BYOKMYA I Giri ve Genel Bak: 2.

Sulu Ortamda Zayf Etkileimler Biyolojik Proseslerde Suyun Rol ve Biyoenerjetik

F. Zihniolu

SU VE SULU ORTAMDAK ZAYIF ETKLEMLER

Hayatn fonksiyonel ve yapsal matriksini oluturan makro-molekller kuvvetli kovalent balar ile bir arada tutulur ve yaplanrlar. Fakat molekllerin kompleksliini aklamada tek bana kovalent balar yeterli olmaz. Komplekslik iin daha zayf etkileimler ve kuvvetler, non-kovalent etkileimler nemlidir. Non-kovalent balar kovalent balardan 10-100 kat zayf olmalarna ramen esansiyeldir, yaamn devamll iin srekli yklr ve tekrar oluturulurlar.

Ba enerjileri skalas

Molekllerin Polaritesi
* Bir molekln ekli ve balarnn polaritesi molekldeki yk dalmn tayin eder. * Bir molekln pozitif ve negatif merkezleri akmad zaman polar olarak adlandrlr. * Bir polar molekln bir ucu bir para negatif ykl, dier ucu da bir para pazitif ykldr. * Polar olmayan molekl apolar olarak adlandrlr.
+ ve - polar bir molekldeki ksmi pozitif ve negatif ykleri gsterir.

Molekllerin Polaritesi (devam)

* Polar molekller elektrik alanda belli bir dzene girerler. * Bir polar molekln negatif ucu ile dier polar molekln pozitif ucu birbirini eker. * Polar molekller ayn ekilde iyonlar da eker. Polar bir molekln negatif ucu pozitif iyon tarafndan ekilir ve pozitif u da negatif bir iyon tarafndan ekilir. * Ayn byklkteki iki zt yk belli bir mesafe ile ayrld zaman bir dipol oluur. Dipoln bykl dipol moment ile llr ve ile gsterilir.

Non-kovalent etkileim tipleri

Etkileim Tipi Model rnek

Dipol: Tek bir molekl iindeki yklerin ayrm

Non-kovalent etkileim tipleri

Etkileim Tipi Model rnek

KMYASAL BALAR
Elementlerin atomlar dier atomlara balanarak daha kompleks ve yeni molekller oluturabilirler. ki veya daha fazla atomu bir arada tutan ekim kuvvetine kimyasal ba denir. Kimyasal Balar: yonik balar Kovalent balar Hidrojen balar Molekl veya Van der Waals balar

Hidrojen ba: Donr grupta(-O-H yada N-H gibi) kovalent bal bir H atomu ve bir akseptr grup zerindeki (O=C- yada N gibi) ba yapmayan bir ift elektron arasnda oluur.

Elektronegatif atom

yonik ba: Atomlarn kararl bir yapya ulamalar iin d elektron tabakasndaki elektronlarn tamamlamas gerekir. Bir veya birka elektronun bir atomdan ayrlp dier atoma gemesi ile pozitif ve negatif ykl iyonlar arasnda elektrik ykl taneciklerin birbirini ekmesi ile iyonik ba oluur.

Ykl Gruplar Biyolojik Tanma iin esansiyeldir.

Proteinler: amino asitler Membranlar: ya asitleri Ykl gruplar ; 1. protein ve membran yaplarnn kararll 2. Proteinlerin suda znrl 3. Enzim-substrat veya protein-protein tannmas .asndan esansiyeldir.

Kovalent ba: yonik badakinin aksine, birok durumda elektron transfer edilmeyip iki atom arasnda ortaklaa kullanlr ve oluan baa kovalent ba denir.

Van der Waals balar: Molekller veya atomlar birbirlerine yaklatklarnda d elektron orbitalleri akr ve aralarnda bir itme olur. Bu itme merkezler arasndaki uzaklk azaldka ok hzl olarak artar.

Biyomakromolekllerdeki Tipik Non-kovalent Etkileimler

HDROJEN BALARI
Hidrojen balar biyokimyada olduka nemlidir. Tek bir H atomunun O veya N gibi iki elektronegatif atom arasnda ortaklaa kullanlmasyla oluur. H; bir O veya N atomuna kovalent balanabilir. Polariteden dolay elektronlar O ve N atomuna H den daha yakn bulunurlar. Elektropozitif hale gelen H baka bir elektronegatif atom tarafndan ekilir ve ba oluur.

Hidrojenin kovalent olarak baland atoma hidrojen ba donr, ba yapmam elektron ifti ieren atoma hidrojen ba akseptr denir.

Biyolojik molekllerde bulunan nemli hidrojen ba tipleri.

Hidrojen Bana rnekler

ZGEN OLARAK SU
Su, niversal bir intraseller ve ekstraseller ortam yaratan polar bir zgendir. ki nemli zellii; H ba yapma eilimi ve dipolar karakteridir. Kimyasal Forml; H2O

Suyun Yaps ve zellikleri

Biyokimyasal reaksiyonlarn hemen hemen hepsi sulu ortamda gerekleir. H2O: Basit bir molekl olmasna ramen deiik zelliklere sahiptir.
Yksek Vizkozite Yksek Kaynama Noktas Yksek Buharlama Iss Byk scaklk aralnda sv Polar ve ykl maddelerin znmesine uygun, non-polar maddelerin znmesinde uygun deil.

Su Moleklnn Yaps

Tetrahedral Hidrojen atomlar ksmi pozitif yke sahiptir. Oksijen; 2 balanmam elektron ifti ierir.

Suyun zellikleri
ekli (veya yaps), fonksiyonunu belirler. Su; iyonik maddeler(tuz) non-iyonik fakat polar (ekerler, alkoller, aminler, aldehitler ve ketonlar) iin iyi bir zcdr. Dielektrik Sabiti D: Suyun; iyonlar dipol etkileimleri ile sararak, elektrostatik ekimleri azaltma yetenei dielektrik sabitinin bir ls olarak kabul edilir.

* Hidrojen balar polar gruplar arasnda oluur. * Sudaki oksijen iyi bir H-ba akseptrdr ve hidrojenler Hba donrdrler. * Bylece su; bir ok polar grup ile H-ba oluturabilir. (rn: C=O, NH3, OH); * nternal H balar ieren molekller suda zndnde bu balarn bir ksm yada ou su ile H ba yapma eiliminde olurlar.

ki su molekl arasndaki Hidrojen Ba

Bir su moleklnn ksmi pozitif ykl Hidrojen atomu, ksmi negatif balanmam elektron ifti ieren oksijeni ekerek bir hidrojen ba oluturur.

Su Molekl ile Hidrojen Ba

* Bir su molekl ayn zamanda 4 hidrojen ba oluturabilir. * Su moleklnn oksijen atomu 2 hidrojen atomu iin hidrojen ba akseptrdr. * Her bir O-H groubu hidrojen ba donrdr.

Suyun zellikleri Yaps ile likilidir.

nternal H balar yapan molekller (hidroksil bileikleri, aminler, slfidril bileikleri, esterler, ketonlar) suda znrler ve hidrofilik olarak adlandrlrlar.

Fonksiyonel gruplar H-ba yapabilen molekller Hidrofiliktir.

hydrophilic

Hidrojen ba; istemli entalpiye katkda bulunur.

Hidrofobik Etki
* Polar olmayan molekller su iinde su moleklleri ile sarlarak kafes benzeri (clathrate) bir yap olutururlar. Bu koullar altnda non-polar molekller birbiri ile etkileime girer ve buna hidrofobik etkileim ad verilir. Dier bir deyile iki non-polar molekl su iinde birbirine yakn olma eilimindedirler. * Hidrofilik maddelerin znrl su molekl ile olan etkileimin enerjetik olarak istemli olmasna bal olduundan hidrokarbonlar gibi non-polar ve non-iyonik maddeler H ba yapamazlar ve dolays ile hidrofobik olarak adlandrlrlar.

Hidrofobik Etki
Polar olmayan bir madde suya eklendiinde ne olur?
Non-polar molekller: zayf hydrogen ba Non-polar molekller: saf suyun hidrojen ba alarn bozar Su moleklleri yeni H-balarnn saysn maksimize etmek iin yeniden yaplanrlar: (entropi-istemsiz)

Hidrofobik Etki

* Non-polar molekllerin su iinde birbirleri ile etkileim eilimleri hidrofobik etki olarak tanmlanr. * Buradaki etkin kuvvet artan zgen entropisidir. * Protein katlanmas ve membran kararl asndan son derece nemlidir.

Buzun molekler yaps

* Buz formundaki su moleklleri her bir su moleklnn 4 hidrojen ba yapt bir a yapsndadr. * Hidrojen balarnn geometrik dzeni buz kristalinin dayankllna katkda bulunur.

* Su iyonik bileikler iin de mkemmel bir zcdr. * Bu suyun dipolar zelliindendir. Su dipolleri sulu ortamda katyon ve anyonlarla etkileerek iyonlar hidrate olur ve su moleklleri iyonlarn etrafnda bir hidrasyon tabakas oluturur. * NaCl suda kolay znr. * Na+ ve Cl- iyonlar kristal yapdan ayrlrken, bu iyonlar ile dipolar su moleklleri arasndaki non-kovalent etkileim her bir iyonun etrafnda bir hidrasyon tabakas oluumu ile sonulanr.

yonik bileiklerin suda iyi znmesi iki faktr ile aklanabilir: a) Hidrasyon tabakasnn oluumu enerjetik olarak istemlidir. b) Suyun yksek dielektrik sabiti zt ykl iyonlar arasndaki elektrostatik gc azaltr.

Amfipatik molekller ise hem hidrofobik hem de hidrofilik zellik gsteren maddelerdir. Sulu ortamda bu molekller tek tabaka, misel veya vezikller oluturur.

Amfipatik molekller

 Asit-baz davran
Kuvvetli asitler/bazlar Zayf asitler/bazlar
pKa pH ve pKa arasndaki iliki

SUYUN YONZASYONU ve pH SKALASI

Su esansiyel ntral bir molekldr ve iyonize olma eilimindedir: H2O + H2O <=> H3O+ + OHHem zayf asit hem de zayf baz gibi davranr. Bir su molekl dierine bir proton transfer edip hidronyum iyonu ve hidroksil grubu oluturabilir ve bu nedenle su hem proton donr hem de akseptrdr.

Asit-Baz Davran
Asit = proton donr; Baz = proton akseptor AH + H2O BH+ + H2O A- + H3O+ B + H3O+ pH = 7

pH = -log [H3O+] Bu durumda; [H3O+] = 10-7 M,

H2O <=> H+ + OHSuyun 25oCdeki iyonizasyon sabiti;Kw = [H+][OH-] = 1 x 10-14 M

[H+] pH olarak ifade edilirse;

pH = -log[H+]

Suda Asit-Baz Davran

Kuvvetli asitler suda tamamen dissosiye olurlar: HCl + H2O NaOH H3O+ + ClNa+ + OH-

Zayf asitler ise sadece ksmi olarak dissosiye olurlar; CH3COOH + H2O
(asit) (baz) (konjuge baz) (konjuge asit)

CH3COO- + H3O+

HA gibi bir zayf asit iin;

HA HA; A- ; H+ + A-

proton donr proton akseptr

HA/A- ; Konjuge asit/ konjuge baz

Zayf asitler tamamen dissosiye olmazlar. zeltide konjuge bazlar ile bir arada bulunurlar.

Kdiss ve Keq
Kdiss : asit dissosiyasyonu iin denge sabiti Kdiss = [CH3COO-][H3O+]/[CH3COOH][H2O] = 3.17 x 10-7 M asetik asit iin Ka = Kdiss[H2O] = [CH3COO-][H3O+]/[CH3COOH] = 1.76 x 10-5 M

pKa = -log Ka = 4.75

(Henderson-Hasselbach Eitlii)
HA + H2O A- + H3O+ Ka = [A-][H3O+ ]/ [HA] log Ka =log[H3O+] + log([A-] / [HA]) -log[H3O+ ]= -logKa + log([A-] / [HA]) pH = pKa + log([A-] / [HA])

pKa ve pH Arasndaki iliki

Henderson-Hasselbach Eitlii
pH = pKa + log([A-] / [HA])

pH = pKa, pH >> pKa, pH << pKa,

[A-] = [HA] [A-] >> [HA] [HA] >> [A-]

TAMPON SSTEMLER
Tamponlar; ortama ok az miktarda asit(H+) veya baz(OH-) ilave edildiinde, pHdaki deiimlere kar koyan sulu sistemlerdir. Bir tampon sistemi, zayf bir asit ve onun konjuge bazndan oluur ve sistem H.Hasselbach eitlii ile aklanr

YONK DENGE
Asitler ve Bazlar

pH: acid < 7, base > 7

pH: acid < 7, base > 7

To maintain the pH near neutrality, buffers typically are present in media.

Vcut svlarnn ounun pHs 6.5-8.0 aralnda olup fizyolojik pH snr olarak bilinir.

Zayf Asitlerin Sulu Solsyonlarda 25oC de Disosiyasyon Sabitleri ve pKa Deerleri

Ka = (H+) (A-) / (HA) pKa = -logKa

Fosforik asit (H3PO4) Titrasyon Erisi

Ka = (H+) (A-) / (HA) & pKa = -logKa

Asetik asitin (CH3COOH) sulu baz (OH-) ile titrasyonu

[CH3COOH] = [CH3COO-] ve pH=pKa

Bir solsyonun pH deiimine diren gstermesi tamponlama kapasitesi olarak tanmlanr.

Karbonik asit ve konjuge bazlarnn pHya gre deerlendirilmesi

pH 7.4 deki sulu bir solsyonda(kan pHs), Karbonik asit(H2CO3) ve bikarbonat (HCO3-) konsantrasyonlar belirli bir dzeydedir, ancak karbonat (CO3-2) konsantrasyonu ihmal edilebilir.

Memelilerde Kan pH snn dzenlenmesi

OKLU YONZE OLABLEN GRUP EREN; AMFOLTLER, POLAMFOLTLER VE POLELEKTROLTLER

Amfolitler hem asidik hem de bazik gruplar ieren molekllerdir. rn; proteinlerdeki aminoasitler amfolit zelliktedir. nk, bir asit gibi davranan bir karboksil ve bir baz gibi davranan amino grubu tarlar.

Proteinler gibi byk molekller bir ok asidik ve bazik grup ierdiklerinden poliamfolit olarak tanmlanrlar. ok sayda sadece pozitif yada sadece negatif yk ieren baz makromolekllerde polielektrolit denir.
(rn:Negatif ykl nkleik asitler ve pozitif ykl polilizin vb.)

ZELTDEK MAKROYONLAR ARASINDAK ETKLEMLER

Nkleik asit gibi byk polielektrolitler ve proteinler gibi poli-amfolitler makroiyonlar olarak snflandrlrlar. Byle ykl partikller arasndaki itme-ekme elektrostatik kuvvetleri bunlarn zeltideki davranlarn belirlemede rol oynar.

Makroiyonlar aras elektrostatik etkileimler

BYOENERJETK
Yaayan hcre byr, hareket eder, kompleks makromoleklleri sentezler ve kompartmanlar aras transferi salar ve bunlar iinde enerjiye gerek duyar. Biyoenerjetik organizmalarn enerjiyi nasl kazandklar ve kullandklar ile miktarsal olarak ilgilenen, ayrca termodinamik ile de ilikili olan bir alandr.

BYOENERJETK
Biyokimyasal bir proses s oluturabilir veya sy evresinden absorblayabilir. Bir reaksiyonun sreklilii toplam serbest enerji deiimine baldr. Serbest enerji;
scaklk

G = H T S
Serbest enerji entalpi

entropi

Termodinamik Sabitler ve Birimler

Boltzman sabiti Avagadro says Faraday sabiti Gaz sabiti G ve H birimleri S birimi Scaklk(T) k = 1.381 x 10-23 J/K N = 6.022 x 10-23 mol-1 J = 96.480 J/V.mol R = 8.315 J/mol.K J/mol (cal/mol) J/mol (cal/mol.K) Kelvin(K) (25oC = 298 K)

ENERJ, ISI VE
Bir kimyasal reaksiyonda oluan enerji deiimlerini tanmlayan termodinamik miktar mevcuttur: 1) Gibbs serbest enerjisi(G) 2) Entalpi(H) 3) Entropi(S) Gibbs serbest enerjisi(G): Sabit basn ve scaklktaki reaksiyonda i yapabilme gcnn enerjisidir. Bir reaksiyonda; Sistemden serbest enerji salnrsa serbest enerji deiimi(G) negatif ve reaksiyon ekzergonik, Sistem serbest enerji kazanrsa serbest enerji deiimi(G) pozitif ve reaksiyon endergoniktir.

 ATP hidrolizi gibi bir ekzergonik reaksiyon bir

endergonik reaksiyonun yrtlmesinde kullanlabilir.

Dier ekzergonik reaksiyonlar yada prosesler ATP

sentezinde(endergonik) kullanlabilir.

Entalpi(H): Reaksiyon sisteminin s miktardr. Bir reaksiyon;

Is salar ise entalpi deiimi(H) negatif ve

reaksiyon ekzotermik,
evreden s alr ise entalpi deiimi(H)

pozitif ve reaksiyon endotermiktir. Entropi(S): Sistemdeki dzensizliin bir lsdr. Reaksiyon rn reaktantlardan daha dk komplekslikte ve daha dzensiz ise reaksiyon entropi kazanr.

G = H T. S

 ENERJ (E): Sistemin durumunun bir fonksiyonudur. Termodinamik hal deikenden ikisinin deiebilir olmas ile tanmlanr: Scaklk(T), basn(P) ve hacim(V). Sistem izole deilse enerji deiimi evresel faktrlerden etkilenir ve i enerji deiir. Bu da iki yol ile olur: 1) Is sistemden veya sisteme transfer edilir 2) Sistem evreyle ilikili alabilir veya sistemde alabilir. ISI(q): q(+) ise sistemin evreden sy absorbladn, q(-) ise snn sistemden evreye aktn gsterir. (W): W(+) ise iin sistem tarafndan yapldn, W(-) ise evrenin sistem zerinde altn gsterir.

YKSEK ENERJL FOSFAT BLEKLER (Biyolojik sistemlerdeki serbest enerji kaynaklar)

Hcre ierisinde yksek negatif serbest enerji deiimlerine sebep olan bileiklere hcrenin serbest enerji depolar denir. Bunlarn hidroliz serbest enerjileri negatif ok yksek bir deerdir.

Fosfoenolpiruvat + ADP + H+ Piruvat + ATP

Kreatin + ATP Kreatinfosfat + ADP

NDP + ATP NTP + ADP

Biyokimyasal olarak nemli baz fosfat bileiklerinin hidroliz reaksiyonlar

SERBEST ENERJ KAYNAI OLARAK ATP

ATP hidrolizi iki yolla olur: Terminal fosfat grubu ayrlr ve ADP ile Pi oluur, yada ayrlma ikinci fosfodiester bandan olur ve AMP ile PP oluur. ATP hidrolizi olduka ekzergoniktir (G o = -30kj/mol). Hcrelerdeki ATPnin ou Mg-kompleksi halinde (MgATP-2) bulunur.

Serbest enerji deiimlerinin byklne etki eden faktrler: 1) Fosfat rnlerinin rezonans stabilizasyonlar 2) Hidroliz rnlerinin ilave hidratasyonu 3) Ykl rnler arasndaki elektrostatik itme 4) rn molekllerinin zenginletirilmi rezonans stabilizasyonu 5) Tamponlanm zeltilerde proton ayrlmas