PETIT LEXIQUE VIROLOGIQUE

ambisens le gnome de certains virus est un ARN monocatnaire segment. Un ou plusieurs segments sont ambisens : une portion du segment est ARN et l'autre portion, soude la premire, est ARN . Arenavirus et quelques Bunyavirus ont un tel gnome. anti-oncogne gne codant une protine capable de sopposer laction dun gne oncogne. arbovirus (arbovirus = arthropode borne virus) virus transmis par piqres d'arthropodes (insectes divers, surtout les moustiques, les tiques et les puces). On connat plus de 500 arbovirus dont 80 sont capables d'infecter l'homme. ARN polymrase ce terme est utilis lorsqu'une distinction ne peut tre faite entre les enzymes de rplication (ARN rplicases ou rplicases) et les enzymes de transcription (ARN transcriptases ou transcriptases) : c'est le cas pour l'enzyme du virus poliomylitique. ARN rplicase ce terme est rserv l'enzyme qui synthtise les brins gnomiques (les gnomes de la descendance), quelle que soit leur polarit. abrg : la rplicase ARN transcriptase ce terme est rserv l'enzyme associe au virion et qui synthtise l'ARN messager. abrg : la transcriptase assemblage phase terminale du cycle de multiplication dun virus au cours de laquelle tous les composants ncessaires la formation de nouveaux virions se condensent en des sites particuliers de la cellule et sassemblent, le plus souvent par un processus dauto-assemblage. bactriophage souvent appel "phage" virus qui se rplique dans une bactrie. bourgeonnement phase de libration des virus envelopps par extrusion (on dit aussi par "bourgeonnement) travers une membrane cellulaire (cytoplasmique le plus souvent, nuclaire, ou rticulum endoplasmique). brin codant, brin non codant Une ambigut existe sur les termes de brin codant et brin non codant. En effet, pour certains auteurs, le terme de brin codant dsigne soit le brin transcrit, soit le brin non transcrit.

On a adopt la convention de dsigner comme brin codant le brin non transcrit, c'est dire le brin possdant la squence de l'ARN messager cod ( une substitution de bases prs (U/T). brin ngatif brin dacide nuclique dont la squence de base est complmentaire de celle du brin codant. virus dont le gnome est compos dun brin dacide nuclique ngatif (le brin est souvent un ARN mais peut tre aussi, rarement, un ADN). cadre de lecture une des trois phases possibles de lecture de l'enchanement des triplets sur un brin d'ADN ou d'ARN. Un cadre de lecture est dit "ouvert" pour une squence nuclotidique ne comportant qu'une succession de codons signifiants (hormis le codon stop son extrmit). capside du grec capsa : la boite coque protique rigide protgeant le gnome viral. la capside permet de dfinir le type de symtrie du virus : hlicodale, icosadrale (ou cubique), mixte (les phages avec une queue) ou complexe (Poxvirus). capsomre unit morphologique de la capside, visible au microscope lectronique, constitue par l'assemblage de sous-units protiques identiques ou diffrentes. cellule en ligne continue cellule devenue capable de crotre indfiniment (cellule "immortalise"). Ainsi, les cellules Hela ont t isoles en 1951 d'une patiente atteinte d'un carcinome du col de l'utrus (Elle s'appelait Helen Lane). Les cellules en ligne continue sont utilises pour la multiplication des virus. cis-acting lment gntique affectant lactivit dune rgion contigu (cest dire sur la mme molcule dacide nuclique). Promoteurs de transcription et " enhancers " sont des squences " cis-acting " adjacentes aux gnes dont ils contrlent la transcription. coiffe motif de 7-mthyl-guanine, rattach au premier nuclotide des ARN messagers viraux de l'hte et des ARN-m viraux par une liaison inhabituelle 5' 5'. dcapsidation terme dfinissant les vnements qui surviennent aprs la pntration du virion dans la cellule-hte : la capside est partiellement ou totalement dcompose et le gnome se trouve en contact avec le cytoplasme sous la forme dun complexe nuclo-protique. clipse priode du cycle de multiplication dun virus au cours de laquelle aucune particule virale complte nest visible : la phase dclipse commence la dcapsidation et se termine la phase dassemblage. La priode d'clipse correspond aux synthses des constituants du virus : rplication du gnome et synthse des protines virales. enhancers

lments gntiques agissant en cis (cis-acting elements) qui activent la transcription des gnes ou la traduction des ARN-m. enveloppe membrane cellulaire remanie acquise par les virus "envelopps" au moment de la phase de libration. pissage diffrentiel correspond l'existence de plusieurs schmas d'pissage d'un transcrit primaire d'ARN, aboutissant la formation de diffrents ARN-messagers et pouvant donner lieu la synthse de plusieurs protines diffrentes. eucaryote organisme dont le matriel gntique des paires de chromosomes identiques (donc diplode : 2 n) est isol du cytoplasme par une membrane nuclaire. forme rplicative (FR) intermdiaire nuclique deux brins d'ARN permettant la rplication du gnome viral. gnes chevauchants Une mme squence gntique peut tre lue dans 2 ou 3 cadres de lecture diffrents, doublant ou triplant les capacits de codage. Les Papovavirus, le virus de l'hpatite B utilisent cette stratgie conomique. gnes prcoces gnes transcrits et traduits ds la pntration du virus gnes tardifs gnes viraux s'exprimant aprs le dclenchement de la rplication du gnome viral hmagglutination agglutination des globules rouges par des protines virales (d'enveloppe ou de capside). htroduplex appariement de chanes nuclotidiques complmentaires, de nature diffrente (htroduplex ADN/ARN) ou d'origine diffrente. icosadre (eikosi = 20) solide vingt faces planes. l'icosadre rgulier a pour faces vingt triangles quilatraux gaux. infection abortive infection virale au cours de laquelle le cycle de multiplication s'arrte prmaturment sans qu'il y ait production de nouveaux virions. infection productive infection virale "complte" l'issue de laquelle des nouveaux virions apparaissent. intgration

insertion d'une squence exogne dans l'ADN gnomique d'une cellule-hte. Cette intgration est catalyse par une endonuclase nomme intgrase chez les rtrovirus. Le gnome viral intgr sous forme d'ADN est appel le provirus. IRES (internal ribosome entry site) rgion du gnome des virus ARN + qui permet l'association des sous-units ribosomiques et la traduction du gnome viral. kb (kilobase =1000 nuclotides) unit de mesure des acides nucliques monocatnaires. kbp (kilobase pairs = 1000 paires de nuclotides) unit de mesure des acides nucliques bicatnaires. lysognie possibilit pour un phage de se maintenir sous une forme intgre (prophage) dans l'appareil nuclaire d'une bactrie sans entraner de lyse bactrienne. l'induction du prophage entrane sa sparation du gnome bactrien et son entre dans un cycle de multiplication. maturation phase tardive du cycle au cours de laquelle sont observs des changements de structure de la particule virale lis la protolyse de certaines protines de capside par une protase virale. La maturation est indispensable pour que la particule virale soit infectieuse.

monocistronique ARN messager (ARN-m) transcrit dun seul gne (un cistron = un gne) et codant, par consquent, un seul polypeptide. se dit aussi dun gnome viral produisant de tels ARN-m montage (splicing) modification de lARN transcrit dans le noyau de la cellule eucaryote : les introns sont limins tandis que les exons sont colls bout bout, lensemble constituant lARN messager qui se rend dans le cytoplasme o il sera traduit par les ribosomes. les introns restent lintrieur les exons sont exports ngatif brin d'acide nuclique dont la squence est complmentaire du brin codant. virus dont le gnome est un brin ngatif. nuclocapside structure rsultant de l'association des protines de capside avec le gnome viral.

La nuclocapside reprsente le virion dans le cas des virus nus. oncogne gne codant une protine capable dinduire la transformation cellulaire. Un oncogne peut tre dorigine cellulaire (gne c-onc) ou dorigine virale (v-onc). ORF (open reading frame= squence cadre de lecture ouvert) squence nuclotidique encadre par un codon dinitiation AUG en 5 et par un des trois codons stop en 3. Une telle squence est donc susceptible de coder un polypeptide qui peut ne pas avoir encore t identifi. pandmie pidmie mondiale. la grippe, le sida sont des pandmies peplos du grec peplos = le manteau quivalent de l'enveloppe virale (bicouche phospholipidique et protines) plasmide lment gntique extra-chromosomique, capable de rplication autonome. De tels lments sont frquemment rencontrs chez les bactries et codent des protines intervenant dans le pouvoir pathogne (des facteurs de virulence) ou dans la rsistance aux antibiotiques. polyadnylation addition post-transcriptionnelle par la poly-A polymrase d'une longue squence pouvant atteindre 200 adnines conscutives l'extrmit 3' de la plupart des ARN cellulaires et viraux en ce qui concerne les virus multiplication nuclaire. polycistronique ARN messager (ARN-m) transcrit de plusieurs gnes contigus (un cistron = un gne) et codant, par consquent, plusieurs polypeptides. Cet ARN-m est traduit par les ribosomes en une protine gante qui est ensuite fragmente. polyprotine protine gante synthtise en une seule pice et qui donnera naissance plusieurs protines fonctionnelles aprs fragmentation par des protases virales. polyprotine rsultat de la transcription dun ARN-m polycistronique. Cette polyprotine est fragmente par des protases (virales ou cellulaires) en diffrentes protines fonctionnellement diffrentes. positif brin d'acide nuclique dont la squence code une protine. virus dont le gnome est un brin positif.

prion anagramme de proin : proteinaceous infectious particle protines particulires que l'on pense responsables de maladies "infectieuses" touchant le cerveau : la maladie de Creutzfeldt-Jakob chez l'homme, l'encphalopathie spongiforme bovine. procaryote micro-organisme dont le matriel gntique - un ADN bicatnaire circulaire unique (donc haplode : 1 n) se trouve dans le cytoplasme dont il nest pas spar par une membrane nuclaire. Les bactries sont des procaryotes. promoteur rgion de rgulation situe en amont de la partie codante des gnes compose du site de fixation de l'ARN polymrase et des sites de fixation des protines rgulatrices. Cette rgion agit en cis, comme promoteur de la transcription, en facilitant lassemblage des protines du complexe de transcription. prophage gnome dun bactriophage tempr (ADN bicatnaire) qui sintgre dans le chromosome de la bactrie-hte. Dans certaines circonstances, le prophage quitte le chromosome et la bactrie multiplie le virus. voir induction. protine de fusion glycoprotine virale incluse dans l'enveloppe qui est responsable de la fusion de l'enveloppe virale avec la membrane cellulaire introduisant ainsi la nuclocapside dans le cytoplasme de la cellule-hte. protines prcoces et protines tardives les protines prcoces, synthtises avant la rplication, sont le plus souvent des enzymes intervenant dans la rplication du gnome. les protines tardives sont synthtises aprs la rplication : ce sont des protines de structures : capside, glycoprotines d'enveloppe, protine de matrice provirus la rtrotranscription du gnome des rtrovirus (ARN +) forme un ADN bicatnaire qui sintgre dans un chromosome de la cellule-hte. Lactivation du provirus entrane sa transcription par la cellule et la multiplication du virus. quasi-espces ensemble d'une population de variants gntiques dun mme virus ARN, et dont lapparition est lie aux taux de mutations levs rencontrs dans cette classe de virus au cours de la rplication virale. rcepteur (viral) molcule spcifique de la surface dune cellule laquelle un virus peut se fixer. Le rcepteur dun virus peut tre une protine ou un sucre dune glycoprotine ou dun glycolipide membranaire. rplicase enzyme responsable de la rplication du gnome des virus ARN. rtrotranscription

synthse d'un ADN complmentaire bicatnaire (ADNc) partir d'un ARN, par la transcriptase reverse (ou rtrotranscriptase)

rtrotransposon lment gntique transposable, ressemblant au gnome dun rtrovirus et encadre par des extrmits rptitives inverses. ribozymes molcules naturelles d'ARN doues d'activit catalytique et se comportant comme des enzymes vis--vis des ARN. semi-conservative dsigne le fait qu'au cours de la rplication chaque brin de la double hlice sert de matrice pour former une copie. signal d'emballage rgion du gnome viral dont la squence nuclotidique interagit avec des protines virales pour permettre l'incorporation d'un gnome dans une particule virale. sonde squence d'acide nuclique (ADN ou ARN) d'au moins 15 nuclotides, homologue une squence d'ADN ou d'ARN, avec laquelle elle s'hybride de faon stable et spcifique par association entre bases complmentaires. La sonde subit un marquage radioactif (au 32P, par exemple) ou froid (enzymatique, fluorescent, par chimio ou bioluminescence) afin de reprer et caractriser les hybrides. suppresseur (ARNt) ARN-t produit par un gne mut et capable d'incorporer un acide amin l'emplacement d'un codon non-sens. Un ARN-t suppresseur lve le blocage de la traduction par un codon non-sens. syncytium cest le produit de la fusion de plusieurs cellules qui se prsente sous la forme dune masse cytoplasmique incluse dans une membrane et contenant plusieurs noyaux spars. transduction transfert de matriel gntique d'une bactrie une autre (ou d'une cellule une autre) par l'intermdiaire d'un virus. trans-acting (facteur agissant en trans) lment gntique codant une protine diffusible qui agit sur des sites de rgulation proches ou non du site o elle est produite. protines diffusibles capables de moduler l'activit, en plus ou en moins, d'un ou de plusieurs gnes, en interagissant avec les squences rgulatrices (promoteurs). transcriptase enzyme responsable de la transcription du gnome des virus ARN qui est obligatoirement prsente dans le virion. transfection

infection dune cellule ralise artificiellement par lintroduction de lacide nuclique viral seul et non de la particule virale complte. transformation toute modification de la morphologie, de la biochimie ou des paramtres de la croissance dune cellule. tropisme dfinit les tissus ou les cellules-htes dans lesquelles un virus est capable de se multiplier. vaccin prparation contenant une molcule antignique ou un mlange dantignes suscitant une rponse immunitaire spcifique. On peut distinguer trois types de vaccins viraux : des vaccins " tus " (virus pathognes inactivs), des vaccins " vivants " (virus attnus par des mutations), des vaccins " sous-units " (mlange de sous-units vaccinantes) virion particule virale morphologiquement complte infectieuse. virode ARN monocatnaire circulaire infectieux de petite taille (200 400 nuclotides) ne codant aucune protine mais capable de se rpliquer. Les virodes nont t rencontrs jusquici que chez les vgtaux. virus helper virus supplant les fonctions absentes dans un virus dfectif, lui permettant en cas de co-infection, de se multiplier normalement. virus lytique virus provoquant la destruction physique de la cellule infecte au cours de la phase de libration. Les virus nus sont souvent des virus lytiques. zoonose infection transmise de lanimal lhomme.