Escribe ampliamente la conformacin qumica de la agarosa asi como su origen

La agarosa es una fraccin extrada de las algas productoras de agar de los gneros Gellidium y Gracillaria no toxica, es la responsable fundamental del poder gelificante de ste. Presenta una histresis (diferencia entre temperaturas de fusin y gelificacin) importante, que la hace idnea para tcnicas de separacin tales como electroforesis, cromatografa y otras, empleadas en el campo de la Bioqumica y Biologa Molecular. En concreto gelifica a temperaturas comprendidas entre 32 - 45C y funde a temperaturas entre 80 - 95C, aunque estas temperaturas pueden ser alteradas en productos para usos especficos. La agarosa es un polisacrido formado por galactosas alfa y beta es una herramienta indispensable en gran cantidad de tcnicas de biologa molecular, bioqumica y biologa celular.

Estructura qumica de la agarosa, polisacrido lineal formado por la repeticin de la estructura bsica (agarobiosa), con un peso molecular medio de 120kDa (que corresponde a unas 400 unidades). Las caractersticas de la agarosa se ven modificadas dependiendo de la naturaleza de los diferentes radicales R.

Su uso ms extendido es para construir geles que permitan separar molculas de ADN mediante electroforesis; la agarosa funciona como un filtro en el que los fragmentos de menor tamao migran ms rpidamente hacia el nodo que aquellos de mayor tamao. Al aumentar la concentracin de agarosa se dificulta el movimiento de los fragmentos a lo largo del gel, permitiendo obtener una mayor resolucin en los fragmentos de menor longitud, adems puede ser utilizada para fijar molculas a su estructura como anticuerpos, antgenos y enzimas. Igualmente se utiliza para el cultivo celular y microbiologa. Otros usos menos extendidos son la utilizacin de estos geles como matrices en la reparacin de tejidos daados.

3. Describe las caractersticas de los siguientes buffers de electroforesis as como los parmetros a considerar para la utilizacin de uno u otro: TAE y TBE Hay dos soluciones tampn muy usadas para separacin de fragmentos de ADN mediante electroforesis, son el buffer TBE y buffer TAE, que solo se diferencian en un compuesto, cido brico y cido actico respectivamente. Componentes: Tris (Tris-(hidroximetil)-aminometano): Molcula responsable del tamponamiento. Regulacin del pH. - cido Brico/cido Actico: contribuye a ajustar el pH deseado e igual que el anterior, a mantenerlo. - EDTA (cido Etilendiaminotetraactico): quelante de cationes divalentes, cuya funcin es secuestrar Mg2+, con lo que se evita que las posibles nucleasas presentes degraden el ADN de la muestra, ya que la mayora de las nucleasas requieren de Mg2+ como cofactor. Diferencias entre el buffer TBE y TAE: - Migracin: El TAE es mejor para el anlisis electrofortico de fragmentos grandes de ADN (900 2000bp) ya que corren ms rpido y tiene mayor capacidad de discriminacin en un gel de agarosa a 0.8%. Mientras que en TBE para fragmentos pequeos de ADN (100 500bp) corren ms rpido y tiene mayor capacidad de discriminacin en gel de agarosa al 2%. - Capacidad tamponante: el TBE es ms estable y tiene una capacidad tampn ms alta que el TAE. - Reciclaje: el TAE no aguanta ms de 3 corridas de electroforesis seguidas sin alterar sus propiedades, mientras que el TBE dura 3 o 4 das independientemente de las corridas de electroforesis realizadas. - Recuperacin del ADN: el TBE tiene una interaccin pegajosa con la agarosa, lo que provoca una recuperacin baja del ADN.

Cul es la finalidad de utilizar buffer de carga durante la electroforesis? El buffer de carga es un buffer que contiene sucrosa o glicerol, lo cual da peso o densidad a la muestra para que el DNA se precipite al fondo de los pozos de siembra y as poder realizar el corrimiento. 6. Qu sucedera si se utilizar agua destilada en lugar del Tampn de electroforesis en la cmara de electroforesis o en la solucin del gel de agarosa Durante una electroforesis, se produce una electrolisis del agua por accin del campo elctrico, lo cual genera protones en la proximidad del nodo e iones hidroxilo en el ctodo. El tampn es, por esta razn, esencial durante la electroforesis para evitar que el nodo se acidifique y el ctodo se haga ms bsico, pero no debe afectar a las molculas a separar. Adems, la fuerza inica condiciona la movilidad electrofortica de las substancias a separar, ya que influye en su esfera de solvatacin y en la conductividad de todo el sistema, por lo tanto, es necesaria una fuerza inica suficiente para mantener el pH y la conductividad durante todo el proceso, pero no muy elevada, ya que llegara a interferir en el sistema. Normalmente, se emplean tampones con fuerzas inicas moderadas (0.050.10M), siendo el pH la caracterstica que debe ser ms controlada, puesto que determina la carga de la muestra. 5. Describe el fundamento de la tincin del ADN con colorantes como EtBr y Fast Blast DNA Stain. La forma ms conveniente de visualizacin del ADN en geles de agarosa es teirlo con el colorante fluorescente BrEt (Sharp et al., 1973). Esta sustancia posee un grupo planar que se intercala entre las bases apiladas del ADN. La posicin fija de este grupo y su cercana a las bases causa la unin del colorante al ADN que muestra una fluorescencia comparable a aquella que posee el colorante libre en solucin. La radiacin UV a 254nm es absorbida por el ADN y transmitida al colorante, la radiacin a 302nm y 366nm es absorbida por el colorante unido. En ambos casos la energa es reemitida a 590nm en la regin rojo-naranja del espectro visible. Dado que la fluorescencia impartida por el complejo ADN:BrEt, es mayor a aquella emitida por el colorante libre, es posible detectar pequeas cantidades de ADN en presencia de BrEt libre en el gel.

Fundamento extraccin ADN El ADN puede ser extrado de muchos tipos de material biolgico (sangre, tejido , hueso etc.) y el xito de su anlisis molecular depende de su debido aislamiento en trminos de calidad, cantidad y pureza; es necesario separar el ADN del resto de los componentes celulares as como del material no biolgico que pueda estar presente, todos los protocolos buscan en general, eliminar o diluir potenciales inhibidores de reacciones de amplificacin ( grupos hemo, ADNsas, ARNsas, etc) que eviten o dificulten anlisis posteriores , idealmente los procesos deben ser rpidos y fcil de realizar, garantizando la obtencin del material gentico aun con pequeas cantidades de fluidos o tejidos, el proceso en general involucra tres pasos: primero, la lisis de las membranas celulares, mediante el uso de buffers especficos o de altas temperaturas; segundo, la degradacin de las protenas por incubacin con proteinasa K y/o sales saturadas; tercero, extraccin del ADN y su precipitacin mediante el uso de alcoholes