso espontneamente, a travs de un mecanismo concertado. Esto significa que la formacin de los nuevos enlaces y la destruccin de los enlaces tiene lugar simultneamente. Estas reacciones son estereoespecficas, lo que significa que a partir de un ismero geomtrico del dienfilo se obtiene slo uno de los posibles ismeros del producto final. De acuerdo con la teora de los orbitales frontera, en el caso de una reaccin de cicloadicin, como la reaccin de Diels-Alder, es necesario establecer que pareja de orbitales frontera (HOMO de un rectivo y LUMO del otro) debe ser considerada. Es decir, debemos establecer si la velocidad de reaccin ser mayor por interaccin del HOMO del dieno y el LUMO del dienfilo o al revs (LUMO del dieno y HOMO del dienfilo). El proceso ser ms rpido, cuanto menor sea el valor de E = ELUMO EHOMO de la pareja de orbitales implicados.

8.1. Flujo electrnico

Segn los valores energticos, explique entre qu orbitales se produce el flujo de electrones en la reaccin entre el 1,3-butadieno y el etileno.

Observe los ejemplos de un diagrama de salto energtico y proponga el de la reaccin.

Dienfilo Dieno

Dienfilo Dieno

Dienfilo Dieno

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8.2. Efecto de sustituyentes

Calcule ahora los diagramas de saltos energticos para el 1,3-butadieno y el etileno sustituidos y analice como influyen en la reactividad distintos sustituyentes electrodonantes (D) y electroatrayentes (A). Por ejemplo D = -CH3, -OCH3, -NH2. A: -COOMe, -CN, -CHO, -NO2.
D A + D
A

D +
A

8.3. Estereoselectividad
Adems de los valores energ ticos, para que se lleve a cabo la reorganizacin electrnica es necesario que se d la simetra de orbitales que van a interaccionar, tal como se aprecia en la imagen del acercamiento del 1,3-butanieno al etileno. Explique por qu en la reaccin del ciclopentadieno con l mismo se produce la forma endo y no la exo (regla endo de Alder).

Aproximacin endo

Aproximacin exo

8.4. Regioselectividad
Un dieno no simtrico como el piperileno reacciona con metil acrilato para dar dos aductos isomricos que difieren solamente en la orientacin relativa de los dos sustituyentes, metilo y carbometoxilo respectivamente.

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COOMe +

COOMe + COOMe 95:5

La reaccin es regioselectiva, ya que est desplazada mayoritariamente hacia uno de los ismeros. Una explicacin aceptada de la regioselectividad es valor de coeficiente de contribucin al orbital molecular de los tomos que van a formar el nuevo enlace, que puede comprobarse en el archivo .log (como ya hemos aprendido) y que se corresponde con el tamao de la porcin de orbital que aparece sobre l en la pantalla del programa (y que puede comprobarse aumentando hasta valores 0.1, o ms el valor de contorno de orbital en el cuadro Options del men principal de visualizacin de orbitales), la imagen se puede ver as:
COOMe + Preferente COOMe

HOMO

LUMO

+ COOMe HOMO LUMO

No favorecido COOMe

9. Seguimiento de reacciones SN2

En esta prctica vamos a estudiar el seguimiento de reacciones con un ejemplo concreto, las reacciones SN 2. Estudiaremos la sustitucin de un cloro en un metilo por un reactivo nucleoflico (Br, Cl, I). Se trata de una reaccin concertada que se produce en un solo paso: La coordenada de reaccin ser la distancia entre el nuclofilo que entra y el carbono. A medida que esta disminuye, aumenta la distancia el carbono y el cloro, y se produce la inversin de configuracin. Midiendo la energa a diferentes distancia Nu--C es posible dibujar la curva de energa potencial.

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Qu diferencias se observan con los distintos nuclefilos? Es posible localizar el estado de transicin? Cmo podemos mejorar la geometra de este estado de transicin y caracterizarlo? Vamos a realizar estos estudios con dos mtodos (dinmica molecular y qumica cuntica). Primero construiremos el sistema:

9.1. Construccin del sistema

Construir y optimizar el clorometano. Para facilitar los clculos y sobretodo la visualizacin del sistema colocaremos esta molcula con su eje principal en el eje de las X, los hidrgenos mirando a la izquierda, y trasladaremos el carbono al origen de coordenadas: Edit / Align Molecules... Major Axis Align: Primary Width: X Axis OK
Seleccionar solamente el carbono

Edit / Translate... Translate Selection Selection Origin OK Dibujamos ahora el nuclefilo, por ejemplo un cloro, a la izquierda del clorometano y sin construir su modelo (no hacer Build / Add H & Model Build) seleccionamos solamente este nuevo cloro para trasladarlo al punto -8, 0, 0 (dinmica molecular) o -4, 0, 0 (qumica cuntica): Edit / Translate... Translate Selection Selection Other: X: -8 ( -4) Y: 0.000 Z: 0.000 OK
Deseleccionamos todo y apretamos la barra espaciadora para centrar todo el sistema.

Tambin es necesario especificar las opciones de clculo: mtodo AM1, carga -1 y multiplicidad 1. Haga un Single Point y guarde el sistema en un archivo.

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9.2. Mtodo 1: dinmica molecular

Con este mtodo vamos a lanzar el nuclefilo con una velocidad inicial hacia el carbono. El sistema evolucionar segn las leyes de la dinmica molecular. Midiendo la energa en cada punto es posible obtener la curva de superficie potencial. La curva de energa potencial se obtendr mediante el fichero de salida para la hoja de clculo MSexcel que podemos realizar mediante la opcin de snapchots y collection data de dinmica molecular. Con este mtodo es necesario dibujar enlaces extras entre el nuclefilo que ataca y los tomos con los que puede interaccionar, el carbono y los 3 hidrgenos (puede ayudarse de Edit / Rotate.. para ver el tercer hidrgeno). Vamos a definir la velocidad inicial del nuclefilo:
Seleccionar solo el carbono.

Select / Name Selection... POINT OK

Seleccionar solo el nuclefilo.

Setup / Set Velocity.. Magnitude: 50 Direction: At POINT OK

Para una mejor visualizacin representa el sistema con esferas.

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Pasamos ahora a realizar la dinmica molecular: Compute / Molecular Dynamics... Times: Heat time: 0 Run time: 0.5 Cool time: 0 Step size: 0.0005 Temperature: Simulation temperature: 300 Options: In vacuo Constant temperature: sin marcar Data collection period: 1 Screen refresh period: 1 Restart: marcado Snapshots: Nombre de archivo: sn2md.hin OK Proceed Observar los desplazamientos de los diferentes tomos. Se pude volver a ver la simulacin con: Compute / Molecular Dynamics... Playback: marcado Proceed

9.3. Mtodo 2: qumica cuntica

En este caso disminuiremos la distancia entre el nuclefilo y el. En cada ciclo de clculo se optimizar la geometra del sistema con la distancia restringida (fija) y despus se har un Single Point sin la restriccin. Anotaremos los valores en un documento de MSexcel. Partimos de la molcula grabada en el paso 1, con una distancia entre el nuclefilo y el carbono de 4 y los mismos parmetros para el clculo AM1. Hay que definir la restriccin de la distancia:
Seleccionar el nuclefilo y el carbono.

Select / Name Selection... Other: nu-c OK En cada ciclo de clculo repetiremos los siguientes pasos:

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No tiene que estar ningn tomo seleccionado.

Setup / Restraints... Add Restrained Value Other: 4 Force Constant Other: 5000 OK
Optimizar el sistema con el algoritmo Eigenvector following hasta un gradiente de 0.01 kcal/(mol).

Setup / Restraints... Remove OK

Hacer un Single Point y apuntar el resultado

Por ltimo, una vez hayamos obtenido las curvas de energa potencial mediante las dos metodologas, podremos estudiarlas y ver las estabilidades relativas de los reactivos y de los productos. Adems se puede calcular el estado de transicin de la reaccin. ste es el punto de mxima energa en el camino de paso de reactivos a productos. Para caracterizar el estado de transicin se elegirn distintas distancias cercanas al mximo de energa de la curva y se realizar una optimizacin geomtrica hasta un gradiente de rms de 0.01. Al realizar el espectro de IR del sistema obtenido, se puede comprobar que la vibracin de menor energa presenta un valor negativo de frecuencia. ste es un modo normal de vibracin imaginario que corresponde a la coordenada de reaccin de la reaccin relacionado con este estado de transicin.

10. Estudio ab initio del amoniaco

En esta prctica vamos a realizar crear el modelo cuntico a nivel ab initio del amoniaco al que se realizar el anlisis vib racional de su forma piramidal y del que se hallar su estado de transicin por distintos mtodos.

10.1.Construccin del sistema

Primeramente, construiremos el amoniaco. A continuacin elegiremos el conjunto de funciones base para cada uno de los tomos que componen el sistema:

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Display / Labels... Basis set OK

Ahora elegimos un conjunto de funciones base pequeo.

Setup / Ab initio... Small (3-21G) OK

En un siguiente paso vamos a elegir una serie de funciones extras para definir al tomo de nitrgeno. Para ello seleccionaremos nicamente el tomo N.

Setup / Ab initio... Advanced Options. Number of d Orbitals = Six. OK Extra Basis Function. D. Exponent = 1.0. OK OK

10.2.Anlisis vibracional del amoniaco piramidal

Para realizar el anlisis vibracional de cualquier molcula, sta debe estar en un mnimo local estable, por lo que debe minimizarse bien (al menos una convergencia de rms de 0.01). Anote el valor de la energa de la conformacin piramidal. A continuacin realizamos el anlisis vibracional observando las frecuencias e intensidades de las bandas ms caractersticas. Para un mejor entendimiento de cada movimiento se puede visualizar los vectores de fuerza activando la correspondiente opcin: Display / Rendering... Sticks. IRvectors. OK

10.3.Caracterizacin del estado de transicin: restricciones geomtricas

La coordenada de reaccin (IRC Intrinsic Reaction Coordinate) se puede definir como la trayectoria de menor energa que conecta los reactivos con los productos a travs del estado de transicin. En la 32

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prctica, los clculos de IRC se realizan encontrando primero el estado de transicin de la reaccin y minimizando despus hacia uno y otro lado de este punto de ensilladura.

Los mtodos matemticos de bsqueda de estados de transicin no estn tan desarrollados como los de obtencin de mnimos. En general, suelen funcionar para sistemas muy cerrados y cercanos a ese estado de transicin alrededor del cual se hacen pequeas variaciones para llegar al punto cuya derivada primera se iguale a cero. Pero estos mtodos no aseguran que sea el camino de mnima energa entre dos mnimos y podra ser bien un mximo energtico o un mnimo local de alta energa. Por estas razones, la bsqueda de estados de transicin depende todava de factores como la intuicin qumica y el conocimiento de las estructuras de los reactivos de partida y de los productos resultantes, a partir de las cuales proponer un estado intermedio que luego se optimizar y caracterizar. A continuacin crearemos una estructura plana del amoniaco la cual creemos se acerca al estado de transicin del fenmeno de inversin de esta molcula. Para ello, se utilizar una restriccin geomtrica en la que se seleccionarn todos los tomos del amoniaco y se nombrar como PLANE en el men correspondiente1. Seguidamente se restringir el valor de esta torsin a 180 y se realizar una optimizacin geomtrica hasta un gradiente de rms de 0.01.

El valor de este plano formado por cuatro tomos en el que uno de ellos est enlazado con los tres restantes se puede

definir mediante una torsin impropia y se mide como el ngulo formado por uno de los tomos con el plano formado por los otros tres tomos.

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Para calcular la energa y el espectro de vibracin de la conformacin plana se quitar la restriccin geomtrica ya que si no se calculara la derivada de la fuerza invertida en mantener el plano y quedara reflejada en la energa y el espectro. La diferencia de energa entre la conformacin plana y la conformacin piramidal corresponde a la barrera de inversin del amoniaco. Por ltimo, al observar cada una de las bandas del espectro se puede comprobar que la vibracin de menor energa presenta un valor negativo de frecuencia. ste es un modo normal de vibracin imaginario que corresponde a la coordenada de reaccin del amoniaco relacionado con este estado de transicin.

10.4.Caracterizacin Following

del

estado

de

transicin:

Eigenvector

Mediante el seguimiento de los vectores propios se puede encontrar el estado de transicin de una reaccin, este mtodo de optimizacin sigue una coordenada que, si est bien definida, puede coincidir con la coordenada de reaccin. Por definicin, si seguimos la coordenada de reaccin el punto en que la primera derivada de la trayectoria se hace cero coincidir con el estado de transicin y cumplir que todos los valores de los vectores propios sern positivos menos uno que ser negativo. Para trabajar con este mtodo utilizaremos una estructura que no se encuentre en un mnimo local ni global. Para ello construiremos el modelo ab initio del amoniaco pero no lo optimizaremos. A partir de esta estructura utilizaremos el mtodo eigenvector following para hallar el estado de transicin:

Compute / Transition State... Eigenvector following OK

Ahora se abre la ventana con las vibraciones correspondientes a la conformacin del amoniaco.

Elegir la frecuencia de menor energa. RMS gradient of : 0.1 OK

Una vez lo hemos hallado, caracterice este estado y realizar su espectro vibracional.

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11. Diseo Indirecto

Los mtodos de diseo indirecto se utilizan cuando la estructura de la molcula diana (protena, enzima,...) no est disponible a priori. Esta metodologa consiste en el anlisis detallado de las propiedades estructurales de molculas activas y de sus anlogos inactivos conocidos.

11.1.Relaciones estructura-actividad de amidas

En esta prctica vamos analizar una serie de estructuras anlogas a la urea para intentar deducir las relaciones estructura-actividad entre ellas. Para ello, se tomar como modelo el estudio realizado por Fang y Li2 en el que se hall la relacin entre los valores de energa de los orbitales HOMO y LUMO de distintas aminas: urea, tiourea, tioacetamida y tiosemicarbazida, y su relacin con la actividad anticorrosiva. Molcula Urea Tiourea Tioacetamida Tiosemicarbazida Eficiencia anticorrosin (%) 21,8 70,11 70,13 76,95

Para la construccin de los modelos de las diferentes molculas se necesita conocer su estructura molecular. Una herramienta muy til para investigadores no familiarizados con la nomenclatura de qumica orgnica es Chemfinder-Canbridgesoft (http://chemfinder.cambridgesoft.com/), con ella se pueden realizar bsquedas de distintas molculas segn su nombre, frmula o estructura. Una vez conocida la estructura molecular, se realizar el modelo de cada una de esas molculas y se calcularn distintas propiedades moleculares: momento dipolar, valores de energa de los orbitales HOMO y LUMO, la contribucin de cada tomo a cada uno de esos orbitales (archivo .log) y la diferencia de energa LUMO-HOMO. Mediante el anlisis de los datos obtenidos se hallar la relacin estructura actividad de dichas molculas y se podr proponer una ecuacin de actividad y elementos estructurales importantes para la misma.

Quantum chemistry study on the relationschip between molecular structure and corrosion inhibition afficiency of amides.

Journal of Molecular Structure (Theochem). 2002; 583: 179-185.

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Una vez hallada la relacin estructura- actividad proponga distintas estructuras y calcule su valor terico como anticorrosivo. Para tener idea puede realizar una nueva bsqueda en Chemfinder.

11.2.Relaciones estructura-actividad de anlogos de fluoxetina

En esta prctica vamos analizar una serie de estructuras anlogas a la fluoxetina (antidepresivo) para intentar deducir las relaciones estructura-actividad entre ellas. La frmula general y parmetros fundamentales (datos mnimos) a determinar son:
C4'

R1 = H, CF3, CH3, NO2, OCH3, Cl R2 = H, CH3, COCH3, CSCH3 n = 0, 1, 2, 3. qN : carga sobre N qC4: carga sobre C4 qC4: carga sobre C4 d1: distancia O-N d2: distancia O-C4
R1

(CH 2)n

H N R2

d3: distancia O-C4

C4

Y los datos de actividad son: n 2 2 2 2 2 2 0 1 3 R1 CF3 H H H H NO2 CF3 CF3 CF3 R2 CH3 CH3 COCH3 H CSCH3 CH3 CH3 CH3 CH3 IC50 (nM) 3 6 500 4 300 3,5 INACTIVO 500 INACTIVO

Realice un estudio de estos compuestos para llegar a proponer un farmacforo para la actividad antidepresiva. Tenga en cuenta que estas molculas presentan un centro estereognico. Para obtener unos resultados correctos se debe realizar el modelo de todas las posibles formas de la molcula. Para ello en la opcin de labels, se puede activar ver Chirality. As observaremos las propiedades estereognicas de los distintos carbonos de la molcula. Para cambiar la forma de R a S o viceversa de 36

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un carbono se puede elegir la herramienta de dibujo y con la tecla SHIFT del ordenador pulsada picar sobre el carbono estereognico una sola vez.

12. Diseo Directo. Diseo basado en la estructura de distintos inhibidores de la proteasa del VIH-1
Los mtodos de diseo directo de nuevas molculas con actividad biolgica se apoyan en la existencia de informacin experimental previa sobre la estructura tridimensional de la diana biolgica y, a menudo, del complejo diana-ligando. Para obtener esta informacin estructural es necesario, normalmente, aislar y clonar el ADN responsable de la expresin de dicha diana, expresarlo, purificarlo y caracterizar cantidades considerables de protena, y por ltimo conseguir una cristalizacin de la misma, proceso que en ocasiones no se puede conseguir. Posteriormente, cuando se ha conseguido la cristalizacin, se someten los cristales a difraccin de rayos X, y a estudios de resonancia magntica nuclear, para los cuales es necesario frecuentemente el marcaje previo con 15N y 13C.

12.1.Datos Experimentales
En esta prctica se tomar como referencia el estudio realizado por Holloway y col.3 en el que encontraron como los datos de energa de interaccin (E i) entre distintos inhibidores formando complejo con la enzima tenan correlacin con los datos de actividad in vitro hallados para distintas series de inhibidores de la proteasa. Una de las series estaba compuesta por molculas con modificaciones estructurales en la posicin P2, cuya estructura base es:
H N O Ph OH Ph H N O R

Structure-Based Design of Human Immunodeficiency Virus-1 Protease Inhibitors. Chapter 3 in Computer Aided Molecular

Design. Ed. Reynolds-Holloway-Cox. ACS Symposium Series 589. ISBN 0-8412-3160-5.

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Y donde la serie completa se presenta a continuacin: No 19

R

pIC50 6,9431

No 27
R

R
OH

pIC50 9,1549

20
R

OH

8,0209

28
R

OH

9,7447

21

7,4653

29
R

OH

7,3925

22
R

OH Ph
OH

6,1612 6,7932

30 31

4,5229
R

23

O R

6,8861

24

7,1785

32
R

6,8356

25
H3 C R

OH

6,6728

33
R

OH OH

10,0000

26
R

OH

6,9144

34

OH

7,4134

12.2.Bases de datos de macromolculas

Una vez conocidos los datos experimentales, el punto de partida de cualquier estudio directo es la recopilacin de toda la informacin estructural que se pueda obtener sobre la diana. Para este propsito existen diversas bases de datos de acceso libre que cuentan con herramientas eficientes de bsqueda. La base de datos ms importante de estructuras tridimensionales de protenas es la Brookhaven Protein DataBank (PDB; http://www.rcsb.org/pdb/). En ella, se encuentran depositados los datos de ms 38

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de 17.000 estructuras tridimensionales de protenas y cidos nucleicos. Los archivos de esta base de datos presentan una estructura dividida en dos partes4. En la primera parte de toda estructura tridimensional de la PDB se encuentra informacin general sobre la misma (organismo, genes, nomenclatura, referencias bibliogrficas, referencias a otras bases de datos), variables utilizadas en los experimentos de elucidacin estructural (aparato de difraccin o resonancia, programas de refinamiento, disolventes, pH, temperatura, etc, ...), y estructura de la molcula (simetra, estereoqumica, organizacin y nomenclatura de los distintos dominios, regiones, cadenas o agrupaciones moleculares o atmicas, como ligandos, cofactores, molculas de agua, etc, ...), entre otros. Los autores tambin alertan acerca de diversos aspectos con que se han encontrado en la obtencin de la estructura tridimensional, como ambigedades en la deteccin de los diferentes tomos, posiciones alternativas para un mismo tomo, ocupaciones muy bajas, o incluso ausencia de los mismos. El estudio de la repercusin que estas cuestiones puedan tener en relacin a la interaccin entre ligando y receptor es de gran importancia para la misma. La segunda parte de los archivos es la utilizada por los programas de visualizacin para crear la estructura tridimensional, ya que en ella se encuentran las coordenadas y caractersticas de cada tomo. En la actualidad las estructuras de la PDB sufren una rigurosa revisin antes de ser depositadas, que en ocasiones obliga a demorar su inclusin en la misma desde meses hasta incluso aos. Sin embargo, esto no ocurra hace unos aos y aquellas estructuras depositadas entonces no sufrieron estas validaciones tan rigurosas. Esto, junto con el hecho de que las tcnicas de elucidacin estructural de entonces no eran comparables a las actuales, hace que sea necesario realizar una validacin de las estructuras que se van a utilizar en cualquier estudio de modelizacin molecular. Errores en estas estructuras pueden repercutir enormemente en las interacciones entre ligando y receptor bajo estudio. Con respecto de complejos ligando-protena, la recopilacin de datos se puede realizar con la ayuda de la REceptor-LIgand dataBASE (RELIBASE; http://relibase.ccdc.cam.ac.uk ). RELIBASE ha sido diseada como una herramienta rpida y flexible de obtencin y visualizacin de informacin sobre complejos ligando-protena. Esta base de datos contiene todas las estructuras de la PDB junto a informacin adicional sobre el ligando, subestructuras, similitud de secuencias de protenas y empaquetamiento cristalogrfico. Adems, se pueden llevar a cabo bsquedas basadas en la similitud de ligandos, subestructuras, sitios de unin e interacciones ligando-protena.

Informacin acerca de la estructura y ordenacin de un fichero estndar de la PDB se puede encontrar en

http://www.rcsb.org/pdb/info.html

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De todos los complejos encontrados en la PDB buscaremos uno que contenga la estructura base de nuestros ligandos y lo bajaremos (cdigo: 1BDR).

12.3.Visualizacin de estructuras macromoleculares

Una vez se ha recopilado toda la informacin estructural disponible y la bibliografa relacionada, mediante la aplicacin de las correspondientes tcnicas computacionales, se puede llevar a cabo un anlisis estructural en el que se estudien las interacciones esenciales entre el inhibidor y la diana. En Hyperchem existen distintas herramientas que facilitan la visualizacin de macromolculas. Display / Rendering Carpeta Sticks Ribbons Display / Show Hydrogens Off Select / Select backbone A continuacin en el men display elegimos la opcin de mostrar solo seleccin del backbone.

12.4.Construccin modelo inicial (Docking)

Una vez visualizado el complejo buscaremos slo el inhibidor para realizar los cambios pertinentes. Para ello pondremos en pantalla todo el complejo visualizado mediante el men Display/Show all. Con la herramienta de seleccin activada en molculas, sele ccionamos el inhibidor y en el men Display hacemos que solo mantenga la seleccin. Veremos como nos aparece el inhibidor en pantalla. Una vez lo tengamos solo, quitamos la seleccin y visualizamos todos los tomos del mismo:

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Ahora, con la herramienta de dibujo, borraremos todos los tomos sobrantes y dibujaremos el grupo R que nos corresponda. Una vez dibujados todos los tomos pesados, con la herramienta de seleccin en molcula, se seleccionar el inihbidor entero y se le aadirn los tomos de Hidrgeno que le faltan. Slo con el inhibidor seleccionado: Build / Add Hydrogens

Quitando seleccin Setup / Semiempirical... PM3 Setup / Molecular Mechanics... MM+ Display / Show all

File / Save as... Lo guardamos como complejo inicial.

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12.5.Optimizacin de la geometra del inhibidor en el complejo

Al realizar cualquier minimizacin hay que asegurarse de slo tenemos seleccionado el ligando. Compute / Single point
Anotar el valor de la energa y del gradiente.

Compute / Geometry optimization Steepst Descent RMS 0.1 32767 maximun cycles
Anotar el valor de la energa y del gradiente.

Compute / Geometry optimization Polak-Ribiere RMS 0.01 32767 maximun cycles

Anotar el valor de la energa y del gradiente.

File / Save as... Lo guardamos como complejo final.

12.6.Clculo de la Energa de Interaccin

Una vez tenemos el complejo final, podemos visualizar sus estructuras ms importantes y calcular la energa de interaccin. Para ello se utilizar la frmula: Einteraccin=Ecomplejo-Eligando-Eprotena La energa total del complejo se calcula deseleccionando todos los tomos y realizando un single point. Para calcular la energa de la protena seleccionaremos el ligando y en el men Edit seleccionaremos la opcin Clear. As habremos eliminado del sistema el inhibidor. File / Save as... Guardamos la protena sola. A continuacin realizamos un single point de la protena y anotamos la energa. Por ltimo calculamos la energa del ligando abriendo la estructura del complejo final guardada. File / Open... Abrimos complejo final. 42

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Seleccionando el inhibidor y en el men Select eligiendo Complement selection elegimos todo lo que no es ligando, y en el men Edit seleccionaremos la opcin Clear para borrar la protena y las molculas de agua. Realizamos un single point y nos da el valor de la energa del ligando.

13. Unin de una serie de fenilimidazoles al citocromo P450cam

Se sabe que las estructuras representadas a continuacin se unen al mismo sitio activo del citocromo P450cam , aunque no se sabe el modo en que lo hacen. Por este motivo se pretende encontrar un patrn farmacofrico que ayude a entender el modo en que se produce esta unin. Qu posibilidades de alineamiento de las molculas existen? En qu propiedades estn basadas?

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