GENETK

KARYOTLARDA TRANSKRPSYON
Prokaryotlardaki modele paraleldir Daha komplekstir Farkl RNA molekllerinin sentezi farkl
RNA polimerazlar tarafndan katalize edilir. Transkripsiyon faktrleri de transkripsiyona katlr.

RNA Polimerazlar
A)RNA polimeraz I; ekirdekikte yerlemitir
ve 28S, 18S ve 5.8S rRNA genlerinin transkripsiyonundan sorumludur. B)RNA polimeraz II; nkleoplazmada yerlemitir ve protein kodlayan genlerden mRNA sentezi ve kk nklear RNAlarn sentezinden sorumludur. C) RNA polimeraz III; nkleoplazmada bulunur. tRNA, 5S rRNA, snRNA(kk nklear RNA) ve 7S RNAlarn sentezinden sorumludur.

Balama
RNA polimeraz enzimi kendi bana
promotordan transkripsiyonu balatamaz. DNA zerinde cis-element denilen spesifik kontrol dizileri mevcuttur.
Hognes veya TATA kutusu

RNA polimeraz II promotoru, transkripsiyonun

balama noktasnn yaklak 25 baz ifti sol tarafnda TATAAA ve TATAS- kutusu olan bir blgeye sahiptir.

 Prokoryatlarn -10 blgesi (TATAAT) ile

benzerdir. (karyotlarda sol tarafta) CAAT kutusu, transkripsiyonun balama noktasnn 70 ile 80 baz ifti yukarsnda (80) bulunur. Promotor blgesinde yer alan dier bir element GGGCGG konsensus dizisine sahip ve -110 blgesinde bulunan GC kutusu

 Transkripsiyonun balamas iin, RNA

polimeraz II genel transkripsiyon faktrleri (GTFs) ad verilen proteinlere gereksinim vardr. GTFs olmadan RNA polimeraz II, karyotik promotor blgelerine dorudan balanamaz ve transkripsiyonu balatamaz. TFII genel isimleri=TFIIA, TFIIB, TFIID

Transkripsiyonun balamas;
TFIID protein kompleksi TATA kutusuna balanr Sonra TFIIA ve TFIIB balanr. TFIIF ile kompleks oluturmu olan RNA
TFIID multi-protein bu kompleks iindeki TBP (TATA box-binding protein) TATA kutusuna balanr.

polimeraz II balanr Bunu TFIIE, H ve J gibi dier 3 faktrn hzl bir ekilde oluan komplekse balanmas izler Bu protein kompleks en az 40 polipeptit ierir ve Transkripsiyon balama kompleksi olarak adlandrlr. ATP gereklidir

Zincir Uzamas ve Sonlanma

RNA polmeraz II tarafndan bir protein
kodlayan genden sentezlenen RNA molekl nc transkript olarak adlandrlr. nc transkript mRNA oluturmak iin RNA ilenmesi ilemine tabi tutulur.

RNA Processing
ncl-mRNA populasyonuna=heterojen
nklear RNA (hnRNA) RNA ilenmesi=olgun RNA eldesi
RNAya balk taklmas Poliadenilasyon RNA splicing ilemlerini ierir

mRNAya balk yapsnn ilave edilmesi

ncl transkriptin sentezinden hemen sonra 5ucuna metillenmi guanin (7-metilguanozin) balk yaps ilave edilir. Transkript henz tamamlanmadan taklan bu balk; nc transkriptin 5-ucunu ribonkleazlara kar korur.
3-5 fosfodiester bana spesifik fakat 55 ban hidrolize edemezler

Olgun mRNAnn sitoplazmaya geite rol

oynadklar dnlr.

 Protein sentezinin balama basamanda rol

oynar Prokoryatik mRNA, karyotik rRNA ve tRNAlar balkszdr.

Poliadenilasyon
5 ucuna balk taklmasndan sonra 3 ucunda
enzimatik bir krlma oluur. 100-200 adenin ieren Poli(A) kuyruu ilave edilir. Enzimatik krlma; RNA transkriptinin 3ucunda poliadenilasyon sinyali olarak bilinen AAUAAA dizisinin 10-30 nkleotid ilerisindeki bir noktada meydana gelir. Poli(A) kuyruu 3 ucunu ribonkleazlar tarafndan paralanmaya kar korur.

RNA Splicing
ntronlarn kesip karlmas ilemidir. ntron= kodlama yapmayan diziler
(noncoding) Yapsnda intron ieren genlere=split gene (paral genler) denir Ekzon=kodlama yapan genler

 RNA splicing;
Ekzon-ntron snrlarnda fosfodiester balarnn krlmas Ekzon ular arasnda yeni balarn oluumu

Intronlarn uzaklatrlmas farkl RNA

tiplerinde farkl mekanizmalar kullanlarak gerekleir. Splays mekanizmalarna gre intronlar eitli gruplara ayrlabilir;
Grup I Grup II

 Grup I intronlarn karlmas iin ayr bir bileen

gerekmemektedir. Intronlarn karlmas RNAnn kendisinin bir zelliidir. Kendi splayslarn yapabilen bu RNAlar otokatalitik zelliklerinden dolay ribozimler olarak da adlandrlr. RNAnn fosfodiester balarnn kopmasn katalize etmesiyle kendiliinden kesip karlma ilemi meydana gelir. Konsensus dizilerindeki nkleotidler arasndaki baz elemesi nedeni ile bir kement (loop) oluur ve bu kement RNA tarafndan koparlarak karlr.

 Grup II intronlar ekzon-intron snrnda bir uta

GT dierinde A(C veya T) ieren konsensus dizilerine sahiptir. Grup II intronlar uzaklatrlmas lineer bir uzantya sahip sirkler bir kement yapsyla (lariat yap) olur. Splicing ilemlerinde RNA-polimeraz II enzimi tarafndan sentezlenen bir seri kk ekirdek RNAs (small nuclear RNA, sn RNA) grev alr. snRNAlar ok sayda proteinlerle birleerek kk ekirdek ribonkleoproteinleri (snRNP) halinde ilev yaparlar.

 Bu molekller Urasilce zengin olduklarndan U

ile gsterilirler. U1, U2, U4, U5, ve U6 splicing ileminde grev alrlar. Bunlardan sadece U6 Polimeraz III tarafndan sentezlenir. ntronlar mRNA zerinde GU ile balar, AG ile sonlanr. Splicing ileminde nce intronun 5ucuna U1RNA balanr. U1-snRNP bu yapya eklenir.

 Dier snRNAlarn RNP kompleksleri halinde

grev yaptklar sanlmaktadr. U2RNP ayrlma veya atallama yeri olarak tanmlanan bir konsensus sekansna (TACTAAC) balanr. U5-snRNP intronu snrlayan ulara balanr. U4 ve U6-RNA genellikle komplementer bazlar ile birbirleri ile elemi durumda ve ayn snRNP molekl iinde birlikte bulunur. U4/6-snRNPnin katlm ile oluan tm yapya spliseozom denir. Bu molekllerin ilevleri sonunda intron bir kement yaps biiminde ekzonlarn arasndan ayrlr. Ekzonlar birbirlerine eklenir.

RNA Editing (RNAnn Dzeltilmesi)

Enzimatik olarak bir nkleotidin deitirilmesi, karlmas veya eklenmesidir. Bu ekilde ayn gen farkl proteinler
sentezleyebilir. En iyi bilinen rnek; apolipoproteindir. Karacierde apolipoprotein geninin mRNAs normal processing geirirken, ince barsak dokusunda ayn genin rn olan apolipoprotein-mRNAsnda glutamin kodlayacak olan CAA kodonunda C baz sitindezaminaz enzimi aracl ile deaminasyona urar ve U bazna dnr.

 Bu dnm sonucu oluan UAA kodonu

bir stop kodonu olduundan polipeptid sentezi bu noktada kesilir ve daha kk bir protein sentezlenir. Karacierde 4536 a.a., barsakta 2152 a.a.

TEEKKRLER