METABOLZMAYA GR

Biyokimya 2:1

Metabolizma
Canl yaamnn srekliliinin salanmas iin;
ve d ortama kar yapaca ilerde kullanmak zere enerjice zengin molekllerden kimyasal enerji salamak, Besin maddelerini, hcrenin makromolekllerini sentez etmek iin ncl yap talar haline evirmek yani sindirmek, Bu yap talarndan hcrenin ihtiyac olan makromolekllerden proteinleri, nkleik asitleri, lipidleri, polisakkaritleri ve dier hcre komponentleri sentezlemek, Hcrenin zellemi fonksiyonuna gre gerektiinde hcre veya organizma iin gereksiz olan biyomoleklleri ykmak(paralamak ve/veya dar atmak) veya sentezlemek

gereklidir..

Metabolizma
Biyolojik sistemlerde ok sayda enzim ve multienzim sistemi ile birlikte yrtlen ve ileri derecede koordine edilen bu kimyasal reaksiyonlarn tmne metabolizma ad verilir. Canlda oluan ve canlln devam iin gerekli olan tm kimyasal reaksiyonlardr.

Metabolitler
polimerlerin sentezi ve ykmndaki kk molekl ara rnler enzimlerin katalizledii biyokimyasal reaksiyonlara katlan(substrat) ve rne dnen maddelere genel olarak verilen ad.

Metabolizma
Fizyolojik prosesler
Metabolizma (GO:0008152)
Organizmal metabolizma (yeni) Seller metabolizma (yeni) Primer metabolizma (yeni) Sekonder metabolizma (GO:0019748) Anabolizma (GO:0009058) Katabolizma (GO:0009056) Metabolizmann Dzenlenmesi ncl metabolit ve enerji oluumu

Yeni terimler

Seller metabolizma:
Hcre seviyesinde metabolizma

Organizmal metabolizma:
Multiseller organizmalarda; doku, organ veya organizma seviyesindeki metabolizma. Seller metabolizmann aksine madde transferi hcreler arasnda gereklemektedir.

Enerji Metabolizmas:
Organizmann besin maddelerinden elde ettikleri ve harcadklar yollar.

Primer metabolizma:
Normal anabolik ve katabolik prosesler kapsamnda genelde hcrede gerekleen reaksiyonlar.

Sekonder metabolizma:
Sekonder bileenlerin metabolizmas; sekonder metabolit; byme ve gelimede direkt fonksiyonu olmayan bileikler. Bir organizmann metabolizmasnn normal bir ksm olmalarna ramen, genelde zellemi hcrelerde oluurlar ve primer rnlerden daha komplekstirler. rn; antibiyotikler, bitki savunmada alkoloid ve steroidler.

Metabolizma
Katabolizma
(Ykm)

Anabolizma
(Sentez)

Amfibolik (katabolik ve anabolik)

Katabolizma
Metabolizmann ykm faz Besin ile alnan veya hcrede depo edilen biyomolekllerin (karbohidrat, lipid, protein) basamak basamak ykm reaksiyonuna urayarak daha kk ve basit olan molekllere (CO2, H2O, NH3 vb.) dnmn kapsar. Enerji aa kar (ATP, NADH2, NADPH2, FADH2 ) Katabolik reaksiyonlar Kk molekl ve enerji eldesi iin byk molekllerin degredasyonu

Anabolizma
Metabolizmann biyosentez- yapc faz Kk yap ta olan molekllerden byk molekllerin sentezini salayan reaksiyonlar dizisi Enerji gerektirir (ATP, NADH2, NADPH2, FADH2 ) Anabolik reaksiyonlar Hcre canllnn korunmas, bymesi ve reme iin molekllerin sentezi

Katabolizma-Anabolizma
Ykm

Sentez

Katabolizma ve Anabolizmann Enerji Tayclar ile Entegrasyonu

METABOLZMAYA GENEL BAKI

Katabolizma-Anabolizma
Katabolik ve anabolik reaksiyonlar hcrede ayn anda faaliyet gsterirler. Bamsz olarak regle edilirler Anabolik-katabolik; enerjiye gereksinim vardr. Enerji asndan kesin ayrm doru olmamakla birlikte pratike ayrm yaplmaktadr.

Ara Metabolizma (Intermediary)

Hcre ve organizmann ihtiyalarnn karlanmas amacyla elde edilen ve depolanan enerjiyi kapsayan tm reaksiyonlar Hcre ve organizma tarafndan kullanlan metabolitlerin sentezini kapsayan tm reaksiyonlar Besinler ile alnan bileiklerden canl iin gerekli olan biyomolekllerin sentezi, ykm ve boaltm sistemi ile atlmas(sindirim, emilim, hcre iine transport)

Makro- Metabolizma
Trophic Stratejiler Yunanca bir kelime; trophos beslenme

Enerji kaynana gre;

Kemotrof; Enerji kimyasal bileiklerden elde edilir.
[Hidrokarbonlar(yalar), karbohidratlar, inorganik azot ve kkrt bileenlerin(NH3,H2S ) oksidasyonu]

Fototrof; Enerjiyi ktan salayan organizmalar.

Karbon kaynana gre; Heterotrof C- ihtiyacn organik bileiklerden karlayan organizmalar Ototrof Karbon kayna olarak atmosferik CO2 kullanan organizmalar.

Tip
Fotooto -

Enerji
Gne

C kayna
CO 2

rnek
Mavi / Yeil kkrtl bakteriler Mavi / Yeil kkrtsz bakteriler H, S, Fe, N bakteriler Bakteriler fungi, protozoa, hayvanlar

Fotohetero -

Gne

Organik Bileenler CO2 Organik Bileenler

Kemooto

Kimyasal balar

Kemohetero - Kimyasal balar

Oksijen kaynana gre; aerob

O2 kullanan,
sadece O2 elektron akseptr

anaerob
Yaam iin O2e ihtiya duymayan,
elektron akseptr olarak SO4, NO4 veya organik moleklleri kullanabilen

Fakltatif anaeroblar
Hem aerobik hemde anaerobik ortamda byyebilen

Obligat anaeroblar
O2 siz ortamda byyebilen

Gne yaam iin enerjidir;

Fototroflar organik molekllerin sentezi iin kullanrlar Heterotroflar ise bu moleklleri yap talar olarak kullanrlar CO2, O2, ve H2O bu sistemlerde dngsel olarak meydana gelir ve kullanlr.

Azot Dngs

Metabolik Yollar
Metabolizmada bir veya birden ok son rn oluturan birbirine baml, ard ardna gerekleen reaksiyonlar dizisine metabolik yol ad verilir. Metabolik yollar bir balang maddesinden son rne dorusal reaksiyonlar dizisinden veya reaksiyonun ara metabolitlerinden birine dnen dairesel (circular,spiral) reaksiyonlardan meydana gelmektedir.

Metabolik Yollardaki Bileenler

Substratlar Ara rnler Son rnler Enerji tayclar Enzimler Kofaktrler

Metabolik Yollarn Komplekslii

>500 ara metabolit >1000 enzim Kontrol edilebilen bir ok metabolik yol Metabolik yollar;
Lineer Dairesel(Dngsel, spiral) Ayrtrc(divergent) Birletirici(convergent)
Katabolizma Anabolizma

 2 3 4

Subtitle

Metabolik Yol (Reaksiyon Dizi) Tipleri

A B C D E F

LINEER
K J I G

SKLK
N M L H

DALLANAN YOLLAR

Metabolik Yollarn Organizasyonu

Lineer
(reaksiyon rn izleyen reaksiyon iin substrat)

Kapal daire (dng)

Spiral
(ayn seri enzimin srekli kullanlmas)

Mutienzim kompleksi

Enzimler

Membran bal sistemler

Biochemical Pathways Map No. G6

Reaksiyonun yn?
Hemen hemen tm kimyasal reaksiyonlar dnmldr. Reaksiyonun hangi ynde ilerleyecei; Reaksiyona girenlerin enerji ierii Reaktant/rn oranna .. baldr.

Biyoenerjetik
Canl organizmalar termodinamiin kurallarna uyarlar. Canl organizmalar enerjiyi var veya yok edemezler. Biyokimyasal Reaksiyonlar
1) EKZERGONIK REAKSYONLAR : enerji salnr, (-) deerlikli olarak ifade edilir : Katabolizma reaksiyonlar 2) ENDERGONIK REAKSYONLAR : sisteme enerji alnr, (+) deerlikli ifade edilir. : reactions involving ANABOLISM

Termodinamik-Metabolizma
Metabolizmada iki tip reaksiyon mevcuttur. Dengeye yakn reaksiyonlar; G, sfra yakn majr reaksiyonlar Reaktant ve rn konsantrasyonlarna bal olarak reaksiyonun yn belirlenir. Dengeden uzak reaksiyonlar; G<< 0 minr reaksiyonlar; kontrol noktalar Geri dnmsz

Metabolizmada Termodinamiin temel gr; 1. Metabolik yollar geri dnmszdr.

Srekli bir proses iin G negatiftir.

2. Her metabolik yol bir balant admna

sahiptir. Genelde ilk dnmsz adm metabolik yol iin tektir ve nemli bir kontrol noktasdr.

3. Katabolik ve anabolik yollar farkldr.

Biyolojik enerji dnmleri termodinamik yasalara uygun olarak gereklemektedir.

Termodinamiin birinci kanunu

Bir sistemin enerjisinde herhangi bir deiiklik evrede eit ve zt bir deiiklii gerektirir Herhangi fiziksel veya kimyasal deiimde enerjinin biimi deiebilir, fakat Evrendeki total enerji miktar sabit kalr

Termodinamiin Birinci Kanunu

Enerji bir formdan dierine dntrlr. Yoktan var edilemez veya yok edilemez. Gne yaamn birincil enerji kaynadr. Gneten alnan enerji kimyasal ba enerjisine dntrlr. Tm organizmalar kimyasal olarak depolanan bu enerjiyi i yapmada kullanrlar.

Termodinamiin ikinci kanunu

Kendiliinden gerekleen herhangi bir srete sistem ve evrenin total entropisi artar. Evren kanlmaz olarak dzenli durumdan daha dzensiz duruma gider.

Termodinamiin kinci Kanunu

Enerji deiimi %100 etkin deildir. Toplam enerji miktar yksek enerji formlarndan dk enerji formlarna ak ile ifade edilir.

Entropi
Sistemin dzensizliinin ls

Standart serbest enerji deiikliklerinin toplanabilirlii

Standart serbest enerji deiikliklerinin toplanabilme zellii nedeniyle termodinamik olarak elverisiz (Go' pozitif; endergonik) bir reaksiyon, yksek olarak ekzergonik bir reaksiyona ortak bir ara madde vastasyla balanarak ileri ynde yryebilmektedir.
Glukoz + Pi Glukoz-6-fosfat + H2O ATP + H2O ADP + Pi Goi= 13, 8 kJ/mol Goi= 30, 5 kJ/mol

Glukoz + ATP Glukoz-6-fosfat + ADP Goi= 16, 7 kJ/mol

Endergonik Reaksiyonlar
Enerji gerektiren rn balang maddelerinden daha fazla enerjiye sahip.
6 product with more energy (plus by-products 602 and 6H2O)

ENERGY IN
12

Ekzergonik Reaksiyonlar
Enerji salnr rnler balang maddelerinden daha az enerjiye sahiptir.

energy-rich starting substance + 602 6

ENERGY OUT
6

products with less energy

Biyolojik sistemlerde enerji taycs

Btn canllarda ekzergonik ve endergonik olaylar arasnda biyolojik enerjinin tanmasnda, yksek enerjili fosfat bileii olan adenozin trifosfat (ATP) molekl rol oynamaktadr

ATPnin Rol
Hcreler ekzergonik reaksiyonlarda ATP kazanrlar. Hcreler endergonik reaksiyonlarda ATP harcarlar.

adenine

P ribose

ATP Sentezi
Substrat dzeyinde fosforilasyon
Fosfat grubu direkt olarak ADPye eklenir Oksijene ihtiya yoktur

Oksidatif fosforilasyon
NADH+H ve FADH2 nin oksidasyon reaksiyonlar ile ADP ve ATP fosforilasyonu ~ 90% ATP retimi

Elektron Transport Zinciri

NADH+H ve FADH2 den elektron ve hidrojen iyonlarnn transfer reaksiyonlar ile mitokondri membrannda ATP sentezi.

Hcreye enerji salanmasnda yani kimyasal veya fiziksel enerjinin biyolojik enerjiye (ATP) evrilmesinde bir elektron donrnden (vericisinden) bir elektron akseptrne (alcsna) elektron transportu mekanizmas yer alr

Elektron Transferi
Elektronlar, ATP oluumunda kullanlmak zere her bir reaksiyonda transfer edilirler, Elektron transferinde koenzimler tayc olarak grev alrlar.

Electron Transport Sistemleri

Hcre membrannda , enzimlerin, koenzimlerin dzenlenmeleri Bir molekl oksitlendiinde dieri indirgenir. Aerobik solunum ve fotosentezde fonksiyon gsterir,

Metabolik Etkinlik:
Besin enerjisinin ATP ye dnm yaklak %50 etkinlik ile gerekleir. Dier % 50 s olarak salnr. ATP ye ihtiya olduunda, ~50% si kullanlr. Toplamda: Besinlerin 25%i enerji haline dnr. 75%i ise s olarak salnr.

Besinlerin Metabolik evrimleri

Figure 22-2: Summary of metabolism

Metabolizmada Genel Yaklamlar

Enzim reaksiyonlar geri dnml veya geri dnmsz olabilir

Metabolizmada Genel Yaklamlar

Geri dnmsz reaksiyonlar genelde metabolik kontrol admlarn oluturur.

Metabolizmada Genel Yaklamlar

Hcrede metabolik olaylar dinamik bir denge halinde dzenlenmektedir. Bu denge sayesinde hcrenin kimyasal kompozisyonu deimeden kalmaktadr. Organizmann gereksinim duyduu biyomolekllerin ne yeterinden fazla, ne de az sentezlenmemesi iin metabolik yollarn kontrol(dzenlenmesi) gereklidir.

Metabolizmann Kontrol
Enzim seviyelerinin kontrol Enzim aktivitesinin kontrol Kompartmanlama Hormonal Kontrol Dier Kontrol Mekanizmalar(yaygn) Organlarn metabolik spesifikasyonlar

Metabolizmann Kontrol
1) Enzim Seviyelerinin kontrol a) Sentez - indksiyon/basklama - transkripsiyonun kontrol - translasyonun kontrol b) Degredasyon - proteolizis

GENLER
Transkripsiyon Transkripsiyonel reglasyon ile kontrol

RNAs
Translasyon Modifikasyon yok Translasyonel reglasyon ile kontrol

PROTEINLER (ENZMLER)
Kovalent Modifikasyon

Proteazlar ile kontrol Degredasyon

NAKTF ENZM

FONKSYONEL ENZMLER
nhibisyon ve aktivasyon Fonksiyon dzeyinde kontrol

Translasyon sonras modifikasyonlar ile kontrol

AKTF ENZMLER

Metabolizmann Kontrol
2) Enzim Aktivitesinin kontrol
a) Geri dnml modifikasyon

- ligantlar ile reaksiyon

(substratlar, rnler, allosterik reglasyon)

b) Geri dnmsz(Kovalent) Modifikasyon

- fosforilasyon, adenilasyon, oksidasyon ribosilasyon, hidroksilasyon,

a) Geri Dnml Modifikasyon - Kompetitif inhibitrler - Nonkompetitif inhibitrler - rn nhibisyonu - Aktivatrler - Substrat inhibisyonu - Allosteri

Geri Besleme nhibisyonu

leri Besleme Aktivasyonu

Allosterik Reglasyon
Metabolik aktaki deiimlere ok ksa srede yant verebilen bir kontrol mekanizmas. Allosterik Effektrler Metabolik yollarn son rnleri
Geri besleme inhibisyonu

Substratlar
leri besleme aktivatrleri

Enerji durumunu belirleyen indikatrler

ATP/ADP/AMP NAD/NADH Sitrat & asetil-CoA

b) Kovalent Modifikasyon
- Fosforilasyon (kinazlar) serin, treonin, ve tirozin - Defosforilasyon (fosfatazlar) - Adenilasyon ATP den adenilat transferi - Ribozilasyon NAD+ dan proteinlere ADP-ribozil transferi ADP-ribosil transferazlar - Hidroksilasyon OH grup ilavesi (hidroksilazlar) prolin, lizin, asparagin, ve aspartik asit - Oksidasyon Sisteinler aras dislfit ba oluumu

Fosforilasyon-defosforilasyon

Adenilasyon

ADP-ribozilasyonu

Metabolizmann Kontrol
3) Komparmanlama Farkl metabolik yollarn farkl organelerde, hcre tipinde ve dokularda gereklemesi
Nukleus
- DNAnn replikasyonu - mRNA, tRNA ve baz nkleer proteinlerin sentezi

Nukleolus - rRNA sentezi Vakuol - su depolanmas

Sitozol - glikoliz
- glukoneogenezdeki birok reaksiyon - pentoz fosfat yolu - amino asitlerin aktivasyonu - ya asidi sentezi - nkleotid sentezi

Glikojen granlleri
- glikojenesis

Lysosomes
- Hidrolitik enzimler (ribonukleaz, asid fosfataz)

Mitokondri
- Sitrat evrimi - Elektron transportu ve oksidatif fosforilasyon - ya asidi oksidasyonu - amino asit katabolizmas - pruvat oksidasyonu

Kloroplastlar (bitkiler) - fotosentez Golgi kompleksi - Glikoproteinlerin ve dier membran bileenlerinin olgunlamas Plasma membrane - enerji-baml transport sistemleri

Microbodiler (peroksisomlar, glioksizomlar)

- amino asit oksidasyonu - katalaz, peroksidaz reaksiyonlar - sterol degredasyonlar - glioksilat evrimi (bitkiler)

Ribozomlar
- protein sentezi

Endoplasmik retikulum
- lipid sentezi - biyosentetik rnlerin transferi

Dokular arasndaki metabolik geiler

Glikojen; karacier ve kasta Triailgliseroller; ya dokuda Proteinler; iskelet kasnda

Metabolizmann Kontrol
4) Hormonal Reglasyon - ikincil haberciler, sinyal iletimi

Metabolike zellemi doku ve organlarda hormonal kontrol

Sinyal letimi;
- Uyarc hormonun reseptre balanmas (1. mesajc) - Reseptrn sinyali G proteine iletmesi (transducer) - G proteinin sinyali bir effektre transferi (adenilat siklaz) - Adenilat siklazn ATP yi cAMPye evirmesi(2. mesajc) - cAMP kinaz fosforilasyon kaskadn aktive etmesi - metabolik cevap olumas.

Metabolizmann Kontrol
5) Dier(yaygn) Kontrol Mekanizmalar Hz snrlayc admlar, metabolik ak kontrol 6) Organlarn metabolik spesifikasyonlar
Yksek karyotlarda reglasyon Organlar farkl metabolik rollere sahiptir. rn; Karacier = glukoneogenez, Kas = glikoliz

Ana Organlarn Metabolik Profili

Beyin
Kan-glukoz dzeyine cevap olarak insulin ve glukagon salglama

Pankreas

Besin ya, KH ve proteinlerini deerlendirir, lipidler, ketonkorlar ve glukozu sentezleyip dier dokulara datr, ar azotu reye evirir Nutrientleri barsaktan karaciere tar Besinlerden nutrientleri absorblar ve kana yada lemfatik sisteme tar

Karacier

yonlarn transferi ile membran potansiyelinin salanmas, dier organlara sinyal yollanmas ve entegrasyon

Lemfatik sistem

Barsaktan karaciere lipidlerin tanmas

Ya doku Portal damar

Triailgliserollerin sentezi, depolanmas ve mobilizasyonu

nce barsak
Mekanik i iin ATP kullanm

skelet kas

Metabolik Ykleme