Bitkilerde nukleus genlerinin anlatm ve dzenlenmesi

Dzenlemede ok kademe vardr: 1. Transkripsiyon 2. Cappingapkalama 3. 3' olgunlama, kesim ve poliadenilasyon 4. Splicingkrplma 5. Sitoplazmaya tanma 6. mRNAnn stabilizasyonu/destabilizasyonu Translation

Bir intronlu bir genden mRNA oluumuna kadar geen aamalar

Transkripsiyon: 3 DNA-Baml RNA Polimeraz

1. Pol I - 45S rRNA nclerini sentezler, nukleolusta bulunur (45S18S, 28S, 5.8S rRNAs)
(S sedimentasyon katsays hemen hemen makromolekl byklne eit)

2. Pol II - mRNA nclerini ve baz snRNAlar sentezler, 3. Pol III- 5S rRNAlar, tRNAlar ve kk nuklear RNAlar (snRNAs) sentezler
3 polimeraz da multi-altniteteye, baz byk alt uniteteye ve 5 kk ortak altniteteye (mayada) sahiptir.

Nisbi hcresel RNA younluu

Ribosomal RNA (rRNA) Transfer RNA (tRNA) Mesenger RNA (mRNA ) kalan (~% 3): Signal tanma partikl (SRP) RNA Kk nuklear RNA (snRNA) Kk nukleolar RNA (snoRNA) Mikro RNA (miRNA) ~ % 90 ~%5 ~%2

RNA Polimeraz II
1. 2 byk alt nitesi var ve bu niteler E. coli RNAP and alt niteleri ile homologi gstermektedir. 2. En byk alt nite fosdforlanm COOHterminal domain (CTD) ierir.
Fosforlanma inisiyasyondan elongasyaona gei iin nemlidir. CTD dier proteinslerle de ilikiye geer.

3. DNA ya kendisinin balanmas iin promottr nce dier proteinlerin balanmasna gereksinim duyar

TFII RNA Pol II transkripsiyon faktrleri RNAPII RNA Pol II

Fig. 6.30, Buchanan et al.

RNAP II Promotrleri
Snf-II promotrler 4 bilekenlidirler: 1. Upstream element 2. TATA kutusu (25) 3. Inisiyasyon balama blgesi (+1) 4. Downstream element

1.

2.

3.

4.

Biok snf II promotrnde 3 ve 4. bazlarnda lack 2. Yoktur.

TATA Kutusuof Class II Promoters

TATA kutusu = TATAAAA Transkripsiyonun baalayaca blgeyi belirler. Baz promotrlerde etkin transkripsiyonu salar. TBP TATA kutusu balanma proteini ile bulunur

Snf II Promoterlerde Upstream Elementler

eitli snf II promotrlerde bulunurlar: 1. GC kutular (GGGCGG ve CCGCCCC) Transkripsyionu ve oryantasyonunu uyarrlar. ok kopyal olabilirler. TATA kutusuna yakndrlar. 2. CCAAT box Transkripsiyonu uyarr. CCAAT-balama transkripsiyon faktrne balanrlar (CTF).

Enhancer ve Silencer
1. Enhancer transkripsiyonu uyarr, Silencer inhibe eder. 2. Oryantasyonlar bamszdr.
3. Pozisyon-bamszdrlar. Promotrden belli bir uzaklkta alabilir. Enhancerlar her yerde bulunurlar. Bind
regulated transcription factors

Snf II Promotrler iin Transkripsiyon Faktrleri

1. Bazal faktrler: ou promotrlerin inisiyasyonu iin gereklidirler ve TATA kutusu ile ilikiye geerler.. 2. Upstream faktrler: TATA kutusunun st tarafndaki ortak elementleri tanrlar; inisiyasyon etkinliini arttrrlar. Proksimal promotr elementleri ile ilikiye geerler (rnein CAAT kutusu). 3. Indklenebilir (dzenlenebilen) faktrler: Upstream faktrler gibi alrlar fakat dzenleyici deillerdir; belli zamanlarda belli dokularda yaplrlar ve aktiftirler. Enhance ve silencer ile etkileime geerler.

RNA Pol II balang kompleksinin oluumu

= bazal fakteler + RNAP II

Fig. 7.45, Buchanan et al.

karyotik Transkripsiyon Faktrleri: Yap

Genelde upstream elementlere (USE) balanrlar:

1. Modular yap:
DNA-balanma domaini Transkripsiyon-aktive edici domain

2. Her tip modlde 1 den fazla bulunurlar. 3. ou faktr dimerizasyon domaini ierir (bazlar heterodimer oluturur).

DNA-balanma domainleri

1. 2. 3. 4.

Not exhaustive list:

inko ieren modller Homeodomainler bZIP ve bHLH motifleri AP2 (zellikle bitkilerde)

Uzak Enhancer ile Aktivasyon

3 olas model var;
Faktr balanms ile: 1. Promotr DNAda super dnm. 2. Kompleksin promotrden kay. 3. DNAnn enhancer ve promotr arasnda lup oluturmas.

Enhancer ilevi iin olas 3 model.

Kromatin Modifikasyonu
Transcription can also be regulated by modifying Kromatin yksek transkripsiyonu yaplan genlerde gevek yapldr.

Nukleosom kromatinin temel yap tadr: 1. 4 fakl histon korda yer alr (H2a, H2b, H3, H4 x 2 = oktamer). 2. 146 bp DNA koru evreler. 3. H1 histonu dtadr.

H2B

H2 A H3

H1 H4

H2 B DNA

Nukleosom koru = histon oktameri (2 adet H2A, H2B, H3, H4) + DNAnn 2 dnm (145 bp)

 Histon asetilasyonu lokal dekondansasyon oluturur ve faktrlerin balanmasn arttrr. De-asetilasyon DNA histon ilikisini arttrr, faktrlerin balanma olasl azalr.

Fig. 7.49 Buchanan et al.

In Vivo almalar
Aktif genlerin promotrleri nukleosomsuzdur.
SV40 virus minikromozomlar nukleosomsuz blge

Fig. 13.25

Post-Transkripsiyonal lemler
1. Capping 2. 3 son oluumu
(bu kademelerde ok fazla dzenleme yoktur )

3. Krplma alternatif krplma 4. Translasyon inisiyasyonu dzenler.

apka levleri

1. 2. 3. 4.

2-OH ve ribosun 1st ve 2nd nukleotidlerinde metilasyon apka ilevleri: 5 eksoribonukleazdan koruma Sitoplazmada translasyon art Nukleustan transportun art Baz pre-mRNAlarda ilk intronun krplmas ile artan transport

3 u ilevleri ve poliadenilasyon mekanizmalar

mRNAdan uzun transkripsiyon olur. Transkript 3 ucundan kesiler ve mRNA oluur. PolyA Polymeraz 3 uca ~250 nukleotid ekler. Fazla RNA yklr.

3' U Oluumu
AAUAA 3' u oluumu iin bitkilerde sinyaldir. Ve polyA-kuyruunun 5' ucuna ~20 nt uzaklktadr. 5' AAUAA ya dier diziler de nemlidir. 3' u oluumu: bir endonukleaz ve tanma faktrleri bir poly(A) polimeraz (PAP) Bir poly A-balanma proteinine (PAB) Gereksinim duyar.