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Blog de Tendencias21 y Fundacin Telefnica

Intencionalidad, significado y semntica en los genes y en el cdigo gentico

Mircoles, 30 de Enero 2013 Se contina en lo que sigue reflexionando sobre la posible intencionalidad de la informacin contenida en los genes y sobre la forma cmo la informacin gentica se transmite de una clula a otra, o mejor dicho, de un ADN a una protena. El autor que glosamos no hace referencia a la teora cuntica, pero a nosotros nos parece que sus explicaciones seran mejores si hiciera uso de ella. Se termina mencionando a Richard Dawkins como autor de la obra "El gen egosta" que trata del funcionamiento de los genes

(Continuacin) John Maynard Smith el autor al que hemos hecho referencia en los ltimos tres posts, habla en relacin con la informacin gentica y su intencionalidad sobre cmo se llevan a cabo los contactos y reacciones entre las molculas bsicas de la vida a las que hemos hecho referencia anteriormente. Dice que la qumica es una de las formas de interrelacin pero habla de otras formas que tienen que ver con las interacciones RNAprotenas y el papel que en ello juegan las enzimas. Se atreve adems a hablar de otras formas de interaccin a distancia en las que no se extiende pero que al que esto escribe

le parece que pueden tener relacin con el famoso entanglement, entrelazamiento o enredo, de la teora cuntica. Es decir, la accin a distancia sin ningn medio de comunicacin o transmisin. Por cierto que no es esa la nica ocasin en la que la teora cuntica podra haber entrado en las explicaciones de Smith. Tambin parece existir una posible incertidumbre cuntica en el hecho mencionado por este autor de que las tripletas de nucletidos del ARNt y los aminocidos que crean no son fijas sino que pueden ser arbitrarias, y de ello se deducen los fallos en la traduccin gentica que tan peligrosos pueden ser al producir enfermedades y trastornos diversos. Recuerda a este respecto el concepto de gratuidad (gratuity o gratuit), introducido por Jacob y Monod en 1961, que tiene que ver con los fenmenos de represin de protenas, o influencia de un represor, en los que acta un segundo gen regulador y una pequea molcula que acta como inductor. Habla adems de organizacin jerrquica de los genes y del hecho de que unos genes parecen dirigir o regular a otros. Concluye poniendo nfasis en la relacin informacin-biologa sealando que es un campo muy prometedor en el que hay mucho por hacer. Menciona insistentemente la intencionalidad (a lo que yo llamara inteligencia) que existe en los genes y la presencia de componentes simblicos y semiticos en el interior de los componentes genticos ms profundos de los seres vivos. Cree, como hemos dicho, que dicha intencionalidad es producto de una larga evolucin, pero no descarta, como tambin hemos indicado, que pueda serlo de un diseo inteligente de la vida. Aadiendo que ambas cosas son similares. Por mi parte, y ya al final de este largo y primer recorrido por el papel de la informacin en la biologa, quiero constatar que Smith no hace uso en absoluto de la teora cuntica, algo muy comn entre los bilogos, y afirmar que sus explicaciones seran ms convincentes si la hubiera utilizado. La incertidumbre en la codificacin de las protenas, la gratitud de Monod, la actuacin a distancia de los genes, su jerarqua, su capacidad regulatoria y todo lo que tiene que ver con la intencionalidad y el significado, podra explicarse mejor con la teora cuntica de los fsicos. Van a tener razn estos ltimos al afirmar que la mecnica cuntica es ms intuitiva y se adapta mejor para explicar nuestro mundo que la mecnica clsica. El gran problema para los bilogos es que sus investigaciones slo pueden llevarse a cabo a travs de lo que se puede observar, medir y demostrar, y hoy por hoy no se sabe en absoluto cmo sera posible investigar sobre la parte intangible de la informacin, es decir, sobre la inteligencia, la intencionalidad y el simbolismo que los genes y el cdigo gentico parecen llevar dentro de ellos mismos. Hacer referencia por ltimo, al hecho de que si este blog fuera algo ms que un intento de resumir publicaciones recientes y de aportar alguna reflexin sobre el conocimiento y

las tecnologas con l relacionadas, de forma breve y resumida, se deberan mencionar a autores diversos en relacin con los genes y su funcionamiento. Uno al menos debera ser citado dada la popularidad adquirida por su obra y dada la relacin de la misma con la intencionalidad de los genes. Se trata de Richard Dawkins, autor del libro 1976, "El gen egosta". Dice este autor en ese libro que la evolucin acta sobre los genes, no sobre los individuos, y que la probabilidad de que un gen prospere depende de su capacidad de adaptacin. Los organismos son "mquinas de supervivencia" para los genes los cuales son "egoistas" , empleando el trmino como metfora de que mantienen a los organismos y se ocupan de su multiplicacin para ellos mismos seguir existiendo. El libro y el autor son tambin conocidos por la introduccin del trmino "meme" que es la unidad terica de transmisin cultural. Algo cercano al gen pero en el terreno d la cultura y de las ideas. Adolfo Castilla Comentarios

El concepto de informacin en biologa

Mircoles, 30 de Enero 2013 En este post se hace referencia a las similaridades existentes entre la informacin descrita en la Teora de la Informacin de Claude Shannon y otros autores, muy relacionada con el mundo de las telecomunicaciones, de los ordenadores y de Internet, y la informacin tal como se usa en el terreno de la biologa molecular. En esos dos campos se utilizan trminos y conceptos sinnimos aunque hay diferencias importantes en cuanto a cmo la informacin se almacena y se transmite en un mundo y otro. En las telecomunicaciones y en los ordenadores la informacin se almacena, se transmite y se comunica en forma digital mientras que en biologa, no lo sabemos con precisin pero se asemeja ms a la transmisin analgica de otras pocas en ese primer terreno o a una transmisin por contacto fsico de componentes orgnicos. Se sigue analizando el Captulo 7 debido a John Maynard Smith del libro Information and the Nature of Reality (INR) que venimos estudiando en los ltimos posts. Se insiste en l en la intencionalidad de la informacin gentica.

(Continuacin) Lo indicado en el post anterior puede ser un pequeo galimatas para las personas que no estn familiarizadas con estos temas, que, por cierto, cada vez son menos, ya que estas cuestiones comienzan a formar parte de la sabidura comn de las gentes. Todo lo que se dice aqu, por cierto, puede verse en cualquier manual de biologa molecular y, desde luego, en Wikipedia. Se encontrar, adems, de forma mucho ms clara y sin los errores en los que sin duda incurrimos en este blog (1). Lo importante para nuestras argumentaciones es que todo lo mencionado parece formar parte de la Teora de la Informacin. En ocasiones nos olvidamos de que estamos hablando de biologa. Trminos como informacin, cdigo, mensaje, transcripcin, traduccin, edicin y otros como redundancia, sinnimos, librera y varios ms, son utilizados indistintamente en temas de informacin y comunicacin convencionales y en temas biolgicos. A ello se refiere el ya difunto John Maynard Smith (1920 2004), genetista e investigador en biologa evolutiva, en su trabajo The concept of information in biology incluido como captulo 7 de libro que comentamos. Despus de detenerse en las analogas que existen entre esos dos mundos y de comparar la transmisin de un mensaje humano por cdigo Morse con la traduccin de un mensaje codificado en el ADN a la secuencia de aminocidos que constituyen una protena, se adentra en la cuestin de si dicha analoga es correcta y de si ha sido buena o mala para la biologa. Indica que ha sido buena pero que cuando se ha tomado al pie de a letra ha inducido a

errores. Hay que saber en este sentido que un decodificador Morse, por ejemplo, ha sido programado por la inteligencia del hombre, mientras que el cdigo gentico codifica su propia maquinaria de traduccin, es decir, parece tener la inteligencia o intencionalidad que el constructor del circuito telegrfico tiene. Dicha maquinara de traduccin, por cierto, es la que forman los ribosomas y los ARNt (ARN de transferencia) a los cuales se ha hecho mencin anteriormente. Surge, como es lgico, la cuestin de quien coloc esa intencionalidad en los genes y al final de su largo artculo, John Maynard Smith dice que probablemente ha sido el proceso de evolucin al que estn sometidos todos los seres vivos. La evolucin es la que ha ido creando genes que contienen la informacin hereditaria y saben dar las rdenes para que en un momento determinado y un lugar concreto se construya, por ejemplo, un ojo en un ser vivo en fase de desarrollo. Sugiere adems que tanto eso como un posible diseo inteligente de la vida hecho por un ser superior tendran la misma apariencia y el mismo efecto. Dada su condicin de estudioso de la teora de la evolucin se adentra en ella y se manifiesta partidario del gran evolucionista alemn, August Weismann (1834 1914) autor del famoso libro The Evolution Theory publicado en 1904, quien dej claramente establecido que la herencia gentica no se cambia fcilmente por influencia del entorno en un individuo. Se adentra as en el debate nature-nurture, dicho en ingls, o naturaleza vs nutricin (o alimentacin), dicho en espaol. Ve en las explicaciones de Weismann la intencionalidad que l resalta en los genes y en el cdigo gentico y habla claramente de la semntica y significado que llevan consigo las instrucciones genticas. Indica concretamente que los genes encierran smbolos y mensajes con programas y objetivos concretos, es decir, con intencionalidad. ________________________________________________ (1) Debo aadir que tengo siempre la ayuda en estos temas de mi hija Virginia, biloga molecular, como ya he dicho en este blog, e investigadora en el Memorial SloanKettering Cancer Center de Nueva YorK. Uno de sus ltimos trabajos publicados en la revista "Journal of Cell Biology", puede verse en: http://jcb.rupress.org/content/198/4/529.long . Ella, sin embargo, no es responsable de los errores o simplificaciones que se puedan deslizar en lo que escribimos.

(Contina en el post siguiente) Adolfo Castilla Comentarios

Algunas consideraciones sobre biologa molecular hechas por un aficionado

Domingo, 27 de Enero 2013

Se hace a continuacin un resumen de los aspectos ms bsicos de la biologa molecular obtenido de manuales corrientes de dicha materia y de informacin disponible en Wikipedia. No trato con ello de entrar en un rea de la que no soy experto como si lo fuera. Slo intento entender los descubrimientos recientes en este terreno, algo que creo debemos hacer todos, dada su importancia para nuestras sociedades. La tecnologa est ya entrando en el mundo de las realidades orgnicas ms profundas y pronto veremos muchas aplicaciones prcticas relacionadas con ese mundo. Se va detrs, por otra parte, de conocer el papel de la informacin en el terreno de los ADN, ARN, genes, protenas y otros elementos orgnicos responsables de la vida y del desarrollo de los seres vivos, y, en un sentido ms concreto, de su misin en la transmisin de la herencia gentica

(Continuacin) Hablando con mucho respeto de estas cosas en las que uno no es experto, pero tiene un inters enorme en entenderlas, el ADN parece tener como misin principal el almacenamiento a largo plazo de la informacin gentica hereditaria, como podemos ver en cualquier manual de biologa y en las correspondientes entradas de wikipedia El ADN, como se sabe, est formado por una doble cadena de nucletidos que, por cierto, se nombran utilizando la base que hay en cada uno de ellos (A, T, C y G), que forman en conjunto la codificacin de la informacin gentica que dicho cido lleva consigo. Son, diramos, mensajes dispuestos para ser transmitidos y como tales, y segn lo que venimos aventurando en estos posts, compuestos de datos, o partes tangibles, y de significados, o partes intangibles. La transmisin de dicha informacin gentica, o transcripcin del ADN, como suele denominarse en biologa molecular, es el primer paso de la denominada expresin gentica, proceso a travs del cual la informacin contenida en la secuencia del ADN se transfiere a las protenas. Por expresin gentica se conoce el proceso mediante el cual todos los organismos elementales, procariotas (constituidos por clulas procariotas, es decir, clulas que no tienen ncleo celular y en las que el ADN se encuentra libre en el citoplasma) y eucariotas (constituidos por clulas eucariotas, es decir, clulas en las que existen un ncleo celular en el que se encuentra el material gentico hereditario), transforman la informacin contenida en los cidos nucleicos (ADN y ARN) en las protenas necesarias para la vida y el desarrollo de los seres vivos. Para nuestro inters de poner nfasis en la informacin, no se debe olvidar entonces, que

el ADN contiene las instrucciones genticas necesarias para el funcionamiento de los seres vivos y, especialmente, para su desarrollo. Tiene por tanto la misin de transmitir la herencia gentica. Imprescindible para esa transmisin, por otra parte, es el ARN (ARNm o ARN mensajero, de hecho, como es llamado con precisin), cadena de nucletidos mas corta y simple (es decir, una sola cadena), en la cual se copia el ADN mediante el proceso de transcripcin mencionado anteriormente. Dicha transcripcin se lleva a cabo en el ncleo de las clulas y tras ella el ARN puede salir al citoplasma para su utilizacin posterior. La informacin contenida ya en el ARN es interpretada a travs del cdigo gentico, o conjunto de normas que permiten traducir la informacin contenida en el material gentico (ADN) en protenas, que son, a su vez, secuencias de aminocidos. La descodificacin tiene lugar en el ribosoma donde se encadenan los aminocidos en el orden indicado por el ARNm (ARN mensajero). En el proceso de lectura y de transferencia de la informacin hasta los aminocidos acta el ARNt (ARN de transferencia). Lo hace leyendo los nucletidos de tres en tres y transportando el aminocido correspondiente. El cdigo gentico es muy parecido en todos los organismos vivos y puede expresarse con una simple tabla de 64 entradas. El cdigo gentico define cmo la tripleta de nucletidos, a la que se llama codn, determina el siguiente aminocido a ser aadido durante el proceso de sntesis de una protena. Entre esos tres nucletidos del RNA se encuentra el Uracilo (U), una base nitrogenada adicional a las cuatro ya mencionadas que sustituye en este cido a la Timina (T). En el ARN, por tanto, est formado por agrupaciones de los cuatro nucletidos A, C, G y U, y van en grupos de tres (tripletas), cada uno de ellos llamado codn. Un ejemplo de secuencia de codones podra ser: AUG, ACG, GAC, CUU, CGG etc (Contina en el post siguiente) Adolfo Castilla Comentarios

Biologa e Informacin
Domingo, 27 de Enero 2013 Dedicamos este post y los tres siguientes a analizar lo que los bilogos estn diciendo sobre la informacin y sus relaciones con la biologa. Resulta muy interesante comparar lo que mantienen estos cientficos con lo que indican otros, como los fsicos, quizs ms tericos. Se resalta que la biologa es hoy por hoy una ciencia muy dura en la que no se puede dar un paso ni hacer ninguna afirmacin sin contrastarlos y demostrarlos en el laboratorio. La labor investigadora de la biologa, por otra parte, se produce a un nivel distinto que el de la fsica terica. Ese nivel se relaciona ms con la qumica y las interrelaciones de la materia orgnica, incluidas las enzimas, que con la fsica. Muchos dicen que en el fondo de todo est la fsica y puede que los bilogos no lo nieguen, pero hoy por hoy las

investigaciones de los bilogos se realizan a un nivel superior al nivel subatmico en el que muchos fsicos se mueven

Continuamos en este post reflexionando sobre la materia y lo material al hilo de lo tratado en el libro ya muy mencionado en post anteriores, Information and the Nature of Reality (INR), editado por Paul Davies y Niels Henrik Gregersen. Hacemos referencia ahora a las relaciones entre biologa e informacin tras haber revisado brevemente la historia reciente del pensamiento en relacin con la materia (qu es y de qu est compuesta) y lo que los fsicos han dicho sobre ello. La biologa y sus relaciones con la informacin es el tema que se trata en la Parte III del libro mencionado. Poco a poco hemos entrado en el papel bsico que la informacin juega en la aparicin de la materia y en la esencia y el funcionamiento de nuestro universo. La mecnica cuntica y los fenmenos fantasmales -- como los llam Einstein-- del interior del tomo, han llevado a las nuevas concepciones, de las que la informacin es un componente esencial. Segn los fsicos y sus relativamente nuevas teoras cunticas, la informacin con sus dos componentes, el material (soporte, cdigos) y el inmaterial (significado, semntica) --, puede estar al principio de todo, es decir, es previa a la materia. Asimismo, el universo es un ordenador cuntico en el que todo es potencialidad de ser, la cual comienza por la informacin y particularmente por su componente inmaterial. Recordamos que todas estas cuestiones son todava hiptesis no demostradas (ni demostrables, probablemente) a las que yo mismo he aadido algn componente en estas notas. Hiptesis, no obstante, que encajan muy bien con las leyes cunticas que rigen el mundo sub-atmico, el universo en su conjunto y, lo que es ms fascinante, el mundo del cerebro, la mente y la consciencia. Los fsicos con estas interpretaciones, y quizs sin pretenderlo, han reintroducido en el mundo intelectual y cientfico de nuestros das el viejo dualismo de los filsofos griegos y de Descartes que nos hablaba de la existencia de dos naturalezas y de dos sustancias: la material o tangible y la espiritual o intangible. Lo que intentamos a partir de este post y a lo largo de los tres o cuatro siguientes es saber lo que dicen los bilogos al respecto, especialmente lo que dicen sobre las relaciones entre informacin y materia orgnica, primero, y entre informacin y vida,

despus. Para ello conviene recordar tres cosas: 1) que la biologa es una ciencia bastante nueva; 2) que se han hecho en los ltimos aos descubrimientos tan importantes en ella que han llenado de seguridad y confianza a los bilogos en cuanto al origen simplemente material de la vida; y 3) que es un ciencia muy pura y dura en la que todo tiene que ser demostrado fehacientemente. Oyendo y leyendo a bilogos y a divulgadores serios de temas biolgicos da la impresin de que o bien no conocen lo que los fsicos cunticos estn aportando en los ltimos tiempos, o no creen que lo que ocurre en el interior del tomo tenga relevancia en la explicacin de lo que es la vida y su evolucin. Los bilogos saben hoy que la materia orgnica est constituida en su base ms profunda por molculas orgnicas formadas por la unin covalente de un monosacrido de cinco carbonos (pentosa), una base nitrogenada (alguna de las famosas, A (Adenina), T (Timina), C (Citosina) y G (Guanina)) y un grupo fosfato, es decir, que somos carbono, nitrgeno, fsforo e hidrgeno, por decirlo muy simplificadamente. Esas molculas a las que llamamos nucletidos, agrupados de cierta forma, constituyen molculas ms grandes (polmeros) a las que llamamos ADN (cido desoxirribonucleico) y ARN (cido ribonucleico). (Contina en el post siguiente) Adolfo Castilla Comentarios

La mente y los valores

Martes, 25 de Diciembre 2012 El presente post se dedica a resumir la postura de Henry Stapp en cuanto a la materia, expresada en el Captulo 6 del libro que venimos estudiando. Defiende este autor a ultranza la teora cuntica y dedica una parte importante del captulo a mostrar el carcter intuitivo de dicha teora. Dice, de hecho, que la mecnica cuntica es ms intuitiva que la mecnica clsica y se adapta mucho mejor a la realidad del mundo. De la misma forma defiende la existencia del mundo conceptual de la consciencia del cual dice que es real e independiente de la materia y del que defiende su ontologa. Concluye que la teora cuntica sobre la materia y sobre nuestro universo, permite defender cuestiones como el libre albedro, la importancia de los valores, la existencia de Dios y la posibilidad de situar las religiones de nuevo en el mundo de la racionalidad humana.

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Biblioteca Nacional de Minsk. Smbolo de la mente y los valores acumulados por la humanidad (Continuacin) Y llegamos as al Captulo 6 del libro que usamos como referencia (INR), debido a Henry Stapp, cuyo ttulo es: "Mind and values in the quantum universe". Es un capitulo notable en el que su autor entiende la mente humana como el observador que hace que el mundo cuntico en el que vivimos se decante (en sentido cuntico). Yo dira que se llene de significado, al combinar el significado previo del mundo exterior con la capacidad de identificarlo y elaborarlo del cerebro humano. Se adentra adems en el mundo de la consciencia, a la que no considera un epifenmeno, sino algo realmente existente al margen de la materia y que cobra existencia propia en un mundo regido por las leyes cunticas. Corrige y critica a sus compaeros de seminario y coautores del libro (INR), en cuanto a considerar a la teora cuntica como contra-intuitiva. Stapp cree, precisamente, que la revolucin cuntica est perfectamente en lnea con la intuicin humana y que es la mecnica clsica la que no lo est. Hemos vivido en ese sentido 300 aos de error, o probablemente de visin simplificada de la realidad, en cuanto a nuestra interpretacin de las leyes de nuestro mundo. Dedica un amplio apartado a explicar el carcter intuitivo de la teora cuntica, el cual aprovecha para describir el funcionamiento del cerebro humano en trminos de dicha teora. La relacin mente-cuerpo cree Stapp que es un ejemplo claro de quantun decoherence y de entrelazamiento cuntico. Nuestro cerebro funciona como una nube de potencialidades y Stapp recuerda la concepcin de la materia como potencialidad de Aristteles y la conecta al principio de indeterminacin de Heisenberg, segn el cual la realidad es un objetivo tendencial entresacado de las mltiples potencialidades que existen en cuanto a la ocurrencia de acontecimientos. Considera que el hombre es libre en sus decisiones, precisamente porque su mente es cuntica, y emplea el llamado en ingls quatum Zeno effect", o efecto cuntico basado en una de la paradojas, o aporas, del filsofo griego Zenn de Elea (490 430 a. C.), que indica que si una partcula inestable, como un electrn, se observa continuamente

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nunca decae (o nunca pasa a un estado diferente al observado). La libertad personal, considera Stapp, puede usarse para activar el mencionado efecto Zenn. Todo ello significa que la mecnica cuntica est completamente en lnea con nuestra intuicin personal de los fenmenos mentales y que al contrario de lo que muchos opinan en cuanto a que la teora cuntica no es relevante para estudiar las relaciones mente-cuerpo, resulta de hecho muy importante y muy intuitiva. Slo hay que aceptar para ello la posicin ortodoxa de la mecnica cuntica (debida a John von Neumann) de acuerdo con la cual nuestro mundo no est compuesto de substancias materiales, segn se cree normalmente, sino de potencialidades relacionadas con las experiencias futuras. La ms profunda intuicin humana, dice en el apartado dedicado al carcter intuitivo de la mecnica cuntica, no es la captacin inmediata y determinista del mundo externo. Ms bien es el esfuerzo subjetivo de cada uno de nosotros lo que influye en nuestra interpretacin de los hechos y lo que condiciona nuestra experiencia posterior. Considera adems que la interpretacin original de la teora cuntica conocida como interpretacin de Copenhagen (debida a Bohr, Born y Heisenberg) es pragmtica, epistemolgica y con claro sentido ontolgico. Niels Bohr trat de entender la teora cuntica, y el lugar del hombre en ella, mantenindose estrictamente dentro de un marco epistemolgico, es decir, cientfico; pero Werner Heisenberg dijo claramente que la realidad no est construida de materia, como se dice en la fsica clsica, sino de acontecimientos psico-fsicos, es decir con componentes que pueden y deben ser descritos en el lenguaje de la psicologa y con otros que pueden ser expresados en el de las matemticas en el que se escriben las leyes fsicas. Todo lo anterior lleva a Henry Stapp a hablar de Informacin, Dios y valores, en el ltimo apartado de su trabajo. Considera que el libre albedro del hombre es similar a la libertad de eleccin que el universo cuntico tiene de establecer sus lmites iniciales y las leyes que lo gobiernan. Considera tambin que esta situacin permite la idea de un poderoso Dios que crea el universo y sus leyes para dar comienzo a todo. No ve en ese sentido que la ciencia moderna pueda desaprobar tal interpretacin religiosa de nuestro universo unida a la teora cuntica y tampoco que pueda estar en contra de la libertad de eleccin o libre albedro. En uno de los ltimos prrafos de sus captulo escribe lo siguiente: La sustitucin de la mecnica clsica por la mecnica cuntica abre las puertas a las posibilidades religiosas que anteriormente haban sido excluidas de la racionalidad humana.