MODEL ORGANZMALAR

Yard.Do. Master subtitle style Click to editDr. Bedia Palabyk 2011-2012

4/22/12

Model organizma nedir?

4/22/12

Model organizmalarn ortak zellikleri nelerdir?

4/22/12

Bu stratejinin dayana nedir?

ok eitli hcreler var Birinden dierine genelleme yaparken dikkatli olunmaldr!!! 4/22/12

4/22/12

Biyomedikalde Kullanlan Model Organizmalar Memeli olmayan modeller: Memeli modeller:

Retrovirsler Archaea Escherichia coli Saccharomyces cerevisiae Schizosaccharomyces pombe Neurospora (Filamentli mantar) Dictyostelium discoidsum (sosyal amip) Caenorhabditis elegans (yuvarlak kurt) Daphnia (Su piresi) Drosophila melamogaster (meyve sinei) Danio rerio (zebra bal) Xenopus (kurbaa) Gallus (tavuk)

Fare San

Dier modeller: Arabidopsis thaliana

4/22/12

Kullanm Alanlarna Gre Model Organizmalar

Genetik Model Organizmalar Deneysel Model Organizmalar Genomik Model Organizmalar

4/22/12

Genetik Model Organizmalar

Genetik analizlerde kullanlr Hzl rerler ve dl says ok fazladr Kolaylkla ok sayda mutant birey elde edilebilir, Genetik haritalama yaplabilir rnek:

Saccharomyces cerevisiae Drosophila melenogaster Caenorhabditis elegans

4/22/12

Deneysel Model Organizmalar

Geliim biyolojisinde kullanlrlar

Embriyonik geliim kolaylkla izlenebilir Mikro cerrahi teknikler uygulanabilir

rnek:

Gallus gallus (tavuk) Xenopus leavis (kurbaa) Caenorhabditis elegans

4/22/12

Genomik Model Organizmalar

Genom organizasyonu basit ve kktr nsana benzer genler ierir Burada genetik ya da deneysel zellikleri dikkate alnmaz

Fugu rubripes (ien balk)

4/22/12

Sistematik Olarak Model Organizmalar

Virsler Archea Prokaryotlar karyotlar Protistl er Mantarl ar Hayvanl ar Omurgaszlar Omurgallar
4/22/12

Virsler:

Virsler molekler ve hcre biyolojisi almalarnda nemlidirler. Lambda faj Phi X 174 (Genomu 5386 baz iifti, 11 genden oluur ve halasaldr.) Ttn mozaik virs Retrovirsler (RNA virs)

4/22/12

Retrovirs ler

RNA virs ok sayda omurgaly enfekte ederek zatrree, lsemi ve AIDS gibi hastalklara neden olurlar. Konak hcrelerinin DNA replikasyonu, transkripsiyonu, RNA ilenmesi ve protein tanmas RNA boyutu 7-10 kb dir ve 3 grup gen ierir

4/22/12

Archaea

Yer yznn en zorlu koullarnda yaayabilirler Laboratuvar koullarnda retimleri zor! imdiye kadar kefedilen en basit organizmalar Zor koullarda gelimesini mmkn klan molekllerinin, bioremediasyon, iklim deiiklii, biyoteknoloji ve enerji retimi gibi alanlarda kullanlmas Genomunda bakterilerinkine ve karyotlarnkine benzer baz genler bulunmaktadr. Kendine zg genlerin dnyann erken srecinin geliimine yeni ipular salayabilecei Genomlar 0,5-5,5 mb arasnda deiir

4/22/12

Prokaryotlar
Escherichia coli (E. Coli) Bacillus subtilis Caulobacter crescentus Blnerek iki farkl hcre oluturan, hcresel farkllamay almak iin kullanlr. Mycoplasma genitalium En kk organizma Vibrio fischeri Hawai ksakuyruklu mrekkep bal ile hayvan-bakteri simbiyontu, quorum sensing (hcrehcre iletiimi), biyolminesans Synechocystis Fotesentez aratrmalarnda kullanlr, siyanobakteri Pseudomonas fluorescens laboratuvarda farkl trlere kolayca farkllar, toprak bakerisi

4/22/12

Escherichia coli
ok kullanlan yaygn barsak bakterisi Biyokimya ve molekler biyolojinin belli bal ynleri allr DRA replikasyonu, genetik kod, gen ekspresyonu ve protein sentezinin anlalmas E.coli: 4.6 mb, 4000 gen, 1997de genomu tamamlanmtr. Generasyon sresi 20 dakikadr ve bir gecede 108 hcre elde edilebilir. Klon eldesi ve mutant seleksiyonu da ok kolay

4/22/12

karyotlar Protistler

Chlamydomonas reinhardtii Dictyostelium discoideum Tetrahymena thermophilia tatl suda

yaayan bir ciliatea protozoan Emiliania huxleyi denizde yaayan tek hcreli bir coccolithophore alg, ok allan bir model plankton tr.

4/22/12

Chlamydomonas reinhardtii (yeil alg)

Tek hcreli, iki flagella Fotosentez, flagella, hareket, metabolizmann dzenlenmesi, hcre-hcre etkileimi ve hcre tutunmas, beslenme yetersizliine yant Haritalanm mutantlar Genom dizilimi Ekim 2007 de aklanmtr Duke niversitesinde bir genetik stok merkezi vardr ve aratrma sonularn dzenli olarak tartan uluslararas bir Chlamydomonas grubu vardr.
4/22/12

Dictiyostelium discoideum (sosyal amip) E. coli genomundan 10 kat byk ve maya

genomundan daha karmak, ancak yksek karyotlarn genomuna kyasla ok basit Laboratuvarda kolayca retilir ve eitli genetik kullanmlar iin uygundur Yiyecein bol olduu koullarda bakteri ve mayalarla beslenen tek-hcreli bir amip olarak yaamn srdrr ok hareketlidir. Bu zelliiyle hayvan hcresi hareketliliini oluturan molekler mekanizmalarn incelenmesi iin uygun Yeterli besin kayna olamadnda, tek hcrelerin ok hcreli yaplar eklinde bir araya toplanma yetenekleri ile her biri 100.000 hcreden oluan ve smks bcek denilen solucanms yaplar Hcre sinyal iletimi ve hcre-hcre etkileimi
4/22/12

Mantarlar

Aspergillus nidulans genetik aratrmalarda Neurospora crassa (portakal tarator kf)

mayoz, metabolik reglasyon ve gnlk ritm ile ilgili genetik almalarda Ashbya gossypii (pamuk patojeni) genetik aratrmalarda (polarite ve hcre dngs) Saccharomyces cerevisiae bira mayas Schizosaccharomyces pombe fzyon maya

4/22/12

Saccharomyces cerevisiae (bira mayas) Genomu 12 mb, 6000 gen,

Genom dizisi tamamlanm (1997) Nukleusunda 16 adet kromozom Stoplazmada hcre iskeleti ve hcre ii organeller Generasyon sresi 2 saat

S. cerevisiae mutantlar; DNA replikasyonu Transkripsiyon RNA ilenmesi Protein katlanmalar Hcre blnmesinin dzenlenmesi

nsan hastalk genlerinin %20 benzer. Genlerin fonksiyonel ilikileri 4/22/12 incelenmekte ve yeni ila denenmesinde kullanlr

Schizosaccharomyces pombe
Genomu 12,5 mb, 5000 gen Nuklesunda 3 adet kromozom Genom dizisi tamamlanm (2003) Stoplazmada hcre iskeleti ve hcre ii organeller Generasyon sresi 2 saat

Paul Nurse, Lee Hartwell ve Tim Hunt, S. pombede hcre dngs almalaryla 2001 ylnda Fizyoloji ve Tp alannda Nobel dl aldlar.

Memeli hcrelerine molekler dzeyde olduka benzerdir.

4/22/12

Bitkiler
Arabidopsis thaliana Selaginella moellendorffii Brachypodium distachyon Lotus japonicus Lemna gibba Zea mays (msr) Medicago truncatula Nicotiana tabaccum (Tobacco BY-2 hcreleri, ttn) Oriza sativa (pirin) Physcomitrella petens Populus

4/22/12

Arabidopsis thaliana
Dikotildir, hardal ailesinden Laboratuvarda retimi nispeten kolay Kk boyu ve ksa reme sresi Birok fenotipik ve biyokimyasal mutant haritalanm Genom dizisi tamamlanan ilk bitki (2000) Genomu 120 mb, 15.000 gen Bitki fizyolojisi, geliim biyolojisi, molekler genetik, poplasyon genetii, sitoloji, molekler biyoloji

4/22/12

Selaginella moellendorffii
lkel damarl bitkilerden ve karasal bitkilerin evrimini anlamaya Bildirilen en kk genoma sahip bitki (~110 Mb) Genom dizilimi tamamlanm (2008). Evrimsel biyoloji Molekler biyoloji

4/22/12

Brachypodium distachyon

Tahl modeli Zraat, molekler biyoloji ve genetik

Lotus japonicus
Baklagil Azot fiksayonundan sorumlu simbiyosisi aratrmak Ziraat, molekler biyoloji

4/22/12

Lemna gibba

Hzl byyen bir sucul monokotil En kk iee sahip bitkilerden Steril ortamda saf kltrlerde yetitirilebildii iin ekotoksikolojide kimyasallarn bitkilere olan toksik etkisini lmek iin yaplan Kompleks tbbi maddelerin ekonomik retimi iin konak Populasyon byme erilerini aklamak

4/22/12

Zea mays (msr)

Tahl, diploid bir monokotil Mikroskopla kolaylkla incelebilen 10 byk kromozom ifti yi bilinen ve gen haritas karlm fenotipik mutantlarnn ve krossing overla oluan ok sayda (100-200) rk Barbara McClintock atlayan genler transpozonlarn kefiyle 1983 de Fizyoloji ve tp alannda Nobel dl ald. Birok DNA markrnn haritas karlm ve genom dizisi belirlenmekte Genetik, molekler biyoloji ve ziraat

4/22/12

Medicago truncatula

Baklagil Genom dizisi tamamlanm (2008) Nispeten kk bir genomu Azot fiksasyonundan sorumlu simbiyozisi aratrmak Ziraat ve molekler biyoloji

Nicotiana tabaccum
Hcre biyolojisi, hcre dzeyindeki genel bitki fizyolojisi almalar Ksmi kltvar (Tobacco BY-2 hcreleri)n genom dizisi ile yabani tr Nicotiana tabaccum un genom dizileri gnmzde belirlenmekte Sitoloji, bitki fizyolojisi, biyoteknoloji

4/22/12

Oriza sativa (pirin)

Tahllar iin model olarak kullanlmakta En kk genoma sahip tahl trlerinden biridir (~430 mb) Genom dizisi tamamlanan ilk tahl (2005). Ziraat ve molekler biyoloji Alman ve isvireli bilim insanlar karoten reten altn prin golden rice elde ettiler (2004) Baz insan proteinlerinin heterolog anlatm gerekletirildi (takviye besin, ila) (2007)

4/22/12

Physcomitrella petens
Liken Genomu tamamen belirlenmi tek iletim sistemi olmayan ilkel Bitki fizyolojisi, evrimsel biyoloji, molekler genetik ve molekler biyoloji

Popul us

Genom boyutu kk, hzl byr ve kolaylkla transforme edilir Orman genetiinde ve odunsu bitki almalarnda Populus trihocarpa (kavak)n genom dizisi 2006 ylnda tamamlanm

4/22/12

Omurgasz Hayvanlar
Arbacia punctulata (deniz kestanesi) Aplysia Caenorhabditis elegans Ciona intestinalis Drosophila melanogaster (meyve sinei) Euprymna scolopes Hydra Loligo pealei Pristionchus pacificus Stomatogastrik gangliyon Strongylocentrotus purpuratus Symsagittifera roscoffensis Tribolium castaneum

4/22/12

Arbacia punctulata (Mor deniz kestanesi)

Embriyolojik almalarda

Aplys ia

Denizde yaayan bir smkl bcek Mrekkep salma cevab nrbiyolojide, reme kolonileri hcre iskeletinin yeniden dzenlenmesinde

4/22/12

Caenorhabditis elegans (yuvarlak solucan) Kk serbest yaayan bir Nematod

Genomik, genetik, embriyoloji ve hcre nrobiyolojisi seviyelerinde hayvan geliiminin ve hcre farkllamasnn aratrlmasnda Gerek bir hayvann zelliklerini tar (tam bir organ sistemlerine ve karmak alglama sistemlerine sahiptir )ve bir mikroorganizmann hz ve kolaylyla laboratuvarda kolayca retilebilir. lk kez 1963de Sydney Brenner, sinir sistemi ve geliimi etkileyen genlerin rolu zerindeki almalarda kullanlmtr. Sydney Brenner, Robert Horvitz ve John Sulston Organ geliiminin genetik reglasyonu ve programl hcre lmleri adl almalaryla 2002de Nobel dl almlar

4/22/12

Bakterilerin retildii standart besiyerlerinde reyebilir Dondurulup saklanabilir Erkek ve hermafrodit bireyler vardr Gnde 1000 yumurta retebilir Generasyon sresi ksa, eeysel olgunlua 2 gnde ular Erikin kurtlar yaklak 1000 hcreden ibaret ve her bir hcrenin izini srmek de mmkndr Tm yaamlar boyunca effaf olmalar nedeniyle zel hcrelerin davranlar takip edilebilir ve gen anlatm gzlemlenebilir Genomu 100mb Genom dizi analizi tamamlanm (1998), 19.000 gen Birok geninin fonksiyonel benzeri insan genomunda olduundan insan hastalklarnn aratrlmasnda da 4/22/12 kullanlmasn salar

Ciona intestinalis (deniz zm)

Genomu ok kk (~160 mb, 14 kromozom ifti ve ~16.000 gen). Gemom dizi analizi tamamlanm (2009). Omurgal kaltmnn evrimsel orijinini aratrmak

4/22/12

Daphnia (Su piresi)

Fenotipik eitliiyle ilikili genomik yaps, kaltmn temel mekanizmalar ve geliim, fonksiyon, fizyolojik sitemler, immn yant, hastalk, makromolekl yap-fonksiyon ilikisinin aratrlmas Tatlsu ekosisteminde duyarl bir tr ve ekotoksik almalarda

Microcrustase a Genomu 200-227 Mb cDNA kitapl, mikroarray, gen haritalar, biyoinformatik taban, gen anlatm veri bankalar, iyi zmlenmi filogenetik a Kolaylkla kltre alnr, generasyon sresi ksa, eeysel olgunlua 5-10 gnde ular

4/22/12

Drosophila melenogaster (Meyve sinei)

Bu sineklerle yz yldr allyor. Thomas Hunt Morgan yapt deneyler sonucunda kromozomlara dayanan ada kaltm kuramn gelitirmi, bu almalaryla 1933 ylnda Nobel Fizyoloji ve Tp dln almtr. Laboratuvarda kolayca retilir, basit yapsna karn bir memelininkiyle karlatrlabilen biyolojik karkl ve memelilerdeki bir ok organ sistemine Drosophila iyi korunan homologlarna sahip reme dngs ksa (~10 gn), diiler ok verimli (100 yumurta/gn, 2000 yumurta/yl) Genom dizisi 2000 ylnda tamamland, Genomu 165 mb, 8 kromozom ifti var ve 14.000 gen Genlerle kromozomlar arasndaki iliki Geliim ve farkllamay denetleyen birok genin ortaya karlmas Gncel molekler tekniklerin de kolaylkla uygulanmasyla hayvan geliimini yneten molekler mekanizmalarn anlalmasnda Kanser, nrdejeneratif hastalklar, immn sistem, yalanma,ve multigen kaltm

4/22/12

Euprymna scolopes (Hawai ksakuyruklu mrekkep bal)

Biolminesan bakteri Vibrio fischeri ile birlikte simbiyont Hayvan-bakteri modeli

Hydr a
Bilateral vcut dzeninin evriminin anlalmas

4/22/12

Loligo pealei
Bir mrekkepbal Sahip olduu dev akson (yaklak 1 mm apndadr,tipik bir memeli aksonundan yaklak bin kez daha byktr) nedeniyle sinir fonksiyonu almalarnda

Pristionchus pacificus

Evrimsel geliim biyolojinde "C. elegans" ile karlatrmal analizi yaplarak kullanlan bir yuvarlak solucan

4/22/12

Stomatogastrik gangliyon
Sindirim sistemleri tekrarlayan hareketlerde grlen motor patern oluumu iin

Strongylocentrotus purpuratus

Mor deniz kestanesi Geliim biyolojisinde

4/22/12

Symsagittifera roscoffensis

Yass solucan Bilateral vcut dzeni geliimi

Tribolium castaneum

Un bcei (karanlk bcei) Kolay saklanr zellikle davransal ekoloji deneylerinde

4/22/12

Omurgal hayvanlar

Cavia porcellus Gine domuzu

Gallus gallus domesticus Tavuk Felis cattus Kedi Canis lupus familiaris Kpek Hamster Mus musculus Fare Homo sapiens nsan Oryzias latipes Japon pirin bal Rattus norvegicus San Macaca mulatta Hint ebei Sigmodon hispidus Pamuk san Taeniopygia guttata Zebra ispinozu Takifugu rubripres Xenopus laevis Afrika peneli kurbaas Danio rerio Zebra bal
4/22/12

Cavia porcellus (Gine Robert Koch ve dier erken dnem domuzu)

bakteriyolojistler tarafndan, bakteriyal enfeksiyonlarda konak olarak kullanlm, gnmzde de, az da olsa "laboratuvar hayvan" olarak adlandrlmaktadr.

Gallus gallus domesticus (Tavuk)

Bir amniyota olarak geliim almalarnda kullanlr ve mikromanplasyon iin kusursuzdur (rnein doku alama) ve gen rnlerinin anlatmnda Uzuv geliiminin molekler temeli sinir sistemindeki hcre glerinin anlalmasnda Genomu1,5 mb Genetik almalar iin uygun deil (eeysel olgunlua 4 ayda ular)
4/22/12

Felis cattus (Kedi)

Nrofizyolojik aratrmalarda

Canis lupus familiaris (Kpek)

Solunumla ilgili ve kardiyovasklerde nemli bir modeldir

Hamst er

Kala-azarda (leishmania) ilk allan canl

4/22/12

Mus musculus Fare

Fareleri laboratuvarda retmek kolaydr Geliim dngs nispeten ksa (2 ay) Bir batnda 10-15 yavru verir Genom dizisi tamamlanm (2002) 3000 mb, 20den fazla kromozoma sahip Genetik analizler iin uygun (trler aras aprazlamalar yaplabilir) Fare geliimini etkileyen mutasyonlar tanmlanm Birok insan geninin farede homolou vardr. nsanlarda hastala neden olan mutasyonlar farelerde de ayn hastala neden olur Transgenik farelerin retimi mmkn nsan geliiminin analizi iin Knockout Farelerle genin fonksiyonunun aratrlma

Omurgallarn klasik canls

4/22/12

Danio rerio (Zebra bal)

Omurgal geliiminin genetik incelemeleri iin Laboratuvarda bakm kolay ve hzl oalr,haftada 200 yumurta 1.7 mb iftine sahiptir. Embriyolar anne karn dnda geliir ve effaftr. Bu nedenle geliimin erken evreleri kolayca gzlenebilir Mutant eldesi kolaydr (nsan hatalklar)

Oryzias latipes (Japon pirin bal)

4/22/12

Geliim biyolojisinde kullanlan nemli bir canldr, sradan Zebra balndan daha dayankl olmas gibi avantajlar vardr.

Fugu rubripes (ien balk) Omurgallar ierisinde en kk

genom Zebra balnn genomunun ,nsan genomunun 1/10 kadardr. nsan genomunda bulunan genlere benzer sayda gen ierirler (genleri farkl organize olmu ve daha az intron ierir) Genomlarnn kk olmas genlerin tespitini ve analizini kolaylatrr. Genomu 2002 tamamlanan ikinci omurgal genomu

4/22/12

Rattus norvegicus (San)

zellikle toksikoloji modeli olarak kullanldr Nrolojik modeldir Akrabas fareden daha byk organlara ve alt organeler yaplara sahip olmasyla ilkel hcre kltr kaynaklarnda, molekler evrim ve genomik almalarnda

Macaca mulatta (Hint ebei)

Enfeksiyon hastalklar ve aklkavrama almalarnda

4/22/12

Sigmodon hispidus (Pamuk san)

Polio aratrmalarnda ilk kullanlan canl

Taeniopygia guttata (Zebra ispinozu)

tc kularn tme sistemleri ve memeli olmayanlarda iitme sistemleri

4/22/12

Takifugu rubripres
Bir ien balk tr - bir miktar junk DNA'ya sahip genom

Xenopus laevis (Afrika peneli kurbaas) Omurgal geliminin erken

4/22/12

dnemlerinin allmas iin nemli bir model Yumurtalar 1mm apl olaanst byklkte hcrelerdir. Yumurtalar darda gelitii iin iriba oluuncaya kadar geen sre laboratuvar ortamnda kolaylkla aratrlabilir Bol miktarda olmas biyokimyasal sreler iin nemlidir.

Homo sapiens (nsan)

Genom dizisi tamamland (2003) 46 kromozomlu, ~25000 gen var. eitli klinik almalarda

4/22/12

Biotechnol J. 2008 Mar;3(3):325-38. Links Erratum in: Biotechnol J. 2008 Mar;3(3):421. Yeast as a model for studying human neurodegenerative disorders. Miller-Fleming L, Giorgini F, Outeiro TF. Instituto de Medicina Molecular, Cellular and Molecular Neuroscience Unit, Instituto de Fisiologia, Facultade [corrected] de Medicina da Universidade de Lisboa, Lisboa, Portugal.

4/22/12

PLoS Genet. 2007 May 25;3(5):e84. Links Recent developments in yeast aging. Kaeberlein M, Burtner CR, Kennedy BK. Department of Pathology, University of Washington, Seattle, Washington, United States of America. kaeber@u.washington.edu

4/22/12

Clin Transl Oncol. 2007 Apr;9(4):221-8. Links Yeast on drugs: Saccharomyces cerevisiae as a tool for anticancer drug research. Menacho-Mrquez M, Murgua JR. Instituto de Biologa Molecular y Celular de Plantas, Universidad Politcnica de Valencia, Ciudad Politcnica de la Innovacin, Valencia, Spain.

4/22/12

4/22/12

4/22/12

4/22/12