Ingeniera Bioqumica, 2012, N de pgs. 10.

Tipos de catlisis enzimtica

De la Rosa C., Manrquez G., Miranda P., Montao M. Instituto Tecnolgico de La Paz Fecha de entrega: mircoles 9 de octubre de 2013

Introduccin Catlisis enzimtica Las enzimas son catalizadores extraordinariamente activos que en general aceleran en unas 1012 veces o ms la velocidad de la reaccin en la que participan.[1] Catalizador es aquella sustancia que aumenta la velocidad de las reacciones que avanzan hacia el equilibrio, pero no se consumen en el proceso.

En las reacciones catalizadas por enzimas los sustratos se unen a la enzima uno despus del otro y los productos se van liberando respectivamente. Las enzimas catalizan este tipo de reacciones transfiriendo protones desde o hacia el sustrato o el intermedio de modo que el intermediario se convierta en una especie que se descomponga ms fcilmente en productos que en sustratos. La formacin del complejo enzima-sustrato es favorecida termodinmicamente porque hay un cambio negativo en la energa libre durante la formacin del complejo, debido a que se crea un gran nmero de interacciones dbiles entre la enzima y el sustrato. Se puede prever que esta energa de unin sirve para dos propsitos: para establecer la especificidad de sustrato y para aumentar la eficacia cataltica. Las enzimas se unen a los sustratos en su centro activo y quedan orientadas de manera que puedan adoptar una posicin ptima. Slo el sustrato correcto puede participar en la mayor parte de las interacciones con la enzima, potenciando as la energa de unin, lo que explica la alta especificidad por el sustrato exhibida por muchas enzimas. Adems, el complemento perfecto para dichas interacciones solamente se forma cuando el sustrato se encuentra en el estado de transicin. De este modo, las interacciones entre la enzima y el sustrato no slo favorecen la unin del sustrato, sino que tambin estabilizan al estado de transicin, disminuyendo as la energa de activacin. Resulta difcil cuantificar la participacin de cada uno de los mecanismos catalticos, es esencial considerar la estabilizacin del estado de transicin que lleva a cabo la enzima, no tanto la fuerza de unin con el sustrato. En la mayora de enzimas, la energa de fijacin utilizada para formar el complejo es tan solo una de las diversas contribuciones al mecanismo cataltico general. Una vez unido el sustrato al enzima, grupos funcionales catalticos situados adecuadamente colaboran en la rotura o formacin de enlaces mediante una variable de mecanismo, entre los que se encuentra catlisis covalente, por iones metlicos, acido base

Estos mecanismos son diferentes a los basados en la energa de fijacin porque generalmente suponen una interaccin covalente transitoria con un sustrato o la transferencia de grupos desde o hacia el sustrato.[2] Importancia de los grupos prostticos, cofactores y coenzimas en la catlisis Existen muchas enzimas que contienen pequeas molculas no protenicas e iones metlicos que participan de manera directa en la unin de sustrato o catlisis. A dichas molculas se les denomina, grupos prostticos, cofactores y coenzimas, stos aumentan las posibilidades de las capacidades catalticas ms all de las que proporcionan el limitado nmero de grupos funcionales presentes en las cadenas laterales aminoacilo de pptidos. Los grupos prostticos se distinguen por su incorporacin estrecha y estable hacia la estructura de una protena mediante fuerzas covalentes o no covalentes. [3] Ejemplos: FMN, FAD, pirofosfato de tiamina, biotina y los iones metlicos Co, Cu, Mg, Mn y Zn. Los metales son los grupos prostticos ms comunes. A las enzimas que contienen iones metlicos unidos estrechamente iones metlicos se les llama metaloenzimas. Los metales pueden facilitar la unin y orientacin de sustratos, la formacin de enlaces covalentes con intermediario de reaccin, o interactuar con sustratos para hacerlos ms electrfilos o nucleofilicos. De manera similar, los cofactores desempean funciones como los grupos prostticos, a diferencia que se unen de una manera transitoria y disociable a la enzima o a un sustrato. Los cofactores ms comunes son iones metlicos, para que ocurra la catlisis debe haber cofactores en el medio que rodea a la enzima. Para aumentar la catlisis en las reacciones qumica, combinar los diversos mecanismos Mecanismos catalticos Catlisis acido base Una forma de estabilizar las cargas que aparecen en un estado de transicin es la transferencia de protones desde o hacia el sustrato. Existen cadenas laterales de ciertos aminocidos que pueden actuar como aceptadores o donadores de que son los que participan en estas reacciones. Este tipo de reacciones se da en muchas proteasas en las que este papel lo desempea el grupo imidazol de la His.[4] Aminocidos polares sin cargas: las enzimas pueden

[3] Aminocidos polares con carga:

[3] Este mecanismo se diferencia de la catlisis acido base especifica, en que la transferencia de protones en este tipo de catlisis se realiza entre el sustrato y el agua. [2] Muchas reacciones bioqumicas suponen la formacin de intermediarios cargados inestables que tienden a descomponerse rpidamente en sus especies reactivas constituyentes no pudiendo, de este modo, reaccionar. Los intermediarios cargados a menudo se pueden estabilizar transfiriendo protones a o desde el sustrato o intermediario para formacin una especie que se descompone en productos ms fcilmente que en reactivos. En las reacciones no enzimticas, las transferencias de protones pueden utilizar solo los constituyentes del agua u otros donadores o aceptores dbiles de protones. La catlisis que solo utiliza los iones ( ) u presentes en el agua se denomina catlisis acida o bsica especifica. Si la transferencia de protones entre el intermediario y el agua es mas rpida que la descomposicin del intermedario en reactivos, el intermediario se estabilizar de manera efectiva cada vez que se forme. En este caso no se producir catlisis adicional facilitada por otros aceptores o donadores de protones. No obstante, e muchos de los caso no se producir catlisis adicional facilitada por otros aceptores o donadores de protones. No obstante, en muchos

casos el agua no es suficiente. El termino catlisis cido-base general se refiere a la transferencia de protones facilitada por otras clases de molculas. En reacciones no enzimticas en solucin no acuosa, este solo se observa cuando la velocidad de descomposicin del intermediario inestable en reactivo es mayor que la transferencia de protones a o desde el agua. Muchos cidos orgnicos dbiles pueden suplementar el agua como donadores de protones en esta situacin, al igual que las bases orgnicas dbiles pueden servir como aceptores de protones. Varias cadenas de aminocidos pueden actuar de modo similar como donadores y como aceptores de protones en el sitio activo de un enzima. Estos grupos se pueden posicionar de forma precisa en el sitio activo de un enzima para permitir la transferencia de protones, generando incrementos de velocidad del orden de a este tipo de catlisis tiene lugar en la gran mayora de enzimas. De hecho, las transferencias de protones son las reacciones bioqumicas ms habituales.[5] Si la velocidad de la reaccin cambia como una funcin del pH concentracin constantes de amortiguador, se dice que es una catlisis bsica especifica ( cuando el pH es superior a 7) o catlisis acida especifica (con un pH menor a 7). Si se eleva la velocidad de la reaccin a pH constante con los incrementos en la concentracin del amortiguador, se dice que esta se dice que esta catlisis a catlisis 7) o la catlisis acida general (ph inferior a 7).[6] Este tipo de catlisis se basa en el mecanismo de hidrlisis:

Catlisis covalente La catlisis covalente supone aceleracin de la velocidad de reaccin a travs de la formacin transitoria de un enlace covalente entre el enzima y el sustrato. La descarboxilacin del acetoacetato, catalizada qumicamente por aminas primarias, constituye un ejemplo de tal proceso (fig. 1). En el primer paso de esta reaccin, la amina ataca nucleofilicamente el grupo carbonilo del acetoacetato, formando una base de Schiff (enlace imino).

El tomo de nitrgeno protonado del intermedio covalente acta ahora como sumidero electrnico, con el fin de reducir el carcter enolato de alta energa que, de otra forma, tendra el estado de transicin. La formacin y descomposicin de la base de Schiff se produce muy rpidamente, por lo que no es determinante de la velocidad en esta secuencia de reaccin.

Figura 1: Mecanismo de la reaccin sin catalizar de la descarboxilacin del acetoacetato (parte superior) y del mecanismo de reacin tal como lo catalizan las aminas primarias (parte inferior).

La catlisis covalente tiene tanto pasos nucleoflicos como electroflicos Tal como indica el ejemplo procedente, la catlisis covalente se puede descomponer conceptualmente en dos pasos: 1. La reaccin nucleoflica entre el catalizador y el sustrato para formar un enlace covalente. 2. La eliminacin de electrones del centro de reaccin por el catalizador, que ahora, es electrofilico. Los mecanismos de reaccin se clasifican de una manera algo arbitraria en catlisis nucleoflica o catlisis electroflica, segn cual de estos efectos proporciona una mayor fuerza propulsora a al reaccin, es decir, cual de ellas cataliza la etapa determinante de velocidad. La descarboxilacin del acetoacetato catalizada por aminas primarias es, claramente, una reaccin catalizada electrofilicamente ya que su fase nucleofilica puede ser la determinante de velocidad. La nucleofilicidad de una sustancia est estrechamente relacionada con su basicidad. Desde luego que el mecanismo de la catlisis nucleoflica se parece al de la catlisis bsica general, con al excepcin de que, en lugar de abstraer un protn del sustrato, el catalizador ataca nucleofilicamente el sustrato para formar un enlace covalente. Por consiguiente, si la formacin del enlace covalente es la etapa determinante de velocidad de una reaccin catalizada covalentemente, la

velocidad de reaccin tiende a aumentar con al basicidad del catalizador covalente (pK). Un aspecto importante de la catlisis covalente es que cuanto ms estable sea el enlace formado, menos fcilmente se descompondr en las etapas finales de la reaccin. Un buen catalizador covalente debe combinar, por tanto, las aparentemente contradictorias propiedades de alta nucleofilicidad y la capacidad de formar un buen grupo saliente, es decir, revertir fcilmente el paso de formacin del enlace. Los grupos con elevado grado de polarizacin (electrones muy mviles), tales como las funciones imidazol y tiol, poseen estas propiedades y de ah que sean buenos catalizadores covalentes. Las cadenas laterales de ciertos aminocidos y los coenzimas pueden servir como catalizadores covalentes. Los enzimas utilizan de forma frecuente mecanismos de catlisis covalente, como lo indica la gran variedad de intermedios de reaccin enzima-sustrato unidos de forma covalente que se han aislado. Por ejemplo, la descarboxilacin enzimtica del acetoacetato transcurre, en gran parte, tal como se ha descrito anteriormente, a travs de la formacin de una base de Schiff con el grupo e-amino de un resto de Lys del enzima. El intermedio covalente ha sido aislado en este caso mediante la reduccin del enlace imino a amina con NaBH4, inhibiendo irreversiblemente al enzima. Otros grupos funcionales del enzima que participan en la catlisis covalente son al porcin imidazol de la His, el grupo tiol de la Cys, la funcin carboxilo del Asp y el grupo hidroxilo de la Ser. Adems varios coenzimas, especialmente la tiamina pirofosfato y el piridoxal fosfato, funcionan en asociacin con sus holoenzimas, principalmente como catalizadores covalentes.

Catlisis por iones metlicos Es otra forma de catlisis cido-base, en la formulacin de Lewis, un cido es un aceptor de pares de electrones (electrfilo) y una base es un donador de pares de electrones (nuclefilo). Los iones metlicos que se incluyen en este tipo de catlisis como Mn2+, Mg2+ y Zn2+, son cidos de Lewis. Aproximadamente una tercera parte de las enzimas que se conocen requieren de la presencia de iones metlicos para llevar a cabo su actividad cataltica. Existen dos clases de enzimas que requieren iones metlicos, se diferencian por las fuerzas de interacciones ion-proteina: a) Metaloenzimas. Contienen iones metlicos unidos fuertemente, frecuente iones metlicos de transicin, por ejemplo Zn2+, Fe2+, Fe3+, Cu2+, Mn2+o Co3+. b) Las enzimas activadas por metales se unen en forma dbil con los iones metlicos de la solucin, por lo general iones metlicos alcalinos y de tierra alcalinos como Na+, K+, Mg2+o Ca2+.

Los iones metlicos participan en el proceso cataltico principalmente de las siguientes formas: 1. Mediante la unin a sustrato para orientarlos de la manera ms adecuada para la reaccin. Puede actuar como un puente entre el enzima y el sustrato, aumentado la energa de unin y manteniendo al sustrato en una conformacin apropiada para la catlisis.[7] 2. Como mediadores en las reacciones de oxidacin-reduccin por medio de cambios reversibles en el estado de oxidacin del ion metlico. 3. Por medio de la estabilizacin electrosttica (estados de transicin) o formando un escudo de cargas negativas. Enfocados al tercer punto encontramos lo siguiente: a) Los iones metlicos estimulan la catlisis mediante la estabilizacin de cargas. La accin como electrfilo, estabilizando una carga negativa sobre un intermediario de reaccin. En muchas reacciones los iones metlicos actan de igual forma que un protn para neutralizar la carga negativa, es decir, como un cido de Lewis. Los iones metlicos suelen ser ms efectivos que los protones debido a que pueden estar presentes en concentraciones elevadas a pH neutro y pueden tener cargas mayores que +1. b) Los iones metlicos promueven la catlisis nucleoflica por medio de la ionizacin del agua. Las cargas de los iones metlicos permiten que las molculas de agua unidas sean ms acidas el H2O libre y por lo tanto una fuente de iones hidroxilo, incluso por debajo del pH neutro. Facilitando mediante coordinacin directa en la formacin de nuclefilos como el ion hidrxido, un ion Zn2+ se utiliza con el mismo fin. Un ejemplo de este fenmeno cataltico es la anhidrasa carbnica(E.C. 4.2.1.1), La AC presenta una actividad de liasa, es decir, enzimas que catalizan reacciones de eliminacin no hidroltica, no oxidante o la lisis de un sustrato; son reacciones que generan un doble enlace a travs de la eliminacin de molculas de H2O, CO2 y NH3[8]. La funcin ms estudiada de esta enzima es catalizar la ionizacin del dixido de carbono (CO2) para formar el cido carbnico (H2CO3), reaccin que se lleva a cabo de manera continua en ausencia de la enzima, pero muy lentamente (100s para llegar al equilibrio); mientras que en presencia de sta, el equilibrio se alcanza en menos de 1s, produciendo un protn (H+) y un anin de bicarbonato (HCO3-).

Dicha enzima contiene un ion Zn2+esencial que yace en la parte ms profunda de una hendidura de -15 del sitio activo, donde se encuentra coordinada en forma tetradrica mediante tres cadenas laterales de His invariables con la evolucin y un tomo de O, ya sea de un ion o de una molcula de agua. El mecanismo cataltico presente en la enzima anhidrasa carbnica es el siguiente: 1. Una molcula de agua unida a la protena en la posicin del ligando cuarto del ion Zn2+ . Esta molcula de H2O polarizada con el ion metlico se ioniza en un proceso facilitado por la catlisis bsica general por la HIS 64 en su conformacin hacia dentro[9]. La His 64 se encuentra demasiado lejos del agua unida al Zn 2+para extraer en forma directa su protn, estas entidades estn ligadas por dos molculas de agua intermedia para la formacin de una red unida por hidrogeno que se piensa que actual como lanzadera de protones. 2. El ion OH- unido al Zn2 resultante ataca como nuclefilo al CO2 unido de manera enzimtica, convirtindolo en HCO3-. Por consiguiente el grupo hidroxilo unido al ion metlico cede un puente de hidrogeno a la Thr 199, la cual a su vez dona un puente de hidrgeno a la Glu 106. Estas diversas interacciones orientan el grupo OH- con la geometra ptica para el ataque nucleoflico en el sustrato CO2. 3. Se regenera el sitio cataltico por el intercambio del producto de reaccin HCO3- unido al Zn2+ por H2O junto con la desprotonacin de la His 64. En el ltimo punto la His 64 gira a su conformacin hacia afuera que puede facilitar la transferencia del protn al volumen del solvente. c. Los iones metlicos estimulan las reacciones metlicos estimulan las reacciones por medio de la formacin de escudos de cargas. Referencias bibliogrficas [1]Koolman, Jan; Rhm, Klaus-Heinrich. Bioqumica: Texto y atlas. 3aedicin. Editorial Mdica Panamericana; 2004. P.90 [2] Lehninger, Principios de bioqumica, cuarta edicin Pag. 200 [3]Feduchi; Blasco; Romero; Yaz; bioqumica conceptos esenciales; editorial medica panamericana. Pag 139 [4] Lehninger, Principios de bioqumica, cuarta edicin Pag. 200 [5] John Mcmurry; qumica organica; 7. Edicin; cengage Pag.809- 811 [6] Granner, Daryl K; Gross, Peter L; Keeley. Frederick W.; Mayes Peter A.; Rand, Margaret L. Bioqumica ilustrada. 28a edicin. Mc Graw Hill. [7] Berg, Jeremy; Tymococzko, John; Stryer, Lubert. Bioqumica. 2 edicin. Editorial Revert;2008. P. 242

[8] Melo V, Cuamatzi O. Bioqumica de los procesos metablicos. Espaa: Revert; 2007.p.360. [9] Voet, Donald; Voet G., Judith. Bioqumica. 3 edicin. Editorial Mdica Panamericana; 2006. P. 518-519