Aspectos Termodinmicos Para considerar al problema del plegamiento de las protenas dentro de un marco fisicoqumico, es importante tener en cuenta

las siguientes hechos, Una protena es un cadena heteropolimrica, integrada por aproximadamente 10 2 10 4 tomos. En el estructura natural o terciaria, los tomos se encuentran ubicados en posiciones espaciales especficas y unvocas, como sucede en un cristal. La diferencia principal con ste ltimo, es que en las protenas el arreglo de tomos no corresponde a un orden peridico, que sin embargo podemos clasificar como una estructura ordenada. Para protenas pequeas, el proceso de plegamiento de la estructura primaria es un proceso reversible. Este proceso est gobernado en esencia por las condiciones fisicoqumicas del solvente con el cual interacta (pH, agentes qumicos desnaturalizantes, temperatura, etc). El proceso de plegamiento de la cadena unidimensional en la estructura terciaria es un mecanismo que implica un incremento en el orden del sistema. En trminos de la entropa S, el proceso de plegamiento tiene asociado un cambio de entropa S negativo, lo cual es termodinmicamente poco favorable. Para que la estructura terciaria corresponda al estado termodinmicamente ms favorable es necesario que este efecto entrpico sea compensado por una contribucin negativa en el cambio de la energa interna E del sistema, de forma que el cambio de la energa libre F del sistema sea negativo [23], dado que, F = E TS. La contribucin energtica E debe provenir del reacomodo de los tomos dentro de la macromolcula y consecuentemente, de la redistribucin de las interacciones presentes, a fin de alcanzar un estado extremal. Las interacciones principales de carcter no covalente (es decir, aquellas que no implican la ruptura de los enlaces covalentes entre los tomos C de la estructura primaria), son las interacciones de Van Der Walls.
La conformacin nativa de una protena es la conformacin de ms baja energa libre de Gibbs. El proceso de plegamiento, como cualquier otro proceso biolgico, se encuentra bajo control termodinmico y cintico, y es un proceso que est claramente favorecido en condiciones fisiolgicas. En otras palablas, el proceso de plegamiento hasta alcanzar la estructura nativa presenta un G negativo. Desde el punto de vista entrpico, el proceso de plegamiento supone una disminucin neta de entropa desde la estructura denominada ovillo aleatorio a la nica estructura nativa. Este descenso de entropa, denominada entropa conformacional, supone un incremento positivo de energa libre en el proceso de plegamiento (G = H TS). Para poder tener un descenso global en el proceso es necesario que el incremento de entalpa sea negativo o que existan otros aumentos de entropa. La principal contribucin entalpica al proceso de plegamiento la constituyen la formacin de interacciones no covalentes que

estabilizan la estructura nativa y las interacciones hidrofbicas entre las cadenas laterales apolares que generalmente quedan localizados en el interior de la estructura nativa.