0 Virologia 2

Viriologa20082009
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Virologa
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Jorge Oller Pedrosa 1 de Bioqumica UAM
Viriologa20082009
Tema 1 : concepto bsico de virus

Un virus (de la palabra latina virus, toxina o veneno) es una entidad biolgica capaz de autoreplicarse utilizando la maquinaria celular. Es un agente potencialmente patgeno compuesto por una cpside (o cpsida) de protenas que envuelve al cido nuclico, que puede ser ADN o ARN. Esta estructura puede, a su vez, estar rodeada por la envoltura vrica, una capa lipdica con diferentes protenas (en virus no desnudos, en los virus desnudos sin envoltura lipdica), dependiendo del virus. El ciclo vital de un virus siempre necesita de la maquinaria metablica de la clula invadida para poder replicar su material gentico, produciendo luego muchas copias del virus original. En dicho proceso reside la capacidad destructora de los virus, ya que pueden perjudicar a la clula hasta destruirla. Pueden infectar clulas eucariticas o procariticas (en cuyo caso se les llama bacterifagos, o simplemente fagos). Algunos indicios parecen demostrar que existen virus que infectan a otros virus (llamados viroides). Algunos virus necesitan de enzimas poco usuales por lo que las cargan dentro de su envoltorio como parte de su equipaje. En resumen, se puede diferenciar de las clulas al menos en tres aspectos: 1) 2) 3) Organizacin simple y acelular Presencia de DNA o RNA como material gentico pero no ambos en la fase de viroide. Su incapacidad de reproducirse independientemente, obligado a utilizar la maquinaria celular para tal fin., sin
metabolismo propio. Parsitos intracelulares obligados Los virus son parsitos intracelulares obligados. Desde los aos treinta se sabe que los virus se componen principalmente de cido nucleico y protenas, estas ltimas forman la cpside que se conoce tambin como envoltura protica. Esto quiere decir que necesitan un husped (hospedante u operador) ya que no poseen metabolismo propio por lo que en vida libre no sobreviven. Se sabe que los virus pueden vivir alrededor de unos cuarenta das sin que tengan algn hospedante en el cual reproducirse. Tambin se han encontrado virus que presentan lpidos aunque estos son tomados de la clula que infectan(virus no desnudos). Hasta ahora todos los virus que se conocen presentan un solo tipo de cido nucleico como material gentico en el interior de la cpside (ya sea ADN o ARN), el cual puede ser de una o de dos cadenas y puede ser segmentado. Para que el cido nucleico pueda replicarse, necesita utilizar la maquinaria enzimtica y estructural de una clula viva, y por otra parte, solamente dentro de una clula viva tienen los virus las funciones de autoconservacin que junto con la reproduccin caracterizan a los seres vivos. Ciclo vital (generalidades) Un virus presenta un ciclo vital que si le resumimos grosso modo podemos decir que consta de dos fases -una fase extracelular en forma de virin- y una fase intracelular infectiva que es cuando el virus se reproduce y su genoma es activo. Los virus constituyen un grupo nico de agentes infecciosos cuya caracterstica diferencial reside en su organizacin simple y acelular (no son clulas, al carecer de metabolismo!)
1-fase extracelular:
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Es el viaje desde la clula husped original hasta la siguiente siendo transportado pasivamente en el medio (difundiendo en l).Cuando el virus est en fase extracelular se podra decir que sera el transporte del genoma vrico (recubierto de estructuras protecas y a veces lpidos, por el medio extracelular hostil) hasta la siguiente clula husped. Una partcula vrica en fase extracelular se la denomina virin que es una partcula vrica completa. En fase de virin es totalmente inerte su genoma careciendo de los monmeros necesarios ni las enzimas necesarias para a replicacin o trascripcin con lo cual el virus por ello debe de ser en un agente patgeno intracelular obligado para poder reproducirse. El virin posee capacidad de infectar, gracias a unas protenas que poseen dominios hacia el medio externo (los llamados antireceptores) que se unen a los receptores de membrana de la clula a infectar. Estos receptores realmente son protenas transmembrana de la clula que son para otro uso pero el virus se las ha ingeniado para sacarle su propio beneficio. Una vez unido al receptor, por varios mecanismos dependiendo del tipo de virus, es introducido en el interior celular.
2-Fase intracelular Durante esta fase e virus dispara su ciclo vital utilizando la maquinaria metablica y gnica del husped se multiplica y completa su ciclo vital, para dar lugar a la descendencia viral que saldrn fuera de la clula Una vez en la clula husped, se produce el desensamblaje de las cubiertas (gracias a que las cubiertas son sensibles a cambios del medio) quedando el genoma descubierto y ste por diferentes mecanismos se expresa produciendo la progenie viral (virus hijos) que en una etapa posterior saldrn de la clula infectada en forma de virin.( el tipo de reproduccin vrica se basa crecimiento exponencial y no binario como el bacteriano , a partir de un virus padre). En esta fase su genoma es activo (duplica, transcribe y traduce a protenas). Algunos virus no producen progenie viral inmediatamente sino que se integran en el DNA celular, beneficindose de las divisiones celulares ya que con ellas se duplica tambin el material gnico del virus. Comportndose ste como un gen ms de la clula husped, as aumenta su nmero pasivamente, convirtindose ste en provirus. Una vez inducido (Activndose la replicacin del provirus) el virus se hace activo, se reproduce y suele terminar con la vida de la clula infectada. En este caso se les denomina virus latentes en eucariontes (SIDA) en el caso de los virus bacterianos se les denominan fagos lisognicos (que producen lisogenia en bacterias). No confundir trminos!. Es una entidad molecular formado por macromolculas que sufre dos fases:
1-historia (breve, no examen) El desarrollo de la Virologa Literatura china del siglo X a.J.C.: Se describe una enfermedad similar a la viruela. Desde el siglo XVIII se vacuna contra la viruela vacuna (Jenner). En 1884 Pasteur desarroll un virus atenuado para la vacunacin frente a la rabia. Los postulados de Koch fueron aplicados tambin a enfermedades virales: Se tiene que aislar el agente infeccioso Reproducir los sntomas en animales Aislar de esos animales el agente infeccioso Importantsimo: Finales del siglo XIX, Iwanowsky demostr que el virus del mosaico del tabaco poda pasar a
travs de filtros cuyos poros retenan a las bacterias. 1899. Beijerinck ya habla de virus filtrable transmisible de un hospedador a otro.
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Comienzos de siglo: Rous demuestra la etiologa vrica de un sarcoma de pollo. 1915. Twort describe los primeros bacterifagos.
1952. Hershey y Chase observan que en los bacterifagos, solo el cido nucleico de los virus penetran en la
bacteria (cosa que no ocurre en virus animales). 1956. Fraenkel-Conrat confirma que el cido nucleico es el portador de la informacin gentica (virus mosaico
del tabaco). Desde mediados de los 50 se desarrollan las vacunas contra la polio (Salk y Sabin) 1957. Isaacs y Lindenman descubren el Interfern. Antiviral de amplio espectro. 1970. Temin y Baltimore descubrieron la transcriptasa inversa del virus del sarcoma de Rous.
Este concepto y su existencia tubo que ser aceptado en la comunidad cientfica. Este concepto surgi cuando la microbiologa se consolida como ciencia: 1850-1880 a finales del siglo XIX gracias a los desubrimientos de Pasteur, y Koch ellos y sus escuelas desarrollaron la microbiologa como ciencia y mtodos. Experimentos clave de Pasteur: exista en el ambiente grmenes microscpicos = microorganismos que eran los responsables de producir las fermentaciones y descomponer la materia orgnica. Haca pasar a travs de un tubo de vidrio con diferencias de presin hizo pasar el aire a un algodn. Despus lo disocia en un porta y observ la existencia de partculas microscpicas en al aire que las concentra en el algodn por lo tanto el aire no est completamente limpio y stas partculas estn presentes de forma bastante regular. Si coloca un recipiente con caldo de cultivo que previamente haba esterilizado con calor y despus introduce en se recipiente ese algodnn y lo cierra, el caldo fermenta y se llena con las mismas partculas encontradas en el aire en grandes cantidades. Con ello descubri que los microorganismos estn presentes en el aire y estn vivos y que las fermentaciones tienen un origen microbiano. Adems de este experimento, realiz el experimento famoso del cuello de cisne Fue, efectivamente Louis Pasteur (1822-1895) el que asest el golpe definitivo y zanj la cuestin a favor de la teora biognica. En un informe a la Acadmie des Sciences de Pars, en 1860 (Expriences rlatives aux gnrations dites
spontanes) y en escritos posteriores comunica sus sencillos y elegantes experimentos: calent infusiones en matraces de vidrio a los que estiraba lateralmente el cuello, hacindolo largo, estrecho y sinuoso, y dejndolo sin cerrar, de modo que el contenido estuviera en contacto con el aire; tras esta operacin demostr que el lquido no desarrollaba microorganismos, con lo que elimin la posibilidad de que un aire alterado fuera la causa de la no aparicin de grmenes. Antes bien, comprob que los grmenes del aire quedaban retenidos a su paso por el largo cuello sinuoso, en las paredes del tubo, y no alcanzaban el interior del recipiente donde se encontraba la infusin, quedando sta estril indefinidamente. Slo si se rompa el cuello lateral o si se inclinaba el frasco de modo que pasara parte de lquido a la porcin de cuello, los grmenes podan contaminar la infusin y originar un rpido crecimiento. Sus comprobaciones eran contrarias a la generacin espontnea que era dogmtica desde Aristteles. Este es el principio de la teora germinal que realiz junto con Koch.
El descubrimiento de los microorganismo como causa de enfermedades: Durante el siglo XIX la atencin de muchos naturalistas se haba dirigido hacia las diversas formas de animales y plantas que vivan como parsitos de otros organismos. Este inters se redobl tras la publicacin de los libros de Darwin, estudindose las numerosas adaptaciones evolutivas que los distintos parsitos haban adquirido en su peculiar estilo de vida. Sin embargo, la adjudicacin de propiedades de parsitos a los microorganismos vino del campo mdico y veterinario, al revalorizarse las ideas sobre el origen germinal de las enfermedades infecciosas. Hacia mediados del siglo XIX otra enfermedad infecciosa (pebrina) comenz a diseminarse por los criaderos de gusano de seda de toda Europa, alcanzando finalmente a China y Japn. A instancias de su maestro Jean Baptiste
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Dumas, Pasteur acept el reto de viajar a la Provenza para investigar esta enfermedad que estaba dejando en la ruina a los industriales sederos, a pesar de que nunca hasta entonces se haba enfrentado con un problema de patologa. Es ms que probable que Pasteur viera aqu la oportunidad de confirmar si sus estudios previos sobre las fermentaciones podan tener una extensin hacia los procesos fisiolgicos del hombre y de los animales. Es sorprendente que, al principio no se mostrara dispuesto a aceptar la idea de que la pebrina fuera una enfermedad ocasionada por un agente extrao, creyendo durante los dos primeros aos que se trataba de alteraciones meramente fisiolgicas. Tras una serie de tanteos, y en medio de una intensa actividad intelectual que le obligaba a repasar continuamente los experimentos y las conclusiones extradas, inmerso en el drama personal de la muerte de su padre y de dos de sus hijas en un corto lapso de tiempo, Pasteur llega finalmente, en 1869, a identificar al protozoo Nosema
bombycis como el responsable de la epidemia, y por medio de una serie de medidas de control, sta comienza a remitir de modo espectacular.
La intervencin de bacterias como agentes especficos en la produccin de enfermedades fue descubierta a raz de una serie de investigaciones sobre el carbunco o ntrax, enfermedad que afecta a ganado y que puede transmitirse al hombre. C. Davaine, entre 1863 y 1868, encontr que en la sangre de vacas afectadas aparecan grandes cantidades de microorganismos a los que llam bacteridios; adems, logr inducir la enfermedad experimentalmente en vacas sanas, inoculndoles muestras de sangre infectada. En 1872 el mdico alemn C.J. Eberth consigui aislar los bacilos filtrando sangre de animales carbuncosos. Pero fue Robert Koch (1843-1910), que haba sido alumno de Henle, quien (Bacillus anthracis), consiguiendo las primeras microfotografas sobre preparaciones secas, fijadas y teidas con partir de los bacilos y ms resistentes que stos a una variedad de agentes. Pero ms fundamental fue su demostracin de que la enfermedad se poda transmitir sucesivamente a ratones sanos inoculndoles bacilos en cultivo puro, obtenidos tras varias transferencias en medios lquidos. Este tipo de estrategias para demostrar el origen bacteriano de una enfermedad fue llevado a una ulterior perfeccin en 1882, con la publicacin de Die thiologie der Tuberkulose, donde se comunica por primera vez la aplicacin de los criterios que Henle haba postulado en 1840. Estos criterios, que hoy van asociados al nombre de Koch, son los siguientes: 1. El microorganismo debe de estar presente en todos los individuos enfermos.si realmente un microorganismo es causante de una enfermedad, se debe de aislar de un animal o persona enfermo y no de un animal/persona sana. 2. 3. El microorganismo debe poder aislarse del hospedador y ser crecido en cultivo puro. La inoculacin del microorganismo crecido en cultivo puro a animales sanos debe provocar la aparicin de sntomas especficos de la enfermedad en cuestin. El microorganismo debe poder ser reaislado del hospedador infectado de forma experimental. con su reciente tcnica de cultivo puro logr, en 1876 el primer aislamiento y propagacin in vitro del bacilo del ntrax azul de metileno. Ms tarde (1881), Koch y sus colaboradores confirmaron que las esporas son formas diferenciadas a
4.
Fue asimismo Koch quien demostr el principio de especificidad biolgica del agente infeccioso: cada enfermedad infecciosa especfica est causada por un tipo de bacteria diferente. Estos trabajos de Koch abren definitivamente el campo de la Microbiologa Mdica sobre firmes bases cientficas. El problema viene con micorganismos difcil de cultivar, y la experimentacin para enfermedades humanas y no animales. Problemtica: si hay otros tipos de agentes infecciosos diferentes que no lo cumplen: La Virologa ha sido la ciencia microbiolgica de origen ms tardo, habiendo surgido como resultado del hallazgo de enfermedades infecciosas en las que la demostracin de implicacin de microorganismos se demostraba esquiva con los medios habituales disponibles a finales del siglo XIX. La euforia que se viva en los mbitos cientficos y
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mdicos, al asociarse a la edad de oro de aislamiento de bacterias patgenas, se plasm en el prejuicio de que la incapacidad de hacer crecer los agentes causantes de ciertas enfermedades se deba a una tcnica inapropida o mal aplicada. El botnico ruso Dimitri Iwanovski haba observado (1892) que la enfermedad del mosaico del tabaco poda ser reproducida experimentalmente usando el fluido (homogenado) que atravesaba los filtros de porcelana Chamberlain (Discpulo de Pasteur, que con este filtro esteriliza el medio) que normalmente retenan a las bacterias, pero siendo incapaz de aislar y crecer el supuesto microorganismo, abandon la investigacin. Pocos aos ms tarde (1898), y probablemente sin tener noticias del trabajo de Iwanovski, Beijerink realiz experimentos similares con el mismo sistema, y en otro rasgo de su genio, enfrentndose a los conceptos de la poca, avanz la idea de que el agente para lograr su reproduccin. Este tipo de agentes infectivos que atravesaban los filtros de porcelana fueron llamados filtrable (un contagium vivum fluidum, segn su expresin), deba de incorporarse al protoplasma vivo del hospedador en principio virus filtrables, quedando ms tarde su denominacin simplemente como virus. Aquel mismo ao de 1898 Loeffler y Frosch descubren los virus animales al comprobar que un virus filtrable es responsable de la glosopeda del ganado. En 1901 Reed descubre el primer virus humano, el de la fiebre amarilla, y en 1909 Landsteiner y Pope detectan el de la poliomielitis. A comienzos de siglo Copeman desarrolla su tcnica de multiplicacin de virus animales en embriones de pollo, con la que P. Rous aisla y cultiva el virus del sarcoma aviar (1911). lo largo del siglo XX se hizo para algunas enfermedades animales-humanos y pasaba algo parecido en algunas enfermedades: se acumulan evidencias. Haba dos tendencias: 1.- Ortodoxa de Koch: no lo podemos cultivar en cultivos puros. Eran microorganismos: no se encontraba el medio adecuado para el cultivo, era un problema tcnico y no un nuevo concepto. 2.- No ortodoxa: como este filtro bloquea las bacterias normales pero dejaran pasar las pequeas, con lo cual eran microorganismos. (fsica) Ninguna de las dos tendencias no reconocen el nuevo concepto, estaban equivocados durante 30 aos. En 1940-50 :se reconoci un agente infeccioso diferente de una clula-bacteria, la infeccin produce la relacin de 11000 y no de 1-2 como las bacterias. Para el cultivo se necesita un cultivo viviente con clulas. Una contribucin decisiva: microscopa electrnica una imagen vale ms de mil palabras. . Los virus bacterianos fueron descubiertos en 1915 por F.W. Twort, si bien su trabajo no alcanz la elegancia y claridad del desarrollado poco ms tarde por el canadiense Flix d'Hrelle (1917); fue ste quien acu el trmino
bacterifago, y supuso correctamente que el fenmeno de lisis por estos agentes deba de estar ampliamente difundido entre las bacterias. Aunque su esperanza en la aplicacin de los fagos como elementos bactericidas para uso mdico no pudo satisfacerse, la contribucin de los virus bacterianos al avance de la gentica y biologa moleculares ha sido decisiva: de hecho, los primeros estudios cuantitativos sobre replicacin virsica se realizaron sobre fagos de Escherichia coli, lo que suministr modelos aplicables a otros virus, incluidos los de animales. En 1925 Bordet y Bal describen por primera vez el fenmeno de lisogenia, pero las relaciones entre los ciclos ltico y lisognico de los fagos no fueron aclaradas hasta los estudios de Andr Lwoff (1950).
La primera visualizacin de un virus se debe a las observaciones a microscopio ultravioleta del bacterilogo ingls Barnard (1925), y en 1939 se realiza la primera fotografa de un virus a microscopio electrnico. Pero los avances ms significativos en el estudio de la composicin y estructura de los virus se inician con la purificacin y cristalizacin, por Wendell M. Stanley, del virus del mosaico del tabaco -TMV- (1935), aplicando procedimientos tpicos de la cristalizacin de enzimas. Inicialmente Stanley comprob que el TMV contena gran proporcin de protena, pero poco ms tarde detecta, adems, la presencia de cido nucleico. A partir de aqu la Virologa entra en una fase de ciencia cuantitativa, en la que participan numerosos fsicos, bioqumicos y genetistas, en un esfuerzo interdisciplinar que da origen a la moderna Biologa Molecular Los recientes progresos en las numerosas tcnicas de biologa molecular han propiciado una autntica explosin de
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descubrimientos sobre la biologa de los virus y de sus clulas hospedadoras; baste citar la replicacin del genomio de ARN de los retrovirus por reversotranscripcin a ADN, los fenmenos de transformacin oncognica virsica y su aplicacin a los estudios generales del cncer, el diseo de vacunas recombinantes por manipulacin in vitro de genomios virsicos, la prxima aplicacin clnica de la primeras terapias gnicas en humanos recurriendo a vectores virsicos, etc. En el terreno de las necesidades urgentes, la metodologa existente ha permitido la rpida identificacin y caracterizacin del virus de la inmunodeficiencia humana, lo que se est traduciendo en una intensa y racional bsqueda de procedimientos para prevenir y eliminar la inesperada epidemia de SIDA. En aos recientes han sido descubiertos dos nuevos tipos de entidades infectivas, subvirsicas: T.O. Diener describi
en 1967 la existencia de ARN desnudos infectivos en plantas, a los que llam viroides, y en 1981 Prusiner puso de
manifiesto que determinadas enfermedades de mamferos se deben a partculas proteicas aparentemente desprovistas de material gentico, a las que bautiz como priones. Durante su Ciclo vital: produce miles de virus, diferente a la divisin binaria de las clulas al infectar a la clula hay una fase que no hay virus parental ni progenie, se esta replicando pero no hay ninguna entidad infecciosa que no podemos identificar como virus, esta fase se denomina fase de eclipse, radicalmente distinta de las bacterias/clulas. Se formula una pregunta filosfica ms que cientfica: si los virus estn vivos o no? Los virus tienen una fase extracelular que se comportan como la materia inanimada, inerte que no se comportan ante estmulos, sin metabolismo, y forman cristales (tpico de los minerales). Evidencias de que estn vivos: su composicin, los virus estn formados por macromolculas biolgicas, no son elementos simples minerales sino complejos. Formados por los mismos componentes de los dems seres vivos. Los virus se replican dentro de las clulas siguiendo un cdigo gentico idntico al que comparte con todos los seres vivos del planeta con lo cual argumenta que la vida en la tierra tiene un origen nico. Poseen la posibilidad de evolucionar, de cambio de forma y de propiedades, esto es una propiedad de lo vivo. Evolucionan ms rpidamente que los operadores (huspedes) que los organismos superiores a los que infecta. Han pasado a ser modelos que se estudia procesos fundamentales de la BM y que se aplican a la Biologa celularmolecular de otros seres vivos ya que son ms sencillos. Uno de los argumentos de estudiar virologa: las enfermedades infecciosas es la cuarta parte de las muertes mundiales, los cnceres una buena parte estn causados por virus cardiovasculares. La mayor causa de muerte es las infecciones pulmonares inferiores, dentro de las cuales hay bacterianas y virales (Como la gripe que mata miles de personas al ao). La segunda es el SIDA en frica subsaharina. Y bacterianas despus el sarampin. Aparecen nuevos virus constantemente, emergidos en la ltima dcada recientemente. Evolucionan rpidamente, siendo muy virulentos en la especie humana. Por ejmplo el Hantavirus sndrome pulmonar sin nombre virus. Lo trasmiten los roedores Herpes humano 8, pacientes de sida, cuando hay una inmunodepresin severa. Todos tenemos estos virus, emerge con mayor virulencia y nos permite identificarlo. Gripe aviar H5N1, BOLA , SAARS Antes, hace 10 aos se tardaba bastante en estudiar un virus en concreto ahora en apenas 1 ao podemos tener la (50% ) y tambin son causantes de desrdenes
vacuna, secuencia etc. Hay muy pocas vacunas que funcionen. Emergencias y reemergencias. frica como fuente de nuevos virus y microbios. Con las comunicaciones tan rpidas cualquier brote de virus en apenas poco tiempo se extienden a todo los continentes. Ejemplo: West nile virus en USA. En frica hay primates superiores prximos a la especie humana, que pueden saltar al hombre, salto de especie, es un reservorio y una fuente. Adems influye el rgimen de vida.
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La emergencia de un nuevo virus es complejo hay varios factores: genticos, sociales, humanos, ecolgicos, fsicos, es bastante complejo. Continuamente estn surgiendo nuevos virus, nuevas interacciones, solamente unos pocos que si que causan epidemias, son los observables. Origen de los virus: Lo vivo esta dividido en 3 dominios: Bacteria, Archaea, Eukarya. Se supone que tiene un origen comn LUCA, comparten el cdigo gentico. Faltan los virus, es imposible colocarlos en un rbol tan simple, est construido este rbol por homologa del RNAr. Los virus no tienen ribosomas, y no se le puede colocar en este rbol. Hay virus que son capaces de infectar varios dominios-reinos (bacterias y clulas eucariotas etc) no respetan estos rboles. Como se originaron los virus? En la base de la vida , los antecesores celulares, debieron de tener genomas basados en RNA, en ese contexto , pudieron surgir los primeros virus Hiptesis de escape: Clula de RNA, genoma fragmentado , un fragmento es independiente, pero si se mete dentro de una clula es capaz de reproducirse. Lo que busca es la maquinaria de traduccin, para poderse replicar. Reduccionista: una clula que se hace ms sencilla, y que inicialmente tiene su maquinaria traduccional , en algn momento pierde los ribosomas y le queda solo el RNA. Como apareci en DNA? Se supone el mundo de RNA primitivo, el RNA en algn momento se hace DNA-U con uracilo, luego apareci la T. En la transicin de RNA a DNA, pudo jugar un papel importante los virus, habra unas clulas primitivas en un mundo de RNA, que no llegan a llamarle clulas. En ese mundo se generan virus RNA, evolucionan A DNA, PORQUE SON MS SENCILLOS Y EVOLUCIONAN MS RPIDAMENTE PASARAN a virus de DNA. Los virus de DNA al infectar a sus operadores de RNA les cambiaron a DNA, dejaron su impronta evolutiva, integrndose en sus operadores. Los tres dominios de la vida, podran haber surgido los virus de DNA que infectaron a estos 3 dominios, as se formaron estos dominios.
TEMA 2: taxonoma y clasificacin de los virus: criterios evolutivos y fenotpicos, el ICTV

La taxonoma se basa en clasificar los organismos en taxones (grupos de conjunto de individuos que tienen relaciones filogenticas estrechas), desde los aos 50-60 muchos virus fueron descubiertos, durante los aos 60-65 surgieron los primeros congresos intencionales de virus, por entonces se concluy se necesitaba clasificar los virus de alguna forma. Se creo un comit internacional de taxonoma de virus ICTV , esta organizacin es abierta, voluntaria, se dedican a reunirse y clasificar los virus. Se van renovando con el tiempo. Es un campo abierto todava hay mucho por hacer. Taxones (Conjunto de organismos que comparten propiedades) en virologa: Especie, el gnero, familia, y orden. Especie: conjunto de virus que comparten una serie de propiedades bsicas Genero: conjunto de especies que comparten Familia: conjunto de gnero que Hay trminos a su vez de subespecie, variante, cepa que estn por debajo de la categora de especie. El taxn bsico y fundamental es la familia: nombre acaba en viridae, Gnero : -virus Especie: adjetivo, es en ingls. No ha habido forma de hacerlo en latn. Orden : -virales La diversidad evolutiva hace que sea difcil de clasificarlos. Adems es difcil de agruparlos, el orden solamente an hay un orden aprobado: mononegavirales (-ssRNA), el comit estima que solamente hay un grupo de familias que
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tienen caractersticas comunes para agruparlas en un solo orden ya que las dems podra ser polifilticas. El criterio para signar la especie es arbitrario, un lugar, una forma, una enfermedad, un sntoma etc. Hay clasificados en familias 1.500 virus, pero hay 1.500 en lista de espera. Criterios del comit: exigir que se clasifique siempre y cuando est secuenciado su genoma para que se clasifique segn homologa de secuencia. Pero sacar la secuencia lleva su tiempo, pero como adems tienen una diversidad tan grande por su evolucin tan rpida que es imposible hacerlo por homologa de nucletidos, este criterio slo valdra hasta gnero pero no grandes taxones como son las familias. Criterios de clasificacin: 1.Hospedador o Husped al que infecta: virus animales,
vegetales, microorganismos. Pero hay virus que infectan plantas, se trasmiten por los insectos vectores, que incluso puede infectarlo. Ni siquiera lo ms bsico nos sirve para clasificar. Hay virus entonces que infectan a varios hospedadores de incluso diferente taxn/reino. 2.- Tipo de genoma: mtodo de Baltimore en 1971 David Baltimore descubridor del VIH, propuso clasificarlos por su genoma, y por su mecanismo para dar un mRNA. Por ejemplo: clase I: dsDNA, para hacer su mensajero, slo transcriben. El mRNA por consenso posee un sentido +, quiere decir que se puede traducir. Si es +, su genoma, puede ser directamente traducido por los ribosomas. Si el virus es de RNA+ Su propio genoma podra ser un mensajero, pero les hay de RNA , el antimensajero, no se puede traducir, tiene que ser copiado a +RNA para traducirse en los ribosomas. Las clulas no poseen enzimas para poder hacer RNA de RNA, por lo que los virus de tales caractersticas deben de tener polimerasas especiales. Los virus +RNA no lo necesitan. Adems les hay de dsRNA. Esto surgi por el descubrimiento de los retrovirus que posee +ssRNA, pero hacen DNA-, hacen despus dsDNA y de aqu al mensajero. Por ello sali la idea de que se clasifique por el mecanismo de formacin de mRNA, es til pero es insuficiente. 3.- La morfologa: son muy diversos, pero pueden reducirse en dos formas de simetra. Polidricos, con varias caras con forma particulada icosadrica-esfrica a alta resolucin se ven bien, pero a baja resolucin se aprecia una forma circular. Forma de varilla + o flexible ( en 1 o varios fragmentos en forma de varillas, ejemplo el virus de la gripe) Los fagos combinan las dos propiedades tanto en varilla y polidrica. En algunos casos tanto unos virus como otros tienen una envuelta de lpidos donde pueden tener protenas ancladas Spikes. Hay virus que no se ajustan a ninguna de estas formas: virus complejos, por ejemplo la familia de poxviridae. Se incluyen ao a ao nuevos virus: Caja grande( no en los apuntes hoja anexa) tipo de hospedador. Hay aparentemente diferente distribucin, segn el hospedador esto no es real ya que los virus estn distribuidos de forma homognea pero sabemos ms de los virus que infectan a humanos de los dems La ms pequea: tipo de genoma Morfologa, por tamao y general. En general los virus de DNA son polidricos y de RNA en forma de varilla.
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NOTA: incluyo informacin en ingls de la clasificacinn de Baltimore y del ICTV: NO EN CLASE!
Baltimore classification The Baltimore Classification of viruses is based on the method of viral mRNA synthesis Baltimore classification (first defined in 1971) is a classification system which places viruses into one of seven groups depending on a combination of their nucleic acid (DNA or RNA), strandedness (single-stranded or doublestranded), Sense, and method of replication. Other classifications are determined by the disease caused by the virus or its morphology, neither of which are satisfactory due to different viruses either causing the same disease or looking very similar. In addition, viral structures are often difficult to determine under the microscope. Classifying viruses according to their genome means that those in a given category will all behave in a similar fashion, offering some indication of how to proceed with further research. Viruses can be placed in one of the seven following groups: I: dsDNA viruses (e.g. Adenoviruses, Herpesviruses, Poxviruses) II: ssDNA viruses (+)sense DNA (e.g. Parvoviruses) III: dsRNA viruses (e.g. Reoviruses) IV: (+)ssRNA viruses (+)sense RNA (e.g. Picornaviruses, Togaviruses) V: (-)ssRNA viruses (-)sense RNA (e.g. Orthomyxoviruses, Rhabdoviruses) VI: ssRNA-RT viruses (+)sense RNA with DNA intermediate in life-cycle (e.g. Retroviruses) VII: dsDNA-RT viruses (e.g. Hepadnaviruses)
DNA viruses
For more details on this topic, see DNA virus.

Group I: viruses possess double-stranded DNA and include such virus families as Herpesviridae (examples like HSV1 (oral herpes), HSV2 (genital herpes), VZV (chickenpox), EBV (Epstein-Barr virus), CMV
(Cytomegalovirus)), Poxviridae (smallpox) and many tailed bacteriophages. The mimivirus was also placed into this group. Group II: viruses possess single-stranded DNA and include such virus families as Parvoviridae and the important
bacteriophage M13. Group VII viruses have a DNA genome but are classified as retroviruses instead of DNA viruses. Virus Family 1.Adenoviridae 2.Papillomaviridae 3.Parvoviridae 4.Herpesviridae 5.Poxviridae 6.Hepadnaviridae 7.Polyomaviridae 8.Circoviridae Examples (common names) Adenovirus Papillomavirus Parvovirus B19 Herpes simplex virus, varicella-zoster virus, cytomegalovirus, Epstein-Barr virus Smallpox virus, vaccinia virus Hepatitis B virus Polyoma virus; JC virus (progressive multifocal leucoencephalopathy) Transfusion Transmitted Virus
RNA viruses
For more details on this topic, see RNA virus.

Group III: viruses possess double-stranded RNA genomes, e.g. rotavirus. These genomes are always segmented. Group IV: viruses possess positive-sense single-stranded RNA genomes. Many well known viruses are found in this group, including the picornaviruses (which is a family of viruses that includes well-known viruses like Hepatitis A virus, enteroviruses, rhinoviruses, poliovirus, and foot-and-mouth virus), SARS virus, hepatitis C virus, yellow fever virus, and rubella virus. Group V: viruses possess negative-sense single-stranded RNA genomes. The deadly Ebola and Marburg viruses are well known members of this group, along with influenza virus, measles, mumps and rabies. Virus Family 1.Reoviridae 2.Picornaviridae 3.Caliciviridae 4.Togaviridae 5.Arenaviridae 6.Flaviviridae 7.Orthomyxoviridae 8.Paramyxoviridae 9.Bunyaviridae 10.Rhabdoviridae Examples (common names) Reovirus, Rotavirus Enterovirus, Rhinovirus, Hepatovirus, Cardiovirus, Aphthovirus, Poliovirus, Parechovirus, Erbovirus, Norwalk virus, Hepatitis E virus Rubella virus Lymphocytic choriomeningitis virus Dengue virus, Hepatitis C virus, Yellow fever virus Influenzavirus A, Influenzavirus B, Influenzavirus C, Isavirus, Thogotovirus Measles virus, Mumps virus, Respiratory syncytial virus California encephalitis virus, Hantavirus Rabies virus
11.Filoviridae 12.Coronaviridae 13.Astroviridae 14.Bornaviridae Ebola virus, Marburg virus Corona virus Astrovirus Borna disease virus
Reverse transcribing viruses
For more details on this topic, see Reverse transcribing virus.

Group VI: viruses possess single-stranded RNA genomes and replicate using reverse transcriptase. The
retroviruses are included in this group, of which HIV is a member. Group VII: viruses possess double-stranded DNA genomes and replicate using reverse transcriptase. The hepatitis B virus can be found in this group.
ICTV classification The International Committee on Taxonomy of Viruses began to devise and implement rules for the naming and classification of viruses early in the 1990s, an effort that continues to the present day. The system shares many features with the classification system of cellular organisms, such as taxon structure. Viral classification starts at the level of order and follows as thus, with the taxon suffixes given in italics: Order (-virales) Family (-viridae) Subfamily (-virinae) Genus (-virus) Species
So far, five orders have been established by the ICTV: the Caudovirales, Herpesvirales, Mononegavirales, Nidovirales, and Picornavirales. These orders span viruses with varying host ranges. Caudovirales are tailed dsDNA (group I) bacteriophages, Herpesvirales contains large eukaryotic dsDNA viruses, Mononegavirales includes non-segmented (-) strand ssRNA (Group V) plant and animal viruses, Nidovirales is composed of (+) strand ssRNA (Group IV) viruses with vertebrate hosts, and Picornavirales contains small (+) strand ssRNA viruses that infect a variety of plant, differentiation in expressing structural and non-structural proteins separately. However, this system of
insect, and animal hosts. Other variations occur between the orders, for example, Nidovirales are isolated for their nomenclature differs from other taxonomic codes on several points. A minor point is that names of orders and
families are italicized, as in the ICBN.[2] Most notably, species names generally take the form of [Disease] virus. The establishment of an order is based on the inference that the virus families contained within a single order have most likely evolved from a common ancestor. The majority of virus families remain unplaced. Currently (2008) 82 families and 2,083 species of virus have been defined[3].
Tema 3: Ensayos y mtodos empleados en Virologa. Cultivos de clulas primarias y lneas establecidas,. Aislamiento, valoracin y diagnstico de enfermedades virales
En este tema nos centramos en los mtodos para valorar virus, como les cuantificamos y como podemos usar tcnicas para bioqumica clnica. Mtodos : valoracin de virus y diagnstico. Los virus podemos analizarlos de dos formas: como entidades de macromolculas biolgicas tratndolos entonces como cualquier macromolcula biolgica (western, nothern) gracias a mtodos fsico-qumicos que nos permite cuantificar macromolculas. O gracias a mtodos especficos que valoran sus virus midiendo su infectividad, como propiedad de infectar y no como una macromolcula cualquiera (propiedad inherente que le distingue de una simple macromolcula biolgica). Infectividad: capacidad de formar placas de lisis ( se valora con el mtodo clsico que sigue siendo relativamente fcil de utilizar) esta es una forma de medir infectividad, que es la capacidad de producir una lesin o muerte celular en una monocapa de clulas. Si cultivamos clulas en una placa de Petri, el virus encuentra a una clula susceptible, la infecta, se multiplica y se expande a las clulas vecinas por difusin deja un halo de lisis, un hueco sin clulas destaca sobre un fondo de clulas no destruidas: placa de lisis. De forma clsica gracias a los estudios con bacterifagos pero an no en clulas eucariontes porque no haba tcnicas de cultivos de stas clulas. En 1958 Dulbecco la adapt para virus animales observando que tambin tenan la capacidad de formar estas placas. Hay que tener en cuenta que cada placa de lisis se origina por una partcula infectiva (en origen) esta partcula se la denomina unidad formadora de placa o UFP en ingls es PFU. No todos los virus son capaces de producir placas de lisis ya que esto depende de su biologa. Dulbecco tubo que desarrollar la tecnologa de cultivos de clulas eucariotas. Dulbecco lo puso a punto gracias a ese esfuerzo desde entonces las clulas eucariotas se pueden cultivar. Hoy en da dependemos de lneas celulares que nos permite cultivar virus o ver las placas de lisis de los virus. Una idea esencial de cultivos de clulas: se realiza sobre soportes, que en la mayora de los casos son placas de Petri donde las clulas de adhieren al soporte, y las mantenemos en un medio e cultivo adecuado, la placa es Petri, el medio de cultivo que generalmente es Dulbecco, y la placa de cultivo estn realizadas con plsticos especiales que permiten la adherencia celular. Las clulas para crecer deben de tener un soporte donde adherirse (Excepto las sanguneas) para sobrevivir. Sobre las placas podemos observar que cuando entran en mitosisis se redondean, se dividen y vuelven a adherir al soporte, salen en suspensin durante un tiempo para volver al fondo del mismo. El medio de Dulbecco consiste en aminocidos esenciales, fuentes de energa como la glucosa, sales para el equilibrio osmtico y adems sales que funcionan como cofactores, y un tampn. Inicalmente este medio fue dise por Eagle pero lo modific Dulbecco , se denomina actualmente DMEM.
En el ATCC podemos comprar lneas celulares se suele utilizar 3T3, de fibroblastos de ratn, (3 semanas para establecer la lnea celular) muy susceptibles a infecciones de virus. Humanas: HeLa : Helen Lane, carcinoma humano PK= pig kindey. El origen de las clulas pueden modificar los resultados, entonces es conveniente poner en el paper el origen y que tipo celular se ha utilizado. Para ver las placas de lisis hay que aadir un medio semislido debajo de las clulas para que el virus no se expanda por toda la placa, impide la libre difusin del virus, sino el virus destruir toda la monocapa (Se le ha olvidado).
Ensayo adecuado para valorar los virus: Ensayo de placas de lisis puesto en el laboratorio. Por ejemplo, en un tubo tenemos una suspensin de virus de una muestra de agua, para que veamos la cantidad de virus de un cierto tipo del agua de Madrid. Cuntas unidades formadores de placa hay por mililitro en ese tubo? UFP/ml3 hay que diluirlo porque normalmente si hay demasiados virus (0.1ml + 0.9 de h20 = dilucin 10-1). De ah se hace lo mismo = 10-2. 10-3 De ah inoculamos en placas que el da anterior hemos sembrado de clulas susceptibles, lo expandimos, y vemos si hay placas de lisis con el tiempo. 10-3 sale 1 placa en 10-1 hay muchas placas: lisis confluente se fusionan y 10-2 hay varias pero distinguibles el titulo: contamos las placas. La lisis confluente no nos vale El 10-3 solo 1: error estadstico enorme no nos vale El 10-2 es contable. 7 placas de lisis en esa dilucin = 7 x 102 placas de lisis en 0,1 mililitros , por lo tanto el ttulo es 7000 UFP/ml. No sabemos que tipo de virus hay ah.
Primero al saber de donde viene el agua, si es el grifo debera de haber poco= no diluimos. En Aguas fecales, habra de todo, habra que hacer muchas diluciones. Para algunso fagos podemos conseguir 1015 UFP/ml. Cristalizado 1020 UFP/ml. Como mucho se suele hacer hasta 10-12, 10-14. Esto es aplicable a otras tcnicas: diluciones. Virus de plantas Hojas de las plantas tambin se forman placas de lisis, tambin llamadas lesiones foliares, sobre rboles, en forma de focos, en muchos casos las hojas funcionan como una monocapa de clulas. La propia textura de las hojas limita su expansin. Estos virus de plantas se trasmiten a travs de insectos.
Para cultivarlos : Desde la suspensin viral, se aplica sobre una hoja, pero para que la atraviesen la epidermis y las clulas de las hojas que tienen una gruesa pared que los bloquea stas deben de ser daadas , en la naturaleza estos daos son provocados por los insectos o el polvo. Por lo tanto usamos un Abrasivo por ejemplo arena que frotamos produciendo lesiones en las hojas permitiendo que entre el virus. Puede conseguir que el numero de lesiones sea uniforme, y la valoracin sea viable. Tambin se usa en este caso diluciones. Adems en las plantas cada virus produce un tipo de dao diferente para un cierto husped por lo que podramos saber hasta la especie del virus. Mtodo de Reedy y Munch: valorar virus con otros patrones Suspensin de virus: diluciones igualmente como en el otro caso 10-1 10-4. Inoculamos con 0.1ml por ejemplo, una serie de placas de cultivo pequeas por ejemplo 6 por cada dilucin. Sin agar: esperamos unos das y vemos si ya no hay clulas o no, infectamos cada dilucin con el mismo nmero de placas por ejemplo 6. En aquellas placas que ha cado virus hay destruccin de monocapa o no. Por ejemplo en 10-4 todas prosperan, en 10-1 slo hay una buena, las dems estn destruidas. En 10-3 hay 5 pocillos bien y uno destruido, y en 10-2 50% . por azar puede que de as (Distribucin estadstica). Dosis infecciosa 50 DI50 a la cantidad de virus que infecta en el 50% De los casos. En este caso es el 10-2. Como est ttulo lo tenemos a 10-2, el ttulo es una dosis de DI50 x 100x 01ml de inoculado, por lo tanto este tubo tiene 103 DI50/ML Sino realizamos la representacin grfica y extrapolamos para saber la dilucin, y dividiramos por la cantidad de muestra aadida. Habra que hacerlo: 1/10^-2 : 0.1.
Dependiendo de la unida de ensayo puede ser entre 10 UFP y 104 UFP. Estudio de virulencia de virus. la virulencia: capacidad del virus de producir una enfermedad que puede llegar a ser letal en un hospedador: Utilizamos animales de experimentacin como ratones. Hacemos diluciones de un suspensin, inoculamos a un volumen constante en unos ratones y vemos la dosis en la cual la mitad de los ratones mueren o padecen la enfermedad. Dosis Letal 50 DL50, es variable, nos podemos encontrar un virus de referencia silvestre WT y sus cepas. Puede que el silvestre tenga una dosis letal 50 a 104, la variante A requiere 10 vemos y la variante B 10 veces ms. La variante A es virulento y el atenuado el B. Mtodos fsico-qumicos: como macromolculas biolgicas: componentes proteicos o bien los cidos nucleicos. Muestra de protenas de virus: un ensayo de wester blott, se separa en un gel de acrilamida, y se pasa sobre un soporte donde se une a anticuerpos. Semicuantitaivo-cuantitativo. Hemaglutinacin: empleamos la propiedad que tienen algunas partculas virales de interaccionar G..rojos, se adsorben a los eritrocitos por interacciones no covalentes, cuando esa correcta correlacin, se puede hacer una interaccin mltiple haciendo que aglutine la sangre. En un tubo acabado en U se mezclan ambos componentes, se deja un tubo quieto para que la sangre decante o no. Si la glutatin es positiva la sangre forma una maya, un gel en todo el tubo y ese gel hace que las clulas no sedimenten quedando un gel uniforme. Sino hay esta reaccin, las clulas con el tiempo sedimentan en el fondo del tubo: hemaglutinacin negativa. En pocillos: punto rojo al fondo de este : ha ocurrido la sedimentacin. Esta tcnica es rpida 2h, no miramos actividad porque puede que no estn activas, pero solo vemos partculas vricas. 1 UHA (1 unidad de hemaglutinacin: depende del ensayo, depende de tamao usado de tubo y cantidad de sangre usada, es la cantidad mnima de virus para producir la hemaglutinacin. Es 1/dilucin usada, el virus de la gripe es necesario una concentracin de 10^7 virioides para hemaglutinar. Tambin podemos verlos como partculas virales: ME, en rejilla, podemos contar directamente las partculas de virus que hay en una rejilla, y siguiendo la dilucin, deducir el nmero de partculas/ml pero no todos se adsorven bien en la rejilla, y si hay impurezas podemos no distinguirlos bien. Podemos meter bolas de ltex pequeas con una concentracin conocida y relacionamos la cantidad de virus con las bolas por ello es mucho ms seguro.
cidos nucleicos: PCR, as amplificamos en cadena a partir de los oligonucletidos, esa molcula va a ser amplificada, cuantificar la cantidad de las molculas susceptibles a la amplificacin, muy sencillo, y muy fiable y muy sensible. Saber el nmero de ciclos y la cantidad final medible podemos saber la cantidad inicial casi inapreciable. Si el virus posee RNA como genoma, se debe de pasar previamente por una retrotrascriptasa antes de iniciar los ciclos normales de la PCR, por ello la tcnica se denomina RT-PCR. Podemos realizar psterior un southern blot, para luego cuantificar gracias a computacin. Depende de casa caso, utilizaremos uno o a otro. Una suspensin de virus, la sometemos a una batera de ensayo: En infectividad: 10 7 UFP/ml reedy-much en animales : 104 DL50/ml Fsico qumicos, ME: 1010 partculas fsicas/ml, y si obtenemos 10 6 UHA /ml. Siempre hay que decir la magnitud que hemos medido, porque dependiendo del tipo de ensayo saldr un valor u otro, con las unidades correctas. Se pueden sacar deducciones interesantes. Infectividad: 103 UFP/DSL50 : mil ufp para matar 1 animal se necesitan 1000 UFP. SI COMPARAMOS ufp CON LAS PARTCULAS FSICAS 103 1000 partculas fsicas es una UFP. Nos puede decir que en este preparado, hay varias partculas inactivadas o sin inactividad durante la preparacin o en la propia muestra, pero tambin nuestro ensayo de infectividad puede no ser sensible, a lo mejor solo detectamos 1 porque no funciona bien el ensayo, no es adecuado ese ensayo, pero puede ser til. Con las UHA: 104 hace falta para una unidad e hemaglutinacin. 15-X-08 Diagnstico: los mtodos de valoracin de virus nos sirve tambin para diagnosticar. Deben de ser sensibles y fiables (falsos +), facilidad de ser implementado, complejidad del mtodo. Costes: aspectos en gran escala que importan en el dignstico. Las UFP son mtodos buenos para ver infectividad peor son poco sensibles, no es bueno para diagnstico inicial, peor s para aislamiento de virus. Es mucho ms importante que se impone en los laboratorios es la PCR tiene estos requisitos: gran sensibilidad, hasta 1 molcula sera suficiente tericamente, es muy fiable, pocos falsos positivos, pero es fcil contaminar un tubo con otro, los diagnsticos es necesario hacerlo ms de una vez. ( aire filtrado, estril, etc para no contaminar la muestra), es una tcnica universal, la nica limitacin es poseer oligos necesarios para amplificar, debemos saber que queremos amplificar, pero es un problema para diagnosticar un nuevo virus o nuevo variante debemos de correr en un gel de agarosa el resultado, y a partir de los fragmentos del gel, podemos secuenciar ese fragmento. Genomas virales: no ve los anticuerpos, la respuesta inmune. Puede haber tenido el virus, pero ahora no o est en fase atenuado: ser seropositivo. ELISA: tiene micropocillos, un plstico que permite la adherencia todo tipo de protenas, el pocillo aplicamos la suspensin del antgeno adecuado y ste se queda adsorbido a la pared, a continuacin incubamos con una muestra prueba con anticuerpo (plasma) 1-2horas , se une especficamente al antgeno, todos estos pasos se realizan con lavados, amplificar con un 2 anticuerpo, secundario contra ese anticuerpo general contra la IngG humana , ese anticuerpo va unido a un enzima, que generalmente da una reaccin coloreada, permite la deteccin del anticuerpo, visualmente o no. Y podemos ver si es positivo si hay producto o no. Podemos hacer lo mismo con el antgeno, pero lo primero que aplicamos es el anticuerpo para luego unirlo al antgeno. El elisa rene las caractersticas de sensibilidad fiabilidad, poca complejidad, u bajos costes Dependiendo del curso de la enfermedad usamos un mtodo u otro. Al principio por ejemplo una infeccin aguda, que prospere en el hospedador, aumenta su cantidad de forma exponencial, para despus caer cuando se produce la respuesta inmune puede ser comitante con la subida de anticuerpos. La zona primaria cuando no ay an anticuerpos, se suele utilizar la PCR, en etapas tardas puede haber sido eliminado (PCR-) , las tcnicas de elisa pueden ser mucho ms revelantes
TEMA 4: ESTRUCTURA DE LAS PARTCULAS VIRALES , TIPOS DE SIMETRAS MS COMUNES. ET TAMAO MEDIO TIENEN 20-200NM, NO SON VISTOS A Microscopa ptica, peor s en el electrnico (10-100 A) resolucin alta que nos permitiran ver los virus. Chorro de electrones, atraviesa una regin donde est la muestra y el resultado de esa trasmisin de electores se recoge en una pantalla fluorescente que vemos en un ocular. Una imagen se forma se hay un contraste (diferencias de permeabilidad a los electrones) esa diferencia de trasparencia electrnica da lugar a una imagen. Utilizamos unas rejillas de cobre 2mm (un soporte comparable al porta) hay que hacerle un vaco una vez metido en el miscrocopio. Los virus son permeables la chorro electrnico todo el no se forma ninguna imagen. Ay que utilizar metales pesados que son opacos a los electrones. Tcnica del sombreado: se generan sombras, por la sombra que deja cuando se somete a un chorro del metal pesado, desde un filamento a alto volaje produce una nuve de metal pesado. Si se sombrea dede un ngulo, dejarn zonas sin cubrir o cbiertas: sombras. Las zonas de las sombras son permeables a los electrones, lo que veos son la sombra, se puede saber la forma, el dimetro que tiene. Tincin on c acetato de uranilo u xido de osmiode tomos pesados, opaca al chorro electrnico. Tincin positiva: sales que se pegan a la sprotenas del virus, vemos en negro el material b (xido de osmio) a veces se tie de forma negativa, tie todo menos el material biolgico (acetato de uranilo).
FALTE 1 DA, APUNTES A MANO DE HELENA. 22-x-08 el nmero t: el nmero de triangulacin, el meor de subunidades que tenemos, los virus puedne tener diferente svalores de t , t= 1 es un icosaedro perfecto, el numero de tringulos que tiene en la cara icosadrica. Es muy variable, el t3 es muy usado, el t=12 tambin como se puede calcular los valores de T. Cmo calcular nmeros T en la naturaleza? Ver hoja El tringulo grande est girado, las subcaras no coincide con los tringulos pequeos, sin embargo hay un nmero entero de tringulos internos, el nmero de tringulos elementales pequeos es un nmero entero. El nmero T es el numero de tringulo pequeos en una cara del icosadrico T= area del tringulo grande/ el rea del tringulo pequeo. Clcular el rea de un tringulo pequeo. De lado L : base x altura / para un tringulo equilatero de lado l el rea es a= (l^2 raiz 3)/ 2. Sabiendo el lado sabemos el rea. El lado a-b ser la hipotenusa de un tringulo equiltero. Para el rea del grande L2 RAIZ DE 3/ B2+BC+C2 = B2+BC+C2 Identificar 2 vrtices pentamricos, ir de ah a otro, y luego contar el nmero de pasos. Los adenovirus: las alteraciones en la simetraa de la cspicda es compensada con protenas que estabilizan las cpsidas, protenas del cemento. Se intercalan entre capsomeros cementan la cpsida y da estabilidad. Rompiendo las reglas de la asimetra. Virus SV40 polyomavirus, la cpsida est formada por vrtices pentamricos , toda la cpsida, no hay pentamricos y hexamrcios, no son 12 son ms de 12 y no son hexamrcios. Rompe la teora de Cuasiequivalencia. El virus sus subunidades, en el extremo carboxilo se produce un bucle o clip , un gancho engarzados unos con otros, ese conjunto de enganches, es la que confiere estabilidad ala partcula. Una solucin biolgica. Como se agregan la subunidades d eprotena. Una mayor resolucin: cristalizar, desde los aos 80 se consiguieron los primeros critales de virus: difraccin de rayos X, con mapas atmicos de los aa de las cpsidas. Los cristales muy dificil de conseguir: en grandes cantidades, muy puros, (en plantas fueron los primeros) y por fortuna puede formarse cristales o no. Los virus con envuelta y flexible son cristalizan, no tenemos resolucin atmica.
Pa k coo vale estoooooooo? Porque forman una cpsida, estables que prevalecen en la naturaleza, esturtcura 3 tal que interaccioanna con las subunidades etre ellas, mediante lminas B , forman verdaderas nuves hidrofbicas que confiere estabilidad a la partcula. La superficie, las partculas virales, lo k observamos esque las superficies no son uniformes, es como una sierra con montaas y valles, donde hay mucha informacin biolgica, esta topologaa tiene un significado biolgico importnate con diferentes funciones. Un parvovirus, un punto central es un vrtice pentamrico, con sucors (caones) regi deprimida rodeando a un vrtice pentamrico, hay 5 picos alrededor, hay gran diferencia entre esto y el surco. Los puntos ms prominentes: interacciones con anticuerpos, las regiones ms antignicas sistema inmune reacciona ms fuerte y las depresiones con receptores que reconocen las clulas. Virus Helicoidales. Por ejemplo el bola varilla flexible, sin envuelta, Virus de la gripe, las varillas estn plegadas, con envuelta etc, poco parecido a simple vista pero comparten la misma simetra. Simetria helicoidal, muy frecuente en biologa, las protenas de la varilla, interaccionan con el cido nucleico de manera regular, (diferencia con al icosadrica no interviene el acido nucleico en la formacin de la cpsida) suelen ser virus de RNA en cada subunidad de protena hay un surco donde se aloja la molcula de RNA. Se llama nucleocpsidas, interacciona directamente. El cido nucleico con las protenas. Se suele hablar de pitch paso de rosca distancia lineal entre dos pasos de la hlice , vuelta de 360.el nmero n: nmero de subunidades de protena por vuelta de la hlice. Y el dimetro de la hlice: parmetro que nos define caractersticas de cada virus. El ngulo que forma respecto al ngulo de la hlice 2 sub de protena. TMV con simetra helicoidal, forma una varilla muy rgida con morfologa definida casi cristalina. Diferencia qumica: estn en los enlaces dentro de la partcula, ocurren entre las subunidades de protena y el AC.nuclico. hay una profusin de enlaces entre el RNA y cada subunidad proteica. En as subunidades con frecuencia son alfa hlices y no b laminal como los icosadricos 1 vuelt de hlice: 2 subunidad de protena y un 2 vueltas de RNA. Surgen Enlaces hidrofbicos: entre las bases de RNA y los aminocidos hidrofbicos de la protena. Son fuertes, surge en toda la partcula viral y da rigidez y fuerza. Enclaces inicos: aminocidos cargados + con del PO4. Envueltas de los virus: Envuelta lipdica, la membrana en s est derivada por la membrana de la clula (golgi, nuclear, REmp) la adquiere de la clula husped no tiene metabolismo para fabricarla. En esta membrana lipdica tenemos con frecuencia dispuestas las protenas ancladas en la membrana del virus, muy prominentes ancladas en la envuelta del virus: protenas codificadas pro el virus, glicoprotenas. En forma de espculas, por ejemplo los coronaviridae (espculas muy prominentes ) densidad de glicoprotenas es menor o menos prominentes, como en el caso de la gripe. Juegan un papel importante en el ciclo vital, no hacen fundones de las clulas husped. Interaccionan con los receptores de la clulas, inician la infeccin sern objeto, de la respuesta inmune, del hospedador, contra dominios de la protena, como el virus evade la respuesta inmune. Son protenas de membrana de a clula, poseen un paso de snteis y segregacin similar de las protenas de la clula, con frecuencia, tienen su extremo amino con aa hidrofbicos: pptidos seal, esta seal, permite a la protena asociarse a los lpidos de RE (Como cualquier protena de membrana , su paso inicial) . ese dominio hidrofbico interacciona con la partcula de reconocimiento de la seal, SRP interacciona con interacciones hidrofbicas con la protena naciente del ribosoma, lleva al RE donde hay receptores para la srp. La protena es depositada finalmente en el lumen del RER, cuando la bisonteis continua, se secreta al RER, la protena madura no tienen pptidos seal, hay procesaiento postraduccional, y eso permite que la protena vaya sintetizndose, , pasan a las membranas del goly , y llegan a la mp de la clula infectada.
Esa maduracin, se aade azcares, puede fosforilarse, adquiere su plegamiento correcto, formando oligmeros muy variados. Estos azcares suelen ser manosa NAGlucosamina, la manosa es muy abundante al principio y puede sustituirse posteriormente, no hay reglas en absoluto, son muy variables, los azcares para el mismo virus, puede ser muy distintos. Durante algun tiempo se creia que de forma directa modulaba la sfunciones de la protena pero se cree hoy en dia que no, peor s controla que s epliege bien. La nucleocpsida se esta sintetizando a parte y al final la cpsida, va a reconocer con su envuelta, la adquiere y sale de la clula infectada. HIV hay dos protenas llamadas gp (gliprotena) gp120 y gp41, la interaccin con el receptor, lo realiza la gp120, pero la gp41, tiene funcione simportantes. La membrana es la membrana de clula. Un dominio transmembrana : seal de anclaje, hidrofbicos. (+ seal perdida para entrar en la va secretora) el principal dominio de la protena es extraviral, globular, tiene azcares, es muy variable, dependiendo de la clula que infecte virus, tiene importancia en el plegamiento y no en el reconocimiento del receptor. Hay una regin inmunodominante: especialmente antignica. Pptido de fusin, permite al virus, cuando encuentre una clula mediante el receptor, va seguida por la gp41: pptidos de fusin, los virus con envuelta entran en la clula por fusin de membranas. Este pptidos es hidrofbico, y se va a intercalar entre los lpidos de la clula y va a promover la fusin de ambas membranas. No hay una secuencia definida sino el carcter hidrofbico es lo importante. El gp41, ese pptidos de fusin es una propiedad universal. Realiza esa funcin en un momento preciso de la entrada del virus, una vez unido el 120 al receptor, se inducen cambos conformacional en gp41, exponiendo el pptidos de fusin, fusionando las membranas. Virus de la gripe Protena muy prominente HA, hemaglutinina (aglutinacin de eritrocitos) le permite hincar la infeccin, el receptor de la clula res reconocido por la hemaglutinina. Esta protena tiene pptidos de fusin. Fusionar membranas, est en la misma protena. es una protena muy prominente, con seal de anclaje, y con un dominio enorme extraviral, son alfa hlices que confieren la conformacin de la protena, hay lminas beta donde exponen los tios de glicosidacin, hay que ver la cantidad que hay de ellos, se ha propuesto que estos azcares impiden la accin de los anticuerpos, sale de la respuesta inmune, la protena tiene un pptidos de fusin, no interviene hasta el momento adecuado, el dominio del receptor esta en la parte ms distal, definida pro las lminas beta, el dominio del recptor est bastane deprimido, est bastante conservada, los variantes de cada ao, en base de su capacidad de variabilidad gentica, hay una region no puede cambiar mucho reconocer al receptor, esa regin est deprimida, en la parte distal de la protena, es difcil que el sistema inmune reconozca esa parte, as pude evadir el sistema inmune. Hay interacciones de la nucleocpsida entre las protenas virales y esta, por lo tanto, concentra las protenas de los virus, y salen pro gemacin, el virus, solamente suele tener protenas vricas.
Tema 6:anlisis GENTICO DE LOS VIRUS: donde estn qu genes tienen y cmo estn dispuestos en el genoma. Localizarlos y mapearlos en el genoma del virus . Es esencial disponer de mutantes respecto a un virus silvestre WT queremos aislar mutantes que tengan alteradas algunas funciones virales: ver que funcin tiene, interacciones con el hospedaros o funciones en el ciclo vital del virus. Estos mutantes tendrn alterado el genotipo, alterado su secuencia de ncleotidos, y el fenotipo, el comportamiento del virus en el organismo, y esa alteracin fenotpica podemos rastrearlo, nos dicen cosas sobre las funciones de los genes. Obtencin de mutantes: O bien les creamos por mtodos de ingeniera gentica o bien podemos aislarlos a partir de poblaciones de virus que tienen mutantes. (ingienera gentica vs gentica clsica). Gentica clsica: En ocasiones las poblaciones de virus, tienen una diversidad gentica alta, como los de RNA, cambios frecuentes de material gentico, de manera espontnea. Los virus DNA tienen frecuencias de mutacin ms baja,aislar mutantes es
ms difcil. Si queremos entonces obtener una gran variabilidad, podemos inducir mutaciones para aumentar la fr de mutantes. Con agentes mutagnicos: qumicos biolgicos, fsicos. Nitrosoguanidina, ultravioleta Tipos de mutantes: 1) Mutantes de morfologa de placa: muy comn muy visible. Si tenemos un virus silvestre, que sabemos la morfologa que da las placas de lisis, si a partir de esta muestra la irradiamos con UV , si se aade sobre una monocapa de clulas susceptibles: encontrar alteraciones en las placas de lisis. Cada una de estas placas de lisis vine de un clon (conjunto de individuos de genotipo idntico) podemos picarlas y ah podemos obtener un mutante. El por qu: la placa de lisis es muy sensible a los cambios genticos del virus, cambios del genotipo a muchos niveles: EJEMPLO: ms pequea la placa de lisis , puede tener una mutacin en el receptor a la clula husped, tendr problemas para infectar. Ms grandes: las polimerasas pueden ser mucho mas activas. 2) Mutantes resistentes a anticuerpos: podemos tener un virus, en el que puede ser reconocido por un anticuerpo que hemos obtenido, es ms til tener un anticuerpo monoclonal Mab, que casi siempre lo hemos obtenido en ratn, reconoce slo un eptopo de la partcula. Cando el virus silvestre se pone en contacto con un monoclonal no forma placas de lisis , est neutralizado, es incapaz de infectar se lo impide el anticuerpo. Hay mutantes que podran escapar al anticuerpo: apareceran placas de lisis, se les llama MAR (Monoclonal antibody resistant). Deben de tener un cambio gentico que les permite ser resistente , de inters seguro para entender el mecanismo de infeccin, analizamos estos mutantes MAR, analizamos el genoma , observamos los cambios genticos, que sern los responsables de la cpsida, definan un dominio de la cpsida donde podemos suponer que se une el anticuerpo. EXAMEN: Cmo definiras el dominio que reconoce el anticuerpo?, gracias a los mutantes MAR. Porque adems es incapaz de infectar? Pude que reconozca es aparte el receptor de la clula. 3) Mutantes resistentes a frmacos-drogas: tienen actividad contra virus, son antivirales . Ejemplo HIV en placas de lisis (terico) tenemos un antiviral eficaz AZT de los primeros que se produjeron, si es eficaz, no forma placas de lisis. Pude aparecer de forma espontnea resistentes a la AZT, podemos ver de forma espontnea mutantes resistentes son virus AZTR , realmente son mutantes o se han escapado? , clonamos de lisis. Los mutantes AZTR son bastante comunes, tiene gran capacidad d emular, cuando se inici este virus, y lo volvemos a plaquear en presencia de AZT, si realmente es mutante debe de dar miles de placas tratamientos de hace 10 aos con AZT, los virus que circularon por Madrid eran sensibles hoy el porcentaje de resistencia se acerca al 50%, se seleccionan, la seleccin de mutantes que tienen ventaja. Estos resistentes tienen mutantes en la reverso-trascriptasa, por estructura, podemos localizar las mutaciones que permiten que sean resistentes, permiten con bastante precisin el sitio de unin con este frmaco, sino estamos seguro sera cristalizar la protena junto con el frmaco. Interesa que se unen en varios puntos , varios frmacos diferentes y la inhiban. Intentamos predecir un frmaco a partir de la estructura, que frmaco diseo para que se una en un punto y la inhiba. 4) Mutantes de rango de husped u hospedador : horst range en este caso tenemos un virus silvestre que infecta clulas re ratn, ero sin embargo en clulas humanas es incapaz, hay virus con un rango de hospedador muy amplio y otros muy estrecho. Podemos inducir mutaciones con algn mutgeno o bien dar pases forzar una adaptacin, inoculamos los virus en la monocapa, al cabo de esos das destruimos en la monocapa, volvemos a inocular eso en la monocapa hacemos un homogenado, lo inoculamos esos en una monocapa sana de clulas humanas, puede tener la oportunidad de adaptarse, repetirlo n veces, darle pases, forzndole, acabo en el nmero de pases podemos adaptar los virus, tenemos un mutante de rango de hospedador, ha saltad de especie. Para ver que tiene este mutante HR, tendr las mutaciones que sea que se pueda adaptar a este tipo de hospedador. Son experientos prohibidos, normalmente e sal revs para saber modelos de enfermedades humanas.
Una vez que tenemos los mutantes debemos de localizar los genes afectados, llevara a hacer un mapa gentico, nuestro objetivo es tener un orfen gentico en el genoma del virus, sabiendo como estn ordenados en el genoma. No es distinto a lo que se hace con otros organismos, hoy en da con la secuenciacin automtica, podemos ver las diferencias de genotipo y por ello localizar el gen, con lo cual hoy en da no se suele hacer mapeo gentico de forma convencional por recombinantes. Mutagnesis dirigida: cambiamos el genoma en el punto exacto y un cambio determinado. Por ejemplo una protena, una zona determinada es la que reconoce el anticuerpo? Si cambiamos el aminocido por otro, podemos sintetizar un oligoucletido, exacto a la secuencia de alrededor, excepto un ncleotido del codn del aminocido. Por ejemplo de leucina a asprtico, producimos un cambio radical. Vemos el fenotipo del fenotipo para ver si corrobora con la hiptesis. Lo primero trabajamos en u plsmido, que tengamos el fragmento del virus que queremos mutagenizar, en este pelasmido hacemos la mutagnesis con el oligo con mutacin puntal, lo hacemos mediante PCR, una vez mutada hacemos una insercin con una enzima de restriccin y una ligasa. Si alteramos la funciones en los mutantes el reto es ver que genes est afectada , clsicamente se haca con mapeado gentico, ahora es al revs ocn la ingienera gentica, a partir el gen mutad se intenta observar la funcin de ese gen. Mutantes defectivos interferentes, estos mutantes llamados DI, estos mutantes son tpico sde virus de RNA, se generan en poblaciones de virus de RNA, porque con frecuencia tienen sus polimerasas de baja fidelidad (Cometen muchos errores) El virus debe de replicarse en el interior celular debe de tener una polimerasa que haga copias de RNA a partir de RNA, porque no la tiene las clulas, tienen sus propias polimerasas para hacerlo, cometiendo muchos errores. Errores: uno est copiando omitiendo un trozo produciendo deleccin. se cae del molde y luego reinicia la sntesis porque tienen estructuras secundarias los RNA omite un bucle de zona secundaria, se produce una deleccin importante en la progenia del virus. A veces se han encontrado genomas que aparecen con morfologas curiosas, se cae del molde pero vuelve a copiarse a s mismo, produciendo una estructura plegada en si mismo: delecciones importantes del genoma parental. Los mutantes de deleccin la mayora de ellos no son seleccionado porque carecen de genes esenciales, pero alguna spartculas DI pueden seleccionarse positivamente, se enriquecen, van ganando terreno al virus silvestre en las coinfecciones. No se sabe muy bien porqu a veces, se ha sugerido que estas estructuras dobladas a s mismo, las polimerasas las reconocen mejor, las replica ms, es un fenmeno revelante sucede tanto en el labatorio como en la naturaleza, puede se run mecanismo por el cual atenan las enfermedades, las infecciones que producen, puedne tene runa ventaja evolutiva, si WT es muy agresivo y mata, no tiene una ventaja evolutiva porque no quiere cargarse al hospedador, Las partculas defectivas interferentes sirve para atenuar las enfermedades y permitir que prevalezca la naturaleza, como atenuantes. Evolucin en virus: Mecanismos genticos, que generan diversidad gentica y que sobreacta la seleccin , la seleccin elimina la diversidad, as prevalezca unos cambios genticos sobre otros, dejando mayor cantidad de individuos que posean mayor eficacia biolgica o fitness. Mecanismos que generan diversidad: 1) mutacin tiene que ver con lo anterior, con la fidelidad de las pilimerasas, se generan sobre todo en la naturaleza, por las polimerasas del virus cuando copian los genes. En el mundo de DNA la frecuencia d emutacin cuando es replicado est en torno a 10-8, 10-11, en el mundo de RNA esta frecuencia puede oscilar entre 10-3, y 10-6, de cada 1000 veces 1 vez va a cometer un error en la replicacin en ese punto especfico. Es muy importate en la naturaleza as evolucionan ms rpidamente que los hospedadores. Lo hacen con un milln de veces ms frecuente, tienen una capacidad de evolucin 1 milln de veces ms rpido, esto e smuy revelante para la vida de los virus RNA. (porque los virus de RNA son tan difciles de eliminar como la gripe o VIH) es un arma muy poderosa. En el mundo de DNA tienen mecanismo de reparacin, y en el RNA no hay mecanismos eliminarse. de reparacin ni sus polimerasas lo tienen, por lo que las mutaciones prevalecen en vez de
En os virus de RNA todos los individuos no son iguales, las poblaciones no hay homogeneidad gentica por lo que se ha acuado el trmino de cuasi-especie.paradgicamente, si le hace uan secuencia a toda la poblacin, y la secuencia promedio es idntica a la suencia homognea, pero si clonas los clones son diferentes, cada una de los cambios genticos, no lo ves con una secuancin porque te saca el promedio, ningn individuo tendr la secuencia prototpica de la especie. Si hay una presi selectiva d etal forma que todos los indivduos desaparece excepto uno (solo prospera un tipo de genmico) (por ejemplo en salto de especie) cuando empiece a replicar ene la nueva especie, produce su cuasiespecie, la secuencia promedio es la secuencia del primer virus que pudo infectar pero ninguno de sus descendientes lo tienen. Con mucha frecuencia mete mutaciones letales, muchos individuos son inviables o prximos a la extincin de baja variabilidad, la especie prevalece porque son poblaciones muy grandes (Caracterstica de cuasi-especie). Hay virus de RNA que no generan cuasiespecie, no son muy diversos. 2) Recombinacin, sucede en virus gentica de la mutacin. 3) Reordenamiento: virus que portan en su genoma , en forma fragmentada, por ejemplo el caso de la gripe, Reovirus , genomas RNA en forma de fragmentos, en estos casos se pueden generar una especie de recombinacin monstruosa hay intercambio de fragmentos de virus, virus reordenados. Bruscamente aparece virus que teiene genes enteros fragmentos enteros de diferentes virus. Como en el virus de la gripe 8 fragmentos en la naturaleza evoluciona por mutacin y quasiespecies de manera brusca, formando epidemias anuales, muchos casos se generan por este mecanismo, formndose virus distindos de golpe, virus distintos que intercambian fragmentos. Muchos de ellos puede que no sean viables pero puede que tengan mejor adaptacin 4) Falta un dia de RNA y DNA, pueden reocminar porque las polimerasas puedne saltar
de molde, cambiando de molde para generar genoma recombinantes copy choice peor no genera la diversidad
Interaccin con las clulas: Induccin de lisis celular Transformacin: inducir la proliferacin celular, y la formacin muchas veces de cnceres y tumores Esquema libro Infeccin crnica, cuando los virus prevalece en las clulas no son eliminados, dentro de las infecciones crnicas se Puede sublcasificar: Persistentes: el virus y la clula prevalecen , hay una interaccin en que se van dividiendo y prevalecen, el virus no mata la clula, el virus va con las clulas descendientes, el virus podemos verlo que est ah pero no lisa las clulas. De vez en cuando una clula entra en lisis produciendo progenie viral, otras que lo tienen en forma persistente, y otras clulas se hacen resistente al virus. La persistencia es comn, y establece una relacin virus-hospedador muy evolucionada, implica una convolucin del virus y de la clula el virus inicial cambia genticamente para infectarlas mejor, y las clulas se hacen ms resistentes, son seleccionadas genticamente para impedir que las clulas mueran por el virus. Crnica latente: es igual que la anterior pero a diferencia, de la anterior no vemos partculas virales, si el material gentico, con una expresin limitada o nula genticamente, puede haber ciclos de activacin que puede desencadenar ciclos lticos, peor antes que se produzca prevalece en las clulas sin que haya produccin de partculas virales, n vemos partculas. La latencia no es producto del azar, ni nada de eso, sino que es una estrategia vital del virus, muy adaptados a los hospedadores. Un mismo virus puede interaccionar de diferentes maneras con las clulas hospedadoras.
Efecto citoptico, en trminos genricos estamos asignando un cambio celular en una infeccin viral, estos cambios son de distinto tipo: Morfolgicos a raz de una infeccin viral, por ejemplo los fibroblastos en cultivo, las clulas redondean y pierden el contacto con las placas de cultivo, y se levantan del soporte , pierden adherencia. Estos cambios morfolgicos puede dar lugar a al lisis celular hay una desorganizacin general de la clula el citoesqueleto se desorganiza, las membranas pierde las estructuras, el golgi desaparece, la membrana nuclear puede destruirse, y la membrana plasmtica se lisa. La lisis es el reflejo de cambios profundos en las macromolculas de las clulas. Cuerpos de inclusin: cualquier estructura en el citoplasma que corresponde a sitios de las clulas donde se estn ensamblando virus, pueden ser nucleares o citoplasmticos, se les llama tambin factoras, puntos donde se estn produciendo virus. Pueden llegar a ser prominentes. Sincitios son el producto de la fusin de las membranas infectadas, aparecen clulas multinucleadas, lo realizan virus con envuelta, con membranas, van a promover la fusin de membranas celulares. Transformacin: aparece focos de transformacin, efecto citoptico. En clulas normales aparecen monocapas, cuando aparece una virus trasformarte, las clulas pierden la adherencia y se producen abultamientos de varias capas de clulas, perdiendo el control del ciclo celular Cambios bioqumicos, en el metabolismo de las clulas que pueden afectar a la sntesis de protenas ac. Nuclicos Alteracin de la sntesis de protenas, lo que quieren es propagarse, necesitan la maquinaria celular, y en una clula infectada compite con la maquinaria celular por la sntesis de la clula. Pueden tener el mecanismo de inhibir la sntesis de protenas de la clula, shut-off poliovirus infectando a las HeLa. Infectamos un cultivo, cada hora aadimos metionina-S35 radiactivo para trazar la sntesis de protenas, cada hora, damos pulsos de una hora y vemos el patrn de protenas que estn sintetizando. En la primer ahora vemos autorradiografa del gel un patrn complejo protenas del virus a la 5 y 6 hora son protenas del virus, protenas estructurales y no estructurales, verlo con un western blot) ya no hace protenas de las clulas, es un efecto espectacular . Muchas veces no podemos explicarlo molecularmente. El complejo de iniciacin, para que sea estable, hace falta la contribucin de factores, de iniciacin eucariotas EIF para que pueda empezar la traduccin, aqu es donde acta mucos mecanismos de regulacin. EIF4G , aglutina a otros muchos, este factor va a ser degradado especficamente por protenas del virus, proteasas, en sitios de corte exactos ( HIV, poliovirus) en casos de que est intacto todo el mRNA podr traducirse, peor cuando se corta, los RNA normales de la clula con un cap, y poliA no podrn ser traducidos, no es operativa se forma el complejo de iniciacin , slo se traducen RNA del virus con estructuras llamadas IRES con una iniciacin interna, no en el extremo del CAP. Si se clona el fragmento IRES en un gen, ser tambin independiente del EIF4G . Lo primero que se produce es la proteasa, por lo que al poco tiempo, cuando la proteasa est lista de funcionar, slo se sintetiza protenas del virus. En el caos de la polio acta a nivel de 4g igual que HIV, el virus de la fiebre aftosa, y hay virus a nivel de otros factores, ya sean por degradacin o por modificaciones postraduccionales. Uno de los mecanismos mejor conocidos y aparentemente de mayor eficacia de resistir a los virus a nivel tradicional es la kinasa PKR, que es una kinasa citoplasmtica, se activa cuando aparece en el citoplasma RNA de doble banda dsRNA, producto de la replicacin de muchos virus, no existe en la clulas eucariotas. Dispara a la actividad de la PKR que tiene dominios de reconocimiento el resultado es una fosforilacion del EIF2 inaccin de la traduccin 2 se fosforila fuertemente por la kinasa. No hay iniciacin de la sntesis de la protenas, a otro nivel, no son funcionales de la traduccin, el resultado es que no hay traduccin de ninguna clase. Inmunidad innata de las clulas. Naturalmente el resultado la clula acaba muriendo, peor cumple su objetivo de detener la infeccin del virus. La evolucin sigue y surgen virus para evitar el mecanismo de la PKR, los virus hacen protenas que inactivan a la PKR como muchs virus, como adenovirus, y herpes codifican protenas que se unen a la pKR y la modifican, y por otra parte hay tambin estructuras del RNA hay IRES determinados que permiten la traduccin aunque EIF2 est fosforilado Producto de la evolucin. Una vez que se ensambla la subunidad grande, se traduce de todas formas, los factores 1A Y 1B que regulan la traduccin a este nivel , que son factores diana de la accin viral. en la a partir de la 4 hora, el patrn se simplifica y se selecciona las (podemos corte brusco por ejemplo
Virus de la gripe, los mensajeros de la gripe consiguen la mayor eficacia a nivel de traduccin. Dentro del pool de mRNA tienen distintas capacidades de traduccin, con diferente eficacia, dependiendo de la secuencias 5 prximas al Cap, +- afines a los ribosomas, este virus, los mensajeros de la clula los degrada en 5 y aquellos extremos con mayor afinidad por los ribosomas, las captura las roba y las aade a los mensajeros , como consecuencia tienen mayor afinidad a los ribosomas, y les permite iniciar la traduccin con mayor eficacia: cap-snatching.
FALTA 1 DA JC Atravesar las membranas para que la partcula entre en la clula. Virus de DNA, invadir el ncleo porque est la maquinaria transcripcional de la clula polimerasas etc, por lo que tienen que ir al ncleo. La membrana nuclear es distinta a la membrana de la clula, porqu est flanqueada por los poros nucleares que no son admitidas por tamao, hay partculas como el Herpes que va al poro y una vez all inyectan el DNA al ncleo otros muchos, no sabemos como lo hacen. El polyomavirus, virus de DNA, desoxivirus, de desarrollo nuclear, modelo de desarrollo nuclear, el ms conocido es el SV40, virus oncognico, fe modelo molecular en los aos 60-70. El virus entrega su DNA en el ncleo aunque el camino es ms difcil . El DNA puede utilizar la maquinaria transcripcional y de replicacin celular para replicar su genoma. El proceso comienza la trascripcin se hace mRNA, se traduce en el citoplasma en protenas vuelven al ncleo a travs del poro nuclear porque tienen secuencias carioflicas, donde completan el ciclo vital del virus. Los virus cuando infectan las clulas tienen un programa de expresin gnica, sus genes no se expresan de forma catica sino que se expresa de forma ordenada en el tiempo para que todo vaya bien. Hay etapas de transcripcin tempranas y tardas, esto aparece en todos los virus. La transcripcin temprana o early y transcripcin tarda o later. Para evitar su autocompetencia, para ordenar mejor su potencial de expresin gnica, que la cantidad de partculas virales sea la mayor posible. Entre las dos etapas est la etapa de sntesis de DNA, replicacin, se abre ala orquilla de replicacin, y cuando se transcribe es a travs de un promotor de DNA de doble banda. Cuando hay replicacin no hay transcripcin y viceversa, se para la transcripcin temprana, se hacen muchos genomas y se hace la trascripcin tarda a partir de los genomas que se han originado. La transcripcin temprana lo que quieren expresar es maquinaria de replicacin suya, la primera transcripcin no est dirigida a componentes estructurales sino no estructurales que permita la replicacin del genoma: ptima para aduearse y competir con el genoma celular para replicarse el suyo. La tarda: sobre todo a componentes estructurales cpsidas para empaquetar el DNA que se ha sintetizad previamente y para formar el mximo nmero de viroides. Esta etapa se la concoe como encapsidacin e genoma , conoce porque protenas estructurales vuelven al ncleo e interaccionan con el DNA para ensamblarlo en cpsida, cuando el genoma del virus se encapsida, la morfognesis del virus, son etapas no muy bien conocidas en muchos casos. Hay todo tipos de soluciones, hay virus que la molcula de DNA interacciona con las subunidades de protenas, las va nucleando para formar la cpsida, es el DNA el que dirige la encapsidacin. Primero se conoce una cpsida vaca, no totalmente compacta porque permite la entrada del genoma. Deja algunos poros, fsicamente que se pueden ver y a partir de estos poros, entra la molcula de DNA y se encapsida. Porque las protenas forman la cpsida: per-se tienen esos barriles beta que interaccionan entre ellas y forman las cpsidas, interaccionan entre ellas por sus dominios de interaccin. Las partculas salen del ncleo por un proceso que no se conoce muy bien, pueden que lo destruyen o de forma activa no destructiva. Poliovirus: virus de RNA de desarrollo citoplasmtico. El ncleo no participa en nada en su replicacin y ciclo vital Entra a travs de un receptor, es un virus de +RNA , puede actuar como un mRNA, se copia a dsRNA a travs de una polimerasa de RNA, se genera a partir de este dsRNA se forman RNA que son mensajeros. Esto se generaliza al RNA. Una cosa para replicarse que pasa a travs de RNAds, y otra cosa es que ahcer RNAM transcripcin. En seguida libera su genoma, interacciona con el receptor y enseguida la cpsida se abre y libera el RNA, cambios de conformacin del acpsida, apsa a ser un mensajero ms de la clula es te RNA accide a los ribosomas y es traducido. Entonces en el caso de la polio, hay ods proceos distintos complementarios, uno es la traduccinnd e protenas y otro es el metabolismo del virus, replicacin y transcripcin, sucee en estas vesculas grandes de las
celulas en una especie de nucleo que el virus que fabrica a partir de las vesiculas celulares dos compartimentos, dedicaso da prtoteinas y al replicarse. Todo el genoma del virus se transforma en una gran proteina que va a ser procesada a las protenas que la compone pro cortes proteolticos para dar lugar a las protena del vius, es muy importante en poliovirus. Maximizan el potencial genetico, dependiendo del corte da lugar a una proteina u otra. Estas proteinas hay polimerasas del virus, que replican y transcriben los RNA viruales. Hace estso intermedios de doble banda, hay un paso de doble banda y una vez as, se transcribe por la prolimerasas del virus, esta fbrica de mensajeros, van saliendo estas vesculas, y van a los ribosomas , a mayores cantidades, y todo va aumentando en cascada. L RNA no se sabe como atraviesa la vesculas. Otas veces estos mrna interaccionan con protenas de la cpsida y se forman las partculas virales, organiza el citoplasma a su medida para expresar su material gentico de forma gentica, se forman factoras, donde se hacen macromolculas del virus (Rna o protenas, estas vesculas seran factoras). -RNA: rhabdovirus ejemplo el de la rabia, en estos casos el virus, tiene envuelta, y tiene una nucleocpsida helicoidal, entran a travs de receptores el RNA se libera en el citosol, este RNA es un RNA- , no pude ser traducido a los ribosomas, y es una molcula de RNA que se quiere replicar en el citoplasma y no puede traducir y replicar, su propia partcula lleva alguna molcula de polimersas, de forma que el RNA del propio virus, sin que haya traduccin, va a ser copiado mensajeros del virus, y alguna replicacin, el virus se relaja su estructura y as polimerasas queda rodeadas en el RNA que lo protegen y lo usa para transcribir, hay una transcripcin localizada, y se producen los primeros mensajeros, entonces, estos mensajeros van a ser traducidos y se producen protenas que disparan el ciclo vital del virus, algunas de esas protenas son polimerasas, replican las protenas para que el ciclo amplifique su cascada. -RNA s propia polimersasa se produce mensajeros + (pequeos) que se van a traducir, y va a ver copia a doble banda, que van a servir como olde para hacer mas mensajeros. Moforgnesis de un virus con envuelta es diferente, la morfognesis : hay dos caminos de producir virus, las protenas de la envuelta y las protenas d ela nuclocpisda, las protena de la envuelta va a la via de la exportacin, RER, GOLGI y se anclan a la membrana de la clula, la clula infectada esta llenado su membrana de protenas del virus, para madurar la propia membrana plasmtica, a partcula se forma en la propia membrana plasmtica. Sucede pero una interaccin protena protena entre la nucleocpsida helicoidal que se acaba de hacer y la proteina anclada. Para formar la morfologa de bala de can. Virus icosadricos que maduran en membranas. La interaccin entre las protenas del virus excluyen las protenas de las clulas. Salida por gemacin nunca emos partculas nacientes en el citosol, solo las veramos en la membrana. Familias principales de virus: Camino inverso de RNA a DNA, agrupa a estos virus en una familia con mucho xito Biolgico. Generalidades: envuelta con glicoprotenas, cuyo interior tiene una nucleocpsida proteica. Tienen envuelta, las glicoprotenas suelen ser dos gp1 gp2. El genoma son dos molcula de RNA en forma de genoma diploide, no se sabe el porqu. Se pueden dividir su genoma en 3 genes: gag pol env Env envuelta, glicoprotenas del virus con un dominio transmembrana y una protena ms exterior (generalmente unida covalentemente a la anterior). Pol se agrupan la sporteinas que replican el genoma: la reversotranscriptasa y la integrasaintegra el genoma del virus en una clula. Estas dos protenas estn en el interior de la partcula viral, el virion. Los genes gag, antgenos de grupo, gag las protenas que permiten clasificar los virus por serotipos, aqu hay que agrupar a la cpsida, la nucleocpsida, el genoma asociado a ciertas protenas que la acompaan. Matriz, capa de protena en virus con envuelta, entre la propia envuelta y la cpsida, se le llama la matriz. las funciones muchas veces no son conocidas. Y la proteasa permite procesar sus protenas. En los extremos del RNA del virus encontramos una secuencia repetida o R, importante en la replicacin y a coninuacin en un extremo nica, en el extremo 5 est U5 y en el 3 U3 RU5 GAG POL ENV U3R
TIENEN DOS FORMAS DE TRANSMISIN: RETROVIRUS EXGENOS, PARTCULS DE RETROVIRUS QUE SE TRANSMITEN DE UN HOSPEDADOR A OTRO. HAY UN IMPORTANTE GRUPO QUE SON ENDGENOS. En este caso forman parte del patrimonio gentico de las especies se transmiten por la lnea germinal. en muchos casos no llegan a madurar como viroides sino que son unos genes ms. En roedores: muy representados, se observa un nmero de copias abundante , muestran gran plasticidad gentica , caractersticos de especie, asociados a leucemias espontneas, cepa-especficas causadas por estos virus. En humanos encontramos tambin estos virus, relacionados con los primates, se observan en general baja numero de copias, en muchos casos se expresan en la placenta, incluso partculas viroides, en principio no est asociado a leucemias. Familia muy distribuida, comparten caractersticas morfolgicas bsicas. Retrovirus de tipo A, estos son retrovirus endgenos, que no maduran, hay expresin de antgenos de grupo, partculas vacas, no maduran a un virin maduro. Los retrovirus llamados oncovirus de tipo B, son virus que tienen cpsidas en las cuales la nucleocpsida tiene una disposicin no central, excntrica. Mmtv Mouse mamary tumor virus, muy conocido, bases genticas del cncer. c) oncoVirus que maduran en la membrana plasmtica no excntricos, de la clula mientras los otros en el citoplasma. Se multiplican con las celulas no las lisan, forman parte de las lneas celulares, es difcil eliminarlos. El RSV, el sarcomas de Rous sarcoma virus (primer retrovirus 1911, pollo) transmisin de cnceres por agentes filtrables. HTLV I , II tambin , forman lecucemias himanas MoMLV leucemia murina de moloney prototipo molecular devirus de tipo C. Tipo D) morfologa centrado madura en el citosol. Lentivirus HIV, Spumavirus no madura, son endgenos pero generan degeneracin celular, vacuolas , y membranas forman espumas en los cultivos celulares. Retrovirus, cilco vital: se fusionan las membranas entran en el citosol y la cpsida se relaja perdida de estructura, facilita los pasos subsiguientes, es un porceos mico, es la conversin de RNA a DNA. La retrotransciptasa, lo realiza en el citosol asociado a esta partcula del virus, , una vez formado DNA asociado a protenas que se produce en en la cspida. Una vez dfroamdo va al nucleo, no se sabe como va al nucleo, es un proceos complejo, los retrovirus de tipo c no son capaces de atravesar la envuelta nuclear. Esperan a la mitosis, solo puedne infectar a clulas mitticas. los distinguen del tipo C de los lentivirus como el HIV si son capaces de atravesarla, a todos los tipos de clulas. Parece que interviene secuencias de localizacion nuclear la NLS que tiene protenas del virus , como la integrasa y la matriz e incluso secuencias de DNA, que contribuyen a entrar al ncleo. Entra en contacto con el genoma de la clula y se va a producir la insercin que la realiza la integrasa, del genoma del virus del dna. Va a formar parte del patrimonio gentico de la clula como un gen ms, el retrovirus se expresa o no, latencia o bien puede haber activacin de la expresin gnica se trascriben a RNA. Hay mensajeros que peude dar lugar a protenas estructurales gal y pol, y otros mensajeros que van a dar lugar a protenas de la envuelta, los genes env , los genes de la envuelta, siguen la va secretora RER, GOLGI- MEMBRANA ancladas. y ah permanecen esperando la maduracin del virus, van ensamblndose hasta asociarse a protenas de la envuelta, se encuentran incluso RNA del virus, en el tipo C se produce el ensamblaje cercano a la mb. Es muy simple y eficaz. No hay replicacin del genoma del virus, porque solo hay transcripcin, los RNA que se trascriben tambin son el genoma del virus, es la propia molcula de RNA. Peor no hay replicacin como tal. No destruyen a las clulas, porque son poco virulentos, no se expresan con gran avidez, se multiplican peor no daan a las clulas. La integracin ocurre casi en cualquier parte del genoma casi al azar a diferencia de otros virus que son ms especficos. Se eliminan dos nucleotidos en el extremo del genoma, y en el punto de insercin del genoma,s e corta palindrmico, quebrado, es este punto se inserta el genoma levirus se liga, y se repara el punto de insercin, el sitio de integracin hay una seucneci arepetida directa porq lel corte quebrado , y encontramos el genoma del retrovirus qu faltan dos ncleotidos, la integracin, no tenemos los pasos no lo sabemos an, siempre ees flanqueado por secuencias directa y le falta dos ncleotidos.
28-XI-08 Retrotranscripcin. Hay muchos modelos , es bastante complicada. Lo hace la RT que lo porta el virin, es una polimerasa que es capaz de hacer DNA a partir de RNA, es una DNA polimerasa DNA dependiente, trabaja en la direccin 5-3, tiene una actividad RNAsaH, Degrada RNA/DNA hbridos. Es un complejo proteico. Hay sntesis de DNA y degradacin de RN. El proceso comienza: tenemos la molcula RNA del virus, que estn flanqueados por una secuencia nica, U5 y R , es el comienzo, de sntesis de DNA para ello el virus utiliza un TRNA que es complementaria a la regin PB, el virin porta, adems de su genoma de RNA, adems tiene Trna de la clula ensamblados en la partcula, le sirve al virus para comenzar la sntesis, es complementaria a la regin PB primer biding, del extremo, se copia las regiones u5-r hasta el final. A continuacin el enzima degrada el DNA de este hbrido, , de las regiones R y U5, este extremo es complementario a R del otro extremo, salta al otro extremo. Luego el resto lo copia desde 5-3 lo pasa a DNA y lo va degradando con la RNAasa H.hay una regin del genoma del virus no degradada, regin pp , regin del primer, el trna hace una sntesis, degrada el genoma genmico, salta de primer de la regin repetida, adems deja una regin sin degradar pp pequea que actua de primer, sintetiza todo el resto de la cadena, empieza a copiar la segunda hacindola hibrida con RNA, degrada la parte de RNA peor sige por la zona Tru5 3, una vez sinterizado la doble banda hacia el extremo 3, el trna es degradado le permite circularizarse porque esta repetida los extremos R, ahora es extendida en las dos direcciones, el resultado es, que la distensin, la molcula completa, es un LTR en los extremos U3ru5----u3ru5. Si la extendemos en los dos sentidos, nos da una molcula completa del virus completa. Mientras que la molcula inicial , tenamos GAGPOL ENV, CUANDO SE HA REPLICADO Y CONVERTIDO A dna, LOS EXTREMOS DEL GENOMA DEL VIRUS HAN CAMBIADO, HAN CRECIDO, TENEMOS DOS SECUENCIAS REPETIDAS, u3 r u5 CONSECUENCIA DE LA rt, SECUENCIA DIRECTA, REPETIDA DE FORMA REPETIDA ltr, LONG terminal repeat. Es una regin reguladora. Esa integracin, sucede probablemente en un intermedio circular o no, hay una eliminacin de dos nucletidos en os extremos de la secuencia U3, estos dos nucletidos, como el genoma hospedador se corta en forma cohesiva, el genoma se inserta , se une por ligasas, se rellena la secuencia del genoma celular, los dos nucletidos eliminados se vuelven a multiplicar, y encontramos secuencias repetidas directas por el corte quebrado que produce la inegrasa. El sitio de uni es ms o menos la azar. Una vez insertado se pueden expresar, el control de la expresin depende de la secuencia LTR, ms ampliada: U3 encontramos enhancer de trascripcin, tatabox que son reconocidas por la DNA pol de la clula , es una regin potente que permite la transcripcin potente del virus.sucede como un gen ms de la clula, no hay replicacin del genoma del virus, se expresan los mRNA que darn las protenas delvirus.la expresin gnica, Se sitentiza un mrna genmico, desde r, galg pol env, dar lugar que se expresen la sproteinas gag y pol, par ala expresin de env, hay un procesamiento de este RNA, para dar lugar a un mRNA procesado o env , que permite la expresin de los genes de la envuelta. Hay un stop entre gag y env, por lo que hay dos mrna el de gang pol y env y el mrna de env. Como conseguimos sacar dos genes, los genes gag y pol, son protenas istintas a partir de un nico mRNA, cada mensajero da lugar a una protena, la mquina es monocistrnica, la solucin a la paradoja, que es bastante complicada, los retrovirus solucionana este problema de distinta forma, pero todos ellos jugando con una alteracin de la maquinaria tradicional, fidelidad del ribosoma, esta alteracin la consiguen porque hay unas estructuras, en forman de tallos que perturban la fidelidad de la traduccin del ribosoma, cuando encuentran estas estructuras, el ribosoma es retenido en ese punto, no es capaz de deshacer esta estructura secundaria, cuando lo consigue es por un eroor, qe implica un cambio de fase de lectura. Segn resuelven la expresin de gal y pol en los virus hay 5 clases: Clase II, cambio de fase de lectura que da lugar a los genes gag cuando llega a las estructuras en forma de tallo, inicia la traduccin de la segunda protena ero en otra fase, dando lugar a otra protena, incluso hay marcha atrs, porque los genes gag y pol estn superpuestos, en su momento fue increible. Como sacar ms de una protena a partir de un mRNA.
La clase 1 , hay genes gag y pol y en el medio hay un stop, la maquinaria traduccional, leera los genes gaga y no empezara con los genes pol, no sera capaz de iniciarla, los retrovirus hacen que el codn stop, no lo respete el ribosoma , se lo salte y forma una proteina grande gag-pol, que ser procesada. Obvia un codn de terminacin. De esta protena se libera las protenas gag y protenas pol, rt y la integrasa la RT tiene dos subunidades . Una vez procesado, se produce un splicing, que puede ser entonces usado el gen env, que forma una proteina larga, y se corta para dar lugar a las dos protenas de la envuelta. Muchas veces son asintomticas, porque se produce baja cantidad de virus, y la clula no muere. Sin embargo en otras ocasiones, estn asociados a la produccin de tumores, de cncer, antes de la aparicin del sida, en los aos 60, atrajeron el inters porque son virus que estn asociados a la produccin de tumores, de cncer. En la oncognesis por retrovirus, hay que distinguir dos mecanismos: Retrovirus que portan oncogenes en su genoma, onc+, son distintos a virus oncognicos onc-. Adems de los genes gaga pol env, porta un oncogn que puede ser el mic, sar, es una protena mitognica, las mutaciones han perdido los dominios de regulacin, por lo que no es regulada por la clula, por ejemplo un receptor de membrana que en respuesta del factor de crecimiento que cuando se une manda seales mitognicas al ncleo de la clula, lo es peor es un factor truncado, no se puede unir al FG, que continuamente manda seales mitognicas independientemente del GF, es un oncogen. los RT que portan oncogenes llevan os oncogenes mutados, son ya oncogenes activos y vemos que estn insertados en el genoma del virus en distintas posiciones y es as como se transmiten en la naturaleza. Ls nombres de los oncogenes , proceden en los RT que se aislaron y no al revs. encogen SRC sarcomoa de rous Myc, myeloblastosis aviar. El virus mc-29 por ejemplo son defectivos, no pueden dar lugar a un ciclo vital por ellos mismos, se acompaan por virus silvestre, helper, que le soportan a las que las infecciones se propaguen, aportan el encogen y el silvestre los genes estructurales. El virus del sarcoma de Rous, este retrovirus, por una razn no muy bien conocido puede trasmitir el encogen src, y adems los estructurales. La expresin de oncogenes, la posibilidad de producir un cncer est ligada a que no son lticos, se insertan como un gen ms , adquiere el encogen y por ello la clula empieza a dividirse, hace que la clula se transforme y lleve a cncer. Sin llevar oncogenes provocaban cncer: lo hace de forma ms lenta y producen generalmente leucemias, se vio en este caso que aislando los genomas de las leucemias que se podran inducir experimentalmente, cuando se estudi las leucemias, buscando el retrovirus, aparecen insertados , prximo a oncogenes, aunque el virus no lleve oncogenes cuando lo hace es en puntos prximos, altera profundamente es la expresin encogen, en un dominio vecino al punto de insercin es la alteracin se puede realizar de varias formas, derivan en el echo que la LRT es un enhancer poderoso , que aumenta la expresin gnica abundante de este encogen, el promotor que regulaba ha sido sustituido por la LTR del virus. Si se ha insertado en la mitad del encoge y ha eliminado un exn, va a producir una eliminacin de un dominio por ejemplo el control del receptor, la insercin si es al azar, porque se inserta ah? Esto es el resultado de una seleccin, el RV se inserta en muchos sitios, peor cuando se inserta en estos sitios, se va a seleccionar, va a llevar a una leucemia, y ese es el fenotipo que observamos, es la seleccin ya que proliferan las clulas infectadas ms por ello, se seleccionan +. Es la seleccin la que produce la enfermedad. Faltan 3 das helena 11-xii-08 El
DNAss Los virus de DNA parvovirus son capaces de evolucionar, el parvovirus fue capaz de infectar al perro proveniente del gato, cambio de 2 aa , que puede reconocer el receptor del perro, los retos es intentar cristales de complejos de la cpsida unido al receptor. Podemos ver aa resistentes a anticuerpos monoclonales, MUTANTES mar, LOS CAMBIOS DE LA CPSIDA SE SITAN EN REGIONES EXPUESTOS DE LA PARTCULA, DEFINEN SITIOS INMUNODOMINANTES.
Ependovirus o virus AAV asociados a adenovirus, con gran inters en terapia gnica, en ausencia de un virus helper se inserta en un determinado locus en el genoma humano, que no confiere ninguna enfermedad ni alteracin gentica, actualmente muchas empresas estn volcadas en aplicar estos virus en terapias monognicas. Ya estn en fase clnica. Estrategia bsica para obtener vectores recombinantes de AV. Para insertar un gen de inters en un vector de AV, este gen est en la cpsida de AV, posicin del vector recombinante de AV, el principal limitacin de AV, es su tamao de la cpsida, el genoma de los parvovirus est entorno a 5 Kb, genes mayores no son capaces de empaquetarse , las icosadricas tienen un DNA limitado. El gen de inters se flanquea de secuencias de los extremos del genoma de parvovirus, secuencias ITR secuencias terminales e invertidas, importante para el empaquetamiento del DNA en la cpsida. El gen de inters, le clonamos en un plsmido entre secuencias ITR, por ingeniera gentica, tenemos que clonar otro plsmido con las protenas de replicacin y cpsida. Con el genoma completo de AV, pero introducimos con una cotransfeccin queremos evitar que el plsmido se inserte en las cpsidas, por lo que eliminamos las secuencias ITR ON LOS GENES ns Y vP, PERO SIN itr. son los que la coinfectamos con estos plsmidos y el adenovrus silvestre. Ser empaquetado slo el virus recombinante y no el silvestre ya que carece de las secuencias para empaquetar, adems salen los WT, debemos de separarlos por separacin en gradientes de densidad etc. Para eliminar el adenovirus. Se inserta en el locus P1 porque hay parte de homologa de secuencia. La betagalactosidasa, con un AV recombinante que aporta el gen Bgal, 5Kba, marcadores ideales, se mostraba como los av si se inyectan en el cerebro de mono. Se observa la expresin de Lac Z en neuronas del hipocampo. Sin efecto patolgico, efector previos, como podran estar estables, en una regin delicada como es el hipocampo. Experimentos reales en los que los virus aportan genes exgenos. Para que se inserte hay que meter las protenas Ns, QUEDIRIGE el genoma al locus NS, es un reto que a veces se usa ms de un virus. Polyomaviurs y papillomairus, son virus pequeos de DNA oncognicos, que pueden causar tumores. Son dos familias distintas antes se les agrupaba en la misma. Los Polyomavirus se llaman as porque Poly (varios) oma (tumores) + virus descrito por cross 1965, en ratn virus oncogncio. En muchos tejidos. Se estudia bases moleculares del cncer, dispersa agresivos. Sv40 (virus de simio que puede infectar clulas humanas, bases genticas del cncer en los aos 70) en humanos no existe este tipo de cncer tan agresivo. En humanos estn los papillomavirus, que s que producen cncer. DNA de doble banda circular, d eun tamao de 5KpB. Tienen cadena doble . unos de los genomas mas estudiado en funciones gnicas, SV40 se descubrieron los Cap de RNAS poliA se descubrieron en etse virus. Como modelo de cncer. Tenemos el ORi de replicacin, transfectada. En este sitio solapando con el ori, estn el origen de transcripcin, se lanza la sonda de transcripcin, porlo tanto el ciclo vital del virus, el origen coincide cuando hay replicacin no puede haber transcripcin. La transcripcin sucede en las dos direcciones, los genes no estructurales del virus, antgenos T. Los antgenos T, protenas responsables de tumores, el antgeno grande large T y el antgeno pequeo Small ST. EN POLIOMAVIRUS ET ADEMS EL MIDDLET MT protenas no estructurales, implicadas en replicacin parecidas a las NS de parvovirus. Estos antgenos T se sintetizan a partir de RNA en direccin 5-3 como toda la transcripcin celular hasta el otro sitio opuesto del genoma, con la adicin de poliA, medio genoma se trascribe hasta que llega el terminador, este RNA en el mundo eucariota lo consigue por un procesamiento alternativo, codifica el antgeno T pequeo y el antgeno t pequeo, fases alternativas permite la produccin de protenas diferentes. Las estructurales se consiguen por una transcripcin en direccin opuesta 53 si es en direccin opuesta, la banda que se transcribe sea distinta, una de otra. VP1 VP2 VP3 tres protenas estructurales. De las ms estudiadas pero aun n se las conoce bien. El ciclo vital del virus, esquematizado, la partcula icosadrica entra por endocitosis mediada por receptor, el DNA se inyecta en el ncleo de la clula no se sabe bien , por los poros? Interviene protenas de la cpsida. El DNA es reconocido por la maquinaria transcripcional de la clula y replicacin, no tienen que portar enzimas propias , lo hace por ellos la clula. Es reconocido inicialmente, tiene transcripcin temprana, se expresan mRNA de protenas no estructurales, antgenos T, van al citoplasma para traducirse, vuelven al ncleo porque tienen seales de localizacin se emplea hay en da para meterlo en plsmido que replicado en la clula
nuclear NLS, secuencias ricas en K R, se describieron estas seales en SV40, CONTRIBUYEN A LA REPLICACION, , EN ESTE MOMENTO NO HAY transcripcin, aumenta el nmero de genomas, cuando acaba la replicacin comienza la transcripcin tarda como molde ms molculas de DNA, esta trascripcin tarda se expresan RNA tardos que van al citoplasma que se traducen a protenas VPS o estructurales, vuelven al ncleo para empaquetar el DNA del virus en el ncleo. Por una sola partcula viral que entra, se puede producir varias partculas de virus, la partcula sale del ncleo por procesos lticos o no, e inicia infecciones nuevas a las clulas. Quien ordena el ciclo del virus es el antgeno T grande sobre todo. El ciclo vital del virus hay que entenderlo interconectado con el ciclo celular. De las clulas que infecta. La mayora de las clulas estn en reposo en el sistema digestivo o del sistema hematopoytico, est en fase G0 normalmente, deben de entrar en ciclo en fase G1 si quiere pasar a mitosis. Los parvovirus se inserta en fase S y los polyomavirus, produce una promocin del ciclo celular el LT, induce a una clula en reposo a que entre en el ciclo. Esa entrada lo realiza el LT acta cundo contra protenas reguladoras del ciclo celular, protenas supresoras de tumores, RB y P53 estas protenas encargadas , que gobiernan a las clulas del ciclo celular, proponen el reposo. Sern reguladas por el LT . promueven la fosforilacin, adicin de fosfatos, cuando RB se fosforila hace que esta protena pierda afinidad con factores de transcripcin importantes como es E2F. La liberacin de E2F promueve la entrada de S. (G2 SE PRODUCE LA FOSFORILACION DE RB). Coincide con la trascripcin temprana del virus expresa LT. Cuando la clula ha entrado en fase S, observamos que LT tiene unas modificaciones de la protenas menores, inicialmente cuando se expresa est muy fosforilado y esto le permite interaccionar con RB, en fase S, tiene mucha menos fosforilacin le permite unir el DNA del virus en la zona del Ori y promover la replicacin del genoma del virus. La molcula se encarga de que el engranaje sea adecuado en el tiempo es el antgeno LT. Lo que hace es abrir el ORI. Permite la entrada de polimerasas. Cuando acaba la fase S, el nmero de genoma de virus ha sido replicado a niveles elevados, el antgeno Tlt VUELVE A FOSFORILARSE , Y ESO LE HACE QUE PIERDA AFINIDAD POR EL dna, SE detenga la replicacin del DNA y comience la transcripcin tarda. 12-12-08 la protena RB a lo largo del ciclo celular, sufre distintos grados de fosforilacin, protena central para regular el ciclo, en condiciones normales, tienen RB poco fosforilado, con la entrada en ciclo en proliferacin rb se fosforila, cambia radicalmente las propiedades interactivas, cuando entran en fase S , rb deja de interaccionar con factores de transcripcin, es lo que hace que las celulas proliferen en el estado hiperfosforilado de RB, la progresin del ciclo celular es gracias a RB y los estados de fosforilacion regulado por las CDKs que fosforilan a RBno es de extraar que rb sea una diana del antgeno T , permite la entrada de la fase S, en condiciones de reposo, RB interaccionando con factores de transcripcin, inactivados, por ejemplo E2F, la entrada de fase S, en condiciones fisiolgicas lo hace por hiperfosforilacion de RB, le hace perder afinidad por factores como E2F, actuando como promotores de otros genes e inducir la fase S. Estos virus actan sobre RB, el antgeno LT tienen afinidad de RB se aloja donde est E2F con mayor afinidad, sin que este fosforilado, fuerza a entrar en fase S, desplazando E2F , quedado libre. La entrada de ciclo, la que diferencia los tejidos es el punto de restriccin, una vez que entran en fase s deben de terminar o morir, el check protenas de G1-S donde estn paradas casi todas las clulas, es promovido por los virus. P53 supresora de tumores, son protenas que promueven el reposo, el estado quiescente. Es un factor transcripcional, y promueve la interaccin positiva con P21, estas reclutan a CDKS unidas a ciclinas, y a PCNA, la sobre expresin de P21 bloquea las CDKSdependiente de ciclina, RB esta poco fosforilado: reposo. P53 es diana de LT, dominios de afinidad, lo inactiva, por lo que P21 baja, las CDKS entran en actividad y hay ms fosforilacin RB se fosforila , explota lo dos caminos para entrar en fase S. Cuando el LT est bajo fosforilado, forma dos rodillos que tienen gran afinidad por el ori: subunidad de antgeno LT, hexmero, el complejo que se forma son dos rodillos, hexmero de LT, un rodillo, gira en direccin contraria al otro, contra-tornillo, relaja la doble banda. Una vez que abre el DNA entra la polimerasa alfa, esta actividad de relajacin es fundamental para replicar el virus. Todas estas actividades, tienen que ver con la gnesis del cncer, son oncognicos.
En papillomavirus: los virus oncognicos son limitados no hay modelos como polyomavirus, de forma agresivas, estn muy adaptados, lo hacen de forma sutil, en muchos casos son peligrosos por esa adaptacin a la especie humana. Son controvertidos si producen o no: Papillomavirus si se les tom como claramente el grupo de virus ms oncognicos en humanos, carcinomas de piel y de cuello de tero. Son virus de dsDNA 8KBS , un grupo muy amplio. Se estudio primero los bovinos BPV, y despus el HPV, hay 100 serotipos de HPV. Dos grandes tipos: papilomas de grabes riesgo: gnesis del cncer en humanos virus asociado a O bajo riesgo cuyas infecciones no producen cncer, el de alto riesgo: 8-6-18 de bajo riesgo el resto. Porque produce siempre en epitelios? : epitelios estratificado como es la piel, solamente se multiplican en epitelio estratificado, por eso son virus que en condiciones normales producen verrugas, manchas, infecciones benignas, que pueden degenerar en cncer. Lo que sucede es que los virus infectan solamente a piel, y lo hace en las clulas basales, las proliferativa. El crneo estn muertas, se replican en las clulas vivas solamente. Los virus infectan el estrato basal : trascripcin temprana, la replicacin lo hacen el espumoso, y la tarda en el estrato granuloso. Donde forma las cpsidas donde madura en el estrato crneo sale para escapar e intentar otra infeccin. Siempre en la epidermis, no hay respuestas inmunes porque no aparece en sangre. No se pueden crecer en lneas celulares, solamente requieren ene estos tipos celulares y en estos tipos celulares, se han conseguido cultivos de piel hace 6 aos, ante son se poda estudiar, se utilizaba el BPV. Genoma: Ns recuerda bastante a un polyoma, mas complicado, hay una regin que estn para protenas no estructurales , E (Early, no estructurales) TIENE QUE VER CON REPLICACION Y RPOMOCION EN FASE s. Algunas se ignoran sus funciones, sin saber claramente lo que hacen, la otra mitad a la produccin de la cpsidas, L1 y L2 late. Se hacen pocos RNA pero se procesan de forma alternativa por Splicing, dando lugar a diferentes protenas. Procesamiento alternativo de RNA. Los papillota tienen la capacidad de promover la entrada en fase S, la transicin, sacar las clulas de reposo, promover la divisin celular, papiloma: promocin de que las clulas lo liberen, actuando contra las mismas dianas, RB y P53, dianas de papiloma. Estas dos familias no tienen homologa de secuencia acta sobre las mismas dianas. El caso de papiloma son 2 protenas para interaccionar con P53, contra P53 E 6 y E7 contra RB. Tambin se habla de los adenovirus oncognicos de DNA, tambin contra p53 y RB. Concepto: cmo perturban la fase S: Interaccin de E7 con RB, de alta afinidad cuando RB poco fosforilado, depilada a E2F. Promueve entrada en S. RB queda inactivado. Estas interacciones son importantes para la gnesis del cncer, los papilomas de alto riesgo, tiene mucha ms afinidad que las protenas equivalentes de bajo riesgo, una buena interaccin molecular la dificultad de asignar un virus a un papiloma, que puede surgir 10-5 aos despus de una infeccin primaria, los mdicos lo entiendan es complicado. Evidencias: Unos de los experimentos ms luz aport, fueron modelos de ratones transgnicos, se sobrexpresan E6-E7 se observa las consecuencia. Los animales transgnicos expresamos estas protenas, queremos hacer modelos de cncer. Si queremos modelar el cncer humano, si el cncer se produce en el epitelio estratificado, habra que restringir la expresin del gen en el tejido diana donde se produce la patologa , los genes especficos de piel , como las queratinas de la piel, esas protenas se expresan ah , se controla por promotores y enhancers, usando esos promotores hacemos que solo se expresen en piel. Cuando estos animales se consiguieron, se observ que el nacimiento era correcto con el desarrollo correcto, con el tiempo, forma ms lesiones de piel, mas frecuentemente que los control,, formaban papilomas o verrugas, algunas de ellas daba cncer, con desarrollo convincente para los mdicos. Cncer de cuello de tero, complejo y secuencial, es virus es el inductor, pero no es responsable final. Las clulas estratificadas cambian su morfologa y su tasa reproductiva, produce un tejido desordenado, acaban en un carcinoma invasivo. Produce metstasis en otros tejidos.
E6 Y E7 forman parte del ciclo vital del virus, luego los virus hacen cpsidas los virus se destruyen, si hay destruccin celular no se entiende como hay cncer, o se destruyen o proliferan, tiene que estar abortado. Se aclar gracias a realizar anlisis de tumores, qu pasaba con el virus, qu genes tena etc. Lo que se observ de forma consistente , los carcinomas de cuello de tero , aparece DNA integrado en el genoma humano, inesperada, y adems con grandes delecciones, tpicamente vemos delecciones de protenas estructurales, protenas L, mientras que encontramos genes tempranos E6 y E7 de forma infecta, se observa en explantes de tejido, en carcinoma, sin duda estas delecciones impide la replicacin del virus. en fin, tenemos dos estados, el inicial y el final, tenemos el estado final. Carcinoma con el virus integrado, no tenemos la pelcula, podemos simular lo que sucede es que hay una infeccin primaria que induce la proliferacin, muchas sern lticas, a un mayor ttulo de virus en el tejido, en la mayora de los casos es eliminada, pero si es un papillota de alto riesgo, en algunas clulas infectadas puede producirse una integracin en el genoma celular puede llevar aos que suceda, generalmente no pasa nada, peor algunas veces es tan favorable, que se eliminen protenas estructurales y queden las no estructurales E6E7, queda continuamente estimulada a crecer, entra en riesgo para se produzcan otras lesiones genticos, para que hiperprolifere y adems sea invasiva. las vacunas no son eficaces porque no hay cpsidas en torrente sanguneo.
18-10-08 herpes virus: induccin de fase S aunque los propios genomas de herpes llevan sus propias polimerasas, la fase S no es estrictamente dependiente para que se replique. Genes cuyos significado tiene a nivel de organismo, ya que poseen genes que reprime la respuesta inmune, sistmico. Tienen un genoma bastante grande. El DNA ds, 150-200KPB son icosadricos con envoltura, tienen la capacidad de ser latentes, prevalecen en los organismos que infecta en que haya una expresin gnica patente, demostrada. Resultado de la evolucin, tiene un programa gentico de latencia. Para silenciar su expresin gnica y prevalecer en la naturaleza. De dentro hacia fuera: entre la membrana y la nucleocpside se llama tegumento de funcin casi desconcocido, una nucleocpsida, con DNA empaquetado con protenas. Estn muy distribuidos en la naturaleza, muy bien asentados prevalecen e muchas especies. Virus grandes adaptados a la prevalencia en al naturaleza haciendo poco dao al hospedador. En simios etc, virus de otras especies etc. Los herpes humanos se pueden clasificar en tres grandes grupos segn la clula diana donde establece diana: Herpes alfa, beta y gamma. Alfa: infecta neuronas, neurotropicos Beta: herpes que infecta rin y glndulas salivales Gamma: linfocitos, linfotropicos Alfa: Herpes simplex humanos HSV. I, II Varicela-Zoster HZV Beta: CITOMEGALOVIRUS: CMV Gamma: Virus de Epstein bar EBV, sistema inmune debilitado pacientes con sida se activan tambin el HHV 6 HH8 (sarcoma de Kaposi). Inducen fase S , clulas a proliferar, causantes de cncer. En modelos de biologa molecular es el herpes simplex. I y II Herpes: su estructura genmica, de su DNA. Los herpes tienen DNA de gran tamao variables, con secuencias repetidas en su genoma. El virus CCV virus del pez gato del canal. Repetida directa en os extremos. Repeticiones en tndem de ambos extremos del genoma, Repeticiones pequeas en tndem en los extremos, Epstein bar, y dentro otras.
Repeticiones invertidas/Directas etc. Los simplex realmente su genoma son complejos, el genoma dividido en regiones de secuencias repetidas e invertidas. Si este se desnaturaliza y se vuelve a renaturalizar se forma DSDNA pero otros, pueden aparearse estas secuencias invertidas, y producir estructuras en forma de dos globos, separado de un puente de secuencias repetidas e invertidas. Crculo rodante etc estrategias de replicacin. Herpes mejor conocidos: Herpes simplex, su ciclo vital productivo. Las partculas de herpes entran por las protenas de envuelta, se produce una fusin con el endosoma, la cpside se adhiere en el ncleo nuclear, se adhiere al ncleo e inyecta su DNA. Una vez en el ncleo, puede ser reconocido, por la maquinaria de transcripcin de la clula que inicia la transcripcin, lo realiza las polimerasas de la clula sobre todo la II, hay tres ondas de expresin gnica bien definidos se les llama Alfa beta y gamma. Interacciones de tipo : induccin de fase S, modulan la respuesta del hospedador, inhiben la respuesta inmune, y muchos de ellos regulan la expresin gnica de la clula, factores de transcripcin. Estos genes alfa, se trascribe dan lugar a mensajeros algunos de ellos son factores de tracripcion, promueven la transcripcin de beta. Beta: protenas de replicacin DNApol en esta fase del ciclo del virus hay una replicacin del genoma del virus en el que no hay transcripcin, por los genes Beta. La fase de replicacin coincide con la fase S, la clula es inducida a proliferar. Algunos de ellos son factores de trascripcin que promueven la siguiente onda : inducen la expresin de los genes gamma. Estos genes gamma son protenas estructurales. Han organizado su complejo genoma, en esto, expresin gnica ordenada. Miminizan interfernecia de expresin gnica maximizando su expresin. Primero surge en forma de cpsida poco compacta, procpsida, se encapsida el genoma, va madurando adquiere envueltas las adquiere primero de las membranas nucleares, viaja por el citoplasma, se fusiona con la siguiente consecutivamente (RER-GOLGI-MB) salen sin lisar las clulas. Composicinn gnica del virus simplex humano 150Kpb, el virus se circulariza en la replicacin-transcripcin. En torno a 200 genes. Asignar funciones gnicas, cada caja es un orf, con lo cual es un gen. Protena principal de la cpsidas. Helicasa, DNasa No hay orden de los genes, puedne estar agrupados o parcialmente peor generalmente no. Herpes simplex: se transmite desde el principio de la vida, desde la cavidad bucal, llega a las terminaciones nerviosas de las cuales viaja hasta alcanzar en el soma neuronal, es generalmente, neuronas del ganglio dorsal de la espina dorsal. Prevalecen a lolargo de toda la vida, encontramos el virus en estado latente. esta en forma de episoma , DNA lineal no integrado. es demostrable por PCR. si hacemos un explante y la disociamos sobre clulas susceptibles en cultivo, produce ciclos lticos en cultivo. la varicela, produce una infeccin ms extendida sisttica, formando eritemas, forman tambin estado de latencia en los somas neuronales, puede reactivarse, entra en ciclo ltico, produce lesiones en los epitelios que inherban. Bajada de defensas etc. lesiones benignas producto de la reactivacin del soma de los ganglios dorsales. el herpes se mantiene el mismo no cambia el hrpes e spara siempre. el varicela-zoster, se activa formando un zster, culebrilla, pueden ser dolorosas, inflama el nervio, en inmunocompetencia normal se controlan por el sistema inmune. Respuesta immune del hospedador: Presentacin de pptidos por clulas infectadas, presentados a linfocitos TC, se hace por una moleculas MLHCI. Este complejes reconocido por el TCR este complejo dispara la respuesta citotxica del linfocito. Esa presentacin del pptido extrao suelen ser casi todas las clulas del organismo, permite que el linfocito se active, y produce la lisis celular, respuesta inmune contra virus ms importante que los anticuerpos. Puede evitar que maduren miles o decenas de virus. Los organismos evolucionan para bloquear los virus y los virus al contrario. Los herpes impiden la presentacin de pptidos por MHCI, que los presente al TC. Distintas protenas de los hrpes interfierne en el viaje del RER. Interfiere con el MHCI sacarlo fisicamente del RER, lo lleva al proteasoma para que sea degradado, disminuye los niveles de MHCI, no presenta bien a los pptidos. No se entenda porqu, no haba clula citotxica en la clula inhibicin de transporte MHCI, tambin lo tienen los poxvirus.
Virus del Epstein Bar EBV: Fue difcil relacionar el agente causal con la enfermedad, que se la consideraba rara. Herpes humano, que est asociado a diferentes enfermedades en diferentes partes del mundo, tipo gamma linfotrpico, que infecta a linfocitos e tipo B sobre todo. En occidente, est asociado a una infeccin llamada mononucleosis infecciosa MI produce una proliferacin controlada de linfocitos, aumenta por encima de lo normal en sangre, cansancio, fiebre la enfermedad del beso normalmente no tiene ms complicacin. Puede producir linfomas, cuadros preocupantes, hiperproliferacin de linfocitos, peor es excepcional, normalmente dura una semana y desaparece pero realmente no desaparece, pasa a estado latente peor est con nosotros. El mismo virus puede producir: En frica est asociado con el linfoma de burkitt agresivo, produce metstasis. Carcinoma nasofarngeo, cncer en la cavidad bucal, asociado a infecciones de Epstein Bar, sucede en china. Porque sucede esto? Esta diferencia? Un mismo virus en diferentes partes del mundo produce diferentes enfermedades. Cuando esto se enfrent en los aos 80 la mentalidad clsica era que haba diferentes variables, que en diferentes partes del mundo da diferentes enfermedades. Se secuenci el genoma del virus y ver los cambios genticos que den estas diferencias, forma de pensar clsica. Se encontr que no era as no existen diferentes variantes, es genticamente homogneo, produce diferentes enfermedades. La MI, cuando el virus es controlado pasa a estar en latencia, la latencia del Epstein Bar, es sorprendente de su programa gentico de latencia, es una estrategia evolutiva para prevalecer. Se observa lo siguiente: est en forma de episoma, peor en contra del simplex, hay alguna expresin gnica, como la LMP latent membrane protein, los antgenos nucleares: EBNA (EB nuclear antigen), produce el estado de latencia, el EBNA1,2 replica el virus con el linfocito para mantener la poblacin del virus, y el LMP, induce mitosis. En occidente, generalmente el nmero de linfocitos es pequeo, lo controla el S.inmune, y no genera linfomas. Tiene diferentes consecuencias en diferentes partes del mundo; en el caso de frica: el virus se transmite en una poblacin infantil malnutridos, la respuesta inmune es ineficaz, puede infectar a muchos ms linfocitos, y esa poblacin no es controlada adecuadamente por el sistema inmune, esos linfocitos estimulados a proliferar, adquiere otras mutaciones que produce que sea un linfoma agresivo. Es una cuestin de cantidad. Se relacion con la malaria peor no es as, los mapas de la malaria de frica. El linfoma de Burkit despus de un par de aos aumentaba en la zona, no era causa-efecto sino que se relaciona por: la malaria debilita el sistema inmune hace que el nmero de linfocitos infectado son sea eliminado, por lo que hay cooperacin entre parsitos pero la base est en la incompetencia del sistema inmune. nOSOFARNGEO: No SE SABE BIEN LA CAUSA, Causa esta enfermedad en china, da igual donde vivan sino ms bien d ela raza, no est clara, pero puede ser por base gentica de la poblacin china, la infeccin del virus puede cooperar para producir este cncer o con regimenes alimenticios o de vida.
8-i-08 poxvirus: virus complejos, estructura poco definida, son partculas virales grandes, con un contorno oval, son virus que les diferencia en que son capaces de replicar en el citoplasma de las clulas. No invaden el ncleo no utilizan la maquinaria de replicacin de la clula. Encontramos viriones en forma oval, con un nucleoide bicncavo, producto del DNA compactado con protenas, rodeado de varias membranas 2-3-+ y ambos lados del nucleoide hay 1-2 cuerpos laterales, no se sabe cul es su funcin. Por lpidos de protenas. Sn bastante grandes, 300nm, casi se llegan a ver en MO. En el lmite de resolucin. Esta familia de virus, est bien representada den la naturaleza. Pox= pstula, alude a las lesiones que produce, estructurales en la piel. Muchos de los nombres tiene que ver con la palabra pox. Canaripox, pjaros, capripox (Cabra). Lepridos , conejos o liebres, levoripoxvirus: myxoma. Produce myxomatosis.
mueren los conejos , diezma la poblacin, y los cazadores tienen que cazar otras cosas Especies proximas a humanos y a monos. Vriuela en humanos: Orthopoxviurs. Cowpoxvirus Monkeypoxvirus Variola Smallpoxvirus viruela humana, sus pstulas era pequeas pero la enfermedad era letal el virus que ha matado ms gente en la historia de la humanidad. Ramses II muri de viruela? Proyecto ara resucitar el virus de la viruela . Relacionado con monkeypox relacionado con smallpox, antgnicamente relacionado con el cowpox. Variola: viruela menor, ms benigna que la viruela. 1960: campaa de la OMS WHO para erradicar la viruela, gracias a la guerra fra hubo competencia entre las dos potencias para impulsar una campaa de erradicuacin del virus. Se erradic en 1978 al ser un virus muy estable. Se diagnosticaba a primer golpe de vista. se diagnosticaba casi desde helicptero y si vean un rostro picado bajaban y vacunaban No hay reservorio animal. Vacuna muy eficaz. Arranca, desde 1789 Jenner en Inglaterra los introdujo la vacunacin, observ que las personas que trabajaban con vacas no padecian la viruela. Cogiendo pstulas de las vacas e inoculndolo en personas sanas, prevena la enfermedad. El Cowpox , previene del smallpox. Ya que estn relacionados antignicamente. Paradjicamente la vacuna que se utiliza, es el virus Vaccinia. N se sabe donde viene, puede que venga del Cowpox peor no se sabe, parece que los laboratorios evolucin a una cepa muy venigna. Es menos agresivo que el cowpox. produce una enfermedad benigna. Liofilizado, producan una herida en la piel y la inoculaban. En 1982 se escap del laboratorio, 8 muertos. Se orden eliminarlo de los laboratorios. Solamente hay 2 laboratorios de viruela. (USA, Y MOSCU) arma biolgica ideal. Si se produce un ataque biolgico con viruela, yo no morir y vosotros si porque estoy vacunado contra la viruela hay vrus en la naturaleza que podra producir un nuevo virus que infecte a humanos: desde monkeypox por ejemplo. En frica hay pequeos brotes de moneypox. Que diferencias genticas: parece que son demasiado distintos. Carlos II: Balmis, llevando la vacuna a Sudamrica, siglo XVIII. Vaccinia: modelo molecular. Entran directamente por fusin de mb con la clula, todo el ciclo vital trabscurre en el citoplasma, no utiliza para nada el ncleo. El virus tiene sus propias RNAp y DNAp. Les permite ser autnomos y entrar en el citoplasma sin usar la maquinaria celular. Se produce una primera transcripcin de los genes tempranos de los virus. Esta transcripcin temprana es posible porque el propio virus tiene molculas de RNAp. Si cogeos los viriones, vaccinia con ncleotidos marcados UTP P32, tampones, y nada ms que esto, los propios virus pueden fabricar RNA sin entrar en las clulas el virus, por s solo es capaz de expresar su material gnico. Sus primeros RNA son RNA de la DNAp puede entonces una vez relajado: hay replicacin casi sin expresin gnica. Posteriormente en la etapa de Replicacin se inicia la tarda. Dando lugar a protenas estructurales: maduracin. El pox es tan grande, con una morfologa tan caracterstica. Es fcil seguir la maduracin. Es muy llamativo, una transcripcin y replicacin de una clula eucariota. Esto ha hecho que los pox, hayan sido utilizado por bilogos moleculares para estudiar transcipcin y replicacin. 9-I-09 estos virus son bastantee eficaces es mucho ms simple que los dems al ser ms independiente de las clulas la expresin gnica maduracin etc., son los ms rpidos y eficaces al ser autnomos; tienen una enorme ventaja. En horas forma placas de lisis. Entorno a las 6 h se forma la progenie viral. Su RNAp, expresa todos los genes del virus. Va a ser atrada a promotores tempranos o tardas por factores de transcripcin tempranos o tardos. ETF (tempranos); intermedios ITF, tardos LTF. Posibilidad de utilizar estos virus como vectores para vacunar de otras enfermedades.
Por ejemlo el sida y otras enfermedades: El virus vaccinia, dentro de los pox, es bioseguro, portar virus recombinantes. Como hacer un virus recombinante que porte un virus exgeno. Recombinacin natural. Contruir un plsmido, que prote un gen de inters exgeno por ejemplo la GP120 de HIV, flanqueado de unas secuencia de vaccinia de un gen dispensable, el virus sigue siendo infeccioso. Por ejemplo el gen de la TK , de virus vaccinia, este plsmido lo introducimos en una clula y esa clula la infectamos con un virus helper normal. Cuando se replique, habr recombinaciones con una frecuencia baja, pero existe algunos. Finalmente tenemos un virus vaccinia donde se ha insertado el gen de inters a la vez que ha inactividado el gen de la TK. Este recombinante es viable. Y se puede selleccionar (ing gentica) Se ha hecho para el sida, y se ha dejado a personas para ver si con el tiempo llegan a desarrollarlo o no. El virus de la rabia, rabdovirus, enfermedad difcil de controlar y vacunar ya qe hay un reservorio animal. Si introducimos pedazos de carne con el vaccinia recombinante con el virus de la rabia, baja la incidencia de la zona de la rabia, parece que funcion. En realidad se utiliza poco, problemas de virulencia, aunque funciona bien en personas sanas, si se utilizan en nios desnutridos estn comprometidos pudiendo a ser letales. En la vacunacin contra la viruela mereca la pena porque era muy grabe y muy mortal, mientras que la vacuna mataba 1/50.000-100.000 se intenta rebajar antes de lanzarlos a gran escala. Protenas interferentes que bloquean o impiden la respuesta inmune: importante en la virulencia y se intenta combatir. Receptores solubles que bloquean interleuquinas e interfern. Expresan receptores solubles sin anclados a las clulas, que bloquean las interleuquinas. Ay una uni de alta afinidad, la respuesta inmune se ver muy afectada, es muy frecuente tienen esta capacidad de disminuir la produccin de mHCi la presentacin de antgenos de las clulas infectadas y por ellos la presentacin al TCR de los TC y por ello la respuesta citotxica. Se est intentando eliminar estos genes para bajar la incidencia de muerte. Se intenta utilizar la mutagnesis dirigida y por recombinacin como en el caso de arriba. Vas de entrada que usan los virus para infectar el organismo. La piel es una barrera infracreable en general. La piel ,esa capa de clulas muertas, es la primera que para los microorganismos. Peor hay orificios con el exterior, con clulas vas: va de netrada. Va respiratorio a atravs del aire. La gripe, rhinovirus, vaccinia, variola, alcanzan las respiratorias altas y en algunos casos alcanzaban los pulmones. Desde los pulmones pueden quedarse ah o bien repartirse por todo el cuerpo Las vas de entrada: restringidos a la zona de entradA: infecciones locales. Epitelio de las clulas epiteliares, queda confinado ah O sistmicas: a todo el organismo. (Virus del resfriado comn, no baja nunca al sistema respiratorio profundo) por una razn trmica, crecen muy bien a 30-32 no crecen bien a 37, (los vapores: aumenta la temperatura de la nasofaringe) Papilomas, se replican en la piel, en la capa de clulas vivas, no entran al torrente sanguneo, es una razn de diferenciacin. Ojos: adenovirus y herpes (neurotrpico, puede ir al nervio ptico produciendo cegeras e infecciones del SNC) Enterovirus: al sistema digestivo: reovirus, coronavirus (navidad reovirus en Madrid, con diarreas) poliovirus, entra por la va digestiva, desde las temrianciones nerviosas del digestivo puede ir al sistema nervioso central y producir parlisis. Sexual: papilomas , HIV, Hrpes, Hay virus capaces de atravesar la barrera placentaria, parvovirus B19, produce abortos, rubeola, citomelagovirus, Heridas en la piel: agujas encisiones, HIV, linfotrpicos, rbia por mordeduras, hepatitis B, transmisin parenteral. Todas las clulas de las vas de entrada hay defensa innata: macrfagos, mucus, ciliadas, los enterovirus no entran enteros produce abortos
viremia: ver los niveles de virus, esta viremia es combatida por el sistema de macrfagos y clulas fagocticas todo ese sistema son las clulas de Kuppfler macrfagos entre hepatocitos. Si vemos el tiempo que esta viremia es combatida por las clulas de kuppfler es el aclarado, como las labadoras
en general depende del tamao del virus, como el VV es rpido, y el ms pequeos como un polivirus o picornavirus son ms lentos. Bacterifago T4 por ejemplo que no es infectivo: lo elimina por el tamao, hay excepciones pero depend Edel tamao, aplcia a la mayora de los virus. Faltan 2 das. Vacunas/proteccin. Clsicas DNArecombinante Muertas Vectores: Poxvirus Picornavirus Adenovirus Vectores: cualquier virus puede ser desarrollado como vector. Todos los vectores tiene la marca de la bioloa del virus. Adems de eficacia cnica de gran escala, hay ah determinados vectores que van pro delante en su impacto social: Poxvirus: ya mencionado por sus capacidades para clonar, su tamao tan grande que puede tolerar inserciones tan grandes. Adems de la patogenia etc. Le siguen de cerca, los picornavirus, concretamente poliovirus es un vector con el aval de la vacuna contra la olio. Se podra erradicar. Estos virus, desde el punto de vista de ser empleados como vectores, tienen la desventaja del tamao, porque son pequeos no se puede meter un gen exgeno porque no podra empaquetarse. Pequeas protenas, pptidos exgenos que son presentados por la va humoral como la sepa sarn, introducimos una secuencia exgena, en un punto del genoma flanqueado por el sitio de corte de la proteasa del virus, estos tipos de RNA+ hace una poliprotena que es procesada por su proteasa. Para que se exprese correctamente: flanqueado un sitio de corte, flanqueado por la protena y presentado al sistema inmune. Polio tiene una ventaja adicional, un poco ms difcil de ver: Componentes del sistema INME en sangre o tejido linfoide, la respuesta inmune: importancia apara constituir una barrera. Inmunidad que lo confiere la inmunoglobulina A esos epitelios son sitios donde el organismo producimos esta inmunoglobulina que va a parar muchos patgenos. Potencial la respuesta inmune en los epitelios, no solo la srica o de suero. Esta produccin de iGA est inducida por los antgenos inducidos en el epitelio intestinal, en las placas de peyer, se reunen en microestructuras clulas presentadoras de antgen APC, linfocitos y clulas M. Son eficiente eficaces a la hora de procesar antgenos extraos que entran por la va entrica, esas placas, dispara una respuesta inmune humoral, que se produce IGA en el epitelio que entr el patgeno y adems epitelios mucosos lejanos que lo llvan los linfocitos. Encuentra una respuesta en todas las mcosas para proteger las sucesivas infecciones de este organismo. Este virus que estimula este circuito: el principal es la cepa sarn de polio. Esto es un aval que tiene la cepa arin: es un impotente inductor de la respuesta humoral. Adenovirus, de pequeo me decan, pinta un virus! y yo pintaba un adenovirus, es hasta infantil 35KPB para manipularlo: eliminable algn gen dispensable peor tiene un genoma muy compactado, nada dispensable, hay una regin del virus: regin late: estrcuturales VP regin temprana early donde se codifican genes tempranos reguladores. Los ms importantes son E1A y E1B protenas que inducen proliferacin celular, interaccionan con p53 y Prb La manipulacin clsica es introducir en naselula que se utilizar como vector: las protenas E1A e1B : INDUCEN INMORTALIZACION: LINEAS ESTABLES, AHORA, SON TRANSFECTADAS POR UN ADENOVIRUS QUE HEMOS REEMPLAZADO LOS GENES E1A E1B POR UN gen exgeno. De tamao similar. Asse produzcan adenovirus recombinantes, con el gen X que queremos expresar.
Terapia gica , adenovirus que infecten selectivamente tumores que estn sobreexpreados p53 y pRB. Se manipulen los genes e1a y e1b que se expresen en tumores con alto p53 y prb: terapia oncolisis. Lo que se construye son virus con estos genes alterados de forma que solamente crecen en clulas que tienen estos niveles alterados. Diversidad de formas Ciclos vitales y eso les permite una presenca importante en la biosfera, infectan a todas las formas de vida, asentados en nuestros propios genomas. Responsables de enfermedades, revelantes, adems de funcionalmente darn emergencias o reemergencias. Conviene seguir estudiando vrologia porque puedne reaparecer patgenos. Modelos de biologaa molecular, inmunloga, estc los virus son profesores en biologa terapias testredaccion FIN1!!!!!!

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Tema 1 : concepto bsico de virus

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TEMA 2: taxonoma y clasificacin de los virus: criterios evolutivos y fenotpicos, el ICTV

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NOTA: incluyo informacin en ingls de la clasificacinn de Baltimore y del ICTV: NO EN CLASE!

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Reverse transcribing viruses

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