Instituto Tecnolgico Superior de San Martn Texmelucan

Bioqumica

Divisin de Ingeniera Ambiental

Agosto - Diciembre de 2012

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MANUAL DE PRCTICAS DE BIOQUIMICA

INGENIERA AMBIENTAL.

INDICE
Bioqumica ambiental ............................................................................................. 3 Caracterizacin de la asignatura (Aportacin al perfil de la carrera ........................ 3 Objetivo(s) general(es) del curso ............................................................................ 3 Intencin didctica................................................................................................... 3 Normas de laboratorio para esta materia. ............................................................... 4 Practica 1 Propiedades inicas de los aminocidos................................................ 5 Practica 2 Identificacin de aminocidos y protenas .............................................. 8 Practica 3 Cromatografa en capa fina y/o papel................................................... 11 Practica 4 Determinacin aproximada del punto isoelctrico de una protena ...... 14 Practica 5 Solubilidad y desnaturalizacin de protenas ....................................... 16 Practica 6 Actividad de la amilasa sobre el almidn .............................................. 18 Practica 7 Identificacin de carbohidratos ............................................................. 21 Practica 8 Separacin de plsmidos en geles de agarosa .................................... 25

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INGENIERA AMBIENTAL. Bioqumica ambiental Caracterizacin de la asignatura (Aportacin al perfil de la carrera

Esta asignatura aporta al perfil profesional del Ingeniero Bioqumico e Ingeniero Ambiental,los conocimientos ( composicin de la materia viviente, los fenmenos metablicos que permiten su desarrollo y utilizacin en los diferentes procesos industriales), necesarios para disear, seleccionar, adaptar, operar, controlar, simular, optimizar y escalar equipos y procesos en los que se aprovechen de manera sustentable los recursos biticos, identificar y aplicar tecnologas emergentes relacionadas con el campo de accin del Ingeniero Bioqumico e Ingeniero Ambiental, formular y evaluar proyectos de Ingeniera Bioqumica y Ambiental con criterios de sustentabilidad, realizar investigacin cientfica y tecnolgica en el campo de la Ingeniera Ambiental y Bioqumica difundiendo sus resultados.

Objetivo(s) general(es) del curso Conocer la composicin molecular de los materiales biticos, analizar los fenmenos bioqumicos identificando la relacin entre la estructura qumica y funcin de los sistemas biolgicos, y vinculndolos con el estudio integral y comprensin del metabolismo para su aplicacin en el aprovechamiento de recursos biticos.

Intencin didctica.
Se organiza el temario, en siete unidades, introduciendo al estudio de la bioqumica su Aplicacin e importancia en la primera unidad, as como conocimiento general de la estructura, funcin e importancia de las biomolculas como bases moleculares para la vida, y a los procesos metablicos durante el desarrollo de las ltimas cinco unidades. Se inicia el curso con los antecedentes histricos y conceptuales de la bioqumica, permitiendo comprender la importancia del estudio de los procesos bioqumicos que ocurren al interior de la clula independientemente del material biolgico de que se trate, se hace un recorrido a travs del tiempo sobre los avances y aportaciones de esta disciplina al estudio cientfico y ciencias relacionadas, se analizan diversos artculos con rigor cientfico sobre temas de actualidad en donde se est aplicando la bioqumica y se brindan los contenidos conceptuales sobre la estructura qumica, clasificacin, reactividad, funcin e importancia de las biomolculas que servirn de fundamento para la comprensin de los procesos bioqumicos.

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CONSIDERACIONES IMPORTANTES Normas de laboratorio para esta materia.

La puntualidad y asistencia al laboratorio son obligatorias. Una falta sin justificar equivale al incumplimiento del instrumento a evaluar y por lo tanto no se recibir el reporte de prctica.

No se puede abandonar la sesin de prcticas sin permiso. Antes de empezar la prctica el profesor realizara las indicaciones pertinentes para el buen funcionamiento de la misma. Es obligacin del alumno: Traer su bata blanca de manga larga. Sin esta no se permitir el acceso al laboratorio. Leer previamente la prctica del manual proporcionado por el profesor Ante cualquier duda preguntar al profesor. Comprender los aspectos tericos y experimentales correspondientes para el buen funcionamiento de la prctica. Trabajar solo en la mesa que se le ha asignado Al inicio de la prctica se entregara material de laboratorio a cada equipo y ser su obligacin mantenerlo limpio y libre de deterioro. En caso de deterioro de algn material avise a su profesor. Al trmino de cada prctica el alumno lavara el material y lo dejara en donde se le indique, adems deber dejar su mesa de trabajo ordenada y limpia.

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Divisin de Carrera de: Ingeniera Ambiental Docente: Ing. Yeralda Tapia Rojas Subtema: Materia: bioqumica ambiental No. Prctica: 1 Titulo de la Prctica: Propiedades inicas de los aminocidos

Practica 1 Propiedades inicas de los aminocidos

Objetivo: Demostrar las propiedades cido-base de los aminocidos. Introduccin Todos los aminocidos son anfolitos los cuales contienen al menos un grupo funcional acdico (carboxilo) y uno bsico ( -amino). Algunos aminocidos contienen otros grupos que se ionizan fcilmente: grupos amino, carboxilo, phidroxifenilo, sulfihidrilo, guanidino e imidazol. El carcter inico de los polipptidos y las protenas es en gran parte debido a estos grupos adici -amino y carboxilo de los aminocidos participan en los enlaces peptdicos. En esta prctica se estudia la reaccin de aminocidos cuando se adiciona un cido o una base y se observa el cambio de pH. Adems, despus de cada adicin de cido o base durante una titulacin, los resultados se pueden predecir por el uso de la ecuacin general de Henderson-Hasselbalch. Materiales y mtodos Materiales Muestras de aminocidos en polvo 1. NaOH 1N, HCl 1N, amortiguadores estndar 2. Balanza analtica 3. pH metro 4. barra y agitador magntico 5. bureta 6. pinzas para bureta, 7. soporte, esptula, 8. 8 vasos de precipitados de 100 ml Embudo. Mtodos Titulacin del aminocidos desconocidos Pesar cerca de 400 mg de muestra y disolverla en 20 ml de H2O en un vaso de precipitado. Introducir una barra magntica y colocarlo en una placa de agitacin, as omo el electrodo para medir pH. Titular la muestra disuelta desconocida con HCl 1N, registrando las lecturas de la bureta y el pH a intervalos frecuentes hasta que la solucin alcance un pH de 1.0. Observe y registre la solubilidad de la muestra durante la titulacin. Titular otros 20 ml de agua (blanco) con HCl 1N, gota a gota en las primeras 10 gotas y de dos en dos gotas las siguientes 10 gotas. Finalmente de cuatro en cuatro gotas hasta que la solucin alcance pH de 1.0 Registrar el pH y el volumen del cido despus de cada adicin. Disolver otra muestra (otra vez aproximadamente 400 mg en 20 ml de agua) y

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titular la muestra con NaOH 1N de la misma manera que para la titulacin con cido hasta que el pH de la solucin llegue a12. Observe y registrela solubilidad de la muestra durante la titulacin. Tambin titular a 20 ml de agua (blanco) con NaOH 1N hasta pH 12.0 de manera similar que el primer blanco. Reporte 1.- Hacer una tabla de resultados para cada titulacin: Muestra con NaOH, Agua con NaOH, Muestra con HCl, Agua con HCl. 2.- Dibujar la curva de titulacin verdadera siguiendo el siguiente procedimiento: Para determinar la curva de titulacin verdadera de cualquier sustancia, se debe medir cunto cido o base se consume al titular el solvente (agua) en cada pH y entonces restar esta cantidad de la cantidad total de cido o base consumida para alcanzar ese pH: Titulacin del lado cido. Construccin de la grfica El siguiente ejemplo con el lado cido de la titulacin de un aminocido ilustra uno de varios de los mtodos disponibles para corregir por dilucin. Para la muestra y el blanco de agua, graficar el volumen del cido adicionado contra el pH alcanzado (Fig. 1).

De la grfica o de los datos originales, preparar una tabla como la Tabla 1. Restar el volumen del cido requerido para llevar el blanco de agua a cualquier pH del volumen del cido requerido para llevar la muestra al mismo pH. La diferencia representa la cantidad de cido consumida en la titulacin de la muestra solamente. Usando los datos de su tabla, graficar el pH contra el nmero de equivalentes de cido necesario para titular la muestra del aminocido a cualquier pH (ver Fig. 2).

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Fig. 2 representa la cantidad de cido requerida para titular un grupo ionizable Titulacin del lado bsico. Para corregir por dilucin el lado bsico de la curva se puede aplicar un mtodo similar. Preparar una curva de titulacin completa y corregida para el aminocido titulado. Tabla 1.

El nmero de equivalentes de cido o base consumidos al pasar a travs de la inflexin de una curva, como en la Fig. 2, representa la cantidad de cido requerida para titular un grupo ionizable en la cantidad del aminocido que se ha ensayado. El punto final de la titulacin se debe reconocer como el punto en que se eleva (o cae) drsticamente el pH con la adicin del titulante. Este punto generalmente se determina con ms precisin de la curva de titulacin del aminocido con la base. Cuestionario 1. Usando la ecuacin de Henderson Hasselbalch, calcular el pKa de cada grupo ionizable titulado. 2. Coincide con el pKa reportado en los libros? 3. Como se podra confirmar la identidad del aminocido? 4. Dibujar la curva que se esperara en la titulacin del cido asprtico y la que se esperara en la titulacin de la lisina, sealando las especies predominantes en cada regin. Bibliografia 1. Clark, J.M and R. L. Switzer. 1977. Experimental Biochemistry. W.H. Freeman and Company

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Divisin de Carrera de: Ingeniera Ambiental Docente: Ing. Yeralda Tapia Rojas Materia: Bioqumica ambiental Titulo de la Prctica: Error! Marcador no definido.

Subtema: No. Prctica: 2

Practica 2 Identificacin de aminocidos y protenas

Objetivo: Identificar diferentes aminocidos y protenas. Introduccin Los aminocidos tiene tres tipos de reacciones qumicas importantes (1) reacciones debido a la presencia del grupo carboxilo (COO- ) (2) reacciones debidas al grupo amino (NH2), y (3) reacciones debido al grupo R. Las reacciones debidas al grupo carboxilo y al grupo amino son generales y se dan para todos lo aminocidos. Las reacciones del radical R son reacciones especficas; por ejemplo, cisteina da una reaccin para azufre, triptofano da ciertas reacciones de color debido a que su molcula contiene el grupo indol, tirosina da otras reacciones de color debido a su grupo fenlico, etc. Ya que la mayora de las protenas contienen uno o ms de estos aminocidos en sus molculas, algunas de las reacciones de color que son especficas para aminocidos individuales se usan como reacciones de color generales para protenas. Sin embargo, tambin se debe tener cuidado porque pueden existir compuesto que contengan ciertos grupos qumicos y pueden dar falsos negativos. Por ejemplo, en la prueba de Hopkins-Cole, el color es debido a la presencia del grupo triptofano, aunque el triptofano puro no da la prueba excepto en presencia de trazas de iones frricos o cpricos. Los nitrato, cloratos, nitritoso el exceso de cloruro impiden la reaccin, y trazas de sulfato de cobre aumenta su sensibilidad. La gelatina no responde a esta prueba, Otra prueba es la reaccin de Millon, la cual es debida a la presencia del grupo hidroxifenilo,( - C6H4OH) en la molcula de protena. Cualquier compuesto fenlico no sustituido en posicin 3,5 como la tirosina, el fenol y el timol dan la reaccin. En el caso de las sales de metales pesados pesados, su adicin a soluciones de protenas dbilmente alcalinas, produce la precipitacin de la protena, debido a que las protenas en forma aninica se neutralizan por los iones de los metales pesado y precipitan. Un exceso de lcali ocasiona la precipitacin y un exceso de reactivo puede solubilizar el precipitado, por lo que se debe efectuar cuidadosamente el ensayo. Por otro lado, las protenas se caracterizan por el hecho de que contienen. nitrgeno, adems de carbono, hidrgeno y oxgeno. Una prueba negativa para nitrgeno definitivamente elimina la posibilidad de una protena. Tambin se caracterizan por la naturaleza coloidal de sus soluciones y por una serie de reacciones de precipitacin y de color. Aunque todas las protenas estn compuestas de aminocidos unidos entre s por enlaces peptdicos, no todas las protenas contienen los mismos aminocidos y por esta razn las diferentes pruebas de color producen reacciones que varan en la intensidad del color de acuerdo a la naturaleza y cantidad de los grupos contenidos en la protena particular.

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Materiales y mtodos Materiales cido ntrico concentrado hidrxido de sodio 10M cido sulfrico concentrado cloruro mercrico 0.2 M (HgCl2) acetato de plomo 0.2 M (PbC2H3O2) ninhidirina al 0.1% sulfato de cobre (CuSO4.5H2O) tartrato doble de sodio y potasio (NaK C4H4O6.4H2O) Hidrxido de sodio 10%, polvo de magnesio cido oxlico, cido actico glacial. Muestras: solucin de aminocidos y de protenas 30 tubos de ensaye de 18x150 6 pipetas de 5 ml 2 pipetas de 10 ml 1 mechero 1 gradilla 1 pinzas para tubo de ensaye.

Preparacin de los reactivos Reactivo de Hopkins-Cole: Colocar 10 g de polvo de magnesio en un matraz erlenmeyer de 1 litro y aadir agua destilada hasta que cubra completamente el magnesio. Agregar lentamente 250 ml de una solucin saturada en fro de cido oxlico, agitar bien enfriando si es necesario. Filtrar y acidificar con cido actico glacial, diluyendo a 1 litro con agua destilada. Reactivo de Milln: Disolver 10 g de mercurio en 20 ml de cido ntrico fro. Cuando la disolucin se completa y haya cesado el desprendimiento de humos pardos, adicione 60 ml de agua. Despus de varias horas, decantar el lquido sobrenadante y guardar en un frasco obscuro. Preparacin alternativa: Prepare una solucin v/v de sulfato mercrico al 15% en cido sulfrico al 15%. Reactivo de Biuret: Disolver 1.5 g de sulfato de cobre y 6 g de tartrato de sodio y potasio en 500 ml de agua en un matraz volumtrico de 1 lt. Adicionar 300 ml de hidrxido de sodio al 10% y aforar a 1l con agua destilada. Ninhidrina: Disolver 0.1 g de ninhidrina en 100 ml de n-butanol Mtodos Reaccin de cido glioxlico (Reaccin de Hopkins-Cole).Coloque 2 o 3 ml de muestra en un tubo de ensaye y adicione igual volumen de solucin de cido glioxlico, CHO COOH.H2O (reactivo de Hopkins-Cole) y mezclar. Inclinar el tubo y permitir que 5 6 ml de cido sulfrico concentrado resbale lentamente por las paredes del tubo, llegando al fondo y estratificando. Observe el color producido en la zona de contacto entre los dos lquidos. Si el color no aparece despus de unos minutos, el tubo puede girase suavemente para producir un mezclado suave de los lquidos en la interfase.

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Prueba de Milln: A 2 ml de la muestra aada 5 gotas de reactivo de Milln, mezcle bien y caliente cuidadosamente durante 30 segundos sobre una pequea flama. El reactivo produce un precipitado blanco que por la accin del calor se torna un color rosado o rojo ladrillo. Un exceso de reactivo produce un color amarillo que no es una prueba positiva. Prueba Xantoproteica: Agregue cuidadosamente 1 ml de cido ntrico concentrado, a 3 ml de cada una de las muestras. Mezcle bien y caliente ligeramente a la llama del mechero, observando el color desarrollado. Enfre la solucin al chorro del agua y cuidadosamente aada gota a gota y con agitacin NaOH 10M o NH4OH conc. hasta que el lquido sea fuertemente alcalino. observe el color. Reaccin de Biuret: Aada 1 ml del reactivo de Biuret a 5 ml de las muestras y mezcle bien. Anote los colores desarrollados por cada una de las disoluciones. Reaccin de la ninhidrina (reaccin con hidrato de tricetohidrindeno):En una serie de tubos de ensaye, coloque 3 ml de las muestras y adiciones 0.5 ml de la solucin de ninhidrina al 0.1%. Mezcle bien y caliente a ebullicin directamente a la llama del mechero. Dejar enfriar. Si la prueba es positiva se desarrolla un color azul. La muestra debe tener un pH entre 5 y 7. Se puede usar unas gotas de piridina o de cristales de acetato de sodio para ajustar el pH. Precipitacin con sales metlicas. (a) Tomar 3 ml de la muestra y alcalinizar ligeramente con NaOH diluido, enseguida agregar 5 gotas de cloruro mercrico y observar. (b) Tomar 3 ml de la muestra y alcalinizar ligeramente con NaOH diluido , enseguida agregar 5 gotas de acetato de plomo 0.2 M y observar. Cuestionario 1. Dibujar la estructura de los aminocidos tirosina, triptofano, fenilalanina, y de los aminocidos ensayados. 2. Da un ejemplo (usando frmulas qumicas) de la reaccin que se lleva a cabo entre uno de los aminocidos (cualquiera) que usaste y los reactivos que usaste para identificarlos (Prueba de Milln, Reaccin de la ninhidrina etc.). 3. Si tienes tres muestras biolgicas no etiquetadas, en la cual una de ellas es un carbohidrato, otra un lpido y otra una protena; cual prueba usaras para identificar rpidamente cual es la protena?. Bibliografa 1. Wilson, K., and Walker, J. 2000. Principles and Techniques of practical Biochemistry. Fifth edition. Cambridge University Press. 2. Robert, JF., and White B.J. 1990. Biochemical techniques theory and practice.1st edition. Waveland Press, Inc. USA.

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Divisin de Carrera de: Ingeniera Ambiental Docente: Ing. Yeralda Tapia Rojas Subtema: Materia: Bioquimica ambiental No. Prctica: 3 Titulo de la Prctica: Cromatografa en capa fina y/o papel

Practica 3 Cromatografa en capa fina y/o papel

Objetivo. Separar e identificar los aminocidos presentes en una muestra problema mediante el uso de la cromatografa en placa fina y/o papel. Introduccin La cromatografa incluye una variedad de mtodos que separan solutos por una migracin diferencial. La separacin diferencial se logra mediante la distribucin de los componentes de una mezcla entre una fase fija y otra que se desplaza, llamadas, respectivamente, fase estacionaria y fase mvil. La separacin entre dos sustancias empieza cuando una es detenida mas fuertemente por la fase estacionaria que la otra, que tiende a desplazarse mas rpidamente en la fase mvil. En la cromatografa en capa fina la fase estacionario es un slido como el gel de slice y la fase mvil un lquido. La separacin tiene lugar cuando uno de los componentes de una mezcla se adsorbe mas que otro por el slido. La CCF se basa en la preparacin de una capa, uniforme de un adsorbente mantenido sobre una placa de vidrio u otro soporte. El tiempo de separacin es menor que en papel y en columna. En este mtodo la fase mvil no es adsorbida (o solo dbilmente) por la fase estacionaria y los componentes de la mezcla se separan en zonas. En la cromatografa en papel la fase estacionaria es el agua retenida por el papel que est combinada con los grupos hidroxilo de las molculas de glucosa de la celulosa. El papel de cromatografa contiene alrededor de 5% de agua, al aire seco. En contacto con vapor de agua puede llegar al 20%, de los cuales alrededor del 7% es retenido por fuerzas de vander Waals y el resto como agua superficial. Por esta razn se debe considerar que la fase estacionaria es una solucin concentrada de polisacrido. De esta manera un solvente miscible con agua puede ser inmiscible con la solucin acuosa concentrada del polisacrido que representa el agua en el papel y por lo tanto la cromatografa se lleva a cabo como si se tratara de disolvente no miscibles. En este mtodo la fase mvil es una mezcla lquida y la separacin ocurre cuando un componente es retenido mas fuertemente por la fase estacionaria, es decir se reparte entre entre el disolvente y la fase estacionaria. En esta cromatrografa de reparto sobre papel, tiene lugar algo de cromatografa de intercambio inico, que puede deberse a la celulosa oxidada y a posibles impurezas del papel. Por otro lado, algunos conceptos importantes son los siguientes. Desarrollo, es el proceso que permite al disolvente moverse a lo largo del papel filtro o de la capa fina. RF, es la relacin entre el desplazamiento de la sustancia y el alcanzado por el frente del disolvente, ambos medidos desde el punto de aplicacin de la muestra. A menudo despus del desarrollo, las manchas son elpticas en vez de circulares y la medida se toma desde el centro de la elipse. Resolucin, es el grado de separacin de los compuestos despus del desarrollo. La carga es la cantidad aplicad como mancha o banda sobre el papel o capa fina.

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Materiales y mtodos Materiales Estufa bomba de vaco aspersor placas de slica gel y/o tiras de papel para cromatografa, secador para pelo micorpipetas cuba para cromatografa vaso de precipitados Ninihidrina Butanol cido actico glacial aminocidos Mtodos Preparacin del disolvente : Mezclar butanol, cido actico glacial y agua en la siguiente proporcin: 60: 15: 25, por volumen. Preparacin del revelador Solucin de ninhidrina: disolver 200 mg de ninhidrina en 100 ml de acetona. Se conserva en el refrigerador. Solubilizacin de los aminocidos Se solubilizan en agua. Algunos aminocidos ser necesario solublizarlos en soluciones reguladoras que estn a pH alejados del pKa del aminocido y evitar de esta forma su precipitacin. Preparacin del soporte (Papel o slica gel) Se marca en el papel o en la placa, la lnea base con lpiz y se marcan los puntos donde vaya a colocarse los aminocidos tipo y la muestra problema, identificndolos con una marca. Se coloca en cada una de las marcas 10 l de aminocido respectivo y 10 l de la muestra problema, se seca con una los aminocidos y de la muestra y se secan. Previo a esta preparacin, se colocan 30 ml del disolvente sobre la cuba de cromatografa y se deja que se sature sta con el disolvente. Una vez saturada se coloca la placa o el papel dentro de la cuba y se deja que se desarrolle el cromatograma (Importante: Dejar el que el solvente suba por capilaridad). Una vez desarrollado mrquese el frente del disolvente con lpiz. Squese en una estufa sin sobrecalentar. Una vez seco el papel o la placa se asperja con solucin de ninhidrina y se calienta en una estufa para desarrollar color. Localcense las mancas de color morado, estas representan las posiciones de los aminocidos que reaccionaron con la ninhidrina.

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Figura 3 Procedimiento ilustrado RESULTADOS a) Medir la distancia desde la lnea base al centro de las manchas. b) Medir la distancia de la lnea base al frente del disolvente c) Calcular los Rf de los aminocidos tipo y de la muestra problema d)Corresponden los Rf d su muestra con los aminocidos tipo? Compare con lo obtenidos por sus compaeros. e) Dibujar un esquema del cromatograma obtenido, indicando los nombres de los aa localizados Cuestionario 1. Que tipo de separacin se biolgica recibi el primer nombre de cromatografa. 2. Que otros tipos de cromatografa existen. 3. Porque los aminocidos usados en la prctica muestran diferentes Rfs Bibliografa 1. Wilson, K., and Walker, J. 2000. Principles and Techniques of practical Biochemistry. Fifth edition. Cambridge University Press. 2. Robert, JF., and White B.J. 1990. Biochemical techniques theory and practice. 1st edition. Waveland Press, Inc. USA.

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Divisin de Carrera de: Ingeniera Ambiental Docente: Ing. Yeralda Tapia Rojas Subtema: Materia: Bioquimica ambiental No. Prctica: 4 Titulo de la Prctica: Determinacin aproximada del punto isoelctrico de una protena

Practica 4 Determinacin aproximada del punto isoelctrico de una protena

Objetivo: Determinar alrededor de que pH se encuentra el punto isoelctrico de la casena. Introduccin Las protenas juegan un papel importante crucial en casi todos los procesos biolgicos, tales como catlisis, y trasporte, movimiento coordinado, excitabilidad y control de crecimiento y diferenciacin, entre otros. La caracterizacin de las protenas es importante debido a que el conocimiento de sus propiedades permite, entre otras cosas, poder manipularlas y darles un uso prctico. Existen varias tcnicas para caracterizar las protenas en base a su peso, carga, interaccin con otros compuesto. Por ejemplo, el isoelectroenfoque (determinacin del punto isoelctrico) y la cromatografa por intercambio inico, parte de su principio est basado en la carga de las protenas. La carga de las protenas puede ser manipulada por cambios de pH. El punto isoelctrico (pI) es el pH en que la carga neta total de una molcula es igual a cero y no migra en un campo elctrico. Un fenmeno fsico importante es que cuando una molcula est en su punto isoelctrico tiende a precipitarse, el cual representa un principio importante de separacin de protenas. Si se quiere determinar con exactitud el pI de una protena se usa frecuentemente isoelectroenfoque, en el cual se usa un gradiente de pH creado por anfolinas. Sin embargo, esta tcnica resulta costosa y es casi de uso exclusivo para los laboratorios de investigacin. Por otro lado, si se conoce la secuencia de una protena existen programas que permiten conocer el punto isoelctrico, tales como el EditSeq de DNA star. Ya que una protena precipita en su punto isoelctrico, en esta prctica determinaremos el punto isoelctrico aproximado de la caseina (protena mayoritaria en la leche) al colocarlos en soluciones con diferentes valores de pH. Materiales y mtodos Materiales Nueve tubos de ensaye cinco pipetas una propipeta pHmetro leche limn cido clorhdrico.

cido actico 0.01N cido actico 0.1N cido actico 1N casena en acetato de sodio 0.1N

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Mtodos Rotular los tubos de ensaye para poder identificar cada una de las soluciones a observar. Agregar agua a cada tubo basndonos en la tabla. Agregar Ac. Actico 0.01N a los tubos 1 y 2. Agrega Ac. Actico 0.1N a los tubos 3 a 8. Al tubo 9 agregar solamente Ac. Actico 1N. A cada uno de los tubos agregar Casena en acetato de sodio 0.1N. Mezclar cada uno de los tubos agitado suavemente. Anotar las observaciones que se presenta despus de mezclar las soluciones. Utilizando el pHmetro obtener cada uno de los pH de cada solucin. Despus de tener las observaciones y obtener el pH de cada uno de los tubos determinar el punto isoelctrico aproximado de la caseina. Cuestionario 1. Cual es el punto isoelctrico de la casena reportado en la literatura? 2. Porque la casena se precipit en mas de un tubo?. 3. Que es la proteonmica. 4. Cual es la metodologa que sirve como caballito de batalla para estudios proteonmicos?. Bibliografa 1. Wilson, K., and Walker, J. 2000. Principles and Techniques of practical Biochemistry. Fifth edition. Cambridge University Press.

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Divisin de Carrera de: Ingeniera Ambiental Docente: Ing. Yeralda Tapia Rojas Subtema: Materia: Bioquimica ambiental No. Prctica: 5 Titulo de la Prctica: Solubilidad y desnaturalizacin de protenas

Practica 5 Solubilidad y desnaturalizacin de protenas

Objetivo: Observar la solubilidad y desnaturalizacin de las protenas con varios agentes fsicos y qumicos. Introduccin La Solubilidad de la mayora de las protenas desminuye frente a elevadas concentraciones de sales. Este efecto, llamado desalado (salting out), resulta muy til aunque no este totalmente comprendido. La dependencia de la solubilidad respecto a la concentracin salina difiere de una protenas. Por ejemplo, a una concentracin de sulfato 0.8 M, el fibringeno precipita, mientras que se requiere una concentracin 2.4 M para precipitar la albmina srica. El precipitado por salado tambin resulta til para concentrar disoluciones diluidas de protenas. Por otro lado, la desnaturalizacin es la prdida de la estructura de una protena, con o sin prdida de la actividad biolgica, dependiendo a que nivel de estructura fue la desnaturalizacin. Para desnaturalizar una protena existen varios mtodos, tanto fsicos como qumicos. En los primeros encontramos el calor, el pH, bajas temperaturas. En los segundos podemos mencionar a los cidos fuertes, urea, detergentes como el SDS (dodecil sulfato de sodio), mercaptoetanol, ditiothreitol, etc. Materiales y mtodos Materiales Nueve tubos de ensaye Mechero Pinzas para tubo de ensaye vaso de precipitados Rejilla de asbesto H2SO4

HNO3, NaOH, Cloruro de Mercurio Nitrato de Plata cido Pcrico cido Tricloroactico.

Mtodos Desnaturalizacin de albumina con cidos y bases fuertes Prepara 3 ml de H2SO4 con un 1ml de Albmina, igualmente hacerlo con los reactivos HNO3 y el NaOH. (cidos fuertes y alcalinos). Agitar los tubos y observar si se presenta solubilidad. Desnaturalizacin de albumina con metales pesados Preparar 1ml de Cloruro de Mercurio con 2 ml de Albmina, e igualmente hacerlo con Nitrato de Plata. Agitar los tubos de Ensaye con los reactivos y ver si se solubilizan.

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Desnaturalizacin de albumina con cido Pcrico y Tricloroacetico En tubos de Ensaye agregar 1 ml de cido Pcrico con 2 ml de Albmina. Hacer lo mismo con el cido Tricloroacetico. Calentarlos a bao mara por 5 min y despus dejarlos enfriar por 5 min ms y hacer observaciones de cada tubo. Hacer observaciones. Adicin de limn y cido clorhdrico a la leche.Coloca en dos vasos de precipitado un poco de leche. A uno adicionales unas gotas de limn y al otro unas cuantas gotas de HCl concentrado. Anota tus observaciones. Cuestionario 1. Menciona tres mtodos para precipitar protenas. 2. Cuando una protena se desnaturalizada, puede seguir actividad biolgica?. 3. Porque se forman grumos en la leche cuando adicionas el limn o el HCl?.

Bibliografa 1. Robert, JF., and White B.J. 1990. Biochemical techniques theory and practice. 1st edition. Waveland Press, Inc. USA

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Divisin de Carrera de: Ingeniera Ambiental Docente: Ing. Yeralda Tapia Rojas Subtema: Materia: Bioqumica ambiental No. Prctica: 6 Titulo de la Prctica: Actividad de la amilasa sobre el almidn

Practica 6 Actividad de la amilasa sobre el almidn

Objetivo: Verificar la actividad de la amilasa sobre el almidn a travs de su producto de hidrlisis. Introduccin El almidn es un polisacrido muy abundante en los vegetales en los cuales se encuentra generalmente en forma de pequeos grnulos microscpicos de estructura cristalina. El grano de almidn est formado por amilosa y amilopectina. La amilopectina se encuentra en la parte exterior del grano, es insoluble en agua y no da coloracin con la solucin de lugol. La amilosa se encuentra en la parte interna y da coloracin violeta en presencia de lugol. Por otro lado, la amilasa cataliza la hidrlisis del almidn, glucgeno y dextrinas superiores en molculas cada vez ms pequeas, en un proceso progresivo dando como producto final el disacrido maltosa. La amilasa es una mezcla de enzimas. En el hombre la encontramos en la boca (amilasa salival) y en el intestino (amilasa pancretica). La amilasa pancretica se considera idntica en su accin a la amilasa salival. El pH ptimo para la amilasa salival es de 6.6. Cuando se encuentra en medios con pH ms cidos o ms alcalinos, la actividad de la enzima disminuye o se inhibe por completo. La presencia de sales tambin modifica la actividad de esta enzima. En esta prctica, el avance de la hidrlisis del almidn se demostrar siguiendo la formacin del complejo con yodo el cual da una coloracin violeta con los almidones. A medida que se va efectuado la hidrlisis, el color azul va desapareciendo y aparece un color rojizo (eritrodextrinas) y posteriormente se observa una coloracin amarilla, debida nicamente a la solucin de yodo, lo que demuestra que el almidn ha sido hidrolizado hasta maltosa.

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Materiales y mtodos Materiales 7 Tubos de ensaye bao mara, placa de porcelana excavada gradilla tres pipetas de 1 ml dos pipetas de 5 ml dos pipetas de 10 ml 3 pipeta pasteur 1pinzas para tubo

Almidn 1% en regulador de fosfatos 0.02 M Glucgeno 1% en regulador de fosfatos 0.02 M regulador de fosfatos 0.02 M, solucin de NaCl 0.5 N solucin de amilasa pancretica al 1% o amilasa salival solucin de lugol.

Metodologa Prepare una serie de 7 tubos de ensayo debidamente etiquetados de acuerdo a la siguiente tabla, utilizando 5 diluciones diferentes de enzima comercial o saliva:

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Antes de agregar la enzima y a intervalos de 1 minuto despus de adicionada, haga la prueba de gota del contenido de cada tubo con solucin diluida de yodo (lugol).Transcurridos 10 minutos, haga las determinaciones cada dos minutos hasta que la prueba sea negativa. Hacer las lecturas comparando con el tubo testigo. ANOTE EL TIEMPO INICIAL Y FINAL DE LA DIGESTIN EN CADA TUBO. En el reporte (Resultados) indique el tiempo necesario para que la reaccin sea completa en cada tubo y calcule las Unidades de Amilasa en cada tubo, definiendo una Unidad de amilasa como: nmero de mililitros de solucin de almidn al 1% que pueden ser hidrolizados en 30 min, por 1 ml de extracto puro, en condiciones de pH y temperatura que se haya trabajado. Cuestionario 1. Haz los clculos para determinar las unidades de amilasa. 2. Explique como demostraste que el almidn fue totalmente transformado en sus subproductos al reaccionar con la amilasa? 3. Que son las Unidades (enzimticas). Todas son iguales o varan con el tipo de sustrato que usas?. 4. Como afecta el NaCl en la actividad de la amilasa?. 5. En el ser humano, donde podemos encontrar amilasa? 6. Cual es el pH en el cual la actividad de la amilasa es ptima?. 7. Haga un esquema de la estructura de amilosa y de amilopectina 8. Describa un mtodo para determinar azcares reductores.

Bibliografa Voet, D., and J.G. Voet. 1995. Biochemistry. Second Edition. John Wiley & Sons,

Inc. U.S.A Mathews, C.K., van Holde K.E. and Ahern K.G. 2000. Biochemistry. Third edition.

Addison Wesley Longman Inc. USA. Stryer, L. 1995. Bioqumica. Cuarta edicin. Editorial Reverte. Barcelona Espaa.

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Divisin de Carrera de: Ingeniera Ambiental Docente: Ing.Amb. Yeralda Tapia Rojas Materia: Toxicologia ambiental Titulo de la Prctica: Identificacin de carbohidratos

Subtema: No. Prctica: 7

Practica 7 Identificacin de carbohidratos

Objetivo: Observar las propiedades qumicas que se utilizan para la identificacin de diferentes tipos de carbohidratos. Introduccin Los carbohidratos, glcidos o azcares constituyen una de las ms importantes clases de molculas constituyentes de los organismos. Los carbohidratos son derivados aldehdicos o cetnicos de alcoholes polioxidrilados y por lo tanto tienen las propiedades caractersticas de esos grupos como son la formacin de oxina e hidrazonas. Existen diferentes tipos de reacciones qumicas que sirven para determinar cualitativamente la presencia de carbohidratos (monosacridos, disacridos y polisacridos) como son las siguientes: (a) La Prueba de Molish: Se basa en la accin deshidratante e hidrolizante del cido sulfrico concentrado sobre los carbohidratos. En esta prueba el cido fuerte cataliza la hidrlisis de cualquier enlace glucosdico presente en la muestra, y la deshidratacin del mismo a furfural (pentosas) e hidroximetil furfural (hexosas) de los monosacridos resultantes. Estos furfurales se condensan con naftol y dan un producto colorado. Esta prueba para la identificacin de azcares en general. (b) Prueba de Lugol: Se basa en la formacin de un complejo entre el ion I3 - y la molcula de amilosa de almidn, la cual tiene una conformacin helicoidal. Al introducirse el ion I3 - dentro de la hlice se forma una solucin color azul o negra dependiendo de la concentracin. La amilopectina produce un color prpura rojizo, y el glucgeno un color pardo rojizo. (c) Prueba de Barford: Permite distinguir monosacridos de disacridos. Aqu el Cu2+ del reactivo (acetato cprico en cido actico diluido), es reducido a Cu2+ (Cu+) en solucin de cido dbil, en un tiempo de 5 a 7 minutos con los monosacridos. Los disacridos reducen el ion Cu2+ en un tiempo de 7 a 12 minutos. El Cu2O es un precipitado de color rojo. Es necesario realizar esta prueba en condiciones de pH y de calentamiento fijas y estrictas. (d) Prueba de Bial: Es una reaccin coloreada especfica para pentosas y cierto cidos urnicos que se descomponen al calentarse con cidos formando pentonas bajo condiciones cuidadosamente controladas de temperatura, tiempo y concentracin de HCl, las pentosas son rpidamente convertidas a furfural, mientras que el hidroximetil furfural se forma a partir de hexosas presentes. EN presencia del ion frrrico y orcional (5 metil resorcinol), el furfural se condensa rpidamente para producir un complejo colorado verde.

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(e) Prueba del cido Mcico: Esta prueba consiste en diferenciar la galactosa de las dems aldohexosas por formacin de un cido sacrico que es el cido msico. El cido sacrico cristalino es insoluble en HNO3 diludo. El HNO3 concentrado oxida los dos carbones terminales de las aldohexosas formando los correspondientes cidos sacricos. En general, los cidos sacricos son solubles en HNO3 diluido, pero el cido msico es insoluble en cido diluido. Prueba de Selliwanoff: Es una reaccin coloreada que es especfica para cetosas. En solucin de HCl concentrado, las cetosas sufren una deshidratacin para producir derivados del furfural con ms rapidez que como lo hacen las aldosas. Posteriormente los derivados del furfural forman complejos con el resorcinol para producir color. Consecuentemente los grados relativos del color desarrollado en una solucin que contiene azcar, HCl y resorcinol, proporciona evidencia sobre si el azcar es una aldohexosa o cetosa. Las cetosas generalmente producen un color rojo. En las condiciones que se efecta la prueba, todas las cetosas que pueden estar unidas en enlace glucosdico quedarn en libertad y originarn reaccin positiva. (g) Formacin de osazonas: Los carbohidratos fructosa y glucosa dan las mismas osazonas por su arreglo especial semejante. La manosa no forma osazonas en solucin acuosa, pero en su lugar forma una fenilhidrazona insoluble. Cada osazona tiene un punto de fusin determinado, aunque no es muy til para su diferenciacin pues vara en pocos grados. Algunos cristales presentan una forma lo suficientemente diferenciada para identificar el carbohidrato. El tiempo de formacin es diferente para cada carbohidrato. La prueba se basa en que los azcares reductores se condensan con reactivos como la fenilhidracina en fro formando una fenilhidrazona. A 100 C y en presencia de un exceso de fenihidracina se lleva a cabo otro tipo de reaccin en donde participan los tomos de carbono nmero 1 en las cetosas, dando lugar a la formacin de osazonas. Materiales y mtodos 40 tubos de ensaye vidrio de reloj vaso de precipitado 2 pipetas de 10 ml gradilla 5 portaobjetos mechero 1 pinza para tubo de ensaye tripi tela de asbesto Microscopio agitador de vidrio hielo. Reactivos Naftol etanol al 95 % yodo yoduro de potasio acetato de cobre, cido actico concentrado, orcinol, cido clorhdrico concentrado, cloruro de fiero, resorcinol, cido sulfrico concentrado, cido ntrico concentrado, clorhidrato de fenilhidracina, acetato de sodio, solucin de carbohidratos: glucosa, galactosa, fructosa, sacarosa, lactosa y almidn.

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Preparacin de reactivos Reactivos de Molish: Disolver 10 g de naftol en 100 ml de etanol al 95% Reactivo de Lugol: Moler y mezclar finamente en un mortero 50 g de yodo y 100 g de yoduro de potasio. Disolver con agua destilada y aforar hasta un volumen de 1 litro. Reactivo de Bradford: Disolver 13.3 g de acetato cprico con 200 ml de agua y filtrar si es necesario, aadir 1.9 ml de cido actico concentrado. Reactivo de Bial: Disolver 1.5 g de orcinol en 500 ml de HCl concentrado y aadir de 20-30 gotas de una solucin acuosa de cloruro frrico al 10%. Reactivo de Silliwanoff: Disolver 0.5 g de resorcinol en 100 ml de HCl diluido 1:2. Ensayos Nota. Antes de realizar las pruebas, elabore una tabla de manera que en la primera fila escriba el nombre de las muestras de carbohidratos y en la primera columna el nombre de la prueba a efectuarse, dibuje dos columnas adicionales: una para escribir las observaciones y la otra para resumir el resultado indicando si la prueba fue positiva o negativa. Prueba de Molish Prepare una serie de 6 tubos de ensaye en una gradilla, a cada uno adales 2 ml de las soluciones a prueba. Enseguida adicione 5 gotas del reactivo de Molish y agite. Luego incline cada tubo y deposite cuidadosamente por las paredes del tubo 2 ml de cido sulfrico concentrado. La aparicin de un anillo rojo violeta en la interfase indica la presencia de carbohidratos en la solucin. Prueba de Lugol. A una serie de 6 tubos transfiera 2 ml de cada una de las soluciones de prueba. Acidifique las muestras con 5 gotas de HCl 1 M. Luego adicione 1 gota de lugol. La aparicin de un anillo rojo violeta en la interfase indica la presencia del carbohidrato en la solucin. Prueba de Barford. Coloque 5 ml de reactivo de Barford en cada tubo de una serie de 6 tubos de ensaye, adicione 1 ml de los carbohidratos a prueba y caliente a Bao Mara hirviendo durante 2 minutos, saque los tubos, djelos reposar y anote sus observaciones. Prueba de Bial. Prepare una serie de 6 tubos de ensaye y coloque 5 ml de reactivo de Bial a cada tubo. Adicione 2 ml de la solucin de carbohidrato y caliente suavemente las soluciones en un mechero hasta la aparicin de un color verde o bien hasta que las primeras burbujas alcancen la superficie. Un color azul verde en la solucin a prueba indica un resultado positivo. Prueba del cido mcico. Esta prueba se efectuar solamente con soluciones de galactosa al 3% y de lactosa al 3%. Coloque 5 ml de las soluciones en 2 tubos de ensaye, adicione 2 ml de HNO3 concentrado, mezcle y caliente los tubos en bao de agua hirviente durante 60 a 90 minutos con agitacin ocasional para eliminar gas amarillo generado. Finalmente

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introduzca los tubos en baos de hielo, induciendo la cristalizacin raspando las paredes internas de los tubos con una varilla de vidrio. Observe los cristales formados y dibjelos. Prueba de Selliwanoff. Es una serie de 6 tubos de ensaye coloque 5 ml de una muestra de carbohidrato. Acidifique la solucin con 10 gotas de cido actico glacial y adicione 3 gotas de fenilhidrazina ( 0.4 g de clorhidrato de fenilhidrazina) y una pequea porcin de acetato de sodio slido. Disuelva con agitacin y caliente en un bao de agua durante 5 minutos. Enfre los tubos y observe al microscopio los cristales formados. Resuma sus observaciones en una tabla e interprete los resultados. Cuestionario 1. Escribe la reaccin qumica que sucede entre el reactivo de Molish y uno de los carbohidratos que usaste. 2. Qumicamente que es lo que pasa en la reaccin entre el cido mcico y la galactosa? (Reaccin qumica). 3. Escribe la reaccin qumica que sucede entre el reactivo de Barford y uno de los carbohidratos que usaste?. 4. Que es un azucar reductor y uno no reductor?. Cual es el reactivo que tradicionalmente (mas comn) se emplea para saber si es reductor o no reductor?. Bibliografa 1. Wilson, K., and Walker, J. 2000. Principles and Techniques of practical Biochemistry. Fifth edition. Cambridge University Press. 2. Robert, JF., and White B.J. 1990. Biochemical techniques theory and practice. 1st edition. Waveland Press, Inc. USA. 3. Voet, D., and J.G. Voet. 1995. Biochemistry. Second Edition. John Wiley & Sons, Inc. U.S.A 4. Mathews, C.K., van Holde K.E. and Ahern K.G. 2000. Biochemistry. Third edition. Addison Wesley Longman Inc. USA. 5. Stryer, L. 1995. Bioqumica. Cuarta edicin. Editorial Reverte. Barcelona Espaa.

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Divisin de Carrera de: Ingeniera Ambiental Docente: Ing.Amb. Yeralda Tapia Rojas Subtema: Materia: Toxicologia ambiental No. Prctica: 8 Titulo de la Prctica:Separacin de plsmidos en geles de agarosa

Practica 8 Separacin de plsmidos en geles de agarosa

Objetivo: Separar plsmidos mediante electroforesis en geles de agarosa. Introduccin La separacin de DNA en geles de agarosa representa uno de los caballitos de batalla en laboratorios de Biologa Molecular o Ingeniera Gentica. Cuando la agarosa es fundida y enfriada se forma un gel, la concentracin de la agarosa determina el tamao del poro. La pureza, la degradacin del DNA, los fragmentos obtenidos por digestiones con enzimas de restriccin, y la bsqueda de ciertas construcciones, entre otros, pueden ser analizados en los geles de agarosa. El DNA se carga de manera negativa con el buffer de corrida y se mover a travs del gel bajo la influencia de un campo elctrico hacia el polo positivo (nodo). Las molculas grandes se movern mas lento que las molculas pequeas. Para cargar el DNA en los geles de agarosa se mezcla con una solucin conocida como buffer de carga. Este permite incrementar la densidad de la muestra debido a que contiene glicerol, y asegura que el DNA caiga en los pozos. Adems de lo anterior, el buffer de carga nos permite darnos una idea a que altura del gel puede encontrarse el DNA problema. El DNA es teido con bromuro de etidio, el cual permite visualizarlos bajo la luz ultravioleta. Materiales y mtodos Materiales. Plsmidos obtenidos mediante una minipreparacin Parafilm horno de microondas micropipetas puntas para micropipeta fuentes de podercmaras de elecroforesis horizontales transiluminador de luz ultravioleta (UV) Agarosa de grado molecular. Mtodos Preparacin del buffer de corrida. Se usar una TAE (Tris-acetato 0.04 M, EDTA 0.001 M): Para prepararla, pesar las cantidades requeridas de Tris-base (grado molecular) y EDTA (gradomolecular), mezclar a un volumen determinado. Ajustar el pH a 8 con cido actico y aforar. Buffer de carga Este esta formado de azul de bromofenol 0.25%, xylen-cianol 0.25%, glicerol en agua al 30%. Almacenar a 4 C.

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Preparacin del gel de agarosa Preparar un gel de agarosa al 0.8% en solucin reguladora de TAE. Para esto, pesar 0.8 gr de agarosa y adicionar 100 ml de TAE. Fundir en horno de microonda, dejar enfriar un . (IMPORTANTE: Usar guantes ya que el bromuro de etidio el carcinognico). Colocar la agarosa en la base de la cmara en la que se ha colocado previamente un peine y ha sido sellada. Despus de que el gel se ha gelificado, quitar el peine y colocarlo en la cmara de electroforesis, los pozos debern estar en el polo negativo. Separacin de los plsmidos Con una micropipeta de 10 o 20 l, en un pedazo de parafilm mezclar la muestra de plmidos con gotas del buffer de carga. Poner la muestra en los pozos del gel de agarosa y separar las muestras a 100 V, durante un tiempo de 45 minutos a 1 hora . Observar el en un transiluminador de luz UV

Figura 4. Separacin de DNA en geles de agarosa. (A) El DNA mezclado con el buffer de carga es cargado en los pozos del gel. (B) La cmara de electroforesis es conectada a una fuente de poder y el DNA es separado. Cuestionario 1. Cuantas formas del plsmido observaste?. Como se llaman?. 2. Tu muestra de plsmidos est contaminado con RNA?. 3. Que carga le da al DNA el TAE. 4. Con relacin al buffer de carga, para que sirve el glicerol?. 5. Quien migra mas rpido y cuantas veces, el azul de bromofenol o el xylencianol. 6. Aproximadamente a cuantas Kilobases migra el azul de bromofenol y el xylencianol. 7. Como puedes determinar el tamao de un plsmido?. Bibliografa 1. Becker, J.M., G.A. Caldwell, E.A. Zachgo. 1996. Biotechnology. A laboratory course. Second edition. Academic Press , USA 2. Sambrook, J., E.F. Fritsch and T. Maniatis. 1989. Molecular cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press.

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