Proteindan asam nukleat

Protein
Pengertian e ge t a asa asam a amino o Macammacam asam amino Ikatan peptida Pengertian polipeptida Struktur primer, primer sekunder, sekunder tersier, tersier dan kwartener protein pelipatan p dan stabilitas ikatan dan interaksi untuk p protein Klasifikasi protein

Proteinmerupakan polimer as.amino ( (amino acid) d)

Proteinmerupakan polimer lineardari 20 asam aminoyangberbeda. Dikesankan oleh namanya :amino aminoacid acid containanaminogroup(NH2)andanacidic carboxylgroup(COOH) ( COOH) Sruktur AA:

Asam Amino
KArakter unik AAditentukan oleh nature natureof theRgroup 20AAdikelompokan menjadi five fivechemical classesberdasarkan Rgroupnya : 1.AANonpolar ,contoh leucine,gugus Rberisi :CH2orCH3. 2.Polarunchargedaminoacids,suchas threonine,haveRgroupsthatcontainoxygen (orOH).

Lanjutan AA
Charged g aminoacids, ,suchasg glutamic acid, ,haveR groupsthatcontainacidsorbasesthatcanionize. Aromaticaminoacids,suchasphenylalanine,haveR groupsthat th tcontain t i anorganic i (carbon) ( b )ring i with ith alternatingsingleanddoublebonds. Aminoacidsthathavespecialfunctionshaveunique Properties.Someexamplesaremethionine,whichis oftenthefirstaminoacidinachainofaminoacids; proline whichcauseskinksinchains proline, chains;andcysteine, cysteine whichlinkschainstogether

Ikatan peptida
Tiap AAketika terionisa mempunyai gugus positif amino(NH3+)dan ggs negatif karboksil (COO). Dua AAberdekatan dapat bergabung melalui dehidrasi ggs karboksil dan ggs amino membentuk ikatan peptida. Ikatan peptida berulang membentuk polipeptida, mempunyai tulang punggung berulang Polipeptida mempunyai ggs aminoamino bebas (Nterminus)dan ggs karboksil bebas (C terminus)

Ikatan peptida

tulang punggung peptida

4levelstruktur protein:primary, secondary, d tertiary, i and dquaternary

5faktor kritikal untuk folding and dstability b l protein

H d Hydrogen b bonds d
Ikatan hidrogen g ada :withinap polypeptide yp p and betweenpolypeptides Ik. Ik Hidrogen secara kolektif memacu pelipatan dan stabilitas protein Ik hidrogen dijumpai pdstruk :sek,ter,kwart. sek ter kwart
helix H b bond d Hbond pleated l d sheet

Ionicbondsandotherpolar interactions
Ikatan ionik terjadi antara rantai samping AA yangbermuatan positif dan negatif Interaksi polarbisa terjadi antara rantai samping polartdbermuatan dgasam amino ionik Ik ionik dan interaksi polar TUdijumpai pdstruk.Ter.&kwart.

Hydrophobiceffect
Bagian polarproteincenderung berkumpul berkumpul disisi luar proteindan berinteraksi dgair, bagian hidrofobik protein(nonpolar amino acidchain)berkelompok di interiorprotein. Efek/interaksi hidrofobik memainkan peran penting pdstruk ter. &kwart

vander Waalsattraction
Tarik menarik vander Waalsadalah tarikan lemah antara atomkarena perbedaan polarisasi awan elektron yangberlawanan

Tarik Tarik menarik vander Waalsuntuk menstabilkan struk Ter.

Disulfide f bridges g
Jembatan disulfida (SS)terbentuk dari iaktan ggs sulfhidril (SH) ( SH)dari AAsistein dg AAsistein lainnya Ikatan k d lf d adalah disulfida d l h ikatan k k l yg kovalen terjadi dalam satu polipeptida atau antara polipetida l d yangberbeda b b d .nature nature kovalen dari ikatan disulfida untuk membantu menstabilan struk tersier protein

Struktur karakteristik tambahan :motifdan d domain i

Darip penemuan struktur 3dimensi p protein, , teramati adanya simililaritas dan dissimilaritas Similiritas struktur dinamakan motifatau supersecondary structure. structure Motifyangumum ditemui : a a. motif b.barrel(isasheetfoldedaroundtoforma tube) ) c.helixturnhelix(consistsoftwohelices separatedbyabend)

Lanjtn j motifdan domain

Domains ofproteinsarefunctionalunits within i hi al largerstructure Domaincanbethoughtofassubstructure withinthetertiarystructureofaprotein Analogi g dalam bahasa p protein: Asam aminohuruf motif kata atau frasa domainparagraf

lanjt

barrel motif

lanjutan

Contoh proteinserat,globular,dan interaksi k dalam d l protein

Interaksi hidrofobik dan interaksi vander Waals

pung gung

kolagen

hemoglobin

chaperoneprotein
Proteinchaperonmerupakan molekul protein yangmembantu pelipatan molekul protein lainagarmelipat dengan benar dan terjaga dari pengaruh buruk sitoplasma

Chaperonin (contproteinchaperon)

Ranaturasi dan denaturasi

Secara alamiah proteinmelipat normaldalam sel
Kondisi fisik dan kimia lingkungan dapat mempengaruhi pelipatan , misal suhu,kadar garam,pH dsb

Klasifikasi /Pegelompokan protein

Pengelompokan proteinberdasarkan : *fungsi *komposisi k ii *kelarutan

Klasifikasi proteinberdasarkan fungsi

Function Enzyme catalysis Classof Examples Protein Enzymes Glycosidases Examplesof Use Cleave polysaccharides Proteases Breakdown proteins Polymerases Synthesize nucleicacids Kinases Phosphorylate sugarsand proteins

Lanjt.fungsi j g
Function Classof ExamplesofUse Protein Example s Support fibers Collagen Formscartilage Keratin Formshair,nails,horn b Fibrin silk elastin Forms o sblood b oodc clots ots ininsectcocoonand spiders p web resumeskinshapeafter stretchingor Contracting

Lanjt.fungsi
Classof Protein Motion/con / Muscle tractile Function Examples Actin Myosin y Regulation Osmotic proteins Serum albumin Examplesof Use Contractionof musclefibers Contractionof musclefibers Maintains osmotic concentration of fbl blood d

Lanjt.fungsi
Function Classof Protein Lanjutan Regulation Gene regulators Hormones Examples ExamplesofUse

lac Regulates Repressor transcription insulin Controlsblood glucoselevels

Vasopressin Increaseswater retentionbykidneys Oxytocin Regulatesuterine contractionsand milkproduction

Lajtn klasifikasi fungsi

Function Classof Protein
Transport Circulating transporters

Examples
Hemoglobin

Examplesof Use

CarriesO2 andCO2 inblood Myoglobin CarriesO2and CO2inmuscle Cytochromes Electrontransport Sodium Excitable potassium membranes pump Protonpump Chemiosmosis Glucose Gl transporter Transportsglucose T l intocells

Membrane transporters

Lajtn klasifikasi fungsi

Function Storage Classof Protein Examples Examplesof Use Storesiron, especiallyin spleen Storesionsin milk Bindscalcium ions

Ionbinding Ferritin

Casein Calmodulin

Lanjtn kfungsi
Function Classof Examples Protein Defense Immunoglo g Antibodies bulins Toxins Snakevenom Examplesof Use Markforeign g proteinsfor elimination Blocksnerve function

Lanjutan j klasifikasi berdasarkan fungsi g

Function Storage Classof Protein Ionbinding Examples Ferritin ExamplesofUse Storesiron, especiallyin spleen Storesionsinmilk
Bindscalciumions dough,helpingitto rise andtokeepits shape

Casein
Calmodulin

Protein composite

Gluten,gliadin giveselasticity to

Klasifikasi bedasarkan komposisi

Classification composition lipoprotein Glycoprotein& proteoglycan example Proteincontaininglipidsuchasthe lipoproteinofbloodserum Proteinwithcovalentlyattached oligosaccharidechain Mostprotein i areglycoproteins, l i exception i areinsulinandserumalbumin.Many connectivetissuep proteinhavecovalenly y attachedpolysaccaride chains.Glycoprotein attachedtoprotein(glycogenin)

Lanjt kkomposisi
Classification Nucleoprotein Haemprotein example Proteinnoncovalentlybound toDNA. F Found din i chromosome h &virus i particle i l Proteincontaininganorganicmolecule complexed toanato ofiron(haem): haemoglobin,myoglobin,and cytochrom

Klasifikasi berdasarkan solubility

Classification solubility l bili Globularprotein example WatersolublebecausetheRgroups of famino i acid idontheir th i surface f are polar Cytoplasmic protein, protein includingmany enzyme,areglobularprotein.Serum transportproteinareglobular protein.

lanjt
Classification example Membraneprotein Membranep proteinhavedomainthat

Fibrousprotein

areexposeontheinnerorouterside (orboth)ofmembranebutalsohave hydrophobicregionthatspanthe phospholipid bilayer.Membrane proteinaregeneticallynotsolublein waterbutmaybeextractedby detergent g toformmicelles Thesehighmolecular weightprotein (keratin, ( ,silk, ,collagen g andelastin) )are insolubleinwater

Contoh bentuk yangtersupport proteinserabut b

(a) ( ) fibrin: f b scanningelectron l micrographofabloodclot( b) ) keratin:ap peacockf feather (c) silk:aspidersweb a (d) keratin:humanhair.

Asam nukleat
memprogram

Gene

DNA

Gula fosfatbasa nitrogen

As.nukleat

Aliran informasi genetik :DNA>RNA> protein i

As.Nukleat adalah polimer nukleotida

Struktur nukleotida

DNAdan RNAadalah polinukleotida

Basabasa nitrogen

DNA VSRNA
DNA:T RNA:U
RNAtersusun atas satu benang

C G A
DNAtersusun atas dua benang

DoublestrandedofDNA

Bentuk satu benang DNA

Replikasi DNA

Nukleotida lainnya

Adenosinetriphosphate(ATP)

mata uang energi

Senyawa lainyg mengandung nukleotida kl d

nicotinamide adeninedinucleotide (NAD+) Flavin adeninedinucleotide (FAD)

LANJT

LANJT

Flavin adeninedinucleotide (FAD)

Contoh AAnonpolar

Contoh AApolartidak bermuatan

AAbermuatan

AAaromatik

Nonpolar

polar