P. 1
ÖRNEK RAPOR

ÖRNEK RAPOR

|Views: 275|Likes:
Yayınlayan: enksek

More info:

Published by: enksek on Oct 29, 2011
Telif Hakkı:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

02/02/2015

pdf

text

original

HALĠÇ ÜNĠVERSĠTESĠ MOLEKÜLER BĠYOLOJĠ VE GENETĠK BÖLÜMÜ BIY 471 MOLEKÜLER BĠYOLOJĠ UYGULAMALARI–1 YRD. DOÇ. DR. M.

BAKĠ YOKEġ ASĠSTANLAR SEMĠN MERVE ALOĞLU ġENTÜRK KUTLUHAN ĠNCEKARA DENEY–2 POLĠMERAZ ZĠNCĠR REAKSĠYONU DENEY TARĠHĠ: 21.10.2008 RAPOR TESLĠM TARĠHĠ: 28.10.2008

Raporu Hazırlayan Öğrencinin; Adı-Soyadı: Bölümü: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Numarası ve Sınıfı:

Grup1 Hande Gülçin ÖZER, Tülin TAġCIOĞLU, Zeynep YILMAZ, Elif ERDEM, Adile KIVRAK,, Pınar KESKĠN

PCR döngüsü:  Denatürasyon: DNA molekülünün yüksek sıcaklıkta denatüre edilmesi  Primerlerin DNA’ya bağlanması (annealing): primerlerin spesifik olarak hedef dizilere bağlanması  Uzama (extension): DNA polimerazın uygun tampon ve 4 dNTP varlığında primerin 3’ OH ucundan DNA zincirinin uzamasını sağlaması Art arda tekrarlanan denatürasyon. gliserol ise örneğin kuyucuklara çökmesini sağlar. primerlerin bağlanması ve dizinin sentezlenmesi evreleriyle DNA parçaları üssel olarak artar. Üssel artıĢın nedeni. ġEKĠL VE TABLOLARA NUMARA VE AÇIKLAMA YAZILMALI. PCR mekanizması: Çift iplikli bir DNA molekülünde iki oligonükleotit primerin bağlanması ve dizinin kopyalarının sentezlenmesi. PCR ile belli bir bölgeyi çoğaltabilmek için hedef DNA’nın nükleotit dizisi bilinmelidir. ssDNA’ya bağlanacak primerlerin sentezi için kullanılır. 12 PUNTO ĠLE ĠKĠ YANA YASLANARAK HAZIRLANMALI. DNA’NIN AGAROZ JEL ELEKTROFOREZİ Elektroforez tekniği moleküllerin sahip oldukları net elektrik yüklerinin bu moleküllerin bir elekriksel alan içindeki hareketlerini etkilemesi prensibine dayanır. Bu bilgi. Yükleme tamponundaki BPB örneğin jel üzerinde yürürken gözlenmesini. YAPILAN DENEYDE KULLANILAN TEKNĠK VEYA MALZEME. Molekül ağırlıklarına ve taĢıdıkları elektrik yüklerine göre moleküller jel üzerinde bantlar halinde ilerlerler ve bu ilerleme jel hazırlanırken içine katılan floresan özellikli EtBr’ün DNA’nın bazlarının arasına girmesi ve yükleme esnasında örneklere eklenen BPB gibi bir boyanın jel üzerinde renk (mavi) oluĢturmasıyla takip edilir. Primerler: Hedef DNA’ya özgündür. Tampon ve MgCl2: DNA polimerazın aktivitesi için gerekli iyonları (Mg+2) ve uygun pH’ı sağlar.AMAÇ: Etanol presipitasyonu yöntemi kullanılarak izole edilen epitel hücresinden elde edilmiĢ DNA örneği ile PCR’ı gerçekleĢtirmek ve elde edilen sonuçları optimize etmek. DNA ve RNA molekülleri fosfat omurgası sebebiyle negatif yüklüdür (anyon) ve anoda doğru hareket ederler. YAPILAN ARAġTIRMA GĠBĠ KONULARLA ĠLGĠLĠ AÇIKLAYICI BĠLGĠLER YER ALMALI.     PCR’ın temel bileĢenleri: DNA: Kalıp görevi görür. 2 . bir döngü sonunda sentezlenen ürünün ardıĢık döngüde primerler için kalıp görevi yapmasıdır. TIMES NEW ROMAN. Nükleotitler: Yeni DNA ipliklerini sentezler. PCR ile istenen gen parçasının klonlanması birkaç saat içinde tamamlanır. spesifik bir DNA parçasının kopyalarının primerler tarafından yönlendirilerek enzimatik olarak sentezlenmesi iĢlemidir. Böylece her döngü DNA molekülü üzerinde istenen bölgenin 2 katına çıkarılması ile sonuçlanır. GİRİŞ: POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU PCR.

25-30 döngü sonunda DNA miktarında ~106 kez artma olur.Şekil 1: PCR’ın bir döngüsü Şekil 2: Bir döngü 3-5 dk sürer ve pek çok kez tekrar edilir. 3 .

MATERYAL: Laboratuar Gereçleri Mikro pipet ve pipet ucu (sarı ve beyaz) Ependorf.3). tartım tabağı. BURADA GÖRÜLDÜĞÜ GĠBĠ SINIFLANDIRILARAK YAZILMALI. Falkon tüp ve 0.7’lik Agaroz jel 10X DNA Yükleme Tamponu (25 mg BPB. MADDELER HALĠNDE VE GENĠġ ZAMAN KULLANILARAK YAZILMALI. METOT.2 ml’lik PCR tüpleri Portüp. %1 SDS. Eldiven. 2 ml gliserol) EtBr 100 bp DNA marker Biyolojik Materyaller Etanol presipitasyonu ile izole edilen insan yanak içi epitel hücre DNA’sı MATERYAL. 500 mM KCl) MgCl2 dNTP mix 16S-H primer 16S-L primer DMSO Taq polimeraz dH2O %0. erlen ve plastik tabaklar Cihazlar Güç kaynağı UV Cihazı Minisantrifüj Agaroz Jel Elektroforezi. Kâğıt havlu Agaroz Jel Elektroforez Tankı ve Elektrotlar Metal çubuk. Hassas Terazi Kimyasal Malzemeler PCR için. o o o o o o o o o DNA template (biyolojik materyal) 10x PCR buffer (100 mM Tris-HCl (pH=8. ARADA ÇOK UZUN BOġLUKLAR OLMAYACAKSA AġAĞIDA OLDUĞU GĠBĠ YENĠ BAġLIK YENĠ SAYFA BAġINDAN BAġLAMALI. SAYFA NUMARASI EKLENMELĠ. 4 .

1G. 1H tüpleri için. 1H tüpleri için PCR reaksiyon içeriği DNA (µl) MgCl2 (µl) 1E 1.250V’ta 15 dk yürütüldü ve UV cihazında incelendi.0 1H 1.0 µl Taq polimeraz : 0. 1F.5 = 11.0 µl x 4.0 µl 16S-L primer : 2.0 0 Master mix (µl) 21 21 21 21 3. Reaksiyon tamamlandıktan sonra PCR ürünlerinin 5 µl’si 1 µl yükleme boyası ile karıĢtırılarak %0.0 1.5 = 4.0 µl x 4.5 1B 1.9 µl dH2O : 15.5 = 4.0 3.0 µl x 4.25 µl 16S-H primer : 1.5 = 68.7’lik agaroz jele yüklendi. 1D tüpleri için PCR reaksiyon içeriği DNA (µl) MgCl2 (µl) 1A 1.0 3.METOT: 8 tane 25 µl’lik PCR reaksiyonu hazırlanmıĢtır: 1.0 1D 1.5 = 0.0 0 Master mix (µl) 21 21 21 21 dH2O (µl) 2.0 µl dNTP mix : 1. Her tüpe tablolarda verilen miktarlarda titrasyonu yapılacak kimyasallar kondu: B) 1A.0 0.0 B) 1E. Master mix: 10x buffer : 2.0 1. 10x buffer : 2. PCR programı: 2 sa 10 dk 94°C’de 2 dk 94°C’de 30 sn 50°C’de 30 sn 72°C’de 1 dk 72°C’de 5 dk 5.0 2. 1C.5 µl 16S-L primer : 1.25 µl 16S-H primer : 2.0 µl x 4.0 1G 1. PCR tüplerinin kapakları marker kalem ile 1A.5 1F 1.0 1.0 2.5 = 0.3 µl x 4.5 = 9.0 1C 1.5 µl Taq polimeraz : 0.0 µl x 4.5 2.2 µl x 4.  40 çevrim 5 .85 µl Tablo 2: 1E.5 = 11.5 = 9.2 µl x 4. 4. 1C. 1F. 1H olarak kodlandı.9 µl dH2O : 13.5 = 9.5 kat artırılmıĢtır.0 dH2O (µl) 2. 1B. 1B. 1G. Master mix: Master mix’ler pipetleme sırasında oluĢabilecek kayıplara karĢı 4 yerine 4.5 = 4.0 1.5 2. Tüpler PCR cihazına yerleĢtirilerek PCR programı uygulandı. Her tüpe tablolarda verilen miktarlarda master mix eklendi.5 µl x 4. 2. 1B.0 0.0 µl x 4.85 µl Tablo 1: 1A.5 = 59.5 µl dNTP mix : 1.3 µl x 4.5 µl x 4. 1D tüpleri için. ….

► Cummings. MA (2008). E.htm (EriĢim tarihi: 20 Ekim 2011) 6 . ► http://www. F ve G örneklerinde 800 bp civarında birer bant gözlenmiĢtir. HATANIN NEREDEN KAYNAKLANABĠLECEĞĠ. San Francisco: Benjamin Cummings Press. Ankara: Palme Yayıncılık. Haliç Üniversitesi. Riece. F ve G örneklerinde smear gözlenmiĢtir. KĠġĠSEL YORUMLAR YERĠNE BĠLĠMSEL SEBEPLERDEN BAHSEDĠLMELĠ.baskı). Biyoloji (8. Genetik Kavramlar C. JB (2009). ► Campbell. YORUMLAR TARTIġMAYA YAZILMALI. MR. KĠMYA RAPORLARINDA SONUÇ VE TARTIġMA BÖLÜMLERĠ BĠR ARADA OLUP “SONUÇLAR” BAġLIĞI ALTINDA VERĠLECEKTĠR. Klug. TARTIŞMA: YAPILAN DENEY SONUNDA BEKLENMEYEN BĠR DURUM GÖRÜLMÜġSE NĠYE OLABĠLECEĞĠ. C. En altta tüm kuyucuklarda yükleme boyasının ilerlediği son nokta gözlenmektedir.com/mikroskop_eliza. A. NA. E. B.baskı) içinde (713-733). Biyoloji I Laboratuar Föyü. YALNIZCA GÖZLENEN SONUCA DAĠR BĠLGĠLER YER ALMALI.altanlab. BEKLENEN SONUÇ ALINMIġSA BUNUN NEYĠ ĠFADE ETTĠĞĠ DÜZGÜN CÜMLELERLE YAZILMALI. Öner (çev) Genetik ve Evrim (6. REFERANSLAR: ► Tüfekçi. WS (2003). D ve H örneklerinde bant gözlenmemektedir.SONUÇLAR: Şekil 3: Grup 1 için agaroz jelde PCR sonuç görüntüsü Marker 100 bp’lik olup yaklaĢık 1000 bp’e kadar açılarak ilerlemiĢtir. B.

You're Reading a Free Preview

İndirme
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->