Çapa Biofizik

stanbul Tp Fakltesi Biyofizik Anabilim Dal

BYOFZK
DERS NOTLARI

stanbul Tp Fakltesi
Biyofizik Anabilim Dal

Geniletilmi kinci Bask



NDEKLER
Sayfa
1. Giri 1
2. Canl sistemlerin molekl yaps 4
2.1. Madde yaps 4
2.1.1. Atom yaps 4
Ana kuantum says 5
Asal kuantum says 5
Magnet kuantum says 5
Spin (dnme impulsu) says 5
2.1.2. Kimyasal balar ve molekllerin oluumu 9
2.1.2.1. Kimyasal deerlilik 9
2.1.2.2. Kimyasal ba eitleri 11
Kovalent balar 11
Iyonik balar 12
Koordinasyon balar 13
London-van der Waals (Dipol-Dipol) ba 13
Hidrojen balar 16
Hidrofobik etkileimler 19
3. Radyoaktiflik ve n biyofizii 22
3.1. Atom ekirdei 22
3.2. Radyoaktifliin bulunuu 23
3.3. ekirdek kuram 25
3.4. Radyoaktif paralanma ve nlar 28
3.5. Radyoizotoplarn zellikleri 34
3.5.1. Yarlanma sresi (Yar mr) 34
3.5.2. Radyoaktiflik 39
3.5.3. Radyoaktif nlarn madde ile etkileimi (girginlii ve
iyonlatrc etkinlii) 40
3.6. Radyoaktif nlarn yol at kimyasal deiiklikler 44
3.7. Sourulan n enerjisi ile ilgili kavramlar 48


3.8. Radyoizotoplarn aratrmalarda kullanm 51
3.9. Radyoizotoplarn belirtiminde kullanlan yntem ve aralar 58
3.10. Radyoaktif nlarn tan ve saaltmda kullanm 67
3.11. In Biyofizii 73
3.11.1. Sourum (absorpsiyon) spektrometresi 80
3.11.2. Ilt (floresans) spektrometresi 83
3.11.3. Sirkler dikroizm 83
3.11.4. Nkleer magnetik rezonans 87
4. Hcre yaptalar 91
4.1. Giri 91
4.2. Su 95
4.2.1. Suyun fiziksel ve kimyasal zellikleri 98
4.2.1.1. Suyun zgl ss 98
4.2.1.2. Suyun buharlama ss 99
4.2.1.3. Suyun erime ss 100
4.2.1.4. Suyun dielektrik dursays 101
4.2.1.5. Suyun zc zellii 101
4.2.1.6. Suyun iyonlamas 103
4.3. Makromolekller 111
4.3.1. Giri 111
4.3.2. Proteinler 111
Enzimler (katalitik proteinler) 112
Immunproteinler 112
Protein hormonlar 112
Dzenleyici proteinler 112
Tayc proteinler 112
Kontraktil proteinler 112
4.3.2.1. Proteinlerin yapsal zellikleri 113



1. Apolar ya da hidrofobik R-gruplar ieren amino
asitler 113
2. Ak bir elektrik yk tamayan, ancak polar
nitelikte R-gruplar ieren amino asitler 117
3. R-grubu negatif elektrik ykl (yani asidik)
amino asitler 117
4. R-grubu pozitif elektrik ykl (yani bazik gruplar)
amino asitler 117
4.3.2.2. Amino asitlerin asit-baz zellikleri 117
4.3.2.3. Peptit ba 120
4.3.2.4. Aktif proteinlerin ligantlaryla etkileimi 130
4.3.2.5. Denge diyalizi ve balanmann saysal belirtimi 137
4.3.3. Aktif protein rneinde yap-ilev ilikileri 139
4.3.3.1. Miyoglobin ve hemoglobin-oksijen tayan proteinler 139
4.3.3.2. Miyoglobin ve hemoglobinin yapsal ve ilevsel
zellikleri 139
4.3.4. Nkleik asitler 156
4.3.4.1. DNA molekl 160
4.3.5. Karbonhidratlar(Polisakkaritler) 174
4.3.6. Lipitler 178
4.3.7. Makromolekl yaptalar ve ara molekller 184
5. Biyoenerjetik 186
5.1. Giri 186
5.2. Termodinamik kurallar 186
5.2.1. Termodinamiin birinci kural 188
5.2.2. Termodinamiin ikinci kural 190
5.3. Serbest enerji ve denge dursays 194
5.4. Canllarda enerji akm 196
5.5. ATP ve kimyasal enerji iletimi 199
5.6. Hcre metabolizmasnda ATP-ADP sisteminin nemi 201
5.7. Enerji iletimi ve ortak rn ilkesi 202
5.8. ATPnin hcre iinde olumas 204
5.9. Glikolizin bilanosu 209


5.10. Glikolizin dzenlenmesi 210
5.11. Glikolizin ve solunumun enerjetiinin karlatrlmas 211
5.12. Hcre solunumu 213
5.12.1. Asetil-CoAnin olumas 213
5.12.2. Krebs dngs 214
5.12.3. Elektrontransportu ve solunum zinciri 215
5.12.4. Elektron iletiminin enerjetii 217
5.12.5. Oksidatif fosforillenme 220
5.13. Glikozun oksitlenmesinin enerji bilanosu 221
5.14. Solunum hznn dzenlenmesi 221
5.15. Redoks potansiyeli ve llmesi 221
5.16. Biyolojik iler 228
5.16.1. Kimyasal i (biyosentez) 228
5.12.2. Aktif iletim (transport) ya da ozmotik ilem 228
5.17. Membran yaps 228
5.18. Biyoenerjetik ilkeleri ve molekllerin membrandan iletisi 237
5.18.1. Pasif iletim 238
5.18.1.1. Basit difzlenme 239
5.18.1.2. Kolaylatrlm difzlenme 240
5.18.2. Aktif iletim 241
5.19. Difzlenme ve ozmoz 241
5.20. Biyoenerjetik adan molekllerin membrandan iletimi 243
5.21. Gibbs-Donnan dengesi 246
5.22. Membran potansiyeli 250
5.23. Difzlenme potansiyelleri 254
5.24. Membran dinlenim potansiyeli 254
5.25. Aksiyon potansiyeli 256
5.26. Mekanik i 269
5.26.1. Miyozin filamenti 272
5.26.2. Aktin filamenti 274
5.26.3. Kas kaslmasnn enerji kayna 279


6. Bilgi Kuram 281
6.1. Canllar ve entropi 281
6.2. Bilgi ve entropi 282
6.3. Bilgi kuram 284
6.4. Bir mesajn ikili sistemde anlatm 294
6.5. Kanal kapasitesi 297
6.6. Hcrenin bilgi ierii 298
6.7. Kibernetik ilkeleri 299
7. Enzimler-Fiziksel ilkeler 310
7.1. Giri 310
7.2. Tepkime hzlar 312
7.3. Tepkime hz ve aktifleme enerjisi 315
7.4. Kataliz kavram-enzimlerin etki mekanizmas 318
7.5. Enzim kinetikleri 323
7.6. Enzim inhibisyonu 329
7.7. Enzim etkinliinin dzenlenmesi 335
8. Moleklsel Biyofizik 350
8.1. Giri 350
8.2. Nkleik asitler;DNA ve RNA 353
8.3. Kaltsal bilginin anlatm(gen ekspresyonu) 354
8.4. Prokaryotik ve karyotik DNAnn zellikleri 358
8.5. Eleme(Replikasyon) 362
8.6. DNAnn enzimatik oluma mekanizmas 363
8.7. DNA polimeraz eitleri 371
8.8. DNA sentezinin enerjetii 376
8.9. Komplementer bazlar arasndaki hidrojen kprlerinin DNA
yapsnn kahlmllnda ve ifrenin doru okunmasndaki nemi 379
8.10.DNAnn transkripsiyonu (Kayt aamas)-RNA sentezi 381
8.11.Transkripsiyonun dzenlenmesi 384
8.12. RNAnn ilenmesi (splicing) 385
8.13. Kolineerlik ve kaltsal ifre 386


8.14. Protein sentezi (Translasyon) 392
8.15. Protein sentezinin enerjetii 401
8.16. Gen ekspresyonunun dzenlenmesi 404
8.17 RNA yazlm (editing) 409
8.18 Ters Transkripsiyon 410
8.19. Prion hastalklar 412
8.20 Mutasyonlar 415
8.21. Basklama (Supresyon) 423
8.22. DNA onarm mekanizmalar 429
9. Gen Mhendislii 438
9.1. Restriksiyon nkleazlar 438
9.2. Yksek organizmalara zg mRNAlarn saflatrlmas ve radyo-
aktif cDNAlarn hazrlanmas 441
9.3. Kaltm Mhendislii 446
9.4. Gen mhendisliinin uygulama alanlar 451
9.5. Zincirleme Polimeraz Reaksiyonu (PCR) 455
9.6. DNA dizi analizi (Sanger Yntemi) 455
9.7. Kaltmsal hastalklarn doum ncesi (prenatal) tans 457
9.8. Doum ncesi tani yntemleri 463
9.9. Insan Gen Tedavisi 473
10. Hcreden yksek canllara gei 483
10.1. ekirdekli(karyot) hcre ve genomu 483
10.2. Diployitlik ve eemsel oalma 499
10.3. Embriyonik gelime 501
11. Hcre farkllamas asndan lenfosit modeli 528
11.1. Antikorlar-yaplar,snflar ve oluum mekanizmalar 535
11.2. Antikor-antijen etkileimi 544
11.3. Antikorlarn eitliliini belirleyen moleklsel mekanizmalar 550
11.4. T-lenfositleri 560
11.5. T-lenfositleri ve ana doku uyuum kompleksi (major histokom-
patability complex (MHC)) 562


11.6. Bak yantn oluumunda hcresel moleklsel mekanizmalar 567
11.7. Bak yantn dzenlenmesi 573
11.8. Anti-idiyotipik sistem 575
11.9. Bak tolerans 576
11.10.Otoimmn hastalklar (ze baklktan kaynaklanan hastalklar)577
12. Hcre ogalmas ve kanser problemi 581
12.1. Hcre kltr sistemleri 581
12.2. Hcre sikls 585
12.3. Hcre oalma faktrleri-sinyal iletim yollar 587
12.4. Fosfolipaz C, diasilgliserol, inositol trifosfat yolu 589
12.5. G-proteinleri-hcre uyarclarnn aracs dzenleyici proteinler 593
12.6. Adenilat siklaz-cAMP yolu 595
12.7. Reseptr-tirosin kinaz (RTK) sistemi 596
12.8. Hcre sikls ve siklinler 601
12.9. G1 evresi-oalma faktrleri ile siklin/CDK etkileimleri 603
12.10. P53 ve apoptoz 603
12.11. Mitoz-siklin/CDK dzenlenmesi 606
12.12. Hcre kltrlerinde kanser hcrelerinin davran 609
12.13. Hcre hibritlemesi ve uygulama alanlar 610
12.14. Kanser problemi 613
12.14.1. Somatik mutasyonlar ve kanser 616
12.14.2. Viral karsinogenez 621
12.15. DNA tmr virsleri 623
12.16. RNA tmr virsleri 627
12.17. Onkogenler(ve proto-onkogenler) 633
12.18. Proto-onkogenlerin onkogenlere dnmesi 635
12.19. Onkogenlerin ifreledii proteinler-Kanser proteinleri 641
12.20. Spresr genler 643
12.21. Sonu 645
Kaynaklar (Genel) 648
Ek Okuma Kaynaklar 650


ekil ve Resimler iin Kullanlan Kaynaklar 658
Baz Fizik ve Matematik Sabitleri 663
Yaam Bilimlerinde Son Altm Ylda Molekl Dzeyde Yaplan
Balca Bulular ve Bu Bulularn Yol At Gelimeler 670
Ksaltmalar 695
Dizin 697



1. Giri
Biyofizik fiziksel ilke ve yntemlerin biyolojik sistemlere
uyguland bir bilim daldr. Bu tanma gre, daha ondokuzuncu
yzylda biyolojik olaylara eilirken klasik fizie yaptklar byk
katklarla lmszleen Fick, Poiseuille ve Helmholz biyofiziin
kurucular olarak gsterilebilir. Byle bir genel tanma uyan faaliyetler
gnmzde daha ok sistem biyofizii kapsamnda yer almaktadr.
Sistem biyofiziini (ya da genel biyofizii) biyolojik ilevleri ve ilikileri
betimleyen klasik fizyoloji ile bu tr ilev ve ilikilerin teknolojik
yksn ve benzetimi (simlasyonu) ile uraan biyomhendislikten
ayrmak gerekir. Dier yandan, klasik nitelikli yaam bilimleri arasnda
bile, aratrmalarn moleklsel dzeye kaymasna kout olarak, gzlenen
btnleme, biyofiziin ayr bir kolunun molekler biyofizik ad altnda
geliimine zemin hazrlamtr.
lk kez, Weaver tarafndan 1938 ylnda ayr bir bilim dal (ya da
bir ok bilim dalnn rtt bir bilimsel alan) olarak tanmlanan
molekler biyoloji canllarn temel birimi olan hcrenin gizemlerine
molekler dzeyde aklk getirme grevini stlenmitir. Bu alanda son
elli ylda gerekleen atlmlar yaama ilikin gr ve anlaylar
derinden etkilemitir. Molekler biyolojinin kazanmlar geleneksel
nitelikli yaam bilimlerinde de yeni yaplanmalara ve anlay
deiikliklerine yol amtr. Molekler biyofizik, molekler genetiin
yansra, molekler biyolojinin farkllamasyla ortaya kan ve onu geri
besleyen iki nemli bilim dalndan biridir. Molekler biyoloji
kapsamnda yaplan nemli bulularn byk bir blmnn


biyofizikilerden kaynaklanmas ve molekler biyoloji kavramnn bilim
dnyasnca benimsenmesinde belirleyici olan aratrcnn gene de
biyofiziki olmalar iki dal arasndaki karlkl ilikiye iaret etmektedir.
Molekler biyofizik biyomoleklleri ve yaamsal srre ile
ilevleri molekl dzeyinde ve fiziksel yntemlerle inceleyen ve fizik
dilinde yorumlayan bir bilim dal olarak tanmlanmaktadr. Bu adan
biyomolekllerin yaps ve kimyasal dnmlerine ilikin bilgiler
hareket noktasn oluturmaktadr. Ancak, molekler biyofizik, molekler
biyoloji (ve de biyokimyann) olaylarn molekl dzeye indirgeyerek
aklama abalarna kuantum mekanii, termodinamik ve informatik
yntemleri ve kavramlar araclyla ayr bir boyut getirir. Bunun
tesinde, biyofizik canllara ilikin molekl dzeydeki bulum ve
gzlemlerle, organizma dzeyindeki yaplanma ve davranlar arasnda
u anda henz aydnlanmam iliki ve balantlar tanmlama ve
aklamaya, farkl dzeylerde kazanlm bilgileri btnletirerek
yorumlayabilme potansiyeline sahip balca bilim dal olarak
belirmektedir. Gelecek onyllarda yaam bilimleri arasnda gittike ne
karak yaamla ilgili sorulara en kesin yantlar vermeye aday
gzkmektedir.
Son yirmi yldan beri ..stanbul Tp Fakltesi rencilerine
yaklak 60 saatlik bir ders program kapsamnda Molekler Biyofizik
arlkl olarak Biyofizik dersleri verilmektedir. rencilere verilen
derslerin notlar 1994 ylnda Biyofizik Ders Notlar ad altnda
toplanm, ksa srede tkenen bu basmdan sonra, Ders Notlar
gncelletirilip, geniletilerek ikinci basma hazrlanmtr.


Ders Notlarnda, rencilere verilen derslerde olduu gibi,
biyolojik olaylara yap, bilgi ve enerjetik gibi fiziksel kavramlar
asndan yorum getirilmeye allmaktadr. Ders programyla uyumlu
olarak, nce atom ve molekl yaps ve kimyasal balara ilikin bilgiler
verilmi, biyomolekller ve hcre yaptalar yapsal ve ilevsel adan
irdelenmitir. Bu konular srasyla biyoenerjetik ve onunla yakn
balantl konular olan bilgi kuram, kibernetik ve kinetik (enzim)
bilim izlemektedir. Genel nitelikli bu konulardan sonra kaltmsal bilgi,
bu bilginin iletimi ve anlatm(ekspresyonu) ayrntl olarak ele
alnmaktadr. kinci ana blm hcreden, ok hcrelilere (yksek
canllara) gei, embriyonal gelime, hcre oalmas ve
farkllamas (somut bir rnek olarak lenfosit farkllamas), hcre
oalmasnn yksek canllarda tabi olduu dzenleme ve denetim
mekanizmalar (ve denetimin ortadan kalkmasyla gelien kanser)
konularn ileyerek son bulmaktadr.
Ders Notlar yukarda da belirtildii gibi, yeniden derlenerek,
nemli lde gelitirilmitir. Bu nedenle, ikinci bask hazrlayanlarca
Ders Notlarnn standart bir ders kitabna dnme srecinin nemli bir
aamas olarak grlmektedir. Hazrlayanlar bu srece rencilerinin ve
meslekdalarnn yapacaklar eletiriler ve getirecekleri neriler ile
nemli katklarda bulunacaklarna inanmakta, Ders Notlarnn
renciler ve gen aratrclar iin yararl bir kaynak hizmetini grecei
umudunu tamaktadr.



2. Canl sistemlerin molekl yaps
2.1. Madde yaps
2.1.1. Atom yaps
Atomlar, Bohr tarafndan nerilen bir modele gre gne
sistemlerini andran bir dzene sahiptir (ekil 2-1). Bu modelde negatif
elektrik ykl elektronlar pozitif ykl proton(lar)n ve bunlarn yan sra
elektrik yk tamayan ntron(lar)n oluturduklar ekirdein
evresindeki belirli yrngelerde dolanr. Elektron yrngesinin ekirdee
uzaklnn deimedii ve bu uzakln yrngede dolanan elektronun
enerji dzeyini yanstt varsaylmtr. Elektronun dolanabilecei en
kk apl yrnge (ya da bulunabilecei en dk enerji dzeyi) n = 1
olarak gsterilir. Dier yrngeler n = 1 yrngesinin tam katlarna
karlk gelir. rnein n = 2, n = 3, vb. Dardan sisteme iletilen enerji
sonucu bir elektron uyartlarak bir st yrngeye (bir st enerji dzeyine)
geebilir. Uyartlm elektron, balang yrngesine dndnde aa
kan enerji bir elektromagnetik dalga eklinde yaynlanr. Bohr atom
modeli buna gre elementlerin uyarana yant olarak verdii k
spektrumunu aklayabilmektedir.

ekil 2-1. Bohr Atom Modeli.
Bohr atom modeli, 1930larda yerini Schrdinger ve Heisenberg in
gelitirdikleri, kuantum mekanii kapsamndaki daha ayrntl bir modele


brakmtr. De Broglienin madde dalgalar kuramna dayanan bu
modelde devinen elektron, elektromanyetik bir dalga olarak dnlm,
ekirdekten belirli uzaklklarda bulunan elektron yrngelerinin yerini ise
elektronun ekirdein evresinde bulunabilme olaslklar gznne
alnarak gelitirilen, boyutlu bir elektron bulutu almtr. Bu bulutun
zellikle younlat dzeyler Bohr modelinin n = 1, n = 2, n = 3
dzeylerine karlk gelir (ekil 2-2). Bu modelde, elektronun ekirdein
evresinde bulunduu yer orbital (yrnge) terimiyle anlatlmtr.
Orbitallerdeki elektronlarn zellikleri kuantum saylar ile belirlenmitir.
Ana kuantum says (n): Elektronun ekirdek evresinde bulunma
olaslnn en yksek olduu dzeyin ekirdekten olan uzakln gsterir.
Bu, Bohr modelinin n = 1, n = 2, n = 3 yrngelerinin (kabuklarnn)
kar olup, elektronun enerji dzeyini yanstr.
Asal kuantum says (1): Elektronun asal momentini dolaysyla
sahip olduu kinetik enerjiyi belirler. Elektronun enerjisi ile snrldr.
Magnet kuantum says (m): ekirdek evresinde dolanan ykl bir
parack olarak elektron, manyetik bir alan oluturur. Magnet kuantum
says da bu alann boyutlarn tanmlar.
Spin (dnme impulsu) kuantum says (s): Yrngecinde kendi
ekseninde dnerek dolanan elektronun evresinde oluan magnetik alan
anlatr. Elektron iin buna gre yalnz iki dn yn (spin kuantum
says) bulunur. Bunlar birbirine kart iki deer (1/2) ile gsterilir.
Modele gre elektronlarn yrngelerine dalm aadaki kurallara
baldr:
- Btn elektronlar eriebilecekleri en dk enerji dzeyinde bulunur.


- Bir yrngete, spin kuantum deerleri ters olmak kouluyla, yalnz
iki elektron bulunur (Pauli Kural).
- Ayn enerji dzeyindeki btn yrngelere ilk olarak paralel spine
sahip birer elektron dalr (Hunt Kural).

ekil 2-2. Kuanta kuramna gre atom modeli.
Bu kurallara rnek olarak periyodik sistemin ilk iki srasndaki
elementlerin atomlarnn elektron dalm verilebilir. Bilindii gibi,
periyodik sistemin ilk sras iki elementten oluur. Bu elementlerin


elektron kabuklar (n = 1) Hidrojende bir, Helyumda ise ters spinli iki
elektron ierir (ekil 2-3).
Periyodik sistemin ikinci srasnda d kabuk (n = 2) en ok 8
elektrondan oluur. D kabukta bulunan elektronlarn dolandklar
yrngeler enerji dzeylerine gre iki snfa ayrlr:
- alak enerji dzeyindeki s yrngeci (bir adet), ve
- daha yksek enerji dzeyindeki p yrngeci ( adet).
Elektronlarn bu yrngelere dalmalar yukardaki kurallara
uygun olarak gerekleir. nce alak enerji dzeyindeki s yrngeci iki
ters spinli elektron ile dolar. st enerji dzeyindeki p yrngelerine daha
sonra srasyla paralel spinli birer elektron dalr ve ters spinli birer
elektronun da eklenmesiyle yrngeler dolar.



ekil 2-3. Periyodik sistemde deerlik emas.



2.1.2. Kimyasal balar ve molekllerin oluumu
2.1.2.1. Kimyasal deerlilik
ki ve daha ok sayda atomun aralarnda kurduklar kimyasal balar
sonucu molekller oluur. Kimyasal ba iki atomu (molekl) birlikte
tutan ekici g olarak tanmlanabilir.
Molekllerin oluumunu salayan kovalent balarn kurulmasnda
zellikle d kabuk elektronlar belirleyici rol oynar. 1916 ylnda Lewis
tarafndan ortaya atlan bir dnceye gre, iki atom arasnda kurulan
kovalent ba, He ya da Ne gibi soy (asal) gazlarda grlen, 2 ya da 8
elektron ierikli kararl bir d kabuk dzeni (konfigrasyonu) oluturur.
Ancak, Lewisin bu dncesi kimyasal ba gerekleri ve elementlerin
deerliliini snrl olarak aklayabilmektedir. Kuantum mekaniinin
ngrd modelde ise, kimyasal ba, atomlarn d kabuk
yrngelerindeki spin deerlerinin tamamlanma ilkesine dayanr. ki
komu atomun ters spin deerli elektrona sahip yrngelerinin kesimesi
sonucu oluan elektromagnetik ekim burada atomlar birlikte tutan gc
oluturur. Buna gre, kimyasal deerlilik bir elementin atomunun d
kabuundaki tamamlanabilecek spin deerlerinin toplam saysna eittir.
Bu dnceden hareketle ekil 2-3de gsterilen elementlerin rneinde
kimyasal deerlilik (valenz) kavram aklanabilir:
lk sradaki Hidrojen atomunun tek deerlilii ve Helyum atomunun
eylemsizlii (inertlii) yukarda belirtilen ilkelerle kolayca anlalr.
Ayn nedenlerden periyodik sistemin birinci gubunun ikinci yesi
olan Li atomundan tek deerlilik beklenir (LiCl).



Buna karlk, Beun temsil ettii ve deerliliinin 2 olduu bilinen
ikinci grubunun elementlerinin eylemsiz olmas beklenirdi. Fakat ok az
enerji gerektiren bir uyarma sonucu s yrngecindeki bir elektron bir p
yrngecine aktarldnda beklenen 2 deerlilik ortaya kar (BeO).
Periyodik sistemin nc grubunun yelerinin deerlilii gene
bir uyarma sonucu ortaya kmaktadr (B
2
O
3
). Ancak, bu grubun
elementlerinin zaman zaman tek deerlilik de gsterdii bilinmektedir
(B
4
C).
Karbonun temsilcisi olduu grup genellikle bir uyarma sonucu
oluan drt deerlilii ( rnein: CO
2
) ile tannr.Ancak, zellikle grubun
yksek atom arlkl yelerinde iki deerlilik de grlr. ki deerlilik,
CO rneinden de bilindii gibi, karbonda da gzlenir.
Azotun bulunduu beinci grupta, deerlilik ve, bir uyarma
zerine oluan yeni bir d kabuk (n = 3) sonucu, be deerlilik olanakldr
( NH
3
ve N
2
O
5
). Be deerlilik iin gerekli uyarma enerjisi olduka
yksek olmakla birlikte bu, tepkime ile aa kan enerji ile
karlanabilmektedir.
Oksijenin bulunduu altnc grupta, zellikle oksijen iin geerli iki
deerliliin yansra, slfr ve grubun daha alt sralarndaki elementlerde
(yine uyarma sonucu) drt ve alt deerlilik de bilinir (rnein slfrn
oluturduu bileikler: H
2
S, SO
2
ve SO
3
).
Yedinci grubun yani halojen elementlerin yeleri ise, bir deerlilik
ve ayrca , be, yedi deerlilik gsterirler (rnein HCl, HClO
2
, HClO
3

ve HClO
4
).



Sekizinci grubun yeleri eylemsizdir; tm yrngelerin dolu
olmasndan kaynaklanan kalml d kabuk dzeni nedeniyle kimyasal bir
tepkimeye girmezler.
2.1.2.2. Kimyasal ba eitleri
Yukarda anlatlan fiziksel ilkeler, elementlerin ba kurmalarnda
geerli kurallar belirler. Balar ise, atomdan molekllerin ve
molekllerden ise canl sistemlerin olumasnda en belirleyici rol oynar.
Kovalent balar: Yukarda belirtildii gibi, bu balarn olumasnda
atomlarn d kabuklarndaki spin deerleri tamamlanmam deerlik
elektronlar rol oynar. ki atomun birbirine yaklamas ile iki yrngecin
kesimesi olanak kazanr. Eer elektron spinleri ters deerli ise, bu
yrngelerin kaynamas ile meydana gelen elektromagnetik ekim, iki
atomun bir arada tutulmasn ve dolaysyla kovalent ban olumasn
salar (ekil 2-4). Bu balarda deerlik elektronlar atomlar arasnda eit
oranda paylalr. Kovalent balar, iki atom arasnda oluan en gl
balardr.

kovalent ba polar kovalent ba iyonik ba

ekil 2-4. Kovalent ve iyonik balarda elektronlarn
dalmndaki deime.



yonik balar: Kovalent balarn zel bir eklini oluturur. Kovalent
ba oluturan atomlardan birinin elektronegatif nitelikte olmas
durumunda grlr. Bu tip balarda deerlilii belirleyen elektron ifti
elektronegatif atoma kayd iin asimetrik bir elektron paylam ortaya
kar. rnein, NaCl gibi bir tuz moleklnde byle bir elektron ifti
elektronegatif klor atomunun zerinde bulunur. Bunun sonucu ortaya
kan ba elektronegatif klor iyonuyla, elektropozitif sodyum iyonunun
arasndaki elektrostatik ekim olarak dnlebilir. yonik ban kuvveti
buna gre Coulomb yasasna tabidir:
q
1
. q
2

F = k (2-1)
r
2

F= Vakum altnda iyonik ban kuvveti (Newton)
k= Elektrostatik ekim dursays (kcal . C
-2
. m)
q
1
ve q
2
= Etkileen ykler (C Coulomb)
r = Etkileen ykler aras uzaklk (m)

Tuzun suda znmesi sonucu dipolar su moleklleriyle etkileerek
ayran bu iyonlar arasndaki elektrostatik ekim kristal yapdakine
kyasla ok daha dktr. Suyun ykler arasndaki etkileimi perdeleme
etkisi dielektrik dursays (c) ile ifade edilir. Bu ilevin denkleme (2-1)
katlmasyla Coulomb eitliinin zeltilerde geerli trevi elde edilir:
q
1
. q
2

F = k (2-2)
c r
2

yonik balar gibi salt yk esasl etkileimler, zel bir ynelim gstermez.
Koordinasyon balar: Bu tip balarda elektron ifti, ba kuran
atomlar tarafndan verilir. Elektron vericisi olarak davranan F, O, N, vb.
atomlarn d kabuklarndaki serbest elektron iftleriyle, alc atomlarn


bo yrngeleri doldurulur. Koordinasyon balarnn zgn rneklerini,
metal atomlarnn (zellikle gei metallerinin iyonlarnn) oluturduu
kompleks yaplarda grmek olanakldr. rnein, demirin iki deerlikli
iyonu (Fe
2+
) bu tr kompleks yaplar oluturur (ekil 2-5). ekilde
grld gibi H
2
O zayf bir ligant olarak Fe
2+
nn elektron
konfigrasyonunu etkilemez. CN
-
ise sahip olduu gl bir elektrik alan
nedeniyle Fe
2+
elektronlarn 3d yrngelerinde ift oluturacak biimde
yeniden dzenlenmesine yol aar. Hemoglobin rneinde grlecei gibi
metal iyonlarnn oluturduu kompleksler nemli biyolojik ilevlere
sahiptir.
London-van der Waals (ya da Dipol-Dipol) ba: Yukarda iyonik
ba eidinde deiik elektrik ykl iki iyonu elektrostatik ekimin bir
arada tutarak bir tuz molekln oluturduunu grdk. Buna benzer bir
elektrostatik ekim, geici olarak kart elektrik yklerine brnen iki
molekl arasnda da grlr. Bu tip bir etkileim iin iyonik balarda
olduu gibi Coulomb yasas geerlidir:
q
1 .
q
2

U = k (2-3)
c . r
n

U = Etkileim kuvveti (kcal/m
n-1
)
r = Etkileen ykler aras uzaklk (m).
(Etkileime katlan gruplarn niteliklerine gre, n 1 ile 6 arasnda bir deer
tayabilir.)



ekil 2-5. Demir iyonunun oluturduu kompleks yap rnekleri.

London-van der Waals (ya da Dipol-Dipol) Ba olarak adlandrlan
bu ban oluabilmesi iin, bu molekllerin dipolar bir nitelie yani bir
blgelerinde snrl bir elektropozitif (q
1
) ve dier bir blgelerinde ise
snrl bir elektronegatif (q
2
) yke sahip olmalar gerekir. Bu elektriksel
kutuplama geici nitelikli olup, komu molekller arasndaki
etkilemelerden doar. Bu etkileimlere katlan gruplarn niteliine gre


etkileimlerin tr, ynelimi, gcn uzaklkla olan ters orantl
balantsnn boyutu belirlenir (ekil 2-6).

ekil 2-6. ki yakn molekl ya da atom arasndaki kovalent
olmayan etkileim enerjisi.

Dipol-dipol etkileimlerine dayanan van der Waals balar, iyonik
baa oranla yakn uzaklklarda (r
-4
- r
-6
deerleriyle orantl olarak) ok
etkili olabilmektedir. Dolaysyla bu tip balar, zellikle hcre iinin
youn ortamnda, makromolekllerin hcre altyaplaryla
etkilemelerinde, rnein ribozom zerinde gerekleen protein
biyosentezinde, DNA zerinde RNA molekllerinin oluumunda ya da
enzimatik kataliz srasnda byk nem kazanr. Dzlemsel (aromatik)


molekllerin arasnda oluan ve etkileri r
-6
ile orantl olarak deien
dispersiyon gleri ise bu molekllerin stste tabakaland yaplar,
rnein DNA ift sarmal yapsn, kalml klmada byk rol oynar.
Ancak, etkileim gc iin nemli bir altsnr bulunmaktadr. Molekl ya
da atomlarn etkileimlerinin en kalml olduu bir uzakln (r
o
) tesinde
ekim gc azalr. D elektron yrngeleri kesimeye balayacak lde
yaknlatklarnda karlkl olarak bir itim gc oluur. Daha ileri bir
yaknlamaya kout olarak itim gc r
-12
ile orantl artar. Bu tr
etkileimlerde eriilebilecek en kk uzaklk, etkileen molekl ya da
atomlarn van der Waals yar aplarnn (R) toplamna eittir. (ekil 2-6).
Atom ve molekllerin van der Waals yar aplar 0,1-0,2 nm arasnda
deiir (Tablo 2-1).
Hidrojen balar: Hidrojen ba, dipol-dipol bann zel bir eklini
oluturur. Hidrojen atomu, kovalent olarak elektronegatif bir atoma
(rnein oksijen, slfr ya da nitrojene) balandnda, ortaya kan A-H
yapsnn elektriksel olarak kalc biimde kutuplat grlr. Hidrojen
atomu (H) snrl bir pozitif yk kazanarak, evresini de kutuplatrc
biimde etkiler. Eer evrede snrl bir elektronegatif yke sahip bir atom
(B) bulunuyorsa, o zaman H ve B arasnda bir etkileme olanak kazanr.



Atom ve Gruplar R (nm)
H 0,12
O 0,14
N 0,15
C 0,17
S 0,18
P 0,19
OH 0,14
NH
2
0,15
CH
2
0,20
CH
3
0,20
Aromatik halkalar 0,17

Tablo 2-1. Baz atom ve atom gruplarnn van der Waals yar
aplar.

Bu etkileim iyonik badakinin aksine zgn bir ynelim gsterir. Ortaya
kan ve hidrojen ba olarak tannan bu ban kalmll B moleklnn
tad elektronegatif ykle orantldr. Hidrojen ba genellikle noktal
bir izgiyle gsterilir:

oA
-
- oH
+
........ oB
-

ekil 2-7de hidrojen balarnn eitli rnekleri grlmektedir.



\ /
C = O H N
/ \

Bir karbonil grubu ile bir imino grubu arasnda (iki peptit grubu
arasnda)

\
C = O H O
/ \
H

Bir karbonil grubu ile su moleklnn bir hidrojen atomu arasnda

OH O
-

\
C
//
O

Bir hidroksil grubu ile ykl bir karboksil grubu arasnda

H
,
N
+
H O
-

, \
H C
//
O
Ykl amino ve karboksil gruplar arasnda

ekil 2-7. Hidrojen balarna eitli rnekler.

Hidrojen balarnn enerjisi (3-7 kcal.mol
-1
), van der Waals
balarnn ortalama enerjisine (l kcal.mol
-1
) oranla daha yksektir.


Hidrojen balarn oluturan atomlarn zgn biimde birbirine ynelik
olmas, bu olduka yksek ba enerjisinin bir nedenidir. Buna karlk
kovalent ba enerjisine (genellikle 50-100 kcal.mol
-1
) oranla hidrojen
bann olduka zayf olduu grlr.
Hidrofobik etkileimler: Metan (CH
4
) gibi hidrokarbon moleklleri,
ba oluumuna katlan elektronlarnn eit olarak hidrojen ve karbon
atomlar arasnda paylalmalar nedeniyle, elektriksel bir kutuplama
gstermez. Byle molekller, polar su moleklleriyle hidrojen balar
kuramadklarndan, su iinde znme yeteneinden yoksundur. Su
evresinden kap aralarnda kmelenme eilimi gsterir (rnein
misellerin i blmnde) (ekil 2-8). Byle sudan kaan (hidrofobik)
gruplar arasndaki ekici gce hidrofobik ba ad verilir. Hidrofobik
balarn esasn apolar gruplar arasnda da oluabilen van der Waals
gleri oluturur. Hidrofobik balarn gc (3-4 kcal.mol
-1
), van der
Waals balarnn yansra bu gruplarn, su evresinden polar su moleklleri
tarafndan dlanmasndan kaynaklanr.
Tm deinilen kimyasal ba eitleri, Tablo 2-2de topluca, gleri
(oluum enerjileri) asndan, karlatrmal olarak gsterilmitir. Ayrca,
ekil 2-9da kovalent olmayan etkileim zellikleri toplu olarak
verilmitir.
Kovalent balarn aksine, oluumlar dk miktarda enerji
salnmyla gerekleen, kolayca yeniden krlabilen ve dolaysyla ok



ekil 2-8. Misel oluumu.

ksa mrl (10
-12
s) olan iyonik balar, van der Waals ve hidrojen
balar ile hidrofobik ilikiler zayf balar olarak gsterilir. Bu balar,
biyomolekllerin suyun polar ortamnda zgn boyutlu yaplarn
kazanmalarnda nemli rol oynar. Ayrca, biyolojik tepkimelerin n
aamalar, rnein enzimlerin tepkimeye urattklar substrat
moleklleriyle etkileimleri, bu tip zayf balarla gerekleir. Bylece,
biyoloji tepkimelerin zgnlnn yansra, yksek hz da gvenceye
alnr.

eitleri Ba gc
*
(kcal.mol
-1
)
Kovalent Ba 50-100
yonik Ba 5 (su ortamnda)
> 100 (kristal
yapda)
van der Waals Ba 1-2
Hidrojen Ba 3-7
Hidrofobik likiler 3-4
*) Oluumlar srasnda aa kan enerji (oluum enerjisi)
Tablo 2-2. Kimyasal balarn ba gleri.



ekil 2-9. Kovalent olmayan etkileim tipleri.



3. Radyoaktiflik ve n biyofizii
3.1. Atom ekirdei
Atom ekirdeinin iinde iki eit ana parack bulunur: Art
ykl olan protonlar ve yksz ntronlar. Protonlar, elektron ktlesinin
(=1,672648x10
-31
kg) 1840 katna eit bir ktleye (=1.6724x10
-24
g)
sahiptir. Ntronlarn ktlesi ise proton ktlesinden biraz daha fazladr
(=1.6747x10
-24
g). Buna gre, atom ktlesi ok byk oranda (neredeyse
btnyle) ekirdekte toplanmtr. ekirdein ktlesi, ierdii proton ve
ntronlarn ktlelerinin toplamna eittir. Proton ve ntronlar, nkleon
olarak da adlandrlr. Bir atomun protonlarnn says, yrngelerde
bulunan elektronlarn saysna eit olup, ayn zamanda atom saysn
belirler. Ntronlarla protonlarn toplam says ise atom ktle saysn
belirler. Geleneksel olarak atom says (Z) bir elementin simgesinin sol
alt, ktle says (A) ise sol st kesine yazlr.

A
X
Z

Proton ve ntronlarn saylar her zaman eit deildir. Ayrca, bir
elementin atomlarnn ktle says, ekirdeklerin ierdii deiik sayda
ntron nedeniyle deiebilir. Proton saylar (ya da atom saylar) ayn,
ancak ktle saylar farkl atomlar izotop olarak adlandrlr. rnein, en
basit element olan hidrojenin farkl ntron saylarndan kaynaklanan
deiik ekirdek yaps (izotopu) bulunur (Tablo 3-1).



erdii farkl ntron saysna bal olarak ekirdein enerji ierii de
deiir. Protonlara oranla daha az ya da fazla sayda ntron ieren
ekirdekler kalmszdr. Kendiliklerinden paralanarak baka ekirdek
trlerine dnme olasl ok yksektir. Paralama srasnda n olarak
salnan enerji nedeniyle bu tr izotoplar radyoizotop, kalmsz durumlar
ise radyoaktiflik olarak adlandrlr.

1
H Hidrojen : 1 proton, 0 ntron, ktle says 1,
1

2
H Dteryum : 1 proton, 1 ntron, ktle says 2,
1

3
H Trisyum: : 1 proton, 2 ntron, ktle says 3.
1

Tablo 3-1. Hidrojenin izotoplar.

3.2. Radyoaktifliin bulunuu
Radyoaktifliin bulunuu 1896 ylnda Fransz bilgini Henry
Becquerel (1852-1908)in, Rntgenin birka ay ncesinde kefettii
X-nlar zerinde yapt deneyler srasnda olmutur. X-nlar,
camdan yaplm elektronik lambalardan ktklar iin, Becquerel,
onlarn belki camn kk miktarda gsterdii fosforesansla ilgili


olabileceini dnmtr (ekil 3-1). Baz maddelerin k sourup
yava yava yeniden yaynlama zelliklerine dayanan fosforesansn, o
dnemde X-nlar gibi anlalmayan bir olgu olmas, Becquerelin bu
dncesinde etkili olmutur.
Becquerel, fosforesans etkisi ok gl olan potasyum-uranyum
slfat (KUSO
4
) kristallerini k geirmeyen kada sarl bir fotoraf
pla zerine yerletirmitir. Gne etkisiyle kristallerden pla
karartabilen nlarn kp kmadn renmeyi amalayan Becquerel,
havann bir iki gn kapal kalmas zerine, laboratuvarnn klarnn da
yeterli olabilecei dncesiyle filmi banyo edince, kristalin eklinde
kararm bir grnt bulmutur. Deney, tam karanlkta yinelendiinde,
ayn sonucu verince Becquerel, yeni bir n eidini bulmu olduunu
anlamtr.

ekil 3-1. X nnn oluumu:
A) Rntgene gre,
B) Becquerelin snamak istedii varsaymna gre.

Sarl filmin karartlmasnn scaklktan bamsz ve uranyum
miktaryla doru orantl olduu, ksa zamanda anlalmtr. Ayrca,
1898 ylnda, yine Pariste alan Polonyal aratrc Marie Curie


(1867-1934), uranyum cevherinden daha gl n yaynlayan, radyum
ve polonyum elementlerini kimyasal yntemlerle saflatrmtr.

3.3. ekirdek kuram
zotoplarn kalml, radyoizotoplarn ise kalmsz ekirdeklerinin
proton ve ntron saylar gzden geirildiinde, birka kural ortaya kar.
Periyodik cetveldeki atom ktle saylarndan proton (atom)
saylar karldnda, doada bulunan, ou kalml izotoplarn ntron
saylar elde edilir.
rnek olarak hafif elementlerden bazlar ele alndnda, kalml
ekirdeklerde ntron saylarnn proton saysna ya eit ya da bir olduu
grlr (Tablo 3-2).
rnek ar elementlerden seilirse, kalml izotoplardaki ntron
saylarnn proton saylarndan ok daha fazla olduklar grlr
(Tablo 3-3).
ekirdek kalmllnn incelenmesi iin periyodik cetvelden daha
elverili bir gsterge olarak nklitler cetveli kullanlr. Nklit, eit
proton ve eit ntron saylarna sahip atomlarn (ayn tr izotoplarn)
oluturduu kmedir. Nklitler cetvelinde kalml elementlerde ntron
saysndaki deiiklikler atom saylarnn bir ilevi olarak gsterildiinde,



Element

Atom arl

Proton says
Hesaplanan
Ntron says
H 1.0 1 1
He 4.0 2 2
Li 6.9 3 3 ya da 4
Be 9.0 4 5
B 10.0 5 5 ya da 6
C 12.0 6 6
N 14.0 7 7
O 16.0 8 8
F 19.0 9 10
Ne 20.2 10 10 ya da 11

Tablo 3-2. Baz hafif elementlerin proton ve ntron saylar.

proton ve ntron saylar tek ve birbirlerine eit olan hafif nklitlerin
dndaki kalml nklitlerin genelde nkleon saylarnn ift olduu
grlr. Ayrca, proton ya da ntron saylarnn belirli ift saylara eit
olmalar, nklide zel bir kalmllk salar. Bu sihirli saylar 2,8,50,82 ve
126dr. Bunun tesinde, kalml ekirdeklerde ntron saylar proton
saylarnn ilevi olarak gsterildiinde, bu nkleonlar arasnda zel
oranlarn korunduu bir eri ortaya kar (ekil 3-2). Bu eriye gre, ar
elementlerin kalml izotoplarnda ntron/proton oranlar aamal olarak
1/1 orannn zerindeki belirli kesir deerlerden geer.



Element

Atom arl

Proton says
Hesaplanan
Ntron says
Au 197.0 79 118
Hg 200.6 80 120 ya da 121
T 204.4 81 123 ya da 124
Pb 207.2 82 125 ya da 126
Bi 209.0 83 126

Tablo 3-3. Baz ar elementlerin proton ve ntron saylar.

ekil 3-2. Nklitler cetveli.



3.4. Radyoaktif paralanma ve nlar
Kalmllk erisinin deerlerinden sapan ve ok sayda (ya da ok
az sayda) ntron ieren nklitler, kalmsz ve radyoaktif nitelik
gsterir.
Eer ekirdekte ok sayda ntron bulunursa, bir ntronun
protona dnm sonucu eksi bir yk (bir elektron) salnr:

n p
+
+ e
-
+ v
Eer ekirdekte ok az sayda ntron bulunuyorsa, tersine, bir
proton, art ykl bir positronun salnmyla, bir ntrona dnr:

p
+
n + e
+
+ v
v(antintrino), v(ntrino) bu tip tepkimelerde aa kan ok
kk ktleli paracklardr. Atom ekirdeinin byle bir elektron ya da
positronun salnmyla geirdii dnm |-paralanma, aa kan
n da |-n olarak adlandrlr. Ayrca ok byk atomlarn
paralanmas srasnda helyum ekirdekleri (iki proton ve iki ntron) o-
n olarak aa kar.
ekirdek paralanmas srasnda aa kabilecek nc tip
n, ok ksa dalga boylu, (10
-4
-10
-2
), ok yksek enerjili bir
elektromanyetik dalga olan -ndr.
Yukardaki tanmlardan anlalaca gibi, o ve | nlar, -n-
larndan farkl olarak, elektrik ykl parack akmlardr. o-
nlarndaki yk art iki (2+), | nlarndaki ise eksi ya da art bir (1)
dir.


o nlar (ya da helyum ekirdekleri) byk ktleleriyle atom
dzeyinde top mermisi etkisi gsterebilirler. o nlarnn bu etkilerine
dayal olarak hafif elementlerin ekirdeklerinden proton nlarn aa
karmalar ilk kez 1919 ylnda gzlenmitir. 1932 ylnda o nlarnn
baka elementlerden ise ntron paracklarn kopartabildii grlmtr.
Tablo 3-4de doal ve yapay nkleer nlar topluca gsterilmektedir.
Radyoaktif paralanma reaksiyonlarna rnekler ise Tablo 3-5te
verilmitir.
Nitelii Tr Simgesi Bileimi Elektrik
yk
Ktlesi
(g)
Doal
nlar

Alfa

o
Helyum
iyonlar
(2n+2p)

+2

7,2x10
-
24

Doal
nlar

Beta

|
Elektronla
r
ya da
pozitronlar

1

9x10
-28

Doal
nlar

Gama

Elektro-
manyetik
n
(fotonlar)

0

0
Doal
nlar

Ntrino

v

Ntrinolar

0

10
-29

Yapay
nlar

Ntron

n

Ntronlar

0

1,8x10
-
24

Yapay
nlar

Proton

p

Protonlar

+1

1,8x10
-
24

Yapay
nlar

Dteron

d
Dteryum
iyonlar
(n+p)

+1

3,6x10
-
24

Tablo 3-4. Nkleer nlarn zellikleri.


o-Paralanma
238 4 234
U He
2+
+ Th
2-

92 2 90

| Paralanma

3 3
H He
+
+ |
-
+

v (anti-ntrino)
1 2

14 14
C N
+
+ |
-
+ v (anti-ntrino)
6 7

yukardaki rnee esas olan reaksiyon:

1 1
n p
+
+ e
-
+ v (anti-ntrino)
0 1

1 1
P n + e
+
+ v (ntrino)
1 0

Paralanma
234 234
Th + Th
90 90
Tablo 3-5. Radyoaktif paralanma reaksiyonlarna baz rnekler.


Ntron ve proton yaklak eit ktleye sahip olduklarndan, | nnn
salnmasyla gerekleen bir paralanma sonunda element ktlesinde (ve
ktle saysnda) nemli bir deiiklik ortaya kmaz. nnn salnmas
sonucu ise ktle says ve atom saysnda bir deiiklik ortaya kmad
gibi elementin bir dierine dnm de szkonusu deildir. Burada
yalnzca ekirdek dzenindeki olas bir deiiklikten sz edilebilir.
kan nlarn enerjisi reaksiyondaki nklitlerin enerji farkna eittir.
Alfa nlar, belirli bir izotoptan belirli bir iki enerji ile
yaynlanr. Uranyum-238, Toryum-234 ekirdeine dnrken, 4,18
MeV olan fazla enerjisinin tmn % 78 olaslyla, ya da fazla
enerjisinin 4,13 MeVluk blmn % 22 olaslyla o nna verir
(ekil 3-3). o partikl ikinci duruma gre daha yava frlatlrsa, yeni
olumu
234
Th ekirdei , en kararl haline gemek zere ayrca 0,05
MeVluk bir n da yaynlar.

ekil 3-3. Uranyum 238den kan n.



Beta radyasyonuna gelince, bazen benzer bir durum szkonusu
olabilir. ekil 3-4de
131
yotin olduka kompleks radyasyon emas
gsterilmektedir. Zaten gama n yaymadan bile her beta
yaynlaycsnn radyasyonu karktr. Beta yaynlayclar,
elektronlardan baka antintrinolar da karrlar. Bu tanecikler, ktleleri
kk olduu halde, paralanan ekirdein fazla enerjisinden byk bir
miktar tayabilirler.
Yaynlanan enerjinin toplam sabit, her paralanan ekirdek iin
ayn olan bir miktardr. Ancak, kan beta elektronu ile antintrino
arasndaki enerji dalm ansa baldr. Enerjinin tm bazen yalnz
biriyle, bazen de ikisi arasnda paylalm olarak kar.

ekil 3-4. yot-131den kan n.



Beta nnn enerjisi, bylece sfrdan balayp E
max
denen
maksimum n enerjisine dein uzanr. Bu dalm erisinin ekli basit
olan her |
-
yaynlaycs iin ayndr (ekil 3-5). Uygulamada saptanan
ortalama | n enerjisi (E
av
) istatistik hesaplarda,

1
E
av
~ E
max
(3-1)
3

eitlii ile gsterilebilir.
Gama nlar grld gibi, alfa ya da beta nndan geri kalm
enerjinin aa kmas sonucu oluur. Enerjileri ve enerjilerine dorudan
doruya bal olan dalga boylar, bu nedenle belirli bir izotop iin belirli
bir ka deer gsterir.

ekil 3-5. Ortalama enerji deerinin saptanmas.



3.5. Radyoizotoplarn zellikleri
3.5.1. Yarlanma sresi (Yar mr)
Paralanma skl kavram, fizikte bir devrim olarak ortaya
kmtr. Kvanta kuramna gre aklanan paralanma reaksiyonlarnn
eski fizik kuramlarna uymayan en ak zellii, meydana gelip
gelmeyeceklerinin belirsizliidir. Radyoaktif bir atomun ne zaman
paralanacan nceden kestirmek mmkn deildir. Paralanma sonucu
atomun hangi yolu izleyecei de ayrca belirsizdir. Fizikiler, kesin bilgi
yerine, yalnzca olaslklardan szedebilirler. rnein, trityum iin bir yl
sresindeki paralanma olasl % 7 olarak hesaplanr.
Olaslktan szedildiine gre, bir tek atomu deil, bir
poplasyonu gzlemek gerekir. Gzlenen poplasyondaki birey says
istatistiin kurallarna gre yeterliyse, poplasyondaki olay yzdesi bir
tek bireyin olay olasl olarak yorumlanabilir (ekil 3-6).
Bir radyoizotop rneinin ierdii atom ekirdeklerinin yarsnn
radyoaktif paralanm iin geen sre yar mr olarak tanmlanr. Bu
sre radyoizotopa gre saniyenin kesiri ile binlerce yl arasnda
deiebilir. Radyoaktif paralanma sklna baml olarak gerekleen
bu dnm, radyoaktif nklidin atomlarnn balca bir zelliini
oluturur. Radyoaktif nklidin herhangi bir atomu iin bu paralanmann
ne zaman olacan kestirmek szkonusu olmadndan (bu bir saniye
iinde ya da bin yl sonra cereyan edebilir) dnm ya da paralanma
hz radyoaktif atomlar iin geerli bir ortalama paralanma olasl ya
da katsays () ile anlatlr: Belirli bir zaman kesiti iinde (t),
deerine baml olarak bir radyoaktif elementin balangtaki
atomlarnn saysndaki (N
o
) azalma sonucu (N) sayda atom kalacaktr:


N
1n = 1nN-1nN
o
= -.t, (3-2)
N
o

ya da,

N = N
o
.e
-t
(3-3)

Yarlanma sresi ile balangtaki atom saysnn yar deere
indii sre tanmlandnda bu eitlik,

ekil 3-6. Bir tek radyoaktif atomun nceden ancak
paralanma olasl bilinebilir .
(A) Deney: statistik bakmndan yeterli byk
bir poplasyon gzlenir.
(B) Yorum: Tek bir atomun paralanm olasl.

N
o

N = = N
o
.e
-t
1/2
(3-4)
2



olacaktr. ki yanndan N
o
larn karlmas ve logaritmasnn alnmas ile
eitlik ile t
1/2
arasndaki banty anlatan yaln bir ekle indirgenebilir:

1
1n = -.t
1/2
(3-5)
2

1n2 = .t
1/2
(3-6)

0,693 = .t
1/2
(3-7)

0,693
= (3-8)

t
1/2

Yukardaki eitliklere gre, radyoaktif bir rnek iinde bulunan
radyoizotopun says azaldka, aktiflii (bkz.aada) orantl olarak
azalacaktr. ekil 3-7-de l mikromol karbon-14n azal erisi, hem
normal, hem de yar-logaritmik- olarak gsterilmektedir. Erinin ekli,
radyoizotoplarn aktifliinin azalmas asndan genel geerlilie
sahiptir.



ekil 3-7. Bir mikromol (6x10
17
) Karbon-14 (
14
C) atomunda ve
aktifliinde zamana bal azalma.
Bozunum erisi denen bu eit grafie deiik fen bilim dallarn
ilgilendiren birok konuda ayrca rastlanr.


ekil 3-7de iaretlenen t
1/2
karbon-14n yarlanma sresi yani
14
C atomlarnn saysnn yar yarya inmesi iin gerekli olan sredir.
Paralanma olasl () ne kadar bykse, t
1/2
o kadar ksa olur:

t
1/2
= 0,693/ (3-9)

Karbon-14 (
14
C) iin = 1,2x10
-4
yl
-1
olduuna gre,

0,693
t
1/2
= yl = 5800 yl.
1,2x10
-4

Fiziksel yar mrn yannda biyolojik yar mr de tanmlanr.
Biyolojik yar mr, organizmaya verilen bir radyoaktif
maddenin yarsnn dar atlmas iin geen sredir. Bu iki tanmn
birletirilmesi ile etkin (efektif) yar mr (t
et
) tanmlanr.

t
F
.t
B

t
et
= (3-10)
t
F
+t
B

Burada t
F :
fiziksel yar mr,

t
B
: biyolojik yar mr olarak
tanmlanmaktadr.



3.5.2. Radyoaktiflik
Radyonklitlerin tanm iin radyoaktiflik terimi, zaman kesitinde
(dt) gerekleen paralanma says (dN), kullanlr.

dN
A = . (3-11)
dt

Radyoaktiflik birimi olarak kabul edilen Curie (Ci), 1 g
Radyumda bir saniyede paralanan ekirdek says olarak tanmlanr:

Ci = 3,7 x 10
10
s
-1
(saniyede 3,7x10
10
paralanma).

Gnmzde uluslararas kabul edilen birim sisteminde SI
(Systeme International dUnites) Curie (Ci) yerine Becquerel (Bq)
kullanm da yaygnlamaktadr.

1Ci = 3,7x10
10
Bq= 37 GBq

Radyoizotoplarla almada radyoaktiflik olduka sk olarak
dakikada paralanma (desintegration per minute, ksaca dpm) terimi
ile anlatlr.

1 Ci = 3,7x10
10
x60 dak
-1

= 2,22x10
12
dak
-1

= 2,22x10
12
dpm


zgn aktiflik (spesifik aktiflik) ile ise ktle birimi, rnein mol,
bana den radyoaktiflik (Ci) anlalr:

A Ci
zgn aktiflik = ( ) (3-12)
m (mol)

zgn aktiflik deeri, bir radyoizotopun ya da bir radyoizotopla
iaretli molekln, uyguland denek iinde katld oluumlara,
ykmlara ya da iletisini etkileyen mekanizmalar saysallatrma
olanan verir.
3.5.3. Radyoaktif nlarn madde ile etkileimi (girginlii
ve iyonlatrc etkinlii)
Radyoaktif nlar, karlatklar molekllerin elektronlarn
yrngelerinden frlatacak enerjiye sahiptir. Elektronu frlatlm
molekl, pozitif ykl iyona dnt iin bu olaya iyonlama, onu
oluturan nlara da iyonlayc nlar denir. Radyoaktif nlarn enerji
dzeyleri ve ayrca nitelikleri (parack ya da elektromagnetik dalga
niteliinde olup olmamalar) onlarn maddeyle etkileim biimini,
girginlik ve iyonlatrc etkinliini belirler.
Elektromagnetik dalga niteliindeki -nlar maddenin
atomlaryla etkileiminde deiik yol izleyebilir. Dk enerjili
(< 0,5 MeV) -nnn tm enerjisinin bir elektron tarafndan emilmesi
ve bunun sonucu uyarlan elektronun yrngecinden frlatlmas
fotoelektrik olaya yol aar. Daha yksek (0,5 MeV-10 MeV) enerjili -
nlarnn elektronlarla arpmas elektronlarn yrngelerinden


sklerek frlatlmasna ve enerjisinin bir blmn yitirmi nn da
dalga boyu artarak yolundan sapmasna neden olur (Compton olay).
ift oluum olaynda ise, atom ekirdeine giren yksek enerjili -
nnn emilimi, ekirdekten bir elektron ve bir positronunun salmasna
yol aar. Elektron, evrede |-nlarna zg deiikliklere neden olur.
Positronun bir elektronla arpmas sonucu ise bu iki zt ykl partikl
yok olur ve buna kout olarak iki -n salnr (ekil 3-8).
Bu olaylarn hibirisinin gereklememesi ve -nnn enerjisini
yitirmeden maddenin iinden geip kmas szkonusu dier bir
olaslktr.
Ktlesel ve art ykl o-nlar atomlarn iinden geerken
dorusal bir yol izler. Yollar zerinde arptklar elektronlar
yrngelerinden koparak iyonlamaya yol aan o-paracklar
her arpma sonucu enerjilerinden bir blmn yitirir. Bir paracn
iyonlatrc etkinlii paracn ykne, ktlesine ve balangtaki
enerjisine doru ve hzna ters orantldr. Ktlelerine baml olarak
madde iinde alak bir hzla geen ve yollarndan saptrlamayan o-
paracklarnn elektronlarla arpma (ve buna baml olarak ta
enerjilerini yitirerek, durma) olasl ok yksektir. Buna gre, o-nlar
girginlikleri dk, iyonlatrc gc yksek radyoaktif nlar olarak
tanmlanabilir.
|-paracklarnn atomlarla etkileimi srasnda da, o-nlarnda
olduu gibi, madde iinde iyonlamalar meydana gelir. Enerjisini
arpmlar sonucu gittike tketen |-nlar sonunda madde tarafndan
sourulur. Bir elektronla ayn ktleye sahip olan |-paracnn merkezi


ekil 3-8. -nlarnn madde ile etkileimi.

bir arpma sonucu tm kinetik enerjisini arpt elektrona aktarp
onu yrngecinden koparabilir, ya da dokunduu elektronu
yrngecinden karmasnn yansra yoluna, ynn deitirerek, devam
edebilir. Bunun sonucu, |-paracnn madde iindeki yolu, o-
nlarnn dorusal yolunun tersine, sapmalar ve yn deitirmeler ile


gze arpar. o-paracklarnda olduu gibi, |-paracklarnda da, enerji
ve hzdaki azalmaya kout olarak iyonlatrc etkinlik artar.
Radyoaktif nlarn girginlii, nlarn kendi niteliklerinin
yansra girdikleri maddenin younluuna da bamldr. Atomlarn ve
atom elektronlarnn younluunun yksek olduu bir maddede, nlarn
girginlii (P) ya da eriebilecekleri uzaklk younluu dk bir
maddeden daha kktr. rnein
32
P-radyoizotopundan yaynlanan
|-paracklarnn su iindeki eriim uzakl E.U.

H
2
O = 0,8 cm iken,
alminyum iindeki eriim uzakl,

P

H
2
O 1
E.U.

= E.U. = 0,8 cm = 0,3 cm
Al H
2
O P 2,7
Al

olur. Radyoaktif nlarn eriim uzakl radyoaktifliin saym ve
biyolojik madde iindeki yerleri ve miktarlarnn saptanmasnda geerli
kural ve yntemleri belirleyen nemli bir faktrdr.
Radyoaktifliin belirtiminde radyoaktif nlarn iyonlatrc
etkisine dayanan Geiger-Mller tipi sayalar ya da, gnmzde kesinlik
gerektiren almalarda n plana gemi olan parlt (sintilasyon)
sayalar kullanlr.



3.6. Radyoaktif nlarn yol at kimyasal deiiklikler
Radyoaktif nlarn hcre iinde yol atklar olaylar, fiziksel,
(fiziko-)kimyasal ve biyolojik olmak zere balca evreden geer
(ekil 3-9). Fiziksel evrede n enerjisinin sourulmasna kout
olarak, yukarda anlatld biimde, iyonlamalar gerekleir. Bu evre
10
-13
s gibi ok ksa bir sre iinde tamamlanr.
Fiziko-kimyasal evrede uyarlm ya da iyonlam molekller
birbirleriyle ve (ya da) evrelerindeki molekllerle tepkileir. Yaklak
10
-6
s sren bu ikinci evrenin sonunda iyonlam molekller
yerlerini greli olarak daha kalml, ancak ok reaktif olan ve serbest
radikaller olarak adlandrlan molekler birimlere brakr. Gerek
iyonlama ve gerekse radikal oluumu ncelikle hcre ktlesinin yaklak
yzde 70ine karlk gelen su iinde gerekleir. Buna karlk, hcrenin
makromolekllerinin nlardan dorudan etkilenme olasl hcre
ktlesindeki paylaryla orantl olarak daha dktr. Ancak, radyoaktif
nlarn suyla etkileimi sonucu oluan iyonlar dolayl olarak bu
molekllerin de etkilenmesine yol aabilir. Normalde n etkisiyle
meydana gelen balca birincil paralanma rnleri,

H
2
O H
.
+ HO
.
,



ekil 3-9. Radyoaktif nlarn hcredeki etkilerinin
aamalar.

hidrojen (H
.
) ve hidroksil (OH
.
) radikalleridir. Hidroksil radikalleri
genelde radyoaktif nn bir elektronu aa karmasyla iyonlatrd
su molekllerinden trer:


o,|,
iyonlama
H
2
O H
2
O
+
+e
-
,

H
2
O
+
HO
.
+ H
+
.

Aa kan elektronun evredeki su moleklleri ya da hidrojen
iyonuyla birlemesi ise hidrojen radikallerinin oluumuna yol aar:

H
2
O + e
-
H
2
O
-
,

H
2
O
-
HO
-
+ H
.
.

Aa kan ve hidratlanm elektron, bir hidrojen iyonuyla
dorudan birleerek te hidrojen radikallerinin oluumuna yol aabilir:

(hidratlanm) e
-
+ H
+
H
.
.

Hidrojen ve hidroksil radikalleri ile serbest hidratlanm elektron
ok reaktif yaplar olarak bir sonraki evrede (kimyasal evrede) evreye
difzlenip, znm baka yaplarla tepkimeye girer. Bu reaksiyonlar
sourulmu n enerjisinin evreye dalmnda arac olur. Bu srete
yeni, ikincil radikaller oluabilir ve makromolekller (ve dier
biyomolekller) ikincil radikaller zerinden deiiklie urayabilir.
Oluabilen ikincil radikallerden biri znm oksijenden treyen
hidroperoksit radikali (H
2
O
.
)dir:


O
2
+ H
.
HO
2
.
, ya da ,
(hidratlam) e
-
+ O
2
O
2
-
,
O
2
-
+ H
+
HO
2
.
.

ki hidroperoksit radikalinin birlemesi ile greli bir kalmla
sahip, ancak oksitleyici etkisiyle biyolojik maddeye zarar verebilen
hidrojen peroksit oluur:
HO
2
.
+ HO
2
.
H
2
O
2
+ O
2
.
Radikallerin makromolekllerle (rnein protein ya da nkleik
asit (= RH)lerle) tepkimeleri sonunda makromolekl radikallerinin
oluumu gerekleir:

RH + H
.
R
.
+ H
2
,

RH + 0H
.
R
.
+

H
2
O ,

RH + H
.
RHH
.
,

RH + OH
.
RHOH
.
.
.

Makromolekl radikallerinin birbirleri ile ya da baka yaplarla
tepkimeleri genelde bunlarn biyolojik ilevlerinin yitimiyle sonulanan
yapsal deiikliklerle sonulanr.

R
.
A
.
+ B (paralanma)


R
.
+ O
2
ROO
.

(oksitlenme)
RHH
.
+ O
2
RHHO
2
.

R
.
+ R
.
R-R (apraz balanma)

R
.
+ H
.
RH
(eski duruma dn)
R
.
+ XH RH + X
.

3.7. Sourulan n enerjisi ile ilgili kavramlar
Madde iinden geen nn enerjisinin sourulmas yukarda
belirtildii gibi iyonlamaya, ayrca bunun tesinde fotografik ve
biyolojik etkilere ve s oluumuna yol aabilir. Madde tarafndan
sourulan enerji miktar gram bana erg (erg/g) ile anlatlr. Sourulan
n enerjisine ilikin olarak zamanla n dozu kavram gelitirilmitir.
Gnmzde n dozunun tanmnda genelde eit birim
kullanlmaktadr. Bunlardan; rntgen (R) nlama dozunu, rad
(radiation absorbed dose) sourulan enerji dozunu ve rem (rad x
relative biological effectiveness (RBE) = roentgen equivalent man
(rem)) canl sistemler tarafndan sourulan n dozunun anlatmnda
kullanlr.
Rntgen (R), X- ya da -nlarnn 0,001293 gram (= 1 cm
3
)
havada 1 esu miktarnda (art ya da eksi simgeli) elektrik yknn


oluumuna yol aan miktar olarak tanmlanr. Bu ayn zamanda gram
hava bana 86,9 erg (sulu ortamda ise 98 erg) sourulmu enerjiye
karlk gelir.
Rad (D), havadaki X- ya da -nlarnn miktarnn anlatmna
yarayan rntgen biriminin aksine, n eidinden bamsz olarak,
nlanan maddenin birim ktlesi bana sourulan enerji miktarn ya da
ksaca sourulan dozu anlatr. Bir rad, bir gram madde bana sourulan
100 erge karlk gelir (1 rad= 100 erg/g).
Buna gre, sv ortamda, rnein yaklak yzde yetmi orannda
su ieren hcrede (ya da byle hcrelerden oluan yumuak dokularda)
1 rntgen karl nlama yaklak 1 rad karl sourulan n
enerjisine eit olmaktadr. Ancak, rnein kemik dokusunda rntgen ile
rad arasndaki bu oran rntgen nlarnn foton enerjisine baldr. Tan
iin kullanmda 1 rntgen doza maruz kalmak 4 rad sourulmasna
karlk gelir. Bugn kullanlan yksek enerjili radyoterapide gerek
kemik, gerekse yumuak dokuda (veya su iinde) rntgen ve rad
arasndaki oran 1 olur. 1975te Uluslararas Radyolojik Birimler
Komisyonu (ICRU) MKS birim sistemine uyarak Gray (gy) birimini
kabul etmitir. 1 Gy, bir kg dokuda bir joule enerji absorplanmasna
neden olan n olarak tanmlanr. Buna gre, 1 joule= 10
7
erg
olduundan, 1 Gy= 100 raddr.

Ancak, belirtildii gibi, rad yalnzca X- ya da -nlarnn
sourulan enerjisi ile snrl bir doz birimi deildir, kapsamna o-
paracklar, |-paracklar, ntron ya da protonlarn sourulan enerjisini
de alr.


Deiik eit nlarn yol at biyolojik etkilerin farkl olmas
nedeniyle, bunlarn etkilerini karlatrlabilir bir ltte anlatabilmek
amacyla rem birimi kullanlmaktadr. Bir rem, bir rad X- ya da -nnn
karl dozun biyolojik edeeridir. RBE deiik nlarn etki
llerini karlatrmaya ynelik bir terim olup,

250 kV X-n dozunun yol at belirli bir biyolojik etki
RBE=
Ayn biyolojik etkiye yol amak iin gerekli baka bir n dozu

olarak tanmlanr.
Inn sourulmu enerji dozunun hznn (rad) hesaplanmasnda
belirli bir alana (cm
2
) birim zamanda den n miktar (foton ya da
parack says (N)), nlanma sresi (birim zaman (s)) ve nn enerjisi
(eV) ve n enerjisinin suda bir cm n yolu boyunca sourulma
oranndan (AE, MeV/cm) hareket edilir (Tablo 3-6). (N)in
hesaplanabilmesi iin ayrca n kaynann aktiflii (Ci ya da Bq) ve
hedefe uzaklnn bilinmesi gerekir. Bir elektron voltu (eV) 1 voltluk bir
elektrik alannda bir elektronun kazand kinetik enerjiye karlk gelir:

1 eV = 1,6 x 10
-12
erg ,

1 MeV = 1,6 x 10
-6
erg .
Sourulan enerji dozu hz,

= NAE MeV/cm
3
.s, ya da su iinde,


NAE
= MeV/g.s (
su
(younluk)= 1 g/cm
3
);

1 sa = 3600 s ,
1 rad = 100 erg/g,
NAE = 0,031 MeV/cm (Tablo 3-6)
olduuna gre, 1 fotonun (-n, 1 Mev) 1 saatte yol aaca
sourulmu enerji,
0,031 x 1,6x10
-6
x 3600
= rad.sa
-1

100

= 1,78x10
-6
rad.sa
-1
.= 1,78 x 10
-6
rem.sa
-1
.

3.8. Radyoizotoplarn aratrmalarda kullanm
Biyofiziksel ve biyokimyasal aratrmalarda kullanlan balca
radyoizotoplar Tablo 3-7 de verilmitir. ounluu |-tr ve greli
olarak dk enerjili n salan bu radyoizotoplar zellikle metabolik ve
kaltmsal olaylarn molekl dzeyde aratrlmasnda geni uygulama
bulur. Radyoaktif iaretleme biyolojik etkinliini deitirmediinden,
radyoizotop iaretli bir molekl tpk normal, iaretsiz benzerlerinin



E(MeV) AE(MeV/cm)
0,2 0,006
0,5 0,016
1,0 0,031
1,5 0,042
2,0 0,052
3,5 0,060

Tablo 3-6. -nlarnn her cm n yolu boyunca
sourulan enerji oranlar (AE).

getii dnmleri izler. ncl bir madde yapsndaki atomlardan biri
radyoaktif olacak biimde sentezlenebilir. Bu tr radyoaktif maddenin
varlnda tutulan hcrelerde dnm sonras ortaya kan radyoaktif
rnler belirlenebilir. Bylece, bu dnmlere esas oluturan
reaksiyonlara k tutmak olasdr.
Ayrca, kullanlacak radyoizotop ve ncl maddeye bal olarak
(makro)molekller zgn biimde iaretlenebilir.
Radyoaktif maddelerin kullanmnda deneyin hcre dzeyinde ya
da hcreden yoksun bir sistemde yaplmasna bal olarak farkl yollar
izleme zorunluu olabilir. Bunda zellikle fosforillenmi (ykl)
molekllerin hcre zarndan geememeleri belirleyici olur.
32
P ile iaretli
ATP (=
32
P-ATP) bu nedenle hcre deneylerinde kullanlamaz. Ancak,
hcre zarndan kolayca geip, dnm sonucu ATP moleklne
girebilen (
32
PO
4
3-
) hcre deneylerinde yaygn biimde kullanlr.



Radyonklit

Yarlanma
sresi

In tr
In
enerjisi
(MeV)
Suda
erime
uzakl
(cm)
H-3 12,1 yl
|
0,018 8x10
-4

C-14 5568 yl
|
0,155 3x10
-2

Na-24 15 saat |(ve ) 1,39 0,21
P-32 14,2 gn
|
1,71 0,80
S-35 87 gn
|
0,167 3x10
-2

Ca-45 164 gn
|
0,254 7x10
-2

Fe-59 45 gn |(ve ) 0,46(0,27) 0,18
I-131 8,1 gn |(ve ) 0,34(0,61) 0,25

Tablo 3-7. Biyofiziksel ve biyokimyasal aratrmalarda
kullanlan baz radyonklitlerin zellikleri.

Hcre dzeyinde yaplan deneyler sonularn grntlenmesi ya
da saysallatrlmasna ynelik olarak dzenlenebilir. Sonular
grntlemeyi hedefleyen deneylerde otoradyografi yntemi kullanlr.
Bu yntemde iaretleme sonras rnekler (doku kesitleri ya da
elektroforez sonras kurutulmu gel rnekleri) sk temasta olacak ekilde
fotoraf filminin stne yerletirilir ve karanlkta (radyoaktiflik ieriiyle
ve kullanlan radyoizotopun enerjisiyle) uygun bir sre bekletilir. Banyo
sonras filmin zerinde kararm blgeler radyoizotopun yerletii hcre
(doku) kesimlerini ya da (elektroforez gellerinde) radyoaktif iaretlenmi
proteinleri (ya da nkleik asitleri) gsterir (ekil 3-10).



ekil 3-10. Radyoaktif (
32
P) iaretlenmi E.coli
hcre proteinlerinin 2 boyutlu PAGE
elektroforez sonucu otoradyogram.

Saysallatrmaya ynelik deneylerde ise radyoaktif olarak
iaretlenen hcre kesimi (ya da makromolekl) bir saflatrma ileminden
sonra zel sayalarda (bkz.aada) sayma tabi tutulur. Bu tr deneylerin
sonularnn yorumunda radyoaktif iaretli maddenin hcre ierisinde
benzeri souk, iaretlenmemi moleklle karmas sonucu zgn
aktifliinde meydana gelecek azalma gznne alnr. Hcreler ortama
eklenen radyoaktif madde ile dengeye ulancaya dek uzun bir sre
tutulabilecei gibi (equilibrium labelling), ksa sreli bir iaretlemeye
de tabi tutulabilir (pulse labelling). Ksa sreler iin ortama eklenen
ncl nitelikli radyoaktif maddelerin varlnda zellikle dnm hz
(turnover-rate) yksek olan moleklleri iaretlemek olanakldr.


Radyoaktif maddenin tekrar ortamdan uzaklatrlmasndan sonra iaretli
molekllerin radyoaktiflik ieriinin zaman iindeki azalmasn izleyerek
onlarn dnm/ykm hzlar da belirlenebilir (pulse chase)
(ekil 3-11).

ekil 3-11. Pulse chase yntemi.

Radyoizotoplarla iaretli maddeler hcreden yoksun sistemlerde
(rnein deney tpnde) de ok yaygn biimde kullanlr.
32
P-ATP ya
da
35
S-dATPnin kullanm ile deney tpnde protein ya da nkleik
asitlerin enzimatik yollarla fosforillenmesini izlemek ya da onlar
radyoaktif iaretlemek olanakldr. Bu ekilde iaretlenen
makromolekller saflatrlarak ikincil reaksiyonlar izlemek iin
kullanlabilir (ekil 3-12 ve ekil 3-13).
Radyoaktif iaretli ncl molekllerin kullanm ile pek ok
biyosentez olay molekl dzeyde incelenebilir. rnein
3
H,
14
C ya da
35
S (metyonin) iaretli amino asitlerle protein sentezi,
3
H,
14
C ya
da



ekil 3-12. Southern emdirim (blot) yntemi.

32
P iaretli nkleotitlerle nkleik asitlerin biyosentezi incelenir.
Gnmzde klinikte ok yaygn olarak kullanlan RIA


(radioimmunoassay/radyobaklk testi) de,
125
I iaretli maddelerin
kullanmyla, bu maddelerin rneklerdeki miktarlar ok duyarl biimde
(rnein ng dzeyinde) belirlenebilmektedir.

ekil 3-13. o-
35
S-dATP ile iaretleme sonras DNA dizileme
sonularnn otoradyografik deerlendirilmesi. 1 ve 2
numaral bulgular ayn rnekten iki farkl uygulamayla elde
edilmitir.

3.9. Radyoizotoplarn belirtiminde kullanlan yntem ve aralar
Inlarn film karartmas zellii, bugn de radyoizotoplarn tam
yerini saptamak iin uygulanan ve yukarda rneklenen otoradyografi
tekniinde nemlidir. almalarda radyoizotop nlarnn varln
derhal belirten bir alet gerekebilir. Modern radyoizotop laboratuvarndaki
genel kontrol iini, nlarn iyonlatrc etkilerine dayanan Geiger-
Mller sayac grr. Radyoizotoplarn saysal belirtimi iin en uygun
ara ise, -nlarn a eviren sintilasyon sayalardr.
Otoradyografi ynteminde k geirmeyen kada sarl fotoraf
filmi kontrol etmek istediimiz rnee dorudan uygulanr. Uygun bir


poz sresi getikten sonra film banyo edilir. rnein radyoizotop ieren
blgesi karsndaki film blgesinin kararm olduu grnr.
rnek olarak filmle temas ettirilmesi kolay yass organlar olan
yapraklara sahip bir bitki alalm. Fosfat iyonu bitki kknden yapraklara
geebilir mi? Bu soruyu yantlamak iin
32
P izotopu ile iaretlenmi
fosfat bitkinin suyuna ekleriz. Sulandktan birka saat sonra bitkinin bir
yapran koparp sarl filmin stne koyarz. Yapran kenarlar
kvrlmasn diye de stne ar bir kitap brakp (ekil 3-14 ), filmi
birka gn sonra banyo edince yantmz kesin olarak alrz. Filmde
yapran tam bir grnts

ekil 3-14. Otoradyografi.
olutuundan,
32
Pyi ieren fosfat iyonlarnn yapran her tarafna
daldn anlarz. Kontrol olarak
32
P vermediimiz bir bitkinin yapra
altnda kalm film ise beklediimiz gibi saydam kar.
kinci rnek olarak, mikroskopik bir kesitin otoradyografisini
dnelim. Yantn istediimiz soru u olsun: Kromozomlardaki DNA,
mitoz srasnda m, yoksa mitoz blnmelerinin arasnda m oalr?
Hcreleri sk mitoz yapan bir dokuya iaretli DNA yaptalar verirsek
sorumuzun yantn belki alabiliriz. aretli yapta olarak DNAda
bulunan, fakat RNAda bulunmayan timidini seeriz. Timidin, deiik
kalntlar radyoizotoplarla iaretlenmi olarak salanabilir.


Mikroskopik otoradyografiye uygun olarak nlar az enerji ile
yaynlayan
3
H (trityum) izotopuyla iaretli timidini yelenir.
Kromozomlar, en youn hale geldikleri metafazda incelenmeye
elverili olur. Bu nedenle, radyoaktif
3
H-timidinden baka dokunun
ortamna kolisini de ekleriz (ekil 3-15a). Bu maddenin i
iplikiklerinin olumasn nleyerek, mitozu tam metafaz aamasnda
durdurma yetenei vardr.
aretli timidin ile kolisini koyduktan 12 saat sonra dokuyu
iaretsiz ortamla ykayp lama koymaya hazrlarz (ekil 3-15b). Aslnda
renksiz olan kromozomlar grebilmek iin preparat standart histolojik
teknikler kullanarak boyarz (ekil 3-15c). Mutlak karanlk bir odada
preparatn stn, piyasada stripping film olarak tannan kvrlabilen
zel bir filmle kapatrz. Bylece elde edilen sandvi, bir hafta kadar
sk kapal bir kutu iinde bekletilir. Bu poz srecinde radyoaktif
ekirdeklerden kan nlar, filmde kararm noktalar oluturur.



ekil 3-15. Kromozom DNAsnn otoradyografisi.
a) Hcreleri yksek mitotik etkinlik gsteren
dokunun bulunduu ortama kolisin ve
radyoaktif iaretli timin eklenir,
b) 6 saat sonra radyoaktif ortam uzaklatrlr,
doku temiz ortamla ykanr;
c) Histolojik tekniklerle hazrlanm doku lama
konur, Preparat zgl bir kromozom boya-
syla boyanr;
d) rnein stne film konur;
e) Preparat, k geirmeyen bir kutuya konur;
f) Preparat, film banyolarndan geirilir;
g) Preparat, mikroskop altnda incelenir.
Preparat, film lamdan karlmadan, karanlkta normal fotoraf
banyolarndan geirilir (ekil 3-15f). Bu banyolar, preparattaki boyanm
kromozomlar etkilemez. Preparat mikroskop altnda incelenirken
(ekil 3-15g) kromozomlar ya da zerlerindeki kararm noktalar odak
ayar deitirilerek tam net hale getirilebilir. Derste gsterilen slaytlar
orta bir ayarla ekildiinden, hem kromozomlar, hem de kararm
noktalar grlebilmektedir.
zerinde kararm noktalar grlen hcrelerin kromozomlar, bu
12 saat sre iinde DNAlarn oaltmlardr. Diyelim ki,
incelediimiz, mitozlar metafazda durdurulmu birka hcreden aa
yukar yars, bylece iaretli grnr. Dier yarsnda kromozomlar
grrz, fakat zerlerindeki film noktaszdr. Bu sonucu orantl daire


grafii ile gsterebiliriz (ekil 3-16). Kolisinin ortamda 12 saat
bulunmasn dairenin mitozdan nceki 12 saatlik ksmn tarayarak
gsteriniz. Deney baladnda, bulunan tm hcreler, mitoz evresine
gelip metafazda kalrlar. Bunlardan ancak yars iaretli ktna gre, bu
ksmn ilk yarsn ayrca soldan saa tararz. Deney baladnda, tek
taramal aamada bulunan hcreler iaretsiz kaldna gre,
kromozomlardaki DNAnn mitozdan aa yukar 6 saat nce
oaldn anlarz.
Bu yntem, ocuk kliniklerinde, insan genetii (sitogenetik)
servislerine birok kromozomal hastaln tansnda kolaylk getirmitir.
yonlama olayna dayanan radyoaktiflik belirtim aralarndan sis
kameralarnda meydana gelen iyon, younlama ekirdei grevini
yapar. yon toplama aralarnda ise, bir gazda meydana gelen iyonlar, iki
elektrodun dearj olmasna sebep olur. Geiger-Mller sayalar, bir eit
iyon toplama aracdr.
yon toplama aralarnda gelen nlarn oluturduu pozitif
iyonlar, silindir eklindeki kabn negatif ykl kenarna ekilir.
Yrngelerinden frlatlm elektronlar ise, tel eklindeki anoda doru
devinir. Silindirik katodu ile tel anodu arasndaki potansiyel fark, 100-
500 V olursa araca orantl saya, 1000-2000 V olursa Geiger-Mller
sayac denir.



ekil 3-16. DNA oalmas ve mitozun orantl grafii.
Balangta taranm ksmda bulunan her hcre,
deneyin 12 saat sresinde mitoza balayp
mikroskop altnda kromozom topluluu olarak
grlecektir. Onlardan ancak ift taranm
ksmdakiler ayrca iaretli olacaktr.

Alet orantl saya olarak kullanld takdirde, frlatlan
elektronlara birka 100 elektron voltluk kinetik enerji kazandrlr (bir
elektron volt, bir elektronun bir voltluk potansiyel farkndan gemesiyle
kazand enerji miktardr).
Devinen bir elektronun 34 eVluk enerjisi bile, karlat bir
atomu iyonlatrmaya yetmediine gre, ikinci iyonlama
olaynn
birka kez meydana gelmesi beklenecektir. Inn enerjisi de binlerce
elektron volt dzeyinde olduuna gre, ikinci iyonlama her ndan
sonra nn enerjisiyle orantl olarak yzlerce kez yinelenebilir.
Devreden gelen akm ise, radyoaktif rnekten gelen n enerjisiyle
orantl olur (ekil 3-17).
Bu tip alet Geiger-Mller sayac olarak altnda, tel ile kap
arasndaki voltaj o kadar yksektir ki, birinci iyonlamaya neden olan


n enerjisi artk nemsiz kalr. Enerjisi az olsun, fazla olsun, Geiger
tpne giren her n, devrede esasen ayn akm meydana getirir (ekil
3-17). Bu zellik baz iler iin bir saknca saylabilir, ancak yksek
voltajn kazandrd duyarlk yksek olduu iin Geiger sayac, kontrol
ve kaba belirtim ileri iin en yaygn kullanlan bir alettir. Portatif
kontrol metresi halinde Geiger sayac, radyoizotoplarn kullanld her
klinik ve laboratuvarda bulunur.
nc bir eit iyon toplama arac olan iyonlama
kamerasnda, anot, ubuk eklinde bulunur, uygulanan potansiyel fark
da 100 volttan az olur. Bu aralar, en ok dolmakalem eklinde yaplp,
radyoaktif maddeler ya da X nlaryla alanlarn ceplerinde bulunarak,
radyasyonun bir n lmnde kullanlr.



ekil 3-17. a) Geiger-Mller tpleri nlar tarafndan iyon-
laabilen bir gazla doludur.
b) Bir n tpe girdiinde, iyonlamaya
yol aar. 1000 V civarnda pozitif potansiyel-
de tutulan merkez elektrod btn gaz iyon-
laana kadar elektronlar eker.
c) Bu srada merkez elektrottaki voltaj dmesi
grafikteki gibi olur ve devreden akm geer. Bu
srada daha ar iyonlar d duvara gider.
d) 400 s sonra tp iindeki gaz ilk durumuna
(ntr) dner.
Geiger sayacnn br dk voltajl akrabas olan orantl sayacn
yerini, son 30 ylda bundan sonraki ksmda tantlacak olan sintilasyon
sayalar almtr.
Sintilasyon (parlt) sayalar, bugn izleme tekniinde kesinlik
isteyen her belirtim ii iin kullanlr. Bu tip aletler sintilatr denen
bileiklerin iyonlayc emdikten sonra, onun enerjisinden bir ksmn
yeniden k olarak yaynlama zelliklerine (fluoresans olayna) dayanr.
Yaynlanan n iddeti de, orijinal nn enerjisiyle orantldr. I
kaydederek elektrik gz grevini, esas foto-elektrik etkisi olan bir
fotosel (fotohcre) grr (ekil 3-18). Sintilasyon sayalar, aslnda
ancak fotooaltc diye adlandrlan daha duyarl bir fotohcre
tipi bulunduktan sonar yaygnlamaya balamlardr. Fotooaltclarn



ekil 3-18. Fotooaltc tbnn kesiti.

katotlarnn bnyesinden yalanc pulslar (akm atlar) ktndan
dolay, bu hcreler ift olarak kullanlr (ekil 3-19). ift olay devresi,
ancak her iki fotooaltcdan birden ald gerek pulslar puls
ykseklii inceleme devresine geirir. Bu inceleme devresi ise, aleti
kullanann ayarlanmasna gre ykseklikleri belirli snrlar arasnda
bulunan pulslar saylmaya gnderir. Saya aletinin asl sayc ksm, bir
say leidir. Bunun zel 10 pozisyonlu magnetron tpleri, inceleme
devresinden gelen pulslar sayar. nceden ayarlanm bir zaman sresi
sonunda elde edilen say, elektronik beyinlerdekine benzer bir blme
devresinde zamana blnr. Veri, zaman diliminde saym cinsinden
rakam ya da grafik olarak kaydedilir.



ekil 3-19. Bir sintilasyon dedektr sistemi. PMT,
fotooaltc tp.
Sintilatrler, tayin edilecek olan n cinsine gre, likit ya da kat
halde seilir. Likit sintilatr olarak toluenin dier baz organik
bileiklerle karmas kullanlr. Bu likit karmas dorudan doruya rnek
tpne eklendii iin,
3
H ve
14
C gibi yaynladklar beta nlar ok zayf
olan izotoplar, likit sintilasyon sayalarnda tayin edilebilir. Bu ara,
biyokimya ve molekler biyoloji aratrma laboratuvarlarnda artk
demirba haline gelmitir.
Kat sintilatr olarak, talyum (atom numaras 81 olan element) ile
bulam sodyum iyodr kristalleri en ok kullanlr. Bu NaI (T1)
kristalleri U eklinde yaplarak rnek tp dorudan doruya kristalin
iine yerletirilen kuyu tipi alet meydana gelir. Kullanlmalar likit
sintilasyon sayalarndan kolay olduu halde, bunlar ancak enerjileri
fazla | nlar iin kullanlabilirler.
3-10. Radyoaktif nlarn tan ve saaltmda kullanm
Radyoaktif nlarn saaltmda kullanm iki ekilde yaplr.
Cobalt-60n yaynlad gl nlar tmr bulunan organa odaklanr.
Bu blge belli bir sre nlanarak kanserli hcrelerin ldrlmesi


salanr. Salkl dokunun zarar grmemesi iin vcudun dier blgeleri
kurun maskelerle korunur. Tmrn btnnn yok edilmesi iin
hesaplanan doz, blnm dozlar halinde gnlere yaylarak verilir.
rnein bir tmr yok etmek iin hesaplanan doz 4000 rad ise, bu doz
gnde 400 rad olmak zere 10 gne yaylarak uygulanr.
Radyoizotoplarn saaltmda ikinci uygulama ekli belirli
elementlerin kritik organlarda toplanmas esasna dayanr. yot ya da



Tablo 3-8. Tanda kullanlan balca radyoizotoplar ve dozlar.

teknezyumun radyoizotoplar tiroit bezinde toplanr. Tablo 3-
8de grlecek dozlarda verilen bu radyoizotoplar, tutuklandklar organ
iindeki tmr dokusunu nlayarak kanser hcrelerini ldrrler.
Tanda radyoizotoplarn kullanmnda ayn dnceden yola
karak, bir radyoizotopun yaynlad nlar vcut yzeyinden
kaydedilerek, radyoizotopun hedef organ iindeki deiik younluktaki
toplanma blgeleri yaplan kaytlarla belirlenebilir.
Klinik almalarnda bu esasa dayal olarak sintigrafi aleti
kullanlr (ekil 3-20 ve 3-21). Bunun yazcs ve sintilasyon
kristali birlikte gezdirilebildii iin, meydana gelen grafik,
hastann vcudunun tam bir radyoaktiflik haritasdr (ekil 3-22).
Sintigrafi, vcut yzeyine yakn organlardaki tmrlerin yerlerini
belirlemeye zellikle uygundur. ekil 3-20de grld gibi, radyoaktif
iaretli bir izleme maddesi normal olarak dokuya balanrsa tmr,
radyoaktiflii olmayan bir souk blge olarak gzlenir. Eer
tmr blgesinde, izleme maddesi ncelikli olarak toplanrsa
scak blge dikkati eker.



ekil 3-20 izgisel tarayc.
Sintilasyon dedektr bir ampule mekanik bir
balant ile paralel alacak ekilde balanr.
Dedektr hedef organ zerinde paralel izgiler
zerinde belirli hzlarla hareket ederken, lambada
bir film kad zerinde ayn hareketleri yapar.
Dedektrn zerine den nlarnn oluturduu
elektrik pulslar film zerinde lambann iddetine
gre karartlm noktalar eklinde ilenerek hedef
organn iaretli elementi (
131
I

gibi) yakalama
younluklar belirlenir. aretli elementi az
yakalayan blgeler az noktal ve ok yakalayan
noktalar daha karanlk olarak film zerinde
belirlenir. Ak renkli blgeler souk, koyu
renkli ok noktal blgeler scak olarak
isimlendirilir. Bu blgelerin tmr olma olasl
deerlendirilir.


ekil 3-21. Gama kamera ve elemanlar.
NaI(T1) kristalinin stne konumlandrlm
20 adet fotooaltc tpler bir kurun
muhafaza iine konmutur. Gama nnn
kristale gelmesi ile oluan prlt kendine en
yakn fotooaltc tpte ok byk,
uzaktakinde ise ok zayf bir akm oluturur.
Oluan bu akmlarn yeri x, y dzleminde
sinyal ileyicide belirlenerek osiloskoba
gnderilir ve bu kamera ile film zerine
kaydedilir.



ekil 3-22 . Bbrek taramasnda yer alan devreler.
Yukardaki devre genellikle tek bir
modle monte edilir. Genellikle, ayn
zamanda farkl bir nitede dier bbrein
ilevi llr



3.11. In Biyofizii
Radyoizotoplarn bozunumu srasnda salnan -nlar, tpk
X-nlar, mortesi, grnr ve kzlalt k, mikrodalgalar ve
radyodalgalar gibi elektromagnetik dalgalardan oluur. Elektromagnetik
nlar dalga zelliklerinin yan sra tanecik zellikleri de gsterir. Bu
balamda, nn (bolukta) yaylmas, atomlar tarafndan sourulmas ya
da salnm belirli enerji paketleri (=n enerjisi kvantlar ya da fotonlar)
zerinden gerekleir.
Foton enerjisi, elektromagnetik nn dalga skl (frekans) ya da
dalga sklnn ters (resiprok) deeri olan dalga boyu () tarafndan
belirlenir. Logaritmik ltte verilen sralamada grlebilecei gibi,
elektromagnetik spektrum dalga boylar 10
-12
(10
-11
)cm (=kozmik nlar
ve -nlar) ile 10
-4
cm (=radyo dalgalar) arasnda deien ok farkl
enerji ierikli nlar kapsar (ekil 3-23).
Gnmzde n enerjisinin lt olarak dalga sklnn
yansra, artan lde, dalga says (v)da kullanm bulmaktadr. Dalga
says cm ile verilen dalga boyunun ters deerine karlk gelir:

1
v= . cm
-1
. (3-13)

rnein, 100 nm (=10
-7
m = 10
-5
cm

) dalga boyundaki bir
mortesi nn dalga says,



1
v
100 nm
= = 10
5
.cm
-1
.
10
-5
cm

ekil 3-23. Elektromagnetik spektrum.


Dalga skl (v) ise k hz (c) ile dalga says (v)nn arpm ile elde
edilir:
1
v = c.v= c. = 2,998 x 10
10
cm.s
-1
.v (cm
-1
) (3-14)

Dalga skl birimi, hertz, s
-1
ile ifade edilir: 1 hertz = saniyede
bir evrim (sikls) = 1 evrim.s
-1
). Yukardaki rnein dalga skl buna
gre,

v = 2,998 x 10
10
cm.s
-1
x 10
5
cm
-1
= 2,998 x 10
15
Hertz

Dalga sklndan hareketle, n enerjisi (n kvant ya da foton
enerjisi) (E) hesaplanr:

E = h.v. (3-15)

(h = Planck n kvant dursays= 6,627 x 10
-34
J.s).

Gene ayn rnee gre, 100 nm boyundaki nn foton enerjisi:

E = 6,627 x 10
-34
J.s x 2,998x10
15
s
-1

= 1,986 x 10
-18
J

Foton enerjisi, sklkla elektron volt (eV) olarak verilir:


1 eV = 1,602 x 10
-19
J
Buna gre,
E = 1,986 x 10
-18
J/1, 602 x 10
-19
J = 12,4 eV
Foton enerjisi genelde Einstein bana enerji (Einstein = 1 mol n kvant
(foton)) = 6,023x10
23
n kuvant) (N) olarak verilir:
E = N h v = N h c v
= 6,023 x 10
23
Einstein
-1
x6,627 x 10
-34
J.s. x 2,998 x 10
15
s
-1

= 1,196 x 10
6
J.Einstein
-1
= 1,196 x 10
3
kJ.Einstein
-1
.
Tablo 3-9da, nn belirtilen zelliklerinin lmnde kullanlan
birimleri topluca vermektedir.

Bolukta k hz c= 2,998x10
8
m s
-1

Ortamda k hz c= c/n n= krma indisi
Dalga says v= 1/; v (cm
-1
)= 10
7
/ (nm)
1 cm
-1
= 1 kayser
Frekans v= c/ = cv
v= (hertz) = 2,998x10
10
v
(cm
-1
) bolukta
Kuantum enerjisi E= hv= hcv
E (joule)= 1,986x10
-23
v (cm
-1
)
E (eV)= 1,240x10
-4
v (cm
-1
)
Einstein enerjisi E= Nhv= Nhcv
= 6,023x10
23
hcv
E (joule)= 11,961 v (cm
-1
)
E (kcal)= 2,859x10
-3
v(cm
-1
)

Tablo 3-9. In baz zellikleri.



In, foton enerjisini iinden getii maddede arpt atomlara
aktarr. Aktarlan foton enerjisinin miktarna gre elektron uyarlabilir
ya da atomundan sklebilir. Skm iin gerekli olan enerjinin
tesindeki enerji miktar aa kan elektronun kinetik enerjisine
dnr:
E = eI + eK (3-16)
(eI = skm ya da iyonlatrma enerjisi; eK= sklen elektronun kinetik
enerjisi). Fotoelektrik olay olarak tanmlanan bu olay, 3.5.3te
akland gibi, greli dk enerjili radyoaktif nlarn iyonlatrc
etkilerinin esasn oluturur. Tablo 3-10 baz atomik gazlarn iyonlama
enerjilerini gstermektedir. Enerji dzeyleri (>1 keV), radyoaktif
nlarn (ve de X-nlarnn) iyonlatrc etkilerinin nedenini ak
biimde ortaya koymaktadr (Tablo 3-11).
Gazn Tr yonlama enerjisi (eV)
Xenon 12,1
Oksijen 13,6
Kripton 14,0
Azot 14,5
Argon 15,8
Neon 21,6
Helyum 24,6

Tablo 3-10. Baz atomik gazlarn iyonlama enerjileri.



Foton tr Dalga boyu snrlar
(m)
Foton enerjileri
Gama n 4,7x10
-13
(en ksa) -0,300 MeV 2,6x10
6

X-n 1,6x10
-11
- 6,6x10
-8
-3,000 keV 19-7,4x10
4

UV-n 1,4x10
-8
- 3,8x10
-7
3,2 - 88 eV
Grnr blge n 3,8x10
-7
- 7,6x10
-7
-2,000 eV 6,6-3,2 eV

Tablo 3-11. Inlarn foton enerjilerine gre iyonlatrma
zellikleri.

Inn etkidii maddeye aktard enerji iyonlatrma enerjisinin
altnda olabilir. Bu durumda n enerjisinin madde tarafndan
sourulmas szkonusu olabilir. Ancak, enerjinin sourulmas atomlarn
enerji dzeyleri ile n dalga sklna (n enerjisine) bal olacaktr.
Maddenin dalga mekaniine dayal zelliklerine bal olarak atomlar (ve
elektronlar) basamakl ya da kesikli enerji deerleri ierir. Atomlar,
yalnzca bu belirli enerji dzeylerinde bulunabildiklerinden, nn
sourulabilmesi basamaklar arasndaki enerji farklarna karlk gelen
dalga sklklarnda olanakl olabilir. Uyarlma sonucu elektron st
basamaklardan birisine geebilir, ancak basamaklar dndaki bir ara
enerji dzeyine gei olanakl deildir. Uyarlmaya kout olarak, uyaran
ve uygun dalga sklndaki n sourulur. zet olarak, n sourmadan
nceki enerji dzeyi (E
1
), sourma sonras enerji dzeyi (E
2
) olarak
gsterildiinde,

E
2
- E
1
= hv = h.c.
-1
(3-17)


Belirtilen enerji basamaklar elektronun bulunabilecei farkl
enerji durumlarna karlk gelmektedir. Daha somut bir aklama ile, bir
molekln enerji dzeyi atomlar (ekirdekler) aras uzakla (r) bal
olarak deiir. ki atomlu basit bir sistem rnek alnacak olursa, enerjinin
belirli bir ekirdekler aras uzaklkta en dk dzeyde olduu grlr.
Bu uzaklk ayn zamanda iki atom arasndaki etkileimin ya da ban en
kalml olduu noktaya karlk gelir (Blm 2.1.2.2. ile karlatrnz).
Bu taban enerji deeri molekln elektron konfigrasyonu ve yrnge
dzeni tarafndan belirlenir ve molekln elektronik durumu olarak
tanmlanr. Uyarlma sonucu elektron bir st kabuktaki yrngee gei
yapabilir (elektronik gei). Molekl elektronik enerji dzeyinin tesinde
titreim (vibrasyon) ve daha kk dnme (rotasyon) enerjisi ara
deerlerine de sahiptir (ekil 3-24). Elektronik enerji deeri gibi titreim
ve dnme enerji deerleri de kvantlam durumdadr.

ekil 3-24. Basit bir diatomik moleklde enerji dzeyleri.
(Kaln izgiler, elektronik enerji dzeyleri; ince
dz izgiler, titreim enerji dzeyleri; ince ksa
izgiler, dnme enerji dzeyleri).



Dolaysyla gei uyarma enerjisinin karl olan dnme, titreim ve/ya
da elektronik geiler biiminde gerekleebilir (ekil 3-25).

ekil 3-25. Elektromagnetik spektruma gre bakr
ierikli protein hemosiyaninin grnr k
ve mor tesi sourum spektrumu.

3.11.1. Sourum (absorpsiyon) spektrometresi
Molekllerin sourma zellikleri, sourum (absorpsiyon)
spektrometresinin esasn oluturur. Yukarda da belirtildii gibi,
molekllerin yaplar (ve de iinde bulunduklar ortamlara) gre
sourma zellikleri deimektedir. Dolaysyla sourum spektrometresi
molekllerin yaplar ve evrelerine ilikin nemli bilgiler salar.


Grnr n rneinde olduu gibi, farkl dalga boylarnda,
dzlemlerde ve evrelerde (fazlarda) yaylan nlar topluca n demetleri
oluturur. zel ilemlerle (rnein kristal yaplardan geirilme sonucu)
bu tr n demetlerinden tek dalga boylu (monokromatik) k trleri
elde edilebilir (ekil 3-26). Ayrca ayn dzlemde yaylabilen
(polarlanm) n trleri, n kaynann zelliklerine gre de ayn faz
faktrl (koherent) n trleri benzer tekniklerle elde edilebilmektedir.
Sourum spektrometresinde bu tr ilemlerden geirilerek elde edilen ve
fiziksel zellikleri tanmlanm nlar kullanlr.
Bir maddenin zeltisinin farkl dalga boylarndaki n sourma
zelliklerine gre sourum (absorpsiyon) spektrumu belirlenir. Belirli bir
dalga boyundaki n iinden getii zeltide sourulan miktar
maddenin zeltideki deriimiyle orantldr. Bu zellik, szkonusu
maddenin zeltideki ieriinin belirlenmesini olanakl klar. Ik iin bir
zeltideki geirgenlik (transmitans (T)) ya da onun ters deeri olan
sourum (A) Bouguer-Lambeert-Beer yasasyla ortaya konmutur:

I
T = = 10
-clc
(3-18)
I
o

1 I
o

A = = -log T = log = c.c.l (3-19)
T I



ekil 3-26. Tek dalga boylu k trlerinin eldesi ve
spektroskopide kullanm.

(I
o
, zeltiye giren n iddeti; I, zeltiden kan n iddeti;
c = molar sourum (ekstinksiyon) katsays (litre.mol
-1.
cm
-1
); c = deriim
(mol.litre
-1
); l = n zeltide getii yol (cm)). Eitlik bylece bir
maddenin bilinen

c ve zeltisinin llen A deerinden deriiminin
hesaplanmasn salar.
Kzlalt (infrared) spektrometresi ekil 3-27de grld gibi,
titreim enerji deerlerindeki geilere ilikin bilgi verir. CO ya da
NH gibi belirli gruplarn zgn dalga boylarnda (1700 cm
-1
ve 3400
cm
-1
) gsterdii titreim enerji geileri nedeniyle bu teknik zellikle
makromolekllerin ikincil yaplarnn incelenmesinde geni kullanm
bulur. Grnr ve mor tesi k blgelerinde elektronik geiler izlenir.
Metal iyonlar ieren bileikler ve aromatik, heterosiklik ve ift bal
sistemler bu yntemle incelenir. Bu tr yaplar ieren makromolekller
(zellikle triptofan, tirosin, fenilalanin gibi amino asitler zerinden
proteinler, baz ierikleri zerinden nkleik asitler) ile yrtlen


aratrmalarda grnr ve mortesi spektroskopisi (daha ilerideki
blmlerde de grlecei gibi) nemli bir rol oynar.
3.11.2. Ilt (floresans) spektrometresi
Sourulan n tarafndan uyarlan molekl kazanlan enerjiyi
genelde s biiminde evreye aktarr. Ancak, baz koullarda, sourulan
enerji sonucu uyarlan bileik fazla enerjiyi lt (floresans) biiminde
salar. Sourulan enerjinin bir blm gene de s enerjisi biiminde
yitirildiinden, daha dk enerji dzeyindeki lt daha uzun dalga
boylarnda yansr (ekil 3-28a). Elektron uyarm sonucu bir
st
elektronik dzeye ve oradan da daha st derecede bir titreim
dzeyine geebilir. Titreim enerjisi fazlasnn snme sresi (~10
-12
s)
elektronik enerji deerinin snme sresinden (~10
-9
s) ok daha ksa
olduundan yalnzca elektronik geri dnn ltya dnmesi
olanakldr. Titreim enerjisinden yitirilen miktar ise bu durumda ltnn
daha dk enerji deerini belirler (ekil 3-28b).
3.11.3. Sirkler dikroizm
Absorpsiyon ve floresans spektroskopisi, biyomolekllerin
ikinci yaplar hakknda bilgi verme asndan yeterli deildir. Bu amala
teknik olarak polarlanm k kullanan sirkler dikroizm gelitirilmitir.
I polarlatrmak iin eitli yollar vardr. En bilineni dzlem
polarlatrma yntemidir. Ik elektromagnetik dalga olarak birbirine dik
elektrik (E) ve magnetik (H) alan bileenlerinden olumutur (ekil 3-
29). Eer k bir polarlaycdan geerse E vektr tek yne ynelebilir.
Bu ekilde E vektr dzlemi ile polarizasyon dzlemi belirlenmi k,
dzlem polarlanm k olarak adlandrlr (Tek dzlemde polarlanma).


ekil 3-27. Kzlalt spektrumu. Biyolojik molekllere zg kzlalt
(infrared) sourum bantlar. Sol lekte gruplarn kendi
balarna, sa lekte ise hidrojen ba kurmu
durumlarnda sourduklar dalga boylar grlmektedir.

ki dzlem polarlanm dalga bir eyrek (ya da yarm) dalga
boyunda farkl fazlarda ise st ste gelebilirler (ekil 3-30). Bunun
sonucu E vektr bir sarmal izerek dner. te n frekansna bal


olarak elektrik alann bu rotasyonu sirkler polarlanma olarak
adlandrlr.

ekil 3-28. a. Ilt (floresans)nn oluumu.
b. Tirosine zg floresansta uyarm
ve yaym (emisyon) spektrumu.

Oluan bu sirkler polarlanm kta elektrik alan ya saat ynnde ya da
tersi ynde dnebilir. Birincisi sa sirkler, ikincisi sol sirkler
polarlanm k olarak adlandrlr.
Birok biyomolekl asimetrik yapdadr. L- ve D-amino asitler,
sa ve sol protein sarmallar, sa ve sol nkleik asitler ift sarmallar gibi.
Bu molekller sourduklarnda sa ya da sol sirkler polarlanm



ekil 3-29. Dzlem polarlanm k.

Ik olutururlar. Sa sirkler polarlanm k sa o sarmal ile, sol
sirkler polarlanm ktan farkl biimde etkileime girer ve
sourumdaki sirkler dikroizm (CD) olarak adlandrlan farkll
dourur. Sourumdaki bu farkllk,.

A
C
-A
R

AA = , (3-20)
A

eitlii ile belirlenir. Eitlikte A
C
, sol sirkler polarlanm n
sourumuna, A
R
, sa sirkler polarlanm n sourumuna, A,
polarlanmam n sourumuna karlk gelmektedir.

ekil 3-30. Sirkler polarlanm k.

AA pozitif ya da negatif deerde olabilir. Bu nedenle sirkler
dikroizm spektrumu (CD spektrum), normal absorpsiyon spektrumundan
farkldr. Sirkler dikroizm spektrumu bir polipeptit iin deiik yaplar
gsterebilir (ekil 3-31).


3.11.4. Nkleer magnetik rezonans
Elektronlarn evresinde oluan magnetik moment gibi atomun
ekirdeindeki nkleonlarn da kendi evrelerinde dnme (spin)
hareketinden dolay bir magnetik moment oluur. Ntron ve protonlarn
magnetik moment deerleri (ntron iin -9,66x10
-27
Joule/Tesla, proton
iin 1,41x10
-26
Joule/Tesla) spinlerinin de birbirinden farkl
olmasndan dolay birbirinin etkisini ortadan kaldracak ekildedir.

ekil 3-31. Bir polipeptidin deiik konformasyonlarnn
CD spektrumlar.

Ancak tek sayda nkleonu olan atomlarn spinleri ek bir magnetik
dipol oluturur. Bu tip atomlar kk bir mknats olarak dnlebilir.
Canl sistemler H-1, Na-23, P-31, C-13, O-17, Fe-19 gibi tek sayda
nkleon ieren atomlardan meydana gelmitir. Bu atomlarn herbiri iin
bir magnetik moment deeri vardr. Dolaysyla bu ekirdeklerin herbiri


bir mknats olarak kabul edilebilir (ekil 3-32). Bu ekirdeklerin spin
eksenleri eitli dorultularda bulunur. (Bu magnetik momentlerin
bileenleri sfr kabul edilebilir). Byle ekirdeklerin bulunduu
sistemlere dardan gl bir magnetik alan uygulandnda ekirdeklerin
spin eksenleri ayn dorultuya gelirler. Ancak bu arada magnetik alan
dorultusunda topacn yalpalanarak dnmesi gibi presesyon hareketi
yaparlar (Larmour frekans ile titreme).

ekil 3-32. Bir magnetik alanda magnetik
moment deerleri.

Bu protonlara ayn frekansta bir radyo frekans (RF) dalgas yeterli
srede gnderildiinde ekirdekler bir enerji alr ve titreimlerinin
genlikleri artar. Dnme eksenleri 90 ya da 180 derece sapar ve aldklar
enerji ile tm ekirdekler ayn eksende presesyon hareketi yaparlar
(ekil 3-33). Bu olay magnetik rezonanstr. Burada rezonans magnetik


sistemin doal frekans ile d etkenin frekansnn uyum iinde olduunu
ifade etmektedir. RF dalgas kesildiinde nceki duruma dnmeye balar
ve evreye elektromagnetik dalga yayarlar. Bu dalgalar alc bobinler ile
llerek oluan deerler bilgisayarlarla deerlendirilir.

ekil 3-33. a) RF dalgas ile +2 ekseninden 90
o
C sapm
protonlar. b) RF dalgas ile +2 ekseninden
180
o
C saptrlp -2 ekseninde salnm yapan
protonlar.

te, bir magnetik sistem zerine uygulanan bir magnetik alanla,
bu sistemin sfrdan farkl magnetik momentinin etkileiminden doan
fiziksel olaylarn incelenmesi nkleer magnetik rezonans (NMR)
spektroskopi tekniini oluturur. Yukarda belirdildii gibi, magnetik
alan iindeki baz atom ekirdekleri belirli frekanstaki radyo dalgalar ile
uyarlrsa, sourduklar enerjinin bir ksmn radyo sinyalleri eklinde
yayarlar. Doal frekans, magnetik alan iindeki sistemin magnetik
momentlerin frekans olarak tanmlanr. D etkenin frekans radyo
frekans ya da mikrodalga enerjisi olabilir. Elektromagnetik spektrumun
radyo frekans enerji blgesine den doal frekansl magnetik rezonansa
NMR, mikrodalga enerji blgesine den doal frekansl magnetik


rezonansa da elektron spin rezonans (ESR) ya da elektron
paramagnetik rezonans (EPR) denir.
NMR grntleme yntemi olarak da kullanlr. Bu ama iin
durgun magnetik alana ek olarak bir alan gradyenti de gerekir. Bylece
magnetik sistemin (rnein) farkl ksmlar farkl iddette magnetik alan
etkisinde kaldklar iin farkl rezonansa ular. Sonuta elde edilen
NMR sinyalleri rnek iindeki farkl dorultularda uygulanmasyla,
rnein iki ve boyutlu grntleri elde edilir.



4. Hcre yaptalar
4.1. Giri
Kimyasal balarn oluumuyla ortaya kan molekllerin nemli
bir blm canllara zgdr. Biyomolekller olarak adlandrlan bu tr
molekller, temel maddeler olarak, dnyadaki 109 doal elementin
27sini, bunlar arasnda da, 16sn yaygn olarak ierir (Tablo 4-1). Bu
elementlerden biyomolekllerde zellikle yksek oranlarda bulunan
karbon, hidrojen, nitrojen ve oksijen ayn zamanda canl sistemlerin
zgn yap dzenlerini belirler. Birbirleriyle kolaylkla reaksiyona
girerek kalml, yeni bileikler oluturan bu elementlerden karbon,
nitrojen ve oksijen arasnda ift kovalent balar da kurulabilir.
Biyomolekllerin oluumunda n= 2 kabuunda doldurulmas
gerekli drt yrnge tayan karbon atomu, ok zel bir konuma
sahiptir. Karbon atomlar birleerek polimerleebilir ya da halkasal
molekller oluturabilir. Canl sistemlerin iskeletini oluturan bu tr
karbon bileiklerinde, bo yrngelerin kolonlarnn hidrojen, nitrojen,
oksijen ya da slfr atomlar tarafndan doldurulmasyla ortaya ok farkl
eitte molekl kar. Byle molekllerin merkezinde yer alan karbon
atomunun uzayda gen prizma eklinde dalm gsteren elektron
konfigrasyonu, biyomolekllerin karmak boyutlu yap dzenlerinin
oluumunda belirleyici rol oynar.
Yksek oranda hidrojen ierii, biyomolekllerin dier nemli bir
zelliini oluturur. Bu tr indirgenmi, yksek enerji ierikli molekller,
canl sistemlerde CO
2
, H
2
O ve N
2
gibi kk yaln molekllerden enerji
kullanm ile oluur.



Organik elementler Eser elementler
O Mn
C Fe
N Co
H Cu
P Zn
S B
Monoatomik iyonlar Al
Na
+
V
K
+
Mo
Mg
2+
I
Ca
2+
Si
Cl
-
Sn
Ni
Cr
F
Se

Tablo 4-1. Biyoelementler.



Karbon atomlarndan treyen biyopolimerler, canl sistemlerin
(hcrenin) ana yaptalar olan byk molekllere (makromolekllere)
karlk gelir. Molekl arlklar 10
3
-10
9
dalton arasnda deien
makromolekller canllarn zyaplar olup, hcrede, yukarda belirtildii
gibi, evreden alnan kk molekllerden bir biyosentez sreci so-
nunda oluur (Tablo 4-2). Makromolekller, lipitler, karbonhidratlar
(polisakkaritler), nkleik asitler ve proteinler olmak zere drt snf
molekl kapsar.
Makromolekllerin hcrenin altyaplarnn oluumunda oynadklar
yapta rollerinin yannda kendilerine zg grevleri vardr. Bu
balamda, nkleik asitler, kaltsal bilgiyi ifrelenmi biimde saklama ve
iletme grevlerini stlenmitir. Proteinlerin zel bir snfn oluturan
enzimler, hcre metabolizmasn yrten ve ynlendiren katalitik nitelikli
molekllerdir. Karbonhidratlarla lipitler ise, canllar iin gerekli enerjiyi
saklamakla grevlidir. Makromolekllere byle bir ilevsel adan
bakldnda, nkleik asit ve zellikle proteinlere karbonhidrat ve lipitlere
oranla daha aktif grevlerin dt grlr. Bu ilevsel farkllk,
nkleik asitler ve proteinlerin birden fazla eitte yap tandan olumas
ve yap talarnn bu makromolekllerde zgn biimde dizilmi
olmasndan kaynaklanr. rnein, nkleik asitler drt deiik eit
nkleotidin, proteinler ise 20 farkl amino asidin zgn sralara gre
dizilmeleriyle oluur. Farkl eit yap talarnn farkl dizilimleriyle
oluan bu tr molekller, ierdikleri bilgi nedeniyle, informatif
makromolekller olarak tanmlanr. Karbonhidrat ve lipitlerin yap
talarnn sralanmasnda bu tr bir zellik grlmez. Karbonhidratlar
genelde tek tip bir yaptann (rnein glikozun) ardak ya da iki farkl


eit yaptann dnml dizilimiyle oluur. Lipitlerin ana esi ya
asitleri ise, yinelenen ve iki karbon atomlu birimlerden meydana gelir.
Makromolekllerin iyonik balar, van der Waals balar ya da
hidrojen kprleri gibi zayf ba eitleri araclyla birlemeleriyle


Ortamdan alnan
maddeler

Ara maddeler
Makromolekl
yaptalar

Makromolekller

Supramolekller

Organeller
Molekl arlk: Molekl arlk: Molekl arlk: Molekl arlk: Molekl arlk:
18-44 dalton 50-250 dalton 100-350 dalton 10
3
-10
9
dalton 10
6
-10
9
dalton
C0
2
riboz, karbamil-
fosfat
mononkleotidler nkleik asitler
(DNA, RNA)
enzim kompleksleri,
ribozomlar,
membran, kromatin
ekirdek
mitokondri
H
2
0 o-ketoasitler amino asitler proteinler
N
2
fosfopiruvat,
kalat
basit eker
moleklleri
polisakkaritler
(karbonhidratlar)

asetat, malonat. ya asitleri lipitler
Tablo 4-2. Hcrenin molekler altyaplarnn hiyerarik dzeni.


frekansta bir radyo frekans (RF) dalgas supramolekller ad verilen ve
molekl arlklar 10
6
-10
9
dalton arasnda deien hcre altyaplar
kar. Protein ve lipitlerin birlemesiyle oluan membranlar, DNA ve
protein etkileimleriyle oluan kromatin , RNA ve proteinlerden oluan
ribozomlar supramolekllerin balca temsilcileri arasnda saylabilir.
Supramolekller arasndaki birlemeler sonucu ise, en gelimi ve
karmak hcre altyaplar olan (ekirdek, mitokondri ve lizozom gibi)
organeller meydana gelir.
Makromolekller hcre ktlesinin yaklak 1/3n meydana getirir
ve hcre ktlesindeki oranlar asndan sudan sonra ikinci srada yer
alrlar. Gnmze dein bulunmu 5000in stnde biyomolekln
yaklak yzde doksan makromolekllere karlk gelir, bunlarn
arasnda proteinler 3000in stnde deiik eit molekl ile en
n srada yer alrlar (Tablo 4-3).
4.2. Su
Hcre yaptalar arasnda su, hcre ktlesindeki pay
bakmndan en n srada bulunur ve hcre ktlesinin yaklak yzde
yetmiini oluturur. Su, hcrenin hemen tm metabolik olaylarnn
gerekletii bir ortam olup, eitli tepkimelere dorudan katlr ve yine
baz tepkimelerin rn olarak ortaya kar. Suyun hcre altyaplar ve
hcre yaptalaryla etkilemesi ise, bu molekllerin doal boyutlu
yaplarn ve hcrenin moleklsel dzenini belirler. Fiziksel ve kimyasal
zellikleri asndan suyun svlar arasnda ayrcalkl bir yeri bulunur.
Su, dier svlara oranla daha yksek bir zgl sya, daha yksek bir



Molekl
Toplam
hcre
ktlesine
oran (%)
Ortalama
molekl
arlk
(dalton)
Hcre-
deki
yaklak
saylar

eit
says
H
2
O 70 18 4x10
10
1
norganik iyonlar 1 40 2,5x10
8
20
Karbonhidratlar
ve ncleri
3 150 2x10
8
200
Amino asitler
ve ncleri
0,4 120 3x10
7
100
Nkleotitler ve ncleri 0,4 300 1,2x10
7
200
Lipitler ve ncleri 2 750 2,5x10
7
200
Dier kk molekller
(hem, besin molekl-
lerinin krlma rnleri,
vb.)
0,2 150 1,5x10
7
250
Proteinler 15 40,000 10
6
2000-
3000
Nkleik asitler
DNA
RNA
16S rRNA
23S rRNA
tRNA
mRNA

1
6

2,5x10
9

500,000
1,000,000
25,000
1,000,000

4

3x10
4

3x10
4

4x10
5

10
3

1

1
1
60
1000

Tablo 4-3. E.coli hcresinin yaklak kimyasal ierii.



erime, kaynama ve buharlama ssna , daha yksek bir yzey gerilim
enerjisine ve dielektrik dursaysna sahiptir. Btn bu nitelikleri su
molekllerinin arasndaki kohezyon (trde yapma) glerinin dier
svlara oranla daha yksek olmasndan kaynaklanr. Su molekller
arasnda grlen gl ilginliin nedenini bu molekllerin dipolar
yapsnda aramak gerekir.
Oksijen atomunun d elektron kabuundaki iki deerlik (valenz)
elektronu, hidrojen atomlarnn elektronlaryla kovalent balar kurarken,
oksijenin dier d yrngelerinde bulunan elektronlar ekirdee
yaklaarak su moleklnn oksijen blmn snrl elektronegatif
duruma getirir. Buna kout olarak, hidrojen atomlar snrl elektropozitif
yke brnr. Su molekln temsil eden bir modele bakldnda,
elektrostatik ykn bir gen prizmann drt kesine dalm olduu
grlr (ekil 4-1). Hidrojen atomlar gen prizmann iki ucunda,
oksijen yrngeleri tarafndan oluturulan iki elektronegatif yk
merkezi de gen prizmann dier iki ucunda yer alr. Oksijen atomunun
ekirdei ise, gen prizmann merkezinde bulunur. Su moleklnn
elektrik yknn bu drt ynl dalm sonucu, her bir su molekl
etrafnda drt komu su molekl gruplar. Elektrostatik kutuplama, su
moleklleri arasndaki (dipol-dipol etkileimine dayal) hidrojen
kprlerinin kurulmasna yol aar. Sv faznda su moleklleri arasnda
bu gruplama dinamik niteliklidir. Su moleklleri zaman zaman birleip,
yeniden ayrr. Gruplama eilimi, suyun donmas durumunda stnlk
kazanr ve suyun kristal yaps olan buz paracklar ortaya kar. Kat
hale gemesiyle suyun biyolojik sistemler iin byk nem tayan dier
ayrcalkl bir zellii ortaya kar. Su, btn svlar arasnda kat (yani


buz) haline getiinde younluu azalan tek svdr. Su yzeyden
donar deyimiyle anlatlan bu mekanizma okyanuslardaki yaamn,
evrim srecinde, balca gvencesini oluturmutur.

ekil 4-1. Suyun molekl yaps.

4.2.1. Suyun fiziksel ve kimyasal zellikleri
4.2.1.1. Suyun zgl ss
zgl s ile, maddenin s ieriinin ktlesine ve scaklk
deiikliine olan oran anlalr.
Q
c (zgl s) = (4-1)
m.AT

c
su
= 10
3
cal.kg
-1
.
o
K
-1
( ya da 1 kcal.kg
-1
.
o
K
-1
olarak
yazlabilir)
Q = s (cal)
m = ktle (g)
T = scaklk (
o
K)


Suyun zgl ss bir gramda ve bir derece Kelvin bana bir
kaloriye eit olup, bu deer genelde dier svlarn zgl slarnn
yaklak iki katna karlk gelir (Tablo 4-4). Buna gre su, biyolojik
koullara uygun bir s deposu (termoreglatr) nitelii gstermekte ve
ssn d scaklk deiikliklerine karn koruyabilmektedir. Varlklar
dar bir scaklk aralna gre ayarlanm olan canllar iin bu zellik
ok byk bir nem tar.

Svlar
zgl Is (c)
kcal.kg
-1
.
o
K
-1

Su(14,5-15,5
o
Cta) 1,0
Etilalkol(10-30
o
Cta) 0,58
Etileter(10-30
o
Cta) 0,52
Benzol 0,41
Petrol 0,57
Gliserin 0,24

Tablo 4-4. Baz svlarn zgl slar.

4.2.1.2. Suyun buharlama ss
Buharlama ss, bir svy buharlatrmak iin sv ktlesi bana
gereken s miktardr.

Q
q
v
(buharlama ss) = (4-2)
m



Suya zg buharlama ss 100
o
Cta 539 cal/gdr. Bir
karlatrma suyun buharlama ssnn da dier svlarnkine oranla
birka kat daha yksek olduunu gsterir (Tablo 4-5).

Svlar cal.g
-1

Su 539
Metanol 263
Etanol 204
N-propanol 164
Aseton 125
Benzin 94
Kloroform 59

Tablo 4-5. Baz svlarn buharlama slar.

Suyun yksek zgn buharlama ss, kendisini kaynama
noktasnn yksekliinde (=100
o
C ya da 373
o
K) gstermektedir.
Buharlama ss da bir svnn molekllerini birbirlerinden ayrmak iin
gerekli enerji miktarnn ve dolaysyla molekller aras balarn gcnn
bir ls olarak dnlebilir.

4.2.1.3. Suyun erime ss
Suyun yksek erime ss da biyolojik evrenin kararll iin
nem tar. Ayrca hcresel suyun ok miktarda erimi tuz ve deiik


polar nitelikli madde iermesi nedeniyle donma olasl
dktr.
znm maddelerin deriimlerine bal olarak suyun donma
noktas 0
o
Cn altna inebilir. Ancak, evre scakl ok fazla
alaldnda, donma srasnda sudan serbestlenen s canlnn
vcut scaklndaki d yavalatr. nk, suyun donmas s salan
bir olay olup, 1 g su 0
o
Cta donarken, 1
o
Ctan 0
o
Ca dmesi iin
gerekenden 80 kat daha fazla s verir. Baka bir deyimle, 1 g buzu
0
o
Cta su yapmak iin verilecek s 80 cal/gdr.
4.2.1.4. Suyun dielektrik dursays
Suyun zc zellii, onun yksek dielektrik dursaysndan (c)
kaynaklanr. Suyun elektriksel geirgenliinin bir ls de olan
dielektrik dursays ile birbirinden belirli bir uzaklkta (r) bulunan iki
kart ykl partikl (q
1
, q
2
) arasndaki elektrostatik ekime (F) kar
koyan ortam gc anlalr (bkz.eitlik 2-2).

q
1
. q
2

F= (c
vakum
= 1 iken, c
su
= 80) (4-3)
c . r
2

Dielektrik dursays yksek olan bir ortamda iki ters ykn
aralarndaki ekme gc zayflar. Su iinde, vakum ya da havaya gre,
bu ekim 1/80e iner. Dolaysyla, tuz su iine konduunda, Na
+
ile
Cl
iyonlarna ayrr. eitli svlarn dielektrik dursaylar Tablo 4-6da

verilmektedir.



4.2.1.5. Suyun zc zellii
Dipolar niteliiyle su, hcrede bulunan polar molekllere ve
tuzlara zg en etkili bir zc olarak ilev grr. Dipolar su
moleklleri,



Kaynama
noktas
o
C
Erime
noktas
o
C
zgl s
kcal/kgK
Dielektrik
sabiti
(20
o
C)
Yzey
gerilim
dyn/cm
younluk
g/ml
H
2
O 100 0 1,000 78,55 69,56 1,000
H
2
O
2
152 - 0,89 0,578 86 71,7. 1,4649
Aseton 56,5 - 95 0,506 21,4 21,16 0,8186
Etil alkol 78,5 -114,6 0,581 25,7 20,60 0,7893
Karbon
tetraklorr
76,0 - 22,8 0,198 2,24 24,33 1,5954
Benzen 80,0 5,51 0,406 2,28 26,26 0,879

Tablo 4-6. Baz svlarn fiziksel zellikleri.



tuzun ters elektrik yklerine sahip ve dolaysyla elektrostatik ekim
ilebirbirine bal blmleri (iyonlar) arasna girerek bunlar
birbirlerinden ayrr. Suyun snrl elektronegatif oksijen atomu (art
ykl) katyonlar zerinde, suyun snrl elektropozitif hidrojen atomlar
ise (eksi ykl) anyonlar zerinde birer rt meydana getirerek bu
ayrm gerekletirirler (ekil 4-2). Hidratlama ad verilen bu
mekanizma hcre membranlarndan iyonlarn transportunda da nemli
bir rol oynar. Suda zlmeyen bir biyolojik madde grubunu ise
hidrokarbon moleklleri oluturur. Ancak, bir hidrokarbon moleklnn
tek bir hidrojen grubu yerini bir karboksil, hidroksil, amino ya da
karbonil grubuna braktnda, bu polar grupla su moleklleri arasnda
kurulu hidrojen kprleri, bu maddelerin de suda znmesine yol aar.
Hidratlama, suyun yksek dielektrik dursaysndan (c) kaynaklanr.

ekil 4-2. Suyun hidratlama zellii.

4.2.1.6. Suyun iyonlamas
yonlama suyun dier bir zelliini oluturur. ok seyrek olarak
su moleklnn hidrojen atomlarndan biri elektronunu kovalent bal
olduu oksijen atomuna brakarak komu bir su moleklne geer.
Byle bir olay sonucu bir H
3
O
+
(hidronyum) ve bir OH
-
(hidroksil) iyonu


oluur. Hidratlama mekanizmas tpk dier iyonlar gibi bu iyonlarn da
iyonlamam H
2
O moleklleri tarafndan ayrk tutulmasn salar. Bir ar
su iinde ve 25
o
Cta bu iyonlarn herbirinin deriimi 10
-7
Mdr.
Sudaki hidronyum deriimi genellikle H
+
yani proton deriimi olarak
anlatlr. Genelde, sudaki protonlarn (1 Ma dek) deriimlerinin
anlatmnda deriimin negatif logaritmas (pH) kullanlr:

1
pH = log = -log|H
+
| (4-4)

|H
+
|

Buna gre, ar suyun normalde pHsnn 7,0ye eit olmas gerekir.
Kuramsal adan bu husus geerli olmakla birlikte, laboratuvarda uzunca
bir sre durmu ar suyun pHsnn genellikle 5 civarnda olduu grlr.
Bunun nedeni havadaki CO
2
in su iinde zamanla znerek H
2
CO
3
e
dnmesi ve pH deerini drmesidir. pHnn negatif logaritmik
niteliinin nda CO
2
in znmesi sonucu suyun pHsnn 7den 5e
dmesi, sudaki proton deriiminin 100 kat arttn anlatmaktadr. Ar
suyun kendiliinden ayrmasyla ortaya kan pH deeri, yani pH= 7, bu
olayn ayrm dursaysndan (K) hareketle de hesaplanabilir.

Suyun ayrmnda,
H
2
O == H
+
+ OH
-
,
denge sola kaymtr.
Ayrm denge dursays;

|H
+
| |OH
-
|


K= (4-5)
|H
2
O|

eitlii ile saptanr. Bu eitlik,

|H
2
O| K = |H
+
| |OH
-
| , (4-6)

olarak yazlabilir.
Suyun ayrm denge dursays,

K= 1,8x10
-16
M ve

1000
1 litre sudaki H
2
O molekllerinin deriimi = |H
2
O| = = 55,5 M,
18

olduuna gre,

K
su
= |H
2
O| K = suyun iyonlama rn,

K
su
= 55,5 x 1,8 x 10
-16
= |H
+
| |OH
-
|,

10
-14
= |H
+
| |OH
-
|,

hesaplanr. Suyun iyonlamas eit deriimlerde H
+
ve OH
-
iyonlar
vereceine gre,

|H
+
| = |OH
-
| .

Bu nedenle,

10
-14
= |H
+
|
2
,



olarak yazlr ve

10
-7
M = |H
+
| ya da pH = 7,

bulunur.

Suyun iyonlamas konusu erevesinde, asit ve baz kavramlarnn
tanmlanmas uygun olacaktr. Brnsted-Lowry tanmna gre, asit ile bir
proton vericisi, baz ile ise bir proton alcs anlalr. Lewis tarafndan
nerilen ve daha geni bir uygulama sahas bulan bir tanma gre ise, asit
ile bir elektron ifti alcs, baz ile de bir elektron ifti vericisi anlalr.
Her iki tanma gre de asit-baz reaksiyonu her zaman iin bir asit-baz
iftinin varln gerektirir, rnein CH
3
COOH ve CH
3
COO
-
. Brnsted-
Lowry kavramna gre asitlerin protonlarna ilginlikleri asitlik glerine
ters orantldr. Asitlerin ayrm, yani protonlarn bir alcya aktarmalar
da bir denge reaksiyonu olup,

HA == H
+
+ A
-
,
(K) ile asidin ayrm dursays anlatlr:

|H
+
| |A
-
|
K= . (4-7)
|HA|

Asidin protonlarna ayrma eilimini yanstan bu dursaynn
negatif logaritmas (pHda olduu gibi) pK deeri olarak gsterilir. Bu
eitliin yeniden dzenlenerek iki yannn logaritmasnn alnmas sonucu
Henderson-Hasselbalch eitlii elde edilir.


|HA|
|H
+
| = K , (4-8)
| A
-
|

| HA|
-log |H
+
|= -logK-log , (4-9)
| A
-
|

|HA|
pH= pK-log

, (4-10)
| A
-
|

|A
-
| (= proton alc = baz(tuz))
pH= pK + log . (4-11)
| HA| (= proton verici = asit)

Bu denkleme gre asit ve baz deriim oranlarnn eit olduu, yani
iyonlam asidin deriiminin iyonlamam asidin deriimine eit
olduu

|A
-
|
= 1 ya da log 1= 0 durumunda, pH = pK olmaktadr.
|HA|

Buna gre, bir asidin pK deeri, asidin yar yarya iyonlat pH
deerine karlk gelir. Henderson-Hasselbalch eitlii belirli bir pH
deerindeki baz/asit deriim oranndan pK deerinin ve belirlenen


baz/asit deriim oranndan ve asidin bilinen pK deerinden pH deerinin
hesaplanmasn salar. Bu eitlik zayf asitler ve onlarn tuzlar iin
geerlidir. Zayf bir asit bir baz ile titre edildiinde, eklenen kk miktar
OH
-
iyonlarnn belirli bir pH blgesinde pH deerlerini ok az etkiledii
grlr. pHnn ok az etkilendii bu blge asidin pKsna karlk gelir.
Byle bir asit ve onun tuzunu ieren eriyiin, asit ve baz eklenmelerine
karn, pK deerine karlk gelen blgede pH deerini deitirmeme
zellii tampon etkisi olarak tanmlanr.
En yksek tampon etkisi pK deerine karlk gelen pH blgesinde,
ya da Henderson-Hasselbalch eitliinin incelenmesiyle de anlalaca
gibi, proton alcsnn (baz) ve proton vericisinin (asidin) molar
deriimlerinin eit olduu koullarda elde edilmektedir. Tampon
sistemlerini oluturan zayf asit-baz (tuz) sistemlerinde, gl bir bazn
eklenmesiyle, zayf asidin ayrm protonlar OH
-
iyonlaryla reaksiyon
gstererek, pHnn deimesini nlemektedir. H
+
iyonlarnn eklenmesi
durumunda ise, sistemdeki tuzun anyonlar H
+
ile reaksiyona grerek
zayf bir asidin olumasna yol amaktadr.
Organizmada pHy sabit tutmakla grevli eitli tampon sistemleri
bilinmektedir. Bunlarn arasnda balca hcre ii tampon sistemleri
olarak, H
2
PO
4
-
- HPO
4
2-
sistemi (pK= 7,2) ve H
2
CO
3
-HCO
3
-
(pK= 3,8)
sistemi saylabilir. pHnn belirli bir deerde (7,4te) tutulmas pH
deimelerine byk duyarlk gsteren enzimlerin (ve dier proteinlerin)
ilerlii asndan yaamsal bir nem tar. Nitekim, patolojik durumlarda
grlen pH kaymalar onarm olanaksz bozukluklar meydana
getirebilmektedir. nsanda, akcier ve bbrekler araclyla gerekleen


dzenlenme mekanizmalaryla yakn balantl ileyii asndan
(H
2
CO
3
/HCO
3
-
) tampon sisteminin zgn bir konumu vardr. Bu sistemin
pK deeri, grld gibi, asidik bir blgede bulunmakta ve fizyolojik
pHda (pH 7,4) bu sistemin tampon etkisi olanak d gibi
gzkmektedir. Ancak, burada bikarbonat sisteminin tamponlar arasnda
zel bir yeri olduu ve H
2
CO
3
n suda znm CO
2
ile dengede
olduu gznnde bulundurulmaldr. znm CO
2
deriimi, H
2
CO
3

deriiminden yaklak 1000 kat daha yksek olduuna gre ayrm
reaksiyonu,

CO
2
== H
+
+ HCO
3
-
,

ve denge dursays,

|H
+
| |HCO
3
-
|
K= , (4-12)
|CO
2
|

eklinde yazlabilir. Bikarbonat sisteminin bu ikinci pK deerinin
karl olan pH 6,1dir. Bikarbonat sisteminin en gl tampon
etkisini gsterecei, yani CO
2
in HCO
3
a eit olaca, pH blgesi
buna gre de
ntral pHnn altnda kalmaktadr. pH 7,4te Henderson-Hasselbalch
eitliine gre,



|HCO
3
-
|
7,4= 6,1 + log ,
|CO
2
|

|HCO
3
-
|
1,3= log .
|CO
2
|

Her iki tarafn antilogaritmas alnrsa,

|HCO
3
-
|
20= ,
|CO
2
|

bikarbonat iyonlarnn deriimi zl CO
2
deriiminden 20 kat yksek
olacak demektir. CO
2
/HCO
3
-
sisteminin, buna karn, yeterince tampon
etkisi gsterebilmesi akcierlerdeki CO
2
varlyla aklanabilir.
Metabolik koullarda ortaya kacak bir baz fazlal ilk anda H
2
CO
3
ve
zl CO
2
miktarnn tkenmesine yol asa bile, zl CO
2

deriimindeki azalma, akcier CO
2
deposu sayesinde en ksa srede
dzeltilir. Bylece, HCO
3
-
/CO
2
orannn 20/1 olarak sabit kalabilmesi
salanr. Ortaya kacak bir asit fazlalnda ise, H
2
CO
3
ve zl CO
2

miktarndaki art CO
2
in akcierlerden solutulmasyla dengelenir.



4.3. Makromolekller
4.3.1. Giri
Yukarda akland gibi, makromolekller hcre altyaplarnn
olumasnda yapta rol oynar, bunun tesinde zgn ilevler de
stlenirler. Bu balamda, nkleik asitler kaltsal bilgiyi saklayp,
iletmekle grevlidir. Proteinlerin zel bir snfn oluturan enzimler
hcre metabolizmasn yrten ve hcre yaptalarn oluturan katalitik
nitelikte molekllerdir. Karbonhidratlar ve lipitler ise organizma iin
gerekli enerjiyi saklama grevini stlenmilerdir. Makromolekllere
ilevsel adan bakldnda hcre iinde zellikle nkleik asit ve
proteinlere aktif bir roln dt, karbonhidrat ve lipidlerin ise enerjinin
depoland greli pasif molekl niteliini tadklar grlr. Nkleik
asit ve proteinler ile karbonhidrat ve lipitler arasndaki bu farkllklar
zelliklerinden kaynaklanr. Nkleik asit ve proteinler birden ok eitte
yaptandan zgn bir bilgi tayan srayla (ifreli olarak) dizilimleri
sonucu oluur. Buna karn, karbonhidrat ve lipitler genellikle ayn
yaptann, ya da iki eit yaptann dnml olarak, ardak
dizilmesiyle oluur. Bu blmde makromolekller daha ayrntl olarak
ele alnacak, bu molekllerin yap-ilev ilikilerine k tutulmaya
allacaktr.

4.3.2. Proteinler
Geen yzyln sonunda Berzellius tarafndan belirlenmi olan
adlarnn (tpeo (=birinci)) da vurgulad gibi, proteinler,
makromolekller (ve tm hcre yaptalar) arasnda ok ncelikli bir


konuma sahiptir. Proteinlerin bazlar (rnein suda znme
yeteneinden yoksun kollagen, elastin ve keratin gibi proteinler) hcrenin
oluumunda salt bir yapta olarak ilev grr (yapsal proteinler). Dier
baz proteinler ise, zgn boyutlu yaplar sayesinde moleklleri
tanma, onlarla etkileerek, hcredeki olaylara yn verme etkinliine
sahiptir. Bu ikinci snfa giren (etkin ya da aktif) proteinlerin ortak
zellii ligant ad verilen, kendilerine zg maddeleri balama
yetenekleridir. Baladklar ligandn zelliklerine, onu tabi tuttuklar
ileme ve liganda balanmalar sonunda meydana gelen tepkimelere
gre, bu proteinler de eitli gruplara ayrlabilirler.
Enzimler (katalitik proteinler): Bu proteinler substrat ad verilen
ligantlarn

balayarak kimyasal bir deiime uratr.
mmunproteinler: Bu proteinler antijen ad verilen
makromolekler nitelikli ligant yaplar geri dnmsz bir
etkileim ile balayarak sabitletirirler.
Protein hormonlar: Etkilerini gsterdikleri hcrelerin membran-
larndaki kendilerine zg proteinlere (reseptrlere) geridn-
ml olarak balanrlar.
Dzenleyici proteinler: Ligantlarna balanmalar geridnml
olup, ligandn biyolojik etkinliinin deimesiyle sonulanr.
Tayc proteinler: Kendilerine zg ligand geridnml olarak
balayp, canl sistemin bir blmnden dier blmne tamakla
grevlidirler.
Kontraktil proteinler: Liganda balanmalar mekanik iin
gereklemesiyle sonulanr.



4.3.2.1. Proteinlerin yapsal zellikleri
Proteinler, 20 eit amino asidin peptit balar olarak adlandrlan
kovalent balarla birlemesi sonucu oluur. Amino asitler bir metan
moleklnn hidrojen atomlarnn nn yerlerini srasyla bir karboksil
grubu, bir amino grubu ve bir kalntya (R grubuna) brakmas sonucu
olumu olarak dnlebilir.
Amino asitlerin merkezinde yer alan (o-)karbon atomu zerindeki
drt grubun asimetrik dalm ayna grnts izomerisine yol aar
(ekil 4-3). Sterik adan amino asitler D- ve L- tiplerine ayrlr.
Proteinlerde yalnz L- tipi amino asitler bulunur.

ekil 4-3. L-Amino asidin atomlarnn uzaysal gsterimi.

Amino asitler arasndaki farkll R-grubunun deien yaps
belirler. R-grubunun elektro-kimyasal zelliklerine gre amino asitleri
drt snfa ayrmak olanakldr (ekil 4-4).
1. Apolar ya da hidrofobik R-gruplar ieren amino asitler:
Bu amino asitlerin R-gruplar alifatik bir zincir ya da aromatik bir
halkadan oluur. Temsilcileri arasnda alanin, valin, lsin, izolsin,
prolin, fenilalanin ve triptofan bulunur.



ekil 4-4a. Apolar R-gruplar ieren amino asitler.



ekil 4-4b. Asidik ve bazik nitelikte R-gruplar
ieren amino asitler.



ekil 4-4c. Polar R-gruplar ieren amino asitler.

2. Ak bir elektrik yk tamayan, ancak polar nitelikte R-gruplar
ieren amino asitler:
Bu amino asitlerin R-gruplarnn ierdii hidroksil (-OH), slfidril
(-SH) ya da amit (CONH
2
) gruplar gibi polar gruplar H
2
O ile hidrojen
balar kurabilirler. Bylece bu amino asitler ilk grup amino asitlerine
oranla suda kolaylkla zlrler. Bu grubun temsilcileri arasnda
hidroksil grubu ieren serin, treonin ve tirosin, slfhidril grubu ieren
sistein ve amit grubu ieren asparagin ve glutamin bulunur.
3- R-grubu negatif elektrik ykl (yani asidik) amino asitler:


Bu snfn temsilcileri olan aspartik asit ya da glutamik asit, ikinci
bir karboksil grubu iermeleri nedeniyle ntral pHda ak negatif yke
sahiptir.
4- R-grubu pozitif elektrik ykl (yani bazik gruplar) amino asitler:
Bu amino asit snf ikinci bir amino grubu tayan lisini,
guanidyum grubu ieren arginini ya da zayf bazik nitelikte imidazol
grubunu ieren histidini kapsar.
4.3.2.2. Amino asitlerin asit-baz zellikleri
Amino asitler ntral (pH 7,4) bir su eriyiinde, gerek karboksil ve
gerekse amino gruplarnn iyonlam olmas nedeniyle dipolar bir iyon
eklinde bulunur (ekil 4-5).
Amino asitlerin dipolar iyon zellii, onlarn greli yksek
(~200
o
C) erime noktalarnda yansr. Amino asit moleklleri arasndaki
etkileim (Na
+
Cl
-
rneinde grld gibi) kart elektrik ykne sahip
gruplar arasndaki elektrostatik etkilemeyle kalmllar.

+
NH
2
NH
3

| |
RCCOOH RCCOO
-

| |
H H

iyonlamam dipolar iyon
amino asit

ekil 4-5. yonlamam ya da dipolar iyon eklindeki amino
asitler.


Brnsted-Lowryye gre alanin gibi tek bir karboksil ve tek bir
amino grubu tayan basit bir amino asit dibazik (yani iki pK deerine
sahip) bir asit olarak tanmlanabilir. Zira alanin, karboksil ve amino
gruplarnn proton ykl olduu asidik bir ortamda (pH~1) bazla, rnein
NaOH ile, titre edilebilen iki gruba (baka bir deyimle verebilecei iki
protona) sahiptir:
Nitekim, alanin eriyii, eklenen OH
-
iyonlarnn etkisiyle karboksil
grubunun pKsnn karl olan pH 2,3te ve amino grubunun pKsnn
karl olan pH 9,7de, tamponlama zellii gsterir (ekil 4-6).
Alaninin titrasyon erisinin simetrik iki kolunun birletii
orta (dnm) noktas (pH = 6,0), COO
-
- ve NH
+
3
- gruplarnn tadklar
art ve eksi yklerin eit olduu ve amino asidin net bir elektrik yk
tamad izoelektrik pHya (ya da izoelektrik noktaya (pI)) karlk
gelir. Genellikle pInn pK deerlerinin ortalamasna eit olduu
sylenebilir.

+ +
NH
3
NH
3

| NaOH |
CH
3
C COOH CH
3
C COO
-
+ H
+

| |
H H
+
NH
3
NH
2

, NaOH |
CH
3
C COO
-
CH
3
C COO
-
+ H
+

, |
H H


ekil 4-6 . Alaninin NaOH ile titrasyonu.

pK
1
+ pK
2

pI= . (4-13)

2

Buna gre alaninin izoelektrik noktasn aritmetiksel olarak
hesaplamak olanakldr.

2,3 + 9,7
pI
alanin
= = 6,0
2

R-gruplar net bir elektrik yk tayan amino asitlerde, bu
gruplara zg, nc bir pK (pK
R
) deeri bulunur. Asidik R-gruplar


tayan amino asitler (glutamik asit ya da aspartik asit)de pK
R
deeri pH
4,0 civarnda bulunur. Bazik R-gruplarna sahip amino asitlerin pK
R

deeri ise gruba gre pH 6,0 ile pH 12,0 arasnda deiir (Tablo 4-7).
4.3.2.3. Peptit ba
Belirtildii gibi, proteinler amino asitlerin birbirleriyle peptit
balar ad verilen kovalent balarla birlemeleri sonucu oluurlar. Peptit
ba bir amino asidin karboksil grubu ile ikinci bir amino asidin amino
grubu arasndan bir H
2
O moleklnn aa kmas sonunda meydana
gelir.
Peptit ba, ift kovalent ba zelliklerini tar (ekil 4-7). Bu
zellikler C-N bann ekseni boyunca dn yeteneini byk lde
kstlar ve ba oluturan gelerin bir dzlem zerinde yer almas ile
sonulanr (ekil 4-8). Karbonil (-C=O) ve imino (-N-H) gruplar bu
dzlem zerinde genelde paralel bir konumda bulunur.

ekil 4-7. Peptit banda elektron ekil 4-8. Peptit balarnn
bulutu. ift kovalent ba yaps. Ba uzak-
nitelii veren t yrngeleri. lklar nm olarak
verilmitir.


H O H O
|
H N C C O H H N C C O H
| | | |
H R H R

- H
2
O

H O H O
| |
H N C C N C C 0 H
| | | ,
H R H R
.



Ad
o-Karboksil
grubunun
pKa deeri
o-Amino
grubunun
pKa deeri
yonlam
yan zincirlerin
pKa deeri
Kalntlarn
ktlesi
(Dalton)
Proteindeki
miktar
(mol %)
Alanin 2,3 9,7 - 71,08 9,0
Arginin 2,2 9,0 12,5 156,20 4,7
Asparagin 2,0 8,8 - 114,11 4,4
Aspartik
asit
2,1 9,8 3,9 115,09 5,5
Sistein 1,8 10,8 8,3 103,14 2,8
Glutamin 2,2 9,1 - 128,14 3,9
Glutamik
asit
2,2 9,7 4,2 129,12 6,2
Glisin 2,3 9,6 - 57,06 7.5
Histidin 1,8 9,2 6,0 137,15 2,1
zolsin 2,4 9,7 - 113,17 4,6
Lsin 2,4 9,6 - 113,17 7,5
Lisin 2,2 9,0 10,0 128,18 7,0
Metyonin 2,3 9,2 - 131,21 1,7
Fenilalanin 1.8 9,1 - 147,18 3,5
Prolin 2,0 10,6 - 97,12 4,6
Serin 2,2 9,2 - 87,08 7,1
Tireonin 2,6 10,4 - 101,11 6,0
Triptofan 2,4 9,4 - 186,21 1,1
Tirosin 2,2 9,1 10,1 163,18 3,5
Valin 2,3 9,6 - 99,14 6,9

Tablo 4-7. Protein yapsnda bulunan amino asitlerin zellikleri.



Byle peptit balar ile ardak sralanm bir amino asit dizisinin
oluturduu polipeptit zincirinin bir ucunda serbest bir amino grubu (-
NH
2
) ve dier ucunda serbest bir karboksil grubu (-COOH) bulunur.
Serbest amino grubunun bulunduu uca proteinin amino (N-terminal) ve
serbest karboksil grubunun bulunduu uca da karboksil (C-terminal) ucu
ad verilir. Bir proteini meydana getiren byle bir amino asit dizisine yani
polipeptit zinciri , o proteinin birincil (primer) yaps olarak gsterilir..
Her proteinin birincil yapsn oluturan amino asitlerin eidi, says ve
sras o proteine zgdr. Bir polipeptit zincirindeki eitli gruplar
aralarnda, peptit bandan baka trde balar da kurarlar. Bu balar
sonucu polipeptit zinciri kendi iine katlanarak zgn bir boyutlu
yap ya da baka bir deyimle konformasyon kazanr. kincil (sekonder)
yap bir polipeptit zincirinin, komu amino asitlerin aralarnda
kurduklar hidrojen kprleri sonucu, kazand yap dzenine karlk
gelir.
1930larda Astbury Rntgen nlar krlma analizi yntemiyle sa
ve ynde bulunan (keratin gibi) proteinlerin yaplarnn yinelenen; 5,0-
5,5

uzunluunda bir yap dzenini ierdiini saptamtr. Bu bulgu
Pauling ve Coreyin proteinlerin ikincil yapsn aydnlatan
almalarnn zeminini hazrlamtr
x
.
kincil yapnn (ve balca bir rnei olan o-sarmal yapsnn)
oluumunda belirleyici olan kurallar yle zetlenebilir (ekil 4-9).

1- Yukarda da belirtildii gibi, peptit ban oluturan atomlarn
karlkl dn (rotasyon) yetenei yoktur. Bu atomlar bir dzlem
zerinde bulunur. Karbonil grubunun oksijen ve -NH
4
grubunun
hidrojen atomu trans konumundadr.


2- Polipeptit zincirinde yalnz o-karbon atomu rotasyon yeteneine
sahiptir.
3- Polipeptit zincirindeki atomlarn birbirlerine yaklamalar ancak van
der Waals aplarnn izin verdii lde olanakldr.
4- X-nlarnn krlma analiziyle saptanan 5,0-5,5 luk birim 3,6 amino
asit ieren bir dne karlk gelir.
5- o-sarmal yaps, her bir peptit bann imino grubunun
kendisinden drt nceki peptit bann karbonil grubuyla oluturduu
hidrojen balaryla kalmllk kazanr. Pauling-Corey modeline gre,
polipeptit zincirlerinin kendiliklerinden o-sarmal yaps oluturmalar
beklenir. Zira, bu yap belirtilen koullar yerine getirmekte,
polipeptit zincirlerinin oluturabilecei en kalml yapya ve
eriebilecekleri en dk enerji dzeyine karlk gelmektedir.
Ancak, polipeptidi oluturan amino asitlerin R-gruplarnn nitelii ile
polipeptidin bulunduu eriyiin pHs da o-sarmaln olumasn

x
Rntgen nlar, krlma analizi belirli bir dalga boyuna sahip X ya da
Rntgen nlarnn atomlarnn evrelerindeki elektron bulutlar
tarafndan krlma ya da dalma ilkesine dayanr. En youn elektron
bulutlarna sahip atomlar Rntgen nlarn en zayf bir ekilde krarlar.
Bir kristalin tekrarlanan atom ya da moleklsel bireyleri Rntgen nlar
krlma analizi yntemi tarafndan incelenebilir. Byle almalar
yardmyla molekllerin boyutlu yaplar hakknda ok deerli bilgiler
edinmek mmkn olur. NaCl gibi tuzlarn oluturduu kristallerdeki
almalara oranla , protein gibi makromolekllerin Rntgen nlarn
krma ekillerini incelemek ve bulgular deerlendirerek bunlarn
boyutlu yaplar hakknda sonulara varmak ancak kompleks
matematiksel analizler sayesinde olur. Bilgisayarlar bu tr analizleri
gnmzde byk lde kolaylatrmtr.



belirleyici etkenlerdir. rnein, kk ve elektrik yk tamayan R-
gruplar ieren polialanin kendiliinden pH 7,0de o-sarmal yap
olutururken, polilisinin pH 7,0de benzer bir yap oluturamad
gzlenir. Polilisin rneinde, pH 7,0de R-gruplarnn tadklar pozitif
ykler arasndaki itim, o-sarmal yap oluturan hidrojen kprlerinin
kurulmasn engeller. Dier yandan, pH 12de R-grubunun elektrik
ykn yitirmesi sonucu, polilisin o-sarmal yap oluturabilir. Prolinde
N- ve o-karbon atomlarnn esneksiz bir halka iinde bulunmalar ve
bunlarn arasndaki ban dn olanann bulunmamas ise, prolin
ieren polipeptit blmlerinde o-sarmal dzeninin bozulmasna neden
olur.
o-sarmal yapsnda yinelenen ana birim 18 amino asit ieren be
sarmal dnne karlk gelir. Buna gre, sarmaln her dn 3,6
amino asit ierir. Bu yapda iki amino asit arasnda 0,15 nmlik bir
uzaklk (ya da ykseklik fark (P=
Pitch
) bulunduundan, her dn
sarmalda 0,54 nmlik bir ykselme ile sonulanr. Yinelenen ana birim
ile sarmal dnnn zde olmad, sarmal dnnn tam say amino
asit (3,6) iermedii, ana birimin be sarmal dnnden sonra olutuu,
o-sarmal yapsnn vurgulanmas gerekli zellikleridir.
o-sarmal yapsnda dn bana den 3,6 amino asit, her imino
grubunun drt nceki karbonil grubu ile etkilemesini olanakl
klmaktadr. Dn ya da daha az sayda (rnein iki) amino asit
ierdiinde, o-sarmala zg zincir ii hidrojen kprlerinin oluumu
olanak ddr. Bu koullarda (P= 0,32-0,34 nm) |-yaps (|-
konfigrasyon) tr yaplar oluur. Is denatrlenmesi sonucu yn ve sa


proteinlerinde grlen ya da kresel, doal boyutlu proteinlerin belirli
blmlerinde yer alan |-konfigrasyon yapsnda paralel ya da
antiparalel biimde sralanm iki polipeptit zincirinin imino ve karbonil
gruplar arasndaki hidrojen kprleri oluur (ekil 4-10).
,,
Polipeptit zincirinde, yalnzca N C
o
ve C
o
C balar
dn yeteneine sahiptir. Bu balarn dn alar | ve + olarak
tanmlanr. | ve + a deerlerine gre polipeptit zincirinin
konformasyonu belirlenir (ekil 4-11).

ekil 4-9. a) Paralel ve b) antiparalel |-konfgrasyonu



ekil 4-10. a) o-sarmal ve b) |-konfgrasyon yaplar

ekil 4-11. Peptit banda ve | dn.



ncl (tersiyer) yap, polipeptit zincirlerinin uzak blm-
lerindeki gruplarn birbirleriyle kurduklar (S-S, hidrojen, van der Waals
ya da tuz balar gibi) balar sonucu oluan zgn, kresel yap
dzenidir. Bir proteinin birincil yaps, o proteinin doal boyutlu
yapsnn ya da konformasyonunun olumas iin gerekli bilgiyi de ierir.
Polipeptidin ierdii amino asit dizisinin eriebilecei en dk enerji
dzeni proteinin en kalml ve zgn boyutlu yapsn da belirler. lk
bakta bir polipeptit zincirinin katlanma olaslklar snrsz gibi
grlebilir. Ancak, katlanma olaslklarn snrlayan ve ayn zamanda
katlanma srecini kolaylatran nemli kurallar bulunmaktadr. Son
yllarda gsterildii gibi, proteinlerin boyutlu yaplar domain ad
verilen zgn blmlerden oluur. Domain bu balamda proteinin,
kendi iinde katlanarak zgn bir boyutlu yap kazanm ve proteinin
belirli bir (alt)ilevini stlenmi blmne karlk gelir. Proteinin
proteazlarla snrl biimde krlmas sonucu aa kan domain
karl paralarn bu ilevlerini srdrebilmeleri, domainlerin protein
yaps iindeki zerk konumunu vurgular. Domain yaplarda gzlenen
motiflerin sklkla ok farkl proteinlerde bulunmas, protein oluumunun
modler bir mekanizmay izlediini ortaya koymaktadr (ekil 4-12).
Buna gre, belirli modllerin farkl kombinasyonlarla biraraya
gelmesiyle ok farkl nitelikli proteinler oluabilir.
Proteinlerin katlanma srecini ve eklini belirleyen dier bir kural
hidrofobik (polar olmayan ve suyu sevmeyen) gruplarn katlanm yap
iinde, hidrofilik (polar ve suyu seven) gruplarn ise yap yze-
yinde konumlanmasna dayanr. Ancak, bu kural suyun zc olarak
bulunduu ortam iin geerlidir. Normalde, yaln bir yap dzenine sahip


bir polipeptit zincirinin kendi iinde katlanarak zgn bir yapya
dnmesi olasl dk bir olaydr (negatif entropi). Ancak,
kurulan zayf balar sonucu aa kan enerji ve hidrofobik gruplarn
polar su fazndan uzaklaarak aralarnda kurduklar van der Waals balar
(pozitif entropi) katlanma srecini olanakl klar.

ekil 4-12. eitli domain trleri.
Drdncl (kvarterner) yap dzeni, birden ok polipeptit
zincirinden meydana gelen proteinlerde (rnein hemoglobin ya da


immunoglobulin) grlr. Byle proteinler, altbirim ad verilen
polipeptit zincirlerinin zayf balarla ya da S-S kprleriyle birlemesi
sonucu oluurlar. Drdncl yapnn oluumunda molekllerin asimetrik
yaplar ve altbirimlerin birbirlerini tmleyen (komplementer) yzeyleri
belirleyici olur. Bu etkileimlere bal olarak ok yzeyli (rnein yirmi
yzeyli (ikosahedral)ye dein) yap dzenleri ortaya kar (ekil 4-13).
4.3.2.4. Aktif proteinlerin ligantlaryla etkileimi
Aktif proteinlerin ligantlarnn baland yer, proteinlerin balama
blgesi ya da aktif blgesi olarak gsterilir. Bir aktif proteinin bir ya da
birden ok balama blgesi olabilir. Bu blgeler, ilev ve yaplar
ynnden birbirlerinin benzeri olabilecekleri gibi, deiik zelliklere de
sahip olabilirler. Birden ok sayda aktif blge tayan bir proteinin aktif
blgelerinden birine balanan bir ligant, o proteinin yapsn ve serbest
balama blgelerinin liganda olan ilgisini olumlu ya da olumsuz bir
ekilde etkileyebilir. eitli balama blgeleri arasndaki karlkl
etkileim, baz proteinlerin ya da enzimlerin etkinliklerinin
dzenlenmesinde byk bir rol oynar. Aktif proteinlerin bu ekilde
dzenlenmesine alosterik mekanizma ad verilir (bkz.Blm 4.3.3.4 ve
7.7).
Tek bir balama blgesi olan bir proteinin (P), tek bir ligand (A)
balad yaln bir etkileim aadaki ekilde anlatlabilir.

P + A == PA .



ekil 4-13. Proteinlerin drdncl yaplarnda simetri trleri.
Bu etkileimin denge dursays (K),

|PA|
K= , (4-14)
|P | |A|



birleim (asosiyasyon) denge dursays (K
a
) olarak ta gsterilir. Birleim
dursays, ayrm (disosiyasyon) denge dursaysnn (K
d
) resiprok
deerine eittir.

1
K= K
a
= ya da (4-15)
K
d

l

K
d
=

(4-16)

K
a

Bir ligandn (A) balanmasnda, denge dursaysn hesaplamak iin
nce proteine (P) balanm tm ligant molekllerinin saysnn (PA) tm
protein molekllerinin saysna olan orann saptamak gerekir. Bu oran v
simgesiyle gsterilir.

tm balanm A molekllerinin says |PA|
v= = , (4-17)
tm P moleklleri

|P| + |PA|

eitlik (4-14) yeniden dzenlendiinde,
|PA|
|P |=

,

(4-18)

K |A|

ve eitlik (4-17)de P yerine yukardaki deer uygulandnda,



|PA|
v= , (4-19)
|PA|
+ |PA|
K |A|

1 K |A|
v= = , (4-20)

1 1 + K |A|

+

1

K |A|

1
v= (4-21)
K
d

+ 1
|A|

eitlii elde edilir. (ekil 4-14).

ekil 4-14. Proteinin ligand ile doyum erisi.


Grld gibi, bir protein moleklne tek bir ligandn baland
bir sistemde ligant deriiminin yksek olduu koullarda vnn
yaklat deer 1 olmaktadr, yani protein moleklnn aktif blgesi
ligant ile doyurulmaktadr. Bu etkileim v deerinin ligant (A)
deriiminin bir ilevi olarak bir diyagramda gsterildiinde, hiperbolik
bir erinin ortaya kt ve ok yksek ligant deriimlerinde vnn
deerinin 1e yaklat gzlenir. Balama yerlerinin yarsnn
doyurulduu ligant deriimi, eitlik (4-21)in incelenmesiyle de
anlalaca gibi, denge ya da birleim dursaysnn resiprokuna, yani
ayrm dursaysna (K
d
) eittir. Blm 7-5de irdelendii gibi, K
d
proteinin ligandna olan ilginliine yanstr ve ilginlikle ters orantl bir
iliki gsterir.

Birden fazla balama blgesi olan sistemlerde (4-21) eitlii,

n K |A|
v= , (4-22)
1 + K |A|

eklinde yazlr.
Proteinin ligandyla olan etkileimini tanmlayan hiperbolik eriyi
dorusal ekillere dntrmek olanakldr. Bylece, saysal deerlere
ulamak kolaylar. (4-22) eitliinin her iki yan ters evrildiinde,



1 1 1 1
= . + , (4-23)
v nK |A| n

1 1
Klotz ( Lineweaver-Burk) eitlii elde edilir. nn ya kar
v |A|

izimi yapldnda, kan dorunun

1 1
dikey eksendeki kesim noktas ve eimi olur (ekil 4-15a).
n nK

Benzer ekilde (4-23) eitliinin her iki taraf (A) ile arpldnda Heins
Scott ve Hildebrand Benessie eitlii elde edilir:

ekil 4-15. n tane benzer balama yeri ieren proteine ait ideal
balanma eitliinin dorusal dnmlerine zg
izimler.(a): Klotz (Lineweaver Burk); (b): Heins
Scott ve Hildebrand Benessie;(c): Scatchard
(Eadie Hofstee) izimleri .



|A| 1 |A|
= + . (4-24)

v nK n

|A| 1 1
ye kar |A| iziminde lik bir eimle dikey ekseni () da

v n nK

kesen doru ortaya kar (ekil 4-15b).
Bir baka dnm ise (4-22) eitliindeki paydann sola
geirilmesi ile (4-25) elde edilir. Bunun dzenlenmesi ile Scatchard
eitlii ve sonu olarak ise,

v
dey ekseni ve yatay ekseni v olan dorusal izimler

|A|

elde edilir (ekil 4-15c):

v (1 + K|A|) = nK|A| , (4-25)

v= nK|A| - vK|A| , (4-26)

v
= nK - Kv . (4-27)
|A|



4.3.2.5. Denge diyalizi ve balanmann saysal belirtimi
ekil 4-16da grlen zel hcreler, denge diyaliz ilemi iin
kullanlr. Ortadan yalnz kk molekllere geirgen bir diyaliz
membran ile ikiye ayrlm hcrenin bir blmesine tampon eriyii iinde
radyoaktif iaretli ligant konur. kinci blmede ise salt tampon eriyii
bulunur. Ligandn difzlenerek denge oluturmas iin (hcrenin her
iki blmesinde de ligant deriiminin eit olmas iin) gerekli sre
saptanr. Daha sonra hcrelerin ikinci blmne sabit miktarda protein
(enzim), dier blmne ise artan deriimlerde radyoaktif ligant konur.
Denge oluumu iin saptanan sre sonunda her iki blmeden alnan
rneklerin radyoaktiflik ierikleri belirlenir. ki blme arasndaki
radyoaktiflik farkndan enzime bal ve birinci blmedeki radyoaktiflik
deerinden de serbest (yani balanmam) ligant miktar saptanr. Blm
4.3.2.4teki formllerden biri kullanlarak deneysel olarak elde edilen bu
deerlerden ayrm dursays hesaplanr.

ekil 4-16. a) Denge diyaliz hcresinin ematik gsterilii.
b) Verilerin Klotza gre izimi.



4.3.3. Aktif protein rneinde yap-ilev ilikileri
4.3.3.1. Miyoglobin ve hemoglobin-oksijen tayan
proteinler
Gnmzde canllarn byk bir blm, yaamak iin oksijen
ierikli bir havay gereksinir. Yksek canllarn tmn kapsayan ve
aerob olarak tanmlanan bu byk canl snf, evrim srecinin ileri
aamalarnda (gnmzden yaklak 400 milyon yl nce) yeryznde
ortaya kmtr. Yeryzndeki ilk canllarn anaerob, ilkel atmosferin ise
O
2
den yoksun olduu sanlmaktadr. Yeryznde bata youn
miktarlarda bulunan, zengin enerji ierikli (indirgenmi) organik
moleklleri tketerek oalan bu (heterotrof) canllar zamanla bu
maddelerin azalmasna yol amtr. Bunu kendi kendisini besleyebilen
(ototrof) organizmalarn evrimi izlemitir. Bunlarn CO
2,
H
2
O ve gne
enerjisinden kendi enerji kaynaklarn oluturmalarna kout olarak,
atmosferin O
2
ierii artmtr. Aerob organizmalar ise, gnmz
atmosferinde % 21 orannda bulunan oksijeni kullanarak besin
maddelerinden gereksindikleri enerjiyi (ileride grlecei gibi) en etkin
biimde kazanmalarn salayan gl oksitlenme mekanizmalarn
gelitirmitir. Yksek canllarda atmosferden alnan O
2
nin kullanlaca
yere (yani doku ve hcrelere) tanmas dolam sistemi araclyla
gereklemekte, O
2
ni tayan molekl sistemini ise hemoglobin
oluturmaktadr.



4.3.3.2. Miyoglobin ve hemoglobinin yapsal ve ilevsel
zellikleri
Etkili bir tayc sistem, tanacak maddeyi yksek deriimde
bulunduu yerde sk biimde balar, dk deriimdeki yerde ise
salverir. Hemoglobin, oksijenle etkileimlerinde bu kural rnek biimde
yerine getiren bir proteindir. Alyuvarlarn ierdii klcal damarnda
yklendii O
2
i dokulara tar. Kasta bulunan miyoglobin ise, nplanda
O
2
i depolama grevini stlenmitir. O
2
le etkileen bu iki proteinin
ilevleri arasndaki farkllk (tama ve depolama) ile yapsal zellikleri
arasndaki balant aada anlatlacaktr.
Gerek miyoglobin ve gerekse hemoglobin hem-ierikli
proteinlerdir. Polipeptit ksmna ek olarak bu proteinlerin yapsnda
bulunan ve dolaysyla prostetik (ek) grup olarak adlandrlan hem grubu
dzlemsel bir protoporfirin halkasndan ve bu halkann orta konumunda
bulunan bir Fe
2+
-atomundan oluur (ekil 4-17). Protoporfirin metan
kprleriyle birlemi drt pirol grubundan meydana gelmitir.

ekil 4-17. Hem iinde bulunan demir atomunun yapt
alt ba.



bu dzlem iinde pirol gruplarnn N-atomlaryla drt koordinasyon
ba ile, ayrca protoporfirin halkasnn bir yanndaki imidazol Fe
2+

grubunun N-atomuyla koordinasyon bayla birlemitir. Fe
2+
, dzlemin
dier yanndaki O
2
molekl ile altnc koordinasyon kolu zerinden
etkileir.
Miyoglobin, yaklak 18.000 dalton molekl arlkl olup, 153
amino asit ierir, tek bir polipeptit zincirinden ve bir hem grubundan
olumutur. Polipeptit zincirinin uzayda katlanmasyla ortaya kan
boyutlu (ncl) yaps kresel proteinlerin yukarda aklanan tm
zelliklerini gsterir (ekil 4-18). Polar ve iyonlam gruplarn suya
ynelik konumuna karlk polar olmayan amino asitler, miyoglobin
moleklnn i blmnde toplanmtr. Kresel yapnn d yzeyindeki
polar olmayan amino asitlerin evreledii bir hidrofobik oyuk iinde ise
hem grubu yer alr. Hem grubunun Fe
2+
-iyonunun beinci koordinasyon
kolu (yukarda belirtildii gibi) bu oyuk iinde bir histidinin imidazol
grubu ile birlemitir. Miyoglobinin hidrofobik hem oyuunun H
2
O
molekllerinden yoksun olmas Fe
2+
i O
2
tarafndan oksitlenmekten
korur. Ayrca histidinin, demirle (beinci koordinasyon kolu zerinden)
birleen, N-atomunun getirdii elektronegatif ykte demir ile O
2

arasndaki ban gevek ve geridnml kalmasn salar. O
2
-
yokluunda altnc (O
2
ye zg) koordinasyon kolu bo kalan Fe
2+
in
apnn genilii ve ayrca protoporfirinin pirol gruplar arasndaki itim,
Fe
2+
unun protoporfirin dzleminden histidine doru yaklak 1
lsnde kaymasna neden olur. Ancak, altnc koordinasyon kolu



ekil 4-18. Miyoglobin yaps.

zerinden O
2
ile birletiinde, Fe
2+
protoporfirin dzleminin
merkezine yerleir. Fe
2+
unun O
2
balayp balamama durumuna
gre yapt bu 1 mesafelik kaymalar dier yandan bal olduu
histidin grubunun ileri geri devinimlerine yol aar. Bu devinimler
histidin zerinden tm protein moleklnn boyutlu yapsn etkiler.
Bu yapsal deiiklikler ise, zellikle daha sonra grlecei gibi,
hemoglobinin O
2
ile etkileiminde byk nem tar (ekil 4-19).
O
2
in miyoglobine (ve hemoglobine) balanmas sonucu, bu
proteinlerin sourduu n dalga boyunda da deiiklikler meydana
gelir. O
2
yokluunda bu proteinler en etkin ekilde 550 nm
dalga boyundaki sourur. Buna karn, O
2
-ykl miyoglobin ya da



ekil 4-19. Hem dzleminde Fe
2+
iyonun histidin gruplar
ve O
2
ile etkileimleri.

hemoglobin 530 ve 570 nmlerde iki absorpsiyon (sourum) tepesi
gsterir. Seilen dalga boyuna gre, bu tepelerin yksekliklerindeki
deiikliklere gre proteinin O
2
-balama oranlarnn belirlenmesine
olanak salar (ekil 4-20).
Bu tr bir spektroskopik lm ilemiyle deiik O
2
-ierikli
(yani snrl O
2
-basncna -PO
2
ye sahip) gaz karmlarnda O
2
-balam
miyoglobin oranlar (v) saptandnda, ortaya hiperbolik bir O
2
doyum
(ya da O
2
-ayrm) erisi kar. Yaklak 10 mmHg PO
2
de miyoglobin
moleklleri O
2
ile doyuma ular. Byle bir eriden, daha nce
de belirtildii gibi, proteinin ligandna zg ayrm dursaysn (K
d
yi)
belirlemek olanakldr. Ayrm dursays proteinin ligandyla yar
doyumunu veren ligant deriimine karlk geldiine gre, gaz
niteliindeki ligantlar iin K
d
yerine, genelde, P
50
yani yar
doyumunu salayan PO
2
deeri verilir. Miyoglobine balanmada O
2



ekil 4-20. Grnr k blgesinde oksijen ykl ve
oksijenden yoksun hemoglobinin (oksi- ve
deoksihemoglobinin) sourum spektrumlar.
Miyoglobin ve hemoglobinin sourum
spektrumlar benzeiktir.

iin P
50
l mmHg olarak bulunmutur (ekil 4-21). Atmosferik havada,
akcierin hava keseciklerinde ve kas klcal damarlarnda geerli PO
2

deerlerinin nda (Tablo 4-8), miyoglobin niteliinde bir proteinin
O
2
i kan yoluyla akcierlerden dokuya tamas szkonusu olmayacaktr.
Zira, O
2
e olan yksek ilginlii nedeniyle, miyoglobin tad O
2
i PO
2
l
mmHgnn altna dmedike evreye vermesi olanakl deildir. PO
2

deeri ise, kasta ancak fiziksel etkinlik srasnda 1 mmHgnn altna
debilir. Buna gre, miyoglobin greli yksek ilginlii nedeniyle kasta
O
2
i tutuklayp saklama grevi iin uygun bir proteindir. Ancak, O
2
i
akcierlerden dokulara tamak iin gerekli zellikleri tamamaktadr.
O
2
i kanda fizyolojik adan anlaml bir biimde tamak iin gerekli
koullar ise hemoglobin yerine getirmektedir.



ekil 4-21. Miyoglobinin O
2
-doyum erisi.

PO
2
(mmHg)
Atmosferik hava 160
Akcier (alveoller) 105
Kas (klcal damarlar) 20

Tablo 4-8. Atmosferik hava ve deiik vcut blmelerin-
deki PO
2
deerleri.



Hemoglobin 66,000 dalton molekl arlnda olup, her biri
yaklak 16,500 dalton molekl arlkl drt altbirimden olumutur. Bu
altbirimler iki ayr tipte olup, bir hemoglobin moleklnde her tip
altbirimden iki adet bulunur (ekil 4-22). Altbirim ieriklerine ve yaam
srecinde ortaya ktklar evreye gre deiik hemoglobin tipleri
bulunur.

ekil 4-22. Hemoglobin.

Erikinlerde grlen tm hemoglobin tipleri o-globin zincirli
altbirim yapsna sahiptir. o-globin zincirinin 146 amino asit
iermelerine karn, erikinlerde grlen hemoglobinlerin ierdii ikinci
tip globin, |, o ya da zincirleri 141 amino asit ierir. Hemoglobinin
altbirimlerinin boyutlu yaplar aralarnda ve ayrca miyoglobinin
boyutlu yapsyla byk benzeiklik gsterir. Birincil yaplarndaki
farkllklara karn, boyutlu yaplarndaki benzerlik bu proteinlerin


hepsinin bir atagenin oalm ve deiiminden tremi olduunu
sezindirmektedir.
Tpk miyoglobinde olduu gibi, hemoglobinde de prostetik
grubu O
2
balayan ve hidrofobik bir oyua gml hem grubu oluturur.
Her altbirimde bir hem grubu dolaysyla bir O
2
-balama blgesi
bulunur. Hemoglobin moleklnn drt O
2
- balama blgesi molekln
yzeyinde birbirlerinden eriebilecek en ayrk konumda bulunur.
Altbirimlerin komu altbirimlerle oluturduklar ok sayda hidrojen
kprs hemoglobin moleklnn drdncl yapsnn kalmlln
belirler. Hemoglobin moleklnn O
2
balamas srasnda altbirimler
aralarndaki ibirliini belirleyen zgn kaymalar meydana gelir.
Altbirimlerin temas noktalarn oluturan ve bu ibirlii iin byk nem
tayan amino asitlerin evrim boyunca deimemi olduklar grlr.
Ayrca O
2
tamayan hemoglobinin altbirimleri arasnda tuz balar
bulunur.
Hemoglobin, miyoglobine oranla O
2
balamada gsterdii eitli
ayrcalklarla gze arpar.
1- hemoglobinin O
2
-balama erisi sigmoit ya da S-biimlidir,
2- hemoglobinin O
2
ile yar doyumu iin gerekli PO
2

(P
50
)= 26 mmHg,
3- hemoglobinin O
2
e olan ilginlii ve buna baml olarak
O
2
-doyum erisinin diklii H
+
- iyonlarnn deriimine, CO
2
ya da
2,3-difosfogliserat (2,3-DPG) molekllerinin hemoglobinle etkileimine
baml olarak deiir.
S-biimindeki O
2
- doyum erisi, hemoglobinin dk PO
2
-
deerlerinde O
2
e olan ilginliinin dk olduunu, artan PO
2
-


deerlerinde, baka bir deyimle O
2
balandka, ilginliinin arttn
gsterir. Allosterik dzenleme mekanizmasna zg bu davran,
hemoglobinin altbirimlerinin O
2
-balamada gerekletirdikleri ibirliini
(kooperatif etkileimi) yanstmaktadr. Bu zellii sayesinde hemoglobin,
akcier alveollerinde % 98 (v= 0,98) orannda ykledii O
2
in yaklak
% 65ini periferik dokudaki klcal damarlara geldiinde (O
2
ile doyum
orannn burada % 36 (v= 0,36)ya dmesine kout olarak) brakr.
Normal hemoglobin A moleklnn O
2
i akcierden dokuya tamada
gsterdii % 65lik verime karn, altbirimleri arasnda allosterik bir
ibirlii olmayan, ancak P
50
= 26 mmHg olan bir hemoglobin tipinde bu
verim % 36y, miyoglobinin zelliklerine sahip bir proteinde ise %
4 gemez (ekil 4-23).

ekil 4-23. Hemoglobinin O
2
-doyum erisi.



Miyoglobin ile hemoglobinin O
2
ile etkileimlerinde gsterdikleri
farkl davran Hill tarafndan gelitirilen baz denklemlerle matematiksel
bir anlatm bulmutur: Oksijenin miyoglobine (Mb) balanmas protein
ligant etkileimlerine bir rnek oluturur.

MbO
2
== Mb + O
2

Etkileimin ayrm denge dursays (K
d
)

|Mb| |O
2
|
K
d
= (4-29)
|MbO
2
|

ile tanmlanr.

Burada |MbO
2
|, O
2
ykl miyoglobinin, |Mb| , O
2
den yoksun
miyoglobinin ve balanmam oksijenin (O
2
) deriimlerini (litrede mol)
anlatmaktadr.
Miyoglobinin O
2
ile doyum oran (v) eitlik 4-12dekine benzer
biimde gsterilebilir.

|MbO
2
|
v= . (4-30)
|MbO
2
|+|Mb|

(4-29) ve (4-30) sayl eitliklerin birletirilmesiyle, doyum
orann tanmlayan eitlik (4-31) elde edilir:


|O
2
|
v= . (4-31)
|O
2
|+ K
d

Deriim yerine snrl oksijen basnc PO
2
kullandnda
eitlik (4-31),

PO
2

v= , (4-32)

PO
2
+ P
50

eklinde yazlr.
Hiperbolik bir eri veren eitlik 4-32, oksijen ayrmnda v, PO
2

ve P
50
balantlarn tanmlar.
Ancak, bu eitlik hemoglobinin (ibirlikli (kooperatif) bir
etkileimin alm olan) sigmoidal oksijen ayrm erisini
tanmlamaktan uzaktr. Archibald Hill, kooperatiflik karl stel bir
ilevi katarak yukardaki eitlii hemoglobin gibi proteinler iin geerli
etkileimlere uyarlamtr. (4-32)nin yeniden dzenlenmesiyle elde edilen
eitlik (4-33)te, n bu stel ilevi (Hill katsaysn) simgeler. n ideal
koullarda etkileime giren balanma blgelerinin toplam saysna
karlk gelir.



v (PO
2
)
n

= (4-33)
1-v (P
50
)
n

Eitliin iki yannn logaritmas alndnda,

(v)
log = n logPO
2
- n logP
50
(4-34)
1-v

log (v/(1-v) deerlerinin, nlogPO
2
nin bir ilevi olarak verildii
bir diyagramda, ortaya kan dorunun eimi Hill katsaysn verir
(ekil 4-24). birliinin bulunmad durumlarda, rnein miyoglobinin
O
2
ile etkileiminde n= 1. Hill katsays ibirliine giren balanma
blgelerinin saysyla orantl olarak artar. Ancak, uygulamada
hesaplanan Hill katsays deerleri normalde, ideal koullarda beklenen
deerlerden, daha dk bulunur. Hemoglobin oksijen etkileimlerinde
n= 2,8dir.
1937 ylnda F.Haurowitzin O
2
den yoksun ve O
2
-ykl
hemoglobin rneklerinin oluturduklar kristallerin deiik grntsnde
de gzledii gibi, O
2
in balanmas hemoglobinin boyutlu yapsnda
nemli deiikliklere yol aar. O
2
-balamam hemoglobin, gergin bir
yap, O
2
-bal ve O
2
ne yksek ilginlik kazanm hemoglobin gevek bir
yap zellii gsterir. Bu farkllklar, altbirimler arasnda bulunan
tuz balarndan kaynaklanr. Gergin yap, O
2
-balama blgelerinin
(hem oyuklarnn) boyutlu yapsn etkileyerek O
2
in hem grubuyla
etkileimini zorlatrr.


ekil 4-24. O
2
nin hemoglobin ve miyoglobine balan-
masnn Hill denklemine gre izimi.

O
2
molekllerinin balanmasna baml olarak altbirimlerin boyutlu
yaplarnda meydana gelen deiiklikler ve bu altbirimlerle komu
altbirimleri arasndaki tuz balarnn paralanmas gevek, O
2
-balamaya
daha uygun konformasyonun ortaya kmasn salar (ekil 4-25).
pH deerindeki bir dme sonucu hemoglobinin O
2
i daha
zorlukla balad grlr. Bohr etkisi olarak tannan bu davran O
2
ve
H
+
-iyonlarnn hemoglobine balanmak iin girdikleri yar yanstr. Bu
mekanizma canllarda O
2
ve CO
2
in tanmasnda nem tar. Besin
maddelerinin O
2
e baml (aerob) oksitlenmesi sonucu oluan CO
2
,
H
2
CO
3
e dnerek dokuda pHnn dmesine yol aar. Ayrca, aerob



ekil 4-25. Hemoglobin altbirimlerinde oksijen
balamaya kout olacak kooperatif
konformasyon (ilginlik) deiimi.
Oksijen balanmas altbirimler arasndaki
tuz balarn (kavisli izgiler) ortadan kaldrr.

oksitlenme iin O
2
(rnein fiziksel etkinlik srasnda) yetersiz
kaldnda,besin maddelerinin bir blm oksijen yokluunda (anaerob
olarak) oksitlenir. Bunun sonucu dokuda (H
2
CO
3
gibi pHnn
dmesine neden olan) laktik asit oluur. pHnn dmesi ise aerob
oksitlenme iin gereksinilen O
2
nin dokuda hemoglobinden daha kolay
ayrmasn salar:
aerob+anaerob oksitlenme CO
2
+ (CH
3
CHOHCOOH) H
2
CO
3

(+CH
3
CHOHCOOH)
HCO
3
-
+H
+
(+CH
3
CHOHCOO
-
+H
+
)+HbO
2
HCO
3
-
(+CH
3
CHOHCOO
-
)+Hb-H
+
+O
2



Hemoglobinin serbest H
+
-iyonlarn bu mekanizmayla
kapabilmesi dokuda oluan CO
2
in HCO
3
-
e dnmesini ve bylelikle
CO
2
in kandan akciere iletilmesine olanak salar.
CO
2(gaz)
== CO
2(znm)
== H
2
CO
3
== H
+
+ HCO
3
,
(Aksi durumda, reaksiyonlar dizisinde sa yandaki serbest H
+
iyonlarnn
deriimlerindeki ykselme sonucu iletilebilecek HCO
3
miktarnn ok
kstl kalmas gerekirdi).
Akcierlerde ise, yksek PO
2
deerlerinde O
2
in hemoglobine
balanmasyla aa kan H
+
-iyonlar, dokudakinin tersine, CO
2
in
solunmasn olanakl klar:
O
2
+Hb-H
+
+HCO
3
== Hb-O
2
+H
+
+HCO
3
-
== H
2
CO
3
== CO
2(znm)
+ H
2
O
=== CO
2(gaz)
+ H
2
O
Hemoglobinin O
2
ile etkileimini belirleyen dier nemli bir
etmen, 2,3-difosfogliserat, ksaca 2,3-DPGdir. Bu madde hcre iinde
glikozun ykm (glikoliz) srasnda oluan nemli bir ararn olan
1,3-difosfogliserattan bir yan reaksiyon sonucu oluur.
znm hemoglobinin O
2
e olan ilginliinin eritrosit
iindeki hemoglobininkine oranla ok daha yksek olduu bulunmu,
eritrosit dndaki hemoglobin iin P
50
1 mmHg olarak saptanmtr. Bu
bulgunun altnda yatan mekanizma 1967 ylnda Reinhold Benesch ve
Ruth Beneschin 2,3-DPGnin hemoglobine balanarak onun O
2
e olan
ilginliinin azalmasna yol atn gstermesiyle akla kavumutur.
2,3-DPGnin hemoglobine balanmasyla P
50
deeri bilinen 26
mmHga ulamaktadr (ekil 4-26).


ekil 4-26. 2,3-DPGnin O
2
nin hemoglobine
balanmasna etkisi.

2,3-DPG yokluunda hemoglobinin akcierde ykledii O
2
i
dokuya iletme yeteneini byk lde yitirmesi, 2,3-DPGnin
fizyolojik nemini vurgular. Hemoglobin bana tek bir 2,3-DPG
molekl, hemoglobinin ortasndaki, drt altbirimin histidin gibi
elektropozitif gruplarnn evreledii, oyua balanr. Fetal hemoglobin
(HbF) ise normal erikin hemoglobini (HbA)ne oranla O
2
e daha yksek
bir ilginlik gsterir. Fetal hemoglobinin -zincirlerinin, hemoglobin
Ann |-zincirinin aksine, 2,3-DPG ile etkileen histidin gruplarnn
yerine serin gruplar tamas, 2,3-DPG balama blgesinin elektropozitif
niteliini deitirir. Fetal hemoglobinin elektronegatif 2,3-DPG
molekln HbA kadar sk balayamamas, gzlenen yksek O
2

ilginliine yol aar. Dier yandan, O
2
e olan yksek ilginlii, O
2
-
deriiminin akcierlere oranla ok daha dk olduu plasenta
dokusunda, HbFin HbAdan O
2
i devralmasn kolaylatrr.


2,3-DPGnin eritrosit iindeki deriimindeki deimeler klinik
uygulamada nem kazanabilir. rnein uzun sre durmu kan
konservelerinde 2,3-DPG deriiminin 4,5 mMdan 0,5 mMa kadar
dmesi, O
2
iletim ilevi byk lde bozulmu bir kann (dolaysyla
ameliyatlarda nemli sorun yaratabilecek bir durumun) ortaya kmasna
neden olabilir.
4.3.4. Nkleik asitler
Nkleik asitler, informatif makromolekllerin ikinci ana snfn
oluturur. Hcrede kaltsal bilginin tanma ve iletilmesi ilevini
stlenmi olan bu molekller, tpk proteinler gibi birden ok yaptann
zgn bir srada ardak dizilmeleriyle oluur.
Nkleik asitlerin temsilcileri DNA ve RNA moleklleri, drt eit
nkleotit ad verilen yaptandan kurulur. Bir nkleotit molekl ise bir
ya da birden ok sayda fosfat grubundan, be karbon atomlu bir eker
(pentoz) moleklnden ve nitrojen ierikli heterosiklik (ok trel halkal)
bir bazdan oluur (ekil 4-27). DNAda eker blmne, ikinci karbon
atomu zerindeki hidroksil grubundan yoksun, deoksiriboz, RNAdaki
eker blmne ise bir riboz molekl karlk gelir. Nkleotitler, adenin
ve guanin gibi purin, ya da sitozin ve timin gibi pirimidin bazlarn
ierir. RNA moleklnde timinin yerini dier bir pirimidin tr olan
(ve halkann 5.konumundaki -CH
3
grubundan yoksun) urasil almtr.
eker moleklnn birinci karbon atomu ile bazlarn
(pirimidinlerde nc konumdaki, purinlerde ise dokuzuncu
konumdaki) nitrojen atomu arasnda kurulan (C-N) ba() sonucu
nkleositler oluur. Bir nkleosidin eker moleklnn nc ya da
beinci karbon atomunun tad hidroksil grubuna bir fosfat grubunun


ester ba ile balanmas sonucu ise nkleotitler meydana gelir. Fosfat
grubuna, dier yandan, anhidrit balar ile bir ya da iki fosfat grubu daha
balanabilir. Buna gre, nkleosit mono-, di- ya da trifosfattan sz edilir.
Nkleotitlerin fosfodiester balar ile birlemeleriyle polinkleotit
zincirleri meydana gelir. erdikleri yaptalarna gre polinkleotitler,
poliribonkleotitler (RNA zincirleri) ya da polideoksiribonkleotitler
(DNA zincirleri) olarak tanmlanr. Polinkleotitleri meydana getiren
fosfodiester balar, genelde bir nkleotidin eker moleklnn 5-OH
grubu ile dier bir nkleotidin eker moleklnn 3-OH grubu arasnda
oluur (53 fosfodiester balar).
Nkleositler, ak kimyasal forml yerine, ematik olarak, bazn
byk ba harfi ve bu harften aaya dikey ekilmi ve eker
molekln simgeleyen bir izgiyle gsterilebilir.



ekil 4-27. Nkleotitler.
izginin st ucu eker moleklnn 1., alt ucu ise 5.karbon atomunu
temsil eder. Alt utan dikey izgiyle bir dar a oluturacak biimde
ekilen ikinci bir izgi ise, nkleotidin fosfat grubu ya da gruplarn
gsterir. Ayn yaklamla polinkleotitleri de ematik olarak gstermek
olanakldr (ekil 4-28).



ekil 4-28. Nkleotit ve polinkleotitlerin basitletirilmi
gsterili biimi.

Bir polinkleotit zincirinin deiken elerini, purin ve pirimidin
bazlar oluturur. eker ve fosfat gruplar ise zincirlerin yinelenen
deimez nitelikli yaptalardr. Buna gre, bir polinkleotit zincirinin
tad bilgi drt eit bazn dizilme srasna gre belirlenir. 5 3
fosfodiester balar, polinkleotit zincirlerine farkl nitelikli iki u
(serbest bir 5-fosfat ucu ve serbest bir 3-OH ucu) kazandrr. Bylece
polinkleotit zincirleri tpk polipeptit zincirleri gibi tadklar deiik
nitelikli ular nedeniyle birincil yaplarnda zgn bir ynelim gsterir:

polinkleotit 5-P ucu 3-OH ucu
polipeptit NH
2
ucu -COOH ucu

nformatif makromolekllerin yaptalarnn diziliindeki ynelim
benzerlii ile kaltsal bilginin iletilmesi arasnda daha sonra da grlecei
gibi nemli bir bant vardr.


4.3.4.1.. DNA molekl
Krkl yllarda yrtlen ve DNAnn kaltsal bilginin taycs
olduunu gsteren deneyler zerine younlaan almalar, ellili yllarda
DNA moleklnn boyutlu yapsnn aydnlanmas ve kaltsal bilginin
saklanma ve iletilmesini belirleyen mekanizmalarn aklanmasyla
sonulanmtr. Krkl yllarda nce Chargaff, DNAnn baz ieriini
inceleyerek adenin ile timin ve guanin ile sitozin miktarlarnn yaklak
eit olduunu gstermitir:

DNA

A ~ T
G ~ C

Chargaffn ok sayda deiik canldan elde edilen DNA
rneklerinin baz ieriini inceleyerek yapt bu gzlemi Wilkinsin
DNA kristallerinde X-nlar salma yntemiyle yrtt almalar
izlemitir. Bu almalar, DNAnn yapsnn dnmsel olarak
kendisini yineleyen bir zellik gsterdiini ortaya koymutur. Ayrca,
DNA moleklnn iki DNA zincirinden olutuu, bazlarn dzlemsel
yaplaryla molekln i blmnde eksene dikey konumda
tabakalandn, eker ve fosfat gruplarnn ise molekln d blmnde
ve molekl boyunca dizili olduu saptanmtr.
Watson ve Crickin, 1953 ylnda bu bulgular deerlendirerek,
nerdikleri DNA modeline gre ise, DNAy oluturan ve ters ynelimli


(antiparalel) iki zincir ortak bir eksen etrafnda kvrlarak bir ift sarmal
meydana getirir. Bu sarmaln her bir dnm 34 uzunluunda olup, 10
nkleotit ifti ierir. Her zinciri oluturan nkleotitlerin deoksiriboz ve
fosfat gibi hidrofilik gruplar da yani su fazna dnk, hidrofobik
nitelikte dzlemsel bazlar ise zincirler arasndaki i bolua dnk
konumdadr. Model ayrca Chargaffn buluundan hareketle her
zincirdeki adeninin karsnda dier zincirde bir timinin ve her guaninin
karsnda da bir sitozin moleklnn yer aldn, karlkl sralanan bu
purin-pirimidin iftlerinin aralarnda hidrojen kprleri kurduklarn
varsayar. Byle hidrojen kprleri araclyla iftler meydana getiren
bazlarn birbirlerini tmleyici davran komplementerlik olarak
adlandrlr. DNA dizilerinin tmleyici bazlar arasndaki hidrojen
kprleri, stste tabakalanm (stacked) bazlar arasndaki
dispersiyon gleri (bkz. Blm 2.1.2.2 ), da ynelik polar nitelikli
fosfat ve eker gruplarnn su evresiyle kurduklar hidrojen kprleri,
ift sarmal yapsnn kalmlln belirler (ekil 4-29).
Watson ve Crick modelindeki yap, DNA B yaps olarak ta
tannmaktadr. Sa ynelimli bir ift sarmal olan B yapsnda, eker ve
fosfat iskeletinin kvrmlarnn uzayda eit aralkl sralanmamas,
DNA zincirleri arasndaki oyuklarn eitsizliini belirler. Buna bal
olarak, yapda srasyla deien kk ve byk oyuklardan sz edilir.
DNA zincirlerinin karlkl oluturduklar baz iftleri ve bunlarn
tadklar nitrojen ve oksijen atomlar byk ve kk oyuklarn
tabann, oluturur (ekil 4-30). Bazlara zg ve hidrojen kprleri
kurma zelliine sahip gruplar iermeleri nedeniyle, DNA ile zgn


biimde, baz dizilerini tanyarak, etkileen dzenleyici nitelikli proteinler
ncelikle bu oyuklara balanr.
Baz iftleri arasnda kurulan hidrojen balar, DNA ift sarmal
yapsnn kalmlln belirleyen en nemli bir etken olduuna gre,
ierdikleri hidrojen ba saysndaki farklla bal olarak G C ve A =
T baz iftlerinin kalmla katks farkl olur. Buna gre, G C ieriiyle
orantl olarak DNA moleklnn denatrlendii, yani tek ipliklerine
ayrt scaklk yksek olacaktr (ekil 4-31).
Gnmzde DNA B yapsnn yan sra, DNA A ve DNA Z
yaplar da bilinmektedir (ekil 4-32). DNAnn bu deiik yapsnn
zellikleri Tablo 4-9da karlatrmal olarak gsterilmektedir.
Doada DNA ular serbest, dz ve ak ya da kovalent biimde
kapanm (halkasal) biimlerde bulunabilir (ekil 4-33). akteri, virs

ekil 4-29. DNA ift sarmal yaps. skelet modeli.


ekil 4-30. Baz iftleri arasnda oluan hidrojen balar ve
baz iftlerinin kk ve byk oyuklara
ynelik konumu.



ekil 4-31. DNAnn denatrlenmesinin G+C
ieriine bamll.

ya da mitokondrilerde bulunan DNA, genelde halkasal niteliklidir. Bunun
tesinde, bu kapal DNA molekller ou zaman kendi stne sarlm
bir bobin (supercoiled) durumda bulunur. Genelde, sa ynelimli
olarak bulunan stsarmal pozitif, sol ynelimli stsarmal negatif olarak
tanmlanr.


DNAnn byle bir stsarmal yapsna dnmesi enerjetik
nedenlere dayanr. ift sarmal yap ayn ekilde DNAnn en kalml,

ekil 4-32. A, B ve Z DNA



en gevek ve en dk enerji dzeyli yapsna karlk gelir. Bu yapnn
dzenindeki bir deiiklik, rnein sarmal yapnn belirli bir
birimindeki dnm saylarnn azaltlmas (sarmal yapnn almas) ya
da oaltlmas (sarmal yapnn daha skk duruma getirilmesi),
sistemin enerjetik konumunu bozar ve yapy gerilimli bir duruma
getirir. DNAnn gerilimden arndrlmas, ste sarlma (supercoiling)

A B Z
-Biim yayvan orta kalnlkta ince uzun
-Baz ifti bana
ykselme
2.3 3.4 3.8
-Sarmal ap 25.5 23.7 18.4
-Sarmal dn
yn
sa sa sol
-Glikosidik ba anti anti anti C,T,syn G
-Sarmal dn
bana baz ifti
11 10.4 12
-Sarmal dn
ykseklii
24.6 33.2 45.6
-Baz iftleri
aras
dn as
33
o
36
o
-60
o

-Byk oyuk dar/derin geni/derin dz
-Kk oyuk geni/s dar/derin ok dar/ok
derin

Tablo 4-9 A, B ve Z DNA yaplarnn zellikleri.


yoluyla olanakl olur. DNAnn ift sarmalnn bir dnmlk alm,
genelde sa yndeki bir stsarmal, DNA ift sarmalna bir dnmlk
kvrlmann eklenmesi ise sol yndeki bir stsarmal ile dengelenir (ekil
4-34).

ekil 4-33. stsarmall DNA (supercoiled DNA).

Yukarda belirtilmi olduu gibi, s yoluyla DNA iftsarmal
yapsn oluturan DNA zincirlerini birbirlerinden ayrtrmak, yani
DNAy denatrlemek mmkndr. Denatrlenme kooperatif bir olay
olup, belirli bir scaklkta hzla gerekleir (ekil 4-35). DNAnn erime
scakl (temperature of melting ya da ksaca Tm) olarak gsterilen
bu scaklkta DNA yar yarya ipliklerine ayrr. Tm, DNAnn



ekil 4-34. stsarmal oluumu.

baz ieriine baml olup, G + C ieriiyle orantl olarak ykselir
(bkz.ekil 4-31).
DNAnn denatrlenmesi, spektrofotometrik olarak araclyla
izlenebilir. DNAy oluturan nkleotitler (somut olarak bunlarn
ierdii bazlar) 260 nmde etkin biimde sourma yeteneine
sahiptir (ekil 4-36). Buna bal olarak nkleik asitler de 260 nmde



ekil 4-35. DNAnn denatrlenmesi.

ekil 4-36. Denatrlenmenin DNAnn sourum
zelliklerine etkisi.
yksek bir sourum (absorpsiyon A
260
) deeri gsterir. Bu zellikleri
nkleik asitlerin zeltilerdeki varln ve miktarnn belirtimi iin ok
yaygn biimde kullanlr. Ancak, DNA ift sarmal yapsnda stste


tabakalanm baz iftleri znm bazlara ya da zeltideki serbest
DNA zincirlerin ierdii bazlara oranla 260 nmde (yaklak % 34
orannda) daha az sourur. Hipokromi olarak adlandrlan bu
davran, DNAnn ipliklerinin birlemesinin bir gstergesi olarak
kullanlr. Yksek slarda ayran DNA iplikleri, iinde bulunduklar
zeltinin yeniden soumasyla (rnein Tm deerinin birka derece
altnda) yeniden birleerek ift sarmal yapy oluturur. A
260
deerindeki
azalma ile izlenen bu yeniden birleme reaksiyonunun hz (ikincil
derecede bir tepkime olarak (bkz.Blm 7.2)) ayrk zincirlerdeki birbirini
tmleyici (komplementer) baz dizilerinin deriimine bamldr. DNA
deriimi (ipliklerin toplam nkleotit ierii) sabit tutulduunda, yeniden
birleme oran yinelenen dizilerin bulunduu bir DNA rneinde,
dizilerin tekil (yinelenmeyen) nitelikli olduu bir DNA rneinden daha
yksek olacaktr. Tekil nitelikli diziler olarak haploit kromozomda tek
kopya olarak bulunan kaltsal bilgi birimleri (rnein klasik anlamyla
genler) tanmlanr.
Yukardaki dncelerden hareketle gelitirilen bir deney
dzeneinde yeniden birleim hz, Cot (Cot = C
o
(nkleotit deriimi
(M) x t (zaman)) terimi ile anlatlr. Denatrlenmi DNA deriiminin
(C
o
), t sreli bir yeni birleme sreci sonunda denatrlenmi olarak kalan
DNA deriimine (C) orann tanmlayan bir eitlikte,



C 1
= (4 - 35)
C
o
1 + kCot

C/C
o
oran, k (birleim hz dursays ve Cot deerine baldr.
Cot lmleri, yaklak 400 baz iftlik paralara indirgenmi bir DNA
rneinin bulunduu bir tepkime ortamnda gerekletirilir. Tm
deerinin yaklak 30
o
C altnda yrtlen bir yeniden birleim deneyinde
C/C
o
deerleri, Cot deerlerinin ilevi olarak gsterilir (ekil 4-37).
Ortaya kan erilerin biimi ve konumu DNA rneklerinin baz ieriine
k tutmas asnda nem tar. ncelenen DNAnn byklne (sabit
kalan DNA deriimde greli olarak seyreden tmleyici dizilerin
birbirlerini bulurak birlemeleri iin gereksindikleri srenin (t)
uzamasna) bal olarak birleim iin gerekli Cot deeri de
byyecektir. Yinelenen dizilerden oluan bir rnek ise (en basiti poli U
+ poli A) kk bir Cot deerine sahip olacaktr. Baka bir deyimle,
yinelenen yakn dizilerin birlemesi, bir lt olarak E.coli DNAsna
oranla yaklak 10
6
kat daha hzl gerekleir. Dier yandan, insan
DNAsnn yinelenmeyen dizileri E.coli DNAsna oranla 10
3
kat daha
yava birleecektir.
karyot DNAs, yeni birleim hz asndan incelendiinde,
ortaya karmak eli (ok hzl, hzl ve yava bilekenlerden oluan)
bir eri kmtr. Erinin analizi karyot DNAsnn % 10-15inin ok
kez yinelenen dizilere % 25-40lk blmnn ise tek kopyal dizilere
karlk geldiini gstermitir (ekil 4-38).



ekil 4-37. DNA birleim erisi. ekil idealle-
tirilmi koullarda gerekleecek ikincil
derecede bir tepkime sonucunu
betimlemektedir.

ekil 4-38. Farkl kaynakl DNA rneklerinin Cot
erileri. Srasyla poli U+poli A
sentetipolinkleotitleri a) fare uydu ("mouse
satellite") DNA kesimi;
MS-2, faj DNA's; T4, faj DNA's; b) dana
DNA's yinelenmeyen diziler kesimi.


4.3.5. Karbonhidratlar (Polisakkaritler)
Makromolekllerin dier bir ana grubudur. Polihidroksialdehit ya
da keton niteliindeki monosakkaritler, karbonhidratlarn yaptalarn
oluturur. Monosakkaritler, (CH
2
O)
n
kapal formlne sahiptir.
Monosakkaritlerin ierdii karbon atomlar 2-8 arasnda deiebilir.
Buna bal olarak ta monosakkaritler dioz, triyoz, tetroz, pentoz ve
heksoz adlar altnda snflandrlr. Monosakkaritler tadklar hidroksil
gruplarnn simetrik olmayan dalmlarna bal olarak gliseraldehidin
rneinde olduu gibi ayna grnts izomerisi gsterir (ekil 4-39).

ekil 4-39. Gliseraldehit rneinde ayna grnts
izomerisi.

Bu simetrik olmayan dalma bal olarak monosakkaritler optik
adan etkindir. Polarlam saa ya da sola evirme zelliklerine
gre monosakkaritler D- ve L-tiplerine ayrlr. Canllarda n planda D-
tipi monosakkaritler bulunur. Monosakkaritler tadklar ok sayda


hidroksil grubu nedeniyle suda zellikle kolay znr, suyu sever
(hidrofilik) bileiklerdir. Suda aldehit ya da keto grubunun hidroksil
gruplarnn biriyle (rnein pentozlarda 4.karbon atomu, heksozlarda ise
5.karbon atomu zerindeki hidroksil grubuyla) tepkime sonucu
oluturduu yarasetal zerinden halkasal (piranoz) yaplar oluur (ekil
4-40).Halkasal yaps hidroksil grubunun dzlemden aa ya da yukar
bakmasna bal olarak halka yapsnn o- ve | -izomerleri meydana gelir
(ekil 4-41).

ekil 4-40. eker molekllerinin yarasetal oluumu
zerinden halkasallamas. Piranoz yap-
larnn oluumu.



Monosakkaritler, hidroksil gruplar zerinden fosfat grubuyla
ester balar oluturur. Monosakkaritlerin hcre metabolizmasna katlm
bu tr fosfat bileikleri zerinden gerekleir.

,

ekil 4-41. Glikozun optik etkinlie sahip o- ve |-stereo-
izomerleri (Haworth izdm formlleri).

ki monosakkaritin birlemesiyle disakkaritler trer. Mono-
sakkaritlerin birlemesine yol aan bu balar glikosit balar olarak ta
adlandrlr. Glikosit balar genellikle bir yarasetal hidroksil grubu ile


ikinci monosakkaritin 4. ya da 6. hidroksil grubu arasnda oluur
(rnein o(14) glikosit ba) (ekil 4-42).

ekil 4-42. Baz disakkarit trleri.



Byle glikosit balaryla treyen 2-10 monosakkarit ierikli
bileikler oligosakkarit, 10un zerinde monomer ieren bileikler ise,
polisakkaritler olarak tanmlanr. zellikle heksozlardan tremi
polisakkaritler, canllar iin byk nem tar. Molekl arlklar
>milyon daltona ulaabilen polisakkaritler, canllarda yapta ve enerji
depolar ilevlerini stlenir. rnein |-glikosit balaryla olumu
selloz, canllarda karlalan en yaygn yapsal molekldr ve bitkisel
dokunun iskeletini oluturur. Bitkilerde bulunan ikinci ana polisakkarit
tipini temsil eden niasta ise, o-glikoz molekllerinin o(14) ve
o(16) glikosit balaryla birlemesiyle treyen dallanm bir
polisakkarittir. Hayvan hcrelerinde ise benzer balarla glikojen oluur.

4.3.6. Lipitler
Makromolekllerin drdnc ana snfn lipitler oluturur.
Lipitler, apolar ve polar blmlere sahip (yani amfipatik nitelikte)
molekllerdir. Bu zellikleriyle suda zel ynelim gsterir. Polar gruplar
su evresine yneliktir. Polar olmayan gruplar ise su iinde zgn (misel
ya da ift lipit tabakalar gibi) yaplar oluturur. Lipitler, ya asitleri, ya
asidi bileikleri ve izopren trevleri olarak ana snf kapsar. Ya
asitleri bir ularnda karboksil grubu tayan deiik uzunlukta
hidrokarbon zincirlerinden oluur:
O

/
CH
3
(CH
2
)
n
C
\
OH


Doada bulunan ya asitlerinin ierdii karbon atomlar ift sayl
olup, sentezleri eklenen iki karbon atomlu birimler (asetik asit gruplar)
zerinden gerekleir. Hidrokarbon zincirlerinin hidrojenle doyma
derecesine gre doymu ve doymam ya asitlerinden sz edilir.
Doymam ya asitleri, bir ya da daha ok sayda ift kovalent
ierir. Hcre membranlarnn yapta olarak fosfolipit, glikolipit gibi ya
asidi bileikleri ve kolesterol gibi izopren trevlerine nemli grev
dt grlr.
Fosfolipitler, gliserol gibi ya da sifongosin gibi bir alkol ierir.
Gliseroldan treyen fosfolipitler, fosfogliseritler olarak tanmlanr.
Gliserolun iki hidroksil grubu ya asitleriyle, nc hidroksil grubu ise
bir fosfat grubuyla esterlemitir. Fosfat ayrca kolin, serin, etanolamin,
gliserol ya da inositol gibi ikinci bir alkol grubuyla da) esterleebilir
(ekil 4-43):
O

CH
2
O C (CH
2
)
n
CH
3

O

CH O C (CH
2
)
n
CH
3

O

CH
2
O P O CH
2
CH
2
N
+
(CH
3
)
3

O

ekil 4-43. Fosfotidil kolin.



Fosfotidil kolinin rneinde grlen amfipatik yap dzeni, bu
grubun dier temsilcileri iin de geerlidir. Bu ortak yap ematik olarak
ekil 4-44te gsterilmektedir..

G
Ya asidi l
i
s
Ya asidi e
r
o fosfat kolin
l

ekil 4-44. Fosfogliseritlerin ortak yaps.

Sfingosinden treyen fosfolipitlerin en yaygn temsilcisi,
sfingomiyelindir. Karmak yapl ve amino grubu ierikli sfingosin
amino grubu zerinden peptit ba ile bir ya asidi ile birlemitir.
Sfingosinin hidroksil grubu bir fosfat grubu, fosfat grubu ise
ayrca bir kolin ile esterlemitir (ekil 4-45).



H H
,
CH
3
(CH
2
)
12
C=CHC CHCH
2
OPOCH
2
CH
2
-N
+
(CH
3
)
3

OH NH O

CH
3
(CH
2
)
n
C=O

Sfingomiyelin
sifingosin fosfatkolin
Ya asidi
ekil 4-45. Sfingomiyelin ve ematik gsterilii.

Lipitlerin ikinci ana grubunu oluturan glikolipitler de bir
sifingosin ve onunla peptit bayla birlemi bir ya asidinden tremitir.
U hidroksil grubu, bir eker molekl (mono ya da oligosakkarit) ile
birleiktir (ekil 4-46).

sfingosin eker
ya asidi

ekil 4-46. Glikolipitlerin ortak yaps.

Buna gre, fosfolipit ve glikolipitlerin yaplar byk benzerlik
gstermektedir. Bu molekller basitletirilmi ve amfipatik zellikleri


daha da vurgulanarak polar bir ba ile birlikte kar ynde uzanan iki
hidrokarbon kuyruktan olumu yaplar olarak gsterilir (ekil 4-47).

polar ba

hidrokarbon zincirleri
(hidrofobik zelliktedir)

ekil 4-47. Fosfolipit ve glikolipitlerin ortak yaplar.

Fosfolipitler, yukarda da belirtildii gibi, suda amfipatik
zelliklerine bal olarak misel ya da ift tabaka gibi yaplar oluturur
(ekil 4-48).

misel ift lipit tabakas

ekil 4-48. Fosfolipitlerin oluturduu zgn yap
biimleri.

zellikle ift tabaka olumas sonucu byk boyutlara ulaan
dzlemsel yaplar meydana gelir. Ortamdaki iddetli bir alkant sonucu


bu yaplarn lipozom ad verilen kresel biimler aldklar grlr
(ekil 4-49).

ekil 4-49. Lipozomun ematik ekli.

Lipozomlar, evresinden bir membranla ayrlm hcrenin nc
bir modeli olarak dnmek mmkndr. Gerekten de, ift lipit yaprakl
hcre membranlarnn ana yapsn oluturur. Kolestrol ise isoprenoit
trevi lipitlerin altgrubu olan steroitlerin nemli bir temsilcisidir
(ekil 4-50). Yksek canllarn hcre membranlarnda bulunur. 2-OH
grubu nedeniyle amfipatik niteliktedir.



ekil 4-50. Kolesterol (ak forml ve uzay dolduran
modeli).

4.3.7. Makromolekl yaptalar ve ara molekller
Hcre yaptalar arasnda, su ve makromolekllerin yan sra,
makromolekl yaptalar ve ara molekllerin baz temsilcilerine ksa
deinilmesinde yarar olacaktr. Bu molekller ile daha ilerideki konularn
kapsamnda da karlalacaktr. Bu balamda, nkleosit trifosfatlar ve,


zellikle, ATP nkleik asit yaptalar olarak stlendikleri grevin
tesinde hcrenin enerji metabolizmasnda ve enerji aktarmnda
yaamsal bir ilevi yerine getirir. Ayn ekilde NAD, NADP, ve FAD
hcrede elektron tayclar olarak pek ok metabolik srete rol oynar
ve indirgenme-ykseltgenme (redoks) olaylarnn gereklemesini salar
(ekil 4-51).

ekil 4-51. Elektron tayclar.



5. Biyoenerjetik
5.1. Giri
Enerji, bir olayn gerekleebilirliini ve ynn belirleyen g
ya da, gnlk gzlem ve deneyimlerin adm banda anmsatt gibi, bir
ii gerekletirme yetenei olarak tanmlanr. Doada kendiliinden
gerekleen bir olay ile bir i arasnda nemli bir fark bulunur. rnein,
ele alnarak yksee kaldrlan bir tan, brakldnda, yere dmesi,
kendiliinden gereklemesi beklenen bir olaydr. Bu olay enerji
gerektirmedii gibi, bir i olarak ta tanmlanamaz. Ayrca dme olay,
tan yksee kaldrlmas srasnda kazanlan gizil (potansiyel) enerjinin
de yitimiyle sonulanr. Tan yksee kaldrlmas ise (enerji gerektiren)
bir i olarak tanmlanr. Bu i srasnda madde daha stn bir enerji
dzeyine ve olasl daha dk bir konuma getirilir.
Termodinamik, enerji ve madde arasndaki ilikileri inceleyen
fizik daldr. Termodinamik ilke ve yntemlerin araclyla biyolojik
olaylar inceleyen bilim dalna ise Biyoenerjetik ad verilir..
5.2. Termodinamik kurallar
Klasik termodinamik, maddenin basn, hacm, s ve kimyasal
bileimi gibi fiziksel ve kimyasal zellikleriyle uraan bir bilim daldr.
Zaman kavram, ayrca, bir olayn ya da kimyasal tepkimenin hangi
mekanizma ya da hangi yoldan olutuu termodinamik kapsamna
girmez. Termodinamik, bir kimyasal ya da fiziksel olay srasnda, belirli
bir madde grubunu kapsayan bir sistemde meydana gelen enerji
deiikliklerini ler. (ekil 5-1). Sistemin dndaki maddenin tm bu
balamda evre olarak


evre
(Dzensizlik) Entropi artar, eksilir ya da sabit kalr.

Sistem
Serbest enerji daima artar.
Entropi artar, azalr ya da
sabit kalr.

Sistem ve evre
arasnda s alverii
olur.

Evren= Sistem+evre
Evrenin toplam enerjisi sabit kalr.
Evrenin entropisi artar.

ekil 5-1. Sistemin evre ile olan etkileiminde entropi
ve serbest enerji deiiklii (Sabit basn ve
scaklkta).

tanmlanr. evresiyle enerji ve madde alveriinin olup olmamasna
gre sistemler ana gruba ayrlr:
1. yaltlm sistemde hacim, ktle ve enerji deimez, zira byle
bir sistem evre ile ne enerji, ne de madde alveriinde bulunur.
2. kapal sistemde evre ile yalnzca enerji alverii olanakldr.
3. ak sistemde ise, evreyle gerek enerji ve gerekse madde
alverii gerekleir. Canllar termodinamik adan ak sistem
kapsamna girer.


5.2.1. Termodinamiin birinci kural
Bu kural evrende enerji miktarnn deimediini, ancak enerjinin
bir ekilden dierine (rnein s enerjisinden mekanik enerjiye ya da
tersine) dnebileceini syler. Kinetik enerji formlne,

E
kin
= 1/2 mv
2
, (5-1)

gre, molekllerin enerji dzeyi hzlarnn karesine orantldr. Bir gaz
karm (ya da bir sv ve hatta kat evre) iinde, molekller deiik
devinim durumlarnda bulunabilir. Bunlar, aralarndaki etkilemeler ve
arpmalar sonucu, deiik yn ve hzlarda devinebilir, geici olarak ta
durabilir. Dolaysyla, eitlik 5-1e gre, moleklleri deiik enerji
dzeylerinde bulmak olanakldr.
Molekllerin ortalama hz deeri (kinetik enerji dzeyi) scaklkla
orantl olarak artarak bir eik deere yaklar. Bu eik deer bir olayn
(tepkimenin) gereklemesi iin gerekli enerji dzeyi olup, aktifleme
enerjisi olarak adlandrlr (ekil 5-2).



ekil 5-2. Scakla bal olarak sistemin aktifleme
enerji dzeyinin belirlenmesi.

Scaklk artyla birlikte aktifleme enerjisine ulaan
molekllerin orannn artmas tepkime olaslnn artmasna da neden
olur. Byle bir sisteme dardan iletilen s, molekllerin termik
devinimini, dolaysyla kinetiksel enerjisini (=sistemin i enerjisini)
artrr:

AE = AQ, (5-2)
AE = i enerjide deime;
AQ = sisteme iletilen s.

Ancak bu arada sisteme iletilen enerji ie de dntrlebilir:
(ekil 5-3).



ekil 5-3. Bir sistemde verilen enerjinin (AQ)
ie (AI) dntrlmesi.

A I = pAV (5-3)
AI = yaplan i;
p = basn;
AV = hacimde deime
Bu durumda, sistemin i enerjisindeki deime sisteme iletilen
enerji ile yaplan iin farkna eit olur.

AE = AQ - pAV (5-4)

Buna gre, evreden iletilen enerji (AQ) lsnde sistemin i
enerjisinde art olur (AE), ya da enerjinin bir blm mekanik enerjiye
(pAV), yani ie dntrlr. Ancak, sonuta sistem ve evresinin toplam
enerjisinde birinci kuraln ngrd gibi bir deime olmaz. Canl
sistemlerde olaylar deimeyen scaklk ve hacimlerde gerekletiinden,
pAV, ihmal edilebilir bir deerde kalr. evreden salanan enerji ise
ATPnin arac olduu zgn kimyasal tepkimelerde biyolojik ie
dnr.



5.2.2. Termodinamiin ikinci kural
Bu kural, bir olayn kendiliinden gerekleebilirliinin
koullarn tanmlar. Doada kendiliinden oluan olaylar genelde enerji
yitimiyle sonulanr. Bir gaz karmn ieren bir kabn ayn byklkte
ii bo bir ikinci kaba balanmas bunun iin rnek alnabilir. Birinci
kaptaki gaz molekllerinin bazlar tadklar kinetik enerji sonucu ikinci
kaba geer ve bir sre sonra her iki kaptaki molekl says eitlenir. Gaz
molekllerinin (ve dolaysyla sistemin) enerjisi bu dalmayla orantl
olarak azalr (ekil 5-4).
Bu tr gzlemlerden doada kendiliinden oluan ve geriye
dnm olmayan olaylarda sistemin i enerjisindeki azalmann
tek belirleyici olduu sonucu karlabilir. Ancak, doadaki olaylarn
hepsi iin bu ilke geerli deildir.

ekil 5-4. Bir sistemde i enerjide azalma.



rnein buzun erimesi,

H
2
O
buz
H
2
O
sv
,

O
o
C ve zerindeki scaklklarda sistemin i enerjisinin artmasna karn
kendiliinden gerekleir. Buna gre, bir olayn kendiliinden
gerekleebilirliini yalnzca sistemin i enerjisinin deiimiyle
aklamak olanakl deildir. Gerekleebilirlii belirleyen baka bir etken
daha bulunmaktadr. Ele alnan rnekte sistemin i enerjisinin artmasnn
yansra dzenin azalmas (ya da dzensizlikte artma) szkonusudur.
Zira, su molekllerinin buzun kristal yap dzenini brakarak daha dk
dzeyli bir dzene, yani sv evresine gemektedir. Maddenin dzensizlik
durumu, istatistiksel adan molekllerin rastlantsal dal ya da
oluma olaslnn daha yksek olduu durum, entropi (S) olarak
adlandrlr.
Kendiliinden ve geridnmsz biimde gerekleen olaylarda sistem
ve evrede entropi artar:

AS
sistem
+ AS
evre
> 0 (5-5)

Bu olgu, termodinamiin ikinci ana kural olarak tanmlanr. Entropi
deiiklii enerji boyutuna sahiptir:

Q
S = (cal.mol
-1o
K
-1
) (5-6)
T



evredeki entropi deiimi,

evre tarafndan sourulan enerji
AS
evre
= , (5-7)
T

olarak anlatlr. evredeki entropi deiimi, rnein art, sistemin i
enerjisindeki azalmaya kout olarak gerekleir:

AE
sistem

AS
evre
= . (5-8)
T

Buna gre, geri dnmsz olaylar, eitlik 5-8'in 5-5'e yerletirilmesi,

AE
sistem

AS
sistem
- > 0 , (5-9)
T

ve yeniden dzenleme ile,

AE
sistem
- TAS
sistem
< 0 , (5-10)

balants ile anlatlr. Bu bant olaylarn ynnn sistemin i enerji ve
entropi deiiminin ortak ilevi olarak belirlendiini ortaya koymaktadr.
Bu ortak ilev iin serbest enerji (Gibbs enerjisi ya da ksaca G) ifadesi
kullanlr:


AE - TAS = AG < 0 (5-11)
Serbest enerji, tepkimenin ynn ya da gerekleebilirliini belirleyen
ve i iin deerlendirilebilen enerji eklidir. Serbest enerji deiiminin
sfr olmas denge durumunu, eksi deer tamas olayn serbest enerjide
azalmayla, yani kendiliinden, gerekleeceini, art deer ise olayn
olumasnn saysal deer lsnde serbest enerji gereksinimi olduunu
gsterir. Serbest enerjinin simgesinin belirlenmesinde i enerji ve entropi
deiikliklerinin saysal katklarnn nemi yeniden,
H
2
O
sv
H
2
O
buz
,
dnm rneinde grlebilir (Tablo 5-1). Bu dnm srecinde i
enerji farkl scaklkta (-10
o
C, 0
o
C ve 10
o
C)da azalmakta, stelik bu
azalma 10
o
Cta dier scaklklara oranla daha da fazla olmaktadr. Ancak,
dnm i enerjideki azalma miktarnn negatif entropi yani dzendeki
art miktarn aamamas sonucu gerekleememektedir (pozitif AG).
Serbest enerjide azalmayla yryen ters yndeki dnm (su
buz
su
sv
)
ise bu scaklkta kendiliinden gerekleecektedir (AG = -54 cal.mol
-1
).
Scaklk AE AS AG

o
K
o
C (cal.mol
-1
) (cal.mol
-1
.
o
K
-1
) (cal.mol
-1
)
283 +10 -1529 -5,6 +54
273 0 -1436 -5,2 0
263 -10 -1343 -4,9 -51

Tablo 5-1. Buzun erimesine ilikin termodinamik deerler.



5.3. Serbest enerji ve denge dursays
Bir tepkimede, rnein A maddesinin B maddesine
dnmnde, ilknce A moleklleri B molekllerine dnr ve bir
sre sonra tepkime dengeye ular. Denge durumunda Adan Bye dn,
Bden Aya dne eit olduundan net bir kimyasal deiim grlmez.
Bu durum denge dursays ile anlatlr:

A B A === B
tepkime denge

|B|
K = (5-12)
|A|

Denge durumunda B maddesinin deriiminin A
maddesininkinden yksek olmas, (K > 1), B maddesinin tepkime rn
olarak olumasnn bekleneceini gsterir. Buna karn, B maddesinin
deriiminin A maddesininkinden dk olmas, (K < 1), yeterince A B
dnmnn szkonusu olmadn anlatr. Tepkime sonucu |A| = |B|,
denge durumunu (K = 1), A maddesinin yar yarya B maddesine
dntn gsterir. Buna gre, denge dursays tpk serbest enerji
deiimi gibi tepkimenin gerekleebilirliinin bir gstergesidir.
Nitekim, bir tepkimenin serbest enerji deiimi (AG), ile denge dursays,
(K), arasndaki iliki bir eitlik ile anlatlabilir:

AG = AG
o
+ RT.lnK, (5-13)
AG
o
= -RT.lnK , (5-14)


AG
o
= -2,3 RT.logK (5-15)

Bu eitlikte, R Gaz dursays (1.987 cal.mol
-1
.derece
-1
), T mutlak
scaklk (= Kelvin), lnK denge dursaysnn doal logaritmas, AG
o
ise
standart koullarda, yani btn tepkenlerin deriiminin 1 M olduu
durumdaki, serbest enerji deiiminin deeridir. Buna gre, beklenildii
gibi, denge dursays (K) > 1 olduunda, standart serbest enerji
deiimi
eksi deer tar, K < 1 olduunda, art deer kazanr, K = 1 olduunda ise
AG
o
= 0 olur.
5.4. Canllarda enerji akm
Canllar, varlklarn besin maddeleri eklinde alnan kimyasal
enerjiyle srdrr. Enerji gereksinimlerini karlamada izledikleri yola
gre canllar zbeslenimli (ototrof) ve dbeslenimli (heterotrof)
olarak iki ana snfa ayrlr. zbeslenimli (ototrof) canllar, gne
enerjisini -klorofil varlnda gerekleen- fotosentez srecinde
deerlendirerek CO
2
ve H
2
Odan glikoz gibi yaln, ancak yksek enerji
ierikli eker moleklleri oluturur.

klorofil
6CO
2
+ 6H
2
O+ gne enerjisi C
6
H
12
O
6
+ 6O
2

AG= +686 kcal.mol
-1

Buna gre, fotosentez srecinde oluan 1 mol glikoz bana 686
kcal gne enerjisi tketilir. Bakalarndan beslenen (heterotrof) canllar
ise, enerji gereksinimlerini karlayacak maddeleri gne enerjisi gibi bir


d enerji kaynan deerlendirerek oluturmak yeteneinden yoksundur.
Besin maddelerinin hcrede ykmlar (biyolojik oksitlenme ya da
hcresel solunum) sonucu bu maddelerin ierdikleri enerjinin yeniden
aa kt grlr:

C
6
H
12
O
6
+ 6O
2
6CO
6
+ 6H
2
O
AG = -686 kcal.mol
-1

Biyolojik oksitlenmeyle aa kan enerji, canllarn deer-
lendirebilecei balca enerji biimini oluturan ATP molekllerinin
sentezi iin kullanlr:

ADP + P
i
(inorganik fosfat) ATP + H
2
O
AG = +7,3 kcal.mol
-1

Grld gibi bir glikoz moleklnn ykm ile aa kan
enerji ok sayda ATP moleklnn oluumu iin yeterli olabilmektedir.
Bununla birlikte biyolojik oksitlenmenin salad enerjinin ancak belirli
bir oran ATP molekllerine dnr. Enerjinin geri kalan ksm s
olarak yitirilir.
ATPnin hcre iinde ADP ve P
i
a dnm srecinde serbest
kalan enerji ise,

ATP + H
2
O ADP + P
i

AG = -7,3 kcal.mol
-1



yaam iin gerekli ilerin gerekletirilmesinde kullanlr.
Canllarn ATP hidrolizine baml olarak gerekletirdikleri iler,
- biyosentez -kk molekllerden byk, karmak dzenli,
hcreye zg molekllerin (rnein makromolekllerin) oluumu (bkz.
Blm 8),
- etkin (aktif) ileti -molekllerin hcre membrannda bir deriim
gradyentine kar tanmas (bkz. Blm 5-18),
- mekanik i -kontraktil hcre elerinin kaslmas (bkz. Blm 5-26),
olmak zere ana snfa ayrlr.
Buna gre ekil 5-5de grld gibi biyolojik enerji akm
balca aama geirmektedir.
1. Gne enerjisinin ototrof organizmalarda fotosentezle
organik maddelerde saklanmas,
2. Bu organik maddelerin solunum yoluyla ykm sonucu
enerjinin yeniden aa karlarak ATP molekllerinin oluumunda
kullanm,
3. ATPnin ierdii enerjinin eitli biyolojik ilerin
gerekletirilmesi iin deerlendirilmesi.

ekil 5-5. Biyolojik enerji akmnn aamalar.


5.5. ATP ve kimyasal enerji iletimi
Biyolojik bir tepkimenin serbest enerjide artla gerekletii, yani
biyolojik bir iin yrtlmesinin gerektii durumlarda, gerekli enerji
yukarda belirtildii gibi, ATP yoluyla salanr. ATPnin ADP ve
inorganik fosfata hidrolizi sonucu aa kan enerji (AG = -7,3
kcal.mol
-1
) ve hidroliz denge dursays K (= |ADP| / |ATP| ) > 10
5
, bu
tepkimenin byk lde saa kaym olduunu gsterir. Bunun nedeni,
ATP, ADP ve P
i
molekllerinin yapsal zelliklerinden kaynaklanr
(ekil 5-6).

ekil 5-6. ATPnin kimyasal yaps.

ATPnin fosfat grubu ardak olarak anhidrit balaryla
sralanm olup, en iteki o-konumlu fosfat grubu riboza bir ester ba


ile balanmtr. Hcrede suyun ntral, ancak polar ortamnda
ATP moleklnn fosfat grubu protonlarn ayrmasyla drt eksi yk
tar. ATPnin bu elektronegatif nitelii ve elektronegatif fosfat gruplar
arasndaki itim, ATP hidrolizinin enerjetiini belirler. ATPnin
paralanmas sonucu oluan rnler, ADP
3
ve H
2
PO
4
iyonlar da,
elektronegatif ykleri nedeniyle yeniden bir birleme ve tepkimeyi geri
evirme eilimi gstermezler. Buna karn, alkol-fosforik asit esterlerinin
hidrolitik paralanmalar sonucu oluan rnlerde byle bir elektrostatik
itim -alkollerin ak bir elektrik yk tamamalar nedeniyle- grlmez.
ATP hidrolizinin serbest enerjisinin yksek negatif deerinin dier bir
nedeni ise tepkime rnlerinin (ADP ve fosfatn) elektron bulutlarnn
olanakl olan en dk enerji dzeyinde dzenlenmeleridir. ATPnin
yansra, baz baka fosfat bileiklerinin hidrolizi de serbest enerjide
byk lde azalmaya yol aar. Byle bileiklere yksek enerjili fosfat
bileikleri ve fosfat gruplarnn bu bileiklerde oluturduu balara da
yksek enerjili fosfat balar ad verilir. Burada anlatlmak istenen
kovalent ban kendisi deildir. Daha nce de grld gibi, kovalent
bir ban krlmas 80-100 kcal.mol
-1
gibi byk bir enerji miktar
gerektirir. Bu deyim ile tepkimeye giren fosfat trevinin hidrolizi sonucu
kimyasal igcndeki deime anlatlmaktadr. Bu tr tepkimeler fosfat
gruplarnn aktarmyla gerekletiinden, serbest enerji deiimi fosfat
gruplarnn vericisi ve alcs molekllerin doasna bamldr. ATP
hidrolizine ilikin AG = -7,3 kcal.mol
-1
ifadesiyle, nc (-konumlu)
fosfat grubunun alc H
2
O moleklne aktarm srasnda serbest
enerjide meydana gelen


deime deeri anlatlmaktadr. Standart koullar altnda eitli fosfat
bileiklerinin hidroliziyle aa kan standart serbest enerji miktarlar
Tablo 5-2de grlmektedir:

AG
o

kcal.mol
-1

Fosfat
gruplarnn
transfer yn
Fosfoenol piruvat - 14,8
1,3-difosfogliserat - 11,8
Kreatinfosfat - 10,3
ATP - 7,3
Glikoz-1-fosfat - 5,0
Fruktoz-6-fosfat - 3,8
Gliserin-3-fosfat - 2,2
Tablo 5-2. eitli fosfat bileiklerinin hidroliziyle aa kan
standart serbest enerji miktarlar.

Grld gibi ATP, hidrolizinde meydana gelen serbest enerji
deiimi asndan, daha ok lein ortasnda bir yer almaktadr.
Fosfoenol piruvat, 1,3-difosfogliserat ve kreatinfosfat gibi bileiklerin
fosfat aktarm potansiyeli ATPninkinden daha yksek glikoz-1-fosfat,
fruktoz-6-fosfat ve gliserin-3-fosfatnki ise daha dktr.



5.6. Hcre metabolizmasnda ATP-ADP sisteminin nemi
ATPnin hcre enerjetiindeki neminin bir nedenini fosfat
bileiklerinin termodinamik leindeki konumu oluturmaktadr. ADP-
ATP sistemi yksek ve dk fosfat aktarm potansiyeline sahip fosfat
bileikleri arasnda bir kpr ilevi grmekte, fosfat gruplarnn yksek
enerjili bileiklerden glikoz ve gliserin gibi molekllere aktarlmasnda
arac rol oynamaktadr. ATP ya da ADPnin hcrede fosfat gruplarnn
iletimi ile sonulanan tepkimelerin vazgeilmez bir esi olmas, ATP-
ADP sisteminin hcre iindeki neminin dier bir nedenini oluturur.
Hcrede bir grup enzimler yksek enerjili fosfat bileiklerinin fosfat
gruplarn ADPye aktarrken, dier bir grup enzimler de ATPnin
fosfat grubunu eitli dk enerjili fosfat grup alclarna aktarr. Hcre
iinde ATP-ADP sisteminin yokluunda fosfat gruplarn iletebilecek
enzimler ise bilinmemektedir. Anlatlan zellikleri ATPyi fosfat
gruplarnn ve dolaysyla enerji akmnn hcre iindeki kilit bileii
olarak belirler.

5.7. Enerji iletimi ve ortak rn ilkesi
ATPnin enerjiyi iletme yetenei, onun enerji salayan ve enerji
gereksinen ardak sralanm iki tepkimede ortak rn ve substrat olarak
rol oynamas ilkesine dayanr:

x - P + ADP x + ATP
ATP + y ADP + y-P



Ortak rn ilkesi bu yolla enerji gereksinen bir biyosentez
olaynn, enerji salan bir tepkimeyle balak nitelie dnerek,
gereklemesini salar. Bir besin maddesinin oksitlenmesiyle aa kan
enerjinin yksek enerjili bir fosfat bileiinde saklanp, ikinci
aamada fosfat grubuyla
birlikte ADP moleklne aktarld bilinmektedir. Bir aldehidin
oksitlenme sonucu karbonik aside dnmesi serbest enerjinin byk
lde azalmasyla sonulanan bir olaydr. Normalde, bir deney tbnde
byle bir tepkime snn aa kmasyla sonulanr. Ancak, hcre iinde
bu enerji, oksitlenme rnnn bir fosfat trevinde, saklanr. rnein
3-fosfogliseraldehidin 3-fosfogliserata dnt tepkimede aa kan
enerji 1,3-difosfogliseratn oluumunda deerlendirilir. ATPye oranla
daha yksek bir serbest enerji dzeyine (fosfat grubu aktarma gcne)
sahip olan 1,3-difosfogliserat moleklnn (AG
o
= -11,8 kcal.mol
-1
)
karboksil grubuna anhidrit bayla bal fosfat grubu ikinci aamada
ADPye aktarlr. Bylelikle oksitlenme enerjisi ATPnin kazanmnda
deerlendirilmi olur:

3-fosfogliseraldehit+O
2
+NAD
+
+P
i
1,3-difosfogliserat+NADH+H
+

1,3-difosfogliserat+ADP 3-fosfogliserat+ATP

ATP eklinde kazanlan enerji hcrede bir biyosentez olaynda
deerlendirilebilir: rnein glutamik asidin glutamine dnmesi enerji
gerektirir (AG
o
= +3,4 kcal.mol
-1
). Bu tepkimenin hcre iinde gerek-


lemesi srecinde, ilk aamada, ATPnin ve fosfat grubunun
aktarlmasyla glutamat aktiflemi bir ara molekle, -glutamilfosfata
dnr. kinci aamada fosfat grubunun amonyak ile yer deitirmesiyle
de glutamin oluur:
ATP + glutamat ADP + -glutamilfosfat

-glutamilfosfat + NH
3
glutamin + P
i

Bu reaksiyonlarn toplu bilanosu (AG
o
= -8,4 kcal.mol
-1
), glutamin
sentezinin ortak rn ilkesi sonucu serbest enerjide azalmayla
gerekleen bir tepkimeye dntn ortaya koymaktadr:

1,3-difosfogliserat+glutamat+NH
3
3-fosfogliserat+glutamin+P
i

AG
o
= -8,4 kcal.mol
-1

5.8. ATPnin hcre iinde olumas
ATP hcrede besin maddelerinin oksitlenmesi sonucu oluur.
Oksitlenme a) oksijenin varlnda (aerobik biimde), b) oksijenin
yokluunda (anaerobik biimde) gerekleebilir. Yksek canllar
genellikle besin maddelerinin enerjiye dnmesinde her iki oksitlenme
mekanizmasndan da yararlanr. Ortam koullarna gre enerjilerini
aerobik ya da anaerobik biimde oluturma yeteneine sahip canllara
fakultatif aerob ya da anaerob canllar ad verilir. Biyolojik evrimin
banda yalnz basit anaerob canllarn bulunduu sanlmaktadr.
Fotosentez sonucu oksijenin atmosferdeki oran evrim boyunca arttka,
oksijeni besin maddelerinin oksitlenmesi iin kullanan (aerob) canllarda
yeryznde ortaya kmtr. Pek ou fakltatif aerob olan bu canllarn


metabolizmasnda anaerob mekanizma enerjinin glikozdan elde
edilmesinde hazrlayc aama rol oynar. Anaerob koullarda her glikoz
molekl 2 laktat moleklne paralanr. Oksijenin varlnda ise, hcre
iinde glikoz, laktat yerine, CO
2
ve

H
2
Omolekllerine dnr.
Anaerobik koullarda glikozun laktat molekllerine dnmesi glikoliz
(fermentasyon) ad altnda tannr.

H
|
C
6
H
12
O
6
2H
3
C - C - COOH (2C
3
H
6
O
3
)
|
OH

AG
o
= -47 kcal.mol
-1

Glikoliz sonucu aa kan enerjiyle iki ATP molekl oluur:

Glikoz + 2P
i
+ 2ADP 2 Laktat + 2ATP + 2H
2
O

AG
o
= -32,4 kcal.mol
-1

Buna gre, glikoliz srasnda aa kan enerjinin (AG
o
= -47
kcal.mol
-1
) yalnzca % 31i ATP olumasnda (AG
o
= +14,6 kcal.mol
-1
)
kullanlmaktadr. Glikoliz herbiri zel bir enzim tarafndan katalizlenen
11 aamadan oluur (ekil 5-7). Yukarda ortak rn mekanizmasna
ilikin olarak deinilen,

3-fosfogliseraldehit 1,3-difosfogliserat,



dnm glikoliz srasnda karlalan tek oksitlenme olaydr.
Oksitlenmeyle aldehit moleklnden iki hidrojen atomu ve bunlarn
karl iki elektron ayrlarak, glikolizin sondan ikinci rn olan piruvat
moleklne aktarlr. Bunun sonucu piruvat laktat moleklne dnr:

ekil 5-7. Glikoliz (Emden-Meyerhof yolu).



NAD
+

3-fosfogliseraldehit + P
i
+ piruvat 1,3-difosfogliserat + laktat

Bu iki tepkime arasndaki kpr ilevini ise -bir elektron taycs
ve (hidrojen aktarc) dehidrogenaz enzimlerinin bir koenzimi olarak
bilinen NAD
+
molekl stlenmitir (bkz.Blm 4.3.6). NAD
+
3-fosfo-
gliserinaldehitten ayrlan 2 hidrojen atomunu (bir H
-
ya da H: olarak
gsterilebilecek hibrit iyonunu) alarak NADH moleklne dnr ve
ikinci bir aamada ise laktat dehidrogenaz bu iki elektronu ya da hidrojen
atomunu piruvat moleklne aktarr.
Hcre asndan glikolizdeki en nemli bir aama hi kukusuz
ATPnin oluumudur. ATP olumas ile sonulanan tepkime dizilerinden
biri,

3-fosfogliserinaldehit+P
i
+NAD
+
1,3-difosfogliserat+NADH,
1,3-difosfogliserat+ADP 3-fosfogliserat+ATP,

gsterilmitir. Bu tepkime dizisi kimyasal enerjinin enzimatik oksitlenme
sonucu ATP moleklnde saklanabildiini gsteren ilk rnektir.
Bu rnekte geerli ilkeye gre,
- ilk aamada, oksitlenme sonucu, yksek enerjili bir fosfat
trevi,
- ikinci aamada da, fosfat grubunun ve dolaysyla kimyasal
enerjinin, ADP moleklne aktarlmasyla ATP molekl oluur.
1,3-difosfogliserat bu iki tepkimenin ortak rndr. Hidrolizine
kout olarak serbest enerjide meydana gelen azalma, tpk ATP
moleklnn rneinde de grld gibi, bu molekln yapsndan ve


elektronegatif niteliinden kaynaklanr. 1,3-difosfogliserat iki fosfat
grubu, dolaysyla 4 elektronegatif yk tar. Ayrca, molekln karboksil
ve fosfat gruplar arasndaki anhidrit ba olaanst bir elektron
younluu ierir. Elektronlar arasndaki itim, bu ban kalmlln bozar
ve hidrolize ynelik eilimini belirler. Dier yandan, elektronegatif
nitelikleri hidroliz sonucu oluan tepkime rnleri (3-fosfogliserat ve
ATP)nin yeniden birleerek tepkimeyi geri dndrmelerine olanak
tanmaz. Sonuta, hidroliz enerjisi ATP sentezinde deerlendirilir:

1,3-difosfogliseratn hidrolizi: AG
o
= -11,8 kcal.mol
-1

ATP sentezi: AG
o
= + 7,3 kcal.mol
-1

Bilano: AG
o
= - 4,5 kcal.mol
-1

Glikolizde ATP olumasn salayan ikinci tepkime ise fosfoenol-
piruvatn piruvata dnmesiyle sonulanr. Fosfoenolpiruvat
moleklnde elektronegatif fosfat ve karboksil gruplar ayn karbon
atomuna baldr.

CH
2
OH O
CH
2
O

, , ,, ,
H C O P O
C O P O
+ H
2
O
, ,, , ,,
COO
O COO
O

2 fosfogliserat fosfoenolpiruvat



Ayrca komu 3. karbon atomuyla oluturduu ift kovalent ba
nedeniyle elektronlar 2. karbon atomu evresinde younlamtr. Bu
zellikler hidrolizle aa kan byk enerji miktarnn balca nedenini
oluturur. (AG
o
= -14,8 kcal.mol
-1
). Fosfoenolpiruvat moleklnden
hidroliz-lenen fosfat grubu balak bir tepkimeyle ATP moleklne
aktarlr:
Fosfoenolpiruvat+ADP piruvat+ATP

5.9. Glikolizin bilanosu
Glikoliz, bir glikoz molekl ile balar ve nce iki ATP
moleklnn tketimini gerektirir. Bir ATP molekl (heksokinazn
katalitik etkisi altnda) glikozun glikoz-6-fosfata, ikinci ATP molekl
ise (fosfofruktokinaz enziminin katalitik etkisiyle) fruktoz-6-fosfatn
fruktoz-1,6-difosfata evrilmesinde kullanlr. Bata ATP tketilmesi bir
lde glikolizin tetiklenmesini salar. Glikolizin balangcnda
kullanlan bu iki ATP moleklne karn, iki 1,3-difosfogliserat, iki de
fosfoenolpiruvat moleklnn hidrolizi sonucu toplam 4 ATP molekl
elde edilir. Buna gre, hcrenin net kazanc iki ATP molekldr.
Glikolizin bilanosunu ise aadaki ekilde yazmak olanakldr:

Glikoz+2ATP+2P
i
+4ADP+2NAD+2NADH+H
2
O
2Laktat+2ADP+4ATP+ 2NADH+2NAD
+
+4H
2
O,

ya da



Glikoz+2P
i
+2ADP 2Laktat+2ATP+2H
2
O.

Glikolizin balang maddesi olan glikoz ile son rnleri olan
piruvat ve laktat dnda tm ararnleri fosforillenmi bileiklerdir.
Glikoz ve laktatn hcre membranndan gemesine hibir engel
bulunmaz. Glikoz kolaylkla d ortamdan alnabilir ve yine kolaylkla
d ortama verilebilir. Buna karn fosforillenmi ararnler ve ayn
ekilde ATP ve ADP, hcre membranndan geemez. Bylece, enerji
dnm iin nem tayan bu maddelerin hcre iinde
tutuklanabilmeleri gvenceye alnr.
5.10. Glikolizin dzenlenmesi
Glikolizi oluturan aamalarn ounda serbest enerjide yalnzca
kk oranlarda azalmalar meydana gelir. Dolaysyla, bu aamalar
geridnml niteliktedir. Ancak, heksokinaz, fosfofruktokinaz ve
piruvatkinaz tarafndan katalizlenen tepkime geridnmszdr.
Yukarda belirtildii gibi, heksokinaz ve fosfofruktokinaz enzimlerinin
katalizledii aamalarda tketilen ATP moleklleri glikolizi
geridnmsz klmaktadr. Glikolizin hz yani ATP oluum hz ayrca
fosfofruktokinaz enzimi zerinden gerekleen bir allosterik dzenleme
mekanizmasnca ayarlanr. Bu tr bir dzenleme glikoliz gibi ardak
sralanm enzimatik aamalardan oluan tepkime dizilerinin genellikle
banda bulunur (bkz.Blm 7.7). Fosfofruktokinazn katalizledii
tepkimede,

fosfofruktokinaz
ATP+fruktoz-6-fosfat ADP+fruktoz,1,6-difosfat,


dnm hz ATP (ve ADP) deriimlerine bal olarak deiir.
Tepkimenin substrat ve rnleri arasnda bulunan bu maddeler, ayrca
allosterik bir etki de gsterir. Tepkimenin hz ykselen ADP
deriimlerinde artar, ykselen ATP deriimlerinde ise yavalar.
Glikolizin son rn olan ATP bir feed-back (baa besleme)
mekanizmasyla kendi oluumunu basklar.
5.11. Glikolizin ve solunumun enerjetiinin karlatrlmas

Glikozun ierdii enerjinin (AG
o
= -686 kcal.mol
-1
) yalnzca %
7si (AG
o
= 47 kcal.mol
-1
) (oksijenden yoksun olarak)
deerlendirilebil-mektedir. Enerjinin geriye kalan ve piruvat
moleklnde sakl ksm ise oksijene baml solunum srecinde
deerlendirilir.

Glikoz

Glikoliz AG
o
= - 47 kcal.mol
-1

2 Laktat AG
o
= -686 kcal.mol
-1

Solunum 6O
2
AG
o
= - 639 kcal.mol
-1

6CO
2
+ 6H
2
O



Buna gre, aerobik oksitlenme glikolize oranla ok daha etkindir.
Anaerobik sistemde enerjinin ancak kk bir oran deerlen-
dirilebildiinden, anaerob organizmalarn, aerob organizmalarn gerek-
letirdii ie edeer i yapabilmeleri iin, ok (yaklak 20 kat) daha
fazla besin maddesini tketmeleri gerekir.
Bu husus, Pasteur etkisi olarak tanmlanan bir dzenleme meka-
nizmasnn da esasn oluturur: aerobik hcrenin, bir
(mikro)organizmann oksijenden yoksun bir ortamda tutulmasna kout
olarak glikolizin hznn ve laktat oluumunun artt gzlenir. Glikolizin
hznn oksijen yokluunda art yukarda anlatlan fosfofruktokinaz
enzimi zerinden etkin allosterik mekanizma ile aklanabilmektedir.
Oksijen yokluunda ATP gereksinimini ok daha dk verimli glikoliz
ile karlama zorunluunda kalan hcre enerji an glikoliz hzn
artrarak kapatma yoluna gider. Dier yandan, tpk enzimler gibi
enzimlerin koenzimleri de hcre iinde yalnzca ok snrl miktarlarda
bulunur. Bu husus dehidrogenazlarn koenzimini oluturan NAD
+
-NADH
sistemi iin de geerlidir. Aerobik organizmada mitokondri enzim
sistemlerinin 1,3-difosfogliseratn oluumu srasnda meydana gelen
NADHn tm mitokondri iine mekik sistemi araclyla iletilir.
Mitokondri sisteminin,

piruvat + NADH Laktat + NAD
+
,

dnmn katalizleyen laktat dehidrogenaza oranla oksijen varlnda
NADHa daha yksek bir ilgi gstermesi burada belirleyicidir.



5.12. Hcre solunumu
Hcresel solunumu gerekletiren enzimler glikoliz yolunun
enzimlerinin aksine sitoplazma yerine mitokondride bulunur. Besin
maddelerinin ierdii enerjinin solunum yoluyla deerlendirilmesi
srasyla, 1.Asetil-CoAnn oluumu, 2. Krebs ya da sitrik asit dngs,
3. Elektron iletisi, 4. Oksidatif fosforillenme, zerinden gerekleir.
5.12.1. Asetil-CoAnn olumas
Hcrenin ana besin maddesi, yani karbonhidratlar, yalar ve
proteinler, hcre iinde sitrik asit ya da Krebs-trikarbonik asit-dngs
ad verilen halkasal bir tepkime dizisinin sonunda oksitlenir. Besin
maddeleri Krebs dngsne girebilmek zere nce uygun bir substrat
ekline, iki karbon atomundan oluan ve asetik asidin aktiflemi bir ekli
olan asetil-Coenzim A moleklne evrilir. Bu tepkime srasnda, piruvat
moleklnden bir molekl CO
2
aa kar, ayrca bir elektron iftinin
NAD
+
moleklne aktarlmas sonucu NADH oluur:

O
,,
CH
3
COCOOH+NAD
+
+CoA-SH CoA-S-C-CH
3
+CO
2
+NADH+H
+

Piruvat Asetil-Coenzim A

Asetil-CoA moleklnde asetik asidin karboksil grubu CoAnn -
SH grubuna bir tiyoester ba zerinden balanr. Bu ban hidroliziyle
aa kan yksek enerji,


CH
3
CO-S-CoA+H
2
O CH
3
COOH+CoA-SH,
AG
o
= -7,5 kcal.mol
-1
,

asetil grubunun aktiflemi ve eitli alclara aktarlmaya uygun
durumunu gsterir. Nitekim, Asetil-CoAnn ierdii asetil grubu, Krebs
dngsnn gerek substratn oluturur ve enzimatik bir transfer sonucu
szkonusu dngye sokulur. Glikoz moleklnn paralanmasnda
olduu gibi, yalarn ve amino asitlerin paralanmalar da nce Asetil-
CoAnn olumasyla sonulanr. Yukarda da belirtildii gibi, tm besin
maddelerinin oksitlenme rnlerinin Krebs dngsne girileri Asetil-
CoA yoluyla olmaktadr.
5.12.2. Krebs dngs
Krebs dngs ardak sral sekiz enzimatik aamadan oluur.
Dng bir nceki dnmn son rn olan oksalasetat ile asetil-CoA
moleklnden asetil grubunun birleerek bir sitrat moleklne
dnmesiyle balar:

Asetil-CoA+oksalasetat sitrat+CoA-SH.

Dngnn sonucu asetik asidi oluturan iki karbon atomu iki CO
2

moleklne evrilir ve drt tepkimede ikier hidrojen atomu (ya da
onlarn karl olan ikier (elektron) aa kar. Piruvatn asetil-
CoAya dnmesinde ortaya kan iki hidrojen atomu da eklendiinde
her piruvat moleklnn Krebs dngs kapsamnda oksitlenmesi
sonucu topluca 2x5 elektron ifti ortaya kmaktadr (ekil 5-8).



5.12.3. Elektron transportu ve solunum zinciri
Krebs dngs srasnda aamada dehidrogenazlarn etkisiyle
elektron iftleri serbest kalarak NAD
+
moleklne aktarlr. Drdnc bir
oksitlenme reaksiyonu sonucu ise, suksinattan bir elektron ifti bu
tepkimeyi katalizleyen enzimin yapsndaki FAD moleklne aktarlr.
NADH molekllerinin ve indirgenmi FAD (FAD
red
) moleklnn
elektronlar bundan sonra bir enzim dizisine -solunum zincirine- aktarlr.
Solunum zinciri eitli besin maddelerinden aa kan tm
elektronlarn oksijene aktarlmak zere izledikleri yoldur. Aerob hcrede,
oksijen en sonuncu elektron alcsn temsil eder. Elektronlarn ierdikleri
yksek enerjinin deerlendirilmesiyle besin maddelerinin
oksitlenmesinden en byk kazan solunum zincirinde salanr. Solunum
zincirinde NADH ve indirgenmi FADn elektronlar ilk olarak ortak
bir elektron alcs olan coenzim Qya ve daha sonra sitokromlardan
oluan bir diziye aktarlr. Elektron ileten enzimler olarak tanmlanan
sitokromlar prostetik grup olarak (miyeglobin ya da hemoglobinde
olduu gibi) hem grubunu tar. Sitokromlarn hem grubundaki demir iki
ya da deerlikli olabilir. Sitokrom moleklnn deerlikli demiri
bir elektron almakla indirgenerek iki deerlikli demire dnr. Byle bir
sitokrom molekl, ikinci bir aamada, elektronu bir sonraki oksitlenmi
( deerlikli demir tayan) sitokrom moleklne aktararak onu
indirger. Solunum zincirinin en sonuncu esi olan sitokrom ann
elektronunu oksijen moleklne vermesiyle H
2
O molekl oluur.
Sitokromlar NAD
+
ve flavoproteinlerin (FAD ieren elektron



ekil 5-8. Solunum yolu.


taycs proteinler) aksine tek bir elektron tayabilirler. Solunum
yolunun NADHdan oksijene kadar olan reaksiyon dizisi ekil 5-9da
gsterilmitir.

ekil 5-9. Solunum srecinde elektronlarn NADHdan
O
2
e aktarmna dek izledikleri aamalar.



5.12.4. Elektron iletiminin enerjetii
Elektronlarn bir bileikten dierine aktarlmalar oksitlenme-
indirgenme olaylarnn esasn oluturur. Asit-baz tepkimelerindeki H
+
-
iletimine benzer biimde, oksitlenme-indirgenme olaylarnda da
elektronlarn iletiminden sz edilir. Asit-baz iftleri gibi, elektron verici
ve alclar da birlikte oksitlenme-indirgenme (redoks) iftleri oluturur.
Her elektron vericisinin belirli bir elektron verme gc ya da eilimi, her
elektron alcsnn da elektronlara ynelik bir ilginlii vardr. Bir elektron
vericisinin elektron verme gc elektromotif g ya da potansiyel (ya da
redoks potansiyeli (E
o
)) olarak gsterilir. Elektronlarn (bir elektron
vericisinden elektron alcsna) iletimi enerji salan bir olaydr.Bu srete
serbest enerjideki deime redoks potansiyeliyle dorudan orantldr:
AG
o
= -n.F.AE
o
(5-16)

Eitlikte, n= aktarlan elektron says, F= Faraday dursays
(23400 cal.volt
-1
), E
o
= elektron tayclar arasndaki redoks potansiyel
fark, karl olarak yazldr.
Elektron vericilerini redoks potansiyeli deerlerine gre
termodinamik bir ltte sralamak olanakldr (ekil 5-10). Bu lte
gre, elektron iletisi, daha yksek (ya da daha negatif) redoks potansiyeli
deerine sahip bileikten daha dk redoks potansiyeli deerine sahip
bileie doru olacaktr.
Bu tayclarn redoks potansiyelleri karlatrldnda bir
elektron iftinin aktarlmas srasnda serbest enerjide aamada nemli
azalmalar beklenecektir.
NADH + CoQ
oks
NAD
+
+ CoQ
ind



Sitokrom b
ind
+ Sitokrom c
oks
Sitokrom b
oks
+ Sitokrom c
ind

Sitokrom a
ind
+ O
2
Sitokrom a
oks
+ H
2
O
Dier yandan, bir elektron iftinin solunum zincirinin en yksek
redoks potansiyeline sahip bileii olan NADHdan oksijene dek izledii
yol sonucu toplamda byk bir enerji miktar aa kmaktadr:

ekil 5-10. Solunum yolunda grev yapan elektron
vericilerinin redoks potansiyel deerleri.



NADH + 1/2 O
2
NAD
+
+ H
2
O

AG
o
= -52 kcal.mol
-1

Bir glikoz moleklnn tmnn oksitlenmesi sonucu 12 elektron
ifti solunum zinciri yoluyla oksijen aktarldna gre, elektron iletim
mekanizmas 624 kcal.mol
-1
karl enerji miktarn ortaya karr. Buna
gre, glikoz moleklnn ierdii enerjinin byk oranda elektron
iletimi srecinde aa kmaktadr.
5.12.5. Oksidatif fosforillenme
Mitokondrilerle yaplan almalar, elektron iletiminin maksimum
hz iin inorganik fosfat ve ADPnin gerekli olduunu ve elektron
iletimine kout olarak ATPnin olutuunu ortaya koymutur. Her
elektron iftinin solunum zinciri zerindeki iletimi ATP moleklnn
olumasyla sonulanmaktadr. Solunum zincirinde elektron iletimine
bal olarak gerekleen bu fosforillenme (=ATP sentezi) oksidatif
fosforillenme ad altnda tannr. Buna gre bir elektron iftinin
mitokondri iindeki iletiminin bilanosu u ekilde belirtilebilir:

NADH + 1/2 O
2
+ 3 ADP + 3 P
i
+ H
+
NAD
+
+ 4 H
2
O + 3ATP

Her mol ATPnin olumas 7,3 kcal gerektirdiine gre,
NADHnn oksitlenmesi ile aa kan enerjinin (-52 kcal.mol
1
) % 42si
ATP eklinde kazanlmaktadr. Solunum zincirinin, yukarda belirtildii
gibi, aamasnda serbest enerji miktarnda byk azalmalar meydana
gelmektedir. Bylelikle, NADHdan bu aamalarda aa karlan enerji
birer ATP moleklnn oluumu iin (7,3 kcallik enerji paketleri


eklinde) deerlendirilmektedir. Oksidatif fosforillenme kimyasal-
ozmotik bir esasa dayanr. Ksaca elektron iletisi srasnda aa kan
enerji nce mitokondri membrannda bir proton gradyentinin
oluturulmas iin kullanlr. Bu gradyent boyunca sitoplazmadan
mitokondri iine akan protonlarn salad enerji (=proton motif g) ise
ATP molekllerinin oluturulmasnda deerlendirilir.

5.13. Glikozun oksitlenmesinin enerji bilanosu
Glikoliz srasnda 2 ATP moleklnn yan sra, oluan 2 NADH
moleklnn solunum zincirindeki oksitlenmesi sonucu her NADH
bana yalnzca ikier ATP molekl oluur. Sitoplazmada oluan bu
NADH molekllerinin mitokondrideki solunum zincirine ulamalar
srecinde tketilen enerji ATP oluum veriminin dmesine neden olur.
ki piruvat moleklnn iki Asetil-CoA moleklne evrilmesi iki
NADH molekl zerinden alt ATP moleklnn olumasna yol aar.
Krebs dngs srasnda iki asetik asidin oksitlenmesi ve sekiz elektron
iftinin solunum zinciri zerinden oksijene aktarlmasna kout olarak ise
24 ATP molekl oluur. Buna gre, bir glikoz moleklnn tmyle
oksitlenmesi sonucu 36 ATP molekl (26x7,3 kcal= 262,8 kcal) ya da
glikoz moleklnn ierdii enerjinin % 38i hcrenin kullanlabilecei
bir kimyasal enerji ekline dnr.
5.14. Solunum hznn dzenlenmesi
Glikolizde olduu gibi Krebs dngsnde de reaksiyon dizisinin
hzn dzenleyen allosterik bir enzimin varl grlr. zositrat
molekln o-ketoglutarata eviren izositratdehidrogenazn etkinlii


tpk fosfofruktokinaz enziminde grld gibi ykselen ADP
varlnda artar, ykselen ATP deriiminde ise azalr.
5.15. Redoks potansiyeli ve llmesi
Bir maddenin O
2
ile birlemesi, ya da hidrojen (elektron)
yitirmesi oksitlenme (ykseltgenme) bunun tersi ise indirgenme
(redklenme) olarak tanmlanr. O
2
, oksitleyici bir madde olarak hcre
solunumu ile H
2
Oye indirgenir. ok zayf bir oksitleyici olan H
+
ise
ok gl bir indirgeyici olan H
2
ne dnebilir. O
2
-H
2
O ve H
+
-H
2
iki
nemli biyolojik redoks ifti oluturmaktadr. Molekler hidrojenin (H
2
)
oksitlenmesi,
H
2
2H
+
+ 2e
,
ile aa kan elektronlar oksitleyici bir madde tarafndan alnr.
rnein, Demir(3) tuzu kullanldnda byle bir redoks reaksiyonu,
H
2
2H
+
+ 2e

2Fe
3+
+ 2e
2Fe
2+

H
2
+ 2Fe
3+
2H
+
+ 2Fe
+2

eklinde yazlr.
Genelde, bir maddenin oksitlenmi (X) ya da indirgenmi (X
)
biimleri, (X) ve (X
) ifti, redoks ifti olarak tanmlanr. Hcre iinde

metabolik nemi olan birok redoks ifti (sistemi) vardr (Tablo 5-3).
Redoks sistemlerinde redoks potansiyeli olarak tanmlanan, elektron
vericisinin elektron verme gc ilee alcsnn elektron ilginliinden
kaynaklanan elektromotor potansiyelin (E) llmesi gerekir.



Bylece,
AG = -nFAE,
(Bkz. 5-16) formlne gre bir redoks sisteminde elektron iletisine kout
olarak gerekleen serbest enerji deiimi (AG) hesaplanr. (Redoks
potansiyeli negatif (-0,421 V) olan H
2
-H
+
iftinde H
2
iyi bir indirgeyici,
redoks potansiyeli pozitif (0,385 V) olan Fe
+2
-Fe
+3
iftinde ise Fe
+2

zayf bir indirgeyici olarak tanmlanr). Bir iftin redoks potansiyelinin,
rnek hcresi ile standart referans hcresi arasnda meydana gelen
elektromotor gcn, llmesi iin ekil 5-11de grlen devre
kullanlabilir. rnek hcre l M oksitleyici (X) ve 1 M indirgeyici (X
)
eriyii iine daldrlm bir elektrottan, standart referans hcre ise, 1
atmosferlik H
2
gaz ile dengelenmi 1 M H
+
eriyii iine daldrlm bir
elektrottan oluur.



Yar-Reaksiyon E
o
(V)
1/2 O
2
+2H
+
+2e
-
== H
2
O 0,815
SO
4
2-
+2H
+
+2e
-
== SO
3
2-
+H
2
O 0,48
NO
3
-
+2H+2e
-
== NO
2
-
+H
2
O 0,42
Sitokrom a
3
(Fe
3+
)+e
-
== sitokrom a
3
(Fe
2+
) 0,385
O
2
(g)+2H
+
+2e
-
== H
2
O
2
0,295
Sitokrom a(Fe
3+
)+e
-
== sitokrom a(Fe
2+
) 0,29
Sitokrom c(Fe
3+
)+e
-
== sitokrom c(Fe
2+
) 0,254
Sitokrom c
1
(Fe
3+
)+e
-
==sitokrom c
1
(Fe
2+
) 0,22
Sitokrom b(Fe
3+
)+e
-
== sitokrom b(Fe
2+
)
(mitokondride)
0,077
Ubiquin+2H
+
+2e
-
== ubiquinol 0,045
Fumarat
-
+2H+2e
-
== suksinat
-
0,031
FAD+2H
+
+2e
-
== FADH
2
(flavoproteinde) ~0,
Oksalasetat
-
+2H
+
+2e
-
== malat
-
-0,166
Piruvat
-
+2H
+
+2e
-
== laktat
-
-0,185
Asetaldehit+2H
+
+2e
-
== etanol -0,197
FAD+2H
+
+2e
-
== FADH
2
(serbest koenzim) -0,219
S+2H
+
+2e
-
== H
2
S -0,23
Lipoik asit+2H
+
+2e
-
== dihidrolipoik asit -0,29
NAD
+
+H
+
+2e
-
== NADH -0,315
NADP
+
+H
+
+2e
-
== NADPH -0,320
Sistin+2H
+
2e
-
== 2 sistein -0,340
Asetoasetat
-
+2H
+
+2e
-
== |-hidroksibutirat
-
-0,346
H
+
+e
-
== 1/2H
2
-0,421
Asetat+3H
+
+2e
-
==asetaldehit+H
2
0 -0,581

Tablo 5-3. Hcrede bulunan baz redoks sistemleri ve llen
standart redoks potansiyeli (E
o
) deerleri.



ki hcre agar kprs ile, elektrotlar ise bir voltmetre ile balandnda,
oluan devrede elektronlar bir hcreden dierine akarlar.

X

+ H
+
X + 1/2 H
2
,

denklemine gre, elektronlarn ak rnek hcreden standart referans
hcreye ynelik olup, rnek elektrodu standart referans elektroduna
gre negatiftir. Hcrelerdeki reaksiyonlar
,
rnek hcrede X

X + e
,
Referans hcrede H
+
+ e
1/2 H
2
.

rnek maddenin elektronlara ilginliinin H
2
den daha az yani
redoks potansiyelinin negatif olduunu ortaya koymaktadr. Redoks
potansiyelinin pozitif olmas ise, rnek maddenin elektronlara
ilginliinin H
2
den fazla olduunu gsterir. rnein gl bir indirgeyici
olan NADH, negatif redoks potansiyeline, gl bir oksitleyici olan O
2

ise pozitif redoks potansiyeline sahiptir.



ekil 5-11. Bir redoks iftinin redoks potansiyelini
lmek iin kullanlan devre.

Tablo 5-3de verilen hcrede bulunan biyolojik adan nemli
olan bir redoks ifti aada gsterilmektedir.

Piruvat + NADH + H
+
=== Laktat + NAD
+

O O

/

C O = C
, ,
C = O+ NADH + H
+
=== H C OH + NAD
+

, ,
CH
3
CH
3

Bu reaksiyonu katalizleyen laktat dehidrogenaz NADHy,
NAD
+
ye oksitlerken, piruvat indirgeyerek laktata evirir. ndirgenme
NADHnn transfer potansiyeli yksek olan bir ift elektronunun
piruvata aktarm ile gerekleir.



Piruvat + 2H
+
+ 2e
Laktat

Blm 4.3.6.da belirtildii gibi, NAD
+
hcrede elektron alcs
olarak grev yapar.

H
, H H

CONH
2
CONH
2

+ H
+
+ 2e
==
N
+
N
, ,
R R
NAD
+
NADH
oksitlenmi ve indirgenmi durumlar

Substratn oksitlenmesine kout olarak, NAD
+
yi bir hidrojen
iyonu (H
+
) ile iki elektron (2e
) (hidrit iyonu) aktarlr.

H
,
NAD
+
+ R C R'

== NADH + R C R + H
+

, ,,
OH O

Substrat Oksitlenmi Substrat


Bu hidrojen aktarm reaksiyonunda bir hidrojen atomu
substrattan NAD
+
ye dieri ise sv iine verilir. Substratn yitirdii iki
elektron ise NAD
+
halkasna girer.
Yukarda da belirtildii gibi baz elementler kolaylkla elektron
vererek eriyik iinde iyonlar oluturabilirler.

indirgenme
1/2 H
2
========= H
+
+ e

oksitlenme

indirgenme
Fe
2+
========= Fe
3+
+ e

oksitlenme

ndirgeyici Oksitleyici



5.16. Biyolojik iler
Besin maddelerinin oksitlenmesi sonucu ortaya kan enerji
hcrede ATP molekllerinin olumas iin deerlendirilmektedir. Hcre
elde ettii bu enerjiyi balca tr biyolojik iin -kimyasal i, aktif
iletim, mekanik i (bkz: 5-24)- yrtlmesinde kullanr.

5.16.1. Kimyasal i (biyosentez)
Kimyasal i, hcrelerde tm yaam boyunca srdrlr. Bu
srete, canllar, kk yaptalarndan kendilerine zg makromole-
klleri, rnein nkleik asit ve proteinleri, olutur, yenilerler. Byk,
karmak ve dzenli bu molekllerin basit yaptalarndan olumas
enerji gerektirir (negatif entropi) (bkz: 8. blm).
5.16.2. Aktif iletim (transport) ya da ozmotik ilem
Hcre iinde reaksiyonlar belirli, sabit bir ortamda gerekleir.
Hcre, yaam iin gerekli maddeleri, rnein glikozu, tuzlar, d
ortamdan alr ve i ortamnda younlatrr. Bu nedenle, bu maddelerin
hcre iindeki deriimleri genelde d ortama oranla daha yksektir.
Hcre tarafndan deriim gradyentine kar yrtlen ve enerji gerektiren
bu etkinliklere aktif iletim (transport) ad verilir. Sinir ve kas
hcrelerindeki impuls olumas ve iletimi de yine byle enerji gerektiren
iletim sistemleri araclyla olur.
Aktif iletimin nasl gerekletiini anlamak iin membran
yapsn tanmak gerekir.



5.17. Membran yaps
Yksek canllarn hcrelerindeki kimyasal aktifleme hcre
membrannn meydana getirdii yaplara bamldr.
Membranlarn esas yapta lipitlerdir. Blm 4.3.5de anlatld
gibi, lipitler sulu ortamda birbirleriyle etkileerek kapal, ancak esnek bir
yap olutururlar. Bu lipit yap iinde gml olarak protein moleklleri
de bulunur. Bu proteinlerin farkll membranlarn zelliklerini ve
membranlarn zgn ilevlerini belirler. Membranlarn esas ilevi, i ve
d ortam birbirinden ayrmaktr. Bu dorultuda, hcre membran, hcre
iinde meydana gelen kimyasal reaksiyonlar d ortamdan yaltr.
Plazma membran olarak da adlandrlan bu membrann yansra hcre
iinde organelleri evreleyen mitokondri, endoplazmik retikulum,
golgi, plastit, kloroplast ve lizozom membranlar bulunur. Besin
maddelerinin hcreye girme ya da atk maddelerin hcreden karlma
srecinde plazma membrannn lipit yapsnn oluturduu engelin
almas zorunludur. Bu engel membranda gml olarak bulunan
kresel yapl proteinler tarafndan kolaylatrlr. Bu proteinler,
besinlerin ya da atk maddelerin membrandan iletimini katalizler. Dier
yandan, yksek canllarn hcreleri makromolekl nitelikli maddeleri
hcre iine endositoz olarak adlandrlan bir ilem ile alrlar. Endositoz
srecinde, plazma membrannda bulunan ve kuyruklaryla membrana
tutunmu olan baz zel (reseptr) proteinler hcre iine alnacak
makromolekllere balanarak membranda ukurlar olutururlar. Bu
ukurlarn ie doru kapanmasyla, hcre iine sarkan tomurcuklar,
tomurcuklarn membrandan ayrlmasyla da hcre ii svsnda
membranla evrili kabarcklar oluur. Ters ynl bir srete ise hcre


iindeki kabarcklar plazma membran ile kaynaarak ieriklerini hcre
dna brakrlar. Bu ekilde hcre ii ile d arasnda dolam salanr
(ekil 5-12).

ekil 5-12. Hcre membrandan makromoleklerin
tanm.

Membranlarn esas yaps, 1925deki Gortel ve Grendel
tarafndan ne srlen modelde de ngrld gibi, ift lipit
katmanndan olumutur. Lipit molekllerinin ana zellikleri Blm


4.3.5te ele alnmtr. Deiik lipit moleklleri ierdikleri hidrofilik ve
hidrofobik ulardan kaynaklanan ortak bir amfipatik zellie sahiptir
(ekil 5-13).

ekil 5-13. Membran lipitlerinin amfipatik zellii.

Lipitler sulu bir ortama konduklarnda kendiliklerinden ift kat
oluturacak ekilde tabakalanr. ift tabakann hidrofilik ba gruplar
suya ynelik biimde dizilir. Yas hidrofobik kuyruklar ise sudan
dnk olarak ift tabakann i blmnde yer alrlar. Bu yerleim ekli,
bu molekllerin su iinde ulaabilecekleri en dk serbest enerji
dzeyine karlk gelir. 1965 ylnda Alec Bangham ve arkadalar
su iinde ift tabakalarn kapal kresel kabarcklar oluturduunu
gstermitir. Bylece su, kabarcn iinde ve dnda olmak zere iki
blmeye ayrlr. Kresel yap, ift tabakann ucunda kalan lipit
molekllerinin hidrofobik blmlerinin sudan gizlenmelerini salayan,
enerjetik olarak en uygun dzen eklidir (ekil 5-14).


ekil 5-14. ift katl lipit yapnn boyutlu gsterimi.

Lipitlerin, bu zellii hcre membran sistemlerinin oluumunda
belirleyici olmaktadr. Biyolojik membranlarda ift tabakann iki genel
zellii nem kazanr:
1- ift tabaka, i blmnn hidrofobik (apolar) niteliinden
dolay, amino asit, eker, protein, nkleik asit gibi birok polar
molekl trne ve iyonlara kar geirgen deildir (Engel zellii).
2- Doal (fosfo)lipitlerden oluan ift tabaka sv zellii tar ve
bu zellii nedeniyle ikiboyutlu gelii gzel bir devingenlik gsterir.
(Fosfo)lipitler, bulunduklar tabakada serbeste yana doru
difzlenir (dzlemsel difzlenme). Bu nedenle, ayn tabakada bulunan iki
komu (fosfo)lipit her mikrosaniye karlkl yer deitirebilir. Ancak,
(fosfo)lipit moleklleri iki tabaka arasnda hemen hemen hibir zaman


yer deitiremezler. Bu ok nadir olan bir olaydr. Bu aklamalar her
tabakann ikiboyutlu sv zelliini ortaya koyar. Fosfolipitlerin ift
tabakann her iki yanndaki dalm doada belirli kurallara baldr.
rnein, krmz kan hcrelerinin plazma membrannn d tabakasnda
fosfotidilkolin, sitoplazmaya bakan tabakada ise fosfotidil etonolamin
ve fosfotidilinositol bulunur.
Bir membrann matriksini lipitlerin oluturmalarna karn, zgn
ilevleri proteinler tarafndan stlenilmitir.
Membran proteinleri, membrandaki konumlarna gre iki genel
snfa ayrlr.
1- Amino asit sras olduka dzenli ubuk eklinde o-sarmal
(yapda olan) proteinler.
2- Membrann hidrofobik blgesi iinde gml kresel
proteinler (ekil 5-15).

ekil 5-15. Membran yaps.


o-Sarmal yapdaki membran proteinlerinin tipik bir rneini
glikoforin oluturur. Glikoforin krmz kan hcre membranlarnda
bulunan bir glikoproteindir. levinin yeterince tanmlanmam olmasna
karn yaps olduka iyi bilinmektedir. Molekln byk bir blm
hcrenin d tarafnda konumlanm olup, glikosillenmi amino asitler
ierir.
1971 ylnda (Mark Bretscher tarafndan) glikoforinin hcre
membrann boydan boya getii gsterilmitir. Daha sonra amino asit
dizisi belirlenmi ve membran iinde bulunan blmnn 26 hidrofobik
amino asitten olutuu bulunmutur. Bu hidrofobik dizi o-sarmal yap
biiminde ift tabakay bir yandan dier yana geebilecek uzunluktadr.
Ksa hidrofilik kuyruk ise ift tabakadaki proteini sabitletirmek zere
sitoplazmada bulunur.
Bugn hidrofobik o-sarmal blm ya da blmleriyle hcre
membrann enlemesine geen ve hidrofilik bir kuyruk ile de
sitoplazmaya sarkan birok membran proteini bilinmektedir. Bunlar
arasnda reseptr olarak ilev stlenmi ya da bak sistem
hcrelerinin yabanc yaplar ile ya da aralarndaki iletiimlere araclk
eden (faredeki H2 ya da insandaki HLA transplantasyon antijenleri gibi)
proteinler saylabilir. Reseptr proteinlerin membranlar enlemesine
geen o-sarmal yapl bir ya da daha ok sayda blgesi bulunabilir.
Membran konumlu reseptr proteinlerinin bir grubu membran bu ekilde
ie ve da doru yedi kez enlemesine geen zelliiyle bilinir (ekil 5-
16). Bu grubun temsilcileri olan reseptrler gelen haberi hcre
iindeki hedef molekle (efektre) iletmede G protein ad verilen arac


ekil 5-16. Membran yedi kez enlemesine geen reseptr.

proteinlere gereksinim duyar. Yedi geili motifle evrimin farkl
evrelerinden trlerde ve farkl ilevli reseptr proteinlerinde karlalr.
(Bakteri rodopsini, mayada iftlemeyle ilintili reseptrler ve insanda |-
adrenerjik, muskarinik asetilkolin ve eitli nropeptit reseptrleri bu
kapsama girer).
Yedi geili motifle ilintili bir yapyla kanal ve transport
proteinlerinde de karlalr (ekil 5-17). Bu proteinlerde, membran
ii konumlu o-sarmal yaplarnn bir araya gelmeleriyle, kanallar
oluur.


ekil 5-17. Membran ok kez geili protein motifi.
Glikoz iletim proteinin rneinde membran
kanal ve iletim proteinlerin genel yap dzeni.



o-sarmal yaplarn kanala bakan yzlerinde yer alan polar kalntl amino
asitler bu kanallarn hidrofilik niteliini belirler (ekil 5-18).

ekil 5-18. o-sarmal yaplarnn membranda kanal
oluturmas.

Kresel yapl ikinci tr proteinler ise lipit ift tabakasna ilevleri iin
gerekli olan dayankl salar. Genelde membran ii konumlu bu
proteinlerin varln elektronmikroskobunda donuk yontu (freeze
etching) tekniiyle grntlemek olanakldr (ekil 5-19).
5.18. Biyoenerjetik ilkeleri ve molekllerin membrandan iletisi
Hcre membranlarndan partikllerin geii, dier bir ifadeyle
hcre membran (zar) geirgenlii, membrann ve partikln eidine,
membrann ii ve dndaki deimelere baldr.



ekil 5-19. Membran ii proteinlerin elektron-
mikroskobunda donuk yontu
(freeze etching) tekniiyle grn-
tlenmesi.

Bir partikl mekanizmalar farkl birka deiik yoldan membran
geebilir. Enerjetik adan bu gei (iletim) iki farkl biimde
gerekleebilir:
1- Pasif iletim,
2- Aktif iletim.
5.18.1. Pasif iletim
Enerji tketmeksizin deriim ve elektriksel potansiyel
gradyentleri boyunca gerekleen iletimdir ki ekli bulunur:



a) Basit difzlenme,
b) Kolaylatrlm difzlenme.
5.18.1.1. Basit difzlenme
Baka bir molekl aracl olmadan, molekllerin (taneciklerin)
membrandan kendi kinetik enerjileri ile geiidir. Membranlarn lipit ift
tabakasndan dorudan ya da protein kanallarndan geiler bu kapsam
iine girer. Lipit ift tabakada zlebilen oksijen, azot, karbondioksit
gibi gazlarla, alkol, eter gibi maddeler lipit tabakadan dorudan
difzlenir.
Su moleklleri de, lipit ift tabakada znemedikleri halde, bu
tabakadan hidrofilik geitler zerinden kolaylkla geebilmektedirler.
Bu geitlerden genelde hzlar byk, molekl arlklar kk
molekller geebilir.
Ykl tanecikler ise, ancak proteinlerin meydana getirdii
kanallardan geerler. Seici geirgenlie sahip olan bu kanallar
geirgenliklerini belirleyen mekanizmalara gre,
- voltaj kapl kanallar,
- ligant kapl kanallar,
- mekanik kapl kanallar,
eklinde snflanr.
Sinir ve kas hcrelerinde Na-K kanal kaplar voltaj kapl
kanallara, sinaptik iletimde rol alan ve transmiter ad verilen
molekllerin denetimde alan kanallar ligant kapl kanallara, duyusal
sinir ularnda gerilim, basn gibi mekanik uyaranlarn etkisiyle alan
kanallar mekanik kapl kanallara rnek oluturur.



5.18.1.2. Kolaylatrlm difzlenme
Membran dorudan geemeyen molekller (tanecikler) zel
tayc proteinlere balanarak membran geebilirler. Glikoz ve amino
asitlerin ounun dokudaki tanmas kolaylatrlm difzlenme ile
olur.
Basit difzlenme ile kolaylatrlm difzlenme arasndaki
nemli fark difzlenme aks belirler. Difzlenme aks, birim kesitten
birim zamanda geen mol says olarak tanmlananr. Difzlenme ak
hz basit difzlenmede deriim fark ile doru orantl iken,
kolaylatrlm difzlenmede belirli bir deriim farknn stnde sabit bir
(maksimum) deerde kalr (ekil 5-20).

ekil 5-20. Basit difzlenme ile kolaylatrlm difzlen-
mede difzlenme ak ile deriim arasndaki
iliki.



5.18.2. Aktif iletim
Hcre membrannda baz molekl ve iyonlar enerji (ATP)
tketilerek deriim ya da potansiyel gradyentine kar tanrlar. Bu
srete ilev gren tayc proteinler ATPaz etkinlii gsterir.
Hcre membranlarnda Na
+
, K
+
, Ca
++
, H
+
, Cl
-
, I
-
iyonlar aktif
iletim ile tanr.
5.19. Difzlenme ve ozmoz
Bir membran tarafndan ayrlan iki blmede membran geebilen
bir maddenin farkl deriimli zeltileri bulunduunda yksek deriimli
blmeden dk deriimli blmeye doru bir difzlenme gzlenir
(ekil 5-21).

ekil 5-21. Molekllerin membrandan difzlenmesi.

Farkl iki zeltiyi ayran yar geirgen bir membrandan su ya da
baka zc molekllerin gemesi ise, difzlenmenin ozmoz ad verilen
zel bir durumunu oluturur.
ekil 5-22deki gibi bir borunun sol blmesinde membran hi
geemeyen (glikoz) ya da zor geen (NaCl) bir maddenin zeltisi
varsa, su moleklleri daha youn olduklar sa blmeden sol blmeye
geer. Bylece, sol blmede ykselen sv dzeyi ile birlikte
hidrostatik



ekil 5-22. Ozmoz ve ozmotik basn oluumu.

basn oluur ve bir denge kurulur. Daha fazla su geiini engelleyen bu
basnca ozmotik basn denir.
Ozmotik basn= p x h x g (5-17)
g : 9,8 m/s
2
,
p : zelti younluu,
h : ykseklik fark,
Molar deriimi c olan seyreltik bir zeltinin ozmotik basnc ise,

Ozmotik basn= n x c x R x T (5-18)
R : genel gaz dursays (8,31451 K
-1
mol
-1
),
T : mutlak scaklk (
o
K),
n : znen bir maddenin zeltide verdii molekl says
c birimi mol/m
3
ise ozmotik basn birimi Paskal olur.



Molekllerin yalnzca saylarnn nemli olduu, cinslerinin
nemli olmad olaylara ozmotik olaylar denir.
Bir zeltide iyonlamadan znen bir maddenin 1 mol
miktarna 1 ozmol denir.
Bir molekl n sayda tanecie ayrtrarak znen bir
maddenin 1 mol miktar ise n ozmol kadardr.
Bir zeltinin 1 litresi iinde znm maddenin ozmol
cinsinden miktarna ozmolar deriim ya da ozmolarite denir.
5.20. Biyoenerjetik adan molekllerin membrandan iletimi
Suda znm bir maddenin molekllerinin dalm daha nce
gaz karmlarnn rneinde grlen termodinamik kurallara baldr.
Blm 5.19de belirtildii gibi, bir kabn geirgen bir membran ile
ayrlm iki blmesinden birine maddenin yksek deriimli, ikinci
blmesine ise daha dk deriimli zeltisi konulduunda znm
maddenin molekllerinin ikinci blmeye gemeye baladklar gzlenir.
Bu ikinci termodinamik kuralla uyumlu bir olaydr, zira, maddenin
molekllerinin iki blmeye eit sayda dalm entropide art ve i
enerjide azalma ile gerekleecek ve

AG = AE - T AS,

eitliine gre serbest enerjide azalmayla sonulanacaktr (ekil 5-23)



ekil 5-23. Pasif iletimin oluumu.

Maddenin iki blme arasndaki deriim farkn ortadan
kaldracak ve iki blmedeki deriimler arasnda bir eitlik oluturacak
biimde geirgen membrandan difzlenmesi pasif iletim olarak
tanmlanr. Bu olayn kendiliinden olumas beklenir ve enerji
gerektirmedii gibi serbest enerji de bir azalmayla gerekleir. Buna
karn, blmeler arasnda bir deriim farknn oluumuna yol aacak
biimdeki bir iletim, entropide azalma, i enerjide ve de serbest enerjide
art ile olanakl olabilecektir (ekil 5-24).

ekil 5-24. Aktif iletimin oluumu.



Serbest enerji gerektiren byle bir iletim aktif iletim olarak tanmlanr.
AG ile K (denge dursays) ya da AG ile AE
o
(redokspotansiyeli)
arasndaki balantlar anlatan eitliklere benzer bir eitlikle, aktif ve
pasif ileti trleri ile AG arasndaki balantyla anlatlabilir:

|C
2
|
AG = 2,3 RTlog (5-19)
|C
1
|

C
1
= maddenin 1.blmedeki deriimi,
C
2
= maddenin 2.blmedeki deriimi.

Bu eitlie gre, tpk yukardaki rneklerde olduu gibi, C
1
>C
2
olduunda AG negatif (=pasif iletim), C
1
<C
2
olduunda ise, AG pozitif
deer (=aktif iletim) kazanacaktr.
rnein C
1
= 0,1 M, C
2
= 0,01 M, deney scakl 27
o
C (300
o
K)
olduunda,

0,01 M
AG= 2,3 (1,98 cal.mol
-1
.
o
K
-1
) (300
o
K)log
0,1 M

= -1080 cal.mol
-1
,

olacak, C
1
ve C
2
deerleri yer deitirdiinde, AGnin saysal deeri
deimeyecek, yalnzca pozitif nitelikte olacaktr.



5.21. Gibbs-Donnan dengesi
Dnlecei gibi, canl sistemlerde, rnein hcre
membrannda, gerekleen iletim olaylar yukardaki rneklerde
grld lde basit deildir. Hcre membrannn seici geirgenlii
ve hcre iinde bu membrandan geemeyen fosfat bileikleri ve
proteinler gibi anyonlarn bulunmas nedeniyle, madde ve iyonlar hcre
iinde ve hcreler aras (interstisyel) svda deiik deriimlerde bulunur.
Membrandan geemeyen anyonlarn hcre iinde bulunmas Gibbs-
Donnan dengesi ad altnda tannan bir durumun oluumuna yol aar.
Yukardaki rnekteki kabn bir gzne bir protein zeltisi (membran
geemeyen protein
-
+ Na
+
) dier gzne ise NaCl zeltisi konulduunda
(ekil 5-25), ilk aamada Cl
-
(ve yk dalmn dengelemek iin de Na
+
)
iyonlar daha yksek deriimde bulunduklar 1.blmeden 2.blmeye
difzlenir. Cl
-
iyonlarnn aksine, anyonik proteinin membrandan
geememesi burada oluan dengenin daha deiik nitelikte olmasna
neden olur. Gibbs tarafndan termodi-

ekil 5-25. Gibbs-Donnan dengesinin oluumu.



namik dncelere dayanlarak ileri srlen, daha sonra Donnan
tarafndan varl deneysel olarak kantlanan bu tip dengede blmelerin
birinde bulunan, difzlenebilen iyonlarn deriimlerinin arpmnn, dier
blmedeki ayn nitelikteki iyonlarn deriimlerinin arpmna eit olmas
gerekir:

|Na
+
|
1
. |Cl
-
|
1
= |Na
+
|
2
. |Cl
-
|
2
. (5-20)

Gibbs-Donnan dengesinin termodinamik aklanmas ise u
ekilde yaplabilir: Na
+
iyonlarnn difzlenmesindeki serbest enerji
deiimi,

|Na
+
|
2

AG
Na
+
= 2,3 R T log , (5-21)
|Na
+
|
1

Cl
-
-iyonlarnn difzlenmesindeki serbest enerji deiimi,

|Cl
-
|
2

AG
Cl
-
= 2,3 R T log (5-22)
|Cl
-
|
1

Her iki iyonun birbiriyle balantl difzlenmesindeki serbest enerji
deiimi ise,



|Na
+
|
2

|Cl
-
|
2

AG
Na
+
+ AG
Cl
-
= 2,3 RTlog + 2,3 RTlog , (5-23)
|Na
+
|
1
|Cl
-
|
1

olarak gsterilebilir. Denge durumunda ise serbest enerji deiimi sfr
olacana gre,

AG
Na
+AG
Cl
= 0

|Na
+
|
2
|Cl
-
|
2
0= 2,3 R T log + 2,3 R T log (5-24)
|Na
+
|
1
|Cl
-
|
1

olacaktr. Bu eitliin yeniden dzenlenmesiyle,

|Na
+
|
2
|Cl
-
|
2

2,3 RTlog = -2,3 RTlog , (5-25)
|Na
+
|
1
|Cl
-
|
1

|Cl
-
|
1

= 2,3 RTlog ,
|Cl
-
|
2



|Na
+
|

2
|Cl
-
|
1

ya da = , (5-26)
|Na
+
|
1
|Cl
-
|
2

|Na
+
|
2
. |Cl
-
|
2
= |Na
+
|
1 .
|Cl
-
|
1
(5-27)

eitlii elde edilir.
Difzlenemeyen proteinlerin varl nedeniyle, |Na
+
|
2
> |Na
+
|
1
ve
de |Cl
-
|
1
> |Cl
-
|
2
olacaktr. yonlarn bu ekilde eitsiz dalm karl
olarak bir denge durumu grldne gre, yukardaki rneklerin tersine,
Gibbs-Donnan dengesinde iki blme arasnda gerek Na
+
ve gerekse Cl
-

gradyentlerinin oluumu pasif olarak, bir enerji gerektirmeden
gerekleecektir.

|Na
+
|
2
> |Na
+
|
1
ve |Cl
-
|
1
> |Cl
-
|
2
, sonucu oluan gradyentler
boyunca,

|Na
+
|
1

AG = 2,3 RTlog ve
|Na
+
|
2

|Cl
-
|
2

AG = 2,3 RTlog ,
|Cl
-
|
1

eitsizliklerine gre Na
+
un 2.blmeden 1.blmeye, Clun ise 1.blmeden
2.blmeye gemesi beklenir (ekil 5-26).


ekil 5-26. Gibbs-Donnan dengesi sonucu Na ve Cl
iyonlarnn dalm.

Gibbs-Donnan dengesinden karlmas gereken baz sonulara
burada deinmek gerekir:
-Denge durumunda, proteinin bulunduu 2.blmenin ozmotik
basncnn 1.blmedekinden yksek olmas beklenir. rnein,
hcrenin hipotonik bir ortamda imesi gibi sv yzeyi 2.blme-
de ykselecektir. Suyun 1.blmeden 2.blmeye gemesi
1.blmedeki iyon deriimlerini ykselteceine gre, Cl
-
(ve ona
baml olarak Na
+
) yeniden 2.blmeye difzlenecektir.
Oluacak
byle bir ksr dng sonucu, kuramsal olarak, 1.blmenin tm
elerinin 2.blmeye gemesi (ya da, hcre rneinde, hcre-
nin ierek atlamas) szkonusu olacaktr.
5.22. Membran potansiyeli
Yukardaki durumda Na
+
ve Cl
-
iyonlarndan ok az miktarlarn
dier blmeye gemeleriyle bir membran potansiyeli oluacaktr. Bu
potansiyel iyonlarn difzlenmesini salayan deriim gradyentine ters
ynl olacak ve dier blmeye geen iyonun geri difzlenmesinde
(ekilmesinde) etkin olacaktr. Membran potansiyelinin ulat deer
sonucu iki ynde difzlenen iyonlarn miktar eit olduunda (blmelerin


iyon deriimlerinde net bir deiim gzlenmediinde) bir denge
potansiyeli oluacaktr (ekil 5-27).

ekil 5-27. Deriim ve potansiyel gradyentlerinin oluumu.

Denge potansiyelinin deeri,

RT C
1

E = 2,3 log , (5-28)
nF C
2

(Nernst) eitlii ile saptanr. Eitlikle, C
1
ve C
2
, 1. ve 2.blmelerdeki iyon
deriimlerine; R, gaz dursaysna (1,97 cal.mol
-1
.
o
K
-1
); T, mutlak
scakla (
o
K); F, Faraday dursaysna (2,3x10
4
cal.v
-1
.mol
-1
); n, iyon


deerliine ve E, volt olarak denge potansiyeline (1. blme potansiyeli
eksi 2. blme potansiyeli) karlk gelir.
Gibbs-Donnan dengesinde geerli olan hususlarn iyonlarn hcre
ii ve hcre d svlardaki dalmnda oynad olas rol belirlemek
iin,
- bu iyonlarn (balca K
+
, Na
+
ve Cl
-
-iyonlarnn) hcre iindeki
ve hcre dndaki (interstisyel svdaki) deriimlerini saptamak,
- bu deriim deerlerini Nernst eitliine uygulayarak her iyon
iin denge potansiyelini hesaplamak,
- iyonlarn iinde bulunan bu denge potansiyeli deerlerini
llen gerek membran potansiyeliyle karlatrmak gerekir.
Tablo 5-4n incelenmesi ve hcre ii ve d iyon deriimlerinin
Nernst eitliine,
katyon
RT d
E= 2,3 log
nF katyon
i

anyon
RT i
(ya da E= 2,3 log )
nF anyon
d

uyarlanmasyla, Cl
-
-iyonlarnn hcre membranndan difzlenmesinin
Gibbs-Donnan dengesine uygun olarak gerekletii ve membran
potansiyeliyle uyutuu grlr. K
+
-iin hesaplanan denge


potansiyeli ise membran potansiyeline yakn, ancak, daha negatif bir
deer tamaktadr. (Hcre iine difzlenen az miktarda Na
+
-iyonu,
membran potansiyelinin, K
+
-denge potansiyelinden beklenenden,
daha negatif olmasna neden olur. Bunun sonucu, K
+
-iyonlar deriim
gradyentine bal olarak az da olsa dar difzlenme eilimindedir). Na
+

Denge potansiyeli
(mV)
Hcre ii deriimi
(mEq/l)
Hcre d deriimi
(mEq/l)
K
+
-97 155 4
Na
+
+60 12 145
Cl
-
-90 4 120

Tablo 5-4. Kas hcresinde K
+
, Na
+
, Cl
-
iyonlarnn denge
potansiyel deerleri.

iin bulunan deriim deerlerinden hesaplanan denge potansiyeli ise,
hcre iine ynelik deriim ve potansiyel gradyentlerine karn, bu
iyonun hcre d svda younlam olduununu ortaya koyar. Baka
bir deyimle, yukardaki tanmlamalara gre, Na
+
iyonunun aktif iletimle
hcre dna karlm olmas gerekmektedir (ekil 5-28).



ekil 5-28. Elektrokimyasal ve deriim gradyentleri.

5.23. Difzlenme potansiyelleri
Membran potansiyeli, yukarda Gibbs-Donnan dengesinde
grlen mekanizmayla oluabilecei gibi, iyonlarn deiik difzlenme
hzlarndan da kaynaklanabilir. Sv ortamda byle bir difzlenme
potansiyeli geici nitelikte olmakla birlikte, hcre membrannn seici
geirgenlii, difzlenme hzlarndaki farklar artrarak, potansiyel
farklarn kalmlatrabilir. Nitekim, K
+
hcre membrannda Na
+
a oranla
yaklak 100 kat daha hzl difzlenir.
Hcre membran potansiyelinin oluumunda rol oynayan nc
ve ok nemli bir etmen Na
+
-K
+
a baml ATPaz sistemidir. Na
+
-iyonlar
bir deriim gradyentine kar bu enzime bal olarak hcre iinden dna,
K
+
-iyonlar ise hcre dndan iine etkin biimde pompalanr. Membran
potansiyelinin oluumuna yol aan, elektrogenik nitelikteki bu
pompann hcre dna pompalad yaklak 3 Na
+
-iyonuna karlk,
hcre iine 2 K
+
-iyonu alnr.
5.24. Membran dinlenim potansiyeli
Hcrelerin membranlarnn i ve d yanlar arasnda bir dinlenim
potansiyeli bulunur. Genellikle i yan negatif olan potansiyelin deeri
hcre ve tr tipine gre -60 mV (rnein mrekkep bal aksonu) ile
-100 mV (rnein memelilerin kas hcresi) arasnda deiir. Membran


potansiyelinin oluumunda yukarda anlatlanlara gre n planda
difzlenen K
+
, Cl
-
ve ok az bir oranda da Na
+
-iyonlar tarafndan
belirlenir. yonlarn membran potansiyelinin oluumundaki katklar
onlarn membrann iyon kaplarndan gei hzlaryla orantldr
(difzlenme potansiyelleri). Bu iyonlarn i ve d deriimlerinin ve
onlarn difzlenme (ya da membrandan gei) hzlarnn (g) gz nne
alnmasyla gelitirilmi Goldmann eitlii, bu parametrelerle membran
potansiyelinin oluumu arasndaki balanty anlatr:

RT g
K
.|K
+
|
d
+g
Na
.|Na
+
|
d
+g
Cl
.|Cl
-
|
i

E
membran
= 2,3 log (5-29)
F g
K
.|K
+
|
i
+g
Na
.|Na
+
|
i
+g
Cl
.|Cl
-
|
d

Normalde, hcrelerin membranlarnda (rnein 10 m apnda
bir hcrenin membrannda) potansiyel oluumu ok az sayda (~10
7
)
iyon fazlalnn membrann bir yannda toplanmasyla mmkn olabilir.
Membran potansiyelinin oluumu iin hcre ii ya da hcre d svlarn
iyon deriimlerinde bir deiiklik szkonusu deildir. Yukarda
belirtildii gibi membran potansiyeli K
+
-denge potansiyelinden daha
dk negatiflie sahiptir. Ayrca, Na
+
-iyonlar da onlar hcre iine
eken deriim ve elektrokimyasal potansiyel gradyentlerine karn hcre
d svda younlamtr. Normalde, pasif ileti sonucu K
+
-iyonlarnn
da ve Na
+
-iyonlarnn da (ok daha dk bir hzla bile olsa) hcre iine
gemeleri ve bunun sonunda membran potansiyelinin ortadan kalkmas
gerekir. Ancak, hcre aktif iletiyle (Na
+
-K
+
a baml ATPaz -Na
+
-K
+
-
pompas- araclyla ve ATP tketerek) mevcut potansiyeli korur.


Nitekim, pompann etkinliini basklayan ouabain (strophantin) gibi
maddelerin etkisi ya da hcrenin enerji gereksiniminin karlanamamas
sonucu membran potansiyeli ortadan kalkar.

5.25. Aksiyon Potansiyeli
Dinlenim membran (zar) potansiyeli, yukarda belirtildii gibi,
her hcre iin belirli bir deerdedir. Sinir ve kas hcreleri gibi
uyarlabilir hcrelerde bu deer -60 mV ile -95 mV arasnda deiir.
Sinir ya da kas hcreleri uygun bir uyaran ile uyarldklarnda bu
membran dinlenim potansiyeli deerinde geici bir deime olur ve bu
deiiklik membran boyunca yaylabilir. Organlar arasndaki iletiim ite
bu potansiyel deiiklikleri aracl ile salanr.
Canllarn i ve d ortamlarndaki her trl deiiklik zellemi
reseptr hcreleri yardmyla elektriksel sinyallere dntrlr. Bu
sinyaller sinirler yoluyla beyine iletilir. Burada alglanp yorumlanan
hatta saklanabilen bu bilgilere yant olarakta yine elektriksel sinyaller
oluturulur. Bu oluan potansiyel deiiklikleri yine sinir hcreleri
yardmyla uygulayc (kas, salg bezi gibi) organlara gnderilir.
Sinir sistemi yaklak 10
12
adet sinir hcresi (nron) ile bunun 10-
50 kat kadar glial hcreden oluur. Bilgi iletisinde bunlardan yalnz
nronlar rol oynar. Nronlar, birok farkl ekil ve byklkte olabilir.
Ancak genel olarak bir nron, hcre ekirdei (nukleus), uzant (dentrit)
ve sinif lifi (akson)nden oluur (ekil 5-29).



ekil 5-29. Miyelinli sinir hcresinin yaps.
ki nron arasndaki bilgi alverii sinaps ad verilen yaplarda
olur. Bir nron, uzantlar ya da gvdesindeki sinaptik balantlar ile
dier nrondan ald bilgiyi, akson boyunca potansiyel deiiklikleri
eklinde sinir son ucuna kadar iletir. Bu utan da bilgi sinaptik yol ile
dier hcrelere aktarlr.
Sinir ve kas hcre zarlarnn dinlenim durumu, ortasnda iyi bir
yaltkan bulunan kutuplam bir kondansatr andrr. Uygun bir
uyaran ile bu kondansatr boalabilir, hatta ok ksa bir sre iin ters
kutuplanabilir (depolarizasyon). Zarn belirli blgesinde l ms kadar sren
bu potansiyel deiikliinden sonra, membran bu blgede dinlenim
durumuna dnerken potansiyel deiiklii membran boyunca
yaylmasna devam eder. Lif boyunca iletilen uyarnn temel birimi olan
bu potansiyel deiikliine aksiyon potansiyeli denir. Bu potansiyel
deiiklikleri elektriksel l ve gzlem aralar ile gzlenebilir ve
kaydedilebilir (ekil 5-30). Aksiyon potansiyelinin pozitif potansiyellere
doru deiim sreci ters kutuplanma (depolarizasyon), yeniden
dinlenim potansiyeline dn geri kutuplanma (repolarizasyon),
dinlenimden daha negatif potansiyele doru gidi ise st kutuplanma
(hiperpolarizasyon) olarak adlandrlr.


Hcreler, s, kimyasal, mekanik ve elektriksel olarak ok deiik
yollarla uyarlabilirler. Laboratuvarlarda bu yapay uyaranlardan
elektriksel uyaranlar tercih edilir. nk, zel elektronik devrelerde
(stimlatr) elde edilen bu elektriksel uyaranlar, uygulama sresi,
iddeti, frekans bak-mndan kolaylkla ayarlamak, deitirmek ve
yinelemek olanakldr.

ekil 5-30. Aksiyon potansiyeli.

Ayrca, mikroelektrot teknii ile az kalnl ok inceltilmi cam
elektrotlar kullanlarak hcre membranna zarar vermeden ieri girip
membran uyarmak ve aksiyon potansiyelini gzlemek olanakldr.


Fizyolojik olarak,
1) Hormonlar (asetil kolin reseptrleri),
2) Is (deride scaklk reseptrleri),
3) Mekanik (Paccini cisimlerinde, iitme ty hcreleri),
4) Kimyasal faktrler (dilde tat reseptrleri),
5) Elektromagnetik nlar (retinada kon ve omaklar),
gibi uyaranlar ve reseptrleri aksiyon potansiyelinin olumasna neden
olurlar.
Uyarlabilir hcrelerde aksiyon potansiyelinin yaylma hz,
dinlenim membran potansiyeli, aksiyon potansiyelinin tepe deeri ve
sresi hcre trne gre deiir (Tablo 5-5). Ancak, hcrede bir kez
aksiyon potansiyeli ortaya knca, byklnn ve zamanla deiim
biimi uyarnn cinsi ve byklne bal deildir.
Bir sinir uyarts, snmeden ve biimi bozulmadan bir akson
boyunca sabit hzla iletilir. Yani, bir sinir lifi ya iletim durumundadr, ya
da deildir.

Yaylma hz 1 - 100 m/s
Dinlenim membran
potansiyeli
(-60) - (-95) mV
Tepe deeri (+20) - (+50) mV
Sre 0,5 ms - 0,5 s

Tablo 5-5. Aksiyon potansiyelinin zellikleri.



letimde ise, aksiyon potansiyeli bu lif iin karakteristik, sabit bir ekilde
ortaya kar. Bu zellikler hep ya da hi davran olarak adlandrlr.
Yaltlm tek hcrelerde yaplan deneylerde uyaran iddeti eik
uyaran ad verilen bir deere ulamadka aksiyon potansiyeli olumaz.
Uyaranlarn aksiyon potansiyelini yaratabilmeleri ancak belirli bir iddet
ve srede uygulanmalaryla olasdr. Uyarann etkili olabilen minimum
iddetine eikdeer denir. Eikdeerden daha az iddetli olan uyaranlar
eikalt uyaranlar, daha iddetli olanlar eikst olarak tanmlanr. Eik-
deer, membran potansiyelini aksiyon potansiyelini douracak bir deere
kadar ters kutuplayan (depolarizleyen) uyaran iddetidir. Laboratuvar ve
klinikte uygulanan eikdeerler sabit deildir. Hcreden hcreye
deitii gibi, birbirini izleyen uyarlar ya da metabolik ve hormonal
etkilerle ayn hcrede deimeler gsterir. Elektriksel uyaran
kullanldnda, akm uygulama sresi At kltlnce, eik akm iddeti
(I
eik
) ykselmektedir. Buna gre bir aksonu elektriksel olarak uyarmak
iin minimum bir elektrik yk gerektii (AQ = I
eik
.At) anlalmaktadr.
Dikdrtgen ekilli akm uyarlar ile alrken eik akm iddetinin,
uygulama sresine gre, deiimi hiperbolik bir eridir (ekil 5-31).
iddet-sre erisi olarak adlandrlan bu eri, deneysel olarak

a
I
eik
= + b (5-30)
At

bantsna uyar.
Eri, bir minimum akm iddetinin altnda, uygulama sreleri ne
kadar uzun olursa olsun, uyart oluturulamayacan ortaya


koymaktadr. Bu akm iddeti reobaz olarak adlandrlr. Eik akm
iddetinin At iin ald snr deer, reobaz akm iddetinin
karldr:

limI b eik
t
~
A

ekil 5-31. Eik akm iddetinin uygulama sresine
ball, iddet-sre erisi.

Bantya gre, Atnin ok kk olmas durumunda b terimi
nemsiz kalr ve
limI
a
t
eik
t
~

A
A
a = I
eik
. At (5-31)

yazlr.
Reobazn 2 kat deerinde (2b) bir akmn uyart oluturabilmesi
iin uygulanmas gerekli minimum sreye kronaksi denir. Bu kavram
uyarlabilirliin bir ls saylr.
Bir aksona eikalt dzeyde bir elektrik uyaran uygulandnda,
aksiyon potansiyeli gelimez. Ancak, uygulama noktas civarnda
membran potansiyeli az da olsa deiir. Yresel yant ad verilen bu
potansiyel deiiklii aksiyon potansiyeli gibi yaylmaz. Yresel olarak


ortaya kar ve sner. Yresel yantn deeri uyaran iddeti arttka artar
(ekil 5-32).

ekil 5-32. Uyarlabilir hcrenin, sresi sabit, iddeti
artan uyaranlara kar verdii yantlar.
1. Yresel geici bir potansiyel
2. Daha yksek yresel geici bir potansiyel
3, 4. Aksiyon potansiyeli

Eikalt bir uyarann neden olduu ters kutuplanma
(depolarizasyon) henz tam snmeden bir hcreye ikinci bir eikalt
uyaran daha uygulandnda,ikinci uyarann oluturaca yresel ters
kutuplanma birinciden arta kalana eklenebilir ve toplamlar eik
potansiyele ulaarak bir aksiyon potansiyelini tetikleyebilir. Toplama
(Summation) olarak adlandrlan bu olayla sinir sisteminde iki farkl
ekilde karlalmaktadr (ekil 5-33).



ekil 5-33. Ardk eikalt uyaranlarn etkisi.
A: Eik alt bir uyaran etkisinde yresel yant
B: Eik alt iki uyarann pepee
uygulanmasnda zamansal toplama ile aksiyon
potansiyeli oluur.

Bir sinir hcresi yukardaki gibi ok ksa zaman aral iinde
ardk iki eikalt uyaran etkisinde kalarak yresel olarak ters
kutuplanabilir. Bu olaya zamansal toplama (temporal summation)
denir. Bu olaya daha ok evresel sinir sisteminde rastlanr. Dier
taraftan bir nron ayn anda farkl blgelerinde eikalt uyaranlar
etkisinde kalabilir. Bu tr iki ya da daha ok odaktan kaynaklanan
eikalt yantlar bir dier noktada toplanarak eik deere ulaabilirler.
Uzaysal toplama (spatial summation) olarak adlandrlan bu
trden toplama ilemi merkezi sinir sisteminin integrasyon ilemleri iin
nem tar.
Uyarlabilir bir hcre iin kritik potansiyel ya da eik potansiyel
(E
kritik
) uyarann, iddeti, sresi ve artma temposu ile birlikte zarn
gemiine de baldr. Kare puls biimli bir uyaran iin eik en dktr.
iddeti zamanla dorusal olarak artan uyaranlar iin, eik potansiyel,
uyaran artma hz ile ters orantldr (ekil 5-34). Uyarann artma hz bir
minimum deerin altna derse, uyarann son deeri ne olursa olsun
aksiyon potansiyeli oluamaz. Uyarlabilir bir hcre ya da dokuda iddeti


yava yava artan bir uyaran karsnda eiin ykselmesi uyum
(accomodation) olarak adlandrlr.

ekil 5-34. iddeti yava olarak artan bir uyaran karsnda,
kritik depolarizasyon potansiyelinin ve aksiyon
potansiyeli genliinin deiimi.
Kritik depolarizasyon deerleri okla iaretlidir.

Uyarlabilir bir lifin belirli bir blgesinde aksiyon potansiyeli
oluurken, ikinci bir uyaran iddeti ne olursa olsun, bu blgede ayn anda
baka bir aksiyon potansiyeli oluturamaz. Aksiyon potansiyeli


sresinden biraz uzun olan, lifin hi uyarlamad bu dneme mutlak
refrakter dnem denir. Bunu izleyen biraz daha uzun sreli ve bal
refrakter dnem olarak adlandrlan bir dnemde ise ikinci bir uyaran
aksiyon potansiyeli oluturabilir. Ancak eik deer normal dinlenim
durumuna gre ykselmitir (ekil 5-35).

ekil 5-35. Eik st bir uyarann yol at uyart sonra-
snda geen sreye bal olarak ikinci
uyaran iin eik iddetindeki deime.
x
1
- Mutlak refrakter dnem
x
2
- Bal refrakter dnem

Bir akson ayn anda iki ayr yerinden uyarlabilir. Zt ynlerde
birbirine doru yaklaan aksiyon potansiyelleri ayn blgeye ulanca,
bir dierinin refrakter dnemine rastlayacandan, yok olur. Mutlak
refrakter dnem bir ynde ilerleyen aksiyon potansiyelinin kendiliinden
geri dnmesini engeller. Mutlak refrakter dnem bir aksonun ardk
aksiyon potansiyelinin oluturma frekansn da snrlar.
Aksiyon potansiyeli oluumunu iyon akmlaryla aklayacak
olursak, 3 dnemde incelenebilir (ekil 5-36):
1. Dinlenim dnemi,
2. Ters kutuplanma (depolarizasyon) dnemi,
3. Geri kutuplanma (repolarizasyon) dnemi



ekil 5-36. ift fazl aksiyon potansiyelinin oluumu.

Hcre iinin negatif, hcre dnn pozitif olduu dinlenim
durumu (1.Dnem), bir uyart ile membrann Na
+
iyonlarna kar
geirgenliinin birdenbire artmas sonucu, bozulur. Na
+
iyonlarnn hzla
hcre iine akmas, d ile i arasnda potansiyel farkn nce kaldrr,
sonra i yzde d yze gre pozitif yk toplanr. Dinlenim potansiyeli
ortadan kalkar ve ters ynde bir potansiyel oluur (2.Dnem). Bu
oluumdan hemen sonra zarn tekrar Na
+
iyonlarna kar geirgenlii
azalr ve hemen hemen durur. Lif iindeki pozitif ters potansiyel ortadan
kalkar, normal dinlenim potansiyeli geri gelir (geri kutuplanma)
(3.Dnem). Bu dnemleri ayrntl irdelemek iin Na
+
yannda K
+
szma
kanallarn (difzlenme), Na
+
-K
+
pompasn (aktif ileti) ve voltaj kapl
Na
+
-K
+
kanallarn birlikte dnmek gerekir.
Bir uyaranla membran dinlenim potansiyeli -90 mVdan 0a
doru ykseldiinde, -70 ile -50 mV arasnda Na
+
iyonlarnn gei


kaps (aktifleme kaps) yapsal deiiklie urayarak alr (ekil 5-
37).Bu aktif srede Na
+
geirgenlii 500-5000 kat kadar artar ve Na
+

iyonlar hcre iine doru hzla akar. Voltaj ykselmesi sonucu,
aktifleme kapsnn almasndan bir sre sonra kanal inaktifletiren
ikinci bir kap (inaktifleme kaps) kapanr. Bu kapanma aktifleme
kapsnn almasn izleyen saniyenin onbinde biri kadar bir sre sonra
meydana gelir. Kapnn kapanmas ile membran dinlenim potansiyeline
dn (geri kutuplanma) gerekleir.
Na
+
kanalnn ok nemli bir zelliini inaktifleme kapsnn
membran potansiyelinin dinlenim durumuna yakn bir deere
dnnceye kadar yeniden almamas oluturur. Bylece, Na
+
kanallar
sinir lifi geri kutuplanmadan yeniden almaz.
K
+
kanallar dinlenim durumunda kapaldr. Bu nedenle, K
+

iyonlar hcre dna kamaz. Membran dinlenim potansiyeli -90 mV
ile 0 mV aras bir deere ykselince kapnn yavaa almasyla K
+

iyonlar



ekil 5-37. Aktifleme ve inaktifleme kaplar.
dar difzlenir. K
+
iyonlarnn yavaa dar difzlenmeleri Na
+

kanallarnn kapanmasna rastlar. Bylece, Na
+
iyonlarnn hcreye
giriinin azalmasna kout olarak, K
+
iyonlarnn dar k geri
kutuplanmay hzlandrr ve dinlenim durumu gerekleir.
5.26. Mekanik
Kas kaslmas, kimyasal enerjinin mekanik enerjiye evrildii bir
biyolojik i trdr. Kaslma sreci vcudumuzun yaklak % 40lk
blmn oluturan iskelet kas ile, % 5-10luk blmn oluturan dz
kaslar ve kalp kasnda benzer biimde gerekleir. Kas kaslmasn
anlayabilmek iin kas dokusunun, rnein iskelet kasnn, yapsn
tanmak gerekir. skelet kaslar, aplar 10-80 mikron arasnda deien
kas liflerinin bir araya gelip kas demetlerini oluturmalaryla meydana
gelir. Kas lifinin hcre membran sarkolemma olarak adlandrlr. Bunun
yaps daha nce grdmz plazma membran ile, polisakkarit
bileiminde ince bir tabakadan olumutur. Bu tabakann en dnda ise
kollagen iplikikler bulunur. Kas liflerinin ularnda sarkolemmann bu
yzey tabakas bir tendon lifiyle kaynar. Tendon lifleri de demet
halinde toplanarak kemiklere tutunur (ekil 5-38).
Kas liflerinin her biri birka yzden, birka bine kadar deien
sayda miyofibrili kapsar. Miyofibrillerin herbiri ise, yaklak 1500


miyozin ile bunun iki kat kadar (~3000) aktin filamenti ierir. Aktin ve
miyozin filamentleri kas kaslmasnn ana ilevsel birimleridir.
Elektron mikroskobu ile yaplan almalarda miyozin kaln
filamentler, aktin ise ince filamentler olarak grlr. Bu filamentler
birbirleri iine girdikleri iin koyu ve ak eritler halinde gzlenir. Aktin
filamentlerini ieren ksm I band adn alr. Bunun nedeni, bu ksmn
polarlanm a kar izotrop olmasdr. Miyozin filamentleriyle birlikte
onlarn arasna giren aktin filamentlerinin de ularn ieren karanlk,
anizotrop eritlere ise A band denir.
Aktin filamentleri Z izgisi ad verilen bir yapya ve bu yap
zerinden birbirlerine balanmlardr. Z izgisi bir kas lifii iinde
(miyofibril) aktin filamentlerini birbirine balad gibi, bir lifikten
dierine devam ederek bir kas lifi iinde yan yana gelmi btn lifikleri
de birbirine balar. Z izgileri iskelet ve kalp kaslarna izgili bir
grnm kazandrr (ekil 5-39).



ekil 5-38. Kas dokusunun altyaplar.

Bu yap ile bir kas lifinde aktin ve miyozin filamentleri yan
yana gelmi olur. ki komu Z izgisi arasnda kalan blm sarkomer
olarak adlandrlr. Kas dinlenim durumunda sarkomerin boyu yaklak 2
mikrondur. Bu uzunlukta iken aktin filamentleri her iki yandan gelerek
miyozin filamentlerini rtm durumdadr. Bir kas lifi ekilip
gerildiinde, dinlenim durumundaki boyundan daha uzun hale gelir.
Bylece her sarkomerde aktin filamentlerinin ular birbirinden
uzaklam olur. Bu durumda A bandnn tam orta yerinde ak bir izgi
meydana gelir. Bu H band olarak adlandrlr. Bu band normal grev
yapan bir kasta ok seyrek grlr. Normal sarkomerin kaslma
srecindeki uzunluunun kontraksiyonu 2-1,6 mikron arasnda olmas
bunun nedenini oluturur. Bu snrlar iinde aktin filamentleri birbirlerini
bile ksmen rtecek bir konuma gelirler.



ekil 5-39. izgili kasn elektronmikroskop grnts.

Miyofibriller kas lifi iinde ve sarkoplazma ad verilen bir
matrikste asl durumda bulunurlar. Sarkoplazma svs iinde yksek
deriimlerde K
+
, Mg
2+
, fosfat iyonlar ve proteinler, ayrca ok sayda
mitokondri bulunur. Bunlar miyofibriller arasnda ve onlara paralel
konumda yerlemilerdir. Mitokondrilerin okluu miyofibrillerin
yksek ATP gereksinimlerini yanstr. Kas lifleri iinde sarkoplazmik
retikulum ad verilen gelimi bir endoplazmik a sistemi bulunur. Bu
yap, kas kaslmasnn dzenlenmesinde kalsiyum iyonlarnn serbest
braklmasyla balantl ilevi nedeniyle zel nem tar.
Kas kaslmasnn, kayan filamentler mekanizmas ile
gerekletii bugn kabul edilmektedir. Bu mekanizmann ngrd
gibi, kaslma srecinde filament boylar sabit kalr, ancak komu iki Z
izgisinin aras daralr (ekil 5-40). Kaslma srasnda A bandnn
uzunluu sabit kalmakta, ancak I band ksalarak gzden kaybolur. Bu
gzlemlere gre, ince filamentlerin kaln filamentler boyunca A
bandnn ortasna doru kaymalar, I bantlarnn dolaysyla kas liflerinin
ksalmalarna neden olmaktadr.



5.26.1. Miyozin filamenti
Miyozin, miyofibrillerin elektronmikroskobunda grlen kaln
filamentlerine karlk gelir. Miyozin uzun, polar bir protein olup,
yaklak 480.000 dalton molekl arlkldr. Birbiri etrafnda sarmal
yaps ile dolanm alt polipeptit zinciri miyozini oluturur. Bu alt
zincirden ikisi byk (200.000 dalton), dier drd kk (20.000
dalton) molekl arlkldr (ekil 5-41).
ki ar zincir birbirine sarlarak bir ift sarmal yapar. Bu
zincirlerden herbirinin bir ucu iine katlanarak miyozin ba ad verilen
kresel yapy oluturur. Bylece, miyozin molekl kuyruk ad verilen
uzun ift sarmal bir yap ile bunun ucunda yan yana bulunan iki
batan

ekil 5-40. Kas kaslmasnn kayan filamentler
mekanizmasna gre ematik gsterimi.



oluur. ift sarmal ile ba arasnda esnek blme mentee ad verilir.
Miyozinin balarnn her biri ikier hafif zincir tar ve Ca
2+
iyonlar
varlnda ATPaz etkinliini gsterir.
Miyozin filamenti yaklak 200 miyozin moleklnden oluur.
Molekllerin kuyruk ksmlar toplanarak filamentin gvdesini oluturur.
Molekllerin mentee blmlerindeki bklme ise balar gvdeden
dar ynelik bir konuma getirir. Miyozin molekllerinin orta bir
noktadan balayarak, iki ters ynde faz farkl dizilmeleri filamentlerin iki
ynl simetrik yapsn belirler (ekil 5-42).

ekil 5-41. Miyozin filamentinin yaps.

Miyozin filamentinin tm uzunluu 1-6 mikron arasnda deiir.
Bu filamentin tam orta blmnde 0,2 mikronluk bir uzunlukta apraz
kpr balarnn bulunmad dikkat eker. Menteeli kollar miyozin


filamentinin ularna doru uzanrlar. Bu nedenle merkezde miyozin
molekllerinin yalnz kuyruk ksmlar bulunur. Ba ksmlar bulunmaz.
5.26.2. Aktin filamenti
Aktin filamenti; aktin, tropomiyozin ve troponin adl
ayr bileenden olumu bir komplekstir. Aktin filamenti
sarmallam iki F-aktin moleklnden olumutur. Fibriler nitelikteki

ekil 5-42. Miyozin moleklnn yaps.



F-aktin moleklleri ise 42.000 dalton arlndaki G-aktin
molekllerinin ATP varlnda polimerlemesi sonucu oluur (ekil 5-
43).
Tropomiyozin, aktin filamentlerine gevek balanan dier bir
molekldr. 70.000 dalton molekl arlklnda, 40 nm uzunluunda
bir proteindir. Dinlenim durumunda F-aktine balanp, aktinin aktif
blgelerini

ekil 5-43. Aktin filamentinin yaps.

kapatarak, aktin ile miyozin arasndaki kaslmaya yol aacak bir
etkileimi ortadan kaldrd dnlmektedir.
Troponin, tropomiyozin boyunca yer alm molekl arlklar
79.000 dalton olan altbirimden olumutur. Bu kresel yapl
altbirimler Troponin I, T, C olarak adlandrlr.
Troponin I, aktine; Troponin T, tropomiyozine ve Troponin C,
Ca
2+
iyonlarna yakn ilgi gsterir. Bu kompleksin tropomiyozini aktine
balad dnlmektedir.
Saf aktin filamenti, troponin-tropomiyozin kompleksi
bulunmad zaman, Mg
2+
ve ATP varlnda gl biimde miyozine
balanr.Troponin-tropomiyozin kompleksinin varlnda bu


balanmann olmamas, gevek durumdaki kasta bu kompleksin aktin-
miyozin etkileimini engellediini dndrmektedir. Ancak, kaslmdan
nce troponin-tropomiyozin kompleksinin etkisi Ca
2+
iyonlarnn
varlnda ortadan kalkar. Ayrntlar bilinmemekle birlikte, Ca
2+

iyonlarnn troponin C ile birlemesi aktin filamentindeki miyozin
balanma blgelerinin aa kmasn salar. Bylece, kaslmaya yol
aacak aktin-miyozin etkileimi gerekleir. zetle, kas kaslmas
mekanizmasn aadaki gibi sralanabilir (ekil 5-44).
1- Miyozin moleklnn ba blm ATP ile birleir. Miyozin
bann ierdii ATPaz etkinlii ile ATP hidrolizlenir. Oluan ADP ve
Pi
tayan ba gergin, enerji ierikli bir konformasyonda ve aktin
filamentine dikey konuma gelir.
2- Ca
2+
iyonlarnn varlnda troponin-tropomiyozin
kompleksinin inhibitr etkisi ortadan kalkar. Aktin filamenti zerindeki
balanma blgeleri alr ve miyozin balar bu blgelere balanr.
3- Balanmay ban A band ynnde ve rpma eklindeki
eilme hareketi izler. Aktin ve miyozin filamentinin karlkl kaymasna
yol aan bu hareket (mekanik i) iin gerekli enerji bir nceki aamadaki
ATP hidrolizi ile salanr. Aa kan enerji ise ban balanma ncesi
gergin konformasyonunda korunmaktadr.
4- Ban eilmesiyle serbestlenen ADP ve Pi, baa yeni bir ATP
moleklnn balanmasna olanak salar. ATPnin balanmasyla
ayran miyozin ba yeni bir dngy balatr (ekil 5-45).
ATP kas kaslmas srasnda, buna gre, balca grev
stlenmitir:


1-Aktif ve miyozin filamentleri arasnda etkileimin
sonlandrlmas,
2-Hidrolizi sonucu aktin ve miyozin filamentlerinin karlkl
kaymas, dolaysyla kaslma iin gerekli enerjinin salanmas,

ekil 5-44. Kas kaslmasnn mekanizmas.



3-Uyar zerine alan kanallar zerinden sarkoplazmaya
serbestlenen Ca
2+
iyonlarnn Ca
2+
a bal bir ATPaz enzimi araclyla
yeniden sarkoplazmik retikuluma pompalanmas ile kaslma srecinin
sonlandrlmas.

ekil 5-45. Kas kaslmasnda oluan kompleksler.

5.26.3. Kas kaslmasnn enerji kayna
Kas kaslmas ok fazla enerji gerektiren bir biyolojik olaydr. Bu
enerji, normalde solunum yoluyla salanmakla birlikte kas anaerob
koullar altnda da kaslabilmektedir. Kas anaerob koullar altnda gerekli
enerjiyi glikoliz yoluyla salamaktadr.Nitekim, yeterli oksijenin
salanamad ar i srecinde, kas ksa bir sre iin anaerobik
koullarda da alabilmektedir.Ancak, daha nce de grld gibi,
solunuma oranla enerji kazanmnda ok daha az verimli olan glikoliz
glikojen depolarnn hzla azalmasna ve ayrca laktat olumasna yol


aar. Kas, gerek solunum ve gerekse glikolizin durdurulduu koullar
altnda da, kaslma etkinlii gsterebilir Byle bir durumda, enerjinin
kreatinfosfat ad verilen bir maddeden elde edildii grlr. Kreatinin
fosforillenmi bir trevi olan kreatinfosfatn hidrolizi ile aa kan
enerji (AG= -10,3 kcaL.mol
-1
) kasta, ADPnin ATPye evrilmesinde
kullanlr:

Kreatin-
Kreatinfosfat + ATP Kreatin + ATP
fosfokinaz

Kreatinfosfat deposu yeterli olduu srece, solunumun ve
glikolizin inhibisyonuna karn kasn ATP ieriinde bir azalma
grlmez. Buna gre, kas dokusunda ATPnin gereksinilen miktarda
salanabilmesini gvenceye alan mekanizma bulunmaktadr.
1- Solunum,
2- Glikoliz,
3- Kreatinfosfat.



6. Bilgi Kuram ve Kibernetik
6.1. Canllar ve entropi
Canl, ak sistem niteliiyle evreden (fotosentezle kazanlan ya
da hazr alnan glikozla) salad enerjiyi zgn yaplarn sentezinde
ve iortamnn korunmasnda kullanr. Canlya zg dzenin
oluturularak korunmas entropide azalma (negatif entropi) anlamna
gelir. Bu azalma canl sistemle snrl olup, evredeki entropi art
pahasna srer. Canlnn yaamnn noktalanmasyla entropiye kar
srdrlen savam da son bulur.
Canllarn grnrde duraan (sabit) iortamlar gerekte
devingen niteliklidir. Ak sistemin gerei iortamdaki maddeler srekli
bir dnm ve evreyle deiim iindedir. Srekli ileyen deiim ve
onunla balantl bir dnm srecine karn, hcre iindeki maddelerin
deriimleri genelde deimez (ekil 6-1). Grnrdeki bu denge
durumu

ekil 6-1. Akardenge (homeostaz)


devingen denge ya da akardenge (homeostaz) olarak adlandrlr.
Enerji akm ve dnm srasnda hcre ATP/ADP deriimlerinin sabit
kalmas akar dengenin tipik bir rneini oluturur. Akardengede entropi
art en dk dzeyde kalr. Bu adan, akardenge, entropiye kar sava
veren canllar iin en uygun bir durumdur.
6.2. Bilgi ve entropi
Canlnn entropiye kar olan savamn mmkn klan ve
aada ana hatlaryla irdelenecek etmen bilgidir. Bilgi ile entropi
arasndaki iliki geen yzylda fiziki J.Maxwell ile balayan ve
yzylmzn ortalarna dek sren bir dnce ve tartma srecinin
sonunda aydnlanmtr.
Daha nce verilmi bir rnee gre (bkz.Blm 5.18), biri gazla
dolu, dieri bo iki kabn birletirilmesiyle, dolu kaptaki gaz
molekllerinin bir ksmnn bo olana gemesi beklenecektir. Bir sre
sonra ise, her iki kaptaki gaz deriimlerinin (basnlarnn) eitlenmesiyle
sistem dengeye ular. Denge, olasl en yksek olan ve entropide
artla gerekleen duruma karlk gelir.
Dolu kapta iki deiik eit gazn bulunduu durumda da bu
gazlarn eit oranlarda iki kaba entropideki arta kout olarak dalmas
beklenir. Dier yandan, bu gazlarn birbirlerinden ayrarak ayr kaplarda
toplanmalar olasl ok dk olan ve kendiliinden gereklemesi hi
beklenmeyecek bir durumdur. Ancak, entropide azalmaya yol aacak
byle bir olayn gereklemesi enerji gerektirmeyecektir. Kuramsal
olarak, farkl gaz molekllerini ayrdedebilen bir varln -bir eytann-
katks ile bu mmkn olabilmelidir (ekil 6-2). te, Maxwell, genel
kanya ters den byle bir olasl ortaya atarak irdelemitir. Bu


dnceye gre, Maxwell eytannn gaz molekllerini tanyp,
snflandrabilmesi yeterli olacak ve i gerektirmeyecektir.

ekil 6-2. Maxwell eytan (Demonu).

Maxwell, eytannn yetkinliini belirleyen zellii gerektiince
tanmlayamamtr. 1929 ylnda, Maxwell eytannn ilevi iin zel bir
bilgiye sahip olmas gerektiine iaret eden, Szilard konuya yeni
bir boyut getirmitir. eytann bilgisinin gaz molekllerinin ayrlmas
srasnda entropide grlen azalmaya enerjetik adan eit olmas gerekir:
yani entropi ile bilgi arasnda ters orantl bir iliki bulunmaktadr.
Maxwell eytann anmsatan bir etken cansz sistemlerde
bulunmaz. Klasik termodinamiin konusunu oluturan bu alanda


kendiliinden gerekleen olaylar her zaman entropide artla sonulanr.
Canllarda gzlenen negatif entropi ise maddenin yukardaki rnektekine
benzer biimde eitsiz dalmas (rnein zgn iortamn olumas ya
da makromolekllerin sentezi) ilkesine dayanr. Bu eitsiz dalm
gerekletiren, koruyan, ksaca Maxwell eytan tanmna uyan etmenler
ise, enzimler ve daha geni kapsamda aktif proteinlerdir. Gerekten,
protein molekllerinin zgn boyutlu yaplar ayn zamanda biyolojik
ilevleri iin gerekli bilgiyi de ierir. Buna gre, normalde olasl ok
az olan bir dzenin ortaya kmas ve entropide azalma aktif proteinlerin
(ve onlarn biyolojik ilevi iin gerekli bilgiyi ieren karmak boyutlu
yaplar ile zgn yzeyleri) yardmyla olabilmektedir. Molekl
dzeyde biyolojik bilginin (informasyonun) esasn yapsal uyum
oluturur.
Gelimi sistemlerde bir durum deiikliine (dnme) neden
olan her trl d etki ve uyaran, o sistem iin bilgi deeri tar. Sistem
tarafndan alnarak; llr ve baka bilgilerle karlatrlarak
deerlendirilir. Bu ekliyle bilgi llebilen bir byklktr.
6.3. Bilgi kuram
Bilgi kuram, bilginin niceliini belirlemek, bilginin saklanma ve
iletilme olanaklarn aratrmak iin gelitirilmi bir disiplindir. Bilgi ile
enerjetik adan yukarda grlen ilikinin nda, bilgi kuram ayn
zamanda termodinamiin nemli bir uygulama alann oluturur.
Bilgi, bu bilgiye sahip ve gnderici olarak tanmlanan bir birey
tarafndan bir haber eklinde alcya gnderilir. Bilginin haber olarak
iletimi gerek gnderici ve gerekse alc tarafndan bilinen bir ifrenin
kullanlmasn ve bilginin bu ifreye gre gnderici tarafndan


yazmn gerektirir (ekil 6-3). ok basit bir rnek verilecek olursa, elma
szc aslnda kendi bana anlam tamayan seslerden olumutur.
Ancak, Trke bilen bir kii bu szc deerlendirebilecek ifreye
sahip olduundan, bunu bir bilgi olarak alglayacaktr Trke bilmeyen
bir kii iin ise, bu szck bir anlam tamayacaktr.

ekil 6-3. Bilginin iletilmesi.

Ses, k, elektromagnetik dalga, vb. deiik araclarla gnderilen
bilgi ifresinin zlmesiyle alcya ulam olur. Canllarda byle bir
bilgi iletiminin tipik rnei olarak DNAda bulunan kaltsal bilginin
proteine evrilmesi gsterilebilir. ifrelenmi bilginin mRNA araclyla
ribozomlara aktarlmas, ifrenin ribozom dzeyinde zlerek
proteine evrilmesiyle sonulanr. Bir protein hormonun getirdii
bilginin hedef hcre membranndaki reseptr araclyla hcre iine
aktarlmas, biyolojik ifrenin zm ile moleklsel eleme arasndaki
balantya dier bir rnek oluturur. Hormona zg reseptr


proteinlerine, dolaysyla ifrenin zm iin gerekli anahtara,
sahip olmayan hcrelerde bilgi hcre iine iletilemez. Burada biyolojik
ifrenin zm molekl dzeyindeki etkileme ve uyum ilkesine
dayanmaktadr. ifreleme ve ifrenin zm, haberleme iin gerekli
bir koulu oluturmaktadr. Burada u zellii ayrca vurgulamak gerekir.
Bir simge yalnz bana bir anlam tamamasna karn, farkl haberler
iinde farkl bilgiler ierebilir. Buna en gzel rnek nlem (!) iaretidir.
Bu iaretin noktalama iaret sistemi, matematiksel iaret sistemi ve trafik
iaret sistemi iinde tad anlamlar ve ierdii bilgi miktar farkldr.
Benzer ekilde, sinir sisteminde aksiyon potansiyeli farkl duyusal
yollarda k, basn, scaklk gibi bilgiler tayabilir. ifreleme iin
(gnlk yaamda da tandmz) iki yntem bilinmektedir.
a) Kavram benzeri simgelerin kullanld yntem. fade
olanaklar kstl bu yntemle ancak basit ve kolay anlalr haberleri
iletmek olasdr.
b) Daha karmak kavramlar ifrelemeye uygun yntem. Bu
yntemde, tek balarna bir anlam ifade etmeyen simgelerin gruplar
halinde birletirilmesiyle oluturulan szckler kavram karl olur. Bu
sistemde simgelerin oluturduu alfabeden n kerelik seimle (n
saysnda simge ieren) szckler oluturmak olasdr. Bu ikinci
ifreleme sistemine gnlk yaamdan rnek olarak kullandmz Latin
alfabesi ya da Arap rakamlarn oluturduu saym sistemi gsterilebilir.
B saysnda simgeden meydana gelen bir alfabede n kerelik seimle (ve n
sayda simgeden) oluturulan szck olaslklar B
n
ye eittir. Rakamlarla
buna bir rnek verilecek olursa, 0dan 9a kadar toplam 10 rakamdan
oluan iki haneli saylar iin 100 olaslk mevcuttur.


B
n
= 10
2
= 100

Ayn ekilde, drt harften (rnein nkleik asitleri oluturan drt
baz simgeleyen

A, G, C, T (U) harflerinden) oluan bir alfabede harf
ieren szckler (kaltmsal ifre szckleri) iin,
4
3
= 64
olaslk (=szck) bulunmaktadr. Grld gibi, bu ikinci yntemle
alfabenin ierdii simge saysna ve szcklerin byklne gre
ayarlanabilen, kuramsal olarak snrsz anlatm olanaklar ortaya
kmaktadr. Byle B sayda simgeden oluan alfabede, n sayda simge
ieren szcklerin meydana getirdii daarca ana szck daarc
ad verilir.
Bilgi iletimi gerek gnderici ve gerekse alcda bir kavram
(szck) seim ilemi gerektirir. Bilgi kuramna gre, bir daarcktaki
belirli bir szce (bilgiye) ulaabilmek iin en uygun yol, her kez iki
seenek arasnda bir seimi gerektiren aamalardan geen yoldur. Bu ikili
(=biner(binary) ya da dual) seenekler genellikle 0 ve 1 simgeleriyle
(=elementer simgeler= binary digits(bits)) gsterilir. Burada B= 2dir.
Byle bir seim yolunun izlenmesiyle elde edilen daarckta, szck
bana den elementer simge says, geilen seim aamalarna, (n)e,
eittir. seim aamasndan sonra elde edilen sekiz szckl daarckta
her bir szcn ierdii simge gereksinmesi 3 elementer simge (=3
binary digit ya da 3 bit) olmaktadr (ekil 6-4).
Bu seim yolu sonunda oluan,
elementer (ana) daarck (ED) = 2
n
, (6-1)
olmaktadr. Seim aamalarnn says olan n, elementer daarcn
szcklerinin seim ya da bilgi ierii olarak ta tanmlanabilir.


n = log
2
N = 1d N (6-2)
(N= elementer daarcktaki szcklerin says;
1d= logaritmus dualis= log
2
yi taban alan logaritma= 3,32 log
10
).

ekil 6-4. kili seim sistemi ile seim aamasndan
sonra elde edilen daarcktaki szcklerin simge
ieriklerinin belirlenmesi.

Yukarda anlatlanlar zetlenecek olursa, N sayda bilgi ieren bir
daarckta belirli bir bilgiyi (szc) semek iin ldN saysnda ikili
seim ilemi gerekecektir. Byle bir daarcktaki belirli bir szcn
bilgi ieriini, (n), hesaplamak iin,
P
o

n= ld , (6-3)
P
1

eitlii de kullanlabilir. Her bilginin (szcn) eit sklkta
karlald rneimizde P
o
, bu bilgilerin herbirine tek bir seimde
ulama olaslna, yani 1/8e, EP
o
ise olaslklarn toplamna (=1)


karlk gelmektedir. Burada mesaj alnmadan nceki olaslk P
1
, mesaj
alndktan sonraki olaslk P
o
olarak da tanmlanabilir.

1
n= ld = 1d8= 3 bit,
1/8

olmaktadr. Daha basit olarak bu eitlii parann yaz ya da tura gelme
rneinde kullanalm. Atlan parann tura gelme olasl P
1
= 1/2dir.
Eer tura gelmise (mesaj alnmsa) P
o
= 1 olur. Bu durumda
alnan

1
bilgi miktar n = log
2
= log
2
2 = 1 bit bulunur.
1/2

n sayda seim aamasndan sonra eriilen daarcktaki bir bilgiyi ifade
iin nden daha az biner simgenin de yetip yetmiyecei sorulabilir. Her
bir bilginin eit sklkla karlald (her bilginin olaslnn eit
olduu) durumda bilgilerin nden ya da 1dNden az simge (ya da bit) ile
anlatm gerekten olas deildir.
rnein A, B, C ve D bilgilerini eit olaslkla ieren daarckta
her bilgi iin gerekli simge n= 1dN= 1d4= 2 bit olacaktr (ekil 6-5).



ekil 6-5. Eit olaslkta bilgi ieren bir daarckta olaslk
ve simge ierii arasndaki iliki.

n ile p arasnda ters orant (ve logaritmik) bir iliki mevcut
olduundan (bir bilginin olasl ne kadar yksekse ona ulamak iin
gerekli seim aamalar o derece azdr), nnin deerini, olasln
resiprokunun (bir blmnn) dual logaritmasndan bulmak olanakldr.

1
n= ldN= 1d (6-4)
p

Yukardaki rnekte (ekil 6-5) her bilginin olasl p= 1/4
olduundan

1
n= ld = 1d 4= 1d 2
2
= 2.1d 2= 2 bit
1/4

her bilgi en az 2 elementer simge ya da bit ile ifade edilecek demektir.
Buna gre bir daarckta bulunan szckler olaslklarnn bymesi
lsnde daha az simge ile ifade edileceklerdir. Bu nedenle yukardaki
bilgilerin (A, B, C, D) srasyla 1/2, 1/4, 1/8, 1/8 olaslkla mevcut olduu


bir daarc oluturmak iin izlenecek seim yolu da (bilgilere eit
olaslklarn dald rnektekinden) deiik olacaktr (ekil 6-6).

ekil 6-6. Bilgilerin deiik olaslklarla bulunduu bir
daarcn oluturulmas.

Daarckta 1/2 olaslkla mevcut bilgiye olumak iin tek bir
seim aamas gerektiine gre A bir tek simge (1 bit), B ise iki seim
aamas gerektirdiinden (olaslk 1/4) iki simge (2 bit) C ve D ise
seim aamas gerektirdiinden (olaslk 1/8) ve simge (3 bit) ile
gsterilecektir.



Hesaplayacak olursak;

1 1 1
Bilgi A iin: P
A
= , n= ld = ld = ld 2 = 1 bit
2 P
A
1/2

1 1 1
Bilgi B iin: P
B
= , n= ld = ld = ld 4 = 2 bit
4 P
B
1/4

1 1 1
Bilgi C iin: P
C
= , n= ld = ld = 1d 8 = 3 bit
8 P
C
1/8

1 1 1
Bilgi D iin: P
D
= , n= ld = ld = ld 8 = 3 bit
8 P
D
1/8

Bu daarcktaki szcklerin ortalama simge says ise,

n=4 1
H = . P
i
ld . (6-5)
i=1 P
i

Shannon formlne gre,

H = 1/2 (1) + 1/4 (2) + 1/8 (3) + 1/8 (3) = 14/8 = 1,75 bit,

hesaplanr. Yani bir daarckta her bilginin (szcn) bit ile ifade edilen
simge (ya da seim, bilgi) ierii

1


n= 1d bit . (6-6)
P
i

Anlatlanlarn nda, bir szcn bilgi ierii ne kadar az ise
(ve o szcn olasl ne kadar ok ise), o szcn simge gereksinimi
o lde az olacak demektir. Bu ilkeye uygun rnekleri gnlk yaamda
grmek mmkndr. Bilgi ierii az olan kavramlar az sayda simgeden
(bir ya da iki heceden) oluan szcklerle, bilgi ierikleri yksek olan
karmak nitelikteki kavramlar ise daha uzun szcklerle anlatlr.
Bilginin anlatm iin gerekli ikili simge saysnn bir alt snr olmasna
karn, bir st snr zorunluu yoktur. Ayn bilgi gerektiinden daha ok
simge ile de iletilebilir. Gereinden fazla olarak bulunan simgeler
fazlalk olarak tanmlanr. Simge fazlal ileti iin gereksiz olabilecei
gibi, bilginin doru olarak iletilmesi ynnden yarar da salayabilir:

Cuma, 25 Temmuz 1975, sabah saat 10.00,

haberi byle fazla, haberin yinelenmesi niteliinde szck iermektedir.
Ancak, (rnein telgrafla gnderilecek) bu fazlalklar mesajn doru
olarak iletilmesini gvenceye alma amacn gtmektedir. ifrelemedeki
fazlaln bu nemine dier bir rnek olarak tekrar iki biner simge ile
gsterilen 4 bilgi,

A 00
B 01
C 10
D 11,


gsterilebilir. Bu bilgilerin (szcklerin) ierdikleri simgelerde iletim
srasnda meydana gelecek bir karklk, rnein 0 1, Ann B ya da
Cye, B ve Cnin ise Dye dnmesine yol aarken, mesaj alnacak
birey bu yanlln farkna varamayacaktr. Szcklerin ierdikleri bu
simgelere bir ncs, szcklerin simge ieriindeki fark ikiye
karacak biimde, eklendiinde, kodlamada 1/3 orannda bir fazlalk
ortaya kacaktr:

A 000
B 011
C 101
D 110

Ancak, imdi kodlama ya da iletim srecinde ortaya kabilecek bir
simge karkl, 0n 1e, ya da 1in 0a dnmesi, yanlln mesaj
alan tarafndan fark edilmesini ve gnderici ile alc arasnda ek bir
haberleme sonucu, dzeltilmesini salayabilecektir.
6.4. Bir mesajn ikili sistemde anlatm
Bir bilgi istenilen bir alfabe ile, zellikle ikili alfabe ile, bu
balamda Trk alfabesinin simgeleri ikili sistemle anlatlabilir. Trk
alfabesinde 29 kk, 29 byk harf, 12 yazm simgesi olmak zere
toplam 70 simge olduu dnlrse, N= B
n
bantsna gre her biri
iin ka elementer simge kullanlmas gerektii hesaplanabilir.



N= B
n
,
70= 2
n

Her iki tarafn logaritmas alnrsa,
log 70 = log 2
n

log 70 = n log 2
log 70
n = ~ 7
log 2

Grld gibi, yalnzca 0 ve 1 elementer simgelerinin bir mesaj iinde
7 kez yinelenmesiyle Trk alfabesinin 70 simgesi ayr ayr anlatlabilir.

Bunlar,
a- 0000001
b- 0000011
..................
..................
A- 0110000
B- 1110000
..................

eklinde yazlabilir.
Dier bir rnek verelim. 20 farkl amino asitten 1000 tanesinin
sralanmas ile olumu bir protein molekl oluturmak iin ka farkl
dizilim elde edilir?


N= 20
1000

Bu dizilimlerden herhangi birinin olasl nedir?

1 1
P = =
N 20
1000

Byle bir proteinin bilgi ierii ne kadardr?

log
2
N = log
2
20
1000
= 1000 log 20 = 4320 bit

kili sistem ile saylar da anlatlabilir. rnek olarak 14 says ikili
sistemde anlatlacak olursa, izlenecek pratik yol 14 iinde bulunan en
byk 2nin kuvvetlerini toplamaktr.

14 = 2
3
+ 2
2
+ 2
1
dir.

kili sistemde ifade etmek iin

2
3
, 2
2
, 2
1
, 2
0

1 1 1 0 yazlr.



4 adet elektrik ampuln seri balar, 1 durumu iin ampuller
yaklr, 0 durumu iin yaklmazsa bu say anlatlm olur. Gerekten de
hesap makinalar bu ilkeye gre almaktadr. kili sistemde toplama
1 +1 = 10 elde edilecek ekilde yaplr.

(53) 110101
(25) 11001
+

(78) 1001110

6.5. Kanal kapasitesi
letiim sistemlerinde bir kanalda iletilen toplam bilgi miktar (n)
kadar, bu kanalda birim zamanda (t) gnderilebilecek bilgi miktar da
nemlidir.

Simgesel olarak,

n bit
C= , (6-7)
t saniye

eklinde anlatlan bu kavram kanal kapasitesi olarak ta tanmlanr.
rnein kulan bilgi ileme kapasitesi (kanal kapasitesi) 200 bit/s, gz
iin 10
6
-10
9
bit/s arasndadr.



6.6. Hcrenin bilgi ierii
Termodinamik adan olasl ok dk bir durum oluturan
canl sistemlerin (ve onlarn en kk birimi olan hcrenin) varolmasnda
bilgi belirleyici etken olmaktadr. Canllar gelime ve oalma
srelerinde yaklak 500 milyon yllk bir biyolojik evrim srecinin
rn olan bu bilgiyi okur ve kopyalar. DNA moleklnde sakl olan bu
bilgi (ya da program) canlnn gelimesi, oalmas, evre koullarna
uyumu, ksaca varolmas iin gerekli olan, tm ayrntlar ierir.
DNA moleklndeki bilgi bir bilgisayar eridindeki bilgiyle
benzeiktir. Her iki tr bilgi de tek boyutlu nitelikte olup, harflerin
(szcklerin) ardak dizilii ile olumutur. Ancak, bu bilgi protein
molekllerine gei sonrasnda boyutluluk kazanr. Protein molekl
bata (DNA moleklnde olduu gibi) yaptalar olan amino asitlerin
ardak diziliiyle oluur, ancak daha sonra i katlanmalar sonucu zgn
boyutlu yapsna dnr. Biyolojik adan aktif olan bu karmak ve
dk entropi ierikli boyutlu yap kendiliinden oluur. Bu oluumda
protein moleklnn evresinde bulunan su molekllerinin dizilimi
belirleyicidir (bkz.Blm 4.3.2.3). Protein moleklnn birincil yaps,
yani polipeptit zinciri, yaln, dolaysyla entropi ierii yksek bir yap
dzenine karlk gelir. Ancak, bu yap dzeni su evresi zerinde bir
zorlama yaratr. zellikle, polipeptit zincirinin ierdii hidrofobik
nitelikli amino asitlerin evrelerinde bulunan su moleklleri
devinimlerini yitirir. Bu durum, su evresi asndan entropide (negatif
entropi) azalma anlamna gelmektedir. Polipeptit zincirinin kendi iine
katlanarak hidrofobik amino asitlerini gizlemesi, su evresini rahatlatr
ve entropi artna yol aar. Buna kout olarak amino asitler arasnda


kurulan balarda sistemin (yani protein moleklnn) i enerjisinde
azalmaya neden olur. Bylece, su evresiyle etkileim karmak ve entropi
ierii dk bir yapnn oluumunu kendiliinden gerekleen bir olay
olarak ortaya karr. Protein moleklnn rneinde grlen bu
ekillenme, hcrenin dier altyaplarnn, supramolekllerin, organellerin
ve de hcre yapsnn oluumunda da geerlidir. Sonuta, DNA
moleklnn ierdii bilginin anlatm hcrenin boyutlu
organizasyonunu da belirler.
Hcrenin bilgi ieriini lme ve biner terimlerle anlatmada
belirli glklerle karlalr. Amino asitlerin proteinlerin deiik yap
dzenlerinde kazandklar anlam ve bilginin farkl olmas bunda rol
oynar. rnein polipeptit zinciri zerinde sradan bir yerde
bulunabilecek bir amino asidin, proteinin boyutlu yapsnda aktif
blgede yer almasyla, hatta bu blgede gerekleen enzimatik katalizde
grev yapmasyla, kazanaca nem farkl olacaktr.
6.7. Kibernetik ilkeleri
Bilgi Kuram, bilginin ifrelenme ve iletilme mekanizmalaryla
urar, ancak bilginin yazgsyla ve ne ekilde deerlendirildiiyle
ilgilenmez. Buna karn, Kibernetiin ana konularn bilgi ileti yollarnn
etkilemesiyle ortaya kan ynetim ve dzenleme mekanizmalar
oluturur. Kibernetik dzenleme mekanizmalaryla uraan bir disiplin
olarak Biyoloji, Sosyoloji ve Teknik gibi birbirine uzak grnen
sahalarn bir kesime noktasn oluturur.
Ak sistemler olarak canllar, evreleriyle srekli bir deiim
iindedir. Bu olgu canllar evre koullarna zellikle baml bir
duruma getirir. evre koullarnda olumsuz ynde gelime, evrede


ortaya kan yeni trler canlnn yaam anslarn olumsuz etkileyebilir.
Byle durumlarda yeni koullara en iyi uyumu salayabilen canllar
varlklarn ncelikli olarak srdrebilir. te canllarn gerek evreye
uyumu ve gerekse i ortamlarnda olaylarn hz ve boyutlarnn
gereksinimlere gre ayar evrim srecinde gelimi dzenlenme
mekanizmalaryla salanr.
Biyolojik dzenleme mekanizmalarnn bazlarn teknikten alnan
model sistemlerin rneinde incelemek ve aklamak olasdr. Biyolojik
geri besleme (feed-back), hem o-hem bu ya da ya o-ya bu
mekanizmalar ok daha basit olarak bu model sistemlerde
gsterilebilir.Bir elektrik devresinde alp kapanabilen bir anahtar ile bir
lamba dnelim. Bu devre bir transistor, bir elektron lambas ya da bir
sinir hcresi hatta kiinin oy kullanmas (olumlu ya da olumsuz) olabilir.
Bilgi Kuramnda ikili sistemde anahtar ak ise 0, kapal ise 1 olarak
gsterilir (ekil 6-7).

ekil 6-7. kili sistemdeki elementer simgelerin (0,1) bir
elektrik devresinde anlatm.

ki anahtar seri baladmz dnelim. A
1
ve A
2
anahtarlarnn
ikisi de kapal olduunda L lambas yanar. Biri ak olduunda ise
yanmaz (ekil 6-8).



ekil 6-8. Hem o-hem bu mekanizmasnn bir elektrik
devresi ile anlatm.

A
1
A
2

1 x 1 = 1 lamba yanar
0 x 1 = 0 lamba yanmaz

Biyolojik sistemlerde, ardak sralanm reaksiyonlarla snrl bir
reaksiyon dizisinde (rnein glikolizde) rnn olumas iin tm
reaksiyonlarn gereklemesinin gereklilii buna bir rnektir. Bir sinir
hcresinde iki farkl sinapstan uyarlarn ezamanl gelmesiyle eik
deerin alabilmesi hem o-hem bu ilkesine rnek oluturur.
Aadaki gibi anahtarlar birbirlerine paralel balanm devrede,
A
1
ve A
2
anahtarlarnn ayr ayr 0 ve 1 durumlarn dnldnde,
lambann yanabilmesi iin bir anahtarn devreyi tamamlamas yeterli
olacaktr (ekil 6-9).


ekil 6-9. Ya o-ya bu mekanizmasnn bir elektrik devresi
ile anlatm.

A
1
A
2

1 + 0 1 lamba yanar
0 + 1 1 lamba yanar
1 + 1 1 lamba yanar
0 + 0 0 lamba yanmaz

Bu mekanizma ya o-ya bu ilkesi olarak adlandrlr. Devre iki
lambal olarak da izilebilir (ekil 6-10). Bu durumda A
1
kapal ise L
1

yanacak, A
2
kapal ise L
2
yanacaktr.
Kart yndeki iki tepkimeyi katalizleyen enzimlerin (rnein
glikojen sentezini salayan glikojen sentetaz ve glikojen ykmn
tetikleyen fosforilazn) etkinliklerinin bir hormonun (rnei epinefrinin)
yol at fosforillenme yoluyla dzenlenmesi ya o-ya bu ilkesine uygun
bir rnek oluturur.


ekil 6-10. Ya o-ya bu mekanizmasnn (baka bir) elektrik
devresi.

Bu enzimlerden glikojen sentetaz, glikoz-1-fosfat glikojene,
fosforilaz ise glikojeni glikoz-6-fosfata evirir. Burada fosforillenme
glikojen sentetaz inaktifletirirken, fosforilaz aktif duruma getirir.
Bylece, ift yollu bir ayar mekanizmas ile glikoz-glikojen
metabolizmas dzenlenmi olur (ekil 6-11).

ekil 6-11. Ya o-ya bu mekanizmasna glikoz-glikojen
metabolizmas rnei.


Yukarda grld gibi, canllarn en byk bir abas belirli
(tuz deriimleri, scaklk vb) deerleri organizmada evre koullarna
karn sabit tutabilmektedir. Teknikte (ve gnlk yaamda) canllardaki
dzenlenme mekanizmalarn anmsatan mekanizmalarn basit
rneklerini
termostat ile slar ayarlanan frnlarda ya da su banyolarnda grmek
olasdr. Btn bu cihazlara ortak dzenleme devresi ematik olarak
gsterilebilir. Byle bir devre, ayarlanmas szkonusu deikenin
(rnein scakln) gerek deerini len bir duyargadan, llen
deeri istenilen deerle (standartla) karlatran bir dzenleyici eden
ve iki deer arasndaki fark dzelten bir ayar mekanizmasndan oluur:
(ekil 6-12).

standart
(istenilen deer)

dzenleyici

ayar
mekanizmas i s duyarga

D etkenler
(d s)

ekil 6-12. Is ayar mekanizmas iin genel dzenleme
devresi.


Byle bir devre,
1. aralksz (ya da srekli),
2. aralkl (alp, kapanan),
nitelikte ayar mekanizmalar ierebilir. Aralksz alan ayarlama
mekanizmasna bir frnn scakln sabit tutabilmek iin kurulmu
aadaki ekilde bir dzenek rnek verilebilir (ekil 6-13).

ekil 6-13. Aralksz alan snn sabit kalmasn salayan
teknik model (Frn rnei).

Dzenleme devresinin iyi ayarlanmasyla snn dzgn bir
ekilde istenen dzeye erierek, kalmas salanabilir. Dzenleme
devresinin elverisiz bir ekilde kurulmas ise, i scakln hzla
ykselip, kapan kapanmasna ve dolaysyla ocan snmesine yol
aabilir. Genellikle beklenen ise, sdaki n k hafif bir inmenin


izlemesi ve bu sapmalarn yksekliklerinin zamanla azalarak scakln
istenen dzeyde dengelenmesidir: (ekil 6-14).

ekil 6-14. Aralksz alan, scakln sabit
kalmasn salayan bir teknik modelde
scaklk deerlerinin zamanla deiimi.

Aralkla alan bir dzenleme devresini ise kontakt termometre
ile alan bir su banyosunda grmek olasdr. Burada kontakt
termometre duyarga ve ayn zamanda standart grevini grr.
Termometrenin iindeki devre tamamlanmad (kontakt svsnn
scaklk artna paralel olarak ykselerek standart niteliindeki tele
erimedii) srece ayar mekanizmas stc devrenin alarak banyo
svsn stmasn salar. Isnn standart (istenen) deere ulamasyla
termometrenin iindeki kontakt (kontakt svsnn standartla temas
sonucu) kapanarak rlenin almasna ve stc devrenin durmasna yol
aar (ekil 6-15).
Aralkl dzenleme sisteminde, bir diyagramla gsterildii gibi,
scaklk nce istenen dzeye ykselir, daha sonra bu dzey evresinde
belirli bir sklkla salnr. Sapmalarn (x) nedenini,
dx
x = . T (6-8)
dt


ekil 6-15. Aralkl alan snn sabit kalmasn salayan
bir teknik model (Su banyosu).

ekil 6-16. Aralkl alan, snn sabit kalmasn salayan
bir teknik modelde snn zamanla deiimi.


dx
formlyle aklamak olasdr. () kontakt svsnn dzeyinin ini
dt
kndaki hz T (latens ya da l sre) ise banyodaki s artnn
termometre (duyarga) tarafndan saptanmasna kadar geen zaman ifade
etmektedir. Buna gre, kontakt svsnn dzeyindeki oynamalarn hz
ve l srenin uzunluu (rnein kontakt termometresinin stc
devreden uzakl) istenen deerden sapmalarn bykln belirler.
eitli teknik model sistemlerinde grlen bu mekanizmalar ilke
olarak canllarda karlalan tm dzenleme sistemlerine uyarlanabilir.
Hcre siklsnn enerji metabolizmasna bal olarak dzenlenmesi
buna bir rnektir. Blm 12-2'de ayrntyla ele alnaca gibi, hcre
siklsnn dzenlendii ve sentez (S) evresi iin gerekli enerjetik
koullar G1 evresinde ortam koullarna gre salanr. Maya hcreleri
gibi glikolizin nplanda olduu hcrelerde enerji metabolizmasnda G1
evresinde cereyan eden dzenleme olaylarn aadaki gibi bir model
sistemde aklamak olanakldr: (ekil 6-17).
Hcrenin G1den S evresine geii (ve DNA sentezinin
balamas) glikojen dzeyine gre ayarlanan bir aralkl dzenleme
mekanizmasyla belirlenmektedir. Buna karn, glikolizin hz
(fosfofruktokinazn etkinlii) hcrenin ATP (ADP) havuzundaki ATP
(ADP) dzeyiyle aralksz bir mekanizma ile ayarlanmaktadr.



ekil 6-17. Maya hcrelerinde enerji metabolizmasnn
dzenlenmesi.



7. Enzimler- Fiziksel lkeler
7.1. Giri
Canllar ak termodinamik sistemler olarak evreleriyle srekli
bir madde ve enerji deiiminde bulunurlar (bkz.Blm 6.1). Yaam
gereksinimlerine gre dzenlenen bu alveri srecinde canllarn
iortam byk lde sabit kalr. evreyle alveri ve etkileimlerinin
akardenge (homeostaz) ilkelerine gre gereklemesi, canllarn
iortamlarnn deimezliinde belirleyici rol oynar. Akardenge
ilkelerinin tipik bir rnei bir nceki Blmde ATP deriiminin hcre
iinde ayarlanmas balamnda verilmitir (bkz.ekil 6-18). Akardenge
klasik termodinamik dengeden farkl olarak devingenlik ve hz
faktrlerine bamldr. Hcrenin ATP ieriinin (~5x10
6
ATP
molekl), yenisi sentezlenmedii takdirde, gereksinimleri yalnzca iki
saniyelik bir sre karlayabilmesi, zaman ve hz faktrlerinin yaamdaki
nemini sergiler. Ak sistemlerin termodinamiinde, akardenge, entropi
balamnda, klasik termodinamiin duraan dengesine edeer bir anlam
tar. Tpk, dzenli, sabit hzda alan bir makinann rneinde olduu
gibi, akardenge entropi oluum hznn en dk dzeyde tutulduu
duruma karlk gelir.
Canl sistemlere zg dzenin oluumu nasl gerekleir? Bu tr
negatif entropi oluumuyla gerekleen srelere geen yzylda
Maxwell eytan kavramyla bir aklama getirilmeye allmtr
(bkz.Blm 6.2). Szilard tarafndan irdelendii gibi, Maxwell eytan
szkonusu sreci gerekletirebilmek iin yalnzca (moleklleri tanma
ve musluu iletme ynnde) zgn bir bilgiye gerek duyar. Cansz
sistemler iin kuramsal bir anlam tayan Maxwell eytannn karln


canllarda aktif proteinler ve zellikle enzimler oluturur. Aktif proteinler
ligantlarn balayarak maddenin sistemde eitsiz bir dalmna yol
aabilir. Ayrca, enzimler maddelerin dnm hzlarn artrarak benzer
bir eitsiz dalma yol aar. Gene ATP rnek olarak alnacak olursa,
hidrolizi sonucu aa kan nemli serbest enerji miktarna (AG= -7,3
kcal.mol
-1
derece
-1
) karn, bu nkleotidi ieren bir zelti normal
koullarda olduka kalml kalabilmektedir. (ATP zeltisinin oda
scaklnda gnlerce kalsa bile, yalnzca kk bir blm ADPye
hidrolizlenir). Ancak, ortama ok kk (katalitik) miktarlarda eklenen
ATPaz enziminin varlnda, ATP dakikalar iinde tmyle ADP ve Pia
dnmektedir. Buna gre, bir sistemin ATP zeltisi ieren iki
blmesinden birine ATPaz eklenecek olursa, maddenin, tpk Maxwell
eytannn etkisinden beklenecei gibi, eitsiz dalm szkonusu
olacaktr. Bylece, enzim bulunduu blmedeki ATPADP
dnmn, termodinamiin ngrd biimde, ancak ok ksa bir
srede, gerekletirerek entropide azalmaya neden olacaktr. Bu
aklamalardan grlecei gibi, enzimler etkilerini tepkime hzn
artrarak gstermektedir.
7.2. Tepkime hzlar
Enzimlerin etki mekanizmalarnn irdelenmesinden nce kimyasal
kinetik ve tepkime hz kavramlarnn ele alnmas uygun olacaktr.
Kimyasal tepkimelerin hz (v) zaman biriminde dnm ya da rnn
oluum hz olarak anlalr ve mol.l
-1
.san
-1
olarak ifade edilir. Tepkime
hz tepken deriimine bal olup, bu balant,

v= k (hz dursays) x |tepken(ler)|
n
,


eitlii ile tanmlanr. Bu eitlikte stel deer (n) tepkime derecesini
belirler.
A B,
dnmnn gerekletii basit bir rnekte, rn(B)nin oluum ya da
ksaca tepkime hz tek tepken(A)in deriimi ile orantldr. Bu tr
tepkimeler tpk radyoaktifliin bozunumunda grlecei gibi birincil
derece tepkimeler olarak adlandrlr:

dA
v= = k|A| (7-1)
dt

Bu eitliin tmlevinin (intregralinin) alnmasyla tretilen eitlikler,
|A|
ln = -kt, (7-2)
|A
o
|

|A|
ya da = e
-kt
, (7-3)
|A
o
|

tepkenin deriiminin zaman iinde stel olarak azaldn ortaya koyar
(ekil 7-1). A
o
= tepkenin balangtaki, yani (t = 0) deriimi. Bu
eitliklerden hareketle tepkenin deriiminin yarya indii sre, yarlanma
sresi (t
1/2
),



|A
o
|
ln 2 = kt
1/2
, (7-4)
|A
o
|

ln 2 = 0,69 = kt
1/2
, (7-5)

0,69
t
1/2
= , (7-6)
k
eitliine gre hesaplanabilir (bkz.Blm 3.5.1).
tepkinin birincil dereceli olduunu ortaya koyacaktr.

ekil 7-1. Birincil derece tepkime. Zamana gre tepken (A)
deriimindeki azalma (a) logaritmik olarak ifade
edildiinde (b) elde edilen dorusal bir iliki



kincil derece tepkimelerde ise, tepkime hz iki tepkenin farkl
deriimlerinin arpm ya da tek bir tepkenin deriiminin karesiyle
orantldr:

k
2A C, tipi bir tepkimede,

v= k|A|
2
(7-7)

k

ya da A + B C, tipi bir tepkimede,

v= k|A||B|. (7-8)

Tek bir tepkenin bulunduu ya da iki farkl tepkenin deriimlerinin eit
olduu durumlarda (|A|= |B|),
dC
= k|A|
2
, (7-9)
dt

eitliinin tmlevinin alnmasyla,
1 1
- = kt, (7-10)
|A| |A
o
|

eitlii elde edilir.



Tepkenlerin ve deriimlerinin farkl olduu, rnein A>B, durumda,
eitlik,
B
o
(A)
ln = k(A
o
-B
o
)t, (7-11)
A
o
(B)

olarak tretilir.

kincil derecede tepkimelerin yarlanma srelerinin
belirlenmesinde,
1
t
1/2
= , (7-12)
k A
o

eitlii kullanlr. Bu eitlie gre, bu tr tepkimelerde yarlanma sresi
tepken deriimiyle ters orantl olup, snrl deriimlerde tepkime
sresinin nemli lde uzamas szkonusudur.
7.3. Tepkime hz ve aktifleme enerjisi
Molekllerin tepkimeye girebilmeleri iin bir aktifleme
srecinden gemeleri gerekir. Tepkimenin balamasn zorlatran byle
bir enerji engeli tepkime hz zerinde de belirleyici olur. Birincil
derecede bir tepkimede molekllerin, yalnzca belirli bir blm bir
zaman diliminde dnm srecine girebilmektedir. kincil derecede
tepkimelerde ise iki farkl tr molekln aktiflemi temsilcilerinin
karlama olaslyla snrl bir dnm gerekleebilir. Ortamn
scaklnn artrlmasyla tepkime hzlarnda gzlenen art bu dnceyi
dorular (bkz. Blm 5.2). Tepkime, molekllerin bata tabi olduu
(simgesiyle gsterilen) bu aktifleme ya da gei srecinden sonra


gerekleir. Buna gre, tepkime, klasik termodinamiin ngrd
serbest enerji deiiminin tesinde, balama aamasnda aktifleme
enerjisine (AG

) gereksinir (ekil 7-2).

ekil 7-2. Aktifleme enerjisi. Tepkime srecinde serbest
enerji deiim diyagram. a) Klasik
termodinamiin tepkimeye ilikin salad bilgi;
b) Molekllerin A B gei srecinde ()
serbest enerji diyagram; c) Ayn diyagram; her
iki yndeki tepkime srelerinde serbest enerji
deiimleri (AG
-1
). G
A
ve G
B
, A ve B
molekllerinin ortalama serbest enerji
dzeyleri.



Aktiflemi |A
| ve duraan |A
o
| durumdaki molekller
arasndaki denge,

|A
| = |A
o
|.e
-AG /RT
(7-13)

eitlii ile ifade edilir. Tepkime hz aktiflemi molekllerin deriimiyle
|A
| orantl olduu iin, bu tr molekllerden hareketle balayan

tepkimenin hz dursays yeniden dzenlenmitir.

k= Qe
-AH /RT
(7-14)

eitlii ile tanmlanr. (Q= Arrhenius aktifleme entropisi dursays;
AH

=aktifleme enerjisi (entalpisi)). Eitlik (7-14) logaritmasnn
alnmasyla,
lnk= lnQ-AH
/RT, (7-15)

1
lnknn, nin ilevi olarak gsterilmesiyle elde edilen dorunun
T
eiminden,

AH
hesaplanabilir (ekil 7-3).

Bylece, AH
deeri zerinden deneysel verilerden hareketle

tepkimenin nndeki enerji engelinin bykl belirlenir. Buna karn,
tepkime iin belirlenen AG ya da K (tepkime denge dursays) deerleri


bu enerji engelinin bykl ya da tepkimenin hz konusunda bilgi
salamaz.

ekil 7-3. Aktifleme enerjisinin deneysel verilerden
hesaplanmas. T mutlak scaklk (K) zerinden
anlatlmaktadr.

7.4. Kataliz kavram- enzimlerin etki mekanizmas
Katalizleyici etmenler (bu kapsamda enzimler) aktifleme
enerjisini azaltarak tepkime hzn artrr. Katalizleyicinin tepkimenin
denge dursays zerinde bir etkisi yoktur. Aktifleme srecindeki serbest
enerji miktarndaki deimeler (AG
) aktifleme enerjisi (AH
) ve
konformasyon entropisi (AS
) tarafndan belirlenir:
AG

= AH
- TAS

Yksek bir pozitif AH
deeri ile negatif AS
deeri tepkimenin
yava gereklemesine yol aar.



Molekllerin (enzimatik tepkimelerde substrat olarak tanmlanan
ligantlarn) tepkimeye girmeleri iin gereksinilen enerji miktar onlarn
enzimin aktif blgesine gei konformasyonuna benzeik bir ara rn
(A
*
) biiminde balanmalaryla (A A
*
) azalr. Ara rnn balanma
sonucu, greli olarak, dk enerji dzeyli, dolaysyla greli kalml bir
duruma gelmesi aktifleme enerjisinin (AH
) azalmasnda balca
etkendir (ekil 7-4). Bylece bir sonraki kimyasal dnm olasl
(A
*
B) artar.

ekil 7-4. Enzimlerin aktifleme enerjisini azaltc
etkisi.

Entropi faktr, tepkimeye girecek molekllerin tepkime iin
uygun konumda bulunma zorunluunu yanstr. Ancak, tepkime iin
uygun koullarn olasl dk olup, bu olgu negatif konformasyon
entropisi kavramyla tanmlanr. zellikle ikincil dereceden tepkimeler
iin geerli olan bu zorunluk, aktif blgeye balanan molekllere verilen


zgn ynelim yoluyla salanr (ekil 7-5). Ayrca, enzimin aktif
blgesinin sudan arndrlm nitelii, su molekllerinin hidratlama
yoluyla tepken molekllerin etkilemesini engelleyen etkisini ortadan
kaldrr. Buna gre, enzimin aktif blgesi, stlendii dizey (matriks)
ilevi ile, balad molekllere tepkime iin uygun konformasyon,
reaktif gruplara uygun ynelim ve sudan arndrlm niteliiyle de
tepkime iin uygun ortam salar.
Katalizleyici etmenler olarak enzimlerin dier bir zelliini aktif
(ya da katalitik) blgelerinde eitli reaktif yan gruba sahip amino asidin
bulunmas belirler. Bu gruplarn bazlar karbon atomu zerinde
gerekletirdikleri nkleofilik etki, asidik gruplardan ayran H
+
iyonu ise
elektron youn gruplar (rnein karboksil grubu iindeki oksijen atomu)
zerinde elektrofilik etki yapar. Bylece, substrat molekllerindeki
yk

ekil 7-5.Enzimin, aktif blgesinde substrat molekllerine
tepkime iin verilen uygun ynelim.


dalmn bozarak, kovalent balarn krlmasna, ikinci aamada ise
yeni balarn oluumuna yol aar (ekil 7-6).
Enzimlerin katalitik blgelerinde gerekleen bu tr nkleofilik
ve elektrofilik etkimelerin bir rneini kemotripsinin aktif blgesinde
gerekleen proteolitik tepkime srecinde grmek olasdr (ekil 7-7).

ekil 7-6. Tepkime srecinde nkleofilik ve elektrofilik
etkiler. Hidrolitik tepkimeler rneinde bu
etkilerin sonucu ara rn ve rn oluumu.



ekil 7-7. Kemotripsinin etki mekanizmas.



Kemotripsin, tripsinin yansra, serin proteazlarn bir temsilcisi olup,
fenilalanin ve tirosinin karboksil gruplaryla katldklar peptit balarn
keser. Tepkime srecinde aktif blgede bulunan serin kalnts nkleofilik
etkisiyle proteolitik kesimin gereklemesinde belirleyici rol oynar.
7.5. Enzim kinetikleri
Enzim kinetiklerinin irdelenmesine temel oluturan dnce,
enzim (E) ile substrat(S)n birlemesiyle enzim-substrat(ES)
kompleksinin oluumunu ve ikinci (katalitik) aamada bu kompleksten
rn (P)n aa kn ngrr. ES kompleksinin oluumunun ok
hzl gerekletii, rnn (P) greli olarak yava aa kt ve bu
ikinci aamann geridnmsz olduu varsaylr. ES kompleksinden E
ve Pnin aa kt katalitik aama birincil derecede bir tepkime
nitelii gsterir.

v= k
cat
|ES| (7-16)
Enzim kinetiklerini ayrntyla ilk olarak inceleyen Michaelis ve
Menten, bu dnceyle balantl olarak, ES kompleksinin, tepkime
sresince, E ve S ile denge durumunda olduunu ileri srmtr.

|E| |S| k
-1

K
S
= = (7-17)
|ES| k
1

|E| |S|
|ES|= (7-18)
K
S



|E| = |E
t
| - |ES| olduuna gre (E= serbest enzim
moleklleri; E
t
= tm enzim moleklleri),

|E
t
| |S| - |ES| |S|
|ES| = (7-19)
K
S

|ES| |S| |E
t
| | S|
|ES| + = (7-20)
K
S
K
S

|S| |E
t
| |S|
|ES| (1 + ) = (7-21)
K
S
K
S

K
S
+ |S| |E
t
| |S|
|ES| = (7-22)
K
S
K
S

|E
t
| |S| K
S
|E
t
| |S|
|ES| = . = (7-23)
K
S
K
S
+ |S| K
S
+ |S|

Bu eitliin (7-16)ya yerletirilmesiyle,



|E
t
| |S|
v = k
cat
(7-24)
K
S
+ |S|

eitlii elde edilir.
Michaelis-Menten eitlii olarak tanmlanan bu eitlik, daha nce
bir aktif proteinin ligand ile etkileiminde de (bkz.Blm 4.3.2.4)
grld gibi hiperbolik bir erinin denklemidir. Substrat deriiminin
ok yksek olduu, yani enzimin substrat ile doyurulduu, durumlarda
tepkime hz bir snr (maksimum) deere yaklaacaktr: (ekil 7-8)

k
cat
|E
t
||S|
limitv= = k
cat
|E
t
|= V
max.
(7-25)

|S|
|S|

V
max
deerinden hareketle k
cat
(enzimin dntrme katsays
(turn-over number) s
-1
cinsinden hesaplanabilir.
Michaelis-Menten kinetikleri ES kompleksinin oluumunun (k
1
),
rne dnm aamasna (k
cat
) oranla, ok daha hzl gerekletii
dncesine dayanr. Ancak, k
cat
deerinin k
1
ve zellikle k
-1
deerlerine
gre olduka byk olduu durumlarda bulunur. Briggs ve Haldane
tarafndan nerilen modelde ise, oluum ve ayrmnn ksa bir srede bir
yatkn (duraan) duruma (steady-state) ulamasyla, ES deriimi
tepkime sresince ve substratn tkenmesine dein sabit bir dzeyde
kalr.
d|ES|
= k
1
|E| |S| - k
-1
|ES| - k
cat
|ES| (7-26)
dt



yatkn durumda, d|ES|/dt = 0 olacana gre,
k
1

|ES|= |E| |S|. (7-27)
k
-1
+ k
cat

ekil 7-8. Enzim tepkime hznn substrat deriimine
bamll. Michaelis-Menten kinetii olarak
tanmlanan tepkime sresi.

Dursaylarn (k
1
, k
-1
, k
cat
) yerine kapsaml K
m
teriminin
kullanlmas,

k
-1
+ k
cat

K
m
= (7-28)
k
1

k
-1
+ k
cat
|E| |S|
K
m
= = (7-29)
k
1
|ES|


ve K
m
in, K
S
yerine konulmasyla, Michaelis-Menten eitliine benzer
bir eitlik elde edilir:

|E
t
| |S| k
cat
|E
t
||S| V
max
|S|
v= k
cat
= (7-30)
K
S +
|S

| K
m
+ |S| K
m
+ |S|

K
m
teriminin k
cat
iermesi burada balca fark oluturur. K
m
bu
balamda gerek bir ayrm dursaysna karlk gelmemektedir. Ancak
k
cat
< k
-1
durumunda byk lde bu deere yaklar.
Michaelis dursays (K
m
) deriim boyutuna sahiptir ve mol.1
-1
ile
anlatlr. . Genelde, enzimin substratna olan ilginliini yanstr ve bir tr
ayrm dursays niteliiyle ilginlikle ters orantl bir iliki gsterir. Buna
gre, K
m
in saysal deerinde azalma ilginliinin art anlamna gelir.
Ancak, ierdii k
cat
teriminin yksek deeri enzimin ilginliiyle
orantl olmayan, yksek bir K
m
deerinin hesaplanmasna yol aarak
yanltc olabilir.
Yukarda belirtildii gibi, k
cat
enziminin katalitik etkenliinin
lsn yanstan bir dursaydr. s
-1
birimiyle anlatlan k
cat
, buna gre,
saniyede enzim tarafndan dntrlen substrat molekllerinin saysn
verir. Substratn ok dk deriimlerinde ise k
cat
/K
m
zel bir anlam
kazanr. Hemen hemen tm enzim molekllerinin serbest durum da
olaca bu koullarda,
k
cat
|E
t
|.|S|
v= , (7-31)
|S| + K
m



eitlii,
k
cat

v= |E|.|S|, (7-32)
K
m

eitliine indirgenir. Bu eitlikte k
cat
/K
m
ikinci derecede bir tepkime
dursays olarak enzim etkinliinin bir lt niteliini kazanr.
(7-30) sayl eitlie gre, K
m
V
max
n yar deerini veren substrat
deriimine karlk gelir ve ekil 7-8den yaklak olarak hesaplanabilir.
Ancak, K
m
ve de V
max
zerinden k
cat
deerlerinin daha gvenli olarak
hesaplanabilmesi iin (7-30) sayl eitliin resiproku alnarak
Lineweaver-Burke gre yeniden dzenlenebilir:

1 K
m
1
= + . (7-33)
v V
max
|S| V
max

Bu eitlikten hareketle, 1/v nin, 1/|S|n ilevi olarak
gsterilmesiyle elde edilen doru, 1/v eksenini 1/V
max
, 1/|S| ekseni ise -
K
m
deerlerinde keser. (ekil 7-9).
Lineweaver-Burk izilimine bir seenek ise,
K
m
.v
v= V
max
- , (7-34)
|S|


ekil 7-9. ift resiproklu Lineweaver-Burk izimi.
(double reciprocal Lineweaver-Burk plot).

eitliine gre, tepkime hznn (v) v/|S|deerinin ilevi olarak
gsterilmesidir (Blm 4.3.2.4 ile karlatrnz). Eadie-Hofstee olarak
adlandrlan bu yntemle elde edilen dorunun eimi -1/K
m
e karlk
gelir (ekil 7-10).



7.6. Enzim inhibisyonu
Enzimlerin etki mekanizmalarn incelemede enzim
inhibitrlerinin byk rol olmutur. Enzim inhibitrleri geridnml
ve geridnmsz etkilerine gre iki snfa ayrlr. Geridnml
inhibisyon

ekil 7-10. Eadie-Hofstee izimi.

enzim ile inhibitr arasnda zayf balar zerinden oluan bir kompleksin
varlna dayanr. Bu tr inhibisyon inhibitrn ortamdan uzaklamasyla
sonlanr. Geridnml inhibisyonlar enzim etkinliinin dzenlenmesi
asndan zel nem tar. Geridnmsz inhibisyon ise inhibitrn
enzime genelde kovalent balarla balanmasndan kaynaklanr.
Geridnml inhibisyonun balca iki tr bulunur. Yarml
(kompetetif) inhibisyonda (competetive inhibition), substrat
moleklne benzeik bir molekl enzimin katalitik blgesine balanarak
gerek substratn bu blgedeki dnmn engeller (ekil 7-11).


Oluan inhibisyonun ls inhibitrn katalitik blgeye olan ilginliine
ve deriiminin substrat deriimine olan oranna baldr. Yarml
inhibisyon substrat ile inhibitrn ayn balanma blgesine ynelik
yarmna dayandndan, substrat deriimini, dolaysyla substratn
bu blgeye

ekil 7-11. Yarml inhibisyon.

balanma olasln artrarak, bu tr inhibisyonu ortadan kaldrmak
olasdr. Ancak, bunun sonucu V
max
(ve 1/2 V
max
) deerinin
eriilebilmesi iin gerekli substrat deriim deeri artar ve grnr K
m

deeri ykselir. V
max
deeri bu tr inhibisyonda deimez (ekil 7-12).
Yarml inhibisyonun matematiksel alm,

ekil 7-12. Yarml inhibisyonun enzim tepkime
srecine etkisi.


k
cat
.|E
t
||S|
v= (7-35)
I
|S|+K
m
(1+ )
K
i

olarak verilir. Eitlikte, K
i
, enzim yarml inhibitr (EI) kompleksinin
ayrm dursaysna karlk gelir. Bu eitlik, resiprokunun alnmasyla,
yeniden dzenlenebilir:

I
K
m
(1+ )
1 K
i

1/v= + (7-36)
V
max
V
max
.|S|

Bylece hazrlanan Lineweaver-Burk izimlerinden, farkl
inhibitr deriimlerine karlk gelen, grnr K
m
deerleri belirlenebilir
(ekil 7-13).
Dier yandan, bu inhibisyon trnde dorular 1/v ekseni
zerinde 1/V
max
deerine karlk gelen noktada kesiir. Diagramdan
inhibitrn artan deriimlerine bal olarak, eimin (1+ I/K
i
) orannda
artt grlebilir:

K
m
I K
m
K
m
.I
eim= (1 + ) = + (7-37)
V
max
K
i
V
max
V
max
K
i



ekil 7-13. Enzim tepkime srecine farkl yarml
(kompetetif) inhibitr deriimlerinin etkisi
(Lineweaver-Burk izimi).

Bu eitlie gre, eimin inhibitr deriiminin (I) bir ilevi olarak
izimiyle elde edilen dorunun I eksenini kestii nokta -K
i
deerini
verecektir (ekil 7-14).
Tpta ve biyolojide yaygn kullanm bulan pek ok madde ve
ilacn belirli enzimatik tepkimelere zg kompetetif inhibitr
olduklarnn burada belirtilmesi yerinde olacaktr.
Yarml (kompetetif) olmayan inhibisyonda (noncompetetive
inhibition), inhibitr katalitik blgenin dndaki bir blgeye balanarak
yol at konformasyon deiikliiyle enzim etkinliini durdurur
(ekil 7-15). Bu tr inhibisyonu substrat deriimlerini artrarak
ortadan kaldrma olana yoktur. Enzimin substrata olan grnr



ekil 7-14. Enzim tepkime srecine farkl yarml
(kompetetif) inhibitr deriimlerinin etkisi.
Lineweaver-Burk iziminden elde edilen
dorularn eimlerinden K
i
deerinin
belirlenmesi.

ilginlii (dolaysyla grnr K
m
deeri) inhibitr varlnda deimez,
ancak tepkimenin V
max
deerinde azalma olur (ekil 7-16). Bu tr
inhibisyonun matematiksel alm,

grnr

|k
cat
/(1 + |I|/K
I
)| |E
t
|.|S| V
max
|S|
v= = (7-37)
|S| + K
m
|S| + K
m

eitlii ile verilmektedir. Bu eitliin ifte resiprokal dzenlenmesi ve
Lineweaver-Burk yntemiyle deerlendirilmesiyle, yarml olmayan bir
inhibisyon varlndaki K
m
ve V
max
deerlerinin de hesaplanmas
olanakldr (ekil 7-17). Grnr 1/V
max
deerlerinin, inhibitr (I)
deriimlerinin ilevi olarak izimiyle elde edilen dorunun I ekseniyle


kesime noktas yarml olmayan inhibitrn aksi deerli ayrm
dursaysn (K
I
) verecektir.

ekil 7-15. Yarml (kompetetif) olmayan inhibisyon.

Yarml olmayan inhibisyonun zel bir eidine
(uncompetetive inhibition) inhibitr serbest enzim yerine substrat-
enzim kompleksi iindeki enzim moleklne balanr.
7.7. Enzim etkinliinin dzenlenmesi
Byyen, oalan ve evresiyle devingen ilikiler iinde olan
canllarn, bu ilikilerinden doan gereksinimlerinin karlanmas, ya da
deien ortam koullarna uyumlar enzim etkinliindeki
dzenlenmelerle salanr. rnein, hcresel molekllerin biyosentez,
ykm ve tanma hzlarnn ayarlanmasn bu tr enzimatik dzenlemeler
belirler.
Enzim etkinliinin dzenlenmesi eitli yollardan gerekleebilir:



ekil 7-16. Yarml olmayan inhibisyonun enzim
tepkime srecine etkisi.

- Enzim indklenmesi (hcre gereksinimlerine gre yeni
enzim molekllerinin sentezi). Bu mekanizma gen etkinliinin
dzenlenmesi yoluyla gerekleir ve bir maddenin deerlendirilmesinden
sorumlu enzimlerin yapmn dzenler. Byle bir deerlendirme
srecinde birbirini tamamlayan ilevlere sahip enzimlerin genleri genelde
ortak bir dzenleyici blgenin (operatr) denetimi altnda bulunur.
Operatr ve denetimi altndaki (yapsal) genler topluca operon ad
verilen dzenleme birimini oluturur.Genelde, hcrenin gereksinmedii
proteinleri (enzimleri) ifreleyen genler operatre bal represr ad
verilen proteinler tarafndan basklanmtr. Represr deerlendirilmesi
szkonusu maddeyle (ligantla) zgn etkileim sonucu operatr
blgeden ayrr. Bylece operon gereksinilen enzimlerin sentezi
iin aktiflemi olur (ekil 7-18).



ekil 7-17. a. Enzim tepkime srecine farkl yarml
olmayan (noncompetetive) inhibitr deriim-
lerinin etkisi: Lineweaver-Burk izimi.
b. Grnr V
max
deerlerinin Inn bir ilevi
olarak iziminden K
I
deerinin belirlenmesi.



ekil 7-18. Operon aktiflemesi.

1950 ve 1960l yllarda, laktozun E.colide glikoz ve galaktoza
dnm srecinde laktozun oynad tetikleyici rol tanmlamaya
ynelik almalarla aydnlatlan lac operonu enzim indksiyon
mekanizmalarnn klasik bir rneini oluturmaktadr. Represr
proteinlerin grev ald bu tr negatif dzenlemelerin yan sra
aktifleyici proteinlerin grev ald pozitif dzenleme mekanizmalar da
bulunmaktadr. ekil 7-19da represr ve aktivatrlerin ligantlarla
etkileimine bal alan farkl operon sistemleri zetlenmektedir.
- Geri beslemeli (feed-back) dzenlenme. Bu mekanizma bir
reaksiyon dizisinin son rnnn, belirli bir deriime eritiinde, dizinin
ilk aamasn katalizleyen alosterik enzime balanarak onun etkinliini
durdurmasna dayanr (ekil 7-20). Allosterik enzimler daha nce
hemoglobin rneinde grld gibi birden ok altbirimden oluan



ekil 7-19. Farkl operon sistemlerinin ileyi biimleri.

ve aktif blge tayan proteinlerdir. Bu enzimlerin her altbirimi zerinde
bir katalitik blge, ayrca allosterik ya da dzenleyici blgeler bulunur.
Allosterik blgelere balanan aktivatr ya da inhibitr niteliindeki
ligantlar boyutlu yapda yol atklar deiikliklerle bu enzimlerin
etkinliini dzenler.

ekil 7-20. Enzim etkinliinin geri beslemeli
dzenlenmesi.


Allosterik dzenlemeyi aklamaya ynelik balca iki model
gelitirilmitir.
Monod, Wyman ve Changeux tarafndan nerilen toplu
dzenlenme modeli (concerted model) allosterik enzimlerin ikier
zde altbirim ieren dimerik dzenleyici birimlerden olutuunu
ngrr. Bu birimlerden allosterik enzimlerde bir ya da katlar saylarda
bulunur. Her dzenleyici birimin altbirimleri birlikte gevek
(relaxed,R) ya da gergin (tight,T) konformasyonda bulunabilir. R
substrata yksek, T ise dk ilginlie sahip konformasyona karlk gelir
(ekil 7-21). Modelin varsaymna gre, zde altbirimler yalnzca RR ya
da TT konformasyonlarnda bulunabilir. RT konformasyonu ise olanakl
deildir. Substrat yokluunda dimerik konformasyonlar T
o
ve R
o
olarak
gsterilir, L ile bu konformasyonlarda bulunan dimerik birimlerin
deriimlerinin oranlar simgelenir:

R
o
=== T
o
(7-38)
L = T
o
/R
o
(7-39)

ekil 7-21. Allosterik bir enzimin gevek (R) ve
gergin (T) konformasyonlar.


Dimer, R durumunda bir ya da iki substrat molekl balayabilir,
R
1
ve R
2
. K
R
bu balanmalarn ayrm dursaysn simgeler:

R
o
+ S === R
1
(7-40)
R
1
+ S === R
2
(7-41)

2|R
o
| |S| |R
1
| |S|
K
R
= = (7-42)
|R
1
| 2|R
2
|

Dk ilginlikte de olsa, benzer bir etkileim sras T durumu iin
de geerli olacak, substrat moleklnn balanmasyla dimer topluca R
durumuna geecektir (allosterik denge saa kayacaktr) (ekil 7-22).
Dimerin balanma blgelerinin substratla doyum oran (v) daha
nce aktif proteinler konusunun ilendii (4.3.2.4) blmndekine benzer
bir eitlikle gsterilebilir:

ekil 7-22. Allosterik dzenlenme. Toplu dzenlenme
modeli (concerted model).



|Substrat bal blgeler| |R
| + 2 |R
2
|
v= = (7-43)
|Tm katalitik blgeler| 2(|T
o
| + |R
o
| + |R
1
| + |R
2
|)

(Yalnlk amacyla T
o
durumunun bu rnekte substrat
balamad varsaylmtr). Bu eitliin (7-42) ile birletirilerek yeniden
dzenlenmesiyle tretilen eitlik substrat deriimine bal olarak
sigmoidal bir eri verecektir.

|S| 1 + |S| /K
R

v= . (7-44)
K
R
L + (1 + |S| /K
R
)
2

Sigmoidal eri, balanma srecinde altbirimler arasndaki
ibirliinin bir ifadesi olup, enzim tepkime hzna yansr.

v= v.V
max
(7-45)

Allosterik blgelere balanan aktivatr ya da inhibitrler T == R
dengesini saa ya da sola kaydrrlar (ekil 7-23). Dolaysyla allosterik
denge dursaysnn (L) deerini azaltarak ya da ykselterek etkilerini
gsterirler (ekil 7-23, 7-24).
Allosterik etkileimlerde homotropik etki ile zde ligant etkileri
arasndaki iliki (rnein substrat molekllerinin kooperatif etkisi),


heterotropik etki ile ise farkl ligantlarn etkileri arasndaki iliki (rnein
aktivatr ya da inhibitrn substrat ilginliini etkilemesi) anlalr.
Etkinin biimine gre ayrca pozitif (kooperatif) ya da negatif etkiler
tanmlanr.

ekil 7-23. Aktivatr ve inhibitrn allosterik
enzime balanmas.

Toplu dzenleme modeli , homotropik etkilerin pozitif olmas
gerektiini, heterotropik etkilerin ise pozitif ya da negatif olabileceini
ngrr.

ekil 7-24. Aktivatr ve inhibitrn allosterik enzimin
substrata olan ilginlii ve dolaysyla substrat
ile doyumuna etkisi.



Srasal dzenlenme modeli (sequential model) Koshland
tarafndan nerilmitir. Toplu dzenlenme modelinde olduu gibi, R ve T
konformasyonlarnn varln ngrr. Ancak altbirimlerin bu
konformasyonlar dorudan substrat ile etkileime bamldr. Substrat
balanmasna kout olarak altbirimin konformasyonu (rnein T R
ynnde) deiir. Substrat balayan altbirimin konformasyon deiiklii
komu altbirimlerin konformasyonunu etkilemez, ancak onlarn substrat
ilginliini artrp, azaltabilir (ekil 7-25). RTnin substrat ilginlii
TTninkinden yksek olmas durumunda balanma kooperatif olacaktr.
Srasal dzenlenme modeli R ve T konformasyonlar arasnda bir denge
ngrmez. Konformasyon deiimi substrat balanmasyla gerekleir
(induced-fit). Altbirimlerin konformasyon deiikliklerinin topluca
gereklemesi zorunluu olmadndan, bu modelde RT trleri de

ekil 7-25. Allosterik dzenlenme. Srasal dzenlenme
modeli (sequential model).

bulunmaktadr. Her iki model de allosterik dzenlemenin eitli
rneklerinde geerlii olmakla birlikte baz gzlemleri aklamakta
yetersiz kalmaktadr. zellikle bu enzimlerin konformasyon
durumlarnn yalnzca R ve T konformasyonlaryla kstl kalmas
modellerin yetersiz yann belirlemektedir. Enzimlerin allosterik


zelliklerinin btnyle kavranabilmesi iin daha karmak modellerin
gelitirilmesi gerekli gzkmektedir.
- Sentez tesi modifikasyonlar. Proteinlerin boyutlu yaplar,
dolaysyla biyolojik etkinlikleri, yaplarna kovalent balarla eklenen
zgn gruplarn araclyla deiebilmektedir. Proteinlere bu tr sentez
tesi aamada en yaygn olarak fosfat gruplar aktarlr. ATPnin fosfat
vericisi olarak ilev grd ve kinaz ad verilen enzimler tarafndan
katalizlenen bu reaksiyonlar fosforillenme olarak adlandrlr.
Fosforillenmenin tesinde, aktarlan gruba bal olarak, ADP-
ribozillenme, metillenme ve asetillenme reaksiyonlarnn rnekleri de
bilinmektedir. Bu reaksiyonlarda aktarlan grubun etkisiyle, rnein
aktarlan fosfat grubunun elektronegatifliiyle, alc (akseptr) protein
nce aktifleerek gergin bir yapya dnr. Bunu izleyen geveme
srecinde ise protein, enerji salnmyla, yeni, kalml bir boyutlu yap
kazanr. Bu yeni yap proteinin biyolojik adan aktiflemi yapsna
karlk gelir (ekil 7-26). Sentez tesi reaksiyonlar bazan da aktif
proteinlerin inaktiflemesine yol aabilir. Yukarda da belirtildii gibi,
fosforillenme hcre iinde sentez tesi modifikasyonlarn en yaygn ve
etkili trn oluturmaktadr. Fosforillenme zellikle ters ynl
reaksiyonlarn etkili olduu metabolik olaylarda reaksiyonlarn
egdmn salamakta belirleyici olur (bkz.Blm 6.7).
Fosforillenmeye dayal dzenlenme ayrntlara girme-den glukoz-
glikojen metabolizmasnn egdmnde rneklenebilir



ekil 7-26. Enzimlerin fosforillenmesinin enerjetii.

(ekil 7-27). lgili enzimlerin fosforillenmedii koullarda (k 1), bu
reaksiyonlar glikojenin oluumuna yneliktir. Ancak, hormon (rnein
epinefrin) etkisiyle tetiklenen fosforillenme sreci glikojen sentezinin
kstlanmasn, buna kout olarak ta, glikozun hzla aa kmasn
salar.
- zoenzimlere dayal dzenlenme. Baz enzimlerin hcre iinde eitli
ekilleri bulunabilir. Enzimin molekl arlk asndan genelde eit,
ancak elektrik yk asndan farkl olan bu eitleri izoenzim olarak
tanmlanr. zoenzimler farkl genlerin rnleri olup, bu genlerin
nkleotit dizilerindeki deiiklikleri birincil yaplarnda ve rnein farkl
elektroforetik devinimlerinde yanstrlar (ekil 7-28).



ekil 7-27. Glikoz-glikojen metabolizmasnn
fosforillenmeye bal egdm.

Yapsal farkllklar nedeniyle izoenzimlerin substrat ilginlikleri
ve etkinlikleri farkl olabilir. zoenzimlerin farkl dalmna bal olarak,
bulunduklar dokularn gsterecei enzim etkinlii farkl olabilir.

ekil 7-28.Laktat dehidrogenaz(LDH) izoenzimleri. Drt
altbirimli(tetramerik) bir enzim olan LDH iki
farkl tr(H ve M) altbirimi farkl oranlarda
ierebilir. Bylece oluan izoenzimler niasta
gel elektroforeziyle ayrtrlp, boyanarak
grntlenebilir.



- Simojen aktiflemesi. Organizmada baz enzim trleri, zellikle
proteazlar (rnein sindirim sisteminde pepsin ve tripsin, kann
phtlamasnda rol oynayan protein faktrler) normal koullarda aktif
olmayan bir ncl molekl (simojen) biiminde bulunur. Gereksinim
doduunda belirli blgelerinin proteolitik sindirimi ile simojen aktif
enzime dnr. Srekli aktif kaldklarnda biyolojik evre iin saknca
olutura-bilecek bu tr enzimler bylece denetim altnda tutulmu olur
(ekil 7-29).

ekil 7-29. Simojen aktiflemesi.



8. Moleklsel Biyofizik
8.1. Giri :
Biyolojik sistemler, varlklarn srdrebilmek iin kendilerine
zg yaplar oluturur ve yenilerler. Bunun iin gerekli enerjiyi eitli
metabolik yollardan elde etmek, saklamak ve gerektiinde deerlendirmek
zorundadrlar. Bir organizma iin yaamsal nemi olan btn bu
ilemlerin yrtlmesi iin gereken bilgi nkleik asitlerde saklanr. Bu
biyolojik bilgi bir organizmann olduu kadar, btn trlerin varl iin
de elzem bir niteliktedir. Bir trn varl, ancak bu zgl bilginin bir
kuaktan dierine aynen aktarlabilmesi sonucu korunur. Uzun yllar
kaltsal bilgi olarak adlandrlan bu bilgiyi tama ve iletme ilevini
proteinlerin stlenmi olduu dnlmtr. Proteinlerin 20 deiik eit
yaptandan (amino asitten) olumalar ve doada karlalan en eitli
ve en karmak yapl moleklleri oluturmalar nedeniyle bu dnce
zellikle krkl yllara dek benimsenmitir. Ancak, 1944-1952 yllar
arasnda yrtlen iki deiik yaklaml alma ile nkleik asitlerin
zellikle DNAnn kaltsal bilgiyi tayan makromolekl eidi olduu
kantlanmtr.
- Bu almalardan ilki 1944 ylnda Avery, MacLoad ve McCarty
tarafndan zatrreye yol aan Diplococcus pneumoniae (ya da ksaca
pnmokok) bakterisi zerinde yrtlm olup, 1928 ylnda Griffith
tarafndan yaplan bir gzleme dayanr.
Pnmokoklar;


1. kapsll, patojen (hastala yol aabilen) ve kltrde
retildiklerinde dzgn koloniler olutururanlar, ve
2. kapslsz, patojen olmayan ve kltrde prtkl koloniler
oluturanlar olmak zere balca iki ana gruba ayrlr.
Griffithin bulgularna gre birinci grup l pnmokoklarla
kartrlmalar sonucu canl ikinci grup pnmokoklar birinci grubun
zelliklerini kazanabilir. Nitekim, l birinci grup pnmokoklarn
varlnda patojenleen ikinci grup pnmokoklar bir fareye verildiinde,
hayvann lmne yol aabilir. l bakterilerin varlnn canl
bakterilerin zelliklerini deitirici etkisine dayanan bu olgu
transformasyon olarak adlandrlmtr. Griffithin gzlemini izleyen
yllarda transformasyona neden olan madde zellikle proteinler arasnda
aranmtr.
Avery ve arkadalar, l bakterilerden hazrladklar ztn ve bu
patojen olmayan, kapslsz pnmokoklarn kaltsal zelliklerinde
deiime yol atn saptayarak, kaltsal bilgi ile DNA arasndaki
balantya ilk kez k tutmutur. Ayrca l patojen pnmokoklardan
alnan DNAnn patojen olmayan canl pnmokoklarn ortama verilmeden
bir deoksiribonkleaz (DNAz; DNA molekllerini paralayan enzim)
etkisinde braklmasyla transformasyon zelliinin ortadan kalktn da
gstermitir (ekil 8-1)
Avery ve arkadalarnn bu nemli buluu yllarca hakim kaltsal
bilgi ile proteinler arasndaki bir banty benimseyen gre ters
dtnden, nceleri bilim dnyasnda tereddtle karlanmtr. Ancak,
1952 ylnda Hershey ve Chase daha deiik ve daha dorudan bir


yaklamla Averynin bulgularn dorulam ve DNAnn gerekten
kaltsal bilgiyi tayan molekl olduunu gstermitir.

ekil 8-1: Griffith deneyi (transformasyon deneyi)


Hershey ve Chase, ilk aamada T4 fajn
32
P ve
35
S radyoizotoplar
ieren bir ortamda rterek faj DNAsn zgn olarak
32
P ile, faj
proteinlerini ise
35
S ile iaretlemitir. Bundan sonra E.coli bakterisinin bu
iki deiik radyoizotopla iaretli T4-fajlaryla infeksiyonu sonucu hangi
makromolekle zg radyoizotopunun bakteri hcresi iine girdii
incelenmitir. (Virslerin oalm, infeksiyon sonucu hcre ii ortamda
gerekleebileceine gre, yalnzca hcre iinde bulunacak
makromolekln kaltsal bilgi taycs olmas szkonusudur). T4 fajnn
klfnn bakteri yzeyinde yapp kald bilindiinden, infeksiyon yani
kaltsal bilginin hcre iine iletimi iin gerekli srenin (10 dak 37
o
C)
gemesinden sonra kltrn iddetle alkalanmasyla klflar hcrelerden
koparlm ve bir santrifj ilemiyle hcreler keltilerek st svda kalan
serbest faj ve faj klflarndan arndrlmtr. Hcre iine yalnzca
32
P-
radyoizotopunun girmi olduunun gsterilmesiyle de DNAnn kaltsal
bilgiyi tayan molekl olduu en kesin biimde kantlanmtr. (ekil 8-
2).

8.2. Nkleik asitler; DNA ve RNA
Nkleik asitler, DNA (deoksiribonkleik asit) ve RNA
(ribonkleik asit) adlar altnda iki ana gruba ayrlr. Baz RNA
virslerinin dnda tm virs ve organizmalarda kaltsal bilgiyi tayan
molekln DNA olduu grlr. DNA molekl zerinden kaltsal bilgi
dikey olarak bir kuaktan sonrakine iletilirken, bilginin ayn hcrede
(yatay ynde) anlatm RNA molekllerinin araclyla olur (ekil 8-3).


ekil 8-2. Hershey ve Chasein DNAnn kaltsal bilgiyi
tayan molekl olduunu kantlayan deneyi.

8.3. Kaltsal bilginin anlatm (gen ekspresyonu)
DNA moleklnn tad bilginin protein molekllerine
evrilmesi gen ekspresyonu olarak adlandrlr. Gen ekspresyonu iki
aamada gerekleir: Transkripsiyon ya da yazlma (kayt) ad verilen ilk


aamada, DNAnn tad bilgi RNA molekllerine aktarlr.
Translasyon ya da eviri ad verilen ikinci aamada kaltsal bilgi RNAdan
proteine evrilir. Gen ekspresyonunun izledii bu yola ilk defa Crick
dikkat ekmi ve daha sonralar Crickin bu dncesi moleklsel
biyolojinin santral dogmas niteliini kazanmtr.
Crick balangta kaltsal bilginin tek ynl akmn varsaym
olmakla birlikte, yakn gemite RNAya baml DNA polimerazn ya da
ters transkriptazn bulunmas transkripsiyonun geri dnl olabileceini
gstermitir.
Bu iki deiik tip nkleik asidin bir seleksiyon basksnn sonucu
ortaya km olduu dnlebilir. Hcrede geerli akardenge
(homeostaz) koullarnda tm molekllerin srekli olarak oluumu, ykm
ve yeniden oluumu szkonusudur. rnein bir hcrede bulunan yaklak
5x10
6
ATP molekl iin yar mr 1 saniye olarak saptanmtr. Baka
bir anlatmla hcredeki tm ATP moleklleri 2 saniye iinde
yenilenmektedir. Hcrenin iinde bulunduu ortam koullarna uyumu, bu
oluum ve ykm mekanizmasna bal olarak salanr. Hcrenin
gereksinim duyduu maddelerin ya da koullarn salanmas gerekli
protein (enzim) molekllerinin oluumu ile mmkn olurken, gereksinim
ortadan kalktnda, onu karlayan enzim molekllerinin de yklarak
ortadan kaldrld grlr. Bu ykm olaylarndan etkilenmeden
yapsnn btnln hcrenin tm yaam sresi boyunca
yalnzca DNA korur. DNAnn bu kalmllnn RNA molekllerinin
varlyla salanm olduu grlr. Zira, oluum ve ykma bal
dzenleme mekanizmas



kayt eviri
kuak(n) eleme DNA RNA protein
ters kayt

kuak(n+1) eleme DNA RNA protein

kuak(n+2) eleme DNA RNA protein
Gen Ekspresyonu

ekil 8-3. Kaltsal bilginin yatay ve dikey aktarm

RNA (ve onlarn ynlendirimiyle oluan protein) moleklleri zerinde
etkili olur.
Bunun yan sra hcrede sentezlenen proteinler iin gerekli bilgi
birimlerinin (genlerin) genellikle birer nsha olarak sraland DNA
molekl basm ilerinde kullanlan bir bask kalbna benzetilebilir (ekil
8-4).
Gereksinime gre bir genin ifreledii proteinin hcre iinde ksa
srede bin ya da onbinlerce adet oluumu gerekir. Bilginin (ya da onlarn
moleklsel karl olan proteinlerin) hcre iinde oaltm bir teksir
aygtna benzetilebilecek enzimatik sistemlerin (RNA polimeraz ve
ribozomlarn) etkisi altnda gerekleir. oaltmn RNA molekllerinin


ekil 8-4. Hcresel bilgi oaltmnn ematik
gsterilii.

araclyla gereklemesi sayesinde ilk aamada kalp
molekllerinin (RNA) saysnn arttrlmas dolaysyla ksa bir zaman
kesitinde ok daha fazla sayda protein moleklnn oluumu mmkn
olur (ekil 8-5).



8.4. Prokaryotik ve karyotik DNAnn zellikleri
Prokaryotik ve karyotik hcre tiplerinde bulunan DNA
moleklleri; yaplar, hcre iinde bulunduklar yer ve dier
makromolekllerle (zellikle proteinlerle) olan ilikileri ynnden nemli
farkllklar gsterir. Bakteri hcresi sitoplazmasnda bulunan prokaryotik
DNA (molekl arl: 3x10
9
dalton) halkasal bir yapya sahip olup,
belirli

ekil 8-5. Protein sentezinin RNA aracl ile
gereklemesinin sentez hzna katks. (ekil bir
bakteriye aittir)



bir blgesinden hcre membranna baldr. Bakteri hcresindeki bu ana
(kromozomal) DNAnn dier bir zellii dier hcre
makromoleklleriyle kalml bir iliki gstermemesi ve hcre ii svsnda
plak bir biimde bulunmasdr. Bakteri hcresinde asl kromozomal
DNAnn yansra ekstrakromozomal (ya da epizomal) DNA olarak
tanmlanan ikinci bir DNA (molekl arlklar: 10
7
-10
8
dalton) eidi de
bulunur. Ekstrakromozomal DNA zaman zaman kromozomal DNAya
balanarak onun bir blgesi haline gelebilir. Bu tip ekstrakromozomal
DNA epizom olarak adlandrlr. E.coli hcrelerinin cinsiyetini
belirleyen bilgiyi tayan F-faktr byle bir epizomda bulunur. Dier
yandan bakteri hcresinde baz ekstrakromozomal DNA eitleri
epizomlar gibi bakteri kromozomuna eklenebilme zellii gsteremezler.
Plazmit olarak adlandrlan bu DNA eitlerinin rnekleri arasnda R-
faktrleri ve Col-faktrleri saylabilir. Epizomlar ve plasmitler de halkasal
tipte DNA moleklleridir. R (Rezistans) faktrleri bakterilerde belirli
antibiyotiklere kar direnlilii belirleyen bilgileri tar. R-faktrlerinin
tad bu bilgi sayesinde bakteri hcresinde antibiyotiklerin yakmn
salayan enzimlerin olumas mmkn olur. Col-faktrleri ise Kolisin ad
verilen ve yabanc bakteri cinslerinin yok olmasna neden olan
proteinlerin sentezi iin gerekli bilgiyi tar.
karyotik hcrede ise kromozom DNAs (molekl arl bakteri
DNAsnn 10
2
-10
5
kat) ekirdek iinde paketlenmi ve proteinlerle
komplekslemi bir biimde bulunur. (bkz. Blm 10.1) Bu DNA-protein
kompleksi interfazda kromatin olarak adlandrlr. Kromatinin hcre
blnmesi srasnda stn derecede katlanmas sonucu ise kromozomlar
oluur. Kromatinin ok youn bir ekilde proteinlerle rtld blgeler


heterokromatin, kromatinin daha az protein ierdii blgeler ise
kromatin olarak adlandrlr. Heterokromatin blgelerinde RNA sentezi
grlmez ve bu blgelerdeki genler kapal (inaktif) durumda bulunur.
Buna karn, kromatin DNAs RNA sentezinde etkin genleri ierir.
karyotik DNAs ile etkileen ekirdek proteinleri histon ve histon
olmayan (non-histon) proteinler olarak iki snfa ayrlr. (bkz.Blm
10.1) Histon kesimi balca 5 deiik protein tipini ierir. Bu proteinlerin
ou bazik nitelikte (arginin ve lizin gibi) amino asitlerden zengin olup,
triptofan ve sistein gibi amino asitleri iermez. Deiik karyot
trlerinden elde edilen histonlarn birincil yaplar incelendiinde evrim
boyunca ok az deimi olduklar saptanmtr.
Histonlarn genleri kapatc bir grevleri olduu sanlmaktadr.
Histonlarn zellikle heterokromatin blgelerinde daha youn bulunmalar
ve deney tbnde DNA moleklne eklendiklerinde RNA sentezini
durdurmalar bu dnceyi destekleyen bulgulardr. Histonlarn her tr ve
her doku kromatininde yaklak eit miktarda bulunmalar bu proteinlerin
genlerin zgn biimde etkinlemesini ve dolaysyla hcre ve doku
zellemesini belirleyen proteinler snfndan olmad kansn
vermektedir. Histonlar DNA zerinde zel baz dizilerini okuma
yeteneinden yoksun olup, DNA-histon ilikileri DNAnn asidik
gruplar ile histonlarn bazik gruplar arasnda elektrostatik ekim ilkesine
dayanr. Son yllarda drt deiik histon tipinden ikier
molekln bir araya gelerek DNA zerinde nkleozom ad
verilen yaplar oluturduklar gsterilmitir. Histonlar nkleozomlarn
ekirdeini oluturmakta 200 baz ifti karl bir DNA


blm histonlarn evresinde dolanmaktadr. Nkleozomlarn hcre
iindeki ilevi halen bilinmemektedir.
Histonlarn aksine, non-histonlar pek ok sayda (400) ve eitli
proteini kapsyan hetorojen bir protein snfn oluturur. Histon olmayan
ekirdek proteinleri arasnda genlerin etkinliini dzenleyici tipte
proteinler ve ekirdek enzimleri (kinazlar, asetilazlar, metilazlar, ADP-
riboz polimerazlar, DNA polimerazlar) bulunur. Histon olmayan
proteinler genellikle asidik nitelikteki proteinleri ierir. Gen etkinliini
dzenleyici grevlerine kout olarak, deiik dokularda deiik histon
olmayan protein tiplerinin bulunduu saptanmtr. Dzenleyici nitelikteki
bu proteinlerin DNA zerinde zgn baz sralarn ieren blgelere
balanmaktadrlar, yani histon olmayan proteinlerle DNA etkilemeleri
byk lde zgn niteliktedir.
karyotik DNAnn byklnn gen ieriiyle tam orantl
olmad ve byk bir blmnn yinelenen baz dizilerinden olutuu
saptanmtr. Yinelenen bu DNA blgelerinin gen aktivitesinin
dzenlenmesinde bir rol oynad dnlmektedir.
karyot hcrelerinde ekirdein yansra mitokondrilerde de bir
DNA molekl bulunur. Mitokondri DNAsnn molekl arl yaklak
1.5x10
7
dalton olup, bu byklkte bir DNA molekl ancak ok snrl
sayda proteinin sentezi iin gerekli bilgiyi ierebilir. Mitokondri
DNAsnn zellikle mitokondri membran proteinlerinin bazlarnn
sentezi iin gerekli bilgiyi tad sanlmaktadr. Mitokondriler,
kendilerine zg bir DNA moleklnn yansra yine kendilerine zg bir
protein sentez mekanizmasna (ribozom ve protein sentez enzimlerine)
sahiptirler. Mitokondri ribozomlar karyotlarn 80S ribozomlarndan ok


prokaryotlarn 70S ribozomlarna benzer. Mitokondrilerin karyotik
hcrede gsterdikleri bu kismi genetik zgrlk, bu organellerin evrim
sresince karyot hcrelerle bir simbiyoza girmi mikroorganizmalardan
olumu olabileceklerini sezindirmektedir.
8.5. Eleme (Replikasyon)
Bir DNA moleklnn eini oluturarak oalmasna replikasyon
(eleme ya da ikileme) ad verilir. Watson ve Crick modelinin en byk
nemi; komplementerlik ilkesiyle kaltsal bilginin eleme srasnda
eksiksiz ikileebilmesi sorununa fiziksel ve kimyasal verilere dayanan bir
aklama getirmesidir. DNA zircirlerinin karlkl bazlarnn
komplementerlii ilkesinin replikasyon sresince uygulanmas sonucu baz
sralarnn (ve dolaysyla kaltsal bilginin) doru bir ekilde yavru DNA
zincirlerine aktarlmas salanr. Ayrca DNAnn ikilemesi kaltsal
bilginin, hcre blnmesi (mitoz) sonunda, eksiksiz olarak ve eit
paylarda yeni kuaklara aktarlmasn mmkn klar.
Watson ve Crick modeline gre DNA molekl iin balca iki
eleme mekanizmas szkonusu olabilir.
1) Koruyucu (konservatif) mekanizmada, ana DNA moleklnn
btnln korumas kouluyla onun ei ikinci bir DNA molekl
oluur.
2) Yar koruyucu (semi-konservatif) mekanizmaya gre ise, eleme
srasnda DNA moleklnn iki zinciri birbirinden ayrlararak; her bir
zincir zerinde onu tamamlayc (komplementer) yeni bir zincir oluur. Bu
mekanizmaya gre; eleme sonucu ortaya kan iki DNA moleklnn her
biri ana DNA moleklnn bir zinciri ile ona komplementer yeni bir
zincir ierir.


1957 ylnda Meselson ve Stahl adnda iki aratrc dzenledikleri
bir deneyle yar koruyucu eleme mekanizmasnn doruluunu
kantlamlardr. Bu deneyde E.coli bakterisi nce ar nitratl (yani
15
N
izotopunun bulunduu) bir ortamda, btn DNA moleklleri
15
N izotopu
ierinceye dek retilmi, daha sonra normal nitratl (
14
N ieren) bir ortama
aktarlarak, bu ortamda iki kuak boyunca braklmtr. Ortam
deiiminden nce ve ortam deiimini izleyen her kuakta alnan bakteri
rneklerinden elde edilen DNA sezyum klorr gradiyenti santrifj ad
verilen bir yntemle incelenmitir. Sezyum klorrn kesiksiz bir
konsantrasyon (younluk) gradyenti oluturduu bu yntemle deiik
younluktaki her bir DNA molekl bu younlua zgl bir blgede
kelir. Ortam deiikliinden nce olumu DNA yalnz ar nitrat (
15
N)
ieren DNAnn zeldii blmde, ortam deiikliini izleyen ilk bakteri
kuandan elde edilen DNA ise eit miktarlarda
15
N ve
14
N ieren melez
bir DNA moleklnn kelmesi gereken blmde bulunmutur. Hafif
ortamdaki ikinci bakteri kuandan elde edilen DNAnn analizi ise eit
oranlarda hafif (yani yalnz
14
N ieren) ve melez zellikte DNA
eitlerinin kelmeleri beklenen blgelerde bulunmutur (ekil 8-6).
8. 6. DNAnn enzimatik oluma mekanizmas
Watson-Crick modelinde ngrlen DNA molekl
fizikokimyasal dncelere dayanarak gelitirilmi varsaymlara dayal bir
yap idi. zellikle adenin ve timin ile guanin ve sitozin arasnda
dnlen etkileimlerin doada da bir rol oynayp oynamad
bilinmemekteydi. O sralarda Kornberg ve alma arkadalar nkleotit
trifosfatlar DNA zincirlerine dntren bir enzim buldular. DNA-


polimeraz ad verilen bu enzimin, kalp ilevini stlenmi bir DNA
molekln ve Mg
2+
iyonlarnn

varlnda, dezoksiribonkleotit-5-trifosfatlar substrat olarak kullanarak
molekl arlklar milyonlarca daltonu bulan yeni DNA zincirleri
oluturduu gsterilmitir. DNA-polimeraz kalp DNA zincirlerinin baz
srasn aynen izleyerek, yeni DNA zincirlerine geirir (ekil 8-7).
Enzim deoksiribonkleotit 5-trifosfatlarn (dATP, dGTP, dCTP,
dTTP) pirofosfat ksmlarn ayrp, deoksiribonkleotit-5-monofosfat
blmn oluturmakta olduu DNA-zincirlerinin 3-OH ucuna ekler.

ekil 8-6. Yar koruyucu eleme mekanizmasna gre
beklenen DNA molekl (DNA zincir ifti)
eitleri ve CsCl-gradyent santrifjnde analiz
sonular.


Buna gre DNA-polimerazn oluturduu DNA zincirleri 5-OH ucundan
3-OH ucuna doru byr. DNA-polimerazn etkisi iin serbest bir 3-OH
ucunun varln gereksinmesi nedeniyle, kalp DNA zincirinin yansra
bir polinkleotit zincirinin varl replikasyonun balamas iin
gerekmektedir. Bu poliribonkleotit (RNA) niteliindeki zincir primer
ya da balatc RNA zinciri olarak adlandrlr. Eleme, bu ksa zincirin
3-OH grubuna DNA polimeraz tarafndan fosfodiester ba zerinden
eklenen ilk deoksiribonkleotit-5-monofosfat ile balar.
DNA-polimerazn alma mekanizmas ematik olarak aada
gsterilmitir (Tablo 8-1).
DNA-polimeraza eitli organizmalardan elde edilen deiik baz
ierikli DNA moleklleri kalp olarak sunulduunda, yeni oluan
moleklnn baz ieriinin her seferde kalp DNAnn baz ierii ile ayn
olduu grlr.
Bu bulgu DNA-polimerazn kalp DNAsnn baz ieriini doru
olarak kopya ettiini gstermekle birlikte, enzimin kalp baz srasn
aynen okuyup yeni DNA moleklne aktardn kantlamaktan uzaktr.
Polimerazn kalp DNA zincirindeki baz srasn izleyerek onu
tamamlayc bir DNA zincirini oluturduu ikinci bir deney ile
gsterilebilir.
ki deiik baz eidinin srayla yer deitirerek dizildii bir
polideoksiribonkleotit zinciri kalp olarak kullanldnda, DNA
polimerazn oluturduu deoksiribonkleotit zincirinde yalnz kalp baz
eitlerine komplementer bazlarn yer ald grlr. rnein, adenin ve
timinin srayla yer deitirdii bir polideoksiribonkleotit zincirinin kalp
grevi grd bir ortamda, substrat olarak kullanlan drt deiik


deoksiribonkleotittrifosfattan (dATP, dGTP, dTTP ve dCTP) srasyla
tek birinin o-fosfat grubu
32
P radyoizotopu ile iaretlendiinde, yeni
oluan

polideoksiribonkleotit zincirine yalnz giren radyoaktivitenin ancak
dATP ve dTTP kanal ile olduu grlr. Byle bir deney sisteminde,
DNA polimerazn alma mekanizmasnn gerekten baz iftleri
kurallarna uyduu nearest-neighbor (en yakn komu). ad verilen bir
yntem ile

ekil 8-7. DNA polimerazn ilevi.


kantlanabilir. Reaksiyona substrat olarak eklenen dATP ile dTTPden
yalnz dATPnin o-fosfat grubunun
32
P radyoizotopu ile iaretli ise ve
eer kalbn 5 ATATAT 3 sras aynen kopya edilmi ise yeni
polideoksiribonkleotit zincirinde her deoksiadenozinin 5- ve her
deoksitimidinin 3-grubu arasndaki bada
32
P-fosfatn bulunmas gerekir.
Bunu gstermek iin dalaktan saflatrlan ve 5-fosfat ester balarn
zgn biimde paralayan bir fosfodiesteraz kullanlr. DNA polimerazn
oluturduu deoksiribonkleotit zinciri ikinci aamada fosfodiesterazn
etkisi altnda paralandnda adenozin-3-monofosfat ve timidin-3-
monofosfat oluur.Bu deoksiribonkleotit-3-monofosfatlar kromotografik
olarak birbirinden ayrldnda, balangta dATPnin tad
32
P
radyoizotopunun timidin-3-monofosfata aktarlm olduu grlr. Bu
bulgu DNA polimerazn oluturduu polimerin de ATATATAT srasn

Kalp DNAnn
elde edildii canl

Kalp DNAnn baz
ierii
(A+T/G+C)
DNA-polimerazn
oluturduu DNAnn
baz ierii
(A+T/G+C)
T2-faj 1.84 1.78
E.coli 0.97 1.00
Sr 1.35 1.32

Tablo 8-1. Deiik canl trlerinden elde edilen kalp
DNAnn ve DNA polimeraz ile replikasyonu
sonucu oluan DNAnn baz ieriklerinin
karlatrlmas.


izlediinin bir kantdr. Aada nearest neighbor yntemi ana
hatlaryla gsterilmitir (ekil 8-8).
1968 ylnda Goulian, Kornberg ve Sinsheimer, DNA polimerazn
kalp DNAnn baz srasn aynen kopya ettiini ok ak bir ekilde
kantlam ve virs DNAsnn kalp olarak kullanld bir deneyde DNA
polimerazn yepyeni virs partiklleri oluturduunu gstermeyi
baarmtr. Bir reaksiyon tpnde oluan bu virs partikllerinin
hcrelere girerek, reyebilme yeteneine sahip olmalar, DNA
polimerazn kalp DNAnn tad kaltsal bilgiyi yeni DNA
molekllerine aynen aktarabildiinin en ak kantdr.
DNA polimerazn olumakta olan DNA zincirlerini yalnz 3-OH
ucundan uzatmas yar koruyucu eleme mekanizmas ynnden ortaya
baz sorunlar karmaktadr. Yar koruyucu mekanizmaya gre, DNA
polimerazn DNA moleklnn zt yn izleyen iki zincirinden yalnz
3 5 ynndeki zincirine komplementer bir zinciri oluturmas
mmkn olabilir. DNA polimerazn, 5 3 ynn izleyen ikinci
DNA zinciri zerinde sentezi gerekletirmesi normal koullar altnda
beklenemez. Dier yandan DNAy 5-OH ucundan uzatan DNA
polimeraz eitlerinin varlna ilikin bir gzlem bulunmamaktadr. Son
zamanlarda elde edilen bulgular, polimerazn 5 3 ynl DNA
zincirinin replikasyonunu geriye gider bir ekilde gerekletirdiini
sezindirmitir. Bu geri dnml DNA sentezinin kesikli yani para
para gerekletii ve bu paralarn ikinci aamada ligaz ad verilen
enzimler tarafndan birletirildii bulunmutur. Replikasyon, ataln 3 ile
biten zincirinde kesiksiz olarak (leading: nde olan iplikik), 5 ile biten


zincirde yine 5 3 ynnde yaklak 1000 nkleotitlik geriye dnler
halinde gerekleir (lagging: aksayan, geride kalan iplikik). Bu paralara
Okazaki fragmentleri denir. Okazaki fragmentleri RNA primerine
kovalent bal DNA nkleotitlerinden oluur. (ekil 8-9)
Normalde replikasyon atalnda egdm salamak amacyla
replikasyon atalnda iki DNA polimeraz bulunur. Aksayan iplikiin
kalp DNAsnn polimeraz zerinde bir tur sarlm olarak yer almasyla
enzimin ataln uzana doru ilev grmesi nlenmi olur. (ekil 8-10)
DNA ile ilgili ilevleri olan enzimlerden birka ekil 8-11dedir.
DNA iplikiklerinin birbiri evresinde dolanm olmas DNAya
zel bir topoloji kazandrr. (bkz.Blm 4.3.4.1) Replikasyon,
transkripsiyon gibi iplikiklerin birbirinden ayrlmasn gerektiren
ilemlerde, ayrlan ksmn ncesi ve sonrasndaki ksmlar skr ve
birbirine dolanma eilimleri artar. Bu skmadan doan gerilmeyi ortadan
kaldrmakla grevli Topoizomeraz ad verilen enzimler vardr
Topoizomerazlarn iki tipi vardr. Tip I topoizomerazlar tek iplikikte
kesik yaparak dier iplikiin kendi evresinde serbeste dnebilmesini
salarlar. (ekil 8-12). Tip II topoizomerazlar ift iplikikli DNAnn her
iki zincirinde geici bir kesik yaparak baka bir ift iplikikli DNAy
buradan geirirler. ve dmlenmeyi nlerler. Replikasyon srasnda bu
tr dmlenmeler olutuu iin topoizomerazlar hcreler iin yaamsal
nemdedir. Baz antikanser ilalarn ve antibiyotiklerin de hedefini
olutururlar. Prokaryotik tip II topoizomerazlara DNA giraz da denir.



ekil 8-8. En yakn komu, Nearest neighbor yntemi.


8.7. DNA polimeraz eitleri
1950 yllarnda bulunan ve Kornberg enzimi ya da DNA
polimeraz-1 olarak adlandrlan enzimin yansra son yllarda DNA
polimeraz-2 ve 3 olarak gsterilen iki enzim daha bulunmutur. Uzun
yllar DNA polimeraz-1in bakteri hcresinin eleme enzimi olduu
dnlm olmakla birlikte DNA polimeraz-1den yoksun mutantlarn
tpk yaban tipi bakteriler gibi reyebilmeleri, gerek eleme enziminin
bir bakas olmas gerektiine iaret etmitir. Gnmzde DNA
polimeraz-3n byk bir olaslkla gerek replikasyon enzimi olduu
gr arlk kazanmtr. Bu enzimin dierlerine (1 ve 2 numaral
enzimlere) kyasla daha yksek bir katalitik etkinlie sahip olmas (Tablo
8-2) bu gr desteklemektedir.
DNA polimerazlarn, eleme srasnda DNA moleklndeki bilgiyi
yanlsz olarak yeni DNA zincirine aktarmalar 3-eksonkleaz aktivitesi
sayesinde gvence altna alnmaktadr. Olumakta olan DNA zincirinin
3-ucuna eklenen bir yeni nkleotidin kalp DNA zincirindeki kart

ekil 8-9. Okazaki fragmentleri


nkleotit ile uyum iinde olmamas (onunla hidrojen kprleri
kuramamas) DNA polimerazn 3-eksonkleaz aktivitesinin etkinlik
kazanarak enzimin kendisi tarafndan eklenmi bu nkleotidi tekrar
zincirden ayrmasna yol amaktadr (Okumal dzeltme, Proof
reading mekanizmas) (ekil 8-13).
Uyum iinde olmayan bu nkleotidin ayrlmasndan sonra DNA
polimerazn sentezleyici aktivitesi tekrar devreye girerek, doru
nkleotidin zincire eklenmesini salar. Bu mekanizma sayesinde elemede
hata orannn 10
-6
-10
-9
gibi ok dk dzeyde tutulmas salanr.

ekil 8-10. Replikasyon atal


DNA polimeraz-1inayrca 5-eksonkleaz aktivitesine sahip olmas, onun
endonkleaz ve ligaz enzimleriyle birlikte hcrede DNA onarmn
gerekletiren balca enzim olduunu sezindirmektedir.

ekil 8-11. DNA ile ilgili tepkimelerde ilev gren
enzimlere rnekler.

ekil 8-12. Tip I topoizomeraz ve ilevi


E.coli I II III
Polimerizasyon
53

+

+

+
Eksonkleaz
aktivitesi : 35
53

+
+

+
-

+
-
Sentez balangc:
btn DNA
primer + tek zincir
primer + tek zincir +
tek zincir balaycc protein

-
+
+

-
-
-

-
-
+
in vitro zincir uzama hz
(nkleotit/dak)

600

400

30000
hcre bana molekl says 400 ? 10-20

Memeli hcresi o | o
Polimerizasyon: 53 + + + +
Eksonkleaz aktivitesi 35
(proof reading)
+ - - +
Sentez balangc:
RNA primeri
DNA primeri

+
-

-
-

-
+

+
+
Birlikte bulunan DNA primaz + - - -
Aphidicoline duyarllk + - - +
Hcre iindeki yeri
ekirdek
mitokondri

+
-

+
-

-
+

+
-
Tablo 8-2. Prokaryot ve karyot DNA polimerazlarn baz
zellikleri.


ekil 8-13. Okumal dzeltme (Proof-reading)
mekanizmas


8.8. DNA sentezinin enerjetii
DNA sentezi srasnda substrat olarak deoksiribonkleotit
trifosfatlar (dATP, dTTP, dGTP, dCTP) kullanlr ve kalp DNAdaki baz
dizisinin belirledii bazlar tayan nkleotit trifosfatlarn -| difosfat
ksmlarnn ayrlmasndan sonra kalan nkleotit-(o)-monofosfat bir ester
ba ile oluan zincirin 3-OH grubuna eklenir.
Yksek enerjili ester bann olumas enerji tketen bir reaksiyon
olup, gerekli enerji pirofosfat grubunun nkleotit trifosfattan ayrlmasyla
aa kan enerjiden salanr. Bununla birlikte bu iki reaksiyon sonucu
serbest enerjide byk lde bir azalma grlmez (AG= 0 - 1 kcal.mol
-1
).
Buna gre reaksiyon ilk bakta geriye dnl nitelikte grlmekte ise
de; zincire yeni eklenen bazn komplementeriyle kurduu hidrojen balar,
bir nceki bazla girdii hidrofobik ve van der Waals etkileimleri ayrca
zellikle ortaya kan pirofosfat grubunun pirofosfataz tarafndan iki
organik fosfat moleklne ayrlmas (AG= -7 kcal.mol
-1
) reaksiyon
dengesinin saa kaymasn ve elemenin gereklemesinin gvence altna
alnmasn salamaktadr (ekil 8-14).
Reaksiyon I.

DNA Polimeraz
DNA (n nkleotit) + dNTP DNA(n+1 nkleotit) +
pirofosfat

AG ~ -0 - 0.5 kcal.mol
-1



[DNA(n+1 nkleotit)] [pirofosfat]
K = ~ 1-5
[DNA(n nkleotit)] [dNTP]

ekil 8-14. DNAya bir nkleotit eklenmesi reaksiyonunun
enerjetik adan deerlendirilmesi.


Reaksiyon II.

Pirofosfat =========== 2 Pi
AG = -7 kcal.mol
-1

AG = - R T ln K
AG = - 2.3 x R T log K
-7 000 cal mol
-1
= -2.3 x 1.98 cal K
-1
mol
-1
x 298 K x log K

-7000 cal mol
-1

= log K

-1357 cal mol
-1

5.16 = log K
K = 1.44 x 10
5

DNA polimeraz +
pirofosfataz
DNA(n nkleotit) + dNTP ============= DNA (n+1 nkleotit) + 2 Pi

AG = -6.5 kcal.mol
-1

Pirofosfataz reaksiyonunun, nkleik asitlerin ve proteinlerin
sentezinin yansra, daha baka biyosentez olaylarnda da ileri itici g
olarak yer almas, hcre iinde olaylarn hibir zaman tek balarna deil,


daima btn metabolik olaylar erevesinde dnlmesi gerektiini
vurgulayan bir rnek olarak nem tamaktadr. Pirofosfatazn yokluunda
polinkleotit ve polipeptit zincirlerine eklenecek her yeni yaptayla
pirofosfat konsantrasyonunun artmas sonucu kitle etki yasasna uygun
olarak reaksiyonun geriye dnmesi beklenecekti. Substrat olarak
nkleotit trifosfatlarn kullanlmas ve pirofosfatn varl sayesinde
organizmann yaamyla badaamayacak bir durum (DNAnn ve dier
makromolekllerin ykmnn arlk kazanmas) nlenmi olmaktadr.

8.9. Komplementer bazlar arasndaki hidrojen kprlerinin
DNA yapsnn kalmllnda ve ifrenin doru okunma-
sndaki nemi
Bir hidrojen bann oluumu, enerji salan bir olay olup, serbest
enerjide yaklak 4 kcal.mol
-1
lsnde azalmaya yol aar. Buna gre bir
hidrojen bann yeniden paralanabilmesi iin sisteme ayn lde (~ 4
kcal.mol
-1
) enerji getirmek gerekir. Bir van der Waals bann kurulmas
srasnda yalnzca 1 kcal.mol
-1
enerji aa ktna ve ssal (Termik)
moleklsel enerjinin 0.5 kcal olduu dnlrse, bir hidrojen bann
(van der Waals bana kyasla) ssal mleklsel devinime kar olan
yksek kalmll daha iyi anlalr. Hidrojen bann oluumu srasnda
serbest enerjide meydana gelen azalma deerinden aralarnda bir hidrojen
ba kurabilen iki grubun birleme dursaysn (K
a
y) hesaplamak
mmkndr:



-4000 cal.mol
-1
= -2.3 x 1.98 cal.K
-1
.mol
-1
x 300 K
-1
xlog K
a

K
a
= 10
3

Bu saptamaya gre, bu iki grubun birleme olasl ayrmalarna
kyasla 1000 kat daha fazla olacaktr. Aralarnda 2 hidrojen ba
kurulabilen iki grup iin, rnein A ve T, K
a
>10
6
olacaktr. A, T ve C
bazlarn ieren bir eriyikte A = T kompleksinin oluumu A ile C ya da T
ile C arasndaki etkileime kyasla 10
6
kat daha olasdr. Binlerce
komplementer bazn karlkl sraland ift sarmal yapl DNA
moleklnn kalmll bylelikle termodinamik adan aklanabilir.
Ayn ekilde eleme, transkripsiyon ya da protein sentezi srasnda kodon-
antikodon etkileimleri srasnda ifreli bilginin okunmas termodinamik
kurallara baldr. rnein eleme srasnda DNA polimeraz tarafndan
kalptaki baz srasna gre olumakta olan DNA ipliinin 3 ucuna
eklenen her A ya da T ierikli nkleotid iin yanl yapma olasl 10
-6
,
her G ya da C ierikli nkleotid iin ise 10
-9
olacaktr. DNA
polimerazlarn 3-eksonkleaz etkinliine dayanan okumal dzeltme
mekanizmas bu (termodinamik) kurala baml bir enzim etkinliidir. Bu
deer etkinleen bazlarn yapsal zelliklerine dayanan termodinamik
parametre tarafndan belirlenmi olup, 3-eksonkleaz etkinlii bu deerin
hcrede salanmas ile grevlidir (Anmsama: Enzimler reaksiyonlarn
denge dursaysn K ya da serbest enerji deiimini etkilemez).



8.10. DNAnn transkripsiyonu (Kayt aamas) - RNA sentezi

Proteinlerin yapm, dorudan DNA kalb zerinde gereklemez.
DNAdaki bilginin proteinlere aktarlmas eitli RNA tiplerinin katlmn
gerektirir. RNA molekllerinin sentezi ile balayp, protein sentezi ile
devam eden gen ekspresyonu srecinin ilk aamasna transkripsiyon
(kayt) ad verilir. Transkripsiyon DNAnn anlaml ipliinin (Gen) ad
verilen belirli bir blgesinin tek bir rn vermek zere kopyalanmasndan
ibarettir. 3 temel RNA tipi rRNA (ribozomal RNA), tRNA (transfer RNA)
ve mRNA (haberci RNA) komplementerlik ilkelerine sadk kalnarak
DNA kalbndan transkribe edilir. Bu 3 RNA tipinden sadece mRNA
proteinlerin sentezlenmeleri iin bilgi tar. rRNA ve tRNA protein sentez
mekanizmasnda grevli altyaplar olutururlar. Haberci RNA (mRNA)
kavram ilk defa F.Jacob ve J.Monod tarafndan 1960da formle
edilmitir. Polinkleotid yapda, eitli byklklerde, DNA
komplementeri, ribozomlarla geici iliki kurabilen, ksa mrl
molekllerdir. Ksa bir sre snra da gerekten DNA kalbndan RNA
sentezleyen bir enzim bulunarak RNA polimeraz ad verilmitir
(J.Hurwitz ve S.Weiss, 1960). RNA polimerazn RNA sentezini
gerekletirebilmesi iin; a) DNA kalb (genellikle ift iplikli ds-double
stranded), b) ribonkleotidtrifosfatlar (ATP, GTP, CTP ve UTP), c) Mg
2+

iyonuna (ya da Mn
2+
) ihtiya vardr. RNA sentezi forml olarak
aadaki gibi ifade edilebilir.



RNA Polimeraz
RNA (n nkleotid) + NTP RNA (n+1 nkleotid) + P ~P
Mg
2+

Bu reaksiyonda AG = -2 kcal.mol
-1
dr. Buradan K = 30 bulunur.
Her ne kadar reaksiyon saa kaym grnmnde ise de, emniyetli bir
sentez iin yeterli olmaz. Zaten bu reaksiyon in vivo ortamda (hcre
iinde) pirofosfatn (P~P) hidrolizi ile srdrlr (DNA sentezinin
enerjetiine benzer ekilde). RNA sentezinin yn de DNAnnkine
benzer ekilde 53 ynndedir. (Yeni gelen nkleotid daima 3-OH
ucuna eklenir).
RNA polimerazlar byk molekl arlkl ve oligomerik
proteinlerdir. Bakteri hcrelerinde her 3 RNA tipini de tek bir enzim
sentezler. karyotlarda ise 3 ayr RNA polimeraz enzimi mevcuttur
(Tablo 8-3). RNA polimeraz I (ya da A), rRNAy, RNA Polimeraz II (ya
da B) mRNAy, RNA Polimeraz III (ya da C) tRNAy sentezler. karyot
RNA polimerazlar 8 - 14 altbirimden oluur.
E.coli RNA polimeraz 390 kD molekl arlkl 5 farkl
altbirimden oluan (2o , |, |, e, o) kompleks bir enzimdir. Alt altbirimi
de ieren (toplam 6 peptid zincirli) enzime holo enzim ad verilir. o
altbirimi kalp DNA zerindeki doru balang yerini (promoteri)


bulup sentezi baladktan sonra RNA polimeraz holo enzimden ayrlr. o
altbirimi iermeyen RNA polimeraza i enzim (core enzim) ad verilir.
Sentezi srdren bu RNA polimeraz core enzimdir (Tablo 8-4).

Alt birim Adet Molekl
arl
(kD)
Grevi
o
2 36,5 Sentezi balatr
|
1 151 Fosfodiester
ba kurar
| 1 155 DNA kalbna
balanr
e
1 11 ?
o
1 70 Promoteri
tanyp sentezi
balatr.
Tablo 8-4. E. coli RNA polimeraz alt niteleri

RNA polimeraz
tipi
Sentezledii
RNA tipi
o-amanitine
duyarllk
Sentezlendii
yer
RNA Polimeraz I(A) rRNA o-amanitine
duyarsz
ekirdekik
RNA Polimeraz II(B) mRNA o-amanitine
duyarl
ekirdek
plazmas
RNA Polimeraz III(C) tRNA o-amanitine az
duyarl
ekirdek
plazmas
Tablo 8-3. karyot RNA polimeraz eitleri.


8.11. Transkripsiyonun dzenlenmesi
Transkripsiyonun en nemli admlarndan birisi, promoterin
tannmas ve mRNA sentezinin uygun yerden balamasnn salanmasdr.
Prokaryotlarda promoter blgenin hemen nnde, transkribe edilecek
DNA parasnn 35 baz ncesinde (-35) yer alan TTGACA ve 10 baz
ncesinde (-10) yer alan TATAAT blgeleri (ikinci blgeye Pribnow
kutusu da denir) RNA polimeraza balayaca baz gstermektedir. (ekil
8-15)

Prokaryotlarda o alt nitesi RNA polimeraz holo enziminin doru
yeri bulmasndan sorumludur. Promoterde her iki iplikikler ayrlp ilk
drt nkleotitin birbirine eklenmesiyle sentez baladktan sonra
kompleksten ayrlr, RNA polimeraz sentezi srdrr.

ekil 8-15. Genin balang yerini gsteren elemanlar


karyot genlerinin transkribe edilecek blgesinin nnde
ounlukla -80 konumunda CCAAT dizisi, -30 konumunda TATA dizisi
bulunur. Farkl diziler ieren genler de vardr. karyotlarda transkripsiyon
balangc ok deiiktir. Transkripsiyon faktrleri ad verilen bir dizi
proteinin DNA ve RNA polimeraz ile etkileimi gereklidir. (Tablo 8-5)
Transkripsiyonun balang kompleksinin oluumunda ilk
adm TFIIDnin TBP altbiriminin promoterdeki TATA kutusuyla, ya da
TAF alt biriminin/alt birimlerinin dier balang dizileriyle etkileimidir.
TFIIB, TFIIDye balanr. RNA polimeraz II, TFIIF ile bal durumda
komplekse katlr. TFIIE ve TFIIH komplekste yerini alr. TFIIH helikaz
aktivitesi ile iplikikleri birbirinden ayrr, RNA Polimeraz IInin karboksi
u motifini fosforile eder ve transkripsiyon balar. Transkripsiyon
balang kompleksi olutuktan sonra uzama aamasnda TFIIH artk
grev almaz ve olaslkla RNA polimerazdan ayrlr (ekil 8-16).

8.12. RNAnn ilenmesi (splicing)
karyotik genlerin protein ifreleyen blgeleri (ekzon) araya giren
ve herhangi bir proteini ifrelemeyen blgeler (intron) tarafndan kesintiye
uratlr. Kayt srasnda geni btnyle kapsayan birincil mRNA
sentezlendikten sonra gerekli proteini ifreleyen blmler kalr dier
blmler (intronlar) karlr. Bu ileme RNAnn ilenmesi denir. (bkz.
Blm 10.1) (ekil 8-17 ve ekil 8-18)
Tom Cech ve ark. T. Thermophiliada rRNA ilenmesini
incelerken RNAnn kendi kendini kesip bir ksmn kardn (intron) ve
kalan ksmlarn (ekzon) tekrar birletirdiini gzlediler. O zamanki
anlayta byle ilemleri yalnz enzimler yrttnden bu RNAya


RBOZM adn verdiler. Bugn ribozimlerin sentez de yaptklar, yani
gerek anlamda enzim olduklar anlald. Bu bulguya gre: 1) Baz
katalitik ilevlerden sorumlu olan bir RNA olabilir. 2) Ribozom gibi
ribonkleoproteinlerde protein sentezini gerekleyen RNA olabilir. 3)
Yaamn ilk oluumunda ilkel molekl RNA olabilir.
Hcre ekirdeinde bir dizi protein ile kk RNA molekllerinin
(genellikle 250 nkleotit ya da daha kk) oluturduu kompleksler
bulunur. Bu komplekslere kk ekirdeksel ribonkleoproteinler denir ve
ilenme faktrleri (U1, U2, ...., U12) olarak adlandrlr. RNA polimeraz
mRNAy sentezledikten sonra bu ribonkleoproteinlerde bir grubu zel
baz dizilerini tanyarak mRNA zerine yerleir, ilenme tanecii
(splicesome) ad verilen bir yap oluur ve mRNAnn intron blgeleri
kartlarak ekzonlar birletirilir.
RNA ilenmesi gen ekspresyonunun dzenlenmesinde kullanlan
nemli bir mekanizmadr. Deiik dokularda ayn genlerden retilen ayn
birincil mRNAlar deiik biimlerde ilenerek deiik protein rnlerinin
sentezini salayabilirler.

8.13. Kolineerlik ve kaltsal ifre
Nkleik asitler ile proteinler arasnda grlen birincil yaplarnn
dorusal zellii belirli bir ynelim gstermeleri, birden ok tip
yaptandan olumalar gibi zellikler DNAnn proteinlerin birincil
yapsn koullayan nitelikte bir bilgi tadn sezindirmekte idi.
DNAnn baz dizisinde yer alan deiikliklerin proteinlerin yapsnda
deiiklikler ortaya kard daha sonralar gsterildi ve proteinlerin
amino asit sralarnn


DNAnn baz srasna olan bamll kolineerlik kavram ile ifade
edildi.
1954 ylnda Gamow ve Crick DNA ile proteinler arasndaki
benzerliklere dikkati ekti ve kaltsal ifre kavramn ortaya atarak, byle
bir ifrenin koullarn kuramsal olarak incelediler. Crick nkleik asitlerin
drt, proteinlerin ise yirmi yaptandan kurulmalar nedeniyle, bir amino
asit iin dnlebilecek en ksa szcnn, nkleotitten olumas
gerektiini ileri srd. Drt eit bazn l dizileri iin 64 olaslk
olduuna
gre, Crickin dncesi yirmi amino asitten bazlar iin birden fazla ifre
szcnn varln ngrmekte idi.
1961 ylnda Nirenberg ve Mathaei, sentetik poliribonkleotid
poliuridilikasidin (poli U) varlnda, E.coli bakterisinden elde edilmi bir
ztte, yalnz fenilalanin (Phe)den kurulu polipeptid zincirlerinin
(polifenilalanin ya da ksaca poli Phe) ortaya ktn gzledi. UUU
lsnn fenilalanini ifrelediini gsteren bu buluu izleyen
yllarda kaltsal ifrenin tmyle zlmesi mmkn oldu. Bu
almalar sonunda


ekil 8-16 Transkripsiyon balang kompleksi olumas.


Faktr Alt
birim
says
Molekl
Arl
a

lev
TFIID
b
: -TBP
c

- TAFlar
d

1

12
38

15 - 250
TATAy tanr
TFIIByi balar
TATA dndaki
promoterleri tanr.
TFIIB 1 35 Pol. II - TFIIF
kompleksini balar
TFIIA 3 12, 19, 35 TBP balanmasn
salamlar
TFIIF 2 30, 74 Pol. IInin promotere
balanmasn salar
TFIIE 2 34, 57 TFIIHnn ilevini
kolaylatrr.
TFIIH 8 32,34, 38, 40, 44,
62, 80, 89
- helikaz
- CTD
e
kinaz
- Nkleotit karma
onarmnda grev alr
- Hcre sikls ile
ilikili

Tablo: 8-5 Transkripsiyon faktrleri
a
) kD olarak.
b
) TF: transkripsiyon faktr; II: zerinde en ok
allm olan RNA polimeraz IIyi gsteriyor.
Faktrler byk harflerle adlandrlyorlar.
c
) TATAya balanan protein
d
) TBP ile ilikili faktrler.
e
) Karboksi terminal domain, RNA polimerazn
en byk alt biriminin karboksi ucunda yer alan
protein motifi.


ekil 8-17. RNA ilenmesinin mikrograf


olas 64 szcn her birinin ifreledii amino asit incelenerek
saptandnda, szcun (UAA, UAG, UGA) dnda her szcn bir

ekil 8-18. RNAnn ilenmesi


amino asit anlamna geldii bulundu. Crickin varsymnn ngrd
gibi, baz amino asitleri ifreleyen birden ok szcn varl bylelikle
gsterilmi oldu. lk nce yalnz E.coli bakterisinden elde edilen ztlerde
yrtlen almalar, daha sonra insan dahil dier eitli trlerde
yinelendiinde kaltsal ifrenin evrensel nitelikte olduu, yani
bakterilerden insana kadar tm sistemlerde deimemi olduu grld. (
ekil 8-19)

8.14. Protein sentezi (Translasyon)

mRNAnn tad bilgi translasyon ya da eviri aamasnda
ribozom ad verilen organeller tarafndan okunarak proteine evrilir.
Ribozomlar byk ve kk altbirimler olarak tannan iki altbirimden
kurulur. Her bir altbirim bir, iki ya da ribozomal RNA moleklnden
ve eitli sayda proteinlerden oluur. Ribozomlar ve altyaplar bir
ultrasantrifj ilemi srasnda gsterdikleri sedimentasyon katsays ile
adlandrlrlar. Pokaryot ve karyot ribozomlarn baz zellikleri ekil. 8-
20de gsterilmitir.



AGA UUA
AGG UUG
GCA CGA GGA CUA
GCC CGC GGC AUA CUC
GCG CGG GAC AAC UGC GAA CAA GGG CAC AUC CUG
GCU CGU GAU AAU UGU GAG CAG GGU CAU AUU CUU
Ala Arg Asp Asn Cys Glu Gln Gly His Ile Leu
A R D N C E Q G H I K

AGC
AGU
CCA UCA ACA GUA
CCC UCC ACC GUC UAA
AAA UUC CCG UCG ACG UAC GUG UAG
AAG AUG UUU CCU UCU ACU UGG UAU GUU UGA
Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val Dur
K M F P S T W Y V

ekil 8-19. Genetik ifre.

Protein sentezinin dier bir esini tRNA oluturur. tRNA moleklleri
amino asitleri, 3 ularnda ykl olarak ribozoma tar. Bir mRNAnn
ifre szcklerinin tad bilgi dorudan doruya amino asitlere
evrilmez. Bunun iin tRNA molekllerinin arac rol gereklidir. tRNA
molekllerinin tad antikodon ad verilen bir blge, tRNAnn tad
amino asidi gsteren mRNA ifre szcne yani kodona komplementer
bir baz ls tar. Her amino asite zg en az bir tRNA molekl
bulunur. tRNA moleklleri ierdikleri belirli nkleotid dizilerinin
birbirleriyle hidrojen balar kurmalar sonucu yonca yapran andran bir
yapsal zellik gsterir. (ekil 8-21)


Protein sentezinin gereklemesi 4 aamada olur:

1) tRNAlarn kendilerine zg amino asit ile yklenmeleri
(amino asit aktivasyonu):
Bu ilem, aminoasil-tRNA sentetaz ad verilen enzimler
tarafndan ATPnin varlnda yrtlr. lk olarak ATPnin o-|-
pirofosfat ksm enzim tarafndan paralanarak ayrlr ve amino asit ile
AMP arasnda bir aminoasil-AMP molekl oluur. Bundan sonraki
enzimatik aamada amino asit tRNA moleklnn tRNAnn bir ucundaki
adenosini molekln 3 -OH grubuna aktarlr ve amino asidin karboksil
grubu ile 3 -OH grubu arasnda bir ester ba oluur.

2) Balama faz (inisiyasyon)
Protein sentezi mRNAnn bir protein ii yeterli bilgi tayan
blmnn yani sistronunun banda bulunan AUG kodonu ya da baz
lsnden balar. Bu ifre szcnn verdii iaret zerine zel
(inisiyasyon) balang faktrlerinin etkisi altnda amino grubuna HCO-
(formil) grubu takl metyonin tayan tRNA molekl (ksaca fMet-
tRNA) ribozoma balanr. Her yeni oluan protein, amino ucunda
buna gre bir fMet grubu tar. Yksek organizmalarda proteinlerin
amino ucunda yer alan Met grubunun ek HCO (formil) grubu
tamas gerekli deildir. Proteinin sentezin sonuna doru bir
fMet grubu


ekil 8-20. Prokaryot ve karyot ribozomlarnn bileenleri.


zel enzimler tarafndan polipeptitten ayrlr (ekil 8-22). Protein
sentezinde ribozomlar mRNAdaki bilgiyi 5 ucundan 3 ucuna doru
okuyarak protein molekllerine evirir. Polipeptidin NH
2
- ucundan -
COOH ucuna doru yrr; baka bir deyimle mRNAdaki kodon dizisinin
belirledii srayla amino asitler olumakta olan polipeptid zincirinin -
COOH ucuna peptid bayla eklenir.
3) Uzama faz (elongasyon)
Polipeptidlerin uzama faz, protein sentezi boyunca tekrarlanan bir
olaylar dizisinden, yani uzama siklsnden meydana gelir. 1964 ylnda
Watson tarafndan nerilmi ve genel olarak olumlu yank uyandrm
teoriye gre, her bir ribozomda tRNA molekllerinin balanabilecei iki

ekil 8-21. transfer RNA (t-RNA)


yer vardr. Bu yerlerden birine AA-tRNA molekl zel bir ekilde
baland iin, amino asil ya da A yeri ad verilir. kinci balama yeri
ise, zellikle domakta olan polipeptid zincirinin ekli bulunduu tRNAy
yani peptidil-tRNA molekln tar. Bu balama yeri bu sebepten
peptidil ya da ksaca P yeri olarak adlandrlr.
Prokaryotlarda uzama siklusunun eitli aamalarn ematik
olarak gsteren ekil 8-23de izlenebilecei gibi, ribozoma balanan her
yeni AA-tRNA nce A yerine yerleir. A yerine girecek AA-tRNAnn
eidi mRNA moleklnn A yerinde bulunan kodonu tarafndan saptanr.
AA-tRNAnn ribozomun A yerine balanmasn, peptidil transfer
reaksiyonu izler. Peptidil transferazn katalitik etkisi altnda P yerinde
bulunan peptidil-tRNAnn peptidil ksmnn karboksil grubu, AA-
tRNAnn amino asil ksmnn amino grubuna transfer olur. Bylelikle
polipeptid zinciri bir amino asit lsnde uzam ve polipeptid P
yerindeki tRNA moleklnden A yerindeki AA-tRNA moleklne
aktarlm olur.
Peptidil transfer reaksiyonunu, A yerinde yeni olumu peptidil-
tRNA moleklnn, bal olduu mRNA kodonu ile birlikte P yerine
srld kaydrma (translokasyon) adm izler. Bu arada, daha P
yerinde bulunan ve peptidil ksmn kaybetmi olan tRNA ribozomdan
dar itilir. Bylelikle A yerine yeni bir kodon girmi ve yeni bir AA-
tRNA moleklnn balanabilmesi iin A yeri serbest kalm olur.
AA-tRNAnn ribozoma balanmas, peptidil transfer reaksiyonu
ve translokasyon adm uzama siklusunu meydana getirir. Bu olaylar
dizisinde uzatma faktrleri gereklidir. AA-tRNA moleklnn ribozoma
balanmas bir uzatma faktrnn etkisi altnda olur.


Mikroorganizmalarda EF-Tu uzatma faktr, yksek organizmalarn
hcrelerinin sitoplazmasnda ise, EF-1 uzatma faktr, AA-tRNAy GTP
ile birlikte bir l kompleks kurarak ribozoma balar. Ribozoma
balandktan sonra GTP molekl GDP ve P
i
ye paralanr ve GDP
molekl uzatma faktr ile birlikte ribozomu terk eder. Bu GTP
moleklnn paralanmas ile ortaya kan enerjinin ribozom tarafndan
ne maksatla kullanld halen bilinmemektedir. Mikroorganizmalarda EF-
G olarak adlandrlan ikinci bir uzatma faktrnn kaydrma reaksiyonunu
gerekletirdii ve bu faktrn ribozoma balad ikinci GTP
moleklnn paralanmas ile serbest kalan enerjinin kaydrma ileminde
kullanld sanlmaktadr. Bununla beraber
GTPnin, uzama faznn eitli admlarnda daha ok bir allosterik
etkileyici rol oynamas olasl vardr.
4) Sonlanma faz (terminasyon)
Protein sentezinde sonlanma faznn ribozomlar zerinde
tamamlanmas UAA, UAG, UGA sonlanma kodonlarn tanyan ayrma
faktrlerini gerektirir. Memelilerde her sonlanma kodonunu da tanyan
bir tek ayrma faktr bulunduu halde, bakteri sisteminde kodona zg 2
ayrma faktr vardr. Bunlardan RF-1 ( RF: Release Factor) UAA ve
UAGyi; RF-2 ise UAA ve UGAy tanrlar. Ribozomlar sonlanma
kodonlarndan birine eritiinde, bu kodonu tanyan ayrma
faktr, GTPnin varlnda ribozomla etkileerek, tamamlanm
polipeptidi bal olduu tRNAdan ayrr. Ribozom tekrar
kullanlmak zere mRNAy terkeder (ekil 8-24).



ekil 8-22. Protein sentezinin balama aamas


ekil 8-23. Prokaryotlarda uzama dngsnn eitli
aamalar.


Protein sentezini bozan kemoteraptiklerin etki yerleri
ekil 8-25de gsterilmitir.

8.15. Protein sentezinin enerjetii

Peptit bann kurulmas amino asitlerin gerekli enerji dzeyine
getirilmeleri (aktifletirilmeleriyle) olanakldr. mRNA szcklerinin
belirledikleri amino asitleri ribozoma tamakla grevli tRNA
molekllerinin 3-OH gruplaryla amino asitlerin -COOH gruplar
arasndaki ester bann hidrolizi peptit bann gerektirdiinden daha da
fazla enerji salan bir reaksiyon olduuna gre (AG = -7 kcal.mol
-1
) amino
asit aktiflemesi amino asitlerin kendilerine zg tRNAlara
yklenmeleriyle gereklemektedir. Amino asit-tRNA sentetaz enzimleri
tarafndan yrtlen bu reaksiyon iin gerekli enerji ise ATP
moleklnden salanmaktadr. Amino asit aktivasyonunun ilk aamasnda
aminoasil-tRNA sentetaz enziminin katalitik bir blgesinde ATP, AMP ve
pirofosfat gruplarna paralanarak, aminoasil-AMP adenilat, ara rn
olumaktadr:

aa-tRNA sentetaz
Amino asit + ATP Aminoasil-AMP + pirofosfat

Yksek enerjili anhidrit bann kurulmas iin gerekli enerji;
ATPnin hidrolizi ile ancak karlanabildiinden, bu reaksiyonda serbest
enerjide byk lde bir azalma olmamakta, ancak pirofosfatn burada
da pirofosfataz tarafndan paralanmas mmkn olmaktadr:



pirofosfataz
pirofosfat 2 Pi

sentetaz + pirofosfataz
amino asit + ATP aminoasil-AMP + 2 Pi

Amino asit aktivasyonunun ikinci aamasnda ise, sentetazn dier
bir substrat balama blgesine balanan tRNA moleklnn 3-OH grubu
ile amino asitin aktive olmu -COOH arasnda yukarda belirtilen ester
ba kurulmaktadr.
aa-tRNA sentetaz
aminoasil-AMP + tRNA aminoasil-tRNA + AMP

Uzamann ilk basamanda bir, translokasyon aamasnda bir tane
daha GTP, GDP ve P
i
a hidroliz olmaktadr. Sonu olarak hidroliz
olduunda 5 kcal.mol
-1
enerji aa kacak bir ban kurulmas iin 4 x
7.3 = 29.2 kcal.mol
-1
enerji harcanmaktadr.
Bu enerjinin harcanma nedeni. polimerizasyonun yksek oranda
bilgi iermesidir. Herhangi bir polimer deil, doru sraya sahip bir
polimer sentezlenmektedir.



ekil 8-24. Protein sentezinin sonlanma aamas.


8.16. Gen ekspresyonunun dzenlenmesi

Gen ekspresyonu birok ayr dzlemde denetlenebilir. Denetim
mekanizmalarnn okluu canlnn evre koullarna uyumunu
arttrmaktadr. ekil 8-26da 6 ana denetleme noktas gsterilmektedir:
Transkripsiyon, RNA ilenmesi, RNA tanmas, mRNA degradasyonu,
translasyon ve protein aktivitesinin denetlenmesi.
mRNA molekllerinin olumas ve mrleri hcre iindeki
denetim mekanizmalarna bamldr. Bu mekanizmalar sayesinde bir
protein hcrede gereksinimle orantl olarak sentezlenir. zellikle
bakterilerde gen ekspresyonunun dzenlenmesi transkripsiyon dzeyinde
olur. Byle denetim mekanizmalarnn klasik bir rneini E. coli
bakterisinde Lac-operonundaki genlerin etkinliklerinin dzenlenmesi
oluturur. Laktoz ekerini E. coli bakterisinde deerlendirmekle grevli
enzimlerin ifrelendii Lac-operonunun alma mekanizmasna ilikin
bilgiler 1961 ylnda Jacob ve Monod tarafndan ortaya atlan bir
modelden kaynaklanr (Baknz: Blm 7-7). Bu modelde ne srlen
mekanizmalar daha sonralar pek ok aratrmac tarafndan deneysel
yntemlerle eletirel bir bakla incelenmi ve doruluu saptanmtr.
Lac-operonunun tanmn yapmadan nce E. colide laktoz
metabolizmasna gz atmak gereklidir.



ekil 8-25 Protein sentezini basklayan kemoteraptikler ve
etki yerleri


Laktoz bir glukoz ve bir galaktoz moleklnn bir |-galaktosit ba ile
birlemesi sonucu oluur. Laktozun bakteriler tarafndan deerlendirilmesi
iin en az iki enzimin varl gerekir:
1) Hcre membranna bal ve laktozun d ortamdan hcre iine
alnmasn salamakla grevli permeaz,
2) Laktozu glukoz ve galaktoza ayran |-galaktosidaz.
Normal koullar altnda, yani bakteriye laktoz yerine baka bir
eit karbonhidrat verildii zaman, bu iki enzimin hcre iindeki miktar
son derece azdr: Hcre bana yaklak 1-5 molekl. Bakteriler laktoz
ieren bir ortama geirildiklerinde, bu iki enzimin hcre iindeki
miktarlarnn hzla artarak hcre proteininin % 3nn karl bir dzeye

ekil 8-26. Gen ekspresyonunun denetlenme aamalar


eritikleri grlr. Laktozun bu enzimlerin hcrede oluumunu bu ekilde
etkilemesine indksiyon ad verilir. Laktozun benzeri bir molekln
isopropiltiyogalaktositin (ksaca IPTG) de byle bir indksiyona yol
at bilinmektedir. Laktozun metabolizmasnda Tiyogalaktosit-
transasetilaz ad verilen nc bir enzimin halen ayrntlar bilinmeyen
bir rol oynad sanlmaktadr. Bununla birlikte, nc enzimin sentezini
olumsuz bir ekilde etkileyen mutasyonlar sonunda bile bakteri laktozu
permeaz ve |-galaktosidaz sayesinde deerlendirilmektedir. Dier yandan
tiyogalaktosittransasetilazn sentezi de laktoz tarafndan indklenebilir.
Jacob ve Monodun modeline gre laktoz metabolizmasnn bu
enziminin genleri arka arkaya sral olarak E. coli DNAsnda bulunur
(ekil 8-27).
Bu genlerin tad kaltsal bilginin anlatm bir represr protein
tarafndan dzenlenir. Repressr proteini dzenleyici nitelikte (I) geninin
rndr. Represr ya sitoplazmada serbest olarak ya da DNAya bal
olarak bulunur. DNAda balanma yeri laktoz enzimlerinin gen srasnn
hemen nndeki operatr blgesidir. Operatrn de nnde promoter ad
verilen dier bir DNA blm bulunur. Promoter, RNA polimerazn DNA


zerinde balanarak, szkonusu enzimlere zg mRNAnn sentezine
balad yerdir.
Normal koullar altnda, yani laktozun ortamdaki yokluunda,
represr operatre bal olduundan, operonun yapsal genlerinin
transkripsiyonu mmkn deildir. Dolaysyla laktozun ztrmnden
sorumlu permeaz ve |-galaktosidaz enzimleri sentezlenemez. Ortama
eklendiinde, laktoz hcre iine girerek represre balanr ve onun
operatrden ayrlmasn salayarak transkripsiyonun balamasn salar.

ekil 8-27. E. colide laktoz metabolizmas dzenlenmesi


8.17. RNA yazlm (editing)

RNA yazlm mRNA dzeyinde bilgi ieriinin deitii bir
ilemdir. RNAnn transkribe edildii DNAdan farkl diziye sahip olduu
iki deiik durum gzlenmitir. Memeli hcrelerinde mRNAda bir bazn
yerine bir bakasnn gemesiyle ifrelenen proteinin amino asit dizisi
deiir. lkel bir karyot olan tripanazomalarda ise ok daha geni apl
deiiklikler olur.
Apolipoprotein-B (apo-B) geni 4563 kodondan oluur.
Karacierde transkribe edilen gen 4563 aminoasit ieren proteini
sentezletir. Ayn genden incebarsakta sentezlenen mRNAnn 2153.
kodonundaki sitozin urasile dntrlr. Glutamini ifreleyen CAA
kodonunun sonlanma kodonu olan UAAya dnmesi sonucu ayn
proteinin ksa bir biimi ortaya kar. Bu trden yazlm enderdir, ama
apo-B tek rnek deildir. San beyin hcrelerindeki glutamat reseptr
bu konuda baka bir rnektir.
Tripanazoma mitokondrilerinde ise mRNA transkribe edildikten
sonra bir klavuz RNA ile eletirilir ve klavuz RNA tarafndan belirlenen
yerlere urasil nkleotidleri eklenir (ekil 8.28). Farkl koullarda farkl
klavuz RNAlar retilir. Uridin eklenmesi dnda sitidin eklenmesi ya da
uridin karlmas gibi deiiklikler de saptanmtr.



ekil 8-28. RNA yazlm rnekleri

8.18. Ters Transkripsiyon

Tmr oluturan virslerden retrovirs infeksiyonunun, DNA
sentezi inhibitrleri (rnein Amethopterin, 5-Fluorodeoksiuridin ve
sitozin arabinosit) ile engellenmesi, RNA virslerinin oalabilmesi iin
DNA sentezinin gerekli olduunu ima ediyordu. Bu beklenmedik
sonutan yola kan Temin 1964lerde DNA provirs hipotezini ortaya
att.

RNA Tmr virs DNA Provirs RNA Tmr virs



Bu ema genetik bilginin tek ynl oluumunu ngren santral
dogmay zedelemekte olduundan, nceleri pek taraftar bulmamt. Ama
1970de Temin ve Baltimor birbirinden bamsz olarak RNA kalbndan
DNAy sentezleyen bir enzim kefettiler. Ve adna da transkripsiyon
aamasnn ters ynde de oluabileceini gstermek zere ters
transkriptaz enzimi (Rtase - reverse transcriptase) ya da dier
polimerazlara benzeterek RNAya baml DNA polimeraz ad verildi.
150000 D arlndaki enzim o ve | olmak zere 2 altbirimden
ibarettir. Virs partikl bana 50 - 70 adet bulunan ters transkriptazn 3
genel enzimatik aktivitesi mevcuttur.
1) RNA kalbn ift iplikli (ds) DNAya kopya ederken primer
gerektirirler ve dNTPleri 3-5 ba ile balyarak DNAy 5 3
ynnde uzatrlar (ekil 8-29). 3 ve 5 ularnda birbirlerine
komplementer diziler bulunur. Bylece dsDNA dizileri halkasal hale
gelebilir.
2) Primerli tek iplikli (ss) DNAy ift iplikli (ds) DNAya kopya
edebilirler (Bilinen DNA polimeraz etkisi).
3) RNAz-H aktiviteleri vastasyla DNA-RNA hibritindeki
RNAy ykma uratrlar.
Bugn ticari olarak da satlan bu enzim, gen teknolojisinin
en nemli aralarndan biridir. Ters transkriptaz enzimini
kullanarak in vitro koullarda tek iplikli bir RNA molekln,
rnein mRNAy komplementer DNA moleklne evirmek
mmkndr.


Byle bir reaksiyonda ters transkriptaznn safl (RNAz-free) ters
transkriptaz /mRNA oran, ortam pHs (genellikle pH = 8.3 0.5), K
+
ve
Mg
2+
iyonlarnn varl ve dNTP konsantrasyonlarnn 200 M olarak
seilmesi cDNAnn tam boyda sentezlenebilmesi iin gerektir (ekil 8-
30).
8.19. Prion Hastalklar
1970lerde; bilin yitimi, bunama, otonom sinir sistemi
dzensizlikleri gibi sinirbilimsel belirti ve bulgular gsteren, kimisinde bir
ka ayla 10 yl arasnda kuluka sresi olan infeksiyon, kimisinde
kaltmsal gei gsterilmi bir grup hastalk dikkat ekmeye balad:
Kuru, scrapie, Creutzfeld-Jakob hastal, Gerstmann-Strussler-Scheinker
hastal, lmcl ailesel uykusuzluk hastal.
Bu hastalklarn hasta hayvan beyinlerinden hazrlanan ztlerle
salam hayvanlara bulatrlabilmesi etkenlerinin yava etki eden (kuluka

ekil 8-29. Ters transkripsiyon srasnda dsDNAnn
halkasal duruma gelmesi


sresi uzun) virus olduunu dndrd. ztlerin hastalk oluturma
yeteneinin DNAz, RNAz, mor tesi ya da iyonize edici
radyasyona direnli olmas; proteaz, formol ve deterjanlarla etkinliini
yitirdiinin saptanmas etkenin nkleik asit iermediini, yalnzca
proteinden olutuunu ortaya koydu. Bu proteinlere Prion (PrP) ad
verildi.
PrPnin aratrlan her memelide bulunduunun ve insanda 20.
kromozomun ksa kolunda yer alan, tek bir ekzon ieren bir gen tarafndan
ifrelenen 35.000 Dluk bir hcre yzey glikoproteini olduunun
anlalmas hastalk kuramnn oluturulmasnn salad. Prionun birincil
yaplar ayn, ikincil yaplar ayr iki biimi vardr. Hastalk yapan biimin
(PrP
Sc
) ortamda bulunmas, nomalde yapm ve ykm dengede olan
biimin (PrP
C
) ikincil biiminin deimesine, kelmesine, birikmesine ve
sinir hcrelerine zarar vermesine yol amaktadr(ekil 8-31).Bu
hastalklarn henz saaltm bulunmamaktadr.

ekil 8-30. Viral RNAdan DNA sentezi..


ekil 8-31. Prion proteinlerinin (PrP
Sc
) normal proteinlerin
(PrP
C
) yapsnn deierek birikmesine yol
amalar


8.20. Mutasyonlar

Mutasyonlar DNAda meydana gelen kaltmsal nitelikte yapsal
deiiklikler olarak tanmlanabilir. Mutasyonlar, oluum biimleri,
koullar, olutuklar hcre tipi ya da yol atklar durumlara bal olarak
deiik biimlerde snflandrlabilir.
Oluum koullarna gre doal (kendiliinden oluan) ve yapay
(deneysel) mutasyon tipleri ayrt edilebilir. Doal mutasyonlarn oluum
olasl 10
-9
-10
-12
mutasyon/nkleotit arasnda deiir. Eleme srasndaki
yanl okumadan da kaynaklanabilmekle birlikte, bu tip mutasyonlarn
balca nedeni olarak DNAdaki bazlarn devingen eitsizlik (tautomer)
durumlar dnlmektedir (ekil 8-32). Bu tip mutasyonlarn tipik bir
rnei adenin ile timin arasndaki ilikilerde grlr.
Normal koullarda adeninin 6-amino grubu bir hidrojen vericisi, N-1
atomu ise bir hidrojen alcs zellii tar. Bu koullarda adenin timin ile
hidrojen balar kurarak bir baz ifti oluturur. ok seyrek de olsa,
adeninin bir enol konformasyonuna gemesi sonucu 6-amino grubundan
6-imino grubu oluur ve N-1 atomu bir hidrojen vericisi nitelii kazanr.
Bu yeni konformasyonda adenin yalnz sitozin ile hidrojen kprleri
kurabildiinden, A-T baz ifti yerini G-C iftine brakr:

Mutasyon Eleme Eleme
A = T A* = T A* C G C.

(A*: Adeninin tautomerik formu)



Deneysel yollardan mutasyonlar oluturabilmek iin en ok kullanlan
yntemlerden biri, modifiye edilmi bazlardan (baz benzerlerinden)
kurulu nkleotitleri nkleik asit yaptalar olarak kullanmaktadr. Byle
baz benzerleri arasnda en ok kullanlan bir mutajen 5-bromourasildir. 5-
bromourasil timin moleklnn 5-metil grubunun yerini bir brom
atomuna brakmas sonucu oluur. Timin ve 5-bromourasilin yaplarnn
benzerlii nedeniyle DNA polimeraz yeni DNA zincirlerini olutururken,
5-bromourasili bir substrat olarak kullanr. Bylelikle DNA moleklnde
timinin yerini alan 5-bromourasil normal koullar altnda aynen timin gibi
hareket eder. Bununla birlikte brom atomunun getirdii elektronegatif yk
bazn yapsndaki dzeni bozarak, bazn normal keto biiminin enol
biimine dnmesine neden olabilir. Hidrojen kprleri kurma zellikleri
deien 5-bromourasilin eleme srasnda adenin yerine bir guanin

ekil 8-32. Timin yerine sitozin ile hidrojen balar kuran
adenin tautomeri.


molekl ile elemesi sonucu, T-A baz ifti yerini G-C iftine brakr. 5-
bromourasilin keto ve enol ekillerinin hidrojen kprleri kurma
zellikleri aada gsterilmitir (ekil 8-33).
5-Bromourasil gibi bir baz analounun mutajenik etkisinin
gereklemesi iin, aynen doal mutasyonlarn rneinde de grdmz
gibi bir replikasyonun yer almas gerekir. Buna karn dier baz kimyasal
maddeler bazlarn yapsn dorudan deitirerek mutasyona neden olur.
Byle mutajenik maddeler arasnda HNO
2
, hidroksilamin (H
2
NOH), ve
nitroguanidin saylabilir. Bu maddeler zellikle bazlarn amino gruplarnn
kaybolmasna yani dezaminasyona neden olur. rnein sitozinin 6-
amino grubunun ortadan kalkmasyla bir urasil baz oluur.
Doal olarak ya da laboratuvar koullarnda nlar (Rntgen, UV-
nlar ya da radyoaktif nlar) da mutasyonlara yol aabilir. Bu
nlarn etkisi altnda iyonlam bazlar, baz kopmalar (riboz ya da
deoksiriboz ile prin ya da pirimidin bazlar arasndaki
balarn krlmalar),


poli(deoksi)ribonkleotit zincirinde fosfodiester balarnn krlmalar ya
da daha nce deinilen timin dimerleri gibi DNA onarm mekanizmasn
uyaran deiiklikler meydana gelir. Bu deiiklikler onarlmad takdirde
daha sonraki kuaklara -eleme mekanizmas iin anlamsz nitelikte
olmalar nedeniyle- iletilmeleri szkonusu deildir. Dier yandan bu
yapsal bozulmalarn onarm srasnda, onarma (rnein onarm
srasndaki yanl okumaya) baml mutasyon oluum olaslnn
kmsenemeyecek kadar yksek olduu bulunmutur.
Yksek organizmalarda mutasyonlar ayrca mutasyonun meydana
geldii hcre tipine gre somatik (normal vcut hcrelerini etkileyen)

ekil 8-33. Timin gibi davranan 5-Bromourasil adenin
yerine guanin ile hidrojen balar yapar.


ve genetik (eem hcrelerini etkileyen) mutasyonlar olarak iki gruba
ayrmak mmkndr. Somatik mutasyonlarn bir yandan hcre
zellemesinde (yani fizyolojik bir olayda) ve dier yandan da kanser
oluumunda nemli bir rol oynayabileceine iaret eden bulgular
bulunmaktadr. Oluum mekanizmalarna ve okuma kalbn etkileme
biimlerine gre de mutasyonlar iki snfa ayrmak mmkndr. Baz
dizisindeki bazlarn saysnda bir deiime yol amayan, buna karn baz
bazlarn yerlerini bakalarna brakmalarna neden olan birinci tip
mutasyonlarn tipik temsilcilerini nokta mutasyonlar tekil eder. Baz
dizisindeki tek bir baz deiiklii sonucu,
a) bu bazn bulunduu ifre szcnn anlam deimeyebilir. ( =
eanlaml mutasyon; rnein prolini ifreleyen szcklerinin -CCC, CCA,
CCG, CCU- nc harflerini etkileyen mutasyonlar gibi),
b) ifre szc anlamn deitirip, baka bir amino asidi
ifreleyebilir ( = yanl anlaml mutasyon), ya da
c) nce bir amino asit ifreleyen bir szck bir biti szcne
(UAA, UGA, UAG) dnebilir (=anlamsz mutasyon).
Aada grlecei gibi, normal bir biti ifre szc byle bir
mutasyon sonucu bir amino asidi ifreleyen szce de dnebilir.
Baz dizisindeki baz saysnda deiiklie yol aan eksilme
(delesyon) ya da ekleme (adisyon) mutasyonlar sonucu bu
mutasyonlardan aada kalan tm dizinin okuma kalb dolaysyla
ifrelenen amino asit dizisi deiir (ekil 8-34).
Mutasyonlar, ayrca organizma iin dourduklar sonulara gre
sessiz, olumsuz etkili ve lmcl nitelikte olabilirler. Genellikle bir
mutasyon seleksiyon basks altnda ve evrimin szgecinden geerek


olumu bir protein tipinin zelliklerinin yitimine yol amaya aday bir
olay olarak olumsuz niteliktedir. Bununla birlikte ok seyrek de olsa, bir
mutasyon sonucu amino asit dizisindeki deiiklik proteinin ilevini daha
etkin ve daha hzl yapmasn olas klan bir yapnn ortaya kmasna yol
aabilir. Bu tip mutasyonlarn evrimin oluumunu gerekletiren etmenler
olduu sanlmaktadr.

DNA moleklnde belli bir bazn yerini baka bir baza
brakmasyla ortaya kan ve ncekinden baka bir amino asidin
ifrelenmesine yol aan yanl anlaml mutasyonlarn pek ok rneini
anormal hemoglobin olarak gsterilen HbAnn mutant tiplerinde grmek

ekil 8-34. Ekleme ve eksilme mutasyonlarnn okuma
kalbnda yapt deiiklik ve bu tr mutasyon
etmenlerine rnekler.


olasdr. Orak hcreli anemide grlen ve normalde |-globin zincirinin
NH
2
ucundan itibaren 6. konumda bulunan glutamik asidin yerini bir valin
grubuna brakmasyla oluan hemoglobin S ve ayn konumdaki (glutamik
asit lizin) deiikliiyle oluan hemoglobin C tiplerinin olumasna yol
aan mutasyonlar aada gsterilmitir.

DNA mRNA protein (|-globin)

3---CAT---5 5---GUA---3 valin (HbS)
3---CTT---5 5---GAA---3 glutamik asit (HbA)
3---TTT---5 5---AAA---3 lizin (HbC)

Tp literatrnde gerek HbS ve gerekse HbCye sahip bir kiiyle
ilgili yayn |-globin genlerinin insan haploit DNAsndaki saysnn iki
olduunu ve bu hastann anne ve babadan ald genlerle HbS ve HbC iin
ifte heterozigot olduunu gstermitir. DNAdaki bir baz deiiklii
anlamsz bir szcn olumasna ve polipeptid zincirinin sentezinin
zamansz (erken) durmasna yol aabilir (anlamsz mutasyon). Bunun
sonucu ortaya kan normal uzunlukta olmayan polipeptid zincirleri -
COOH ularnda mutasyonun gen zerinde olutuu yere gre uzunluu
deien bir blgeden yoksundur. Zaten anlamsz mutasyonun bulunduu
yere gre durumun yaamla badap badamayaca belirlenir. mRNA
5 ucundan itibaren okunduuna (ve polipeptid sentezi NH
2
-ucundan
baladna) gre genin balang blmne ve mRNAnn 3 ucuna ve
doal biti szcklerine yaknlna orantl olarak, mutasyonun proteinin
ilevini olumsuz etkileme olasl azalr (ekil 8-35).


Nokta mutasyonlarnn yan sra okuma kalbnda bir kaymaya yol
aan ekleme ya da eksilme mutasyonlar da polipeptit zinciri iin yepyeni
bir kodunun olumasna neden olabilirler. Dier taraftan okuma
kalbndaki kayma ya da nokta mutasyonlar doal durma yerinin tesine
yrnmesine de neden olabilir. Hemoglobin Constant Spring ve
hemoglobin Wayne ad altnda tannan anormal hemoglobin tipleri byle
bir mekanizma sonucu ortaya kmtr. Normal hemoglobin
molekllerinde bulunan o-globin zincirinin 142 amino asit iermesine
DNA MUT1 MUT2 MUT3

3-----------TAC----------------------------------------------------------------------------------

ATT----5
Gen

transkripsiyon

1.mRNA --AUG-------------UAA-----------------------------------------------------------UAA--
2.mRNA --AUG----------------------------------------------UAA--------------------------UAA--
3.mRNA --AUG------------------------------------------------------------------UAA------UAA--

translasyon

1.polipeptit H
2
N-------------COOH
2.polipeptit H
2
N----------------------------------------------COOH
3.polipeptit H
2
N-------------------------------------------------------------------COOH

ekil 8-35. Anlamsz mutasyonun ortaya kt yer ile
protein uzunluu arasndaki iliki


karn, ayn zincir Hb Constant Springte 172, Hb Waynede ise 149
amino asit uzunluundadr:
Bu hemoglobin tipleri (Hb Wayne ve Hb Constant Spring) buna
gre o-globini ifreleyen mRNAnn doal biti szcnn tesinde en
azndan 93 nkleotit iermesi gerektiini gstermektedir.

8.21. Basklama (Supresyon)
Bir mutasyonun etkisi bazan ayn gende ya da baka bir gende
meydana gelen ikinci bir mutasyon ile basklanabilir ( = supresyon).
Basklayc nitelikte bir mutasyonun etkisiyle ayn gende ilk mutasyonun
etkisinin kalkmasna (gen ii supresyona) rnek olarak bir ekleme
mutasyonunu izleyen bir eksilme (ya da tersi) mutasyonu gsterilebilir.
Bu sayede ilk mutasyondan aadaki tm bir baz dizisinin okunmasnda
bir kayma nlenmi olur ve mutasyonun etkisi (iki mutasyon arasndaki
uzakla bal olmak zere) amino asit dizisindeki bir iki deiiklikle
snrlanr.


Normal o-globinin -COOH ucunda grlen amino asit dizisi (ve karl
nkleotit sras):

NH
2
..... Serin-lisin-tirosin-arginin (-COOH)
5......... UCC AAA UAC CGU UAA.... 3
140

o-globin Wayne:
serin (ASP) (THR) (VAL) (Lys) (Leu) (GluA) (Pro) (Arg) -COOH

UCG AAU ACC GUU AAG CUG GAG (CCU) CGG UAG

A
eksilme mutasyonu

o-globin Constant Spring:
serin lisin tirosin arginin glutamin alanin glisin GluA -COOH

UCC AAA UAC CGU C AA GCU ...GGA...GAG UAA
140
U
nokta mutasyonu


(Bunun yan sra teorik olarak, bir nokta mutasyonunun etkisinin onu
geriye dntren ikinci bir mutasyonla kalkabilecei de dnlebilir:
1.mutasyon U C; 2.mutasyon C U).

Bir mutasyonun etkisi genler aras supresyon mekanizmasnda
tRNA molekllerinin (supressor tRNAlarn) araclyla da basklanabilir.
Bu ikinci mekanizmada supresyona yol aan tRNA moleklnn
antikodonunu ifreleyen DNA baz dizisinde ikinci bir mutasyonun
olutuu grlr. Antikodonundaki bu deiiklik sayesinde tRNA
molekl birinci mutasyonun sonucu ortaya kabilecek (anlamsz) bir
kodonu bir amino asitmi gibi okuyarak sentezin zamansz durmasn
nler. rnein tirozini kodlayan UAC kodonu bir mutasyon sonucu
anlamsz kodon UAGye dnebilir. Tirozine zg tRNA molekllerinin

5....... AAA UUU AAA UUU AAA ........3

A ekleme (1.mutasyon)

5........ AAA AUU UAA AUU UAA A....... ........3

U
eksilme (2. mutasyon)

5........ AAA AUU AAA UUU AAA ........3


birinin antikodonunun (AUG) ikinci mutasyon sonucu mRNAdaki
UAGyi tanyan AUC antikodonuna dnmesiyle anlamsz mutasyona
karn normalde beklenen proteinin yaplmas olanakl olabilir (ekil 8-
36)
Byle bir supresor tRNAsnn varlnn mutasyonu bastrc ve
dolaysyla yararl nitelikteki etkisinin yan sra hcre iin olumsuz
sonulara yol aabilecek iki etkisi de dnlebilir. Yukarda verilen
rnekte:
1. Supresor tRNAsnn doal tirozin szcklerini okuyamamas
protein sentezini tirozini kodlayan szcklere gelince durmasna yol
aabilir.
2. Supresor tRNA tm UAG kodonlaryla etkileeceinden sentez
doal terminasyonun tesinde de srebilir.
Birinci hususla ilgili olarak tirozine zg iki deiik tRNA tipinin
bulunduu, sepresyonun etkiledii tRNA tipinin dierine kyasla hcrede
ok daha az miktarlarda var olduu ve genellikle bu ikinci minor tRNA
tipini kodlayan genin DNAda ikilemi (iki nsha) olarak bulunduu
ve bunlardan yalnz tekinin supresyona yol aan bir mutasyona
urayabilecei gznnde bulundurulmaldr. Supresor tRNAsna karn
protein sentezinin biti mekanizmasnda bir aksamann olmamas ise
mRNAnn kodlayan blgesinin sonunda birden ok anlamsz
kodonun (...UAG-gibi) arka arkaya sralanmasyla bitiin belirlendiinin


ve gvence altna alndnn bir ifadesidir. Anlamsz mutasyonlarn yan
sra yanl anlaml mutasyonlar ve ekleme mutasyonlarn bastran
supresor tRNAlar da bulunmutur.
Mutasyonlarn eitli snflandrlma tipleri vardr. Bunlar Tablo 8-
6da gsterilmitir.

ekil 8-36. Anlamsz kodona yol aan mutasyonun
basklanmas


428
Doal Deneysel Genetik Somatik Oluma mekanizmasna gre Sonutaki szcklerin anlamna gre Yol atklar duruma gre
Radyasyon
(o, |, )
HNO2 (CU) (Cinsiyet
hcreleri)
Dier
kuaklara
aktarlr.
Vcut
hcrelerin-
deki mutas-
yonlar (rn:
lenfositler)
Nokta mut.
(Tek baz
deiiklii)

Ekleme veya
eksilme

Eanlaml:

Yanl anlaml:

Anlamsz:

Kapal:
E anlaml ve
yakn anlaml
(Benzer aa)

Olumsuz
Etkili
Yanl anlaml
Farkl aa

lmcl:
Anlamsz
Ekleme
Eksilme

UV-nlar
X nlar s,
pH viruslar
Kendi-liinden
(tautomerik
kayma
Hidroksil-
amin
(ro-genital
blge
korunma-ldr)
Sadece bireyin
yaamn
etkiler
UUUAAA
+
UUAAAA
ekleme:
UUUAAA
+
UUUAUAA
CGA
CGU
CGC
CGG
AGA
AGG
(Arg)
GGA
(Gly)
UGA
(Son)
AGAAGG
AGAAAA
(Arg) Lys)
HbS, HbC Doal son-
lanmaya
yaknsa
yaama ans
artar.
Boyalar
(ekleme,
eksilme)
(Akridin...)
HbS, HbC
p21
eksilme:
UUUAAA
+
UUAAA

Baz analoglar Hb Wayne
Hb Tours

Tablo 8-6: Mutasyonlarn snflandrlmas


8.22. DNA onarm mekanizmalar
Canl sistemler kendi ileyilerini olumsuz etkileyen zararl
etmenlerle srekli iiedirler. Bu etmenlerin balcalar ekil 8-37tedir.
D etkiler (zellikle kimyasal kirlilik, radyasyon) ve doal i etmenler
(tautomerik kaymalar, s, pH) sonucunda DNAda hasarlar oluur. Gnde
yaklak 10 000 bazn hidroliz sonucu yittii, bir saat sresince
yzbinlerce deiik hasarlanmalar olutuu tahmin edilmektedir. Bu hasar
oranlar dnldnde yaamn ancak onarm varlnda olanakl
olabilecei rahatlkla sylenebilir. Bu hasarlar ve onlara verilen yantlar
hcre yalanmas ve lm ile de yakndan ilgilidir.
DNA moleklnn yapsndaki deiikliklerin geriye dn
olmayan nitelikte olaca ve byle deiikliklerin kaltsal bilgisinin de
deimesine yol aaca uzun sre varsaylmtr. Son yllardaki
almalar ise, organizmann, DNAda meydana gelen deiikliklerin
bazlarn onarabilecek gte bir mekanizmaya sahip olduunu
gstermitir. (ekil 8-38).
zellikle mortesi (UV) nnn etkisi altnda DNA moleklnn
birincil yapsnda sanldndan ok daha sk deiiklikler meydana gelir.
Bu deiikliklerin en tipik rneini UV nnn altnda iki komu timin
baz arasnda oluan timin dimerleri oluturur. (ekil 8-39). Ayrca deiik
kimyasal etkilere maruz kalnmas sonucunda (oksidasyon, alkilasyon,
dezaminasyon v.b) anormal bazlar oluabilir. plikikler arasnda apraz
balar, ya da DNA da ift zincir krklar gibi byk yapsal bozukluklar
oluabilir. Canl sistemlerin bu bozukluklar gidermek iin eitli onarm
mekanizmalar vardr.



1) Direkt onarm (Foto Reaktivasyon): Bilindii gibi mortesi
nlar bakterilerde mutasyonlara yol aar. Mortesi nlara maruz
braklan bakteriler, grnr k altna konulduklarnda mutasyon

ekil 8-37. Hcrelerin karlat balca zararl etmenler


oranlarnn dt, yani DNA hasarlarnn onarld gzlenir. Bu
gzlem zerine yaplan almalar DNA fotoliyaz enziminin varln
ortaya karmtr.

FADH
2
(Flavin adenin dinkleotid) kofaktr olarak kullanlr. FADH
2

mavi kta aktiflenir ve bu enerjiyi pirimidin (ounlukla timin)
dimerlerinin onarlmas iin kullanr. Bu onarmda bazlarn karlmas
gerekmez. Bu tr enzimlerin bir baka rnei, yine bakterilerde O
6
-
metilguanini direkt olarak onaran O
6
-metilguanin-DNA metil
transferazdr.

ekil 8-38. DNAdaki yapsal kusurlar.


2) Uyumsuzluk (Mismatch) Onarm
DNA polimeraz eleme srasnda yanl bazlar yerletirebilir
(rnein guanin karsna timin gibi). Bu uyumsuz bazlarn tannmas ve
dzeltilmesi eleme ileminin aslna sadkln 100 ile 1000 kat arttrr.
Uyumsuzluklar her zaman eski iplikik doru kabul edilerek yeni
sentezlenen iplikikteki bazn deitirilmesiyle dzeltilir. Fakat onarm
sistemi DNA iplikiklerinden hangisinin eski, hangisinin yeni
sentezlenmekte olduunu bilmelidir. E. colide iplikiklerin ayrt edilmesi
Dam metilaz ad verilen bir enzimin ilevi ile ilintilidir. Dam metilaz 5-
GATC sras iinde bulduu her adenin bazn N
6
konumuna bir metil (-
CH
3
) grubu ekler. Elemeden hemen sonra ilk birka dakika eski iplikik
metile olmu, yeni iplikik henz metillenmemi durumdadr (ekil 8-40).
Bu yzden ilk birka dakika sresince eski ve yeni iplikikler birbirinden
ayrlabilir.

ekil 8-39. Timin dimeri oluumu.


.

Uyumsuzluk onarmnn ana prensibi yanl elenmi bir baz
iftiyle karlaldnda (rnein G=T) eski iplikikteki baz doru kabul
ederek karsndaki baz deitirir. Uyumsuz bazlarn tannmasnda E.
colide 3 protein grev alr; bu proteinlerin birisi GATC dizilerine
balanarak iplikiklerin ayrmn salar (MutH), dieri yanl elenmi
bez dizilerine balanr (MutS), ncs dier ikisinin bir araya gelmesini
salar (MutL) (ekil 8-41). Endonkleazn at entik sonras
ekzonkleaz yeni sentezlenen iplikii ykar. Sonra bu boluk DNA

ekil 8-40. E. coli Dam metilaz enzimi ve DNA
metilasyonu


polimeraz III ile yeniden sentezlenerek doldurulur, ligaz ile birletirilir ve
onarm tamamlanm olur.
karyotlarda bu onarm yolu daha ok proteinin rol ald daha
karmak yapdadr. nsanda kalnbarsak kanseri bata olmak zere eitli
kanser trlerinde bu onarm yolunda ilev gren proteinlerde mutasyonlar
saptanmtr.
3) Baz kes-yama onarm: Bir bazn hidrolizle yerinden
ayrlmas, oksidasyonu, alkilasyonu gibi hasarlarn onarlmasna ynelik
bir mekanizmadr. Bu onarm yolunun anahtar enzimi DNA glikozilazdr.
DNA glikozilaz; hasar grm baz baz ile nkleotidin deoksiriboz paras
arasndaki N-glikozilik ba krarak ayrr. Bazn uzaklatrlmasyla
oluan AP-blgesi (Aprinik/apirimidinik blge) AP endonkleaz
tarafndan kesilerek kartlr, DNA polimeraz I tarafndan yeniden
sentezlenir, ligaz tarafndan balanarak onarm tamamlanr. (ekil 8-42)
4) Nkleotit kes-yama onarm: Timin dimerleri gibi yapsal
deiikliklere yol aan DNA lezyonlarnn karlmasn izleyerek salam
iplikiin kalp olarak kullanlmasyla yeni DNA sentezlenmesi ilemidir.
DNA zerinde yapsal hasar oluturan lezyon tanndktan sonra
TFIIH (RNA polimeraz IInin H ile adlandrlan transkripsiyon faktr)
onarma katlr. TFIIHnin sahip olduu alt birimler iplikikleri
birbirinden ayrr. Hasarl blgenin 3 ve 5 tarafnda birer kesi yaplarak
bu blge kartlr. Oluan boluk salam iplikik kalp olarak
kullanlarak


DNA polimeraz c tarafndan doldurulur ve ligaz ile balanr (ekil 8-42).
Bir transkripsiyon faktr olan TFIIHnin DNA onarmnda ve
hcre siklsnn dzenlenmesinde de grev aldnn bulunmutur. DNA
onarmnn bozulmu olduu Kseroderma pigmentosum hastalnn
yansra Cockayne sendromu ve trikotiyodistrofi gibi transkripsiyonun

ekil 8-41. Uyumsuzluk (mismatch) onarm


buzulduu hastalklar da ayn gen rnlerinin bozukluunun sonucudur.
5) Rekombinasyonla onarm: Diploid canllar olan karyotlarda
DNA ift zincir krklar ve tek iplikikte oluan lezyonlar; teki, salam
olan zincirle homolog rekombinasyon yaplarak onarlabilir.

ekil 8-42: Nkleotit-kes-yama onarm


DNA onarm bozukluuyla balantl olduu gsterilen baz
kaltsal hastalklar Tablo 8-7dedir.

Hastalk ad Hastaln belirti ve zellikleri
Ataksiya telenjiektazya (AT) nrolojik bozukluklar, ataksi,
telenjiektaziler, iyonlayc nlara
ar duyarllk, kendiliinden
oluan kromozom krklar
Bloom sendromu byme gerilii, gne nlarna
(UV) ar duyarllk, kromozom
bozukluklar
Fanconi anemisi Kemik ilii yetmezlii, anatomik
bozukluklar, mutajenlere duyarllk,
kromozom bozukluklar
Kseroderma pigmentosum (XP) gne nlarna ve UV-nlarna
ar duyarllk, gne gren deri
blgelerinde tahribat, uzunsrede
bu blgelerde %100e yakn
kanserleme olasl

Tablo 8-7. DNA onarm bozukluuyla ilgili hastalklara
rnekler.



9. Gen Mhendislii
9.1.Restriksiyon nkleazlar
Nkleik asitleri belirli baz dizilerini tanmadan zgn olmayan
biimde kran nkleazlarn yan sra son zamanlarda restriksiyon
nkleazlar ad verilen yeni bir (endo-)nkleaz eidi bulunmutur.
Bakteri hcrelerini yabanc (virs) DNAsna kar direnli klan bu
enzimler DNA moleklnde yalnz belirli baz dizilerine zgdr. Bu
zellik onlarn yapay gen aktarma ilemlerinde ve ayrca eitli DNA
molekllerinin primer yaplarnn incelenerek, baz dizilerinin
saptanmasnda byk bir nem kazanmalarna neden olmutur. Her biri
daha deiik bir baz dizisini tanmakla beraber, btn restriksiyon
nkleazlarnn ortak zellii DNAda tandklar baz dizilerinin ift ynl
bir simetri gstermesidir. Aada iki deiik restriksiyon nkleaznn
tandklar baz dizileri gsterilmitir (Tablo 9-1).

Restriksiyon nkleaz tipi ve
elde edildii mikroorganizma
DNAda tand dizi ve
krd ba
EcoR I (Escherichia coli)
+
5....G-A-A-T-T-C....3
3....C-T-T-A-A-G....5
|
Hind III (Haemophilus influenza)
+
5....A-A-C-G-T-T....3
3....T-T-G-C-A-A....5
|

Tablo 9-1. EcoR I ve Hind III restriksiyon nkleazlar.


Grld gibi, bu enzimlerin tandklar blgeler komplementer
iki DNA zincirinde belirli bir utan (5 ya da 3 ucundan) balayarak
okunduunda ayn baz dizisini iermektedir. Palindrom ( = ters ynde
okunduunda da ayn anlam veren) ad verilen bu dizileri tanyan
restriksiyon nkleaz, her zincirde tek bir fosfodiester ban krmaktadr.
Eco RI enziminin rneinde grlebilecei gibi, krlmann sonucu 5 ve
3 ularnda deiik uzunlukta, fakat birbirlerine komplementer
yapkan iki u ortaya kmaktadr.

(Restriksiyon enzimi, kraca yere bal olarak eit uzunlukta zincirler de
karabilir. Bir rnek altnda ortaya kan ular gsterilebilir).
Byle zgl dizilerin bir DNA molekl zerinde bulunma
olasl bu enzimler tarafndan DNA moleklnde krlmas szkonusu
yerlerin saysn belirler. rnein maymunlarda kansere yol aan SV40

+
5....G-A-A-T-T-C....3 5....G-
3
OH P
5
-A-A-T-C..3
EcoR I

3....C-T-T-A-A-G....5 3....C-T-T-A-A-
5
P OH
3
-G--5
|

+
5....G-G-C-C....3 Hae III 5....G-G-3-OH.... ..P5-C-C..3

3....C-C-G-G....5 3....C-C-5P OH3-G-G..5
|



virsnn DNAsnda (molekl arl = 3 x 10
6
dalton) Eco RIin
tand dizi says 1, -faj DNAsnda (molekl arl = 2,5 x 10
7

dalton) yine yalnz 5tir. T-7 faj DNAsnda (molekl arl = 2,5 x 10
7

dalton) byle tek bir dizi mevcut deildir. Restriksiyon nkleazlarn etki
mekanizmasnda bu dizi zgll sayesinde, onlarn krdklar DNA
molekllerinden yalnz belirli uzunluk ve sayda DNA paralarnn ortaya
kabilecei grlmektedir. Bu zellik, DNA zerinde baz dizilerini
tanmadan, yeterince zaman ve uygun reaksiyon koullar verildiinde,
tm DNA molekllerini yiyip, mononkleotitlere dntren dier
nkleazlarla, restriksiyon nkleazlarnn arasndaki en nemli ayrcal
belirlemektedir.
Konak hcrelerin d etkenlere (rnein virslere) kar
oluturduu restriksiyon nkleazlarna zg baz dizileri kendi DNAsnda
da bulunabilir. Hcre kendi DNAs bir z ykmdan byle blgelerde
bulunan bazlar metile ederek (onlara -CH
3
gruplarn ekleyerek) korur.
Son 5-6 yl iinde gerekletirilen aamalarn sonucu gnmzde
genlerin birincil yaplarn incelemek, mutasyona uram genlerde
mutasyonlarn etkiledii baz(lar) bulmak ve genlerin ierdii baz
dizilerini ok ksa bir srede saptamak mmkn olabilmektedir. Bu tip
almalar olas klan aamalardan birini restriksiyon nkleazlarn
bulunmas oluturur. Bu enzimlerin etkisiyle DNAy belirli zgn
paralara krmak ve daha sonra ortaya kan DNA paralarn molekl
arlklarna gre elektroforez yntemiyle ayrmak mmkndr (ekil 9-
1).
Bundan sonraki aamada, ayrlm paralar (ve onlarn gelde
verdii bantlar) arasnda zgn gen dizilerini ierenler belirlenir. Bu


amala nce elektroforez geli stlarak, DNA paralarnn denatrlemesi
ve ift sarmal yapsnn tek ipliklere dnmesi salanr. Daha sonra gene
zg diziye komplementer bir radyoaktif polideoksiribonkleotit zinciri
(Probe = komplementer DNA ya da cDNAy) ieren bir eriyiin gel
zerindeki DNA bantlaryla etkileimi ve komplementer dizilerin
hibritlemesi salanr.
9.2. Yksek organizmalara zg mRNAlarn saflatrlmas ve
radyoaktif cDNAlarn hazrlanmas:
Yukardaki tip almalar iin bir nkoulu zgn gen dizileri
ieren DNA iplik paralaryla birleerek onlarn yerini belirleyecek
radyoaktif cDNA rneklerinin hazrlanmas oluturur. Bunun iin izlenen
yollardan birisinde szkonusu genin transkripsiyon rn olan mRNA
saflatrlr. kinci aamada bu saf mRNA rnei kalp olarak kullanlarak,
zerinde RNAya baml DNA polimeraz (ters transkriptaz) enzimiyle
cDNA oluturulur. Normalde hcre iindeki binlerce deiik
makromolekl ve RNA molekl arasndan istenen mRNAy
saflatrmak olduka zor bir grevdir. Bununla birlikte szkonusu mRNA
ve zerinde bulunan ribozomlarn ( = zgn polizomlar) mRNAnn
ifreledii proteine zg antikorlarla keltmek olasdr.
Daha sonra kelekte bulunan polizomlardan fenol ile ztlenen
(ekstrakte edilen) mRNA, rRNA ve tRNA karm arasndan mRNAy
yaltmak gerekir. Bunun iin karyot mRNAlarnn ortak bir zelliini de


deerlendirmek mmkndr. karyot mRNA moleklleri bir iki ayrk
(istisna) dnda 3-ularnda eitli uzunluklarda bir poli(A) dizisi tarlar.
Bu dizinin mRNAy sitoplazmada 3-eksonkleazlarn etkisinden
koruduu sanlmaktadr. Szkonusu RNA karm selloz yatana ksa
deoksitimidilat zincirleri takl, bir kolondan geirildiinde, mRNA
moleklleri tadklar poli(A) dizilerinin dT-zincirleriyle etkileimi

ekil 9-1. Restriksiyon nkleazn etkisiyle ortaya kan paralarn
elektroforez ilemiyle ayrm. Elektroforezin
yrtld gel moleklsel elek ilevi grr ve gelin
oluturduu moleklsel rgnn gzeneklerinden en
kolay geebilen en ksa paralar en hzl devinimi
gsterir. Gel zerinde birbirlerinden ayrlm ve
boyanm DNA fragmentleri (2., 3. ve 4. bantlar) gene
zg dizileri iermektedir.


sonucu kolon zerinde kalr, rRNA ve tRNA kolonda tutulmadklar iin
tamponla aa ykanr. kinci aamada poli(A) ile dT-dizileri arasndaki
hidrojen balarn krarak mRNA kesimini saflatrm olarak kolondan
indirmek olasdr. ( ekil 9-2)
Saflatrlm byle bir mRNA zerinde daha sonra RNA tmr
virslerinden elde edilen ters transkriptaz (Temin, Baltimore 1969; Nobel
dl 1975) enziminin yardmyla ve radyoaktif deoksiribonkleotit
trifosfatlarn substrat olarak kullanlmasyla radyoaktif cDNA sentezlenir
(ekil 9-2).
Rekombinant DNA teknolojisi kullanlarak bir genin klonlanmas
4 aamada gerekletirilebilir.
1) Gen izolasyonu:
a) mRNAsndan komplementer DNA (cDNA)nn sentezlenmesi,
b) Gen ktphanelerinin kullanlmas: Aranan genin etiketli kopyas ya
da etiketli mRNAs elde mevcutsa tm genomu para para ieren
klonlar arasndan aranan geni ieren klon tespit edilip, bol miktarda gen
izolasyonunda kullanlabilir.
2) Uygun gen tama arac (Vektr):
a) Plazmitler: En ok kullanlan pBR322 plazmiti Ampisilin ve
Tetrasiklin antibiyotiklerine diren blgeleri ierir. E.colide ok kopyal
olarak bulunur. Pek ok restriksiyon enzimi iin tek bir kesme yerine
sahip olup, 6000 bpe kadar yabanc DNA paralar tayabilir.
b) Virsler: 1978de yaplan Asimolar konferasnsnda en az tehlikeli
ve en ok incelenmi virs olarak -faj kullanlmaya karar verilmitir.
DNAs 49 kb boyunda ift iplikli bir molekldr. Her iki ucunda
birbirlerine komplementer 12 nkleotitlik tek iplikli zincirlere sahiptir. Bu


ulara cos (cohesive = yapkan) ular denir. nfekte olmu hcrede
DNAlar cos blgelerinden birbirine bal pepee DNA zincirleri
halinde sentezlenir ve sonra faj halinde paketlenirler.

ekil 9-2. cDNA eldesi


c) Cosmidler: Plazmit ve fajlarn kullanl zelliklerini bnyesinde
toplayan melez bir vektrdr. 35 000 - 45 000 bpye kadar DNA
paralarn klonlamada kullanlabilir. fajn paketleyen enzimlerin cos
blgelerini tanmasndan yararlanlr. fajnn cos blgeleri rnein
pBR322nin tet
r
geni iine klonlanr. Amp
r
geni salam kalr. Yabanc
DNA nispeten byk paralara kesilip herbiri (biraz ans ile) cos blgeli
plazmit ile birletirilir. Bakteriler ekilerek ampisiline direnli, tetrasikline
duyarl olanlar seilir.
d) Ekspresyon vektrleri: Yabanc genin eklenecei blgenin nnde
tercihli bir promoter blge ieren yapay plazmitlerdir. Klone edilecek
genin rn olan proteinin sentezlenmesi arzu ediliyorsa ekspresyon
vektrleri kullanlr.

3) Genin hcreye sokulmas:
a) Plasmid ya da virslerle,
b) Kimyasal yntemle: Ca
3
(PO
4
)
2
kullanlarak DNAy tuzakladktan
sonra seici bir ortamda ( tk geni ile seerek),
c) Fiziksel yntem: Hcre ekirdeine sokulacak cam (ya da plastik)
mikropipetlerle (ular 0,1 - 0,5 mikron olmal) DNA injeksiyonudur.
Bu yntemle herhangi bir DNA paras herhangi bir hcreye direkt
olarak sokulabilir.
d) Fzyon ile: Lipozomlar ya da eritrosit hayaletler (ilerindeki
hemoglobin ve dier proteinler boaltlm, btnl korunmu eritrosit
membranlar) kullanlarak ierdikleri DNAnn hcre erimesi yntemiyle
dier bir hcre ile birletirilmesi yntemidir..



4) Geni ieren hcrenin seimi:
a) Antibiyotiklere direnlilik,
b) Seici ortamlar (rnein HAT: Hipoksantin, Aminopterin ve Timin)
ortamnda tk
-
hcreler reyemez. nk Aminopterin, dCTP dTDP
yolunu bloke eder.
Yabanc geni ieren hcre seildikten sonra uygun koullarda
saklanabilir ya da arzu edildiinde ad geen geni reten bir fabrika gibi
kullanlabilir. Gnmzde deerli proteinlerin genleri (inslin, byme
hormonu vb.) ekspresyon vektrlerine klone edilmi olarak mevcuttur.
Hatta eitli firmalardan creti denerek temin edilebilir.

9.3. Kaltm Mhendislii
Trler kendilerine zg kaltsal bilgileri tayan DNA
moleklnn korunmasnda zellikle titiz davranrlar. Yksek
organizmalarda bu tutumu cinsel iftleme mekanizmalar yanstr: Ancak
ayn trn bireyleri arasndaki kromozom birlemeleri yeni bir bireyin
oluabilmesini salar. Mikroorganizmalarda genelde ayn trn bireyleri
arasnda bile kromozoma zg kaltsal bilgi alveriinin olmad
grlmektedir. Bu bakmdan bir ayrk oluturan ve konjgasyon ad
verilen olayda F-faktr olarak tanmlanan epizomun donr hcrelerinden
akseptr hcrelere aktarlabildii grlr.
Son yllarda kaltsal bilgi mhendislii olarak tanmlanabilecek
almalar sonucu trler arasndaki bu engel alm ve molekler biyoloji
alannda gelitirilmi yntemler sayesinde deiik organizmalardan elde
edilen DNA moleklleri ve ierdikleri bilgi bir mikroorganizmaya


aktarlabilmitir. Byle bir bilgi transferinin gerekleebilmesi iin baz
koullarn yerine getirilmesi gerekir;
1. ki deiik organizmadan elde edilen DNA molekllerini zel
yntemlerle birbirlerine eklemek (ekil 9-3),
2. Deney tpnde oluturulan hibrit DNA molekln hcre iine
sokmak (ekil 9-4),
3. Hcre iine sokulmu yabanc DNA moleklnn hcredeki
replikasyonunu ve ierdii genlerin ekspresyonunu salamak,
4. Yabanc DNA moleklyle yeni zelliklerin aktarld
hcreleri dier hcrelerden ayrt edebilmek (ekil 9-4).
eitli enzimlerin yardmyla DNA molekllerini bir deney
tpnde birbirlerine eklemek iin uygulanan balca iki yntemden birinde
halkasal nitelikteki bir DNA molekl, rnein bir plazmit, nce
endonkleazlarn etkisi altnda krlarak dorusal bir biime evrilir. DNA
ipliklerinin 5 ularnn zel bir ekzonkleazn etkisi altnda yklmas
sonucu 3-ular serbest kalarak tek iplik ekline dnr. 3 ularna
terminal transferaz enzimiyle belirli uzunlukta tek bir baz tipi ieren
nkleotit zinciri (rnein AAA) eklenir. Ayn ekilde ikinci, yabanc bir
DNA moleklnn 3 ularna birinci molekln 3 ularnda bulunan
bazlara komplementer (bu rnekte: TTT) nkleotitler eklenir. 3 ular
komplementer nitelikteki bu iki DNA moleklnn bir araya
kartrldklarnda birletikleri grlr. Aradaki boluklarn DNA
polimeraz tarafndan doldurulmas ve ularn ligaz tarafndan
birletirilmesi sonucu iki deiik DNA moleklnden oluan hibrit bir
DNA molekl ortaya kar (ekil 9-3). Byle hibrit DNA moleklnn
bakteri hcrelerine sokulmas amacyla sz konusu bakterilerin membran


geirgenlii CaCl
2
tuzunun etkisiyle arttrlr. Bu sayede DNA gibi
makromolekllerin hcre iine sokulabilmeleri olas olur (ekil 9-4).
Normalde DNA moleklnn yabanc bir organizmada replikasyonu ve
tad genetik bilginin ekspresyonu (RNA ve protein molekllerine
evrilmesi) olas deildir. nk, organizmann bir DNAdaki bilgiyi
deerlendirebilmesi ancak DNAnn bu organizmaya zg iaretleri (zel
baz dizileri) iermesi durumunda sz konusu olur. Yabanc bir DNA,
hcreye zg bir DNA moleklne, rnein bir plazmite, yukardaki
yntemler yoluyla eklendiinde bu koul yerine getirilir. Yabanc bir
kaltsal bilginin bir bakteri hcresine sokulup deerlendirilmesi sonucu
byle bir bakteri yeni zellikler kazanr. Bu hcrenin blnerek oalmas
sonucu ortaya kan hcreler de ayn zellikleri tarlar. (Belirli zelliklere
sahip bir hcrenin oalmasyla oluan ve ayn zelliklere sahip hcre
grubuna klon ad verilir). Normalde CaCl
2
tuzunun varlna karn hibrit
bir DNA moleklnn bir bakteri hcresine girme olasl ok azdr. Tm
hcreler byle bir DNAnn aktarlma deneyinden sonra, yalnz aktarlan
yeni zelliklere sahip hcrelerin yaamasna imkan veren bir ortamda
yetitirildiinde, seleksiyon sonucu yalnz bu yeni tip hcreler sa kalp
oalacandan, gen aktarmann baar ile sonulanp sonulanmadn
saptamak yine de olas olur. rnein tetrasikline kar direnlilie (yani
tetrasikline kar bir R-faktrne) sahip bir E.coli hcresine ayrca
kanamisin direnlilii aktarlsn. Bunun iin ilk aamada kanamisine kar
direnli hcrelerden elde edilen plasmit DNAs tetrasikline direnli
hcrelerden elde edilen plazmit ile birletirilir.



ekil 9-3. Rekombinant DNA moleklnn hazrlanmas


ekil 9-4. Ana hatlaryla gen aktarma ilemi.


Hibrit plazmit tetrasikline direnli E.coli hcrelerine sokulduktan sonra
hcreler gerek tetrasiklin ve gerekse kanamisin ieren bir ortamda
yetitirilir. Bylelikle hibrit DNAnn aktarld, yani her iki antibiyotie
de direnli hcreleri yalnz tetrasikline direnli olanlardan armak ve bu
tip hcreleri klon halinde elde etmek mmkn olur. lk nce bir
mikroorganizma trnn deiik tipleri arasnda gerekletirilen bu gen
aktarmalar son zamanlarda daha da gelitirilmi ve karyotik DNAy da
bakteri hcrelerine aktarmak mmkn olmutur. rnein hemoglobin
genini mikroorganizmalara aktararak karyotlara zg bu proteini bakteri
hcrelerinde oluturmak gibi. Kaltm mhendislii karyotlara zg
proteinleri (rnein hormonlar) bakteri hcrelerinde ok miktarda
oluturmak olanan vermektedir.

9.4. Gen mhendisliinin uygulama alanlar:
1. Kaltm mhendisliiyle bir yabanc gen ile donatlan bir bakteri
hcresinin oalmasna kout olarak yabanc genin de saysal oalmas
olas olur. Dolaysyla tpk bir hcre tipinin klonlanmasndan esinlenerek,
byle bir genin saysnn (tand hcrenin blnmesine baml olarak)
artmas da Rekombinan DNA Teknolojisi. Gen klonlanmas
yntemleriyle bir genin kopyalarnn bu ekilde oaltm genin yapsnn
incelenmesi (rnein gen haritalanmas ya da baz dizi analizi) iin yeterli
miktarda maddenin eldesini mmkn klar. (Klon: tek bir |ata| hcrenin
oalm sonucu oluan ve hepsi bataki |ata| hcrenin zelliklerine sahip
hcrelerin oluturduu grup ya da topluluk |poplasyon|).
2. Daha verimli, daha ekonomik sanayi bakteri sularnn
gelitirilmesi. Endstriyel mikrobiyoloji gnmzde gittike nem


kazanan ve nmzdeki yllarda lkelerin ekonomilerinde ve daha
nemlisi salk konularnda daha da n plana geecek bir sanayi daldr.
Bakterilerin katlmyla retilen eitli ila hammaddeleri arasnda; btn
antibiyotikleri, vitaminleri, tberklostatikleri, mantar infeksiyonlarnda
etkin maddeleri, baz antiseptikleri saymak olasdr. Bunun yan sra,
havadaki N
2
i alarak amino asitler zerinden proteinlere dntren
bakteri tipleri, ileride alkla ve zellikle protein yetmezliiyle savamda
ok nemli bir rol oynayabileceklerdir. Bu tip sanayi bakterilerinde etkin
maddelerin oluumunda rol oynayan enzimleri ifreleyen genler negatif
bir denetim altnda olduklarnda, enzimlerin ancak indksiyon yoluyla
(hcresel gereksinimlere baml olarak) sentezlenmeleri mmkndr.
Dolaysyla byle bir mekanizma -gerekli enzim molekllerinin yeterli
sayda olmamalar- etkin maddenin oluumunu snrlayc faktr niteliini
kazanabilir. Bu tip enzimleri ifreleyen genlerin etkinliklerinin
dzenlenmesini salayan zgn balang (operatr) dizilerinin kaltm
mhendislii yoluyla deitirilmesi enzimlerin (konstittif biimde)
srekli oluumunu ve etkin maddelerin sentezinde de verimliliin
artmasn salamaktadr. Baka bir yaklamda belirli bir etkin maddenin
daha abuk ve etkin olarak sentezini salayan ek enzimleri ifreleyen
gen(ler) yine kaltm mhendislii yoluyla eitli bakterilerin genomuna
katlmtr.
3. Bu ynteme en byk nemi kazandran bir zellii hi
kukusuz insanda kaltmsal hastalklarn tedavisinde getirdii yeni
olanaklar oluturmaktadr. nsanda gnmze dek ikibine yakn kaltmsal
hastalk bulunmutur. Btn bu hastalklar, genlerdeki mutasyonlar


sonucu, gen rn olan proteinlerin eksik, bozuk ya da hi
yaplamamasndan kaynaklanr.
Bu proteinlerin bazlar hcre dna salglanarak (protein
hormonlar rneinde olduu gibi) etkilerini hedef hcrelerin yzey
reseptrleriyle etkileerek gsterir. Dier bazlar ise, (koaglasyon
faktrleri rneinde olduu gibi) kanda ya da hcreler aras svda
etkindir. Bu tip hcre d blmlerde etkinlik gsteren proteinlerin
eksikliklerine dayanan hastalklar bu proteinleri baka kaynaklardan
salayarak hastalara vermekle tedavi edilebilir. Yalnz bunun iin kaynak
sorununun zmlenmesi gerekir. ekerli diyabet olgularnda hastalarn
inslin gereksinimi yllarca -inslinin etkisi iin tr zgnl
gstermedii iin- sr ya da domuz pankreasndan elde edilen inslinle
karlanmtr. Bununla birlikte uzun sre -ar olgularda inslin yaam
boyu verilir- bu hastalarda tre zg olmayan insline kar oluan
antikorlar nedeniyle tedavinin etkinliini yitirdii grlr. Kaltm
mhendislii yoluyla insan inslin genini bakteri plazmitlerine takarak
insan inslinini bakteride retmek gnmzde olanak iine girmitir.
nsana zg bir genin plazmite taklarak inslin sentezinin bakteride
gerekletirilmesinde eitli tekniklerin ustalkla uygulanmas gerekmitir.
nce inslinin organizmada (yaklak 84 amino asit ieren) bir nc
protein molekl olarak sentezlendiinin vurgulanmas gerekir.
Sentezlenen proinslin moleklnn sentez tesi mekanizmalarla
krlmas sonucu ortaya biyolojik adan etkin inslin kar.
Etkin inslini ekilde grld gibi proinslinin orta blgesinden
yaklak 30 amino asitlik bir polipeptidin kopmasyla ortaya kan iki
polipeptid zinciri oluturur. Etkin moleklde bu zincirler iki -S-S-


kprsyle birlemitir. Bu zincirlerin olduka ksa olmas (uzun zincir
30, dieri 21 amino asit ierir) nedeniyle kaltsal szle bakarak bu
zincirleri ifreleyerek polideoksiribonkleotit dizilerini kimyasal yollarla
sentezlenebilmitir. Oluturulan bu DNA zincirleri ayr ayr yukarda
anlatlan yntemlerle lac-operonunun iinde |-galaktosidaz dzenlenmesi)
taklmtr. (Normalde bu dizilerin -balarnda bakteriye zg promoter
blgelerine sahip olmamalar nedeniyle transkripsiyonu szkonusu
olamayacakt). Bylelikle insline zg bu dizilerin bakteri hcresinde |-
galaktosidaz enziminin bir paras gibi sentezi salanmtr. (ekil 9-5).
Daha sonra ekil 9-6de grld gibi bakteri hcresinden oluan hibrit
polipeptit zinciri protein kimyasnda ok sk uygulanan bir yntemle
metyoninin bulunduu blgelerden krlmtr (Sentetik olarak inslin
dizisinin bana ve sonuna metyonini ifreleyen ek szckler takld iin
insline zg polipeptid zinciri tmyle aa kmtr. nslinin birincil
yapsnda metyoninin bulunmamas bu giriimin baarsn belirleyen
balca bir faktr olmutur. Her biri ayr ayr sentezlenen iki zincirin
saflatrlarak birletirilmesiyle de normal insan inslinini elde etmek
olanakl olmutur. Halen benzer yntemler insan byme hormonu ve
insan interferonlarnn retimi iin de uygulanmaktadr.



9.5. Zincirleme Polimeraz Reaksiyonu (PCR)
Bir DNA parasnn baz dizisi korunarak byk miktarda
oaltmak amacyla kullanlan bir tekniktir. Pek ok alanda yaygn
kullanm yeri bulmutur (ekil 9-7).
Bu yntemde DNA zincirlerinin saflatrlmas gerekmez. nk
sadece primerin baland DNA paras 5 ucuna okunup yenisi
sentezlenir. Tek koul, amplifiye edilmek istenen DNA parasnn
nndeki dizinin bilinip komplementerinin (oligonkleotid) yaptrlmas.
Alternatif: - Genomdaki baz tekrarlanan diziler rn.ALU segmentleri
Achored PCR (Revers Tase)
9.6. DNA Dizi Analizi (Sanger Yntemi):
M13 faj 6704 nkleotid boyunda, halkasal ve tek iplikli DNA
ierir. evresindeki kapsit sadece 3 genin rn olan 3 proteinin oklu
kopyalarndan oluur. E. coliyi infekte ederken, iki hcreyi eeysel
konjugasyon srasnda birletiren piluslardan DNAsn ieri sokar. Bu (+)
iplii hcrede kalp olarak davranr ve (-) iplii sentezleterek ift
iplikikli DNA ara formunu olutururken hcre DNAsna katlmas
gerekmez.
Dizisi belirlenmek istenen DNA EcoRI endonkleaz ile
kesilir ve M13 fajna aktarlr (ekil 9-8). M13 fajndaki kesim
blgesinin hemen nndeki diziye komplementer bir primer seilerek
aktarm sonras Sanger yntemiyle dizi belirlenir (ekil 9-9). Dizisi
belirlenen pararn sralamasnn bilinmesi iin ise ayn genetik
materyelin baka bir restriksiyon endonkleaz ile kesilerek dizisinin
karlmas ve stste binen blgelerin karlatrlmas gerekir.



| | |
P O Z (|-galaktozidaz geni) insline zg dizi (plazmid DNAs)

halkalama

|-galaktozidaz geni P O Z

plazmid
DNAs insulin

hcreye giri

insulin DNAs

Gen ekspresyonu

|-galaktozidaz (1000 amino asit)

Met Met Met

Siyonojen bromit tepkimesiyle polipeptit zinciri
metiyonin bulunduu yerlerden krlr.

a kan insulin zinciri

ekil 9-5. nslin eldesi


9.7. Kaltmsal hastalklarn doum ncesi (prenatal) tans
Kaltmsal hastalklar; hastann, bozukluun fiziksel ve ruhsal
basksn yaam boyunca tamasna, evresine ve topluma genellikle
yaam boyu klfet olmasna neden olan hastalklardr. Ar homozigot
olgular, erken yata lme neden olabilir. Hafif, sessiz olgularda ise,
hastann erikin yaa erierek ocuk sahibi olmas mutant genlerin sonraki
kuaklara gemesiyle sonulanabilir. Saaltm gnmzde daha mmkn
olamadndan, bir toplum sal sorunu oluturan bu tip hastalklar
nleme yoluyla denetim altna almak abalar son yllarda arlk
kazanmtr. Aile planlamas bir yana, bu yndeki almalar n planda
doum ncesi tanda younlamtr. Bu amala hamileliin 14 -
15. haftasnda amniyosentez yntemiyle yaklak 25 ml amniyon svs
alnr (lem srasnda zarar vermemek iin nceden fetusun konumunun

ekil 9-6. Proinsulinden krlma sonucu etkin inslin
olumas.


ekil 9-7. Zincirleme Polimeraz Reaksiyonu (PCR)


ekil 9-8. Dizisi karlacak DNAnn M13e sokulmas


ekil 9-9. Sangerin DNA dizi analiz yntemi


rnein sonogram |ultrason| yoluyla saptanmas gereklidir) (ekil 9-10).
Alnan sv iinde bulunan fetusa zg canl fibroblastlarn
kltrde yetitirilmesi ve kromozomlarnn (karyogramda) incelenmesi
sonucu 40 yann stndeki annelerde olasl ok artan trizomi 21
(Down sendromu ya da mongolismus) gibi kromozom anormalliklerinin
zamannda tannarak aborsiyon yoluna gidilmesi mmkn
olabilmektedir. Bunun yan sra gene bu hcrelerdeki kromozom
incelemeleriyle (ya da Barr cisimciinin varlnn aratrlmasyla, a)
fetusun cinsiyetinin saptanmas, hemofili ya da ilerleyici (progresif) kas
distrofisi (Duchenne) gibi, X-kromozomuna bal olarak iletilen ve
tayc annenin erkek cocuunda yaklak % 50 olaslkla ortaya kan,
kaltmsal hastalklarn da erken tansn olas klar.
Amniyon svsndaki biyokimyasal incelemeler ile kaltmsal
hastalklara dayanan eitli ztrmsel (metabolik) bozukluklar
saptanabilir. Bu yntem; sklk dereceleri yksek olmayan bu
hastalklarn yan sra orak hcre anemisi ve talasemi gibi (Trkiyenin
de belirli yrelerinde) ok sk grlen baz kaltsal kan hastalklaryla
savamda byk bir nem kazanmaya adaydr. Yalnz bu hastalklarn
tansnda hemoglobin bozukluunun saptanmas iin fetus kannn eldesi
gereklidir. Gnmzde bu amala gelitirilmi olan fetoskop cihaz
ineyle amniyon kesesine girildikten sonra plasentann yzeyinin
gzlenmesini salayan optik bir aygtla donatlmtr. Bylelikle
plasentann yzeyindeki fetal arterlerden ponksiyonla hematolojik
incelemeleri olanakl klacak miktarda kan alnabilir. Bununla birlikte bu
son yntem (fetoskopi) byk beceri ve deneyim gerektirir ve usulne
uygun olarak uyguland zaman bile yksek oranda (% 10) fetusun


lmne yol aabilir. Genlerin haritalanmasn ya da DNAda baz
dizilerinin saptanmasn olanakl klan yntemlerin yardmyla ise
dorudan fetus fibroblastlarnn DNAsnda mutan genlerin varl
saptanabilmektedir. Bylelikle talasemide ve orak hcresi anemisinde de
doum ncesi tan normal (fetusun lmne yol ama tehlikesi ok daha
az olan|%1|) amniyosentez yoluyla olanakl olmaktadr.
Chorion biopsisi - amniyosentez ile tan konabilen hastalklar:
I) Byk kromozom anomalileri (say ya da yap kusurlar): Down
sendromu (Trisomi 21). zellikle anne ya ile orantl olarak artar.
II) AFP ( alfafetoprotein ) dzeyinin llmesi ile tannan
malformasyonlar: Nral tp defektleri, anensefali, spina bifida vb. Bu
hastalklarda AFP dzeyi artar.



III) Cinsiyete bal bozukluklar: X kromozomu ile tand iin
erkeklerde daha sk grlr. Hemofili vb. Barr cisimciine baklarak
fetusun cisiyeti de saptanr.
IV) Biyokimyasal kusurlar. Genellikle bir enzim eksikliinden
kaynaklanrlar. DNA analizi ile tannabilirler.
9.8. Doum ncesi tan yntemleri
nsan genomundaki total baz says yaklak 3.10
9
bp (baz ifti)
dzeyindedir. Gen saysnn ise 50.000 olduu dnlmektedir.
Bunlardan yaklak 3500 gen ecere (pedigree) analizi ile saptanmtr.
600 genin zgl kromozomlardaki yerleimleri baarlmtr.
Klasik kromozom bandlama yntemi ile: kromozom bana 15-20
band grldn varsayarsak; yaklak bir hesapla,

ekil 9-10. Chorion biopsisi - amniyosentez uygulanmas


3.10
9
baz ifti
= 6.10
7
baz ifti/kromozom bulunur.
46 kromozom

Her kromozomda 15 band grlebiliyorsa;

6.10
7

= 4.10
6
baz ift/tek bir band (yani bir tek band 4 milyon
15 baz iftine karlk geliyor)

bu da ok kaba bir tahminle her bir gen iin 10000 bp olduunu
varsayarsak, 4.10
6
bp = 400 gen sonucu elde edilir ki, 1 kromozom band
aslnda 300 geni temsil ediyor demektir. Halbuki rekombinant DNA
yntemleri kullanlarak tek tek genleri hatta tek bazlarn yerleimlerini
dahi izlemek olanakldr. (Genetik Haritalama iin bak. ekil 9-11)
Kaltsal hastalklarn doum ncesi tansnn yaplabilmesi iin
gerekli olan fetsn hcreleri: fetoskopi (kordon kannda rnekleme),
Amniyosentez (karndan girerek amniyon svsnn 1/10unun alnmas)
ve chorion biopsisi (chorion villuslarn krete edilmesi) yntemlerinden
birisi (duruma uygun olan) kullanlarak elde edilir.
Kaltsal hastalklarn ou tek gen kusurlarndan kaynaklanr ve
kesin tedavileri (gnmz teknii ile) olas deildir. Bunlarn byk
ounluu ok nadir hastalklar olmakla birlekte, bazlar blgesel olarak
artma gsterebilirler. rnein Talassemiler Akdeniz evresinde nfusun
% 20sini etkilemektedir. Tay-Sachs Hastal Eskinazilerde (Polonyal
yahudilerde) % 4tr.


Kaltsal hastalklar tbbn ok gelitii gnmzde artmaya
balamtr. Zira hasta kiiler ocuk sahibi olabilecek uzunlukta
yaayabilmektedirler. Bu durumda yaplmas gereken fetusun DNAsnda
yaamla badaamayacak bir kusur olup olmadnn en erken devrede
aratrlmasdr. 3 milyon gen iinde kaybolmu bir tek baz kusuru nasl
tannabilir:
Gen kusurlarnn lokalizasyonu; Aranan genin dizisinin bilinip
bilinmemesine gre farkllklar gsterir. Buna gre;
1) Aranan genin dizisi biliniyorsa,
a) Tam mutasyon noktasnn tannmas:
yi bir ans yardmyla tam mutasyon noktasn
tanyan restriksiyon enzimi bulunursa kullanlr.



ekil 9-11. Genetik haritalama


Bu yntem tannn doruluk derecesini artrr ve uygulama kolayl
salar. rnek olarak HbS (orak hcre anemisi)nin MstII restriksiyon
enzimi kullanlarak tannmas (ekil 9-12, 9-13).
Dizisi bilinen genin kusur blgesinin 19 nkleotitlik sentetik
komplementeri temin edilir (arzu edilen dizi DNA sentezleyen bir
kurulua smarlanabilir). Farkl kusurlar iin farkl oligonkleotidler
sentezleneceinden, her aile iin o aileye zg kusuru tanyacak bir
oligonkleotit salanmaldr (ekil 9-14, 9-15).
2) Aranan gen hakknda ok az ya da hibir bilgi yoksa, Gen
b) Sentetik oligonkleotidler yardmyla mutasyon blgesinin
ktphaneleri yardmyla RFLP (Restriksiyon paralar uzunluk
polimorfizmi) yntemi.
Kusurlu gen yaknnda sadece kusurlu kiilerde belirli bir
restriksiyon enzimi iin yeni bir kesim yeri olumas ya da mevcut kesim
yerinin ortadan kalkmas sonucu oluan DNA paralarnn normalden
farkl boylarda olmasndan yararlanan bir yntemdir. Dier bir deyile,
restriksiyon kesim yeri (herhangi bir mutasyon sonucu kaybolan ya da
yeni oluan) kusurlu gen iin bir marker (iaret) olarak kullanlr (ekil 9-
16 ve ekil 9-17). Kusurlu gen, iarete ne kadar yaknsa, nesilde nesile
aktarlrken rekombinasyon srasnda beraber kaltlma olasl da o
kadar fazla olur. Genetik rekombinasyon (aprazlama) mayoz srasnda
oluur ve her mayozda yaklak 10
8
bp iin 1 aprazlama meydana gelir.
rnein kusurlu gen ile marker blge aras 5000 bp ise, bunlarn
rekombinasyon olasl (10
8
/5.10
3
= 20000) 20000de 1 (yani 20000
mayozda 1 kere kusur ile iaret ayr debilir) dir ki, bu da ok az bir


olaslktr. O halde, RFLP olduka doru bir yaklam olarak
kullanlabilir.

ekil 9-12. Hemoglobin |-altbirim mutasyonlarnn tannmas


ekil 9-13. Faktr VIII mutasyonlarnn tannmas.


HUGO Projesi:
nsan DNAsn oluturan yaklak 3 milyar baz tek tek okumak
ve kataloglamak amacyla 1988 ylnda James D. Watson nderliinde
bir proje balatld. Bu projeje HUGO (HUman Genom Organisation) ad
verildi. ok merkezli srdrlen bu proje DNA dizi okuma teknolojisinin
gelimesini hzlandrd. Projenin 2005 ylnda bitirilmesi ngrlyor.
Proje bitirildiinde elde edilecek bilgiler btn insanl
etkileyebilecektir.

ekil 9-14. Mutasyonlarn saptanmasnda genin PCR
yntemi ile oaltlp dizi analizi yaplmas


ekil 9-15. Sentetik oligonkleotidler yardmyla mutasyon
blgesinin tannmas


ekil 9-16. RFLP yaklamnn temeli


ekil 9-17. RFLP ile orak hcre anemisi tansnn konmas


9.9. nsan Gen Tedavisi
lk Kuak Gen Tedavisi:
Hastann somatik (remede grevli olmayan) hcrelerindeki
dzeltme ve onarmlar kaltlmaz, oysa reme hcrelerindeki
deiiklikler daha sonraki kuaklara aktarlr.
Yakn gelecekte deitirilecek gen her an ak tipte olmaldr.
yani bir baka genin kontrolunda olmamaldr. Hormonlar (inslin vb.) ve
globin genleri (o/| ~ 1) iin gen terapisi birden ok genin katlmn
gerektirdiinden yakn gelecekte gerekleme olasl azdr.

Gen Tedavisi in Aday Hastalklar:
Faktr VIII Eksiklii (Hemofili): Faktr VIII eksiklii phtlama
bozukluuna yol amaktadr. Ancak srekli ekspresyona bal yksek
dzeyin sorun yaratmayaca dnlmektedir.
HPRT (Hipoksantin-Guanin Fosforibozil Transferaz) Eksiklii
(Lesch-Nyhan Sendromu): Bu enzim prin sentez yolanda grev alr ve
eksiklii dokularda rik asit birikmesine neden olur. Bunun sonucu
olarak hiperrisemi, mental retardasyon, spastisite grlr. Bugn iin
saaltm olanakl deildir.
PNP (Purin Nkleosid Fosforilaz) Eksiklii: Bu hastalkta prin
metabolizmas bozulur, rik asit oluumu azalr, dGTP birikir ve T
lenfositlerini toksik etki yaparak, bak yetmezlik oluturur.
ADA (Adenozin DesAminaz) Eksiklii: dATP artna bal
olarak T ve B lenfositlerinde ilev bozukluu grlr. Bak yetmezlik
ortaya kar.


Fenil ketonri: Fenilalanin hidroksilaz (PH) eksiklii sonucunda
fanilalanin ve dier metabolitler kanda ve dokularda birikir. Sinir
dokusuna toksik etkileri nedeniyle mental retardasyonu yol aarlar.

Halen gen transferinde kullanlabilen yegane insan dokular deri
ve kemik ilii hcreleridir. Dier hcrelerin kltrde yaatlp
organizmaya geri verilmeleri henz olanakl deildir.
deali: Gen organizmaya injekte edilmeli (V) doku ya da hcreye
zg olmal (seks hcrelerine gitmemeli) 23 ift kromozomda ~ 60.000
fonksiyonel gen ieren genomda tek bir baz hatas olmadan doru yere
yerlemelidir.
kinci Kuak Gen Tedavisinde Olas Yaklamlar:
1) Hedefe Gen Yerletirilmesi ve Tripleks DNA: Bu amala
gelitirilen bir teknikte, genin yerletirilmek istendii blgenin baz
dizisine uygun bir vektr hazrlanr. ekil 9-18de hedef genin iki
ekzondan olutuu grlmektedir. Hazrlanan vektrde 2. ekzonun iine
neomisin diren geni (neo
r
), vektrn ucuna da timidin kinaz (tk) geni
yerletirilir. Vektr fare embryo hcrelerine sokularak homolog
rekombinasyonla yerine yerlemesi beklenir. Doru blgedeki
rekombinasyon srasnda tk geni karlmaldr. Sonra neomisin ve
gansiklovir ieren ortamda vektr alan hcreler seilir. Vektr alan
hcreler neomisine direnli olacaktr, vektr doru yere yerlemi ise
alan hcreler, karlan tk geni nedeniyle gansiklovire de direnli olurlar.


Beyin tmrlerinde gen tedavisi: Beyin tmrl hastalarn tmr
hcrelerine retrovirustan oluturulmu bir vektr yardmyla timidin
kinaz (tk) geni aktarlr. Sonra gansiklovir ile sanki bir viral
infeksiyonmu gibi tedavisi salanr. Gansiklovir timidin kinaz enzimi ile
fosforillenerek DNA sentezinin gl bir inhibitrne dnt iin
yalnz tk geni alm hcreleri etkiler (ekil 9-19). Bu yntemle ikisi
metastatik 8 hasta tedavi edilmitir.

ekil 9-18. Hedefe gen yerletirilmesi.


Bu yntem tmr hcreleri kadar olmasa da normal hcrelerin de
oalmasndan dolay yaygn kullanlamamaktadr. Ancak ar oalan
hcrelerin bulunduu blgenin tecrit edilebilmesi durumunda
uygulanabilir. yi bir rnek restenozise ker domuzlarda uygulanm ve
%50-90 baar salamtr. Bu yntemle angioplastiden sonra ift balonlu
ve ntl zel bir katater ile adenovirusa benzer bir virusa taklm tk
ortama verilmesinden sonra yukarda anlatld gibi gansiklovir ile ar
oalan dz kas hcreleri yok edilir (ekil 9-20).

ekil 9-19. Beyin tmrlerinde gen tedavisi.


ekil 9-20. zel katater yardmyla artere gen tedavisi


Dier yaklamlar arasnda plak DNA as, insanslatrlm ya
da mini antikorlar, anti sense RNA ve tripleks DNA tedavisi saylabilir.
Bunlar sihirli mermiler olarak da adlandrlmaktadrlar.

Tripleks DNA Tedavisi, prin bazlarnn byklklerinden dolay
iki pirimidin bazyla ayn anda hidrojen ba kurabilmeleri temeline
dayanr. DNAda transkribe edilmesi istenmeyen (rnein viral DNA)
blmne komplementer, A = T baz ifti iin timin, G C baz ifti iin
sitozin bazlar kullanlarak ksa bir DNA paras sentezlenir. Baz
tripletlerinin olumasyla iplikiklerin birbirinden ayrlmas ve
dolaysyla transkripsiyon engellenir. (ekil 9-21)
2) plak DNA As uygulamasnda mikroorganizma DNAs
dorudan ilgili hcrelere sokularak bu DNA rnleri immun sisteme
tantlr (ekil 9-22).
3) Antisense (zt anlaml) RNA tedavisi 1980lerde kk nkleer
RNAlarn (snRNA) gen ekspresyonunu dzenlediinin gzlenmesi ile
balamtr. Hcreye zararl protein reten mRNAy ya da onun genini
n okunmasn engellemek zere hcresel enzimlerle sindirilemeyecek
(fosfadiester balarnda S
-
, CH
3
ile deitirilmi ) ufak komplementer
RNA ya da DNA paralarnn hcreye verilmesinden ibarettir. ( ekil 9-
23)



ekil 9-21. Tripleks DNA tedavisi


ekil 9-22. plak DNA As


4) Monoklonal antikor retim teknikleri gelitirildikten sonra bu
antikorlarn tedavide kullanmlar dnlmtr. Ancak fare kaynakl
antikorlar bak tepkimelere neden olduklar iin, antijeni tanyan ar
deiken (hipervariable) blgeler ya tek balarna ya da insan
antikorlarnn kristalleebilen blgeleri (Fc) ile deitirilerek kullanlr.

ekil 9-23: Antisense RNA tedavisi


kinci Kuak Gen Tedavisinin Yakn Bir Gelecekteki Hedefleri:

Ailesel Hiperkolesterolemi hastalnda karacier hcrelerinde
LDL reseptrleri eksiktir. Retroviruslara taklan LDL reseptr geniyle
karacier hcrelerinin infeksiyonu sonucunda 10
-3
- 10
-4
hcrede LDL
reseptr ekspresyonu gzlenmitir.
Deri kanserinde immun sistemi uyarmak amacyla rn antijenik
olan bir gen zerinde allmaktadr.
Meme ve yumurtalk kanserlerinde kemik ilii hcrelerinin
yksek doz kemoterapiyi tolere edebilmelerini salamak amacyla MDR
geni zerinde allmaktadr.
AIDSte antisense RNAlar ile CD4 lenfositlerdeki viral
replikasyonu engellemek amalanmaktadr.
Beyin kanserinde yukarda deinilen tk geni ile ilikili tedaviler
gndemdedir.



10. Hcreden yksek canllara gei
Bir bakteri hcresinin sahip oldu ilevler yaam ve oalmas
iin en gerekli olanlarla kstldr. lev zenginlii ise deiik grevleri
stlenmi farkl hcre topluluklarnn varl ve ibirliiyle salanabilir.
Byle hcre topluluklar (dokular), stlenmi olduklar deiik grev ve
ilevlere bal olarak deiik yap ve morfolojik grntye sahip olan,
farkllam hcreler ierir. Hcre topluluklarnn rgtlenmesiyle ortaya
kan canllar yksek (ok hcreli) canllar olarak adlandrlr.
Yksek canllar oluturan hcrelerin bir zelliini, kendine zg
bir membranla hcrenin dier blmlerinden ayrlm, bir ekirdein
varl belirler. Bu tip hcreler ekirdekli (karyotik) hcreler, yksek
canllar ise karyotik canllar olarak adlandrlarak, ekirdeksiz
(prokaryotik) hcrelerden oluan (mikro)organizmalardan ayrlr. ok
hcreli canllar genelde karyotik olarak tanmlamak mmkn olmakla
birlikte, her karyotik canl farkllam hcrelerden oluan bir yksek
canl niteliinde deildir. rnein karyot kapsamna maya, protozoa
gibi tek hcreliler de girer. Tablo 10-1de prokaryotik ve karyotik
organizmalarn karlatrmal olarak balca zellikleri zetlenmektedir.
10.1. ekirdekli ( karyot) hcre ve genomu
karyot hcrenin balca zelliini bykl belirler. Bakteri
hcresinin ap 1-2 arasnda deiirken, karyot hcrenin ap
100 mye (genelde 20-50 m) ulaabilmektedir. Cisimlerin yzeyleri
aplarnn karesi, hacimleri ise aplarnn kb ile orantl olduuna gre,
apnn bymesiyle karyot hcrenin yzey/hacim orannn klmesi
gerekir. Ancak, hcrelerin evreleriyle etkileimleri asndan byk
nem


Prokaryotik Canl
- tek hcreli
- ekirdeksiz hcre
- yaam iin gerekli ilevler tek hcre iine sdrlm
- lmsz nitelikte
- eemsel olmayan oalma
- haploit

Yksek Canl
- ok hcreli (10
10
-10
15
)
- ekirdekli (karyotik) hcreler
- hcre farkllam ve
- lml
- eemsel oalma
- diploit

karyot Hcrenin Baz zellikleri
- ekirdee sahip
- byk (20-50 m |)
- gelimi hcre ii membran sistemleri (ER, mitokondri, lizozom,
peroksizom, vb.)
- byk ve karmak ierikli DNA (yinelenen diziler)
- kromatin yaps-ekirdek ii proteinlerle komplekslemi DNA
- genler intron ierikli hnRNA - splicing- krplm mRNA

Tablo10-1. karyot ve prokaryotlarn zellikleri.


tayan bu oran karyot hcrelerde gelimi ve toplam yzeyin yaklak
% 98ini kapsayan hcre ii membran sistemlerinin varlyla gvenceye
alnmtr (ekil 10-1, Tablo 10-2). Hcre ii membran sistemlerinin
ilevi salt madde deiimi ile snrl deildir. Bu sistemler ayn zamanda
hcrenin farkl grevler stlenmi blmelerini (organelleri) evreler ve
salglanan proteinlerin ve lipitlerin sentezi ile glikosillenme gibi
reaksiyonlarn gerekletii endoplazmik retikulumu da (ER) kapsar.
karyot hcrelere adn veren ekirdek, bu hcrelerin ierdii en
arpc organeli oluturur. ekirdek, tre gre, E.coli genomunun 5
(maya) ile 10000 (fasulye) kat arasnda deien bir bykle sahip
karyot genomunu ierir (Tablo 10-3).

eidi %
Hcre Membran 2
Endoplazmik Retikulum
Prtkl
Prtksz
51
35
16
Golgi Aygt 7
Mitokondri Membran 39
ekirdek Membran 0,2
Lizozom Membran 0,4
Peroksizom Membran 0,4

Tablo 10-2. karyot hcre membran sistemleri.



Tr Genom bykl (b)
Bakteri 10
6
-10
7

Maya 10
7
-10
8

Bitki 10
8
-10
11

Bcek 10
8
-10
10

Yumuakalar ~ 10
9

Kpek balklar 3x10
9

Kemikli Balklar 3x10
8
-3x10
9

ki yaayllar (amfibi) 5x10
8
-10
11

Srngen ~ 2x10
9

Ku ~ 10
9

Memeliler (insan) ~ 3x10
9

(b= baz ifti)

Tablo 10-3. Deiik trlerin genom byklkleri.

karyot genomunun 5 m apndaki ekirdein iine sdrlmas
ancak DNA moleklnn kendi iine katlanarak paketlenmesiyle
gerekleir. Szkonusu katlanma DNA moleklnn ekirdekii
proteinlerle kompleksleerek oluturduu kromatin yaps sayesinde
mmkn olur. Buna gre, karyot DNAs, prokaryot DNAsnn aksine,
ekirdek iinde ve proteinlerle birleik olarak bulunur.


DNA ile etkileen ekirdekii proteinler, histonlar ve histon
olmayan proteinler (non-histon proteinler) olarak iki ana snfta
toplanr. Histon snf be eit (H1, H2A, H2B, H3 ve H4) bazik nitelikli
ve molekl arlklar 10000 ile 25000 dalton arasnda deien proteini
kapsar (Tablo 10-4).

ekil 10-1. Hcre hacim/yzey oranlar.
e
1
= 1 m yzey
1
= 6 m
2
hacim
1
= 1 m
3

e
2
=10 m yzey
2
=600 m
2
hacim
2
=1000 m
3

O
1
= yzey
1
/hacim
1
= 6 m
-1

O
2
= yzey
2
/hacim
2
= 0,6 m
-1

O
1
/O
2
= 10

Histonlarn birincil yaplar evrim boyunca byk lde
korunmutur, rnein fasulye ve sr H4 histonlarnn ierdii toplam
102 amino asidin yalnzca ikisi farkldr. Genelde, birincil yaplar
bu denli



Histon Molekl arl
(dalton)
H1 (lizin bakmndan zengin) 21000
H2A (lizin ve arginin bakmndan
zengin)
14000
H2B (lizin bakmndan olduka
zengin)
13000
H3 (arginin bakmndan zengin) 15300
H4 (glisin ve arginin bakmndan
zengin)
11300

Tablo 10-4. Histonlarn eit ve zellikleri.

korunmu proteinler herhangi bir yapsal deiiklii
kaldramayacak lde yaamsal ilevler stlenmitir. Histonlar, hcrede
byk miktarlarda (herbir eidinden 5x10
7
-10
8
kopya) bulunur. Bu olgu
histonlarn ncelikle kromatinin styapsnn oluumunda rol
oynayabileceini dndrmtr. Gerekten yaklak 3 m
uzunluundaki insan DNAsnn 5-10 apndaki ekirdek iine
sdrlmas ancak histonlarn araclyla olanakldr.
Nkleozom, histonlarn DNA ile oluturduu en kk yap
birimine karlk gelir. Bu yap ikier H2A, H2B, H3 ve H4 moleklnn
birlemesiyle oluan bir ekirdek yap ile bunun evresinde (2 kez) sarl
DNAdan oluur (ekil 10-2). Nkleozomlar ile aralarnda kalan
(spacer) DNA elekronmikroskobunda iplik zerinde boncuklar
grnm verir (ekil 10-3). Nkleozom yaps 2 nm apndaki DNA



ekil 10-2. Nkleozom yaps. Sekiz histon moleklnden
oluan (oktamer) ekirdek yap ve DNA ile
birleme sonucu ortaya kan iplik zerinde
boncuklar dzeni.

moleklnn 11 nmlik bir kalnla ulamasn, buna kout olarak
DNA uzunluunun ~5 cmden ~ 1 cmye inmesini salar. Belirli
sayda (5-10) nkleozomun, aralarnda kprler oluturan H1
molekl-leri araclyla, bitiik sralar, bu sralarn da aralarnda paralel
dizilerek iftler (solenoid yap dzeni) oluturmas ile kromatin
kalnl 30 nmye ular (ekil 10-4).


ekil 10-3. Kromatinin ana yap dzenlerinin elektron
mikroskobu grntleri. a) paketlenmi
nkleozom (solenoid) (30 nm) yaps;
b) iplik zerinde boncuklar dzeni.



ekil 10-4.plik zerinde boncuklar (11 nm)
dzeninden paketlenmi nkleozomlar
(30 nm) dzenine (solenoid yap dzenine)
geie ilikin modeller.

Ortaya kan bu yapnn ilmikler oluturacak biimde
kvrlmasyla kromatin daha kalnlar (300 nm apl yap). lmiksi
blgeler nemli kaltmsal birimler oluturur. Her ilmiin bir geni ya da
yakn ilevlere sahip ve ortak dzenlenme mekanizmalarna bal gen
kmelerini barndrmas olasdr. lmiksi yap dzeninin yer yer daha da
kvrlmasyla ap 700 nmye ulaan youn kromatin blgeleri meydana
gelir (ekil 10-5). Bu sre sonunda, interfaz sresinde ekirdek iinde
yer ald ekliyle kromatin yaps ortaya kar. Hcre blnmesi
srasnda kromatinin yeniden katlanmasyla metafaz kromozomlar
oluur. Ak ilmik yaplarnn bulunduu blgeler daha nceleri
mikroskop altnda verdikleri grnt nedeniyle kromatin olarak
tanmlanmtr. Bu



ekil 10-5. Kromatinin metafaz kromozoma dnme
srecinde geirdii yap dzenleri.
Bu blgeler genelde RNA sentezinin gerekletii aktif genleri ierir.
Heterokromatin olarak adlandrlan youn kromatin blgeleri ise,
inaktif genlerin ya da ifreli bilgi iermeyen dizilerin bulunduu DNA
blmlerine karlk gelir.
Histonlara oranla, histon olmayan ekirdek ii proteinlerin eit
says fazla olup, yzlerle ifade edilir. Bunlarn yapsal zellikleri ok


deiken, hcre iindeki kopya saylar ise snrldr (rnein
3x10
3
/hcre). Dk kopya saylarnn nda, byle proteinlerin DNA
ile ancak 10
5
-10
6
baz iftinde bir etkileebilmeleri olanakl olabilir.
Genelde, histon olmayan proteinler DNAya zgn baz dizilerini
tanyarak balanr ve daha ok dzenleyici bir ileve ya da enzimatik bir
etkinlie sahiptir. Gerekten de, histon olmayan proteinlerin kapsamna
gen etkinliklerini basklayc (represr) ya da artrc (aktivatr)
nitelikli dzenleyici proteinler ile eleme, transkripsiyon, DNA onarm
ve benzeri tr ekirdek ii tepkimelerden sorumlu enzimler girer.
Dzenleyici etkinlie sahip proteinlerin, histonlarn aksine, DNA ile
etkilemeleri zgn nitelikte olup, bu proteinlen DNA zerinde
balandklar blgelerdeki baz dizilerini tanma yeteneini gsterir.
erdikleri sarmal-dn()-sarmal(helix-turn-helix), sarmal-ilmik-
sarmal (helix-loop-helix), inko parmak (zinc finger ya da lsin
fermuar (leucin zipper) motifleri bu proteinlerin DNA oyuklarn
(zellikle byk oyuu) tarayarak buradaki zgn baz dizileriyle
etkilemelerine olanak tanr (ekil 10-6).
Uzunluu tre gre 10
8
ile 10
11
baz ifti arasnda deien karyot
DNAsnn bykl genlerin says ile orantl deildir. Cot
analizlerinin de ortaya koyduu gibi karyot genomunun yaklak
yars yinelenen diziler ierir (bkz.Blm 4.3.3.1).



ekil 10-6. DNA dizileriyle etkileebilen protein motifleri.
a) inko parmak; b) sarmal-dn()-sarmal;
c) lsin fermuar motifleri ve DNA ile etkileim
biimleri.
Haploit karyot genomundaki genlerin saysnn tre gre 5000 ile
100000 arasnda deiebilecei dnlmektedir. Normal byklkteki
(molekl arl yaklak 50000 dalton (M
r
50000) olan) bir proteinin
birincil yaps yaklak 500 amino asit ierdiine, bu sayda amino asit
3x500= 1500 bazlk bir sistron tarafndan ifreleneceine gre, yaklak
2x10
6
gen ierebilecek bir kapasiteye sahip genomun yalnzca
yaklak % 5i proteinleri ifreleyen, yani sistron niteliindeki
blgelere karlk gelmektedir. Ancak, ribozomal RNA ve tRNA genleri


(rDNA ve tDNA), proteinleri ifreleyen genlerin aksine, orta sklkta
ifrelenen diziler kapsamna girer. rRNA ve tRNA genlerinin
ekspresyonu proteinlerin sentezinde olduu gibi (translasyon
aamasnda) ikinci bir amplifikasyon srecine tabi olmamaktadr. Artan
gereksinimin karlanmas, bu tr (son rn RNA olan) genlerin kopya
saylarnn okluu (n= 10
2
-10
3
) ve youn transkripsiyon etkinlii ile
olanakldr. Baz ifrelemeyen , yaklak 300 b uzunluundaki diziler
(rnein insanda Alu dizileri)de orta sklkla yinelenen diziler kapsamna
girer. Ksa, ardak sralanm, rnein -(ATAAAACT)
n
- gibi diziler,
ok yinelenen diziler olarak, sentromer konumlu uydu DNA (satellite
DNA) kesimini oluturur. karyot DNAsnn ifrelemeyen, genelde
ok kez yinelenen bu dizilerden oluan blmnn ilevine ilikin kesin
bilgiler bulunmamaktadr. Mutasyon olasl istatistiksel olarak DNA
uzunluuyla orantl olarak artacana gre (ve DNA polimerazn eleme
srasnda 10
-9
-10
-8
sklkla yanllk yapabilecei gznne alndnda)
DNAnn bu blmnn bir lde mutasyon basksndan
kaynaklanabilecei dnlebilir. karyot DNAsnn ierdii dizi
eitleri Tablo 10-5te zetlenmektedir.



Yinelenen Diziler
Ksa, ardak sralanm diziler, rnein (ATAAAACT)
n
-
sentromer konumlu-
Orta uzunlukta ( ~300 b) diziler, rnein Alu dizileri
ifreleyen, gen nitelikli diziler, rnein rRNA ve tRNA genleri
Yinelenmeyen Diziler
(Protein genleri) - Eksonlar/ifreleyen ve
ntronlar/ifrelemeyen Diziler-

Tablo 10-5. karyot DNAsnn ierdii diziler.

ifrelemeyen blgeler, genler arasnda olabildii gibi, genlerin
iinde de bulunabilir. Genlerin ifreleyen blmlerinin (eksonlarn)
arasna serpitirilmi olan ifrelemeyen blgeler intronlar ya da ara
diziler olarak tanmlanr. ntronlar, eksonlar gibi, yinelenmeyen
(unique) nitelikli dizilerden oluur. Saylar ve uzunluklar genlere
gre deien intronlarn karyot genlerin ok byk bir blmn
kapsadklar grlr (Tablo 10-6).
karyot genlerinin, intronlarn varlndan kaynaklanan,
btnl bozulmu ve ifrelenen bilgiyle orantsz bym yaps
transkripsiyon sonucu oluan birincil RNA (=heterogen nkleer RNA ya
da ksaca hnRNA) molekllerinin byklne de yansr.



Gen DNA
(kb)
Transkripsiyon
sresi
mRNA
(b)
Intron
says
|-globin 1,5 38s 0,6 2
Insulin 1,7 43s 0,4 2
Albumin 25 10dak 2,1 14
Tiroglobin 300 2sa 8,7 36
Distrofin >2000 14sa 17 >50

Tablo10-6. Baz karyot genlerin ekson/intron ierikleri.

ntronlara karlk gelen, blmlerin transkripsiyon sonras ekirdek
iinde gerekleen bir krplma (splicing) srecinde karlmasyla
hnRNA moleklleri eksonlara karlk gelen bykle indirgenir (ekil
10-7). RNA molekllerinin ilenmesi (RNA processing) ad verilen bu
srete, hnRNA moleklleri mRNA molekllerine dnecek biimde
olgunlar.
Bu kapsamda mRNA molekllerinin 5 ular 7-metilguanosin
grubu (cap) ile kapatlr ve 3 ularna deiik uzunlukta bir poliA
dizisi eklenir. Ularnda meydana gelen bu deiiklikler mRNA
molekllerine eksonkleazlara kar diren kazandrr ve prokaryot
mRNA trlerine oranla daha kalml klar. 5 cap grubu bunun tesinde
protein sentezinin balamasndan sorumlu baz (inisiyasyon) faktrlerinin
mRNAya balanmas iin gerekli sinyali oluturur. HnRNA
molekllerini mRNA molekllerine dntren ilenme srecinin
benzeri ribozomal RNA molekllerinin oluumu srasnda da gerekleir.



ekil 10-7. karyot genlerin yazlm ile hnRNA
molekllerine hnRNAnn krplma ile
mRNA molekllerine dnmesi.

RNA molekllerinin hcre sitoplazmasna ancak krplma ve
ilenme sreci sonunda ulaabilmeleri, karyotlarda transkripsiyon ve
translasyon olaylarnn ayr hcre blmelerinde gereklemesinin
nedenlerinden biri olarak dnlebilir. Krplma ilemi srasnda
eksonlarn biraraya getirilmesinin hatasz alan bir mekanizma ile
gerekletirilmesi gerekir. Aksi halde, tek bir bazlk kaymalar bile okuma


kalbnda aacaklar kaymalarla bilginin yitirilmesine yol aacaktr.
Dier yandan, krplma blgesindeki kontrollu kaymalar sonucu ayn
hnRNA moleklnden deiik polipeptitleri ifreleyen mRNA
moleklleri oluabilir. Bu mekanizma karyotlarn yan sra kk bir
genoma mmkn olabilecek en ok bilgiyi sdrma zorunluunda olan
virslerin genlerinin anlatmnda yaygn biimde gzlenir.
100-150 kilobaz iftlik (kb) geni bir DNA blgesine yaylabilen
bir genin transkripsiyonu ve oluan hnRNA molekllerinin ilenme ile
mRNA moleklne dntrlmesi zaman gerektiren bir sretir
(bkz.Tablo 10-6). Bu nedenle byle bir genin ikincil rn olan proteinin
hcre iindeki deriiminin gerekli eik dzeye ulamas hcrenin yaam
srecini de aan bir zaman gerektirebilir. Bu durumda, kritik deriim
dzeyi, sentezlenen proteinin zaman iinde birikimine bal olarak,
belirli sayda hcre blnmesinden sonra ortaya kar. Bu tip srelerin,
ileride irdelenecei gibi, biyolojik zaman belirleyen birer isaat olarak
ilev grmesi olasdr.
10.2. Diployitlik ve eemsel oalma
Yksek canllarn ve genelde karyotlarn ok nemli bir ortak
zelliini diployit olmalar oluturur. Diployitlik ise, zorunlu olarak
eemsel oalmay gerektirir. Eemsel oalmada eem hcreleri,
diployit soma hcrelerinin aksine, geirdikleri meyoz srecinde haployit
duruma indirgenir. Eem hcreleri (yumurta ve sperm) dllenme
aamasnda birleerek diployit zigotu oluturur (ekil 10-8). Bunu
izleyen embriyonik sre iinde gerekleen hcre oalmas ve
farkllamas sonunda ok hcreli, diployit yksek canl ortaya kar.



ekil 10-8. Diployit canllarn yaam dngs.

Diployitlik ve eemsel oalmann getirdii stn genetik
rekombinasyon olanaklar trlere nemli selektif stnlkler salar.
- Meyoz srecindeki 1.hcre blnmesinde anne ve babadan
gelen benzeik (homolog) kromozomlarn birbirlerinden ayrlmalar ve
rastlantsal dalmlar (segregasyonu) yeni kombinasyonlarn ortaya


kmasn ve eitliliin gelimesini salar (ekil 10-9). Buna gre,
meyoz sonunda ortaya kan eem hcrelerinin genotiplerinin eit says
(gamet eidi says)2
n
(n= haployit kromozom says ya da kromozom
eidi says) ile ifade edilir (ekil 10-10). rnekte 2
2
olan gamet eit
saysnn insanda buna gre 2
23
olmas beklenir. Bunun tesinde,
homolog kromozomlarn meyozdaki 1.hcre blnmesinin profaz evresi
srasndaki uzunca birliktelikleri kromozom bana ortalama be
kesime (krosover) olaynn meydana gelmesiyle sonulanr (ekil
10-11). Bu mekanizma, kesime says ile orantl olarak, olaslklarda
yeniden stel bir arta yol aar. zetle, eemsel oalma biimi diployit
organizmalarda, belirtilen genetik rekombinasyon mekanizmalaryla
zelliklerin etkin biimde harmanlanmasn olanakl klar. Bunun
sonunda,
- Olumlu allellere sahip soylarn evrimi abuklar;
- Gen duplikasyonu ve rekombinasyon mekanizmalar zerinden yeni
zelliklerin kazanlmas mmkn olur; zira diployit trlerde bir genin
mutasyona urayarak yeni bir ilev kazanabilmesini olanakl klan yedek
bir kopya (allel) bulunmaktadr;
- Ayrca, lmcl ekinik (resessiv) genlerin etkisi enaza indirilir ve
bu tip genlerin trlerde birikimi nlenir.



10.3. Embriyonik gelime
Yukarda grld gibi, diployit canllar yaam srelerinde
eemsel oalmann gerei tek hcreli bir evreden (dllenmi yumurta
hcresi) gemektedir. Dllenmi yumurta hcresinin (zigotun), 10
10
-10
14

hcre ieren yksek canlya dnmesi ise, birbirine kout
yryen,
- hcre oalmas ve
- hcre farkllamas
olaylarn kapsayan embriyonik gelime srecinde gerekleir.

ekil 10-9. Meyoz, benzeik kromozomlarn ayrlmalar
(segregasyonu).



ekil 10-10. Homolog kromozomlarn rastlantsal
biimde ayrlmalaryla ortaya kacak
olaslklar.

Dllenmeyi izleyen ksa sreli (saniyelerle llen) srete
yumurta hcresinin iortamnda zgn deiiklikler meydana gelir.
Hcre iindeki depolarndan aa kan Ca
2+
un sitoplazmadaki
deriimi hzla ykselir ve dllenmeden yaklak 100 saniye sonra
normaldekinin bin kat bir deere (10
-4
M) ular. Ca
2+
deriimi daha
sonra yeniden ayn hzla azalarak yaklak 200 saniye sonunda normal
dzeyine (10
-7
M) dner (ekil 10-12).



ekil 10-11. Meyoz srasnda benzeik (homolog)
kromozomlar arasnda kesiim.



ekil 10-12. Yumurta hcrelerinde dllenmeyi izleyen
srede Ca
2+
deriimi ve pH deerinde
deiiklikler.

te yandan, protonlarn hcre dna pompalanmas sonucu, ilk
200 saniyelik sre iinde hcre ii pH deeri ykselir. Bu zgn ortam
deiikliklerinin hcre oalmas ile sonulanan btn dier olaylarda da
cereyan ettii ve daha sonra ele alnaca gibi inositol trifosfat
metabolizmas ile yakndan balantl olduu bilinmektedir. Nitekim, bu
deiiklikler sonunda hzl bir hcre oalma sreci ve dolaysyla
embriyonik gelime tetiklenir. Dllenmeyi izleyen dier bir zgn
deiiklik ise, yumurtann birden ok sperm tarafndan dllenme-
sinin nlenmesinde etkili olan membran ters kutuplanmasdr
(depolarizasyon) (ekil 10-13).



ekil 10-13. Yumurta hcrelerinde dllenmeyi izleyen
srede membranda ters kutuplanma
(depolarizasyon).

Embriyonik gelime ok hzl bir hcre oalmas ve ortaya kan
farkllam hcrelerin zelliklerinin korunmasna yansyan tek ynl
niteliiyle gze arpar. Farkllam hcrelerin zellikleri kaltmsal
biimde onlardan treyen hcrelere aktarlr. Bir yandan deiik gen
gruplarnn aktiflemesini yanstan bu olay, dier yandan farkllam
hcrelerin gereksinmedikleri genleri bir ekilde yitirmi olabileceini
dndrmtr. Ancak, Briggs ve Gurdon tarafndan soukkanl canl-
larn (zellikle Xenopus laevis (kurbaa)) yumurta hcrelerinde
yrtlen deneyler farkllamann ekirdek dzeyinde geri dnmsz
bir olay olmadn ve farkllama srasnda genomun btnlnn
korunduunu gstermitir (ekil 10-14 ).



ekil 10-14. Briggs-Gurdon deneyi (klonlanm
kurbaalarn oluumu).

Bu deneyde, zetle, kurbaa larvalarnn(oalma zelliini koruyan
bir farkllam hcre tipi olan) barsak epitel hcrelerinden ekirdekler
alnr. Bunlarn, UV-nlamas sonucu, ekirdekleri (genomlar)
inaktifletirilmi yumurta hcrelerine aktarlmasyla normal kurbaalar
oluturulur. Tretilen bu kurbaalarn, epitel hcrelerinin vericisi


kurbaa ile ayn genoma sahip olmalar nedeniyle, yeni bireylerin
yaratlmasnda kullanlan, bu yaklam klonlama olarak adlandrlr.
(Klon= ayn genotipe sahip, ayn atadan tremi bireyler topluluu).
Klonlama, hayvanclk (stn zellikli hayvanlar oaltma) iin
ekici gzkse bile, temel biyolojik kurallara, zellikle, genetik
rekombinasyona dayal oalmaya ters den bir yaklamdr. Diployit
organizmalara eemsel oalmann evrimsel adan salad stnlkler
ve rekombinasyon olanaklar klonlamada tmyle yitirilmektedir.
Briggs ve Gurdon deneyi, kaltmsal faktrlerin yansra, ekirdek
sitoplazma ilikilerinin ve ortam faktrlerinin embriyonik gelimedeki
nemini ortaya koymutur. Zira, larvann epitel hcre ekirdeinin
ierdii ve yeni bir bireyi oluturmak iin gerekli kaltmsal bilgi, ancak
yumurta hcresinin zgn ortamnda etkinlemektedir.
Briggs ve Gurdon deneylerinden farkllamann genomda
krplma ve eksilmeler olmadan gerekleen bir olay olduu sonucunu
genel bir kural olarak karmak olanakldr. Fakat her kural gibi, bunun
da ileride ele alnacak lenfosit rneinde, istisnalar olduu grlecektir.
Hcre farkllamas, programlanma (determination) olarak
tanmlanan bir naamay izler. Programlanma aamasnda hcrelerde
morfolojik zelliklerine henz yansmayan zgn moleklsel
deiiklikler meydana gelir. Burada, farkllamann klasik morfolojinin
gelitirdii bir kavram olduunu vurgulamak yerinde olacaktr. Hcreleri,
mikroskop altndaki grntlerini ve boyanma zelliklerini lt alarak,
snflandran bu yaklamn snrl ayrm gc saylar en ok birka
yzle anlatlabilecek hcre eidinin belirlenebilmesini olanakl
klmtr. Ancak, gnmzde hcrelerin moleklsel kimliini de


belirleyebilen gl teknikler farkllama ile ortaya kan ve
birbirlerinden moleklsel yap, ilev ve zgnlk gibi kriterlere gre ayrt
edilebilen hcre eitlerinin saysn milyonlara karabilmektedir.
Programlanm hcre bu adan moleklsel dzeyde farkllam hcre
olarak tanmlanabilir.
nce evre faktrlerinin etkisiyle gelien programlanma sreci
daha sonra kaltmsal nitelik kazanr ve evre koullarndan bamsz
olarak gelimesini srdrr. Bu balamda, yumurta hcresinin iortam
embriyonik gelime ve hcre farkllamasnda belirleyici bir rol oynar.
Yumurta hcresinin sitoplazmik ortamnn programlanmaya etkisini
embriyonik gelimenin ilk aamalarnda ve gene en belirgin biimde
soukkanllarn yumurtalarnda gzlemlemek mmkndr. Ortaya
kacak bireyin boyutlar, yani
- anterior-posterior (n-arka),
- ventral-dorsal (karn-srt),
- mediyal-lateral (sa-sol),
eksenler boyunca gelimesi, yumurta hcresinde dllenmeyi izleyen
srede gzlenebilen, kutuplarca belirlenmektedir. Yumurta hcresinde
yumurta sars maddesinin eitsiz dalmyla oluan hayvansal ve
bitkisel kutuplar dorsal - ventral ekseni, spermin yumurta hcresiyle
birletii noktadan ekvatoryal dzlemde arkaya uzanan gri orak ad
verilen erit ise anterior-posterior ekseni oluturur (ekil 10-15).



ekil 10-15. Kurbaa rneinde embriyonik gelimenin
ana aamalar.



Dllenmeyi izleyen ilk srede embriyonik gelime
soukkanllarda yumurta hcresinin ktlesinde bir deiiklie yol
amayan i blnmelerle (cleavages) gerekleir. blnmeler
sonucu ortaya kan blastula ve gastrula hcreleri yumurta hcresindeki
eitsiz madde dalmndan paylarn konumlarna, yani bulunduklar
kutuba, bal olarak alr. Bunun gastrula hcrelerinde bir konum
bilincine yol at ve belirli ynde farkllama iin gerekli genlerin
aktiflemesini salad dnlmektedir. Memelilerde, gnmzn
teknikleriyle soukkanllardaki gibi kolay izlenememekle birlikte, benzer
mekanizmalarn rol oynamas szkonusudur. Gastrula aamasnda
hcrelerde, aralarndaki sitoplazmik kprler araclyla, oluan madde
deriim gradyentleri hcrelerin benzer biimde programlanmasnda etkili
olmaktadr.
Embriyonal gelimenin molekl dzeyde en ayrntl biimde
incelendii bir organizma olan karasinek (Drosophila melanogaster)te
yrtlen almalara gre, zgn bir gen grubu embriyonun boyutlu
geliimini salayan kutuplarn oluumundan sorumludur. Kutuplar,
yumurta hcresinde dllenmeden daha nceki srede belirlendii iin,
embriyonun eksenler boyunca geliimi ncelikle anneden gelen
(maternal) genlerin etkisi altndadr. Bu tr maternel genleri etkileyen
mutasyonlar genelde yaamla badamayacak llerde byk
bozukluklara (gs ya da ban olmamas gibi) yol aar. Byle mutant
yumurtalara normal yumurtadan alnan sitoplazmann mikroinjeksiyonla
eklenmesiyle dllenme sonras normal (eksiksiz) bireyler ortaya
kabilmektedir. Bu olgu, maternel kkenli sitoplazmik faktrlerin
nemini ortaya sermektedir.


Konumlarna bal olarak hcrelerde farkl genlerin anlatm ve
farkl hcrelerin ortaya k iin dnlebilecek bir mekanizma
ematik biimde gsterilebilir. Buna gre, bir embriyo hcresinde (a ve
b) maddelerinin oluturduklar deriim gradyentleri farkl programlanm
iki hcrenin (A ve B hcrelerinin) ortaya kmasna yol aar (ekil 10-
16). erdikleri (a ve b) maddelerinin farkl deriimlerine bal olarak bu
hcrelerde ayrca farkl, yeni gen gruplar aktifleir. rnein, solda
a maddesinin etkisiyle C grubu, sada b maddesinin etkisiyle de D grubu
genler etkinleebilir. Bu genlerin rnleri olarak ortaya kan (c ve d)
maddelerinin farkl dalm ise, ikinci hcre blnmesinden sonra AC,
AD, BC ve BD tipi hcrelerin ortaya kmasn salayabilir (ekil 10-
17). Embriyonal gelime srecinde zgn gen gruplarnn bu biimde (ve
boyutlu olarak dnlmesi gereken) srasal aktiflemesi, erikin bireyi
oluturan ok sayda farkl hcre tipinin ortaya kmasna olanak
salayacaktr.
Farkllam hcrelerin bir zelliini, yukarda da belirtildii gibi,
farkllaml belirleyen zgn genlerin, bir kez aktifletikten sonra,
etkinliklerini artk evre koullarndan bamsz olarak yaam boyu
korumalar belirler. Bu zellii ise, maddelerin hcre iinde geici olarak
gsterdikleri deriim farkllklar ile aklamak mmkn deildir. Ancak,
bu genlerin etkinlikleri nce baz pozitif feed-back mekanizmalar ile
kalml nitelik kazanabilir. Daha uzun evrede ise, kromatinin zgn
yaps gen etkinliklerinin korunmasnda belirleyici faktr olarak nem
kazanr.



ekil 10-16. Yumurta hcresinde maddenin (o ve o)
eitsiz dalm. Oluan deriim gradyentleri
sonucu A ve B hcre tiplerinin belirlenmesi.

Farkllam hcrenin gereksinmedii gen gruplarnn bulunduu
blgelere balanan kromatin proteinleri (histon ve baz histon olmayan
proteinlerin) bu blgelerin ar biimde katlanarak heterokromatin
yap dzenine dnmesine yol aar. Kromatinde (farkllam hcreye
zg) aktif genlere karlk gelen ilmiksi blgeler ise ak, gevek


yaplar (=kromatin) ile gze arpar. Kromatinin, DNAz gibi
enzimlere zellikle duyarl olan, bu blgeleri, ierdikleri aktif genler
nedeniyle, aktif kromatin olarak da adlandrlr.

ekil 10-17. Yumurta hcresinin i blnmeyle ortaya
kan A ve B hcrelerinde farkl gen
ekspresyonu. Oluan (c) ve (d) maddelerinin
deriim gradyentlerine bal olarak yeni
hcre tiplerinin belirlenmesi.
Embriyonal gelime srasnda yumurta hcresinin DNAsnda
bulunan tek boyutlu kaltmsal bilgi yukardaki (anterior-posterior,
dorsal-ventral, mediyal-lateral) koordinatlarla verilebilecek boyutlu bir


bilgiye dnmektedir. Ancak, erikin, normal bireyin oluumunda, bu
koordinatlarn tesinde, zaman parametresi de drdnc boyut olarak
arln gsterir. Embriyonal gelimede, buna gre, farkl hcre
gruplarnn erikin bireyde beklenen topografiyi verecek zamansal srada
ortaya kmas byk nem tar. Programn zaman boyutundaki
bozukluklar etkileri ar, ancak (yukarda belirtilen maternel genleri
etkileyen mutasyonlarn aksine) yaamla badaabilen sakatlklara yol
aabilir.
Embriyonal gelimede zamansal sray belirleyen ve biyolojik
isaat olarak ilev yapan mekanizmalar bu adan nem kazanr. ekil
10-16 ve 10-17de verilen rnekler mekansal srann yan sra, zamansal
srann belirlenmesinde de etkin bir mekanizma olarak dnlebilir.
Bunun tesinde, genlerin aktiflemesi (ya da kapatlmas) iin gerekli
dzenleyici proteinlerin belirli bir eik deriim deerinden sonra etkinlik
kazandklar dnlebilir. Bir kum saati mekanizmasn ngren bu
modelde etkinin ortaya kmas iin deiik iki yol szkonusu olabilir.
lkinde, batan, rnein oogenez srecinde, sentezlenerek yumurta
hcresinde depolanan, ancak embriyonal gelime srasnda yeniden
sentezlenmeyen bir protein rol oynayabilir. Hcre blnmelerine kout
olarak, byle bir proteinin hcre ii deriiminin eik dzeyin altna
inmesi etkisinin ortadan kalkmasna yol aabilir (ekil 10-18).



ekil 10-18. Transkripsiyonun, blastula oluumunun ileri
aamalarnda, zamana bal olarak devreye
girii (bir model).

Ayn mekanizma iin dnlebilecek ikinci olaslkta, ilkinin
aksine, etkisinin ortaya kmas iin, dzenleyici proteinin embriyonal
gelime srecinde birikerek kritik eie ulamas gerekebilir (ekil 10-
19). Geni (~150 kb iftlik) DNA blgelerine serpimi baz karyot
genlerinin transkripsiyonu ve oluan byk hnRNA molekllerinin
ilenerek olgun mRNA molekllerine dnmnn gerektirecei
srelerin uzunluu, yukarda da irdelendii gibi, bu balamda nem
kazanmaktadr. RNA sentez saniyede ortalama 40 nkleotidin
eklenmesiyle yrdne gre, byle bir genin zerinde tek bir hnRNA
moleklnn sentezi yaklak 1 saat iinde tamamlanabilecektir.



ekil 10-19. Zamana bal olarak belirli genlerin
aktiflemesi (olas bir mekanizma).

Bu balamda, transkripsiyonun balama (inisiyasyon) skl da bu
genin zerinde zaman srecinde oluacak hnRNA (ve mRNA)
molekllerinin saysn ve dolaysyla ikinci aamada oluacak proteinin
hcre ii deriimini belirleyecektir. ekil 10-20 genlerin transkripsiyon
younluunun (dolaysyla gen etkinliinin) inisiyasyon sklna bal
olarak ayarlanmasn rneklemektedir. Aada baka balamda ele
alnacak olan homeogenler bu tip bir zamansal dzenleme
mekanizmasnn gereklemesi iin gerekli tm zellikleri tamaktadr.


ekil 10-20. Genlerin transkripsiyon younluunun
inisiyasyon sklna bal olarak ayarlanmas.

Otuzlu yllardan balayarak yrtlen bir dizi alma,
karasinekte embriyonal gelimeyi etkileyen bir grup mutasyonun
varln ortaya koymutur. Karasinek larvasnda, grnte
farkllamam hcre gruplar (imago diskleri) bulunur. Aslnda
programlanm hcrelerden oluan bu diskler (toplam 19 adet) larvann
erikin sinee dnmesinden sorumludur. Bu dnm (metamorfoz)
srecinde, zgn hormonal deiikliklerin etkisiyle herbir disk, girdii
farkllama sonucu, belirli bir segmentte ve yalnzca o segmente zg
organlarn oluumuna yol aar. Disk hcrelerinin normal konumlarndan


baka yerlere aktarlmalar ya da uzun sre kltrde tutulmalar,
programlanm hcre tanmna uygun olarak, onlarn hormonal uyar
zerine oluturacaklar organ tiplerini deitirmez. Buna karn,
homeotik mutasyonlar ad verilen mutasyonlar sonucu, bu disklerden
oluacak yaplarn ve organlarn doal
konumlarndan baka segmentlere kaydklar grlr, rnein, kafadan
ayaklarn k ya da kanatlarn bulunduu segmente komu bir torakal
segmentte yeni bir ift kanadn olumas gibi.
Homeotik mutasyonlar hcrelerin farkllamasnn ynnn ve
zamannn programlanmasnda etkili dzenleyici genleri (=homeogenleri)
bozar. Son yllarda rekombinant DNA teknolojisinin yardm ile nce
karasinekte ve daha sonra memelilerde bir dizi homeogen klonlanarak
incelenebilmitir. Dizileme almalar (yukarda da belirtildii biimde)
geni DNA blgelerine serpimi eksonlardan oluan bu genlerin 3
ularnda yaklak 180 baz iftlik bir ortak ve zgn diziye
(=homeokutu homeobox) sahip olduunu gstermitir (ekil 10-21).

ekil 10-21. Homeogen ve homeoproteinlerin
birincil yaplar.


Homeokutunun yalnzca ayn trdeki deiik homeogenler arasnda
deil, ayrca trler arasnda da ortak olduu gsterilmitir. Evrim
boyunca korunmu niteliiyle, homeokutu , homeogenlerce ifrelenen
homeoproteinlerin, zgn (5-TCTAATGGCT-3) DNA dizisiyle
etkileen, homeo blgesine karlk gelmektedir. Homeoblge ile bu dizi
arasndaki etkileim ekil 10-22de gsterilmektedir.
Mutagenez almalar deiik homeogenler arasnda bir
yarmn bulunduunu gstermektedir. Gzlemlere gre, her segment
ona zg homeogenlerin (ve bu genlerin ifreledii homeoproteinlerin)
denetimi altndadr. Ancak, zgn bir homeogenin mutasyon sonucu
yitirilmesiyle onun sorumlu olduu segment komu segmente zg
homeogenlerin etkisi altna girmektedir.

ekil 10-22. Homeoblgenin zgn DNA dizisiyle
etkileimi.


Bulgular, homeogenlerin embriyonal gelime srecinde bireyin
anterior-posterior (AP) eksen boyunca oluan topografisinden sorumlu
dzenleyici genler olarak ilev yaptn ortaya koymaktadr. Bu genler,
ifreledikleri homeoproteinler araclyla zgn gen gruplarn
aktifletirerek etkilerini gstermektedir (ekil 10-23). Homeogenlerin
DNAda, 5 3 dorultusunda dizilimleri ile etkiledikleri organlarn AP
ekseni boyunca dizilimleri arasnda edorultusal (kolineer) balant
bulunmaktadr (ekil 10-24). Homeogenlerin balca zellikleri
Tablo 10-7de zetlenmitir.

ekil 10-23. Homeogenler ve aktifletirdikleri genler.



ekil 10-24. Homeogen/AP eksenlerinin eboyutluluu.

- Yksek canllarn anterior-posterior (AP) boyutundaki yaplanma-
larndan sorumlu genler.
- Transkripsiyon faktrleri ifreleyen bir gen ailesi.
- Maternel gen rnleri Homeogenlerin aktiflemesi.
- DNAdaki dizilimleri embriyonun AP ynndeki yaplanma srasyla
edorultuda (ko-lineer).
- Byk genler (>150 kb).
- 3-ularndaki ekson= homeokutu.
- Homeokutu (DNA) homeoblge (Protein).
- Homeoblge homeoproteinlerin DNA balama blgesi.
- Farkl homeoproteinlerin homeoblgeleri benzeik.
- Homeoblge zerinden hedef genlerin promoter/enhancer blgelerine
balanma Hedef genlerin aktiflemesi.

Tablo 10-7. Homeogenler - yapsal ve ilevsel zellikleri.



Deiik gen gruplarna zg olmalarna karn, ierdikleri ortak
homeokutu homeogenler iin bir eliki gibi gzkebilir. Ancak, karyot
genlerin promoter blgelerinin gsterdikleri zelliklerin nda eliki
gibi gzken bu olguya bir aklk getirilebilmektedir. Bu blgeler
modler yaplar, yani ierdikleri, ok eit ve sayda dzenleyici
proteinin, etkiletii dizilerin varl ile gze arpar (ekil 10-25).
Promoter blgelerin bu modler yap dzeni, gelen eitli sinyallerin,
anlaml bir hcresel yanta dnmesine hizmet eder.

ekil 10-25. karyot genlerin modler yaps. UAP,
"upstream activator sequence"; pol II, RNA
polimeraz II; TFII/D, A, B, E ve F, RNA
polimeraz II'ye zg genlerde RNA sentezinin
balamasndan sorumlu transkripsiyon
faktrleri; CAAT ve TATA, promoter diziler;
INT, transkripsiyon balama noktas.

Homeoproteinler ortak homeoblgeleri zerinden farkllamadan
sorumlu ok sayda genin promoter blgesine balanabilir (ekil 10-


26). Ancak her tip homeoproteinin homeokutu dndaki
transaktivatr blgelerinin zellikleri onun normal embriyonal
srete hangi gen grubu zerinde etkisini gstereceini belirler (ekil 10-
27). Etkiletikleri ortak diziler nedeniyle homeoproteinler arasnda youn
bir yarm mevcuttur. Hangi gen grubunun aktifleebilecei ve buna
bal olarak farkllamann hangi ynde olaca, bu durumda deiik
homeoproteinlerin hcre iindeki deriimlerinin oran ile belirlenebilir.
Mutasyon sonucu bir homeogenin devre d kalmasyla hcrede onunla
yarm iindeki homeogen etkinlik kazanr. Yarmn genelde komu
segmentlere zg homeogenler arasnda olmas, bu genlerin rnleri olan
homeoproteinlerin sentezlendikleri hcrelerden hareketle (sitoplazmik
kprler zerinden) evreye yaylmalarndan kaynaklanmaktadr (ekil
10-28). Homeoproteinlerin bu yolla oluturduklar deriim gradyentleri
aktifleecek genleri belirler.

ekil 10-26. Farkl homeoproteinlerin etkiletikleri
ortak diziler.



ekil 10-27. Homeoproteinlerin etki mekanizmas. TBP,
"TATA binding protein"; TAF, "TBP
associated factor"; TBP ve TAF birlikte
transkrisiyon faktr II/D (TFII/D)'yi
oluturur.



ekil 10-28. Homeoproteinlerin AP boyutundaki
dalmnn gsterilmesi.

11. Hcre farkllamas asndan lenfosit modeli


Farkllam hcre, klasik tanmda, stlendii ileve bal olarak,
zgn morfolojik zellikler gsterir. Bu tanma ve hcrelerin morfolojik
grntlerine gre, erikin bir yksek canly oluturan farkllam hcre
eitlerini yaklak 200 ile snrlandrmak olanakldr. Ancak, bu snrl
say daha nce de belirtildii gibi, geleneksel yntemlerin bir lde
snrl ayrm gcnden kaynaklanr. Molekler Biyolojinin ve Molekler
Biyofiziin gelitirdii yntemler ise farkllam bir hcre snfnn
temsilcilerinin de birbirlerinden ilev, moleklsel yap ve ierik asndan
byk lde farkllam olabileceini ortaya koymaktadr.
Morfolojik adan farkllam tek bir hcre tipinin moleklsel ve
ilevsel adan farkl milyonlarca hcre tipini kapsayabileceinin en ak
bir rneini lenfositler oluturur. Bunun tesinde, aada grlebilecei
gibi, farkl zgnlkte lenfosit tiplerinin geliiminde, Briggs ve Gurdon
deneylerinden karlan sonucun aksine, DNAda belirli baz
deiiklikler meydana gelebilmektedir.
Lenfositler, ok ynl gelimeye ak (pluripotent) kemik ilii
kk hcresinden treyen deiik kan hcre tiplerinden biridir(ekil 11-1).
Bu yolla oluan lenfositlerin says erikin insanda yaklak 10
12
ye
ular. Lenfositler, yksek canly yabanc (mikroorganizmalar, virsler,
toksinler, vb.) etmenler ve yaplardan korumakla grevli olan baklk
sisteminin ana esini oluturur. 1960l yllardaki almalar bu
hcrelerin iki farkl grubunun varln ortaya koymutur. B (Bursa
Fabricius) ve T (timus) lenfositleri adlarn farkllamalarnn
gerekletii dokulardan alrlar.



ekil 11-1. Pluripotent kemik ilii kk hcresin-
den gelien hcre tipleri.

Memelilerde B-lenfositlerinin farkllamasnn, adlarn borlu olduklar
(ancak kanatllara zg bir lenf bezi olan) Bursa Fabricius yerine,
memelilerde B-lenfositlerinin farkllamasnn kemik iliinde
gerekletii kabul edilir (ekil 11-2). Lenfositlerin ilgili dokularn
zgn ortamlarnda hangi mekanizmalarla B- ya da T-lenfositi ynnde
farkllat henz akla kavumu deildir.
B-lenfositleri antikor molekllerinin sentezine dayal humoral
baklk, T-lenfositleri ise, hcresel baklk olarak adlandrlan (ve
aada ayrntyla ele alnacak) baklk biimlerinden sorumludur.
Ancak, bak yantn (zellikle humoral yantn) geliebilmesi her iki
grup kapsamndaki lenfositlerin etkin ibirliini gerektirir.



ekil 11-2. B- ve T-lenfositlerinin geliimi.

Lenfositler yabanc yaplar tanyan, onlar canlnn kendi
yaplarndan ayrdedebilen ve yeniden karlatklarnda anmsayabilen
hcrelerdir. Bu zellikleri lenfositlerin oluturduu baksal sistemi
(sinir sisteminin yansra) biyolojik bellekten sz debilecek balca
sistem olarak belirler. Canlya yabanc yaplar antijen olarak tanmlanr.
Makromolekler ya da daha byk yaplar olan antijenler zerinde
lenfositlerin zgn biimde etkiletikleri (tadklar) blgelere epitop
ya da antijenik blge ad verilir. Her lenfosit, batan belirli bir epitopu
ya da benzeik snrl sayda epitopu tanmak zere programlanmtr.
Lenfositler, epitoplar yzeylerinde tadklar zgn reseptrler
araclyla, anahtar-anahtar delii rneinden bilinen yapsal uyum
ilkesine bal olarak tanr.


Lenfositlerin zgn antijenleriyle etkilemesi, klonal seleksiyon
mekanizmas zerinden, baksal yantn ortaya kmasna yol aar
(ekil 11-3). Normalde duraan, blnme yeteneinden yoksun ve
ok dk dzeyde RNA ve protein sentezi etkinlii gsteren lenfositler,
zgn antijenleriyle (somut olarak antijen zerindeki epitoplarla)
etkiletikleri zaman, aktifleerek hzl bir oalma srecine girer. Ortaya
kan lenfositlerin hepsi (ata) lenfositle ayn genotipe ve ayn zelliklere
(ve antijen zgnlne) sahip olduklarndan klon (soy) olarak
adlandrlr. Bu soy, baksal yantn esasn oluturur. Soyun, bu
yantn gereklemesinde etkili olan temsilcileri eylem hcreleri
(B-lenfositlerinin rneinde plazma hcreleri) olarak adlandrlr. Bu
hcrelerde youn bir protein sentezi etkinlii ve, sentezlenen proteinlerin
salglanmasnn ifadesi olarak, gelimi bir endoplazmik retikulumun
varl gzlenir. Baksal yantn son bulmasyla (antijenin ortadan
kalkmasyla), eylem hcreleri de ortadan kalkar. Antijenik uyary
izleyen srede, zgn lenfositlerin oalmas srasnda, eylem
hcrelerinin yan sra bellek hcreleri ad verilen lenfositler de ortaya
kar. Bellek hcreleri, antijenle yeniden karlama durumunda yeni bir
yant daha hzl ve daha etkin biimde balatma grevini stlenmitir. Bu
hcreler, baksal yant sonrasnda da varlklarn srdrr.
Belirli bir antijenle karlamadan nce organizmada ona zg,
yani onun zerindeki epitoplar tanyabilen, lenfositlerin says ok azdr.



ekil 11-3. Klonal seleksiyon.

Bu nedenle de antijenle ilk karlamay izleyen srede (doal olarak
klonal seleksiyon esasna dayal) yant yava geliir, iddeti ve etkinlii
snrl kalr. Birincil yant srecinde gelien bellek hcreleri, ayn


zgnl paylatklar bu (ata) lenfositlerden sayca ok daha fazla
olup, ayrca pozitif seleksiyon sonucu antijenle daha etkin biimde
etkileebilir. Bylece, antijenle yeniden karlaldnda, yantn daha
hzl ve etkin biimde gereklemesi olanakl olur (ekil 11-4).

ekil 11-4. Birincil ve ikincil baksal yantn
zamana baml geliimi.

Snrl saylarnn ve yksek canlnn makroboyutlarnn nda,
normalde, lenfositlerin zgn antijenleriyle karlaabilme olaslnn
ok dk olmas beklenir. Ancak, lenf dolam sistemi ile lenf bezlerinin
anatomik zellikleri bu karlamann ksa srede gerekleebilmesini
gvenceye alr. Dokulardan toplayc lenf yollar araclyla lenf


bezlerine ulaan antijenin buradaki retikler (hcresel rg niteliindeki)
yapdan szlrken, zgn B-lenfositler ve/ya da zgn T-lenfositleriyle
karlama olasl byk lde artar.
Bak sistemin doadaki tm antijenleri tanyabilme ve onlarla
karlatnda gerekli yant verme yetkinliine sahip olduu kabul
edilir. Doada antijen niteliindeki yaplarn saylar milyonlar ile ifade
edildiine gre, bu denli ok sayda (herbiri ayr zgnlkte bir
reseptre sahip) lenfosit eidinin organizmada ortaya kabilmesi nasl
mmkn olabilmektedir? Bu soru, rekombinant DNA teknolojisinin
katklaryla bata ve ncelikle B-lenfositlerinin rneinde yantlanmtr.
B-lenfositlerinin eitliliinin antikor genlerindeki deiikliklerden
kaynaklanmas ve de antikor molekllerinin yaplarnda yansmas bu
konuda belirleyici olmutur. Bata lenfositlerin yzeylerinde antijenlere
zg reseptr ilevini stlenen antikorlar, B-lenfosit aktiflemesi (bak
yant) srecinde plazma hcrelerinde youn biimde sentezlenerek,
salglanr. Antikorlar, bu nedenle, serumda ve dier vcut svlarnda
byk miktarlarda bulunur. Ayrca, plazma hcrelerinin kanserlemesiyle
ortaya kan miyelom olgularnda, tmr hcreleri tek tip ve zgnlkte
antikoru ok byk miktarlarda sentezler. Antikor hafif zincirleri ise,
miktarlarndaki fazlalk sonucu, Bence-Jones proteini eklinde idrara
geer. Bu zellikleri, antikorlarn saflatrlmalarn ve yaplarnn
incelenmesini byk lde kolaylatrmtr.
T-lenfositlerinin eitliliini (antijen zgnln) ise
membrann ayrlmaz bir esi olan T-reseptr belirler. Membran
proteinleriyle almann getirdii glkler (miktarlarnn azl,
membrandan zndrlerek saflatrlmalarnda karlalan glkler)


nedeniyle T-reseptrleri zerindeki almalar ancak son yllarda
ilerlemeler gstermitir.
11.1. Antikorlar-yaplar, snflar ve oluum mekanizmalar
Antikorlarn (immnglobulinlerin) oluumu, yapsal farkllklar,
lenfositlerin farkl zgnlkte ve farkl snflarda antikorlar
sentezleyecek biimde programlanmalar tp ve biyolojinin ilgin
konularndan birisini oluturmutur.
Antikor sentezi, bak yantn ok nemli bir aamasn
oluturur. Antikorlarn virs, bakteri hcresi, vb. organizmaya yabanc
etmenlerle (ksaca antijenlerle) birleerek onlar sabitletirmeleri humoral
bakln esasn tekil eder.
Antikorlar (immnglobulinler), immnglobulin G (IgG),
immnglobulin M (IgM), immnglobulin A (IgA), immnglobulin D
(IgD) ve immnglobulin E (IgE) olarak gsterilen be ana snfa ayrlr.
IgG serumdaki immnglobulinlerin yaklak % 80ini oluturur ve
virslerle savata n planda rol oynar. Gerek partikl nitelikli, gerekse
znm antijenler (toksinler) ile etkileim gsterir. kincil bak
yantn oluumunu salayan, plasentadan fetse geen tek
immnglobulin tipidir. IgM, genellikle, IgG ile ortak ilevler stlenmi
olup, bak yantn gelimesi srasnda serumda ilk ortaya kan ve
birincil yantn esasn oluturan immnglobulin tipidir. IgM ayrca (IgD)
gibi lenfosit yzeylerinde antijen reseptr ilevini de stlenir. IgA, sero-
mkoz salglarda bulunur ve organizmann d yzeylerinin
korunmasnda rol oynar ve salglanan immnglobulin olarak da
tanmlanr. IgE ise, zellikle allerjik reaksiyonlarda rol oynayan


immnglobulin tipidir. mmnglobulin snflarnn baz zellikleri Tablo
11-1de verilmitir.

zellikleri IgM IgD IgG IgA IgE
Ar zincir
o o c
Hafif zincir

k

k

k

k

k
Ig moleklndeki
ana birim says
5 1 1 1-2 1
Komplement
aktifletirme
++++ - ++ - -
Plasentadan gei - - ++ - -
Makrofaja
balanma
- - + - -
Mast hcrelerine
balanma
- - - - +

Tablo11-1. Antikor (Ig) snflar.

Organizmada en sk karlalan ve immnglobulinlerin en byk
kesimini oluturan immnglobulin tipi olmas nedeniyle, almalar n
planda IgG zerinde yrtlmtr. ki ar (M
r
50000) ve iki hafif
(M
r
25000) polipeptit zincirinden oluan ana yaps tm immnglobulin
tiplerine ortak olduundan, IgG moleklne ilikin bilgiler dier
immnglobulin snflarnn temsilcilerinin yap ve ilevlerine de k
tutacak niteliktedir. mmnglobulin G yaklak 6,6S sedimentasyon
katsayl (bu nedenle 7S immnglobulin olarak gsterilen) 150000 dalton
molekl arlkl, uzun Y-biiminde bir molekldr (ekil 11-5).


Edeer iki yarm moleklden oluan, simetrik bir yapya sahiptir. Her
yarm molekl bir hafif ve bir ar zincirden oluur. Bu zincirler, hafif
zincirin 214., ar zincirin ise 215. sradaki sisteyin gruplar arasnda
olumu S-S kprs zerinden kovalent olarak balanmtr. Ar
zincirler arasnda olumu S-S kprs ise, iki yar molekl kovalent
olarak birletirir. Y-biimindeki yapnn iki ucu antikor moleklnn
antijen balama blgelerine karlk gelir. Buna gre, her antikor
molekl iki deerliklidir. Proteaz (papayin) ile ilem grdnde, bu
ulara karlk gelen iki para (Fab= antigen binding fragments) ile Y-
yapsnn sapna karlk gelen ve kolayca kristalletirilebilen bir para
(Fc= crystallizible fragment) aa kar. Fab paras btn bir hafif
zinciri ve ar zincirin NH
2
-ucundan itibaren ilk 200 amino asitlik
blmn ierir. Fc paras ise, molekln ar zincirlerinin son 200
amino asitlik blmlerini kapsar. Ar zincirlerin papayin etkisine ak
blgesi antikorun menteesi olarak tanmlanr. Bu blge zellikle esnek
yaps ile antijen balayan kollarn (=Fablarn) aralarnda
oluturduklar ann deiken olmasn salar. Molekln sap
blmnn yapsal zellikleri deiik Ig snflarna ait antikor
moleklleri arasndaki farkllklar belirler (ekil 11-6). Sap blgesi ayn
zamanda antijenleriyle etkileen antikorlarn organizmada ikinci aamada
tetikledikleri reaksiyonlarn eidini ve yerini belirler (ekil 11-7).



ekil 11-5. Antikor molekl. Deiken blmler glgeli,
ok deiken diziler ise izgili gsterilmitir.



ekil 11-6. Ar zincirlerin sap (Fc) blmlerinin
antikor snflarn belirleyici rol.



ekil 11-7. Sap (Fc) blmnn antijen-antikor etkileimini
izleyen reaksiyonlar belirlemesi.
Antijen-IgG kompleksinin zgn -Fc
reseptrleri zerinden makrofajlarn iine
alnmas (fagositoz).

IgG molekln yapsna ilikin bilgide en byk aama eitli
hafif ve ar zincirlerin birincil yaplarnn aydnlanmasyla
gereklemitir. Normalde, serumda bulunan IgG kesiminin, deiik
amino asit ierikli IgG molekllerinin oluturduu oktrel (heterojen)
bir karm olmas, birincil yaplarnn aydnlanmasna balangta bir


engel oluturmutur. Ancak, yukarda belirtildii gibi, miyelom
hastalarnda serumdan IgG, idrardan ise, hafif zincir kesimlerinin saf
olarak ve byk miktarda eldesiyle ok sayda deiik hafif ve ar zincir
zerinde dizileme almalar gerekletirilmitir. Elde edilen bulgulara
gre, zincirlerin NH
2
-ularndan balayarak, yaklak ilk 110 amino asidi
kapsayan blmndeki amino asit ierii deikendir. Zincirlerin
yaklak 110. amino asitten -COOH ucuna kadar uzanan blmnn
amino asit dizisi ise deimez (sabit) niteliktedir. Deiken blmlerin
28.-35., 50.-65. ve 90.-110. amino asitleri arasn kapsayan altblmleri
ise, zellikle byk deikenlik gsterir (ekil 11-8).
Birincil yaplar, zincirlerin, yinelenen bir motifin (zgn amino
asit dizisinin) ardak sralanmasyla, olutuunu gstermektedir. 100-
110 amino asitlik bu diziler hafif zincirlerde iki, ar zincirlerde ise drt
kez yinelenmektedir. Diziler, ierdikleri ortak motife bal olarak amino
asit ieriklerinde % 30un zerinde bir benzeiklik gsterir. Her dizide
ayrca 50-60 amino asit ile ayrk iki sisteyin grubu ve bunlarn aralarnda
oluturduu zincir ii S-S-kprs bulunur (ekil 11-9). Bu bulgular,
topluca Ig zincirlerinin ilkel bir genin evrim srecindeki oalm sonucu
olutuunu ortaya koymaktadr. Zincirlerin X-nlar salm analizine
gre her motif, kendi iinde btnl olan bir boyutlu yapya



ekil 11-8. Farkl hafif zincir deiken blmlerinin.
amino asit dizileri.



ekil 11-9. Antikor zincirlerinde yinelenen motif.

(domain) karlk gelmekte ve katlanan B-plili tabakalardan meydana
gelen bir iskelet iermektedir (ekil 11-10). Deiken blmlerin
oluturduu, gene ayn zelliklerdeki, domain yap iinde, ok
deiken diziler bir araya gelerek epitoplar kavrayan oyuklar (=antijen
balama blgelerini) oluturur. Epitop yzeyini tmleyici nitelikleri
nedeniyle, ok deiken diziler komplementerlii belirleyen blgeler
(complementarity determining regions (CDRs)) olarak ta
tanmlanmaktadr.



ekil 11-10. Hafif zincirin deiken ve sabit blmlerine
karlk gelen domainler.

11.2. Antikor-antijen etkileimi
Aktif proteinlerin bir snfn oluturan antikorlarn zgn
antijenleriyle etkileimi, aktif protein-ligant etkileimleri iin geerli
kurallara baldr. Antikor-antijen etkileimlerinin incelenmesinde
hapten ad verilen kk bileikler nemli bir rol oynar. Bu kk
bileikler, makromolekl niteliinde olmamakla birlikte, bir
makromolekle, rnein bir proteine, balandklarnda antijen zellii
kazanr, kendilerine ynelik antikorlarn oluumuna yol aar. Hapten,
daha sonra oluan zgl antikorlarla yalnzca da etkileebilir. Kk
molekller olarak haptenler, tek deerlikli olup, tek bir antikor balama
blgesiyle etkileim gsterir. Haptenler, bu zellikleriyle antijen
zerindeki epitoplara karlk gelir. eitli radyoaktif iaretli hapten ve
trevlerinin zgl antikorlarla etkileimi denge diyalizi ile incelenerek,
ayrm sabitleri (K
d
) saptanabilir. Antijen antikor etkileimi hapten ile
antikor etkileiminden daha karmak niteliktedir. Makromolekl
nitelikleriyle antijenler zerinde birden ok sayda ve eitte antijenik
blge bulunabilir. Normalde, tek deerlikli bir haptene kar da (onunla


deiik ilginlikle etkileebilen) birden ok zgn antikor eidi
bulunabilir. Buna gre, bir antijene kar oluan antikor eitlerin says
da antijen moleklnn karmaklyla orantl olarak fazla olacaktr.
Dier yandan, deiik antijen (rnein protein) moleklleri ortak
antijenik blgelere (rnein ayn amino asit dizilerine) sahip olabilir.
Bunun sonucu, ortak blgeye ynelik olan antikorlar bu blgeye sahip
dier antijenlerle de etkileebilir.
Baklama srecinde bata, birincil yant srasnda, serumda
ortaya kan antikorlar antijene kar genelde dk bir ilginlik gsterir
(K
d
>10
-5
M). Ancak, bakln gelimesine kout olarak ortaya
kan yeni antikor eitlerinin ilginlii arpc lde yksektir
(K
d
= 10
-9
-10
-10
M). Bu olgu, daha nce de deinilen pozitif seleksiyon
mekanizmasndan kaynaklanr. Bu mekanizma, baklama srecinde
antijenle daha iyi etkileebilen antikorlarn sentezi dorultusunda
programlanm bellek hcrelerinin geliiminden sorumludur.
Antijen ve antikorlar arasndaki etkileim zayf balarn
oluumuna baml olup, tersinir (geri dnml) niteliktedir. Ancak, bu
etkileim gerekte ileri derecedeki kalmllyla gze arpar. Tek
deerlikli bir hapten ile antikoru arasnda gzlenebilecek tersinir
etkileim ok deerlikli bir antijen moleklnn zgn antikorlaryla
etkileiminde grlmez. ki ok deerlikli makromolekln arasnda
kurulan ok saydaki zayf balarn sonucu ortaya kan birletirici g,
tm balarn glerinin saysal toplamndan ok daha fazladr. Bu tr
etkileimlerin kalmll ilginlik (affinity) yerine kooperatif
balanma (avidity) kavram ile aklanr. lginliin lt olan
ayrm dursays ok deerlikli etkileimlerde stel bir art gsterir.


Bunu iki farkl antikorun ayn antijenin farkl epitoplar ile etkileimi
(ekil 11-11) srasnda meydana gelen toplam serbest enerji
deiimini gsteren eitliklerden karmak
1
olanakldr: (K= birleme denge dursays = ) (bkz.Blm 5.3):
K
d

AG
1
= -(2,3)RTlog K(1) , (11-1)
AG
2
= -(2,3)RTlog K (2) , (11-2)
AG
T
= -(2,3)RT(log K (1)+log K(2)) , (11-3)
= -(2,3)RT(log K (1)xK (2)) ,
= -(2,3)RT(log K
(avidity)
) .
rnein, K (1)= 10
4
M ve K (2)= 10
2
M olduunda,
K
(avidity)
= 10
6
M.

Kooperatif balanmann kalmllnn nedeni, iki makromolekl
arasnda tersinir nitelikteki ok sayda badan bir zaman kesitinde,
srekli olarak bazlarnn krlmasna karn, dierlerinin kurulu
kalmasdr.

Buna karlk, haptenin balanmasnda etkili, snrl sayda zayf ban
tmnn ayn zaman diliminde yeniden krlma olasl yksektir. Bu
durum, hapten moleklnn yeniden ayrmasna yol aarak,
hapten-antikor etkileiminin greli kalmszln belirler. Kooperatif
balanma, zellikle baklanma srecinde oluan ve organizmaya giren


antijene kar gelien antikorlarn tmn ieren antiserum ile antijen
arasndaki etkileimlerde belirleyici olur.

ekil 11-11. ki farkl antikorun ayn antijenin farkl
epitoplar ile etkileimi.

Antijen ve zgn antikorlar arasndaki ok deerlikli etkileim,
ayrca boyutlu olarak dnlmesi gereken bir moleklsel rgnn
ortaya kmasna yol aar (ekil 11-12). Antijen ile zgn antikor
moleklleri arasnda bu kalml rgnn meydana gelii antijen-antikor
etkileiminin rn olarak dnlebilecek bak kelein
(immnpresipitatn) esasn oluturur. Bak kelek, antijenle
antikorun eit deerlilik veren deriimlerde etkileime girmesiyle grlr
(ekil 11-13). Antijen ya da antikorun fazlalnda gerekleen
etkileimlerde ise znr nitelikte bir bak kompleks oluur. Ayn
ekilde, tek deerlikli haptenin antikoruyla etkileimi znr bir bak
kompleks oluumuyla sonulanr.



ekil 11-12. Antikor-antijen etkileimi sonucu
ortaya kan rg yap.

Antikor-antijen etkilemesi sonucu ortaya kan sabit, suda
znmeyen rn organizmann dier korunma sistemlerini (rnein
makrofajlar ve komplementi) tetikler. Komplement sisteminin ilk gesi
antijene (rnein, yabanc hcrenin yzeyindeki antijenik blgelere)
balanan antikorun F
c
-blmnce aktifletirilir. Komplementin ilk
gesinin aktiflemesinden sonra, belirli bir sraya gre komplementin
herbir gesinin kendisinden bir sonrakini aktifletirmesiyle oluan
zincirleme (cascade) reaksiyonda en son aa kan etkin 9.ge hedef
hcrelerin membranlarnn paralanmasna ve hcrelerin eriyip, ortadan
kalkmasna (lizise) yol aar (ekil 11-14).



ekil 11-13. Bak kelek oluumunun antijen
ile antikor deerlik oranlarna ball.



ekil 11-14. Komplement sistemi.

11.3. Antikorlarn eitliliini belirleyen moleklsel mekanizmalar
Doada antijen aday maddelerin yksek saysyla orantl olarak
bu maddeleri tanyabilen zgn antikorlarn saysnn da yksek olmas
gerekir. Bu denli ok sayda antikor eidi organizmada nasl
olaabilmektedir? Bu sorunun son yllarda bulunan yantna gemeden,
konuyla ilgili baz noktalarn irdelenmesi yararl olacaktr.
Antikorlarn balama blgeleri hafif ve ar zincirin deiken
amino asit dizili blmlerinden oluur. Bu diziler ise antijen balama
blgesinin boyutlu yapsn ve de antijen zgnln belirler. Antijen
balama blgesinde iki zincirin deiken dizilerinin bir araya gelmesi
zgnln eitlenmesinde byk bir ekonomi salar. Bu dizilerin
eitli dzenlenilerle bir araya gelmesi antikor olaslklarn stel olarak
artrr. rnein, 10
3
deiik hafif ve 10
3
ar zincirin deiik tertiplerle
oluturabilecei antikor olasl 10
6
olacaktr. Ancak, biner (hatta yzer)
farkl hafif ve ar zincir geninin varl bile, bu zincirlerin deimez
blmleri ile badamaz gzkmektedir. Zira, deimez bir amino asit
dizisini ifreleyen ve genomda ok kez yinelenen bir genin mutasyona
uramamas olas deildir. Ayrca, deimez blmlere zg alotiplerin
Mendel kurallarna uygun segregasyonu da deimez blm ifreleyen
ok sayda gen dncesiyle uyumamaktadr. Zincirlerin deiken ve
deimez nitelikteki iki ayr blmden meydana gelmeleri ise, bu
zincirlerin 1 gen 1 polipeptit kuralna bal olamayacan ortaya
koymaktadr. Ancak, btn bu noktalar karyot genlerinin ekson ve


intronlardan oluan zel yap dzeni ile aklamak mmkndr.
Deiken blm ifreleyen farkl ve ok sayda ekson bulunabilir.
Bunlar deiik tertiplerde deimez blm ifreleyen tek (ya da ok az
saydaki) ekson(lar)la birleebilir. Bu dnce, ilk kez Dreyer ve Bennet
tarafndan nerilen bir modelde dile getirilmitir (ekil 11-15). Bu
aratrclar, bir antijene kar birincil yant srasnda, nplanda, IgM
snf, ikincil yant srasnda ise, IgG snf antikorlarn olumasna bir
aklama getirmeye almtr. Yukarda da anlatld gibi, IgM ve IgG
snf antikorlarn ( ve K tipi) hafif zincirleri ortak olmakla birlikte, (
ve tipindeki) ar zincirleri, deimez blmlerinin birincil yaplar
asndan, farkldr. Ayn antijen ile etkileim gstermeleri, IgM ve IgG
molekllerinin ar zincirlerinin deiken blmlerinin (farkl snf
zellikleri gsteren deimez blmlerine karn) ortak olduunu ortaya
koyar. Dreyer ve Bennet modelinde, szkonusu IgM IgG deiiklii,
deiken blge eksonunun birincil yantta -eksonu ile, ikincil yantta ise
-eksonu ile birlemesiyle aklanmtr (ekil 11-15).
Dreyer ve Bennet modelinin ana hatlaryla geerlilii
rekombinant DNA teknikleriyle gsterilmitir. Bu tekniklerin kullanld
almalar son 15 yllk srede ayrca antikor eitliliine ilikin soruya
da ayrntl yant getirmitir. Bu almalar hafif zincir genleri (insanda
() 22. ve (k) 2.kromozom) ve ar zincir genleri (insanda 14.kromozom)
zerinde yrtlmtr. Bulgular, deiken blmlerin farkl blgelerine
karlk gelen (birden) ok sayda gen segmentinin varln ortaya
koymutur. Bunlar, yukarda da irdelendii gibi, deiik tertiplerde
birleerek (=somatik rekombinasyon) antikor eitliliini salar. k


genlerini kapsayan DNA, blmlerinde deiken blmlerin NH
2
-
ucundan balayarak ilk 98 amino asidi ifreleyen 150-250 farkl gen
segmenti (ekson) bulunur. Deikenlik (variability ya da ksaca V)
segmentleri olarak adlandrlan bu segmentler birbirlerinden byk
(10-15 kb) uzaklklarla ayrlmtr.

ekil 11-15. Dreyer ve Bennet Modeli.


Her V-segmentinin nnde, sentezlenecek zincirlerin endoplazmik
retikuluma aktarmn salayacak olan nc amino asit dizisini (leader
sequence) ifreleyen L-segmenti bulunur. V-segmentlerini, henz
belirlenemeyen bir uzaklkta, be farkl birletirici (joining ya da
ksaca J-) gen dilimi izler. Deiken blmlerin son 12 amino asidini
ifreleyen J-segmentleri birbirlerinden 300-350 b uzunlukta intron
blgelerce ayrlmtr. Sonuncu J-segmentinin (J k
5
) 2 kb gerisinde ise,
yukardaki irdelemeleri dorular biimde, sabit blm ifreleyen tek bir
(constant ya da C) segmenti bulunur (ekil 11-16). Ancak, aklanan
bu dzen embriyonik DNAya zgdr. Farkllam lenfositler, plazma
hcreleri ya da miyelom hcrelerinde ise V-segmentlerinden birinin
rastlantsal olarak J-segmentlerinden biriyle birlemi olduu gzlenir.
Buna gre, zincirlerin deikenlii ve lenfositlerin zgnlemesi somatik
(V/J) rekombinasyonuyla belirlenmektedir. V/J birleme noktasndaki
esneklik (birlemenin her zaman ayn nkleotit yerine bir iki nkleotitlik
kaymalarla gereklemesi) bu noktadaki amino asidin zellikle deiken
olmasn salar. Nitekim, buradaki dizi, antijen balama blgesini
oluturan en deiken diziden birine karlk gelir. Belirli farkllklara
karn, lokusunda benzer bir dzen bulunur.
Ar zincir genlerinde durum daha karmaktr. Ar zincirlerin
NH
2
-ularndan balayarak ilk 88 amino asidi ifreleyen yaklak
80 V-geni bulunur. Ar zincirlerin 89.-97. amino asidi arasndaki blm
ise, saylar 50 civarnda olan eitlilik (diversity ya da D) geni
tarafndan, 97.amino asitten 110.u amino aside dek uzanan blm ise 6
deiik J-geni tarafndan ifrelenir. Ar zincirlerin deiken blmlerini


ifreleyen bu blgeyi srayla, ar zincirlerinin sabit blgelerini
ifreleyen, , o, , c ve o genleri izler (ekil 11-17).

ekil 11-16. Hafif zincir genleri arasnda somatik
rekombinasyon.

Sabit blge genlerinin herbiri ayr bir domaine karlk gelen ekson
ierir. V/D/J birlemeleri ok sayda olasln ortaya kmasn mmkn
klar. Ayn ekilde, V/D ve D/J kaynama noktalarndaki esneklik bu
noktalara karlk gelen kodonlarn zellikle deiken olmasn salar ve


dolaysyla olaslklarn artmasna neden olur. Somatik rekombinasyon,
bylelikle hafif zincirlerde (K zincirlerinde) 150(V)x5(J)x3(V/J
esneklii) ~2250 deiik olasln, ar zincirlerde ise 80(V)x50(D)x
5(V/D esneklii)x6(J)x5(D/J esneklii) yaklak 600000 deiik
olasln ortaya kmasn olanakl klar.
Hafif (~2250) ve ar (~600000) zincirlerin de deiik tertiplerle
birlemeleri, deiik antijen zgnlne sahip, yaklak 1.4x10
9
deiik
antikor eidinin (ve deiik zgnlkte B-lenfosit eidinin) ortaya
kmasna olanak salayacaktr.
Miyelom hcrelerinin normalde belirli V/J hafif zincir ve V/D/J
ar zincir kombinasyonlarna sahip olmalar beklenir. Ancak, kltrde
oaltldklar zaman, bu hcrelerden, birbirlerinden farkllaan ve yeni
antikor eitleri salglayan, soylar tredii gsterilmitir. Bu bulgu, belirli
deiken blgeleri ifreleyecek biimde dzenlenmi hafif ve/ya da ar
zincir genlerinin zaman iinde somatik (nokta) mutasyonlara uradn
ortaya koymaktadr. Bu mutasyonlar zellikle ok deiken dizileri
etkiler. Bu dizilerin yaklak 30 amino asitlik bir uzunluu olduu ve
mutasyonlarn 10 farkl amino asit eidinde deiikliklere yol at
varsayrsa, ortaya 10
30
olaslk kacaktr. Buna gre, somatik
rekombinasyonlarn tesinde devreye giren bir somatik mutasyon
mekanizmas antikor eitliliini ok daha yksek dzeylere
karr.



ekil 11-17. Ar zincir genleri arasnda somatik
rekombinasyon. IgM IgG geii.

Somatik mutasyon mekanizmas baklama srecinde yksek ilginlikli
yeni antikor eitlerinin gelimesini olanakl klar.
Hafif zincir genlerinde V/J, ar zincir genlerinde ise V/D ve D/J
birlemelerini salayan somatik rekombinasyonun moleklsel
mekanizmalar bir lde aydnlanm bulunmaktadr. V, D ve J


genlerinin iki yanlarnda yedilik bir -CAC(A)GTG- dizisi ile bundan 12
ya da 23 baz iftlik bir ara blgeyle ayrlan dokuzluk bir -ACATAACC-
dizisi bulunur. Bu dizilerin DNA ift sarmalndaki bir dzenlemeyle
ilmik yap dzenine dnmesi krpma srecini kolaylatrr. Bylece V,
(D) ve J segmentleri (doal olarak deiik kombinasyonlarda) bitiik
konuma gelerek deiken blm ifreleyen bir gene dnr (ekil 11-
18).
Her lenfosit, iki hafif (k ve ) zincir ve bir ar zincir gen
blgesine (lokusa) ve ayrca her lokus iin iki allele sahiptir. Somatik
rekombinasyonun lenfositin zgnlemesi srecinde her lokusta ve
allelde dierlerinden bamsz, ancak onlara kout yrd
dnlmektedir. Bu durumda lenfosit iinde 4 eit (2k ve 2) hafif
zincir ve 2 eit ar zincirin ve bunlarn deiik olaslklarda
birlemesiyle 32 deiik antikor eidinin meydana gelmesi szkonusu
olacaktr. Ancak, her lenfositin yalnzca tek tipte ve zgnlkte antikor
sentezledii bilinmektedir. Allellerin dlanmas (allelic exclusion)
olarak tanmlanan bu olgu, hafif ve ar zincir genlerindeki
rekombinasyon olaylarnn yksek hata olaslndan kaynaklanabilir ve
meydana gelen dzenlenmelerin ou anlamsz nitelikte olabilir. Somatik
rekombinasyonun tamamland ilk allelin rnnn dier allelleri
basklamas bu balamda dnlebilecek dier bir olaslktr.



ekil 11-18. ntronlarn u dizileri ve V/J, V/D
ve D/J birlemeleri.

Dier yandan, birincil yantta ortaya kan zincirleri DNA dzeyinde
etkili bir geri besleme feed-back mekanizmas zerinden deiken
blge (V/D/J) geninin (ya da dier) genlerle birlemesine yol aacak
yeni bir rekombinasyon srecini (dolaysyla IgM IgG geiini)
tetikleyebilir.
T-reseptr zerindeki almalar, antikor molekllerinin yap ve
genleri zerindeki almalar, yukarda da belirtildii gibi, olduka
gecikmeli olarak izlemitir. Ancak, son yllarda bu konuda da nemli
ilerlemeler salanmtr. T-reseptr o(molekl arl 27000 dalton)


ve |(molekl arl 32000 dalton) olarak tanmlanan, glikosillenmi, iki
polipeptit zincirinden oluan bir heterodimerdir. o ve | zincirleri,
antikor zincirlerinde olduu gibi, NH
2
-ucuna ynelik bir deiken ve
COOH-ucuna ynelik bir sabit blmden meydana gelmektedir. Hcre
yzeylerinde, yani antijenle etkileebilecek konumda bulunan deiken
blme karn, sabit o-sarmal yapl dizi membran boylamasna geer
(membran ii altblm), COOH-ular ise sitoplazmaya sarkar
(sitoplazmik altblm) (ekil 11-19).

ekil 11-19. T-lenfosit reseptr.
T-reseptrlerinin o ve | zincirlerinin deiken blgelerinin
eitlilii de antikorun molekllerinde olduu gibi ok sayda V, D ve J
geninin deiik olaslklarla somatik rekombinasyon mekanizmasyla
birlemesiyle ortaya kar (ekil 11-20).



ekil 11-20. T-reseptr genleri.

11.4. T-lenfositleri
Reseptrleri tarafndan belirlenen antijen zgnlklerinin yan
sra T-lenfositleri ilevleri asndan altsnfa ayrlr:
1) Sitotoksik T-lenfositleri: Eylem hcreleri niteliinde olup,
yabanc
hcreleri ya da ayn organizmann (ya da soyun) virs ile infekte
olmu
hcrelerini dorudan etkiyle ldrr.
2) Yardmc (Helper) T-lenfositleri: Dzenleyici nitelikte olup,
humoral bak yantn ve/ya da sitotoksik T-lenfositlerine dayal
hcresel yantn olumasna yardmc olur, makrofajlar aktifletirir.
3) Spresr T-lenfositleri: Gene dzenleyici nitelikte olup, B- ve
T-lenfositleri tarafndan balatlan yantlar basklar.
T-lenfosit altsnf temsilcileri, tadklar yzey proteinlerine gre
de tanmlanrlar: yardmc T-lenfositleri CD4, spresr ve sitotoksik
T-lenfositleri ise CD8 yzey proteinlerine sahiptir. Bu yzey antijenleri,
T-lenfositlerinin antijenleriyle etkileiminde belirleyici rol oynar.
T-lenfositlerinin antijenle etkileimi T-reseptr zerinden (ve
tpk B-lenfositlerinde olduu gibi) zgn biimde gerekleir. T-


lenfositleri bu etkileim zerine genel etkinlikte, belirli bir antijene
(epitopa) zgnl olmayan protein moleklleri salglar (ekil 11-
21). Bu tr, T-lenfositlerince salglanan proteinler kapsamna
interlkinler ve perforin girer. Kk miktarlarda salglanmalar ve dk
deriimleri nedeniyle bu proteinler T-lenfositlerinin yakn evrelerinde
etkili olabilir. Buna karn,

ekil 11-21. B- ve T-lenfositlerinin antijen tanma ve
yant verme ekilleri.
yukarda grld gibi, antikor moleklleri B-lenfositleri (plazma
hcreleri) tarafndan byk miktarlarda sentezlenerek salglanr.
Gdml bir mermi gibi antijeni, zgn epitoplar zerinden,
organizmann uzak kelerinde bile tanr.
11.5. T-lenfositleri ve ana doku uyuum kompleksi (major
histokompatability complex (MHC))


T-lenfositlerinin antijenlerini zgn reseptrleri araclyla
tanyp, yant oluturmalarnda MHC proteinlerinin aracl gereklidir.
MHC kompleksi MHC1 ve MHC2 olarak iki ana gruba ayrlr.
Her iki grubun temsilcileri de T-reseptrleri gibi transmembran konumlu
iki deiik eit polipeptit zincirinden oluur. Normalde tm ekirdekli
vcut hcrelerinin yzeylerinde bulunan MHC1 daha nceden
tanmlanm transplantasyon antijenlerine karlk gelir. MHC1 bylece
bireyler arasnda doku (ya da organ) aktarmnn sonucundan ncelikle
sorumludur. Bunun tesinde, sitotoksik T-lenfositlerinin virsle infekte
olmu hcreleri tanmalar, virs antijenlerinin bu hcrelerin
yzeylerinde, bireye zg MHC1 antijenleriyle birlikte
konumlanmalaryla (sunulmalaryla) olanakl olmaktadr (ekil 11-
22).
MHC2 snf antijenler ise, MHC1 snf antijenlerin aksine,
bak sistemin temsilcileri olan hcrelerin (makrofajlar, B- ve T-
lenfositleri gibi) yzeylerinde bulunur. Yardmc T-lenfositlerin bak
yant oluturan lenfositleri (B- ya da T-eylem hcrelerini) uyarmalarn
salar. Ancak, bu srete, yardmc T-lenfositlerinin nce, antijeni iine
alp sindirdikten sonra epitoplar yzeylerinde sunan makrofajlar gibi,



ekil 11-22. Sitotoksik T-lenfositleri yalnzca zgn
virs epitoplarn kendilerinden olan
(MHC1 uyumlu) somatik hcre yzey-
lerinde grdklerinde etkin olabilmektedir.

sunucu hcreler tarafndan uyarlmalar gerekir. Yardmc T-
lenfositlerinin sunucu hcreler tarafndan uyarlabilmeleri epitoplarn bu
hcrelerin yzeyinde MHC snf 2 antijenleriyle birlikte bulunmalarna
baldr (ekil 11-23).



ekil 11-23. Yardmc T-lenfositi zgn epitopunu ancak
sunucu hcrelerin yzeyinde MHC snf 2
antijenleriyle birlikte tanr.
MHC snf 1 antijenleri insanda HLA (insan lkosit antijenleri
human leukocyte antigens) genleri HLA-A, HLA-B ve HLA-C,
MHC snf 2 antijenleri ise HLA-D genleri tarafndan ifrelenir
(Tablo 11-2).

Snf 1 Snf 2
Gen lokusu
(insanda)
HLA-A, HLA-B,
HLA-C
HLA-D
Kromozom
(insanda)

6

6
Altbirim yaps 45000 daltonluk bir
glikoprotein + |
2
-
o-zinciri (33000
dalton) + |-zinciri


mikroglobulin (28000 dalton)
Konum Btn ekirdekli vcut
hcre yzeyleri
B T-lenfositleri ve
makrofajlarn
yzeylerinde
Antijenle birlikte
sunulduu hcre

Sitotoksik T-
lenfositleri

Yardmc T-lenfositleri
Polimorfizm +++++ ++

Tablo 11-2. MHC snf 1 ve 2 glikoproteinlerin zellikleri.

Bu genlerin ok polimorfik olmalar (yani her gen iin dzinelerle
deiik allelin bulunmasyla) gze arpar. Bu polimorfizm bir seleksiyon
basksndan kaynaklanabilir. Bak sistem ile mikroorganizmalar
arasndaki savamda mikroorganizma ya da virsler, bir yandan zgn
lenfositleri uyaran epitoplarndan, dier yandan antijenlerinin MHC
antijenleriyle etkileimi iin gerekli blgelerinden kendilerini arndrma
zellii gsterir. Bu koullar yerine geldiinde klf deitiren
patojenlerin byk kymlara yol aacak salgnlara neden olmalar
beklenebilir. Polimorfizm byle durumlarda patojenlerin yeni klfyla
birleebilecek MHC molekllerine sahip bireylere, dolaysyla tre,
varln srdrlme ynnde bir gvence oluturabilir.
Yukarda da belirtildii gibi, aktiflemeleri zgn antijenle
etkileimlerine bal olmasna karn, T-lenfositlerinin aktifletikten
sonra sentezleyip salgladklar proteinler (antikorlarn aksine), genelde
antijen zgnlne sahip deildir. rnein, sitotoksik T-lenfositleri,
zgn (viral) antijenleri MHC snf 1 antijenleriyle birlikte yzeylerinde
tayan somatik hcrelere balandktan sonra, ilevlerini salgladklar


perforin tipindeki proteinler araclyla gerekletirir. Sitotoksik T-
lenfositlerinin ve yakn ilevli katil T-hcrelerinin salgladklar perforin
moleklleri hedef hcre membranna yerleir. Bu proteinlerin Ca
2+

varlnda polimerlemesiyle meydana gelen kanal yapsndaki
gzenekler hedef hcrenin ksa srede litik lmne yol aar (ekil 11-
24 ve 11-25).
Antijen tarafndan aktifletirilmelerini izleyen srede, yardmc T-
lenfositlerinin sentezleyip salgladklar proteinler (interlkinler)de
baksal yant kapsaml biimde etkiler (Tablo 11-3). Salglanan
interlkinler zgn reseptrlere sahip lenfositlere balanarak bunlar
aktifletirir. Buna gre, interlkinler yardmc T-lenfositlerinin antijene
yant olarak, bak sistemin eitli temsilcilerini aktifletirmek zere
salglad, ancak, antikorlarn aksine, antijenle dorudan etkilemeyen
proteinlerdir. nterlkinler, yardmc T-lenfositlerinin yan sra, sunucu
nitelikli hcrelerce de, rnein makrofajlarca, sentezlenir.



ekil 11-24. Sitotoksik T-lenfositlerinin hedef hcreyi
perforin araclyla ldrmesi.

11.6. Bak yantn oluumunda hcresel ve moleklsel
mekanizmalar
Genelde, bak yantn (humoral yant dahil) oluumu iin
yardmc T-lenfositlerinin ibirliine gerek vardr. Bununla birlikte,
T-lenfositlerinin varln gereksinmeyen humoral yantlar da
bulunduundan, humoral bak yant genelde T-lenfositlerinden
bamsz ve T-lenfositlerine baml olmak zere iki snfa ayrlr.
T-lenfositlerinden bamsz humoral yant bakteri hcre
duvarnn elerinin (=poliklonal B-hcresi aktifletiricilerinin)
varlnda gerekleir. Bakteriyel lipopolisakkarit (LPS) kesimleri bu
tr etkileriyle



ekil 11-25. Komplement sistemi eleri ile perforinin
etki mekanizmalarndaki benzerlik.

tannr. Bakteriyel LPSe bal antijenin yan sra, T-hcrelerinden
bamsz humoral yant dzenli biimde yinelenen yaplar (epitoplar)
tayan (ok deerlikli) baka antijenlere kar da gerekleir. Bu tip
yantn oluumunda belirtilen tr ok deerliklik antijenin, B-lenfositinin
yzey antikorlaryla ezamanl etkileerek bunlar arasnda kpr tipinde
balantlar kurmas nem tar (ekil 11-26). Bu ekilde birleme ok
deerlikli antijenin yzey antikorlar ile birlikte endositoz yoluyla hcre
iine alnmasna ve dolaysyla aktifleme iin gerekli olan uyarya yol
aar.

Molekl
arlk
(dalton)

Biyolojik etki

Kayna
IL-1 15000 tims hcrelerinin
oalmas;pirojen
etki;IL-2 indklen-
mesi
makrofajlar,
monositler,
B-lenfositleri
IL-2 15000 T-lenfosit oalmas,
(G
o
evresinden k)
aktiflemi
T-hcreleri
IL-3 25000 hemopoetik kk aktiflemi T-lenfo-


hcrelerinin farkl-
lamas
sitleri ve miyelomo-
nositik lsemi hcre-
leri (WEHI-3)
IL-4
(B-cell stimu-
lating factor
1)
(BSF-1))
20000 B-lenfositlerinin ak-
tiflemesi; B-hcre-
leri zerinde MHC2
antijenlerinin sergi-
lenmesi
aktiflemi
yardmc
T-hcreleri
IL-5
(B-cell
growth
factor 2
(BCGF-2))
50000 B-lenfositlerinin
oalmas ve
olgunlamas
IL-4 gibi
IL-6
(B-cell
stimulating
factor 2
(BSF-2))
25000 B-lenfositlerinin
Ig-salglayan hc-
relere dnmesi
Yardmc T-lenfo-
sitleri ve makro-
fajlar
IL-7 17000 T-lenfositlerinin oalma
ve farklla-
mas. B- ve T-lenfo-
sit geliiminin dzen-
lenmesi

(?)
IL-8 8000 Ntrofillerin endo-
telial hcrelere yap-
masn salar
Monositler,
fibroblastlar
IL-9 (?) T-hcre soylarnn
yaamalarn ve
eritroit koloni oluu-
munu salar

(?)

Tablo 11-3. Baz interlkinler (IL)in zellikleri.



ekil 11-26. ok deerlikli antijen lenfosit etkileimi.

Genelde, znm olarak bulunan ve yzeylerinde snrl sayda
epitop tayan antijenlere kar humoral yantn oluumu yardmc T-
lenfositlerinin ibirliini gerektirir. Bu ibirlii, B-lenfositi ile ayn
antijen zerindeki baka epitoplarla etkileen yardmc T-lenfositlerinin
arasnda gerekleebilecei gibi (ekil 11-27, k 1), ayn epitopa zg
T-lenfositlerinin yardmyla da (k 2) gerekleebilir. kinci kta
B-lenfositi ilk aamada yzey antikorlaryla balad antijeni
endositozla iine alr. Antijenin hcre iinde sindirimini (ilenmesini)
ikinci aamada zgn epitoplarn MHC snf 2 antijenleriyle birlikte
yeniden hcre yzeyinde sunulmas izler. Her iki mekanizmada da
zgn B- ve T-lenfositlerinin ibirlii iin yakn konuma gelmeleri
gerekmektedir. B-lenfositinin bylelikle yardmc T-lenfositi tarafndan
salglanan IL-4, IL-5 ve IL-6 gibi interlkinlerin uyarc etkisiyle
aktiflemesi ve klonal seleksiyona ynelik srecin balamas olanakl
olur.



ekil 11-27. B-lenfositlerinin T-lenfositleri tarafndan
aktifletirilmesi (k 1).

Mekanizmay bir adm daha teye giderek makrofajlarn
ibirliini de ierecek biimde geniletmekle organizmada gerekleen
olaylar daha uygun biimde yanstan bir model gelitirilebilir. Bu
modelde, ayn antijeni alp ileyerek, zgn epitoplarn MHC snf 2
antijenleriyle birlikte yardmc T-lenfositine sunan makrofajlarn
eklenmesiyle, B-lenfositi, makrofaj ve arada yardmc T-lenfositinden
oluan gruplamalar meydana gelir. Bu dzende, ek olarak makrofajlar
tarafndan da uyarlan yardmc T-lenfositi ikinci aamada B-lenfositini
daha etkin biimde uyarabilecektir (ekil 11-28).
Yardmc T-lenfositleri, makrofajlarla etkilemeleri sonucu,
salgladklar IL-2 zerinden ayrca zgn sitotoksik T-lenfositlerini
(CTL) uyarabilir ve bu yolla hcresel yantn iddetini dzenleyebilirler
(ekil 11-29).



ekil 11-28. B-lenfositlerinin T-lenfositleri tarafndan
aktifletirilmesi.



ekil 11-29. Yardmc T-lenfositleri araclyla
sitotoksik T-lenfositlerinin (CTL)
uyarlmas.

11.7. Bak yantn dzenlenmesi
Antijenik uyar zerine balayan (lenfositlerin oalmasna ve
zgn antikorlarn oluumuna bal) bak yantn fizyolojik snrlar
iinde kalmasn gvence altna alan eitli mekanizmalar mevcuttur
(ekil 11-30).



ekil 11-30. Bak yantn dzenlenmesi.
Saylar metinde
aklanan dzenleme mekanizmalarna kar-
lk gelmektedir.

Bu mekanizmalar,
1) oluan antikorlarn antijene balanarak onu etkisizletirmesini;
bylelikle serbest antijen deriiminin ve dolaysyla bak yant
uyarc
etkinin azalmasn (=negatif geri besleme (feed back)),
2) antijenin katabolik ykmyla uyarc etkinin ortadan kalkn,
3) bak yant oluturan B-lenfositlerinin etkinliinin spresr T-
lenfositleriyle basklanmasn,
4) bak (humoral) yantn idiyotipik blgelerine kart (anti-) idiyotipik
antikorlarn oluumunu,
kapsar.


11.8. Anti-idiyotipik sistem
Protein nitelikleriyle antikorlarn kendileri de antijenik blgelere
sahiptir. zellikle antikor molekllerinin antijen balama blgeleri
(idiyotipik blgeler) ayn tr (ve de ayn organizmada) antijen olarak
etki gsterebilir. Bir antikor moleklnn antijen balama blgelerine
ayn organizmada kart antikor molekllerinin oluabilmesi, bak
reaksiyonlarn denetim altnda tutulabilmesi iin byk nem tayabilir.
Normalde, yani antijenin yokluunda, zgn antikorlar organizmada
ok az miktarlarda bulunduundan, idiyotipik blgeye kar antikorlar
olumaz. Antijenin varlnda zgn antikorlarn serum deriimlerinin
ykselmesi organizmada idiyotipik blgelere ynelik kart antikorlarn
olumasna yol aar (ekil 11-31). Bu mekanizma bak yantn snrl
kalmasn ve yeniden gerilemesini salayabilir. Jerneye gre byle bir
antikor ve kart antikor molekllerinden oluan bir a sistemi bak
reaksiyonlarn denetimi iin nem tar.



ekil 11-31. Anti-idiyotipik antikorlarn oluumu.

11.9. Bak tolerans
Bak sistem yukarda organizmaya yabanc makromolekler
yaplar tanyabilen bir sistem olarak tanmlanmtr. Bu tanmdan (ve
organizmann kendi makromolekllerine kar olan tepkisizliinden)
bak sistemin kendine zg ve yabanc yaplar arasndaki ayrm nasl
yapabildii sorusu ortaya kmaktadr.
Organizmaya zg makromolekller bak sistemin yaamn ilk
evrelerinden balyarak karlat yaplardr. Embriyonik
srete zgnlemelerini tamamlayan lenfositlerden bazlarnn bu
makromoleklleri de antijenik olarak tanmas beklenir. Genelde
benimsenen dnceye gre, bu ekilde uyarlan lenfositler (ve,
bylece, onlardan treyecek soylar) embriyonik evrede ortadan kaldrlr
(klonal delesyon). Bylece bak sistemin yant yalnzca doum
sonras karlaabilecei yaplarla snrlanr. Gerekten, deney hayvanlar
doum ncesi ya da doumun hemen sonras evrede karlatklar
yabanc kaynakl makromolekllere kar tepkisiz kalr. Antijen uyarsna


daha duyarl olan T-lenfositleri, bu uyarlar tarafndan B-lenfositlerine
oranla, daha etkili ve hzl biimde aktifleir. Bu nedenle, klonal delesyon
nplanda T-lenfositleri zerinde etkili olup, onlarn timsteki olgunlama
ve zelleme srecinde gerekleir. Tims dokusunda organizmaya zg
antijenlerin MHC moleklleriyle birlikte sunuluu, buna gre, zgn T-
lenfositlerinin ortadan kaldrlna) ve bunun sonucu bu antijenlere kar
tolerans oluumuna yol aar. Yardmc T-lenfositlerinin katks olmadan
gerekleen antijen uyars ise, zgn B-lenfositlerinin aktifleme yerine
basklanmasyla sonulanr.
11.10. Otoimmn hastalklar (ze baklktan kaynaklanan
hastalklar)
Bak sistemin embriyonik evrede fizyolojik ve anatomik
nedenlerle karlamad baz hcre tipleri ve bunlarn ierdii
makromolekllerle yaamn daha ilerki dnemlerinde karlamas, bu
makromolekllere kar antikorlarn oluumuna yol aar. rnein
ergenlik sonras spermotogenezle oluan sperm hcrelerine kar,
normalde, organizmadan yaltlm bir blmedeki konumlar nedeniyle,
bak yant gzlenmez. Ancak, zel koullarda (rnein ksrlatrma
amalaryla erikin erkeklerde gerekletirilen vasektomi sonucu) sperm
antijenlerine kar antikor oluumu gzlenebilir. Dolam sisteminden
testis lsnde yaltlmam organ ve hcrelerin zgn antikor
oluumuna neden olmas olasl ise daha dktr.
Embriyonik evreden balayarak bak sistemle kar karya
gelen bir dokunun makromolekllerine kar antikor oluumunu
basklayan mekanizmalarn aratrlmasnda tiroit bezi ve tiroglobulin bir
model sistemi olarak kullanlmtr. Tiroit bezinin karlmasndan sonra


deney hayvanna verilen tiroglobilinin bu proteine ynelik antikorlarn
oluumuna yol amad gsterilmi, ayn deney tiroglobulinin Freund
adjuvan ile birlikte verilmesiyle yinelenmesi zerine ise, zgn
antikorlarn sentezlendii gzlenmitir. Freund adjuvan l tberkloz
basilleriyle madensel bir yadan hazrlanan emlsiyona karlk gelir ve
bak sistemi zgn olmayan biimde uyarr. Freund adjuvan tiroit
bezi karlmam hayvanlarda da (tiroglobulinle birlikte zerkedildiinde)
zgn antikorlarn oluumuna ve ayrca tiroit bezinde (insanda kronik
tiroit yangsn anmsatan) bir tepkimeye yol aar. Organizmann kendi
yaplarna zg lenfositlerin embriyonik evrede yok edildiini varsayan
dnceyle elikili gzken bu bulgunun arkasnda yatan mekanizma u
ekilde zetlenebilir:
Normalde, antijenlerce B-lenfositlerinin uyarlmas ve zgn
antikorlarn oluumuyla ortaya kan humoral bak yant yardmc (ve
ayn antijen tarafndan uyarlan) zgn T-lenfositlerinin varlna
gereksinim gsterir. Daha kolay uyarlabilmeleri, embriyonik evrede yok
edilen lenfositlerin n planda T-tipindekiler olmasn belirler. Buna
karn, B-lenfositleri yardmc T-lenfositlerinin etkisi ortadan



ekil 11-32. Otoimmn tepkinin oluumuna ilikin model.

kalktndan uyarlmaz ve yok edilmekten de kurtulur. Freund adjuvan
ise zgn olmayan bir mekanizmayla yardmc T-lenfositlerinin ilevini
stlenir. Ayrca, yapay yollarla hapten niteliinde yeni antijenik blgeler
(rnein slfanilik asit) taklm tiroglobulin molekl de hayvana
verildiinde, bak yanta yol aar. ekil 11-32de gsterildii gibi,
tiroglobulin zerindeki bu yeni epitop zerinden tiroglobulinle etkileen
yardmc T-lenfositleri zgn B-lenfositleri uyararak humoral yant
balatr. Bu tr almalardan esinlenerek insanda balatlan aratrmalar
oluum nedeni bilinmeyen eitli hastalkta ze ynelik antikorlarn
bulunduunu ortaya koymutur (Tablo 11-4).
Hastalk Antijen
Hoshimoto tiroyiditi (tiroyit bezi
yangs)
Tiroglobulin
Tiroyitoksikoz (Basedow-Graves
hastal)
TSH-reseptrleri
Pernisiyz anemi ntrinsik faktr
Baz hemolitik anemi tipleri Eritrosit
nsulin yetmezliine dayanan
eker
Pankreas, |-adacklar


hastal
Miyastenya gravis Asetil kolin reseptrleri
Multiple skleroz Miyelin
Kronik hepatit Karacier hcresi yzey
lipoproteinleri
Biliyer siroz Mitokondri
Romatoyit artrit IgG
Kollagen hastalklar-
Dermatomiyosit
Skleroderma
Sistemik lupus eritematodes

Nukleoprotein
DNA
IgG

Tablo 11-4. nsanda baz otoimmn hastalklar.

12. Hcre oalmas ve kanser problemi
Dllenmi yumurta hcresinin 10
12
-10
14
arasnda deien
hcreden oluan bir yksek canlya dnmesi embriyonik gelime
srasndaki hzl hcre oalmas sonucu gerekleir. Ancak, her
fizyolojik olay gibi embriyonik evrede hcre oalmas da belirli
denetim ve dzenleme mekanizmalarna baldr. Ergenlie ulalmasyla
organizmann doku ve organlarn oluturan farkllam hcreler
oalmalarn byk lde yavalatr ya da tmyle durdurur. Buna
karn, yapsal dzeninde meydana gelen zgn deiiklikler sonucu bir
hcre organizmann denetiminden kp bamsz biimde oalmaya
balayabilir. Transformasyon olarak tanmlanan bu olay, kanserin
balang noktasn oluturur. zellikle, son 15 yllk srede youn
biimde yrtlen almalar transformasyona yol aan mekanizmalarn
nemli lde aydnlanmasna yol amtr. Bu blmde nce hcre
oalmasna ilikin gr ve bilgiler zetlenecek, daha sonra bu bilgilerin


nda kansere yol aan moleklsel ve hcresel mekanizmalar ele alnp
irdelenecektir.
12.1. Hcre kltr sistemleri
Yksek canl, ok sayda farkllam, deiik hcrenin ortaklaa
oluturduu bir btn niteliiyle, hcrelerin tek tek zelliklerinin
incelenmesine uygun bir sistem deildir. Bu nedenle uzun yllardan beri
hcrelerin, bulunduklar organizmalarn dnda, in vitro yaamalarn
salayacak koullarn belirlenmesi ve gelitirilmesine allmaktadr. Bu
yzyln daha ilk yarsnda doku paralarn uygun ortamda uzun sre
in vitro yaatmak olanakl olmutur. 1940l yllarn sonlarndan
balyarak Earle, Eagle, Puck ve dier baz aratrclarn nderliinde
hcreleri oaltabilmek iin gerekli sistemler gelitirilebilmitir. Bu
almalar srasnda hcrelerin oalabilmeleri iin kltre belirli bir
younlukla aktarlmalar gerektii gzlenmitir. Bu husus hcrelerin
oalmalar iin gerekli baz faktrleri bulunduklar ortama kendilerinin
salgladklarn, yani otokrin olduklarn dndrmtr. Nitekim,
batan hacmi ok kk tutarak (rnein 0.1 ml) tek bir hcreyi bile
oaltarak klon oluturmak mmkn olabilmektedir. Ayrca, ok sayda
hcrenin bulunduu bir kltr ortam, ikinci aamada, besleyici ortam
olarak, baka, seyrek sayda hcrenin bulunduu bir kltre eklendiinde
hcre oalmasn uyarabilmektedir. Gnmzde hcreleri kltrde
oaltmak iin gerekli bir kaynak olarak steril koullarda alnm fetal
dana serumu kullanlmaktadr. leride de grlecei gibi, fetal serum
iinde hcrelerin oalmalar iin gerekli eitli protein faktr (=hcre
oalma faktrleri (cell growth factors)) bulunur. Hcrelerin


bulunduklar dokudan yaltlarak kltrde (in vitro) oaltlabilmeleri
iin gerekli ilemler ise u ekilde zetlenebilir:
- Dokunun mutlak steril koullarda elde edilerek makas ya da skalpel
araclyla kk paralara ayrlmas,
- Kk doku paralarnn proteolitik bir enzimin araclyla (rnein
tripsin ya da kollagenaz) sindirilmesi. (Bylelikle hcreler arasndaki
protein nitelikli yatan (interselller matriksin) sindirilerek hcrelerin
aa karlmas olanakldr).
- Hcrelerin dk devirli, yinelenen santrifj ilemleriyle fizyolojik bir
tuz ortamnda ykandktan sonra gene fizyolojik deriimlerde tuz ve
vitamin ieren, pHs 7,4e ayarl ve doal olarak fetal serum ve bir enerji
kayna ieren bir ortamda (kltr medyumu) 37
o
Cta oalmaya
alnmas.
Tablo 12-1de byle bir kltr ortamnn ieriini grmek
olanakldr. Eagle tarafndan gelitirilen szkonusu ortam fibroblast gibi
hcrelerin oalmasnda gerekli enaz sayda eyi ierdei iin (temel
Eagle ortam) (basal medium Eagle) olarak tanmlanr. Bu ortam
oaltlacak hcrenin tipine ve gereksinimlerine gre ek katk
maddeleriyle zenginletirerek baka ortamlar gelitirmek de olanakldr.
Byle bir ortamda canl hcrelerin bir sre sonra hcre sikls sresine
karlk gelen 8-24 saat aralklarla blnerek saylarn katladklar
grlr.
Dokudan hcre kltrne alnan ilk hcreler birincil (primer)
hcreler, birincil hcrelerden uygun ortam ve serum varlnda oalan
hcreler ise ikincil (sekonder) hcreler olarak tanmlanr. kincil
hcreler, kltrde oalmalarnn yansra, birbirleriyle ilikilere girerek


alndklar dokular anmsatan yaplar oluturur. kincil hcreler,
oalmalar iin en uygun koullarda bile, genelde (alndklar tre,
dokuya ve bireyin yana bal olarak) 30 ile 50 blnmeden sonra,
oalmalarn durdurarak lrler. kincil hcrelerin organizma iindeki
yaama srelerinin normalde geirecekleri blnme saysna bir ekilde
yansd kabul edilir. Buna gre, normal hcrelerin kltrdeki snrl
yaamlar, hcre yalanmas ve lmnde etkin mekanizmalar molekl
dzeyde incelemek iin uygun bir sistem oluturmaktadr.
Normal hcrelerin sabit sayda hcre blnmesini geirdikten
sonra lmelerine karn, ikincil hcrelerden treyen baz hcreler,

eler Deriim (mg/litre)
L-Arginin HCl 21,06
L-Sistin disodyum tuzu 14,20
L-Glutamin 292,30
L-Histidin HCl H
2
0 10,50
L-zolsin 26,23
L-Lsin 25,23
L-Lizin HCl 36,53


L-Metyonin 7,46
L-Fenilalanin 16,51
L-Treonin 23,82
L-Triptofan 4,08
L-Tirozin disodyum tuzu 22,51
L-Valin 23,43
Biotin 1,00
D-Ca-pantotenat 1,00
Kolin klorit 1,00
Folik asit 1,00
-nositol 2,00
Nikotinamit 1,00
Piridoksal-HCl 1,00
Riboflavin 0,10
Tiamin-HCl 1,00
CaCl
2
.2H
2
0 264,90
KCl 400,00
KH
2
P0
4
60,00
MgCl
2
.6H
2
0 170,70
MgS0
4
.7H
2
0 200,00
NaCl 6800,00
NaHC0
3
1680,00
NaH
2
P0
4
.2H
2
0 158,30
Na
2
HP0
4
47,50
Fenol krmzs sodyum tuzu 17,00
Sudyum suksinat.6H
2
0 100,00
Suksinik asit 75,00
Kolin bitartarat 1,80
D-Glukoz 1000,00
Tablo 12.1. Temel Eagle ortam
snrsz biimde oalabilir. Bu ekilde lmszlk zellii kazanm
hcre soylar (yerleik hcre soylar established cell lines) olarak
tanmlanr. Normal somatik hcreleri yerleik hcre soylarna
dntrerek snrsz olarak kltrde tutmadaki zorluklara karn, kanser
hcreleri en nemli bir zellikleri olarak batan lmszlk, snrsz
blnme yetenei gsterir


12.2. Hcre sikls
Hcre sikls, hcre blnmesi ve ara evre (interfaz) olarak iki
ana blme ayrlr. Ara evre boyunca hcre ktlesini yaklak ikiye katlar
ve mitoz iin gerekli moleklleri de sentezledikten sonra blnme
srecine girer. Ara evre kendi iinde G1 (gap(ara)phase 1), S (sentez)
ve G2 (gap(ara)phase 2) olmak zere altevreye ayrlr (ekil 12-1).

ekil 12-1. Hcre siklsnn evreleri.

Youn biyosentetik olaylar bu altevrede de gzlenmekle
birlikte, S evresi adn nplanda kaltmsal bilginin katland, yani
DNAnn sentezlendii, evreye karlk gelmesine borludur. Genelde
kabul edilen gre gre her evrede bir sonraki evrenin balamas iin
gerekli molekller sentezlenir.
Kltrdeki hcreleri belirli bir altevrede toplamak olanakldr. Bu
amala, hcre sikls (rnein, kolsemit ile mitozda, amino asit gibi
biyosentezde kullanlan yaptalarnn kstlanmasyla G1 evresinde,
timin deriiminin artrlmasyla -substrat fazlalnn yol at


inhibisyonla-S evresinde) durdurulabilir. Ayrca, mitoz evresindeki
hcreler bulunduklar kat yzeylerden ayrtrlp ortama geirilerek,
toplanabilir. Byle belirli bir evrede toplanm hcreler oalmalar iin
gerekli koullar salandnda ezamanl (senkron) olarak ayn
evrelerden geerler. Mitoz evresinde bulunan hcreler ile hibritleme
ilemiyle (baknz aada) birletirildiklerinde, G1 evresindeki
hcrelerin ekirdeklerindeki kromatinin younlaarak kromozom
yaplarna dnt gzlenebilir. Buna gre, mitoz aamas pozitif
denetim altnda olup, mitozun gereklemesi iin baz mitogenik
faktrlerin, rnein G2 evresinde, sentezi gerekmektedir. Bu faktrler
trans nitelikleriyle baka evrelerde bulunan hcreler zerinde de etkin
olabilmektedir.
Hcre sikls kltrde en uygun koullar altnda 8-10 saatte
tamamlanabildii gibi, koullara bal olarak 100 gnde bir ya da daha
seyrek gerekleebilir. Baz, nronlar gibi, farkllam hcrelerde
oalma tmyle durmu olabilir. Bulgular hcre siklsnn sresinin
dzenlendii evrenin G1 evresi olduunu gstermektedir. Besin
maddelerinin kstland, ortama serum eklenmedii, hcrelerin kltrde
oalarak birbirleriyle temas kurduklar (=kontakt inhibisyonu) ya da
hcrelerin yaland koullarda, hcre siklsnn G1 evresinde durduu
gzlenir. Ayn husus oalmalarn durdurmu olan farkllam hcreler
iin de geerlidir. Byle hcrelerde G1 yerine G0 evresinden de sz
edilir.
Hcre siklsnn toplam sresi hcrelerin kltrde saylarnn
ikiye katland sreye karlk gelir. Radyoaktif timidinin kullanmyla S
evresinde bulunan hcreleri iaretlemek mmkndr. Otoradyogram


yoluyla belirlenen bu hcrelerin saylarnn toplam hcrelerin saysna
oran X toplam hcre sikls sresi, S evresinin sresini verir. Ayn
ekilde, blnmeleri srasnda yzeylerden ayrarak stsvya geen
hcrelerin saysnn toplam hcre saysna oran X toplam hcre sikls
sresi, mitoz evresinin sresini verecektir. Mitozda stsvda toplanan
hcrelerin S evresine (baknz timidinle iaretleme) dek geirdikleri sre
ise G1 evresine eittir. G1, S ve M evrelerinin toplamnn hcre sikls
sresinden karlmasyla da G2 evresi hesaplanabilir. Bylece, 24 saatlik
bir hcre siklsnde G1, S, G2 ve M evrelerinin sreleri yaklak 10, 8, 4
ve 2 saat olarak bulunacaktr.
12.3. Hcre oalma faktrleri-sinyal iletim yollar
Yukarda belirtildii gibi, fetal serum, hcrelerin kltrde
oalabilmeleri iin gerekli olan faktrlerin kayna olarak kullanlr.
Bu faktrler son yllarda saflatrlarak tanmlanmaya balanmtr.
Bunlardan bazlar normal erikin organizmada dokunun zedelenmesi
zerine aa karak yaralarn kapanmasnda etkili olur. Dier bazlar,
genelde oalma zelliklerini koruyan, hematopoetik ya da epitel
hcreler zerinde etkilerini gsterir. Hepsi polipeptit nitelikli olan bu
faktrlerin bir blm Tablo 12-2de verilmektedir.

Ad

Biyolojik ilev
-PDGF (=Platelet-derived growth
factor)-trombosit kaynakl
oalma faktr)
Mezenim kkenli hcreler iin
mitogen
-EGF (epidermal growth factor)
- epidermal oalma faktr)
Ektoderm ve mesoderm kkenli
hcreler iin mitogen


-TGF-A (=transforming growth
factor) -transforme edici
nitelikli oalma faktr)
EGFye benzer etki ve yap.
Kanser hcrelerinde yksek
dzeylerde bulunur.
-TGF-B (=transforming growth
factor) -transforme edici
nitelikli
oalma faktr)
Baz hcreler iin
mitogen,dierleri
iin inhibitr niteliinde
-NGF (=nerve growth factor) -
sinir byme faktr)
Sempatik sistem ve embriyonik
nronlarn geliimi
-IGF-I (=Insulin-like growth fac-
tor I) (Somatomedin C)
-Insline benzer oalma faktr
Byme hormonunun etkisiyle
karacierde sentezlenen ve bu
hormunun iskeleti uzatc etkisini
gerekletiren faktr
-IL-1-4 (bak Immunoloji)
-GM-CS-F (=granulocyte
macrophage colony stimulating
factor)
Granlosit ve makrofaj nclerinin
oalmas
-G-CSF (=granulocyte colony
stimulating factor)
Granlositlerin oluumu
-M-CSF (=macrophage colony
stimulating factor)
Makrofajlarn oluumu
-Eritropoetin Eritrositlerin yaklak
(pro)eritroblast aamasndan itiba-
ren olgunlamas

Tablo 12-2. Baz hcre oalma faktrleri.

Hedef hcrelerde bu faktrler ok ynl etkilere yol aar ve zgn
genlerin aktiflemesiyle hcrelerin G1den S evresine geiini salar.
oalma faktrleri ve genelde polipeptit nitelikli faktrlerin getirdii
sinyalin iletiminde izlenen balca ana yolun varl bilinmektedir. Bu
ana yollarn srecinde, sinyal iletimi,


- ikincil haberci niteliindeki kk molekllerin oluumu,
- iyon akmlar,
- kinazlarn aktiflemesi,
gibi olaylar zerinden gerekleir.
12.4. Fosfolipaz C, diasilgliserol, inositol trifosfat yolu
Proteinlerin fosforillenmelerinde Ca
2+
un hcre ii deriimindeki
deimeler nemli rol oynar. oalmay uyaran eitli olaylar srasnda,
rnein yumurta hcresinin sperm tarafndan dllenmesini izleyen srede
ya da lenfositlerin antijen tarafndan uyarlmas zerine (bkz.Blm 10
ve 11), zgn kaplarn almasyla sitoplazmaya szan Ca
2+
un
deriimi 10
-4
M dzeyine dek ykselir. Ca
2+
un ykselen deriimi eitli
kinazlar aktifletirerek, oalma faktrlerinin (=birincil habercilerin)
reseptrleri zerinden ulatrdklar uyarnn hedef hcrelerde yanta
dnmesini salar. Bu zelliiyle hcrede ikincil bir haberci gibi ilev
gren Ca
2+
, etkisini, kalmodulin zerinden gerekletirir. Ca
2+
, hcrede
aa ktktan sonra kalmodulinin (M
r
~17000) balanma blgelerine
balanr (n= 4; K
d
~ 10
-6
M). Bu balanma, boyutlu yapsnda yol
at deiiklik zerinden, kalmodulinin hedef enzimlere (ncelikle
zgn kinazlara) balanmasn ve bylece bu enzimlerin etkinliklerinin
dzenlenmesini salar (ekil 12-2).



ekil 12-2. Kalmodulin etkisi

Baz oalma faktrlerinin, rnein PDGFnin, reseptrleriyle
etkileimi sonucu, hcre membrannn sitoplazmik yzeyinde aktifleen
fosfolipaz C enzimi Ca
2+
un aa kmasnda kilit rol oynar. Fosfo-
lipaz C, hcre membrannn sitoplazmaya bakan yannda konumlanm
bir lipit tr olan fosfotidil inositol 2,5-bifosfatn, inositol 1,4,5-trifosfat
(IP
3
) ve diasilgliserole (DG) paralanmasn salar. Aa kan inositol
trifosfat, hcre ii Ca
2+
deriiminin ykselmesinde etkin bir rol oynarken,
diasilgliserol, Ca
2+
varlnda, membrann gene sitoplazmik yzeyinde
bulunan protein kinaz C enziminin aktiflemesine yol aar (ekil 12-3).
Adn Ca
2+
a baml ilevine borlu olan protein kinaz C, hedef
proteinleri serin ya da treonin gruplar zerinden fosforiller. Fosfotidil


inositol trevlerine baml hcresel dzenleme sistemleri Tablo 12-
3te gsterilmitir. Protein kinaz C ise membrana bal bir iyon
pompasn aktifletirerek protonlarn hcreden pompalanmasn salar,
ancak, hedef proteinleri arasnda inslin reseptr, |-adrenerjik
reseptrler, glikoz iletim sistemi de bulunur.

Sinyal Hedef sistem yant
Asetilkolin Pankreas/dz kas nslin salgs/kaslma
Vasopresin Karacier Glikojen ykm
Trombin Trombosit Trombosit
topaklamas
Antijen Lenfosit DNA sentezi
oalma faktrleri Fibroblast ve dier
hcreler
DNA sentezi

Tablo 12-3. Fosfotidil inositol trevlerine baml baz
dzenlenme sistemleri.



ekil 12-3. Fosfolipaz C, diasilgliserol ve inositol trifosfata
baml sinyal iletim yolu.

12.5. G-proteinleri-hcre uyarclarnn aracs dzenleyici
proteinler
Hcreleri, yzeylerindeki reseptrlerle etkileerek, uyaran eitli
etmenlerin (epinefrin gibi hormonlarn ya da PDGF gibi oalma
faktrlerinin) ulatrdklar uyar genelde dorudan hcre iine


aktarlmaz. Reseptr ile hcre iindeki ilgili (rnein fosfolipaz C ya da
adenilat siklaz gibi) efektr sistemler arasndaki balanty byle
durumlarda bir G proteini kurar. G proteinleri guanin nkleotitlerle
(yani GTP ya da GDP ile) geici olarak etkileen proteinlerdir. Bu
proteinler, GTP ile komplekslemi durumda, yksek ilginlikle hedef
enzim (efektr) sistemine balanr. G proteini.GTP kompleksinin
balanmasyla hedef enzim sistemi aktifleir; ayn zamanda G proteini
zerinde GTPyi -GDP ve inorganik fosfata (Pi)-hidrolizleyen bir GTPaz
etkinlii ortaya kar. Tad GTPnin GDPye dnmesiyle, G
proteini bal bulunduu enzim sistemine olan ilginliini yitirerek ondan
ayrr:

G proteini + GTP ====== |G proteini.GTP|*
|G proteini.GTP|* +enzim ==== |G proteini.GTP.enzim *|
|G proteini *.GTP.enzim| === |G proteini.GDP.enzim| + Pi
|G proteini.GDP.enzim| === |G proteini.GDP| + enzim.

|G proteini.GTP|* = Enzim sistemine yksek ilginlik gsteren
kompleks; Enzim* = G proteini.GTP kompleksinin balanmasyla
aktifleen enzim (efektr); G proteini*= Enzim zerinde GTPaz etkinlii
kazanan G proteini.
Yukardaki eitliklerden hareketle epinefrinin reseptryle
etkileimi zerinden adenilat siklazn aktiflemesine yol aan olaylarda
G protein(ler)inin rol daha somut biimde yandaki rnekte gsterilebilir
(ekil 12-4).


ekil 12-4. G proteinlerinin etki mekanizmalar

Epinefrin ile etkileim zerine, reseptr, G proteininin GTP ile
komplekslemesini salar. Oluan G proteini.GTP kompleksi adenilat
siklaza balanp onu uyarrken, G proteininin aktifleen GTPaz etkinlii
sonucu, GTP, GDPye dnr. Adenilat siklazdan ayran G
proteini.GDP kompleksinin, yeniden G proteini.GTP kompleksine
dnm iin yeni bir epinefrin moleklnn reseptrle etkileimi
gereklidir.


Buna gre, G proteininin varl, adenilat siklazn, gelen uyar
zerine ve (zil rneinde olduu gibi) yalnzca uyar srd srece,
aktif kalmasn gvenceye almaktadr. Bu mekanizmadaki bir bozukluk
adenil siklazn srekli uyarmyla sonulanr. rnein, kolera toksininin
etkisiyle (ADP-ribozillenerek) deiiklie urayan G proteini GTPyi
balayabilir, ancak GTPaz etkinliini yitirir. (Zilin taklmas rneinde
olduu gibi) srekli uyar durumunda kalan adenilat siklaz, kolerann
zgn klinik tablosunun ortaya kmasna yol aar.
oalma uyarsnn hcre iine aktarm srecinde fosfolipaz
Cnin aktiflemesi de bir G proteininin aracl ile gerekleir. Bu
srete ilev gren bir dier G proteini ise, ras proteini p21dir. Bu
proteinin GTPaz etkinliinin ras genindeki mutasyonlar sonucu ortadan
kalkmas eitli kanser olgularnda nemli rol oynar.
12.6. Adenilat siklaz-cAMP yolu
Adenilat siklaz bu yol zerindeki efektr enzim sistemini
oluturur. zgn G proteini araclyla uyarlan adenilat siklaz, ATPyi
siklik AMPye (cAMP) dntrr. cAMP hcrede ok ynl etkinlii
olan ikincil bir haberci molekl olup, zgn (cAMPye baml, ksaca A
tipi) kinazlara balanarak onlar aktifletirir. Aktifleme, cAMPnin
dzenleyici altbirimlere balanarak, onlar katalitik altbirimlerden
ayrtrmasyla gerekleir. Aktifleen A tipi kinazlar ara aama kinaz
enzimlerini fosforilleyerek aktifletirir. Bunlar ise, hedef enzim
sistemlerinin etkinliklerini ayn ekilde fosforilleme yoluyla (aktifleme
ya da inaktifleme ynnde (bkz.Blm 8 )) dzenler (ekil 12-5). Daha
arlkl olarak metabolik dzenlemelerde rol oynayan bu sistemde,
fosforillenme, protein kinaz Cde olduu gibi serin ve treonin kalntlar


zerinden gerekleir. kincil habercilerin etkili olduu bu iki sistemde
de (fosfolipaz C-DG/IP3 ve adenilat siklaz-cAMP yollarnda) gelen
sinyal bir ykselme (amplifikasyon) sreciyle hcre iine iletilerek
dalr.
12.7. Reseptr-tirosin kinaz (RTK) sistemi
Yukardaki iki yolun tesinde, oalma faktrleri tarafndan
getirilen sinyalin, ncelikle, izledii yol reseptr-tirosin kinaz sistemidir.
Serin ve treonin zerinden fosforillenme, hcre oalmasnn yansra,
zellikle, genel metabolik olaylarn dzenlenmesinde rol oynarken,
tirosin zerinden fosforillenme yalnzca hcre oalmasna ynelik
sinyal iletim srecinde gzlenir. Bu srete hcre oalma faktryle
etkileen reseptr ayn zamanda tirosin kinaz etkinliine sahip olup, ilgili
katalitik blge reseptr proteininin sitoplazmik blmnde
konumlanmtr. oalma faktrnn balanmasyla iki reseptr proteini
birleerek aktif bir dimer yap oluturur. Bylece aa kan kinaz
etkinlii, reseptrn kendisinin ve evredeki hedef proteinlerin
fosforillenmelerine yol aar (ekil 12-6). Ortak etki biimlerine karn
farkl reseptr-tirosin kinaz sistemlerinin, zellikle, hcre yzeyinde
konumlanm ligant etkileim blgeleri farkl domain yaplar (rnein
Ig-benzeri- ya da SH-gruplarnca zengin motifler) ierir (ekil 12-7).



ekil 12-5. Adenilat siklaz-cAMP yolu.



ekil 12-6. Reseptr-tirosin kinaz dimeri. PLC, Fosfolipaz
C; P, reseptre balanan fosfat gruplar; GRB,
"growth factor binding protein".

ekil 12-7. Reseptr-tirosin kinaz eitleri (domain
yaplar).

oalma faktrlerinin balanmasyla tirosin kinaz-reseptrlerin
evresinde gerekleen fosforillenme olaylar, ayrntlar kanser aratrma
almalaryla balantl olarak aydnlanan, bir iletim yolunu aktifletirir
(ekil 12-8). Hcre membranndan ekirdee dek uzanan ve ardak
sralanm yirminin stnde aamadan oluan bu yol zgn baz genlerin
(erken genlerin) aktiflemesiyle sonulanr. Erken genlerin
(myc/fos/jun) rnleri ise hcrenin G1 evresinden S evresine geii iin
gerekli tepkimeleri tetikler.



ekil 12-8. Reseptr-tirosin kinaz-ras-MAK sinyal
iletim yolu. MAK, mitogenlerce aftifleen
kinazlar yolu; raf, MAK yolunun ras ile
etkileen ilk esi

ekil 12-9. Reseptr-tirozin kinaz yolunda ras
proteinlerinin rol
Reseptr-tirosin kinaz yolunda ras proteini eitli sinyallerin
birletii bir kavak ilevini stlenmitir. Kk G-proteinleri ailesinden
olan ras proteini (M
r
21000 nedeniyle, ksaca p21) oalma faktr
uyarsyla aktifleen ve guanin nkleotit deiim faktr (guanine
nucleotide exchange faktor) ilevine sahip SOS proteini ile etkileerek
tad GDP molekl yerine bir GTP molekln balar. Bu ekilde
aktifleen p21, raf proteinine (mitogen activated kinase (MAK) kinase)


balanarak onu aktifletirir. ras p21-raf kompleksine balanan ras-GAP
(rasa zg GTPaz aktifletirici protein) etkisiyle aktifleen GTPaz
etkinlii ise, GTPnin GDPye dnmn ve p21in raftan
ayrmasn salar (ekil 12-9). Dier G protein rneklerinde de bilinen
bu tr etkileimler (ve zellikle p21in GTPaz etkinlii) ras geninde
meydana gelen baz mutasyonlar sonucu ortadan kalkar. zellikle 12.,
13., 59. ve 61. sradaki glisin (G12), glisin (G13), alanin (A59) ve
glutamin (Q61)i etkileyen nokta mutasyonlar bu yolla hcre
transformasyonuna (bkz.aada) yol aar. 12.konumdaki glisinin yerine,
prolin dnda, geebilecek herhangi bir amino asit transformasyon iin
yeterli olmaktadr. 59.konumdaki alanin yerine geen treonin,
transformasyona uram hcrede fosforillenmi olarak bulunur.
13.konumdaki glisinin aspartik aside, 61.konumdaki glutaminin lisin ya
da lsine dnmesine kout olarak, transformasyon gerekleir. GTPaz
etkinliinin ortadan kalkmasyla sonulanan bu mutasyonlar, ras p21in
GAP ile etkileimini bozup, ras p21.GTP.raf kompleksini sabitletirir.
Onu (tpk adenilat siklaza zg G proteininin ADP-ribozillenmesinde
gzlendii gibi) denetimden km bir sinyal retim noktasna
dntrr.
ras p21in efektr olan raf aktifletirmesi, sinyalin bir dizi
serin/treonin kinaz enzimi (MAK) zerinden ekirdee iletilmesiyle
sonulanr. Bu dizinin ilk esi olan rafn aktif ras p21.GAP
kompleksinin yansra, protein kinaz C tarafndan da uyarlmas, farkl
iletim sistemleri arasndaki etkileimlerin bir rneini oluturur. RTK
tarafndan fosforillenen proteinler arasnda, inositol trifosfat (PI3)-kinaz
ve fosfolipaz C gibi, fosfotidil inositol bifosfat/fosfolipaz C yolunun


nemli elerinin bulunmas, bu iki yol arasndaki balantlara iaret
etmektedir.
12.8. Hcre sikls ve siklinler
Yukarda bir ntanm yaplm olan hcre sikls kurulu bir saat
dzeniyle yryen, ardak sral evrelerden oluan bir dngdr. Bu
dng, G1 evresi dnda, d etmen ve ortam koullarndan bamsz
olarak, kendi i zamanlamasyla alr. Dngnn i kurallarnn
ilemeye balad aama S evresinde, DNA sentezi ile birlikte devreye
girer ve hcre blnmesinin sonuna dek srer.
Bir dizi zgn siklin ad verilen protein ile bunlarn etkiletii
kinaz (sikline bal kinazlar cyclin dependent kinases (CDKs)) hcre
siklsnn ileyiinden sorumludur. Etkili olduklar evreye (ya da kritik
gei aamasna) bal olarak, siklinler iki snfa ayrlr. Birinci snf
siklinler S(G2) ve M evreleri ile G2/M geiini dzenler ve mitotik
siklinler olarak adlandrlr. Siklin A ve B bu snfn temsilcilerini
oluturur. kinci snf siklinler ise G1 evresi ve G1/S geiinden sorumlu
olup, G1 siklinleri olarak ta adlandrlr. Siklin C, D (1-3) ve E, G1 snf
siklinler arasnda bulunur. Siklinlere bal kinazlardan (CDKlardan)
balcalar Tablo 12-4te, siklinler ve CDKlar ile etkili olduklar evreler
ise ekil 12-10da gsterilmektedir.
Kinaz Etkiletii siklin
cdc2 (CDK1) A ve B
CDK2 A, E ve D
CDK3 bilinmiyor
CDK4 D


CDK5 D (ve belki bakalar)

Tablo 12-4. Siklinler ve sikline baml kinazlar (CDK).

ekil 12-10. Siklinler ve CDKlarn etkili olduklar evreler.

12.9. G1 evresi-oalma faktrleri ile siklin/CDK etkileimleri
S evresinin balamas, bir ge gen rn olan transkripsiyon
faktr E2Fnin etkisine gereksinim gsterir. E2F replikasyon iin
gerekli genlerin transkripsiyonunda etkili olup, normalde (G1/S geii
dndaki srete) retinoblastoma proteini (pRb) ile komplekslemi
olarak bulunur. oalma faktrlerinin uyars zerine aktifleen erken


genlerin (jun/fos/myc) rnleri D/E siklinlerinin aktifleerek, zgn
CDKlar ile komplekslemelerini salar. D (siklin D).CDK ya da E
(siklin E). CDK kompleksinin pRbni fosforillemesiyle aa kan E2F
G1/S gei srecini tetikler (ekil 12-11).
12.10. P53 ve apoptoz
Hcre yaamnda kilit konumunda olan G1/S gei aamas, sk
denetleme mekanizmalarna tabidir. Hcre genomunda hasara yol aan
koullarda ya da TNF gibi faktrlerin etkisiyle, bir dizi basklayc protein
(p16, p21, p27) bu aamada yavalamaya ya da tmden durmaya yol
aabilir. rnein, genom hasar zerine aktifleen, ekirdek iinde
merkezi bir denetleyici ileve sahip olan p53, p21in indklenmesini
salar. p21 CDK ile etkileerek, onun siklin D/Eye balanarak
aktiflemesini engeller. pRbnin fosforillenmesinin ve, buna bal olarak,
E2Fin aa kmasnn engellenmesi, G1/S geiini yavalatr ya da
tmden durdurabilir. Genomun bekisi olarak da tanmlanan p53, bu
yolla, S evresine gei sresinin uzamasn salayarak, gerekli DNA
onarm mekanizmalarnn devreye girmesine olanak salar. DNA
hasarnn ok (rnein onarlmayacak lde) byk olduu durumlarda
ise, p53 programl hcre lm (apoptoz) srecini balatr (ekil 12-12).



ekil 12-11. Siklin D.CDK etkisi altnda Rbnin
fosforillenmesi. Transkripsiyon
faktr E2Fnin serbestlenmesiyle
replikasyon srecinin balamas.
Yldz (*) aktiflemi kompleksi
gstermektedir.



ekil 12-12. p53n apoptoz srecindeki etkisi.
Yldz (*) aktiflemi kompleksi ve eleri
gstermektedir.
(, inhibisyon; , aktifleme ya da
indklenme)

Programl hcre lm (apoptoz), yksek canllarn normal
gelimeleri kapsamnda gerekleen ve doku ve organlarn yeni
yaplanmalarnn gerektirmedii hcrelerin ortadan kaldrlmalaryla
sonulanan bir sretir. Apoptoz ayrca eitli lmcl etmenlere kar
kaltmsal denetlenen bir hcresel yant olarak ortaya kar
(ekil 12-13 a ve b). Apoptoz morfolojik olarak, ekirdein ve
sitoplazmann kondensasyonu ve kromozomal DNAnn paralanmas ve
hcrenin ufalanmasyla gelien bir sre olarak tanmlanmaktadr.
Srecin sonunda hcre kalntlar fagositoz yoluyla ve evreye enaz zarar
verecek biimde ortadan kaldrlr. (Apoptoz bu zellikleriyle fiziksel
hasar zerine ortaya kan, hcre organellerinin ve zarnn ortadan
kalkmasyla gerekleen ve evrede yangsal tepkimelere yol aan dier
hcre lm sreci olan nekrozdan belirgin farkllklar gsterir).
Molekler dzeyde apoptoz sreci pro-interlkin 1|-ya zg dntrc


enzim (pro-interleukin 1|-converting enzyme(ICE)) benzeri
proteazlarn aktiflemesiyle tetiklenir. Proteolitik srece kout olarak
endonkleaz (rnein DNAaz 1) aktiflemesi ise, DNAnn
paralanmasyla sonulanr. Apoptoz bax ve bcl-2 genlerinin kart ynl
etkileriyle dzenlenmektedir. bcl-2 apoptozu engelleyici bir etki
gstermekte ve bu etkisiyle kanser oluum srecinde hcrenin
lmszlemesinde belirleyici bir rol oynad dnlmektedir. Ancak,
etki biimi henz yeterince tanmlanmamtr. bcl-2nin ras P21 ve
protein kinaz C (PKC)nin pozitif kontrolu altnda olduu, buna karn,
cAMPnin, cAMPye baml kinazlar (PKA) zerinden, apoptoz srecini
uyarc etkisi olduu belirtilmektedir. Apoptozun molekler
mekanizmasnn ayrntlar henz belirlenme aamasndadr.
12-11. Mitoz-siklin/CDK dzenlenmesi
Mitotik siklinler A ve B ile etkiletikleri CDKlar (CDK1 (cdc2),
cdc25) ile hcre siklsnn S, G2 ve M evreleri boyunca geiini
dzenler. S ve G2 evrelerinde inaktif bir siklinB-cdc2 (CDK1)
kompleksi bulunur.



ekil 12-13. Apoptoz. a) Tetiklene apoptoz srecinde
hcrede yer alan olaylar b) Apoptoz srecinde
hcrenin ufalanarak dalmas. Hcre
artklarnn makrofajlarca sindirimi. (TNF,
tumor necrosis factor).
14. konumdaki treonin (T14) ve 15. konumdaki tirosin (Y15) ile
161.konumdaki treoninin (T161) fosforillenmi olmas, p34 cdc2nin
inaktif konformasyonunu belirler. G2/M geiinde p54-80 cdc 25 etkisiyle
T14 ve Y15 defosforillenir. Bylece aktifleen siklin B-p34 cdc2 (CDK1)
kompleksi mitoz srecini tetikler. Mitoz evresinin bitiine kout olarak
siklin Bnin proteolitik ykm gerekleir (ekil 12-14).



ekil 12-14. a) Mitotik siklinlerin fosforillenmelerinin
mitoz srecine etkisi. b) nterfaz ve mitoz
srelerinde MPF (mitosis promoting factor)
etkinlii ve B siklin dzeyinde deimeler.

12.12. Hcre kltrlerinde kanser hcrelerinin davran
Kanser hcrelerinin kltrde gzlenen en nemli bir zellii olan
lmszlklerine, yani snrsz oalabilme yeteneklerine, yukarda
deinilmi bulunmaktadr. Bu hcrelerin ayrca oalma faktrlerine
normal hcreler kadar gereksinim duymamalar ve hatta transformasyona


yol aan faktrler (TGF)i salglayabilmeleri onlarn deimi oalma
zelliklerini yanstr.
Kanser hcrelerinin dier baz davranlarn, onlarn deimi
yzey zellikleri ve evreye yaylma eilimlerinin nda, irdelemek
mmkndr. Bu balamda, normal hcrelerin karlkl temas zerine,
oalmalarnn durmasna yol aan kontakt inhibisyonu kanser
hcrelerinde gzlenmez. Bu nedenle, kanser hcreleri bulunduklar kltr
ielerinin tabanlarn rtecek bir younlua geldikten sonra da
oalmalarn srdrp hcre ynlar oluturur (ekil 12-15). Kanser
hcreleri, aralarndaki ilginin dk olmas nedeniyle, normal somatik
hcrelerin kltrlerinde gzlendii gibi, normal dokular anmsatan
yaplar oluturmazlar.
Bu hcrelerde normal hcrelerde grlen, kat yzeylere
balanarak oalma eiliminin de byk lde ortadan kalkm olduu
gzlenir. Buna karn, normal hcrelerin aksine, kanser hcreleri dk
lektin deriimlerinde bile topaklamaya urarlar. (Lektinler= membran
proteinlerinin eker moleklleriyle etkinleen ok sayda balanma
blgesine sahip bitki kkenli proteinler). Kanser hcrelerinin, normal
hcrelerin bir rmcek a gibi evrelerinde rdkleri, fibronektin andan
yoksun olmalar, bunun tesinde, sklkla evrelerine plasminojeni

ekil 12-15. Kanser hcrelerinde kontakt inhibisyonun


kakmas.

aktifletiren bir proteaz salglamalar, yzeylerinde meydana gelmi
yapsal ve ilevsel deiiklikleri yanstan zellikler arasnda saylabilir.
Aktif mikrofilamentlerinin yokluundan kaynaklanan bozuk hcre iskeleti
ve Warburg etkisi olarak tannan ve glikozu byk lde glikolitik yolla
deerlendirme eilimleri, deiik kanser trlerinin hcrelerinin ortak olan
dier genel zellikleri arasnda saylabilir. Kanser hcrelerinin yukarda
aklanan genel zellikleri Tablo 12-5te topluca verilmektedir.
12.3. Hcre hibritlemesi ve uygulama alanlar
Hcrelerin yapay yollarla kaynatrlmasyla (fzyon) hcre
melezlerinin (hibritleri) oluturulmas hibritleme olarak adlandrlr. Bu
ilemde, Sendai virsnn ya da, daha yaygn olarak, yksek deriimde
kullanlan polietilenglikolun (PEG) varlnda, hcreler bitiir. kinci
aamada ise, membranlarnn kaynamasyla birleen, hcrelerden iki (ya
da fzyona giren hcrelerin saysna bal olarak daha ok sayda)
ekirdek ieren heterokaryonlar oluur. Heterokaryonlarn geirdii ilk
hcre blnmesinden sonra ekirdeklerinde birlemesiyle hibrit hcreler
meydana gelir.

oalmalaryla ilgili zellikler
- Snrsz oalma yetenei (lmszlk),
- Seruma ve onun ierdii oalma faktrlerine fazla gereksinim
duymama,
- TGF sentezleyip, salglama,


Yzeylerine ve evreyle ilikilerine ilikin zellikler
- Kontakt inhibisyondan yoksun,
- Benzer hcreler arasndaki ilgi dk,
- Kat yzeylere balanma eilimi az,
- Dk lektin deriimlerinde bile topaklama (aggltinasyon),
- evreleri fibronektin andan yoksun,
- evrelerine plasminojen aktifletiricisi proteaz salglama,

Sitoskeleton (hcre iskeleti)
- Aktin mikrofilamentlerinden yoksun,

Metabolik zellikler
- Warburg etkisi.

Tablo12-5. Kanser hcrelerinin genel zellikleri.

Hcre hibritleme ilemi, kromozomlarn haritalanmas ve hcre
siklsnn aratrlmasnn yan sra membran yapsnn (rnein
membran akkanlnn) incelenmesinde baaryla kullanlmtr.
Hcre hibritleme yntemlerine dayal olarak gelien hibridoma
teknolojisi tpta ve biyolojide son yllarda r aan teknolojilerden
birisidir. Hibridoma teknolojisinde, genelde belirli bir antijene kar
baklama sonucu elde edilen lenfositler lmsz kanser (mutant
miyelom) hcreleriyle hibritletirilir. Daha sonra normal hibritlememi
lenfositleri, miyelom hcrelerini ve hibrit hcrelerini ieren karm


selektif bir ortamda (=HAT medyumunda) kltre alnr. Selektif ortam,
normalde zengin ortamda lmsz olan mutant miyelom hcrelerinin
yaamasn olanakl klmayarak, lmelerine yol aar. Normal lenfositler
kltrde yaama yeteneinden yoksun olduundan, 4-5 gnlk bir srede
ortadan kalkar. Lenfosit-miyelom hibrit hcreleri ise bir yandan miyelom
hcreleri gibi lmsz olma ve snrsz oalma zelliklerine, dier
yandan, normal lenfositlerin getirdii salam genler sayesinde, selektif
ortamda da yaama yeteneine sahip olduklarndan oalmalarn
srdrr. Bunun tesinde, hibrit hcrelerin bazlar hibritleme ncesi
antijenle uyarlan lenfositlerden olutuklar iin, szkonusu antijen
zerindeki zgn epitoplara kar antikor sentezleyerek, ortama salglarlar.
Byle hibritler (hibridomalar) seyreltilerek, tek tek oaltldnda, herbiri
belirli bir epitopa zg antikor salglayan klonlar (monoklonlar)
gelitirilebilir. Bu klonlarn sentezledii monoklonal antikor olarak
tanmlanan antikorlar, epitop zgnlkleri nedeniyle, makromolekllerin
immnolojik haritalarnn karlmasnda, farkllam hcrelerin zgn
yzey antijenlerine gre altgruplarna ayrlmasnda (rnein T-
lenfositlerinin altgruplarnn yzey antijenlerine gre belirlenmesinde) ya
da klinik tanda ok etkin ve geni kullanm bulmaktadr. Bunun tesinde,
zellikle tmr hcrelerine zg yzey antikorlarna kar gelitirilen
monoklonal antikorlar, kanserle savamda etkili silahlar olarak
kullanlmaya balanmtr (ekil 12-16).
12.14. Kanser problemi
Transformasyon sonucu ortaya kan kanser hcresinin
zelliklerinin kaltmsal nitelii -bu zelliklerin kanser hcresinden
treyen tm hcrelere aktarm-, batan beri, kanserin birincil nedeninin


DNA dzeyinde aranmas gerektiini sezindirmitir. Bu noktadan
hareketle, DNAya etkiyerek kansere yol amas beklenebilecek balca
iki ana mekanizma zerinde durulmutur.
1) Somatik mutasyon ya da fiziksel ve kimyasal karsinogenez.
Bu mekanizmay savunanlar transformasyon olaynn
mutasyonlar anmsatan zelliklerini vurgulamtr. Buna gre,
fiziksel ya da kimyasal etmenler (rnein iyonlatrc nlar ya da
kimyasal maddeler) somatik hcrelerin genomlarnda yol
atklar mutasyonlar zerinden kansere neden olur.
2) Viral karsinogenez. Bu grte ise, DNA ile etkileen
virslerin transformasyona, dolaysyla da, kansere neden olduu
savunulmutur.
Uzun yllar karlkl savunulan bu iki kart grn yerini 1969
ylnda Hbner ve Todaro tarafndan gelitirilen onkogen kuram almtr
(ekil 12-17).



ekil 12-16. Hibridoma hcrelerinin gelitirilmesinde ana
aamalar.



ekil 12-17. Onkogen kuram.
Her iki mekanizmaya da yer veren ve bunlar uzlatrmay grleri
ieren bu kurama gre, yksek canl hcrelerinin genomlarnda normalde
bastrlm olarak kanser genleri (onkogenler) ve viral genler bulunur. Bir
kuaktan dierine aktarlan bu genler, baz kimyasal (karsinogenik)
maddelerin ve nlarn etkisiyle ya da ok daha seyrek olarak
kendiliklerinden etkinleebilir. Viral genlerin etkinlemesiyle, virs
genomunun hcre genomundan ayrlarak litik bir oalma srecini
balatmas beklenebilir. Dier yandan, ayn etmenler onkogenleri
aktifletirerek transformasyona yol aabilir. nc bir olaslkta ise,
onkogen ve viral genlerin ayn anda etkinlemesiyle, ortaya onkogenleri
tayan tmr virsleri (onkovirsler) kar.


Rekombinant DNA tekniklerinin kullanmyla srdrlen
almalar yukardaki deiik kuramn da belirli llerde doruluunu
ortaya koymutur.

12.14.1. Somatik mutasyonlar ve kanser:
Bu kavram, fiziksel ya da kimyasal etmenlerin karsinogen
olarak tanmlanabilmeleri iin nce mutagenliklerinin kantlanmas
koulunu getirmektedir. Kimyasal maddelerin kansere yol aabilecei
uzun zamandan beri bilinen bir olgudur. 18. yzylda Potts, ilk olarak,
baca temizleyicilerinde oluan skrotum kanseri sklna ve bununla
kurum ve zifirde bulunan maddeler arasndaki olas balantya dikkati
ekmitir. Kimya sanayinin gelimesine orantl olarak, karsinogen
(kanser oluumuna yol ama) nitelii saptanan maddelerin says zamanla
artmtr. Kanser oluumuyla balants saptanan baz maddeler ile
bunlarn doku zgnlkleri Tablo 12-6da gsterilmitir.

Kimyasal karm Kanser oluturduu doku
tipi

Zifir, kurum Deri, akcier


Sigara zifiri Akcier, solunum yollar

Kimya sanayi rnleri
Benzidin drar kesesi
2-Naftilamin drar kesesi
Nikel ve krom ierikli bileikler Akcier
Asbest Akcier
Benzen Lsemi

la ana maddeleri
Fenasetin Bbrek
Dietilstilbestrol Vagina

Gda ierikleri
Aflatoksin (fstk trleri) Az mukozas, karacier
Nitrosamin (sosis, vb.) Karacier, bbrek

Tablo 12-6. Kansere yol aabilen baz kimyasal karmlar ve
maddeler.

Kanser oluumuyla balantsn gsterebilmek amacyla, karsinogen
niteliinden kuku duyulmayan, zifirin etkin maddesi olan, benziprenin
bakterilerdeki mutagenlii incelenmitir. Ancak benziprenin (mutagen
etkinin en kolay incelenebildii) bakteri hcrelerinde bir mutasyona yol
amamas bu grn uzun sre zayf noktasn tekil etmitir. 1975
ylnda Ames burada ilenen dnce hatasn farkederek, karsinogen


maddelerin mutagen etkisini aratrmak iin yeni bir sistem gelitirmitir.
Amese gre, karsinogen olarak tanmlanan maddenin yksek
organizmaya girmi olmas, kanserleme srecinde bir nkoul
oluturmaktadr. Dolaysyla, maddenin kendisinden ok, karyot
hcrenin enzimlerinin etkisi altnda oluan, bir trevi gerek karsinogen
madde olabilir. Bu durumda, eer kanser mutasyon yoluyla olumakta ise,
bakteri hcresinde ana maddeden ok trevinin mutasyona yol amas
beklenir. Gerekten, karacier ztyle ilem grdkten sonra bakteri
hcrelerine eklenen benziprenin mutagen etkinliinde byk art
grlmtr. Daha sonraki almalar, benziprenin aril hidroksilaz (AHH)
enziminin katalizledii bir tepkime sonucu, karsinogen ve mutagen olan
5,6-epoksit trevine dntn gstermitir. AHH ok halkal aromatik
hidrokarbon bileiklerinin organizmadan atlmasndan sorumlu enzim
sisteminin bir esidir. Bu enzim sistemi organizma iin zararl
metabolizma rnlerinin, ila maddesi artklarnn ve yabanc maddelerin
organizmadan, suda znr bir ekle sokularak, atlmasn salar. AHH
bu srecin ilk aamasn katalizlemekte olup, ayrca, dnmn
salad hidrokarbon bileiklerince indklenebilir (ekil 12-18).



ekil 12-18. ok halkal aromatik hidrokarbon
bileiklerinin zararszlatrlma
(detoksifikasyon) sreci.

Kimyasal maddelerin yansra, fiziksel etmenlerin de, somatik
mutasyonlarla kansere yol aabileceini gl biimde destekleyen
bulgular mevcuttur. Kseroderma pigmentosum gibi DNA onarm
bozukluunun gzlendii kaltmsal hastalklarda, bireyler, hemen hemen
istisnasz olarak, gen yalarda gelien kanserin kurban olmaktadr.
Karsinogen maddelerle ve rekombinant DNA tekniklerinin yardmyla
yrtlen almalar, 1980li yllarn banda, kanser aratrmalarnda
nemli atlmlardan birinin gereklemesine zemin hazrlamtr.
Weinberg ve grubu, benzipren gibi ok halkal aromatik bir bileik olan,
benzantrasen uygulamasyla, deney hayvanlarnda oluturduklar
tmrlerde aktiflemi kanser genini bularak, tanmlamak zere
transfeksiyon adn verdikleri yntemi gelitirmitir. Bu yntemle, tmr


hcrelerinin DNAs hazrlanarak, restriksiyon enzimleri araclyla
paralanm ve oluan paralara daha ileride kolayca tannabilmeleri iin
zgn (rnein bakteriden elde edilmi) DNA dizileri indikatr olarak
taklmtr.
Bu DNA paralaryla, kltrde Ca
2+
tuzlarnn varlnda,
kartrldklarnda 3T3 fare fibroblast hcrelerinin (=lmsz, yerleik
bir hcre soyu) bazlarnn transformasyona urayarak odaklar
oluturduu saptanmtr. Transformasyondan, bu aamada 3T3 hcresine
giren, birden ok sayda tmr DNAs parasnn sorumlu olabilecei
dnlmtr. Bu nedenle, transformasyona urayan 3T3 hcrelerinden
hazrlanan DNA, yeniden ayn restriksiyon nkleaz enzimiyle krlm
ve oluan paralarla yeni 3T3 hcreleri transforme edilmi ve bu ilem
ok kezyinelenmitir. Bylece, son transfeksiyon ileminden sonra da
transformasyona urayan, ayrca farelere aktarldnda tmr
oluturabilen hcrelerin, bataki tmr DNAsndan hazrlanan paralarn
birinden fazlasn tamas olasl istatistiksel olarak ortadan
kaldrlmtr. Bulgular kimyasal karsinogenler araclyla aktifleen tek
bir (kanser) genin(in), 3T3 fibroblastlarna transfeksiyon yoluyla
aktarldnda, transformasyon iin yeterli olabileceini gstermitir.
almalarda son transfeksiyon ileminde transformasyona uratlan
hcrelerin DNAs yeniden paralanarak bu kez bakteriyofaj genomlarna
eklenmitir. Rekombinant fajlarn, petri tabaklarndaki bakteri
tabakalarnda yol at plaklar arasndan, bata taklan indikatr diziyi,
dolaysyla, kanser genini tayan bakteriyofaj pla belirlenmitir (ekil
12-19). Faj genomunda klonlanan bu kanser geninin ras geni olduu
gsterilmitir. Bu yaklamla, daha sonraki yllarda, insan tmrleri dahil


eitli tmr dokusundan hazrlanan DNA rneklerinde kanser genleri
(onkogenler) elde edilerek tanmlanmtr.

12.14.2.Viral karsinogenez:

Kansere yol at saptanm ilk virsn (Rous sarkom
virsnn) 1912 ylnda bulunmu olmasna karn, viral onkogenez
dncesi, somatik mutasyon kuramnn yannda, arka planda kalmtr.
Bu n planda aratrmaclarn uzun yllar kanserli dokuda hastala yol
aan virs partikllerini sonusuz kalan abalarla aram olmalarndan
kaynaklanmtr.



ekil 12-19. Transfeksiyon deneylerinin ak diyagram.
o--o, onkogen: -, DNA paralarna taklan
indikatr dizi.

Gnmzde, virs infeksiyonunun hcrede deiik yollar
izleyebilecei, hcreye giren virsn oalarak hcrenin lmne yol
aabilecei (litik mekanizma) gibi, hcre kromozomuna girerek onun bir
blm gibi mitozla birlikte yavru hcrelere iletilebilecei (lizojenik
mekanizma) bilinmektedir. zellikle, lizojenik mekanizmay izleyerek,
hcre kromozomunun bir blm haline gelen ve provirs olarak
adlandrlan virs genomlarnn karsinogen etkenler olarak rol


oynayabilecekleri son yllarda yeterince kantlanmtr. Tmrlere yol
at bilinen virslerle yaplan almalarda karlalan bir dier glk,
bu virslerle infeksiyonun (deney hayvanlarnda) her zaman kansere yol
amamas olmutur. Ancak, deney hayvanlarnn bak direncinin
bastrlmasyla, (tmr) virs infeksiyonlarnn kansere yol ama oran
byk lde artrlabilmitir. Gnmzde, virslerin tmrlere yol
aabilecei bir olgu olarak kabul edilmektedir. Nitekim, istatistikler
insanda kanser olgularnn % 10-15inin viral kkenli olduunu ortaya
koymaktadr (Tablo 12-7). Tmr virsleri, DNA ve RNA virsleri olarak
iki ana gruba ayrlr. Bu iki grubun konak hcreyle etkileimi ve
transformasyona yol a mekanizmalar temelden farkllklar gsterir.

12-15. DNA tmr virsleri
DNA tmr virslerinin balca temsilcileri arasnda maymun ve
fareye zg simian virs 40 (SV 40) ve poliyoma virs ile insana zg
papiloma virsleri (HPV), adenovirsler, herpes simpleks virsleri (HSV)
ve hepatit B-virs bulunur (Tablo 12-8).

Kanserin yeri Olgu says Yzde Neden(ler)
Bilinen Olas
Akcier 157.000 15 Ttn
Kolon ve rektum 155.000 15 Hayvansal ya,
dk lif ierikli
Alkol, hareketsiz
yaam biimi


beslenme
Gs 150.900 15 Over hormonlar
Prostat 106.000 10 Testosteron strojen
drar kesesi 49.000 5
Non-Hodgkin
lenfoma
35.000 3 (HIV, HTLV-I)
Uterus
(endometrium)
33.000 3 strojen
Az boluu ve
farinks
30.500 3 Ttn, alkol
Pankreas 28.100 3 Ttn
Lsemi 27.800 3 X-nlar
Melanom 27.600 3 Ultraviyole
nlar (gne
yan)

Bbrek 24.000 2 Ttn Ar kesiciler, idrar
skcler
Mide 23.200 2 Tuz, ttn Helicobacter pylori
Over 20.500 2 Ovulasyon
Beyin ve dier
sinir sistemi
15.600 2 Travma, X-
nlar

Serviks 13.500 1 Papilloma virsler
Karacier 13.100 1 Hepatit virsleri,
alkol
Ttn
Larinks 12.300 1 Ttn, alkol
Tiroid 12.100 1 odin fazlal
Multipl miyeloma 11.800 1
Yemek borusu 10.600 1 Alkol, ttn
Hodgkin hastal 7.400 <1
Testis 5.900 <1 In utero strojen
Btn dier
yerler
69.500 7 eitli etmenler
Toplam 1.040.000 100

Tablo 12-7. 1990 ylnda ABD'de belirlenen yeni kanser
olgular, yerleri ve ana nedenleri

SV 40, poliyoma virs ve HPV, papova virs grubu kapsamna
giren kk tmr virsleridir. SV 40n ierdii ift sarmal halkasal
DNA moleklnn arl yaklak 3 000 000 Dalton olup, proteini


ifreledii bulunmutur. Bu proteinlerden ikisi virsn kapsl
proteinleridir. Tmr ya da T-antijeni olarak adlandrlan nc protein
ise, konak hcrenin DNA sentezinde rol oynayan bir ok enzimin
etkinliinde arta yol aar. Konak hcrenin transformasyonunda rol
oynamaya balca aday protein T-antijenidir. Sistemin bu denli basit oluu
ve pek ok zelliinin imdiden

1 Papova virsleri
- Simiyan virs 40 (SV 40)
- Poliyoma virs
- Papiloma virs
2 Hepadnavirs Grubu
- Hepatit B virs
3 Herpesvirs Grubu
- Epstein - Barr virs
4 Adenovirs Grubu

Tablo 12-8. DNA tmr virsleri.

ayrntl olarak bilinmesi, SV 40 karsinogenez mekanizmasna k
tutabilecek bir model sistem olarak belirlemitir. Papova virs grubunun
dier temsilci HPV insanda anogenital kanser olgularna, rnein rahim


kanserine yol amas nedeniyle, zel bir nem tamaktadr. HPV E6/E7
proteinleri kltrde hcreleri lmszletirme etkisine sahiptir.
Genellikle souk algnlklarna yol amalaryla bilinen
adenovirsler ve az uuklarnn (herpes simpleksin) nedenini tekil eden
herpes simpleks virsleri (HSV) de deney hayvanlarnda kansere yol
atklar kantlanm virslerdir. Herpes virslerinin bir alt grubunu tekil
eden Epstein-Barr virs (EBV) son yllarda insanda kanserle balants
gzlenen ilk virs olarak nem kazanmtr. Normalde anjin ve lenf
bezlerinin imesiyle cereyan eden infeksiyz mononkleoz hastaln
yol aan bu virs, Afrikada ocuklarda endemik olarak gelien lenf
tmrlerinde de (Burkitt lenfomalarnda) bulunmutur. Kltrde B-
lenfositlerini lmszletirici etkisi gzlenen EBV, bu etkisini EBNA
1/EBNA 2 gibi proteinler zerinden gsterir. Dier yandan, Burkitt
tmrlerinde gzlenen 8/24, 8/2 ve 8/22 translokasyonlar ile EBV ilikisi
henz aklanmamtr.
DNA tmr virslerinin tadklar onkogenlerin ifreledii
proteinler, konak hcrede replikasyonu tetiklemelerinin yansra, bu
virslerin oalabilmeleri iin de elzemdir. DNA tmr virslerinin
ifreledii baz zgn (onko)proteinler G1/S geiini denetim altnda tutan
pRb ve p53 gibi proteinlerle etkileme zellii gstermektedir (ekil 12-
20). Bu yolla, DNA tmr virslerinin bu proteinlerin denetim
ilevini devre d brakarak replikasyon srecini balattklar
dnlmektedir (ekil 12-21). DNA tmr virsleri transformasyona yol



ekil 12-20. DNA tmr virslerinin onkoprotein-
lerinin pRb ve p53 gibi dzenleyici
proteinlerle etkileimi.

aabildikleri gibi, permissive hcrelerde litik oalma srecine de
girebilir. Bu hcreler virsn normalde infeksiyona yol at trden hcre
kltrlerine aktarlm hcrelerdir.
12-16. RNA tmr virsleri
lk bulunan tmr virsnn (Rous sarkom virsnn) bir RNA
virs olmasna karn, bu virslerin DNA dzeyinde cereyan ettii
varsaylan bir olaya etkisi uzun bir sre anlalamamtr. Bu virslerin
varl gen anlatmna ilikin dncelerle elikili bile grlmtr.
1960larda Temin bu elikiyi zmeye aday bir mekanizma olarak, RNA



ekil 12-21. DNA tmr virslerinin onkoproteinlerinin
etkileimleri sonucu G1/S geiinin denetim-
den k. Rb-P, fosforillenmi retinoblastoma
proteini

tmr virslerinde, RNAy kalp olarak kullanarak, onu tamamlayc
(komplementer) DNA zinciri oluturabilen bir ters transkriptaz (RNAya
baml DNA polimeraz) enziminin varln nermitir. Bu dnce 1969
ylnda szkonusu enzimin bulunmasyla kantlanmtr. Buna gre,
hcreye giren virs RNAsnn ters transkripsiyon yoluyla DNAya


evrilmesi, virs genomunun (DNA virslerinde olduu gibi) konak
hcre kromozomuna yerlemesine olanak salamaktadr.
Ters transkriptazn, RNA zinciri zerinde oluturduu DNA
zincirini ikinci aamada kalp olarak kullanarak ona komplementer DNA
zincirini oluturmasyla ift sarmall virs DNA molekl ortaya kar.
RNA tmr virslerinin birliklerinde getirdikleri tRNA moleklleri DNA
sentezi iin primer, balatc nkleik asit grevini stlenir. Dier DNA
polimerazlarnda olduu gibi, ters transkriptazda bir balatc molekln
3-OH grubuna ilk nkleotidi ekleyerek sentezi balatr.
RNA tmr virslerinin hepsi tek bir snfa, retrovirs snfna
girer (Tablo 12-9).

Retrovirs Grubu
- nsan T-hcresi lsemisi
virs (HTLV-1)

T-hcresi lenfomas
- nsan immun yetmezlik virs
(HIV-1, AIDS-virs)

Kaposi sarkomu, vb.
-"Acute Transforming
Retroviruses"

Tablo 12-9. RNA tmr virsleri.
Retrovirs, hcreye girdikten ve genomu ift sarmal DNAya
dntkten sonra, kalc biimde hcre DNAsna yerleir.
Transkripsiyon yoluyla oluan yeni RNA virs genomlar sitoplazmada
virs proteinlerinin oluumu iin kalp ilevini de yrtr ve sonra
bunlarla birleerek virs partikllerini oluturur. Meydana gelen virs


partiklleri ise, hcre yzeyinden tomurcuklanma mekanizmasyla
aa kar (ekil 12-22). Buna gre, RNA tmr virsleri (DNA
tmr virslerinin litik mekanizmayla yapt gibi) konak hcrenin
lmne yol amaz.

ekil 12-22. RNA tmr virslerinin genomunun hcre
kromozomuna girii ve virs partikllerinin
hcrede oalm.

Ancak, kalc biimde genomuna yerletikleri bu hcreyi,
tomurcuklanmayla evreye yaylan, pek ok sayda yeni virs
partiklnn kayna durumuna dntrr.


RNA virslerinin kapslleri iinde bulunan RNA, sedimentasyon
katsays 70S olarak bulunduundan, 70S RNAs olarak da tannr. 70S
RNAs iki edeer (molekl arl 3x10
6
dalton) 35S RNA zincirinden
olumutur. RNA zinciri kapsl proteini (gag), ters transkriptaz (pol) ve
zarf proteini (env)nin sentezi iin gerekli bilgiyi tar. Lineer ekliyle iki
ucundaki tekrarlanan diziler (long terminal repeat (LTR)) virs
genomunun hcre genomuna yerlemesinde oynadklar roln tesinde
ierdikleri gl promoter ve enhancer blgeler araclyla virs gag,
pol, ve env genlerinin ncelikli trankripsiyonunu salar (ekil 12-23).
DNA tmr virslerinin onkogenlerinin aksine, RNA tmr
virslerinin onkogenleri bunlarn oalmalar iin gerekli deildir.
Dolaysyla, RNA virslerinin kansere yol amayan, fakat oalma
yeteneklerini koruyan mutantlar bulunmutur. Genellikle eksilme
mutantlar olan bu virsler normal virsn genomunun yaklak %
15inden yoksun olabilir. Virslerin onkogenleri, rekombinant DNA
teknikleriyle 1980li yllarda klonlanarak, tanmlanmtr. Retrovirs
onkogenlerinin normal ve kanserli dokularda varln saptamak iin
yrtlen molekler hibritleme almalar ise, bu genlerin hcrelerde
bulunduunu gstermitir (ekil 12-24).



ekil 12-23. Mutant (onkogenden yoksun) retrovirslerin
yardmyla onkogenlerin normal virs geno-
mundan kazanm. Klonlanan onkogenin hcre
DNAs ile hibritlenme ilemi.



ekil 12-24. Yinelenen, uzun u diziler (LTR) zerinden
retrovirs genomunun hcre genomuna
yerlemesi.

12.17. Onkogenler (ve proto-onkogenler)
Bir yandan transfeksiyon deneyleri, dier yandan eitli
retrovirsler ile almalar yaklak iki dzine onkogenin varln ortaya
karmtr. Klonlanan bu genlerin dizi analizleri yaplm ve ifreledikleri
proteinler ksmen tanmlanmtr. Klonlanm retrovirs onkogenleriyle
yaplan hibritleme almalar, bunlara karlk gelen dizi ve genlerin
yksek canl hcrelerinin genomlarndaki varln gstermektedir. Bu
bulgulara gre, retrovirs onkogenleri normalde hcre genomunda
bulunan fizyolojik ilevli genlere karlk gelmektedir. Bu genlerin hcre


genomundan ayran virs genomuna transdklenmeleri, onlarn viral
LTR blgelerinin denetimi altna girmeleriyle sonulanmaktadr. Bu
genler fizyolojik koullarda hcrelerin oalmasndan sorumlu olup, viral
kontrol blgelerinin denetimi altnda snrsz aktiflemeyle, kanser genleri
niteliini kazanmaktadr. Nitekim, bulunan onkogenlerin hemen tm
oalma sinyali iletimi yollarndaki aamalardan sorumlu genlerin mutant
ve/ya da transdklenmi trevleridir.
Bu dorultuda, onkogen rn ErbB proteini, EGF (epitelyal
oalma faktr) reseptrnn,yalnzca membran ii ve sitoplazmik
blmlerini ieren, bir trevidir. sis proteininin ise PDGFnin kendisi
olduu bulunmutur. ras proteinini etkileyen mutasyonlarn
transformasyondaki rol ise yukarda irdelenmitir. Btn bu bulgular,
oalma sinyali iletiminin deiik aamalarndan sorumlu
protoonkogenlerin, aada anlatlacak mekanizmalar araclyla,
denetimsiz aktiflemesinin transformasyona yol aabileceini gsterir.
Retroviral onkogenler, hcresel proto-onkogenlerle karla-
trldklarnda, nemli baz farkllklar gsterir. Bunlar hcresel
kontrol blgelerinden olduu kadar, proto-onkogenlerin intronlarndan da
yoksundur. Bu husus, retroviral onkogenlerin ancak, transkripsiyon ve
bunu izleyen krplma ilemlerinden sonra, retrovirsn RNA
niteliindeki genomunun bir blm haline dnebilmeleriyle
aklanabilir. oalma sinyali iletimi yollarndan sorumlu olan
protoonkogenlerin evrim boyunca byk lde korunmu yaplara sahip
olduklar bulunmutur. rnein, mayada da bulunan ras proto-
onkogenlerinin birincil yaplar aradan geen ok uzun bir evrim srecine
karn insan ras proto-onkogenleriyle yaklak % 70 orannda benzerlik


gstermektedir. Bu, proto-onkogenlerin yksek canllarn yaamnda
stlenmi olduklar nemli ilevlerin bir kant olarak dnlebilir. Bu
bulgu ayrca szkonusu ilevin, daha nce, histonlarn rneindeki gibi,
yapdaki bir deiiklii ok snrl lde kaldrabilen bir nitelie sahip
olduunu gsterir. Retroviral ve transfeksiyon deneyleriyle belirlenen
hcresel onkogenler Tablo 12-10da topluca verilmitir.
12.18. Proto-onkogenlerin onkogenlere dnmesi
Retrovirs genomuna transdklenerek aktiflemesinin yansra
(hcresel) proto-onkogenlerin balca iki ana mekanizmayla aktiflemesi
ve transformasyona yol amas olanakldr.
1) Proto-onkogenlerin ifreledii proteinlerin hcre iindeki
miktarlarnda arta yol aan mekanizmalar. Normalde, zellikle
erikin organizmada, hcre oalmasndan sorumlu genler
basklanm olarak bulunur. Buna bal olarak ta, bu genlerin
ifreledii proteinler (rnein hcre oalma faktrleri ve
reseptrleri) hcrelerde ok dk miktarda sentezlenir.
Hcresel basky ortadan kaldran her mekanizma hcrelerin
oalmasn salayarak proteinlerin denetimsiz sentezine,
dolaysyla transformasyona yol aabilir. Bu balamda,

Tmr Transfeksi-



Ad Kaynak Retrovirs yon deneyleri zole edildii tr
src Rous sarkom virs - Tavuk
yes Y73 Sarkom virs - Tavuk
fps(=fes) Fujinami(St Felin)
sarkom virs
- Tavuk (kedi)
abl Abelson murin lsemi
virs
Lsemi Fare (insan)
ros UrII avyan sarom
virs
- Tavuk
fgr Gardner-Rasheed felin
sarkom virs
- Kedi
ErbB Avyan eritroblastoz
virs
- Tavuk
fms McDonough felin
sarkom virs
- Kedi
mos Maloney murin
sarkom virs
Lsemi Fare
raf(=mil) 3611 Murin sarkom
virs
- Fare
sis Simyan sarkom
virs
-

Maymun
Ha-ras Harvey murin
sarkom virs

Karsinom San (insan)
Ki-ras Kirsten murin sarkom
virs
Karsinom,Lsemi
ve Sarkom
San (insan)
N-ras - Lsemi,Sarkom nsan
myc Avyan miyelositomatoz
virs
- Tavuk
N-myc - Nroblastom nsan
myb Avyan miyeloblastoz Lsemi Tavuk (insan)
fos FBJ osteosarkom
virs
- Fare
ski Avyan SKV 770
virs
- Tavuk
fel Retikloendotelyoz
virs
- Hindi
ErbA Avyan eritroblastoz
virs
- Tavuk
Blym - Lenfoma nsan (Tavuk)
mam - Karsinom nsan (Fare)
neu - Nroblastom San

Tablo 12-10. Onkogenler.

a. Kimyasal mutagenler, proto-onkogenlerin dzenleyici blgelerinde
yol atklar mutasyonlarla, hcresel denetimi devre d


brakabilir;
b. Retrovirs genomu, evresine yerleerek, proto-onkogeni denetimi
altna alabilir. Byle bir durumda retrovirsn kendisinin bir
onkogen tamasna gerek yoktur. Ayrca, LTRin ierdii
enhancer blgeler nedeniyle virs genomunun proto-onkogenin
arkasna (3-yanna) yerlemesi de aktifleme iin yeterli olabilir
(ekil 12-25).

ekil 12-25. Proto-onkogenlerin, evresine yerleen
virs genomunun etkisiyle, aktifleme.

c. Proto-onkogenin aktif bir kromozoma translokasyonu
gerekleebilir. Bu mekanizmayla kanser oluumunun tipik bir


rnei, Burkitt tmrlerinde (B-hcrelerinin oluturduu lenfo-
malarda) grlmektedir. Burkitt hcrelerinde aktifletii grlen
myc proto-onkogeni normalde kromozom 8de bulunur. Burkitt
hcrelerinde ise, kromozom 8 ile, byk sklkla, kromozom 14,
daha seyrek olarak ise, kromozom 2 ya da 22 arasnda karlkl
translokasyonlarn olutuu gzlenmitir (ekil 12-26). myc
geninin Ig genlerinin bulunduu (yani youn bir transkripsiyon
etkinliinin gerekletii) bu kromozomlara translokasyonla
aktarm sonucu aktifletii sanlmaktadr. Nitekim, rekombinant
DNA almalar bu olgularda translokasyon sonucu myc geninin
Ig genleriyle kafa kafaya bir konuma (ve Ig genlerinin gl
enhancer blgesinin yaknna) geldiini gstermektedir
(ekil 12-26). Burkitt tmrlerinde bulunan Epstein Barr
virsnn bu translokasyonlarn oluumunda bir rol oynayp
oynamad u anda kesinlikle bilinmemektedir.
nsanda kansere yol at bilinen dier bir translokasyon
rneini Filadelfiya kromozomu oluturur. Filadelfiya
kromozomu, 9. ve 22. kromozomlar arasndaki karlkl
(resiprok) translokasyon sonucu, 22. kromozomdan treyen
kromozoma verilen addr. Bu translokasyon abl proto-onkogeninin
9.kromozomdan 22.kromo zoma aktarlmasyla sonulanr.



ekil 12-26. Burkitt tmrlerinde kromozom 8
ve 14 arasnda translokasyon.

Filadelfiya kromozomunun oluumu, srasyla, kronik miyelogen
lsemi (chronic myelogenic leukemia(CML)), akut, lenfositik olmayan
lsemi (acute nonlymphocytic leukemia(ANLM)) ve akut lenfositik
lsemi (acute lymphocytic leukemia(ALL)) olgularnda rol oynar.



ekil 12-27. Burkitt tmrlerinde myc geninin
(kromozom 8), Ig ar zincir genlerinin
bulunduu lokusa (kromozom 14), kar-
lkl (resiprok) translokasyon sonucu aktarm.

d. Son bir mekanizmada ise bu proteinlerin hcrede miktarlarnn
artmas, gen amplifikasyonu, yani proto-onkogenlerin saylarnn
artmasyla, orantl olarak ortaya kar.
2) Protoonkogenlerin, dzenleyici blge ya da saylarnda meydana
gelen deiiklikler yerine, ifreleyen blmlerinde (eksonlarnda)
meydana gelen mutasyonlarla da kanser oluabilir. Byle bir
durumda ifrelenen proteinin hcre iindeki miktarndan
ok nitelii deiecektir. Bunun en tipik rneini insanda kanser
olgularnn pek ounda aktiflemi olarak bulunan ras geninde
gzlemek olanakldr. Daha nce de belirtildii gibi, yapsal
geninde meydana gelen nokta mutasyonlar sonucu ras
proteini p21 GTPaz etkinliini yitirir, ancak GTP balama


zelliini korur. Bunun hedef enzim (raf) sisteminde srekli
uyarya yol aabilecei yukarda tartlmtr.
12.19. Onkogenlerin ifreledii proteinler-Kanser proteinleri
Onkogenlerin, ifreledikleri proteinlerin hcre iindeki konumu ve
biyokimyasal zelliklerine gre, snflandrlmas Tablo 12-11de
verilmitir. Kanser proteinleri, konumlarna gre, membranla balantl,
sitoplazmik, ekirdek ii ve hcre d olmak zere balca drt ana gruba
ayrlabilir (ekil 12 - 28). Moleklsel zellikleri asndan bunlardan,

ekil 12-28. Onkogen rnlerinin (kanser proteinlerinin)
hcre ii konumlar.
Ad Hcre Konumu Snf lev
Src Plazma membran
Yes Plazma membran (?)


fps (=fes) Sitoplazma
Abl Plazma membran (1) Tirosin Kinaz
Ros Sitoplazma, plazma
membran

Fgr Plazma membran
erbB Plazma membran oalma faktr
reseptr trevi
Fms
Mos
Sitoplazma
Sitoplazma
(2) Snf (1) ile
balantl kinaz
raf (=mil) Sitoplazma
Sis Hcre d (3) Hcre oalma
faktr trevi
Has-ras Plazma membran
Ki-ras Plazma membran (4) G-proteinleri
N-ras Plazma membran
Myc ekirdek
N-myc ekirdek

Myb

ekirdek
(5) Reglatif
kromatin
proteinleri
Fos ekirdek
Ski ekirdek
Rel

(?)

(6) Snflandr-
lamayan

Tablo 12-11. Onkogenlerin ifreledikleri proteinlerin
(onkoproteinlerin) zelliklerine gre snflandrlmas.

zellikle membran balantl konumu olanlarn Tablo 12-10daki snf 1
temsilcileri) tirokin kinaz, Tablo 12-10daki snf 2 proteinlerinin ise serin
ya da treonin kinaz etkinliine sahiptir. ras snf proteinler daha nce de


belirtilmi olduu gibi, G-proteinleridir. ekirdek ii konumlu ve myc
proteininin ba ektii proteinler ise, dzenleyici nitelikli (rnein,
transkripsiyon faktr gibi) kromatin proteinleridir.
Dier yandan, hcre oalmas gibi, ok nemli bir olayn negatif
geri besleme mekanizmalaryla pek ok aamada sk bir denetim altnda
olmas beklenir. Byle olunca, tek bir aamadan sorumlu genin
aktiflemesinin transformasyon iin yeterli olup olmad tartmaldr.
Genellikle, transformasyon iin en az iki onkogenin (zellikle ras ve myc
onkogenlerinin) aktiflemesinin gerektii kabul edilmektedir. Nitekim,
Weinberg tarafndan yrtlen transfeksiyon deneylerinden karlan, ras
geninin tek bana transformasyon iin yeterli olduu, sonucunu burada
dzeltmemiz gerekir. Zira, bu deneylerde kullanlan 3T3 fibroblastlar
lmsz, yani transformasyon iin gerekli ilk koulu gereklemi (ve
myc geninin aktiflemi olduu) hcrelerdir. En son almalar
kanserleme iin mutasyona uramas gerekli gen saysnn be ya da
altya kabileceini gstermektedir. Bu olgu kanserin uzun sreli, ok
aamal oluum sreci ile uyumludur.
12.20. Spresr genler
Onkogenlerin yansra, son yllarda, hcre oalmasnda ve kanser
oluumunda rol oynayan ikinci bir gen grubu bulunmutur. Bu grubun
temsilcileri tmr spresr genleri olarak adlandrlmaktadr. Spresr
genler hcre oalmas srecinde G1/S geiini ve replikasyonu
denetleyen ve basklayan genlerdir. Onkogenlere kart ynl ileve sahip
olan bu genlerin, mutasyonlar sonucu, inaktiflemesi transformasyona yol
aar. Tmr supresr genlerinin bilinen temsilcileri arasnda
retinoblastom (Rb), p53, nrofibromatoz (NG-1), DCC (deleted in colon


carcinoma), Wilms tmr (WT) ve erbA genleri bulunmaktadr. Bu
genlerin arasnda en iyi tanmlanm olan Rb geni, insanda
13.kromozomda (q
14
) bulunur. Bu genin geni delesyonlarla ortadan
kalkt olgular bilinmektedir. 13.kromozomda byle bir mutant blge
tayan bireylerin yaamlar srasnda, ikinci Rb allelinin de yeni bir
mutasyon sonucu devre d kalmas, retinoblastom oluumuna yol
aar.P53 geni ise, insan kanserlerinin ok byk bir yzdesinde
inaktiflemi olarak bulunmutur. pRb ve p53n yukarda aklanan etki
mekanizmalarnn nda, onlarn genlerini inaktifletiren mutasyonlarn
ya da DNA tmr virslerinin pRb ve p53 balayarak, tutuklayan
onkoproteinlerinin, hcrelerin S evresine gei srecini denetimden
kard anlalmaktadr (bkz.ekil 12-21). Son dnem almalar,
yukarda belirtildii gibi, zellikle, p53n inaktiflemesine yol aan
mutasyonlarn, insanda, kanser olgularnn yaklak yarsndan sorumlu
olduunu ortaya koymaktadr. Bu balamda, eitli kimyasal mutagenlerin
p53 geninde yol atklar mutasyonlar tanmlanmtr. Aflatoksinin bu tr
mutasyonlarla primer karacier kanserine yol at, son olarak ta
benziprenin epoksi trevinin akcier (bron epitel) hcrelerinde p53
geninin 157., 248. ve 273. kodonlarndaki guanin gruplarna kovalent
baland gsterilmitir. Bu kodonlar p53n DNA ile etkileim
blgelerinde bulunan amino asitlere karlk gelmekte ve akcier
kanserinde en sk mutasyona urayan kodonlar olarak bilinmektedir (ekil
12-29). Bu bulgular sigara ile akcier kanserinin oluumu arasndaki
ilikiyi de en ak biimde ortaya sermektedir. Konu bir genelleme ile
balanacak olursa, proto-onkogenlerin denetimsiz aktiflemesi ve/ya da
spresr genlerinin inaktiflemesi transformasyona yol amaktadr.


ekil 12-29. Akcier kanserinde p53 mutasyonlarnn
skl.

12.21. S o n u
Kanser oluumunda d (rnein kimyasal ve fiziksel) ve i
etmenlerin bir olgudan dierine deien oranda katk gsterdikleri grlr
(ekil 12-30 ve ekil 12-31). Bunlarn kanserlemedeki pay bir spektrum
zerinde gsterildiinde, spektrumun bir ucunda i etmenlerin, dier
ucunda ise, d etmenlerin etkisi altnda karlalan kanser olgular
bulunur. Saysal adan arlk tamayan bu u rneklerin yansra, kanser
olgularnn byk ounluunda deien lde her iki tip etmenin de rol
oynad grlr:
ve (ya da) d etmenlerin etkisiyle transformasyona urayan
hcrelerin tmr geliimine yol ap amayaca ise, ortaya kan kanser


hcrelerinin saysna, oalma ve evreye yaylma yeteneklerine (habislik
derecesine), antijenik zelliklerine ve ayrca makroorganizmann bak
konumuna baldr.

ekil 12-30. ve d karsinojenik etmenlerin spektrumu.



ekil 12-31. Kanser oluumunun ak diyagram.
kanserleme ynnde aktifleme
basklama (inhibisyon)
* kaltlan mutasyonlar (rnein spresr
genlerini ya da DNA onarm sistemini
inaktifletirici mutasyonlar)

K A Y N A K L A R (Genel)
1. Alberts,B., Bray,D.,Lewis,J.,Raff,M.,Roberts,K., and Watson,JD.:
Molecular Biology of the Cell, Garland, New York (1989).

2. Cameron,R.J.,Skofronick,J.G.: Medical Physics, A Wiley-nterscience


Publication New York (1978).

3. Caner,Y.: Biyofizik, Erciyes niversitesi Tp Fakltesi Yaynlar
(1996).

4. Cromer,H.H.: Physics for the Life Sciences, McGdaw Hill Book
Company, New York (1977).

5. elebi,G.: Biyofizik I, alayan Kitabevi. stanbul (1989).

6. elebi,G.: Editr. Spektroskopi ve Tbbi Grntleme Yntemleri.
V.Ulusal Biyofizik Kongresi Panel Metinleri. Biyofizik Dernei
Yaynlar, zmir, (1993).

7. Freifelder,D.: Physical Biochemistry. Implications to Biochemistry and
Molecular Biology. W.T.Greeman and Company, San Francisco
(1982).

8. Guggenheim,E.A.: Thermodynamics, North-Holland Publishing
Company, Amsterdam (1967).

9. Guyton,A.C.: Textbook of Medical Physiology, W.B.Saunders
Company (1986).

10. Hallett,F.R.,Speight,P.A.,Stinson,R.H.: Introductory Biophysics,
Halsted Press John Wiley and Sons Inc. New York (1977).

11. Hope,W.,Lohmann,W.,Markl,H.,Ziepler,H.: Biophysics, Springer
Verlag (1983).

12. Klotz,I.: Introduction to Biomolecular Energetics. Academic Press,
New York (1986).

13. Laskowski,W., and Pohlit,W.: Biophysik I&II, Georg Thieme Verlag
Stuttgart (1974).

14. Lehninger,A.: Bioenergetik, Georg Thieme Verlag, Stuttgart (1974).



15. Nurten,R.: Editr. VI. ve VII.Ulusal Biyofizik Kongrelerinde
dl Alan Posterler. Biyofizik Dernei Yaynlar, stanbul, (1996).

16. Nurten,R.: Dzenleyen. Biyofizik Uygulama Notlar, stanbul
(1996).

17. Pehlivan,F.: Biyofizik, Pelin Ofset Matbaas, Ankara (1989).

18. Stanford,A.L.: Foundation of Biophysik, Acad.Press.New York
(1975).

19. Stryer,L.: Biochemistry, Wilt. Freeman and Company, New York
(1976).

20. Volkenstein,M.V.: Biophysics Mir PUBLISHERS- Moscow (1983).

21. Watson,J.,Hopkins,H.N.,Roberts,J.W.,Steitz,J.A., and Weiner,A.M.
Molecular Biology of the Gene, 4.Edition, The Benjamin/Cummungs,
Redwood City (1987).

22. Yldrm,H.: Biyofizik, Anadolu niversitesi Basmevi (1985).

Ek Okuma Kaynaklar
BLM 2:
- Olmstead,E.G.: Mammalian Cell Water, Lea and Fabiger (1966).


- Cameron,J.R.,Skofronick,J.G.: Medical Physics. Wiley Interscience
Publication (1978).
BLM 3:
- Lawrance,C.W.: Cellular Radiobiology. Willian Clowes and Sons,
London (1971).
- zalpan,A.: Radyobiyoloji, Fen Fakltesi Basmevi stanbul (1980).
- Sencer,E., Tiryaki,D., (dzenleyen) "Radyoimmunassay ve Tmr
Antijenleri Belirleme Yntemleri", Kurs notlar. stanbul Tp Fakltesi
Basmevi, (1981).
BLM 4:
- Gary,F.: DNA. Sci.Am.253, (4), 58-67 (1985).
- Darnell,J.E.: RNA. Sci.Am.253, (4), 68-87 (1985).
- Doolittle,R.F.: Proteins Sci.Am.253, (4), 88-99 (1985).
BLM 5:
- Morowitz,H.J.: Entropy for Biologist. Academic Press (1970).
- Warrick,H.M., and Spudick,J.A.: Myosin Structure and Function
in Cell Biology, 3, 379-421 (1987).
- Edsall,J.T.,Gutfreund,H.: Biothermodynamics. The Study of
Biochemical Processes of Equilibrium, John Wiley and Sons Inc.
(1983).
- Matsudaira,P.: Modular Organization of Actin Crosslinking
Proteins. TIBS 16, 87-103 (1991).
- Stein,W.D.: Transport and Diffusion Across Cell Membranes
Academic Press Inc. New York (1986).
- Bagshaw,C.R.: Muscle Contraction. Chapman and Hall London
(1993).


- Goca,N.,ahin,Y. Molekln yaps. Cilt 1 ve 2. Atatrk niversitesi
Fen-Edebiyat Fakltesi Ofset Tesisleri (1993).
- Sackman,E.: Physical Foundations of the Molecular Organisation
and Dynamics of Membranes. In: Biophysics Hoppe,W.,Lohmann,W.,
Markl,H.,Ziepler,H. Springer Verlag Berlin (1983) Chapter 12.
- Appleton,G.J.,Krishnamoorthy,P.N. (eviren Y.Atakan):
Radyoizotoplarn Emniyetle Kullanlmasnda Salk Fizii.
T.C.Atom Enerjisi Komisyonu Yaynlar, Bilimsel Yaynlar
Seri B/18. Ankara (1966).
- okyksel,O.,ber,A.,Camucu,S.,Numan,F.: Rntgen Fiziine
Giri. Cerrahpaa Tp Fakltesi Yaynlar stanbul (1987).
- Nurten,R.: Editr. VI. ve VII. Ulusal Biyofizik Dernei Yaynlar,
stanbul, (1996).
BLM 6:
- Hope,W.,Lohman,W.,Markl,H.,Ziepler,H.: Biophysik,
Springer Verlag Berlin (1977).
-Wiener,N.: Sibernetik, Say Kitabevi, stanbul (1982).
- Songar,A.: Sibernetik, Temel Matbaa stanbul, (1980).
- Steinbuch,K.: Automat und Mensch, Springer Verlag Berlin
(1971).
- Wyard,S.J.: Solid State Biophysics Mcgraw Hill Book Company
New York (1969).

- Changeux,J.P.: Beyinde kimyasal sinyaller, Bilim, Ocak, 38-45
stanbul (1994).
- Alberts,B.,Bray,D.,Lewis,J.,Raff,M.,Roberts,K.,Watson,J.D. Molecular


Biology of the Cell. 2.edition Garland Publishing Inc. New York (1989).
BLM 7:
- Katchalsky,A.,Curran,P.F. Non-equilibrium Thermodynamics in
Biophysics, Harvard,Cambridge (1965).
- Morris,J.G.A. Biologists Physical Chemistry. 2.edition Edward Arnold
London (1976).
- Dixon,M.,Webb,E. Enzymes. 2.Edition Longmans Green London
(1967).
- Gutfreund. Enzymes. Physical Principles. Wiley-Interscience London
(1972).
- Stryer,L.: Biochemistry. Freeman Comp. San Francisco (1975).
- Rawn,J.D.: Biochemistry. Neil Patterson Publ. (1989).
BLM 8:
- Maniatis,T.,Fritsch,E.F.,Sambrook,J.: Molecular Cloning. Cold
Spring Harbor Lab. (1982).
- Watson,J.D.,Witlowski,Gilman,Zoller.: Recombinant DNA
Scientific American Books (1992).
- Weatherall,D.J.: The New Genetics and Clinical Pratice
Oxford Univ. Press (1991).
BLM 9:
- Hershfield et.al. New Eng.J.Med. 316, 589-596 (1987).
- Capecchi,M.R. Targeted Gene Replacement Sci.Am. March 34-41
(1994).
- Culver,K.W.,Ram,Z.,Walbridge,S.,Ishi,H.,Oldfield,E.H., Blaese,R.M.
In Vivo Gene Transfer with Retroviral Vector-producer Cells for
Treatment of Experimental Brain Tumors Science 256, 1550-1552(1992)


- Randall,T. Gene Therapy for Brain Tumors in Trials, Correction of
Inherited disorders a hope. JAMA 269 (17), 2181-2182 (1993)
- Newman,R.,Alberts,J.,Anderson,D.,Carner,K.,Heard,C.,Norton,F.,
Raab,R.,Reff,M.,Shuey,S.,Hanna,N. Primatization of Recombinant
Antibodies for Immonotherapy of Human Diseases: A Macaque/Human
Chimeric Antibody Against Human CD4. Biotechnology 10, 1455-
1460 (1992).
BLM 10:
- Gehring,W.: The Molecular Basis of Development. Scientific
American 253, 153-162 (1985).
- Grunstein,M.: Histones as Regulators of Genes. Sci.Am.
267, 40-47 (1992).
- Murray,A.W. and Kirschner,M.W.: What Controls the Cell Cycle.
Scientific American 264, 34-41 (1991).
- Duboule,D.,Dolie.,Gaunt,S.J.: Development of Genes in Mammals.
The World Scientist 38, 24-34 (1991).
- Beardsley,T.: Smart Genes. Scient.Amer. 265, 86-95 (1991).
- Kenyon,C.: If Birds Can Fly, Why Cant We? Homeotic Genes and
Evolution. Cell 78, 175-180 (1994).
- Lawrance,P.A. and Morata,G.: Homeobox Genes: Their Function
in Drosophila Segmentation and Pattern Formation. Cell 78, 181-189
(1994).

- Krumlauf,R.: Hox Genes in Vertebrate Development. Cell 78, 191-201
(1994).
- Gehring,W. et al.: Homeodomain-DNA Recognation. Cell 78, 211-223


(1994).
BLM 11:
- Roitt,I.M.: Essential Immunology, ELBS/Blackwell Scientific
Publications (1988).
- Kennedy,R.C.,Melnick,J.L. and Dreesman,G.R.: Anti-idiotypes and
Immunity Sci.Am. 255, 40-48 (1986).
- Marrack,P. and Kappler,J.: The T cell and its Receptor, Sci.Am.
254, 28-37 (1980).
- Tonegawa,S.: The Molecules of the Immune System. Sci.Am.
253, 122-131 (1985).
- Young,J.D.E. and Cohn,Z.A.: How Killer Cells Kill. Sci.Am.
258, 28-34 (1988).
- Aaronson,S.: Growth Factors and Cancer. Science 254, 1146-1152
(1991).
- v.Boehmer,H. and Kisielow,P.: How the Immune System Learns
About Self. Scientific American 265, 74-81 (1991).
- Kisielow,P.: Tolerans in T-Cell-Receptor Transgenic Mice Involves
Deletion of Non-mature CD
4+8+
Thymocytes. Nature 333, 742-746
(1988).
- v.Boehmer,H.: Developmental Biology of T Cells in T Cell-Receptor
Transgenic Mice. Ann.Rev.Immun. 8, 531-556 (1990).
- Nossal,G.J.V.: Cellular Mechanisms of Immunological Tolerance.
Ann.Rev.Immun. 1, 33-62 (1983).
- Smith,H.R. and Steinberg,A.D.: Autoimmunity-A perspective.
Ann.Rev.Immun. 1, 175-210 (1983).
- Jerne,N.K.: In, Idiotypes-Antigens on the Inside, ed.I. Western-Schnurr,


pp. 12-15 Basel: Editiones Roche.
- Bretscher,P. and Cohn,M.: A Theory of Self-Nonself Discrimination:
Paralyis and Induction Involve the Recognition of One and Two
Determinants on an Antigen Respectively. Science 169, 1042-
1049(1970).
- Leder,P.: Genetics of Antibody Diversity. Sci.Am. 246, 72-83
(1982).
BLM 12:
- Bermek,E.: Kanser-Virs likisi. XXV.Trk Mikrobiyoloji Kongresi
Kitab 2, 219-222 (1992).
- Berridge,M.J.: The Molecular Basis of Communication within the Cell.
Sci.Am. 253, 142-152 (1985).
- Ames,B.N.: Identifying Environmental Chemicals Causing Mutations
and Cancer. Science 204, 587-593 (1979).
- Gilman,A.: G Proteins. Sci.Am. 267, 36-43 (1992).
- Zur Hausen,H.: Viruses in Human Cancers. Science 254, 1167-1173
(1991).
- Bishop,J.M.: Cellular Oncogenes and Retroviruses. Ann.Rev.Biochem.
52, 301-354 (1983).
- Baltimore,D.: RNA-dependent DNA Polymerase in Virions of RNA
Tumor Viruses. Nature 226, 1209-1211 (1970).
- Huebner,R.J. and Todaro,G.J.: Oncogenes of RNA Tumor Viruses as
Determinants of Cancer. Proc.Natl.Acad.Sci. 64, 1087-1094 (1969).
- Temin,H.: Nature of the Provirus of Rous Sarcoma. Natl.Cancer
Inst.Monogr. 17, 557-570 (1964).
- Croce,C. and Klein,G.: Chromosome Translocations and Human Cancer.


Sci.Am. 252 (3), 44-61 (1985).
- Temin,H. and Mizutani,S.: RNA-dependent DNA polymerase in virions
of Rous sarcoma virus. Nature 226, 1211-1213 (1970).
- Weinberg,R.A.: Oncogenes of Spontaneous and Chemical Induced
Tumors. Adv.Cancer Res. 36, 149-164 (1982).
- Weinberg,R.A.: A Molecular Basis of Cancer. Sci.Am. 249 (5), 102-114
(1983).
- Wyllie,A.H.,Kerr,J.F.R. and Currie,A.R.: Cell Death: the Significance
of Apoptosis. Int.Rev.Cytol. 68, 251-306 (1980).
- Clarke,A.R.,Purdie,C.A.,Harrison,D.J.,Morris,R.G.,Bird,C.C.,
Hooper,M.C. and Wyllie,A.H.: Thymocyte Apoptosis Induced by
p53-Dependent and Independent Pathways. Nature 362, 849-852
(1993).
- Denissenko,M.F.,Pao,A.,Tang,M.S. and Pfeiffer,G.P.: Preferential
Formation of Benzo(a)pyrene Adducts at Lung Cancer Mutational
Hotspots in p53. Science 274, 430-432 (1996).
- Barbacid,M.: ras genes. Ann.Rev.Biochem. 56, 779-827 (1987).
- Fantl,W.J.,Johnson,D.E. and Williams,L.T.: Sigmaling by Receptor
Tyrosine Kinases. Ann.Rev.Biochem. 62, 453-481 (1993).
- Nishida,E. and Gotoh,Y.: The MAP Kinase Cascade is Essential for
Diverse Signal Transduction Pathways. Trends Biochem.Sciences 18,
128- 131 (1993).
- Sherr,C.J.: D-type cyclins. Trends Biochem.Sciences 20, 187-190(1995).
- Hale,A.J.,Smith,C.A.,Sutherland,L.C.,Stoneman,V.E.A.,
Longthorne,V.L.,Culhane,A.C. and Williams,G.T.: Apoptosis:
Molecular Regulation of Death.Eur.J.Biochem. 236, 1-26 (1996).


- Hunter,T.: The Proteins of Oncogenes. Scient. Amer. 251, 60-69
(1984).

ekil ve Resimler in Kullanlan Kaynaklar Listesi:
Blm 2:
ekil 2-2., Halliday,D.,Resnick,R. : Physics (Part 2), Willey


International Edition New York (1960); (Fig.26-4).
ekil 2-4., Suard,M.,Praud,B.,Praud,L.: Physikalische Chemie, Stuttgart
(1976); (Abb.110).
ekil 2-6 ve 2-9., Mathews,C.K., van Holde,K.E.: Biochemistry
Benjamin/Cummungs Publishing Co Redwood City Ca (1990);
(Fig.2-5 ve 2-1).
Blm 3:
ekil 3-9., nen,S.: Radyasyon Biyofizii (1993); (Sayfa 44).
ekil 3-10,ekil 3-12., Mathews,C.K., van Holde,K.E.: Biochemistry
Benjamin/Cummungs Publishing Co Redwood City Ca (1990);
(Fig.T.16-3,Fig.T.21-1).
ekil 3-13., Biorad Catalogue (1996); (Fig.4).
ekil 3-23., Metzler,D.E.: Biochemistry Academic Press New York,
(1977); (Fig.13-1).
ekil 3-24,3-25,3-26,3-28)., van Holde,K.E.: Physical Biochemistry.
Foundations of Modern Biochemistry Series, Prentice Hall, Inc.
Englewood Cliffs, New Jersey (1971); (Fig.8-3,Fig.8-4,Fig.8-5,
Fig.8-13).
ekil 3-33., Spektroskopi Yntemleri (Derleyen G.elebi). 5.Ulusal
Biyofizik Kongresi Panel Metinleri, zmir (1993); (ekil 8).
Blm 4:
ekil 4-1., Laskowski,W.,Pohlit,W.: Biophysik. Stuttgart (1974);
(Abb.5-2).
ekil 4-7,ekil 4-8,ekil 4-9,ekil 4-10,ekil 4-11,ekil 4-12,ekil 4-13,
ekil 4-18,ekil 4-22., Mathews,C.K.,van Holde,K.E.: Biochemitry.
The Benjamin/Cummings Publ. (1990); (Fig.5-12a,Fig.5-12b,Fig.6-2,Fig.


6-7,Fig.6-3,Fig.6-15,Fig.6-26,Fig.7-9,Fig.7-9
ekil 4-26,ekil 4-29., Streier,L.: Biochemistry 2.Edition. W.H.Freeman
(1981); (Fig. 4-7,Fig.23-7).
ekil 4-29.,Darnel,J.,Jodish,H.,Baltimor,D.: Molecular Cell Biology, New
York (1986); (Fig.3-51).
ekil 4-30., Voet,D. and Voet,V.G. Biochemistry. John Willey and sons
Publ.New York (1990); (Fig.28-6).
ekil 4-31., Darnell,Lodish,Baltimore Molecular Cell Biology New York
(1986); (Fig.3-56).
ekil 4-32,ekil 4-33,ekil 4-34., Mathews,C.K.,van Holde,K.E.:
Biochemistry. The Benjamin/Cumming Publ.(1990); (Fig.4-15,Fig.4-16,
Fig.4-20,Fig.4-19).
ekil 4-35., Muscle Contraction. Clive R.Bagshaw 2.ed. Chapman Hall
London (1993); (Fig.3-1).
ekil 4-36,ekil 4-37,ekil 4-38., Metzler,D.E.: Biochemistry.Academic
Press,London (1977); (Fig.2-28,Fig.2-29).
ekil 4-39,ekil 4-50., Lehninger ,A.L.: Biochemistry, Worth Publ.
New York (1970); (Fig.11-1, Fig.11-2,Fig.10-6).
Blm 5:
ekil 5-9., Darnell,J.,Codish,H.,Baltimor,D.: Molecular Cell Biology
(1986); (Fig.20-24).
ekil 5-12., Mathews,C.K.,Holde,K.E.: Biochemistry. The Benjamin/
Cummings Publ. (1990); (Fig.18-25).
ekil 5-13., Stryer,L.: Biochemistry. Freeman,W.H. Company San
Francisko. (1975); (Fig.10-5, Fig.10-6).


ekil 5-14, 5-15., Bretscher,M.: The Molecules of the Cell Membrane.
Sci.Am. 253, 100-109 (1983);
ekil 5-17,5-18., Lienhard,G.E.,Slot,J.W.,James,D.E.: Mueckler,M.M.:
Sci.Am. 266 (1), 34-39 (1992).
ekil 5-38, 5-39., Bangshaw,C.R.: Muscle 2.edition Contraction,
Chapman,Hall,London (1993); (Fig.3-1 ve Fig.3-2).
Blm 7:
ekil 7-2,ekil 7-4,ekil 7-6,ekil 7-7., Mathews,C.K.van Holde,K.E.:
Biochemistry. The Benjamin/Cummings Publ. (1990); (Fig.10-3, Fig.10-
5,
Fig.10-8,Fig.10-15).
ekil 7-19,7-26., Alberts,B.,Bray,D.,Lewis,J.,Raff,M.,Roberts,K.,
Watson,J.D.: Molecular Biology of the Cell. Garland Publ. (1989);
(Fig.10-13,Fig.3-61).
Blm 8:
ekil 8-13., Lehninger,A.L.: Principles of Biochemistry. (1993); (Fig
24-6).
ekil 8-16., Lehninger,A.L.: Molecular of the Cell. Third edition. (1994);
(Fig.9-30).
ekil 8-17, ekil 8-21., Lehninger,A.L.: Principles of Biochemistry.
(1993)
(Fig.25-11,Fig.26-17).



Blm 9:
ekil 9-18., Capecchi,M.R. Targeted Gene Replacement Sci.Am. March
34-41 (1994).
Blm 10:
ekil 10-2,ekil 10-3,ekil 10-4,ekil 10-5.ekil 10-8,ekil 10-11.,
Alberts,B.,Bray,D.,Lewis,J.,Raff,M.,Roberts,S.K.,Watson,J.D. Molecular
Biology of the Cell. Garland Publ. New York (1983) ;(Fig.8-4,Fig.
8-3,Fig.8-5,Fig.8-24,Fig.14-3,Fig.14-9).
ekil 10-22., Gehring,J.W.et al. Homeodomain-DNA Recognition, Cell.
78, 211-223 (1994).
ekil 10-28., Beardsley,T. Smart Genes. Sci.Am. 265 (2), 86-95 (1991).
Blm 11:
ekil 11-6,ekil 11-7.ekil 11-14., Alberts,B.,Bray,D.,Lewis,J.,Raff,M.,
Roberts,S.K.,Watson,J.D. Molecular Biology of the Cell. Garland Publ.
New York (1983);(Fig.17-19,Fig.17-20,Fig.17-49).
ekil 11-10., Silverton,E.W.,Navia,M.A.,Davies,D.R. Three-Dimensional
Structure of an Intact Human Immunoglobulin. Proc.Natl.Acad.Sci.USA.
74, 5140-5144 (1977).
ekil 11-8., Capra,J.D.,Kehoe,J.M. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 71, 4032
(1974).
ekil 11-11.ekil 11-18,ekil 11-30., Roitt,I.M. Essential Immunology,
ELBS Publ. Sixth Edition (1988); (Fig.4-9,Fig.3-24,Fig.8-11).
ekil 11-24., Young,J.D.E.,Cohn,Z.A. How killer cells kill. Sci.Am. 258,
28-34 (1988).
Blm 12:
ekil 12-19.,Weinberg,R.A. A Molecular Basis of Cancer. Sci.Am.


249 (5), 102-114 (1983).
Tablo 12-7., Zur Hausen,H. Viruses in Human Cancers. Science
1167-1173 (1991).
ekil 12-23., Watson,J.D. Molecular Biology of the Gene. Third Edition
W.A.Benjamin,Inc. (1977).
Tablo 12-8,Tablo 12-10., Hunter,T. The Proteins of Oncogenes. Sci.Am.
251 (2), 60-69 (1984).
ekil 12-26,ekil 12-27)., Crace,C.,Klein,G. Chromosome Translocations
and Human Cancer. Sci.Am. 252 (3), 44-61 (1985).
ekil 12-28., Hunter,T. The Proteins of Oncogenes. Sci.Am. 251 (2),
60-69 (1984).
ekil 12-29., Denissenko,M.F.,Pao,A. Tang,M. Pfeifer Ged. Preferential
Formation of Benzo(a)pyrene Aducts at Lung Cancer Mutational Hotspots
in p53. Science 274, 430-432 (1996).

Baz Fizik ve Matematik Sabitleri



S1 Sisteminin Temel Birimleri:
Byklk Ad Sembol Tanm
Uzunluk metre m Kripton-86 atomunun 2p
10
ve 5d
5
dzeyleri arasnda gei sonucu
yaynlad n dalga boyunun
1.650.763,73 kat(1960)
Ktle kilogram kg Uluslararas Arlklar ve
lmler
Brosunun Paris yaknlarndaki
Sevresdeki laboratuvarnda koru-
nan belli bir platin-iridyum
silindirin ktlesi
Zaman saniye s Cesium-133 atomunun temel dze-
yindeki ince yarlmalar arasndaki
geiimlerinin yayd
radyasyonun periyodunun
9.192.631,770 kat
(1967)
Elektrik
akm
amper A Bolukta birbirinden 1 m uzaa
konmu,dairesel kesidi ihmal edi-
lebilir boyutlu 1 m uzunluunda
iki telden geen ve teller arasnda
2x10
-7
N kuvvet douran sabit
akm
Termodina-
mik scaklk
kelvin K Suyun l noktasnn termo-
dinamik scaklnn 1/273.16s
Madde
miktar
mol mol karbon-12nin 0.012 kilogramnda
bulunan atom says kadar ele-
menter nesne ieren sistem
Aydnlatma
iddeti
mum cd 101.325 N/m
2
basnta ve platin
buharlama scaklnda bulunan
bir siyah cismin (1/600.000)m
2
lik
yzeyde oluturduu aydnlatma.

S1 Sisteminin Tretilmi Birimleri:


Byklk Birimin Ad Sembol
alan metrekare m
2

hacim metrekp m
3

frekans hertz Hz(s
-1
)
ktle younluu metrekp bana ktle kg/m
3

hz saniyede metre m/s
asal hz saniyede radyan rad/s
ivme saniyede saniye bana
metre
m/s
2

asal ivme saniyede saniye bana
radyan
rad/s
2

kuvvet newton N (kg.m/s
2
)
basn paskal Pa (N/m
2
)
i,enerji,s Joule J (N.m)
g watt W (J/s)
elektrik yk coulomb C (A.s)
potansiyel fark volt V (W/A)
elektrik alan iddeti metre bana volt V/m
diren ohm O (V/A)
kapasitans farad F (A.s/V)
manyetik ak weber Wb (V.s)
induktans henry H (V.s/A)
manyetik ak
younluu
tesla T (Wb/m
2)

manyetik alan iddeti metre bana amper A/m
entropi kelvin bana joule J/K
s iletkenlii kelvin bana
watt/metre
W (m.K)

Temel Fiziksel Sabitler
Sabit Sembol Deeri


Bolukta k hz c 2,997925.10
8
ms
-1

Gravitasyon sabiti G 6,670.10
11
N/m
2
kg
-2

Elementer yk e 1,6022.10
-19
C
Avogadro says N
A
6,0222.10
26
mol
-1

Ktle nitesi u 1,66053.10
-27
kg
Elektron duraan
ktlesi
m
e
9,1096.10
-31
kg
Proton duraan
ktlesi
m
p
1,67262.10
-27
kg
Ntron duraan
ktlesi
m
n
1,67492.10
-27
kg
1,008652 u
Faraday sabiti F 9,6487.10
4
C mol
-1

Planck sabiti h 6,6262.10
-34
Js
Gaz sabiti R
0
8,3143 J K
-1
mol
-1
,
1,9872 cal K
-1
mol
-1

Boltmann sabiti k 1,3806.10
-23
J K
-1

Atomik mass
unit(dalton)
amu 1,661.10
-24
g
Elektronvolt eV 1,602.10
-19
J

3,828.10
-20
kal
Curie Ci 3,70.10
10

bozunum/saniye
1 Gray Gy 1 Joule/kg= 100 Rad
1 rad (absorplanan n
dzu)
rad 100 erg/g= Joule/g
1 Becquarel Bq 3,7 kBq= 0,1 Ci
1 rntgen Normal koullarda 1
cm
3
kuru havada
2,08x10
9
iyon ifti
oluturan radyasyon
miktar



Uzunluk birimleri deerleri
1 fermi = 10
-12
m
1 angstrm() = 10
-10
m
1 parsec = 3,084.10
13
km
1 astronomik birim = 1,495.10
8
km

Basn birim deerleri
1 torr = 1 mm Hg (0
o
C)
= 1,333.10
2
newton/m
2

= 1,333.10
2
pascal
= 1,316.10
-3
atmosfer

Enerji birim deerleri
1 kalori (cal) = 4,187 joule
1 kilokalori (kcal) = 1000 cal
1 erg = 10
-7
joule
1 kilowatt/saat = 3,6.10
6
joule
1 beygir gc = 2,685.10
6
joule
1 Joule = 1 kgm
2
s
-2
= 10
7
erg = 0,239 cal = 1 watt/s



nerilen nite nekleri:

Katlar nekler Semboller
10
18
exa E
10
15
pecta P
10
12
tera T
10
9
giga G
10
6
mega M
10
3
kilo k
10
2
hecto h
10 deka da
10
-1
deci d
10
-2
centi c
10
-3
milli m
10
-6
micro

10
-9
nano n
10
-12
pico p
10
-15
femto f
10
-18
atto a



Scaklk Birimlerini Dntrme Cetveli

Dntrlecek
Birim:
o
K
o
C
o
F
o
K -
o
K -273,15 1,8.
o
K -459,67
o
C
o
C+273,15 - 1,8.
o
C +32
o
F 0,5.
o
F +
255,372
0,5.
o
F-17,7 -

l Deiim Tablosu



Yaam Bilimlerinde Son Altm Ylda Molekl Dzeyde Yaplan
Balca Bulular ve Bu Bulularn Yol At Gelimeler*

1938 Molekler biyoloji deyiminin ilk kez Rockefeller Vakf
Bakan Warren Weaver tarafndan kullanlmas.
Weaver,W. Report of the Rockefeller Foundation
pp.203-203.

DNA kristal yapsnn X-nlar krnm ile incelenmesi.
Astbury,W.T. and Bell,F.O. X-ray study of
thymonucleic acid. Nature 141, 747-748.

Hemoglobin ve kimotripsinin kristal yaplarnn X-nlar
krnm ile incelenmesi.
Bernal,J.D.,Fankuchen,I. and Perutz,M. An
X-ray study of chymotrypsin and hemoglobin.
Nature 141, 523-524.

1939 Ellis ve Delbrck tarafndan oalma zelliklerinin tanm-
lanmasyla bakteri fajlarnn genetik analizde kullanlmaya
balanmas.
Ellis,M.L. and Delbrck,M. The growth of
bacteriophage. J.Gen.Physiol. 22, 365-384.

1940 Paulingin kimyasal deerlilik kavramnn (Pauling, The
Nature of the Chemical Bond) biyolojik molekl ve
srelerin betimlenmesinde kullanm.
Pauling,L. and Delbrck,M. The nature of the
intermolecular forces operative in biological
processes. Science 92, 77-79.



1941 Neurosporann biyokimyasal genetik almalarnda kul-
lanlmaya balanmas. Garrodnun Inborn Errors of
Metabolism balkl eserinden beri bu alandaki en nemli
ilerlemeyi oluturan bu almann model organizmann
doru seiminin nemini sergilemesi.
Beadle,G.W. and Tatum,E. Genetic control of
biochemical reactions in Neurospora.
Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 27, 499-506.

Virslerin X-nlar krnm ve elektron mikroskopisi ile
incelenmeye balanmas.
Bernal,J.D. and Frankuchen.I. X-ray and crytal-
lographic studies of plant virus preparations. J.Gen.
Physiol. 25, 111-165.

1942 Bakteri fajlarnn elektron mikroskopisi. T2 fajnn
grntleri karsnda bir mikrobiyoloun bar. Mein
Gott. They have tails! (Tanrm, kuyruklar da varm!).
Luria,S.E. and Anderson,T.F. Identification and
characterisation of bacteriophages with the electron
microscope. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 28, 127-130.

1943 Direncin bakterilerin var olan bir zellii olduunun ,
direnli bakterinin bir bakteri topluluu iindeki
seleksiyonu ile izlenebileceinin ve indkleyici
ayralarn etkisi ile yeni ortaya kan bir zellik
olmadnn gsterilmesi
. Luria,S.E. and Delbrck,M. Mutations of
bacteria from virus sensitivity to virus resistance.
Genetics 28, 491-511.

Hcre membranlarnda potansiyel ve impedans
lmlerinin yaplmas
Goldman, D.E., Potantial, impedence and
rectification in membranes. J. Gen. Physiol, 27, 37-
60.



1944 Pneumococcusun DNA transferi yoluyla
transformasyonu.
Avery,O.T.,Macleod,C. and McCarty,M. Studies
on the chemical nature of the substance
inducing transformation by a desoxyribonucleic
acid fraction isolated from Pneumococcus type III.
J.Exp.Med. 79, 137-158.
E.Schrdingerin What is Life? balkl kitabnn
yaynlanmasyla fizikilerin molekler biyolojinin ilgin
konu ve problemlerine ynlendirilmeleri.
Schrdinger,E. What is Life? The Physical Aspect
of the Living Cell, Cambridge University Press.

1945 Faj genomlarnda mutasyonlarn ortaya knn gste-
rilmesiyle fajlarn genetikte etkin biimde kullanlmalarna
balanmas.
Luria,S.E. Mutations of bacterial viruses affecting
their host range. Genetics 30, 84-99.

1946 kili biyokimyasal E,coli mutantlarnn kullanmyla
bakterilerde rekombinasyonun gsterilmesi.
Lederberg,J. and Tatum,E.L. Gene recombi-
nation in E.coli. Nature 158, 558.

Nkleer magnetik rezonans teknii birbirinden bamsz
olarak iki ayr fiziki tarafndan bulundu.
Bloch, F.,Phys Rev. 70, 460
Purcell, E.M. ,Phys Rev. 70, 988

1948 Diploit hcrelerin haploit hcreden iki kat daha fazla DNA
ierdiinin gsterilmesi.
Boivin,A.,Vendrely,R. and Vendrely,C. Lacide
desoxyribonucleique du noyau cellulaire,
depositairedes caracteres hereditaires: arguments
dordre analytique. C.R.Hebd.Seances Acad.Sci. ,
226, 1061-1063.



1949 Normal bireylerin ve orak hcre anemili hastalarn
hemoglobin rneklerinin farkl elektroforetik devinim zel-
liklerinin gsterilmesi.
Pauling,L.,Itano,H.,Singer,S.J. and Wells,I.C.

Sickle cell anemia: a molecular disease. Science
110, 543-548.

Fajlarda rekombinasyon olaylarnn gsterilmesi.
Hershey,A.D. and Rotman,D. Genetic recom-
bination between host range and plaque-type
mutants of bacteriophage in single bacteria
cells.
Genetics 34, 44-71.

1950 Chargaff tarafndan DNAdaki A/T ve G/C oranlarna
ilikinkurallarn ortaya konmas.
Chargaff,E. Chemical specificity of nucleic
acids and mechanisms of their enzymatic
degradation Experientia 6, 201-209.

Lisojenik infeksiyonun tanmlanmas.
Lwoff,A. and Gutman,A. Recherches sur un
Bacillus megatherium lysogene. Ann.Inst.Pasteur.
78, 711-739.

Lwoff,A.,Siminowitch,L. and Kjeldgaard,N.
Introduction de la production de bacteriophages
chez un bacterie lysogene. Ann.Inst.Pasteur. 79,
815-858.

1951 Proteinlerin o-sarmal yaplarnn bulunmas.
Pauling,L. and Carey,R.B. Proc.Natl.Acad.Sci.
USA. 37, 235-285.

nslinin amino asit dizilimine ilikin almalarn yayn-


lanmas.
Sanger,F. and Tuppy,H. The amino acid
sequence of the phenylalanyl chain of insulin.
Biochem.J. 49, 463-490.

Mc Clintock tarafndan msrda hareketli genetik
elementlere (transposonlara) ilikin bulgu ve gzlemlerin .
yaynlanmas
Mc Clintock,B. Chromosome organisation and
gene expression. Cold Spring Harbor
Symp. Quant Biol. 16, 13-57.

1952 Faj DNAsnn faj proteinlerinden bamsz olarak
infeksiyz olduunun gsterilmesi.
Hershey,A.D. and Chase,M. Independent
functions of viral protein and nucleic acid in growth
of bacteriophage. J.Gen.Physiol. 36, 39-56.

Genetik almalar iin nemli tekniklerin gelitirilmesi.
Lederberg,J. and Lederberg,E.M. Replica
plating and indirect selection of bacterial mutants
J.Bacterial. 63, 399-406.

Sarmal yapnn belirlenmesinde Fourier transform analizi
ynteminin gelitirilmesi.
Cochran,W. and Crick,F.H.C. Evidence for the
Pauling-Corey o-helix in synthetic peptides.
Nature 169, 234-235.

Aksiyon potansiyelinin oluumunu belirleyen mekanizma-
larn tanmlanmas.
Hodgkin,A.L. and Huxley,A.F. Currents carried
by sodium and potassium ions through the
membrane of the giant axon of Loligo. J.Physiol.
116, 449-472.

Hodgkin,A.L. and Huxley,A.F. A quantitative


description of membrane current and its application
to conduction and exitation in nerve. J.Physiol.
117, 500-544.

1953 DNA ift sarmal yaps.
Watson,J.D. and Crick,F.H.C. Molecular
structure of nucleic acids-a structure for
deoxyribonucleic acid. Nature 171, 737-738.

1954 Kaltmsal ifre zerinde kuramsal almalar.
Gamow,G. Possible relation between deoxyribo-
nucleic acid and protein structure. Nature 173, 318.

In vitro protein sentezi koullarnn gelitirilmesi.
P.C.Zamecknik and E.B.Keller. Relationship
between phosphate energy donors and incorporation
of labelled amino acids into proteins. J.Biol.Chem.
209, 337-354.
Kas kaslmasna temel oluturan yapsal deiikliklerin
bulunuu.
Huxley,A.F. and Niedergerke,R. Structural
changes in muscle during contraction. Nature
173, 971-973.

1955 Proteinlerin kristal yaplarnn X-nlar krnm ile anali-


zinde ar metallerin kullanm.
Green,D.W.,Ingram,V. and Perutz,M. The
structure of hemoglobin. IV.Sign determination by
the isomorphous replacement method. Proc.R.Soc.
London Ser. A 225, 287-307.

Gen haritalama almalarnn balamas. rII blgesinin
yapsnn haritalanmas.
Benzer,S. Structure of a genetic region in bacte-
riophage. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 41, 344-354.

Nkleik asitlerin sentezini mmkn klan polinkleotit
fosforilaz enziminin bulunuu.
Grunberg-Manago,M. and Ochoa,S. Enzymatic
synthesis and breakdown of polynucleotides: Poly-
nucleotide phosporylase. J.Am.Chem.Soc. 77,
3165-3166.

Adaptr hipotezi. Protein sentezinde adaptr molekllerin
DNAdaki ifre szcklerinin karl amino asitlerin
proteinlere yerletirilmesinde ilev grebileceinin ileri s-
rlmesi.
Crick,F.H.C. On degenerate templates and the
adaptor hypothesis.a note for the RNA Tie Club.

Nkleik asitlerin kimyasal sentezinde daha sonralar geni
kullanm bulacak tekniklerin gelitirilmesi.
Michelson,A.M. and Todd,A.R. Nucleotides
XXXII.Synthesis of a dithymidine dinucleitide
containing a 3:5 internucleotide linkage.
J.Chem.Soc. 4, 2632-2638.

1956 E.coli hcrelerinin fajlar tarafndan infeksiyonu srecinde


hzl dnml ve baz ierii faj genomunun baz ieriine
benzeik bir RNA kesimin ortaya knn gzlenmesi.
mRNAnn varlna ilikin ilk bulumlar.
Volkin,E. and Astrachan,L. Phosphorus incor-
poration in E.coli ribonucleic acid after infection
with bacteriophage T2. Virology 2, 146-161.

Saf ttn mosaik virs RNAsnn infeksiyz olduunun
gsterilmesi.
Gierer,A. and Schramm,G. Infectivity of nucleic
acid from tobacco mosaic virus. Nature 177,
702-703.

cAMPnin bulunuu-Hcresel dzenlenme
mekanizmalarna ilikin bilgiye ok nemli bir katk.
Sutherland,E.W. and Wosiliat,W.D.
J.Biol.Chem. 218, 459.

1957 Kaltsal ifre zerine kuramsal almalarn devam.
Kaltsal bilginin ardak sral, ancak rtmeyen
szcklerle aktarmnn gerektiinin irdelenmesi.
Brenner,S. On the impossibility of all overlapping
triplet codes in information transfer from nucleic
acid to protein. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 43,
687-694.

Myoglobinin boyutlu yapsnn 6luk ayrmda
aydnlanmas.
Kendrew,J.C.,Bado,G.,Dintzis,H.M.,
Perrish,R.G.. and Wyckoff,H.T. Three
dimensional structure of sperm-whale myoglobin
molecule obtained by X-ray analysis. Nature 181,
662-666.



Ingram tarafndan normal (HbA) ve orak hcre
hemoglobini (HbS) arasndaki farkn tek bir amino asit
deiikliinden (glutamine valin) kaynaklandnn
gsterilmesi.
Ingram,V. Gene mutations in human
hemoglobin the chemical difference between
normal and sickle cell hemoglobin. Nature 180, 326-
328.

Antikorlarn oluumuna ilikin olarak klonal seleksiyon
kavramnn ortaya atlmas.
Burnet,F.M. A modification of Jernes theory of
antibody production using the concept of clonal
selection. Austry.J.Sci. 20, 67.

1958 Crick tarafndan adaptr molekllerinin nkleik asit yapl
ve ifre szcklerini tmleyen (komplementer) diziler tayan
molekller olarak tanmlanmas.
Crick,F.H.C. On protein synthesis. Symp.Soc.
Exptl.Biol. 12, 138-163.

Crickin adaptr molekllerine ilikin dnceleri zerine
transfer RNA molekllerinin bulunuu.
Hoagland,M.B.,Stephenson,M.L.,Scott,J.F.,
Hecht,L.I. and Zamecnick,P.C. A soluble
ribonucleic acid intermediate in protein synthesis.
J.Biol.Chem. 231, 241-257.

DNAnn yar koruyucu mekanizma ile replikasyonunun
gsterilmesi.
Meselson,M. and Stahl.F.W. The replication of
DNA in E.coli. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 44,
671-682.

DNA polimerazn bulunuu.
Lehman,I.R.,Besman,M.J.,Simms,E.S. and
Kornberg,A. Enzymatic synthesis of deoxyribo-
nucleic acid. I.Preparation of substrates and partial


purification of an enzyme from Escherichia
coli. J.Biol.Chem. 233, 163-170.

1959 almas iin drt nkleotit ve bir DNA balatc mo-
lekl gereksinen RNA polimeraz enziminin eldesi.
Weiss,J.B. and Gladstone,L. A mammalian
system for the incorporation of cytidine tri-
phosphate into ribonucleic acid. J.Am.Chem.Soc.
81, 4118-4119.

1960 Nkleik asit hibritleme ynteminin gelitirilmesi.
Marmur,J. and Lane,D. Strand separation and
specific recombination in deoxyribonucleic acids:
biological studies. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 46,
453-461.

Doty,P.,Marmur,J.,Eigner,J. and Schildkraut,C.
Strand separation and specific recombination in
deoxyribonucleic acids: physical chemical studies.

Rich,A. A hybrid helix containing both
deoxyribose and ribose polynucleotides and its
relation to the transfer of information between the
nucleic acids. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 46, 1044-
1053.

Kendrew ve Perutz gruplarnn proteinlerin (miyoglobin ve
hemoglobinin) kristal yaplarna ilikin almalar.
Kendrew,J.C.,Dickerson,R.E.,Strandberg,B.E.,
et al. Structure of myoglobin: a three-dimensional
Fourier synthesis at 2 resolution. Nature 185,
422-427.

Perutz,M.F.,Rossman,M.G.,Cullis,A.F. et al.
Structure of haemoglobin: a three-dimensional
Fourier synthesis at 5.5 resolution, obtained by
X-ray analysis. Nature 185, 416-422.


1961 Operon kuram. Gen anlatmnn dzenlenmesi ve
mRNAnn varlna ilikin, molekler biyolojiyi
derinden etkileyen dncelerin yaynlanmas.
Jacob,F. and Monod,J. Genetic regulatory
mechanisms in the synthesis of proteins.
J.Mol.Biol. 3, 318-356.

mRNAnn varlnn bir dizi alma ile kesin olarak
kantlanmas.
Brenner,S.,Jacob,F. and Meselson,M. et al. The
presence of an unstable RNA in E.coli following
infection by T-even phage. Narute 190, 576-581.

Gros,F.,Hiatt,H.,Gilbert,W. et al. Unstable ribo-
nucleic acid revealed by pulse-labelling of
Escherichia coli. Nature 190, 581-585.

Hall,B.D. and Spiegelman,S. Sequence comp-
lementarity of T2-DNA and T2-specific RNA.

rII mutantlaryla yaplan almalarla ifre szcklerinin
-harfli olduklarnn gsterilmesi.
Crick,F.H.C.,Barrett,L.,Brenner,S. and
Watts-Tobin,J. General nature of the genetic code
for proteins. Nature 192, 1227-1232.
Genetik ifrenin zlmesine yol aan bulu. Poli Unun
kullanld in vitro protein sentezleyen sistemde poli
Phenin sentezlendiinin gsterilmesi.
Nirenberg,M.W. and Matthaei,J.H. The
dependence of cell-free protein synthesis in E.coli
upon naturally occurring or synthetic polyribo-
nucleotides. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 47,
1588-1602.

1962 ifre szcklerinin tannmasnda adaptr (tRNA)
molekllerinin (mRNA kodon-tRNA antikodon)


etkileimin belirleyicilii. tRNAya eklenen yanl bir
amino asidin o tRNAya zg amino asit yerine proteine
girmesinin gsterilmesi.
Chapeville,F.,Lipmann,F., von Ehrenstein,G.
et al. On the role of soluble nucleic acid in coding
for nucleic acids. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 48,
1086-1092.

Farkllam bir hcre ekirdeinin ekirdei inaktif-
letirilmi yumurta hcresine aktarm ile yeni bir
kurbaann oluumu-Klasik klonlama deneyi.
Gurdon,J.B. The developmental capacity of nuclei
taken from intestinal epithelium cells of freeding
tad poles. J.Embryol.Exq.Morph. 10, 622-640.

1963 Allosterik etkileimlerin protein etkinliinin dzenlenme-
sindeki rol.
Monod,J.,Changeux,J-P. and Jacob,F.
Allosteric proteins and cellular control systems.
J.Mol.Biol. 6, 306-309.

Solid-faz peptit sentezi.
Merrifield,R.B. Solid phase peptide synthesis.
I.The synthesis of a tetrapeptide. J.Am.Chem.Soc.
85, 2149-2154.

1964 DNA(mRNA) ve proteinlerde kolineerliin (eboyutlu-
luun) gsterilii.
Yanofsky,C.,Carlton,B.C.,Guest,J.R.,
Helinski,D.R. and Henning,U. On the colinearity
of gene structure and protein structure. Proc.Natl.
Acad.Sci.USA. 51, 266-272.

Rekombinasyon olaylarnda DNA ipliklerinin
davranlarnn ve ortaya kan ara yaplarn (Holliday
structure) tanmlanmas.
Holliday,R. A mechanism for gene conversion in
fungi. Genet.Res. 5, 282-304.


1965 amber ve ochre mutasyonlarnn biti (terminasyon)
szcklerinden (UAG ve UAA) kaynaklandnn gste-
rilmesi.
Weigert,M.G. and Garen,A. Base composition
of nonsense codons in E.coli. Evidence from
aminoacid substitutions at a tryptophan site in the
alkalinephosphatase. Nature 206, 992-994.

Brenner,S.,Stretton,A.O. and Kaplan,S. Genetic
code: nonsense triplets code for chain termination
and their suppression. Nature 206, 994-998.

1966 Lac represrnn elde edilip, tanmlanmas.
Gilbert,W. and Muller-Hill,B. solation of the lac
repressors. Proc.Natl.Acad.Sci. USA. 56,
1891-1898.

Protein sentezinin balatcsnn N-formilmetyonil-(F-Met-)
tRNA olduunun gsterilmesi.
Adams,J.M. and Cappechi,M.R. N-formyl-
methionyl-sRNA as the initiator of protein
synthesis. Proc.Natl.Acad.Sci. USA. 55, 147-155.

Bretscher,M.S. and Marcker,K.A. Polypeptidyl-
s-ribonucleic acid and amino-acid-s-ribonucleic
acidbinding sites on ribosomes. Nature 211, 380-
384.

1967 Lizozimin boyutlu yapsnn ilk enzim olarak 2
ayrmda belirlenmesi.
Blake,C.C.F.,Mair,G.A.,North,A.C.T.,
Phillips,D.C. and Sarma,V.R. On the confor-
mation of the hen egg-white lyzozyme molecule.
Proc.R.Soc.London Ser.B. 167, 365-377.

Blake,C.C.F.,Johnson,L.N.,Mair,G.A.et al.
Crystallographic studies of the activity of the hen


egg-white lyzozyme molecule. Proc.R.Soc.London
Ser.B. 167, 378-388.

1970 Ters transkriptazn bulunuu.
Baltimore,D. Viral RNA-dependent DNA
polymerase. Nature 226, 1209-1211.

Temin,H.M. and Mizutani,S. RNA-dependent
DNA polymerase in virions of Rous sarcoma virus.
Nature 226, 1211-1213.

Ca
2+
tuzlarnn kullanmyla hcrelerin transformasyonu.
Mandel,M. and Higa,A. Calcium-dependent
bacteriophage DNA infection. J.Mol.Biol. 53,
159-162.

Restriksiyon nkleazlarn DNA kesimlerinde kullanlmaya
balanmas.
Smith,H.O. and Wilcox,K.W. A restriction
enzyme from Hemophilus influenzae. I.Purification
and general properties. J.Mol.Biol. 51, 379-391.

1971 Restriksiyon nkleazlarn DNA haritalama almalarnda
kullanlmas.
Danna,K. and Nathans,D. Specific cleavage of
simian virus 40 DNA by restriction endonuclease
of Hemophilus influenzae. Proc. Natl. Acad. Sci.
USA. 68, 2913-2917.

1972 Rekombinant DNA dneminin balamas.
Jackson,D.A.,Symons,R.H. and Berg,P. Bio-
chemical method for inserting new genetic
information into DNA of simian virus 40: circular
SV40 DNA molecules containing lambda phage
genes and the galactose operon of E.coli. Proc.Natl.
Acad.Sci.USA. 69, 2904-2909.



Mertz,J. and Davis,R.W. Cleavage of DNA by RI
restriction endonuclease generates cohesive ends.

1973 Rekombinant DNA tekniklerinin ilk uygulamalaryla iki
diren geninin (kanamisin ve tetrasiklin diren genlerinin)
ayn plasmide yerletirilmesi.
Cohen,S.N.,Chang,A.C.Y.,Boyer,H.W. and
Helling,R.B. Construction of biologically func-
tional bacterial plasmids in vitro. Proc.Natl.Acad.
Sci.USA. 70, 3240-3244.

Analitik etidyum bromr-agaroz elektroforezi.
Sharp,P.A.,Sugden,B. and Sambrook,J.
Detection of two restriction endonuclease activities
in Hemophilus parainfluenzae using analytical
agarose-ethidium bromide electrophoresis.
Biochemistry 12, 3055-3062.

Hayvan hcrelerinin plak DNA ile transformasyonu
(transfeksiyonu).
Graham,F.L. and Erb,A.J. A new technique for
the assay of infectivity of human adenovirus 5
DNA. Virology, 52, 456-457.

Farkl DNA ipliklerinin 3 ularna eklenen tmleyici
homopolimerik kuyruklar (rnein poli A ve poli T)
araclyla ligasyonlarnn salanmas.
Lobban,P.E. and Kaiser,A.D. Enzymatic end-to-
end joining of DNA molecules. J.Mol.Biol. 78,
453-471.

Bakteri ribozomlarnn ayrtrlarak, saflatrlan ele-
rinin (rRNA ve ribosomal proteinlerin) birletirilmesiyle
yeniden oluturulmas (ribosomal self-assembly).
Namura,M. Assebly of bacterial ribosomes.
Science 179, 864-873.



1974 Rekombinant DNA teknolojisinin uygulamalarnn olas
sonularnn irdelenerek kamuoyuna duyurulmas (the
Berg letter).
Berg,P.,Baltimore,D.,Cohen,S.N. et al.
Potential biohazards of recombinant DNA mole-
cules. Science 185, 303.

Kromatin yapsnn aydnlanmasyla sonulanan
almalarn hz kazanmas-Nkleozom kavramnn ortaya
atlmas.
Kornberg,R.D. Chromatin structure: A repeating
unit of histones and DNA. Chromatin structure is
based on a repeating unit of eight histones and
about 200 DNA base pairs. Science 184, 868.

1975 Elektroforez ayrlm ya da transformasyona uratlm
bakterilerin kolonilerinde zgn DNA dizilerinin
varlnn hibritleme yntemleri (Southern blot ve
colony hybridization) ile belirlenmesi.
Southern,E.M. Detection of specific sequences
among DNA fragments separated by gel electro-
phoresis. J.Mol.Biol. 98, 503-517.

Grunstein,M. and Hogness,D.S. Colony hyb-
ridization: a method for the isolation of cloned
DNAs that contain a specific gene. Proc.Natl.
Acad.Sci.USA. 72, 3961-3965.

kiboyutlu poliakrilamit gel elektroforezi.
OFarrell,P.H. High resolution two-dimensional
electrophoresis of proteins. J.Biol.Chem. 250,
4007-4021.

Monoklonal antikor hibridoma tekniinin gelitirilmesi.
Khler,G. and Milstein,C. Continuous cultures
of fused cells secreting antibody of predefined
specificity. Nature 256, 495-497.



1976 karyot genlerinin cDNA klonlanmas. Tavan |-globin
geninin eldesi.
Maniatis,T.,Kee,S.G.,Efstratiadis,A. and
Kafatos,F.C. Amplification and charac-
terization of a |-globin gene synthesized in vitro.
Cell 8, 163-182.

Rabbits,T. Bacterial cloning of plasmids carrying
copies of rabbit globin messenger RNA. Nature
260, 221-225.

Somatik rekombinasyonun antikor eitliliini
belirlediine ilikin ilk kantlar.

Hozumi,N. and Tonegawa,S. Evidence for
somatic rearrangement of immunoglobulin genes
coding for variable and constant regions.
Proc.Natl. Acad.Sci.USA. 73, 3628-3632.
Viral onkogen (v-src)in hcresel kartnn normal
hcrelerde bulunuu.

Stehelin,D.,Varmus,H.E.,Bishop,J.M. and
Vogt,P.K. DNA related to the transforming
gene(s) of avian sarcoma viruses is present in
normal avian DNA. Nature 260, 170-173.

Maya genlerin E.colide ekspresyonu.
Struhl,K.,Cameron,J.R. and Daview,R.W.
Functional genetic expression of cloned yeast
DNAin E.coli. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 73, 1471-
1475.

Rekombinant DNA tekniklerinin doum ncesi tanda
uygulanmas.
Kan,W.Y.,Golbus,M.S. and Dozy,A.M. Prenatal
diagnosis of alpha-thalassemia. Clinical
application of molecular hybridization.
N.Engl.J.Med. 295, 1165-1167.


patch clamp tekniinin gelitirilmesi-Tek kanal Na
+

akmlarnn gzlenmesi.
Neher,E. and Sakmann,B. Single-channel
currents recorded from membrane of denervated
frog muscle fibres. Nature 260 799-802.

1977 karyot genlerinin blnmlnn (split genes)
gsterilmesi.
Berget,S.M.,Moore,C. and Sharp,P.A. Spliced
segments at the 5 terminus of adenovirus 2 late
mRNA. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 74, 3171-3175.

Chow,L.T.,Gelinas,R.E.,Broker,T.R. and
Robert,R.J. An amazing sequence arrangement at
the 5 ends of adenovirus 2 messenger RNA. Cell
12, 1-8 |This issue of Cell contained three other
papers from the Cold Spring Harbor Laboratory
group.|

DNA dizileme yntemlerinin gelitirilmesi.
Maxam,A.M. and Gilbert,W. A new method for
sequencing DNA. Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 74,
560-564.

Sanger,F.,Nicklen,S. and Coulson,A.R.
DNA sequencing with chainterminating inhibitors.

Kimyasal maddelerin hayvanlarda mutajenliklerinin belir-
lenmesinde yeni tekniklerin (Ames test) gelitirilmesi.
McCann,J. and Ames,B.N. The Salmonella/
microsome mutagenicity test: predictive value
for animal carcinogenicity. In Origins of Human
Cancer, H.H.Hiatt,J.D. Watson, and J.A.Winsten,
eds. Cold Spring Harbor Laboratory.



1978 karyot (memeli) genlerinin bakteride ekspresyonu.
Chang,A.C.Y.,Nunberg,J.H.,Kaufman,R.F.
et al. Phenotypic expression in E.coli of a DNA
sequence coding for mouse dihydrofolate
reductase. Nature 275, 617-624.

Byk DNA paralarnn kosmit vektrler araclyla
klonlanmas.
Collins,J. and Hohn,B. Cosmids: a type of
plasmid gene-cloning vector that is packageable
in vitro in bacteriophage lambda heads.

Ynlendirilmi mutagenez yntemi.
Hutchison,C.A.,Phillips,S.,Edgell,M.H. et al.
Mutagenesis at a specific position in a DNA
sequence. J.Biol.Chem. 253, 6651-6660.

1979 200 nkleotitlik uzunlua kadar inebilecek restriksiyon
Fragmentlerinin insan genomunun haritalanmasnda
kullanlabilmesi.
Solomon,E. and Bodmer,W.F. Evolution of
sickle variant gene. The Lancet I, 923.

1980 Restriction fragment length polimorphism (RFLP)
ynteminin DNA analizinde kullanmnn kuramsal
analizi.
Botstein,D.,White,R.L.,Skolnick,M. and
Davis,R.W. Construction of a genetic linkage
mapin man using restriction fragment length poly-
morphisms. Am.J.Hum.Genet. 32, 314-331.

Selektif olmayan bir genin selektif nitelikli bir genle
birlikte ikili transfeksiyon yntemiyle hayvan hcrelerine
aktarm.
Wigler,M.,Sweet,R.,Sim,G.K. et al.
Transformation of mammaliyan cells with genes
from prokaryotes and eukaryotes. Cell 16,


777-785.

Adenil siklaz ektinliinin dzenlenmesinden sorumlu G
Proteinin saflatrlmasyla sinyal iletisine (transdksiyona)
ilikin mekanizmalarn aydnlanmasyla sonulanan al-
malar.
Northup,J.K.,Sternweis,P.C.,Jmigel,M.D.,
Schleitar,L.,Ross,E.M.,Gilman,A.G. Proc.Natl.
Acad.Sci.USA. 77, 6516-6520.

1981 Tetrahymena ribozomal RNAsnn kendini krpma
zellii RNA molekllerinde katalitik etkime yetkinliine
sahip olabileceklerinin gsterilmesi.
Cech,T.R.,Zauf,A.J. and Grabowski,P.J.
In vitro splicing of the ribosomal RNA precursor
of Tetrahymena: involvement of a guanosine
nucleotide in the excision of the intervening
sequence. Cell 27, 487-496.

Enhancer dizilerin bulunuu.
Banerji,S.,Rusconi,S. and Shaffner,W.
Expression of a |-globin gene is enhanced by
remote SV40 DNA sequences. Cell 27, 299-308.

Benoist,C. and Chambon,P. In vitro sequence
requirements of the SV40 promoter region. Nature
290, 304-310.

Dllenmi fare yumurta hcresinin pronkleusunu
mikroinjeksiyon yoluyla gen aktarm. Transgenik
hayvan teknolojisi.
Brinster,R.L.,Chen,H.Y.,Trumbauer,M. et al.
Somatic expression of Herpes thymidine kinase in
mice following injektion of a fusion gene in eggs.
Cell 27, 223-231.



1982 Bir nokta mutasyonunun kanser oluumuna yol aabilece-
inin gsterilmesi.
Tabin,C.J.,Bradley,S.M.,Bargmann,C.I. et al.
Mechanism of activation of a human oncogene.
Nature 300, 143-149.

Reddy,E.P.,Reynolds,R.K.,Santos,E.
and Barbacid,M. A point mutation is
responsible for the acquisition of trans forming
properties by the T24 human bladder carcinoma
oncogene.Nature300, 149-152.

1983 sis onkogeninin rnnn PDGF ile zde olduunun
gsterilmesi.
Waterfield,M.D.,Scrace,G.T.,Whittle,N. et al.
Platelet derived growth factor is structurally
similar to the putative transforming protein p28
of simian sarcoma virus. Nature 304, 35-39.

Doollitle,R.F.,Hunkapiller,R.F.,Wood,R.E.
et al. Simian sarcoma virus oncogene v-sis is
derived from the gene encoding a platelet-derived
growth factor. Science 221, 275-277.

Caenorhabditis elegans embriyonal kk hcre soylarnn
yksek canllarn embriyonal gelimelerini incelemede
bir model sistem olarak kullanlmas.
Sulston,J.E.,Shierenberg,E.,White,J.G. and
Thomson,J.N. The embryonic cell lineage of
the nematode Caenorhabditis elegans. Dev.Biol.
100, 64-119.

Ti plasmitlerinin bitki hcrelerinin transformasyonu ve
transgenik bitki soylarnn gelitirilmesi ynnde
kullanm
Herrera-Estrella,L.,Depicker,A.,
van Montagu,M. and Schell,J. Expression of


chimaeric genes transferred into plat cells using a
Ti-plasmid derived vector. Nature 303, 209-213.

Bevan,M.W.,Flavell,R.B. and Chilton,M-D.
A chimaeric antibiotic resistance gene as a
selectable marker for plant cell transformation.
Nature 304, 184-185.

1984 Homeokutunun bulunuu ve embriyonal gelimedeki rol-
nn tanmlanmas.
McGinnis,W.,Levine,M.S.,Hofen,E.,Kuroiwa,A.
and Gehring,W.J. A conserved DNA sequence
in homeotic genes of Drosophila antennapedia
and bithorax complexes. Nature 308, 428-433.

McGinnis,W.,Hart,C.P.,Gehring,W.J. and
Ruddle,F.H. Molecular cloning and chromosome
mapping of a mouse DNA sequence homologous
to homeotic genes of Drosophila. Cell 38, 675-
680.

Byk DNA (~ 500 kbq) paralarnn elektroforetik
ayrm.
Schwartz,D.C. and Cantor,C.R. Separation of
yeast chromosome-sized DNAs by pulsed field
gradient gel electrophoresis. Cell 37, 67-75.

Hcre ii sinyal iletiminde yeni bir ikincil habercinin,
inositol trifosfatn bulunuu.
Berridge,M.J. and Irvine,R.F. nositol
triphosphate, a noral second messenger in
cellular signal transduction. Nature 312,
315-321.

1985 Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)nun bulunmas ve PCR
teknolojisinin douu.
Saiki,R.K.,Scharg,S.,Faloona,F. et al. Enzymatic
amplification of |-globin genomic sequences and


the restriction site analysis for diagnosis of sickle
cell anemia. Science 230 1350-1354.

Homolog rekombinasyon yoluyla DNA dizilerinin karyot
genomda zgn blgelere yerletirilmesi.
Smithies,O.,Gregg,R.G.,Boggs,S.S.,
Koralewski,M.A. and Kucherlapati,R.S.
Insertion of DNA sequences into the human
|-globin locus by homologous recombination.
Nature 317, 230-234.

1987 Maya yapay kromozomlarnn (yeast artificial chromo-
somes (YACs)) ok byk DNA paralarnn klonlan-
masnda kullanm.
Burke,D.T.,Carle,G.F. and Olson,M.V.
Cloning of large segments of exogenous DNA
into yeast using artificial chromosome vectors.
Science 236, 806-812.

Distrofinin Duchenne mskler distrofi lokus rn
olduunun bulunmas.
Hoffman,E.P.,Brown,R.H. and Kunkel,L.M.
Dystrophin: the protein product of the Duchenne
muscular dystrophy locus. Cell 51, 919-928.

Embriyonal kk hcre kltrlerinin gelitirilmesiyle,
memelilerde genetik deiimleri olanakl klan gl bir
sistemin kazanm.
Hooper,M.,Hardy,K.,Handyside,A.,Hunter,S.
and Monk,M. HPRT-deficient (Lesch-Nyhan)
mouse embryos derived from germline colo-
nization by cultured cells. Nature 326, 295-298.

nsan genomunun haritalanmas ve dizi analizi alma-
larnn balatlmas.
Human Genome Initiative. Health and Environ-
mental Research Advisory Committee (HERAC)
of the Department of Energy (DOE).


Nitrik oksidin yeni bir nrotransmitter olarak
Tanmlanmas ve daha nce varl ileri srlen endotel
kkenli geveme faktr ("endothel-derived relaxing
factor(EDRF)") ile zde olduunun gsterilmesi.
Ignaro,L.J.,Buga,G.M.,Wood,K.S.,
Byrns,R.E.,Chaudhuri,G.
Endothelium-derived relaxing factor produced and
vein is nitric oxide. Proc. Natl. Acad. Sci (USA)
84, 9565-9269 (1987)

Palmer,R.M.J., Ferrige,A.G.,Moncada,S.
Nitric oxide release accounts for the biological
activity of endothelium-derived relaxing factor.
Nature 327, 524-526 (1987)

1988 Tmr oluumunun supresr genlerin inaktiflemesiyle de
gelitirilebileceinin gsterilmesi.
Whyte,P.,Buchkovich,K.J.,Horowitz,J.M. et al.
Association between an oncogene and an anti-
oncogene: the adenovirus E1A proteins bind to
the retinoblastoma gene product. Nature 334,
124-129.

1989 1970'li yllardan beri sren almalar sonunda hcre
sikl-
snn (zellikle mitozun) dzenlenmesinde siklin ve
sikline
baml kinaz(cdc2/p34)n rolne ilikin tablonun belir-
ginlemesini salayan bir dizi yaynla sonuland.
Gould,K.L. and Nurse,P. Nature 342, 39-45.

Pines,J. and Hunter,T. Cell 58, 833-846.

Booker,R.N.,Alfa,C.E.,Hyams,J.S. and

Beach,D.H. Cell 58, 485-497.

1990 "RNA editing"- Yaznm rn RNA'nn yeniden dzen-


lenmesi. Bir dizi almayla gen ekspresyonuna yeni bir
boyut katan bu mekanizmann bir lde akla
kavumas.
Blum,B.,Bakalara,N. and Simpson,L. Cell
61, 879-884.

Sturm,N.R. and Simpson. Cell 61, 879-884.

Blat,G.J.,Koslowsky,D.J.,Feagin,J.E.,
Smiley,B.L. and Stuart,K. Cell 61, 885-894.

1991 1970'li yllarda ilk kez dile getirilen, 1980'li yllarda
daha olgunlatrlan apoptoz(programl hcre lm)
kavramn destekleyen bulgularn bir devam da tmr
sppresr p53 ve onkoprotein c-myc'in bu sreteki
belirleyici rollerinin, bcl-2'nin ise apoptozu basklayan
rolnn tanmlanmas.
Yonish-Rouch,E.,Resnitzky,D.,Lotem,J.,
Sachs,L.,Kimchi,A. and Oren,M. Nature
353, 345-347.

Williams,G.T. Cell 65, 1097-1098.

1991/1992 Hcre siklsnde G1 S geiini belirleyen denetim
mekanizmalarnn ve aydnlanmaya balayan S evresini
tetikleyen transkripsiyon faktr E2E'nin pRb ile etkile-
imleri ve DNA tmr virslerinin E2F iin pRb ile yar-
mnn belirlenmesi.
Chellappan,S.P.,Hiebert,S.,Mudry,M.,
Horowitz,J.M.,Nevins,J.R. Cell 65, 1053.(1991)

Bagchi,S.,Weinmayn,R.,Raychandburi,R.
Cell 65, 1065.(1991)

Chittenden,T.,Livingston,D.M.,
Kaehlin.Jr.W.G. Cell 65, 1073.(1991)

Hiebert,S.W.,Chellappan,S.P.,Horowitz,J.M.,


Nevins,J.R. Genes Develop. 6, 117.(1992)

1993 DNA onarm ile transkripsiyon arasndaki balantnn
gsterilmesi. Helikaz etkinlii tayan transkripsiyon
inisiyasyon faktr TFIIH'nin, kseroderma pigmentosum
ve Cockayne sendromu ile ilintili, DNA onarmndan
sorumlu ERCC-3 geninin rn olduunun belirlenmesi.
Schaeffer,L. et al. Science 260, 58.

Selby,C.P. and Sancar,A. Science 260, 53.

1996 HIV reseptrlerinin tanmlanmasyla saaltmna
ynelik yeni almlarn ortaya kmas.
Feng,Y.,Broder,CC.,Kennedy,P.E.,Berger,E.A.
Science 272, 872

Cocchi F., et al. Science 270, 1881, (1995)
1997 Klonlanan koyun. Eski bir uygulamann (bkz.Gurdon
deneyi) yeniden daha ileri tekniklerle daha yksek
canllara ayarlanmasyla olas sonulara ilikin etik
tartmalarn yeniden alevlenmesi.
Wilmut,I.,Schnieke, A.E,McWhires,
I.,Kind,A.I.,Campbell,K.H.S. Nature Feb
27, 810-813

* Bu listenin hazrlanmasnda J.Witkowskinin bir almasndan
yararlanlm, liste gerekli grlen yerlerde yaplan eklemelerle
tamamlanmtr. Witkowski,J. Fifty years on: molecular biologys hall
of fame. Trends Biotech. 6, 234 (1988).



KISALTMALAR

A Adenin
AMP Adenozine monofosfat
cAMP Siklik AMP
ATP Adenozin trifosfat
b Baz ifti
C Sitozin
D Dalton
DEAE Dietilaminoetil
dpm Dakikadaki bozunum
DNA Deoksiribonkleik asit
cDNA Komplementer DNA
EF Elongasyon Faktr
FAD Flavin adenin dinkleotid (okside form)
FADH
2
Flavin adenin dinkleotid (redkte form)
fMet N-forml metyonun
G Guanine
GDP Guanozin difosfat
GMP Guanozin monofosfat
GTP Guanozin trifosfat
Hb Hemoglobin
IF nisiyasyon Faktr
K
m
Michaelis sabiti
Kb (ya da kb) Kilobaz ifti
Mb Miyoglobin


NAD
+
Nikotinamid adenin dinkleotit (okside form)
NADH Nikotinamid adenin dinkleotit (redkte form)
NADP
+
Nikotinamid adenin dinkleotit fosfat (okside
form)
NADPH Nikotinamid adenin dinkleotit fosfat (redkte
form)
NMR Nkleer magnetik rezonans
PAGE Poliakrilamid gel elektroforezi
PCR Polimeraz zincir reaksiyonu
PEP Fosfoenol piruvat
P
i
norganik fosfat
RF Sonlanma Faktr
RNA Ribonkleik asit
mRNA (Mesenger) haberci RNA
tRNA Transfer RNA
S Swedberg nitesi
SDS Sodyum ddesil slfat
T Timin
TCA Trikarbonil asit
U Urasil
UV Ultraviyole
V
max
Maksimum hz

697

DIZIN
Sayfa

1,3-difosfogliserat 201,209
2,3-difosfogliserat 147,155
5-bromourasil 416-418
70S ribozom 362
80S ribozom 362
o-globin constant spring 424
o-globin Wayne 424
o-n 28
o-paralanma 30
o-sarmal 127
|-galaktosidaz 406,408
|-n 28
|-paralanma 30
|-yaps (|-konfigrasyon) 125-127
-n 28
-paralanma 30
-Fc reseptrleri 540
AG 199,205

- A -

A band 269
A-faj 440
abl proteini 636,638,641,642
ak sistem 187
asal kuantum says 5
ADA 474
adenil siklaz 595,597
ADP 311
ADP 203,210,308
ADP riboz polimerazlar 361
ar element 26
aerobik oksitlenme 211
aflatoksin 644
agaroz gel elektroforezi 56
akar denge 281
akridin 420
aksiyon potansiyeli 256-258
aktif gen 493
aktif iletim 198,228,
241,244,245
aktif kromatin 514
aktifleme enerjisi 188,315-319
aktin 269,274
akut lenfositik lsemi (ALL) 639

Sayfa

akut lenfositik olmayan lsemi (ANLM)
639
allellerin dlanmas 557
allosterik dzenlenme 148,345
allosterik enzim 338
allosterik etki 339,343
allosterik mekanizma 130
altbirim 130
alc (acceptr) 21
Ames testi 618
amino asit 350
amino asitlerin asit-baz zellikleri 117
aminoasil t-RNA sentetaz 394,401
aminoasil yeri 397
ana doku uyuum kompleksi (MHC)
561-562
ana kuantum says 5
ana szck daarc 287
anaerob canllar 204
anensefali 463
anlamsz mutasyon 419
anti-idiyotipik sistem 575
antiasense RNA 478
antijen 112,530
antijen balama blgeleri 543
antijen zgrl 535
antijenik blge 530
antikodon 393
antikor (Ig) snflar 535,536
antikor eitlilii 550
antikor deiken blgeleri 538
antikor deiken blgeleri amino asit
dizileri 542
antikor oluum mekanizmalar 535
antikor yaplar 535
antikor-antijen etkileimi 544
antintrino 28
apolar ya da hidrofobik R-gruplar
ieren amino asitler 113
apoptoz 601,605,607
aralkl 304
aralksz 304
Arrhenius aktifleme entropisi
dursays 317
artrc (aktivatr) nitelikli dzenleyici
proteinler 493
asetil CoA 213,214
asetilazlar 361

698

asidik amino asitler 117
asit 106
asosiyasyon 132
ataksiya teleenjiektasya 437
atom ekirdei 22
atom says 22
atom yaps 4,22
ATP 197,199,201,207,210,308,
310,311,355
ATPaz 273,311
ayrm denge dursays 105,106
ayrm reaksiyonu 109

- B -

B band 269
B (Bursa Fabricius)lenfosit 528-530
B-lenfosit aktiflemesi 534
bal refrakter dnem 265
bak kelek 547
bak tolerans 576
bak yant 567
bak yant dzenlenmesi 573,574
bakteriyel lipopolisakkarit (LPS) 567
Bam H
1
470
Basedow-Graves hastal 580
basit difzlenme 239
basklayc (represr) nitelikli dzenleyici
proteinler 493
baz 106
bazik amino asitler 117
bazkes-yama onarm 434
balama faz (inisiyasyon) 394,399
bcl x proteini 606
bcl-2 proteini 606
bellek hcreleri 531
Bence-Jones proteini 534
benziprenin aril hidroksilaz (AHH)
618,619
biliyer siroz 580
birincil baksal yant 533
birincil derece tepkimeler 312,313,315
birincil RNA (hnRNA=heterogen nkleer
RNA) 496
birincil (primer) hcreler 583
birincil (primer) yap 123
birleme denge dursays 546
bit 287,291
biyoelement 92
biyoenerjetik 186
biyoenerjetik ilkeleri 237
biyolojik etkinlik 51
biyolojik edeer 50
biyolojik i 228
biyomolekl 91
biyosentez 55,197
Bloom sendromu 437
Blym proteini 636
Bohr atom modeli 4
Bonguer-Lambeert-Beer yasas 81
bozunum erisi 38
Briggs ve Haldane izilimi 325
Briggs-Gurdon deneyi 507,528
Brnsted 106,118
Burkitt tmrleri 639
byk oyuk 164

- C -

Ca
2+
-kalmodulin 590
cAMP 595
canl sistemlerin molekl yaps 4
Cap 497
CD4 yzey proteini (antijeni) 561
CD8 yzey proteini (antijeni) 561
Chargaff 161
Chorion biopsi-amniyo sentez 462,464
Cockayne sendrom 435
Compton olay 41,42
cos ular 444
cosmid 445
Cot 171,172
Cot analizi 493
Coulomb eitlii 12
CTR 632
Curie 39

- -

apraz balanma 48
ekinik (resessive) 501
ekirdek kalmll 25
ekirdek kuram 25
ekirdekli (karyotik) hcre 483
ekirdeksiz (prokaryotik) hcre 483
evre 186,187
plak DNA as 478
ift olay devresi 65
ift oluum olay 42
inko parmak (zinc finger) 493
izgisel tarayc 70

699

ok halkal aromatik hidrokarbonlar
619

- D -

dalga boyu 33
dalga boyu 81
D-amino asit 85
deaminasyon 418
De Broglie 5
deikenlik segmentleri 552
denge diyalizi 137
denge dursays 132,199
denge potansiyeli 251,252
deoksi hemoglobin 144
deoksiriboz 417
depolarizasyon 257,266
dermatomiyozit 580
devingen denge 282
dezaminasyon 417
diasilgliserol 589,591
dielektrik dursays 102,103
difzlenme 241
difzlenme ak 240
difzlenme potansiyeli 254
diplococcus pneumoniae 350,351,352
diploit 484
dipol-dipol ba 13,15
dipol-dipol etkileimi 97
direkt onarm 431
DNA 59,62,285,298,299
DNAnn denatrlenmesi 170
DNA B,A,Z yaps 162,166,167
DNA oalmas 62
DNA molekl 157,160
DNA polimeraz 416
DNA polimeraz 355,361,364,371,374,
376,378,380
DNA tmr virsleri 623,625
Dot Blot 469
doal nlar 28
domain 128,129
doz 44
dnme (rotasyon) enerjisi 79
dnm hz (turnover rate) 54
Drdncl (kvarterner) yap 130
dteryum 23
Dreyer-Bennet modeli 551
dzenleyici proteinler 112
dzlem polarlatrma yntemi 83

- E -

E.coli hcresi 96
E2F 603
EBNA 1,2 626
EBV 626
EcoRI 438-440
Eddie-Hufstee izilimi 329,330
EGF 588
EGF-r 598
ekleme mutasyonu 419,425,427
eksilme mutasyonu 419,424,425
eksonkleaz 373,374,380,449
ekspresyon vektrleri 445
elektroforez 53
elektromagnetik dalga 5,28
elektromagnetik spektrum 74,80
elektron 4,22
elektron paramagnetik rezonans (EPR) 90
elektron spin rezonans (ESR) 90
elektron transportu ve solunum zinciri
215
elektronegatif 97
elektropozitif 97
elektrostatik kutuplama 97
element 22,27
E
max
(maksimum enerji) 30
Emden-Meyerhof yolu 206
endonkleaz 373,449
endoplazmik retikulum 485
endositoz 229
enerji dzeyi 79
enol 417
entropi 191,310,319
env proteini 631
enzim inhibisyonu 329
enzim kinetii 323-326
Enzimler 112,310,311,319-321
E
ort
(ortalama enerji) 30
epitop 530,547
epizom 359
equilibrium labelling 54
ErbA proteini 641
ErbB proteini 634,636
erg 48
erime noktas 102
eriim uzakl 43
erikin hemoglobin 156
esu 49
etkin (efektif) yar mr 38
eV 50

700

eylem hcreleri 531
eemsel oalma 484
eemsel olmayan oalma 484
eik deer 259
eikalt uyaran 260
eikst uyaran 260
eleme (replikasyon) 362

- F -

F aktin 274
F-faktr 446
F.Haurowitz 151
Fab fragmenti 537,538
FAD 215
FADH
2
431
faktr VIII.mutasyonu 468
fakltatif canllar 204
Fanconi anemisi 437
farkllam hcre 509
Fc fragmenti 537-539
feed-back 211,300
fermentasyon 204
fetal serum 582
fetal hemoglobin 156
fetoshop 461,464
fgr proteini 636,642
fil proteini 636
fiziksel karsinogenez 613
fos proteini 599,603,636
fosfodiesteraz 367,370
fosfoenol piruvat 201,208,209
fosfogliseritler 180
fosfolipaz C 589,592
fosforesans 23
fosforillenme 345-347
fosforillenmi molekl 52
fosfotidil etonolamin 233
fosfotidil inositol 233
fosfotidil kolin 233
fotooaltc 65
fotooaltc tp 66
fotorafik etki 48
fotoelektrik olay 40
foton 76
foton 49
fotosel (foto hcre) 65
frekans 89
Freund adjuvan 578
fruktoz-6-fosfat 201

- G -

G aktin 275
G-proteinleri 593
G1 evresi 308,586,587
G2 evresi 586,587
gag proteini 631
gama kamera 71
gamet 501
GC-CSF 588
GDP 593
gei metal iyonlar 13
Geiger-Mller sayac 43,58,64
Geiger-Mller tp 64
genlik 89
genom 483
genotip 501
geri beslemeli (feedback) dzenleme 338
Gibbs-Donnan dengesi 246,250
Giri 91
glikoforin 234
glikoliz 204
glikosillenme 485
glikosit ba 177
glikoz-1-fosfat 201
gliserin-3-fosfat 201
GM-CS-F 588
Gray 49
GRB proteini 598
gruplama eilimi 97
GTP 593

- H -

H band 271
H PRT 473
H1 490
Ha-ras 636,642
hafif element 26
hafif zincir deiken blmne
karlk domain 543,544

hafif zincir sabit blmne
karlk domain 543,544
haploit 484
hapten 544
Hasselbach 107
HAT medyumu 612
Heins Scott ve Hildebrand
Benessie eitlii 135,136

701

Heisenberg 5
hem o hem bu 300
Hemoglobin 139,196
hemoglobin Constant Spring 423
hemoglobin O
2
-doyum erisi 148
hemoglobin Wayne 423
Henderson 107
Henderson-Hasselbach eitlii 107
Henry Becquerel 23
hep ya da hi davran 259
herpes simpleks virs (HSV) 623
Hertz 75
heterokromatin 360,492,493
heterotropik etki 343
Hibridoma 612
hibridoma hcreleri 614
hidratlama 103
hidrofilik 128
hidrofobik 128
hidrofobik ba 19
hidrofobik etkileimler 19
hidrojen ba 16,18
hidrojen peroksit 47
hidroksil iyonu (OH
-
) 104
hidroksil radikali 46
hidronyum iyonu (H
3
O
+
) 104
hidroperoksit radikali 47
Hill katsays 150-152
Hind III 438
hiperpolarizasyon 257
hipokromi 171
histon 360,487
histon olmayan (non histon) proteinler
360
HLA 234
holoenzim 382
homeoblge 523
homeokutu (homeobox) 519
homeostaz (akar denge) 310,355
homeotik mutasyonlar 519
homotropik etki 343
Hoshimoto tiroyiditi 580
hcre 483
HUGO Projesi 469
humoral baklk 529
Hunt kural 6
hcre ap 483
hcre oalma faktrleri 582,588
hcre oalmas 581
hcre farkllamas 484,528
hcre hibritlenmesi 610
hcre kltr sistemi 581
hcre sikls 585
hcre solunumu 213
hcre yaptalar 91
hcre yzeyi 483
hcreden yksek canllara gei 483
hcresel baklk 529

- I-

s deposu (termoreglatr) 99
k iddeti 82
lt (floresans) spektrometresi 83
In biyofizii 73
n dozu 48

- I -

ICE 606,607
ICRU 49
I blnme (cleavages) 511
i enerji 190
i enzim (core enzim) 383
IGF-I 588
IGF-r 598
ikinci iyonlama olay 63
ikincil baksal yant 533
ikincil (sekonder) hcreler 583
ikincil derece tepkimeler 314,315
ikincil (sekonder) yap 123
ikincil radikaller 46
ikincil reaksiyon 55
ilginlik (affinity) 546
ilmiksi blge 491
immunglobulin A (IgA) 535,536
immunglobulin D (IgD) 535,536
immunglobulin E (IgE) 535-536
immunglobulin G (IgG) 535-537,551
immunglobulin M (IgM) 535,536,551
immunglobulinler 535
immunoproteinler 112
inaktif gen 493
nduced fit 344
indirgenme 221
indksiyon 407
insan genetii (sitogenetik) 61
insulin-r 598
interlkinler 566,569
intron 484
iyon toplama aralar 61

702

iyonik ba 11,12
iyonlayc nlar 40
iyonlama 40
iyonlama enerjisi 77
iyonlama kameras 63
iyonlatrc etkinlik 43
izoenzim 347
izoenzimlere dayal dzenlenme 347
izotop 22

- J -

J segmenti 553
Joule 49
jun proteini 599,603

- K -

K (tepkime denge dursays 318
K
a
132
kalml izotop 26
kalmllk 26
kaltsal ifre 387
kanal kapasitesi 297
kanser 581
kanser olgular-yerleri,nedenleri 624
kanser hcre zellikleri 611
kanser proteinleri 641,642
kansere yol aan kimyasallar 617
kapali sistem 187
karbonhidratlar 175
kas distrofisi 461
kayan filamentler 272
kaydrma (translokasyon) 397
kaynama noktas 102
Kayser 76
K
cat
(turnover number) 325-327
K
d
132
kemateroptikler 405
kemik iligi kk hcresi 528
kemotripsin 321,322
kesime (krosover) 501
keto 417
krplma (splicing) 497
kzlalt spektrumu 84
kzlalt (infrared) spektrometresi 82
kibernetik
kibernetik 281,282,299
kimyasal ba 9
kimyasal balar ve molekllerin
oluumu 9
kimyasal i 228
kinazlar 361
klon 448,451,508,531
klonal delesyon 577
klonal seleksiyon 531,532
klonlama 508
Klotz (Lineweaver-Burk) 135,136,138
K
m
326-328,331
kohezyon 97
kolaylatrlm difzlenme 240
kolesterol 184
kolimatr 66
kolineerlik 387
kolisin 359
kollagen 269
kolisin 59
komplement 548
komplement sistemi 549
komplementerlii belirleyen blgeler
(CDRS) 543
komplementerlik 161
konformasyon 87
Konformasyon entropisi 318
kontakt inhibisyon 586,610
kontraktil proteinler 112
kontrol metresi 63
kooperatif balanma (avidity) 546
kooperatif etkileim 150
koordinasyon balar 13
kopya (allel) 501
kovalent ba 9
kovalent ba 321
kovalent olmayan etkileim 21
K-ras proteini 636,642
kreatin fosfat 201,279
Krebs dngs 213,214
kromatin 359,484
kromozom 59,62,359
kronaksi 261
kronik hepatit 580
kronik miyelogen lsemi (CML) 639
kseroderma pigmentosum 435,620
kk oyuk 164

- L -

L-amino asit 85
L-segmenti 553
lac operonu 338,404
laktat dehidrogenaz 348

703

Larmour frekans 88
LDL-reseptrleri 482
lektinler 609
lenfosit 528
ligant 112
ligant kapl kanallar 239
ligaz 368,373
likit sintilasyon sayac 66
Lineweaver-Burk izilimi 328,329,333,334
lipitler 179
lipozom 183
London-van der Waals ba 13,15
lsin fermuar (leucin zipper) 493
Lowry 106,118

- M -

M-CSF 588
Madde yaps 4
magnet kuantum says 5
magnetik alan 88
magnetik moment 88
magnetik rezonans 89
magnetron 66
makromolekl 47,92,93
makromolekller 111
mam proteini 636
Marie Curie 25
Maxwell eytan 283,284,310,311
mekanik i 198,268,277
mekanik kapl kanallar 239
mekik sistemi 212
membran dinlenim potansiyeli 254
membran potansiyeli 250,252
mentee 273
metafaz 59
metilazlar 361
MeV 50
meyoz 501
MHC snf 1 glikoprotein 565
MHC snf 2 glikoprotein 565,567
Michaelis ve Menten izilimi 323-327
mikrodalga frekans 90
mikromol 36
mikroorganizma 483
misel 20
mitogenik faktrler 586,587
mitokondri DNAs 361
mitokondriler 361
mitotik siklinler 608
mitoz 59,62
miyastenya graves 580
miyoglobin 139-142
miyoglobin O
2
-doyum erisi 145
miyozin 269,272
molar sourum (ekstinksiyon) katsays 82
molekler biyofizik 112
molekllerin membrandan iletisi 237
monoklonal antikor 481
monoklonlar 612
monokromatik 81
monosakkaritler 175
mos proteini 636,641,642
motif 494
MPF 608
mRNA 285
Mst II 466
Multiple skleroz 580
mutasyon 44
mutasyon 415-418
mutlak refrakter dnem 265
myb proteini 636,641
myc proteini 599,603,636,640-642

- N -

N-ras proteini 636,642
N-myc proteini 636,642
Na
+
-K
+
pompas 255
NAD 207,212
NADH 207,212,219,224
nearest-neighbor 366
negatif dzenleme 339
negatif entropi 129
neomisin diren geni 474
nev proteini 636
NGF 588
NGF-r 598
nikotinamid-adenin dinkleotit 185
nitroselloz filtre 56
nokta mutasyonu 424
ntrino 28
ntron 4,22
nkleer magnetik rezonans 87,89
nkleik asitler 156
nkleon 22
nkleosit 157
nkleotit 156,158,159
nkleozom 360,488
nkleozomlar 361
nklit 25
nklitler cetveli 25

704

- O -

Okazaki fragmentleri 371
Oksi hemoglobin 144
oksidatif fosforillenme 220
oksitlenme 48
oksitlenme 221
oligosakkarit 177
onarm 429
onkogen kuram 613,615
onkogenler 633,635,636
operon 336,339
organel 95
otoimmn hastalklar 577,580
otoimmun tepkinin oluumu 579
otoradyografi 53
otoradyografi 58
ototrof 139,196
ouabain 255
ozmol 243
ozmotik basn 242
ozmotik olaylar 243
ozmoz 241

- -

karyotik hcre 358
kromatin 360,491
ncl madde 52
zgn aktiflik (spesifik aktiflik) 40

- P -

p yrngei 7
P=Pitch 125
p16 603
p21 600
p21 603
p27 603
p34 608
P
50
143
p53 603
palindrom 439
Papilloni virs 625,627
paralanma olasl (paralanma skl)
34
parlt (sintilasyon)sayalar 44,65
pasif iletim 238,244
Pauli kural 6
Pauling-Corey modeli 124
PCR 455,458,469
peptidil yeri 397
peptit ba 120
periyodik sistemde deerlik 8
permeaz 406,408
permissive hcreler 627
pernisiyz anemi 580
pH 104
piranoz 176
pirimidin 417
pirofosfataz 377,378
pK 106
plazmit 359,443
pluripotent kemik ilii kk hcresi
528,529
PNP 473
PDGF 588
PDGF-r 598
pol proteini 631
polar kovalent ba 11
polar nitelikte R-gruplar
ieren amino asitler 117
poli A 442,443
poli ADP riboz polimeraz 607
poli(deoksi)ribonkleotit 418
polisakkaritler 175
polizom 441
poplasyon 34
positron 28
pozitif dzenleme 339
pozitif entropi 129
prenatal tan 457
Pribnow 384
primer 365,372
prion hastalklar 413
probe 441
programlanma (determination) 508
prokaryotik hcre 358
promoter 407,525
proof-reading mekanizmas 372,374,375
protein hormonlar 112
protein kinaz C 596
protein yapsnda bulunan amino
asitlerin zellikleri 122
proteinler 111,310,311
proteinlerin yapsal zellikleri 113
proto-onkogenler 633,635,637
proton 4,22

705

proton alcs 106
proton vericisi 106
provirs 623
puls (akm atlar) 65
puls ykseklii inceleme devresi 66
pulse chase 55
pulse labelling 54
purin 417

- R -

rad (radiation absorbed dose) 48
radyoaktif nklit 34
radyoaktif paralanma ve nlar 28
radyoaktif rn 52
radyoaktif nlarn girginlii 43
radyoaktif nlarn madde ile etkileimi
(girginlii ve iyonlatrc etkinlii)
40
radyoaktif nlarn yol at kimyasal
deiiklikler 44
radyoaktifliin belirtimi 43
radyoaktiflik 23,39
radyoaktiflik ve n biyofizii 22
radyobaklk testi (radioimmunassay)
57
radyofarmositik 68
radyofrekans 88
radyoizotop 23
radyoizotoplarn aratrmalarda
kullanm 51
Radyoizotoplarn belirtiminde kullanlan
yntem ve aralar 58
radyoizotoplarn zellikleri 34
radyoizotoplarn saysal belirtimi 58
radyonklit 53
radyum 39
raf proteini 600,636,642
ras proteini 595,600,601,634,636,641,642
reaktif 44
redoks ifti 222
redoks potansiyeli 218,221
rekombinasyonla onarm 436
rem 44
reobaz 260
repolarizasyon 257,266
represr 336,339
reseptr 229
reseptr-tirosin kinaz eitleri 598
reseptr-tirosin kinaz (RTK) 596,598
restriksiyon enzimler 56
restriksiyon fragmentleri 56
restriksiyon nkleazlar 438
retinoblastoma proteini (pRb) 603
RFLP 466,471,472
riboz 417
ribozom 361,395
RNA 157
RNA molekllerinin ilenmesi (RNA
processing) 497
RNA polimeraz 338,339,356,381,382,383
RNA tmr virsleri 627,629
romatoyit artrit 580
Rntgen 23
rntgen (R) nlama dozu 48

- S -

S evresi 308,586,587
S yrngei 7
sandvi 59
Sanger yntemi 455,460
santral dogma 355
sarkolemma 269
sarkomer 270
sarkoplazma 271
sarkoplazmik retikulum 272
sarmal-dn-sarmal (helix-turn- helix)
493
say lei 66
Scatchard eitlii 137
Schrdinger 5
scr proteini 636,641,642
segregasyon 501
sentez tesi modifikasyonlar 345,346
serbest enerji 193,311,315
serbest radikaller 44
sezyum klorr grandiyenti santrifj 363
sfingomiyelin 181
SI (Systeme International dUnites) 39
scak blge 69
srasal dzenleme modeli (sequential model)
344,345
sikline baml kinaz (CDK) 601,602
siklinler 601
simojen 348,349
sinaps 257
sintilasyon dedektr sistemi 66
sinyal iletim yollar 587
sirkler dikroizm 83,86
sis kameras 61
sis proteini 634,636,641

706

sistem 186,187
sistemik lup eritematotus 580
sistron 495
sitokrom 215,218
sitotoksik T-lenfositleri 560,572,573
skleroderma 580
souk blge 69
sourulan enerji dozu 48
sourulan n enerjisi ile ilgili
kavramlar 48
sourulma 48
sourum (absorpsiyon) spektrometresi 80
solenoid 490
solunum hznn dzenlenmesi 221
solunum yolu (ema) 216
somatik mutasyon 555,616
somatik rekombinasyon 551,556
sonlanma faz (terminasyon) 398,403
SOS proteini 598
Southern emdirim (blot) yntemi 56
spacer 488
spin kuantum says 5
splicesome 386
splicing (krplma) 385,484
stacket 161
sterd -state 325
Stripping film 59
su 96
supercoiled 165,168
supramolekl 94,95
supresr genler 643
supresr T-lenfositleri 560
supressor tRNA 425,426
supresyon 423
suyun ayrm 104
suyun buharlama ss 99
suyun zc zellii 101
suyun dielektrik dursays 101
suyun erime ss 100
suyun fiziksel ve kimyasal zellikleri 98
suyun iyonlamas 103
suyun zgl ss 98
SV-40 virs 440
SV40-T antijeni 627

- -

ifrelemeyen dizi (intron) 496
ifreleyen dizi (ekson) 496

- T -

T (timus)lenfosit 528-530,560
T-lenfosit reseptr 559
T4 faj 353
talassemi 464
tampon etkisi 109
tautomer 416,429
tek dzlemde polarlanma 83
temel Eagle ortam 583,584
temperature of melting (T
m
) 168
terminal transferaz 449
termodinamiin birinci kural 188
termodinamiin ikinci kural 190
termodinamik 186,310
termodinamik kurallar 186
ters kutuplanma (depolarizasyon) 506
ters transkriptaz 410,411,441,443
tesla 87
TFIIH 434-436
TGF 588
TGF-| 588
timidin 59
timidin kinaz geni 474-476
timin dimeri 432
tiroyitoksikoz 580
titreim enerjisi (vibrasyon) 79,83
titreim genlii 89
tiyogalaktosit-transasetilaz 407,408
Tomurcuklanma 630
Topoisomeraz 369,373,607
tps proteini 636,641,642
Transaktivatr 525
Transfeksiyon 620,622
transformasyon 351
Transformasyona yol aan faktr (TGF)
609
transkripsiyon 354,357,388,427
transkripsiyon faktrleri 389
translasyon 355,357,392
transmitans (geirgenlik) 81
trikotiyodistrofi 435
tripleks DNA tedavisi 478
trisyum 23
trizomi 21 (Down sendromu) 461,462
tRNA 394,396
tropomiyozin 275
troponin 276

- U -

707

uyaran 259
Uydu DNA (satellite DNA) 495
uyumsuzluk onarm 432
uzama (elongasyon ) faz 396,400
uzaysal toplama 263

- -

ncl (tersiyer) yap 128
valenz 97

- V -

V
max
325,326,328,331
(V/J) rekombinasyonu 553,554
V-segmenti (bkz.) deikenlik segmenti
van der Waals ba 379
van der Waals yar ap 17
vektr 443
verici (donr) 21
Viral karsinogenez 613,621
virs 443
voltaj kapl kanallar 239

- W -

Watson Crick modeli 362
Watson-Crick 161,162

- X -

X-nlar 23
X-nlar salma yntemi 161

- Y -

ya o ya bu 300
yaltlm sistem 187
yanl anlaml mutasyon 419
yapay nlar 28
yardmc (Helper) T-lenfositleri 560,573
yar mr 34
yar-logaritmik 36
yarlanma sresi (yar mr) 34
yarmal inhibisyon 330,331,334
yarmasz inhibisyon 333,335-337
yerleik hcre soyu 585
yes proteini 636,641,642
yinelenen dizi 496
yinelenmeyen dizi 496
younlama ekirdei 61
yok olu nm 43
yresel yant 261,262
yrnge 4
yksek enerjili fosfat balar 200
yksek (ok hcreli) canl 483
yzey gerilim 102

- Z -

Z izgisi 269
zamansal toplama 263
zigot 501

Çapa Biofizik

Uploaded by

Document Information

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Çapa Biofizik

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

stanbul Tp Fakltesi Biyofizik Anabilim Dal

stanbul Tp Fakltesi Biyofizik Anabilim Dal

iyonlarna ayrr. eitli svlarn dielektrik dursaylar Tablo 4-6da

) ifti, redoks ifti olarak tanmlanr. Hcre iinde

) (hidrit iyonu) aktarlr.

| orantl olduu iin, bu tr molekllerden hareketle balayan

hesaplanabilir (ekil 7-3).

deeri zerinden deneysel verilerden hareketle

) aktifleme enerjisi (AH

deeri ile negatif AS

You might also like